lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 22222222222222 1111111111111 3333333333333 222 1 1 11 222 1 1 11111111111 11111 44444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 11
lowQualScore : 6 5 111 5 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 33333 3 3 3 3 66 0 55555555555555 33 2 2 0000000000000 33333 4444444444444 2 7777 555 1 111 3 4 22 1 1 555555 44 1 1 3 2 2 9 55 5 6 5 6 6 22 777 6 3 33 6 333 2 88888888888 33 22 555555555 222 00000 888 1 1 22222222 1 22 1 3333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 1 7 44 3 5 88 4 4 666 8 0 9
lowQualScore : . . ... . . ................................................................................................................... . ..... . . . . .. . .............. .. . . ............. ..... ............. . .... ... . ... . . .. . . ...... .. . . . . . . .. . . . . . .. ... . . .. . ... . ........... .. .. ......... ... ..... ... . . ........ . .. . .... .................................................................................................. .. . . .. . . .. . . ... . . .
lowQualScore : 0 0 000 7 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44444 1 1 1 1 99 2 99999999999999 44 4 5 2222222222222 99999 0000000000000 0 0000 222 9 111 5 8 44 7 7 000000 88 4 9 6 0 0 6 88 3 0 0 0 0 00 000 0 0 44 2 777 1 33333333333 22 33 999999999 999 55555 999 7 7 11111111 7 44 7 9999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 0 1 66 1 4 66 0 4 777 8 7 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACANAAT-CAAAATCGAGGAGGCTATTTC-CCTA------TCTGAG---CT------TCCGAA--C-AAT--T--TN-A--------------GCCCTTA-AAC-G--TT-T-TCCGCGT-TTT----T-CT-TT-TTTC---TCNAGATAC--ATTT-TT-AA-GCGC-T-CAAAGGAGACCAA-A-TTTTCC--A--TTT-TT-T-A-T-G---T-C-ATT--T--TT----G------TGTTT-T----TGTGC---AA-A---TGCGGC-CCCA--A-TAA-GAATACAAT------T--GTCATA-TGATTAAATA-AG-AGGG-TTATGGACAAGTTTATTTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGTTAAATAAGACTGTCCGTGGACACTAT--GAAGACTGA---CTAC-AACTT----AT-AA--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTC----AGGTAG--ATCT-TCTTT-CTTTT--N-TT-TTT--T-CTTACA----AC--A--A-T-GTAAC----NGTGC-GAAAATCA-T---GCTTT-------AATG-C-T--TA----A------TT-TTTA-TAAC-NTCT---GA--AAATATCGAGGAGGC--AACTGCCTCCTCC-TGCCT-CAGTGTGGCTACGGCGC
Reference ( gi|1 ) : AATACGGCAGCTTTTATCTATCAACACAGAAT-CAAAATCGAGGAGGCTATTTC-CCTA------CCTTAG---TT------TTTGAA--C-AAT--T--TACA--------------GCCCTTA-AAC-GC-TT-T-TTTATGT-TTT----T-CT-TT-TTTC---TCTTGATAC--ACTT-TT-AA-GCGC-T-CAAAGGAGACACA-A-TTTTTT--A--TTT-TT-T-A-T-G---T-T-ATT--T--TT----A------TATTT-T----TGTGC---AA-A---TGCGGC-CCGA--A-TAA-GAATACAAT------T--GCCATA-TGGTTAAATA-AG-AGTG-CTATGGGCAAATGTATCTCAGAATATTTCCGAATCAGGGAGAGATGGTCAGGTACAGCTATATATGTACACTAT--GAAGACAGA---CTAC-AACTT----ATCAA--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTT----AGGTAG--GTCT-TCTTT-CATAT--A-TT-TTT--T-CTTACA----AC--A--ATT-GTAAA----AGTGC-AAAAAACT-T---GTTTT-------AATG-C-TG-GA---CAAG----TT-TTTA-TAAC-ATCT---GT--ACATATTAAGGAGAC--AGCTGACTCCATC-TGTCT-TGGTATGGTTACAGCGC
gi|3 : TACCAAGACAT--T-TAAAATCGAGGGGGCTATGTC-CC
gi|8 : acaacagtgccgGAATTCAAAATCGGAGAAACTATTTCTCCT--------CTT-----TC------TCCAAA--CAAATGGT--TA-G--------------GTCCTAT-AAC-A--TA-T-TCCATGCATTT----T-CG-TG-TTAT---TTCAGA-AC--AATTGTT-AA-GCGC-T-TGATGGAGACCAA-A-CTTGCC--A----T-TT-T-A-T-G---T-TAATT--T--TTTTGGG------TATGT-T----TGTGC---AA-A---T----T-TC----A-T--------CAAG------T--ATTACA-TGAGTAAATA-AG-AGGG-CTATGGGCAagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|25 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccagT-CAAAACTGAGGAGGCTATTTctattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|4 : tT-CAAAATCGAGGAGGCTTTTTC-TC-A------TCTTgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|43 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcatT-CAAAATTAAGGAGGCTATTTC-CC-A------TCTGAA---TT------gactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|12 : gctgttaccagtcatT-TAAAATTGAGGAGGCTA-TTC-TCTA------TCTGAG---CT------acggcagttcgggc
gi|31 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagccagacatT-CAACATCAAGGAGACTATTTC-TCagggtggaccgaaggcatccttctcccctctcatggaattctaaggcctttcctacattttcctgttattttaaataagtttttaaaggagaccaaatttttatgccattttttgtgtttttgtgcaaaatacaaaccag
gi|18 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgccagacatAGAATCCAGG-GGC-AT--C-CCCA------CTCTCA---TC------TGTGAA-----AT--TCTTGAAT-------------GCACTTA---CTGC-AT-T-TTCCTGT-TGT----TGTT-TT-TTTT---TCCAAAT-C--AATT-TT-AAAGCAC-T-TAAATAAGACCAA-A-CTTTCC--A--TTT-TT---A-T-G---T-C-ATA--T--GC----T------TGTTT-T----TGTGC---AA-AA--TGCGGC-CCAA--A-TAA-GAATACAAC------T--GTCATA-atctgaactgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|10 : acagcaccatagcaagatatttaaaattgaggaggatatttgccatctgaagtaggAAAA-CGAGGCGGCTATTTT-CCTAACGGGGCCCGGGCCATT------TCTTAC--C-CAC--T--TCCACCGGAAAGTATTAGGCTCTTA-AAC-GT-AT-TATTTGCGT-TTT----C-CT-GT-TGTT---TCA-GATAA--ATTT---------------------GAC-CA-A---------A--TTT-TC-T-----------T-CTC--T--TT-------------TTT-G----TGTAC---AA-AA--TGCGGT-CCCT--A-TTA-GAGCACAAT------T--TTCAAA-TGATAAAAAA-AACAGAG-TTATGGACA
gi|2 : AAATCGAGGAGGCTAGTT--CTTA------TCTGAG---CT------ctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|5 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacAAATTGAAGAGGCTATTTT-TC-A------TCTGAG---CTAGGGGGTCTGGGGGC-AAA--T--TTTA--------------GGTCTTATAAC-AC---------A-GT-CCC----T-GT-TA-TTTC---C---GAAACC-AGTT-TA-AA-GCGC-T-TAAAAGAGACCAA-A-TGTTCC--A--TTT-TTAT-A-T-A---TAT-ATT--T--CTGTGCA------TGTTTGT----TGTGC---AA-ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|25 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAT--T--TA-G--------------GCCCTCA-A-C-A--TT-T-CCTGCAT-TTT----C-CTATTATTTCAATTCT--ATAC--ATTT-TT-AA-A-G-----AAGGGAAAAAAG-A---------A--TT-------A-T-G---T-C-ATT--TATTT----G------TGTTT-T----TGTGC---AA-AA--TGCAGC-CCCA--A-TAA-GAATACAAC------T--ctaagacggttatggacactatgaagattgactacaaagtataaacaagtttatagaagttgttcatgtgaatatttgttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|3 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttCCTTG-AAC----TTAT-TTCCTGT-GAT----C-CT-GT-TATT---TCA-GACAT--ATTT-TC-AA-GCGC-T-CAAAGCTGTC-CAGA-TT---------TTC-TT-T-A-C-G-----T-ATT--T--TT----GTTTGTTTGTTT-T----TGTGC---AA-AC--TGCGAC-ATCA--A-TTA-AAATACAAT------T--
gi|16 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggTTA-AAC-GAATT-C-CCTGCGT-TTTCCAGT-CA-TT-TT----------ATACCAATTT-TG-AA-GTTT-T-GGAAGGAGAC------TTTTAT--A--TTT-TT-TCA-T-G---T-C-ATT--G--TT-----------TATTT---------GC---AA-AC--TAGGGT-CCAA--AATAA-GAATACATT------T--GTTATA-TGATTAAAAA-CG-AGcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|6 : t-TTT----T-CC-GT-TTAC---TTAAGATAA--ATTT-TT-AA-GCAC-TACAAACAA-ACACA-A-TTTTCC--AATTTT-TT-T-AAT-GACAT-T-TTT--T--TT----G------TGTTT-T----TGTGC---AA-A---TGCGAC-CACA--A-TAA-GCATGCAAC------T--GCC--A-TGATTAAATT-AG-AG-G-TCATGgggtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|33 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcaGATA---ATTT-CTCAA-GCGC-T-CAGAAGATACCAA-A-TTTTTC--A--TTT-aaaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|17 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgccctgcgttttcctgttactagtatttcaTT-TT-AG-GTGCAT-AAAAGGACAC-CA-G-TTTGTCCAA--TTT-AT-T-A-T-G---T-C-ATT-------------------GTTT-T----TGTGT---AA-AA--TGCGGT-ACCA--A-TTA-AATTGTT-T------T--GTCATA-TGATTAAATA-AG-AGTG-TTATGGACA
gi|2 : ttatcctgttatttcagaccattTT-TT-AT-GCGC-T-TAAAGGAAACCAA-A-TTGTCC--A--TTT-TC-C-A-T-G---T-C-ATT--T--TT----------------------------------------------------TAG-AAATACAAT------T--GTGAAA-TGATTAAACA-AG-GCTGACTActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|13 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtT-TT-AA-ATGC-T-CAAAGGAGACCAA-A-TTGTCC--T--TTT-TC-T-G-TCA---T-T-GTT--T--TT----G------TATTT-T----TGTGCG--AA-A---TGCGACACCAT--T-TAG-AAATGAGAT------TATGCCATA-TGATTAAATT-CG-AGGG-CTATGGACcaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|28 : tgagttttcctgttattcagaccagcg-TT-AA-GCGA-T-TAAAGGAGAC-CA-AGTTTTCC--A--TTT-CT-T---T-G---G-C-ATTGCT--TT----A-------ATTT-TTG--TGTGC---AA-AC--TGCGGCACCAATTA-TAATGCACACACT------T--GCCATA-TGATTAAATC-AG-Atctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|9 : aACAAA-A-TTTTTG--A--TTTGTT-T-G-T-----T-T-AAT--T--GT----G------T-----T----TATGC---AA-AA--TGCACC-CCCA--A-TAA-GAATACAGT------T--GTCACA-TGATTAAAAG-AG-AGGA-TTAT----AAGTTTATTTCAGaaaacaattttatttaatttttttggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|27 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-A-TTTTCG--A--ACT-TT-T-A-T-G---T---ATT--T--TT----A------TTTTT-TAGGTTTTGCTCAAA-A---TACGAC-TCTA--A-TAG-CAATACAAT------T--GTTATA-TCATTAAATAGAG-AGAG-TTATGGttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|24 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgcca-A-TTTTTC--A--ATT-TT-T---T-G---T-C-ATT--G--TT-----------------T----TATGC---AA-AATTTGC--C-CCAA--T-TAT-GAATACAAC------T--GTCATT-TGATTAAATA-AG-atactgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|14 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcTT-TT-T-A-TCA---T-T-ATA--T--TT----G------TACTT-G----TGTGC---TG-A---T------CC-A--A-TAA-GAATGCTAT------T--GCCACA-TGACTATA-A-AG-AGT---TATCGACAtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|11 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctg------TATTT-T----TGTGC---AATA---TGCAAC-CTCA--A-TAA-GAATACAAT------T--GTTATA-TAGTTAAATA-AG-AAGG-TTAccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|26 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatt------TGTTC-T----TGTGC---AA-AA--TGTGAT-TCCA--A-TAA-GAATACACT------T--GTCATA-TGGTTAAATA-AG-ACTG-cagatactgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|32 : gtcttTTT-T----TGTGC-------------GGT-CCCA--A-TAG-GAATATAAT------T--GTCATACTGGTTAAATG-AG-AGGG-TTATGGACAtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|7 : -T----TGTAC---AA-AAA-TGGGGT-GC-A--T-TGA-GGATACAAT------T--GTCATG-CGATTAAATA-AG-AGTG-ctatatgaagactgatgcaacttaaatacgcttatttaagttgtccagga
gi|20 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaa---AA-A---TGCGGC-CTCA--A-TAA-GAATACATT------T--ATCATA-TGATTAAATA-AG-AGGG-TTAAGGACAtgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|22 : a---TGCGGC-CTCA--A-TAA-GAATACAATAATGTTT--GTCATA-TGATTAAATA-AG-AGGG-TTATCGACActttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : ---TGCAGC-CTGA--A-TAA-GAATGCAAT------T--GCCATT-TGAATAAATA-AG-AGGG-TTATGGACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|19 : ---TGAGGC-CTAA--A-TA--GAATACAGT------TTTGCCATA-TGATTATATG-AG-TGGG-TTATGtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|26 : ATGGTTAAATAAGACTGTAGAT--ACATCAT--GAAGACTTA---CTAC-AACTTCTACATCAA--TTAA-TTTA--T------------G---GTGTTCGAGAAGATAT--TTCTGTCTTT-C---------C-TTT--T-CTT----------------------------GTAC-GAAAATCG-T---GTTTT-------AATG-T-TG-aatattatgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|13 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgattccaataagaatacacttgtcatTATGGACTCTAT--GGAGACTGA---CTAC-AACAT----ATAAA--TAAGTTTTA--T--T------TAAC---TTGTCC----AGGTAG--ATTT-CATTT-TCT------TT-TTT--T-TTTACA----AC---------GTGAC----TGTGC-GAAACACA-T---GCTTT-------AATA-C------------------C-TTTA-AAACTGCTT---GA--AAATATCGAGAAGAC--AGTTGCCCCC--C-TGACT-CAGTGTGGCTAC-GCGttgttttttaac
gi|10 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccatatgattaaattcgagggcTATGGACACTAT--CAGGACTGA---CTAC-AATT-------------GAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTC----AGAAAG--ATCT-TCTTT-CTTTT--C-TT-TTT--T-CTTACA----GCGTA--ATT-ATA--------T----AAAAATTAT---GCTTT-------Agcgc
gi|21 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaatgataaaaaaaacagagtTATGGACTCTTT--GAAAAAAAATGTCTAC-AACTT----AT------AA-----------C------TAAG---TTGTTA----AGATAG--ATCG-TCTTT-C-TTT--C-TT-TTT--T-CTTACA----AC--G--A-----AAC----TATGC-GAAAATAA-T---GCTTT-------AAAA----A-AA---AAAGCTATTT-TCTT-TAGC-TTCT---GA--AAATATCAAGGAGGC--AAGTGCCTCAATG-TGGCTATGGTttccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|32 : tgcagcctgaataagaatgcaattgccatttgaataaataagagggtTATGGACACTATATGAAGACTGA----TGC-AACTT----A--AA--TACG-CTTA--T--T------TAAG---TTGTCC----AGGgctg
gi|5 : tttttgtgcggtcccaataggaatataattgtcatactggttaaatgagagggtTATGGACACTAT--GAAGATTGA---CTAC-AAAGT----ATAAA--CAAG-TTTA--T--A------GAAG---TTGTTC----ATGTGA--ATAT-TTGTT-CTTTC--A-AT-TTT--T-CTCATA----AC--A----T-G-AAT----AG-GC-AAAa
gi|7 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcaactaagacggtTGTGTA-GTTAC--GAAAAT-GA---CTAC-AACAT----ACGAA--CA---T------------------G---TTGTTG----AAGTAG--ATCT-TCTGT-CGTGT--C-TT-TTT--T-CTTACA----AC--A-------TAAT----TATGC-GAAAAACA-T---GCTGT-------AATG--------------------T-TTCC-T-----TCT---GA--AAATATCGAGGTGGC--AACTGTCCCCTCC-TGCCT-Tcata
gi|27 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcgattaaataagagTATGGATACTGT--GAAAGCTGA---CCAC-AACTG----ATTTA--TCAG-TTTA--T--T------Ta
gi|19 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttatatcattaaatagagagagtTATGAATATTAT--GAATCCTGT---TTA---ACTT-----------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTC----AGCTAG--ATCT-TCTTT-TCTTTTCA-TTCTTT--T-CATCTA----AC--A--A-C-GTGAC----TGCGT-GACA---T-T---GCT----------ATG-TGTG-TAT--CAA---------TGA-T-AC-TGCT---GG--ATATATCGAGGAGGT--AACTGCCTCCCTCTTGTCT-CAATTTGGTAACGGCGCtta
gi|6 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccatatgattatatgagtgggtATGAAAACTAC--GA---CTGG---CCGC-AACTT----ACAAA----------A--T--G------TAAG---TTGTTC----AGATAG--CTCT-TCTTT-CTTTT--A-TT-TTT--T-GT--------AC--A--ATT-TTTAACATCACTGCAAAAAAACA-T---GTTTTAAATTTAAATG-C-TT-TATTTTA------TT-TTTT-TAAC-TTCT---GA--AAGTATCAACGCGGC--AACTGCCTCCt
gi|20 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccatgattaaattagaggtcACACTTT--GAAGACTGA---CTAC-AACTA----ATCCA--TAAG-TTTG--T--T------TAAA---TTGTTT----AGTTAG--ATC--TCCTT-CTTTT--C-TT-TTT--T-CTTACG----AT--G--CTA-CTAA--------GC-GAAAATCA-T---G-TTA-------AATG-C-T---------------TT-TTT--TACT-TTCT---GA--AAATATCGAGGAGAC--AATTACCTCCTCC-TTTCT-CACTTTGCTTACg
gi|22 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatcatatgattaaataagagggttaaggACACTAT--GAAAACTGA---CTAC-AACTT----AAAAA--TAAA-CTTA--TAAT------TAAG---TT-TTC----AGATAG--ATCT-TCTTT-CATTT--T-TT-TTC--T-CTCATA----AC--A--AGA-CTA--------TGC-AAAAATGA-T---GCTTT-------AAT
gi|30 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtcatatgattaaataagagggttatcgACATTAT--GAAGACTGA---CTGTTAATTT----AT-----------TT---T--T------TAA----TTGTTC----TGGTAA--ATCT-TCTTT-C---T--T-TT-CTT--TGTTTACA----AC--aattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|15 : aagaatttatcgggCACTTT--GAAAACTGA---CTAC-AA-TT----AATAA--TACA-TTCA--T--T------TAAA---TTGTTC----ATTTAG--ATCT-ACTTT-T-TTC--A-TT-TTT--A-TATACA----AC--A--AGA-CTA--------TGC-GAAAA------------T-------CATG-C-T---------------TT-TTTA------ATTT---ATGAAAACATTGAAGAGGC--AATTGCCTTTTTC-TGCCC-CAGTGTACCTACGACGCgtgactatgcaatagtcatgcttaatggtttaattttgtttaacttataaaaaacatagatttgacaa
gi|23 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgtaatcaagtaatagagtataagCTAT--GAAGACGGA---CTAC-A----------------AAG--TTA--T--T------TAAG---TCG--------GGTAG--ATCT-T---------T--A-TT-TTT--T-ATTATACCTCAC--A--A-T-GTAAC----CATGT-GAAAA--T-T----------------ATG-C-TA-AA----AAG---------------C-A-CTAAGGA--AAATATCAAGTAGGC--GACTGCCTCCTCC-TTCCT-TAGTGTGTCTATGGTGCt
gi|11 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcatatgattttataaaatggT--GAAGACTGA---CACC-AACTT----ATAAA--TAAG-TTTA--T--A------TAAG---TTGTTC----AGGTAG--ATCT-TCGT------T--A-TT-TTC--T-TTT--------------GTTAGCAAA----AGGACTGAAAATCA-T---GGTTT-------AATG-C-Ttg
gi|2 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttatatagttaaataagaaggttacagatacAAGGCTGA---CTAC-AACTT----ATAAG--TTAG-TCTA--T--T------TAA----TTTTTC----AGACAG--ATCT-TTTTT-CTTGTCGC-TT-TTT--T-CTTACA----AC--A----T-G--------ACTGC-GAAAATCA-T---ACTTT-------GATA-C-TT-TA---T-------TT-TTTG-TTAT-TTCT---GA--AAATATGGAGCAGGC--Aatatatttatttttacttctgaaaata
gi|16 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacACTGA---CTAC-AACTT----ATTAC--TAA--------------------AG---TTGTTC----AGGTAG--TTAC-TCTTT-CTTTT--C-TC-TTT--T-CATACA----AC------TT-GGCAA----CGTG---AAAATCA-T---GCTTT-------AACG-T-Ttatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|4 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttatatgattaaaaacgaggggtgttgcc---CTAC-AATTC----AATAAGATAAG-TTTA--T--TGATATTCAAG---TTGTAG----AAGTAG--ATCG-CCTTT-C-T------TT-TCT--T-TTTTCA----AC--C--AAC-GTGAC----TATAC--AAAATCA-T---ACTTT-------AAAG-C-TT-TA---TA------TT-TGTT-TAAC-TTTT---GA--AAATATCGAGAAGGC--AACTGCCTCTTCT-TGCCT-TAGTGTGtaatc
gi|9 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcA--TAAG-TTTA--T--T------TCAG---TTGTTC----AGGTAGATATCT-TCTTTATATAT--A-TT-TTTTAT-CTTACA----AC--ATGACT-GTA--------TG----AAAATA-T---GTTGA-------ATTG-C-TGTGA----AAGATTATT-CTTA-Tacaactgc
gi|29 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggatt--TAAA-TTTA--T--T------CAAG---TTGTTC----AGGTAG--GTCT-TCTTT-CTTTT--C-TT-TTT--T--TTACA----A-----------TGAG----ACTGC-AAAAA----TAAGGCTTA-------AATGTC-T-------TATT----TT-TTTA-TAA--A------------ATGTTCAGGAG-CTAAGTTGTCTCT-CC-TGGCT-TAGTGTGGCTACAGTGCttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaat-TTTA--T--T------CC-----TTGTTC----AAGTAG--ATCG-TTTTC-CTTTT--C-TC-TTT--T-CTTACT----AC---------GTCAC----TATGC-GAAAATCT-T---GTTGT-------AATG-C-TT-TA---T-------TTGTTCAGTAAC-ATCT---GA--AAATAT--AG-------AATTGCCTCAACC-TGTCT-CAGTGTGGTTACt
gi|17 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTG--T--T------AAAG---TTGTTC----AGGATG--ATCT-TTTTT-CTTTTC-ACCT-TTT--T-CTTACA----A--------T-GTGACT---AG-GC-GATAATCT-T---GCATT-------AATG-C-CT-TA-----------TT-TTT--TAAC-ATCT---Gg
gi|39 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcatatgattaaataagagtgttatggacactatgacTA--T--C------TAAG---TTGCTC----AGGTAG--ATCT-TC-CT-CAT-T----TT-CTT--T-TTTACA----AC--A--gaa
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTC----AGGTAG--ATCC-TGTTT-CTTTT--C-TT-ATT--T-CTTACcacctgactatacgacaatcgtgctttaa
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATTAATATTGTGTTCGCAATGTCGTAGCCAGACATTTAAAACCAAGGAAGATATTATTCTCATCTGAACCATGCGATCCATGGACACACCCTCCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|36 ): AAGTTGTTCATGTAGAAATTTTCTTTTCTTTTTTTTTACAATGTGAATACTGGTATGTGACAATCATGCCTTAATACTTTATTTTAACT
Unaligned ( gi|38 ): AATCCTTGCTTTAATGCTTTCTATTTTCTAATCTCTGAAAAGATCGAGGAGGCATTCTTGCCTGTGTGTGGCTACGG
Unaligned ( gi|40 ): GGCTGTAGCCAGACATTCGAAATTGAGGAGGGCATTCATCTTCTGAACTACTGAAGTCCGGGCGC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|42 ): TTTTTTAACTTTTCAAAATATTGAGAAGGCAACTGCCTCCTTCCACCTCTGGCTATGGCGCTG
Unaligned ( gi|44 ): ATCTGAAACTGTCGAGGAGGCAGCTGCCTCTCCTGACTATGTGTGACTACGGCGC
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 333333333333333333333333333 11 2222222222222222222222 4444444 222222222222 444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 111 444 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 55555 33333 1 1 999 1 444 333 777777777777777777777777777 1 555555 999 222 3 00 0 1 0 1 1 1 1 33333 3333 666666 22 1 3 44 1 4444 1 2222222222222222222222 0 555 2 5555555 22 333 1 666666666666 2 1 22 11 444444 222 22 1 33 1 77777 1 22 1 33333 000000000000000000000000 1 1 9999999 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 3 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : . ... ... .. ................................................................................................................................................................................................................. . . ..... ..... . . ... . ... ... ........................... . ...... ... ... . .. . . . . . . . ..... .... ...... .. . . .. . .... . ...................... . ... . ....... .. ... . ............ . . .. .. ...... ... .. . .. . ..... . .. . ..... ........................ . . ....... . . . .................................... . . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 2 222 444 88 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 9 99999 00000 8 8 111 8 555 222 111111111111111111111111111 7 000000 222 888 2 55 1 5 7 4 5 5 5 77777 1111 333333 00 6 3 00 4 7777 0 0000000000000000000000 2 000 9 6666666 88 222 7 777777777777 1 4 00 99 000000 444 00 4 55 5 11111 5 00 5 77777 222222222222222222222222 5 5 6666666 5 5 6 444444444444444444444444444444444444 4 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATTTC-CC----------------TA-----------------TCTGA-------GCT---------T---CC----GA---------------A--CA-----------A-T-T--T---N-A-G-CCCT------------TA-AA--C--G--T-TT-TC-----C--GCGTT-TT----CC---------TNTTNTCTC-AG---AT--AN--ATTTTT-AAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCCA--TTTT-T-T-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T----G----------T-GTTT-T----TGTGC---A---A-A--TGC-GGCCCCAA-TAA-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCATA-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTATTTCAGAATATTTCCGAATCAGGGAGAGATGATTAAAT---A-AGAGGGTT-ATGGACACTAT--GAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAGTTT-A--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC--TTTCT-TTT--C--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-A-A--GTG---ACTA---TGC-GAAAATCA-TGCTTT-------A-A-T-GC-T--------TN----A-T-TT--T-TN----T--AACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACANAATCAA---AATCGAGGAGGCTATTTC-CC----------------TA-----------------TCTGA-------GCT---------T---CC----GA---------------A--CA-----------A-T-T--T---N-A-G-CCCT------------TA-AA--C--G--T-TT-TC-----C--GCGTT-TT----TC---------TTTTTTCTCNAG---AT--AC--ATTTTT-AAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCCA--TTTT-T-T-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T----G----------T-GTTT-T----TGTGC---A---A-A--TGC-GGCCCCAA-TAA-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCATA-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTATTTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGTTAAAT---A-AGACTGTCCGTGGACACTAT--GAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAGTTT-A--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC--TTTCT-TTT--N--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-A-A-TGTA---ACNG---TGC-GAAAATCA-TGCTTT-------A-A-T-GC-T--------TA----A-T-TT--T-TA----T--AACNTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATTTC-CC----------------TA-----------------CCTTA-------GTT---------T---TT----GA---------------A--CA-----------A-T-T--T---ACA-G-CCCT------------TA-AA--C--GC-T-TT-TT-----T--ATGTT-TT----TC---------TTTTTTCTCTTG---AT--AC--ACTTTT-AAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTTTA--TTTT-T-T-A-T-GT-T-A---TT----T--T---T----A----------T-ATTT-T----TGTGC---A---A-A--TGC-GGCCCGAA-TAA-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCATA-TGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTATCTCAGAATATTTCCGAATCAGGGAGAGATGGTCAGGT---A-CAGCTATATATGTACACTAT--GAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAGTTT-A--T--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC--TTTCA-TAT--A--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-A-ATTGTA---AAAG---TGC-AAAAAACT-TGTTTT-------A-A-T-GC-TGGA-----CA----AGT-TT--T-TA----T--AACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATTTT-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC----ACT---------T---CCACCGGA---------------A---A-----------G-TAT--T---A-G-G-CTCT------------TA-AA--C--G--TATTATT-----T--GCGTT-TT----CC---------TGTTGTTTC-AG---AT--AA--ATTT-------------------GACCAAATTTTC----TTCT-C-T--------------TT----T--T---T----G----------------------TGTACA--A---A-A--TGC-GGTCCCTA-TTA-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAAA-TGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : TGGACACTAT--CAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAGTTT-A--T--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC--TTTCT-TTT--C--TT-TTT--TCTTA-CA----G----C------GTA---ATTA---TAT-AAAAATTA-TGCTTT-------A-T-T-CC-T--------TG--------------TG----T---ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaatgataaaaaaaacagagttaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTTT--CT----------------TA-----------------TCTGA-------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--CAGC---------A-T-T----------G-CCCC------------CA-AA--A--A--G-TT-CCTTAAAC--GCATT-CC----TC---------CATTTTC------------AT--ATTATT--------T-CA-----GACCAA--TTTCCA--AGCA-T-T---T-GC-C-A---TT---------------------------T-ATTT-T----TGTGC---A---ATA--TGC-AACCTCAA-TAA-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTATA-TAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccATAGTTAAAT---A-AGAAGGTT-ACAGATACT----GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAGTTT-A--T--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC--GTTAT-TTT--C-----TTT--TGTTAGCA----A------A-A-GG-----ACT--------GAAAATCA-TGGTTT-------A-A-T-GC-TA-------TAT---A-T-TTA-T-TT----T--TACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttatAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTATT-C-TC----------------TA-----------------TCTGA-------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGCAT----------C-C-T--T---C-T-C-CCCTCTCATGGAATTCTA-AGG-C--C--T-TT-CC-----T--ACATT-TT----CC---------TGTTATTTTAA----AT--AA--GTTTTT-AA----------AGGAGACCAAATTTT------------T-A-T-GC-C-A---TT----T--TT--T----G----------T-GTTT-T----TGTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagccTTT-AAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTCC----TTT-T-T-C-T-GT-C-ATTGTT----T--T---T----G----------T-ATTT-T----TGTGCG--A---A-A--TGC-GACACCAT-TTA-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCATA-TGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : tgagttttcctgttattcagaccagcgATGATTAAATTCGA-GGGCTAT----GGACTCTAT--GGAGAC---TGACTAC-AACATA-T-A-AA-TAAGTTTTA--T--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTCATTTTCT-TTT--T--TT-TTT--------------A----C-A-A-CGTG---ACTG---TGC-GAAACACA-TGCTTT-------A-A-T-AC--------------------CT--T-TA----A--AACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccatTTCCT--GTTT-T-T-A-TCAT-T-A---TA----T--T---T----G----------T-ACTT-G----TGTGC---T---G-A--T-------CCAA-TAA-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCACA-TGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgGACACCAC--CAGGAC---TGACTAT------------------GCTG-A--T--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC--TGTTT-TCT--C--TTATTT--TCTTA-C------------------TA----------TGC-GAAAATCT-TGCTTT-------A-A-ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccacatgactataaagagttatcACCCAATTCTCCA--CCGT-G-T-T-T-GT-C-A---TTGTTTT--T---T----G----------TTGTTG-T----TGTGC---A---TTC--TGCTGGTCCTAA-TCA-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCACG-TAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : CACTTT--GAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACATTC-A--T--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC--TTT-T-TTC--A--TT-TTT--ATATA-CA----A----C-A-A----G---ACTA---TGC-GAAAATCA-TGCTTT--------------T-T--------TA----A----T--T-TA--------------TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgtaatcaagtaatagagtataagT------------TA-AA--C--GAAT-TC-CC-----T--GCGTT-TTCCAGTC---------ATTTT----------AT--ACCAATTTTG-AAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTATA--TTTT-T-TCA-T-GT-C-A---TT-----------------------------GTTT-A----TTTGC---A---A-AC-TAG-GGTCCAAAATAA-G-A-----AT----ACATT------T--GTTATA-TGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tAC---TGACTAC-AACTTA-T------------T-A--C--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC--TTTCT-TTT--C--TC-TTT--TCATA-CA----A----C-----T-TG---GCAA---CGT-GAAAATCA-TGCTTT-------A-A-C-GT-T--------TA----A-T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttatatgattaaaaacgaggggtgttgccTTTTT-AGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTCCA--ATTTAT-T-A-T-GT-C-A---TT-----------------------------GTTT-T----TGTGT---A---A-AA-TGC-GGTACCAA-TTA-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCATA-TGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ttatcctgttatttcagaccatATGATTAAAT---A-AGAGTGTT-ATGGACACTAT--GA---C---TG-------------------------TT-A-------------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT--TTTCT-TTT--CACCT-TTT--TCTTA-CA----A----------TGTG---ACTA---GGC-GATAATCT-TGCATT-------A-A-T-GC-C--------TT----A-T-TT--T-T-----T--AACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcatTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATTTG-CC-----------------A-----------------TCTGA-------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--CATCCCCACTCTCA-T-C--TGTGA-A-A-TTCT------------TG-AATGC--A--C-TT-AC-----T--GCATT-TT----CCTGTTGTTGTTTTTTTTTCCAA---AT--CA--ATTTTA-AAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTCCA---TTT-T-T-A-T-GT-C-A---TA----T--G---C----T----------T-GTTT-T----TGTGCA--A---A-A--TGC-GGCCCAAA-TAA-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCATA-
gi|19 : acagcacca--TGA-GGCCTAAA-TA--G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCATA-TGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT
gi|19 : TGAATATTAT--GAATCC---TGTTTA---ACTT---------TAAGTTT-AAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCT-TTTCT-TTTCAT--TC-TTT--TCATC-TA----A----C-A-A-CGTG---ACTG---CGT-GA----CATTGCTAT-------GTG-T-GTAT--------CA----A-------T-GA----T---ACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccatatgattatatgagtgggttaAGACATTAC--A---AATCGAGGAGGCTAGTT--CT----------------TA-----------------TCTGA-------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctTTCAG---TT--AT--GTTTTT-ATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTCCA--TTTT-C-C-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T---------------------------------------------------------TAG-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAAA-TGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttataAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAGTCT-A--T--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT--TTTCT-TGTCGC--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-A-----TG---AC-----TGC-GAAAATCA-TACTTT-------G-A-T-ACTT--------TA----T-T-TT--T-TG----T--TATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC-GGCCTCAA-TAA-G-A-----AT----ACATT------T--ATCATA-TGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : aATGATTAAAT---A-AGAGGGTTAA-GGACACTTT--GAAGAC---TGACTAC-AACTAA-T-CCA--TAAGTTT-G--T--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-CTCC--TT-CT-TTT--C--TT-TTT--TCTTA-CG----A----------TGCT---ACTA---AGC-GAAAATCA-TG-TTA-------A-A-T-GC-T--------T-------T-TT--T-TA----C----TTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatcat--TGC-AGCCTGAA-TAA-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCATT-TGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : TAAAT---A-AGAGGGTT-ATGGACTCTTT--GAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC--TTTCT-TT---C--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-G-A----A---ACTA---TGC-GAAAATAA-TGCTTTAAAAAAAA-A-A-GC-T--------------A-T-TT--TCTT----T--AGCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgccatttgaa--TGC-GGCCTCAA-TAA-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCATA-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : ATGATTAAAT---A-AGAGGGTT-ATCGACACTAT--GAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAACTT-A--TAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC--TTTCA-TTT--T--TT-TTC--TCTCA-TA----A----C-A-A----G---ACTA---TGC-AAAAATGA-TGCTTT-------A-A-T-AA-T--------TA----A-T-TT----------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtcatCTAT--GAAGAC---GGACTAC-AA--------------AGTT--A--T--T------TAAG---TCG----GGTAG--AT-CTT-----------T--A--TT-TTT--TATTA-TACCTCA----C-A-A-TGTA---ACCA---TGT-GAAAATTA-TGCTAA-------A-A-A-GCAC--------TA----A-------------------------GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcatatgattttataaaatggAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaATTTTTCA--ATTT-T-T---T-GT-C-A---TT-----------------------------GTTT-T-----ATGC---A---A-A--ATT-TGCCCCAA-TTATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCATT-TGATTAAATA-AG--tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcTCAA---AACTGAGGAGGCTATTTtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : t-----------A-T-T--T---A-G-G-CCCT------------CA-A---C--A--T-TT-CC-----T--GCATT-TT----CC---------TATTATTTCAATTCTAT--AC--ATTTTT-AAA-G-----AAGGGAAAAAAGA------A-------T-T-A-T-GT-C-A---TTTA--T--T---T----G----------T-GTTT-T----TGTGCA--A---A-A--TGC-AGCCCCAA-TAA-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt----------T-GTTC-T----TGTGC---A---A-AA-TGT-GATTCCAA-TAA-G-A-----AT----ACACT------T--GTCATA-TGGTTAAATA-AG--A
gi|26 : gtcttATGGTTAAAT---A-AGACTGTAGAT--ACATCAT--GAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAATTA-A--T--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC--TGTCT-TTC--C-----TTT--TCTT-----------------------------G---TAC-GAAAATCG-TGTTTT-------A-A-T-GT-TG-------TT----G-T-TT--T-T-----T--AACctgtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|27 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgattccaataagaatacacttgtcatCCAAATTTTCGA--ACTT-T-T-A-T-GT---A---TT----T--T---T----A----------T-TTTT-TAGGTTTTGCTCAA---A-A--TAC-GACTCTAA-TAG-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTATA-TCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgTTAAAT---AGAGAGAGT-TATGGATACTGT--GAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAGTTT-A--T--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttatatcaTT-AAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTCCA--TTTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--T---TA---A----------T-TTTT-G----TGTGC---A---A-AC-TGC-GGCACCAA-TTA-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCATA-TGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTATTTtta
gi|29 : a--TAAATTT-A--T--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC--TTTCT-TTT--C--TT-TTT--TTT---------A----C-A-A-TGAG---AC-----TGC-AAAAATAA-GGCTTA-------A-A-T-GT-C--------TT----A-T-TT--T-TT----T--A---T----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGCaatttttttggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATGTC-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC-------ACT---------C---CA----GT---------------A--AA-----------C-T-TATT---A-G-G-GCCT------------TG-AA--C--T--TATT-TC-----CT-GTGAT-CC----TG---------TTATTTC---AG---AC--AT--ATTTTC-AAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC-------T-T-T-A-C-GT---A---TT----T--T---T----GTTTGTT----T-GTTT-T----TGTGC---A---A-AC-TGC-GACATCAA-TTA-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAGTTT-A--T--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaTTT-A--T--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT--TTCCT-TTT--C--TC-TTT--TCTTA-CT----A----C------GTC---ACTA---TGC-GAAAATCT-TGTTGT-------A-A-T-GC-T--------TT----A-T-TTGTT-CAG---T--AACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctGGACATTAT--GAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T-----------TT----T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC--TTTCT-TTT--C--TT-TGT----TTA-CA----A----C------GTG---ACTA---TGC-AATAGTCA-TGC-TT-------A-A-TGGT-T--------TA----A-T-TT--TGTT----T--AACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatttatcgAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATTTC-TC-----------------A-----------------TCTGA-------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgccTTT-T----TGTGC----------------GGTCCCAA-TAG-G-A-----AT----ATAAT------T--GTCATACTGGTTAAATG-AG--AGGGTTATGGA----CAgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|32 : TGGTTAAAT---G-AGAGGGTT-ATGGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACGCTT-A--T--T------TAAG---TTGTCCAGGctatatgaagactgatgcaacttaaatacgcttatttaagttgtccagga
gi|33 : tttttgtgcggtcccaataggaatataattgtcatac-G-CCCT----------------G--C--G--T-TT-TC-----C---TGTT-AC----TA---------GTATTTC---AG---AT--A---ATTTCTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTTCA--TTTa
gi|36 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatAAG---TTGTTCATGTAG--AA-AT----TTTCT-TTT--C--TT-TTT--TTTT--------A----C-A-A-TGTGAATACTGGTATGT-GACAATCA-TGCCTT-------A-A-T-AC-T--------TT----A-T-TT--T-
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG--TTTCT-TTT--C--TT-ATT--TCTTA-C-------------------------------GT-GAAAATCA-TGCTTT---------------------------------T-TT--T-TA-------AACTTC-TGTAAATAaact
gi|38 : -TGCTTT-------A-A-T-GC-T--------TT----C-TATT--T-TC----T--AATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT-A--T--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC--CTCAT-TTT--C--TT-TT-----TTA-CA----A----C-ACA-CCTG---ACTA---TAC-GACAATCG-TGCTTT-------A-A-
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTTTC-TC-----------------A-----------------TCT
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A---------------A-T-T--T---T-A-GATCCT------------TA-AT--C--G--A-AT-TC-----C--CTGCTATT----TC-------------------AG---ATTTACT-ATTTTT-AAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATCCA---TTG-T-T-A-T-GT-C-A---T----------------------------T-GTTG-C----TGGGC---A---A-A--T-T-GTTTC--G-T------------------CGAT------T--GTCCTA-CAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTtgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAGTTT-A--T--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC--TTTCT-TTT--C--TT-TTT--TC-----A----A----CCA-A-CGTG---ACTA---TAC--AAAATCA-TACTTT-------A-A-A-GC-T--------TT----A-T-AT--T-TG----TTTAACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATTCA-TC----------------T------------------TCTGA-------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T-TT--T-T-----T--AACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATTTC-CC-----------------A-----------------TCTGA-------tg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCattacggcagttcgggc
gi|5 : aATATAGCCTA---AATTGAAGAGGCTATTTT-TC-----------------A-----------------TCTGA-------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGCA-----------AAT-T--T---T-A-G-GTCT------------TATAA--C--A--C-AG-TC-----C--CTGTTATT----TC-----------------CGAA---AC---C--AGTTTA-AAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTCCA--TTTT-TAT-A-T-ATAT-A---TT----T--C---T----GTGCA------T-GTTTGT----TGTGC---AACTA-A--GAC-GGT------TAT-G-G-----AC----ACTA-------T--G----A-AGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTAT
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccAACT---A-AGACGGTT-ATGGACACTAT--GAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-T-A-AA-CAAGTTT-A--T--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT--GTTCT-TTC--A--AT-TTT--TCTCA-TA----A----C-A-agaagttgttcatgtgaatatttgttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcTCAA---CATTGTGGAAGCTATTTC-CA----------------TA-----------------TTTGAATTAGAGGGT---------T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--CATGGAA------A-T-T--T---T-AAG-ATCT------------TC-AA--C--AAAT-TT-CC-----T--GCATT-TT----CC---------GTTTA-CTTAAG---AT--AA--ATTTTT-AAGCAC-TACAAACAA-ACACAATTTTCCAATTTTT-T-T-AAT-GA-C-A---TT----T--TTTTT----G----------T-GTTT-T----TGTGC---A---A-A--TGC-GACCACAA-TAA-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC--A-TGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----tgaataggcaaacata
gi|6 : caatgttgtagccagatatATGATTAAAT---T-AGA--GGTCATGAAAACTAC--GA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-----A--T--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC--TTTCT-TTT--A--TT-TTT--T-GTA-CA----ATTTTT-A-A-CATC---AC-----TGCAAAAAAACA-TGTTTTAAATTTAA-A-T-GCTT--------TATTTTA-T-TT--T-TT----T--AACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATTTC-CC----------------g
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccA---------------A--AA-----------A-T-TA-T---A-A-GGTCTT------------TA-AA--CTAA--T-TT-TC-----T--TTGAT-TT----TC---------TGTTATTTC-AG---AT--CA--ATTCTT-AAATGC------------CCAAATTTTC--------------------C-A---TT----T--T---G----GAAAAAAAAAAT-----------TGTAC---A---A-AAATGG-GGTGC-AT-TGA-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCATG-CGATTAAATA-AG--AGTGTattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcgattaaataagagtgtgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactGATTAAAT---A-AGAGTGT--GTAG---TTAC--GAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA---C-A--T------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC--TGTCG-TGT--C--TT-TTT--TCTTA-CA----A----C-A-----TA---ATTA---TGC-GAAAAACA-TGCTGT-------A-A-T-G-------------------T-TT--C------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcTCAA---AATCGGAGAAACTATTTCTCC----------------TC-----------------TTT-----------C---------T---CC----AA---------------A--CA-----------A-A-TGGT---T-A-G-GTCC------------TATAA--C--A--T-AT-TC-----CATGCATT-TT----CG---------TGTTATTTCAGA---AC--A---ATTGTT-AAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGCCA----TT-T-T-A-T-GT-TAA---TT----T--T---TTTGGG----------T-ATGT-T----TGTGC---A---A-A--T------TTCAT-CAA-G------------------------T--ATTACA-TGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaatATGAGTAAAT---A-AGAGGG-CTATGGGCACTAT--TGAAAC---TGAC-------------------AA--TT-C--T--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC--ATTAT-TTT--C--AT-TTT--------------A----C-A-A-CTTG---AATA---TGC-TAACAAAA-GGCTTT-------A-A-T-AC-T--------TT----A-T-TT--TGTT----G--AACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataacatattccatgcattttcgtgttatttcagaacaattgttaagcgcttgatggagaccaaacttgccattttatgttaatttttttgggtatgtttgtgcaaatttcatcaagtattacACAAAATTTTTGA--TTTG-T-T---T-GT--------T----TAAT---T----G----------T-GTTT-------ATGC---A---A-AA-TGC-ACCCCCAA-TAA-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCACA-TGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTATTTCAGcgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAGTTT-A--T--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC--TTTATATAT--A--TT-TTTTATCTTA-CA----A----C-A-----TG---ACTG---TAT-GAAAAT-A-TG-TTG-------A-ATT-GC-TGTGAAAGATT----A-T-TC--T-TATTTTT--AAATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATTAATATTGTGTTCGCAATGTCGTAGCCAGACATTTAAAACCAAGGAAGATATTATTCTCATCTGAACCATGCGATCCATGGACACACCCTCCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111 11111111111111 333333333333333333333333333333 11 444444444444444 222 11 22222222222222222 444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 33 333 2 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 99999999999999999999 2 4444 999999 22 1 7777 1 0 1 1 22222222222222 1 1 1 999 1 666 333 444444444444444444444444444444 1 555555 22 777 222 3 11 33 11 1 1 11 1 1 33333 3333 666666 22 222 1 3 33 2 4444 1 333333333333333 000 2 55 3 4 2 22 55 333 1 88888888888888888 11 11 333333 222 11 1 1 222 33 22 1 0 1 1 111111111111 222 222 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .. ........................................................................................................................................................................... . .................... . .... ...... .. . .... . . . . .............. . . . ... . ... ... .............................. . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . . .. . .... . ............... ... . .. . . . .. .. ... . ................. .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . . . . ............ ... ... . ............................................................... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 22 777 1 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 11111111111111111111 1 5555 555555 99 5 8888 6 3 8 7 44444444444444 7 7 7 000 7 000 000 777777777777777777777777777777 6 444444 22 333 777 1 66 44 88 5 4 77 4 4 66666 0000 111111 00 777 5 2 88 0 5555 7 444444444444444 555 5 88 7 0 0 66 22 222 7 00000000000000000 99 88 888888 333 99 4 4 555 99 00 4 1 4 4 666666666666 555 555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------TCT-------GA-------GCT---------T---CC----GA---------------A--CA-----------A-T-T--TN---A-G-CCCT------------TA-AA-C--G--T--TT-CC-----C--GCGTTTTCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AT--AA-ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCA-AATT-TTC--CA--T-------TT-T-T-T-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATTTCCGAATCAGGNAN-ANATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTTTCT-TA-CAAC----A---G--TGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTTAA-------T-------GCT--------T-TA----T-T----T-T-----T--TTA--------ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------TCT-------GA-------GCT---------T---CC----GA---------------A--CA-----------A-T-T--TN---A-G-CCCT------------TA-AA-C--G--T--TT-TC-----C--GCGTTTTCCTNTTN------T-C----------TCA-G----AT--AN-ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCA-AATT-TTC--CA--T-------TT-T-T-T-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATTTCCGAATCAGGGAG-AGATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTTTCT-TA-CAAC----AA--G--TGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTTAA-------T-------GCT--------T-NA----T-T----T-T-----T--NTA--------ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------CCT-------TA-------GTT---------T---TT----GA---------------A--CA-----------A-T-T--TAC--A-G-CCCT------------TA-AA-C--GC-T--TT-TT-----T--ATGTTTTTCTTTTT------T-C----------TCTTG----AT--AC-ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACAC-AATT-TTT--TA--T-------TT-T-T-T-A-T-GT-T-A---TT----T--T---T----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---A-TGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATATTTCCGAATCAGGGAG-AGATGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTT-A-TCA-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTCTTT-CA---TAT--A--TT-TTTTCT-TA-CAAC----AATTG--TAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTTAA-------T-------GCT--------G-GACAAGT-T----T-T-----T--ATA--------ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-TT-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCT-------TACCC----ACT---------T---CCACCGGA---------------A---A-----------G-TAT--TA---G-G-CTCT------------TA-AA-C--G--TA-TTATT-----T--GCGTTTTCCTGTTG------T-T----------TCA-G----AT--AA-ATT--T------------------GACCA-AATT-TTC------T-------TC-T-C-T--------------TT----T--T---T----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---A-TGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : -AAATGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT------------GAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTTTCT-TA-CAGC--------G--TAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTTAT-------T-------CCT--------T-G--------------------T--GT---------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T--CT----------------TA-----------------TCT-------GA-------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--CAGC---------A-T-T---------G-CCCC------------CA-AA-A--A--G--TT-CCTTAAAC--GCATTCCTCCATTT------T-C-----------------------AT-ATT--ATT-------T-CA-----GACCA-A--T-TTC--CA--A-------GC-A-T-T---T-GC-C-A---TT---------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---A-TAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccATAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTT-A-T-A-AA-TAAG-TTTA--T--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCGTT-AT---TTT--C-----TTTTGT-TAGCAA-----AA--G---GA---CT-------GAAAAT-CATGGTTTAA-------T-------GCTA-------TATA----T-T----TAT-----T--TTT--------ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttatAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTATT--C-TC----------------TA-----------------TCT-------GA-------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGCAT----------C-C-T--TC---T-C-CCCTCTCATGGAATTCTA-AGGC--C--T--TT-CC-----T--ACATTTTCCTGTTA------T-T----------TTA-A----AT--AA-GTT--TTTAA----------AGGAGACCA-AATT-TT----------------------T-A-T-GC-C-A---TT----T--TT--T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagccGTTTTCCTGTTA------T------------TCA-G----AC--CA-GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCA-AATT-GTC--C-----------TT-T-T-T-C-T-GT-C-ATTGTT----T--T---T----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---A-TGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : tgaATGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACAT-A-TAA-A--TAAGTTTTA--T--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTCAT---T---TTC--T--TT-TTTTTT-TA-CAAC--------G--TGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTTAA-------T-------AC-------------------C----T-T-----T--AAA--------ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccatAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-TC---------------------------------------------------------------------------------------------------CA-----------A-T-G--TT---A-A-TTCG------------TA-------G--G--GT-TA-----C--G-GTCTGCCTGTTCCAC---T-C----------TTG-G----A---AA-ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CA-CATT-TCCTGCG--TGTTCCTGTT-T-T-T-A-TCAT-T-A---TA----T--T---T----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---A-TGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagccATGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT-------------------G-CTGA--T--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTCTGT-TT---TCT--C--TTATTTTCT-T-------------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTTAA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccacACCC-AATT-CTC--CA--C-------CG-T-G-T-T-T-GT-C-A---TTGTTTT--T---T----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---G-TAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : TAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTA-A-T-A-A--TACA-TTCA--T--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTACTTT------TTT--C--AT-TTTTATATA-CAAC----AA--G----A---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT---------------------------------------------------T--TTA--------ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgT------------TA-AA-C--GAAT--TC-CC-----T--GCGTTTTCCAGTCA------T-T----------TTA-T----AC--CA-ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC-----TT-TTA--TA--T-------TT-T-T-TCA-T-GT-C-A---TT-----------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---A-TGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tATGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTT-A--------------TTA--C--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTCTTT-CT---TTT--C--TC-TTTTCA-TA-CAAC--------T--TGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTTAA-------C-------GTT--------T-AA----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttatTTATCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AC--CA-TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCA-GTTT-GTC--CA--A-------TT-TAT-T-A-T-GT-C-A---TT-----------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ATGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG---------------------------TTA-------------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTTTTT-CT---TTTCAC--CT-TTTTCT-TA-CAAT--------G--TGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATTAA-------T-------GCC--------T-TA----T-T----T-T-----T---TA--------ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcatTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-TG-CC-----------------A-----------------TCTGAAGTAGGA-------GAA---------T---CCAG--GG---------------G--CATCCCCACTCTCA-T-C--TGTGAA-A-TTCT------------TG-AA-T--G--CACTT-AC-----T--GCATTTTCCTGTTG------T-TGTTTTTTTTTCCA-A----AT--CA-ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCA-AACT-TTC--CA--T-------TT-T-T---A-T-GT-C-A---TA----T--G---C----T----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AA-TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A-
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---A-TGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : ATGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TGTTTA---ACTT----------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CATTC-TTTTCA-TC-TAAC----AAC-G--TGA---CT---GCGTGA-----CAT--------------T-------GCT-----------A----T-G----T-G-----T--GTATCAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccatAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T--CT----------------TA-----------------TCT-------GA-------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctCCTGTTA------TAT----------TCA-G----TT--AT-GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCA-AATT-GTC--CA--T-------TT-T-C-C-A-T-GT-C-A---TT----T--T---T--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---A-TGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctcccAAGGC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-AG-TTAG-TCTA--T--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTTTTT-CT---TGTCGC--TT-TTTTCT-TA-CAAC----A------TGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTTGA-------T-------ACT--------T-TAT---T-T----T-T-----T--GTT--------ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : aATGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTA-A-TCC-A--TAAG-TTTG--T--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TCCTT-CT---TTT--C--TT-TTTTCT-TA-CGAT--------G--CTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTAAA-------T-------GC-----------------T-T----T-T-----T--TTA--------CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatcat--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---T-TGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTT-A-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTCTTT-CT---TT---C--TT-TTTTCT-TA-CAAC----GA--A----A---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAA-------AAAAAAAAGCT-----------A----T-T----T-TC----T--TTA--------GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgccatt--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : ATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTAA-A-A-A--TAAA-CTTA--TAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTCTTT-CA---TTT--T--TT-TTCTCT-CA-TAAC----AA------GA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTTAA-------T-------AAT--------T-AA----T-T----T-----------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtcatATGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A---------------AAG--TTA--T--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT-TAT-TT---TTT--A--TT-ATACCT-CA-CAAT--------G--TAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAAAA-------A-------GC----------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcatAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaATT-TTT--CA--A-------TT-T-T-T---T-GT-C-A---TT-----------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---T-TGATTAAATA-AG--tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-Ttgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : -----------A-T-T--TA---G-G-CCCT------------CA-A--C--A--T--TT-CC-----T--GCATTTTCCTATTA------T-T----------TCA-ATTCTAT--AC-ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGAATTATGT--CA--T-------TTAT-T-T-G-T-GT--------T----T--T---T-------------------------------GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt----------T-GTT-C-T----T--GTGC---A---A-AA-TGT--GAT-TCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACACT------T--GTCAT---A-TGGTTAAATA-AG--A
gi|26 : gtcttATGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTT-C-T-ACA--TCAA-TTAA--T--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTCTGT-CT---TTC--C--TT-TTCT----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTTAA-------T-------GTTG-------T-TG----T-T----T-T-----T---TA--------ACctgtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|27 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgattccaataagaatacacttgtcatTTCTGTTA------T-T----------CCA-G----GC--CA-ATTGTTTTAACCGC-------------CA-AATT-TTC--GA--A-------CT-T-T-T-A-T-GT---A---TT----T--T---T----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---A-TCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : ATCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTG-ATT-T-A--TCAG-TTTA--T--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttatTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCA-AGTT-TTC--CA--T-------TT-C-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--T---TA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---A-TGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTTTTtta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTTA--T--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATCTTT-CT---TTC--C--AT-TTTTCG-T---AAC--------G--TGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTTA--T--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTTT-T-TA-CAAT----GA------GA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTAAA-------T-------GTC--------T-TA----T-T----T-T-----T--TTA----------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-TC-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCC-------CC-------ACT---------C---CA----GT---------------A--AA-----------C-T-TATTA---G-G-GCCT------------TG-AA-C--T--TA-TT-TC-----C---TGTGATCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AC--AT-ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCA-GATT-TTC-----------------T-T-T-A-C-GT---A---TT----T--T---T----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTTA--T--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTTA--T--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTTTTC-CT---TTT--C--TC-TTTTCT-TA-CTAC--------G--TCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGTAA-------T-------GCT--------T-TA----T-T----TGT-----TCAGTA--------ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTT-A-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TGT--T-TA-CAAC--------G--TGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TTAA-------TG------GTT--------T-AA----T-T----T-TG----T--TTA--------ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-TC-TC-----------------A-----------------TCT-------GA-------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgccTT-T-T----T--GTGC-----------------GGT-CCCAA-TA-G-G-A-----AT----ATAAT------T--GTCAT---ACTGGTTAAATG-AG--AGGGTTATGGA----CAgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|32 : TGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTT-A---A-A--TACG-CTTA--T--T------TAAG---TTGTCCAGGctatatgaagactgatgcaacttaaatacgcttatttaagttgtccagga
gi|33 : tttttgtgcggtcccaataggaatataattgtcatacC-----T--GCGTTTTCCTGTTACTAGTAT-T----------TCA-G----AT--AA-TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCA-AATT-TTT--CA--T-------TT-a
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgccAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTATT-CT----------------CA-----------------TCT-------GA-------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT--TT-CT---TTT--C--TT-TTTTTT-TA-CAAT--------G--TGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTTAA-------T-------ACT--------T-TA----T-T----T-----------TA--------ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTGTTT-CT---TTT--C--TT-ATTTCT-TA-C---------------------------GTGAAAAT-CATGCTTT------------------------------------T-T----T-T-----T--A-A--------ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTTAA-------T-------GCT--------T-TC----TAT----T-T-----T--CTA--------ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctTA--T--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTCCTC-AT---TTT--C--TT-TT---T-TA-CAAC----AC--ACCTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTTAA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-TC-TC-----------------A-----------------TCT-------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A---------------A-T-T--TT---A-GATCCT------------TA-AT-C--G--A--AT-TC-----C----------CTGCTA------T-T----------TCA-G----ATTTACTATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCG-ATTC-ATC--CA----------TT-G-T-T-A-T-GT-C-A---T----------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---A-CAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTtgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTC-AAT-A-AGATAAG-TTTA--T--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCCTTT-CT---TTT--C--TT-TTTTCA-AC-CAAC--------G--TGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTTAA-------A-------GCT--------T-TA----TAT----T-TG----T--TTA--------ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-CA-TC----------------T------------------TCT-------GA-------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-----T--TTA--------ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-TC-CC-----------------A-----------------TCT-------GA-------tg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCattacggcagttcgggc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-TT-TC-----------------A-----------------TCT-------GA-------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGCA-----------AAT-T--TT---A-G-GTCT------------TATAA-C--A---------C-----A--G----TCCCTGTTA------T-T----------TCC-G----AA--ACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCA-AATG-TTC--CA--T-------TT-T-TAT-A-T-ATAT-A---TT----T--C---T----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------A-AGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATATTT
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGT-A-TAA-A--CAAG-TTTA--T--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTTGTT-CT---TTC--A--AT-TTTTCT-CA-TAAC----A------TGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-TC-CA----------------TA-----------------TTT-------GAATTAGAGGGT---------T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--CATGGAA------A-T-T--TT---AAG-ATCT------------TC-AA-C--AAAT--TT-CC-----T--GCATTTTCCGTTTA------C-T----------TAA-G----AT--AA-ATT--TTTAAGCAC-TACAAACAA-ACAC-AATT-TTC--CAATT-------TT-T-T-T-AAT-GA-C-A---TT----T--TTTTT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----A-TGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccATGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTT-A-C-A-A----A-----A--T--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTCTTT-CT---TTT--A--TT-TTTTGT--A-CAATTTTTAAC-A--TCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTTAAATTTAAAT-------GCT--------T-TA----T-T----T-TATTTTT--TTA--------ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TC-CC----------------g
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccA---------------A--AA-----------A-T-TA-TA---A-GGTCTT------------TA-AA-CTAA--T--TT-TC-----T--TTGATTTTCTGTTA------T-T----------TCA-G----AT--CA-ATT--CTTAAATGC------------CCA-AATT-TTC------------------------------C-A---TT----T--T---G----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---G-CGATTAAATA-AG--AGTGTattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcgattaaataagagtgtgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC---A-T-A-C--GAA----CA--T------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTCTGT-CG---TGT--C--TT-TTTTCT-TA-CAAC----A------TAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGTAA-------T-------GTT--------T-C-----------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-TCTCC----------------TC-----------------TTT------------------C---------T---CC----AA---------------A--CA-----------A-A-TGGTT---A-G-GTCC------------TATAA-C--A--T--AT-TC-----CATGCATTTTCGTGTTA------T-T----------TCA-G----AA--CA-ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCA-AACT-TGC--CA-----------T-T-T-T-A-T-GT-TAA---TT----T--T---TTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---A-TGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--CA--T-------AT-T-C-C-A-T-G--C-A---TT----T--T---C----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTA-TG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAATTTC---ATCAAGTATTACATGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA-------------------TTC--T--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTCATT-AT---TTT--C--AT-T----T-TA-CAAC--------T--TGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTTAA-------T-------ACT--------T-TA----T-T----T-TG----T--TGA--------ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-TG-TC-----------------A-----------------TCT-------GA-------cgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAA-AATT-TTT--GA--T-------TT-G-T-T---T-GT--------T----TAAT---T----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---A-TGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---Gannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttat-A-T-T-A--TAAG-TTTA--T--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTCTTT-ATATATAT--T--TT-TTATCT-TA-CAAC----A------TGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTGAAT------T-------GCTGTGAAAGAT-TA----T-TCTTAT-T-----T--TTA--------AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 3333333333333333333333333 11 444444444444444 222 22222222222222222 333333 222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 2 9999999999 2 4444 8888888 33 1111 0 7777 1 1 777 1 555 666 0000000000000000000000000 1 1 444444 22 777 222 3 11 33 11 1 1 11 1 1 33333 3333 666666 22 222 1 3 33 2 4444 1 333333333333333 000 1 33 1 4 2 22 55 333 1 88888888888888888 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 111111 222 222 1 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .. ..................................................................................................................................................................... ...... . .......... . .... ....... .. .... . .... . . ... . ... ... ......................... . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . . .. . .... . ............... ... . .. . . . .. .. ... . ................. .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . ...... ... ... . ................................................ . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 22 777 1 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444 2 7777777777 2 7777 1111111 11 0000 9 5555 7 7 999 7 000 111 4444444444444444444444444 7 6 444444 22 333 777 1 66 44 88 5 4 77 4 4 66666 0000 111111 00 777 5 2 88 0 5555 7 444444444444444 555 0 77 0 0 0 66 22 222 7 00000000000000000 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 555555 555 555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------TCTGA-------ACT---------T---CC----GA----A--CA-----------A---------T-T--TA---AG-CCCT------------TA-AA-C--G--T--TT-CC-----TG--------CGTTTTCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCC-ATTTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--T-T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATTTCCGAATCAGGNAN-ATATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CAAC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTTAA-------T-------G-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------TCTGA-------GCT---------T---CC----GA----A--CA-----------A---------T-T--TN---AG-CCCT------------TA-AA-C--G--T--TT-CC-----CG--------CGTTTTCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCC-ATTTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--T-T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATTTCCGAATCAGGNAN-ANATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CAACA---GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTTAA-------T-------G-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-TC-CC----------------TA-----------------CCTTA-------GTT---------T---TT----GA----A--CA-----------A---------T-T--TAC--AG-CCCT------------TA-AA-C--GC-T--TT-TT-----TA--------TGTTTTTCTTTTT------T-C----------TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTTT-ATTTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--T-T----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---A-TGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATATTTCCGAATCAGGGAG-AGATGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTT-A-TCA-A--TAAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTCTTT-CA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CAACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTTAA-------T-------G-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-TT-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC----ACT---------T---CCACCGGA----A---A-----------G---------TAT--TA---GG-CTCT------------TA-AA-C--G--TA-TTATT-----TG--------CGTTTTCCTGTTG------T-T----------TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC---TTCT-C-T--------------TT----T--T-T----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---A-TGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : -AAATGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT------------GAG-TTTA--T--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CAGC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT-A-------T-------T-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T--CT----------------TA-----------------TCTGA-------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTCG--CAGC---------A---------T-T--------G-CCCC------------CA-AA-A--A--G--TT-CCTTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA------T-T----------TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGCC-ATT-----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---A-TAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagcc-ATATAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTT-A-T-A-AA-TAAG-TTTA--T--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTCGTT-AT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCAAAA---G-GA---CT-------GAAAAT-CATGGTTTAA-------T-------G-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTATT--C-TC----------------TA-----------------TCTGA-------GCTAGGG-----TGGACC----GA----AGGCAT----------C---------C-T--TC---TC-CCCTCTCATGGAATTCTA-AGGC--C--T--TT-CC-----TA--------CATTTTCCTGTTA------T-T----------TTA-A----AT--AA--GTT--TTTAA----------AGGAGACCAAATTTT-----------T--AT-GC-C-A---TT----T--TTT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagccGTTTTCCTGTTA------T-T-----------CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTCC---TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--T-T----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---A-TGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : tga-ATATGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACAT-A-TAA-A--TAAGTTTTA--T--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTCAT---T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CAAC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTTAA-------T-------ACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-TC-C
gi|14 : gatgccgtagccTTCC-TGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--T-T----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---A-TGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CAaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccacatgactataaagagttatcgacaccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|14 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtg-ACATGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT-------------------G-CTGA--T--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTCTGT-TT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T-------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTTAA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccACCCAATTCTCC-ACCGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--T-T----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---G-TAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : -ACGTAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTA-A-T-A-A--TACA-TTCA--T--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTACTTT------TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CAACA---A-GA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcT------------TA-AA-C--GAAT--TC-CC-----TG--------CGTTTTCCAGTCA------T-T----------TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTAT-ATTTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT---------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---A-TGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : t-ATATGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTT-A--------------TTA--C--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTCTTT-CT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CAAC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTTAA-------C-------G-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttTTATCCTGTTA------T-T----------TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTCC-AATTTAT-T--AT-GT-C-A---TT---------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : -ATATGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG---------------------------TTA-------------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTTTTT-CT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CAAT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATTAA-------T-------G-CC--------T-T-A-----T-T----T---T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-TG-CC-----------------A-----------------TCTGA-------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG----G--CATCCCCACTCTCA---------T-C--TGTGAAA-TTCT------------TG-AA-T--G--CACTT-AC-----TG--------CATTTTCCTGTTG------T-TGTTTTTTTTTCCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTCC-ATTTT-T----AT-GT-C-A---TA----T--G-C----T----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AA-TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A-
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---A-TGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : -ATATGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TGTTTA---ACTT----------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CAAC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT--------------T-------G-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T--CT----------------TA-----------------TCTGA-------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctCCTGTTA------TAT----------TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTCC-ATTTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--T-T--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---A-TGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctcccAAGGC---TGACTAC-AACTT-A-T-A-AG-TTAG-TCTA--T--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTTTTT-CT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CAACA----TGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTTGA-------T-------A-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : a-ATATGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTA-A-TCC-A--TAAG-TTTG--T--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TCCTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CGAT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTAAA-------T-------G-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatc--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---T-TGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTT-A-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTCTTT-CT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CAAC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAA-------AAAAAAAAG-CT------------A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgccatt--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---A-TGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : -ATATGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTAA-A-A-A--TAAA-CTTA--TAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTCTTT-CA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TAACA---A-GA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTTAA-------T-------A-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc-ATATGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A---------------AAG--TTA--T--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT-TAT-TT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CAAT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAAAA-------A-------G-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaATTTTTC-AATTT-T-T---T-GT-C-A---TT---------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---T-TGATTAAATA-AG--tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-Ttgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : -----------A---------T-T--TA---GG-CCCT------------CA-A--C--A--T--TT-CC-----TG--------CATTTTCCTATTA------T-T----------TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA-------A-----T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--T-T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt----------T-GTT-C-T----T--GTGC---A---A-AA-TGT--GAT-TCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACACT------T--GTCAT---A-TGGTTAAATA-AG--A
gi|26 : gtctt-ATATGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTT-C-T-ACA--TCAA-TTAA--T--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTCTGT-CT---TTC--C--TT-TTC----T----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTTAA-------T-------G-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----ACctgtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|27 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgattccaataagaatacacttgtcTTCTGTTA------T-T----------CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTCG-AACTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--T-T----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---A-TCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : -ATATCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTG-ATT-T-A--TCAG-TTTA--T--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTCC-ATTTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--T-TA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---A-TGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTTTTtta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTTA--T--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATCTTT-CT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---AAC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTTA--T--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CAAT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTAAA-------T-------G-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-TC-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC-------ACT---------C---CA----GT----A--AA-----------C---------T-TATTA---GG-GCCT------------TG-AA-CTTA--T--TT-CC-----TG--------TGAT--CCTGTTA------T-T----------TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--T-T----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTTA--T--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTTA--T--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTTTTC-CT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CTAC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGTAA-------T-------G-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTT-A-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTCTTT-CT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CAAC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TTAA-------T-------G-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-TC-TC-----------------A-----------------TCTGA-------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgccTT-T-T----T--GTGC-----------------GGT-CCCAA-TA-G-G-A-----AT----ATAAT------T--GTCAT---ACTGGTTAAATG-AG--AGGGTTATGGA----CAgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|32 : TGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTT-A---A-A--TACG-CTTA--T--T------TAAG---TTGTCCAGGctatatgaagactgatgcaacttaaatacgcttatttaagttgtccagga
gi|33 : tttttgtgcggtcccaataggaatataattgtcatac-CC-----TG--------CGTTTTCCTGTTACTAGTAT-T----------TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTTC-ATTTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTATT-CT----------------CA-----------------TCTGA-------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT--TT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CAAT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTTAA-------T-------A-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTGTTT-CT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C---------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTTAA-------T-------G-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctTA--T--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTCCTC-AT---TTT--C--TT-TT-------------T-TA-CAACACACCTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTTAA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-TC-TC-----------------A-----------------TCT
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA----A---------------A---------T-T--TT---AGATCCT------------TA-AT-C--G--------------------------AATTCCCTGCTA------T-T----------TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATCC-A-TTG-T-T--AT-GT-C-A---T--------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---A-CAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTtgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTC-AAT-A-AGATAAG-TTTA--T--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCCTTT-CT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CAAC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTTAA-------A-------G-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-CA-TC----------------T------------------TCTGA-------ACT---------A---CT----GA----A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-TC-CC-----------------A-----------------TCTGA-------tg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCattacggcagttcgggc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-TT-TC-----------------A-----------------TCTGA-------GCTAGGGGG---T---CT----GG----GGGCA-----------AA--------T-T--TT---AG-GTCT------------TATAA-C--A---------C-----AG------------TCCCTGTTA------T-T----------TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTCC-ATTTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--C-T----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------A-AGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATATTT
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGT-A-TAA-A--CAAG-TTTA--T--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTTGTT-CT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TAACA----TGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-TC-CA----------------TA-----------------TTTGAATTAGAGGGT---------T---CC----GAC---A--CATGCCCCTCTCCACATGGAAATT-T--TA---AG-ATCT------------TC-AA-CAAA--T--TT-CC-----TG--------CATTTTCCGTTTA------C-T----------TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTCCAATTTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--T-T----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----A-TGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccATGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTT-A-C-A-A----A-----A--T--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTCTTT-CT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TAACA----TCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTTAAATTTAAAT-------G-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TC-CC----------------g
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccA----A--AA-----------A---------T-TA-TA---AGGTCTT------------TA-AA-CTAA--T--TT-TC-----TT--------TGATTTTCTGTTA------T-T----------TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC-------------------C-A---TT----T--T-G----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---G-CGATTAAATA-AG--AGTGTattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcgattaaataagagtgtgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC---A-T-A-C--GAA----CA--T------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTCTGT-CG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CAACA----TAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGTAA-------T-------G-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcatgcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-TCTCC----------------TC-----------------TTT-----------C---------T---CC----AA----A--CA-----------A---------A-TGGTT---AG-GTCC------------TATAA-C--A--TA-TT-CCA----TG--------CATTTTCGTGTTA------T-T----------TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGCC-A--TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--T-TTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---A-TGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagC-ATATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--T-C----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTA-TG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAATTTC---ATCAAGTATTACATGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA-------------------TTC--T--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTCATT-AT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CAAC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTTAA-------T-------A-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-TG-TC-----------------A-----------------TCTGA-------cgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTTG-ATTTG-T-T---T-GT--------T----TAAT-T----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---A-TGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---Gannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttat-A-T-T-A--TAAG-TTTA--T--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTCTTT-ATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CAACA----TGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTGAAT------T-------G-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 222222222222222222222222 11 4444444444444444444444444444 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 66 44 55555555 2 2 55555 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 33 1111 0 9999 1 1 777 1 555 777 888888888888888888888888 1 1 555555 22 999 222 3 00 33 22 2 1 22 1 1 33333 3333 666666 22 222 3 44 2 4444 1 4444444444444444444444444444 2 1 33 8888888888 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . ................................................................................................................................................... .. .. .. ........ . . ..... ........ .......... . . . .... ....... .. .... . .... . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . .... . ............................ . . .. .......... . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 99 11 66666666 7 4 99999 55555555 3333333333 1 1 1 7777 1111111 11 0000 9 6666 7 7 999 7 000 888 777777777777777777777777 7 7 000000 33 222 888 2 55 55 22 0 5 11 5 5 77777 1111 333333 00 888 3 00 6 7777 7 4444444444444444444444444444 5 0 44 8888888888 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A-T--T--T---A-GG-NCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GC--------GTTTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCC-ATTTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATT-TCC-AATCAGGNAN-ATA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A-T--T--T---A-AG-CCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GC--------GTTTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTCC-ATTTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATATT-TCCGAATCAGGNAN-ATA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A-T--T--T---ACAG-CCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----AT--------GTTTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTTT-ATTTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATATT-TCCGAATCAGGGAG-AGA----------TGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G-TA-T--T---A-GG-CTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GC--------GTTTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC---TTCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------TGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A-T--T---------G-CCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGCC-ATT----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagcc-ATA----------TAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA-T--TC-T---A-AG-GCCTT--------------T-CC-T-----AC--------ATTTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA---------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GA--------GTTTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTCC---TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : -ATA----------TGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-C
gi|14 : gatgccgtagcc-T--T--T---A-CG-TCCTTG-AAC--ACAT--TT-CC-T-----GC--------GTGTTCCTGTTT----------T-TATCA-aatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccacatgactataaagagttatcgacaccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|14 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgTTCC-TGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CAttatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccacatgactataaagagttatcgacaccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|14 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtg-ACA----------TGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccACCCAATTCTCC-ACCGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : ----------TAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GC--------GTTTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTAT-ATTTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : t-ATA----------TGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttTTATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTCC-AATTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : -ATA----------TGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A-T--C--TGTGA-AA-TTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GC--------ATTTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTCC-A-TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : -ATA----------TGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GC--------CTCCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTCC-ATTTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : a-ATA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatc--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : -ATT----------TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : -ATA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc-ATA----------TGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTTC-AATTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A-T--T--T---A-GG-CCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GC--------ATTTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA-------A-----T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt----------T-GTT-C-T----T--GTGC---A---A-AA-TGT--GAT-TCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACACT------T--GTCAT---ATGGTTAAATA-AG--A
gi|26 : gtctt-ATA----------TGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----ACctgtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|27 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgattccaataagaatacacttgtcTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTCG-AACTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : -ATA----------TCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTCC-ATTTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTTT-Ttta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C-T--TATT---A-GG-GCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GT--------GAT--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc-TCCCAAT-AGGAAT-ATAATTGTCATACTGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GC--------GTTTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTTC-ATTTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T-T--T--T---A-GA-TCCTTA-ATC--G---------------------------AATTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATCC-A-TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------ATT---------tg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCacggcagttcgggc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AAT--T--T---T-AG-GTCTTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTCC-ATTTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATATT-T
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A-T--T--TT--A-AG-ATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GC--------ATTTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTCCAATTTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------TGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A-T--TA-T---A-AGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TT--------GATTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC-------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc-ATG----------CGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AATGGT--T---A-GG-TCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GC--------ATTTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGCC-A--TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagC-ATATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAATT-TC---ATCAAGTATTACA----------TGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTTG-ATTTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---G----TTGT-----TCAGGTAG-ATA----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Ccttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 333333333333333 111 1 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 22222222 2 2 55555 1 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 999999999999999999999999 1 1 555555 22 999 222 3 99 33 22 2 1 22 1 1 33333 3333 666666 22 222 3 44 2 4444 1 666666666666666 3 1 77 5 333 0 1 33 999999999 8888888888 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. ........ . . ..... . ........ .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . .... . ............... . . .. . ... . . .. ......... .......... . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 22222222 7 4 99999 0 11111111 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 333333333333333333333333 7 7 666666 44 666 999 3 44 77 00 4 5 55 5 5 88888 3333 555555 11 999 5 11 6 7777 7 999999999999999 2 8 99 7 666 0 0 44 444444444 8888888888 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--T-TCC-AATCAGGNAT-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--T-TCC-AATCAGGNAN-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----ATGT--------TTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATAT--T-TCCGAATCAGGGAG-A---------GA----------TGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GCGT--------TTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------TGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagcc-A---------TA----------TAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgttAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT--------------T-CC-T-----ACAT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GAGT--------TTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : -A---------TA----------TGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA---C--G--G--T---C-T-----GCCT--------GTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagcc-A---------CA----------TGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : ----------TAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GCGT--------TTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : t-A---------TA----------TGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgttT--------TATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : -A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GCAT--------TTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : -A---------TA----------TGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GCCT--------CCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : a-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatc--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : -A---------TT----------TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : -A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc-A---------TA----------TGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttCA---AAATGTGAT-TCC-AAT-AAGAAT-ACACTTGTCATA----------TGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----AC
gi|27 : gtctttgttcttgtgTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : -A---------TA----------TCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgttTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTT--T-Ttta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GTGA--------T--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--T-CCC-AAT-AGGAAT-A---------TAATTGTCATACTGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-ATC--G-------------------AA--------TTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATAT--T-T
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------TGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TTGA--------TTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc-A---------TG----------CGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GCAT--------TTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAAT--T-TC---ATCAAGTATTA---------CA----------TGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---G----T--TGT-----TCAGGTAG-A---------TA----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Ccttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 333333333333333 11 1 111111111 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 22222222 2 2 55555 1 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 999999999999999999999999 1 1 555555 22 999 222 3 99 33 22 2 1 22 1 1 33333 3333 666666 22 222 3 44 2 4444 1 666666666666666 99 22 5 1 2 000000000 9999999999 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. ........ . . ..... . ........ .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . .... . ............... .. .. . . . ......... .......... . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 22222222 7 4 99999 0 11111111 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 333333333333333333333333 7 7 666666 44 666 999 3 44 77 00 4 5 55 5 5 88888 3333 555555 11 999 5 11 6 7777 7 999999999999999 22 55 0 0 5 000000000 2222222222 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--TTCC-AATCAGGAAT-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--TTCC-AATCAGGNAT-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----ATGT--------TTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATAT--TTCCGAATCAGGGAG-A---------GA----------TGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GCGT--------TTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------TGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccT-A---------TA----------TAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgtAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT--------------T-CC-T-----ACAT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GAGT--------TTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : -A---------TA----------TGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA---C--G--G--T---C-T-----GCCT--------GTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagcc-A---------CA----------TGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgatccaataagaatgctattgccACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : ----------TAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GCGT--------TTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tT-A---------TA----------TGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgtT--------TATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : -A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GCAT--------TTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : -A---------TA----------TGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GCCT--------CCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : a-A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatc--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : -A---------TT----------TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : -A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc-A---------TA----------TGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttCA---AAATGTGATTCC-AAT-AAGAAT-ACACTTGTCATA----------TGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----AC
gi|27 : gtctttgttcttgtgTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : T-A---------TA----------TCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgtTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTT--TTtta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GTGA--------T--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--TCCC-AAT-AGGAAT-A---------TAATTGTCATACTGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-ATC--G-------------------AA--------TTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATAT--TT
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------TGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TTGA--------TTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc-A---------TG----------CGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GCAT--------TTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAAT--TTC---ATCAAGTATTA---------CA----------TGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 333333333333333 2 1111111111111111111 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 22222222 2 2 55555 1 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 999999999999999999999999 1 1 555555 22 999 222 3 99 33 22 2 1 22 1 1 33333 3333 666666 22 222 3 44 2 4444 1 666666666666666 99 8 0 3333333333333333333 9999999999 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. ........ . . ..... . ........ .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . .... . ............... .. . . ................... .......... . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 22222222 7 4 99999 0 11111111 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 333333333333333333333333 7 7 666666 44 666 999 3 44 77 00 4 5 55 5 5 88888 3333 555555 11 999 5 11 6 7777 7 999999999999999 22 0 0 5555555555555555555 2222222222 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--TTCC-AATCAAGAAT---------A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TTCA---GAATAT--TTCC-AATCAGGAAT---------A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----ATGT--------TTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CTCA---GAATAT--TTCCGAATCAGGGAG---------A---------GA----------TGGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GCGT--------TTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------TGATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccT---------A---------TA----------TAGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgtAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT--------------T-CC-T-----ACAT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GAGT--------TTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : ---------A---------TA----------TGATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA---C--G--G--T---C-T-----GCCT--------GTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagccTCC-AAT-AAGAATGCTATTGCCA---------CA----------TGACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgaACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT
gi|15 : ----------TAATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCataagcactttgaaaactgactacaattaataatacattcatttaaattgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GCGT--------TTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tT---------A---------TA----------TGATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattgtttatttgcaaactagggtccaaaataagaatacatttgtT--------TATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ---------A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GCAT--------TTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : ---------A---------TA----------TGATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GCCT--------CCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaac---A---A-A--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACATT------T--ATCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTAAGGA----CA
gi|20 : a---------A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--ctttgaagactgactacaactaatccataagtttgtttaaattgtttagttagatctccttcttttcttttttcttacgatgctactaagcgaaaatcatgttaaatgctttttttactttctgaaaatatcgaggagacaattacctcctcctttctcactttgcttac
gi|21 : aaaatgcggcctcaataagaatacatttatc--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : ---------A---------TT----------TGAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CAtg
gi|22 : ---------A---------TA----------TGATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACctatgaaaactgactacaacttaaaaataaacttataattaagttttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc---------A---------TA----------TGATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttCA---AAATGTGATTCC-AAT-AAGAAT---------ACACTTGTCATA----------TGGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----AC
gi|27 : gtctttgttcttgtgTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : T---------A---------TA----------TCATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgtTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT------AATTT--TTtta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GTGA--------T--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--TCCC-AAT-AGGAAT---------A---------TAATTGTCATACTGGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-ATC--G-------------------AA--------TTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTTCATGTGAATAT--TT
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------TGATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TTGA--------TTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc---------A---------TG----------CGATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GCAT--------TTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT---------------GCAAAT--TTC---ATCAAGTATT--------A---------CA----------TGAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TTCA---Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 111 3333333333333333 111111 1 3333333333333333333 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 22222222 2 2 55555 1 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 999999999999999999999999 1 1 555555 22 000 333 3 99 33 22 2 1 33 1 1 44444 3333 666666 22 333 3 44 3 1 4444 4 0 7777777777777777 0 777777 4 4 7 3333333333333333333 8888888888 22 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. ........ . . ..... . ........ .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . . .... . . ................ . ...... . . . ................... .......... .. . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 22222222 7 4 99999 0 11111111 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 333333333333333333333333 7 7 666666 44 000 000 5 88 88 55 9 6 00 6 6 00000 4444 888888 22 000 6 33 2 0 7777 8 7 8888888888888888 8 222222 4 4 6 5555555555555555555 3333333333 66 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-CA---GAATAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-CA---GAATAT--T---TCC-AA-TCAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----ATGT--------TTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CT-CA---GAATAT--T---TCCGAA-TCAGGGAG---------A---------GA----------T--GGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GCGT--------TTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------T--GATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccT---------A---------TA----------T--AGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgtAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT--------------T-CC-T-----ACAT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GAGT--------TTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA---C--G--G--T---C-T-----GCCT--------GTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagcc---TCC-AA-T-AAGAATGCTATTGCCA---------CA----------T--GACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgaACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT-----A----TAAG--CAC--------TT-T----GAAAAC--TGACTAC-AA-TTAATAAT---------A---------CA----------TTCATTTAAAT
gi|15 : ----------T--AATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCtgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GCGT--------TTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tGTTTAT--------TTGCA---AACTAGGGT---CCA-AA-ATAAGAAT---------ACATTTGTTATA----------T--GATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattT--------TATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GCAT--------TTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : ---------A---------TA----------T--GATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GCCT--------CCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacC-AA-T-AAGAAT---------ACATTTATCATA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--
gi|21 : aaaatgcggcct--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : ---------A---------TT----------T--GAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CA---CTAT----------------GAAAAC--TGACTAC-AACTTAAAAAT---------AAACT-----TA----------T--AATTAAGTtg
gi|22 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACtttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc---------A---------TA----------T--GATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt-CA---AAATGTGAT---TCC-AA-T-AAGAAT---------ACACTTGTCATA----------T--GGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----AC
gi|27 : gtctttgttcttgtgTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : T---------A---------TA----------T--CATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgtTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT-------AATTT--T---Ttta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GTGA--------T--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--T---CCC-AA-T-AGGAAT---------A---------TAATTGTCATACT--GGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-ATC--G-------------------AA--------TTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTT-CATGTGAATAT--T---T
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------T--GATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TTGA--------TTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc---------A---------TG----------C--GATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GCAT--------TTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT----------------GCAAAT--T---TC---A-TCAAGTATT--------A---------CA----------T--GAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TT-CA---Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 111 3333333333333333 1111111 1 3333333333333333333 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 22222222 2 2 55555 1 88888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 999999999999999999999999 1 1 555555 22 000 333 3 99 33 22 2 1 33 1 1 44444 3333 666666 22 333 3 44 3 1 4444 4 0 5555555555555555 9999999 4 4 3 3333333333333333333 8888888888 22 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. ........ . . ..... . ........ .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . . .... . . ................ ....... . . . ................... .......... .. . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 22222222 7 4 99999 0 11111111 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 333333333333333333333333 7 7 666666 44 000 000 5 88 88 55 9 6 00 6 6 00000 4444 888888 22 000 6 33 2 0 7777 8 7 7777777777777777 6666666 0 0 6 5555555555555555555 3333333333 66 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-CA---GAATAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-CA---GAATAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AAC--GC-T--TT-TT-T-----ATGT--------TTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CT-CA---GAATAT--T---TCCGAA-TCAGGGAG---------A---------GA----------T--GGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AAC--G--TA-TTATT-T-----GCGT--------TTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------T--GATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AAA--A--G--TT-CC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccA---GAATA---------C-AA-TTGT---T---------A---------TA----------T--AGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT--------------T-CC-T-----ACAT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----GAGT--------TTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA---C--G--G--T---C-T-----GCCT--------GTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagcc---TCC-AA-T-AAGAATGCTATTGCCA---------CA----------T--GACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgaACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT-----A----TAAG--CAC--------TT-T----GAAAAC--TGACTAC-AA-TTAATAAT---------A---------CA----------TTCATTTAAAT
gi|15 : ----------T--AATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCtgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AAC--GAAT--TC-CC-T-----GCGT--------TTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tGTTTAT--------TTGCA---AACTAGGGT---CCA-AA-ATAAGAAT---------ACATTTGTTATA----------T--GATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattT--------TATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AAT--G--CACTT-AC-T-----GCAT--------TTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT--------
gi|19 : ---------A---------TA----------T--GATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCgaatcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----GCCT--------CCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacC-AA-T-AAGAAT---------ACATTTATCATA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--
gi|21 : aaaatgcggcct--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : ---------A---------TT----------T--GAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CA---CTAT----------------GAAAAC--TGACTAC-AACTTAAAAAT---------AAACT-----TA----------T--AATTAAGTtg
gi|22 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACtttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc---------A---------TA----------T--GATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A-C--A--T--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt-CA---AAATGTGAT---TCC-AA-T-AAGAAT---------ACACTTGTCATA----------T--GGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----AC
gi|27 : gtctttgttcttgtgTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : T---------A---------TA----------T--CATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgtTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT-------AATTT--T---Ttta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AACTTA--T--TT-CC-T-----GTGA--------T--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--T---CCC-AA-T-AGGAAT---------A---------TAATTGTCATACT--GGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcgg-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-ATC--G-------------------AA--------TTCCCTGCTA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAAC--A---------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTT-CATGTGAATAT--T---T
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AAC--AAAT--TT-CC-T-----GCAT--------TTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------T--GATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AACTAA--T--TT-TC-T-----TTGA--------TTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc---------A---------TG----------C--GATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AAC--A--TA-TT-CCAT-----GCAT--------TTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT----------------GCAAAT--T---TC---A-TCAAGTATT--------A---------CA----------T--GAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TT-CA---Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
blockSeqs : . TTC A CCCATTCGGGACCCGATTTAATAACACCCCACCCCAAATCCAAACCACTAAAAATTAT A C AT GAAT A A TAAAC G TCCTCCAT TTGTTTTTTT A C . TTCT TTTACT GT ATA G TGCGTGTTCCTG A A TAA C AT TTG TTGGAAAAAAAAAA T A TAGGT CA TCA ACT T AA TA GC C A GG T A TAACA GCAC AATGTT TT TTT G AT A G TATT A AGAAGTTGTTCATGT CTGAC . C T GCTATTGCCA ATTGTCATAC TC G C CG AT AAA T CAATAAGATAAGT AA AA GATATT AGT AT A T ATA CG AC A TTCA GTACAA A G C . ATA GGT A AAAAAAA ATTTAAA C TGTGAAAGATTATTCTTATT A CAG ATGAT T G GT C CC AT CG
blockSeqs : . . . CTCTATCTGAGCTAGGGTGGACCGAAGGCATCCTTCTCCCCTCTCATGGAATTCT . C A GCAC . . . A . CTAGTA . . . . AACC . TAC G CAAT . . CA . TA TTT TTTGTTTGTT . . GT . A . T C T C C . T . . . . TA . . C C G A . A TTGCA CTGAC . . T ACATTTGTTA . . . . . TA . . TATAAATAAGTT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . TTTATTTTATTTT . G . . G T C C T .
blockSeqs : . . . CCATATTTGAATTAGAGGGTTCCGACACATGCCCCTCTCCACATGGAAATTTT . G A TTAT . . . A . . . . . . TAA . TC G CAT . . A . C T GTTTTTTG . . T . G . . A . C C . A . . . . . . . . . G G . A TTCA GGGT . . T ACATTTATCA . . . . . . . . TATAAATAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATATATTTAT . . . . G T C T . .
blockSeqs : . . . TCCTAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCCACTTCCACCGGAAAGTATT . G A AAAT . . . G . . . . . . CCA . TT G CAC . . C . C . TCTGTGCA . . T . A . . C . A C . T . . . . . . . . . A C . A TTT TGAT . . T ACACTTGTCA . . . . . . . . TATAAGTTAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTAATTTTG . . . . G T C C . .
blockSeqs : . . . GCCATCTGAAGTAGGAGAATCCAGGGGCATCCCCACTCTCATCTGTG . T A TAAT . . . C . . . . . . TAA . TG T TAT . . A . T . TTTTTGGG . . T . A . . C . C T . A . . . . . . . . . A G . T TT TT . . C AAACT . . . . . . . . AATCCATAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTATATTTG . . . . G C T T . .
blockSeqs : . . . CCCAGCCGAAGAATGGGGGTATCCCCACTCCAGTAAACTTATT . C G GTA . . . G . . . . . . CCA . TT G CAA . . T . C . GCTTTAA . . G . . . . A . C A . C . . . . . . . . . G G . A . TT . . . TA . . . . . . . . TAAAAATAAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTCTATTT . . . . A T C C . .
blockSeqs : . . . CTTATCTGAACTAGGGAAGTGTGCGGGCTCGCAGCATT . G A ATA . . . A . . . . . . CCA . TT G CAT . . A . C . TATTTG . . T . . . . . . A C . A . . . . . . . . . T G . . . TT . . . A . . . . . . . . TCTACATCAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTATTTTG . . . . A C C C . .
blockSeqs : . . . TTCATCTGAGCTAGGGGGTCTGGGGGCAAATTTT . T G AG . . . C . . . . . . CCA . TT G CAA . . A . C . TAATTG . . A . . . . . . C A . T . . . . . . . . . G C . . . . . . A . . . . . . . . GATTTATCAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATGTGTG . . . . A C T C . .
blockSeqs : . . . CTCCTCTTTCTCCAAACAAATGGTT . T A GG . . . A . . . . . . TCA . TC G GAA . . A . C . TTTG . . T . . . . . . C A . A . . . . . . . . . G G . . . . A . . . . . . . . TATAAACAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTATTTT . . . . C T C C . .
blockSeqs : . . . CCCATCTGAATTACGGCAGTTC . A C AT . . . G . . . . . . TAT . TC A CAT . . A . C . TTTG . . T . . . . . . C G . A . . . . . . . . . G A . A . . . . . . . . AATAATACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGTTGTTT . . . . G T C C . .
blockSeqs : . . . CCAATGTTAATTCGT . T A G . . . G . . . . . . TAC . TT G CAT . . A . C . TTTG . . T . . . . . . C C . A . . . . . . . . . A T . A . . . . . . . . TAAATACGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTATTTT . . . . G C C C . .
blockSeqs : . . . . T T A . . . A . . . . . . CCA . TT A CAT . . A . C . TTTG . . T . . . . . . C C . A . . . . . . . . . G A . A . . . . . . . . ATACGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTATTTG . . . . G C C C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . CAT . TT G CAT . . A . C . TGCT . . G . . . . . . C C . A . . . . . . . . . G G . A . . . . . . . . TTAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTGTGT . . . . G C C . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . TAA . . . GAT . . A . C . TTTA . . T . . . . . . T T . T . . . . . . . . . T G . A . . . . . . . . TATAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTATTT . . . . A C T . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . TAA . . . CA . . A . C . TTTG . . C . . . . . . A C . A . . . . . . . . . G G . A . . . . . . . . TACAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATTTTC . . . . G C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TCA . . . CA . . A . C . TTCG . . T . . . . . . A C . A . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . GAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTAATTT . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ACA . . . CA . . . . C . TTT . . T . . . . . . T C . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . C C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . G T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . T C . A . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** AT****** TTC************* **** TTTATTTT**********************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AAC--G--T--TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-CA---GAATAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AACAT------TT-CC-T-----GCGT--------TTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTATTTC-------------GAATAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CTTTATTTT----------------------T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222222 11 4444444444444444 111 1 3333333333333333333 2222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 1 33 33 4444444 0 2 55555 8888888888 5555555555 2 2 2 4444 8888888 22 0 0000 2 5555555555555 1 1 777 1 555 777 888888888888888888888888 1 1 555555 22 999 222 3 00 33 22 2 1 22 1 1 33333 3333 666666 22 222 3 44 3 1 4444 4 0 8888888888888888 55 66 444 4 4 6 3333333333333333333 8888888888 22 4 2 22 55 333 1 7777777777777777 11 11 333333 222 11 1 1 222 22 33 1 3333 444444 1 1 1 3333 222 222 1 4444444 6666666 1 555555555555555555555555555555 1 444 44444 1 2 22 3 44 55 33
lowQualScore : .. ... . .................................................................................................................................................... . . .. .. ....... . . ..... .......... .......... . . . .... ....... .. . .... . ............. . . ... . ... ... ........................ . . ...... .. ... ... . .. .. .. . . .. . . ..... .... ...... .. ... . .. . . .... . . ................ .. .. ... . . . ................... .......... .. . . .. .. ... . ................ .. .. ...... ... .. . . ... .. .. . .... ...... . . . .... ... ... . ....... ....... . .............................. . ... ..... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 11 555 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 11 99 9999999 2 4 99999 8888888888 3333333333 1 1 1 5555 8888888 99 2 3333 8 8888888888888 7 7 999 7 000 888 777777777777777777777777 7 7 000000 33 666 999 3 99 77 77 4 5 55 5 5 88888 3333 555555 11 999 5 11 2 0 7777 8 7 1111111111111111 88 11 000 4 4 1 5555555555555555555 3333333333 66 0 0 66 22 222 7 8888888888888888 99 88 888888 333 99 4 4 555 00 44 4 0000 111111 4 4 4 0000 555 555 5 8888888 3333333 6 222222222222222222222222222222 6 444 00000 7 1 66 1 33 33 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AA--C--A--T-TTCC-T-----G--------CGTTTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-C----GAA-TAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
Reference ( family-1020 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCAAGACAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------TCTGA---------ACT---------T---CC----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---A-GGNCCTTA-AA--C--A--T-TTCC-T-----G--------CGTTTTCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACCAAATTTTC--C-AT-------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATGGA----CAAGTTTAT--------TT-C----GAA-TAT--T---TCC-AA-TTAAGAAT---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAC---TGACTAC-AACTTA-T-A-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAATATCGAGGAGGCAA-CTGCCT-CCTCCTG--CCTCAGTGTGGCTA--CGGCGC
gi|1 : TATCAACACAGAATCAA---AATCGAGGAGGCTATT-T-----------C-CC----------------TA-----------------CCTTA---------GTT---------T---TT----GA---------------A--C-------A--------------------A--T--T--T---ACAGCCCTTA-AA--C--GC-T-TTTT-T-----A--------TGTTTTTCTTTTT----------T-C-TCTTG----AT--AC--ACT--TTTAAGCGC-T-CAAAGGAGACACAATTTTT--T-AT-------TTT-T-T--AT-GT-T-A---TT----T--TT----A----------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GGC-CCGAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GCCAT---ATGGTTAAATA-AG--AGTGCTATGGG----CAAATGTAT--------CT-CA---GAA-TAT--T---TCCGAA-TCAGGGAG---------A---------GA----------T--GGTCAGGTACAG-CTATATAT--GTACAC--TATGAAGAC---AGACTAC-AACTTA-TCA-A--TAAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTTAGGTAG--GT-CTTC-TTTCA---TAT--A--TT-TTT----T------CT-TA-CA-ACAATTGTAA---AA---GTGCAAAAAA-CTTGTTTT-------AA-------TG-CT--------G-G-ACAAG-T-T----T-T-T-A---TA-----ACATC-TGTACATATTAAGGAGACAG-CTGACT-CCATCTG--TCTTGGTATGGTTA--CAGCGC
gi|10 : aatacggcagcttttatcAA---AA-CGAGGCGGCTATT-T-----------T-CC----------------TAACGGGGCCCGGGCCATTTCTTACCC------ACT---------T---CCACCGGA---------------A----------A--------------------G--TA-T--T---A-GGCTCTTA-AA--CGTA--T-TATT-T-----G--------CGTTTTCCTGTTG----------T-T-TCA-G----AT--AA--ATT--T------------------GACCAAATTTTC-----T-------TCT-C-T--------------TT----T--TT----G-----------------------T--GTACA--A---A-A--TGC--GGT-CCCTA-TT-A-G-A-----GC----ACAAT------T--TTCAA---ATGATAAAAAA-AAC-AGAGTTATGGA----CA
gi|10 : A----------T--GATAAAAAA-AACAGAGTTAT--GGACAC--TATCAGGAC---TGACTAC-AATT-----------GAG-TTT--AT--T------TAAG---TTGTTCAGAAAG--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-GC----GTAA---TT---ATATAAAAAT-TATGCTTT--------A-------TT-CC--------T-T-G-----T-G----T----------------ACTTC-TT-AAATATC--GGAG-----TTG--------GTA--TCTCAGTGCGGCTA--CGGTGCctatcaggactgactacaattgagtttatttaagttgttcagaaagatcttctttcttttcttttttcttacagcgtaattatataaaaattatgctttattccttgtgtacttcttaaatatcggagttggtatctcagtgcggctacggtgc
gi|11 : aaaacgaggcggctattttcctaacggggcccgggccatttcttacccacttccaccggaaagtattaggctcttaaacgtattatttgcgttttcctgttgtttcagataaatttgaccaaattttcttctcttttttgtgtacaaaatgcggtccctattagagcacaattttcaaAGACAT--TCAATTCGATCAAGGAGGCTGTT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------ACTAGGGAAGTGT---GC----GGGCTC-----------G--C-------AGC------------------A--T--T---------GCCCCCA-AA--A--A--G-TTCC-TTAAACGCATTCCTCCATTTTCATATTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--ATT--TCCAAGC------------------ATTTGC--C-AT-------T----------------------------------------------T-ATT-T-T----T--GTGC---A---ATA--TGC--AAC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATAGTTAAATA-AG--AAGGTTACAGA----TA
gi|11 : acagtgctgtagccT---------A---------TA----------T--AGTTAAATA-AG-AAGGTTAC--AGATAC--T--GAAGAC---TGACACC-AACTTA-T-A-AA-TAAG-TTT--AT--A------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CTTC-GTTAT---TTT--C-----TTT----T------GT-TAGCA-AA----AGGA---CT-------GAAAAT-CATGGTTT-------AA-------TG-CTA-------TAT-A-----T-T----TAT-T-T---TT-----ACTTC-TGAAAATActgaagactgacaccaacttataaataagtttatataagttgttcaggtagatcttcgttattttcttttgttagcaaaaggactgaaaatcatggtttaatgctatatatttatttttacttctgaaaata
gi|12 : acagtgctgtagccagacattcaattcgatcaaggaggctgtttcttatctgaactagggaagtgtgcgggctcgcagcattgcccccaaaaagttccttaaacgcattcctccattttcatattatttcagaccaatttccaagcatttgccatttatttttgtgcaatatgcaacctcaataagaatacaattgtAGACAT--TTAA---AATTGAGGAGGCTA-T-T-----------C-TC----------------TA-----------------TCTGA---------GCTAGGG-----TGGACC----GA---------------AGGC-------ATCCTTCTCCCCTCTCATGGAA--T--TC-T---A-AGGCCTT---------------TCC-T-----A--------CATTTTCCTGTTA----------T-T-TTA-A----AT--AA--GTT--TTT----------AAAGGAGACCAAA------------------TTT-T-T--AT-GC-C-AT--TT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--
gi|13 : aattagcaatatatatgttatgatagcaaaatgaaacttgcctgtattccttttcttgtaaccaaagaaatcgtatgtaaacatacgtcacatgtacaatagaattgagacaaagtgtgaaaatagttataattaatttatagcaacagtgctatagcc-T-----G--------AGTTTTCCTGTTA----------T-T--CA-G----AC--CA--GCG--TTTAAATGC-T-CAAAGGAGACCAAATTGTC--C----------TTT-T-T--CT-GT-C-ATTGTT----T--TT----G----------T-ATT-T-T----T--GTGCG--A---A-A--TGC--GAC-ACCAT-TT-A-GAA-----AT----GAGATTA----T--GCCAT---ATGATTAAATT-CG--AGGGCTATGGA----Catacaaaccag
gi|13 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATT-CG-AGGGCTAT--GGACTC--TATGGAGAC---TGACTAC-AACATA-TAA-A--TAAGTTTT--AT--T------TAAC---TTGTCCAGGTAG--AT--TTC-AT--T---TTC--T--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AC----GTGA---CT---GTGCGAAACA-CATGCTTT-------AA-------TACCT--------T-T-A----------------------AA-----ACTGCTTGAAAATATCGAGAAGACAG-TTGC---CCCCCTG--ACTCAGTGTGGCTACGCGGCGCtctatggagactgactacaacatataaataagttttatttaacttgtccaggtagatttcattttcttttttttttacaacgtgactgtgcgaaacacatgctttaatacctttaaaactgcttgaaaatatcgagaagacagttgcccccctgactcagtgtggctacgcggcgc
gi|14 : tgagttttcctgttattcagaccagcgtttaaatgctcaaaggagaccaaattgtcctttttctgtcattgtttttgtatttttgtgcgaaatgcgacaccatttagaaatgagattatgccAGACGT--TCAA---CATCGAGGAAAACATT-T-----------C-CA-----------------A-----------------TGTTA---------ATT--------------C----G---------------------------------------------------------T---A-GGG--TTA-----C--G--G-T--C-T-----G--------CCTGTTCC----A----------C-TCTTG-G----A---AA--ATG--TTTACGTCC-T-TGAA------CACATTTCCTGC-GTGTTCCTGTTT-T-T--ATCAT-T-A---TA----T--TT----G----------T-ACT-T-G----T--GTGC---T---G-A--T---------CCAA-TA-A-G-A-----AT----GCTAT------T--GCCAC---ATGACT--ATA-A---AGAGTTATCGA----CA
gi|14 : gatgccgtagcc---TCC-AA-T-AAGAATGCTATTGCCA---------CA----------T--GACTA--TA-A--AGAGTTAT--CGACAC--CACCAGGAC---TGACTAT------------------G-CTG--AT--T------TACG---TTGTTCAGGTAT--AT-CGTC-TGTTT---TCT--C--TTATTT----T------CT-T--------------A---CT---ATGCGAAAAT-CTTGCTTT-------AA-------ccaccaggactgactatgctgatttacgttgttcaggtatatcgtctgttttctcttattttcttactatgcgaaaatcttgctttaa
gi|15 : gatgccgtagccagacgttcaacatcgaggaaaacatttccaatgttaattcgtagggttacggtctgcctgttccactcttggaaaatgtttacgtccttgaacacatttcctgcgtgttcctgtttttatcattatatttgtacttgtgtgctgaACCCAATTCTC--C-AC-------CGT-G-T--TT-GT-C-A---TTGTTTT--TT----G----------TTGTT-G-T----T--GTGC---A---TTC--TGCT-GGT-CCTAA-TC-A-G-ATAACAAT----ATTAT------T--GTCAC---GTAATCAAGTA-AT--AGAGT-----A----TAAG--CAC--------TT-T----GAA-AAC--TGACTAC-AA-TTAATAAT---------A---------CA----------TTCATTTAAAT
gi|15 : ----------T--AATCAAGTA-AT-AGAGT-AT--AAGCAC--TTTGAAAAC---TGACTAC-AATTAA-T-A-A--TACA-TTC--AT--T------TAAA---TTGTTCATTTAG--AT-CTAC-TTT-----TTT--C--AT-TTT----T------ATATA-CA-AC----AAGA---CT---ATGCGAAAAT-CATGCTTT--------------------------------------------------T-T---TA-----ATTTA-TGAAAACATTGAAGAGGCAA-TTGCCT-TTTTCTG--CCCCAGTGTACCTA--CGACGCtgttcatttagatctacttttttcatttttatatacaacaagactatgcgaaaatcatgcttttttaatttatgaaaacattgaagaggcaattgcctttttctgccccagtgtacctacgacgct
gi|16 : acccaattctccaccgtgtttgtcattgttttttgttgttgttgtgcattctgctggtcctaatcagataacaatattattgtcacgTTA-AA--CGAA--T-TCCC-T-----G--------CGTTTTCCAGTCA----------T-T-TTA-T----AC--CA--ATT--TTGAAGTTT-T-GGAAGGAGAC----TTTTA--T-AT-------TTT-T-TC-AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-A----T--TTGC---A---A-AC-TAG--GGT-CCAAAATA-A-G-A-----AT----ACATT------T--GTTAT---ATGATTAAAAA-CG--AGGGt
gi|16 : tGTTTAT--------TTGC----AAACTAGGGT---CCA-AA-ATAAGAAT---------ACATTTGTTATA----------T--GATTAAAAA-CG-AGGGGTGT--TGCC-----------AC---TGACTAC-AACTTA--------------TT--AC--T------AAAG---TTGTTCAGGTAG--TT-ACTC-TTTCT---TTT--C--TC-TTT----T------CA-TA-CA-AC----TTGG---CA---ACGTGAAAAT-CATGCTTT-------AA-------CG-TT--------T-A-A-----T-gtgttgccactgactacaacttattactaaagttgttcaggtagttactctttcttttctcttttcatacaacttggcaacgtgaaaatcatgctttaacgtttaatc
gi|17 : tttaaacgaattccctgcgttttccagtcattttataccaattttgaagttttggaaggagacttttatattttttcatgtcattTTATCCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--CA--TTT--TTTAGGTGCAT-AAAAGGACACCAGTTTGTC--C-AA-------TTTAT-T--AT-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T----T--GTGT---A---A-AA-TGC--GGT-ACCAA-TT-A-A-A-----TT----GTT-T------T--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGTGTTATGGA----CAc
gi|17 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGTGTTAT--GGACAC--TATGA---C---TG--------------------------TT--A-----------AAG---TTGTTCAGGATG--AT-CTTT-TTTCT---TTT--CACCT-TTT----T------CT-TA-CA-AT----GTGA---CT---AGGCGATAAT-CTTGCATT-------AA-------TG-CC--------T-T-A-------T----T-T-T-T---TA-----ACATC-TGGAActatgactgttaaagttgttcaggatgatcttttttcttttcacctttttcttacaatgtgactaggcgataatcttgcattaatgccttattttttaacatctggaa
gi|18 : ttatcctgttatttcagaccattttttaggtgcataaaaggacaccagtttgtccaatttattatgtcattgtttttgtgtaaaatgcggtaccaattaaattgttttgtcTAGCAAGATAT--TTAA---AATTGAGGAGGATATT-T-----------G-CC-----------------A-----------------TCTGA---------AGTAGGAGAA--T---CCAG--GG---------------G--C-------ATCCCCACTCTC---------A--T--C--TGTGA-AATTCTTG-AATGC--A--C-TTAC-T-----G--------CATTTTCCTGTTGTTGTTTTTTTT-T-CCA-A----AT--CA--ATT--TTAAAGCAC-T-TAAATAAGACCAAACTTTC--C-A--------TTT-T-T--AT-GT-C-A---TA----T--GC----T----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--GGC-CCAAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---A
gi|19 : acagcacca--TGA--GGC-CTAAA-TA---G-A-----AT----ACAGT------TTTGCCAT---ATGATTATATG-AG--TGGGTTATGAA----TA---TTAT----------------GAA-T
gi|19 : ---------A---------TA----------T--GATTATATG-AG-TGGGTTAT--GAATAT--TATGAATCC---TG--TTT-AACTT---------TAAG-TTTAAAT--T------TAAAAGTTTGTTCAGCTAG--AT-CTTCTTTTCT---TTT--CA-TT-CTTTTCAT------CT-AA-CA-AC----GTGA---CT---GCGTGA-----CAT---------------------TG-CT--------A-T-G-----T-G----T-G-TAT---CAATGATACTGC-TGGATATATCGAGGAGGTAA-CTGCCTCCCTCTTG--TCTCAATTTGGTAA--CGGCGCcctgtttaactttaagtttaaatttaaaagtttgttcagctagatcttcttttcttttcattcttttcatctaacaacgtgactgcgtgacattgctatgtgtgtatcaatgatactgctggatatatcgaggaggtaactgcctccctcttgtctcaatttggtaacggcgct
gi|2 : tgaggcctaaatagaatacagttttgccAGACAT--TACA---AATCGAGGAGGCTAGT-T-------------CT----------------TA-----------------TCTGA---------GCT---------t
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctC-T-----G--------CCTCCCCCTGTTA----------TAT-TCA-G----TT--AT--GTT--TTTATGCGC-T-TAAAGGAAACCAAATTGTC--C-AT-------TTT-C-C--AT-GT-C-A---TT----T--TT--------------------------------------------------------------TA-G-A-A-----AT----ACAAT------T--GTGAA---ATGATTAAACA-AG--ggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacaaggctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|2 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgAAGGC---TGACTAC-AACTTA-T-A-AG-TTAG-TCT--AT--T------TAA----TTTTTCAGACAG--AT-CTTT-TTTCT---TGTCGC--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---C-----TGCGAAAAT-CATACTTT-------GA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-T-T-TG--TT-----ATTTC-TGAAAATATGGAGCAGGCA---TA------TCCTGT-CCTCAGTGGGGCCG--CGgctgactacaacttataagttagtctatttaatttttcagacagatcttttttcttgtcgcttttttcttacaacatgactgcgaaaatcatactttgatactttattttttgttatttctgaaaatatggagcaggcatatcctgtcctcagtggggccgcg
gi|20 : tgtcaaaatgagtacacgtgcagtgacatatccaaattattaagtcactggcacatgtcagtgacctatttacattattaagtcactggcatatgtcaatgccgtagctagacattacaaatcgaggaggctagttcttatctgagctggagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgcgccatacagttgttattaggctatgctgcctccccctgttatattcagttatgtttttatgcgcttaaaggaaaccaaattgtccattttccatgtcattttttagaaatacaattgtgaaatgattaaacC-AA-T-AAGAAT---------ACATTTATCATA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAA--GGACAC--TTTGAAGAC---TGACTAC-AACTAA-TCC-A--TAAG-TTT--GT--T------TAAA---TTGTTTAGTTAG--AT-C-TC-CTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CG-AT----GCTA---CT---AAGCGAAAAT-CATG-TTA-------AA-------TG-C-------------------T-T----T-T-T-T---TA-----CTTTC-TGAAAATATCGAGGAGACAA-TTACCT-CCTCCTT--TCTCACTTTGCTTA--
gi|21 : aaaatgcggcct--TGC--AGC-CTGAA-TA-A-G-A-----AT----GCAAT------T--GCCAT---TTGAATAAATA-AG--AGGGTTATGGA----C
gi|21 : ---------A---------TT----------T--GAATAAATA-AG-AGGGTTAT--GGACTC--TTTGAAAAAAAATGTCTAC-AACTTA-T-A-A--C--------------------TAAG---TTGTTAAGATAG--AT-CGTC-TTTCT---TT---C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----GAAA---CT---ATGCGAAAAT-AATGCTTTAAAAAAAAA-------AG-C-----------T-A-----T-T----T-TCT-T---TA-----GCTTC-TGAAAATATCAAGGAGGCAA---G---------TG--CCTCAATGTGGCTA--TGGTGCtctttgaaaaaaaatgtctacaacttataactaagttgttaagatagatcgtctttctttcttttttcttacaacgaaactatgcgaaaataatgctttaaaaaaaaaagctattttctttagcttctgaaaatatcaaggaggcaagtgcctcaatgtggctatggtgctg
gi|22 : tgcagcctgaataagaatgcaattgcc--TGC--GGC-CTCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAATAATGTTT--GTCAT---ATGATTAAATA-AG--AGGGTTATCGA----CA---CTAT----------------GAA-AAC--TGACTAC-AACTTAAAAAT---------AAACT-----TA----------T--AATTAAGTtg
gi|22 : ---------A---------TA----------T--GATTAAATA-AG-AGGGTTAT--CGACAC--TATGAAAAC---TGACTAC-AACTTA-A-A-AA-TAAA-CTT--ATAAT------TAAG---TT-TTCAGATAG--AT-CTTC-TTTCA---TTT--T--TT-TTC----T------CT-CA-TA-AC----AAGA---CT---ATGCAAAAAT-GATGCTTT-------AA-------TA-AT--------T-A-A-----T-T----T------------------------------TCAAAGAGGCAA-CTGTCT-TCTTTTT--GCTAAGTGAGGCTA--TGGCACtttcagatagatcttctttcattttttttctctcataacaagactatgcaaaaatgatgctttaataattaattttcaaagaggcaactgtcttctttttgctaagtgaggctatggcac
gi|23 : tgcggcctcaataagaatacaataatgtttgtc---------A---------TA----------T--GATTTTATA-AA-A------T--GG---C--TATGAAGAC---GGACTAC-A--------------AAG--TT--AT--T------TAAG-------TCGGGTAG--AT-CTT--TATTT---TTT--A--TT-ATA----C------CT-CA-CA-AT----GTAA---CC---ATGTGAAAAT-TATGCTAA-------AA-------AG-C-------------------------------------------ACTAA-GGAAAATATCAAGTAGGCGA-CTGCCT-CCTCCTT--CCTTAGTGTGTCTA--TGGTGC
gi|24 : aaaatgcatcttgaatgaaaatataattgtcctgtgactctgaattgtcAA-TTGCCT-CCT--TGATCGTCAATGTGGCTA--TGGCACtg
gi|24 : caaagtaACAT--TGAC---GATCAAGGAGGCAATT---------------------------------TA-----------------TTTGA---------ACT---------T---tatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|24 : caaagtagtgccatagccATTTTT--C-AA-------TTT-T-T---T-GT-C-A---TT--------------------------GTT-T-T-------ATGC---A---A-A--ATT--TGC-CCCAA-TT-ATG-A-----AT----ACAAC------T--GTCAT---TTGATTAAATA-AG--tgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcatttttcaattttttgtcattgttttatgcaaaatttgccccaattatgaatacaactgtcatttgattaaataagtgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : caaagtagtgccatagccacattgacgatcaaggaggcaatttatttgaactttgggaaggggtccagaggcatgccccatgaaagtcttaaggtccttaaatgcT--TCAA---AACTGAGGAGGCTATT-T-----------tgattgtacaacctataaataattattttcaggtaaatttt
gi|25 : --------------------A--T--T--T---A-GGCCCTCA-A---C--A--T-TTCC-T-----G--------CATTTTCCTATTA----------T-T-TCA-ATTCTAT--AC--ATT--TTTAAA-G-----AAGGGAAAAAAGA---------A------------T-T--AT-GT-C-A---TTTA--T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGCA--A---A-A--TGC--AGC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAAC------T--gatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaacttatttaggccctcaacatttcctgcattttcctattatttcaattctatacatttttaaagaagggaaaaaagaattatgtcatttatttgtgtttttgtgcaaaatgcagccccaataagaatacaact
gi|26 : ttcaaaactgaggaggctatttgatgaagggaggtctgggcagggatgctccctcccccagcgcatcacctcccccaggaaactt----------T-GTT-C-T----T--GTGC---A---A-AA-TGT--GAT-TCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACACT------T--GTCAT---ATGGTTAAATA-AG--A
gi|26 : gtctt--T---TCC-AA-T-AAGAAT---------ACACTTGTCATA----------T--GGTTAAATA-AG-A---CTGT--AGATACATCATGAAGAC---TTACTAC-AACTTC-T-ACA--TCAA-TTA--AT--T------TATG---GTGTTCGAGAAG--ATATTTC-TGTCT---TTC--C--TT-TTC----T-----------------------------T---GTACGAAAAT-CGTGTTTT-------AA-------TG-TT--------G-T-T-----G-T----T-T-T-T---TA-----ACctgtagatacatcatgaagacttactacaacttctacatcaattaatttatggtgttcgagaagatatttctgtctttccttttcttgtacgaaaatcgtgttttaatgttgttgttttttaac
gi|27 : gtctttgttcttgtgcaaaatgtgaTTCTGTTA----------T-T-CCA-G----GC--CA--ATTGTTTTAACCGC-------------CAAATTTTC--G-AA-------CTT-T-T--AT-GT---A---TT----T--TT----A----------T-TTT-T-TAGGTT--TTGCTCAA---A-A--TAC--GAC-TCTAA-TA-G-C-A-----AT----ACAAT------T--GTTAT---ATCATTAAATAGAG--AGAGTTATGGA----TA
gi|27 : T---------A---------TA----------T--CATTAAATAGAG-AGAGTTAT--GGATAC--TGTGAAAGC---TGACCAC-AACTGATT-T-A--TCAG-TTT--AT--T------Tctgtgaaagctgaccacaactgatttatcagtttattttta
gi|28 : ttctgttattccaggccaattgttttaaccgccaaattttcgaacttttatgtatttttattttttaggttttgctcaaaatacgactctaatagcaatacaattgtTTAAGCGA-T-TAAAGGAGACCAAGTTTTC--C-AT-------TTC-T-T---T-GG-C-A---TTGC--T--TTA---A----------T-TTT-T-G----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GGC-ACCAA-TT-A-T-A-----ATGCACACACT------T--GCCAT---ATGATTAAATC-AG--AA------AAA----CAATTTTAT--------TT-------AA-TTT--T---Ttta
gi|28 : a-A-A--CAAT-TTT--AT--T------TAAT---TTTTTT-GGCAG--AT-GATC-TTTCT---TTC--C--AT-TTT----T------CG-T---A-AC----GTGA---CT---Attggcagatgatctttctttccatttttcgtaacgtgacta
gi|29 : attaagcgattaaaggagaccaagttttccatttctttggcattgctttaatttttgtgtgcaaactgcggcaccaattataatgcacacacttgccatatgattaaatcagaaa--TAAA-TTT--AT--T------CAAG---TTGTTCAGGTAG--GT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T-------T-TA-CA-AT----GAGA---C-----TGCAAAAAT-AAGGCTTA-------AA-------TG-TC--------T-T-A-----T-T----T-T-T-T---TA-------T-----AAAATGTTCAGGAGCTAAGTTGTCT--CTCCTG--GCTTAGTGTGGCTA--CAGTGC
gi|3 : atttcctgctatttcagacaagtgtaaatTACCAAGACAT--TTAA---AATCGAGGGGGCTATG-T-----------C-CCAGCCGAAGAATGGGGGTA-----------------TCCCC---------ACT---------C---CA----GT---------------A--A-------A--------------------C--T--TATT---A-GGGCCTTG-AA--CTTA--T-TTCC-T-----G--------TGAT--CCTGTTA----------T-T-TCA-G----AC--AT--ATT--TTCAAGCGC-T-CAAAGCTGTCCAGATTTTC---------------T-T-T--AC-GT---A---TT----T--TT----GTTTGTT----T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-AC-TGC--GAC-ATCAA-TT-A-A-A-----AT----ACAAT------T--t
gi|3 : acaacagtgccg-A-A--TAAG-TTT--AT--C------TAAA---TTGTTCAAGTAA--AC-Ccagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|3 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaa-TTT--AT--T------CC-----TTGTTCAAGTAG--AT-CGTT-TTCCT---TTT--C--TC-TTT----T------CT-TA-CT-AC----GTCA---CT---ATGCGAAAAT-CTTGTTGT-------AA-------TG-CT--------T-T-A-----T-T----T-G-T-TCAGTA-----ACATC-TGAAAATAT--AG-----AA-TTGCCT-CAACCTG--TCTCAGTGTGGTTA--CGacctatggaatagcaactatttgttattttcttttattccttgttcaagtagatcgttttccttttctcttttcttactacgtcactatgcgaaaatcttgttgtaatgctttatttgttcagtaacatctgaaaatatagaattgcctcaacctgtctcagtgtggttacg
gi|30 : acaacagtgccgtaccaagacatttaaaatcgagggggctatgtcccagccgaagaatgggggtatccccactccagtaaacttattagggccttgaacttatttcctgtgatcctgttatttcagacatattttcaagcgctcaaagctgtccagattttctttacgtatttttgtttgtttgtttttgtgcaaactgcgacatcaattaaaatacaattcagtgcaaaataagtttatctaaattgttcaagtaaaccacctatggaatagcaactatttgttattttctTTATCGGGACAT--TATGAAGAC---TGACTGTTAATTTA-T------------TT---T--T------TAA----TTGTTCTGGTAA--AT-CTTC-TTTCT---TTT--C--TT-TGT------------T-TA-CA-AC----GTGA---CT---ATGCAATAGT-CATGC-TT-------AA-------TG-GT--------T-TAA-----T-T----T-TGT-T---TA-----ACTTA-TAAAAA
gi|31 : aagaatAGACAT--TCAA---CATCAAGGAGACTATT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTGA---------ACT---------acatagatttgacaa
gi|32 : atgttatgtaaccctgcttatacataatagcatttagcatagtgccgttgcc--T---CCC-AA-T-AGGAAT---------A---------TAATTGTCATACT--GGTTAAATG-AG-AGGGTTAT--GGACACTATATGAAGAC---TGA-TGC-AACTTA---A-A--TACG-CTT--AT--T------TAAG---TTGTCCAGGgggatggggtccggagggatgtccgctcccac
gi|33 : tttttgtgcggCC-T-----G--------CGTTTTCCTGTTACTAGTA----T-T-TCA-G----AT--AA--TTT--CTCAAGCGC-T-CAGAAGATACCAAATTTTT--C-AT-------TTa
gi|34 : tatttctcatatggactatgaggtccggggggaatgcAGACAT--TTAA---AACCAAGGAAGATATTAT-----------T-CT----------------CA-----------------TCTGA---------AC
gi|36 : attaatattgtgttcgcaatgtcgtagccAAG---TTGTTCATGTAG--AA-ATT---TTCT---TTT--C--TT-TTT----T------TT-TA-CA-AT----GTGAATACTGGTATGTGACAAT-CATGCCTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T----------T-T---TA-----ACTcatgcgatccatggacacaccctcct
gi|37 : --T------TAAG---TTGTTCAGGTAG--AT-CCTG-TTTCT---TTT--C--TT-ATT----T------CT-TA-C----------------------GTGAAAAT-CATGCTT----------------------------------------T-T----T-T-T-T---AA-----ACTTC-TGTAAATA
gi|38 : TGCTTT-------AA-------TG-CT--------T-T-C-----TAT----T-T-T-C---TA-----ATCTC-TGAAAAGATCGAGGAGGCA----------TTCTTG--CCTGTGTGTGGCTA--CGG
gi|39 : aatcctT--AT--C------TAAG---TTGCTCAGGTAG--AT-CTTC-CTCAT---TTT--C--TT-TTT----T------AC-AA-CACAC----CTGA---CT---ATACGACAAT-CGTGCTTT-------AA-------
gi|4 : AGGCAT--TCAA---AATCGAGGAGGCTTTT-T-----------C-TC-----------------A-----------------TCTTG---------ACT---------
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagtt---CC----GA---------------A----------A--------------------T--T--T--T---A-GATCCTTA-AT--CGAA--T-TCCC-T-----G--------C----------TA----------T-T-TCA-G----ATTTACT-ATT--TTTAAAGGT-T-TAAAGGAGATCGATTCATC--C-A--------TTG-T-T--AT-GT-C-A---T-------------------------T-GTT-G-C----T--GGGC---A---A-A--T-T--GTT-TC--G-T-------------------CGAT------T--GTCCT---ACAATTCAATA-AGATAAGTTTATTGATATTCAAGTTaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcctacaattcaataagataagtttattgatattcaagttgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|4 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaCTAC-AATTCAAT-A-AGATAAG-TTT--AT--TGATATTCAAG---TTGTAGAAGTAG--AT-CGCC-TTTCT---TTT--C--TT-TTT----T------CA-AC-CA-AC----GTGA---CT---ATAC-AAAAT-CATACTTT-------AA-------AG-CT--------T-T-A-----TAT----T-TGT-T---TA-----ACTTT-TGAAAATATCGAGAAGGCAA-CTGCCT-CTTCTTG--CCTTAGTGTGACAA--CTGCgtagaagtagatcgcctttcttttcttttttcaaccaacgtgactatacaaaatcatactttaaagctttatatttgtttaacttttgaaaatatcgagaaggcaactgcctcttcttgccttagtgtgacaactgc
gi|40 : ctacctctaaaattgttatggaaatcaacagtgccgtagttaggcattcaaaatcgaggaggctttttctcatcttgactaagatgggggtgctctccttccccctcactactacccgtccctttcaccgaaattttagatccttaatcgaattccctgctatttcagatttactatttttaaaggtttaaaggagatcgattcatccattgttatgtcattgttgctgggcaaattgtttcgtcgattgtcAGACAT--TCGA---AATTGAGGAGGGCATT-C-----------A-TC----------------T------------------TCTGA---------ACT---------A---CT----GA---------------A--
gi|42 : ggctgtagcc-T----T-T-T-T---TA-----ACTTT-TCAAAATATTGAGAAGGCAA-CTGCCT-CCTTCCA--CCTC----TGGCTA--TGGCGCgtccgggcgc
gi|43 : TACCA-GTCAT--TCAA---AATTAAGGAGGCTATT-T-----------C-CC-----------------A-----------------TCTGA---------A-T---------T---AC----G----------------G--C-------A--------------------G--T--T--C---G-GGtg
gi|44 : gctgtTC-TGAAACTGTCGAGGAGGCAG-CTGCCT--CTCCTG--ACTATGTGTGACTA--CGGCGCc
gi|5 : aA---AATTGAAGAGGCTATT-T-----------T-TC-----------------A-----------------TCTGA---------GCTAGGGGG---T---CT----GG---------------GGGC-------A--------------------AATT--T--T---A-GGTC-TTATAA--C--A-------C-A-----G------------TCCCTGTTA----------T-T-TCC-G----A---AACCAGT--TTAAAGCGC-T-TAAAAGAGACCAAATGTTC--C-AT-------TTT-TAT--AT-ATAT-A---TT----T--CT----GTGCA------T-GTT-TGT----T--GTGC---AACTA-A--GAC--GGT-------TA-T-G-G-----AC----ACTA-------T--G-------AAGATTGACTACAA--AG---TATAAA----CAAGTTTATAGAAGTTGTT-CATGTGAA-TAT--T---T
gi|5 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctAACTA-AG-ACGGTTAT--GGACAC--TATGAAGAT---TGACTAC-AAAGTA-TAA-A--CAAG-TTT--AT--A------GAAG---TTGTTCATGTGA--AT-ATTT-GTTCT---TTC--A--AT-TTT----T------CT-CA-TA-AC----ATGA---AT---AGGCAAACAT-gttctttcaatttttctcataacatgaataggcaaacata
gi|6 : aaatcagatatatgcttagctaacataaacaaattactttccattacgtaataaacaatatgatatagtagcacttcaaagtatataatatcaaacggaaaacattgaaaatgctattgccaaaaaagcagtatcgtagccatatagcctaaattgaagaggctatttttcatctgagctagggggtctgggggcaaattttaggtcttataacacagtccctgttatttccgaaaccagtttaaagcgcttaaaagagaccaaatgttccatttttatatatatatttctgtgcatgtttgttgtgcAGATAT--TCAA---CATTGTGGAAGCTATT-T-----------C-CA----------------TA-----------------TTTGA---------ATTAGAGGGT--T---CC----GACACATGCCCCTCTCCA--C-------ATGGAA---------------A--T--T--TT--A-AGATCTTC-AA--C--AAAT-TTCC-T-----G--------CATTTTCCGTTTA----------C-T-TAA-G----AT--AA--ATT--TTTAAGCAC-TACAAA-CAAACACAATTTTC--CAAT-------TTT-T-TTAAT-GA-C-ATTTTT----T--TT----G----------T-GTT-T-T----T--GTGC---A---A-A--TGC--GAC-CACAA-TA-A-G-C-----AT----GCAAC------T--GCC-----ATGATTAAATT-AG--A-GGTCATGAA----a
gi|6 : caatgttgtagccA----------T--GATTAAATT-AG-AGG-TCAT--GAAAAC--TACGA---C---TGGCCGC-AACTTA-C-A-A----A-------AT--G------TAAG---TTGTTCAGATAG--CT-CTTC-TTTCT---TTT--A--TT-TTT----TGTACAATT-TT-TA-AC----ATCA---CT-----GCAAAAAAACATGTTTT-------AAATTTAAATG-CT--------T-T-ATTTTAT-T----T-T-T-T---TA-----ACTTC-TGAAAGTATCAACGCGGCAA-CTGCCT-CCaactacgactggccgcaacttacaaaatgtaagttgttcagatagctcttctttcttttattttttgtacaatttttaacatcactgcaaaaaaacatgttttaaatttaaatgctttattttatttttttaacttctgaaagtatcaacgcggcaactgcctccg
gi|7 : caatgttgtagccagatattcaacattgtggaagctatttccatatttgaattagagggttccgacacatgcccctctccacatggaaattttaagatcttcaacaaatttcctgcattttccgtttacttaagataaatttttaagcactacaaacaaacacaattttccaatttttttaatgacattttttttgtgtttttgtgcaaatgcgaccacaataagcatgcaactgccAGACAT--TCCG---AATCGAGGAGTTTATT-TCCCATTCGGGAC-CC----------------GA-----------------TTTAATAACACCCCACCCCAAA----T---CC----AA---------------A--CCACTAAAA--------------------A--T--TA-T---AAGGTCTTTA-AA--CTAA--T-TTTC-T-----T--------TGATTTTCTGTTA----------T-T-TCA-G----AT--CA--ATT--CTTAAATGC------------CCAAATTTTC----------------------------C-A---TT----T--TG----GAAAAAAAAAAT------------T--GTAC---A---A-AAATGG--GGT-GC-AT-TG-A-G-G-----AT----ACAAT------T--GTCAT---GCGATTAAATA-AG--AGTGTg
gi|7 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagcc---------A---------TG----------C--GATTAAATA-AG-AGTG-TGT--AG---T--TACGAAAA----TGACTAC-AAC--A-T-A-C--GAA----C--AT------------G---TTGTTGAAGTAG--AT-CTTC-TGTCG---TGT--C--TT-TTT----T------CT-TA-CA-AC----ATAA---TT---ATGCGAAAAA-CATGCTGT-------AA-------TG-TT--------T-C--------------------------------CTTC-TGAAAATATCGAGGTGGCAA-CTGTCC-CCTCCTG--CCTTAgtagttacgaaaatgactacaacatacgaacatgttgttgaagtagatcttctgtcgtgtcttttttcttacaacataattatgcgaaaaacatgctgtaatgtttccttctgaaaatatcgaggtggcaactgtcccctcctgcctta
gi|8 : tgtatatgaattaactacatattattggcaatgtcgcagccagacattccgaatcgaggagtttatttcccattcgggacccgatttaataacaccccaccccaaatccaaaccactaaaaattataaggtctttaaactaattttctttgattttctgttatttcagatcaattcttaaatgcccaaattttccattttggaaaaaaaaaattgtacaaaaatggggtgcattgaggatacaattgtcCCAGGA-AT--TCAA---AATCGGAGAAACTATT-T-----------CTCC----------------TC-----------------TTT-------------C---------T---CC----AA---------------A--C-------A--------------------AA-TGGT--T---A-GGTCCTAT-AA--C--A--TATTCCAT-----G--------CATTTTCGTGTTA----------T-T-TCA-G----AA--CA--ATT--GTTAAGCGC-T-TGATGGAGACCAAACTTGC--C-A---------TT-T-T--AT-GT-TAA---TT----T--TTTTGGG----------T-ATG-T-T----T--GTGC---A---A-A--T--------TTCAT-CA-A-G------------------------T--ATTAC---ATGAGTAAATA-AG--AGGGCTATGGG----CA
gi|8 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcag--C-AT-------ATT-C-C--AT-G--C-A---TT----T--TC----G----------T-GTTAT-T----TCAGAAC---A---A-T--TGTTAAGCGCTTGA-TGGA-G-A-----CC----AAACT------T--GCCATTTTATG-TTAATT---------TTTTTGGG----TATGTTTGT----------------GCA-AAT--T---TC---A-TCAAGTATT--------A---------CA----------T--GAGTAAATA-AG-AGGGCTAT--GGGCAC--TATTGAAAC---TG---AC-AA------------------TT--CT--T------TGAG---TTGTTCATGTAG--AT-ATTC-ATTAT---TTT--C--AT-T--------------T-TA-CA-AC----TTGA---AT---ATGCTAACAA-AAGGCTTT-------AA-------TA-CT--------T-T-A-----T-T----T-TGT-T---GA-----ACTAT-TGAAAActattgaaactgacaattctttgagttgttcatgtagatattcattattttcattttacaacttgaatatgctaacaaaaggctttaatactttattttgttgaactattgaaaacgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : tatatctatatcataaattgaagaaaacatattgtagcaagcattgtcgcagccaggaattcaaaatcggagaaactatttctcctctttctccaaacaaatggttaggtcctataaGACAT--TTGA---GATCGAGGTGGCAATT-T-----------G-TC-----------------A-----------------TCTGA---------Acgtgcctcaatgtggttaa
gi|9 : acaatgctgtagcccACAAAATTTTT--G-AT-------TTG-T-T---T-GT--------T----TAATT----G----------T-GTT-T---------ATGC---A---A-AA-TGC--ACC-CCCAA-TA-A-G-A-----AT----ACAGT------T--GTCAC---ATGATTAAAAG-AG--AGGATTAT--------AAGTTTAT--------TT-C----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatacaaaatttttgatttgtttgtttaattgtgtttatgcaaaatgcacccccaataagaatacagttgtcacatgattaaaagagaggattataagtttatttcagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
gi|9 : acaatgctgtagcccgacatttgagatcgaggtggcaatttgtcatctgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatA-T-T-A--TAAG-TTT--AT--T------TCAG---TTGTTCAGGTAGATAT-CTTC-TTTATATATAT--T--TT-TTA----T------CT-TA-CA-AC----ATGA---CT---GTATGAAAAT--ATG-TTG-------AAT------TG-CTGTGAAAGAT-T-A-----T-TCTTAT-T-T-T---TA-----AATTT-TTAAAATATC-ATGTGACAA-Cagttgttcaggtagatatcttctttatatatattttttatcttacaacatgactgtatgaaaatatgttgaattgctgtgaaagattattcttatttttaaatttttaaaatatcatgtgacaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTGAGTCAGTGCTTACTTTGTAAACATATGTACATAAATGCGGTGACATATCTACATGTTATTAAGTCACTGATAAATGTAAGCTATGTAC
Unaligned ( gi|41 ): TTGAGACAGTTTGCCTGGAACAATATGTACAATGACATATCCACATATTATTAAGTCACTTAT
Unaligned ( gi|45 ): GTCCTTGGATATGGCAGTGACCTATCCACATGTTATTTAGTCACTGGATATG
Unaligned ( gi|46 ): TATTAATTATATGCATAGCTTTTCCAATGTCATAATAA
Unaligned ( gi|47 ): ACTGACCTATCCGCATGTTATTTAGTCACTGG