lowQualScore : 333333 11 333333333333333 1 111111111 111 3333 1 1 3333333 1 66666666666666666666666666666666666666 1111111111111 11111111 1111 111111111111111 111111 11111111111 1 11111 33333333333333333333333 1 1 33333333333333333333 1111111 1111
lowQualScore : 999999 2 8 44 8 555555555555555 2 6 6 0 4 4 666666666 6 000 1111 11 0 4 6 555555 5 3 55 3 3 4444444 6 666 3 11111111111111111111111111111111111111 2 1111111111111 2 00000000 2 5555 5 2 6 2 5 2 9 0 2 9999 333 66 4444 666666666666666 4 2 333 777 666666 2 88 4444 222222 0 33 22222222222 22 2 4444 2 55555 2 33333333333333333333333 2 2 2 666666 33 2 1 2 5 2 666666 33333333333333333333 9999999 2222 1 4
lowQualScore : ...... . . .. . ............... . . . . . . ......... . ... .... .. . . . ...... . . .. . . ....... . ... . ...................................... . ............. . ........ . .... . . . . . . . . . .... ... .. .... ............... . . ... ... ...... . .. .... ...... . .. ........... .. . .... . ..... . ....................... . . . ...... .. . . . . . ...... .................... ....... .... . .
lowQualScore : 333333 5 0 44 0 888888888888888 8 7 7 8 3 8 555555555 3 000 8888 22 2 3 4 666666 1 3 55 6 6 7777777 8 444 6 44444444444444444444444444444444444444 5 0000000000000 5 88888888 5 3333 5 2 1 7 0 5 2 2 9 6666 999 66 7777 333333333333333 4 2 999 888 444444 2 22 4444 888888 1 11 00000000000 99 1 5555 1 00000 0 11111111111111111111111 0 5 1 444444 11 2 7 4 9 4 888888 66666666666666666666 9999999 8888 0 4
consensus : NNTATGAAATTTA-TTTAAATNTTATTACT-ACAAAAAGTTACA-GATANTGTTTAAC-A-G-TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG----GAAN-ATATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-AAAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTT-T---------AA---TTTA--A------TAAA-------ATCATCAAAA-A---------A---GA-ATA-TG----TTA-AA----TCTTTGTAAATTCATCGCAGAGGCATCTAAAATNA-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAACTN-A-GAGTAAATAT---TTA-AT----TA--------NA-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TN-AATT---CGTA------TATGACTTTT--A--------T--ATAA--GAA----ACCT-TACTG-----TA-ACA----T----AA-----------GACA-ACGATGTAAA-GATTA------T--A-TTGTTTGAA-ACACC-TATCACA------TGTA----T---G----T--N---TATGTA----ANNTGTATTTGT-ATCTGATGAGA-AACTGTATAC
Reference ( gi|3 ) : TATATGAAACGTC-TTTAAATGTTATTACT-ACAAAAGATTACA-GATAGTGTTTAACAAAGATTCGTATTT-CCGTTCATAATTTGAAAATTGAAACAG----GATG-ATATGTTAGACAGAGACT--AGAGATGCAAGATAGACTGTGTATATTCTGTGACGAAAATGTTGTGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGCAAAGCATATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-AAAC-TGCTTTACAAACAGAAGTTGC---ATGTT-T---------AA---TTTA--A------CAAT-------ATCATCAAAA-A---------A---GA-ATG-TG----TTA-AA----TCTTTGTAAATTCATTGCAGAGACATCTAAAATTA-GAAACGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAACTT-G-GAGTAAATAT---TTA-GT----TA--------TA-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TA-AATT---CATA------TATGACTTTT--A--------T--ATAA--GTA----ACCT-TACTG-----TA-ACA----A----AA-----------AACA-ACGATGTTAA-GATTA------T--A-TTATTTGAA-ACTCC-TATCACA------TGTA----T---G----T--T---TATGTA----ATTTGTATTTGT-ACATAATGAGA-AACTGTATAC
gi|4 : TATGAA-TGTTATTTAAATGTAATTACTTCCAAAATGTTACA-GAT------T--------TTCGTGTTT-TTGGTCATTATTTGAAAATAGAA-CAG----AATATATATGCTAGACAGAGACT--AGAGA--CAAGATATTCTGTGTATATATTGTGATGAAA------T------TGAATTCCATTTGATCACTGAATGTAAAGCTTATTGTATTACAAGAGAGACGTGTAC--T-A-AAA--TACTATACAAACAGAAGCAGC---AAGTT-T---------AA---ATTATTA------AAGTTATTGAAATCATCAATA-C---------A---GA-ATA-TG----TCA-AA----TATTTGTAAATTGATCGCAGAGATATATAAAATAT-GAGATGCAATAC-CGCT---TAA-----TTCG----------CAAACAA-A-GAGTACATATCCATAA-GT----TT--------CA-----T----T-T---T---TCG------CT-TT-AATT---------------TG-----T--A--------A--ATAG--GAA----ACCT-TACTGAAACACA-ACA----T----AA-----------GACA-ACGGTGTGAA-GATAA------T--A-CTGTTATAA-ACACC-TATCACATGCATTTGTA----T---A----T--G---TATGCA----AATTGTATCTG----ATAAT---A-AACTGTATA
gi|2 : ttgttATGGAAATTA-TTTAAATTTTAATACT-ATAAAAAGTTACA-TATATTGTTTAACTAAGATTTGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG----GAAT-ATATGATAGACAGAGACTCTAGAGA--CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGGCGAATATGTTGTGGAAGATGAAGTCCATTTTATTATTGAATGTAAAGCGAATAGTTCTATAAGAGAGAAATTTA---T-A-AAAC------TATAGATTAAAGTAGC---ATGTTAA---------AA---GTTA--T------TAAA-------ATCACTAAAC-A---------A---GA-------------A-AA----TGTTTGTTTATTCATCGCAGAGGCATCTAACATTG-GGAATGCAATAT-CACTAAA-AATGCCCTTTGAATTCATCTTCAAACTA-A-GTGTAAGTAT---TTA-AT----TT--------AA-----TAGG-T-T---T---TTG------CT-TC-AATC---CATA------TATTACTTTT--A--------T--AAAG--GAA----ACCT-TACTA-----TG-ACA----T----AA-----------GACA-ATGATGTAAA-TATAA------C--A-TTATTTGAA-A---C-TATCACA------TGTA----T---G----TG-TA--TATGTATGTTATATGTATTTGT-ATCTGATGAGA-AACTGTATACaagtcaatctaattatgttaaattctgttc
gi|5 : TAAAATTTA-TTTAAATTTTATTTCT-GCACAAAGTTACATAATAATATT--------GTT--TATTT-CCGCTCATAATTTGGAA-TAGAAACAG----GAAG-ATATGTTAGACAGACACT-------TG--AGACAGACTTTGTATATATTGTGATGAAAATGTTGCGGAAGATGAAGTCTATTTTATCAT-------AAAGCTTATAGTACTATAACAGAGAAATATATGAC-A-AAAA-TAC--TAC--ATAGAAGTAGC---ATGTT-TGAATTTTTAAA---TTTA--T------CAAA-------ATCATC-AGA-A---------A---GA-ATA-TG----TTA-AA----TCTTTGTAAATTCATTGCAGAGGC----------A-GAGAC----------CT---TAAT----TTCAGTCTCA------AACTA-A-GAGTTCATAT---TTA-AT----TA--------TA-----GATG-T-T---T---TTG------CT-TC-AATT---CATA------TATGACATTA--A--------G--ATAA--GAA----GCTT-TATTG-----TA-ACA----T----AG-----------AACA-GCGATGTAAA-TATTA------T--A-TTGTTTGAA-ACACC-T-----A------TGTA----T---T----T--T---TATATaatttaagtaaataaaattatgttct
gi|1 : gtccTGAATGTTATTACT-ACAAAAAATTACA-GATAGTGTTTAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTGAATGCAAAGCATGTAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-AAAC-TGCTTTACAAACAGAAGTAGC---ATGTT-T---------AA---TTTA--T------TAAT-------ATCATCAATA-A---------A---GA-ATA-TG----TTA-AA----TCTTTGTAAATTCATCGCAGAGACATCTAAAATTA-GAAATGTAATAC-CGCTGATTACTGCACTTTGATTTCATCCTCAAACTT-A-GAGTAAATAT---TTA-GT----TA--------TA-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TA-AATT---CATA------TATGACTTTT--A--------T--ATAA--GTA----ACCT-TACTG-----TA-ACA----A----AA-----------GACA-AAAATGTAAA-GATTA------T--A-TTATTTGAA-ACACC-TACCACA------TGTA----T---G----TG-TA--TATGTATGTTATTTGTATTTGT-ACCTAATGAGA-AACTGTGTACgtatat
gi|22 : ata-ATAAAAG-TTACA-GATATTGCATAACTATGTTTCGTATTC-ACGCTCATATTTTGAAGATAGAACCAGAAAAGATG-AAATGCAAAACAGAGATT--AGAGAagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|6 : gttgtgataatcatcaatattcaatcacaaAACAA----TCGTATTTTCCGCTCATAATCTGAACATAGAAACAG----GAAT-ATATGATAGACAGCGACA--AGAGAT-C--------CTTTCTATATACTGTGATGAAAATG------------AATTCCATGTTAGCAATAAATGTAAAGTTTATAGTACTATAAGAGAGAAATGTAT--T-A-AAAA-TACTATACAAACAGTAG---C---ATGTT-T---------AA---ATTT--C------TAAA-------GTTATTGAAA-ATATGACTATA---GA-ATA-TA----TTA-AA----TATCTGTAAATTCATCGCAAAGACATCTAAAATAA-GATATGAAATAT-CACGTAACAATGCACCTTGATTTCATCCTCAATCTA-A-GAGTAAATAT---TTA-AT----AA--------GA-----TATG-T-C---A---TTG------TT-TT-AATT---CGTA------TATGACTTTT--A--------A--ATAG--GAA----ACAT-TACTG-----TA-ACAT---AACATAA-----------GACA-ACGATGTgagaaaa
gi|7 : atgttaagtaaAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAA-CGTTGCGTAAGATAAATTCT-TTTTATCATTGAAAGTAAAGCTTATAGTATTATAAGAGGGAAATATAT--T-AGAAAA-TAATATACAAACAGAAGTACC---ATGTT-T---------AA---ACTG--A------TTAA-------ATCATAAATA-A---------T---GA-ATA-TG----TTA-AA----TCTCTGTAAATCCATCGCAGAGGCATTTAAAGTTA-GAAATGCAATAC-CGCTAAGTAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAACTA-A-GAGTAAATAT---TTA-AT----TA--------GA-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TC-AATT---CGTA------TATGACTTCT--T--------T--ATAA--GAA----AACT-TACTG-----CA-ACA----T----AA-----------GGCA-ACGATGTAAG-AATTA------TAAA-GTACTTGAA-ACACC-CTTCACA------TGTA----T---T----TGAT---TATGTaa
gi|21 : ATGTTGTGGAAGATGAATTCAATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A
gi|8 : ATGTAAAGCTCATACCATTGTGAGAGAGAAATATAT--A-A-AAAAATAATGTACTATCAGAAGTAGT---ATGCT-T---------AAATATTTA--AGTTTGGTGAA-------ATCTTCAACA-A---------A---GATAGG-TG------A-GA----TATTTGTACATTCAAAACAGAGGCATCTAAAATAA-CAAATGCGGTAG-CACTTCATAATGCACATTTATTTCAGCCTCGA-TTT-ATGAGAGAATAT---TTA--------A--------TA-----TG-G-T-T---TGCTTTG------CA-TA-AATT---CGTA------TATGACTTTT--AAGTAATAAT--GTAA--ATAGGAAACTG-AACTG-----TA-ACA----T----AACATACATATGTAACA-ACGATGTAAA-GATTA------T--A-TTGACTGAA-ACACCTTATCTCA------TGTATTTGT---A----T--TGG-TATGTA----AAGTGTAGTTGTGAC-TGACGACA-AACcgaatatgtttaatctttctaaattcatcgcagaggcatctaaaatgagaaatgcaataccgctgaataatgcacttggatctaatccttaaacttag
gi|10 : AAAGCTTATAGTACTATGAGAGAGAAATATAT--T-A-AAAAATTCTACACAGTTAGAAGTAGC---ATGTT-T---------AAATTTTTA--AAGTTATTAAA-------ATCATCAAAA-A---------AA--GA-ATA-TG----TTT-AA----TCTTTGTAAATTCATCGCAGAGGCATCTAAAATTA-TAAATGCAATAC-CGTTGAATAATGCACTGTGATTTCATCCTCAAACTT-A-AAGTAAATAT---TTA-AT----TA--------AA-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TC-AATT---CATATACATGTATGACTTTC--A--------T--ATAA--GAA----ACTT-TACTG-----TA-ACA----T----AA-----------GACA-ACAATGTAAA-GATCA------T--A-TTATATGAA-ACCAT-TATCATA------TGCA----T---G----T--G---TATAT
gi|17 : AAAGCTTATAGTACTATGAGAGAAAAATATAT--TAA-AAAA-TAATATACAAACAGAAGTAGCACGACGTT-T---------AAATTTTTA--AAGTTATTAAA-------ATCATCAAAT-A---------A---GA-ATA-TGATTCTTC-AA----TCTTTGTCAATTTATTGCAGAGGCAg
gi|26 : -A-AAAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTT-T---------GA---ATTA--A-------A---------ATCATCAAAA-A---------A---GA-ATA-TT----TTA-AA----TCTTTacattgtattcttgttggtcaatctatccatgttttctgatgaaagtctttattt
gi|11 : taC---ATGTT-TTCT------GA---TCTA--A-----------------AT-ATCAAAA-A---------A---TA-ATA-TG----ATA-AA----TCTTTGTAAATTCATCGCCGAGGCATCTGAAGTTA-AAAATGCAATACATGCTTAATAATGCATTTTGATTTCCTCCACAATTTA-A-GAGTGATTAT---TTA-AT----TA--------TG-----TTTG-T-T---C---ATGCCCACACT-TA-AATT---TGTG------TATGATTTTTAAA--------TAGATAA--ATA----AACTATAATGAAAAATA-ATA----T----AA-----------AACA-ATGCTTTAAA-GATTA------T--A-TTGATTGAA-ACATC-TATCACA------TGCATC--T---G----T--A---TATGTA----ttctcaattatat
gi|9 : A---TTAA--A------AAAT--------TCATCAAGATA---------ATTCAA-ACG-TTAT--TTACAAGTTGTCTTTGTAAACTCATCACAGAGGCATCCTAAATAA-GAAATACAATAT-CACTTAATAATGCACTTTGATTTCATCCT-AA-------GAGTAAAAAT---TTA-AT----TA--------GG-----GTTGTT-T---T---TTG------CT-TA-AATT---TGTA------TATGACTTTT-----------T--A---------------------G-----TA-GGA-------------------------A-ATGCTGTTCA-GATT-------T--A--------------CC-TATCACA------TGTA----TTAAA----T--TTTGTAGGTA----AATTGAATTTGT-ATATGATGAGA-AACTtg
gi|14 : agagcaattccaagcctatttctagagtcaagagcctgcAAA-------ATCATCAAAA-A---------A---AA-AAAATG----TTA-AA----TATTTGTAAATTCATCGCAGATGCACCTAAAGTTA-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCAATTTGATTTCATCATCAAATTT-A-GAGTAAATAT---TTA-AT----CA--------AG-----TATG-T-T---T---TTG------CT-TC-AATT---CATA------TATAATTTTT--A--------T--ATAA--GAA----AACT-TACTG-----TA-ACA----T----TA-----------GACA-ACGATGTAAA-GATTA------T--A-TTATTTGAA-ACACC-TATCA----------TA----T---G----T--T---TTTGTA----acacagttaaagtcaataaaattacgttctgtttcattctataactt
gi|13 : taAAT-------ATTATAAAAA-T---------A---AA-AC-------------A----TCCATG--AATGCATAGCAAAGACATCTAAAAATATAAAATACAATAC-CGCTGAATGATGCACTTTCATTTCACCCTCAGTCTT-A-GAGTAATTAT---TTC-AT----TA--------AA-----TATG-T-A---T---TTT------CT-TC-AATT---CATA------TATGAC-TTT--A--------T--ATAA--GAC----ACTT-TACTG-----GA-ACA----C----AACTT--------AAGACACAATGTAAA-GATTA------T--A-TTATTTGAA-ACATC-TAACACA------TGTATT--T---G----T--A---CATGT
gi|12 : ttgta-------ATCATCAAAA-A---------A---GA-ATA-TT----TCA-AA----TGTTTGTATTTTCTTCTCAGAGGCACCTATAAT-A-AAAATACAAAAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAATCT---------AGTAC---TTA-AT----TG--------AA-----TACG-T-T---T---TCG------CT-TC-TATT---CATA------ACTGATTTTT--A--------A--ATAA--GCA----ACCT-TACTG-----TA-ATG----T----A---------------A-ATTATATGAA-AATTA------T--A-TT
gi|21 : attaaA-A---------C---GA-ATA-TG----TTT-AA----TCTTTCTAAATTCATCGCAGAGGCATCTAAAATGA-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTGGATCTAATCCTTAAACTT-A-Gtgatgagaaaatgcatacggtaaaagtcaacaaaattctgttatgttctatataac
gi|15 : atgttgtggaagatgaattcaattttatcattgaatgtaaagcttatagtactataagagagaaatatattGTAATTACATCGAAGAGGCATCTAAAATAA-GTAATGCAATAC-CGCC------------TTGACT---------AA------GAGGAAATAT---TTTTGT----TA--------GA-----TAAGAT-T---T---TTG------CT-TT-AATT---TGTACACTAGTAAGACATTT--A--------A--ATAG--G-A----ACCT-TACCGTAAAATA-ACA----T----AA-----------GACA-ACAATGTAAA-GA
gi|19 : ctaAATGCAATAC-CGCTTAATACTGTACTTTGATAACATTC-CAAATTTAA-GAGTGAATAT---TTA-AT----TAGGTTTAATTA-----TACC-T-TAGATTGGTTG------CT-TA-AATTATAAATA------TATAACTTTT--A--------A--ATAA--GAA----ACTT-GACAG-----TG-ATAT---G----AA-----------AA----------TAA-AATTA------T--A-GTGGTTGGGCAC-CT-TA-CACA------AGTA----T---aaattctgtgctgttctgcacatgaaattatacacggatacagctgcagatgcgtatcataa
gi|16 : ATTT-GAGAGTGACTAT---TTA-AT----TA--------GG-----TTTG-C-T---T---TTG------CT-CA-AATT---------------------TT--A--------G--ATAG--GAA----ATCT-AATTG-----TA-GCATACCAT---AA-----------AACG-ACGATTTAAA-GATTA------T--A-TTGATTGAA-ACACC-CATCACA------TGTA----TTC-G----T--A---TATATA-------TATATATGA-GCATttgtaaacgta
gi|23 : gtattactttcagatacTAAATAT---TTA-ATGACATA--------TAACTGATATG-CAT---T---TTA------AG-TATAATT---CATA------TACGCCTTTT--A--------T--ACAA--GAG----ACCT-TACTG-----TA-ACA----T----AA-----------A------------AA-GATTA------T--ATTTATGTGAA-AAACC-TATCACA------TATA----T---ctatttaatgactgttaaccgcgttagtcaataaaat
gi|18 : ttaAT---TTT-GT----T----------------TGTG-T-T---T---TTA------ATCTC-AATG---TATA------TCTGATCTTT--A--------T--GGAAATGTA----AC-------A-----TA-GCA----G----AGCT---------AACG---GAT-TTACTAATTA------T--A-TTGCTTGAA-TCACC-AATAACA------AGTAGC--T---GCAGAT--T---TATGTT----AATTGTATTTGT-ATCTGATGAGATAACTGTATta
gi|28 : AA--GAA----ACCT-TTCTA-----TA-AAA----T----AA-----------GAGA-ACGATGTAAA-GATTA------T--A-TTATTTGAA-ACACC-TATCACA------TGTttacgatttagtcattagaagtatgctttatatata
gi|20 : G-----TATACA----T----AA-----------AACA-AGTATGTGCA-GATTACCGGTAT--A-TTGATTG-----TGC-AATCACA------TATA----T---------------T-TGTA----AAGTGTTTTTGT-GTCTAATGAGA-AACTGTAT
gi|27 : TA----T---G----T--G---TATGTA----ATTTGTATTTGT-ATCTGATAAGA-AACtcagtaccaataaataccaatacaattctgttctgttttatacaatggtaaatgtgcacactatcaccatatgctaaacattgacaaccgaaaac
gi|25 : gtTG----T---G----T--A---TATGTA----ATATGTATTTGT-ATCTGATGAAA-AACacagtttaagtcaacagaactatgttttggtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AACATCAATCACCTGTATGGTATTTGTAACTATCTGTTAATTGTACTTTATCCAGTGAAATACTACATACATGTATACAGTTTAAGTCAGTACAACCATAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGCGTTCTTATCAATGTGACAACCAAGGACT
Alignments
lowQualScore : 33333333 111 2222 33333333333333 111111111 11111111111 111111 1111111111111 11111 11111111111111111 2222222222222222 1111111
lowQualScore : 7 1 99 6 6 3 1 99999999 1 6 3 6 6 1 111 1 99 4444 5 1 44 0 7777 3 3 6 555 3 77777777777777 2 000000000 0 2 999999999 444 2 5555 55555 5555 3 2 2 5555 2 2 5 33 3 33 2 2 999999999 44444444444 777 333 666666 2 1 333 222222 22 5555555555555 2 55555 44444 1 44444 44444 11111111111111111 22 1 888888 2 333 2 0000000000000000 4444444 3 4
lowQualScore : . . .. . . . . ........ . . . . . . ... . .. .... . . .. . .... . . . ... . .............. . ......... . . ......... ... . .... ..... .... . . . .... . . . .. . .. . . ......... ........... ... ... ...... . . ... ...... .. ............. . ..... ..... . ..... ..... ................. .. . ...... . ... . ................ ....... . .
lowQualScore : 2 0 22 7 7 3 4 99999999 0 7 2 7 7 0 777 0 22 8888 0 4 77 7 5555 3 3 7 888 3 55555555555555 7 777777777 4 4 444444444 111 4 0000 99999 0000 2 4 4 4444 5 4 1 88 2 11 2 2 888888888 22222222222 444 777 111111 1 0 777 111111 99 1111111111111 1 00000 33333 9 88888 88888 66666666666666666 66 9 999999 1 333 2 5555555555555555 2222222 6 0
consensus : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TATCACATGTA--T--G----T----GTATGTA----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
Reference ( family-995 ) : NNTATGAAATTTATTTAAATNTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTNAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TATCACATGTA--T--G----T----NTATGTA----ANNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
gi|1 : ATATGAATGTT--ATTACTACAAAAA-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---A
gi|1 : CATTGAATGCAAAGCATGTAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAT------TA-AT---------ATCATCAATA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAATGTAATAC-CGCTGATTACTGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTAGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------GA--CAAAA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TACCACATGTATGT--G----T----ATATGTATGTTATTTGT-ATTTGTACCTAATGAGA-AACTGTGTACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgaatgcaaagcatgtagtactataagagagaaatatattaaaactgctttacaaacagaagtagcatgtttaatttattaatatcatcaataaagaatatgttaaatctttgtaaattcatcgcagagacatctaaaattagaaatgtaataccgctgattactgcactttgatttcatcctcaaacttagagtaaatatttagttatatatgtttttgcttaaattcatatatgacttttatataagtaaccttactgtaacaaaagacaaaaatgtaaagattatattatttgaaacacctaccacatgtatgtgtatatgtatgttatttgtatttgtacctaatgagaaactgtgtacagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|10 : atatgaatgttattactacaaaaaattacagatagtgtttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAAATTCTACACAGTTAGAAGTAGC---ATGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAAAA---------AG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATT---A-TAAATGCAATAC-CGTTGAATAATGCACTGTGATTTCATCCTCAAA-CTTAAAGTAAATATT--TA-A-TTA--------AATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATATACATGTAT--GACTTTCA--T----------A-T-----AAGAAACTTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGATCA------TA-TTAT--ATGAAACCAT-TATCATATGCA--T--G----T----GTATATagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|11 : C---ATGTTT------TCTGA------TCTAA---------AT-ATCAAAA-A---------AT---AATA-TG----ATA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCCGAGG-CATCTGAAGTT---A-AAAATGCAATACATGCTTAATAATGCATTTTGATTTCCTCCACAAT-TTAAGAGTGATTATT--TA-A-TTA--------TGTTTG-----------TT---C---ATGCCCACACT-TAAATT---TGTG------TAT--GATTTTTA--A----------A-TAGATAAATAAACTATAATGAAAAATA-A-----TA-----TA-----A-----------AA--CAATG-CTTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACATC-TATCACATGCATCT--G----T----ATATGTA----g
gi|12 : A------TT-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TCA-----AA----TGTTTGT-ATTTTCTTCTCAGAGG-CACCTATAATA---A--AAATACAAAAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAT-CT-------AGTACT--TA-A-TTG--------AATACG-----------TT---T---TCG------CT-TCTATT---CATA------ACT--GATTTTTA--A----------A-T-----AAGCAACCTTACTG-----TA-A-----TG-----TA----------------------AATT-ATATGAAAATTA------TA-TTtg
gi|13 : -A---------AA---AATA---------A-----AA----CATCCAT-GAATGCATAGCAAAGA-CATCTAAAAAT---ATAAAATACAATAC-CGCTGAATGATGCACTTTCATTTCACCCTCAGT-CTTAGAGTAATTATT--TC-A-TTA--------AATATG-----------TA---T---TTT------CT-TCAATT---CATA------TAT--GAC-TTTA--T----------A-T-----AAGACACTTTACTG-----GA-A-----CACAACTTA-----A-----------GA--C-ACA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACATC-TAACACATGTATTT--G----T----ACATGTtgatgagaaaatgcatacggtaaaagtcaacaaaattctgttatgttctatataac
gi|14 : ttgtaaatattatA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AA---AAAAATG----TTA-----AA----TATTTGT-AAATTCATCGCAGATG-CACCTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCAATTTGATTTCATCATCAAA-TTTAGAGTAAATATT--TA-A-TCA--------AGTATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--AATTTTTA--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----TA-A-----CA-----TT-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TATCATATGTT--T--T----T----GTA
gi|15 : taGT-AATTACATCGAAGAGG-CATCTAAAATA---A-GTAATGCAATAC-CGCC------------TTGA--------------CTAAGAGGAAATATT--TTTG-TTA--------GATAAGA----------TT---T---TTG------CT-TTAATT---TGTACACTAGTAA--GACATTTA--A----------A-T-----AGGAA-CCTTACCG-----TA-AAATAACA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGA
gi|16 : ctaTGAGAGTGACTATT--TA-A-TTA--------GGTTTG-----------CT---T---TTG------CT-CAAATT-----------------------TTA--G----------A-T-----AGGAAATCTAATTG-----TA-G-----CA-----TACCATAA-----------AA--CGACG-ATTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACACC-CATCACATGTA--TTCG----T----ATATAT-----ATATAT-ATGAGCATCTaaattctgtgctgttctgcacatgaaattatacacggatacagctgcagatgcgtatcataa
gi|17 : gtattactttcagatacattAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAAAAATATAT--TAA-A-AAA-TAATATACAAACAGAAGTAGCACGACGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAT-A---------AG---AATA-TGATTCTTC-----AA----TCTTTGT-CAATTTATTGCAGAGG-CAatttaatgactgttaaccgcgttagtcaataaaat
gi|18 : TGTG-----------TT---T---TTA------ATCTCAAT-----GTA------TATCTGATCTTTA--T----------G---------GAAA------TG-----TA-A-----CA-----TAGC---A-----------GAGCTAACGGATTTACTAATTA------TA-TTGC--TTGAATCACC-AATAACAAGTAGCT--GCAGAT----TTATGTT----AATTGT-ATTTGTATCTGATGAGATAACTGTATacattgtattcttgttggtcaatctatccatgttttctgatgaaagtctttattt
gi|19 : attttgttAATGCAATAC-CGCTTAATACTGTACTTTGATAACATTC-CAAATTTAAGAGTGAATATT--TA-A-TTAGGTTTAATTATACC-----------TTAGATTGGTTG------CT-TAAATTATAAATA------TAT--AACTTTTA--A----------A-T-----AAGAAACTTGACAG-----TG-A-----TA-----T------------------GA--AAA------TAAA-ATTA------TA-GTGG--TTG-GGCACC-TTACACAAGTA--T--T----T----GTAttacgatttagtcattagaagtatgctttatatata
gi|2 : ATGGAAATTATTTAAATTTT--AATACTATAAAAA-GTTACA-TATATTGTTTAACTA-AGA--TTTGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGAGACTCTAGAGA--CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGGCGAATATGTTGTGGAAGATGAAGTCCATTTTATTATTGAATGTAAAGCGAATAGTTCTATAAGAGAGAAATTTAT--------AAA--ACTATA--GATTAAAGTAGC---ATGTTA-AAA--GTTAT------TA-AA---------ATCACTAAAC-A---------AG---AAAA-TG----TT------------TGTTT-----ATTCATCGCAGAGG-CATCTAACATT---G-GGAATGCAATAT-CACTAAA-AATGCCCTTTGAATTCATCTTCAAA-CTAAGTGTAAGTATT--TA-A-TTT--------AATAGG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATC---CATA------TAT--TACTTTTA--T----------A-A-----AGGAAACCTTACTA-----TG-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAATG-ATGTAAATATAA------CA-TTAT--TTGAAA---C-TATCACATGTATGT--G----T----ATATGTATGTTATATGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATACaacgta
gi|20 : G-----TATA-----CA-----TA-----A-----------AA--CAAGT-ATGTGCAGATTACCGGTATA-TTGA--TTGTG-CA----ATCACATATA--T-------------T-TGTA----AAGTGT-TTTTGTGTCTAATGAGA-AACTGTATaatttaagtaaataaaattatgttct
gi|21 : ATGTTGTGGAAGATGAATTCAATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-ACGAA-TAtcagtaccaataaataccaatacaattctgttctgttttatacaatggtaaatgtgcacactatcaccatatgctaaacattgacaaccgaaaac
gi|21 : A-A---------CG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTCT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATG---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTGGATCTAATCCTTAAA-CTTAGtgtttaatctttctaaattcatcgcagaggcatctaaaatgagaaatgcaataccgctgaataatgcacttggatctaatccttaaacttag
gi|22 : atgttgtggaagatgaattcaattttatcattgaatgtaaagcttatagtactataagagagaaatatattAATATTCAATCACAAATAAAA-GTTACA-GATATTGCATAACTATGT---TTCGTATTC-ACGCTCATATTTTGAAGATAGAACCAGAAA-AGATGAAATGCAAAACAGAGATT--AGAGA
gi|23 : gttgtgataatcatcTAAATATT--TA-A-TGA--------CATATAACTGATATGCATT---T---TAA------GT-ATAATT---CATA------TAC--GCCTTTTA--T----------A-C-----AAGAGACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-------------------------AAAGATTA------TATTTAT--GTGAAAAACC-TATCACATATA--T--gagaaaa
gi|25 : ttaTG--T--G----T----ATATGTA----ATATGT-ATTTGTATCTGATGAAA-AACta
gi|26 : a-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTTGAA---T----------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TTA-----AA----TCTTTacagtttaagttaacagaactatgttttggtgtgttgtgttctgttatatataa
gi|27 : taTA--T--G----T----GTATGTA----ATTTGT-ATTTGTATCTGATAAGA-AACttctcaattatat
gi|28 : gt-----AAGAAACCTTTCTA-----TA-A-----AA-----TA-----A-----------GA--GAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TATCACATGTacagtttaagtcaacagaactatgttttggtt
gi|3 : TATGAAACGTCTTTAAATGTT--ATTACTACAAAAG-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---AAAGATTCGTATTT-CCGTTCATAATTTGAAAATTGAAACAG-GA-TGAT---ATGTTAGACAGAGACT--AGAGATGCAAGATAGACTGTGTATATTCTGTGACGAAAATGTTGTGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGCAAAGCATATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTTGC---ATGTTT-AA---TTTAA------CA-AT---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATG-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATTGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAACGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTGGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------AA--CAACG-ATGTTAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACTCC-TATCACATGTA--T--G----T----TTATGTA----ATTTGT-ATTTGTACATAATGAGA-AACTGTATAC
gi|4 : taTATGAATGTTATTTAAATGTA--ATTACTTCCAAAATGTTACA-GAT------T-----------TTCGTGTTT-TTGGTCATTATTTGAAAATAGAA-CAG-AATATAT---ATGCTAGACAGAGACT--AGAGA--CAAGATATTCTGTGTATATATTGTGATGAAA----T--------TGAATTCCATTTGATCACTGAATGTAAAGCTTATTGTATTACAAGAGAGACGTGTAC--T-A-A-AA--TACTATACAAACAGAAGCAGC---AAGTTT-AA---ATTAT------TA-AAGTTATTGAAATCATCAATA-C---------AG---AATA-TG----TCA-----AA----TATTTGT-AAATTGATCGCAGAGA-TATATAAAATA---T-GAGATGCAATAC-CGCT---TAAT-----------TCG----CAAA-CAAAGAGTACATATCCATA-AGTTT--------CAT--------------TT---T---TCG------CT-TTAATT---TGTA------------------A-------------A-T-----AGGAAACCTTACTGAAACACA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-GTGTGAAGATAA------TA-CTGT--TATAAACACC-TATCACATGCATTT--G----T----ATATGTA-------TGCAAATTGTATCTGATAATA-AACTGTATA
gi|5 : ttgttTAAAATTTATTTAAATTTT--ATTTCTGCACAAA-GTTACATAATAATATT--------G---TT--TATTT-CCGCTCATAATTTGGAA-TAGAAACAG-GA-AGAT---ATGTTAGACAGACACT--TGAGAC-------AGACTTTGTATATATTGTGATGAAAATGTTGCGGAAGATGAAGTCTATTTTATCAT-------AAAGCTTATAGTACTATAACAGAGAAATATATGAC-A-A-AAA-TACTACATA----GAAGTAGC---ATG---------TTT--------------------------------------------G---AAT--TT----TTA-----AA----T--TTATCAAAATCATCAGAAAGAATATGTTAAATCTTTG-TAAATTCATTGC-AGAGGCAGAG---ACCTTAATTTCAGTCTCAAA-CTAAGAGTTCATATT--TA-A-TTA--------TAGATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--GACATTAA--G----------A-T-----AAGAAGCTTTATTG-----TA-A-----CA-----TA-----G-----------AA--CAGCG-ATGTAAATATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-T-----ATGTA--T--T----T----TTATATaagtcaatctaattatgttaaattctgttc
gi|6 : gtccAAC---AA---T-CGTATTTTCCGCTCATAATCTGAACATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGCGACA--AGAGAT-C--------CTTTCTATATACTGTGATGAAAATG------------AATTCCATGTTAGCAATAAATGTAAAGTTTATAGTACTATAAGAGAGAAATGTAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAG---TAGC---ATGTTT-AA---ATTTC------TA-AA---------GTTATTGAAA-ATATGACTATAG---AATA-TA----TTA-----AA----TATCTGT-AAATTCATCGCAAAGA-CATCTAAAATA---A-GATATGAAATAT-CACGTAACAATGCACCTTGATTTCATCCTCAAT-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TAA--------GATATG-----------TC---A---TTG------TT-TTAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--A----------A-T-----AGGAAACATTACTGTAACATA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAgtatat
gi|7 : atgttaagtaaAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAA-CGTTGCGTAAGATAAATTCT-TTTTATCATTGAAAGTAAAGCTTATAGTATTATAAGAGGGAAATATAT--T-AGA-AAA-TAATATACAAACAGAAGTACC---ATGTTT-AA---ACTGA------TT-AA---------ATCATAAATA-A---------TG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTCTGT-AAATCCATCGCAGAGG-CATTTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTAAGTAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------GATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CGTA------TAT--GACTTCTT--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----CA-A-----CA-----TA-----A-----------GG--CAACG-ATGTAAGAATTA------TA-AAGTACTTGAAACACC-CTTCACATGTA--T--T----TGA--TTATGT
gi|8 : ATGTAAAGCTCATACCATTGTGAGAGAGAAATATAT--A-A-A-AAAATAATGTACTATCAGAAGTAGT---ATGCTT-AAATATTTAAGTTTGGTG-AA---------ATCTTCAACA-A---------AG---A-TA-GG----TGA-----GA----TATTTGT-ACATTCAAAACAGAGG-CATCTAAAATA---A-CAAATGCGGTAG-CACTTCATAATGCACATTTATTTCAGCCTCGAT-TTATGAGAGAATATT--TA-A-T-----------ATG-G-----------TTTGCT---TTG------CA-TAAATT---CGTA------TAT--GACTTTTAAGTAATAATGTAAA-T-----AGGAAACTGAACTG-----TA-A-----CA-----TA-----ACATACATATGTAA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGA--CTGAAACACCTTATCTCATGTATTT--G----TATTGGTATGTA----AAGTGT-AGTTGTGACTGACGACA-AAC
gi|9 : TTAA------AA-AA---------TTCATCAAGA-T---------AATTCAA-A-CG----TTATTTACAAGTTGTCTTTGT-AAACTCATCACAGAGG-CATCCTAAATA---A-GAAATACAATAT-CACTTAATAATGCACTTTGATTTCATC-------CTAAGAGTAAAAATT--TA-A-TTA--------GGGTTGT----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---TGTA------TAT--GACTTTT---T----------AGT-----AGGAAA---TGCTG-----T---------------TC-----A-----------GA--T--------------TTACC----TA-TC---------ACATG-TATTAAAT-----T--T----T----GTAGGTA----AATTGA-ATTTGTATATGATGAGA-AACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AACATCAATCACCTGTATGGTATTTGTAACTATCTGTTAATTGTACTTTATCCAGTGAAATACTACATACATGTATACAGTTTAAGTCAGTACAACCATAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGCGTTCTTATCAATGTGACAACCAAGGACT
Alignments
lowQualScore : 33333333 111 2222 33333333333333 111111111 11111111111 111111 1111111111111 11111 11111111111111111 1111
lowQualScore : 1 1 99 6 6 3 1 99999999 1 6 3 6 6 1 111 1 99 4444 5 1 44 0 7777 3 3 6 555 3 77777777777777 2 000000000 0 2 999999999 444 2 5555 55555 5555 3 2 2 5555 2 2 5 33 3 33 2 2 999999999 44444444444 777 333 666666 2 1 333 222222 22 5555555555555 2 55555 44444 1 44444 44444 11111111111111111 22 1 888888 2 333 2 2 88 66666 4444 99 2 7777 44 3 4
lowQualScore : . . .. . . . . ........ . . . . . . ... . .. .... . . .. . .... . . . ... . .............. . ......... . . ......... ... . .... ..... .... . . . .... . . . .. . .. . . ......... ........... ... ... ...... . . ... ...... .. ............. . ..... ..... . ..... ..... ................. .. . ...... . ... . . .. ..... .... .. . .... .. . .
lowQualScore : 0 0 22 7 7 3 4 99999999 0 7 2 7 7 0 777 0 22 8888 0 4 77 7 5555 3 3 7 888 3 55555555555555 7 777777777 4 4 444444444 111 4 0000 99999 0000 2 4 4 4444 5 4 1 88 2 11 2 2 888888888 22222222222 444 777 111111 1 0 777 111111 99 1111111111111 1 00000 33333 9 88888 88888 66666666666666666 66 9 999999 1 333 2 2 77 77777 7777 22 7 5555 77 6 0
consensus : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
Reference ( family-995 ) : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
gi|1 : ATATGAATGTT--ATTACTACAAAAA-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---A
gi|1 : CATTGAATGCAAAGCATGTAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAT------TA-AT---------ATCATCAATA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAATGTAATAC-CGCTGATTACTGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTAGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------GA--CAAAA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAC-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATTTGT-ATTTGTACCTAATGAGA-AACTGTGTACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgaatgcaaagcatgtagtactataagagagaaatatattaaaactgctttacaaacagaagtagcatgtttaatttattaatatcatcaataaagaatatgttaaatctttgtaaattcatcgcagagacatctaaaattagaaatgtaataccgctgattactgcactttgatttcatcctcaaacttagagtaaatatttagttatatatgtttttgcttaaattcatatatgacttttatataagtaaccttactgtaacaaaagacaaaaatgtaaagattatattatttgaaacacctaccacatgtatgtgtatatgtatgttatttgtatttgtacctaatgagaaactgtgtacagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|10 : atatgaatgttattactacaaaaaattacagatagtgtttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAAATTCTACACAGTTAGAAGTAGC---ATGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAAAA---------AG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATT---A-TAAATGCAATAC-CGTTGAATAATGCACTGTGATTTCATCCTCAAA-CTTAAAGTAAATATT--TA-A-TTA--------AATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATATACATGTAT--GACTTTCA--T----------A-T-----AAGAAACTTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGATCA------TA-TTAT--ATGAAACCAT-TAT-CATATGCA--TG----T----G--TATAT-agtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|11 : C---ATGTTT------TCTGA------TCTAA---------AT-ATCAAAA-A---------AT---AATA-TG----ATA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCCGAGG-CATCTGAAGTT---A-AAAATGCAATACATGCTTAATAATGCATTTTGATTTCCTCCACAAT-TTAAGAGTGATTATT--TA-A-TTA--------TGTTTG-----------TT---C---ATGCCCACACT-TAAATT---TGTG------TAT--GATTTTTA--A----------A-TAGATAAATAAACTATAATGAAAAATA-A-----TA-----TA-----A-----------AA--CAATG-CTTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACATC-TAT-CACATGCATCTG----T----A--TATGT-A----g
gi|12 : A------TT-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TCA-----AA----TGTTTGT-ATTTTCTTCTCAGAGG-CACCTATAATA---A--AAATACAAAAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAT-CT-------AGTACT--TA-A-TTG--------AATACG-----------TT---T---TCG------CT-TCTATT---CATA------ACT--GATTTTTA--A----------A-T-----AAGCAACCTTACTG-----TA-A-----TG-----TA----------------------AATT-ATATGAAAATTA------TA-TTtg
gi|13 : -A---------AA---AATA---------A-----AA----CATCCAT-GAATGCATAGCAAAGA-CATCTAAAAAT---ATAAAATACAATAC-CGCTGAATGATGCACTTTCATTTCACCCTCAGT-CTTAGAGTAATTATT--TC-A-TTA--------AATATG-----------TA---T---TTT------CT-TCAATT---CATA------TAT--GAC-TTTA--T----------A-T-----AAGACACTTTACTG-----GA-A-----CACAACTTA-----A-----------GA--C-ACA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACATC-TAA-CACATGTA--TT----T----G--TAtgatgagaaaatgcatacggtaaaagtcaacaaaattctgttatgttctatataac
gi|14 : ttgtaaatattatA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AA---AAAAATG----TTA-----AA----TATTTGT-AAATTCATCGCAGATG-CACCTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCAATTTGATTTCATCATCAAA-TTTAGAGTAAATATT--TA-A-TCA--------AGTATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--AATTTTTA--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----TA-A-----CA-----TT-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CATATGTT--TT----T----G--TAcatgt
gi|15 : taGT-AATTACATCGAAGAGG-CATCTAAAATA---A-GTAATGCAATAC-CGCC------------TTGA--------------CTAAGAGGAAATATT--TTTG-TTA--------GATAAGA----------TT---T---TTG------CT-TTAATT---TGTACACTAGTAA--GACATTTA--A----------A-T-----AGGAA-CCTTACCG-----TA-AAATAACA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGA
gi|16 : ctaTGAGAGTGACTATT--TA-A-TTA--------GGTTTG-----------CT---T---TTG------CT-CAAATT-----------------------TTA--G----------A-T-----AGGAAATCTAATTG-----TA-G-----CA-----TACCATAA-----------AA--CGACG-ATTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACACC-CAT-CACATGTA--TT----C----G--TATAT-AT---ATATAT-ATGAGCATCTaaattctgtgctgttctgcacatgaaattatacacggatacagctgcagatgcgtatcataa
gi|17 : gtattactttcagatacattAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAAAAATATAT--TAA-A-AAA-TAATATACAAACAGAAGTAGCACGACGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAT-A---------AG---AATA-TGATTCTTC-----AA----TCTTTGT-CAATTTATTGCAGAGG-CAatttaatgactgttaaccgcgttagtcaataaaat
gi|18 : TGTG-----------TT---T---TTA------ATCTCAAT-----GTA------TATCTGATCTTTA--T----------G---------GAAA------TG-----TA-A-----CA-----TAGC---A-----------GAGCTAACGGATTTACTAATTA------TA-TTGC--TTGAATCACC-AAT-AACAAGTAGCTGCAGAT----T--TATGTTA----AT-TGT-ATTTGTATCTGATGAGATAACTGTATacattgtattcttgttggtcaatctatccatgttttctgatgaaagtctttattt
gi|19 : attttgttAATGCAATAC-CGCTTAATACTGTACTTTGATAACATTC-CAAATTTAAGAGTGAATATT--TA-A-TTAGGTTTAATTATACC-----------TTAGATTGGTTG------CT-TAAATTATAAATA------TAT--AACTTTTA--A----------A-T-----AAGAAACTTGACAG-----TG-A-----TA-----T------------------GA--AAA------TAAA-ATTA------TA-GTGG--TTG-GGCACC-TTA-CACAAGTA--TT----T----G--TAttacgatttagtcattagaagtatgctttatatata
gi|2 : ATGGAAATTATTTAAATTTT--AATACTATAAAAA-GTTACA-TATATTGTTTAACTA-AGA--TTTGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGAGACTCTAGAGA--CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGGCGAATATGTTGTGGAAGATGAAGTCCATTTTATTATTGAATGTAAAGCGAATAGTTCTATAAGAGAGAAATTTAT--------AAA--ACTATA--GATTAAAGTAGC---ATGTTA-AAA--GTTAT------TA-AA---------ATCACTAAAC-A---------AG---AAAA-TG----TT------------TGTTT-----ATTCATCGCAGAGG-CATCTAACATT---G-GGAATGCAATAT-CACTAAA-AATGCCCTTTGAATTCATCTTCAAA-CTAAGTGTAAGTATT--TA-A-TTT--------AATAGG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATC---CATA------TAT--TACTTTTA--T----------A-A-----AGGAAACCTTACTA-----TG-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAATG-ATGTAAATATAA------CA-TTAT--TTGAAA---C-TAT-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATATGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATACaacgta
gi|20 : G-----TATA-----CA-----TA-----A-----------AA--CAAGT-ATGTGCAGATTACCGGTATA-TTGA--TTGTG-CA----AT-CACATATA--TT----T----G--TA----A----A-GTGT-TTTTGTGTCTAATGAGA-AACTGTATaatttaagtaaataaaattatgttct
gi|21 : ATGTTGTGGAAGATGAATTCAATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-ACGAA-TAtcagtaccaataaataccaatacaattctgttctgttttatacaatggtaaatgtgcacactatcaccatatgctaaacattgacaaccgaaaac
gi|21 : A-A---------CG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTCT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATG---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTGGATCTAATCCTTAAA-CTTAGtgtttaatctttctaaattcatcgcagaggcatctaaaatgagaaatgcaataccgctgaataatgcacttggatctaatccttaaacttag
gi|22 : atgttgtggaagatgaattcaattttatcattgaatgtaaagcttatagtactataagagagaaatatattTGTGATAATCATC--AATATTCAATCACAAATAAAA-GTTACA-GATATTGCATAACTATGT---TTCGTATTC-ACGCTCATATTTTGAAGATAGAACCAGAAA-AGATGAAATGCAAAACAGAGATT--AGAGA
gi|23 : gtTAAATATT--TA-A-TGA--------CATATAACTGATATGCATT---T---TAA------GT-ATAATT---CATA------TAC--GCCTTTTA--T----------A-C-----AAGAGACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-------------------------AAAGATTA------TATTTAT--GTGAAAAACC-TAT-CACATATA--Tgagaaaa
gi|25 : ttaTG--TG----T----A--TATGT-A----ATATGT-ATTTGTATCTGATGAAA-AACta
gi|26 : a-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTTGAA---T----------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TTA-----AA----TCTTTacagtttaagttaacagaactatgttttggtgtgttgtgttctgttatatataa
gi|27 : taTA--TG----T----G--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTATCTGATAAGA-AACttctcaattatat
gi|28 : gt-----AAGAAACCTTTCTA-----TA-A-----AA-----TA-----A-----------GA--GAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTacagtttaagtcaacagaactatgttttggtt
gi|3 : TATGAAACGTCTTTAAATGTT--ATTACTACAAAAG-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---AAAGATTCGTATTT-CCGTTCATAATTTGAAAATTGAAACAG-GA-TGAT---ATGTTAGACAGAGACT--AGAGATGCAAGATAGACTGTGTATATTCTGTGACGAAAATGTTGTGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGCAAAGCATATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTTGC---ATGTTT-AA---TTTAA------CA-AT---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATG-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATTGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAACGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTGGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------AA--CAACG-ATGTTAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACTCC-TAT-CACATGTA--TG----T----T--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTACATAATGAGA-AACTGTATAC
gi|4 : taTATGAATGTTATTTAAATGTA--ATTACTTCCAAAATGTTACA-GAT------T-----------TTCGTGTTT-TTGGTCATTATTTGAAAATAGAA-CAG-AATATAT---ATGCTAGACAGAGACT--AGAGA--CAAGATATTCTGTGTATATATTGTGATGAAA----T--------TGAATTCCATTTGATCACTGAATGTAAAGCTTATTGTATTACAAGAGAGACGTGTAC--T-A-A-AA--TACTATACAAACAGAAGCAGC---AAGTTT-AA---ATTAT------TA-AAGTTATTGAAATCATCAATA-C---------AG---AATA-TG----TCA-----AA----TATTTGT-AAATTGATCGCAGAGA-TATATAAAATA---T-GAGATGCAATAC-CGCT---TAAT-----------TCG----CAAA-CAAAGAGTACATATCCATA-AGTTT--------CAT--------------TT---T---TCG------CT-TTAATT---TGTA------------------A-------------A-T-----AGGAAACCTTACTGAAACACA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-GTGTGAAGATAA------TA-CTGT--TATAAACACC-TAT-CACATGCA--TT----T----G--TATAT------GTATGCAAATTGTATCTGATAATA-AACTGTATA
gi|5 : ttgttTAAAATTTATTTAAATTTT--ATTTCTGCACAAA-GTTACATAATAATATT--------G---TT--TATTT-CCGCTCATAATTTGGAA-TAGAAACAG-GA-AGAT---ATGTTAGACAGACACT--TGAGAC-------AGACTTTGTATATATTGTGATGAAAATGTTGCGGAAGATGAAGTCTATTTTATCAT-------AAAGCTTATAGTACTATAACAGAGAAATATATGAC-A-A-AAA-TACTACATA----GAAGTAGC---ATG---------TTT--------------------------------------------G---AAT--TT----TTA-----AA----T--TTATCAAAATCATCAGAAAGAATATGTTAAATCTTTG-TAAATTCATTGC-AGAGGCAGAG---ACCTTAATTTCAGTCTCAAA-CTAAGAGTTCATATT--TA-A-TTA--------TAGATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--GACATTAA--G----------A-T-----AAGAAGCTTTATTG-----TA-A-----CA-----TA-----G-----------AA--CAGCG-ATGTAAATATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TATGTATTTTTA--TA----T----G--TATAT-aagtcaatctaattatgttaaattctgttc
gi|6 : gtccAAC---AA---T-CGTATTTTCCGCTCATAATCTGAACATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGCGACA--AGAGAT-C--------CTTTCTATATACTGTGATGAAAATG------------AATTCCATGTTAGCAATAAATGTAAAGTTTATAGTACTATAAGAGAGAAATGTAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAG---TAGC---ATGTTT-AA---ATTTC------TA-AA---------GTTATTGAAA-ATATGACTATAG---AATA-TA----TTA-----AA----TATCTGT-AAATTCATCGCAAAGA-CATCTAAAATA---A-GATATGAAATAT-CACGTAACAATGCACCTTGATTTCATCCTCAAT-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TAA--------GATATG-----------TC---A---TTG------TT-TTAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--A----------A-T-----AGGAAACATTACTGTAACATA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAA
gi|7 : atgttaagtaaAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAA-CGTTGCGTAAGATAAATTCT-TTTTATCATTGAAAGTAAAGCTTATAGTATTATAAGAGGGAAATATAT--T-AGA-AAA-TAATATACAAACAGAAGTACC---ATGTTT-AA---ACTGA------TT-AA---------ATCATAAATA-A---------TG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTCTGT-AAATCCATCGCAGAGG-CATTTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTAAGTAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------GATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CGTA------TAT--GACTTCTT--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----CA-A-----CA-----TA-----A-----------GG--CAACG-ATGTAAGAATTA------TA-AAGTACTTGAAACACC-CTT-CACATGTA--TT----T----GATTATGT-
gi|8 : ATGTAAAGCTCATACCATTGTGAGAGAGAAATATAT--A-A-A-AAAATAATGTACTATCAGAAGTAGT---ATGCTT-AAATATTTAAGTTTGGTG-AA---------ATCTTCAACA-A---------AG---A-TA-GG----TGA-----GA----TATTTGT-ACATTCAAAACAGAGG-CATCTAAAATA---A-CAAATGCGGTAG-CACTTCATAATGCACATTTATTTCAGCCTCGAT-TTATGAGAGAATATT--TA-A-T-----------ATG-G-----------TTTGCT---TTG------CA-TAAATT---CGTA------TAT--GACTTTTAAGTAATAATGTAAA-T-----AGGAAACTGAACTG-----TA-A-----CA-----TA-----ACATACATATGTAA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGA--CTGAAACACCTTAT-CTCATGTATTTG----TATTGG--TATGT-A----AAGTGT-AGTTGTGACTGACGACA-AAC
gi|9 : TTAA------AA-AA---------TTCATCAAGA-T---------AATTCAA-A-CG----TTATTTACAAGTTGTCTTTGT-AAACTCATCACAGAGG-CATCCTAAATA---A-GAAATACAATAT-CACTTAATAATGCACTTTGATTTCATC-------CTAAGAGTAAAAATT--TA-A-TTA--------GGGTTGT----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---TGTA------TAT--GACTTTT---T----------AGT-----AGGAAA---TGCTG-----T---------------TC-----A-----------GA--T--------------TTACC----TA-TC---------ACATG-TAT-TAAAT-----TT----T----G--TAGGT-A----AATTGA-ATTTGTATATGATGAGA-AACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AACATCAATCACCTGTATGGTATTTGTAACTATCTGTTAATTGTACTTTATCCAGTGAAATACTACATACATGTATACAGTTTAAGTCAGTACAACCATAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGCGTTCTTATCAATGTGACAACCAAGGACT
Alignments
lowQualScore : 33333333 111 2222 33333333333333 111111111 11111111111 111111 1111111111111 11111 11111111111111111 1111
lowQualScore : 1 1 99 6 6 3 1 99999999 1 6 3 6 6 1 111 1 99 4444 5 1 44 0 7777 3 3 6 555 3 77777777777777 2 000000000 0 2 999999999 444 2 5555 55555 5555 3 2 2 5555 2 2 5 33 3 33 2 2 999999999 44444444444 777 333 666666 2 1 333 222222 22 5555555555555 2 55555 44444 1 44444 44444 11111111111111111 22 1 888888 2 333 2 2 88 66666 4444 99 2 7777 44 3 4
lowQualScore : . . .. . . . . ........ . . . . . . ... . .. .... . . .. . .... . . . ... . .............. . ......... . . ......... ... . .... ..... .... . . . .... . . . .. . .. . . ......... ........... ... ... ...... . . ... ...... .. ............. . ..... ..... . ..... ..... ................. .. . ...... . ... . . .. ..... .... .. . .... .. . .
lowQualScore : 0 0 22 7 7 3 4 99999999 0 7 2 7 7 0 777 0 22 8888 0 4 77 7 5555 3 3 7 888 3 55555555555555 7 777777777 4 4 444444444 111 4 0000 99999 0000 2 4 4 4444 5 4 1 88 2 11 2 2 888888888 22222222222 444 777 111111 1 0 777 111111 99 1111111111111 1 00000 33333 9 88888 88888 66666666666666666 66 9 999999 1 333 2 2 77 77777 7777 22 7 5555 77 6 0
consensus : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
Reference ( family-995 ) : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
gi|1 : ATATGAATGTT--ATTACTACAAAAA-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---A
gi|1 : CATTGAATGCAAAGCATGTAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAT------TA-AT---------ATCATCAATA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAATGTAATAC-CGCTGATTACTGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTAGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------GA--CAAAA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAC-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATTTGT-ATTTGTACCTAATGAGA-AACTGTGTACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgaatgcaaagcatgtagtactataagagagaaatatattaaaactgctttacaaacagaagtagcatgtttaatttattaatatcatcaataaagaatatgttaaatctttgtaaattcatcgcagagacatctaaaattagaaatgtaataccgctgattactgcactttgatttcatcctcaaacttagagtaaatatttagttatatatgtttttgcttaaattcatatatgacttttatataagtaaccttactgtaacaaaagacaaaaatgtaaagattatattatttgaaacacctaccacatgtatgtgtatatgtatgttatttgtatttgtacctaatgagaaactgtgtacagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|10 : atatgaatgttattactacaaaaaattacagatagtgtttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAAATTCTACACAGTTAGAAGTAGC---ATGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAAAA---------AG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATT---A-TAAATGCAATAC-CGTTGAATAATGCACTGTGATTTCATCCTCAAA-CTTAAAGTAAATATT--TA-A-TTA--------AATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATATACATGTAT--GACTTTCA--T----------A-T-----AAGAAACTTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGATCA------TA-TTAT--ATGAAACCAT-TAT-CATATGCA--TG----T----G--TATAT-agtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|11 : C---ATGTTT------TCTGA------TCTAA---------AT-ATCAAAA-A---------AT---AATA-TG----ATA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCCGAGG-CATCTGAAGTT---A-AAAATGCAATACATGCTTAATAATGCATTTTGATTTCCTCCACAAT-TTAAGAGTGATTATT--TA-A-TTA--------TGTTTG-----------TT---C---ATGCCCACACT-TAAATT---TGTG------TAT--GATTTTTA--A----------A-TAGATAAATAAACTATAATGAAAAATA-A-----TA-----TA-----A-----------AA--CAATG-CTTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACATC-TAT-CACATGCATCTG----T----A--TATGT-A----g
gi|12 : A------TT-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TCA-----AA----TGTTTGT-ATTTTCTTCTCAGAGG-CACCTATAATA---A--AAATACAAAAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAT-CT-------AGTACT--TA-A-TTG--------AATACG-----------TT---T---TCG------CT-TCTATT---CATA------ACT--GATTTTTA--A----------A-T-----AAGCAACCTTACTG-----TA-A-----TG-----TA----------------------AATT-ATATGAAAATTA------TA-TTtg
gi|13 : -A---------AA---AATA---------A-----AA----CATCCAT-GAATGCATAGCAAAGA-CATCTAAAAAT---ATAAAATACAATAC-CGCTGAATGATGCACTTTCATTTCACCCTCAGT-CTTAGAGTAATTATT--TC-A-TTA--------AATATG-----------TA---T---TTT------CT-TCAATT---CATA------TAT--GAC-TTTA--T----------A-T-----AAGACACTTTACTG-----GA-A-----CACAACTTA-----A-----------GA--C-ACA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACATC-TAA-CACATGTA--TT----T----G--TAtgatgagaaaatgcatacggtaaaagtcaacaaaattctgttatgttctatataac
gi|14 : ttgtaaatattatA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AA---AAAAATG----TTA-----AA----TATTTGT-AAATTCATCGCAGATG-CACCTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCAATTTGATTTCATCATCAAA-TTTAGAGTAAATATT--TA-A-TCA--------AGTATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--AATTTTTA--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----TA-A-----CA-----TT-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CATATGTT--TT----T----G--TAcatgt
gi|15 : taGT-AATTACATCGAAGAGG-CATCTAAAATA---A-GTAATGCAATAC-CGCC------------TTGA--------------CTAAGAGGAAATATT--TTTG-TTA--------GATAAGA----------TT---T---TTG------CT-TTAATT---TGTACACTAGTAA--GACATTTA--A----------A-T-----AGGAA-CCTTACCG-----TA-AAATAACA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGA
gi|16 : ctaTGAGAGTGACTATT--TA-A-TTA--------GGTTTG-----------CT---T---TTG------CT-CAAATT-----------------------TTA--G----------A-T-----AGGAAATCTAATTG-----TA-G-----CA-----TACCATAA-----------AA--CGACG-ATTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACACC-CAT-CACATGTA--TT----C----G--TATAT-AT---ATATAT-ATGAGCATCTaaattctgtgctgttctgcacatgaaattatacacggatacagctgcagatgcgtatcataa
gi|17 : gtattactttcagatacattAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAAAAATATAT--TAA-A-AAA-TAATATACAAACAGAAGTAGCACGACGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAT-A---------AG---AATA-TGATTCTTC-----AA----TCTTTGT-CAATTTATTGCAGAGG-CAatttaatgactgttaaccgcgttagtcaataaaat
gi|18 : TGTG-----------TT---T---TTA------ATCTCAAT-----GTA------TATCTGATCTTTA--T----------G---------GAAA------TG-----TA-A-----CA-----TAGC---A-----------GAGCTAACGGATTTACTAATTA------TA-TTGC--TTGAATCACC-AAT-AACAAGTAGCTGCAGAT----T--TATGTTA----AT-TGT-ATTTGTATCTGATGAGATAACTGTATacattgtattcttgttggtcaatctatccatgttttctgatgaaagtctttattt
gi|19 : attttgttAATGCAATAC-CGCTTAATACTGTACTTTGATAACATTC-CAAATTTAAGAGTGAATATT--TA-A-TTAGGTTTAATTATACC-----------TTAGATTGGTTG------CT-TAAATTATAAATA------TAT--AACTTTTA--A----------A-T-----AAGAAACTTGACAG-----TG-A-----TA-----T------------------GA--AAA------TAAA-ATTA------TA-GTGG--TTG-GGCACC-TTA-CACAAGTA--TT----T----G--TAttacgatttagtcattagaagtatgctttatatata
gi|2 : ATGGAAATTATTTAAATTTT--AATACTATAAAAA-GTTACA-TATATTGTTTAACTA-AGA--TTTGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGAGACTCTAGAGA--CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGGCGAATATGTTGTGGAAGATGAAGTCCATTTTATTATTGAATGTAAAGCGAATAGTTCTATAAGAGAGAAATTTAT--------AAA--ACTATA--GATTAAAGTAGC---ATGTTA-AAA--GTTAT------TA-AA---------ATCACTAAAC-A---------AG---AAAA-TG----TT------------TGTTT-----ATTCATCGCAGAGG-CATCTAACATT---G-GGAATGCAATAT-CACTAAA-AATGCCCTTTGAATTCATCTTCAAA-CTAAGTGTAAGTATT--TA-A-TTT--------AATAGG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATC---CATA------TAT--TACTTTTA--T----------A-A-----AGGAAACCTTACTA-----TG-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAATG-ATGTAAATATAA------CA-TTAT--TTGAAA---C-TAT-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATATGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATACaacgta
gi|20 : G-----TATA-----CA-----TA-----A-----------AA--CAAGT-ATGTGCAGATTACCGGTATA-TTGA--TTGTG-CA----AT-CACATATA--TT----T----G--TA----A----A-GTGT-TTTTGTGTCTAATGAGA-AACTGTATaatttaagtaaataaaattatgttct
gi|21 : ATGTTGTGGAAGATGAATTCAATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-ACGAA-TAtcagtaccaataaataccaatacaattctgttctgttttatacaatggtaaatgtgcacactatcaccatatgctaaacattgacaaccgaaaac
gi|21 : A-A---------CG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTCT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATG---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTGGATCTAATCCTTAAA-CTTAGtgtttaatctttctaaattcatcgcagaggcatctaaaatgagaaatgcaataccgctgaataatgcacttggatctaatccttaaacttag
gi|22 : atgttgtggaagatgaattcaattttatcattgaatgtaaagcttatagtactataagagagaaatatattTGTGATAATCATC--AATATTCAATCACAAATAAAA-GTTACA-GATATTGCATAACTATGT---TTCGTATTC-ACGCTCATATTTTGAAGATAGAACCAGAAA-AGATGAAATGCAAAACAGAGATT--AGAGA
gi|23 : gtTAAATATT--TA-A-TGA--------CATATAACTGATATGCATT---T---TAA------GT-ATAATT---CATA------TAC--GCCTTTTA--T----------A-C-----AAGAGACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-------------------------AAAGATTA------TATTTAT--GTGAAAAACC-TAT-CACATATA--Tgagaaaa
gi|25 : ttaTG--TG----T----A--TATGT-A----ATATGT-ATTTGTATCTGATGAAA-AACta
gi|26 : a-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTTGAA---T----------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TTA-----AA----TCTTTacagtttaagttaacagaactatgttttggtgtgttgtgttctgttatatataa
gi|27 : taTA--TG----T----G--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTATCTGATAAGA-AACttctcaattatat
gi|28 : gt-----AAGAAACCTTTCTA-----TA-A-----AA-----TA-----A-----------GA--GAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTacagtttaagtcaacagaactatgttttggtt
gi|3 : TATGAAACGTCTTTAAATGTT--ATTACTACAAAAG-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---AAAGATTCGTATTT-CCGTTCATAATTTGAAAATTGAAACAG-GA-TGAT---ATGTTAGACAGAGACT--AGAGATGCAAGATAGACTGTGTATATTCTGTGACGAAAATGTTGTGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGCAAAGCATATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTTGC---ATGTTT-AA---TTTAA------CA-AT---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATG-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATTGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAACGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTGGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------AA--CAACG-ATGTTAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACTCC-TAT-CACATGTA--TG----T----T--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTACATAATGAGA-AACTGTATAC
gi|4 : taTATGAATGTTATTTAAATGTA--ATTACTTCCAAAATGTTACA-GAT------T-----------TTCGTGTTT-TTGGTCATTATTTGAAAATAGAA-CAG-AATATAT---ATGCTAGACAGAGACT--AGAGA--CAAGATATTCTGTGTATATATTGTGATGAAA----T--------TGAATTCCATTTGATCACTGAATGTAAAGCTTATTGTATTACAAGAGAGACGTGTAC--T-A-A-AA--TACTATACAAACAGAAGCAGC---AAGTTT-AA---ATTAT------TA-AAGTTATTGAAATCATCAATA-C---------AG---AATA-TG----TCA-----AA----TATTTGT-AAATTGATCGCAGAGA-TATATAAAATA---T-GAGATGCAATAC-CGCT---TAAT-----------TCG----CAAA-CAAAGAGTACATATCCATA-AGTTT--------CAT--------------TT---T---TCG------CT-TTAATT---TGTA------------------A-------------A-T-----AGGAAACCTTACTGAAACACA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-GTGTGAAGATAA------TA-CTGT--TATAAACACC-TAT-CACATGCA--TT----T----G--TATAT------GTATGCAAATTGTATCTGATAATA-AACTGTATA
gi|5 : ttgttTAAAATTTATTTAAATTTT--ATTTCTGCACAAA-GTTACATAATAATATT--------G---TT--TATTT-CCGCTCATAATTTGGAA-TAGAAACAG-GA-AGAT---ATGTTAGACAGACACT--TGAGAC-------AGACTTTGTATATATTGTGATGAAAATGTTGCGGAAGATGAAGTCTATTTTATCAT-------AAAGCTTATAGTACTATAACAGAGAAATATATGAC-A-A-AAA-TACTACATA----GAAGTAGC---ATG---------TTT--------------------------------------------G---AAT--TT----TTA-----AA----T--TTATCAAAATCATCAGAAAGAATATGTTAAATCTTTG-TAAATTCATTGC-AGAGGCAGAG---ACCTTAATTTCAGTCTCAAA-CTAAGAGTTCATATT--TA-A-TTA--------TAGATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--GACATTAA--G----------A-T-----AAGAAGCTTTATTG-----TA-A-----CA-----TA-----G-----------AA--CAGCG-ATGTAAATATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TATGTATTTTTA--TA----T----G--TATAT-aagtcaatctaattatgttaaattctgttc
gi|6 : gtccAAC---AA---T-CGTATTTTCCGCTCATAATCTGAACATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGCGACA--AGAGAT-C--------CTTTCTATATACTGTGATGAAAATG------------AATTCCATGTTAGCAATAAATGTAAAGTTTATAGTACTATAAGAGAGAAATGTAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAG---TAGC---ATGTTT-AA---ATTTC------TA-AA---------GTTATTGAAA-ATATGACTATAG---AATA-TA----TTA-----AA----TATCTGT-AAATTCATCGCAAAGA-CATCTAAAATA---A-GATATGAAATAT-CACGTAACAATGCACCTTGATTTCATCCTCAAT-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TAA--------GATATG-----------TC---A---TTG------TT-TTAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--A----------A-T-----AGGAAACATTACTGTAACATA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAA
gi|7 : atgttaagtaaAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAA-CGTTGCGTAAGATAAATTCT-TTTTATCATTGAAAGTAAAGCTTATAGTATTATAAGAGGGAAATATAT--T-AGA-AAA-TAATATACAAACAGAAGTACC---ATGTTT-AA---ACTGA------TT-AA---------ATCATAAATA-A---------TG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTCTGT-AAATCCATCGCAGAGG-CATTTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTAAGTAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------GATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CGTA------TAT--GACTTCTT--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----CA-A-----CA-----TA-----A-----------GG--CAACG-ATGTAAGAATTA------TA-AAGTACTTGAAACACC-CTT-CACATGTA--TT----T----GATTATGT-
gi|8 : ATGTAAAGCTCATACCATTGTGAGAGAGAAATATAT--A-A-A-AAAATAATGTACTATCAGAAGTAGT---ATGCTT-AAATATTTAAGTTTGGTG-AA---------ATCTTCAACA-A---------AG---A-TA-GG----TGA-----GA----TATTTGT-ACATTCAAAACAGAGG-CATCTAAAATA---A-CAAATGCGGTAG-CACTTCATAATGCACATTTATTTCAGCCTCGAT-TTATGAGAGAATATT--TA-A-T-----------ATG-G-----------TTTGCT---TTG------CA-TAAATT---CGTA------TAT--GACTTTTAAGTAATAATGTAAA-T-----AGGAAACTGAACTG-----TA-A-----CA-----TA-----ACATACATATGTAA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGA--CTGAAACACCTTAT-CTCATGTATTTG----TATTGG--TATGT-A----AAGTGT-AGTTGTGACTGACGACA-AAC
gi|9 : TTAA------AA-AA---------TTCATCAAGA-T---------AATTCAA-A-CG----TTATTTACAAGTTGTCTTTGT-AAACTCATCACAGAGG-CATCCTAAATA---A-GAAATACAATAT-CACTTAATAATGCACTTTGATTTCATC-------CTAAGAGTAAAAATT--TA-A-TTA--------GGGTTGT----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---TGTA------TAT--GACTTTT---T----------AGT-----AGGAAA---TGCTG-----T---------------TC-----A-----------GA--T--------------TTACC----TA-TC---------ACATG-TAT-TAAAT-----TT----T----G--TAGGT-A----AATTGA-ATTTGTATATGATGAGA-AACT
blockSeqs : A T CA T T T A TATGT C T C A T G GAA C . TGCA A T GT GAC G C A ACG G ATTTTTAAAGTTAT T GTTATTGAA A TATGACTAT TTC A ATTC TTTAC GTTG C C A CTTT T A G AT T CA T G GGTTTAATT ACTGATATGCA AGA TGG CCCACA C C ATA TACATG CT AGTAATAATGTAA G AGATA AAAAA T AATAA CAACT ACATACATATGT GC G CCGGTA T TAC T G TC GCAGA ATTG TA T TGTT TA A T
blockSeqs : C A . . . T A AAAGA C . A . . G . T . CA A T GT TA . . A . . ATTTTTAAAGTTAT . . . . . . . . . C . . T . . T A A . . . A A TGC . . . A . CACTAG . T . . AAACA . . . CCATAA . . CC . T . . GC G . AT . T TA . .
blockSeqs : G G . . . G A AA C . A . . T . C . TC A T GC T . . . . . ATATTTAAGTTTGG . . . . . . . . . G . . T . . G T T . . . T T . . . . C . . . A . . TAACA . . . GCA . . . . A . . TT G . . . . TA . .
blockSeqs : T G . . . A A G C . A . . G . T . C A T GC T . . . . . AGTTAT . . . . . . . . . A . . A . . G T T . . . A . . . . . C . . . A . . . . . . A . . . . T . . . T . . . . TT . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . T . A . . . . T . . . . . TCTGA . . . . . . . . . A . . T . . G T A . . . A . . . . . C . . . T . . . . . . A . . . . T . . . T . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . TTTAA . . . . . . . . . C . . T . . T A G . . . A . . . . . T . . . T . . . . . . A . . . . A . . . T . . . . TA . .
blockSeqs : T . . . . . ATTAT . . . . . . . . . G . . A . . A A A . . . G . . . . . A . . . A . . . . . . A . . . . C . . . T . . . . AG . .
blockSeqs : T . . . . . ATTTC . . . . . . . . . C . . T . . G A A . . . G . . . . . C . . . G . . . . . . A . . . . G . . . G . . . . AT . .
blockSeqs : A . . . . . ACTGA . . . . . . . . . C . . G . . G A T . . . A . . . . . A . . . T . . . . . . A . . . . T . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . TTT . . . . . . . . . C . . T . . G A T . . . C . . . . . C . . . A . . . . . . A . . . . A . . . G . . . . G .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . A . . A . . T A A . . . T . . . . . T . . . T . . . . . . A . . . . T . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A . . A T A . . . C . . . . . A . . . T . . . . . . A . . . . T . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . T . . T A A . . . T . . . . . T . . . T . . . . . . A . . . . T . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A . . T T A . . . G . . . . . C . . . G . . . . . . A . . . . T . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . A . . . . A . . . G . . . . . T . . . A . . . . . . G . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . C . . . T . . . . . . A . . . . A . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . A . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ****
originalCons : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
finalCons : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AACATCAATCACCTGTATGGTATTTGTAACTATCTGTTAATTGTACTTTATCCAGTGAAATACTACATACATGTATACAGTTTAAGTCAGTACAACCATAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGCGTTCTTATCAATGTGACAACCAAGGACT
Alignments
lowQualScore : 33333333 111 2222 33333333333333 111111111 11111111111 111111 1111111111111 11111 11111111111111111 1111
lowQualScore : 1 1 99 6 6 3 1 99999999 1 6 3 6 6 1 111 1 99 4444 5 1 44 0 7777 3 3 6 555 3 77777777777777 2 000000000 0 2 999999999 444 2 5555 55555 5555 3 2 2 5555 2 2 5 33 3 33 2 2 999999999 44444444444 777 333 666666 2 1 333 222222 22 5555555555555 2 55555 44444 1 44444 44444 11111111111111111 22 1 888888 2 333 2 2 88 66666 4444 99 2 7777 44 3 4
lowQualScore : . . .. . . . . ........ . . . . . . ... . .. .... . . .. . .... . . . ... . .............. . ......... . . ......... ... . .... ..... .... . . . .... . . . .. . .. . . ......... ........... ... ... ...... . . ... ...... .. ............. . ..... ..... . ..... ..... ................. .. . ...... . ... . . .. ..... .... .. . .... .. . .
lowQualScore : 0 0 22 7 7 3 4 99999999 0 7 2 7 7 0 777 0 22 8888 0 4 77 7 5555 3 3 7 888 3 55555555555555 7 777777777 4 4 444444444 111 4 0000 99999 0000 2 4 4 4444 5 4 1 88 2 11 2 2 888888888 22222222222 444 777 111111 1 0 777 111111 99 1111111111111 1 00000 33333 9 88888 88888 66666666666666666 66 9 999999 1 333 2 2 77 77777 7777 22 7 5555 77 6 0
consensus : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
Reference ( family-995 ) : NNTATGAAANTTATTTAAATGTT--ATTACTACAAAAA-GTTACA-GATANTGTTTAAC---AG---TTCGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ANAT---ATGNTAGACAGAGACT--AGAGAT-CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAAATGTTGCGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAA------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATN---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------NATATG-----------TT---T---TTG------CT-TNAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGAAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTA--TG----T----G--TATGT-A----ATNTGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATAC
gi|1 : ATATGAATGTT--ATTACTACAAAAA-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---A
gi|1 : CATTGAATGCAAAGCATGTAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTAGC---ATGTTT-AA---TTTAT------TA-AT---------ATCATCAATA-A---------AG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAATGTAATAC-CGCTGATTACTGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTAGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------GA--CAAAA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAC-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATTTGT-ATTTGTACCTAATGAGA-AACTGTGTACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgaatgcaaagcatgtagtactataagagagaaatatattaaaactgctttacaaacagaagtagcatgtttaatttattaatatcatcaataaagaatatgttaaatctttgtaaattcatcgcagagacatctaaaattagaaatgtaataccgctgattactgcactttgatttcatcctcaaacttagagtaaatatttagttatatatgtttttgcttaaattcatatatgacttttatataagtaaccttactgtaacaaaagacaaaaatgtaaagattatattatttgaaacacctaccacatgtatgtgtatatgtatgttatttgtatttgtacctaatgagaaactgtgtacagtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|10 : atatgaatgttattactacaaaaaattacagatagtgtttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAAATTCTACACAGTTAGAAGTAGC---ATGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAAAA---------AG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATT---A-TAAATGCAATAC-CGTTGAATAATGCACTGTGATTTCATCCTCAAA-CTTAAAGTAAATATT--TA-A-TTA--------AATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATATACATGTAT--GACTTTCA--T----------A-T-----AAGAAACTTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGATCA------TA-TTAT--ATGAAACCAT-TAT-CATATGCA--TG----T----G--TATAT-agtttaagtcaataaaattatgttcggtttgttatatata
gi|11 : C---ATGTTT------TCTGA------TCTAA---------AT-ATCAAAA-A---------AT---AATA-TG----ATA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATCGCCGAGG-CATCTGAAGTT---A-AAAATGCAATACATGCTTAATAATGCATTTTGATTTCCTCCACAAT-TTAAGAGTGATTATT--TA-A-TTA--------TGTTTG-----------TT---C---ATGCCCACACT-TAAATT---TGTG------TAT--GATTTTTA--A----------A-TAGATAAATAAACTATAATGAAAAATA-A-----TA-----TA-----A-----------AA--CAATG-CTTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACATC-TAT-CACATGCATCTG----T----A--TATGT-A----g
gi|12 : A------TT-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TCA-----AA----TGTTTGT-ATTTTCTTCTCAGAGG-CACCTATAATA---A--AAATACAAAAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAT-CT-------AGTACT--TA-A-TTG--------AATACG-----------TT---T---TCG------CT-TCTATT---CATA------ACT--GATTTTTA--A----------A-T-----AAGCAACCTTACTG-----TA-A-----TG-----TA----------------------AATT-ATATGAAAATTA------TA-TTtg
gi|13 : -A---------AA---AATA---------A-----AA----CATCCAT-GAATGCATAGCAAAGA-CATCTAAAAAT---ATAAAATACAATAC-CGCTGAATGATGCACTTTCATTTCACCCTCAGT-CTTAGAGTAATTATT--TC-A-TTA--------AATATG-----------TA---T---TTT------CT-TCAATT---CATA------TAT--GAC-TTTA--T----------A-T-----AAGACACTTTACTG-----GA-A-----CACAACTTA-----A-----------GA--C-ACA-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACATC-TAA-CACATGTA--TT----T----G--TAtgatgagaaaatgcatacggtaaaagtcaacaaaattctgttatgttctatataac
gi|14 : ttgtaaatattatA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AA---AAAAATG----TTA-----AA----TATTTGT-AAATTCATCGCAGATG-CACCTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCAATTTGATTTCATCATCAAA-TTTAGAGTAAATATT--TA-A-TCA--------AGTATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--AATTTTTA--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----TA-A-----CA-----TT-----A-----------GA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CATATGTT--TT----T----G--TAcatgt
gi|15 : taGT-AATTACATCGAAGAGG-CATCTAAAATA---A-GTAATGCAATAC-CGCC------------TTGA--------------CTAAGAGGAAATATT--TTTG-TTA--------GATAAGA----------TT---T---TTG------CT-TTAATT---TGTACACTAGTAA--GACATTTA--A----------A-T-----AGGAA-CCTTACCG-----TA-AAATAACA-----TA-----A-----------GA--CAACA-ATGTAAAGA
gi|16 : ctaTGAGAGTGACTATT--TA-A-TTA--------GGTTTG-----------CT---T---TTG------CT-CAAATT-----------------------TTA--G----------A-T-----AGGAAATCTAATTG-----TA-G-----CA-----TACCATAA-----------AA--CGACG-ATTTAAAGATTA------TA-TTGA--TTGAAACACC-CAT-CACATGTA--TT----C----G--TATAT-AT---ATATAT-ATGAGCATCTaaattctgtgctgttctgcacatgaaattatacacggatacagctgcagatgcgtatcataa
gi|17 : gtattactttcagatacattAAAGCTTATAGTACTATGAGAGAAAAATATAT--TAA-A-AAA-TAATATACAAACAGAAGTAGCACGACGTTT-AAATTTTTAAAGTTATTA-AA---------ATCATCAAAT-A---------AG---AATA-TGATTCTTC-----AA----TCTTTGT-CAATTTATTGCAGAGG-CAatttaatgactgttaaccgcgttagtcaataaaat
gi|18 : TGTG-----------TT---T---TTA------ATCTCAAT-----GTA------TATCTGATCTTTA--T----------G---------GAAA------TG-----TA-A-----CA-----TAGC---A-----------GAGCTAACGGATTTACTAATTA------TA-TTGC--TTGAATCACC-AAT-AACAAGTAGCTGCAGAT----T--TATGTTA----AT-TGT-ATTTGTATCTGATGAGATAACTGTATacattgtattcttgttggtcaatctatccatgttttctgatgaaagtctttattt
gi|19 : attttgttAATGCAATAC-CGCTTAATACTGTACTTTGATAACATTC-CAAATTTAAGAGTGAATATT--TA-A-TTAGGTTTAATTATACC-----------TTAGATTGGTTG------CT-TAAATTATAAATA------TAT--AACTTTTA--A----------A-T-----AAGAAACTTGACAG-----TG-A-----TA-----T------------------GA--AAA------TAAA-ATTA------TA-GTGG--TTG-GGCACC-TTA-CACAAGTA--TT----T----G--TAttacgatttagtcattagaagtatgctttatatata
gi|2 : ATGGAAATTATTTAAATTTT--AATACTATAAAAA-GTTACA-TATATTGTTTAACTA-AGA--TTTGTATTT-CCGCTCATAATTTGAAAATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGAGACTCTAGAGA--CAAGATAGACTGTGTATATACTGTGGCGAATATGTTGTGGAAGATGAAGTCCATTTTATTATTGAATGTAAAGCGAATAGTTCTATAAGAGAGAAATTTAT--------AAA--ACTATA--GATTAAAGTAGC---ATGTTA-AAA--GTTAT------TA-AA---------ATCACTAAAC-A---------AG---AAAA-TG----TT------------TGTTT-----ATTCATCGCAGAGG-CATCTAACATT---G-GGAATGCAATAT-CACTAAA-AATGCCCTTTGAATTCATCTTCAAA-CTAAGTGTAAGTATT--TA-A-TTT--------AATAGG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATC---CATA------TAT--TACTTTTA--T----------A-A-----AGGAAACCTTACTA-----TG-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAATG-ATGTAAATATAA------CA-TTAT--TTGAAA---C-TAT-CACATGTA--TG----T----GTATATGT-ATGTTATATGT-ATTTGTATCTGATGAGA-AACTGTATACaacgta
gi|20 : G-----TATA-----CA-----TA-----A-----------AA--CAAGT-ATGTGCAGATTACCGGTATA-TTGA--TTGTG-CA----AT-CACATATA--TT----T----G--TA----A----A-GTGT-TTTTGTGTCTAATGAGA-AACTGTATaatttaagtaaataaaattatgttct
gi|21 : ATGTTGTGGAAGATGAATTCAATTTTATCATTGAATGTAAAGCTTATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-ACGAA-TAtcagtaccaataaataccaatacaattctgttctgttttatacaatggtaaatgtgcacactatcaccatatgctaaacattgacaaccgaaaac
gi|21 : A-A---------CG---AATA-TG----TTT-----AA----TCTTTCT-AAATTCATCGCAGAGG-CATCTAAAATG---A-GAAATGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTGGATCTAATCCTTAAA-CTTAGtgtttaatctttctaaattcatcgcagaggcatctaaaatgagaaatgcaataccgctgaataatgcacttggatctaatccttaaacttag
gi|22 : atgttgtggaagatgaattcaattttatcattgaatgtaaagcttatagtactataagagagaaatatattTGTGATAATCATC--AATATTCAATCACAAATAAAA-GTTACA-GATATTGCATAACTATGT---TTCGTATTC-ACGCTCATATTTTGAAGATAGAACCAGAAA-AGATGAAATGCAAAACAGAGATT--AGAGA
gi|23 : gtTAAATATT--TA-A-TGA--------CATATAACTGATATGCATT---T---TAA------GT-ATAATT---CATA------TAC--GCCTTTTA--T----------A-C-----AAGAGACCTTACTG-----TA-A-----CA-----TA-----A-------------------------AAAGATTA------TATTTAT--GTGAAAAACC-TAT-CACATATA--Tgagaaaa
gi|25 : ttaTG--TG----T----A--TATGT-A----ATATGT-ATTTGTATCTGATGAAA-AACta
gi|26 : a-A-A-AAA-TACTATACAAACAGAAGTAGC---ATGTTTGAA---T----------TA-AA---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATA-TT----TTA-----AA----TCTTTacagtttaagttaacagaactatgttttggtgtgttgtgttctgttatatataa
gi|27 : taTA--TG----T----G--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTATCTGATAAGA-AACttctcaattatat
gi|28 : gt-----AAGAAACCTTTCTA-----TA-A-----AA-----TA-----A-----------GA--GAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACACC-TAT-CACATGTacagtttaagtcaacagaactatgttttggtt
gi|3 : TATGAAACGTCTTTAAATGTT--ATTACTACAAAAG-ATTACA-GATAGTGTTTAAC---AAAGATTCGTATTT-CCGTTCATAATTTGAAAATTGAAACAG-GA-TGAT---ATGTTAGACAGAGACT--AGAGATGCAAGATAGACTGTGTATATTCTGTGACGAAAATGTTGTGGAAGATGAATTCCATTTTATCATTGAATGCAAAGCATATAGTACTATAAGAGAGAAATATAT--T-A-A-AAC-TGCTTTACAAACAGAAGTTGC---ATGTTT-AA---TTTAA------CA-AT---------ATCATCAAAA-A---------AG---AATG-TG----TTA-----AA----TCTTTGT-AAATTCATTGCAGAGA-CATCTAAAATT---A-GAAACGCAATAC-CGCTGAATAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTTGGAGTAAATATT--TA-G-TTA--------TATATG-----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---CATA------TAT--GACTTTTA--T----------A-T-----AAGTAACCTTACTG-----TA-A-----CA-----AA-----A-----------AA--CAACG-ATGTTAAGATTA------TA-TTAT--TTGAAACTCC-TAT-CACATGTA--TG----T----T--TATGT-A----ATTTGT-ATTTGTACATAATGAGA-AACTGTATAC
gi|4 : taTATGAATGTTATTTAAATGTA--ATTACTTCCAAAATGTTACA-GAT------T-----------TTCGTGTTT-TTGGTCATTATTTGAAAATAGAA-CAG-AATATAT---ATGCTAGACAGAGACT--AGAGA--CAAGATATTCTGTGTATATATTGTGATGAAA----T--------TGAATTCCATTTGATCACTGAATGTAAAGCTTATTGTATTACAAGAGAGACGTGTAC--T-A-A-AA--TACTATACAAACAGAAGCAGC---AAGTTT-AA---ATTAT------TA-AAGTTATTGAAATCATCAATA-C---------AG---AATA-TG----TCA-----AA----TATTTGT-AAATTGATCGCAGAGA-TATATAAAATA---T-GAGATGCAATAC-CGCT---TAAT-----------TCG----CAAA-CAAAGAGTACATATCCATA-AGTTT--------CAT--------------TT---T---TCG------CT-TTAATT---TGTA------------------A-------------A-T-----AGGAAACCTTACTGAAACACA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-GTGTGAAGATAA------TA-CTGT--TATAAACACC-TAT-CACATGCA--TT----T----G--TATAT------GTATGCAAATTGTATCTGATAATA-AACTGTATA
gi|5 : ttgttTAAAATTTATTTAAATTTT--ATTTCTGCACAAA-GTTACATAATAATATT--------G---TT--TATTT-CCGCTCATAATTTGGAA-TAGAAACAG-GA-AGAT---ATGTTAGACAGACACT--TGAGAC-------AGACTTTGTATATATTGTGATGAAAATGTTGCGGAAGATGAAGTCTATTTTATCAT-------AAAGCTTATAGTACTATAACAGAGAAATATATGAC-A-A-AAA-TACTACATA----GAAGTAGC---ATG---------TTT--------------------------------------------G---AAT--TT----TTA-----AA----T--TTATCAAAATCATCAGAAAGAATATGTTAAATCTTTG-TAAATTCATTGC-AGAGGCAGAG---ACCTTAATTTCAGTCTCAAA-CTAAGAGTTCATATT--TA-A-TTA--------TAGATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CATA------TAT--GACATTAA--G----------A-T-----AAGAAGCTTTATTG-----TA-A-----CA-----TA-----G-----------AA--CAGCG-ATGTAAATATTA------TA-TTGT--TTGAAACACC-TATGTATTTTTA--TA----T----G--TATAT-aagtcaatctaattatgttaaattctgttc
gi|6 : gtccAAC---AA---T-CGTATTTTCCGCTCATAATCTGAACATAGAAACAG-GA-ATAT---ATGATAGACAGCGACA--AGAGAT-C--------CTTTCTATATACTGTGATGAAAATG------------AATTCCATGTTAGCAATAAATGTAAAGTTTATAGTACTATAAGAGAGAAATGTAT--T-A-A-AAA-TACTATACAAACAG---TAGC---ATGTTT-AA---ATTTC------TA-AA---------GTTATTGAAA-ATATGACTATAG---AATA-TA----TTA-----AA----TATCTGT-AAATTCATCGCAAAGA-CATCTAAAATA---A-GATATGAAATAT-CACGTAACAATGCACCTTGATTTCATCCTCAAT-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TAA--------GATATG-----------TC---A---TTG------TT-TTAATT---CGTA------TAT--GACTTTTA--A----------A-T-----AGGAAACATTACTGTAACATA-A-----CA-----TA-----A-----------GA--CAACG-ATGTAA
gi|7 : atgttaagtaaAAGATAGACTGTGTATATACTGTGACGAAA-CGTTGCGTAAGATAAATTCT-TTTTATCATTGAAAGTAAAGCTTATAGTATTATAAGAGGGAAATATAT--T-AGA-AAA-TAATATACAAACAGAAGTACC---ATGTTT-AA---ACTGA------TT-AA---------ATCATAAATA-A---------TG---AATA-TG----TTA-----AA----TCTCTGT-AAATCCATCGCAGAGG-CATTTAAAGTT---A-GAAATGCAATAC-CGCTAAGTAATGCACTTTGATTTCATCCTCAAA-CTAAGAGTAAATATT--TA-A-TTA--------GATATG-----------TT---T---TTG------CT-TCAATT---CGTA------TAT--GACTTCTT--T----------A-T-----AAGAAAACTTACTG-----CA-A-----CA-----TA-----A-----------GG--CAACG-ATGTAAGAATTA------TA-AAGTACTTGAAACACC-CTT-CACATGTA--TT----T----GATTATGT-
gi|8 : ATGTAAAGCTCATACCATTGTGAGAGAGAAATATAT--A-A-A-AAAATAATGTACTATCAGAAGTAGT---ATGCTT-AAATATTTAAGTTTGGTG-AA---------ATCTTCAACA-A---------AG---A-TA-GG----TGA-----GA----TATTTGT-ACATTCAAAACAGAGG-CATCTAAAATA---A-CAAATGCGGTAG-CACTTCATAATGCACATTTATTTCAGCCTCGAT-TTATGAGAGAATATT--TA-A-T-----------ATG-G-----------TTTGCT---TTG------CA-TAAATT---CGTA------TAT--GACTTTTAAGTAATAATGTAAA-T-----AGGAAACTGAACTG-----TA-A-----CA-----TA-----ACATACATATGTAA--CAACG-ATGTAAAGATTA------TA-TTGA--CTGAAACACCTTAT-CTCATGTATTTG----TATTGG--TATGT-A----AAGTGT-AGTTGTGACTGACGACA-AAC
gi|9 : TTAA------AA-AA---------TTCATCAAGA-T---------AATTCAA-A-CG----TTATTTACAAGTTGTCTTTGT-AAACTCATCACAGAGG-CATCCTAAATA---A-GAAATACAATAT-CACTTAATAATGCACTTTGATTTCATC-------CTAAGAGTAAAAATT--TA-A-TTA--------GGGTTGT----------TT---T---TTG------CT-TAAATT---TGTA------TAT--GACTTTT---T----------AGT-----AGGAAA---TGCTG-----T---------------TC-----A-----------GA--T--------------TTACC----TA-TC---------ACATG-TAT-TAAAT-----TT----T----G--TAGGT-A----AATTGA-ATTTGTATATGATGAGA-AACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AACATCAATCACCTGTATGGTATTTGTAACTATCTGTTAATTGTACTTTATCCAGTGAAATACTACATACATGTATACAGTTTAAGTCAGTACAACCATAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGCGTTCTTATCAATGTGACAACCAAGGACT