lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 44444444444444 11111 22222222222 11111111 111111 66666666666666666666666 333333333333333333 222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 66666666 222222
lowQualScore : 6 66666666666666 99 0 99999 1 1 0 9 7777 33333333333 11111111 222222 2 55555555555555555555555 88 77 44 5 1 777777777777777777 44 44 777777777777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3 33 777777 777777 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 33333333 888 333333
lowQualScore : . .............. .. . ..... . . . . .... ........... ........ ...... . ....................... .. .. .. . . .................. .. .. ............ . ................................................. . .. ...... ...... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. ..... ........ ... ......
lowQualScore : 0 44444444444444 22 3 66666 0 7 9 5 7777 55555555555 33333333 111111 5 33333333333333333333333 88 99 22 0 2 222222222222222222 22 66 222222222222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 7 22 222222 888888 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77777 77777777 333 222222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAA---C---ATTTG-CCCGCCCAC--TCGCA--NGCGAGTCGAAGTTGCAGT----CGGGTGAG-T--AA-G-A-TTTGTAAATG------CTAGTCC----GACAGGGN----AG--TATGTT-TCT--C-CGCTGCATA-ATTATTCCAAAATGCG-AAAA--AAA--AT-T--TGT--AAAA---TNA---AAGTTTCT-TGATT--GC-G-AAT-------CCACAAA---A---CAATC-----A-----GCTGAATCACTAGAC--GCTTTA------TAAAT-CA---TGATC-AAC--------A-G---------GC--------NT-----G---------------G---AAACGA---------ACA-----------A-G--------AC------TTTG-------CTG------------TTCGACAAT----GAT-A---AAT---AA-CGTAAACCAGTCCAC--------------C--GATTGGG----AA--------A----TT--TTC---AGATGTA-AT----T---------C-----A-CA-------ATTTT-T-A---C--CCG-----C----AAAGTGTCA--T-AAACAGACA-TT-T----GAAAATA-TAAAA--CA-AT-G-AAAT-----GT---ATCA---TAT-TTTTA-TAAGG-NTGANTG--CGTT--NA-CTT--GGCG--GGTATG-----NT-TTA-TC-GGTC-ACTAGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C--T-TTAA-A-ACA--T-TTTACACCCCT
Reference ( gi|2 ) : CATCCATGAAGCTGGAGTATAAAA---C---ATTCT-CCCGCCCAC--TTACA--GGTGAGTCGAATTTGCAGT----CAAGTGAG-A--AA-G-A-TTTGTAAATG------CCAGTCT----GGCAGGGGT---AG--TATGTT-CCTTAC-CACTATATA-GTTACTCAAAAATGTGGGAAA--AAA--AC-T--TGT--AAAA---TTG---AACTTTCT-TGATT--GT-G-AAT-------CCACAAA---A---CAATTAA---A-----GCTGAAACACTAGAT--GCTTTA------TAAAT-TG---TGATC-AAC--------G-G---------GC--------CT-----G---------------A---AAACGA---------ACA-----------A-G--------AC------TTTG-------CTG------------TTCAACAGT----AAT-A---GAT---A---GTAAATGAGTCCAC--------------T--GCTTGAG----AA--------A----CT--TTC---AGATCTA-AT----T---------C-----A-CA-------ATTTT-T-----C--CCA-----C----AAAGTGTCG--TAAAACAGGCA-TT-T----GACAATA-TAAAA--TA-AT-G-AAAT-----AT---ACCA---TAT-TTATA-TATGG-CTGAGTG--AGTT--AA-CTT--GGTG--GGTATG-----GT-TTA-T--GGCT-GCTAGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTTTTAA-A-ATA--T-TTTACACCCCT
gi|15 : GAGTGTAAAA---CTACATTTG-CCAGCTCAC----ACT--AGTGAGTTGAAGTCGCAAT----CAAATGTG-T--AA-G-AATTTGTATAT-------CTAGTCT----AGCAAGGA----AGAATAGGTT-----GC-CACTGCATA-ATTACTCCAAAATCTG--AAG--AAA--TG-T--TGT--AAAC---TCA---AAGTTGTC-TGAT-------------------CACAAA---C---CAGTCA-----------CTGAATCACTAGAC--GATTTATACATGTAAAT-CA---TGATC-AA
gi|17 : aaGGGTGTAAA----C---TTTTG-CTCGCCCCC--TCTCA--TTTG---CGAGCT-GCAGT----CAGGTAAG-T--AA-GAA-TTTGTAAA-G------TAAGTCTTAAATGCAG--------G--TACATT-TCT-----GCTGTAAA-ATTATTAAAATATGTGCGAA---------------GT--AAAA---TAA---AAGGTT-T-TGATT--G--------------CCAAAAA---AAACCAAACAACCCA-----GCTAAATCACTAGAtaagtgcatgttg
gi|3 : gaccaaGTGTAAAATTCC---ACTTG-CCCACTCGCATTTACA------AGTTGAAGTTGCAGT----CAGGCAAGTA--AC-A-A-TTTGTAAATG------TCAGTTT----GACAGGG-----------TGTT-T----C-CACTGCAAA-ATTATTCAAAAAT-TGTGAAATCAAA--GC-T--cacgagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|5 : ttaataataaatgacaatcagag---ATTTTACTCGCCCAT--TCACA--TA-AAGTCTCATTTGGGG-----AAAGTAAG-------G-G-TTTGTAAATG------TTAGTCCC---GACTGTG-----AG--TATATT-TC-----CGCTGCATAAGATTCCCAAAA-TCTG----A--AAT--A--T--AGT--AAAG---CAA---AAGTTTAT-TGATC--GA-A-AAT-------C-ACAAA---A---C--TTAA---A------CTGAATCACTAGAG--GCTTTA------TAAAT-CA---TGGTT-AGC--------A-GTT-------GC--------AT-----GTTGCTAGA-------A---AAACAA---------ATAAAATAT-----A-A--------AC------TTTG-------CTG------------TTTGACTAT----CATAA---AAT---ATC-ATAAATCAATCTAT--------------C--AATTGGG----AT--------A----TTTCTTC---AAATCTA-AT----TTTTATAGA-C-----ATCA-------CTTTT-TTAC--C--CCT-----C----AAAGTATCgaatcactagacacttaataattcataaccaacagcctgtttgtatgcattgctagaacataaccattgttaggaaacaaataagacaataaatgtacatacactttgctgtttgacaatcataaataaatgtaaaaaaccaatcagcatgatatttcataagtaattctttttaataaccaccactctccaaagtgtcattagcaggcattttgaaatataaaaaatataaaacaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|10 : gcataaaaacaagggtgtcaaCCAC--TTGCC--TGCGACTTGAAGTTGCAGT----CAGGTGAA-T--AA-G-A-ATTTTAAATG------ATAGTCC----GAC-GTGGTG--AG--TAAGTT-T----C-CACTGTATA-ATTAATC
gi|22 : atattataatacatatcaggattgtaatattC--TTGCATTGGCTAGTTGAAGTCACAGT----TGGGCAAG-T--AATA-A-TTTGTTTATG------CAAGTCT----GACAGGACG---AG--TATGTT-T----C-CACTGCATG-ATTATTTCAAACTGTGTGAAA--ATA-----C--TAT--AAAA---TAA---AA--------GATT--GT-GAAAT-------C-----------------TGT---A-----GTTGAATCACTAGAC--CCTTCA------TAtagtttctttatcgcaaatcacaaaacaatagcttaattaattatttaatcatttttaactaatgcaagttgccaactttgctgttgataattgtaaaccagttcacatatcaggatattttttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|13 : gCA--GGGGTGTAAAATTTGCAAT------GGTGAG-TTTAA-G----TTATAGATGATTATGCTAATCT------CATTAGTGCGAG--TATGTT-TC-----CACTGCAAA-ATTATTCCGAAATTC---AAA--GAA--ATAT--TGT--AAAA---TCA---ATGTATCT-TGAAT--GC-A-AAT-------TCAAAAA---A----AAC------A-----ACTGAATCACTAAAT--GCTTTA------AAAAT-CA---TGATC-AAC--------A-G---------GA--------CT---------------------------ATGA---------ACA-------------------------------TTG-------CT----------------AA-AAT----GAT-A---AAT---AACTGTAAGCCAGTCTAG--------------T--G
gi|25 : ttaaaaatacaatag--GGTGGGTCG----TG--GT----TGGGTGAG-T--AA-G-A-ATTATCAATT------CTATTCC----GACACGGCA---AG--TACGTT-TCCTAGATGC-ATATG-ATT-CTTAAATACA---AAAA--AAA--AT-TATTGT--AAAA---TTA---AAATTTCT-TAAT
gi|11 : tatatatagcattGAGTTGTAATTGCAGTTGCTCGAGTAAG-A--A------TTTGTAGATG------CTAGTTT----GAT-GGGAT---GA--C-TGCT-TTTCAC-TGCT-TAAA-TTT--TCCAAAATGTGCATAA--ATA-----T--TGT--TTAA---CTA---TAGTTTCA-TGATC--GC-G-GAA-------TAGCTAA---A---CAAC------A-----GCTGAATCACTAGAT--GCTTAA------TAAAT-CT---TGATC-AAC--------A-GATGCACATTGC--------TT-----G---------------G---AAATGA---------ATA-----------A-G--------AC------TGTG-------Cctacttatgtaattt
gi|8 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtcAAGTTGCCGT----CAAGGGAG-T--AA-G-AATTTGTAAATA------Ccctagcgacatgttctgtacaaataatcataaataattataa
gi|4 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcCAG-----CAAGTAAG-A--AA------TTGTAAATG------CTAGACC----GACAGGG-----AG---ATG---CGTTTC-CACTGCATA-ATTATTTCAAAATGCAAAAAC--AAATTA--T--TGA--AAAA---TCA---CAATTTCTCTTATTACAT-G-TATTTCTTGATCACAAA---AGCGCAAACAAT--C-----TCTGAATCGCTAGAT--GCTTTC------TTAAT-TA---TGATttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttccgaatcacaaaatatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|6 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattgcaagctgaagtcatagtcAG-A--AG-A-A-TTTGTAAATG------CTAATCC----AACAGGGCA---AG--TAAGTTTCCTCGG-CA--AAAT--GTTGC-CAAAA---TGCTAAA--AAA--ATAT--TGC--AAAA---TCA---AAGTGTCT-TGATT--GCAG-AAT-------C-ACAAA---A---CAAT------A-----GTTGAATCACTAGAT--GCTTTA------TAAAC-CA---TAACC-AAC--------A-G---------Gatacaagtttcttttgcttacaaatgacaacagtgtacggcagtgataaataattgtataccagttcaacagttggggtgttttcattcaaaccaatccaccatcaggatgtattttcagatataacttttttttctgcaaagtgtcattaa
gi|14 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgac-A-TTTGTAAATA------TTAGTGT----GACTGGGAG---AG--TATGTT---TT---CACTGCATA-ATTtgctggttactaggaaatgaataggcacaagccttgccaattgtaaactttgctggtcaattggaatgttttatcagatgtgatgtttaaacagacacctctttatttccagcaaaatg
gi|7 : attgagc-TTTGTAAATG------ACAGACT----GACAGGTTG---AG--TA-----CCATTC-TGCTGCATA-CTTATTACAAAATAT--AAAA--AAA--AA-T--TGC--AAAATC-TTGTAAAAAGTTCT-TGAT-------------------CACAAGATCA---TAATT-----------GCGTTATCACTCGGC--CCTTTA------TGAAT-TA---TGACCTGGT--------G-C---------GC--------ATTGCAAG---------------A---AAATGA---------ACA-----------A-A--------AC------TCTGTA-----CCGAAAAACACAGACTTCGAT-GTTTGAAAT-A----AT---C---ATAAACCAGTCCAC--------------C--AACTGGGATAAAA--------A----AA--ATC---AGATGCA-ATGTA-T---------TTACAGA-CA-------ACTAT-TGA---A--CCA-----CTGGTAAA-TGTCA--T-AAACAGACA-TTAT----GA-AATA-Ttttccaagtttcttgattgttaaaacaaaacattagctgaatcactacatagatcatgactctgtgctccttgttttgggatatgaattagactatgctgtgccataaagactttgctggtcaacaatgataactaataaaagtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|9 : -CACTGCACA-ATTATTCCAAAATGCAAAAAA--AAA--ATAT--TGT--AAGG----TA---AGGTTTCT-TAAT-------------------CACAAA---A---CAATAGA---AGAATCGCT-AAACACTA-AT---CTTTA------TCAAC-AGGACTGGTT-CAC--------ATT---------GC--------TA-----G---------------A---AAACAA---------ACA-----------A-A--------ATTGTAAATTTG-------TTA------------GTTGACAAT----GAT-A---AAT---AAGCATAAGCCAGTCCAC--------------C--AATTGGG----AT--------GTGTTTT--TTT---ATGT-TATAT----TATAAGACACC-----G-CA-------A-TTT-T-----C--CCA-----A----AAAGTGTCACTT---ACAAATA-TT-T----CA-AATA-TAAAA--CA-ATGG-AAAT-----G----GTCG---TAT-TTTTA-TAAGA-GTGATTA--TGTTTAAA-CTttat
gi|28 : tttAA--AT-T--TTTTCAAAAGTCTTT---AAGTTTCT-TGATT--GC-A-AAG-------TCGCAAA---G---TGAT------A-----ACTAAACCACTAGAT--Gcc
gi|14 : aattctact---AAGTTTCT-TGATT--GT-T-AA---------AACAAA---A---C-ATT-----A-----GCTGAATCACTACAT--AGATCA------TGACTCTG---TGCTC---CTTGTTTTGG-G---------AT--------AT-----G---------------AATTAGACTATGCTGTGCCATA-----------AAG--------AC------TTTG-------CTG------------GTCAACAAT----GAT-A---ACT---A---ATAAAtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|8 : attgagcatttgtaaatattagtgtgactgggagagtatgttttcactgcataatttttcc-G-AAT-------C-ACAAA---A---TA--T------------CTGAATCACTAGAC--ATTTTA------TAAAT-CA---TGATC-CAT--------A-G---------GC--------agtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|1 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttcc-AAT-------C-ATAAA---A---CAAC------A-----GCAAAACCACCAGAT--GTTTTA------TAAAT--A---TGATC-AAC--------A-G---------GT--------GT-----GCATTGTTGGGAAATTA---AAATGACTGA-----ACACTACCAAATGTA-A--------AC------T--G-------CCA------------TTTGACAGT----GAT-A---AAT---AATTGTAAACCAGTCCACAATATGGTTTTTTTT--GTTTT---------------------TT--TTC---AGGTGTA-ATGTTTT---------T-----A-TAGAAACTAATTTTCT-----CG-CCG-----C----AAAATGTCA--TTAA-----CA-TT-TTTTAAAAAATT-TAGAA--TA-ACAG-AAAT-----GT---TCAAAATTATATTATAATATGGGCTAGTTG--TGTT--TCTCTT--AGAGCAAGTATA------T-TTA-TCTGGTC-ACTTGTCCTACAGGG----CAAGTAG----TGTATTAATA-ACA----TTTACACACCTaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|27 : aaattccacatttggcacgttgaagtcgcagttgcactagaataaatcatagtgaacaattataaatgttagtctgacaagtagaatgcatttctgctgcataattattccaaaataatcccaaACAAA---A---TAAT------A-----ACTGAATCACTAGAT--GCTTTA------TAAAT-CA---TGATC-AAC--------A-G---------Gggtttgcccta
gi|3 : gaaattAATCAA---A-----GCTGAATCACTAGAC--ACTTAA------TAATT-CA---TAACC-AAC----------A---------GC--------CT-----G---------------tatgtaatgcagggaaattaagaagactgtgtattgaccaacgtttaccttagcttttcaacaatgataaataatcat
gi|12 : ttaataataaatgacaatcagaggtgtaaaattccacttgcccactcgcatttacaagttgaagttgcagtcaggcaagtaacaatttgtaaatgtcagtttgacagggtgtttccactgcaaaattattcaaaaattgtgaGAAACACTATACACGCTTTG------TAATT-CA---AGATC-AAC--------A-G---------GTGCATATTGCTA----G---------------G---AAATGA---------ATA-----------A-GAAGTTGTAAC------TCTG-------GTG------------GTTGACAAT----GAT-AATTAAT---C---GTTAACCAGTTCAC--------------C--AATTG-G----AATCTACTGTA----TT--TTC---AGATGTA-AT----tttgtatgcattgctagaacataaccattgttaggaaacaaataagacaataaatgtacatacactttgctgtttgacaatcataaataaatgtaaaaaaccaatcagcatgatatttcataagtaattctttttaataaccaccactctccaaagtgtcattagcaggcattttgaaatataaaaaatataaaacaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|19 : CTAGAT--GCCTTA------TAAGT-CA---TGATC-AAC--------A-GGTGCCTGTTGC--------TT-----G---------------G---AAACTA---------ATA-----------A-G--------TCT-----TTTG-------CTG------------TTTGACATT----GGG-G---GATAAGA---GTAAATCAGTCCAC--------------gtttttacagaccctgcttttcacaatttataacaataaacaattaacaaggacaaatagcaacttactaagggagtgtgttttatcaatgatcactagtcccacagta
gi|16 : gcaaaatgcaagtcagagaggacatttggatct-----G---------------G---AAATGA---------ATA-----------A-G--------AC------TGTGAACTTCACTG------------TTCAATAAT----TAT-A---AAT---AATCATAAAC-AGTCCAT--------------T--caacatgattttttcccaggtgtaaatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|3 : gctcattgcta---AAATGT---------ACAT----------A-C--------AC------TTTG-------CTG------------TTTGACAAT----CAT-A---AAT---AAATGTAAA--AAACCAA--------------TCAGCATGAT----A---------------T--TTC---ATAAGTA-AT----T---------C-----------------TTTT-TAATAACCACCACTCTCC----AAAGTGTCA--T-TAGCAGGCATTT-T----GA-AATA-TAAAA--AATAT-A-AAAC-----Aataaccaagaccaagatagggtgtgtgttgttttttttcagatgtaatatgtttacatatattattatccccccagaaagtgtcattaacagaaacgtaaaatattaagtaatggaaatggataatcataaataatataatattagt
gi|24 : ttaataataaatgacaatcagaggtgtaaaattccacttgcccactcgcatttacaagttgaagttgcagtcaggcaagtaacaatttgtaaatgtcagtttgacagggtgtttccactgcaaaattattcaaaaattgtgaaatcaaagctgaatcactagacacttaataattcataaccaacagcctgtttgtatgcattgctagaacataaccattgttaggaaacaaataagacaat-----------A-A--------AC------TTTG-------CTG------------CTCAACAAT----GAT-A---AAT---AAGTGTTAACCAGTCAAC--------------T--TATT-AG----AAC-------A----TT--TTTAAAAAATATA-AT-------------------------------ATTTT-T-----atgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|4 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtAAACCAATCCAC------------------CATCAG----GATGT-----A----TT--TTC---AGATATA-AC----T---------T-----------------TTTT-T-----T--CTG-----C----AAAGTGTCA--TTAAtacagacatggcttgtt
gi|21 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattgcaagctgaagtcatagtccagcaagtaagaaattgtaaatgctagaccgacagggagatgcgtttccactgcataattatttcaaaatgcaaaaacaaattattgaaaaatcacaatttctcttattacatgtatttcttgatcacaaaagcgcaaacaatctctgaatcgctagatgctttcttaattatgatatacaagtttcttttgcttacaaatgacaacagtgtacggcagtgataaataattgtataccagttcaacagttggggtgttttcattc--TAAAACAA-------T----GAAAATGGTAAAAATTA-A----AAAT------T---ATCA---TAT-TTTCG-GAAGG-GAGAATG--CCAT--GA-CTA--AA----GGCATGT----AT-TT------GCTCACTAGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---GTTAA-ATATA--T-TTTACACCCC
gi|26 : caaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaaataA-TT-T----TAAAATA-TAAAA--CA-AT-ATAAATTGTCAATGTCATCA---TAT-TTCTATTAGAG-C-GAGTGACAATT--CA-CTTAGGGTG--AGCATGACATTGTGTTATT--GGTC-ACTTGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C--TTCTAA-A-AAA--A-TTTACACC
gi|33 : gat--GGCG--GGTAAA-----TT-TTA-TT-GGTC-GCTAGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-----TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|31 : agagcaaatgacaatttactaagGTG--TGTTTG-----AT-TAG-T--CACT-TATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC----TTAA-A-ACAATT-TTTACt
gi|35 : aagggttaatgacaattcacttaagggtaaGTATG-----TT-TTA-TT-GGTC-ACTAGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C--TTTTAA-C-A-A--T-TTTATACcaa
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGATCAACAGATGTGGGTTGCTCTGGGCAATGAAACAGGCTGTTTCATACTGGATGTTAACCTTGCTGTTGAACAATGATAAATAACCAGAAACCAGTCCACCAGTGGCAATGGCGCTGTATTTCAGATGTAATTTTTTACAGACAATGCTTTTATCCCCACAGCAGATATATATAAATCAATGAATCATACAGGAAAAGA
Unaligned ( gi|20 ): TGCTAGTCAACAGGGGCCTGTTGTTGCAGGAAAATGAAGGAAAGTGCCCTACCAAACATAAACTTTGCTGTTTGACGATGTCAGATAAATAAATATATATACGTAAACCAGACAATCAATGGGAATGTTTTTTCATATGTAACATTATACAGACACTGCTTTTTT
Unaligned ( gi|23 ): AGTATGGTGTTTCAAATGTTATGTTTTTACAGACACCATTTTTCCCCCCATATAAGACAATTCAAAATAGAAAATGGTTAAAATCATCATATTTCCGTAAGAACGAGAGAACAATTCACAAAGGTTGAATGTCTTTGATTGGTCACTAGTCTCACAGG
Unaligned ( gi|29 ): TTATACAGTTCCAATTACCTGCTCGCATTGTTAAGTTGAAATCGCACTAGGGCACGTAGGCATTTTTAATACTAAACTGACAGGACGAGTAAATTCCTGTTGCATTAATTTTG
Unaligned ( gi|30 ): TAAGAATTTGTAAATGTGGCGACTGAATGGGTAGCTACGTTTCTGCTAAATAATTACATTATTCCAAAGTGCAAAAACAAGAACAAATATCGTTATTTCTTT
Unaligned ( gi|32 ): TACTAGTAACTGCATACCAGGAGTGTAAAATTCCGCTTGCTCGCTGGTTTTGGCAAGTTGAAGTAGCAGTCGGGCGAGTAGGAATTTG
Unaligned ( gi|34 ): ATCAACAGATGTGGGTTGCTATGGGCAATGAAACAGGCAGTTTCATACAGGATGTAAACCTTGCTGTTGAACAATGATAAATA
Unaligned ( gi|36 ): TGTTAATCTTGCTGTTGAACAATGATAAATAACCAGAAACCAGTCTACCAATGGCAAT
Unaligned ( gi|37 ): GGTGTAAAATTCTACTTGCCCAGTCACATTCCAGGCTTGTTGAACTTGCAGTCGGGCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 22222222222 1111111 111 222 22222 1111111111 1111111 3333333333333333333 2222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 222222 1111111 7777777777777777777777777777777777777 333333 2222 111111111 1111 1111 2222222222 1111
lowQualScore : 66666 5 5 4 1 33333333333 5 0 0 0000000 4 444 2 666666 333 33 88888 2 000 2 55 0 2 33333 2 55555 2 9999999999 0 9999999999 444 3333333 2 1 2 8888888888888888888 33 333 2222222222222222222 2 666 666666 2 2 2 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 33 1 0 3 333333 1111111 4 2222222222222222222222222222222222222 2 5 1 1 5 555555 1 5 4444 999 1 777 555555555 66 8888 777 2222 5555555555 5 5 4 5555
lowQualScore : ..... . . . . ........... . . . ....... . ... . ...... ... .. ..... . ... . .. . . ..... . ..... . .......... . .......... ... ....... . . . ................... .. ... ................... . ... ...... . . . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. . . . ...... ....... . ..................................... . . . . . ...... . . .... ... . ... ......... .. .... ... .... .......... . . . ....
lowQualScore : 11111 3 7 4 2 00000000000 6 8 3 9999999 7 000 1 444444 999 44 00000 2 999 2 33 8 2 22222 1 66666 2 1111111111 4 1111111111 444 9999999 4 1 2 3333333333333333333 11 999 5555555555555555555 0 222 444444 2 4 4 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 22 2 4 6 111111 8888888 0 2222222222222222222222222222222222222 7 0 0 0 0 111111 0 0 4444 111 1 888 222222222 11 4444 888 1111 7777777777 7 7 0 3333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCA-N--G------CGAGTTGAAGTCGCAGTCGGGCGAGT-------AA-G-A-T-TTGTAAATG------CTAG---TCC-GAC---A-G-GG-N-A-G--TACGT-TTCT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA----TGCGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGTTTCT-TGATCGC--GA-AT-------CCACAA--AA---CAA-TC---A-G---C-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------CNT---------G---------G--------------AAACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-C----GT---AAACCAGTCC------ACC--AAT-TGG-------------G-------A---N----A----------------T---------T--T--T----C---A---------------------GATG-TA-AT----T---------T-------ACA-------A--T--TTTT----A-C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATT-T----NAAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATA-AGGGCGAGT-GA-C-G-TTCA-CTTA--GG--CGGGT---ATGTT------TT--ATT---GGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
Reference ( family-948 ) : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CACTCGCA-N--G------CGAGTCGAAGTTGCAGTCGGGTGAGT-------AA-G-A-T-TTGTAAATG------CTAG---TCC-GAC---A-G-GG-N-A-G--TATGT-TTCT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA----TGCGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGTTTCT-TGATTGC--GA-AT-------CCACAA--AA---CAA-TC---A-G---C-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------CNT---------G---------G--------------AAACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-C----GT---AAACCAGTCC------ACC--GAT-TGG-------------G-------A---A----A----------------T---------T--T--T----C---A---------------------GATG-TA-AT----T---------C-------ACA-------A--T--TTTT----A-C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-AAACAGACATT-T----GAAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTTATA-AGGNTGANT-G--C-G-TTNA-CTT---GG--CGGGT---ATGNT------TT--ATC---GGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ACA--T-TTTACACCCCT
gi|1 : AGTCGCAGTTGCACTAGAATAAATCATAGTGAA-C-A-A-TTATAAATG------TTAG---TCT-GAC---A-A-G--T-A-G--AATGC-ATTT--CTGCTGCA-TAATTA-----TTCC---------------AAAATAA-T--CC-C--AAAA---T----------------------------------------CATAA--AA---CAA--C---A-G---C-----AAAACC-ACCAGAT--GTTTTA------TA-AAT-ATGA-TC-AAC-AG---------G---------TGT---------GCATTGTTGGG--------------AAATTA------AAA------TG--------A-----------------C-TGAACACTACCAAATGTAAACT-----------------G-------CCAT-------------------TTGACAG----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-TT---GT---AAACCAGTCC------AC---AATATGGTTTTTTTTGTTTT----------------------------------T---------T--T--T----C---A---------------------GGTG-TA-ATGTTTT---------T-------ATAGAAACTAA--T--TTTC----T-CG-C-C--G-----C----AAAATGTCAT-TAACA----TT-TTTTAAAAAA-------TTTAGAATA-ACAG---A-----AA-TG---------------TTCAAAATTATATTATAATATGGGCTAGTT-G--T-G-TTTCTCTT---AGAGCAAGT---AT-AT------TT--ATCT--GGTCACT---TGTCCTACAGGG----CAAGTAGT--G---TAT-TAATA-ACA----TTTACACACCT
gi|10 : aaattccacatttggcacgttgaC-CACTTGCC-T--G------CGACTTGAAGTTGCAGTCAGGTGAAT-------AA-G-A-A-TTTTAAATG------ATAG---TCC-GAC---G-T-GG-TGA-G--TAAGT-TT----CCACTGTA-TA---A-----TT----------------------AA-T--CT----------------------AGTTTCT-TTATCGC--AA-AT--------CACAA--AA---CAA-T----A-G---C-----TTAATTAATTA-------TTT----------AATCATTT-TT-AACTA---------------------AT---------G---------C--------------AAGTTG------CCA----------------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT------------------------------------T----G------AT-----AATT------------------GT---AAACCAGTTC------ACA--TAT-CAG-------------G-------A---T----A----------------T---------T--T--T----ggtttgcccta
gi|11 : atattataatacatatcaggattgtaatatt------CGAGTTGTAATTGCAGTTGCTCGAGT-------AA-G-AAT-TTGTAGATG------CTAG---TTT-GAT-----G-GG-A-T-G--ACTGC-TTTT--C-ACTGCT-TAAATT-----TTCC-AAAA----TGTGC-ATAAATA-T--T-GT--TTAA---C------TAT-AGTTTCA-TGATCGC--GG-AA-------TAGCTA--AA---CAA--C---A-G---C-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTAA------TA-AATCTTGA-TC-AAC-AGATGCACATTG---------CTT---------G---------G--------------AAATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------G-------CCCTA------------------GCGAC-A----------T----GTTCTGTAC-----AAAT-A---------ATC----AT---AAAttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|12 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtGAAAC-ACTATACACGCTTTG------TA-ATTCAAGA-TC-AAC-AGGT-------G---------CATATTGCTA--G---------G--------------AAATGA------ATA------AGAAGTTGTAA-----------------C-T-------------------CT-----------------G-------GTGG-------------------TTGACAA----------T----G------AT-----AATT-A---------ATC----GT---TAACCAGTTC------ACC--AAT-TGG-------------A-------ATCTACTGTA----------------T---------T--T--T----C---A---------------------GATG-TA-AT--------------------------------G--T--TTTT----A-C--------------------AG--------ACCCTGCTTT-T----CACAA-------TTTATAACA-AT-A---A-----A---------------------------CA-A--TTAACA-AGGACAAATAG--CAA-CTTA-CTA---AG--GGAGT---GTGTT------TT--ATCAATGATCACT---AGTCCCACAGtaattataa
gi|13 : GCA-G--G------GGTGTAAAATTTGCAAT--GGTGAGTTT-----AA-G-----TTATAGATGATTATGCTAA---TCT-CATT--A-G-TG-CGA-G--TATGT-TTC----CACTGCA-AAATTA-----TTCC-GAAA----TTC---AAAGAAA-TA-TTGT--AAAA---T------CAA-TGTATCT-TGAATGC--AA-AT-------TCAAAA--AA----AA--C---A-A---C-----TGAATC-ACTAAAT--GCTTTA------AA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------ACT------------------------------------ATGA------ACA--------------------------------------------------------TT-----------------G-------CT------------------------AAAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-CT---GT---AAGCCAGTCT------Ata
gi|14 : ttaaaaatacaata-A-T-TTGTAAATA------TTAG---TGT-GAC---T-G-GG-AGA-G--TATGT-TTT----CACTGCA-TAATTT-----TTCC-AAgtg
gi|14 : attgagcA-AGTTTCT-TGATTGT--TA-A---------AACAA--AA---CA--TT---A-G---C-----TGAATC-ACTA---------CA------TA-GATCATGACTC-TGT-GC---------T---------CCTTGTTTTG--G---------G--------------ATATGA------ATT------AG--------A-----------------C-T-------------------AT-----------------G-------CTGTGCCATAAAGACTTTGCTGGTCAACAA----------T----G------AT-----AACT-A---------A-TAAAAGT---AAACCAATTC------ACA--AAT-CAG-------------G-------G---T----G----------------T---------T--T--T----gtttcttgattgttaaaacaaaacattagctgaatcactacatagatcatgactctgtgctccttgttttgggatatgaattagactatgctgtgccataaagactttgctggtcaacaatgataactaataaaagtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|15 : attgagcatttgtaaatattagtgtgactgggagagtatgttttcactgcataatttttccGAGTGTAAAACTACATTTGCCA-GCT-CAC--ACT-A--G------TGAGTTGAAGTCGCAATCAAATGTGT-------AA-G-AAT-TTGTATAT-------CTAG---TCT-AGC---A-A-GG-A-A-GAATAGGT-TGC----CACTGCA-TAATTA-----CTCC-AAAA----TCTG---AAGAAA-TG-TTGT--AAAC---T------CAA-AGTTGTC-TGAT------------------CACAA--AC---CAG-TC---A-----C-----TGAATC-ACTAGAC--GATTTATACATGTA-AATCATGA-TC-AAT-AA---------G---------t
gi|16 : aa---------G---------CTA---------G---------G--------------AAATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------GAACTTCACTGT-------------------TCAATAA----------T----T------AT-----AAAT-A---------ATC----AT---AAAC-AGTCCATTATAACCAAGAC-CAA-------------G-------A---T----AGGGTGTGTGTTGTTTTT---------T--T--T----C---A---------------------GATG-TA-ATATGTT---------T-------ACATAT----A--T--TATT----A-T--C-C--C-----CCCAGAAAGTGTCAT-TAACAGAAACG-T-----AAAA-------TATTAAGTA-ATGG---A-----AA-TGGA-------------TA----ATCATAtgcatgttg
gi|17 : gctcattGGGTGTAAA-C---TTTTGCTC-GCC-CCCTCTCA-TTTG------CGAGC------TGCAGTCAGGTAAGT-------AA-GAA-T-TTGTAAA-G------TAAG---TCT-TAA---A-T-GC-A-G-G--TACAT-TTCT----GCTGTA-AAATTA-----TT---AAAATATGTGCGA-A------------GT--AAAA---T------AAA-AGGTT-T-TGATTGCCAAA-AA-------AAACCA--AA---CAACCC---A-G---C-----TAAATC-ACTAGAC--ACaataatataatattagt
gi|18 : gaccaa--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-CCA--G----AAACCAGTCC------ACC--AGT---G-------------G-------C---A----A----------------TGGCGCTGTAT--T--T----C---A---------------------GATG-TA-AT----T---------TTTTACAGACA-------A--TGCTTTT----A-T--C-C--C-----C----ACAG----------CAGATAT-----------A-------TATAAATCA-AT-G---A-------------------------------ATCATAgagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|19 : tgatcaacagatgtgggttgctctgggcaatgaaacaggctgtttcatactggatgtta-----TGGATC-TCTAGAT--GCCTTA------TA-AGTCATGA-TC-AAC-AGGTGCCTGTTG---------CTT---------G---------G--------------AAACTA------ATA------AG--------T-----------------CTT-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAT----------T----G------GG-----GGAT-A---------AGA----GT---AAATCAGTCC------ACC--AACATG-------------------------------A----------------T---------T--T--TTTCCC---A---------------------GGTG-TA-Acaggaaaaga
gi|2 : gcaaaatgcaagtcagagaggacattGAGTATAAAAC---ATTCTCCC-GCC-CACTTACA-G--G------TGAGTCGAATTTGCAGTCAAGTGAGA-------AA-G-A-T-TTGTAAATG------CCAG---TCT-GGC---A-G-GG-GTA-G--TATGT-TCCTTACCACTATA-TAGTTA-----CTCA-AAAA----TGTGGGAAAAAAA-C--TTGT--AAAA---T------TGA-ACTTTCT-TGATTGT--GA-AT-------CCACAA--AA---CAA-TTAA-A-G---C-----TGAAAC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATTGTGA-TC-AAC-GG---------G---------CCT---------G---------A--------------AAACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCAACAG----------T----A------AT-----AGAT-A----------------GT---AAATGAGTCC------ACT--GCT-TGA-------------G-------A---A----A----------------C---------T--T--T----C---A---------------------GATC-TA-AT----T---------C-------ACA-------A--T--TTTT------C--C-C--A-----C----AAAGTGTCGTAAAACAGGCATT-T----GACAA-------TATAAAATA-AT-G---A-----AA-TA---------------T-----ACCATATTTATATA-TGGCTGAGT-G--A-G-TTAA-CTT---GG--TGGGT---ATGGT------TT--AT----GGCTGCT---AGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTT-T-TAA-A-ATA--T-TTTACACCCCTatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|20 : catccatgaagctgCAA------ACAT-----AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACGA----------TGTCAG------AT-----AAAT-AAATATATATA-C----GT---AAACCAGACA------ATC--AA--TGG-------------G-------A---ATGT-T----------------T---------T--T--T----C---A---------------------TATG-TA-A
gi|21 : tgctagtcaacaggggcctgttgttgcaggaaaatgaaggaaagtgccctac-----C----AAAATGTCAT-TAATAGATGTT-T----TAAAAATTTAAATATAAAACA-AT-G---A-----AAATGGTAAAAATTAAAAATT-----ATCATATTTTCGGA-AGGGAGAAT-G--C-C-ATGA-CTAAA-GG--CATGT---AT--------------TT---GCTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---G-T-TAA-ATATA--T-TTTACACCCCcattatacagacactgctttttt
gi|22 : CTTGCA-TTGG------CTAGTTGAAGTCACAGTTGGGCAAGT-------AATA-A-T-TTGTTTATG------CAAG---TCT-GAC---A-G-GA-CGA-G--TATGT-TTC----CACTGCA-TGATTA-----TTTC-AAAC----TGTGT-GAAAATA-C--T-AT--AAAA---T------AAA-AG--------ATTGT--GA-A-----------------------A-TCTGTA-G---T-----TGAATC-ACTAGAC--CCTTCA------TA-
gi|23 : g---------T--T--T----C---A---------------------AATG-TT-ATGTTTT---------T-------ACAGACACC-A--T--TTTT----C-C--C-C--C-----C----A------TAT-AA---GACAAT-T----CAAAA-------TAGAAAATG-GT-T---A-----AA-AT---------------C-----ATCATATTTCCGTA-AGAACGAGA-GAACAA-TTCA-C------A--AAGGTTGAATGTC------TTTGATT---GGTCACT---AGTCTCACAGG
gi|24 : agtatggtg------AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGC-------------------TCAACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------AGT----GT---TAACCAGTCA------ACT--TAT-TAG-------------A-------A---C----A----------------T---------T--T--T----TAAAA---------------------AATA-TA-AT------------------------A-------T--T--TTTT----A-C--
gi|25 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtGTCGTGGTTGGGTGAGT-------AA-G-A-A-TTATCAATT------CTAT---TCC-GAC---ACG-GC-A-A-G--TACGT-TTCC--TAGATGCA-T-ATGA-----TTCT-TAAA----TACAA-AAAAAAA-TTATTGT--AAAA---T------TAA-AATTTCT-TAATagacatggcttgtt
gi|26 : tatatatagcattggtggGATATT-T----TAAAA-------TATAAAACA-AT-ATAAATTGTCAA-TG---------------TC----ATCATATTTCTATT-AGAGCGAGT-GA-C-AATTCA-CTTAG-GG--TGAGC---ATGACATTGTGTT--ATT---GGTCACT---TGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C---T-TCTAA-A-AAA--A-TTTACACCctacttatgtaattt
gi|27 : ACAA--AA---TAA-T----A-A---C-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------TATGTAATGCAGG---------G--------------AAATTA------AGA------AG--------A-----------------C-TGTGTA--------------TTGACCAACGTTTACCTTAG-------CTTT-------------------TCAACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-
gi|28 : gaaattAAA-T--TTTTTCAAAAGTCT------TTA-AGTTTCT-TGATTGC--AA-AG-------TCGCAA--AG---TGA-T----A-A---C-----TAAACC-ACTAGAT--Gtcat
gi|29 : aattctactCC-TGCTCGCATT--GT-----TAAGTTGAAATCGCACTAGGGCACGT-------AG-GCA-T-TTTT-AATA------CTAA---ACT-GAC---A-G-GACG-A-G--TAAAT-TCCT----GTTGCATTAATTtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|3 : ttatacagttccaattaGGTGTAAAAT----TCCACTT-GCC-CACTCGCA-TTTA------CAAGTTGAAGTTGCAGTCAGGCAAGT-------AACA-A-T-TTGTAAATG------TCAG---TTT-GAC---A-G-GG----------TGT-T--T--CCACTGCA-AAATTA-----TTCA-AAAAT---TGTGA-AATCAAA-G--CTG-----AA---T------CACTAGACACT-TAAT------A-AT-------TCATAACCAA---CAG-CC---T-G---TTTGTATGCATT-GCTAGA--------A------CATAACCATTG-TT-A------------------------------------G---------G--------------AAACAA------ATA------AG--------ACAATAAATGTACATACAC-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAA----------T----C------AT-----AAATAA---------A-T----GTAAAAAACCAATCA------GC----AT-----------------G-------A---T----A--------------------------T--T--T----C---A---------------------TAAG-TA-AT----T---------C--------------------T--TTTTAATAA-CCAC-C--ACTCTCC----AAAGTGTCAT-TAGCAGGCATT-T----TGAAA-------TATAAAAAATAT-A---A-----AA-ttg
gi|30 : ttaataataaatgacaatcagaT-------AA-G-AAT-TTGTAAATG-------TGG-----C-GACTGAATG-GG-T-A-GC-TACGT-TTCT----GCTAAA-TAATTACATTATTCC-AAAG----TGCAA-AAACAAcaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|31 : A-AGGGTTAAT-GA-C-AATTCA-CTTAAGGG--TAAGT---GTGTT------TG--ATT---AGTCACTTATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC-----T-TAA-A-ACAATT-TTTACgaacaaatatcgttatttcttt
gi|32 : GAGTGTAAAA------TT--CC-GCT-TGCTCGCT-G--GTTTTGGCAAGTTGAAGTAGCAGTCGGGCGAGT-------AG-GAA-T-TTGcaa
gi|33 : tactagtaactgcataccag---GG--CGGGT---AAATT------TT--ATT---GGTCGCT---AGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-------TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|34 : agagcaaatgacaatttactaag------AA--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------t
gi|35 : atcaacagatgtgggttgctatgggcaatgaaacaggcagtttcatacaggatgtGT---ATGTT------TT--ATT---GGTCACT---AGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C---T-T-TTA-A-CAA--T-TTTATAC
gi|36 : a-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------A-CCA--G----AAACCAGTCT------ACC--AAT---G-------------G-------C---A----A----------------T---------aatcctggtatacaccta
gi|37 : tgttaatcGGTGTAAAATTCTACTTGCCCAGTCACATTC-CA-G--G------CTTGTTGAACTTGCAGTCGGG
gi|4 : --G------CAAGCTGAAGTCATAGTCCAGCAAGT-------AA-G-A-AATTGTAAATG------CTAG---ACC-GAC---A-G-GG-A-G-A--TGCGT-TTC----CACTGCA-TAATTA-----TTTC-AAAA----TGCAA-AAACAAA-TTATTGA--AAAA---T------CAC-AATTTCTCTTATTACATGT-ATTTCTTGATCACAA--AAGCGCAA-AC---A-ATCTC-----TGAATC-GCTAGAT--GCTTTC------TT-AATTATGA-TA-TAC-AAGTTTCTTTTG---------CTT---------A---------C--------------AAATG-------ACA------AC--------A----------------------------------------------------------G--------TGT-------------------ACGGCAG----------T----G------AT-----AAAT-A---------ATT----GT---ATACCAGTTC------AAC--AGT-TGG-------------G-------G---T----G----------------T---------T--T--T----C---ATTCAAACCAATCCACCATCAGGATG-TA-TT----TTCAGA----T-------ATA-------ACTT--TTTT----T-T--C-T--G-----C----AAAGTGTCAT-TAAca
gi|5 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattGGGTGTCAAAT----TTTACTC-GCC-CATTCACA-T--A-------AAGTCTCATTTG-----GGGAAAGT-------AA-G-GGT-TTGTAAATG------TTAG---TCCCGAC---T-G-TG---A-G--TATAT-TTC----CGCTGCA-TAAG-A-----TTCCCAAAA----TCTGA-AATATA-------GT--AAAG---C------AAA-AGTTTAT-TGATCGA--AA-AT-------C-ACAA--AA---CT--TA---A-A---C-----TGAATC-ACTAGAG--GCTTTA------TA-AATCATGG-TT-AGC-AGTT-------G---------CAT---------GTTGCTAGA-A--------------AAACAA------ATAAAATATAA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACTA----------T----C------ATA----AAAT-A---------T-C----AT---AAATCAATCT------ATC--AAT-TGG-------------G-------A---T----A----------------T---------TTCT--T----C---A---------------------AATC-TA-AT----T---------TTTATAG-ACATC-----ACTT--TTTT----ACC--C-C--T-----C----AAAGTATC
gi|6 : gcataaaaacaa-------AA-G-AAT-TTGTAAATG------CTAA---TCC-AAC---A-G-GG-C-AAG--TAAGT-TTCC--TCG--GCA-AAATGT-----TGCC-AAAA----TGCTA-AAAAAAT-A--TTGC--AAAA---T------CAA-AGTGTCT-TGATTGCA-GA-AT-------C-ACAA--AA---CAA-T----A-G---T-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AACCATAA-CC-AAC-AG---------GTGCTGGTTACTA---------G---------G--------------AAATGAATAGGCACA------AG--------------------------C-C-------------------TT-----------------G-------C--------------------------CAA----------T----T------GT-----AAAC-T---------T-T----G-------CTGGT----------C--AAT-TGG-------------A-------A---T----G----------------T---------T--TTAT----C---A---------------------GATG-TG-AT----
gi|7 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgacag-T-TTGTAAATG------ACAG---ACT-GAC---A-G-GT-TGA-G--TACCA-TTCT----GCTGCA-TACTTA-----TTAC-AAAA----TATAA-AAAAAAA----TTGC--AAAA---TCTTGTAAAA-AG-TTCT-TGATCAC--AAGAT-------C--------A---TAA-TT---GCG---T-----T--ATC-ACTCGGC--CCTTTA------TG-AATTATGA-CCTGGT-GC---------G---------CATTGCAA----G---------A--------------AAATGA------ACA------AA--------A-----------------C-T----------------------------------------------CTGTA------------------CCGAAAAACACAGACTTC----G------ATGTTTGAAAT-A---------ATC----AT---AAACCAGTCC------ACC--AAC-TGG-------------GATAAAAAA---A----A--------------------------------T----C---A---------------------GATG-CA-ATGTA-T---------TTACAG--ACA-------A--C--TATTGA--A-C--CACTGG-----T----AAA-TGTCAT-AAACAGACATTAT----G-AAA-------TATgtttaaacagacacctctttatttccagcaaaatg
gi|8 : AAGTTGCCGTCAAGGGAGT-------AA-GAA-T-TTGTAAATA------CTTGTTTTCA-GAG---A-GCGA-G-G-G--CATTTGCTCT--CCCCTGCA-TAATGT-----TTCC-GAAT----CACAA-AAttat
gi|8 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggc-TGTTTCC--GA-AT-------C-ACAA--AA---TA--TC---------------TGAATC-ACTAGAC--ATTTTA------TA-AATCATGA-TC-CAT-AG---------G---------Ctatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|9 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataaT--TCACTGCA-CAATTA-----TTCC-AAAA----TGCAA-AAAAAAAATA-TTGT--AAGG---T-------AA-GGTTTCT-TAAT------------------CACAA--AA---CAA-T----A-G---A-----AGAATC-GCTAAAC--ACT------------AATCTTTA-TC-AAC-AG---------G---------ACT---------G---------GTTCACATTGCTAGAAAACAA------ACA------AA--------A-----------------T-TGTAAAT-------------TT-----------------G-------TTAG-------------------TTGACAA----------T----G------AT-----AAAT-A---------AGC----AT---AAGCCAGTCC------ACC--AAT-TGG-------------G-------ATG-T----G----------------T---------T--T--T----T---T---------------------TATGTTATAT----TATAAGACACC-------GCA-------A--T--TTT-------C--C-C--A-----A----AAAGTGTCAC-TTACAAATATT-T-----CAAA-------TATAAAACA-ATGG---A-----AA-TG---------------------GTCGTATTTTTATA-AGAGTGATT-A--T-G-TTTA-aagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 2222222222222 22222222222222 222 222222222 111111111111 2222 1111111 1111111111111111111 333333333333 2222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777 222222 2222 11111111 1111111 1111 2222222222 1111
lowQualScore : 66666 5 5 4 2 1 5555555555555 0 444 33 33 4 33333333333333 666666 333 33 666 2 2 333 4 55 1 333333333 2 55555 2 2 333333333333 3 2222 33 444 1111111 2 8888888888888888888 333333333333 33 5555555555555555 2 666 666666 2 2 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 33 1 33333 1111111 4 2222222222222222222222222222222222222 1 2 777777 3 8888 5 1111 00000000 3333333 777 2222 5555555555 5 5 1 5555
lowQualScore : ..... . . . . . ............. . ... .. .. . .............. ...... ... .. ... . . ... . .. . ......... . ..... . . ............ . .... .. ... ....... . ................... ............ .. ................ . ... ...... . . . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .. . ..... ....... . ..................................... . . ...... . .... . .... ........ ....... ... .... .......... . . . ....
lowQualScore : 11111 3 7 4 1 2 2222222222222 1 111 77 22 7 88888888888888 444444 999 44 111 2 2 111 4 33 4 222222222 1 66666 2 5 999999999999 4 6666 44 444 5555555 4 5555555555555555555 222222222222 11 9999999999999999 0 222 444444 2 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 77 2 55555 8888888 0 2222222222222222222222222222222222222 0 7 999999 7 0000 0 9999 22222222 9999999 888 1111 7777777777 7 7 0 3333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------CCAA--T-----CGG--------G-A-------TG----------------T--T--T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTT----CAAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
Reference ( family-948 ) : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------CCAA--T-----TGG--------G-A-------NA----------------T--T--T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTT----NAAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTTA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
gi|1 : GTTGAAGTCGCAGTTGCACTAGA--AT--AA-ATCA-TAGTGAACAATTATAAATG------TTAGT---CT-GAC---A-AGTA-G-A-A--TGCATTT---CT----GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----AATCCCA-AAA--------TCAT--AAAA---C------AAC-AG----------------------------------------CAA--AAC----------------------C-ACCAGAT--GTTTTA------TA-AAT-ATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----GTGCATTGTTGG--------G--------------A---AATTA------AAA------TG--------A-----------------C-TGAACACTACCAAATGTAAACT-----------------G-------CCAT-------------------TTGACAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TAAACCAGTCCA-------CAA--TA----TGGTTTTTTTTGTT-------TT----------------T--T--T-------T-----C---A---------------------GGTGTAATGTTT----T-----T-------ATAGAAAC---TA------A-----T--TTTC----T---CG-C-C--G-----C----AAAATGTCAT-TA----ACATTTTTTAAAAAA-------TTTAGAATA-ACAG---A-----AA-TG---------------TTCAAAATTATATTATAATATGGGCTAGTT-GT-GTTTCTCTTA--GAG-CAAGTATA----T---TT--ATC--TGGTCACT---TGTCCTACAGGG----CAAGTAGT--G---TAT-TAATA-ACA----TTTACACACCT
gi|10 : aaattccacatttggcacC-CACTTGCCT--G------C-GACTTGAAGTTGCAGTCAGGT--GA--AT--AA-G--A-A---------TTTTAAATG------ATAGT---CC-GAC---G-TG-G-TGA-G--TAAGTTT-------CCACTGTA-TA---A-----TT--------------------------AA-T--CT----------------------AGT------------------TTCTTTATCGC--AA-AT-CACAA--AACAAT----A--GC-----TTAATTAATTA-------TTT----------AATCATTT-TT-AACTA-------------------------AT---------G--------C--------------A---AGTTG------CCA----------------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT------------------------------------TG--------AT-----AATT--------------G---TAAACCAGTTCA------CATA--T-----CAG--------G-A-------TA----------------T--T--T-------T-----ggtttgcccta
gi|11 : atattataatacatatcaggattgtaatatt------C-GAGTTGTAATTGCAGTTGCTC--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAGATG------CTAGT---TT-GAT---G-GG-A-TGA-C--TGCTTTT---CA--CTGCT----TAAATT-----TTCC-AAAA-T----G---TGC-ATAAATA-T--T-GT--TTAA---C------TAT-AGT------------------TTCATGATCGC--GG-AATAGCTA--AACAA-C---A--GC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTAA------TA-AATCTTGA-TC-AAC-AGATGCACATTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------G-------CCCTA------------------GCGAC-A----------TGTTCTGT--AC-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|12 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtGAAAC-ACTATACACGCTTTG------TA-ATTCAAGA-TC-AAC-AGGT-------G---------C----ATATTGCTA--G--------G--------------A---AATGA------ATA------AGAAGTTGTAA-----------------C-T-------------------CT-----------------G-------GTGG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AATT-A-----ATC----G---TTAACCAGTTCA------CCAA--T-----TGG--------A-ATCTACTGTA----------------T--T--T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T-------------------------------------G-----T--TTTT----A---C--------------------AG--------ACCCTGCTTTT----CACAA-------TTTATAACA-AT-A---A-----A---------------------------CA-A--TTAACAAGGACAAATA-GCAA-CTTACTAA--G-G--GAGTGTG---TT---TT--ATCAATGATCACT---AGTCCCACAGtaattataa
gi|13 : GCAG--G------G-GTGTAAAATTTGCAAT--GGT--GA--GTTTAA-G--------------TTATAGATGATTATGCTAAT---CT-CATT--A-GT-G-CGA-G--TATGTTT---C----CACTGCA-AAATTA-----TTCC-GAAA-T----T---C---AAAGAAA-TA-TTGT--AAAA---T------CAA-TGT------------------ATCTTGAATGC--AA-ATTCAAAA--AA-AA-C---A--AC-----TGAATC-ACTAAAT--GCTTTA------AA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT--------------------------------------ATGA------ACA--------------------------------------------------------TT-----------------G-------CT------------------------AAAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CT---G---TAAGCCAGTCTA------ta
gi|14 : ttaaaaatacaata--A-T---------TTGTAAATA------TTAGT---GT-GAC---T-GG-G-AGA-G--TATGTTT---T----CACTGCA-TAATTT-----TTCC-AAgtg
gi|14 : attgagcA-AGT------------------TTCTTGATTGT--TA-A--AACAA--AACA-TT---A--GC-----TGAATC-ACTA---------CA------TA-GATCATGACTC-TGT-GC---------T---------C----CTTGTTTTG--G--------G--------------A---TATGA------ATT------AG--------A-----------------C-T-------------------AT-----------------G-------CTGTGCCATAAAGACTTTGCTGGTCAACAA----------TG--------AT-----AACT-A-----A-TAAAAG---TAAACCAATTCA------CAAA--T-----CAG--------G-G-------TG----------------T--T--T-------T-----gtttcttgattgttaaaacaaaacattagctgaatcactacatagatcatgactctgtgctccttgttttgggatatgaattagactatgctgtgccataaagactttgctggtcaacaatgataactaataaaagtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|15 : attgagcatttgtaaatattagtgtgactgggagagtatgttttcactgcataatttttccGAGTGTAAAACTACATTTGCCA-GCT-CAC--ACTA--G------T-GAGTTGAAGTCGCAATCAAAT--GT--GT--AA-GA-A-T---------TTGTATAT-------CTAGT---CT-AGC---A-AG-G-A-A-GAATAGGTT-----G--CCACTGCA-TAATTA-----CTCC-AAAA-T----C---TG---AAGAAA-TG-TTGT--AAAC---T------CAA-AGT------------------TGTCTGAT-----------CACAA--ACCAGTC---A---C-----TGAATC-ACTAGAC--GATTTATACATGTA-AATCATGA-TC-AAT-AA---------G---------t
gi|16 : aa---------G---------C----TA---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------GAACTTCACTGT-------------------TCAATAA----------TT--------AT-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAC-AGTCCATTATAACCAAGAC-----CAA--------G-A-------TAGGGTGTGTGTTGTTTTT--T--T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----TATGTT-----T-------A----------CATAT---A-----T--TATT----A---T--C-C--C-----CCCAGAAAGTGTCAT-TAACAGAAACGT-----AAAA-------TATTAAGTA-ATGG---A-----AA-TGGA-------------TA----ATCATAtgcatgttg
gi|17 : gctcattGGGTGTAAA-C---TTTTGCTC-GCC-CCCTCTCATTTG------C-GAGCTG------CAGTCAGGT--AA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAA-G------TAAGT---CT-TAA---A-TG-C-A-G-G--TACATTT---CT----GCTGTA-AAATTA-----TT---AAAA-TATGTG---CGA-A------------GT--AAAA---T------AAA-AGG------------------TT-TTGATTGCCAAA-AAAAACCA--AACAACCC--A--GC-----TAAATC-ACTAGAC--ACaataatataatattagt
gi|18 : gaccaa--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCCA------CCAG--TGGCAATGGC-------G-C-------TG----------------TA-T--T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----TTTTACAGA----------CA------A-----TGCTTTT----A---T--C-C--C-----C----ACAG----------CAGATAT----------A-------TATAAATCA-AT-G---A-------------------------------ATCATAgagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|19 : tgatcaacagatgtgggttgctctgggcaatgaaacaggctgtttcatactggatgtta-----TGGATC-TCTAGAT--GCCTTA------TA-AGTCATGA-TC-AAC-AGGTGCCTGTTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AACTA------ATA------AG--------T-----------------CTT-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAT----------TG--------GG-----GGAT-A-----AGA----G---TAAATCAGTCCA------CCAA--------CAT--------G-A-------TT----------------T--T--T-------TCC---C---A---------------------GGTGTAA----caggaaaaga
gi|2 : gcaaaatgcaagtcagagaggacattGAGTATAAAAC---ATTCTCCC-GCC-CACTTACAG--G------T-GAGTCGAATTTGCAGTCAAGT--GA--GA--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CCAGT---CT-GGC---A-GG-G-GTA-G--TATGTTC---CTTACCACTATA-TAGTTA-----CTCA-AAAA-T----G---TGGGAAAAAAA-C--TTGT--AAAA---T------TGA-ACT------------------TTCTTGATTGT--GA-ATCCACAA--AACAATT---AAAGC-----TGAAAC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATTGTGA-TC-AAC-GG---------G---------C----CT---------G--------A--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCAACAG----------TA--------AT-----AGAT-A------------G---TAAATGAGTCCA------CTGC--T-----TGA--------G-A-------AA----------------C--T--T-------T-----C---A---------------------GATCTAA----T----T-----C-------A----------CA------A-----T--TTTT--------C--C-C--A-----C----AAAGTGTCGTAAAACAGGCATTT----GACAA-------TATAAAATA-AT-G---A-----AA-TA---------------T-----ACCATATTTATATATGGCTGAGTG-A--G-TTAACTT---G-G-TGGGTATG---GT---TT--A----TGGCTGCT---AGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTT-T-TAA-A-ATA--T-TTTACACCCCTatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|20 : catccatgaagctgCAA------ACAT-----AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACGA----------TGTCAGATAAAT-----AAAT-ATATATA-C----G---TAAACCAGACAA------TCAA--T-----GGG--------A-A-------TGTT--------------T--T--T-------T-----C---A---------------------TATGTAA----
gi|21 : tgctagtcaacaggggcctgttgttgcaggaaaatgaaggaaagtgccctac-----C----AAAATGTCAT-TAATAGATGTTT----TAAAAATTTAAATATAAAACA-AT-G---A-----AAATGGTAAAAATTAAAAATT-----ATCATATTTTCGGAAGGGAGAATG-CC-A-TG-ACTAA--A-G----GCATG---TA---TT-------TGCTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---G-T-TAA-ATATA--T-TTTACACCCCcattatacagacactgctttttt
gi|22 : GCTTGCATTGG------C-TAGTTGAAGTCACAGTTGGGC--AA--GT--AATA--A-T---------TTGTTTATG------CAAGT---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TATGTT-----T--CCACTGCA-TGATTA-----TTTC-AAAC-T----G---TGT-GAAAATA----CTAT--AAAA---T------AAA-A-------------------------GATTGT--GA--------------AATCTGTA--GT-----TGAATC-ACTAGAC--CCTTCA------TA-
gi|23 : --T--T-------T-----C---A---------------------AATGTTA----TGTTTT-----T-------A----------CAGACACCA-----T--TTTT----C---C--C-C--C-----C----ATA--------TAA--GACAATT----CAAAA-------TAGAAAATG-GT-T---A-----AA-AT---------------C-----ATCATATTTCCGTAAGAACGAGAGAACAA-TTCACAAA--G-G-TTGA-ATG---TC---TTTGAT---TGGTCACT---AGTCTCACAGG
gi|24 : agtatggtg------AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGC-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGT----G---TTAACCAGTCAA------CTTA--T-----TAG--------A-A-------CA----------------T--T--T-------T-----TAAAA---------------------AATATAA----T------------------------------A------T-----T--TTTT----A---C--
gi|25 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtGTCGTGGTTGGGT--GA--GT--AA-G--A-A---------TTATCAATT------CTATT---CC-GAC---A-CG-G-C-AAG--TACGTTT---CC--TAGATGCA-TA-TGA-----TTCT-TAAA-T----A---CAA-AAAAAAA-TTATTGT--AAAA---T------TAA-AAT------------------TTCTTAATCagacatggcttgtt
gi|26 : tatatatagcattggtggGATATTT----TAAAA-------TATAAAACA-AT-ATAAATTGTCAA-TG---------------TC----ATCATATTTCTATTAGAGCGAGTG-AC-AATTCACTTA--G-GGTGAGCATGACATTGTGTT--AT---TGGTCACT---TGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C---T-TCTAA-A-AAA--A-TTTACACCtacttatgtaattt
gi|27 : ACAA--AATAAT----A--AC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----ATGTAATGCAGG--------G--------------A---AATTA------AGA------AG--------A-----------------C-TGTGTA--------------TTGACCAACGTTTACCTTAG-------CTTT-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-
gi|28 : gaaattAAA-T--TTTTTCAAAAGTCT------TTA-AGT------------------TTCTTGATTGC--AA-AGTCGCAA--AGTGAT----A--AC-----TAAACC-ACTAGAT--Gtcat
gi|29 : aattctactCC-TGCTCGCATT-G------TTAAGTTGAAATCGCACTAGGGC--AC--GT--AG-GC-A-T---------TTTT-AATA------CTAAA---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TAAATTC---CT----GTTGCATTAATTtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|3 : ttatacagttccaattaGGTGTAAAAT----TCCACTT-GCC-CACTCGCATTTA------C-AAGTTGAAGTTGCAGTCAGGC--AA--GT--AACA--A-T---------TTGTAAATG------TCAGT---TT-GAC---A-GG-G-T---------GTT-----T--CCACTGCA-AAATTA-----TTCA-AAAATT----G---TGA-AATCAAA-G--CTG-----AA---T------CACTAGA------------------CACTTAAT------A-ATTCATAACCAACAGCC---T--GTTTGTATGCATT-GCTAGA--------A------CATAACCATTG-TT-A----------------------------------------G--------G--------------A---AACAA------ATA------AG--------ACAATAAATGTACATACAC-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAA----------TC--------AT-----AAATAA-----A-T----G---TAAA--AA---A------CCAA--T-----CAGCAT-----G-A-------TA-------------------T--T-------T-----C---A---------------------TAAGTAA----T----T-----C--------------------------------T--TTTTAATAA---CCAC-C--ACTCTCC----AAAGTGTCAT-TAGCAGGCATTT----TGAAA-------TATAAAAAATAT-A---A-----AA-ttg
gi|30 : ttaataataaatgacaatcagaT--AA-G--AAT---------TTGTAAATG-------TGG-----C-GACTGAATGG-G-T-A-GC-TACGTTT---CT----GCTAAA-TAATTACATTATTCC-AAAG-T----G---CAA-AAACAAcaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|31 : AAGGGTTAATG-AC-AATTCACTTAAGG-G-TAAGTGTG---TT---TG--AT---TAGTCACTTATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC-----T-TAA-A-ACAATT-TTTACgaacaaatatcgttatttcttt
gi|32 : GAGTGTAAAA------TT--CC-GCT-TGCTCGCTG--GTTTTGGC-AAGTTGAAGTAGCAGTCGGGC--GA--GT--AG-GA-A-T---------TTGcaa
gi|33 : tactagtaactgcataccagAGAGCAAATG-AC-AATTTACTAA--G-GGCGGGTAAA---TT---TT--AT---TGGTCGCT---AGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-------TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|34 : ------AA--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----t
gi|35 : atcaacagatgtgggttgctatgggcaatgaaacaggcagtttcatacaggatgtGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C---T-T-TTA-A-CAA--T-TTTATAC
gi|36 : a-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCTA------CCAA--T-----aatcctggtatacaccta
gi|37 : tgttaatcGGTGTAAAATTCTACTTGCCCAGTCACATTC-CAG--G------C-TTGTTGAACTTGCAGTCGGGC--ggcaat
gi|4 : --G------C-AAGCTGAAGTCATAGTCCAGC--AA--GT--AA-G--A-AA--------TTGTAAATG------CTAGA---CC-GAC---A-GG-G-A-G-A--TGCGTTT---C----CACTGCA-TAATTA-----TTTC-AAAA-T----G---CAA-AAACAAA-TTATTGA--AAAA---T------CAC-AATTTCTCTTATTACATGTATTTCTTGATCAC--AA-AAGCGC-A--AACAATC------TC-----TGAATC-GCTAGAT--GCTTTC------TT-AATTATGA-TA-TAC-AAGTTTCTTTTG---------C----TT---------A--------C--------------A---AATG-------ACA------AC--------A----------------------------------------------------------G--------TGT-------------------ACGGCAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TATACCAGTTCA------ACAG--T-----TGG--------G-G-------TG----------------T--T--T-------T-----C---ATTCAAACCAATCCACCATCAGGATGTAT----T----TTCAGAT-------A----------TA------ACT---T--TTTT----T---T--C-T--G-----C----AAAGTGTCAT-TAAa
gi|5 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattGGGTGTCAAAT----TTTACTC-GCC-CATTCACA----------------TAAAGTCTCATTTGGG---GAAAGT--AA-G--GGT---------TTGTAAATG------TTAGT---CCCGAC---T-GT-G---A-G--TATATTT---C----CGCTGCA-TAAG-A-----TTCCCAAAA-T----C---TGA-AATATA-------GT--AAAG---C------AAA-AGT------------------TTATTGATCGA--AA-ATC-ACAA--AACT-TA---A--AC-----TGAATC-ACTAGAG--GCTTTA------TA-AATCATGG-TT-AGC-AGTT-------G---------C----AT---------GTTGCTAGAA--------------A---AACAA------ATAAAATATAA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACTA----------TC--------ATA----AAAT-A-----T-C----A---TAAATCAATCTA------TCAA--T-----TGG--------G-A-------TA----------------T--TTCT-------T-----C---A---------------------AATCTAA----T----T-----TTTATAG-A----------CATC----ACT---T--TTTT----AC--C--C-C--T-----C----AAAGTATC
gi|6 : gcataaaaacaa--AA-G--AAT---------TTGTAAATG------CTAAT---CC-AAC---A-GG-G-C-AAG--TAAGTTT---CC--TCG--GCA-AAATGT-----TGCC-AAAA-T----G---CTA-AAAAAAT-A--TTGC--AAAA---T------CAA-AGT------------------GTCTTGATTGCA-GA-ATC-ACAA--AACAAT----A--GT-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AACCATAA-CC-AAC-AG---------GTGCTGGTTAC----TA---------G--------G--------------A---AATGAATAGGCACA------AG--------------------------C-C-------------------TT-----------------G-------C--------------------------CAA----------TT--------GT-----AAAC-T-----T-T----G-------CTGGT----------CAA--T-----TGG--------A-A-------TG----------------T--T--TTA-----T-----C---A---------------------GATGTGA----TG---T-----TTAA----A----------CA------GACACCT--CTTT----ATTTC--C-A--G-----C----AAAATG
gi|7 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgacag-T---------TTGTAAATG------ACAGA---CT-GAC---A-GG-T-TGA-G--TACCATT---CT----GCTGCA-TACTTA-----TTAC-AAAA-T----A---TAA-AAAAAAA----TTGC--AAAA---TCTTGTAAAA-AG-------------------TTCTTGATCAC--AAGATC--------ATAATT---GC-GT-----T--ATC-ACTCGGC--CCTTTA------TG-AATTATGA-CCTGGT-GC---------G---------C----ATTGCAA----G--------A--------------A---AATGA------ACA------AA--------A-----------------C-T----------------------------------------------CTGTA------------------CCGAAAAACACAGACTTCG--------ATGTTTGAAAT-A-----ATC----A---TAAACCAGTCCA------CCAA--C-----TGG--------G-A-------TA-----------------------AAAAAAAT-----C---A---------------------GATGCAA----TGTA-T-----TTACAG--A----------CA------A-----C--TATTGA--A---C--CACTGG-----T----AAA-TGTCAT-AAACAGACATTA----TGAAA-------TAT
gi|8 : AAGTTGCCGTCAAGG--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAATA------CTTGTTTTCA-GAG---A-GC-G---A-G--GGCATTTGCTCT--CCCCTGCA-TAATGT-----TTCC-GAAttat
gi|8 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcC--GA-ATC-ACAA--AATA-TC-------------TGAATC-ACTAGAC--ATTTTA------TA-AATCATGA-TC-CAT-AG---------G---------CAAGAGTTGCTA----G--------G--------------ACAGAATTA------AGC------AG--------A-----------------C-TGGGTAAACG----------TC-----------------A-------CTGG-------------------TTGACAA----------TG--------TC-----CAGT-A-----ATC----ATATTAAACAAGTCCA------CAAA--T-----CTG--------A-A-------TG----------------TG-T--T-------TTTCCCC---A---------------------AATG-------T----T-----T-------A-----------A------A-----TG-TTTT----A---C--tcacaaaatatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|9 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttcT--TCACTGCA-CAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CAA-AAAAAAAATA-TTGT--AAGG---T-------AA-GGT------------------TTCTTAATC-----------ACAA--AACAAT----A--GA-----AGAATC-GCTAAAC--ACT------------AATCTTTA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT---------G--------GTTCACATTGCTAGAA---AACAA------ACA------AA--------A-----------------T-TGTAAAT-------------TT-----------------G-------TTAG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGC----A---TAAGCCAGTCCA------CCAA--T-----TGG--------G-A-------TG----------------TGTT--T-------T-----T---T---------------------TATGTTA----TA---T-----T-------ATAAGACACCGCA------A-----T--TTT---------C--C-C--A-----A----AAAGTGTCAC-TTACAAATATTT----CAAA--------TATAAAACA-ATGG---A-----AA-TG---------------------GTCGTATTTTTATAAGAGTGA-TT-AT-G-TTTAagacacccttctctcccaca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 2222222222222 22222222222222 222 222222222 111111111111 2222 1111111 1111111111111111111 333333333333 2222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111 11111111 333333333333 1111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777 222222 2222 11111111 1111111 1111 2222222222 1111
lowQualScore : 66666 5 5 4 2 1 5555555555555 0 444 33 33 4 33333333333333 666666 333 33 666 2 2 333 4 55 1 333333333 2 55555 2 2 333333333333 3 2222 33 444 1111111 2 8888888888888888888 333333333333 33 5555555555555555 2 666 666666 2 2 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555555 888888888888888888888 8888888888 11111111 66666 1 000000000000 333 4444444444444444444 33 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 33 1 44444 1111111 4 2222222222222222222222222222222222222 1 2 777777 3 1 66 5 1111 00000000 3333333 777 2222 5555555555 5 5 1 5555
lowQualScore : ..... . . . . . ............. . ... .. .. . .............. ...... ... .. ... . . ... . .. . ......... . ..... . . ............ . .... .. ... ....... . ................... ............ .. ................ . ... ...... . . . . ........................................................................................................................................................ ....... ..................... .......... ........ ..... . ............ ... ................... .. . ....................................................................... .... ............................................................................. .. .. . ..... ....... . ..................................... . . ...... . . .. . .... ........ ....... ... .... .......... . . . ....
lowQualScore : 11111 3 7 4 1 2 2222222222222 1 111 77 22 7 88888888888888 444444 999 44 111 2 2 111 4 33 4 222222222 1 66666 2 5 999999999999 4 6666 44 444 5555555 4 5555555555555555555 222222222222 11 9999999999999999 0 222 444444 2 4 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9999999 777777777777777777777 0000000000 88888888 44444 8 888888888888 555 5555555555555555555 11 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 77 2 11111 8888888 0 2222222222222222222222222222222222222 0 7 999999 7 0 99 0 9999 22222222 9999999 888 1111 7777777777 7 7 0 3333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
Reference ( family-948 ) : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTC----AAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
gi|1 : GTTGAAGTCGCAGTTGCACTAGA--AT--AA-ATCA-TAGTGAACAATTATAAATG------TTAGT---CT-GAC---A-AGTA-G-A-A--TGCATTT---CT----GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----AATCCCA-AAA--------TCAT--AAAA---C------AAC-AG----------------------------------------CAA--AAC----------------------C-ACCAGAT--GTTTTA------TA-AAT-ATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----GTGCATTGTTGG--------G--------------A---AATTA------AAA------TG--------A-----------------C-TGAACACTACCAAATGTAAACT-----------------G-------CCAT-------------------TTGACAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TAAACCAGTCCA-------------------CAA--TATGGTTTTTTT-------TGTTTTT--T-------T-------T-----C---A---------------------GGTGTAATGTTT----T-----T-------ATAGAAAC---TA------A-----T--TTTC----T---CG-C-C--G-----C----AAAATGTCAT-TA----ACATTTTTTAAAAAA-------TTTAGAATA-ACAG---A-----AA-TG---------------TTCAAAATTATATTATAATATGGGCTAGTT-GT-GTTTCTCTTA--GAG-CAAGTATA----T---TT--ATC--TGGTCACT---TGTCCTACAGGG----CAAGTAGT--G---TAT-TAATA-ACA----TTTACACACCT
gi|10 : aaattccacatttggcacC-CACTTGCCT--G------C-GACTTGAAGTTGCAGTCAGGT--GA--AT--AA-G--A-A---------TTTTAAATG------ATAGT---CC-GAC---G-TG-G-TGA-G--TAAGTTT-------CCACTGTA-TA---A-----TT--------------------------AA-T--CT----------------------AGT------------------TTCTTTATCGC--AA-AT-CACAA--AACAAT----A--GC-----TTAATTAATTA-------TTT----------AATCATTT-TT-AACTA-------------------------AT---------G--------C--------------A---AGTTG------CCA----------------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT------------------------------------TG--------AT-----AATT--------------G---TAAACCAGTTCA------------C------ATA--TCAGG------A-------TA----T--T-------T-------T-----ggtttgcccta
gi|11 : atattataatacatatcaggattgtaatatt------C-GAGTTGTAATTGCAGTTGCTC--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAGATG------CTAGT---TT-GAT---G-GG-A-TGA-C--TGCTTTT---CA--CTGCT----TAAATT-----TTCC-AAAA-T----G---TGC-ATAAATA-T--T-GT--TTAA---C------TAT-AGT------------------TTCATGATCGC--GG-AATAGCTA--AACAA-C---A--GC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTAA------TA-AATCTTGA-TC-AAC-AGATGCACATTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------G-------CCCTA------------------GCGAC-A----------TGTTCTGT--AC-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|12 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtGAAAC-ACTATACACGCTTTG------TA-ATTCAAGA-TC-AAC-AGGT-------G---------C----ATATTGCTA--G--------G--------------A---AATGA------ATA------AGAAGTTGTAA-----------------C-T-------------------CT-----------------G-------GTGG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AATT-A-----ATC----G---TTAACCAGTTCA------------C------CAA--TTGGA------ATCTACTGTA----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T-------------------------------------G-----T--TTTT----A---C--------------------AG--------ACCCTGCTTTTC----ACAA-------TTTATAACA-AT-A---A-----A---------------------------CA-A--TTAACAAGGACAAATA-GCAA-CTTACTAA--G-G--GAGTGTG---TT---TT--ATCAATGATCACT---AGTCCCACAGtaattataa
gi|13 : GCAG--G------G-GTGTAAAATTTGCAAT--GGT--GA--GTTTAA-G--------------TTATAGATGATTATGCTAAT---CT-CATT--A-GT-G-CGA-G--TATGTTT---C----CACTGCA-AAATTA-----TTCC-GAAA-T----T---C---AAAGAAA-TA-TTGT--AAAA---T------CAA-TGT------------------ATCTTGAATGC--AA-ATTCAAAA--AA-AA-C---A--AC-----TGAATC-ACTAAAT--GCTTTA------AA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT--------------------------------------ATGA------ACA--------------------------------------------------------TT-----------------G-------CT------------------------AAAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CT---G---TAAGCCAGTCTA------------ta
gi|14 : ttaaaaatacaata--A-T---------TTGTAAATA------TTAGT---GT-GAC---T-GG-G-AGA-G--TATGTTT---T----CACTGCA-TAATTT-----TTCC-AAgtg
gi|14 : attgagcA-AGT------------------TTCTTGATTGT--TA-A--AACAA--AACA-TT---A--GC-----TGAATC-ACTA---------CA------TA-GATCATGACTC-TGT-GC---------T---------C----CTTGTTTTG--G--------G--------------A---TATGA------ATT------AG--------A-----------------C-T-------------------AT-----------------G-------CTGTGCCATAAAGACTTTGCTGGTCAACAA----------TG--------AT-----AACT-A-----A-TAAAAG---TAAACCAATTCA------------C------AAA--TCAGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----gtttcttgattgttaaaacaaaacattagctgaatcactacatagatcatgactctgtgctccttgttttgggatatgaattagactatgctgtgccataaagactttgctggtcaacaatgataactaataaaagtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|15 : attgagcatttgtaaatattagtgtgactgggagagtatgttttcactgcataatttttccGAGTGTAAAACTACATTTGCCA-GCT-CAC--ACTA--G------T-GAGTTGAAGTCGCAATCAAAT--GT--GT--AA-GA-A-T---------TTGTATAT-------CTAGT---CT-AGC---A-AG-G-A-A-GAATAGGTT-----G--CCACTGCA-TAATTA-----CTCC-AAAA-T----C---TG---AAGAAA-TG-TTGT--AAAC---T------CAA-AGT------------------TGTCTGAT-----------CACAA--ACCAGTC---A---C-----TGAATC-ACTAGAC--GATTTATACATGTA-AATCATGA-TC-AAT-AA---------G---------t
gi|16 : aa---------G---------C----TA---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------GAACTTCACTGT-------------------TCAATAA----------TT--------AT-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAC-AGTCCATTATAACCAAGAC------CAAGATAGGGTGT---G-------TG----T--TGTTTTTTT-------T-----C---A---------------------GATGTAA----TATGTT-----T-------A----------CATAT---A-----T--TATT----A---T--C-C--C-----CCCAGAAAGTGTCAT-TAACAGAAACGT-----AAAA-------TATTAAGTA-ATGG---A-----AA-TGGA-------------TA----ATCATAtgcatgttg
gi|17 : gctcattGGGTGTAAA-C---TTTTGCTC-GCC-CCCTCTCATTTG------C-GAGCTG------CAGTCAGGT--AA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAA-G------TAAGT---CT-TAA---A-TG-C-A-G-G--TACATTT---CT----GCTGTA-AAATTA-----TT---AAAA-TATGTG---CGA-A------------GT--AAAA---T------AAA-AGG------------------TT-TTGATTGCCAAA-AAAAACCA--AACAACCC--A--GC-----TAAATC-ACTAGAC--ACaataatataatattagt
gi|18 : gaccaa--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCCA------------CCAGTGGCAA--TGGCG------C-------TG----TA-T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----TTTTACAGA----------CA------A-----TGCTTTT----A---T--C-C--C-----C----ACAG----------CAGATAT----------A-------TATAAATCA-AT-G---A-------------------------------ATCATAgagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|19 : tgatcaacagatgtgggttgctctgggcaatgaaacaggctgtttcatactggatgtta-----TGGATC-TCTAGAT--GCCTTA------TA-AGTCATGA-TC-AAC-AGGTGCCTGTTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AACTA------ATA------AG--------T-----------------CTT-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAT----------TG--------GG-----GGAT-A-----AGA----G---TAAATCAGTCCA------------C------CAA---CATG------A-------TT----T--T-------T-------TCC---C---A---------------------GGTGTAA----caggaaaaga
gi|2 : gcaaaatgcaagtcagagaggacattGAGTATAAAAC---ATTCTCCC-GCC-CACTTACAG--G------T-GAGTCGAATTTGCAGTCAAGT--GA--GA--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CCAGT---CT-GGC---A-GG-G-GTA-G--TATGTTC---CTTACCACTATA-TAGTTA-----CTCA-AAAA-T----G---TGGGAAAAAAA-C--TTGT--AAAA---T------TGA-ACT------------------TTCTTGATTGT--GA-ATCCACAA--AACAATT---AAAGC-----TGAAAC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATTGTGA-TC-AAC-GG---------G---------C----CT---------G--------A--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCAACAG----------TA--------AT-----AGAT-A------------G---TAAATGAGTCCA------------C------TGC--TTGAG------A-------AA----C--T-------T-------T-----C---A---------------------GATCTAA----T----T-----C-------A----------CA------A-----T--TTTT--------C--C-C--A-----C----AAAGTGTCGTAAAACAGGCATTTG----ACAA-------TATAAAATA-AT-G---A-----AA-TA---------------T-----ACCATATTTATATATGGCTGAGTG-A--G-TTAACTT---G-G-TGGGTATG---GT---TT--A----TGGCTGCT---AGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTT-T-TAA-A-ATA--T-TTTACACCCCTatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|20 : catccatgaagctgCAA------ACAT-----AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACGA----------TGTCAGATAAAT-----AAAT-ATATATA-C----G---TAAACCAGACAA------------T------CAA--TGGGA------A-------TGTT--T--T-------T-------T-----C---A---------------------TATGTAA----
gi|21 : tgctagtcaacaggggcctgttgttgcaggaaaatgaaggaaagtgccctac-----C----AAAATGTCAT-TAATAGATGTTTT----AAAAATTTAAATATAAAACA-AT-G---A-----AAATGGTAAAAATTAAAAATT-----ATCATATTTTCGGAAGGGAGAATG-CC-A-TG-ACTAA--A-G----GCATG---TA---TT-------TGCTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---G-T-TAA-ATATA--T-TTTACACCCCcattatacagacactgctttttt
gi|22 : GCTTGCATTGG------C-TAGTTGAAGTCACAGTTGGGC--AA--GT--AATA--A-T---------TTGTTTATG------CAAGT---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TATGTT-----T--CCACTGCA-TGATTA-----TTTC-AAAC-T----G---TGT-GAAAATA----CTAT--AAAA---T------AAA-A-------------------------GATTGT--GA--------------AATCTGTA--GT-----TGAATC-ACTAGAC--CCTTCA------TA-
gi|23 : --T-------T-------T-----C---A---------------------AATGTTA----TGTTTT-----T-------A----------CAGACACCA-----T--TTTT----C---C--C-C--C-----C----ATA--------TAA--GACAATTC----AAAA-------TAGAAAATG-GT-T---A-----AA-AT---------------C-----ATCATATTTCCGTAAGAACGAGAGAACAA-TTCACAAA--G-G-TTGA-ATG---TC---TTTGAT---TGGTCACT---AGTCTCACAGG
gi|24 : agtatggtg------AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGC-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGT----G---TTAACCAGTCAA------------C------TTA--TTAGA------A-------CA----T--T-------T-------T-----TAAAA---------------------AATATAA----T------------------------------A------T-----T--TTTT----A---C--
gi|25 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtGTCGTGGTTGGGT--GA--GT--AA-G--A-A---------TTATCAATT------CTATT---CC-GAC---A-CG-G-C-AAG--TACGTTT---CC--TAGATGCA-TA-TGA-----TTCT-TAAA-T----A---CAA-AAAAAAA-TTATTGT--AAAA---T------TAA-AAT------------------TTCTTAATCagacatggcttgtt
gi|26 : tatatatagcattggtggGATATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-ATAAATTGTCAA-TG---------------TC----ATCATATTTCTATTAGAGCGAGTG-AC-AATTCACTTA--G-GGTGAGCATGACATTGTGTT--AT---TGGTCACT---TGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C---T-TCTAA-A-AAA--A-TTTACACCtacttatgtaattt
gi|27 : ACAA--AATAAT----A--AC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----ATGTAATGCAGG--------G--------------A---AATTA------AGA------AG--------A-----------------C-TGTGTA--------------TTGACCAACGTTTACCTTAG-------CTTT-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-
gi|28 : gaaattAAA-T--TTTTTCAAAAGTCT------TTA-AGT------------------TTCTTGATTGC--AA-AGTCGCAA--AGTGAT----A--AC-----TAAACC-ACTAGAT--Gtcat
gi|29 : aattctactCC-TGCTCGCATT-G------TTAAGTTGAAATCGCACTAGGGC--AC--GT--AG-GC-A-T---------TTTT-AATA------CTAAA---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TAAATTC---CT----GTTGCATTAATTtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|3 : ttatacagttccaattaGGTGTAAAAT----TCCACTT-GCC-CACTCGCATTTA------C-AAGTTGAAGTTGCAGTCAGGC--AA--GT--AACA--A-T---------TTGTAAATG------TCAGT---TT-GAC---A-GG-G-T---------GTT-----T--CCACTGCA-AAATTA-----TTCA-AAAATT----G---TGA-AATCAAA-G--CTG-----AA---T------CACTAGA------------------CACTTAAT------A-ATTCATAACCAACAGCC---T--GTTTGTATGCATT-GCTAGA--------A------CATAACCATTG-TT-A----------------------------------------G--------G--------------A---AACAA------ATA------AG--------ACAATAAATGTACATACAC-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAA----------TC--------AT-----AAATAA-----A-T----G---TAAA--AA---A------------C------CAA--TCAGC------A-------TGA---TA-T-------T-------T-----C---A---------------------TAAGTAA----T----T-----C--------------------------------T--TTTTAATAA---CCAC-C--ACTCTCC----AAAGTGTCAT-TAGCAGGCATTTT----GAAA-------TATAAAAAATAT-A---A-----AA-ttg
gi|30 : ttaataataaatgacaatcagaT--AA-G--AAT---------TTGTAAATG-------TGG-----C-GACTGAATGG-G-T-A-GC-TACGTTT---CT----GCTAAA-TAATTACATTATTCC-AAAG-T----G---CAA-AAACAAcaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|31 : AAGGGTTAATG-AC-AATTCACTTAAGG-G-TAAGTGTG---TT---TG--AT---TAGTCACTTATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC-----T-TAA-A-ACAATT-TTTACgaacaaatatcgttatttcttt
gi|32 : GAGTGTAAAA------TT--CC-GCT-TGCTCGCTG--GTTTTGGC-AAGTTGAAGTAGCAGTCGGGC--GA--GT--AG-GA-A-T---------TTGcaa
gi|33 : tactagtaactgcataccagAGAGCAAATG-AC-AATTTACTAA--G-GGCGGGTAAA---TT---TT--AT---TGGTCGCT---AGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-------TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|34 : ------AA--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----t
gi|35 : atcaacagatgtgggttgctatgggcaatgaaacaggcagtttcatacaggatgtGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C---T-T-TTA-A-CAA--T-TTTATAC
gi|36 : a-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCTA------------C------CAA--Taatcctggtatacaccta
gi|37 : tgttaatcGGTGTAAAATTCTACTTGCCCAGTCACATTC-CAG--G------C-TTGTTGAACTTGCAGTCGGGC--ggcaat
gi|4 : --G------C-AAGCTGAAGTCATAGTCCAGC--AA--GT--AA-G--A-AA--------TTGTAAATG------CTAGA---CC-GAC---A-GG-G-A-G-A--TGCGTTT---C----CACTGCA-TAATTA-----TTTC-AAAA-T----G---CAA-AAACAAA-TTATTGA--AAAA---T------CAC-AATTTCTCTTATTACATGTATTTCTTGATCAC--AA-AAGCGC-A--AACAATC------TC-----TGAATC-GCTAGAT--GCTTTC------TT-AATTATGA-TA-TAC-AAGTTTCTTTTG---------C----TT---------A--------C--------------A---AATG-------ACA------AC--------A----------------------------------------------------------G--------TGT-------------------ACGGCAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TATACCAGTTCA------------A------CAG--TTGGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----C---ATTCAAACCAATCCACCATCAGGATGTAT----T----TTCAGAT-------A----------TA------ACT---T--TTTT----T---T--C-T--G-----C----AAAGTGTCAT-TAAa
gi|5 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattGGGTGTCAAAT----TTTACTC-GCC-CATTCACA----------------TAAAGTCTCATTTGGG---GAAAGT--AA-G--GGT---------TTGTAAATG------TTAGT---CCCGAC---T-GT-G---A-G--TATATTT---C----CGCTGCA-TAAG-A-----TTCCCAAAA-T----C---TGA-AATATA-------GT--AAAG---C------AAA-AGT------------------TTATTGATCGA--AA-ATC-ACAA--AACT-TA---A--AC-----TGAATC-ACTAGAG--GCTTTA------TA-AATCATGG-TT-AGC-AGTT-------G---------C----AT---------GTTGCTAGAA--------------A---AACAA------ATAAAATATAA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACTA----------TC--------ATA----AAAT-A-----T-C----A---TAAATCAATCTA------------T------CAA--TTGGG------A-------TA----T--TTC-----T-------T-----C---A---------------------AATCTAA----T----T-----TTTATAG-A----------CATC----ACT---T--TTTT----AC--C--C-C--T-----C----AAAGTATC
gi|6 : gcataaaaacaa--AA-G--AAT---------TTGTAAATG------CTAAT---CC-AAC---A-GG-G-C-AAG--TAAGTTT---CC--TCG--GCA-AAATGT-----TGCC-AAAA-T----G---CTA-AAAAAAT-A--TTGC--AAAA---T------CAA-AGT------------------GTCTTGATTGCA-GA-ATC-ACAA--AACAAT----A--GT-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AACCATAA-CC-AAC-AG---------GTGCTGGTTAC----TA---------G--------G--------------A---AATGAATAGGCACA------AG--------------------------C-C-------------------TT-----------------G-------C--------------------------CAA----------TT--------GT-----AAAC-T-----T-T----G-------CTGGT----------------------CAA--TTGGA------A-------TG----T--T-------TTA-----T-----C---A---------------------GATGTGA----TG---T-----TTAA----A----------CA------GACACCT--CTTT----ATTTC--C-A--G-----C----AAAATG
gi|7 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgacag-T---------TTGTAAATG------ACAGA---CT-GAC---A-GG-T-TGA-G--TACCATT---CT----GCTGCA-TACTTA-----TTAC-AAAA-T----A---TAA-AAAAAAA----TTGC--AAAA---TCTTGTAAAA-AG-------------------TTCTTGATCAC--AAGATC--------ATAATT---GC-GT-----T--ATC-ACTCGGC--CCTTTA------TG-AATTATGA-CCTGGT-GC---------G---------C----ATTGCAA----G--------A--------------A---AATGA------ACA------AA--------A-----------------C-T----------------------------------------------CTGTA------------------CCGAAAAACACAGACTTCG--------ATGTTTGAAAT-A-----ATC----A---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--CTGGG------A-------TA----------------AAAAAAAT-----C---A---------------------GATGCAA----TGTA-T-----TTACAG--A----------CA------A-----C--TATTGA--A---C--CACTGG-----T----AAA-TGTCAT-AAACAGACATTAT----GAAA-------TAT
gi|8 : AAGTTGCCGTCAAGG--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAATA------CTTGTTTTCA-GAG---A-GC-G---A-G--GGCATTTGCTCT--CCCCTGCA-TAATGT-----TTCC-GAAttat
gi|8 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcC--GA-ATC-ACAA--AATA-TC-------------TGAATC-ACTAGAC--ATTTTA------TA-AATCATGA-TC-CAT-AG---------G---------CAAGAGTTGCTA----G--------G--------------ACAGAATTA------AGC------AG--------A-----------------C-TGGGTAAACG----------TC-----------------A-------CTGG-------------------TTGACAA----------TG--------TC-----CAGT-A-----ATC----ATATTAAACAAGTCCA------------C------AAA--TCTGA------A-------TG----TG-T-------T-------TTTCCCC---A---------------------AATG-------T----T-----T-------A-----------A------A-----TG-TTTT----A---C--tcacaaaatatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|9 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttcT--TCACTGCA-CAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CAA-AAAAAAAATA-TTGT--AAGG---T-------AA-GGT------------------TTCTTAATC-----------ACAA--AACAAT----A--GA-----AGAATC-GCTAAAC--ACT------------AATCTTTA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT---------G--------GTTCACATTGCTAGAA---AACAA------ACA------AA--------A-----------------T-TGTAAAT-------------TT-----------------G-------TTAG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGC----A---TAAGCCAGTCCA------------C------CAA--TTGGG------A-------TG----TGTT-------T-------T-----T---T---------------------TATGTTA----TA---T-----T-------ATAAGACACCGCA------A-----T--TTT---------C--C-C--A-----A----AAAGTGTCAC-TTACAAATATTTC----AAA--------TATAAAACA-ATGG---A-----AA-TG---------------------GTCGTATTTTTATAAGAGTGA-TT-AT-G-TTTAagacacccttctctcccaca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 2222222222222 22222222222222 222 222222222 111111111111 2222 1111111 1111111111111111111 333333333333 2222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111 11111111 333333333333 1111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 7777777777777777777777777777777777777 222222 2222 11111111 1111111 1111 2222222222 1111
lowQualScore : 66666 5 5 4 2 1 5555555555555 0 444 33 33 4 33333333333333 666666 333 33 666 2 2 333 4 55 1 333333333 2 55555 2 2 333333333333 3 2222 33 444 1111111 2 8888888888888888888 333333333333 33 5555555555555555 2 666 666666 2 2 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555555 888888888888888888888 8888888888 11111111 66666 1 000000000000 333 4444444444444444444 33 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 33 1 7777 1111111 4 2222222222222222222222222222222222222 1 2 777777 3 1 66 5 1111 00000000 3333333 777 2222 5555555555 5 5 1 5555
lowQualScore : ..... . . . . . ............. . ... .. .. . .............. ...... ... .. ... . . ... . .. . ......... . ..... . . ............ . .... .. ... ....... . ................... ............ .. ................ . ... ...... . . . . ........................................................................................................................................................ ....... ..................... .......... ........ ..... . ............ ... ................... .. . ....................................................................... .... ............................................................................. .. .. . .... ....... . ..................................... . . ...... . . .. . .... ........ ....... ... .... .......... . . . ....
lowQualScore : 11111 3 7 4 1 2 2222222222222 1 111 77 22 7 88888888888888 444444 999 44 111 2 2 111 4 33 4 222222222 1 66666 2 5 999999999999 4 6666 44 444 5555555 4 5555555555555555555 222222222222 11 9999999999999999 0 222 444444 2 4 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9999999 777777777777777777777 0000000000 88888888 44444 8 888888888888 555 5555555555555555555 11 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 77 2 7777 8888888 0 2222222222222222222222222222222222222 0 7 999999 7 0 99 0 9999 22222222 9999999 888 1111 7777777777 7 7 0 3333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
Reference ( family-948 ) : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
gi|1 : GTTGAAGTCGCAGTTGCACTAGA--AT--AA-ATCA-TAGTGAACAATTATAAATG------TTAGT---CT-GAC---A-AGTA-G-A-A--TGCATTT---CT----GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----AATCCCA-AAA--------TCAT--AAAA---C------AAC-AG----------------------------------------CAA--AAC----------------------C-ACCAGAT--GTTTTA------TA-AAT-ATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----GTGCATTGTTGG--------G--------------A---AATTA------AAA------TG--------A-----------------C-TGAACACTACCAAATGTAAACT-----------------G-------CCAT-------------------TTGACAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TAAACCAGTCCA-------------------CAA--TATGGTTTTTTT-------TGTTTTT--T-------T-------T-----C---A---------------------GGTGTAATGTTT----T-----T-------ATAGAAAC---TA------A-----T--TTTC----T---CG-C-C--G-----C----AAAATGTCAT-TA----ACATTTTTTAAAAAA-------TTTAGAATA-ACAG---A-----AA-TG---------------TTCAAAATTATATTATAATATGGGCTAGTT-GT-GTTTCTCTTA--GAG-CAAGTATA----T---TT--ATC--TGGTCACT---TGTCCTACAGGG----CAAGTAGT--G---TAT-TAATA-ACA----TTTACACACCT
gi|10 : aaattccacatttggcacC-CACTTGCCT--G------C-GACTTGAAGTTGCAGTCAGGT--GA--AT--AA-G--A-A---------TTTTAAATG------ATAGT---CC-GAC---G-TG-G-TGA-G--TAAGTTT-------CCACTGTA-TA---A-----TT--------------------------AA-T--CT----------------------AGT------------------TTCTTTATCGC--AA-AT-CACAA--AACAAT----A--GC-----TTAATTAATTA-------TTT----------AATCATTT-TT-AACTA-------------------------AT---------G--------C--------------A---AGTTG------CCA----------------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT------------------------------------TG--------AT-----AATT--------------G---TAAACCAGTTCA------------C------ATA--TCAGG------A-------TA----T--T-------T-------T-----ggtttgcccta
gi|11 : atattataatacatatcaggattgtaatatt------C-GAGTTGTAATTGCAGTTGCTC--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAGATG------CTAGT---TT-GAT---G-GG-A-TGA-C--TGCTTTT---CA--CTGCT----TAAATT-----TTCC-AAAA-T----G---TGC-ATAAATA-T--T-GT--TTAA---C------TAT-AGT------------------TTCATGATCGC--GG-AATAGCTA--AACAA-C---A--GC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTAA------TA-AATCTTGA-TC-AAC-AGATGCACATTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------G-------CCCTA------------------GCGAC-A----------TGTTCTGT--AC-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|12 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtGAAAC-ACTATACACGCTTTG------TA-ATTCAAGA-TC-AAC-AGGT-------G---------C----ATATTGCTA--G--------G--------------A---AATGA------ATA------AGAAGTTGTAA-----------------C-T-------------------CT-----------------G-------GTGG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AATT-A-----ATC----G---TTAACCAGTTCA------------C------CAA--TTGGA------ATCTACTGTA----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T-------------------------------------G-----T--TTTT----A---C--------------------AG--------ACCCTGCTTTTC----ACAA-------TTTATAACA-AT-A---A-----A---------------------------CA-A--TTAACAAGGACAAATA-GCAA-CTTACTAA--G-G--GAGTGTG---TT---TT--ATCAATGATCACT---AGTCCCACAGtaattataa
gi|13 : GCAG--G------G-GTGTAAAATTTGCAAT--GGT--GA--GTTTAA-G--------------TTATAGATGATTATGCTAAT---CT-CATT--A-GT-G-CGA-G--TATGTTT---C----CACTGCA-AAATTA-----TTCC-GAAA-T----T---C---AAAGAAA-TA-TTGT--AAAA---T------CAA-TGT------------------ATCTTGAATGC--AA-ATTCAAAA--AA-AA-C---A--AC-----TGAATC-ACTAAAT--GCTTTA------AA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT--------------------------------------ATGA------ACA--------------------------------------------------------TT-----------------G-------CT------------------------AAAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CT---G---TAAGCCAGTCTA------------ta
gi|14 : ttaaaaatacaata--A-T---------TTGTAAATA------TTAGT---GT-GAC---T-GG-G-AGA-G--TATGTTT---T----CACTGCA-TAATTT-----TTCC-AAgtg
gi|14 : attgagcA-AGT------------------TTCTTGATTGT--TA-A--AACAA--AACA-TT---A--GC-----TGAATC-ACTA---------CA------TA-GATCATGACTC-TGT-GC---------T---------C----CTTGTTTTG--G--------G--------------A---TATGA------ATT------AG--------A-----------------C-T-------------------AT-----------------G-------CTGTGCCATAAAGACTTTGCTGGTCAACAA----------TG--------AT-----AACT-A-----A-TAAAAG---TAAACCAATTCA------------C------AAA--TCAGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----gtttcttgattgttaaaacaaaacattagctgaatcactacatagatcatgactctgtgctccttgttttgggatatgaattagactatgctgtgccataaagactttgctggtcaacaatgataactaataaaagtaaaccaattcacaaatcagggtgttttt
gi|15 : attgagcatttgtaaatattagtgtgactgggagagtatgttttcactgcataatttttccGAGTGTAAAACTACATTTGCCA-GCT-CAC--ACTA--G------T-GAGTTGAAGTCGCAATCAAAT--GT--GT--AA-GA-A-T---------TTGTATAT-------CTAGT---CT-AGC---A-AG-G-A-A-GAATAGGTT-----G--CCACTGCA-TAATTA-----CTCC-AAAA-T----C---TG---AAGAAA-TG-TTGT--AAAC---T------CAA-AGT------------------TGTCTGAT-----------CACAA--ACCAGTC---A---C-----TGAATC-ACTAGAC--GATTTATACATGTA-AATCATGA-TC-AAT-AA---------G---------t
gi|16 : aa---------G---------C----TA---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------GAACTTCACTGT-------------------TCAATAA----------TT--------AT-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAC-AGTCCATTATAACCAAGAC------CAAGATAGGGTGT---G-------TG----T--TGTTTTTTT-------T-----C---A---------------------GATGTAA----TATGTT-----T-------A----------CATAT---A-----T--TATT----A---T--C-C--C-----CCCAGAAAGTGTCAT-TAACAGAAA-CGT----AAAA-------TATTAAGTA-ATGG---A-----AA-TGGA-------------TA----ATCATAtgcatgttg
gi|17 : gctcattGGGTGTAAA-C---TTTTGCTC-GCC-CCCTCTCATTTG------C-GAGCTG------CAGTCAGGT--AA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAA-G------TAAGT---CT-TAA---A-TG-C-A-G-G--TACATTT---CT----GCTGTA-AAATTA-----TT---AAAA-TATGTG---CGA-A------------GT--AAAA---T------AAA-AGG------------------TT-TTGATTGCCAAA-AAAAACCA--AACAACCC--A--GC-----TAAATC-ACTAGAC--ACaataatataatattagt
gi|18 : gaccaa--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCCA------------CCAGTGGCAA--TGGCG------C-------TG----TA-T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----TTTTACAGA----------CA------A-----TGCTTTT----A---T--C-C--C-----C----ACAG----------CAGATAT----------A-------TATAAATCA-AT-G---A-------------------------------ATCATAgagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|19 : tgatcaacagatgtgggttgctctgggcaatgaaacaggctgtttcatactggatgtta-----TGGATC-TCTAGAT--GCCTTA------TA-AGTCATGA-TC-AAC-AGGTGCCTGTTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AACTA------ATA------AG--------T-----------------CTT-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAT----------TG--------GG-----GGAT-A-----AGA----G---TAAATCAGTCCA------------C------CAA---CATG------A-------TT----T--T-------T-------TCC---C---A---------------------GGTGTAA----caggaaaaga
gi|2 : gcaaaatgcaagtcagagaggacattGAGTATAAAAC---ATTCTCCC-GCC-CACTTACAG--G------T-GAGTCGAATTTGCAGTCAAGT--GA--GA--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CCAGT---CT-GGC---A-GG-G-GTA-G--TATGTTC---CTTACCACTATA-TAGTTA-----CTCA-AAAA-T----G---TGGGAAAAAAA-C--TTGT--AAAA---T------TGA-ACT------------------TTCTTGATTGT--GA-ATCCACAA--AACAATT---AAAGC-----TGAAAC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATTGTGA-TC-AAC-GG---------G---------C----CT---------G--------A--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCAACAG----------TA--------AT-----AGAT-A------------G---TAAATGAGTCCA------------C------TGC--TTGAG------A-------AA----C--T-------T-------T-----C---A---------------------GATCTAA----T----T-----C-------A----------CA------A-----T--TTTT--------C--C-C--A-----C----AAAGTGTCGTAAAACAGGCATTTG----ACAA-------TATAAAATA-AT-G---A-----AA-TA---------------T-----ACCATATTTATATATGGCTGAGTG-A--G-TTAACTT---G-G-TGGGTATG---GT---TT--A----TGGCTGCT---AGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTT-T-TAA-A-ATA--T-TTTACACCCCTatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|20 : catccatgaagctgCAA------ACAT-----AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACGA----------TGTCAGATAAAT-----AAAT-ATATATA-C----G---TAAACCAGACAA------------T------CAA--TGGGA------A-------TGTT--T--T-------T-------T-----C---A---------------------TATGTAA----
gi|21 : tgctagtcaacaggggcctgttgttgcaggaaaatgaaggaaagtgccctac-----C----AAAATGTCAT-TAATAGATGTTTT----AAAAATTTAAATATAAAACA-AT-G---A-----AAATGGTAAAAATTAAAAATT-----ATCATATTTTCGGAAGGGAGAATG-CC-A-TG-ACTAA--A-G----GCATG---TA---TT-------TGCTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---G-T-TAA-ATATA--T-TTTACACCCCcattatacagacactgctttttt
gi|22 : GCTTGCATTGG------C-TAGTTGAAGTCACAGTTGGGC--AA--GT--AATA--A-T---------TTGTTTATG------CAAGT---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TATGTT-----T--CCACTGCA-TGATTA-----TTTC-AAAC-T----G---TGT-GAAAATA----CTAT--AAAA---T------AAA-A-------------------------GATTGT--GA--------------AATCTGTA--GT-----TGAATC-ACTAGAC--CCTTCA------TA-
gi|23 : --T-------T-------T-----C---A---------------------AATGTTA----TGTTTT-----T-------A----------CAGACACCA-----T--TTTT----C---C--C-C--C-----C----ATA--------TAA--GACAATTC----AAAA-------TAGAAAATG-GT-T---A-----AA-AT---------------C-----ATCATATTTCCGTAAGAACGAGAGAACAA-TTCACAAA--G-G-TTGA-ATG---TC---TTTGAT---TGGTCACT---AGTCTCACAGG
gi|24 : agtatggtg------AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGC-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGT----G---TTAACCAGTCAA------------C------TTA--TTAGA------A-------CA----T--T-------T-------T-----TAAAA---------------------AATATAA----T------------------------------A------T-----T--TTTT----A---C--
gi|25 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtGTCGTGGTTGGGT--GA--GT--AA-G--A-A---------TTATCAATT------CTATT---CC-GAC---A-CG-G-C-AAG--TACGTTT---CC--TAGATGCA-TA-TGA-----TTCT-TAAA-T----A---CAA-AAAAAAA-TTATTGT--AAAA---T------TAA-AAT------------------TTCTTAATCagacatggcttgtt
gi|26 : tatatatagcattggtggGATATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-ATAAATTGTCAA-TG---------------TC----ATCATATTTCTATTAGAGCGAGTG-AC-AATTCACTTA--G-GGTGAGCATGACATTGTGTT--AT---TGGTCACT---TGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C---T-TCTAA-A-AAA--A-TTTACACCtacttatgtaattt
gi|27 : ACAA--AATAAT----A--AC-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----ATGTAATGCAGG--------G--------------A---AATTA------AGA------AG--------A-----------------C-TGTGTA--------------TTGACCAACGTTTACCTTAG-------CTTT-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-
gi|28 : gaaattAAA-T--TTTTTCAAAAGTCT------TTA-AGT------------------TTCTTGATTGC--AA-AGTCGCAA--AGTGAT----A--AC-----TAAACC-ACTAGAT--Gtcat
gi|29 : aattctactCC-TGCTCGCATT-G------TTAAGTTGAAATCGCACTAGGGC--AC--GT--AG-GC-A-T---------TTTT-AATA------CTAAA---CT-GAC---A-GG-ACG-A-G--TAAATTC---CT----GTTGCATTAATTtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|3 : ttatacagttccaattaGGTGTAAAAT----TCCACTT-GCC-CACTCGCATTTA------C-AAGTTGAAGTTGCAGTCAGGC--AA--GT--AACA--A-T---------TTGTAAATG------TCAGT---TT-GAC---A-GG-G-T---------GTT-----T--CCACTGCA-AAATTA-----TTCA-AAAATT----G---TGA-AATCAAA-G--CTG-----AA---T------CACTAGA------------------CACTTAAT------A-ATTCATAACCAACAGCC---T--GTTTGTATGCATT-GCTAGA--------A------CATAACCATTG-TT-A----------------------------------------G--------G--------------A---AACAA------ATA------AG--------ACAATAAATGTACATACAC-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAA----------TC--------AT-----AAATAA-----A-T----G---TAAA--AA---A------------C------CAA--TCAGC------A-------TGA---TA-T-------T-------T-----C---A---------------------TAAGTAA----T----T-----C--------------------------------T--TTTTAATAA---CCAC-C--ACTCTCC----AAAGTGTCAT-TAGCAGGCATTTT----GAAA-------TATAAAAAATAT-A---A-----AA-ttg
gi|30 : ttaataataaatgacaatcagaT--AA-G--AAT---------TTGTAAATG-------TGG-----C-GACTGAATGG-G-T-A-GC-TACGTTT---CT----GCTAAA-TAATTACATTATTCC-AAAG-T----G---CAA-AAACAAcaatgtgaaaaaatcatgattcaaagtt
gi|31 : AAGGGTTAATG-AC-AATTCACTTAAGG-G-TAAGTGTG---TT---TG--AT---TAGTCACTTATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC-----T-TAA-A-ACAATT-TTTACgaacaaatatcgttatttcttt
gi|32 : GAGTGTAAAA------TT--CC-GCT-TGCTCGCTG--GTTTTGGC-AAGTTGAAGTAGCAGTCGGGC--GA--GT--AG-GA-A-T---------TTGcaa
gi|33 : tactagtaactgcataccagAGAGCAAATG-AC-AATTTACTAA--G-GGCGGGTAAA---TT---TT--AT---TGGTCGCT---AGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-------TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|34 : ------AA--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----t
gi|35 : atcaacagatgtgggttgctatgggcaatgaaacaggcagtttcatacaggatgtGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C---T-T-TTA-A-CAA--T-TTTATAC
gi|36 : a-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCTA------------C------CAA--Taatcctggtatacaccta
gi|37 : tgttaatcGGTGTAAAATTCTACTTGCCCAGTCACATTC-CAG--G------C-TTGTTGAACTTGCAGTCGGGC--ggcaat
gi|4 : --G------C-AAGCTGAAGTCATAGTCCAGC--AA--GT--AA-G--A-AA--------TTGTAAATG------CTAGA---CC-GAC---A-GG-G-A-G-A--TGCGTTT---C----CACTGCA-TAATTA-----TTTC-AAAA-T----G---CAA-AAACAAA-TTATTGA--AAAA---T------CAC-AATTTCTCTTATTACATGTATTTCTTGATCAC--AA-AAGCGC-A--AACAATC------TC-----TGAATC-GCTAGAT--GCTTTC------TT-AATTATGA-TA-TAC-AAGTTTCTTTTG---------C----TT---------A--------C--------------A---AATG-------ACA------AC--------A----------------------------------------------------------G--------TGT-------------------ACGGCAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TATACCAGTTCA------------A------CAG--TTGGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----C---ATTCAAACCAATCCACCATCAGGATGTAT----T----TTCAGAT-------A----------TA------ACT---T--TTTT----T---T--C-T--G-----C----AAAGTGTCAT-TAAa
gi|5 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattGGGTGTCAAAT----TTTACTC-GCC-CATTCACA----------------TAAAGTCTCATTTGGG---GAAAGT--AA-G--GGT---------TTGTAAATG------TTAGT---CCCGAC---T-GT-G---A-G--TATATTT---C----CGCTGCA-TAAG-A-----TTCCCAAAA-T----C---TGA-AATATA-------GT--AAAG---C------AAA-AGT------------------TTATTGATCGA--AA-ATC-ACAA--AACT-TA---A--AC-----TGAATC-ACTAGAG--GCTTTA------TA-AATCATGG-TT-AGC-AGTT-------G---------C----AT---------GTTGCTAGAA--------------A---AACAA------ATAAAATATAA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACTA----------TC--------ATA----AAAT-A-----T-C----A---TAAATCAATCTA------------T------CAA--TTGGG------A-------TA----T--TTC-----T-------T-----C---A---------------------AATCTAA----T----T-----TTTATAG-A----------CATC----ACT---T--TTTT----AC--C--C-C--T-----C----AAAGTATC
gi|6 : gcataaaaacaa--AA-G--AAT---------TTGTAAATG------CTAAT---CC-AAC---A-GG-G-C-AAG--TAAGTTT---CC--TCG--GCA-AAATGT-----TGCC-AAAA-T----G---CTA-AAAAAAT-A--TTGC--AAAA---T------CAA-AGT------------------GTCTTGATTGCA-GA-ATC-ACAA--AACAAT----A--GT-----TGAATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AACCATAA-CC-AAC-AG---------GTGCTGGTTAC----TA---------G--------G--------------A---AATGAATAGGCACA------AG--------------------------C-C-------------------TT-----------------G-------C--------------------------CAA----------TT--------GT-----AAAC-T-----T-T----G-------CTGGT----------------------CAA--TTGGA------A-------TG----T--T-------TTA-----T-----C---A---------------------GATGTGA----TG---T-----TTAA----A----------CA------GACACCT--CTTT----ATTTC--C-A--G-----C----AAAATG
gi|7 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgacag-T---------TTGTAAATG------ACAGA---CT-GAC---A-GG-T-TGA-G--TACCATT---CT----GCTGCA-TACTTA-----TTAC-AAAA-T----A---TAA-AAAAAAA----TTGC--AAAA---TCTTGTAAAA-AG-------------------TTCTTGATCAC--AAGATC--------ATAATT---GC-GT-----T--ATC-ACTCGGC--CCTTTA------TG-AATTATGA-CCTGGT-GC---------G---------C----ATTGCAA----G--------A--------------A---AATGA------ACA------AA--------A-----------------C-T----------------------------------------------CTGTA------------------CCGAAAAACACAGACTTCG--------ATGTTTGAAAT-A-----ATC----A---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--CTGGG------A-------TA----------------AAAAAAAT-----C---A---------------------GATGCAA----TGTA-T-----TTACAG--A----------CA------A-----C--TATTGA--A---C--CACTGG-----T----AAA-TGTCAT-AAACAGACATTAT----GAAA-------TAT
gi|8 : AAGTTGCCGTCAAGG--GA--GT--AA-G--AAT---------TTGTAAATA------CTTGTTTTCA-GAG---A-GC-G---A-G--GGCATTTGCTCT--CCCCTGCA-TAATGT-----TTCC-GAAttat
gi|8 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcC--GA-ATC-ACAA--AATA-TC-------------TGAATC-ACTAGAC--ATTTTA------TA-AATCATGA-TC-CAT-AG---------G---------CAAGAGTTGCTA----G--------G--------------ACAGAATTA------AGC------AG--------A-----------------C-TGGGTAAACG----------TC-----------------A-------CTGG-------------------TTGACAA----------TG--------TC-----CAGT-A-----ATC----ATATTAAACAAGTCCA------------C------AAA--TCTGA------A-------TG----TG-T-------T-------TTTCCCC---A---------------------AATG-------T----T-----T-------A-----------A------A-----TG-TTTT----A---C--tcacaaaatatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|9 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttcT--TCACTGCA-CAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CAA-AAAAAAAATA-TTGT--AAGG---T-------AA-GGT------------------TTCTTAATC-----------ACAA--AACAAT----A--GA-----AGAATC-GCTAAAC--ACT------------AATCTTTA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT---------G--------GTTCACATTGCTAGAA---AACAA------ACA------AA--------A-----------------T-TGTAAAT-------------TT-----------------G-------TTAG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGC----A---TAAGCCAGTCCA------------C------CAA--TTGGG------A-------TG----TGTT-------T-------T-----T---T---------------------TATGTTA----TA---T-----T-------ATAAGACACCGCA------A-----T--TTT---------C--C-C--A-----A----AAAGTGTCAC-TTACAAATATTTC----AAA--------TATAAAACA-ATGG---A-----AA-TG---------------------GTCGTATTTTTATAAGAGTGA-TT-AT-G-TTTAagacacccttctctcccaca
blockSeqs : TTCTA G A A A G GGTTTTGGCA T AA TT T AAT ATTATG TTT CC TGA T . TG A AA A TGCTCTC T CATTA C T ATGTGCGA A TTA TC GTC CTTGTAA T TTTCTCTTATTACATGTAT TGCCAAAAAAA CC GCCTGTTTGTA A CAC TACATG T C T T GTATGTAATGCAGGGAAATTAAGAAGACTGTGTATTGACCAACGTTTACCTTA AACTTCA GCCATAAAGACTTTGCTGGTC ACACAGACTT TCAGATAA GTTTG A TATATAC TAT TTATAACCAAGAC GA C GTGTTTTCATTCAAACCAATCCACCATCAG . GTATTTACAGACAACTATTGAACCACTGGT GT AA C . ATTTAAA T GAAAATGGTAAAAATTAAAAATT A A AACAA T A AG . GTGA ACATTGTG ATCAA TAT CGAT CTTTTT . T T ATT
blockSeqs : CT T . . C A TTTGCG C . . C AAT . . C T . . TG A C C CCTTAC . . . . GTGGG G TTA . . T . T CGCGGAATA . ATCTGTAGT . T . . . . . GCAAGAGTTGCTAGGACAGAATTAAGCAGACTGGGTAAACGTC . AGC . TTCTGT A . ATAAAA . CCAGTGG . T TGTGTGTTGTTTTTTTTCA . GTTTAAACAGACACCTCTTTATTTCCAGC GT T A . . . ATAAATTGTCAATGTC T G GCAA A T . . GCGG TT TGAT . . CTTC . . T TG
blockSeqs : CA A . . A T TTGGCT T . . . AAT . . T . . . CG . . T TCAC . . . . GTGC G ATA . . C . T TGCAAATTC . ATTAAAGC . T . . . . . GACTGGTTCACATTGCTAGAAAACAAACAAAATTGTAAATTT . ACC . . . . ACCA . C . C ATCTACTGTATTTTCA . ATGTTTACATATATTATTATCCCCCCAG AT T A . . . GGAAATGGATA C A ACAA C A . . TGG GT AT . . GACT . . A T
blockSeqs : T G . . G A TTGTTA T . . . CAT . . T . . . AG . . T TCCT . . . . GTGT A TA . . C . T TGTGAATCC . ACCCAGC . C . . . . . GTGCATATTGCTAGGAAATGAATAAGAAGTTGTAACTCT . TT . . . . ACCA . C . A ATGTGTTTTTCCCCA . TTTTATAGACATCACTTTTTTACCCCTC GT T A . . . GAAATAT C G ACAA C A . . TTG TA AT . . CGT . . C T
blockSeqs : T A . . G G TTTACA T . . . AAT . . T . . . GT . . G TCCT . . . . ACAA A TG . . A . T TGCAAAGTC . ATTGCGT . C . . . . . TTGCATGTTGCTAGAAAAACAAATAAAATATAAACTTT . TC . . . . ATC . C . G ATAAAAAAAATCA . GTTTTTACAGACACCATTTTTCCCCCC GT T A . . . TAAAATC T G ACAA C T . . TAA TC AT . . CTT . . T A
blockSeqs : . . . . A G GGGG T . . . AAT . . T . . . CG . . C TCT . . . . GTGA A T . . T . T CACAAAAGC . ATAGC . T . . . . . GTGCTGGTTACTAGGAAATGAATAGGCACAAGCCTT . TG . . . . ATC . C . C ACATTTTTAAAA . TTTTTACAGACAATGCTTTTATCCCC GT T G . . . GGAAATG T A CCA T T . . GA TT AT . . C . . A T
blockSeqs : . G G AGTG C . . . AAA . . T . . . CG . . T CCT . . . . GCAA C T . . A . G TGCAGAATC . ACAGC . T . . . . . GGAAACAAATAAGACAATAAATGTACATACACTTT . TT . . . . ACT . C . T ATTTTTTCCCA . ATTATAAGACACCGCAATTTTCCCAA AT A A . . . AAA A ATG T A . . . TT A .
blockSeqs : . A G GGTG T . . . GGT . . T . . . TG . . T TCT . . . . GCAA C C . . T . T CACAAGATC . ACAAC . C . . . . . GTGCCTGTTGCTTGGAAACTAATAAGTCTTTT . TC . . . . ATC . T . G ATGTTTTTTCA . TCTTTTTAATAACCACCACTCTCC GT T A . . . GA . AG . TT . .
blockSeqs : A A GGCT C . . . AAT . . T . . . A . . C TCT . . . . CTGA C T . . T . T CGCAAATC . TTAGC . T . . . . . ATGCACATTGCTTGGAAATGAATAAGACTGT . TT . . . . AGA . C . T ATGATATTTCA . TTCAGATATAACTTTTTTTTCTGC G . A . . .
blockSeqs : . . C . . . AAT . . C . . . A . . A TC . . . . GCTA A G . . C . T CGAAAATC . GTCAC . T . . . . . TCCTTGTTTTGGGATATGAATTAGACTAT . TC . . . . AGT . C . C ATATTTCTTCA . TCACAATTTTTCCCAC G . . . .
blockSeqs : C . . . AA . . T . . . C . . C TC . . . . ATAA A A . . C . A TGTTAAA . ATAAC . T . . . . . GTTTCTTTTGCTTACAAATGACAACA . TC . . . . ATT . C . T ATGTTTTATCA . GTTTTTAC T
blockSeqs : C . . . AT . . T . . . T . . C TT . . . . GCAA A . . . A . T TGTGA . ATAAC . G . . . . . GCATTGCAAGAAAATGAACAAAACT . TT . . . . ATC . A . T ATGTGTTTTTT . .
blockSeqs : C . . . AT . . C . . . T . . T GC . . . . CTG A . . . C . T AATTC . ATCTC . T . . . . . GCTAGGAAATGAATAAGACTGT . TG . . . . ATC . T . T CTGTATTTCA .
blockSeqs : G . . . AT . . C . . . A . . A TC . . . . TC . . . . . . T C . TAAAC . C . . . . . GCCTGAAAACGAACAAGACTTT . TG . . . . AGC . C . T AAACTTTCA .
blockSeqs : . . . AA . . C . . . C . . C TC . . . . . . . . . . . . C . ATAGT . C . . . . . ATGCAAGTTGCCAACTTT . AC . . . . AT . C . C .
blockSeqs : . . AT . . T . . . . . . C TC . . . . . . ATAGA . C . . . . . GACTATGAACATT . TT . . . . TC . C . T
blockSeqs : . . . A . . . . . . . TC . . . . TC . . . . . TT . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : T**** C** AAT*********** CG* TC******* GCGA******** T*** T****************** CGCGAAATC*** ATAGC*********** C****************** **** **** GAAAATG****************************** TT****** AT***** CTT******* T***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAC---ATTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-G--A-T---------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-G-N-A-G--TACGTTT---CT--CCGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-T----G---CGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGC--GA-ATCCACAA--AACAATC---A--GC-----TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT----AAAA-------TATAAAACA-AT-G---A-----AA-TG---------------T-----ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAT----TTTGCCC-GCC-CGCTCGCAN--G------C-GAGTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA-GAAT-----------TTGTAAATG------CTAGT---CC-GAC---A-GG-GCG-A-G--TACGTTTC-------CGCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA-TGCGA--------AAAAAAAT---TTGT--AAAA---T------NAA-AGT------------------TTCTTGATCGCGAAATC---ACAA--AACAATAGC-----------TGAATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCAC------------------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT----AAAA-------TATAAAACA-ATGAAAATG------------------------------ATCATATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATGTT------TTAT-----TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGTCTT-------TAA-A-ANAT---TTTACACCCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 11111 1111111111 1111111 11111111111111111111 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111 11111111 333333333333 1111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222 1111111 55555555555555555555555555 222222 2222 11111111 1111111 1111 2222222222 1111
lowQualScore : 5 333 3 0 000 33 77777 0 444 33 33 88888888 22 666666 33 2 4 4 55555 55555 4444 444 2 55555 2 7777 00000 1 8888888888 444 0000000 2 88888888888888888888 0 888888 1 0 2 555555 888888888 333 2 666 666666 2 2 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555555 888888888888888888888 8888888888 11111111 66666 1 000000000000 333 4444444444444444444 33 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 33 1 222222222 1111111 55 666 55555555555555555555555555 4 1 2 777777 3 1 66 5 1111 00000000 3333333 777 2222 5555555555 5 5 1 5555
lowQualScore : . ... . . ... .. ..... . ... .. .. ........ .. ...... .. . . . ..... ..... .... ... . ..... . .... ..... . .......... ... ....... . .................... . ...... . . . ...... ......... ... . ... ...... . . . . ........................................................................................................................................................ ....... ..................... .......... ........ ..... . ............ ... ................... .. . ....................................................................... .... ............................................................................. .. .. . ......... ....... .. ... .......................... . . . ...... . . .. . .... ........ ....... ... .... .......... . . . ....
lowQualScore : 7 444 7 5 888 88 11111 1 111 77 11 11111111 99 444444 11 2 4 2 66666 33333 5555 444 1 66666 2 4444 99999 2 2222222222 111 9999999 4 88888888888888888888 7 999999 4 6 2 444444 444444444 555 0 222 444444 2 4 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9999999 777777777777777777777 0000000000 88888888 44444 8 888888888888 555 5555555555555555555 11 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 77 2 333333333 8888888 55 222 88888888888888888888888888 0 0 7 999999 7 0 99 0 9999 22222222 9999999 888 1111 7777777777 7 7 0 3333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAT-TCCGCTCGCCCGCTCGCATT-GC-GA-----GTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA--------GAAT--TTGTAAATG------CTAG--TCC-GAC-AGGGCGAGTA----CGTT-----TC----C--GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA----TGCGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---TC------AA-AGT------------------T-TCTTGATCGC--GAAATCACAA-AACAA--T---AGC---------TGA---ATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT---------AAAA-------TATAAAACAA--TG--AA-----A-ATG----------------ATCAT-ATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
Reference ( family-948 ) : NNNNNNNNNNNNNNGGGTGTAAAAT-TTTGCCCGCCCGCTCGCAN--GC-GA-----GTTGAAGTCGCAGTCGGGC--GA--GT--AA--------GAAT--TTGTAAATG------CTAG--TCC-GAC-AGGGCGAGTA----CGTT-----TC----C--GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA----TGCGA-AAAAAAA-T--TTGT--AAAA---TN------AA-AGT------------------T-TCTTGATCGC--GAAATCACAA-AACAA--T---AGC---------TGA---ATC-ACTAGAC--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------C----NT---------G--------G--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-C----G---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--TCGGG------A-------TG----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----T-------A----------CA------A-----T--TTTT----A---C--C-C--G-----C----AAAGTGTCAT-TAACAGACATTTT---------AAAA-------TATAAAACAA--TG--AA-----A-ATG----------------ATCAT-ATTTTNATAAGGGCGAGTG-AC-G-TTCACTNA--G-G-CGGGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAGT--C---T-T-TAA-A-ANA--T-TTTACACCCCT
gi|1 : -----GTTGAAGTCGCAGTTGCACTAGA--AT--AAATCATAGTGAACAATTATAAATG------TTAG--TCT-GAC-AAGTAGAATG----CATT-----TC----T--GCTGCA-TAATTA-----TTCC-AAAA----T----------AA-T--CC-C--AAAA---TC------A----T---------------------------------AAA--ACAACAGCAA--------------------A---ACC-ACCAGAT--GTTTTA------TA-AAT-ATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----GTGCATTGTTGG--------G--------------A---AATTA------AAA------TG--------A-----------------C-TGAACACTACCAAATGTAAACT-----------------G-------CCAT-------------------TTGACAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TAAACCAGTCCA-------------------CAA--TATGGTTTTTTT-------TGTTTTT--T-------T-------T-----C---A---------------------GGTGTAATGTTT----T-----T-------ATAGAAAC---TA------A-----T--TTTC----T---CG-C-C--G-----C----AAAATGTCAT-TA----ACATTTTTTAA-----AAAA-------TTTAGAATAA--CA--GA-----A-ATGTTCAAA----------ATTAT-ATTATAATATGGGCTAGTT-GT-GTTTCTCTTA--GAG-CAAGTATA----T---TT--ATC--TGGTCACT---TGTCCTACAGGG----CAAGTAGT--G---TAT-TAATA-ACA----TTTACACACCT
gi|10 : aaattccacatttggcacCCACTTGCCT--GC-GA-----CTTGAAGTTGCAGTCAGGT--GA--AT--AA--------GAAT--TT-TAAATG------ATAG--TCC-GAC-GTGGTGAGTA----AGTT-----TC----C--ACTGTA-TA---A-----TT----------------------AA-T--CT----------------------AGT------------------T-TCTTTATCGC---AAATCACAA-AACAA--T---AGC---------TTA---ATTAATTA-------TTT----------AATCATTT-TT-AACTA-------------------------AT---------G--------C--------------A---AGTTG------CCA----------------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT------------------------------------TG--------AT-----AATT--------------G---TAAACCAGTTCA------------C------ATA--TCAGG------A-------TA----T--T-------T-------T-----ggtttgcccta
gi|11 : atattataatacatatcaggattgtaatattC-GA-----GTTGTAATTGCAGTTGCTC--GA--GT--AA--------GAAT--TTGTAGATG------CTAG--TTT-GAT-GGGATGACTG----C-TT-----TT----C--ACTGCT-TAAATT-----TTCC-AAAA----TGTGC-ATAAATA-T--T-GT--TTAA---CT------AT-AGT------------------T-TCATGATCGC--GGAATAGCTA-AACAA--C---AGC---------TGA---ATC-ACTAGAT--GCTTAA------TA-AATCTTGA-TC-AAC-AGATGCACATTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------G-------CCCTA------------------GCGAC-A----------TGTTCTGT--AC-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAttcaacgtcatgacatgtaatgtttttacagccaccat
gi|12 : gaaaaaagtagagttctgcttgtattgtGA---AAC-ACTATACACGCTTTG------TA-ATTCAAGA-TC-AAC-AGGT-------G---------C----ATATTGCTA--G--------G--------------A---AATGA------ATA------AGAAGTTGTAA-----------------C-T-------------------CT-----------------G-------GTGG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AATT-A-----ATC----G---TTAACCAGTTCA------------C------CAA--TTGGA------ATCTACTGTA----T--T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T-------------------------------------G-----T--TTTT----A---C--------------------AG--------ACCCTGCTTTTC---------ACAA-------TTTATAACAA--T----A-----A-ACA----------------A--------TTAACAAGGACAAATA-GCAA-CTTACTAA--G-G--GAGTGTG---TT---TT--ATCAATGATCACT---AGTCCCACAGtaattataa
gi|13 : GCAG--GG-GT-----GTAAAATTTGCAAT--GGT--GA--GTTTAA--------G-----TTATAGATGATTATGCTAA--TCT-CATTAGTGCGAGTA----TGTT-----TC----C--ACTGCA-AAATTA-----TTCC-GAAA----TTC---AAAGAAA-TA-TTGT--AAAA---TC------AA-TGT------------------A-TCTTGAATGC--AAATTCAAAA-AA-AA--C---AAC---------TGA---ATC-ACTAAAT--GCTTTA------AA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT--------------------------------------ATGA------ACA--------------------------------------------------------TT-----------------G-------CT------------------------AAAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CT---G---TAAGCCAGTCTA------------ta
gi|14 : ttaaaaatacaataT--GA--------GCAT--TTGTAAATA------TTAG--TGT-GAC-TGGGAGAGTA----TGTT--------------------------------TTC----AC----TGC------ATAA-T--TT-T---------TC------CA-AGT------------------T-TCTTGATTGT--TAAA--ACAA-AACAT--T---AGC---------TGA---ATC-ACTA---------CA------TA-GATCATGACTC-TGT-GC---------T---------C----CTTGTTTTG--G--------G--------------A---TATGA------ATT------AG--------A-----------------C-T-------------------AT-----------------G-------CTGTGCCATAAAGACTTTGCTGGTCAACAA----------TG--------AT-----AACT-A-----A-TAAAAG---TAAACCAATTCA------------C------AAA--TCAGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----gtg
gi|15 : atGAGTGTAAAAC-TACATTTGCCAGCTCACACTAGT-GA-----GTTGAAGTCGCAATCAAAT--GT--GT--AA--------GAAT--TTGTATAT-------CTAG--TCT-AGCAAGGAAGAATA----GGTT-----GC----C--ACTGCA-TAATTA-----CTCC-AAAA----TCTG---AAGAAA-TG-TTGT--AAAC---TC------AA-AGT------------------TGTCT-----------GATCACAA-ACCAG--T---CAC---------TGA---ATC-ACTAGAC--GATTTATACATGTA-AATCATGA-TC-AAT-AA---------G---------t
gi|16 : aa---------G---------C----TA---------G--------G--------------A---AATGA------ATA------AG--------A-----------------C-T-------------------GT-----------------GAACTTCACTGT-------------------TCAATAA----------TT--------AT-----AAAT-A-----ATC----A---TAAAC-AGTCCATTATAACCAAGAC------CAAGATAGGGTGT---G-------TG----T--TGTTTTTTT-------T-----C---A---------------------GATGTAA----TATGTT-----T-------A----------CATAT---A-----T--TATT----A---T--C-C--C-----CCCAGAAAGTGTCAT-TAACAGAAA-CGT---------AAAA-------TATTAAGTAA--TG--GA-----A-ATGGATA------------ATCAT-Atgcatgttg
gi|17 : gctcattGGGTGTAAACT-TTTGCTCGCCCCCTCTCATTTGC-GA-----GCTG------CAGTCAGGT--AA--GT--AA--------GAAT--TTGTAAA-G------TAAG--TCT-TA--AATGCAGGTA----CATT-----TC----T--GCTGTA-AAATTA-----TT---AAAATATGTGCGA-A------------GT--AAAA---TA------AA-AGG------------------T-T-TTGATTGCCAAAAAAAACCA-AACAACCC---AGC---------TAA---ATC-ACTAGAC--ACaataatataatattagt
gi|18 : gaccaa--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCCA------------CCAGTGGCAA--TGGCG------C-------TG----TA-T-------T-------T-----C---A---------------------GATGTAA----T----T-----TTTTACAGA----------CA------A-----TGCTTTT----A---T--C-C--C-----C----ACAG----------CAGATAT---------------A-------TATAAATCAA--TG--A---------------------------ATCAT-Agagataatgacattgtaagaggtgtgtgttgc
gi|19 : tgatcaacagatgtgggttgctctgggcaatgaaacaggctgtttcatactggatgtta---------TGG---ATC-TCTAGAT--GCCTTA------TA-AGTCATGA-TC-AAC-AGGTGCCTGTTG---------C----TT---------G--------G--------------A---AACTA------ATA------AG--------T-----------------CTT-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAT----------TG--------GG-----GGAT-A-----AGA----G---TAAATCAGTCCA------------C------CAA---CATG------A-------TT----T--T-------T-------TCC---C---A---------------------GGTGTAA----caggaaaaga
gi|2 : gcaaaatgcaagtcagagaggacattGAGTATAAAACATTCTCCCGCCCACTTACAG--GT-GA-----GTCGAATTTGCAGTCAAGT--GA--GA--AA--------GA-T--TTGTAAATG------CCAG--TCT-GGC-AGGGGTAGTA----TGTT-----CCTTACC--ACTATA-TAGTTA-----CTCA-AAAA----TGTGGGAAAAAAA-C--TTGT--AAAA---TT------GA-ACT------------------T-TCTTGATTGT--GAATCCACAA-AACAA--TTAAAGC---------TGA---AAC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATTGTGA-TC-AAC-GG---------G---------C----CT---------G--------A--------------A---AACGA------ACA------AG--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TCAACAG----------TA--------AT-----AGAT-A------------G---TAAATGAGTCCA------------C------TGC--TTGAG------A-------AA----C--T-------T-------T-----C---A---------------------GATCTAA----T----T-----C-------A----------CA------A-----T--TTTT--------C--C-C--A-----C----AAAGTGTCGTAAAACAGGCATTTG---------ACAA-------TATAAAATAA--TG--AA-----ATAT-----------------ACCAT-ATTTATATATGGCTGAGTG-A--G-TTAACTT---G-G-TGGGTATG---GT---TT--A----TGGCTGCT---AGTCCTACAGGG----TGAGTAGT--CTTTT-T-TAA-A-ATA--T-TTTACACCCCTatgttttgaaagacaatagatttttcctc
gi|20 : catccatgaagctgCAA------ACAT-----AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACGA----------TGTCAGATAAAT-----AAAT-ATATATA-C----G---TAAACCAGACAA------------T------CAA--TGGGA------A-------TGTT--T--T-------T-------T-----C---A---------------------TATGTAA----
gi|21 : tgctagtcaacaggggcctgttgttgcaggaaaatgaaggaaagtgccctac-----C----AAAATGTCAT-TAATAGATGTTTT---------AAAAATTTAAATATAAAACAA--TG--AA-----A-ATGGTAAAAATTAAAAATTATCAT-ATTTTCGGAAGGGAGAATG-CC-A-TG-ACTAA--A-G----GCATG---TA---TT-------TGCTCACT---AGTCCTACAGGG----CGAGTAAG--C---G-T-TAA-ATATA--T-TTTACACCCCcattatacagacactgctttttt
gi|22 : GCTTGCATTGGC-TA-----GTTGAAGTCACAGTTGGGC--AA--GT--AA--------TAAT--TTGTTTATG------CAAG--TCT-GAC-AGGACGAGTA----TGTT-----TC----C--ACTGCA-TGATTA-----TTTC-AAAC----TGTGT-GAAAATA-C--T-AT--AAAA---TA------AA-AG--------------------------ATTGT--GAAATCT--------G--T---AGT---------TGA---ATC-ACTAGAC--CCTTCA------TA-
gi|23 : --T-------T-------T-----C---A---------------------AATGTTA----TGTTTT-----T-------A----------CAGACACCA-----T--TTTT----C---C--C-C--C-----C----ATA--------TAA--GACAATTC---------AAAA-------TAGAAAATGG--TT--AA-----A-ATC----------------ATCAT-ATTTCCGTAAGAACGAGAGAACAA-TTCACAAA--G-G-TTGA-ATG---TC---TTTGAT---TGGTCACT---AGTCTCACAGG
gi|24 : agtatggtg------AA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGC-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGT----G---TTAACCAGTCAA------------C------TTA--TTAGA------A-------CA----T--T-------T-------T-----TAAAA---------------------AATATAA----T------------------------------A------T-----T--TTTT----A---C--
gi|25 : accagaatcaacaggtgttgttaagaaaggaattagattgtgacataccaaatgtGTCGTGGTTGGGT--GA--GT--AA--------GAAT--T-ATCAATT------CTAT--TCC-GAC-ACGGCAAGTA----CGTT-----TC----CTAGATGCA-T-ATGA-----TTCT-TAAA----TACAA-AAAAAAA-TTATTGT--AAAA---TT------AA-AAT------------------T-TCTTAATCagacatggcttgtt
gi|26 : tatatatagcattggtggGATATTTT---------AAAA-------TATAAAACAA--TATAAATTGTCA-ATGTC--------------ATCAT-ATTTCTATTAGAGCGAGTG-AC-AATTCACTTA--G-GGTGAGCATGACATTGTGTT--AT---TGGTCACT---TGTCCTACCGGGCGATCGAACAGT--C---T-TCTAA-A-AAA--A-TTTACACCtacttatgtaattt
gi|27 : --GAAATTACAA-AATAA--T---AAC---------TGA---ATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AATCATGA-TC-AAC-AG---------G---------T----ATGTAATGCAGG--------G--------------A---AATTA------AGA------AG--------A-----------------C-TGTGTA--------------TTGACCAACGTTTACCTTAG-------CTTT-------------------TCAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-
gi|28 : AAA-T--TTTTTCAAAAGTCTT------TA-AGT------------------T-TCTTGATTGC--AAAGTCGCAA-AGTGA--T---AAC---------TAA---ACC-ACTAGAT--Gtcat
gi|29 : aattctactCCTGCTCGCATT-GTTAA-----GTTGAAATCGCACTAGGGC--AC--GT--AG--------GCAT--TTTT-AATA------CTAA--ACT-GAC-AGGACGAGTA----AATT-----CC----T--GTTGCATTAATTtaatccacagataagctttctaggaattgaataaggc
gi|3 : ttatacagttccaattaGGTGTAAAAT-TCCACTTGCCCACTCGCATTTAC-AA-----GTTGAAGTTGCAGTCAGGC--AA--GT--AA--------CAAT--TTGTAAATG------TCAG--TTT-GAC-AGGG----------TGTT-----TC----C--ACTGCA-AAATTA-----TTCA-AAAAT---TGTGA-AATCAAA-G--CTG-----AA---TC------ACTAGA------------------C-ACTTAAT------AATTCAT-A-ACCAA--C---AGCCTGTTTGTATGC---ATT-GCTAGA--------A------CATAACCATTG-TT-A----------------------------------------G--------G--------------A---AACAA------ATA------AG--------ACAATAAATGTACATACAC-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACAA----------TC--------AT-----AAATAA-----A-T----G---TAAA--AA---A------------C------CAA--TCAGC------A-------TGA---TA-T-------T-------T-----C---A---------------------TAAGTAA----T----T-----C--------------------------------T--TTTTAATAA---CCAC-C--ACTCTCC----AAAGTGTCAT-TAGCAGGCATTTTGAAATATAAAAAA-------TATAAAACAATGTG--AA-----A-A-A----------------ATCATGATTttg
gi|30 : ttaataataaatgacaatcagaT--AA--------GAAT--TTGTAAATG-------TGG----C-GAC-TGAATGGGTAGCTACGTT-----TC----T--GCTAAA-TAATTACATTATTCC-AAAG----TGCAA-AAACAAcaaagtt
gi|31 : AAGGGTTAATG-AC-AATTCACTTAAGG-G-TAAGTGTG---TT---TG--AT---TAGTCACTTATAGTCCTACAGGA----CGAGTAGTGAC-----T-TAA-A-ACAATT-TTTACgaacaaatatcgttatttcttt
gi|32 : GAGTGTAAAAT-TCCGCTTGCTCGCTGGTTTTGGC-AA-----GTTGAAGTAGCAGTCGGGC--GA--GT--AG--------GAAT--TTGcaa
gi|33 : tactagtaactgcataccagAGAGCAAATG-AC-AATTTACTAA--G-GGCGGGTAAA---TT---TT--AT---TGGTCGCT---AGTCCTCCAGGG----CGAGAAGT--C-------TGA-A-ATT--TGTTTACACC
gi|34 : ------AA--------A-----------------C-C-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----t
gi|35 : atcaacagatgtgggttgctatgggcaatgaaacaggcagtttcatacaggatgtGTATG---TT---TT--AT---TGGTCACT---AGTTTTACAGGT----TGAGTAGT--C---T-T-TTA-A-CAA--T-TTTATAC
gi|36 : a-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TGAACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----A-CCA--G----AAACCAGTCTA------------C------CAA--Taatcctggtatacaccta
gi|37 : tgttaatcGGTGTAAAAT-TCTACTTGCCCAGTCACAT--TC-CAGGCTTGTTGAACTTGCAGTCGGGC--ggcaat
gi|4 : --GC-AA-----GCTGAAGTCATAGTCCAGC--AA--GT--AA--------GAAA--TTGTAAATG------CTAG--ACC-GAC-AGGGAGA-TG----CGTT-----TC----C--ACTGCA-TAATTA-----TTTC-AAAA----TGCAA-AAACAAA-TTATTGA--AAAA---TC------AC-AATTTCTCTTATTACATGTATT-TCTTGATCAC--AAAAGCGC-A-AACAA--T---CTC---------TGA---ATC-GCTAGAT--GCTTTC------TT-AATTATGA-TA-TAC-AAGTTTCTTTTG---------C----TT---------A--------C--------------A---AATG-------ACA------AC--------A----------------------------------------------------------G--------TGT-------------------ACGGCAG----------TG--------AT-----AAAT-A-----ATT----G---TATACCAGTTCA------------A------CAG--TTGGG------G-------TG----T--T-------T-------T-----C---ATTCAAACCAATCCACCATCAGGATGTAT----T----TTCAGAT-------A----------TA------ACT---T--TTTT----T---T--C-T--G-----C----AAAGTGTCAT-TAAa
gi|5 : aagtgactcaaggggtaaaaaacacaaacatatattGGGTGTCAAAT-TTTACTCGCCCATTCACA---------------TAAAGTCTCATTTGGG---GAAAGT--AA--------GGGT--TTGTAAATG------TTAG--TCCCGAC---TGTGAGTA----TATT-----TC----C--GCTGCA-TAAG-A-----TTCCCAAAA----TCTGA-AATATA-------GT--AAAG---CA------AA-AGT------------------T-TATTGATCG---AAAATCACAA-AACTT--A---AAC---------TGA---ATC-ACTAGAG--GCTTTA------TA-AATCATGG-TT-AGC-AGTT-------G---------C----AT---------GTTGCTAGAA--------------A---AACAA------ATAAAATATAA--------A-----------------C-T-------------------TT-----------------G-------CTGT-------------------TTGACTA----------TC--------ATA----AAAT-A-----T-C----A---TAAATCAATCTA------------T------CAA--TTGGG------A-------TA----T--TTC-----T-------T-----C---A---------------------AATCTAA----T----T-----TTTATAG-A----------CATC----ACT---T--TTTT----AC--C--C-C--T-----C----AAAGTATC
gi|6 : gcataaaaacaa--AA--------GAAT--TTGTAAATG------CTAA--TCC-AAC-AGGGCAAGTA----AGTT-----TC----C--TCGGCA-AAATGT-----TGCC-AAAA----TGCTA-AAAAAAT-A--TTGC--AAAA---TC------AA-AGT------------------G-TCTTGATTGC--AGAATCACAA-AACAA--T---AGT---------TGA---ATC-ACTAGAT--GCTTTA------TA-AACCATAA-CC-AAC-AG---------GTGCTGGTTAC----TA---------G--------G--------------A---AATGAATAGGCACA------AG--------------------------C-C-------------------TT-----------------G-------C--------------------------CAA----------TT--------GT-----AAAC-T-----T-T----G-------CTGGT----------------------CAA--TTGGA------A-------TG----T--T-------TTA-----T-----C---A---------------------GATGTGA----TG---T-----TTAA----A----------CA------GACACCT--CTTT----ATTTC--C-A--G-----C----AAAATG
gi|7 : aaacaagcttgtcacaaatctaaaacctaattcagaggtgtaaaaatccatttgacagT--TTGTAAATG------ACAG--ACT-GAC-AGGTTGAGTA----CCAT-----TC----T--GCTGCA-TACTTA-----TTAC-AAAA----TATAA-AAAAAAA-T--T-GC--AAAA---TCTTGTAAAA-AGT------------------T--CTTGATC----------ACAA-GATCA--T---AAT---------TGCGTTATC-ACTCGGC--CCTTTA------TG-AATTATGA-CCTGGT-GC---------G---------C----ATTGCAA----G--------A--------------A---AATGA------ACA------AA--------A-----------------C-T----------------------------------------------CTGTA------------------CCGAAAAACACAGACTTCG--------ATGTTTGAAAT-A-----ATC----A---TAAACCAGTCCA------------C------CAA--CTGGG------A-------TA----------------AAAAAAAT-----C---A---------------------GATGCAA----TGTA-T-----TTACAG--A----------CA------A-----C--TATTGA--A---C--CACTGG-----T----AAA-TGTCAT-AAACAGACATTAT---------GAAA-------TAT
gi|8 : AAGTTGCCGTCAAGG--GA--GT--AA--------GAAT--TTGTAAATA------CTTGTTTTC--AG-AGAGCGAGGG----CATTTGCTCTC----C--CCTGCA-TAATGT-----TTCC-GAAttat
gi|8 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcAATCACAA-AA-----T---ATC---------TGA---ATC-ACTAGAC--ATTTTA------TA-AATCATGA-TC-CAT-AG---------G---------CAAGAGTTGCTA----G--------G--------------ACAGAATTA------AGC------AG--------A-----------------C-TGGGTAAACG----------TC-----------------A-------CTGG-------------------TTGACAA----------TG--------TC-----CAGT-A-----ATC----ATATTAAACAAGTCCA------------C------AAA--TCTGA------A-------TG----TG-T-------T-------TTTCCCC---A---------------------AATG-------T----T-----T-------A-----------A------A-----TG-TTTT----A---C--tcacaaaatatctgaatcactagacattttataaatcatgatccataggcaagagttgctaggacagaattaagcagactgggtaaacgtcactggttgacaatgtccagtaatcatattaaacaagtccacaaatctgaatgtgtttttccccaaatgtttaaatgttttacagacacccttctctcccaca
gi|9 : aatacagcggtgtatgataccacttgtccattcatgctggcaagttgccgtcaagggagtaagaatttgtaaatacttgttttcagagagcgagggcatttgctctcccctgcataatgtttccgT-----TT----C--ACTGCA-CAATTA-----TTCC-AAAA----TGCAA-AAAAAAAATA-TTGT--AAGG---T-------AA-GGT------------------T-TCTT----------AATCACAA-AACAA--T---AGA---------AGA---ATC-GCTAAAC--ACT------------AATCTTTA-TC-AAC-AG---------G---------A----CT---------G--------GTTCACATTGCTAGAA---AACAA------ACA------AA--------A-----------------T-TGTAAAT-------------TT-----------------G-------TTAG-------------------TTGACAA----------TG--------AT-----AAAT-A-----AGC----A---TAAGCCAGTCCA------------C------CAA--TTGGG------A-------TG----TGTT-------T-------T-----T---T---------------------TATGTTA----TA---T-----T-------ATAAGACACCGCA------A-----T--TTT---------C--C-C--A-----A----AAAGTGTCAC-TTACAAATATTTC---------AAA--------TATAAAACAA--TG--GA-----A-ATG----------------GTCGT-ATTTTTATAAGAGTGA-TT-AT-G-TTTAagacacccttctctcccaca