lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 11 444444444444444444 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 22222222222222222 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 5 5 1 2 8 44 000000000000000000 333 1 1 1 1 3 0 555555 2 44 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 99999 0000000 333 444 77777777777777777 33 8888 2 22 6 5555 22 9999 0000000 44 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 99 3
lowQualScore : . . . . . .. .................. ... . . . . . . ...... . .. ... ............................................................................... .. ..... ....... ... ... ................. .. .... . .. . .... .. .... ....... .. .......................................................... . .. .
lowQualScore : 0 0 3 9 4 55 333333333333333333 333 9 9 9 9 8 6 555555 0 77 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 11111 0000000 666 444 77777777777777777 11 8888 1 99 1 4444 99 9999 0000000 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 22 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-GCAAAAA-TAAC-CAAA-----G-----GTAC---AA-A-A-GGG-GAGATAATTCTGTCA------TTA-TTCAAGA-TAG-AGTTATGGC-A--NT-TGT-C--CT-----CTA---GT---CACA---TTG-----N----ATTC-C---CNTC--------C-ATA-CTTTTGA-----AGATAT-----GCTCCG-GACAAG---CAAAAA--TAAC--CAAAAA-TA--AAGT--ACAAAAGGG-G--AGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA--TAG---AG-------T--TA-------------C-A---C--------TCT-C-----------G-----C------ACATTGTCCTCT--ATCCANGTTC
Reference ( gi|7 ) : AGAAGTGCTTGACTGAGTAAACGGTTGACGATATACTCAAGACAA-GCTAAAT-TAAC-CAAG-----G-----GTAC---AA-A-A-GAG-GAGATAATTCTGTCA------TTA-TTCAAGA-CAG-TGTTAGGGCAA--AT-TGT-C--CT-----CTA---GT---CACA---TTG-----T----ATTC-C---CGTT--------C-ATA-CTTTTGA-----AGATTT-----ACTCCA-AACAAG---CAAATA--TAGC--TGAAAC-TA--AAGT--AAAAAAGGG-G--AGATAATTTTGTT---ATTATTCAAGA--TAA---AG-------T--TG-------------C-A---C--------TCT-C-----------A-----C------ACATAGTCCTCT--ATCCAGGTTC
gi|1 : ACTGTTGAAGATGTACTCCGGACAA-GCAAAAA-TAAC-C-----------------T---AA-A-A-TAA-GGCACAATTAT-TCAAAATGGTTACTTC--GATCAG-TATC--TCCAAGCAT-TGC-C--CT------TA---AT----ACA---T-G-----TTTAAATTT-T----GTTATGACTTAT-ATA-CTTTTGA-----AGATAT-----GTTCTG-GACAAG---CAAAAT--TAAC--CAAGAA-TA--AAGT--ACCAAAGGA-G--ATATATTTTTGTC---ATTATTCAAGA--TTG---AG-------T--T
gi|8 : tgtccatgtctgaaataccggtagtcctttaaattaatgaaaaactaaagttgactatttatcaataactatcagatttgtacacaacgttaacagtagaacaaatgaatctgatcaaaagcttgattgagttattaatctccctttcatTTGAAGATATACACATGACAA-AC-AAATATAAC-TGA-------------------AA-ATA-GAG-GATATAATACTGTTG------TTA-TTCAAGA-TAG-atgtttctatcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggacaaggatttgaccagatgcacagatggaggtatgcatgcgtgcatacacggaccaagtcacagctatatgctatcccttcaggtagcataaaaaataaaaaattaagcaataatgctttttgcaagatt
gi|11 : aaggtacaaaagaacgagataattcagccattattctaaacacagttataacacattgtcccattgcagttccttccataattTTGAAGATACGCTCCAAACCA-GCAAAAA-TAAC-CAAA-----AATAATGTAC---AA-C-A-GGG-GAGATAATTCTGTCA------TTA-TTCAAAA------GTTAGatacatcagtgtttttactctctgcacgtctacacattaaactctacctatattcaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
gi|5 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcacacattgtacacagtatccatgttccatgtcacTTGAAGATATGCTCCAGACAA-GCAAAAA-TAA-----------------ATAT---AA-A-A-CAG-GAGATAATTCTGTCA------TTA-TTCAATA-TAG-AGTAAGaattacgtatgttgtttttttacatcc
gi|18 : tcccttccatataccagtatTTGAAGACATAATGTGGACAA-GCAAAAA-TAAC-CAAA-----A-------AC---AA-A-A-TAG-GGTGTATTTTTGTCA------Tttacgtttttttcactctacacttccaggcattaccctctattcattcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|13 : ccttaatatgtgttctttatctGATTTACTCCAGACAA-AATAACA-AAAA-TAAG-----G-----CAAC---AA-A-G-GGGTAAGATAATTTT---------------TCAAGA-TAG-T--TATAGCAT--AA-TAC-C--CTTAATCCAA---GTT--CCCAATCTCG-----G----ATTA-T---CTTC--------C-ATA-ATTTTGA-----AGATCT-----ACTCAG-GACCAG---GAAATG--TAAC--
gi|2 : atacttctgatagtaaTATGCTCCAGACAG-GCAAAAA-TAAC-AAAATGA--A-----GTAC---AA-A-A-GGG-TAGATAATTAAGTTA------TTA-TTCAGTA-CTG-AGTTATGGT-----T-TGT-TTGCT-----TTGAACGTC--CACA---TAT-----T----ATTCTT---TATC--------C-ATA-TTTc
gi|14 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccatgttccaagcaaaaataaccaattacaaagtacaaaaggggagtaattttgttattatatagtttccttctctctgaaagtccacacattatcctttatccatatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaatATACTCCTAACAA-GC-AAATACAAC-CAAA-----ATAAA-GTAC---CA-A-T-G-G-GAGATAATTTTGTCA------TTA-TTCAAGA-CAG-caagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|22 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataacctctctcttacactgaagacttgggATGCTCCAGGCAAAGCAAAAA-TAATGTATT-----G-----GTAC---AT-A-A-GAC-GAGATAATTCTGTGC------TTA-TTCAAGA-acttat
gi|9 : CTCCGGAAAA-ACAAAAC-TAAC-CAAATATATG-----ATAC---AA-C-A-GGG-GAGATAGTTCCGTCA------TTA-CTCAAGA-TAG-AGTTATAGT---------T-C--TT-----TTG---AT---CG-------G-----C----ACTT-C---CA---------------------AA-----AGATAT-----GTTTCAGAAAAAG---CAA------AAC--TAA----TA--AA----AAAACAGGG-G--AGATAGTTGTGCC---ATTAATGGAGA--TAATGGAGAATAATAT--TGTCTC---------C-A---C--------TCTGC-----------G-----CTTCTAAAAATTGTCCTCT--ATCCA
gi|21 : CTCTAGACAA-GCAAAAA-TAAC-CAAA-----A-----CCAA---AGTA-A-GGG-GAAAAAATACTACCA------TTA-TTTAAGA-Caa
gi|3 : CAAAACTA-GCAAAAT-TAA---AA-------------TCC---AA-A-A-GAG-GAGATAATTATATCA------TAA-TGCAAGA-TAG-AGTTACGACTA--TT-TCTAT--CT-----CTAC--GTTTGCACC---TTGCCCTCT----ATTC-ctatgaat
gi|10 : ccccggacatgtataacaaacaaaaatgaagtacaaaaggagaataattatgtaatactcaagatagacttccgcatctgtgttccaagttgcataggattcccttcaaaattgtgaagaaatgttacggacaagGACAA-GAAAAAA-TAAC-CCAA-----A-----ATAATGAAG-A-A-AAG-GAGATAATTCAGTCA------GT-----AAAA-TAG-TGTTagtttgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|23 : cttcggacaagtaaaaaaacaacaaaaaataaagaacaactggggagataattctgccattttttaagattctttcaatcttcacctctgcacattgccctACAA-GCAAAAT--------AA-----G-----GTTC---AA-A-G-GGG-AATATAATTATGTTA------TTA-TTCAAGA-TAG-cattttttttttcgctctgcacttc
gi|8 : ctaAA-----G-----GTAC---AA-A-A-GAACGAGATAATTCAGCCA------TTA-TTCTAAA-CAC-AGTTATAACAC--AT-TGT-C--C-------------------CA---TTG-----C----AGTT-C---CTTC--------C-ATA-ATTTTGA-----AGATAT-----ACACAT-GACAAA---CAAATA--TAAC--TGAAAA-T--------------AGAG-G--ATATAATACTGTT---GTTATTCAAGA--TAG---Aa
gi|3 : -----GTAC---AA-A-A-GGA-GA-ATAATTATGTAA------T-A-CTCAAGA-TAG-ACTTC---CGC--ATCTGT-G--TT-----CCAA--GT---TGCA---TAG-----G----ATTC-C---C-TT--------C-AAA-ATTGTGA-----AGAAAT-----GTTACG-GACAAG---CAAAAC--TAGC---AAAAT-TA--AAAT--CCAAAAGAG-G--AGATAATTATATC---ATAATGCAAGA--TAG---AG-------T--TA-------------CGA---CTATTTCTATCT-CTACGTTT----G-----C------ACCTTGCCCTCT--ATTCAGTTTtacatcagtgtttttactctctgcacgtctacacattaaactctacctatattcaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
gi|4 : ccccggacatgtataacaaacaaaaatgaa-----GTAA---AA-A-A-GGA-GAGATAATTGTGTCA------TTA-TTCAAGA-Cgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|20 : aaataacaaaaataaa-----GTAC---AA-A-A-AGG-GGCATTATTCTATTA------TTA-TCAAAGA-TAACCGTTATGGtcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|6 : agtaaaaataacaaaaataaaAC---AA-A-A-GGG-GAAATAATTATGCCA------TCA-TTCAGGA-TAG-AGTttctttca
gi|2 : caacaataaacaacaataacaa---AA-A-A-AGG-GAGAAAATTCTATCA------ATA-TTTAAGA-TAG-T--TATG---A--TT-TTT-T--CT-----GTA---TT---CA------------------ATTC-CACACATTGC------C-CT--CTTTCCA----------T-----GTTCCA-A----G---CAAAAA--TAAC--C--AAT-TACAAAGT--ACAAAAGGG-G--AG-TAATTTTGTT---ATTAT-----A--TA-----G-------T--TT-------------C-C---T--------TCT-CTCTGAAAGTCCA-----C------ACATTATCCTTT--ATCCAaacgttttttcgctcgtcacttccacacattatcccttaccatgtaatgtgtcattggatttcctttagtactttgtatcggacaaggctttggacggacgcatgtacgtccgcacacacgcatggacggacgcatggacggattcacacacacattgacggacgcatgtacggacgcacaaacacatggacagacaaatctgcagctgtatgctcgcccttcgg
gi|16 : cagt---AA-A-ATGGG-GAGATAATTCTGTCT------TTA-ATCAAAA-TAA-AGTTATGGTTA--TT-TCG-C--TT-----CTA--------CACA---TTtatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaattatgctccagacaggcaaaaataacaaaatgaagtacaaaagggtagataattaagttattattcagtactgagttatggtttgtttgctttgaacgtccacatattattctttatccatatttcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|15 : caagaaaaaatgtcggaatgtaaagaa-TGT-T--CT-----CT---------CACG---TTG-----A----ATTG-C---CTTG--------A-ATA-CTTATGA-----GCATAT-----ACCCCG-AACAAGATACAAAAA---AAC--TAAAATACA--AAGTTTAAAAAAG------AGATAATTCTGGT---AGTAATCAAGA--T-A---CC-------T--CG-------------C-A---C--------TCT-------------G-----C------ACATaccctctatcaatgtgtcaagtcacagtggcttccc
gi|11 : ---CACA-----G-----T----ATCC-A---TGTT--------CCATGTCACTTGA-----AGATAC-----GCTCCA-AACCAG---CAAAAA--TAAC--CAAAAA-TA--ATGT--ACAACAGGG-G--AGATAATTCTGTC---ATTATTCAAAAGTTAG---AA-------T--TA-------------C-tcat
gi|13 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcacacattgta-ATA-CTTCTGATAGTAAGATTT-----ACTCCA-GACAAA--------A--TAAC---AAAAA-TA--AGGC--AACAAAGGG-GTAAGATAATTT-----------TTCAAGA--T-----AG-------T--TA-------------T-A-----------------------------------------GCATAATACCCTTAATCCAAGTTCgtatgttgtttttttacatcc
gi|5 : TTTGA-----AGATAT-----GCTCCA-GACAAG---CAAA-------------AA--TA--AA-T--ATAAAACAG-G--AGATAATTCTGTC---ATTATTCAATA--TAG---AG-------T--ccaatctcggattatcttccataattttgaagatctactcaggaccaggaaatgtaacc
gi|14 : tcccttccatataccagtaTGA-----AGACTTGGGATACTCCT-AACAAG---CAAATA--CAAC--CAAAA--TA--AAGT--ACCAA-TGG-G--AGATAATTTTGTC---ATTATTCAAGA--CAG---AC-------T--Taagttacgtttttttcactctacacttccaggcattaccctctattcattcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|4 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataacctctctcttacacTT-----GCTCCA-GTCAAG---CAATAA--TAACAAAGAAA--TA--AAGA--GATAAAAGG-G--AAACAATTATGTTTTAAGTATTCAAAT--TGG---AG-------T--TA-------------T-AGATC--------TTT-C-----------ATTGTGC------ACATat
gi|21 : aaataacaaaaataaagtaaaaaaggagagataattgtgtcattattcaagactcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCTCTA-GACAAG---CAAAAA--TAAC--CAAAAC-CA--AAGT------AAGGG-G--AAAAAATACTACC---ATTATTTAAGA--ctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|10 : CTTCG-GACAAG---TAAAAAAACAAC--AAAAAA-TA--AAGA--ACAACTGGG-G--AGATAATTCTGCC---ATTTTTTAAGA--Tcctatgaat
gi|16 : CAAG---AAAAAA--TGTC--GGAATG-TA--AAGA--AAAAATGGG-G--AGATAATTCTGTC---TTTAATCAAAA--TAA---AG-------T--TATGGTTATTT----C-G---C--------TTC-T-----------A-----C------ACATTACCCTCT--ATCtctttcaatcttcacctctgcacattgccctgacaagaaaaaataacccaaaataatgaagaaaaggagataattcagtcagtaaaatagtgttcattttttttttcgctctgcacttc
gi|20 : AG---TAAAAA--TAAC---AAAAA-TA--AAGT--ACAAAAAGG-G--GCATTATTCTATT---ATTATCAAAGA--TAA---aatgtgtcaagtcacagtggcttccc
gi|4 : AAAA-TA--AAGT--AAAAAAGGA-G--AGATAATTGTGTC---ATTATTCAAGA--ccgttatggttctttca
gi|23 : aaataacaAAAA-TA--AGGT--TCAAAGGGG-A--ATATAATTATGTT---ATTATTCAAGA--TAG---Actcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|8 : ctaacaagcA--AGGT--ACAAAAGAACG--AGATAATTCAGCC---ATTATTCTAAA--CAC---AG-------T--TA-------------T-A----------------------------A-----C------ACATTGTCC
gi|6 : AAAAGGG-G--AAATAATTATGCC---ATCATTCAGGA--TAG---AG-------TAACGTTTTTTCGCTCGTC-A---C--------TTC-C-----------A-----C------ACATTATCCCTT--A-CCATGTcattgcagttccttccataattttgaagatatacacatgacaaacaaatataactgaaaatagaggatataatactgttgttattcaagatagatacatcagtgtttttactctctgcacgtctacacattaaactctacctatattcaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTCCCATGAAAACAATAATCCATGACAATAAACAAAAAATACATACTAAAATATTCCCATATCTATCATAGTTAGAACGTACAGATGCTCGCGAACAAGTGCTCTATTGAGTAGTCAATCTCCCTTCCATACTGTTAAAATATACAGACAAGCAAAAATAGTCAAAATGG
Unaligned ( gi|17 ): GGGAATTAACCATCATTTCAAGATAATTACGGTTCTTTCACTCTTCACATCTACACATTGCCCACTGTATGTTCCAGATATGGTATTGTTGGATTCCCTTCA
Unaligned ( gi|19 ): GGACAAGCAAAAATTAATACAAAAAGAGAGGCAATTCATGCAAGACTATAGTTCTTTCACTCTGCACTTTTCACACATTGC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 11111111111111 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 5 3 7777 55 77777777777777777 0 77777 3 44 6666 2 3 88888888888888 555 555 44444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555 33 333 22 7 1 1 1 222 1 333 99999 333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888888 55 6
lowQualScore : . . . .... .. ................. . ..... . .. .... . . .............. ... ... ..... ............................................................................................................................ ..... .. ... .. . . . . ... . ... ..... ... .................................................................................... ...... .. .
lowQualScore : 0 4 6 7777 00 22222222222222222 4 77777 1 22 5555 6 1 11111111111111 444 444 33333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 33 000 44 3 8 8 7 444 0 333 88888 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888888 55 6
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCA-----T-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T---CACA---T---T----GNAT------TC-C-------CT--TCCA---T---------------A--CT----T---TTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---GAG-------T--------------------TA---------------C-A---C--------TCT-------C-------------GC------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
Reference ( family-942 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCA-----N-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T---CACA---T---T----GNAT------TC-C-------CN--TCCA---T---------------A--CT----T---TTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---GAG-------T--------------------TA---------------C-A---C--------TCT-------C-------------GC------ACATTGTCCTC--TATCCANGTTC
gi|1 : ACTGTTGAAGATGTACTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CTA-----A-----AATA----A-----GGC-A--CAATTATTCAAAATG--GTTACT--------------TC-----G---ATCAG---TATCTCCAAGCA-------TTGCC--C-----T------TA---A-T----ACA---TGTTT----AAAT------TT-TGTTATGACT--TATA---T---------------A--CT----T---TTGAAGAT-----ATGTTCT-GGACAAG---CAAAAT--TAACCAA-GA-ATAAAGTACC-AAAGGAGATATATTTTTGTC---ATTATTCAAGA-----TT---GAG-------T--------------------TA---------------
gi|10 : tgtccatgtctgaaataccggtagtcctttaaattaatgaaaaactaaagttgactatttatcaataactatcagatttgtacacaacgttaacagtagaacaaatgaatctgatcaaaagcttgattgagttattaatctccctttcatCTTC-GGACAAG---TAAAAAAACAACAAA-AA-ATAAAGAACA-ACTGGGGAGATAATTCTGCC---ATTTTTTAAGATTCTTTC---AAT-------C--------------------TT---------------C-A---C---------CT-------CT------------GC------ACATTGCCCTtgtttctatcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggacaaggatttgaccagatgcacagatggaggtatgcatgcgtgcatacacggaccaagtcacagctatatgctatcccttcaggtagcataaaaaataaaaaattaagcaataatgctttttgcaagatt
gi|10 : CTTCGGACAA-G----TAAAAAAACAAC-AAA-----A-----AATAAAGAACAACTGGG-G--AGATAATTC----TGCCATTT-T--------------TT---AAG---AT----------------------------TC--T-----T-----TCA---A-T---C------------------T------TC-A-------CC--TCTG---C---------------A--CA----T---T--------------GCCCT-G-ACAAG---AAAAAA--TAACCCA-AA-ATAATGAAGA-AAA--GGAGATAATTCAGTC---AGT----AAAA-----TA---GTG-------T--------------------Tgacaagaaaaaataacccaaaataatgaagaaaaggagataattcagtcagtaaaatagtgttcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : A---GAG---------------------------------------------C-A---C--------TTT-------C-------------AC------ACATTGTACACAGTATCCATGTTCcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : aaataaagtacaaaagg---CACA---T---T----GTACACAGTATC-C-------ATGTTCCA---T---------------GT-CA----C---TTGAAGAT-----ACGCTCC-AAACCAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAATGTACA-ACAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAAAGT---TA---GAA-------T--------------------TA---------------C-catgtcacttgaagatacgctccaaaccagcaaaaataaccaaaaataatgtacaacaggggagataattctgtcattattcaaaagttagaattacgtatgttgtttttttacatcc
gi|12 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcaTA---G-T---CA-A---T---C--------------TC-C-------CT--TCCA---T---------------A--CT----G---TTAAA-AT-----ATAC----AGACAAG---CAAAAA--TAGTCAA-AA-gtatgttgtttttttacatcc
gi|13 : tgtcccatgaaaacaataatccatgacaataaacaaaaaatacatactaaaatattcccatatctatcatagttagaacgtacagatgctcgcgaacaagtgctctattgagAAGATTTACTCCAGACAA-AATAACAAAAA--TAA----------------GGCAACAAA-----GGG-GTAAGATAATTT----T-----------------------TC---AAG---AT---AGTTAT-----AGCAT----A-ATACC--C-----TTAATCCAA---GTT---CCCAATCT---C----GGAT------TA-T-------CT--TCCA---T---------------A--AT----T---TTGAAGAT-----CTACTCA-GGACCAG---GAAATG--TAACCtgg
gi|14 : atacttctgatagtTGAAGACTTGGGATACTCC-TAACAAG---CAAATA--CAACCAA-AA--TAAAGTACC-AA-TGGGAGATAATTTTGTC---ATTATTCAAGA-----CA---GAC-------T--------------------TA---------------
gi|15 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataacctctctcttacacTGTT--C-----T-----CT----------CACG---T---T----GAAT------TG-C-------CT--TGAA---T---------------A--CT----T---ATGAGCAT-----ATACCCC-GAACAAGATACAAAAA---AACTAA-AATACAAAGTTTA-AAAAAG-AGATAATTCTGGT---AGTAATCAAGA-----TA----CC-------T--------------------CG---------------C-A---C--------TCT---------------------GC------ACATTt
gi|16 : CAAG---AAAAAA--TGTCGGA-AT-GTAAAGAAAA-AATGGGGAGATAATTCTGTC---TTTAATCAAAA-----TA---AAG-------T--------------------TATGGTTATTT------C-G---C--------TTC-------T-------------AC------ACATTACCCTC--TATCAATGTcat
gi|18 : ---T---------------A--TC----T---TTGAAGAC-----ATAATGT-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ACAAAATA-------GGGTG-TATTTTTGTC---ATgtcaagtcacagtggcttccc
gi|19 : ccttaatatgtgttctt-GGACAAG---CAAAAA--T-----------TAA--TACA-AAAAGAGAGGCAATTC----------ATGCAAGAC----TA---TAG-------T--------------------TCTTT------------C-A---C--------TCT---------------------GC------ACTTT
gi|2 : AAAA-----AGG-G--AGAAAATTC----TATCAATA-T--------------TT---AAG---AT---AGTTAT-----G--A-----T-TTTTT--C-----T-----GTA---T-T---CA-A---T---TCCACACAT------TG-C-------CC--T-------------------------CT----T---TC-----C-----ATGTTC-----CAAG---CAAAAA--TAACCAA-TT-ACAAAGTACA-AAAGGGGAG-TAATTTTGTT---ATTAT-----A-----TA---GTT-------TCC------------------TT---------------C-T---C--------TCTGAAAGTCC-------------AC------ACATTATCCTT--TATCCATATtcacacattgc
gi|2 : cagtATGTTCC----AA-G----CAAAAA--TAAC-CAATTACAA-----AGTACAAAA-----GGG-G--AG-TAATTT----TGTTATTA-TATAGTTTCCTTCTCTCTGAAAGTCCAC-ACA-TTAT-------CC-----T-TTATC--CATATAT-----CAA---G-T----ATA---T---T----GGAT------TC-C-------CA--AATAAAAT---------------A--AT----C---ATCAAT-T-----ATGCTCC-AGACAGG---CAAAAA--TAAC--A-AA-ATGAAGTACA-AAAGGGTAGATAATTAAGTT---ATTATTCAGTA-----CT---GAG-------T--------------------TATGGTTTGTT------T-G---C--------TTTGAACGTCC-------------AC------ATATTATTCTT--TATCCATATTatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaattatgctccagacaggcaaaaataacaaaatgaagtacaaaagggtagataattaagttattattcagtactgagttatggtttgtttgctttgaacgtccacatattattctttatccatatttcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|2 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccTATGCTCCAGACAG-G----CAAAAA--TAAC-AAA-----ATGA--AGTACAAAA-----GGG-T--AGATAATTA----AGTTATTA-T--------------TC---AGT---AC-TGAGTTAT-----GG-------T-TTGTTTGC-----T-----TTGAACG-TC--CACA---T---A----TTAT------TCTT-------TA--TCCA---TATTTCAAGTGAGTTGA--CT----T---TTGAAGTT-----GTGTTCA-GG--AAT---CAAAtcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|20 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccatgttccaagcaaaaataaccaattacaaagtacaaaaggggagtaattttgttattatatagtttccttctctctgaaagtccacacattatcctttatccatatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaatAG---TAAAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTACA-AAAAGGGGCATTATTCTATT---ATTATCAAAGA-----TA---tttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|21 : CTCT-AGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-CCAAAGT-----AAGGGGAAAAAATACTACC---ATTATTTAAGA-----accgttatggttctttca
gi|22 : ATGCTCCAGGCAAAG----CAAAAA--TAATGTAT-----T-----GGTACATAA-----GAC-G--AGATAATTC----TGTGCTTA-T--------------TC---AAG---Acctatgaat
gi|23 : ACAA-G----CAAAA---TAA----------------GGTTCAAAG-----GGG-A--ATATAATTA----TGTTATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGA
gi|3 : ctaACAA-A----CAAAAA--TGA----------------AGTACAAAA-----GGA-G--A-ATAATTA----TGTAAT-A-C--------------TC---AAG---AT-AGACTTCC-----G-CA-----T-CTGTG--T-----T-----CCAA--G-T---TGCA---T---A----GGAT------TC-C-------CT--TCAA-------------------A--AT----T---GTGAAGAA-----ATGTTAC-GGACAAG---CAAAAC--TAGC-AA-AA-TTAAAATCCA-AAAGAGGAGATAATTATATC---ATAATGCAAGA-----TA---GAG-------T--------------------TA---------------CGA---CTATTTCTATCT-------CTACGTTT------GC------ACCTTGCCCTC--TATTCA-GTT
gi|4 : ccccggacatgtataAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTAAA-AAAGGAGAGATAATTGTGTC---ATTATTCAAGA-----tgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|4 : TGCTCC-AGTCAAG---CAATAA--TAACAAAGAA-ATAAAG-AGATAAAAGGGAAACAATTATGTTTTAAGTATTCAAAT-----TG---GAG-------T--------------------TA---------------T-AGATC--------TTT-------CATTGTGCACATCTGC------ACATTCCCCTC--TGTTCctcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|5 : aaataacaaaaataaagtaaaaaaggagagataattgtgtcattattcaagactcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat------TC-C-------CT--TCCA---T---------------ATACCAGTAT---TTGAAGAT-----ATGCTCC-AGACAAG---CAAAAA--TAA-----AT-ATAAA--ACA------GGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAATA-----TA---GAG-------TAAGTTACGTTTTTTTCACTCTA---------------C-A---C--------TTC-------C-------------AG------GCATTACCCTC--TATTCAtcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|6 : ---CAACAA--TAAACAA-CA-ATAACAAACA-AAAGGGGAAATAATTATGCC---ATCATTCAGGA-----TA---GAG-------T--------------------AACGTTTTTTCGCTCGTC-A---C--------TTC-------C-------------AC------ACATTATCCCT--TA-CCATGTttcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|7 : ACGGTTGACGATATACTCAAGACAA-G----CTAAAT--TAAC-CAA-----G-----GGTACAAAA-----GAG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AC-AGTGTTAG-----GGCA-----AATTGTC--C-----T-----CTA---G-T---CACA---T---T----GTAT------TC-C-------CG--TTCA---T---------------A--CT----T---TTGAAGAT-----TTACTCC-AAACAAG---CAAATA--TAGCTGA-AA-CTAAAGTAAA-AAAGGGGAGATAATTTTGTT---ATTATTCAAGA-----TA---AAG-------T--------------------TG---------------C-A---C--------TCT-------C-------------AC------ACATAGTCCTC--TATCCAGGTTCaatgtgtcattggatttcctttagtactttgtatcggacaaggctttggacggacgcatgtacgtccgcacacacgcatggacggacgcatggacggattcacacacacattgacggacgcatgtacggacgcacaaacacatggacagacaaatctgcagctgtatgctcgcccttcgg
gi|8 : agaagtgcttgactgagtaaA-----A-----GGTACAAAA-----GAACG--AGATAATTC----AGCCATTA-T--------------TC---TAA---AC-ACAGTTAT-----AACA-----CATTGTC--C-------------------------CA---T---T----GCAG------TT-C-------CT--TCCA---T---------------A--AT----T---TTGAAGAT-----ATACACA-TGACAAA---CAAATA--TAACTGA-AA-AT-----------AGAGGATATAATACTGTT---GTTATTCAAGA-----TA---GA-----------------------------TA---------------C-A---
gi|8 : TTGAAGATATACACATGACAA-A----CAAATA--TAAC-TGA-----A----------AATA-----GAG-G--ATATAATAC----TGTTGTTA-T--------------TC---AAG---AT-AGA--TAC-----ATCAGTGTTT-TTACT--C-----T-----CTGCACG-TCTACACA---T---T----AAAC------T--C-------TA--CCTA---T---------------A--TT----CAAATTAGAGAT-----ATtcagtgtttttactctctgcacgtctacacattaaactctacctatattcaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
gi|9 : aaggtacaaaagaacgagataattcagccattattctaaacacagttataacacattgtcccattgcagttccttccataattCTCCGGAAAA-A----CAAAAC--TAAC-CAA-----ATATATGATACAACA-----GGG-G--AGATAGTTC----CGTCATTA-C--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----AGT-----------TC--T-----T-----TTG---A-T---CG--------------GCA------------------CT--TCCA----------------------------------AAAGAT-----ATGTTTCAGAAAAAG---CAAAAC--TAATAAA-AA-A------AC----AGGGGAGATAGTTGTGCC---ATTAATGGAGA-----TAATGGAGAATAATAT--------------------TGTCTC-----------C-A---C--------TCTG------C-------------GCTTCTAAAAATTGTCCTC--TATCCAcattgtttttaccctctgcacgttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGAATTAACCATCATTTCAAGATAATTACGGTTCTTTCACTCTTCACATCTACACATTGCCCACTGTATGTTCCAGATATGGTATTGTTGGATTCCCTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 11111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 4 3 7777 55 11111111111111111 77777 3 44 88888 44 3 88888888888888 5555 555 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666 33 333 22 8 1 1 0 333 0 333 00000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 0
lowQualScore : . . . .... .. ................. ..... . .. ..... .. . .............. .... ... ..... .................................................................................................................... ..... .. ... .. . . . . ... . ... ..... ............................................................................................................... .. .
lowQualScore : 0 2 6 7777 00 11111111111111111 77777 1 22 66666 11 1 11111111111111 9999 444 99999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 99 222 55 1 9 9 9 555 2 555 33333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
Reference ( family-942 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
gi|1 : ACTGTTGAAGATGTACTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CTA-----A-----AATA----A-----GGC-A--CAATTATTCAAAATG--GTTACT--------------TC-----G---ATCAG---TATCTCCAAGCAT-T-GCC--C-----T------TA---A-T--ACA---TGTTT----AAAT------T-T--TGTTATGAC---T--T-ATAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGTTCT-GGACAAG---CAAAAT--TAACCAA-GA-ATAAAGTACC-AAAGGAGATATATTTTTGTC---ATTATTCAAGA-----TT---G-------AG-------T--------------------TA---------
gi|10 : tgtccatgtctgaaataccggtagtcctttaaattaatgaaaaactaaagttgactatttatcaataactatcagatttgtacacaacgttaacagtagaacaaatgaatctgatcaaaagcttgattgagttattaatctccctttcatCTTC-GGACAAG---TAAAAAAACAACAAA-AA-ATAAAGAACA-ACTGGGGAGATAATTCTGCC---ATTTTTTAAGATTCTTTC---A-------AT-------C--------------------TT---------C-A---C---------C--------T-------CT------------G----C------ACATTGCCCTtgtttctatcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggacaaggatttgaccagatgcacagatggaggtatgcatgcgtgcatacacggaccaagtcacagctatatgctatcccttcaggtagcataaaaaataaaaaattaagcaataatgctttttgcaagatt
gi|10 : CTTCGGACAA-G----TAAAAAAACAAC-AAA-----A-----AATAAAGAACAACTGGG-G--AGATA---------------A-T--------------TC-------------------T-----GCCAT-TT-----------T-----TTA--------AGA---T---T----CT-T------T-CAAT-------C---T--T-C------------------A--CC----TCTGCACAT------TGC-CC-TGACAAG---AAAAAA--TAACCCA-AA-ATAATGAAGA-AAA--GGAGATAATTCAGTC---AGT----AAAA-----TA---G-------TG-------T--------------------Tgacaagaaaaaataacccaaaataatgaagaaaaggagataattcagtcagtaaaatagtgttcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : A---G-------AG---------------------------------------C-A---C--------TT--------T-------C-------------A----C------ACATTGTACACAGTATCCATGTTCcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : aaataaagtacaaaagg-CACA---T---T----GTACACAGTAT-C--C-------A---TGTT-CCAT---------------GT-CA----CTTGAAGAT-----ACGCTCC-AAACCAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAATGTACA-ACAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAAAGT---TA---G-------AA-------T--------------------TA---------C-catgtcacttgaagatacgctccaaaccagcaaaaataaccaaaaataatgtacaacaggggagataattctgtcattattcaaaagttagaattacgtatgttgtttttttacatcc
gi|12 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcaTA---G-T-CA-A---T---C--------------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----GTTAAA-AT-----ATAC----AGACAAG---CAAAAA--TAGTCAA-AA-gtatgttgtttttttacatcc
gi|13 : tgtcccatgaaaacaataatccatgacaataaacaaaaaatacatactaaaatattcccatatctatcatagttagaacgtacagatgctcgcgaacaagtgctctattgagAAGATTTACTCCAGACAA-AATAACAAAAA--TAA----------------GGCAACAAA-----GGG-GTAAGATAATTT----T-----------------------TC---AAG---AT---AGTTAT-----AGCATAATACC--C-----TTAATCCAA---GTT-CCCAATCT---C----GGAT------T-A--T-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----CTACTCA-GGACCAG---GAAATG--TAACCtgg
gi|14 : atacttctgatagt------T-C--T-------C---T--C-TTAC---------------A--CT-------GAAGACTTGGGATACTCC-TAACAAG---CAAATA--CAACCAA-AA--TAAAGTACC-AA-TGGGAGATAATTTTGTC---ATTATTCAAGA-----CA---G-------AC-------T--------------------TA---------
gi|15 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataaccTGTT--C-----T-----CT--------CACG---T---T----GAAT------T-G--C-------C---T--T-GAAT---------------A--CT----TATGAGCAT-----ATACCCC-GAACAAGATACAAAAA---AACTAA-AATACAAAGTTTA-AAAAAG-AGATAATTCTGGT---AGTAATCAAGA-----TA-----------CC-------T--------------------CG---------C-A---C--------TC--------T---------------------G----C------ACATTt
gi|16 : CAAG---AAAAAA--TGTCGGA-AT-GTAAAGAAAA-AATGGGGAGATAATTCTGTC---TTTAATCAAAA-----TA---A-------AG-------T--------------------TATGGTTATTTC-G---C--------TT--------C-------T-------------A----C------ACATTACCCTC--TATCAATGTcat
gi|18 : ---T--T-CTTT---------------A--TC----TTTGAAGAC-----ATAATGT-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ACAAAATA-------GGGTG-TATTTTTGTC---ATgtcaagtcacagtggcttccc
gi|19 : ccttaatatgtg-GGACAAG---CAAAAA--T-----------TAA--TACA-AAAAGAGAGGCAATTC----------ATGCAAGAC----TA---T-------AG-------T--------------------TCTTT------C-A---C--------TCTGCACTTTT-------C-------------A----C------ACATTGC
gi|2 : AAAA-----AGG-G--AGAAAATTC----TATCAATA-T--------------TT---AAG---AT-AG--TTAT-----G--AT-TTTTT--C-----T-----GTA---T-T-CA-A---T---TCCACACAT------TGC--C-------C---T--------------------------CT----TTC-----C-----ATGTTCC-----AAG---CAAAAA--TAACCAA-TT-ACAAAGTACA-AAAGGGGAG-TAATTTTGTT---ATTAT-----A-----TA---G-------TT-------TCC------------------TT---------C-T---C--------TC--------TGAAAGTCC-------------A----C------ACATTATCCTT--TATCCATAT
gi|2 : cagtATGTTCC----AA-G----CAAAAA--TAAC-CAATTACAA-----AGTACAAAA-----GGG-G--AG-TAATTT----TGTTATTA-TATAGTTTCCTTCTCTCTGAAAGTCCAC-ACA-TTAT-------CCT-TTATC--CATATAT-----CAA---G-T--ATA---T---T----GGAT------T-C--C-------CAAAT--A-AAAT---------------A--AT----CATCAAT-T-----ATGCTCC-AGACAGG---CAAAAA--TAAC--A-AA-ATGAAGTACA-AAAGGGTAGATAATTAAGTT---ATTATTCAGTA-----CT---G-------AG-------T--------------------TATGGTTTGTTT-G---C--------TT--------TGAACGTCC-------------A----C------ATATTATTCTT--TATCCATATTatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaattatgctccagacaggcaaaaataacaaaatgaagtacaaaagggtagataattaagttattattcagtactgagttatggtttgtttgctttgaacgtccacatattattctttatccatatttcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|2 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccTATGCTCCAGACAG-G----CAAAAA--TAAC-AAA-----ATGA--AGTACAAAA-----GGG-T--AGATAATTA----AGTTATTA-T--------------TC---AGT---AC-TGAGTTAT-----GG--T-TTGTTTGC-----T-----TTGAACG-TCCACA---T---A----TTAT------T-C--T-------T---TA-T-CCATATTTCAAGTGAGTTGA--CT----TTTGAAGTT-----GTGTTCA-GG--AAT---CAAAtcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|20 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccatgttccaagcaaaaataaccaattacaaagtacaaaaggggagtaattttgttattatatagtttccttctctctgaaagtccacacattatcctttatccatatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaatAG---TAAAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTACA-AAAAGGGGCATTATTCTATT---ATTATCAAAGA-----TA---tttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|21 : CTCT-AGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-CCAAAGT-----AAGGGGAAAAAATACTACC---ATTATTTAAGA-----accgttatggttctttca
gi|22 : ATGCTCCAGGCAAAG----CAAAAA--TAATGTAT-----T-----GGTACATAA-----GAC-G--AGATAATTC----TGTGCTTA-T--------------TC---AAG---Acctatgaat
gi|23 : ACAA-G----CAAAA---TAA----------------GGTTCAAAG-----GGG-A--ATATAATTA----TGTTATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGA
gi|3 : ctaACAA-A----CAAAAA--TGA----------------AGTACAAAA-----GGA-G--A-ATAATTA----TGTAAT-A-C--------------TC---AAG---AT-AGACTTCC-----G-CAT-CTGTG--T-----T-----CCAA--G-T-TGCA---T---A----GGAT------T-C--C-------C---T--T-CAA----------------A--AT----TGTGAAGAA-----ATGTTAC-GGACAAG---CAAAAC--TAGC-AA-AA-TTAAAATCCA-AAAGAGGAGATAATTATATC---ATAATGCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------CGA---CTATTTCTATC--------T-------CTACGTTT------G----C------ACCTTGCCCTC--TATTCA-GTT
gi|4 : ccccggacatgtataAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTAAA-AAAGGAGAGATAATTGTGTC---ATTATTCAAGA-----tgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|4 : TGCTCC-AGTCAAG---CAATAA--TAACAAAGAA-ATAAAG-AGATAAAAGGGAAACAATTATGTTTTAAGTATTCAAAT-----TG---G-------AG-------T--------------------TA---------T-AGATC--------TT--------T-------CATTGTGCACATCTG----C------ACATTCCCCTC--TGTTCctcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|5 : aaataacaaaaataaagtaaaaaaggagagataattgtgtcattattcaagactcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------ATACCAGTATTTGAAGAT-----ATGCTCC-AGACAAG---CAAAAA--TAA-----AT-ATAAA--ACA------GGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAATA-----TA---G-------AG-------TAAGTTACGTTTTTTTCACTCTA---------C-A---C--------TT--------C-------C-------------A----G------GCATTACCCTC--TATTCATtcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|6 : ATAA-A----CAACAA--TAAC---A-----A--------ACAAAA-----GGG-G--AAATAATTA----TGCCATCA-T--------------TC---AGG---AT-AGAGTAA--------CGT-TTTTT--C-----G-----CTC---G-T-CAC----T---TCCACACATTA----T-C--C-------C---T--TACCAT---------------tcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|7 : caacaACGGTTGACGATATACTCAAGACAA-G----CTAAAT--TAAC-CAA-----G-----GGTACAAAA-----GAG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AC-AGTGTTAG-----GGCAAATTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GTAT------T-C--C-------C---G--T-TCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----TTACTCC-AAACAAG---CAAATA--TAGCTGA-AA-CTAAAGTAAA-AAAGGGGAGATAATTTTGTT---ATTATTCAAGA-----TA---A-------AG-------T--------------------TG---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------A----C------ACATAGTCCTC--TATCCAGGTTCgtaatgtgtcattggatttcctttagtactttgtatcggacaaggctttggacggacgcatgtacgtccgcacacacgcatggacggacgcatggacggattcacacacacattgacggacgcatgtacggacgcacaaacacatggacagacaaatctgcagctgtatgctcgcccttcgg
gi|8 : agaagtgcttgactgagtaaA-----A-----GGTACAAAA-----GAACG--AGATAATTC----AGCCATTA-T--------------TC---TAA---AC-ACAGTTAT-----AACACATTGTC--C-----------------------CA---T---T----GCAG------T-T--C-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----ATACACA-TGACAAA---CAAATA--TAACTGA-AA-AT-----------AGAGGATATAATACTGTT---GTTATTCAAGA-----TA---GATACATCAGTGTTT--T--------------------TA---------C-T---C--------TC--------TGCA----C-------------GTCTAC------ACATTAAACTC--TACCTATATTC
gi|9 : CTCCGGAAAA-A----CAAAAC--TAAC-CAA-----ATATATGATACAACA-----GGG-G--AGATAGTTC----CGTCATTA-C--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----AGT------TC--T-----T-----TTG---A-T-CG--------------GCA--------------------C---T--T-CCA----------------------------AAAGAT-----ATGTTTCAGAAAAAG---CAAAAC--TAATAAA-AA-A------AC----AGGGGAGATAGTTGTGCC---ATTAATGGAGA-----TAATGG-------AGAATAATAT--------------------TGTCTC-----C-A---C--------TC--------TG------C-------------G----CTTCTAAAAATTGTCCTC--TATCCAaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGAATTAACCATCATTTCAAGATAATTACGGTTCTTTCACTCTTCACATCTACACATTGCCCACTGTATGTTCCAGATATGGTATTGTTGGATTCCCTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 11111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 4 3 7777 55 11111111111111111 77777 3 44 88888 44 3 88888888888888 5555 555 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666 33 333 22 8 1 1 0 333 0 333 00000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 0
lowQualScore : . . . .... .. ................. ..... . .. ..... .. . .............. .... ... ..... .................................................................................................................... ..... .. ... .. . . . . ... . ... ..... ............................................................................................................... .. .
lowQualScore : 0 2 6 7777 00 11111111111111111 77777 1 22 66666 11 1 11111111111111 9999 444 99999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 99 222 55 1 9 9 9 555 2 555 33333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
Reference ( family-942 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
gi|1 : ACTGTTGAAGATGTACTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CTA-----A-----AATA----A-----GGC-A--CAATTATTCAAAATG--GTTACT--------------TC-----G---ATCAG---TATCTCCAAGCAT-T-GCC--C-----T------TA---A-T--ACA---TGTTT----AAAT------T-T--TGTTATGAC---T--T-ATAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGTTCT-GGACAAG---CAAAAT--TAACCAA-GA-ATAAAGTACC-AAAGGAGATATATTTTTGTC---ATTATTCAAGA-----TT---G-------AG-------T--------------------TA---------
gi|10 : tgtccatgtctgaaataccggtagtcctttaaattaatgaaaaactaaagttgactatttatcaataactatcagatttgtacacaacgttaacagtagaacaaatgaatctgatcaaaagcttgattgagttattaatctccctttcatCTTC-GGACAAG---TAAAAAAACAACAAA-AA-ATAAAGAACA-ACTGGGGAGATAATTCTGCC---ATTTTTTAAGATTCTTTC---A-------AT-------C--------------------TT---------C-A---C---------C--------T-------CT------------G----C------ACATTGCCCTtgtttctatcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggacaaggatttgaccagatgcacagatggaggtatgcatgcgtgcatacacggaccaagtcacagctatatgctatcccttcaggtagcataaaaaataaaaaattaagcaataatgctttttgcaagatt
gi|10 : CTTCGGACAA-G----TAAAAAAACAAC-AAA-----A-----AATAAAGAACAACTGGG-G--AGATA---------------A-T--------------TC-------------------T-----GCCAT-TT-----------T-----TTA--------AGA---T---T----CT-T------T-CAAT-------C---T--T-C------------------A--CC----TCTGCACAT------TGC-CC-TGACAAG---AAAAAA--TAACCCA-AA-ATAATGAAGA-AAA--GGAGATAATTCAGTC---AGT----AAAA-----TA---G-------TG-------T--------------------Tgacaagaaaaaataacccaaaataatgaagaaaaggagataattcagtcagtaaaatagtgttcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : A---G-------AG---------------------------------------C-A---C--------TT--------T-------C-------------A----C------ACATTGTACACAGTATCCATGTTCcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : aaataaagtacaaaagg-CACA---T---T----GTACACAGTAT-C--C-------A---TGTT-CCAT---------------GT-CA----CTTGAAGAT-----ACGCTCC-AAACCAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAATGTACA-ACAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAAAGT---TA---G-------AA-------T--------------------TA---------C-catgtcacttgaagatacgctccaaaccagcaaaaataaccaaaaataatgtacaacaggggagataattctgtcattattcaaaagttagaattacgtatgttgtttttttacatcc
gi|12 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcaTA---G-T-CA-A---T---C--------------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----GTTAAA-AT-----ATAC----AGACAAG---CAAAAA--TAGTCAA-AA-gtatgttgtttttttacatcc
gi|13 : tgtcccatgaaaacaataatccatgacaataaacaaaaaatacatactaaaatattcccatatctatcatagttagaacgtacagatgctcgcgaacaagtgctctattgagAAGATTTACTCCAGACAA-AATAACAAAAA--TAA----------------GGCAACAAA-----GGG-GTAAGATAATTT----T-----------------------TC---AAG---AT---AGTTAT-----AGCATAATACC--C-----TTAATCCAA---GTT-CCCAATCT---C----GGAT------T-A--T-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----CTACTCA-GGACCAG---GAAATG--TAACCtgg
gi|14 : atacttctgatagt------T-C--T-------C---T--C-TTAC---------------A--CT-------GAAGACTTGGGATACTCC-TAACAAG---CAAATA--CAACCAA-AA--TAAAGTACC-AA-TGGGAGATAATTTTGTC---ATTATTCAAGA-----CA---G-------AC-------T--------------------TA---------
gi|15 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataaccTGTT--C-----T-----CT--------CACG---T---T----GAAT------T-G--C-------C---T--T-GAAT---------------A--CT----TATGAGCAT-----ATACCCC-GAACAAGATACAAAAA---AACTAA-AATACAAAGTTTA-AAAAAG-AGATAATTCTGGT---AGTAATCAAGA-----TA-----------CC-------T--------------------CG---------C-A---C--------TC--------T---------------------G----C------ACATTt
gi|16 : CAAG---AAAAAA--TGTCGGA-AT-GTAAAGAAAA-AATGGGGAGATAATTCTGTC---TTTAATCAAAA-----TA---A-------AG-------T--------------------TATGGTTATTTC-G---C--------TT--------C-------T-------------A----C------ACATTACCCTC--TATCAATGTcat
gi|18 : ---T--T-CTTT---------------A--TC----TTTGAAGAC-----ATAATGT-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ACAAAATA-------GGGTG-TATTTTTGTC---ATgtcaagtcacagtggcttccc
gi|19 : ccttaatatgtg-GGACAAG---CAAAAA--T-----------TAA--TACA-AAAAGAGAGGCAATTC----------ATGCAAGAC----TA---T-------AG-------T--------------------TCTTT------C-A---C--------TCTGCACTTTT-------C-------------A----C------ACATTGC
gi|2 : AAAA-----AGG-G--AGAAAATTC----TATCAATA-T--------------TT---AAG---AT-AG--TTAT-----G--AT-TTTTT--C-----T-----GTA---T-T-CA-A---T---TCCACACAT------TGC--C-------C---T--------------------------CT----TTC-----C-----ATGTTCC-----AAG---CAAAAA--TAACCAA-TT-ACAAAGTACA-AAAGGGGAG-TAATTTTGTT---ATTAT-----A-----TA---G-------TT-------TCC------------------TT---------C-T---C--------TC--------TGAAAGTCC-------------A----C------ACATTATCCTT--TATCCATAT
gi|2 : cagtATGTTCC----AA-G----CAAAAA--TAAC-CAATTACAA-----AGTACAAAA-----GGG-G--AG-TAATTT----TGTTATTA-TATAGTTTCCTTCTCTCTGAAAGTCCAC-ACA-TTAT-------CCT-TTATC--CATATAT-----CAA---G-T--ATA---T---T----GGAT------T-C--C-------CAAAT--A-AAAT---------------A--AT----CATCAAT-T-----ATGCTCC-AGACAGG---CAAAAA--TAAC--A-AA-ATGAAGTACA-AAAGGGTAGATAATTAAGTT---ATTATTCAGTA-----CT---G-------AG-------T--------------------TATGGTTTGTTT-G---C--------TT--------TGAACGTCC-------------A----C------ATATTATTCTT--TATCCATATTatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaattatgctccagacaggcaaaaataacaaaatgaagtacaaaagggtagataattaagttattattcagtactgagttatggtttgtttgctttgaacgtccacatattattctttatccatatttcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|2 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccTATGCTCCAGACAG-G----CAAAAA--TAAC-AAA-----ATGA--AGTACAAAA-----GGG-T--AGATAATTA----AGTTATTA-T--------------TC---AGT---AC-TGAGTTAT-----GG--T-TTGTTTGC-----T-----TTGAACG-TCCACA---T---A----TTAT------T-C--T-------T---TA-T-CCATATTTCAAGTGAGTTGA--CT----TTTGAAGTT-----GTGTTCA-GG--AAT---CAAAtcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|20 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccatgttccaagcaaaaataaccaattacaaagtacaaaaggggagtaattttgttattatatagtttccttctctctgaaagtccacacattatcctttatccatatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaatAG---TAAAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTACA-AAAAGGGGCATTATTCTATT---ATTATCAAAGA-----TA---tttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|21 : CTCT-AGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-CCAAAGT-----AAGGGGAAAAAATACTACC---ATTATTTAAGA-----accgttatggttctttca
gi|22 : ATGCTCCAGGCAAAG----CAAAAA--TAATGTAT-----T-----GGTACATAA-----GAC-G--AGATAATTC----TGTGCTTA-T--------------TC---AAG---Acctatgaat
gi|23 : ACAA-G----CAAAA---TAA----------------GGTTCAAAG-----GGG-A--ATATAATTA----TGTTATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGA
gi|3 : ctaACAA-A----CAAAAA--TGA----------------AGTACAAAA-----GGA-G--A-ATAATTA----TGTAAT-A-C--------------TC---AAG---AT-AGACTTCC-----G-CAT-CTGTG--T-----T-----CCAA--G-T-TGCA---T---A----GGAT------T-C--C-------C---T--T-CAA----------------A--AT----TGTGAAGAA-----ATGTTAC-GGACAAG---CAAAAC--TAGC-AA-AA-TTAAAATCCA-AAAGAGGAGATAATTATATC---ATAATGCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------CGA---CTATTTCTATC--------T-------CTACGTTT------G----C------ACCTTGCCCTC--TATTCA-GTT
gi|4 : ccccggacatgtataAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTAAA-AAAGGAGAGATAATTGTGTC---ATTATTCAAGA-----tgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|4 : TGCTCC-AGTCAAG---CAATAA--TAACAAAGAA-ATAAAG-AGATAAAAGGGAAACAATTATGTTTTAAGTATTCAAAT-----TG---G-------AG-------T--------------------TA---------T-AGATC--------TT--------T-------CATTGTGCACATCTG----C------ACATTCCCCTC--TGTTCctcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|5 : aaataacaaaaataaagtaaaaaaggagagataattgtgtcattattcaagactcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------ATACCAGTATTTGAAGAT-----ATGCTCC-AGACAAG---CAAAAA--TAA-----AT-ATAAA--ACA------GGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAATA-----TA---G-------AG-------TAAGTTACGTTTTTTTCACTCTA---------C-A---C--------TT--------C-------C-------------A----G------GCATTACCCTC--TATTCATtcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|6 : ATAA-A----CAACAA--TAAC---A-----A--------ACAAAA-----GGG-G--AAATAATTA----TGCCATCA-T--------------TC---AGG---AT-AGAGTAA--------CGT-TTTTT--C-----G-----CTC---G-T-CAC----T---TCCACACATTA----T-C--C-------C---T--TACCAT---------------tcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|7 : caacaACGGTTGACGATATACTCAAGACAA-G----CTAAAT--TAAC-CAA-----G-----GGTACAAAA-----GAG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AC-AGTGTTAG-----GGCAAATTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GTAT------T-C--C-------C---G--T-TCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----TTACTCC-AAACAAG---CAAATA--TAGCTGA-AA-CTAAAGTAAA-AAAGGGGAGATAATTTTGTT---ATTATTCAAGA-----TA---A-------AG-------T--------------------TG---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------A----C------ACATAGTCCTC--TATCCAGGTTCgtaatgtgtcattggatttcctttagtactttgtatcggacaaggctttggacggacgcatgtacgtccgcacacacgcatggacggacgcatggacggattcacacacacattgacggacgcatgtacggacgcacaaacacatggacagacaaatctgcagctgtatgctcgcccttcgg
gi|8 : agaagtgcttgactgagtaaA-----A-----GGTACAAAA-----GAACG--AGATAATTC----AGCCATTA-T--------------TC---TAA---AC-ACAGTTAT-----AACACATTGTC--C-----------------------CA---T---T----GCAG------T-T--C-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----ATACACA-TGACAAA---CAAATA--TAACTGA-AA-AT-----------AGAGGATATAATACTGTT---GTTATTCAAGA-----TA---GATACATCAGTGTTT--T--------------------TA---------C-T---C--------TC--------TGCA----C-------------GTCTAC------ACATTAAACTC--TACCTATATTC
gi|9 : CTCCGGAAAA-A----CAAAAC--TAAC-CAA-----ATATATGATACAACA-----GGG-G--AGATAGTTC----CGTCATTA-C--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----AGT------TC--T-----T-----TTG---A-T-CG--------------GCA--------------------C---T--T-CCA----------------------------AAAGAT-----ATGTTTCAGAAAAAG---CAAAAC--TAATAAA-AA-A------AC----AGGGGAGATAGTTGTGCC---ATTAATGGAGA-----TAATGG-------AGAATAATAT--------------------TGTCTC-----C-A---C--------TC--------TG------C-------------G----CTTCTAAAAATTGTCCTC--TATCCAaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
blockSeqs : G G A ATAA AA CCAATTACAAA CAACT C TA T TC . ATAGTTTCCTTCTC TGAA TCC TGAG GGTTTGTTTGCTTTGAACGTCCACATATTATTCTTTATCCATATTTCAAGTGAGTTGACT TTGGG AG ATA AA A G T GAT TTA TTCTT ATGGAGAATAATATTGTCTCCACTCTGCGCTTCTAA .
blockSeqs : A . . . CCAAATATATG . . . C TT . . A . AGAC AGCATAATACCCTTAATCCAAGTTCCCAATCTCGGATTATCTTCCATAAT . G . . C . . CA . GT GAGTAAGTTACGTTTTTTTCACTCTACACTTCCAG .
blockSeqs : A . . . CAAAATGAA . . . T TT . . A . AGAG CCTTTATCCATATATCAAGTATATTGGATTCCCAAATAAAATAAT . T . . C . . GA . C GATACATCAGTGTTTTTACTCTCTGCACGTCTAC .
blockSeqs : A . . . TGTATTG . . . A TG . . A . AGTG GGCAAATTGTCCTCTAGTCACATTGTATTCCCGTTCATACT . A . . C . . CA . . GAGTTATGGTTTGTTTGCTTTGAACGTCCAC .
blockSeqs : A . . . CAAAAA . . . C TT . . A . ACAG GCATCTGTGTTCCAAGTTGCATAGGATTCCCTTCAAAAT . A . . C . . CC . . GAGTTACGACTATTTCTATCTCTACGTTTGC .
blockSeqs : G . . . CCAAGG . . . A TA . . A . AGAG GATTTTTTCTGTATTCAATTCCACACATTGCCCTCT . G . . C . . TA . . GAGTTATAGATCTTTCATTGTGCACATCTGC .
blockSeqs : . . . . CAA . . . A CC . . A . ACA AACACATTGTCCCATTGCAGTTCCTTCCATAAT . T . . T . . AA . . TAGTTCTTTCACTCTGCACTTTTCAC .
blockSeqs : . . . G . . . A TC . . A . AG GCCATTTTTTAAGATTCTTTCAATCTTCACC . G . . G . . CA . . AAGTTATGGTTATTTCGCTTCTAC .
blockSeqs : . . . G . . . C CC . . A . AG AGTTCTTTTGATCGGCACTTCCA . G . . C . . CA . . GTTTCCTTCTCTCTGAAAGTCCAC .
blockSeqs : . . . A . . . C TC . . T . . . G . . C . . CA . . AAGTTGCACTCTCAC
blockSeqs : . . . C . . . A . . A . . C . . CA . . CCTCGCACTCTGC
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . A . . CA . . GAGCACTTTCAC
blockSeqs : . A . . T . . AA . .
blockSeqs : . G . . T . . CA . .
blockSeqs : . A . . A . . AA . .
blockSeqs : A . . . . . C . .
blockSeqs : A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CAAG************* C**** TC A*** AGAG* **
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAAC-CAA-----A-----GGTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TC---AAG---AT-AGAGTTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-G----CAAAAA--TAACAAG-------------GTACAAAA-----GGG-G--AGATAATTC----TGTCATTA-T--------------TCA---AG---ATAGAG-TTAT-----GGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGAATTAACCATCATTTCAAGATAATTACGGTTCTTTCACTCTTCACATCTACACATTGCCCACTGTATGTTCCAGATATGGTATTGTTGGATTCCCTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 4 3 555555555555555555555 888888 333 44 3 11 1 88888888888888 44 555 555 0 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66666 33 333 22 8 1 1 0 333 0 333 00000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 0
lowQualScore : . . . ..................... ...... ... .. . .. . .............. .. ... ... . . ................................................................................................................ ..... .. ... .. . . . . ... . ... ..... ............................................................................................................... .. .
lowQualScore : 0 2 6 888888888888888888888 888888 777 22 1 99 4 11111111111111 22 444 444 4 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 99 222 55 1 9 9 9 555 2 555 33333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-GCAAAAATAAC-------A-A-----G-----GTACAA------AAGG-G-G--AGA-TAATTCTGTCATTAT--------------T--C---AAG---ATAGAGTTATGGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
Reference ( family-942 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNGTTGAAGATATGCTCCGGACAA-GCAAAAATAAC-------A-A-----G-----GTACAA------AAGG-G-G--AGA-TAATTCTGTCATTAT--------------T--C---AAG---ATAGAGTTATGGCAT-TTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GNAT------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGCTCC-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAAAGTACA-AAAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------G----C------ACATTGCCCTC--TATCCATGTTC
gi|1 : ACTGTTGAAGATGTACTCCGGACAA-GCAAAAATAACCTAAAATA-A-----G-----GCACAATTATTCAAAA-T-G---GT-TACTTCGATCAGTAT--------------CTCC---AAG---------------CAT-T-GCC--C-----T------TA---A-T--ACA---TGTTT----AAAT------T-T--TGTTATGAC---T--T-ATAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----ATGTTCT-GGACAAG---CAAAAT--TAACCAA-GA-ATAAAGTACC-AAAGGAGATATATTTTTGTC---ATTATTCAAGA-----TT---G-------AG-------T--------------------TA---------
gi|10 : tgtccatgtctgaaataccggtagtcctttaaattaatgaaaaactaaagttgactatttatcaataactatcagatttgtacacaacgttaacagtagaacaaatgaatctgatcaaaagcttgattgagttattaatctccctttcatCTTC-GGACAAG---TAAAAAAACAACAAA-AA-ATAAAGAACA-ACTGGGGAGATAATTCTGCC---ATTTTTTAAGATTCTTTC---A-------AT-------C--------------------TT---------C-A---C---------C--------T-------CT------------G----C------ACATTGCCCTtgtttctatcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggacaaggatttgaccagatgcacagatggaggtatgcatgcgtgcatacacggaccaagtcacagctatatgctatcccttcaggtagcataaaaaataaaaaattaagcaataatgctttttgcaagatt
gi|10 : CTTCGGACAA-GTAAAAA-AAC-------A-A--------------CAA------AAAATA-A--AGAACAA--CTG----------------------------GGG---AGATAATTCTGCCAT-TT-----------T-----TTA--------AGA---T---T----CT-T------T-CAAT-------C---T--T-C------------------A--CC----TCTGCACAT------TGC-CC-TGACAAG---AAAAAA--TAACCCA-AA-ATAATGAAGA-AAA--GGAGATAATTCAGTC---AGT----AAAA-----TA---G-------TG-------T--------------------Tgacaagaaaaaataacccaaaataatgaagaaaaggagataattcagtcagtaaaatagtgttcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : A---G-------AG---------------------------------------C-A---C--------TT--------T-------C-------------A----C------ACATTGTACACAGTATCCATGTTCcattttttttttcgctctgcacttc
gi|11 : aaataaagtacaaaagg-CACA---T---T----GTACACAGTAT-C--C-------A---TGTT-CCAT---------------GT-CA----CTTGAAGAT-----ACGCTCC-AAACCAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ATAATGTACA-ACAGGGGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAAAAGT---TA---G-------AA-------T--------------------TA---------C-catgtcacttgaagatacgctccaaaccagcaaaaataaccaaaaataatgtacaacaggggagataattctgtcattattcaaaagttagaattacgtatgttgtttttttacatcc
gi|12 : aaataaagtacaaaaggagagcactttcaTA---G-T-CA-A---T---C--------------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------A--CT----GTTAAA-AT-----ATAC----AGACAAG---CAAAAA--TAGTCAA-AA-gtatgttgtttttttacatcc
gi|13 : tgtcccatgaaaacaataatccatgacaataaacaaaaaatacatactaaaatattcccatatctatcatagttagaacgtacagatgctcgcgaacaagtgctctattgagAAGATTTACTCCAGACAA------AATAACAAAAAT-A-A-----G-----GCAACA------AAGG-G-GTAAGA-TAATTT--------T--------------T--C---AAG---AT--AGTTATAGCATAATACC--C-----TTAATCCAA---GTT-CCCAATCT---C----GGAT------T-A--T-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----CTACTCA-GGACCAG---GAAATG--TAACCtgg
gi|14 : atacttctgatagt------T-C--T-------C---T--C-TTAC---------------A--CT-------GAAGACTTGGGATACTCC-TAACAAG---CAAATA--CAACCAA-AA--TAAAGTACC-AA-TGGGAGATAATTTTGTC---ATTATTCAAGA-----CA---G-------AC-------T--------------------TA---------
gi|15 : gaactcatggatgcacccaaaaaaatatttgactgcttgacggagtagataaccTGTT--C-----T-----CT--------CACG---T---T----GAAT------T-G--C-------C---T--T-GAAT---------------A--CT----TATGAGCAT-----ATACCCC-GAACAAGATACAAAAA---AACTAA-AATACAAAGTTTA-AAAAAG-AGATAATTCTGGT---AGTAATCAAGA-----TA-----------CC-------T--------------------CG---------C-A---C--------TC--------T---------------------G----C------ACATTt
gi|16 : CAAG---AAAAAA--TGTCGGA-AT-GTAAAGAAAA-AATGGGGAGATAATTCTGTC---TTTAATCAAAA-----TA---A-------AG-------T--------------------TATGGTTATTTC-G---C--------TT--------C-------T-------------A----C------ACATTACCCTC--TATCAATGTcat
gi|18 : ---T--T-CTTT---------------A--TC----TTTGAAGAC-----ATAATGT-GGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-ACAAAATA-------GGGTG-TATTTTTGTC---ATgtcaagtcacagtggcttccc
gi|19 : ccttaatatgtg-GGACAAG---CAAAAA--T-----------TAA--TACA-AAAAGAGAGGCAATTC----------ATGCAAGAC----TA---T-------AG-------T--------------------TCTTT------C-A---C--------TCTGCACTTTT-------C-------------A----C------ACATTGC
gi|2 : AA------AAAG-G-G--AGA-AAATTCTATCAATAT--------------T--T---AAG---ATAG--TTATG--AT-TTTTT--C-----T-----GTA---T-T-CA-A---T---TCCACACAT------TGC--C-------C---T--------------------------CT----TTC-----C-----ATGTTCC-----AAG---CAAAAA--TAACCAA-TT-ACAAAGTACA-AAAGGGGAG-TAATTTTGTT---ATTAT-----A-----TA---G-------TT-------TCC------------------TT---------C-T---C--------TC--------TGAAAGTCC-------------A----C------ACATTATCCTT--TATCCATAT
gi|2 : cagtATGTTCC----AA-GCAAAAATAACCAATTACA-A-----A-----GTACAA------AAGG-G-G--AG--TAATTTTGTTATTATATAGTTTCCTTCTCT--CTGAAAGTCCACACA-TTAT--CCT-TTATC--CATATAT-----CAA---G-T--ATA---T---T----GGAT------T-C--C-------CAAAT--A-AAAT---------------A--AT----CATCAAT-T-----ATGCTCC-AGACAGG---CAAAAA--TAAC--A-AA-ATGAAGTACA-AAAGGGTAGATAATTAAGTT---ATTATTCAGTA-----CT---G-------AG-------T--------------------TATGGTTTGTTT-G---C--------TT--------TGAACGTCC-------------A----C------ATATTATTCTT--TATCCATATTatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaattatgctccagacaggcaaaaataacaaaatgaagtacaaaagggtagataattaagttattattcagtactgagttatggtttgtttgctttgaacgtccacatattattctttatccatatttcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|2 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccTATGCTCCAGACAG-GCAAAAATAAC-------A-A-----AATGAAGTACAA------AAGG-G-T--AGA-TAATTAAGTTATTAT--------------T--C---AGT---ACTGAGTTATGG--T-TTGTTTGC-----T-----TTGAACG-TCCACA---T---A----TTAT------T-C--T-------T---TA-T-CCATATTTCAAGTGAGTTGA--CT----TTTGAAGTT-----GTGTTCA-GG--AAT---CAAAtcaagtgagttgacttttgaagttgtgttcaggaatcaaatttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|20 : cagtaaaaagggagaaaattctatcaatatttaagatagttatgattttttctgtattcaattccacacattgccctctttccatgttccaagcaaaaataaccaattacaaagtacaaaaggggagtaattttgttattatatagtttccttctctctgaaagtccacacattatcctttatccatatatcaagtatattggattcccaaataaaataatcatcaatAG---TAAAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTACA-AAAAGGGGCATTATTCTATT---ATTATCAAAGA-----TA---tttggatggatgaacatataaaatggacagacagatgatgggtgcacaacagtggtatggacaaagtagcagcatattgcttgcccttcag
gi|21 : CTCT-AGACAAG---CAAAAA--TAACCAA-AA-CCAAAGT-----AAGGGGAAAAAATACTACC---ATTATTTAAGA-----accgttatggttctttca
gi|22 : ATGCTCCAGGCAAAGCAAAAATAAT-------GTATT---G-----GTACAT------AAGA-C-G--AGA-TAATTCTGTGCTTAT--------------T--C---AAG---Acctatgaat
gi|23 : ACAA-GCAAAA----T-------A-A-----G-----GTTCAA------AGGG-G-A--ATA-TAATTATGTTATTAT--------------T--C---AAG---ATAGA
gi|3 : ctaACAA-ACAAAAATGA----------------A-----GTACAA------AAGG-A-G--A-A-TAATTATGTAAT-AC--------------T--C---AAG---ATAGACTTCCG-CAT-CTGTG--T-----T-----CCAA--G-T-TGCA---T---A----GGAT------T-C--C-------C---T--T-CAA----------------A--AT----TGTGAAGAA-----ATGTTAC-GGACAAG---CAAAAC--TAGC-AA-AA-TTAAAATCCA-AAAGAGGAGATAATTATATC---ATAATGCAAGA-----TA---G-------AG-------T--------------------TA---------CGA---CTATTTCTATC--------T-------CTACGTTT------G----C------ACCTTGCCCTC--TATTCA-GTT
gi|4 : ccccggacatgtataAAA--TAAC-AA-AA-ATAAAGTAAA-AAAGGAGAGATAATTGTGTC---ATTATTCAAGA-----tgaaatgttttttggattctctcagtacattttgagttattttgcagggaggtattagtactgattagtgcatgggcgggcacatggattgacgtacggacggaagtacagactgacaaagcagcagtatattatttcccttcgggtagcattacaaataaaaaaacagctatagataaagcaagttaatttgttaaaagatt
gi|4 : TGCTCC-AGTCAAG---CAATAA--TAACAAAGAA-ATAAAG-AGATAAAAGGGAAACAATTATGTTTTAAGTATTCAAAT-----TG---G-------AG-------T--------------------TA---------T-AGATC--------TT--------T-------CATTGTGCACATCTG----C------ACATTCCCCTC--TGTTCctcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctccagtcaagcaataataacaaagaaataaagagataaaagggaaacaattatgttttaagtattcaaattggagttatagatctttcattgtgcacatctgcacattcccctctgttctcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|5 : aaataacaaaaataaagtaaaaaaggagagataattgtgtcattattcaagactcttatggttgttttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat------T-C--C-------C---T--T-CCAT---------------ATACCAGTATTTGAAGAT-----ATGCTCC-AGACAAG---CAAAAA--TAA-----AT-ATAAA--ACA------GGAGATAATTCTGTC---ATTATTCAATA-----TA---G-------AG-------TAAGTTACGTTTTTTTCACTCTA---------C-A---C--------TT--------C-------C-------------A----G------GCATTACCCTC--TATTCATtcctctattaatgttccatgtttcgccatatccccttcatttctattagtgttatgaagcagacaacgacttggacggacggacaaagcagcagctatatatacattatccctccggtgaaccataaaaatgagaaaaaataaatactttcagtaagtcagtgcagatagatttgttaggagatt
gi|6 : ATAA-ACAACAATAAC-------A-A-------------ACAA------AAGG-G-G--AAA-TAATTATGCCATCAT--------------T--C---AGG---ATAGAGTAA---CGT-TTTTT--C-----G-----CTC---G-T-CAC----T---TCCACACATTA----T-C--C-------C---T--TACCAT---------------tcccttgagcatttttggagttgtttcggaaagaattcacacttatgcacacacagacggaaaagcaaagcagctacatgtttatgcttaccctttggggcgcataaaaaatatttgaataaatattgttaaaaacaaaaattatataaatatctaa
gi|7 : caacaACGGTTGACGATATACTCAAGACAA-GCTAAATTAACCA-----A-G-----G-----GTACAA------AAGA-G-G--AGA-TAATTCTGTCATTAT--------------T--C---AAG---ACAGTGTTAGGGCAAATTGTC--C-----T-----CTA---G-T-CACA---T---T----GTAT------T-C--C-------C---G--T-TCAT---------------A--CT----TTTGAAGAT-----TTACTCC-AAACAAG---CAAATA--TAGCTGA-AA-CTAAAGTAAA-AAAGGGGAGATAATTTTGTT---ATTATTCAAGA-----TA---A-------AG-------T--------------------TG---------C-A---C--------TC--------T-------C-------------A----C------ACATAGTCCTC--TATCCAGGTTCgtaatgtgtcattggatttcctttagtactttgtatcggacaaggctttggacggacgcatgtacgtccgcacacacgcatggacggacgcatggacggattcacacacacattgacggacgcatgtacggacgcacaaacacatggacagacaaatctgcagctgtatgctcgcccttcgg
gi|8 : agaagtgcttgactgagtaa-------A-A-----G-----GTACAA------AAGA-ACG--AGA-TAATTCAGCCATTAT--------------T--C---TAA---ACACAGTTATAACACATTGTC--C-----------------------CA---T---T----GCAG------T-T--C-------C---T--T-CCAT---------------A--AT----TTTGAAGAT-----ATACACA-TGACAAA---CAAATA--TAACTGA-AA-AT-----------AGAGGATATAATACTGTT---GTTATTCAAGA-----TA---GATACATCAGTGTTT--T--------------------TA---------C-T---C--------TC--------TGCA----C-------------GTCTAC------ACATTAAACTC--TACCTATATTC
gi|9 : CTCCGGAAAA-ACAAAACTAACCA-----A-ATATATG-----ATACAA------CAGG-G-G--AGA-TAGTTCCGTCATTAC--------------T--C---AAG---ATAGAGTTATAGT------TC--T-----T-----TTG---A-T-CG--------------GCA--------------------C---T--T-CCA----------------------------AAAGAT-----ATGTTTCAGAAAAAG---CAAAAC--TAATAAA-AA-A------AC----AGGGGAGATAGTTGTGCC---ATTAATGGAGA-----TAATGG-------AGAATAATAT--------------------TGTCTC-----C-A---C--------TC--------TG------C-------------G----CTTCTAAAAATTGTCCTC--TATCCAaaattagagatatcattgtttttaccctctgcacgttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GGGAATTAACCATCATTTCAAGATAATTACGGTTCTTTCACTCTTCACATCTACACATTGCCCACTGTATGTTCCAGATATGGTATTGTTGGATTCCCTTCA