lowQualScore : 22222222 11 111111111 1
lowQualScore : 55 33333333 33 0 1 8 99 3 444444444 5 2 3 6
lowQualScore : .. ........ .. . . . .. . ......... . . . .
lowQualScore : 00 66666666 66 8 9 3 66 1 666666666 0 9 1 7
consensus : GACTTTGTT--AAC--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
Reference ( gi|3 ) : GACTTTGTT--AAC--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTCTGACAGACTTGTTT-CTG-------TCAATGGGGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAACA
gi|4 : GACTTT-----AAT--------GTACAT-GTAGTTGGTGTTTTGAAGGACCTGTTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-ATGACTTTGCAGTGCCATGTGGAAA
gi|7 : tagGACTTTGTT--AAC--------GTGCAT-GTAGTTCGTGTTTGGAAGAATTTGCTT-CTG-------TAAAT-GTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAT
gi|2 : agGACTTCGTT--AACATACCG--GTACAT-GAACTTAGTGTTTTGAAATAC--ATTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAAG-AGA
gi|9 : gtagGACTTTGTC--AAT--------GTA-------GTTTGTGTTTTGATGGACTTGTTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-AAGA-CTTGCAGTGCTAt
gi|1 : tagGACTTTGTT--AAC--------ATACCCAGTACATAGAGTTTTGAAGGACTTGTCT-CTG-------TAAACAGTTACAT-ATGG-TTTGCAGTGCCACA-AGAAc
gi|6 : agGACTTTGTT--AAC--------GCGTAT-GTACTAAGCGATTTGAAGAACTTGTTTTCTG-------TAAATGGTGACAT-AAAA-ATTGCAGTGTTATG-taaagtgattg
gi|17 : tagGACTTTGTT--AAC--------ATACAT-GTACTTAGTGTTTTGA
gi|18 : gtagGACTCTGTT--AAC--------GTACAC-ATAGTAAGTGTTTTG
gi|12 : tagGATTTTGTTAAAAC--------TTACTC-TTTGTAAGTGTATTGAAGGACTTATAT-CTG-------TAAATGGTGATAA-AA
gi|15 : GACCTTGTT--AACATACACGTGTACAT-GTACTTAGTGTT-TGA
gi|10 : gtagACTTTGTT--AAC--------GTACAC-GTAGC----GTTTTGATGGACTCATTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTACCAaat
gi|8 : TACAT-ATAATAAATGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTT-------TAAATGGTGATAT-AAGA-TATGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|13 : taggactaAC-TTGGTTAACGTTTTGATGGACTTGTTT-CTG-------TAAATGGTGATAT-GAGA-TTTGCAGTGTCA
gi|11 : ggTAGTGTTTAGAAGGACTTGTTT-CTGTAAATCATTAATGGTGACATAAAGA-CTTGCAGTGCCA
gi|5 : cacgAGTGTTTTGAT-GACTTGTTT-CTG-------TAAATGGTAACAT-AAGA-CTTACAGTGCTAT
gi|16 : aacacacACTTGTTT-CTG-------TAAATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATagcaaaaatgtggttgttggtat
gi|14 : aaagtTG-------TAAATGGTGTCAT-------TTGCAATGTCATG-AGAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222
lowQualScore : 44 11111111 2 0 1 1 2 8888888 2 2 5
lowQualScore : .. ........ . . . . . ....... . . .
lowQualScore : 66 77777777 9 1 2 1 9 7777777 7 9 7
consensus : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
Reference ( family-941 ) : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|1 : GACTTTGTTAA--C--------ATACCCAGTACATAGAGTTTTGAAGGACTTGTCT-CTGTA-------AACAGTTACAT-ATGG-TTTGCAGTGCCACA-AGAA
gi|10 : agACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGC----GTTTTGATGGACTCATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTACCAtaaagtgattg
gi|11 : TAGTGTTTAGAAGGACTTGTTT-CTGTAAATCATTAATGGTGACATAAAGA-CTTGCAGTGCCA
gi|12 : cacgGATTTTGTTAAAAC--------TTACTC-TTTGTAAGTGTATTGAAGGACTTATAT-CTGTA-------AATGGTGATAA-AA
gi|13 : AC-TTGGTTAACGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGATAT-GAGA-TTTGCAGTGTCA
gi|14 : ggTGTA-------AATGGTGTCAT-------TTGCAATGTCATG-AGAAA
gi|15 : GACCTTGTTAA--CATACACGTGTACAT-GTACTTAGTG-TTTGAAaatgtggttgttgtcat
gi|16 : gtagAAGTACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATat
gi|17 : aGACTTTGTTAA--C--------ATACAT-GTACTTAGTGTTTTGA
gi|18 : gtagGACTCTGTTAA--C--------GTACAC-ATAGTAAGTGTTTTG
gi|2 : tagGACTTCGTTAA--CATACCG--GTACAT-GAACTTAGTGTTTTGAAATAC--ATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAAG-AGA
gi|3 : gtagGACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTCTGACAGACTTGTTT-CTGTC-------AATGGGGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAAt
gi|4 : GACTTT---AA--T--------GTACAT-GTAGTTGGTGTTTTGAAGGACCTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-ATGACTTTGCAGTGCCATGTGGAAAca
gi|5 : tagAGTGTTTTGA-TGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTAACAT-AAGA-CTTACAGTGCTAT
gi|6 : aacacacGACTTTGTTAA--C--------GCGTAT-GTACTAAGCGATTTGAAGAACTTGTTTTCTGTA-------AATGGTGACAT-AAAA-ATTGCAGTGTTATG-agcaaaaatgtggttgttggtat
gi|7 : tagGACTTTGTTAA--C--------GTGCAT-GTAGTTCGTGTTTGGAAGAATTTGCTT-CTGTA-------AAT-GTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAT
gi|8 : agTACAT-ATAATAAATGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTTTA-------AATGGTGATAT-AAGA-TATGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|9 : taggactaGACTTTGTCAA--T--------GTA-------GTTTGTGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-CTTGCAGTGCTA
Alignments
lowQualScore : 22222222
lowQualScore : 44 11111111 2 0 1 1 2 8888888 2 2 5
lowQualScore : .. ........ . . . . . ....... . . .
lowQualScore : 66 77777777 9 1 2 1 9 7777777 7 9 7
consensus : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
Reference ( family-941 ) : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|1 : GACTTTGTTAA--C--------ATACCCAGTACATAGAGTTTTGAAGGACTTGTCT-CTGTA-------AACAGTTACAT-ATGG-TTTGCAGTGCCACA-AGAA
gi|10 : agACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGC----GTTTTGATGGACTCATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTACCAtaaagtgattg
gi|11 : TAGTGTTTAGAAGGACTTGTTT-CTGTAAATCATTAATGGTGACATAAAGA-CTTGCAGTGCCA
gi|12 : cacgGATTTTGTTAAAAC--------TTACTC-TTTGTAAGTGTATTGAAGGACTTATAT-CTGTA-------AATGGTGATAA-AA
gi|13 : AC-TTGGTTAACGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGATAT-GAGA-TTTGCAGTGTCA
gi|14 : ggTGTA-------AATGGTGTCAT-------TTGCAATGTCATG-AGAAA
gi|15 : GACCTTGTTAA--CATACACGTGTACAT-GTACTTAGTG-TTTGAAaatgtggttgttgtcat
gi|16 : gtagAAGTACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATat
gi|17 : aGACTTTGTTAA--C--------ATACAT-GTACTTAGTGTTTTGA
gi|18 : gtagGACTCTGTTAA--C--------GTACAC-ATAGTAAGTGTTTTG
gi|2 : tagGACTTCGTTAA--CATACCG--GTACAT-GAACTTAGTGTTTTGAAATAC--ATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAAG-AGA
gi|3 : gtagGACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTCTGACAGACTTGTTT-CTGTC-------AATGGGGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAAt
gi|4 : GACTTT---AA--T--------GTACAT-GTAGTTGGTGTTTTGAAGGACCTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-ATGACTTTGCAGTGCCATGTGGAAAca
gi|5 : tagAGTGTTTTGA-TGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTAACAT-AAGA-CTTACAGTGCTAT
gi|6 : aacacacGACTTTGTTAA--C--------GCGTAT-GTACTAAGCGATTTGAAGAACTTGTTTTCTGTA-------AATGGTGACAT-AAAA-ATTGCAGTGTTATG-agcaaaaatgtggttgttggtat
gi|7 : tagGACTTTGTTAA--C--------GTGCAT-GTAGTTCGTGTTTGGAAGAATTTGCTT-CTGTA-------AAT-GTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAT
gi|8 : agTACAT-ATAATAAATGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTTTA-------AATGGTGATAT-AAGA-TATGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|9 : taggactaGACTTTGTCAA--T--------GTA-------GTTTGTGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-CTTGCAGTGCTA
blockSeqs : AA ATACACGT . T T T AATCATT A C T
blockSeqs : . ATACCG . A A . . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . T C . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . .
blockSeqs : . A A . . . .
blockSeqs : . T T . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
finalCons : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222
lowQualScore : 44 11111111 2 0 1 1 2 8888888 2 2 5
lowQualScore : .. ........ . . . . . ....... . . .
lowQualScore : 66 77777777 9 1 2 1 9 7777777 7 9 7
consensus : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
Reference ( family-941 ) : GACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|1 : GACTTTGTTAA--C--------ATACCCAGTACATAGAGTTTTGAAGGACTTGTCT-CTGTA-------AACAGTTACAT-ATGG-TTTGCAGTGCCACA-AGAA
gi|10 : agACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGC----GTTTTGATGGACTCATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTACCAtaaagtgattg
gi|11 : TAGTGTTTAGAAGGACTTGTTT-CTGTAAATCATTAATGGTGACATAAAGA-CTTGCAGTGCCA
gi|12 : cacgGATTTTGTTAAAAC--------TTACTC-TTTGTAAGTGTATTGAAGGACTTATAT-CTGTA-------AATGGTGATAA-AA
gi|13 : AC-TTGGTTAACGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGATAT-GAGA-TTTGCAGTGTCA
gi|14 : ggTGTA-------AATGGTGTCAT-------TTGCAATGTCATG-AGAAA
gi|15 : GACCTTGTTAA--CATACACGTGTACAT-GTACTTAGTG-TTTGAAaatgtggttgttgtcat
gi|16 : gtagAAGTACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATat
gi|17 : aGACTTTGTTAA--C--------ATACAT-GTACTTAGTGTTTTGA
gi|18 : gtagGACTCTGTTAA--C--------GTACAC-ATAGTAAGTGTTTTG
gi|2 : tagGACTTCGTTAA--CATACCG--GTACAT-GAACTTAGTGTTTTGAAATAC--ATTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAAG-AGA
gi|3 : gtagGACTTTGTTAA--C--------GTACAC-GTAGTTAGTGTTCTGACAGACTTGTTT-CTGTC-------AATGGGGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCATG-AGAAAt
gi|4 : GACTTT---AA--T--------GTACAT-GTAGTTGGTGTTTTGAAGGACCTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-ATGACTTTGCAGTGCCATGTGGAAAca
gi|5 : tagAGTGTTTTGA-TGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTAACAT-AAGA-CTTACAGTGCTAT
gi|6 : aacacacGACTTTGTTAA--C--------GCGTAT-GTACTAAGCGATTTGAAGAACTTGTTTTCTGTA-------AATGGTGACAT-AAAA-ATTGCAGTGTTATG-agcaaaaatgtggttgttggtat
gi|7 : tagGACTTTGTTAA--C--------GTGCAT-GTAGTTCGTGTTTGGAAGAATTTGCTT-CTGTA-------AAT-GTGACAT-AAGA-TTTGCAGTGCCAT
gi|8 : agTACAT-ATAATAAATGTTTTGAAGGACTTGTTT-CTTTA-------AATGGTGATAT-AAGA-TATGCAGTGCCATG-AGAAA
gi|9 : taggactaGACTTTGTCAA--T--------GTA-------GTTTGTGTTTTGATGGACTTGTTT-CTGTA-------AATGGTGACAT-AAGA-CTTGCAGTGCTA