lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 333333333333333 2222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1111111111111111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 111111111111 33 2 0 333 2 111111111111111 6666666666666666 22 22 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 2 33 55555 4444444444444444 444 2 11 6
lowQualScore : ............................................................ .. ............ .. . . ... . ............... ................ .. .. ...................................................................... ... . .. ..... ................ ... . .. .
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555555555555 22 2 1 555 0 999999999999999 0000000000000000 66 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 2 11 66666 5555555555555555 444 7 44 8
consensus : TGGCCAGG------TTCT---T--ACATG--TGN-G---TA--AACAT------G---A---G-----TCACATT-----GCCT---A--TTGAAAATTACTCGTGC-AGAA---A-A-NAA-----ATTGTATTGTCAAAGCTG--A-C---CN--TG--T--CAAAAC----A--TA--A----CTG-TAAA-AT-AGTTGT----------GTT--GTA-C--C----T--C----ATCT-N-ATT-A--TG-----GGGA-------------AAACCGAAT---GCGACACCCAT-TCCGGACTAAGTCTAT
Reference ( gi|5 ) : TGGCCAGG------TTCT---T--AGATG--TGG-G---TA--AATAT------G---A---G-----TCATGTT-----GCCC---A--TTGAAAATTACTTGTGC-AGAA---A-A-AAT-----ATTGCTTTGTCAAAGTTG--A-C---CT--CG--T--CAAAAC----A--TA--G----CTG-TAAA-AT-AGTTGT----------GTTG-GTA-C--C----TT-C----ATCT-T-ATT-A--TG-----GAGA-------------AAACCAAAT---GTGACACCCAT-TCTGGGCTAAGTCTAT
gi|3 : TGGCCAGG------TTTT---T--CTATG--TAA-GCTTTT--AACAT------G---A----------TATG-------GCAC---A--TTGACAATTACTTGTGC-ACAA---A-A-TAA-----ATTGTTTTGTCAAAG-----------CA--TG--T--CAAAAA----AG-TA--A----TTG-TAAACAC-GGTT--------------TG--TA-C--CAAAGTA-C----ATGT-------A--TA-----GAGA-------------TAACCAAAT---ATGGCCTCCAT-TTTGGACTAAATGTA
gi|6 : gataccttaatcaagaaattgtcTGGACAGG------TTTT---T--AAATAATTAC-T---TAT-AAGAT------G---A---G-----TCACTTT-----GCTT---G--TTGAACATTGCTCGTGT-TGAA---A-GTGGT------TTGTATTGTCAAA--TGCAA-C---AG--TG--T--ATAAGC----A--GA--A----CGG-TAA---T-ATTTGA----------GTCT-GTA------------------TCT-T-GTT-T--TG-----GCGG-------------AAATCAAAT---GCGAAACCCAT-TCTGAACACAATCTAT
gi|1 : TGACCAGGGTT---TTCTATGT--AGATG--CAA-A---CA--GA-AT------G---C---A-----CCACATT-----GCTT---AAATTGAAAATTACACGAGC-AGAAGATG-A-AAT-----A---AATTGTCAGATCTA--A-C---C---CGGTT--TAAAAC----AATTA-------CTG-TAAA-AA-AGT--T----------GTTA-GTA-CAACATA-TA-C----ATCTAC-ATT-A--TGTATATAAAA-------------AATCTGATT---ACGACATTCAT-TCCAGATTAAATCTGT
gi|11 : tcTGGCCAGACCAGTTTTTT---T--ACATG--TAT-A---TACAAACTT------G---ATAGG-----TCACACA-----GCCC---A--TTGAAAATTATCTGTAC-TGAA---A-A-A-----------------TAAA--TC--A-C---AT--CG--T--CCAAAC-------TG--A----CAG-CAAA-A-------T----------GTTT-GTA-C--C----TG-C----AGGT-T-A-------G-----GTG---------------AACCAAAC---CTGACAACTGT-ACCGACCTGTGTCTAT
gi|9 : TGATCAGG------TT-T---A--ACATG--TGGTG---CA--AGCAT------GCAAG---G-----CCACATG-----ACTT---G--TTGAAATTAACTTGTGC-TAAA---A-A-CAA-----GTTGTATAGTCTTAGGTG--A-C---TA--TG--T--CAAAACT---A--TA--G----CGG-TGAA-AT-CGTt
gi|8 : aataaatgatttccgtatccggttGACCAGG------TTTT---T--CCATG--TAG-G---TA--CACAC------T---A---GGTAGATCACATT-----GCTTTATA--CAGAAAATTACTTGCGT-TGAA---A-A-TAA-----ACTG--TTGTCAAAGCCG--A-C---CT--TT--T--CAAAA-----------------CTT-T--A-AT-GG-TGT-----------TTG-GTA-C--C----Taaaattgtctttacatccttttact
gi|16 : gatatcctaaactagagGGCCAAG------TGCC------ATATG--TGG------A--AATGT------G---ACGGG-----TCATACT-----GCCT---T--TTAAAGATAACATGAGC-AGAA---A-A-AAactggtactgtacatatactgagatccaa
gi|7 : ggcatgggtattatccagaactggtcaCCAGG------TTTT---TTCA-ATA--TGT-G---TA--AAAATTTGATAG---A---T-----TCACATT-------TT---A--TAGAAAATGACTTGTGC-GGAA---A-A-TAA-----ATTGGGTTGTCCAAACAG--A-A---CA--TA--T--CAAAAT----AG-TAATG----CTG---AA-AT---TTGT-----------TT--GTA-C--C----Tgtaattaccggtatgggcaaaaccaaatgtgacggccattcttgactaa
gi|4 : ataacagatgaccttcagaactggtcaaa------TTCT------AGATA----G-G---TA--CACAT------G---T---GA----TTTTGTTACAATGCCT---A--TTGAAAATTACTCTTGT-A------------------------TTGTCAAAGCCG--G-C---CT--TG--T--CAAAGT-------TG--G----CTG-TAAA----AGTTGC-----------TT--GTA-C--T----TG-CACATATTT-TAATT-A--TA-----G----------------AAATCATAT---ATAATACCCAT-TCCGGACTATATCTAgttattgccaagtacatg
gi|13 : taagtgatatccgaatctagacttgcctactta------TTCA---T--ACATA--TGT-A---TG--AATAT------A---ATAGA-----TCAAATT------TCT---A--TTGAAAA---CTTCTGC-AGCA---T-A-TAA-----GTTGTTTTCTCAAAGTTA--A-C-------CG--TAACAAAAA----G--TA--A----TTA-CAAA----AGTTGTCACTTTTTTGGTTT-GTG-C--C----TA-C----ATCT-A-ATT-A--TG-----G-GA-------------AAAC
gi|20 : gt---TA--AACAT------G---ATAGG-----TAACATT-----TCCT---A--TCGGAAATGGCTCTTGC-AAAA---A-A-TAA-----ACTGTCTTGTCAAAGCGG------------TG--T--CAAAAT----AG-TA--A----CTG-t
gi|27 : ttttttccatttcgataA--AA-AT------G---G---G-----TCACATT-----GTTT---A--TTGCAAATTACTTATGC-AGCA---A-A-aatgtt
gi|2 : tgatctgatcatatttttctattaggaacaaac---A---G-----TTGTGTT-----GCAT---C--TTAAAAATTGCTCATGC-AGAA---A-A-TAA-----ATGGTATTGTCCAAGGTG--A-T---CC--TG--A--GAAAACA---A--TG--A----CTG-TAAA----AATTAT-----------TT------C--C----TA-T----ATCT-A-ATC-ATTTG-----GAAAGCTTATGTGATTGACACCCATTTGAGTGACACCCAT-TCCGGACCAAGTtg
gi|15 : ataaacaatacacagaactgataaagcctggtttttATATT-----GTTT---A--TTGAAAATTACTTATGCTGGAA---ATA-AATCATAAATTA--TTGTCAAAGCTG--A-T---CG--TG--T--CAAAACG---A--AA--A----CTG-TAAA----AGTTGT--------------------------------------T-T-AGT-A--TT-----GGGA-------------AAACTCTGT---ATGTCACCCAT-TCTAG
gi|14 : atcatcctgctggtaatCT---A--TTAAGATTTATTTGTGT-AGAA---A-A-TGA-----ATTGTATTGTCAAAGCTG--AGC---ATGATG--T--CAAAACAGTAA--CA--GTTTACTG-TAAA----AGCCAT----------GATT-ATAGC--C----TTGC----ATTC-T-AAT-A--TG-----GGGA-------------AAACTGAAT---GCGACATTCAT-TCCAGACTAAGTCTatcaa
gi|19 : ---A--TTGAAAATTACACATGT-AGAA---A-A-TGA-----ATTGTATTGTCAAAAAGG--A-T---CG--TA--T--CAAA------A--TG--G----TTACTAAA-GC---TTGT----------AT---GTC-C--C----CA-T----ATCT-A-ATT-A--TG-----GGGA-------------AATCCAA
gi|24 : ttt--TTGAAAATT-CTCTTGC-A------A-C-AATTA---ATGGCATTGTCAAAGCTA--A-C---CT--TG--T--Cttat
gi|10 : tgatcatggttttccgtgtaggtaaaaacagaaggaaccaaattcatttTCACTCATGC-ACAA---A-A-TAA-----ATTGTTATGTCAAAGCTT--A-T---TG--TG--G--CAAAACA---A--TA--A----CTA-T-AA-AT--GTT-T----------GTTATATA-C-----------------------TT-A--TG-----GGAA-------------AATCCTAAT---GTGATGCCCAT-ta
gi|25 : gatatctggagatggtctggagagggttttccatgggtacaaacatgatgctAA---A-T-AAC-----AT-GTTTTATTAAAGCTG--A-C---TA--TG--T--CCAAAT----AA-TA--A----CT---AAA-AT-AATTAT----------GTTT-CTG-T--C----TG-C----ATCT-A-ATT-A--TG-----AGGA-------------AATCTCAAT---ATGACACCgccagacagaggc
gi|23 : ---A-A-ATT-----ATTGTATTGTCAAAGCT---------CT---G--C--CAA---------------------G-TAA------GTTGT------------TA-GTA-C--C----T-------ACCT---ATCCA--TG-----GAAA-------------GTAACACAT---GCAACACCCAT-TCTGGATTAAATCTAT
gi|12 : atAC-----ATTGCTTGCTGAAAATAA--A-TATACT--TG--T--TACAGC----AA-TA--G----CT--TAAA-A--AGTTCT-----------TTG--TA-C--A----TT-T----ATCT-A-ATT-G--CA-----GAGA-------------AA-TCAAAT---ACGACATCCAT-TCCAGACTGAGTCTATtcat
gi|21 : tctagtcaggctttcaacacatttggtgggtcTTGTATTGTCCAAGGTG--A-C---CA--CA--T--CAAATCT---A--TA--A----CAG-TGAA-TTTAGTTGT-----------------A-C--C------------ATCT-T-ATT-A--TT-----TTGC-------------AAACCAAAT---GCAACAATTATATCT-GACAATGTCTATcgtcaaactaagaaat
gi|26 : G--C--CAAAAC----AA-TA--A----CTG--AGA-A--AATTAT----------TTTT--TA-C--C----TT-C----ATCT-G-TTT-A--TT-----GGGA-------------AAACCGAAT---GTAACACCTAT-TCAGGt
gi|22 : tgt-ATT-A--CG-----GGTA-------------AAACTACAT---GTGACATTTAT-TCCAGACTAAaat
gi|16 : aataaactatattttctaagctgaacgtgtcaaaacaatggcggcagatattataaaaattagaT-A--TG-----GGCA-------------AAACCAAAT---GTGACGGCCAT-TCTTGACTAAa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CCTGGTCTAGACAGGGTTTTTCAATTTTAGGTACCAGCCTGCTGGGTGACATTTCATTTTGAAAGTTACTCCAGAAGGAAAATAAATTGTATGGTCAAATTTGATTGTGTCAAGACATGAAATGTATTTGTTTGTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTCCATGTAGGTACACGCTTGACAGATGACATTGCTTAAAAGTACCCATGCAGAAAATAAATTTTATGCATGAGAAATGAACGTGTCAAACCTATAACGGCCAATATTTTGCACGTA
Unaligned ( gi|28 ): GATGTTTGGAACTACCCTGACCGGGGTTTGTCATGTAGATACAAATATGATTGGTCACATTGCTTTTTGAAAA
Unaligned ( gi|29 ): TTTACCATGTATGTGTACACATTTGATAGACCATATTGTTAATTAAAATTTATCCATGCAGAAAA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111
lowQualScore : 3 888888 7 6 2 33 7777777 88 666 444444444444444444444 2 666666 3 1 33 22 3333 44444 1 222 1 0 222 444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 2 55555 333333333333333 33 888888 2
lowQualScore : . ...... . . . .. ....... .. ... ..................... . ...... . . .. .. .... ..... . ... . . ... ... .......................................................................... .. . ..... ............... .. ...... .
lowQualScore : 3 888888 5 7 9 77 6666666 88 666 666666666666666666666 1 111111 5 8 33 44 4444 00000 6 888 6 4 888 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 66666 999999999999999 11 222222 1
consensus : TGGCCA-GG------TTTTTCC-ATG--TAG--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCTT---A--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAAT-A--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACCGTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
Reference ( family-932 ) : TGGCCA-GG------TTCTTAC-ATG--TGN--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCCT---A--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAAN-A--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACCNTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
gi|1 : TGACCA-GG------GTTTTCT-ATG--TAGATG---CA--AACAGAAT------G---C----A-----CCACATTGCTT---AAATTGAAAATTACACGAGCAG-AAGAT-G--AAAT----A-----AA-T---TGTCAGA-TCTAACCCGGT--TTAAAACAA-TTAC-------TG-TAAA-AA-----AGTTGT------------T-A--GTA-CAACATATAC--A-----TCTACAT-TATGTATATAAAAAA---------------T--CT-----GATTACGACATTCATTCCAGATTAAATCTGT
gi|10 : tcA-GG------GTTTTCC-ATG--GGT--A---CA--AACA---T------G---A----------------TGCTT--------------CACTCATGCAC-AAAAT-A--AATT----G-----TT-A---TGTCAAA-GCTTATTGTG---GCAAAACAA-TAAC-------TA-T-AA-AT------GTT-T----------G-T-T--ATA---------------------T-ACT-TATG-----GGAAAA---------------T--CC-----TAATGTGATGCCCATGCCAGAC
gi|11 : gatatctggagatggtctggagTGGCCA-GACCAGTTTTTTTAC-ATG--TAT--A---TACAAACT---T------G---ATAG-G-----TCACACAGCCC---A--TTGAAAATTATCTGTACTG-AAAAATA--AATC----A-----CA-T---CGTCCAA-ACTGACAG------CAAAA---------------------------------TGT------------T-T--GTA-C--C-TG--C--A---------GGT-TA--------GGTGA---------------A--CC-----AAACCTGACAACTGTACCGACCTGTGTCTATagaggc
gi|12 : ---T------G---G----G-----TCACATTGCTT---G--CTGAAAAT-------------AAAT-A----------------TACT---TGTTACA-GC--A----------------A-TAGC-------T--TAAA-A------AGTTCT------------T-T--GTA-CA-T-T---T--A-----TCT-AAT-TGCA-----GAG-AA---------------A--TC-----AAATACGACATCCATTCCAGACTGAGTCTATt
gi|13 : tctagtcaggctttcaacacatttgg------TTCATAC-ATA--TGT--A---TG--AATA---T------A---ATAG-A-----TCAAATT-TCT---A--TTGAAAACT--TC-TGCAG-CATAT-A--AGTT----G-----TT-T---TCTCAAA-GTTAACCGTA---ACAAAAA-G-TAAT-------TA-CAAA-A-------GTTGTCACTTTTTTGG-T-TT-GTG-C--C-TA--C--A-----TCT-AAT-TATG-----GG-AAA---------------A--Ccgtcaaactaagaaat
gi|14 : gtCT---A--TTAAGATTTATTTGTGTAG-AAAAT-G--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGAGCATGATGTCAAAAC-AGTAACAGTTTACTG-TAAA-A-------GCCAT----------GAT-T--ATAGC--C-TTG-C--A-----TTC-TAA-TATG-----GGGAAA---------------A--CT-----GAATGCGACATTCATTCCAGACTAAGTCTt
gi|15 : ATATTGTTT---A--TTGAAAATTACTTATGCTG-GAAAT-A--AATC----ATAAATTA-T---TGTCAAA-GCTGATCGTG---TCAAAACGA-AAAC-------TG-TAAA--------AGTTGT-----------------------------------------T-TAG-TATT-----GGGAAA---------------ACTCT-----GTATGT--CACCCATTCTAGATCAA
gi|16 : atcatcctgctggtaatGGCCA-AG------TGC---C-ATA--TGT--G---GA--AATG---T------G---ACGG-G-----TCATACTGCCT---T--TTAAAGATAACATGAGCAG-AAAAA-AGTAATTACCGG-----TA-T---GGGCAAA-AC
gi|17 : ggcatgggtattatccagaactggtca---T------G---G----G-----TGACATTTCAT---T--TTGAAAGTTACTCCAGAAGGAAAAT-A--AATT----G-----TA-T---GGTCAAA-TTTGATTGTG---TCAAGAC-A-TGA------------AAT-GT-----ATTTGT------------T-T--GTA-caaatgtgacggccattcttgactaa
gi|18 : cctggtctagacagggtttttcaattttaggtaccagcctgcTTCC-ATG--TAG--G---TA--CACGCT-T------G---ACAG-A-----TGACATTGCTT---A------AAAGTACCCATGCAG-AAAAT-A--AATT----T-----TA-TGCATGAGAAA---TGAACGTG---TCAAACCTA-TAAC-------
gi|19 : tT---A--TTGAAAATTACACATGTAG-AAAAT-G--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-AAGGATCGTA---TCAAAATGG-TTAC----------TAAA-GC-------TTGT----------A---T--GT--C--C-C---CATA-----TCT-AAT-TATG-----GGGAAA---------------T--CC-----AAggccaatattttgcacgta
gi|2 : tt---A----G-----TTGTGTTGCAT---C--TTAAAAATTGCTCATGCAG-AAAAT-A--AATG----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGATCCTG---AGAAAACAA-TGAC-------TG-TAAA--------AATTAT------------T-T------C--C-TA--T--A-----TCT-AAT-CATT-----TGGAAAGCTTATGTGATTGACA--CCCATTTGAGTG--ACACCCATTCCGGACCAAGTttat
gi|20 : ataaacaatacacagaactgataaagcctggttttt---TA--AACA---T------G---ATAG-G-----TAACATTTCCT---A--TCGGAAATGGCTCTTGCAA-AAAAT-A--AACT----G-----TC-T---TGTCAAA-GCGG----TG---TCAAAAT-AGTAAC-------TG-
gi|21 : ttttttccatttcgataTT----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGACCACA---TCAAATCTA-TAAC-------AG-TGAA----------TTTA----------G-T-T--GTA-C--------C--A-----TCT-TAT-TATT-----TTGCAA---------------A--CC-----AAATGCAACAATTATATCTGACAATGTCTATaatgtt
gi|22 : AAT-A--AACT----A-----TA-T---TTTCTAA-GCTGAACGTG---TCAAAACAA-TGGC-------GG-CAGA-------------T----------A-T-T--ATA-------------AAAAT-TAG-AAT-TACG-----GGTAAA---------------A--CT-----ACATGTGACATTTATTCCAGACTAAt
gi|23 : ATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCT----CTG---CCAA------------------G-TA----------AGTTGT------------T-A--GTA-C--C-T------A-----CCT-ATC-CATG-----GAAAGT---------------A--AC-----ACATGCAACACCCATTCTGGATTAAATCTATa
gi|24 : ataaattTGATCATGG------TT-TTCC-GTG--TAG--G---TA--AAAA---CAGAAG-G---A----A-----CCAAATTCATT---T--TTGAAAATT-CTCTTGCA--ACAAT-T--AATG----G-----CA-T---TGTCAAA-GCTAACCTTG---TCtcat
gi|25 : AAAT-A--ACAT----G-----TT-T---TATTAAA-GCTGACTATG---TCCAAATAA-TAAC----------TAAA-AT-----AATTAT----------GTT-T--CTG-T--C-TG--C--A-----TCT-AAT-TATG-----AGGAAA---------------T--CT-----CAATATGACACCta
gi|26 : TG---CCAAAAC-AATAAC-------TG--AGA-A------AATTAT----------T-T-T--TTA-C--C-TT--C--A-----TCT-GTT-TATT-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGTAACACCTATTCAGGA
gi|27 : tg--AAAA---T------G---G----G-----TCACATTGTTT---A--TTGCAAATTACTTATGCAG-CAAAat
gi|28 : tgatctgatcatatttttctattaggaacaaacTGACCG-GG------GTTTGTC-ATG--TAG--A---TACAAATA---T------G---ATTG-G-----TCACATTGCTT---T--TTGAAAAtg
gi|3 : gatgtttggaactacccTGGCCA-GG------TTTTTCT-ATG--TAA--GCTTTT--AACA---T------G---A-------------TATGGCAC---A--TTGACAATTACTTGTGCAC-AAAAT-A--AATT----G-----TT-T---TGTCAAA-G-----CATG---TCAAAAA-AGTAAT-------TG-TAAACAC-----GGT---------------T-T--GTA-C--C-A---A--A-----GTA-CATGTATA-----GAGATA---------------A--CC-----AAATATGGCCTCCATTTTGGACTAAATGTA
gi|4 : gataccttaatcaagaaattgtc--TAG--G---TA--CACA---T------GTG-ATTTTG-----TTACAATGCCT---A--TTGAAAATTACTC------------------TT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCCGGCCTTG---TCAAAGT---TGGC-------TG-TAAA--------AGTTGC------------T-T--GTA-C--T-TG--C--ACATATTTT-AAT-TATA-----G---AA---------------A--TC-----ATATATAATACCCATTCCGGACTATATCTA
gi|5 : taagtgatatccgaatctagacttgcctacttattctagaTGGCCA-GG------TTCTTAG-ATG--TGG--G---TA--AATA---T------G---A----G-----TCATGTTGCCC---A--TTGAAAATTACTTGTGCAG-AAAAA-A--TATT----G-----CT-T---TGTCAAA-GTTGACCTCG---TCAAAAC-A-TAGC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-TG-GTA-C--CTT---C--A-----TCT-TAT-TATG-----GAGAAA---------------A--CC-----AAATGTGACACCCATTCTGGGCTAAGTCTAT
gi|6 : TGGACA-GG------TTTTTAA-ATAATTAC--T---TAT-AAGA---T------G---A----G-----TCACTTTGCTT---G--TTGAACATTGCTCGTGTTG-AAAGT-G--GTTT----G-----TA-T---TGTCAAATGC-AACAGTG---TATAAGC-A-GAAC-------GG-T--A-AT-----ATTTGA----------G-TCT--GT--------------A-----TCT-TGT-TTTG-----GCGGAA---------------A--TC-----AAATGCGAAACCCATTCTGAACACAATCTAT
gi|7 : CCA-GG------TTTTTTCAATA--TGT--G---TA--AAAA---TTTGATAG---A----T-----TCACATT--TT---A--TAGAAAATGACTTGTGCGG-AAAAT-A--AATT----G-----GG-T---TGTCCAA-ACAGAACATA---TCAAAAT-AGTAA--------TGCTGAA-AT-------TTGT------------T-T--GTA-C--C-T---
gi|8 : ataacagatgaccttcagaactggtcaaaGACCA-GG------TTTTTCC-ATG--TAG--G---TA--CACA---C------T---A----GGTAGATCACATTGCTTTATA--CAGAAAATTACTTGCGTTG-AAAAT-A--AACT----G-----T------TGTCAAA-GCCGACCTTT---TCAAAAC-T-T-------------------T-----AATGGT----------G-T-TTGGTA-C--C-T---gttattgccaagtacatg
gi|9 : gatatcctaaactagagTGATCA-GG------TT-TAAC-ATG--TGGT-G---CA--AGCA---T------GCAAG----G-----CCACATGACTT---G--TTGAAATTAACTTGTGCTA-AAAAC-A--AGTT----G-----TA-T---AGTCTTA-GGTGACTATG---TCAAAACTA-TAGC-------GG-TGAA-ATCGTAAAATTGT----------C-T-T---TA-C--A-T---C--C-----TTT-TAC-Tactggtactgtacatatactgagatccaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTACCATGTATGTGTACACATTTGATAGACCATATTGTTAATTAAAATTTATCCATGCAGAAAA
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111111
lowQualScore : 6666 33 2 22 2 99999999 66 4444444444444444444444444 222 222 3 3 22 6666 44444 1 222 1 1 2 333 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 55555 666666666666666666 888888 2
lowQualScore : .... .. . .. . ........ .. ......................... ... ... . . .. .... ..... . ... . . . ... ... ........................................................................... .. . ..... .................. ...... .
lowQualScore : 1111 11 1 99 1 77777777 66 0000000000000000000000000 999 555 6 5 33 2222 00000 6 888 6 6 2 555 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 66666 444444444444444444 222222 1
consensus : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
Reference ( family-932 ) : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
gi|1 : TGACCAG----GGTTTTC--TA-TG--T-A-GATG---CA--AACAGAAT------G---C----A-----CCACATTGCT---TAAATTGAAAATTACACGAGCAG-AAGATG--AAAT----A-----AA-T---TGTCAGA-TCTAACCCGGT----TTAAAACAA-TTAC-------TG-TAAA-AA-----AGTTGT------------T-A--GTA-CAACATATAC--A-----TCTACAT-TATGTATATAAAAAA---------------T--CT-----GATTACGACATTCATTCCAGATTAAATCTGT
gi|10 : tcAG----GGTTTTC--CA-TG------G--G---TACAAACA---T------G---A----------------TGCT---T-----------CACTCATGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-A---TGTCAAA-GCTTATT--GTG---GCAAAACAA-TAAC-------TA-T-AA-AT------GTT-T----------G-T-T--ATA---------------------T-ACT-TATG-----GGAAAA---------------T--CC-----TAATGTGATGCCCATGCCAGAC
gi|11 : gatatctggagatggtctggagTGGCCAGACCAGTTTTTTTACA-TG--T-A-T--A---TACAAACT---T------G---ATAG-G-----TCACACAGCC---CA--TTGAAAATTATCTGTACTGAAAAATA--AATC----A-----CA-T---CGTCCAA-ACTGACA--G------CAAAA---------------TG-T-----------------------------T-T--GTA-C--C-TG--C--A---------GGT-TA--------GGTGA---------------A--CC-----AAACCTGACAACTGTACCGACCTGTGTCTATagaggc
gi|12 : ---T------G---G----G-----TCACATTGCT---TG--CTGAAAAT-------------AAATA----------------TACT---TGTTACA-GC------------------A--A-TAGC-------T--TAAA-A------AGTTCT------------T-T--GTA-CA-T-T---T--A-----TCT-AAT-TGCA-----GAGAAA------------------TC-----AAATACGACATCCATTCCAGACTGAGTCTATt
gi|13 : tctagtcaggctttcaacacatttggA-TG--T-A--------TG--AATA---T------A---ATAG-A-----TCAAATTTCT----A--TTGAAAACT--TC-TGCAG-CATATA--AGTT----G-----TT-T---TCTCAAA-GTTAACC--GTA---ACAAAAA-G-TAAT-------TA-CAAA-A-------GTTGTCACTTTTTTGG-T-TT-GTG-C--C-TA--C--A-----TCT-AAT-TATG-----GG-AAA---------------A--Ccgtcaaactaagaaat
gi|14 : gtttcatacat---TA--TTAAGATTTATTTGTGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGAGC--ATGATGTCAAAAC-AGTAACAGTTTACTG-TAAA-A-------GCCAT----------GAT-T--ATAGC--C-TTG-C--A-----TTC-TAA-TATG-----GGGAAA---------------A--CT-----GAATGCGACATTCATTCCAGACTAAGTCTt
gi|15 : cATATTGTT---TA--TTGAAAATTACTTATGCTG-GAAATA--AATC----ATAAATTA-T---TGTCAAA-GCTGATC--GTG---TCAAAACGA-AAAC-------TG-TAAA--------AGTTGT-----------------------------------------T-TAG-TATT-----GGGAAA---------------ACTCT-----GTATGT--CACCCATTCTAGATCAA
gi|16 : atcatcctgctggtaatGGCCAA----GTG---C--CA-TA--T-G-T--G---GA--AATG---T------G---ACGG-G-----TCATACTGCC---TT--TTAAAGATAACATGAGCAG-AAAAAAGTAATTACCGG-----TA-T---GGGCAAA-ACCAAAT--GTG---
gi|17 : ggcatgggtattatccagaactggtcaG----GTTTTTC--AA-TT--TTA-G--G---TACCAGCC---T------GCTGG----G-----TGACATTTCA---TT--TTGAAAGTTACTCCAGAAGGAAAATA--AATT----G-----TA-T---GGTCAAA-TTTGATT--GTG---TCAAGAC-A-TGA------------AAT-GT-----ATTTGT------------T-T--GTA-acggccattcttgactaa
gi|18 : cctggtctagacagTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACGCT-T------G---ACAG-A-----TGACATTGCT---TA------AAAGTACCCATGCAG-AAAATA--AATT----T-----TA-TGCATGAGAAA---TGAAC--GTG---TCAAACCTA-TAAC-------
gi|19 : T---TA--TTGAAAATTACACATGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-AAGGATC--GTA---TCAAAATGG-TTAC----------TAAA-GC-------TTGT----------A---T--GT--C--C-C---CATA-----TCT-AAT-TATG-----GGGAAA---------------T--CC-----AAggccaatattttgcacgta
gi|2 : t---A----G-----TTGTGTTGCA---TC--TTAAAAATTGCTCATGCAG-AAAATA--AATG----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGATC--CTG---AGAAAACAA-TGAC-------TG-TAAA--------AATTAT------------T-T------C--C-TA--T--A-----TCT-AAT-CATT-----TGGAAAGCTTATGTGATTGACA--CCCATTTGAGTG--ACACCCATTCCGGACCAAGTttat
gi|20 : ataaacaatacacagaactgataaagcctggtttttTTTTTC--CA-TT--T-C-G--A---TATAAACA---T------G---ATAG-G-----TAACATTTCC---TA--TCGGAAATGGCTCTTGCAA-AAAATA--AACT----G-----TC-T---TGTCAAA-GC-G-----GTG---TCAAAAT-AGTAAC-------TG-
gi|21 : tTT----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGACC--ACA---TCAAATCTA-TAAC-------AG-TGAA----------TTTA----------G-T-T--GTA-C--------C--A-----TCT-TAT-TATT-----TTGCAA---------------A--CC-----AAATGCAACAATTATATCTGACAATGTCTATaatgtt
gi|22 : AATA--AACT----A-----TA-T---TTTCTAA-GCTGAAC--GTG---TCAAAACAA-TGGC-------GG-CAGA-------------T----------A-T-T--ATA-------------AAAAT-TAG-AAT-TACG-----GGTAAA---------------A--CT-----ACATGTGACATTTATTCCAGACTAAt
gi|23 : ATA--AATTATT-G-----TA-T---TGTCAAA-GCT---C---TG---CCAA------------------G-TAA----------GTTGT------------T-A--GTA-C--C-T------A-----CCT-ATC-CATG-----GAAAGT---------------A--AC-----ACATGCAACACCCATTCTGGATTAAATCTATa
gi|24 : TGATCAT----GGTTTTC--CG-TG--T-A-G--G---TA--AAAA---CAGAAG-G---A----A-----CCAAATTCAT---TT--TTGAAAATT-CTCTTGCA--ACAATT--AATG----G-----CA-T---TGTCAAA-GCTAACC--TTG---TCtcat
gi|25 : AAATA--ACAT----G-----TT-T---TATTAAA-GCTGACT--ATG---TCCAAAT-AATAAC----------TAAA-AT-----AATTAT----------GTT-T--CTG-T--C-TG--C--A-----TCT-AAT-TATG-----AGGAAA---------------T--CT-----CAATATGACACCta
gi|26 : --GTG---CCAAAAC-AATAAC-------TG--AGA-A------AATTAT----------T-T-T--TTA-C--C-TT--C--A-----TCT-GTT-TATT-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGTAACACCTATTCAGGA
gi|27 : tTGATCAT----ATTTTTC--TA-T---T-A-G--GAA-CA--AACAAAAT------G---G----G-----TCACATTGTT---TA--TTGCAAATTACTTATGCAG-CAAATat
gi|28 : tgatcTGACCGG----GGTTTGT--CA-TG--T-A-G--A---TACAAATA---T------G---ATTG-G-----TCACATTGCT---TT--TTGAAAAg
gi|29 : gatgtttggaactacccTTTAC--CA-TG--T-ATGT-G---TA--CACA---TTT----G---ATAG-A-----CCATATTGTT---AA--TTAAAATTTATCCATGCAG-AAAA
gi|3 : TGGCCAG----GTTTTTC--TA-TG--T-A-A--GCTTTT--AACA---T------G---A-------------TATGGCA---CA--TTGACAATTACTTGTGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-T---TGTCAAA-G-----C--ATG---TCAAAAA-AGTAAT-------TG-TAAACAC-----GGT---------------T-T--GTA-C--C-A---A--A-----GTA-CATGTATA-----GAGATA---------------A--CC-----AAATATGGCCTCCATTTTGGACTAAATGTA
gi|4 : gataccttaatcaagaaattgtcTTATTC--TA-GA--T-A-G--G---TA--CACA---T------GTG-ATTTTG-----TTACAATGCC---TA--TTGAAAATTACTC-----------------TT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCCGGCC--TTG---TCAAAGT---TGGC-------TG-TAAA--------AGTTGC------------T-T--GTA-C--T-TG--C--ACATATTTT-AAT-TATA-----G---AA---------------A--TC-----ATATATAATACCCATTCCGGACTATATCTA
gi|5 : taagtgatatccgaatctagacttgcctacTGGCCAG----GTTCTTA--GA-TG--T-G-G--G---TA--AATA---T------G---A----G-----TCATGTTGCC---CA--TTGAAAATTACTTGTGCAG-AAAAAA--TATT----G-----CT-T---TGTCAAA-GTTGACC--TCG---TCAAAAC-A-TAGC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-TG-GTA-C--CTT---C--A-----TCT-TAT-TATG-----GAGAAA---------------A--CC-----AAATGTGACACCCATTCTGGGCTAAGTCTAT
gi|6 : TGGACAG----GTTTTTA--AA-TAATT-A-C--T---TAT-AAGA---T------G---A----G-----TCACTTTGCT---TG--TTGAACATTGCTCGTGTTG-AAAGTG--GTTT----G-----TA-T---TGTCAAATGC-AACA--GTG---TATAAGC-A-GAAC-------GG-T--A-AT-----ATTTGA----------G-TCT--GT--------------A-----TCT-TGT-TTTG-----GCGGAA---------------A--TC-----AAATGCGAAACCCATTCTGAACACAATCTAT
gi|7 : CCAG----GTTTTTT--CAATA--T-G-T--G---TA--AAAA---TTTGATAG---A----T-----TCACATT--T---TA--TAGAAAATGACTTGTGCGG-AAAATA--AATT----G-----GG-T---TGTCCAA-ACAGAAC--ATA---TCAAAAT-AGTAA--------TGCTGAA-AT-------TTGT------------T-T--GTA-C--C-T---
gi|8 : ataacagatgaccttcagaactggtcaaaGACCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACA---C------T---A----GGTAGATCACATTGCTTTATA--CAGAAAATTACTTGCGTTG-AAAATA--AACT----G--------T---TGTCAAA-GCCGACC--TTT---TCAAAAC-T-T-------------------T-----AATGGT----------G-T-TTGGTA-C--C-T---gttattgccaagtacatg
gi|9 : gatatcctaaactagagTGATCAG----GTTTA-A--CA-TG--T-G-GT-G---CA--AGCA---T------GCAAG----G-----CCACATGACT---TG--TTGAAATTAACTTGTGCTA-AAAACA--AGTT----G-----TA-T---AGTCTTA-GGTGACT--ATG---TCAAAACTA-TAGC-------GG-TGAA-ATCGTAAAATTGT----------C-T-T---TA-C--A-T---C--C-----TTT-TAC-Tactggtactgtacatatactgagatccaa
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111111
lowQualScore : 6666 33 2 22 2 99999999 66 4444444444444444444444444 222 222 3 3 22 6666 44444 1 222 1 1 2 333 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 55555 666666666666666666 888888 2
lowQualScore : .... .. . .. . ........ .. ......................... ... ... . . .. .... ..... . ... . . . ... ... ........................................................................... .. . ..... .................. ...... .
lowQualScore : 1111 11 1 99 1 77777777 66 0000000000000000000000000 999 555 6 5 33 2222 00000 6 888 6 6 2 555 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 66666 444444444444444444 222222 1
consensus : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
Reference ( family-932 ) : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
gi|1 : TGACCAG----GGTTTTC--TA-TG--T-A-GATG---CA--AACAGAAT------G---C----A-----CCACATTGCT---TAAATTGAAAATTACACGAGCAG-AAGATG--AAAT----A-----AA-T---TGTCAGA-TCTAACCCGGT----TTAAAACAA-TTAC-------TG-TAAA-AA-----AGTTGT------------T-A--GTA-CAACATATAC--A-----TCTACAT-TATGTATATAAAAAA---------------T--CT-----GATTACGACATTCATTCCAGATTAAATCTGT
gi|10 : tcAG----GGTTTTC--CA-TG------G--G---TACAAACA---T------G---A----------------TGCT---T-----------CACTCATGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-A---TGTCAAA-GCTTATT--GTG---GCAAAACAA-TAAC-------TA-T-AA-AT------GTT-T----------G-T-T--ATA---------------------T-ACT-TATG-----GGAAAA---------------T--CC-----TAATGTGATGCCCATGCCAGAC
gi|11 : gatatctggagatggtctggagTGGCCAGACCAGTTTTTTTACA-TG--T-A-T--A---TACAAACT---T------G---ATAG-G-----TCACACAGCC---CA--TTGAAAATTATCTGTACTGAAAAATA--AATC----A-----CA-T---CGTCCAA-ACTGACA--G------CAAAA---------------TG-T-----------------------------T-T--GTA-C--C-TG--C--A---------GGT-TA--------GGTGA---------------A--CC-----AAACCTGACAACTGTACCGACCTGTGTCTATagaggc
gi|12 : ---T------G---G----G-----TCACATTGCT---TG--CTGAAAAT-------------AAATA----------------TACT---TGTTACA-GC------------------A--A-TAGC-------T--TAAA-A------AGTTCT------------T-T--GTA-CA-T-T---T--A-----TCT-AAT-TGCA-----GAGAAA------------------TC-----AAATACGACATCCATTCCAGACTGAGTCTATt
gi|13 : tctagtcaggctttcaacacatttggA-TG--T-A--------TG--AATA---T------A---ATAG-A-----TCAAATTTCT----A--TTGAAAACT--TC-TGCAG-CATATA--AGTT----G-----TT-T---TCTCAAA-GTTAACC--GTA---ACAAAAA-G-TAAT-------TA-CAAA-A-------GTTGTCACTTTTTTGG-T-TT-GTG-C--C-TA--C--A-----TCT-AAT-TATG-----GG-AAA---------------A--Ccgtcaaactaagaaat
gi|14 : gtttcatacat---TA--TTAAGATTTATTTGTGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGAGC--ATGATGTCAAAAC-AGTAACAGTTTACTG-TAAA-A-------GCCAT----------GAT-T--ATAGC--C-TTG-C--A-----TTC-TAA-TATG-----GGGAAA---------------A--CT-----GAATGCGACATTCATTCCAGACTAAGTCTt
gi|15 : cATATTGTT---TA--TTGAAAATTACTTATGCTG-GAAATA--AATC----ATAAATTA-T---TGTCAAA-GCTGATC--GTG---TCAAAACGA-AAAC-------TG-TAAA--------AGTTGT-----------------------------------------T-TAG-TATT-----GGGAAA---------------ACTCT-----GTATGT--CACCCATTCTAGATCAA
gi|16 : atcatcctgctggtaatGGCCAA----GTG---C--CA-TA--T-G-T--G---GA--AATG---T------G---ACGG-G-----TCATACTGCC---TT--TTAAAGATAACATGAGCAG-AAAAAAGTAATTACCGG-----TA-T---GGGCAAA-ACCAAAT--GTG---
gi|17 : ggcatgggtattatccagaactggtcaG----GTTTTTC--AA-TT--TTA-G--G---TACCAGCC---T------GCTGG----G-----TGACATTTCA---TT--TTGAAAGTTACTCCAGAAGGAAAATA--AATT----G-----TA-T---GGTCAAA-TTTGATT--GTG---TCAAGAC-A-TGA------------AAT-GT-----ATTTGT------------T-T--GTA-acggccattcttgactaa
gi|18 : cctggtctagacagTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACGCT-T------G---ACAG-A-----TGACATTGCT---TA------AAAGTACCCATGCAG-AAAATA--AATT----T-----TA-TGCATGAGAAA---TGAAC--GTG---TCAAACCTA-TAAC-------
gi|19 : T---TA--TTGAAAATTACACATGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-AAGGATC--GTA---TCAAAATGG-TTAC----------TAAA-GC-------TTGT----------A---T--GT--C--C-C---CATA-----TCT-AAT-TATG-----GGGAAA---------------T--CC-----AAggccaatattttgcacgta
gi|2 : t---A----G-----TTGTGTTGCA---TC--TTAAAAATTGCTCATGCAG-AAAATA--AATG----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGATC--CTG---AGAAAACAA-TGAC-------TG-TAAA--------AATTAT------------T-T------C--C-TA--T--A-----TCT-AAT-CATT-----TGGAAAGCTTATGTGATTGACA--CCCATTTGAGTG--ACACCCATTCCGGACCAAGTttat
gi|20 : ataaacaatacacagaactgataaagcctggtttttTTTTTC--CA-TT--T-C-G--A---TATAAACA---T------G---ATAG-G-----TAACATTTCC---TA--TCGGAAATGGCTCTTGCAA-AAAATA--AACT----G-----TC-T---TGTCAAA-GC-G-----GTG---TCAAAAT-AGTAAC-------TG-
gi|21 : tTT----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGACC--ACA---TCAAATCTA-TAAC-------AG-TGAA----------TTTA----------G-T-T--GTA-C--------C--A-----TCT-TAT-TATT-----TTGCAA---------------A--CC-----AAATGCAACAATTATATCTGACAATGTCTATaatgtt
gi|22 : AATA--AACT----A-----TA-T---TTTCTAA-GCTGAAC--GTG---TCAAAACAA-TGGC-------GG-CAGA-------------T----------A-T-T--ATA-------------AAAAT-TAG-AAT-TACG-----GGTAAA---------------A--CT-----ACATGTGACATTTATTCCAGACTAAt
gi|23 : ATA--AATTATT-G-----TA-T---TGTCAAA-GCT---C---TG---CCAA------------------G-TAA----------GTTGT------------T-A--GTA-C--C-T------A-----CCT-ATC-CATG-----GAAAGT---------------A--AC-----ACATGCAACACCCATTCTGGATTAAATCTATa
gi|24 : TGATCAT----GGTTTTC--CG-TG--T-A-G--G---TA--AAAA---CAGAAG-G---A----A-----CCAAATTCAT---TT--TTGAAAATT-CTCTTGCA--ACAATT--AATG----G-----CA-T---TGTCAAA-GCTAACC--TTG---TCtcat
gi|25 : AAATA--ACAT----G-----TT-T---TATTAAA-GCTGACT--ATG---TCCAAAT-AATAAC----------TAAA-AT-----AATTAT----------GTT-T--CTG-T--C-TG--C--A-----TCT-AAT-TATG-----AGGAAA---------------T--CT-----CAATATGACACCta
gi|26 : --GTG---CCAAAAC-AATAAC-------TG--AGA-A------AATTAT----------T-T-T--TTA-C--C-TT--C--A-----TCT-GTT-TATT-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGTAACACCTATTCAGGA
gi|27 : tTGATCAT----ATTTTTC--TA-T---T-A-G--GAA-CA--AACAAAAT------G---G----G-----TCACATTGTT---TA--TTGCAAATTACTTATGCAG-CAAATat
gi|28 : tgatcTGACCGG----GGTTTGT--CA-TG--T-A-G--A---TACAAATA---T------G---ATTG-G-----TCACATTGCT---TT--TTGAAAAg
gi|29 : gatgtttggaactacccTTTAC--CA-TG--T-ATGT-G---TA--CACA---TTT----G---ATAG-A-----CCATATTGTT---AA--TTAAAATTTATCCATGCAG-AAAA
gi|3 : TGGCCAG----GTTTTTC--TA-TG--T-A-A--GCTTTT--AACA---T------G---A-------------TATGGCA---CA--TTGACAATTACTTGTGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-T---TGTCAAA-G-----C--ATG---TCAAAAA-AGTAAT-------TG-TAAACAC-----GGT---------------T-T--GTA-C--C-A---A--A-----GTA-CATGTATA-----GAGATA---------------A--CC-----AAATATGGCCTCCATTTTGGACTAAATGTA
gi|4 : gataccttaatcaagaaattgtcTTATTC--TA-GA--T-A-G--G---TA--CACA---T------GTG-ATTTTG-----TTACAATGCC---TA--TTGAAAATTACTC-----------------TT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCCGGCC--TTG---TCAAAGT---TGGC-------TG-TAAA--------AGTTGC------------T-T--GTA-C--T-TG--C--ACATATTTT-AAT-TATA-----G---AA---------------A--TC-----ATATATAATACCCATTCCGGACTATATCTA
gi|5 : taagtgatatccgaatctagacttgcctacTGGCCAG----GTTCTTA--GA-TG--T-G-G--G---TA--AATA---T------G---A----G-----TCATGTTGCC---CA--TTGAAAATTACTTGTGCAG-AAAAAA--TATT----G-----CT-T---TGTCAAA-GTTGACC--TCG---TCAAAAC-A-TAGC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-TG-GTA-C--CTT---C--A-----TCT-TAT-TATG-----GAGAAA---------------A--CC-----AAATGTGACACCCATTCTGGGCTAAGTCTAT
gi|6 : TGGACAG----GTTTTTA--AA-TAATT-A-C--T---TAT-AAGA---T------G---A----G-----TCACTTTGCT---TG--TTGAACATTGCTCGTGTTG-AAAGTG--GTTT----G-----TA-T---TGTCAAATGC-AACA--GTG---TATAAGC-A-GAAC-------GG-T--A-AT-----ATTTGA----------G-TCT--GT--------------A-----TCT-TGT-TTTG-----GCGGAA---------------A--TC-----AAATGCGAAACCCATTCTGAACACAATCTAT
gi|7 : CCAG----GTTTTTT--CAATA--T-G-T--G---TA--AAAA---TTTGATAG---A----T-----TCACATT--T---TA--TAGAAAATGACTTGTGCGG-AAAATA--AATT----G-----GG-T---TGTCCAA-ACAGAAC--ATA---TCAAAAT-AGTAA--------TGCTGAA-AT-------TTGT------------T-T--GTA-C--C-T---
gi|8 : ataacagatgaccttcagaactggtcaaaGACCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACA---C------T---A----GGTAGATCACATTGCTTTATA--CAGAAAATTACTTGCGTTG-AAAATA--AACT----G--------T---TGTCAAA-GCCGACC--TTT---TCAAAAC-T-T-------------------T-----AATGGT----------G-T-TTGGTA-C--C-T---gttattgccaagtacatg
gi|9 : gatatcctaaactagagTGATCAG----GTTTA-A--CA-TG--T-G-GT-G---CA--AGCA---T------GCAAG----G-----CCACATGACT---TG--TTGAAATTAACTTGTGCTA-AAAACA--AGTT----G-----TA-T---AGTCTTA-GGTGACT--ATG---TCAAAACTA-TAGC-------GG-TGAA-ATCGTAAAATTGT----------C-T-T---TA-C--A-T---C--C-----TTT-TAC-Tactggtactgtacatatactgagatccaa
blockSeqs : ACCA TA A AT T AGCTT CA TGTGATTTTG TTA A A A GT ACCG TAAAT C GCA T T T G ATG AGTAATTACAAAAGTTGTCACTTTTTTGGTTTGTGCCTACA A G . GCTTATGTGATTGACA CATTTG T
blockSeqs : . . . . . GGAA CA TTTGATAGAT . G G G . ATT . . . . T C G . CAGTAACAGTTTACTGTAAAAGCCATGATTATAGCCTTGCA G . . ACT T T
blockSeqs : . . . . . TGTG CC CTTGACAGA . A G . . . . . . . T C G . CTATAGCGGTGAAATCGTAAAATTGTCTTTACATCC A . . T A C
blockSeqs : . . . . . GTG TA CAGAAGGAA . A A . . . . . . . T G A . TTGGCTGTAAAAGTTGCTTGTACTTGCACATAT A . . A A C
blockSeqs : . . . . . GG CA TTTGATAGA . A G . . . . . . . T T G . CATAGCTGTAAAATAGTTGTGTTGGTACCTTCA T . . A G T
blockSeqs : . . . . . TA T CTAGGTAGA . T C . . . . . . . C A G . TAATAACTAAAATAATTATGTTTCTGTCTGCA T . . A G C
blockSeqs : . . . . . TG . TGATAGG . T A . . . . . . . T T G . CAATAACTGAGAAAATTATTTTTTACCTTCA A . . T A T
blockSeqs : . . . . . GG . TAATAGA . A A . . . . . . . T A G . AAGTAATTGTAAACACGGTTTGTACCAAA A . . A A C
blockSeqs : . . . . . GG . TGACGGG . A A . . . . . . . G T G . ATAGCTTAAAAAGTTCTTTGTACATTTA T . . A A T
blockSeqs : . . . . . GA . TGCTGGG . C T . . . . . . . T T C . TGGTTACTAAAGCTTGTATGTCCCCATA A . . A A T
blockSeqs : . . . . . GG . TGATAGG . A T . . . . . . . T C G . CAATGACTGTAAAAATTATTTCCTATA A . . T C T
blockSeqs : . . . . . GA . AAATGGG . T A . . . . . . . T A A . CTATAACAGTGAATTTAGTTGTACCA A . . A G T
blockSeqs : . . . . . GG . TGATTGG . A A . . . . . . . T C G . CAATGGCGGCAGATATTATAAAAAT G . . A A T
blockSeqs : . . . . GG . TGCAAGG . T G . . . . . . . T C T . CAGAACGGTAATATTTGAGTCTGTA C . . A A C
blockSeqs : . . . . CT . TGGG . A G . . . . . . . T C A . CAATAACTATAAATGTTTGTTATA A . . A A .
blockSeqs : . . . . TG . TGAG . A G . . . . . . . C C G . CGAAAACTGTAAAAGTTGT T . . A A
blockSeqs : . . . . GG . TGAG . A G . . . . . . . T C A . GTAAGTTGTTAGTACCTA T . . .
blockSeqs : . . . . . TGA . A G . . . . . . . A A T . TGTTTGTACCTGCA T .
blockSeqs : TGA . G G . . . . . . . C C T .
blockSeqs : . A . . . . . . . . T C G .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GG****** A** G** N* *****
originalCons : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
finalCons : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-AGG------TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACCG--TG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCTN-AT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111111
lowQualScore : 6666 33 2 22 2 99999999 66 4444444444444444444444444 222 222 3 3 22 6666 44444 1 222 1 1 2 333 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 55555 666666666666666666 888888 2
lowQualScore : .... .. . .. . ........ .. ......................... ... ... . . .. .... ..... . ... . . . ... ... ........................................................................... .. . ..... .................. ...... .
lowQualScore : 1111 11 1 99 1 77777777 66 0000000000000000000000000 999 555 6 5 33 2222 00000 6 888 6 6 2 555 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 66666 444444444444444444 222222 1
consensus : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
Reference ( family-932 ) : TGGCCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--AACA---T------G---A----G-----TCACATTGCT---TA--TTGAAAATTACTCGTGCAG-AAAATA--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGACC--GTG---TCAAAAC-A-TAAC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-T--GTA-C--C-T---C--A-----TCT-NAT-TATG-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGCGACACCCATTCCGGACTAAGTCTAT
gi|1 : TGACCAG----GGTTTTC--TA-TG--T-A-GATG---CA--AACAGAAT------G---C----A-----CCACATTGCT---TAAATTGAAAATTACACGAGCAG-AAGATG--AAAT----A-----AA-T---TGTCAGA-TCTAACCCGGT----TTAAAACAA-TTAC-------TG-TAAA-AA-----AGTTGT------------T-A--GTA-CAACATATAC--A-----TCTACAT-TATGTATATAAAAAA---------------T--CT-----GATTACGACATTCATTCCAGATTAAATCTGT
gi|10 : tcAG----GGTTTTC--CA-TG------G--G---TACAAACA---T------G---A----------------TGCT---T-----------CACTCATGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-A---TGTCAAA-GCTTATT--GTG---GCAAAACAA-TAAC-------TA-T-AA-AT------GTT-T----------G-T-T--ATA---------------------T-ACT-TATG-----GGAAAA---------------T--CC-----TAATGTGATGCCCATGCCAGAC
gi|11 : gatatctggagatggtctggagTGGCCAGACCAGTTTTTTTACA-TG--T-A-T--A---TACAAACT---T------G---ATAG-G-----TCACACAGCC---CA--TTGAAAATTATCTGTACTGAAAAATA--AATC----A-----CA-T---CGTCCAA-ACTGACA--G------CAAAA---------------TG-T-----------------------------T-T--GTA-C--C-TG--C--A---------GGT-TA--------GGTGA---------------A--CC-----AAACCTGACAACTGTACCGACCTGTGTCTATagaggc
gi|12 : ---T------G---G----G-----TCACATTGCT---TG--CTGAAAAT-------------AAATA----------------TACT---TGTTACA-GC------------------A--A-TAGC-------T--TAAA-A------AGTTCT------------T-T--GTA-CA-T-T---T--A-----TCT-AAT-TGCA-----GAGAAA------------------TC-----AAATACGACATCCATTCCAGACTGAGTCTATt
gi|13 : tctagtcaggctttcaacacatttggA-TG--T-A--------TG--AATA---T------A---ATAG-A-----TCAAATTTCT----A--TTGAAAACT--TC-TGCAG-CATATA--AGTT----G-----TT-T---TCTCAAA-GTTAACC--GTA---ACAAAAA-G-TAAT-------TA-CAAA-A-------GTTGTCACTTTTTTGG-T-TT-GTG-C--C-TA--C--A-----TCT-AAT-TATG-----GG-AAA---------------A--Ccgtcaaactaagaaat
gi|14 : gtttcatacat---TA--TTAAGATTTATTTGTGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCTGAGC--ATGATGTCAAAAC-AGTAACAGTTTACTG-TAAA-A-------GCCAT----------GAT-T--ATAGC--C-TTG-C--A-----TTC-TAA-TATG-----GGGAAA---------------A--CT-----GAATGCGACATTCATTCCAGACTAAGTCTt
gi|15 : cATATTGTT---TA--TTGAAAATTACTTATGCTG-GAAATA--AATC----ATAAATTA-T---TGTCAAA-GCTGATC--GTG---TCAAAACGA-AAAC-------TG-TAAA--------AGTTGT-----------------------------------------T-TAG-TATT-----GGGAAA---------------ACTCT-----GTATGT--CACCCATTCTAGATCAA
gi|16 : atcatcctgctggtaatGGCCAA----GTG---C--CA-TA--T-G-T--G---GA--AATG---T------G---ACGG-G-----TCATACTGCC---TT--TTAAAGATAACATGAGCAG-AAAAAAGTAATTACCGG-----TA-T---GGGCAAA-ACCAAAT--GTG---
gi|17 : ggcatgggtattatccagaactggtcaG----GTTTTTC--AA-TT--TTA-G--G---TACCAGCC---T------GCTGG----G-----TGACATTTCA---TT--TTGAAAGTTACTCCAGAAGGAAAATA--AATT----G-----TA-T---GGTCAAA-TTTGATT--GTG---TCAAGAC-A-TGA------------AAT-GT-----ATTTGT------------T-T--GTA-acggccattcttgactaa
gi|18 : cctggtctagacagTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACGCT-T------G---ACAG-A-----TGACATTGCT---TA------AAAGTACCCATGCAG-AAAATA--AATT----T-----TA-TGCATGAGAAA---TGAAC--GTG---TCAAACCTA-TAAC-------
gi|19 : T---TA--TTGAAAATTACACATGTAG-AAAATG--AATT----G-----TA-T---TGTCAAA-AAGGATC--GTA---TCAAAATGG-TTAC----------TAAA-GC-------TTGT----------A---T--GT--C--C-C---CATA-----TCT-AAT-TATG-----GGGAAA---------------T--CC-----AAggccaatattttgcacgta
gi|2 : t---A----G-----TTGTGTTGCA---TC--TTAAAAATTGCTCATGCAG-AAAATA--AATG----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGATC--CTG---AGAAAACAA-TGAC-------TG-TAAA--------AATTAT------------T-T------C--C-TA--T--A-----TCT-AAT-CATT-----TGGAAAGCTTATGTGATTGACA--CCCATTTGAGTG--ACACCCATTCCGGACCAAGTttat
gi|20 : ataaacaatacacagaactgataaagcctggtttttTTTTTC--CA-TT--T-C-G--A---TATAAACA---T------G---ATAG-G-----TAACATTTCC---TA--TCGGAAATGGCTCTTGCAA-AAAATA--AACT----G-----TC-T---TGTCAAA-GC-G-----GTG---TCAAAAT-AGTAAC-------TG-
gi|21 : tTT----G-----TA-T---TGTCCAA-GGTGACC--ACA---TCAAATCTA-TAAC-------AG-TGAA----------TTTA----------G-T-T--GTA-C--------C--A-----TCT-TAT-TATT-----TTGCAA---------------A--CC-----AAATGCAACAATTATATCTGACAATGTCTATaatgtt
gi|22 : AATA--AACT----A-----TA-T---TTTCTAA-GCTGAAC--GTG---TCAAAACAA-TGGC-------GG-CAGA-------------T----------A-T-T--ATA-------------AAAAT-TAG-AAT-TACG-----GGTAAA---------------A--CT-----ACATGTGACATTTATTCCAGACTAAt
gi|23 : ATA--AATTATT-G-----TA-T---TGTCAAA-GCT---C---TG---CCAA------------------G-TAA----------GTTGT------------T-A--GTA-C--C-T------A-----CCT-ATC-CATG-----GAAAGT---------------A--AC-----ACATGCAACACCCATTCTGGATTAAATCTATa
gi|24 : TGATCAT----GGTTTTC--CG-TG--T-A-G--G---TA--AAAA---CAGAAG-G---A----A-----CCAAATTCAT---TT--TTGAAAATT-CTCTTGCA--ACAATT--AATG----G-----CA-T---TGTCAAA-GCTAACC--TTG---TCtcat
gi|25 : AAATA--ACAT----G-----TT-T---TATTAAA-GCTGACT--ATG---TCCAAAT-AATAAC----------TAAA-AT-----AATTAT----------GTT-T--CTG-T--C-TG--C--A-----TCT-AAT-TATG-----AGGAAA---------------T--CT-----CAATATGACACCta
gi|26 : --GTG---CCAAAAC-AATAAC-------TG--AGA-A------AATTAT----------T-T-T--TTA-C--C-TT--C--A-----TCT-GTT-TATT-----GGGAAA---------------A--CC-----GAATGTAACACCTATTCAGGA
gi|27 : tTGATCAT----ATTTTTC--TA-T---T-A-G--GAA-CA--AACAAAAT------G---G----G-----TCACATTGTT---TA--TTGCAAATTACTTATGCAG-CAAATat
gi|28 : tgatcTGACCGG----GGTTTGT--CA-TG--T-A-G--A---TACAAATA---T------G---ATTG-G-----TCACATTGCT---TT--TTGAAAAg
gi|29 : gatgtttggaactacccTTTAC--CA-TG--T-ATGT-G---TA--CACA---TTT----G---ATAG-A-----CCATATTGTT---AA--TTAAAATTTATCCATGCAG-AAAA
gi|3 : TGGCCAG----GTTTTTC--TA-TG--T-A-A--GCTTTT--AACA---T------G---A-------------TATGGCA---CA--TTGACAATTACTTGTGCAC-AAAATA--AATT----G-----TT-T---TGTCAAA-G-----C--ATG---TCAAAAA-AGTAAT-------TG-TAAACAC-----GGT---------------T-T--GTA-C--C-A---A--A-----GTA-CATGTATA-----GAGATA---------------A--CC-----AAATATGGCCTCCATTTTGGACTAAATGTA
gi|4 : gataccttaatcaagaaattgtcTTATTC--TA-GA--T-A-G--G---TA--CACA---T------GTG-ATTTTG-----TTACAATGCC---TA--TTGAAAATTACTC-----------------TT----G-----TA-T---TGTCAAA-GCCGGCC--TTG---TCAAAGT---TGGC-------TG-TAAA--------AGTTGC------------T-T--GTA-C--T-TG--C--ACATATTTT-AAT-TATA-----G---AA---------------A--TC-----ATATATAATACCCATTCCGGACTATATCTA
gi|5 : taagtgatatccgaatctagacttgcctacTGGCCAG----GTTCTTA--GA-TG--T-G-G--G---TA--AATA---T------G---A----G-----TCATGTTGCC---CA--TTGAAAATTACTTGTGCAG-AAAAAA--TATT----G-----CT-T---TGTCAAA-GTTGACC--TCG---TCAAAAC-A-TAGC-------TG-TAAA-AT-----AGTTGT----------G-T-TG-GTA-C--CTT---C--A-----TCT-TAT-TATG-----GAGAAA---------------A--CC-----AAATGTGACACCCATTCTGGGCTAAGTCTAT
gi|6 : TGGACAG----GTTTTTA--AA-TAATT-A-C--T---TAT-AAGA---T------G---A----G-----TCACTTTGCT---TG--TTGAACATTGCTCGTGTTG-AAAGTG--GTTT----G-----TA-T---TGTCAAATGC-AACA--GTG---TATAAGC-A-GAAC-------GG-T--A-AT-----ATTTGA----------G-TCT--GT--------------A-----TCT-TGT-TTTG-----GCGGAA---------------A--TC-----AAATGCGAAACCCATTCTGAACACAATCTAT
gi|7 : CCAG----GTTTTTT--CAATA--T-G-T--G---TA--AAAA---TTTGATAG---A----T-----TCACATT--T---TA--TAGAAAATGACTTGTGCGG-AAAATA--AATT----G-----GG-T---TGTCCAA-ACAGAAC--ATA---TCAAAAT-AGTAA--------TGCTGAA-AT-------TTGT------------T-T--GTA-C--C-T---
gi|8 : ataacagatgaccttcagaactggtcaaaGACCAG----GTTTTTC--CA-TG--T-A-G--G---TA--CACA---C------T---A----GGTAGATCACATTGCTTTATA--CAGAAAATTACTTGCGTTG-AAAATA--AACT----G--------T---TGTCAAA-GCCGACC--TTT---TCAAAAC-T-T-------------------T-----AATGGT----------G-T-TTGGTA-C--C-T---gttattgccaagtacatg
gi|9 : gatatcctaaactagagTGATCAG----GTTTA-A--CA-TG--T-G-GT-G---CA--AGCA---T------GCAAG----G-----CCACATGACT---TG--TTGAAATTAACTTGTGCTA-AAAACA--AGTT----G-----TA-T---AGTCTTA-GGTGACT--ATG---TCAAAACTA-TAGC-------GG-TGAA-ATCGTAAAATTGT----------C-T-T---TA-C--A-T---C--C-----TTT-TAC-Tactggtactgtacatatactgagatccaa