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Reference ( gi|6 ) : CATGAAATAGTTAAAACCTATAGGGCAAG--TACAGATGCATACATAAAACAAACACCATAA------GTAAGTTTATATGAGCATAACCATACAA-AC-TCTGTCAAATCCTTCATCGGGTACC--------TCAG----CGACAGA-----C---TGGTT---TAC--ATAATG--C-TGCA---A----AT---TGAAATAACC--AAC-ACATTT-AT-G-G--TG--TA-A--AA----------A--------A-CA-----A------A-AG-------------------AT-----------------CT--------------------------T-------------------C-----TC-------------ATTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GTT--C--A-----T-AGT--GCTT--G-TTTTAATACAC-GGC-------A---GT-TTTT--A-------T------------------------T-T---TC-------ACAACA-AT--CACA-G-T--GACTTAATTAC-CAAAAC-TCAG--CTCCTCA-TGAAAAC-ACTTCC---GGAACCAAAG-----T--T--TTCCAATCC--ATT-C-G----TGT-TTTG---AA------TT-CTT-TGCA-A----C----ATGC-A--T-----CAT-------TATGAGCTCACG--GCACTCACTTTTATA
gi|3 : ATGCAATAGGTAAAACTTATAGGACAAGCGTCCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCATTTATTAAGTGGTTCA--GGTTACCAGACCACGTCAG-----AACAGA-----C---AGGTT---TCT--GGTATG--C-TGCA---A----AA---TGAAATTACC--AAT-GTGTTT-TT-G-G--CA--TATA--AA----------A--------A-CAG----A------A-AG-------------------AT-----------------TTTTTTTAGTGTTTTTTTTTTAAAACTTT-------------------C-----TC--------------TCA---TT---ATTA--TT---CC---AGTCTCTT--A--A--T--G-------A-----T---T--GCTTTAG-TTTT--TA-GT-GG------------GT-TT------------T------------------------T-T---TC-------ACAACA-AT--CCAA-G-T--GACTTGATTCC-CAAAAT-TCGG--CTGTCCG-TGAAACC-ACTTCT---GGAGCT-ACGTT---T--T--TTTCAGTCT--GTC-A-G----TGT-TTGC---AA------TT-CTT-TTAA-A----C----ATGT-A------------------TACAAGCTCACT--GTGCTTGCT
gi|7 : tATGAATTAGGTAAAAGCTCTTAGGCAAA--CACAATCGCATTTATAAAACAAACACCATGA------ATAAGTTTATA-------AAT--------AC-TCGGTCAATTCCGTATTCGGGTACC--------TTCG----GAACAGA-----C---ATGTT---TAC--GGAATT--G-TGCT---G----AA---TGAGATTACC--AACTGTATTT--T-GCG--TA--TA-A--AA----------A------------------------------------------------------------------CT--------------------------T-------------------C-----CT-------------ATAG---TG---A-----------A---AGT-TTTT-----A--T--ACA--C--A-----TCAGT--TTTTTCG-TTTTA----------------------T-TT-------------------------------------------TC-------ACAAAA-AA--TACCTG-T--GACTTAATTGC-CAAAGT-ACGG--CTCCCCA-TGAAACC-AGTTCC---GGAACCAAGG-----T--C--TTTCAATCC--TTT-T-G----ataattatcat
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gi|21 : gaagaggtcaaaacattagtcttttataaaaacaaacatgacagattattaagactaccacttatttagtgagtcagggtaccagacaacttcagaacaataaaatcaaacataacagatgattaagactaccacttatttaagtgagtcagggtaccagaca--------TCAG----CAACA---------------T---TAC--ATA-------TA-A---A----ATACATGAGATTACC--AAC-ACAATT--T-G-A--C---TA-G--AA----------A--------AGCG-----A------T-AG-------------------GTTTTAATTTTTTTTTAAACT--------------------------T-------------------CCTT--TT-------------ATTA---TT---A-----TT---CC---AGGACGTT--A--A--T--GGT--C--AAACGGC-AGT--G--------TTTA----------------------T-TTTT--A-------T------------------------T-T---TT-------AAAATA-TT--CCCA-G-T--GACTAAAT--C-CAAAAA-T-GG--CTCCTCA-TG-AACC-ATTTCG---GGAATGAAGG-----T--T--TTTC----------------------TTGG---AG------TT-CTT-TTCA-A----C----atgttatgaatgaatgttaccatatgagcttgtgagctgtgttcactata
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gi|27 : cgaaaatctT-----------------CC--------------------------T-------------------C-----TC-------------ATTA---TT---A-----TT---CG---AGTTAGTT--A--A--A--GTT--C--A-----T-AAT--GCTT--G-ATTAAATAAAC-GGC-------A----T-TTTT--A-------C------------------------A-C---TT-------AC---------CCCA-G-T--GACCCAATTAC-CAAAAA--CAG--CTC-----------C-ACTTCC---TGAGCCAAGT-----T--T--TTTCAATCggttttctcatgcttcag
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|16 : aaaaacaTTAATATTC---C-------A--GTATC-------TT-------AA-----------------------T-----T-T---TC-------ATAATGA---T---------T--GTTTTAAT-ACAT--AGAAG-TTTGTTTTTCTGG-TTTCCCA-TGAAACCTCTTCT---------------------------A----ATCT--ATT-AGTGTTTTG---A----ATTATT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--T-----TTTTCCATAAAAAAAA--T-------TATCAA--CTG----GCT-----TTACTC-AC-tggtttcccatgaaacctcttctaatctattagtgttttgaattattttcaacatgcatttttccataaaaaaaattatcaactggctttactcacaactttggcaaaaatgtactagctattaagatttttttatttaatg
gi|17 : aaaaacaactaccaatgtgtatttggaggttggggcagaaaaacaaaagtttttaggctttttaaacttcctttcaTGT-TGT-A---A--ATA-A--TGA----GATTAATACCAATTTG---TAGTT-----T-T--AG---C--ATGG-------A--AAAA-CTTTTTGTTTT-A-A---------A-----------TT------------------AA---------------CT-------------T----------------C---CT-------------T----TTA---T----A-----TTGCGCC---AGTAT-TT--A--AATT--GTAT------TA-GC--AATTG-T-TGTAATACTC-GGC-------A--GT-TT-------TC-------A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA-------AC-A-AT--G------------------T-TT---------GG-CTTCACA-TGTAACCACTTTCTGAATCAAG---G--TT--TAT--C--AATAGATCT--GAT-TTTATTT-----------TTTTT-T----TC-AG----C----ATG-C-A--TATAACC--------------A----------TATGAG--CTT----GCT-----GTGCTC-AT-TCCTaactttggcaaaaatgtactagctattaagatttttttatttaatg
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-931 ) : NATGAAATAGGTAAAACCTATAGGGCAAGCG--CAGANGCATNCATAAAACAAACACCGTAA------GTAAGTTTATACGATCACAATCGTACA--AAC-TCGGTCAA----TTCCG-TCATCGGGT-ACC--------T-CAG-AA-CAGA-CAG--GTT---TACGG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCAACGCG---T--TT-----T-T--GG---C--GTA--------A--AAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GT------------------AT---------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GT-T--C--ATA-GT--GATTG-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA---C--CNC-A-GT--GACTTAATTAC-C--AAAAN-TC---------GG-CTCCCCA-TGAAACCACTTCCGGAACCAAG---G--TT--TTT--C--A----ATCC--GTT-AGTGTTTTG---A----ATTCTT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--T-----C--------------A--T-------TATGAG--CTC----GCT-T----TGCTC-GC-TCTTA
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gi|16 : aaaaacaTTAATATTC---C-------A--GTATC-------TT-------AA-----------------------T-----T-T---TC-------ATAATGA---T---------T--GTTTTAAT-ACAT--AGAAG-TTTGTTTTTCTGG-TTTCCCA-TGAAACCTCTTCT---------------------------A----ATCT--ATT-AGTGTTTTG---A----ATTATT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--T-----TTTTCCATAAAAAAAA--T-------TATCAA--CTG----GCT-T----TACTC-AC-tggtttcccatgaaacctcttctaatctattagtgttttgaattattttcaacatgcatttttccataaaaaaaattatcaactggctttactcacaactttggcaaaaatgtactagctattaagatttttttatttaatg
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|20 : gaagaggtcaaaacattagtcttttataaaaacaaacatgacagattattaagactaccacttatttagtgagtcagggtaccagacaacttcagaacaataaaatcaaacataacagatgattaagactaccacttatttaagtgaATACGAGCACAATTGTATT--AAC-TC----AT----TTCCC-TCATCAAGT-AT------------GG-AA-AAGA-CAG--GCTA--TCTGA---TATGT-CAC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCTAC------T--TT-----T-T--GC---C--AAG--------A--AAAA-T-----G-----A-C---------A-----------GTTTTTGA------------AT---------------TT-------------C----------------C---TC------------------TCA---TT---A-----TT---TC---AGTGTGTT--A--A--T--GT-T--TTTATA-GT--CATTC-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------AT-------A------------------------T-----T-T---TC-------CCAA-AA---C--CTA-A-GC--AGCTAAATTAC-C--ata
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gi|22 : tatcgtcagcaacattacatataaaatacT---TACA----TATACATGC-A---G--ATGTA--CGG----GATTA---CCAACGCG---T--TT-----T-T--GG---C--GAA--------ATAAAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GTTGCT--------------AA---------------CT-------------T----------------T---CC-------------G----TCA---TTCAAA-----TT---CC---GATATATTGTA--A--TT-GT-T--TTTATA--C--GCTAG-T-ATTG-TACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TT-------GCAAC-A---C--CTCAA-GT--AACTAAATTAA-A--ATAAA-TT---------GG-CTTCCCA-CGAAACCA
gi|23 : attttattcttattttacgcgtagacgTTTT--A--A--C---T-C--C--ATAAGA--GAT-G-T-TTTAATACAC-GCA-------A--TT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TTTTATTTTACAACAA---T--CCG-A-GT--GACTAAATAAC-A--AAAAA-AC---------GA-CTCCCGA-TGAAACAACTTGCGGAACCAA----G--TT--TTT--C--A----GTCC--GTG-AGTGTTTTA---A----ATTCC-----------A----C----ATG-C-A--T-----G--------------A--TAAAC---TATAGG--CTC----GCA-T----AGTTC-AC-TCTTAggtaatgtttg
gi|24 : tggatgtgagaaaactattataaaggatcttatctaaaact-C-----G-----A-A---------A-----------AT------------------CTT--------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----ATA---TT---A-----TT---CC---AGTATC----AG-A--T--TT-T--C--ATA-TT--GATTG-C-TTTAATACAT-GGC-------A--GT-TT-------TA-------A------------------------T-----T-T---TT-------AGAGCAA---T--CGC-A-TC--GACTTAATTAC-C--AATGT-TC---------AG-CTCCCCA-TGAAATCACTTCC--------A---G--TA--TTT--C--A----ATCT-------GTATTTTG---A----GTTATT-T----T--AA----CTATTGTA-T-A--T-----T--------------A--TCA-----TATCAG--CTC----GGT-T----TTCTC-AT-GCTT
gi|25 : ---TATGC-TGC-A---A--A---AAATAA----GATTA---TCAATGTG---T--TT-----T-------------------------------------------------------------------GT-------------------T---------------TT-------------T----------------T---TC-------------AACTTCTA---TC---A-----TT---T------TTTTTT--A--A--T----------------T--GATTG-C-TTTAAAATAG-AGC-------A--TT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TA-------ACAACAA---C--CAA-A-GT-----TTGATC-C-C--AAA--------------------------------------GAAACCAAG---A--TT--TT------A----ACCC--ATT-TGTGATTTGCTTA----A---TT-T----TT-AA----C----ATG-C-C--TGTTA-C--------------G--A-------TATGTG--CTT----AGT-T----TGCTT-Gcag
gi|26 : ---------------CT-------------T----------------C---CT-------------A----TCA---TTCAAG-----TT---CC---TGTATTTC--A--G--T--TT-T--C----------GATTG-T-TTTAATACAT-GGC-------A--GT-TC-------TT-------ATATGTATACATGGCATATCTAATAT-----T-T---TC-------ACAGCAA---C--CGC-A-ATCAGACTTGATTAC-C--AAA--------------------------GAAACCACTTCCAGAACCAGC---T--TT--CTT--T--C----CTAC--ATT-A-TGTTTTtgc
gi|27 : T---------------CC-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CG---AGTTAGTT--A--A--A--GT-T--C--ATA-AT--GCTTG-A-TTAAATAAAC-GGC-------------------------------A------------------------T-----T-T---TT-------ACACTTA---C--CCC-A-GT--GACCCAATTAC-C--AAAAA--C---------AG-CT-----------CCACTTCCTGAGCCAAG---T--TT--TTT--C--A----ATCcgtgaaaatgatttacatatctcatt
gi|28 : tattgccaaagcttagtttaagtgcttgaccttgataaacgaaagtttttaaagtgttctT------------------AA---------------CT-------------T----------------C---CT-------------A----TCA---TTTAAA-----TT---AC---GGCATCTT--C--A--T--TT-T--C--ACA-GT--GATTA-T-TTCAATGCAT-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TC-------ATAACAA---CTGCAC-A-GC--AAATTTATTAC-C--AAAGT-TT---------GG-CTCCTCA-TGTAACCACTTCCGGAAGCAAG---G--TT--CTT--C--A----ATCT--GAG-AGTACTTTG---T----ATTGTT-C----TC-AA----g
gi|29 : t--GTT---GACAG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCTGAGTGGTTT--TT-----T-T--TG---C--CTA--------G--TAAG-T-----G-----A-A---------A-----------GT------------------AT---------------TT-------------T----------------T---TTTAAACTTTGTCCGG----TTA---TT---G-----TT---CC---AGTATGTT--A--A--T--GT-T--T--ATA-GT--GATTG-T-TTTAGTA------C-------A--AT-TT-------TT-------G------------------------T-----T-T---
gi|3 : tgttttgaaactaATGCAATAGGTAAAACTTATAGGACAAGCGTCCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NTCATTTATTAAGTGGTTCAGGTTACCAGACCACG--------T-CAG-AA-CAGA-CAG--GTT---TCTGG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----AATTA---CCAATGTG---T--TT-----T-T--GG---C--ATAT-------A--AAAA-CA----G-----A-A---------AGATTTTTTTTAGT------------------GT---------------TT-------------TTTTTTTAAAACTTTCTC---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTCTCTT--A--A--T--G-----------------ATTG-C-TTTAGTTTTT-AGT-------G--GG-TT-------TT--------------------------------------T-T---TC-------ACAACAA---T--CCA-A-GT--GACTTGATTCC-C--AAAAT-TC---------GG-CTGTCCG-TGAAACCACTTCTGGAGCTACGT--T--TT--TTT--C--A----GTCT--GTC-AGTGTTTGC---A----ATTCTT-T----TA-AA----C----ATG-T-A----------------------------------TACAAG--CTC----ACT-G----TGCTT-GC-gacatattttcaacagtatggaaga
gi|30 : t-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATGTT--A--A--T--GT-G--C--A----T--GCTTGTT-TTTAGTACAC-GGC-------A--GT-TT-------TTA------A------------------------T-----T-T---TC-------Aataattatcat
gi|31 : cgAATT-C-C--AAA---TA---------GGTCTCCCCA-TGA---TACTTC----A--AAG---G--TT--TTT--C--A----ATCC--ATC-AATGTTTTG---A----TTTCTT-A----TCTAT----T----ATA-C-A--T-----A--------------A--TGTTACAATATGAG--TTC----ACT-T----TGattatacttccaccccatcctaaaacgtgacaaagttaccgatactggaaaagtcttccacaaaaacaa
gi|32 : accctgaagtgcaattgtgaaaTAAGTTTATACGATCGCAATCGCACA--AAC-TTGGTCAA----TTCCA-TAATCGGAA-ACC--------T-CCG-AA----A-CA---GTT---TACTA---TATgttagcacct
gi|33 : ttataattaAAATAGATGAAACCTATGGGATGAGTG--TAGATACATACATAAAAAAAACAGTGTAGATTTATGTAAGTTTAT
gi|36 : ataca--------T-TAG-AA-TAGA-CAG--GTT---TACGG---TATGC-TGCAA---A--A---A--TGA----GATTA---ACAATGgtaa
gi|4 : agtT-ACT--------T-CGG-AA-CATA-CCG--GGT---TACGG---TATGC-TGT-A---A--A---ACATGA----GATTA---CAAACGCG---T--TT-----G-T--GT---C--GTAG-------A--AAAA-T-----G-----A-A---------A-----------GTTTTTAAA-----------GT---------------TT-------------TGTCACGGTAAA-----C---TCCCT----------A----TCA---TTTAAA-----TT---CC---GCTATATT--A--A--T--TT-T--C--TTA-GT--GATTG-T-TTTAATACAG-GG--------A--TT-TT-------TTTTT----A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA---C--AGC-A-A---GATTTAATTAC-C--AAATT-AC---------GA-TTCCCCA-GAAAACTATTTC-------AAG---T--TT--TTT--TTTA----ACCT--GTT-GGTGTTTTG---A----ATTCTT-T----TC-AA----C----GTG-T-A--TATTACC--------------A----------TATGAG--CAC----GAT-T----TGTTC-GC-t
gi|5 : ttgtaatatgaaatagataaaacccaggacgaacgccaaactttaatgttaagacgtttgtttaccagtaagcggatctgggtaccagacGA-CAG--AAC---TAAGG---TATGC-TGC-A---A--A---AA-CGA----GGTTA---CCGACGTG---T--TT-----T-A--GG------GTAG-------A--AAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GTTG----------------ATGAAGG----------TT-------------T----------------C---TT-------------A----TCA---TTTAAA-----TT---CC----GTTTTTT--TTTA--T--TT-T--C--ATA-GT--GAATT-T-TCTAGTTCAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----A-T---TC-------ATATAAA---C--CCT-A-GT--GACGTAATAAC-C--AGAGT-TC---------AG-CTCGCCACT--AACCACTTATGGAA--------GTTTT--TTT--T--A----ATCA--GTA-ATTGTTTTG---AAAATATTTTC-T----TC--A----T----ATA-C-G--T-----T--------------ATCT-------TATTAG--CTC----GCT-T----TGCTC-Gacctttggcgcgagatgtgctcgctataa
gi|6 : caccaaaaacgtcaagaaagtaatattttagcaaacgatgatttaggttagggcttatcgttcataaaggtggtcaggctaccagacgactattgagagATGAAATAGTTAAAACCTATAGGGCAAGTA--CAGATGCATACATAAAACAAACACCATAA------GTAAGTTTATATGAGCATAACCATACA--AAC-TCTGTCAA----ATCCT-TCATCGGGT-ACC--------T-CAGCGA-CAGA-CTG--GTT---TACAT---AATGC-TGC-A---A--A---T--TGA----AATAA---CCAACACA---T--TT-----A-T--GG---T--GTA--------A--AAAA-C-----A-----A-A---------A-----------G-------------------AT---------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GT-T--C--ATA-GT--GCTTG-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA---T--CAC-A-GT--GACTTAATTAC-C--AAAAC-TC---------AG-CTCCTCA-TGAAAACACTTCCGGAACCAAA---G--TT--TTC--C--A----ATCC--ATT-CGTGTTTTG---A----ATTCTT-T----GC-AA----C----ATG-C-A--T-----C--------------A--T-------TATGAG--CTC----ACG-G----CACTC-AC-TTTTAaacctccgacgttcgctgcggtcgtttaacatttaacatatgtcaa
gi|7 : cATGAATTAGGTAAAAGCTCTTAGGCAAACA--CAATCGCATTTATAAAACAAACACCATGA------ATAAGTTTATA-------AAT---------AC-TCGGTCAA----TTCCG-TATTCGGGT-ACC--------TTCGG-AA-CAGA-CAT--GTT---TACGGAATTGTGC-TG---------A---A--TGA----GATTA---CCAAC-TG---T--AT-----T-T--TG---C--GTAT-------A--AAAA-C-----ta
gi|7 : agatattgtttcataactacagtaat--ATA-GT--GAAAG-T-TTTTATACAC-ATC-------A--GT-TT-------TTTCGTTTTA------------------------T-----T-T---TC-------ACAAAAAATAC--CT----GT--GACTTAATTGC-C--AAAGT-AC---------GG-CTCCCCA-TGAAACCAGTTCCGGAACCAAG---G--TC--TTT--C--A----ATCC----------TTTTG---A-------CT---------------------------A--T-----A--------------A--T-------TATGAG--TTC----GTT-T----TTCTG-GC-ttcctatagtgaaagtttttatacacatcagttttttcgttttattttcacaaaaaatacctgtgacttaattgccaaagtacggctccccatgaaaccagttccggaaccaaggtctttcaatccttttgactataattatgagttcgtttttctggcgcattctgcgcgaacaacgcctgctattaat
gi|8 : agatattgtttcataactacagtaatatgaattaggtaaaagctcttaggcaaacacaatcgcatttataaaacaaacaccatgaataagtttataaatactcggtcaattccgtattcgggtaccttcggaacagacatgtttacggaattgtgctgaatgagattaccaactgtattttgcgtataaaaacttcctA--GAC-TCGGCCAG----AACCA-CCAT----T-ACC--------T-TCGTAA-CAGA-CAG--GTTACATACAT---TATAC-TGC-A---A--A---A--TGT----GGTCA---CCAACATG---T--TT-----T----GA---C--TTAG-------A--AAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GT------------------GT---------------CTGTTTTAAACTTTCT----------------T---TC-------------A----TCA---TT---A-----TT---TC---AATATGTT--A--A--T--GC-T--C--ATA-GT--GATTG-T-GTAAATGCAC-GAC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----A-T---TT-------ACAACAT---T--CCC-A-GT--GACTAAATCGC-C--AAAAA--C---------GG-CTTCAGA-TGA--------CCGGAACCAAG---G---T--TTT--C--A----ATCA--TTT-GGGGATTAA---A----ATTACT-T----TC-AA----A----ATG-C-A--T-----G--------------T--TACTA---TATGAG--TTC----ACT-G----TGCTC-gcattctgcgcgaacaacgcctgctattaat
gi|9 : ttattatgaaaaaggtaaagctatcaggcgtgcctagatgcggaaataaataaaATGAAATAAGTAAAACCTATAAGGCAAGTG--CAGAGGCAT------AACAGGTA--ATAA-------CAAGTTTAAACAATCCCAATCATACA--AAC-TTAGTCA-------------------------------------------GA-CAG--GTC---TATAG---TTTGC-TGA-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCAATATG---T--TA-----T----GG---A--GTA--------G--AAAA---------------------------------------------------------AT---------------GT-------------T----------------T---T-------------------TTA---AA---C-----TT---CC-----TCTCTT--A--G--T--G----------------GATGC-T-TTTATT-------------------T-TT-------TT-------A------------------------A-----T-T---TT-------GCAACAA---C--GCA-A-AC--AACTAAATTAC-A--AAAAA-TT---------GA--TCCCCG-TGAAACCATTTTTGGACCCAAA---G--TT--TTT--C--A----ATCC--TTT-AGTGTATTG---A----ATTCTT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--T-----
blockSeqs : G TC T G T NN NNN ATTTATG T T A TG . A G AGTGGTTCAGGTTACC C CAGACAACT T C A T AA ACA AAT A A GAG TA TGT AA TCTA ATA AC GTT AT GGAGG TTG TTT CTG ATA CAGAAAGATTTTTTTTAGTGTTTTTTTTTTAAAACTTTCTCTCA AAC TAA AATGC GCG TGA T GT TT AT TAAT GA TT AG CG T G T TGTTTTT TT A TTAGTTG ATATGTATACATGGCATATCTAATA TATTA . TTA TTTATTTT ATA TG TCA . CA T T CAA AGTTTGTTTTTCT T C C CG GGA TA . TT ATAG CAGTTAG CTT AAAT C A GTTA T CTAG TATT T T . TTTTCCATAAAAAAAAT . GTGA C . A
blockSeqs : A . G N N AA AGT N C G A TG . . T ATTCCATCATT . C . C . . AC A . . . . . TA CA . . GC T AG . TA . A GG TGAAAGTTTTTAAAGTTTTGTCACGGTAAACTCCCTA . CAA . . . C . G . GTA . TT A . . . . . C . . TCGTTTTA . . . C . . CC . . A T AT ACGTC . T . CA GTT . . T . GTTCAG . . A . . . . GA . . . AATGTTACAA . . T . .
blockSeqs : A . T A A AC ACC G N N N NN . . G ATTCTGTCATT . T . T . . . . . . . . . . A . . GT . . . CT . C GA GCGATAGGTTTTAATTTTTTTTTAAACTTCCTTTTA . CAA . . . T . . . TGT . . G . . . . . . . . TTTA . . . T . . AT . . T T C AATT . T . AA GTT . . . . GTTAC . . C . . . . . . . . GTTACCAT . . T . .
blockSeqs : G . T A A AC ACC A C T G CG . . T TTTCCCTCATC . T . . . . . . . . . . . . A . . AA . . . T . G GA CAAAAGTTTGAGAGTTTTTTTAACCATCCTATCA . TAA . . . C . . . AT . . A . . . . . . . . AA . . . A . . AC . . T A A ATTC . T . CC GG . . . . ATTAG . . A . . . . . . . . GTTACTG . . T . .
blockSeqs : G . C T A AC TT . T G A CA . . G ATTCCATAATC . T . . . . . . . . . . . . A . . GC . . . T . T GA CAAAAGTTTTTAGGCTTTTTAAACTTCCTTTCA . TAA . . . C . . . AA . . G . . . . . . . . AA . . . C . . TC . . T T A GTTC . C . CT AG . . . . ATTAG . . T . . . . . . . . GATACCC . . G . .
blockSeqs : G . G . . . A . C T C CA . . G AATCCTTCATC . C . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . T . A TA CGAAAGTGTTAAAAGTTTGCTTAACTTCCTT . TAA . . . C . . . AT . . G . . . . . . . . A . . . A . . AC . . T T C AATT . C . TG GG . . . . ATTAG . . A . . . . . . . . ATAACCA . . T . .
blockSeqs : . . . . . . A ATTCCGTATTC . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . G . G GA TGAAAGTATTTTTTTTAAACTTTGTCCGG . . . . . C . . . TT . . A . . . . . . . . G . . . T . . CC . . A T C AAAC . T . GG GG . . . . GATTT . . C . . . . . . . . GATAAAC . . G . .
blockSeqs : . . . GAACCACCAT . C . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . T . A GA CGAAAGTGTCTGTTTTAAACTTTCTTTCA . . . . . C . . . TT . . G . . . . . . . . A . . . C . . CC . . A A C GTTC . C . CG GG . . . . GTGAG . . C . . . . . . . . GTTACGA . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . T . A TA AGTTTTTACAGTTTTTTAAAACTTCCCT . . . . . C . . . TT . . G . . . . . . . . A . . . C . . GT . . A T A GTTT . C . CA AG . . . . ATTTG . . C . . . . . . . . ATTACCA . . T . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . T . G GA CGAAACAGTATTTAATACTTGCTCCTA . . . . . G . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . C . . TA . . A C A ATTC . C . CT GA . . . . GAGAG . . A . . . . . . . . GTTACTA . . T . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . T . A A CTTTTTGTTTTAAATTAACTTCCTT . . . . . G . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . C . . CC . . T T C TTAC . G . CG CT . . . . GTCAG . . G . . . . . . . . TATCA . . G . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . T . A G CGAAAGTTGATGAAGGTTTCTTA . . . . . A . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . T . . CG . . T T C GTTC . C . TG GT . . . . ATCAA . . C . . . . . . . . TATCT . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . T . G G TGACAGTTTTTGAATTTCCTC . . . . . T . . . GG . . A . . . . . . . . A . . . C . . GC . . T T C ACTC . C . TG GG . . . . GTTGG . . C . . . . . . . . CATA . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . T . C A TAAAAGTTTTTAAAGTGTCG . . . . . C . . . TT . . T . . . . . . . . A . . . T . . AA . . C T C GTAC . C . CG GG . . . . GTAAT . . C . . . . . . . . CAT . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . T . A A AAAAGTTTTTTTTTCTCTCA . . . . . T . . . TT . . A . . . . . . . . A . . . T . . GC . . T T C AATT . C . CG GT . . . . ATTCG . . T . . . . . . . . AAT . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . T . G G CGAAAGTTGCTAACTTTCCG . . . . . T . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . T . . CC . . T T C AAT . C . CG AG . . . . TTTGG . . C . . . . . . . . CA . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AC . . . A . G A CGAAAATCTTCTTCTCA . . . . . G . . . TT . . G . . . . . . . . A . . . A . . AC . . T A C TTC . T . TG GG . . . . TTTAG . . C . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AT . . . T . G A CAAAAGATCTTCTCA . . . . . C . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . C . . CA . . T T C TTT . C . T GG . . . . ATTA . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . . . T . G G ACGAAAGTTTTTAA . . . . . G . . . GT . . G . . . . . . . . A . . . T . . GC . . T T C AAT . . . C AG . . . . GTCG . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . T G GTTTTTTTCAACTT . . . . . C . . . TT . . G . . . . . . . . A . . . C . . CT . . T C C AAC . . . G G . . . . ATTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . G A CAAAAGTTTTTAA . . . . . G . . . TT . . G . . . . . . . . A . . . C . . AC . . A T C AAC . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . G TTTATTCTCA . . . . . A . . . GT . . G . . . . . . . . G . . . C . . CC . . A . C TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATGTTTT . . . . . T . . . GC . . . . . . . . . . . A . . . C . . CA . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . A . . . C . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . A . . . C . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ATTCCGTCATC***** C******** G********** C******* C*** GTTC********** GG***** ** GTTAG*** ** GTTACCA************************ ** T*****
originalCons : NATGAAATAGGTAAAACCTATAGGGCAAGCG--CAGANGCATNCATAAAACAAACACCGTAA------GTAAGTTTATACGATCACAATCGTACA--AAC-TCGGTCAA----TTCCG-TCATCGGGT-ACC--------T-CAG-AA-CAGA-CAG--GTT---TACGG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCAACGCG---T--TT-----T-T--GG---C--GTA--------A--AAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GT------------------AT---------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GT-T--C--ATA-GT--GATTG-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA---C--CNC-A-GT--GACTTAATTAC-C--AAAAN-TC---------GG-CTCCCCA-TGAAACCACTTCCGGAACCAAG---G--TT--TTT--C--A----ATCC--GTT-AGTGTTTTG---A----ATTCTT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--T-----C--------------A--T-------TATGAG--CTC----GCT-T----TGCTC-GC-TCTTA
finalCons : NATGAAATAGGTAAAACCTATAGGGCAAGCG--CAGANGCATNCATAAAACAAACACCGTAA------GTAAGTTTATACGATCACAATCGTACA--AAC-TCGGTCAATTCCGTCATC-----GGGT-ACC--------T-CAG-AA-CAGA-CAG--GTT---TACGG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCAACGCG---T--TT-----T-T--GG---C--GTAG----------AAAA-C-----G-----A-A---------A-----------GT------------------AT---------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GT-T--C--ATA-GT--GATTG-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T-T---TC-------ACAACAA---C--CNC-A-GT--GACTTAATTACC---AAAGTTC----------GG-CTCCCCA-TGAAACCACTTCCGGAACCAAGG-----TT--TTT--C--A----ATCCGTTAG---TGTTTTG---A----ATTCTT-T----TC-AA----C----ATG-C-A--TGTTACCA------------------------TATGAG--CTC----GCTT-----TGCTC-GC-TCTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CACAGGTGATCAAGAATACTACTAATTAAGTGGGTCAGAGTAACTACTTCAGAAATTCAGAATAGACA
Unaligned ( gi|35 ): AAATATTTTATTGTAGCACACAATCCATCACAAAGAACACTCTACATCAGGCATAGACATGTATACT
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Reference ( family-931 ) : NATGAAATAGGTAAAACCTATAGGGCAAGCG--CAGANGCATNCATAAAACAAACACCGTAA------GTAAGTTTATACGATCACAATCGTACA--AAC-TCGGTCAA----TTCCG-TCATCGGGT-ACC--------T-CAG-AA-CAGA-CAG--GTT---TACGG---TATGC-TGC-A---A--A---A--TGA----GATTA---CCAACGC---G---T--TT------T-T--GGC--G---TA--------G-A-AAA------C-G-----A-A---------A-----------GT------------------A-------T---------------CT-------------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---A-----TT---CC---AGTATCTT--A--A--T--GT-T--C--ATA-GT--GATTG-T-TTTAATACAC-GGC-------A--GT-TT-------TT-------A------------------------T-----T--T---TC-------A--CAACAA---C--CNC-A-GT--GACTTAAT-TAC-CA-AAGT-TCG--------G-CTCCCCA-TGAAACCACTTCCGGAACCAAG---G--TT--TTT--C--AAT----CC--GTT--AGTGT--TT-TG---AATTC--TT---TTC-A----AC-A-TGCATGTTACCA----------T-ATGAG--CTC----GCT-T----TGCTC-GC-TCTTA
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gi|11 : T-ACT--------T-CAG-AA-CAGA-CGG--GTT---AAAGG---TATGC-TTA-A---A--A---A--TGA----GATTA---CAAACGC---A---T--GT------T-T--GGC--C---TA--------G-A-AAA--------A-----A-A---------A-----------GT------------------T-------T---------------TTTTTTC--------T----------------C---TC-------------A----TTA---TT---G-----TG---TT---AGT----------G--T--AT-C--C--ATA-GT--TGTTG-T-TTCAGTACTT-GGT-------A--GT-TT-------TT-------G------------------------T-----T--T---TT-------A--AAACAA---C--CAT-A-GT--GACTAATT-TAC-CA-AAA----A--------A-AT----A-CGATACGACTCCCAG-------------------T--T--AAA----CC--ATT--A---T--TT-TA---AATTC--TT---TTC-A----AC-A-TGCATGATACCC----------T-ATGAG--TTC----GCT-T----TGTTT-GC-aacacaagctgtgttcactattaaactgaaa
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