lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 33333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 2222 222 1 33333 1 55 1 1 22222 3333333 1111 33333333333 2 1111 333333333333333333333 1 1 222 111 77777777777777 2222 55555555555555555 1 22 55555555555555555 11 2222222 1111 222222 11 1 1 1111 1 111 3333333333333333333333333 111 111111 1 1 2 1
lowQualScore : 3 8 11 3 3 33333 3 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 4 777777777 4444 2 111 5 99999 5 55 7 5 7 22222 8 7777777 5555 6 22222222222 0 7777 999999999999999999999 3 2 5 8 99 999 777 11111111111111 0 4 0 9999 66666666666666666 0 0 8 11 8 7 0 8 66666666666666666 11 6666666 7777 333333 11 6 5 4444 3 88 2 111 2 5555555555555555555555555 5 111 6 222222 1 0 3 6 7 0 6 3
lowQualScore : . . .. . . ..... . .. ........................................................................... ... . ......... .... . ... . ..... . .. . . . ..... . ....... .... . ........... . .... ..................... . . . . .. ... ... .............. . . . .... ................. . . . .. . . . . ................. .. ....... .... ...... .. . . .... . .. . ... . ......................... . ... . ...... . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3 77 7 7 33333 7 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 0 555555555 0000 5 000 5 00000 5 00 0 0 3 33333 8 5555555 5555 0 77777777777 0 5555 333333333333333333333 7 3 5 3 00 333 222 00000000000000 2 0 8 4444 88888888888888888 6 8 0 22 0 8 8 0 00000000000000000 00 0000000 0000 000000 00 4 0 2222 7 55 3 777 5 3333333333333333333333333 7 777 7 444444 4 0 5 5 8 0 0 3
consensus : GAGGACGCG-CAAACGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTNTGGGANGGG-----TATAGTCGCGGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCCGAGCTTCTCAGGAAGTTGTCTAGCGTCTACAGCAAATGANTGTAGTGNNGTGTGAATGTNNGNAAATGTGNNNTCNTTGAACGTNTGAATGCTTTTNTTTGGAATNTTCTCTGTNAANATATCCTTTCTTTNAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCCACTAATATACGT---TT--ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTTGAAATGT-CTCTG-T-A-ATATCATTTTTTTTAAATTTCTATGTTGTGGT-AAACTCTT-AA---TTTGCTCCACTAATATACTTCTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTC-TCATGTGCTCTGTAAATAN-ACTTTATGATTTTAAA-TA--TTGCTTTGAATTTTGATTATCNTTCTTAGAAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAG-TGAA-GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTNCTCT-NTAACAAAGGAAGGT---AAATNACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAA-------CAT-ATT--N--------CAT-TTTTCATTTT---A-ATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATGTNATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAA-CCGGTTACGAAATGACC
Reference ( gi|4 ) : GAGGATGTG-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTGGGAGGGG-----TATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGA--------TGAG-------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAA-----TGTTAT-TGAATG--------TGTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTT-AT-TATCCTTTTTTT--AATTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGT---TT--ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-ATATCATTTTTTTT-AATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTGT-TCATGTGCTCTGTAAATAA-ACTTTATGATTTTAAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTCTTAGAAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTGTGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAG-TGAC-GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCT-ATAACTAAGGAAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAA-------CAT-TTT--C--------CAT-TTTTCATTTT---A-ATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGA-CCGGTTACGAAATGACC
gi|2 : GAAGACGCGGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCG--GTGTGAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGA--------CAAGCTTCTCAGGAAGTTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGAT-----TGGAGTGTGAATGTAAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGA--CTTTTC-GTA-AA-TA-CTTTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC-T----------------CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT--T------A-ATATCATTTTTTTT-AA-----ATAT---------------------TTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAAT-AAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTC-TCATGTGCTCTGTAAATAT-ACTTTAT--TT----------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTCTTAAAAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTG-G-------TT-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAG-TGAA-GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAA--TAGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCT-CTAACAGAGGAAGGT---AAATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAA-------CAT-ATT--A--------CAT-TTTTCGTTTT---ATTTATCA---C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|9 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaAGGATGTG-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATGGGATGGG-----TATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCTGAG-------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTAT-TGAATGTTTGAA--TGTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTTAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATA-------------ATATACGT---TG--ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTG-TTA-ATATCATTTTTT
gi|12 : cgggcacaacaattatG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTGGAGAGAG-----TATAGCCAGAGCGGTATGTCAG
gi|10 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaagagaacacaTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATT--ATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAtagacaaact
gi|9 : ATGT---TTGAATGTGT-----ACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTTAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGT---TGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATaaatgtgtgttacttaattgatgtagtgcattgtattgtattgtatattttgttttgtataattgtctgttgctttttcatttttctcatgtgctttgtaaataatacttcatgattttaaaataagttgctttaaattttgattatcttccttagaaataaactttgaaatgtttgcatgttgttgtgtttttttagc
gi|10 : cgggcacaacaattataggatgtgcaaatggaagggagaattttcggcgtatgggatgggtatagtcgcggtggtatgtcagctgacaagcttctgaggaaaattattctgtaaataaatgtagtgttattgaTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAATAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCCTTAGAAATAAACTTTGAAATGTTTGCAT---GTTGT-TGTGTTT--TT-----TTtcatttctttgaaatgtgctctgttaatatcatttttt
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCATTTTC-TCATGTGCTCTGTAAATAT-ACTTTAT----TT--------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTCTTAAAAATAAACTTTAAAATGTTTGCAT---GTTGTGGAT-------------TTTTTCTACACCAATAATCGCTAAG-TGAA-GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--AAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCT-TTAACAGAAAAAGGT---AAATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAA-------CAT-ATT--A--------CAT-TTTTCATTTT---A-ATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACAC-TTTTTagc
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAAATAA----TTAAAATTTTAAA-TATTTTGCTTTTAATTTTGATCATTTTTCTTAGAAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTATCGTttca
gi|6 : ataattattatccaaaattacAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTTTAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--CAGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCT-ACAACAAAGGAAGGT---AAATTCCCAATAATGTGGCTAAA---------------------TT--T--------CAT-TTTTCATTTT---A-ATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAA-CCGGTTACGAAATGACCttagacattaccatcacatcggcacgtgtacttaacgtcatcaatcaactaactgcattaattagttaacacgtggatcacataacaggaccctttagcactgctttaaaattatcgtactctacaacaaaggaaggtaaattcccaataatgtggctaaatttcatttttcattttaatatatagtttttataaccctattatctgaaaaatattataaaatattgttttatttatcgttataaacacttttttcaaccggttacgaaatgaccgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|7 : ataattattatccaaaattactTGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-G-TAAA-GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCC---AGCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTCGAATAA--AGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTT-AAAATAGTCAACTAACTCCAT-TTTTGT--------CAT-TTTTCATTTTTTCA-ATATgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|11 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaTTTCTATACCAATAATCGCTAAG-TGAA-GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCT-ATAACTAAGGAAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAA-------CAT-ATT--C--------CAT-TTTTttttcaaaatataatt
gi|8 : tgTTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCT-GTAACAAAGGAAGGT---AAATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAA-------CCTATTT--CATGTATGTCATATTTTTATTTG---A-ATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAA-TATTTTAATCTGGTTACGAAATGACC
gi|14 : tagttagattcaCAA-------CAT-ATT--A--------CAT-TTTTCATTTT---A-ATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAA-CCgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTACAATGTTAATATTTATTTTTCAGAATATCAAGACGTTGTTGGCTGAACCAAGAGTGCAAGTGTTTGTCCTCGACTTCGATACTGCAGTGTGGACGGCTATCACCGGCGTGTTTCCAGGCACAAGGATAACAGGATGCGCATTCCACTGGAAGCAGGCAGTCCGGCAAAGAGTTCAGGTAATTATGCCAATAACTTGATGATAATAAAGTACATGTACTTATTTTTTTACGGTCCGCTGGACGCATGCGGATAATATTACCATAATAATATACTTTTATATTTGTCATTTTGTAAAAACATTTACTTTTTATTCTTTTAAAGGCCTGTGGACTCGCTGCCGATCACAACGCAGGTGGTGGAGTACGGAAGAAGTTGGCGCGTCTACTAGCGCTACCCCTGCTGCCAGCTAAGCACATTTCTGTCGTGTTTCAGAAACAGCAACAAAAGGCAGCGGACAACGAGCAACTGGCAGAGGTATTTCAATACGTTAAGGACACATGGATAGAGAGCGCCATCTGGACACCGGAAAACTTGTCCGTCTATGGTCAGCCGATCCGGACAAGCAATGACTGCAAAGGTATGTAAAAAGTTAAAAACAATAATATTATAAATAATAATTTAACAGTATGTCACTAAAGATGTAACACCGATAGAATATATGATACAATAAACGAAATCCTATGATAAAAGACAAAATGATTTTATTAACCATTCTTTGTAGTTGCTTATATTTTTAAATTCAATAAAATATTTTCTTTTATGTATTTTCAGATTGGCACCATGATCATGATCCACAACCGTTCTACGTATTGGTTACACTATTATACTGTGAGGCTGCCTTCGTTAAGACAAATGTGTATCTGGTATCTTCCGACCAACTCTCGGAGGAGCAAAAGACGTTAACATGCCAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAGTACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCTGAAAAAGTTATCTAAAAATGA
Unaligned ( gi|3 ): TTACATTGTTAATCTTTATTTTTCAGAAAATCAAGACGTTGCTGCCGACCAGCCCCAACGTAGAGACATTTGTCCTGGACTTCGAGGTAGCAGTGTGGCAGGCCATCACCGCAGTGTTTCCGGACACACGTATCAGAGGATGTGCATTCCACTGGACACAGGCAGTCTGGAAAAAACTTCAGGTAACTATTGCAATATATTTGGCATTCGATTCTAAATGTCAAAATAAAACATTAAGTAATTACAATAATTACAGTTTAACATGACATTCGATAATAAAACTTTGATAATACATCAAATAATTTGAATACTTTTTGAATGTCCCTTATTCTTTATAGGCCTGTGGACTCGCTGCTCTTTATAACGCCGGCGGTGGAGTACAGAAGATGTTGCGTCGACTGTTAGCACTACCCCTGCTGCCTGCCGAGCACATCCCGGTCGTCTTCAAGGACCTACAACGAGCGGCGACGGACAACGAGCGACTGGTGGAGGTGTTCACGTATATCAAGGACACATGGATAGACGGCGCTCTCTGGAAACCGGAAGACTGGTCAGTCTATGCCCATCCGGTCAGTACAAACAACGACTGCGAAGGTACGTAAAATAATAACATTAATAATATTATAAATCATGGTATAACACCAATATAATATGAGTATAATGTTTTTAATTAAATTTAATACATTCTTTTTAATTCAGTTTAATGCATAATTCTTTTTATTGTATTTTCAGGCTGACACCGGAACTCGGGGTGCACTGTAACCATTCTACGTTACGGTGCAGCTTACTCACCGTAAGGCTGCATGCGTACATTGAGACACAGGTGAAACTAGTTTCAGGCAACAAACTAACGAAGATACAAAATAAGTGAACACGACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTGGAGAGAGTGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
Unaligned ( gi|13 ): ACAAACTAACGAAGACACAAAAAAATAGAACACGACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAGTGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAATTAATGAAGA
Unaligned ( gi|15 ): GTATGTTAACCGACACAAAATAAGTGAACACGGCAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAGTGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 44444444444444444444444444444444 6666666666 44444 333333333 222 1 111 1111 4444444 1 8888888888888888888888888888888 1 1 888888888888888 1111 2222222222222222 11111 44444444444444444 2222222 1111 111111 1111 111 2222222222
lowQualScore : 77 7 1 1 000 1 1 0 77 3 2 2 88888888888888888888888888888888 0 0 1 1111111111 99999 3333 1 999999999 77 1 0 1 7 1 000 0 4 7 777 1111 7 1111111 3 3333333333333333333333333333333 0 3 4 4 0 0 1 111111111111111 1 7777 99 0 1 0000000000000000 0 7 66666 6 6 66666666666666666 99 1111111 4444 999999 99 5 2222 1 3 5 000 1 0 1 1111111111 66 666 8 1 1 0
lowQualScore : .. . . . ... . . . .. . . . ................................ . . . .......... ..... .... . ......... .. . . . . . ... . . . ... .... . ....... . ............................... . . . . . . . ............... . .... .. . . ................ . . ..... . . ................. .. ....... .... ...... .. . .... . . . ... . . . .......... .. ... . . . .
lowQualScore : 44 1 9 0 000 0 4 9 00 7 7 5 77777777777777777777777777777777 7 7 0 7777777777 00000 7777 0 777777777 33 0 7 0 3 0 333 7 0 3 000 7777 3 3333333 3 2222222222222222222222222222222 7 2 0 0 0 0 0 000000000000000 0 0000 44 8 7 8888888888888888 8 3 77777 7 7 77777777777777777 22 7777777 2222 222222 22 4 1111 0 0 7 000 0 2 0 9999999999 99 888 0 0 0 8
consensus : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTG---GGGAGAGTGCAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTC-----------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGT-GT---GT-TGAATGT--G--AATGTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
Reference ( family-929 ) : GAGGACGC-G-CAAACGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTNTG---GGANGGGTATAGTCGCGGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCCGAGCTTCTCAGGAAGTTGTCTAGCGTCTACAGCAAATGANTGTAGTGNNGTGTGAATGTNNGNAAATGTGNNNTCNTTGAACGTNTGAATGCTTTTNTTTGGAATNTTCTCTGTNAANATATCCTTTCTTTNAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCCACTAATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTTGAAATGT-CTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAAATTTCTATGTTGTGGT-AAACTCTTAA----TTTGCTCCACTAATATACTTCTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ANACTTTATGATTTT-AAA-TA--TTGCTTTGAATTTTGATTATCNTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTNCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATNACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATGTNATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
gi|10 : TTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAA-TAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCC----TTAG-AAATAAACTTTGAAATGTTTGCATGTTGTTGTGT---TTT--TT-----T
gi|11 : TTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTCCAT----------TTT--Tagc
gi|12 : tgGAGAACACAG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTG---GAGAGAGTATAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAACT
gi|13 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaaAGAACAC-GACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTG---GAGAGAGTGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAA
gi|14 : acaaactaacgaagacacaaaaaaatCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAACCattaatgaaga
gi|15 : ACG--G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTG---GAGAGAGTGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|2 : gtatgttaaccgacacaaaataagtgaacGAAGACGC-GGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCGGTGTGAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTC--------TCAGGAAGTTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGATTG-----GAGTGTGAATGTAAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGACTTTTC---GTAAATA---CTTTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC----------T--CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT-------TAA-TATCATTTTTTTTAAAT----AT-----------------------TTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAATAAA-TGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTG-GT-------T-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAA--TAGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCTCTAACAGAGG-AAGGT---AAATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCGTTTT-ATTTATCA-C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|3 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaGAACAC-GACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTG---GAGAGAGTGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|4 : ttacattgttaatctttatttttcagaaaatcaagacgttgctgccgaccagccccaacgtagagacatttgtcctggacttcgaggtagcagtgtggcaggccatcaccgcagtgtttccggacacacgtatcagaggatgtgcattccactggacacaggcagtctggaaaaaacttcaggtaactattgcaatatatttggcattcgattctaaatgtcaaaataaaacattaagtaattacaataattacagtttaacatgacattcgataataaaactttgataatacatcaaataatttgaatactttttgaatgtcccttattctttataggcctgtggactcgctgctctttataacgccggcggtggagtacagaagatgttgcgtcgactgttagcactacccctgctgcctgccgagcacatcccggtcgtcttcaaggacctacaacgagcggcgacggacaacgagcgactggtggaggtgttcacgtatatcaaggacacatggatagacggcgctctctggaaaccggaagactggtcagtctatgcccatccggtcagtacaaacaacgactgcgaaggtacgtaaaataataacattaataatattataaatcatggtataacaccaatataatatgagtataatgtttttaattaaatttaatacattctttttaattcagtttaatgcataattctttttattgtattttcaggctgacaccggaactcggggtgcactgtaaccattctacgttacggtgcagcttactcaccgtaaggctgcatgcgtacattgagacacaggtgaaactagtttcaggcaacaaactaacgaagatacaaaataagtGAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTG---GGAGGGGTATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGATGAG---------------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTTAT------TGAATGT--------GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTTAT--TATCCTTTTTTT--AATTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAAATATCATTTTTTTTAA-TTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTGTTCATGTGCTCTGTAAAT-AAACTTTATGATTTT-AAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTGTGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAC-----GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATTTTCCAT----------TTT--TCATTTTAATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGACCGGTTACGAAATGACC
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTGG-----ATTT--TT-----T----CTACACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--AAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCTTTAACAGAAA-AAGGT---AAATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACACTTTTTT
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAATTATTATCCAAAATTACTAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTTTAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAA---AATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--CAGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCTACAACAAAGG-AAGGT---AAATTCCCAATAATGTGGCTAA-------------ATTTCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACCtca
gi|7 : aTGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-GTAAA-----GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCC---AGCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTC--GAATAAAGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTT-AAAATAGTCAACTAACTCCAT----------TTTTGTCATTTTgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|8 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaGATTCATTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCTGTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAACCTATTTCATGTATGTCATATTT--TTATTTGAATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAATATTTTAATCTGGTTACGAAATGACCtcattttttcaatatttttcaaaatataatt
gi|9 : tagttaAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATG---GGATGGGTATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCTGAG-------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTAT-TGAATGTTTG--AATGTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTTAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGTTGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTGTTAA-TATCATTTTTTgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTACAATGTTAATATTTATTTTTCAGAATATCAAGACGTTGTTGGCTGAACCAAGAGTGCAAGTGTTTGTCCTCGACTTCGATACTGCAGTGTGGACGGCTATCACCGGCGTGTTTCCAGGCACAAGGATAACAGGATGCGCATTCCACTGGAAGCAGGCAGTCCGGCAAAGAGTTCAGGTAATTATGCCAATAACTTGATGATAATAAAGTACATGTACTTATTTTTTTACGGTCCGCTGGACGCATGCGGATAATATTACCATAATAATATACTTTTATATTTGTCATTTTGTAAAAACATTTACTTTTTATTCTTTTAAAGGCCTGTGGACTCGCTGCCGATCACAACGCAGGTGGTGGAGTACGGAAGAAGTTGGCGCGTCTACTAGCGCTACCCCTGCTGCCAGCTAAGCACATTTCTGTCGTGTTTCAGAAACAGCAACAAAAGGCAGCGGACAACGAGCAACTGGCAGAGGTATTTCAATACGTTAAGGACACATGGATAGAGAGCGCCATCTGGACACCGGAAAACTTGTCCGTCTATGGTCAGCCGATCCGGACAAGCAATGACTGCAAAGGTATGTAAAAAGTTAAAAACAATAATATTATAAATAATAATTTAACAGTATGTCACTAAAGATGTAACACCGATAGAATATATGATACAATAAACGAAATCCTATGATAAAAGACAAAATGATTTTATTAACCATTCTTTGTAGTTGCTTATATTTTTAAATTCAATAAAATATTTTCTTTTATGTATTTTCAGATTGGCACCATGATCATGATCCACAACCGTTCTACGTATTGGTTACACTATTATACTGTGAGGCTGCCTTCGTTAAGACAAATGTGTATCTGGTATCTTCCGACCAACTCTCGGAGGAGCAAAAGACGTTAACATGCCAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAGTACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCTGAAAAAGTTATCTAAAAATGA
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 1 111111 4444 11 3333333 111 444444444 4444444444 222 11 11 1 1 3333 1 1 4444444444 1 1 555555555555555 1111 2222222222222222 11111 44444444444444444 2222222 1111 111111 1111 111 2222222222
lowQualScore : 77 5 0 2 444444 2 0 0 8888 33 2222222 777 1 111111111 7777777777 333 88 6 7 7 44 3 3 7 7 1111 7 0 6 3 3 2222222222 7 3 1 1 0 0 999999999999999 1 7777 99 0 1 0000000000000000 0 7 66666 6 6 66666666666666666 99 1111111 4444 999999 99 5 2222 1 3 5 000 0 0 1 1111111111 66 5 1 1 5 5 0 3 6 1 0
lowQualScore : .. . . . ...... . . . .... .. ....... ... . ......... .......... ... .. . . . .. . . . . .... . . . . . .......... . . . . . . ............... . .... .. . . ................ . . ..... . . ................. .. ....... .... ...... .. . .... . . . ... . . . .......... .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 44 0 5 5 444444 7 7 9 8888 88 0000000 555 2 333333333 3333333333 333 33 7 3 3 77 3 3 3 3 3333 3 7 7 3 3 8888888888 3 2 0 0 0 0 000000000000000 4 0000 44 8 7 8888888888888888 8 3 77777 7 7 77777777777777777 22 7777777 2222 222222 22 4 1111 9 0 7 000 7 2 0 9999999999 99 0 7 4 7 7 7 5 7 0 8
consensus : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A-GAAAA--TTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAA-TTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
Reference ( family-929 ) : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGGGAGAG------TGCAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTC----GAAAA--TTAT------TCT---GTAAATAAATGT-GTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
gi|1 : -CAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAG------TACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCT---GAAAAAGTTA-------TCT---AAAAATGA
gi|10 : ctacaatgttaatatttatttttcagaatatcaagacgttgttggctgaaccaagagtgcaagtgtttgtcctcgacttcgatactgcagtgtggacggctatcaccggcgtgtttccaggcacaaggataacaggatgcgcattccactggaagcaggcagtccggcaaagagttcaggtaattatgccaataacttgatgataataaagtacatgtacttatttttttacggtccgctggacgcatgcggataatattaccataataatatacttttatatttgtcattttgtaaaaacatttactttttattcttttaaaggcctgtggactcgctgccgatcacaacgcaggtggtggagtacggaagaagttggcgcgtctactagcgctacccctgctgccagctaagcacatttctgtcgtgtttcagaaacagcaacaaaaggcagcggacaacgagcaactggcagaggtatttcaatacgttaaggacacatggatagagagcgccatctggacaccggaaaacttgtccgtctatggtcagccgatccggacaagcaatgactgcaaaggtatgtaaaaagttaaaaacaataatattataaataataatttaacagtatgtcactaaagatgtaacaccgatagaatatatgatacaataaacgaaatcctatgataaaagacaaaatgattttattaaccattctttgtagttgcttatatttttaaattcaataaaatattttcttttatgtattttcagattggcaccatgatcatgatccacaaccgttctacgtattggttacactattatactgtgaggctgccttcgttaagacaaatgtgtatctggtatcttccgaccaactctcggaggagcaaaagacgttaacatgcTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAA-TAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCC----TTAG-AAATAAACTTTGAAATGTTTGCATGTTGTTGTGT---TTT--TT-----T
gi|11 : TTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTCCAT----------TTT--Tagc
gi|12 : tgAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|12 : GAGAACACAG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TATAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAACTcaaaagaagagaacacagcagacggaggggagttttttcagcgtctggagagagtatagccagagcggtatgtcagtagacaaact
gi|13 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaaAGAACAC-GACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAA
gi|14 : acaaactaacgaagacacaaaaaaatCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAACCattaatgaaga
gi|15 : ACG--G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|2 : gtatgttaaccgacacaaaataagtgaacGAAGACGC-GGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCGGTGT---GAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCTCA-GGAAG--TTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGATTGGAGTGT----GAATGT--AAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGACTTTTC---GTAAATA---CT-TTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC----------T--CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT-------TAA-TATCAT----------TTTTT-----------------TTAAATATTTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAATAAA-TGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTG-GT-------T-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAA--TAGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCTCTAACAGAGG-AAGGT---AAATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCGTTTT-ATTTATCA-C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|3 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaGAACAC-GACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|4 : ttacattgttaatctttatttttcagaaaatcaagacgttgctgccgaccagccccaacgtagagacatttgtcctggacttcgaggtagcagtgtggcaggccatcaccgcagtgtttccggacacacgtatcagaggatgtgcattccactggacacaggcagtctggaaaaaacttcaggtaactattgcaatatatttggcattcgattctaaatgtcaaaataaaacattaagtaattacaataattacagtttaacatgacattcgataataaaactttgataatacatcaaataatttgaatactttttgaatgtcccttattctttataggcctgtggactcgctgctctttataacgccggcggtggagtacagaagatgttgcgtcgactgttagcactacccctgctgcctgccgagcacatcccggtcgtcttcaaggacctacaacgagcggcgacggacaacgagcgactggtggaggtgttcacgtatatcaaggacacatggatagacggcgctctctggaaaccggaagactggtcagtctatgcccatccggtcagtacaaacaacgactgcgaaggtacgtaaaataataacattaataatattataaatcatggtataacaccaatataatatgagtataatgtttttaattaaatttaatacattctttttaattcagtttaatgcataattctttttattgtattttcaggctgacaccggaactcggggtgcactgtaaccattctacgttacggtgcagcttactcaccgtaaggctgcatgcgtacattgagacacaggtgaaactagtttcaggcaacaaactaacgaagatacaaaataagtGAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTGGGAGGGG------TATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGATGAG--------GAAAA--TTAT------TCT---GTAAATAAATGT--TATT---GAATGT--G--------TAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTTA-T-TATCC-TTTTTTT-AA-TTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAAATATCATTTTTTTTAA-TTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTGTTCATGTGCTCTGTAAAT-AAACTTTATGATTTT-AAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTGTGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAC-----GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATTTTCCAT----------TTT--TCATTTTAATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGACCGGTTACGAAATGACC
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTGG-----ATTT--TT-----T----CTACACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--AAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCTTTAACAGAAA-AAGGT---AAATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACACTTTTTT
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAATTATTATCCAAAATTACTAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTTTAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAA---AATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--CAGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCTACAACAAAGG-AAGGT---AAATTCCCAATAATGTGGCTAA-------------ATTTCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACCtca
gi|7 : aTGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-GTAAA-----GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCC---AGCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTC--GAATAAAGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTT-AAAATAGTCAACTAACTCCAT----------TTTTGTCATTTT--T-CAT---T-TTTTCAATATTTT--TC---AA-AATATAATgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|8 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaGATTCATTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCTGTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAACCTATTTCATGTATGTCATATTT--TTATTTGAATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAATATTTTAATCTGGTTACGAAATGACCt
gi|9 : tagttaAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATGGGATGGG------TATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCTGAGGAAAA--TTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTATTGAATGTTTGAAT----GTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGTTGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTGTTAA-TATCATTTTTTgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 1 111111 3333 3333333 111 3333 4444444444 222 11 11 1 1 3333 1 1 1 1 1 555555555555555 1111 2222222222222222 11111 44444444444444444 2222222 1111 111111 1111 111 2222222222
lowQualScore : 77 5 0 2 444444 2 0 0 4444 2222222 777 1 7 0000 7777777777 333 88 6 7 7 44 3 3 7 7 1111 7 0 6 3 3 5 3 1 1 0 0 999999999999999 1 7777 99 0 1 0000000000000000 0 7 66666 6 6 66666666666666666 99 1111111 4444 999999 99 5 2222 1 3 5 000 0 0 1 1111111111 66 5 1 1 5 5 0 3 6 1 0
lowQualScore : .. . . . ...... . . . .... ....... ... . . .... .......... ... .. . . . .. . . . . .... . . . . . . . . . . . ............... . .... .. . . ................ . . ..... . . ................. .. ....... .... ...... .. . .... . . . ... . . . .......... .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 44 0 5 5 444444 7 7 9 5555 0000000 555 2 3 7777 3333333333 333 33 7 3 3 77 3 3 3 3 3333 3 7 7 3 3 5 2 0 0 0 0 000000000000000 4 0000 44 8 7 8888888888888888 8 3 77777 7 7 77777777777777777 22 7777777 2222 222222 22 4 1111 9 0 7 000 7 2 0 9999999999 99 0 7 4 7 7 7 5 7 0 8
consensus : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
Reference ( family-929 ) : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAATTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
gi|1 : -CAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAG------TACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCTGA--AAAAGTTA-------TCT---AAAAATGA
gi|10 : ctacaatgttaatatttatttttcagaatatcaagacgttgttggctgaaccaagagtgcaagtgtttgtcctcgacttcgatactgcagtgtggacggctatcaccggcgtgtttccaggcacaaggataacaggatgcgcattccactggaagcaggcagtccggcaaagagttcaggtaattatgccaataacttgatgataataaagtacatgtacttatttttttacggtccgctggacgcatgcggataatattaccataataatatacttttatatttgtcattttgtaaaaacatttactttttattcttttaaaggcctgtggactcgctgccgatcacaacgcaggtggtggagtacggaagaagttggcgcgtctactagcgctacccctgctgccagctaagcacatttctgtcgtgtttcagaaacagcaacaaaaggcagcggacaacgagcaactggcagaggtatttcaatacgttaaggacacatggatagagagcgccatctggacaccggaaaacttgtccgtctatggtcagccgatccggacaagcaatgactgcaaaggtatgtaaaaagttaaaaacaataatattataaataataatttaacagtatgtcactaaagatgtaacaccgatagaatatatgatacaataaacgaaatcctatgataaaagacaaaatgattttattaaccattctttgtagttgcttatatttttaaattcaataaaatattttcttttatgtattttcagattggcaccatgatcatgatccacaaccgttctacgtattggttacactattatactgtgaggctgccttcgttaagacaaatgtgtatctggtatcttccgaccaactctcggaggagcaaaagacgttaacatgcTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAA-TAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCC----TTAG-AAATAAACTTTGAAATGTTTGCATGTTGTTGTGT---TTT--TT-----T
gi|11 : TTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTCCAT----------TTT--Tagc
gi|12 : tgAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|12 : GAGAACACAG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TATAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAACTcaaaagaagagaacacagcagacggaggggagttttttcagcgtctggagagagtatagccagagcggtatgtcagtagacaaact
gi|13 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaaAGAACAC-GACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAA
gi|14 : acaaactaacgaagacacaaaaaaatCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAACCattaatgaaga
gi|15 : ACG--G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|2 : gtatgttaaccgacacaaaataagtgaacGAAGACGC-GGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCGGTGT---GAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCTCA--GGAAGTTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGATTGGAGTGT----GAATGT--AAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGACTTTTC---GTAAATA---CT-TTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC----------T--CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT-------TAA-TATCATTTTTTTTAA--------------------------ATATTTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAATAAA-TGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTG-GT-------T-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAA--TAGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCTCTAACAGAGG-AAGGT---AAATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCGTTTT-ATTTATCA-C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|3 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaGAACAC-GACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|4 : ttacattgttaatctttatttttcagaaaatcaagacgttgctgccgaccagccccaacgtagagacatttgtcctggacttcgaggtagcagtgtggcaggccatcaccgcagtgtttccggacacacgtatcagaggatgtgcattccactggacacaggcagtctggaaaaaacttcaggtaactattgcaatatatttggcattcgattctaaatgtcaaaataaaacattaagtaattacaataattacagtttaacatgacattcgataataaaactttgataatacatcaaataatttgaatactttttgaatgtcccttattctttataggcctgtggactcgctgctctttataacgccggcggtggagtacagaagatgttgcgtcgactgttagcactacccctgctgcctgccgagcacatcccggtcgtcttcaaggacctacaacgagcggcgacggacaacgagcgactggtggaggtgttcacgtatatcaaggacacatggatagacggcgctctctggaaaccggaagactggtcagtctatgcccatccggtcagtacaaacaacgactgcgaaggtacgtaaaataataacattaataatattataaatcatggtataacaccaatataatatgagtataatgtttttaattaaatttaatacattctttttaattcagtttaatgcataattctttttattgtattttcaggctgacaccggaactcggggtgcactgtaaccattctacgttacggtgcagcttactcaccgtaaggctgcatgcgtacattgagacacaggtgaaactagtttcaggcaacaaactaacgaagatacaaaataagtGAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTGGGAGGGG------TATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGATGAG---------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGT--TATT---GAATGT--G--------TAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTTA-T-TATCC-TTTTTTT-AA-TTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAAATATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTGTTCATGTGCTCTGTAAAT-AAACTTTATGATTTT-AAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTGTGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAC-----GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATTTTCCAT----------TTT--TCATTTTAATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGACCGGTTACGAAATGACC
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTGG-----ATTT--TT-----T----CTACACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--AAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCTTTAACAGAAA-AAGGT---AAATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACACTTTTTT
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAATTATTATCCAAAATTACTAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTTTAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAA---AATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--CAGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCTACAACAAAGG-AAGGT---AAATTCCCAATAATGTGGCTAA-------------ATTTCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACCtca
gi|7 : aTGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-GTAAA-----GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCC---AGCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTC--GAATAAAGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTT-AAAATAGTCAACTAACTCCAT----------TTTTGTCATTTT--T-CAT---T-TTTTCAATATTTT--TC---AA-AATATAATgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|8 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaGATTCATTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCTGTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAACCTATTTCATGTATGTCATATTT--TTATTTGAATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAATATTTTAATCTGGTTACGAAATGACCt
gi|9 : tagttaAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATGGGATGGG------TATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCT-GAGGAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTATTGAATGTTTGAAT----GTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGTTGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTGTTAA-TATCATTTTTTgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 1 111111 3333 3333333 111 3333 4444444444 222 11 11 1 1 3333 1 1 1 1 1 555555555555555 1111 2222222222222222 11111 44444444444444444 2222222 1111 111111 1111 111 2222222222
lowQualScore : 77 5 0 2 444444 2 0 0 4444 2222222 777 1 7 0000 7777777777 333 88 6 7 7 44 3 3 7 7 1111 7 0 6 3 3 5 3 1 1 0 0 999999999999999 1 7777 99 0 1 0000000000000000 0 7 66666 6 6 66666666666666666 99 1111111 4444 999999 99 5 2222 1 3 5 000 0 0 1 1111111111 66 5 1 1 5 5 0 3 6 1 0
lowQualScore : .. . . . ...... . . . .... ....... ... . . .... .......... ... .. . . . .. . . . . .... . . . . . . . . . . . ............... . .... .. . . ................ . . ..... . . ................. .. ....... .... ...... .. . .... . . . ... . . . .......... .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 44 0 5 5 444444 7 7 9 5555 0000000 555 2 3 7777 3333333333 333 33 7 3 3 77 3 3 3 3 3333 3 7 7 3 3 5 2 0 0 0 0 000000000000000 4 0000 44 8 7 8888888888888888 8 3 77777 7 7 77777777777777777 22 7777777 2222 222222 22 4 1111 9 0 7 000 7 2 0 9999999999 99 0 7 4 7 7 7 5 7 0 8
consensus : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
Reference ( family-929 ) : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
gi|1 : -CAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAG------TACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCTGA--AAAAGTTA-------TCT---AAAAATGA
gi|10 : ctacaatgttaatatttatttttcagaatatcaagacgttgttggctgaaccaagagtgcaagtgtttgtcctcgacttcgatactgcagtgtggacggctatcaccggcgtgtttccaggcacaaggataacaggatgcgcattccactggaagcaggcagtccggcaaagagttcaggtaattatgccaataacttgatgataataaagtacatgtacttatttttttacggtccgctggacgcatgcggataatattaccataataatatacttttatatttgtcattttgtaaaaacatttactttttattcttttaaaggcctgtggactcgctgccgatcacaacgcaggtggtggagtacggaagaagttggcgcgtctactagcgctacccctgctgccagctaagcacatttctgtcgtgtttcagaaacagcaacaaaaggcagcggacaacgagcaactggcagaggtatttcaatacgttaaggacacatggatagagagcgccatctggacaccggaaaacttgtccgtctatggtcagccgatccggacaagcaatgactgcaaaggtatgtaaaaagttaaaaacaataatattataaataataatttaacagtatgtcactaaagatgtaacaccgatagaatatatgatacaataaacgaaatcctatgataaaagacaaaatgattttattaaccattctttgtagttgcttatatttttaaattcaataaaatattttcttttatgtattttcagattggcaccatgatcatgatccacaaccgttctacgtattggttacactattatactgtgaggctgccttcgttaagacaaatgtgtatctggtatcttccgaccaactctcggaggagcaaaagacgttaacatgcTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAA-TAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCC----TTAG-AAATAAACTTTGAAATGTTTGCATGTTGTTGTGT---TTT--TT-----T
gi|11 : TTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTCCAT----------TTT--Tagc
gi|12 : tgAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|12 : GAGAACACAG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TATAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAACTcaaaagaagagaacacagcagacggaggggagttttttcagcgtctggagagagtatagccagagcggtatgtcagtagacaaact
gi|13 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaaAGAACAC-GACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAA
gi|14 : acaaactaacgaagacacaaaaaaatCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAACCattaatgaaga
gi|15 : ACG--G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|2 : gtatgttaaccgacacaaaataagtgaacGAAGACGC-GGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCGGTGT---GAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCTCA--GGAAGTTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGATTGGAGTGT----GAATGT--AAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGACTTTTC---GTAAATA---CT-TTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC----------T--CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT-------TAA-TATCATTTTTTTTAA--------------------------ATATTTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAATAAA-TGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTG-GT-------T-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAA--TAGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCTCTAACAGAGG-AAGGT---AAATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCGTTTT-ATTTATCA-C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|3 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaGAACAC-GACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|4 : ttacattgttaatctttatttttcagaaaatcaagacgttgctgccgaccagccccaacgtagagacatttgtcctggacttcgaggtagcagtgtggcaggccatcaccgcagtgtttccggacacacgtatcagaggatgtgcattccactggacacaggcagtctggaaaaaacttcaggtaactattgcaatatatttggcattcgattctaaatgtcaaaataaaacattaagtaattacaataattacagtttaacatgacattcgataataaaactttgataatacatcaaataatttgaatactttttgaatgtcccttattctttataggcctgtggactcgctgctctttataacgccggcggtggagtacagaagatgttgcgtcgactgttagcactacccctgctgcctgccgagcacatcccggtcgtcttcaaggacctacaacgagcggcgacggacaacgagcgactggtggaggtgttcacgtatatcaaggacacatggatagacggcgctctctggaaaccggaagactggtcagtctatgcccatccggtcagtacaaacaacgactgcgaaggtacgtaaaataataacattaataatattataaatcatggtataacaccaatataatatgagtataatgtttttaattaaatttaatacattctttttaattcagtttaatgcataattctttttattgtattttcaggctgacaccggaactcggggtgcactgtaaccattctacgttacggtgcagcttactcaccgtaaggctgcatgcgtacattgagacacaggtgaaactagtttcaggcaacaaactaacgaagatacaaaataagtGAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTGGGAGGGG------TATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGATGAG---------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGT--TATT---GAATGT--G--------TAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTTA-T-TATCC-TTTTTTT-AA-TTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAAATATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTGTTCATGTGCTCTGTAAAT-AAACTTTATGATTTT-AAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTGTGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAC-----GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTATAACTAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATTTTCCAT----------TTT--TCATTTTAATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGACCGGTTACGAAATGACC
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTGG-----ATTT--TT-----T----CTACACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--AAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCTTTAACAGAAA-AAGGT---AAATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACACTTTTTT
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAATTATTATCCAAAATTACTAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTTTAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAA---AATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--CAGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCTACAACAAAGG-AAGGT---AAATTCCCAATAATGTGGCTAA-------------ATTTCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACCtca
gi|7 : aTGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-GTAAA-----GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCC---AGCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTC--GAATAAAGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTT-AAAATAGTCAACTAACTCCAT----------TTTTGTCATTTT--T-CAT---T-TTTTCAATATTTT--TC---AA-AATATAATgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|8 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaGATTCATTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCTGTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAACCTATTTCATGTATGTCATATTT--TTATTTGAATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAATATTTTAATCTGGTTACGAAATGACCt
gi|9 : tagttaAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATGGGATGGG------TATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCT-GAGGAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTATTGAATGTTTGAAT----GTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGTTGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTGTTAA-TATCATTTTTTgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
blockSeqs : C A C GATGAA G GAG TCTAGCG ACA C A TATT TTGAAT . . C T A AT T . A T GTTT A G T A T A T T . . GATTTTAAAATAAG A AAAA CT T TTTAATTTTGATCA A TGTTT G T CTAACTGCATTGATTAT TT AAAATAA AAAA GAGTAA TC A TAAG T C A ACG A GTATGTCATA TG A T C T G T T A
blockSeqs : C G C . C CA T . T . T G . . C T . T . . . . GTTG A G . . A T A . . TT T . A T TATATTCCATT A . . . . . . . . . T . T A . . A . . A A A . . T . G
blockSeqs : C A C . C . T . T . A T . . TT A . G C TGTGTTTTT A . . . . . . . . . A . T T . . C . . A A A . . T . T
blockSeqs : T . C . G A . A T ATTTTT . . . . . . . . . . T . A A . . A . . A A A . . A . T
blockSeqs : T . G . T . GTT . . . . . . . . . . A . A G . . T . . . A A . . . .
blockSeqs : . . A . C . . G . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . T T . .
blockSeqs : T
blockSeqCons : C* TTATTTTT********
originalCons : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTGTATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
finalCons : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTGTGTTATTTTT--------TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAA--TAGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGG-AAGGT---AAATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTT--TCATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC
Alignments
lowQualScore : 1 111111 3333 3333333 111 3333 4444444444 222 11 11 1 1 3333 1 1 1 1 1 555555555555555 1111 2222222222222222222 11111 44444444444444444 2222222 1111 111111 1111 111 2222222222
lowQualScore : 77 5 0 2 444444 2 0 0 4444 2222222 777 1 7 0000 7777777777 333 88 6 7 7 44 3 3 7 7 1111 7 0 6 3 3 5 3 1 1 0 0 999999999999999 1 7777 99 0 5555555555555555555 0 7 66666 6 6 66666666666666666 99 1111111 4444 999999 99 2222 1 6 5 000 0 1 0 1 1111111111 66 5 1 1 5 5 0 1 3 6 1 0
lowQualScore : .. . . . ...... . . . .... ....... ... . . .... .......... ... .. . . . .. . . . . .... . . . . . . . . . . . ............... . .... .. . ................... . . ..... . . ................. .. ....... .... ...... .. .... . . . ... . . . . .......... .. . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 44 0 5 5 444444 7 7 9 5555 0000000 555 2 3 7777 3333333333 333 33 7 3 3 77 3 3 3 3 3333 3 7 7 3 3 5 2 0 0 0 0 000000000000000 4 0000 44 8 0000000000000000000 8 3 77777 7 7 77777777777777777 22 7777777 2222 222222 22 1111 9 6 7 000 7 4 2 0 9999999999 99 0 7 4 7 7 7 7 5 7 0 8
consensus : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTG-TGT-TATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAAT--AGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGGAA-GGTA---AATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTTT--CATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
Reference ( family-929 ) : GAGGACGC-G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCGGCGTCTGGAGAGAG------TACAGCCGGAGCGGTATGTCAGCCGACAAGCTTCT-A--GAAAGTTAT------TCT---GTAAATGAATGTAGTGTT---GAATGT--GAAT----GTAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCC-TTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATATACGTT-ATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAA-TATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTNATTGATGTATTGCNTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTATGATTTT-AAA-TAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTG-TGT-TATTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAAT--AGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTNTAACAAAGGAA-GGTA---AATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTNCAT----------TTTT--CATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTNATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACC
gi|1 : -CAGATCGAGGGCAGGATATTCGGCATCTGGGGGCAG------TACAGTCAGGGCGGCATGTCAGCCAACAAACTTCTGA--AAAAGTTA-------TCT---AAAAATGA
gi|10 : ctacaatgttaatatttatttttcagaatatcaagacgttgttggctgaaccaagagtgcaagtgtttgtcctcgacttcgatactgcagtgtggacggctatcaccggcgtgtttccaggcacaaggataacaggatgcgcattccactggaagcaggcagtccggcaaagagttcaggtaattatgccaataacttgatgataataaagtacatgtacttatttttttacggtccgctggacgcatgcggataatattaccataataatatacttttatatttgtcattttgtaaaaacatttactttttattcttttaaaggcctgtggactcgctgccgatcacaacgcaggtggtggagtacggaagaagttggcgcgtctactagcgctacccctgctgccagctaagcacatttctgtcgtgtttcagaaacagcaacaaaaggcagcggacaacgagcaactggcagaggtatttcaatacgttaaggacacatggatagagagcgccatctggacaccggaaaacttgtccgtctatggtcagccgatccggacaagcaatgactgcaaaggtatgtaaaaagttaaaaacaataatattataaataataatttaacagtatgtcactaaagatgtaacaccgatagaatatatgatacaataaacgaaatcctatgataaaagacaaaatgattttattaaccattctttgtagttgcttatatttttaaattcaataaaatattttcttttatgtattttcagattggcaccatgatcatgatccacaaccgttctacgtattggttacactattatactgtgaggctgccttcgttaagacaaatgtgtatctggtatcttccgaccaactctcggaggagcaaaagacgttaacatgcTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCATGAATAAAATGTGTGTTACTTAATTGATGTAGTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCATTTTTCTCATGTGCTTTGTAAATAATACTTCATGATTTTAAAA-TAAGTTGCTTTAAATTTTGATTATCTTCC----TTAG-AAATAAACTTTGAAATGTTTGCATGTTGTTG-TGT-T-TTT--TT-----
gi|11 : TTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCATTTAGACATTACCATT-ACATCGGCAAGTGTACTAAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CCTTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATTAT--AGGACCCATTAGCACCTCTTTAAA----ATTATCATTCTCTATAACTAAGGAA-GGTA---AATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTCCAT----------TTTT--agc
gi|12 : tgAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|12 : GAGAACACAG-CAGACGGAGGGGAGTTTTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TATAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAAACTcaaaagaagagaacacagcagacggaggggagttttttcagcgtctggagagagtatagccagagcggtatgtcagtagacaaact
gi|13 : aggcagagcggtatgttaaccgacacaaaagaaAGAACAC-GACAGACGGAGGGTAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCCAGAGCGGTATGTCAGTAGACAA
gi|14 : acaaactaacgaagacacaaaaaaatCAACATATTACAT----------TTTT--CATTTTAATATATAG-T-TTTATAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTAATAAACACTTTTTTCAACCattaatgaaga
gi|15 : ACG--G-CAGACGGAGGGGAGAATTTTCAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGGCAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|2 : gtatgttaaccgacacaaaataagtgaacGAAGACGC-GGCAAATAGAAGGGAGAATTTTCGGTGT---GAGAGAGGATGAATATAGTTGCCGCGGTATGTCGGCTGACAAGCTTCTCA--GGAAGTTGTCTAGCGTTTACAGCAAATGATTGGAGTGT----GAATGT--AAATAAATGTAGTGTTATTGAACGTTTGAATG----TGTTTGGACTTTTC---GTAAATA---CT-TTTCTTTGAAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTAATACAC----------T--CAACTCTTGCGTAAATACTTTTCTTTCAAATGT-------TAA-TATCATTTTTTTTAA--------------------------ATATTTTGCTCCATTATGATACTTCTATTATGTGCTTACAACTTTTTCGTAAATAAA-TGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTTG-TGG-T-------T-----TTGTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCTGCACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGTATCACATAAT--AGGACCCATTAGCATCTCTTTAAA----ATCATCGTTCTCTCTAACAGAGGAA-GGTA---AATTACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTTT--CGTTTT-ATTTATCA-C-TTTAAAACACTTTTTTC
gi|3 : ttttattttaaacatgatattttatttataatatatacataattattatccaaaatacaggagacttaacgcgaggaatcgagtggcaccgccattttacgtgacggtacaactacttaaccgcgaggcagcatacgtgaatacacaggtgaagttggtatcggccaagaaacaaaagaaGAACAC-GACAGATGGAGGGGAGGCTTAACAGCGTCTGGAGAGAG------TGCAGCAAGAGCGGTATGTTAACCGACA
gi|4 : ttacattgttaatctttatttttcagaaaatcaagacgttgctgccgaccagccccaacgtagagacatttgtcctggacttcgaggtagcagtgtggcaggccatcaccgcagtgtttccggacacacgtatcagaggatgtgcattccactggacacaggcagtctggaaaaaacttcaggtaactattgcaatatatttggcattcgattctaaatgtcaaaataaaacattaagtaattacaataattacagtttaacatgacattcgataataaaactttgataatacatcaaataatttgaatactttttgaatgtcccttattctttataggcctgtggactcgctgctctttataacgccggcggtggagtacagaagatgttgcgtcgactgttagcactacccctgctgcctgccgagcacatcccggtcgtcttcaaggacctacaacgagcggcgacggacaacgagcgactggtggaggtgttcacgtatatcaaggacacatggatagacggcgctctctggaaaccggaagactggtcagtctatgcccatccggtcagtacaaacaacgactgcgaaggtacgtaaaataataacattaataatattataaatcatggtataacaccaatataatatgagtataatgtttttaattaaatttaatacattctttttaattcagtttaatgcataattctttttattgtattttcaggctgacaccggaactcggggtgcactgtaaccattctacgttacggtgcagcttactcaccgtaaggctgcatgcgtacattgagacacaggtgaaactagtttcaggcaacaaactaacgaagatacaaaataagtGAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGATTTTTCGGAGTGTGGGAGGGG------TATAGTCGCGGTTGTATGTCAGCTGATGAG---------GAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGT--TATT---GAATGT--G--------TAGACTCTTT---CGTT--AATACTTTTCTTTGAAATGTTTTCTGTTA-T-TATCC-TTTTTTT-AA-TTTCTTTGTTGTTGTAAAACTCTTTAATATTTTGCTCTATTTATATACGTTTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATACTTTTCTTCGAAATGTGCTCTG-TAAATATCATTTTTTTTAATTTTTATGTTGTGGTTAAATTCTTAAATATTTTGCTCCACTAATATACTTTTATTATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATAAAATGTGTGTTACTTTATTGATGTATTGCATTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTGTCTGTTGCTTTTTCA-TTTGTTCATGTGCTCTGTAAAT-AAACTTTATGATTTT-AAAATAAGTTGCTTTGAATTTTGATTATCTTTC----TTAG-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATCTTGTTG-TGTGTGTTT--TT-----TTTTTCTATACCAATAATCGCTAAGTGAC-----GAAT-TTATCGTTTGGACATTACCATT-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAAT--AGGACCCTTTACCACCTCTTTAAA----ATTATCGTTCTCTATAACTAAGGAA-GGTA---AATGACCAATAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATTTTCCAT----------TTTT--CATTTTAATATAAAG-T-TTTATAACCCTTTTATCTGAAA-AATATAATAAAATATTGTTTTATTAATCTTAATAAACAC-TTTTTCGACCGGTTACGAAATGACC
gi|5 : AAATGTGTGTTACTTAATTGATGTATTGTTTTGTATTGTATTGTATATTTTGTTTTGTATAATTATCTGTTGCCGTTTCA-TTTTCTCATGTGCTCTGTAAAT-ATACTTTAT----TT---------TTGCTTTGAATTTTGATTATCATTC----TTAA-AAATAAACTTTAAAATGTTTGCATGTTGTGG------ATTT--TT-----T----CTACACCAATAATCGCTAAGTGAA-----GAAT-TTATCGTTTAGACATTACCATT-ACATCGGTACGTGTACTTAACGCCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----CAGTTAA------CACGTGGATCACATAAA--AGGACCCATTAGCACCTCTTTAAC----ATTATCGTTCTCTTTAACAGAAAAA-GGTA---AATTACCAACAATGTGGCTAAAAATAGTCAACATATTACAT----------TTTT--CATTTTAATATATAG-T-TTTACAACCATTTTATCTGAAA-AATGTAATAAAATATTGTTTTATTTATCTTGATAAACACTTTTTT
gi|6 : aatgtcaaaaacatttgttgttatacagtaaaggtttttttttctatttgctattctgtaatggacaagacatTAATTATTATCCAAAATTACTAAATAA---TTAAAAT-TTTAAATATT-TTGCTTT-TAATT--TTGATCATTTTTCT-TAGAAATAAACTTTAA---AATGTTTGCATGTTATCGTTTAGACATTACCATC-ACATCGGCACGTGTACTTAACGTCATCAATCAA-----------------CTAA--CTG-------CATTAAT----TAGTTAA------CACGTGGATCACATAAC--AGGACCCTTTAGCACTGCTTTAAA----ATTATCGTACTCTACAACAAAGGAA-GGTA---AATTCCCAATAATGTGGCTAA-------------ATTTCAT----------TTTT--CATTTTAATATATAGTT-TTTATAACCCTATTATCTGAAA-AATATTATAAAATATTGTTTTATTTATCGTTATAAACACTTTTTTCAACCGGTTACGAAATGACCtca
gi|7 : a-TGTATATTCCATT-----TTTTTCG----CAGTAATCTCTA-GTAAA-----GAAA-TTATTGTTCTTACTTT-CTATTTACATCATCACGTGTGCTTAACGTCACCAATTAGCTAACTGCATTGATTATCTAATTCTGAAAATAACACCAATAAAATAGTTAAGAGTAACATATGGATCACATAATCTAGAACCCA---GCACCTCTTTAAATAAGGTTATCATACTCG--AATAAAGGAAAGGTACGAAATGTCCAATAATGAGGTTAAAA-TAGTCAACTAACTCCAT----------TTTTGTCATTTT--T-CAT---T-TTTTCAATATTTTT--C---AA-AATATAATgaaaaagtggttacgaaatgaccgacatttaacagtggttacgaaattaccgaaaaagcggttacgaaacgaccgaaaaaaaaaacggttacgaaatgactagattacgaaatg
gi|8 : tgatattttaaatattttaattataattgcgtgaaGATTCATTAGCACCTCTTCAAA----TTTATCGTGCTCTGTAACAAAGGAA-GGTA---AATGACCAATAATGTGATTAAAAACAGTCAACCTATTTCATGTATGTCATATTTT--TATTTGAATATGAAG-TGTTTTTAACACAATTATCAGAAATAATACCATAAAATATTGTTTTATTCATCTTTATAAGCAATATTTTAATCTGGTTACGAAATGACCt
gi|9 : tagttaAGGATGT-G-CAAATGGAAGGGAGAATTTTCGGCGTATGGGATGGG------TATAGTCGCGGTGGTATGTCAGCTGACAAGCTTCT-GAGGAAAATTAT------TCT---GTAAATAAATGTAGTGTTATTGAATGTTTGAAT----GTGTACTCTTT---CGTA--AATACTTTTCTTTGAAATGTTCTCTGTTAATATATCCTTTTTTTT-AAATTTCTATGTTGTGGTAAAACTCTTTAA-------------TAATATACGTTGATGTGCTAACAACTCTTTCGTAAATTCATTTCTTTGAAATGTGCTCTGTTAA-TATCATTTTTTgtaaaagtggttacgaaatgaccaacattttaaactgattacgaaagacccgaaaaaatggttacgaaacgaccgaaaataagtggttacgaaatgagttggttacaaaaagaccg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCGTGACGGTACAACTAAACCGCGAGGCAGCATAAGTGAATACACAGGTGAAGTTGGT
Unaligned ( gi|17 ): CGGAAATACTTCAGTGATGCGCGATATCGCATTGTTATATAAAATCC