lowQualScore : 111111 1 111111 1 3333333333333333333333 1 1 11111111 11 11 111111 111111 1111111 11111 22222222222222222 111 333333333333333333333333 222 222222 111 11111 2222 666666 444
lowQualScore : 6 4 999999 4 2 888888 4 0 7 2 2 2 99999 2 2 2 333 2 2 8 0 5555555555555555555555 33 6 2 5 5555 11111111 33 5555 5555 33 5 2 44 444 2 2 00 0 2 777777 2 222222 5555 33 444 2 5555 8888888 33 5555 2 5 00000 333 55555555555555555 2 444 2 22 22 888888888888888888888888 1 000 4 1 2 0 22 444444 33 33 222 888 99999 1 0 2 22 2 333 2222 0 4 9 4 22 5 000000 000
lowQualScore : . . ...... . . ...... . . . . . . ..... . . . ... . . . . ...................... .. . . . .... ........ .. .... .... .. . . .. ... . . .. . . ...... . ...... .... .. ... . .... ....... .. .... . . ..... ... ................. . ... . .. .. ........................ . ... . . . . .. ...... .. .. ... ... ..... . . . .. . ... .... . . . . .. . ...... ...
lowQualScore : 0 5 333333 1 7 222222 7 4 2 4 4 4 11111 4 2 2 999 1 2 9 2 2222222222222222222222 22 9 4 2 0000 88888888 22 0000 0000 44 1 5 66 444 5 5 22 2 9 000000 7 777777 7777 77 777 7 3333 0000000 11 0000 2 2 99999 999 44444444444444444 2 111 0 22 88 333333333333333333333333 9 222 6 9 1 7 99 333333 11 11 111 222 44444 3 3 1 99 2 999 9999 8 4 2 9 88 2 333333 222
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAAT-----AAATGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AC--GANGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCATTTTAATTA-AAAATGCCGGGAA--N---TAT-ATTAT-----A-TAATTCCTG--AAGAGATACAT-TAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATG-TTC----TAATCTGCC-TA----ANATAT----ATA--TAA---AC-TAAGGCT----AGAATAAAAAT--NA-CT----AGGAGCCCATGAGGAA-TTAG----GGT---GGT-----G------GT--GG-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TCGA-A-------AAAATGCCACGTCAAG-TATC-CTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTT--ATTA----ATTTGGGTCGAGCG--CA--C-N-TCGCCCG--GGAACCAATAT-A---TTAAAGGT-GAC--GCCGAATAATA-T---TT--GGTAAAC-TATACC--GGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATA-----CTTTATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( gi|1 ) : TGTGTTACTTTGGATTTAAT-----TAATGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AC--GATGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCATTTTAATTA-AAAATACCGGGAA--A---TAA-ATTA------A-TAATTCCTG--ATGAGATACAT-TAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTT-ATGAGC---ATAA-A-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATG-TCT----TAATCTGCC-TA----ATATAT----ATA--TAA---AC-TAAGGCT----AGAATAAGAAT--GA-CT----AGGAGCCCATGAGGAA-TCAG----AGT---GGT-----T------GT--TG-GT-T-A-AA-TTA--AACATTGTGAA--TAGA-AT------AAAATGCCACGTCAAG-TATT-ATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTT--ATTA----ATTTGGGTCGAGCG--CA--C-A-TCGCCCG--AGAACCAATAT-T---TTAAAGGT-GAC--GCCGAATAATA-T---TTG-GGTAAAC-TTTATC--AGCCAGATTAGAACATAAATCCCCATACATAAAATAGTT--TTTTATCTTAAACATATAAACTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAAT-----AAATGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AC--GATGCCAGT-TG-TAAT-G---GGTATTTTAATCG-AAGATGCCGGGAA--T---TAT-CTTAT-----A-TATTTCCTG--AAGATATACAT-TAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTA-ATTAGC---ATAT-A-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATG-TTG----TAATCTGAC-TA----A-A-AT----ATA--TAA---TC-TAAGGCT----AGAACAA-AGT--AA-CT----AGGATCGCATGAGAAA-TTAGGGGTGGT---GGT-----G------GT--GG-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TCGA---------AAAATACCACGTCAAG-TATT-CTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTG-TTCTGTT--ATT-----ATTTGGGTCGAGCG--CT--C-A-TCGCCGG--GGAGCCAATATAT---TTAAA-GT-GAC--GACGAATAGCA-T---TT--GGTAAAC-TATACC--AGCCAGATAAGAACATAAATCCTCATATATAAAATA-----CTTTATCTT--ACATA
gi|9 : gTATGTTACTTCGGATTTAAT-----AAATGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-------------AAGT-TG-AAA-----------TTTAATT-----AT----------------------------A-TATTTCCTG--AAGAGATACAT-TGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----a
gi|22 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtcTATGTTACTTCGGGTGTAAT-----AAATGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAAC-AC--CAAGTTAAT-CG-AAAT-G---GAAATTTTGATTA-AAAATtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
gi|2 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatTGTAACTTCAGATTTAAC-----AAATGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAAC-GT--TAAGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCGTTTTAATAAGAAAATGCCGGGAG--T---TAT-ATTA------AATAATTCCTG--AAGAGATACAT-TAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-C--ATATCCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTA-ATGAGC---ACAA-A-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTG-TTC----TAATCTGCC-GA----ATATATATATATA--TAA---AC-TAAGGCTTGACAAAATAA-------A-CC----AGGAGCCCATAAGTAA-TTTT----GGT---GGT-----G------GT--GG-GT-C-A-AA-TAA--AAAA-----AA--TAGAGATTCTAAAAAAATGCAATGTCGTA-TATC-CTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTACT--AGT-----ATTTGGGTCGAGCG--CA--C-T-TCGCCGG--GGAACCAATAT-T---TAAATGGT-AAG--GTCGAATAATA-T---TCG-GTT-ACC-TATACC--AGCCAGATTAGAACATACATCCTCATACATAAAATA-----CTTTATC--ATACATTTAAACTtattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|7 : aTGTAACTTCGGACTTGTT-----AAATGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AC--GGTGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCAATTTA--TA-AAAA-------AA--AGCCTGA-ATTATCTTTTA-TATTTCCTA--CAGAGAT-CAT-TAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATG-TTC----TAATCTGAC-TA----AAATAT----ATT--TAA---ACTTTAGGCT----AGAATTTAAAT--TA-CT----AGGAGTCCATTAGGAA-TTAG----GGTAGAGGT-----G------GT--GG-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TCGA-A-------AAAATTCCACGTCAAG-TATT-CTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCG-CTCTG-T--AATA----TTTTGAGTAAAGCG--CA--C-A-TCGCCCG--GGAACCAATAT-A---TTATAGGT-GACCTGCCAGAT
gi|12 : TGCTACTTCGGATTTAAT-----AAATGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAAC-AC--CAATTAAGT-TG-ATAT-G---GGCATTT-AATTA-AAAATGCCGGGAA--T---TAT-GTTAC-----A-TAATTCCTG--AAGAGATACAT-TAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-C-A-ACAACTAGACAGGTAGTATG-TTC----AAATATTCC-TA--------AT----ATA--TAA---AC-TAAGGCT----AGTCTAA-AATA-AA-CT----AGAAGCCCATGATGAA-TTAG----GGT---GGT-----A------GT--GG-GT-A-A-AA-TCA--AAAATGATAAC--TGG-----------CGATGCAACGTCAAA-TATC-CGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCG-TTCTATT--TTTA----A---GGGTtagaacataattcctcannnnnnnnnnatcttgct
gi|19 : aTGTTACTTCAGATTTAAT-----AAAAGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAAC-AC--CAAGTAAGT-TG-TAAT-G---GGCATTTTAATTG-AAAATGCCAGG-A--A---TAACATTAT-----C-TAATTCCAG--AAGAGAAACAT-TAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAAC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGAT-CAAAATTAATGGAT---ATAA-ATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTGAAATAACTTGAC-TA----ATaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|20 : aTGTAACTTCGGATTTAAT-----TAAT------------AAATGATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAAC--AA-GTAAGT-CT-AAAT-G---GGTATTTTAATTA-AAAATGATGGGAA--T---TGT-ATTAT-----A-TAATTCTGA--AAAAGACACAT-TAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGC--ATGCCTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATA-ATGAAC---ATGATA-A-G---CAAAAGAGGTAG--------------ATCTGCA-TA----AACTTT----GTA--TAA---AC-TAAAGCT----AGAATta
gi|13 : aTTACTTCGGATTTGAT-----AAATAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAAC-AC--GATGTTAGT-TG-AA------------------------ATGCCGGGAA--T---TAA-ATTAT-----A-TAATTCCTA--AAGAGATACGT-TATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAAC--AAATCTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACA-------------TGT--TCT----TA-TCTGCC-TA----TAATAT----ATA--TAA---AC-TA----------GAATAA-AAT--AAACC----AGGAGTCCATGAGGAAATTAG----GGT---GGT-----G------GT--GG-GT-A-A-AAACTA--AAAATGGTGAC--TCAA-A--------AAATGCCACGTTTAG-TATC-CTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|4 : TGGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAAC-AC--GATGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCATTTTAATAA-AAAATGCCGGAAA--T---TAT-ATTA--------TAATTCCTG--AAGCGATACAT-TTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACAACAACAGAGGTACAATG-TGC----TAATCTGCC-AA----AAATAT----ATA--TAA---AT-TAATCCT----AGAATAACAAT--GA-TT----AGAAGTCCATGATGAA-TAAG----GGT---TGT-----G------GT--GA-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TCGA-A-------AAAATGCCACGTCAAG-TATC-CTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTG-TTATTTT--ATT-----ATTTGGGTTGAACG--CA--C-T-TCTCCTG--GGTACCAATAT-A---TTAAAGAT-GAC--ACCGAATAGTA-T---ACGTAGTAATA-TACACC--GGACAGATTAGAACATAAATCATCATACAAAAAATA-----CTTTATCTTATATATtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|6 : acGGATTAAAT-----AAATGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AT--GATGTGAGT-TG-AAAT-G---GGCATTTTAATTA-AAAAT---------------------------------TTCCTA--AAGTGATACAT-TAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAAC--ATATTTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTT-ATGAGA---ATCA-A-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATG-TTC----TAATCTGAC-TA----ACACAT----ATA--TAA---AC-TAAGGCT----AGAATAAAAAT--TA-CT----AGGATGCCGTGAGGAA-TCAG----GGT---GGTGGCGGT------GG--TG-GG-TAA-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TGGA-G-------AAAATG-CACGTCAAA-TATC-CTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTT--ATT-----ATTTGAGTCGAGCA--CA--C-A-TCGCCCA--GGAAACAATAT-A---TTAACGGT-GAC--GCCGAATAAT--T---TT--GGTAAAC-TAAACC--AGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAACAA------TTTATCTT--ACATATAAGCT
gi|15 : GAATTTGAT-----AAAAGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAAC-AC--CAAGTAAGT-TGTAAAC-GCCAGATA---TAAATA-AAAACA
gi|5 : TAAT-----CAATGATTA----------GGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAAC-ACCAGA-GCAAGT-TG-GAAT-G---GGCATTTTAATTA-AAAATACCGGGAA--T---TAT-ATTAT-----A-TAATTCCTG--AAGAGATACAT---ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAAC--ATACCTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTT-ATGAAC---ATAA-A-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATG-TTA----TAATCTTCC-AA----AAATAT----ATA--TAA---AC-TAAAGCT----AGAATAAAATT--AA-TA----AGGAGCCTTTTAGGAA-TTTG----GGT---AG------T------GG--TG-AG-T-A-AC-TTA--GAAATAGTGAC--TCGA-AC-------AAATGCCACGCCAAG-AACC-ATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCG-TTCTGTT--ATT-----ATTTCGATCTAGTG--CA--C-T-TCGCCCGGAAAAAAAAATAC-A---TAACAGAT-GGC--GCCAAATTATA-TTCCTTA-TATAACC-TTTAAC--GGCCAGATTAG------AATCTTCATACATAAAATAA-----TTTATCT--GACATAagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|8 : tgaAAT-----AAATGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAAC-AC--AATATAAGT-TA-AAAT-G-----------------------CCAGGTT--A---TAA-ATTAT-----A-TAATTCCTG--AAGAAATACAT-TGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTA-TTC----TAATCTGAC-TA----ATATAT----ATG--TAA---AC-TTAGACT----AGAATAAAAAT--TA-CT----AGGAGCCCATGAGGAA-TTAG----GGT---GG------T------G---------------------------GTGAC--TCGA-A-------AAAATGCCACGTCAAG-TATC-CTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCG-TTCTGTT--ATT-----ATTAGGATCGAGCG--CA--C-A-TCGCCCG--GGAACCAATAT-A---TTAAAGGT-TAC--TCCGAATAATATT---TTG-GTTAAAC-TTTACC--AGCCAGATTAGAACAAAACTCCTCATACATAAAATA-----CTTTATCTT--ATTTATAAACTA
gi|10 : AAT-----GAATGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAAC-AC--GATGTAAGT-TG-AAAT-G---GGCATTTTGATTA-AAAATGCCGGGAA--A---TAT-CTTAC-----A-TAATTCCTG--AAGAGATACAT-TAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAAC--ATATCTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|11 : CAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAAC-AC--CAAG-AATTATA-TAAT--------AATTTAGGAA-AAGATAC--------A---TCA-ATTA-------------CCT--------ATATATATA--TATATATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGG--ATATCTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACA-AAGAGCGAGATA--------AACAGGAGAGGTAGTATG-TTC----AGATCGGCCATA----AC-TAT----GTA--TAA---AC-AAAGACT----GGAAT-AGAATTAAA-CTAAAAAGGAGTTAATGAGGAA-TTAA----------GGT-----T------GTGGTG-GA-T-AGAA-GTC--AA-ATTG-GAAACTGGA-A-------ATAATGCCACATCAAG-CTTC-CTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATA-CTCTATT--ATT-----ATTTGAGACAACCA--TT--C-T-TTGACAG--GGAACCAGTAG-A---TAACACAT-GGT--GCGGAATACTA-T---TC--CATAAACTTTTCTC--AGAAATATCAGAACACAAATCCTCATACACAAAATACTT--gagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|23 : atGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAAC-AC--CAAGTAAGT-TA-AAGT-G---GGCATTTTAATTG-------CCGGGAGTTA---TAT-ATT---------TAATTCCTG--AAGAGATAGTT-TATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAAC--ATATATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACAACAA
gi|16 : -AAATTG---GGCAATTTAATTA-AAAAGGCCGGGAA--T---TA----TA------A--AATTCCGGAAAAAAGATACAT-CAGTTAC---TATAT----A--------TA--T----A----TG-CAAAAT--A-A--TGAGCATAATAAAAcaatgctccaacgtcatttgcatatagtcgatataatgaatccagcataa
gi|14 : TTAT-----A-TAATACCTG--AAGAGATACAT-TAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAAC--ATATATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTA-ATGAGC---ATAA-A-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATG-TTC----TAATCTGCC-AG----AAATAA----ATA--TAA---AC-TAAAGCT----AGAATAAAAAT--GA-CT----AGGAGCCCATGAAGAA-TTAG----AGT---GAT-----TATGGTGGT--GG-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAC--TCGA-AA------AAAATGCCACGTCAAG-TATC-CTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCG-TTCTGTT--ATT-----ATTTGGGTCGAGCG--CA--C-T-TCGCCCG--GGAATCAATAT-A---TTAAAGGT-GAC--ACCGAATTATA-T---TT--GGTAAAC-TATACC--AGCCAGATTAGAACATACATCCTCATACATAAAATA-----CTTTATCTC--ACATATAAACTAaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|16 : gATGCAAAATA-ATGAGC---ATAA-T-A---AAAAAGAGAGGTAGTATG-TTC----TGATCTGCC-TA----GACTAT----GTAACTAACTAAC-TAAGGCC----AGAATA-TAAT--TA-------AGAAGTTAATGAGGGA-TTAG----AGT---GGT-----G------GT--GG-GT-A-A-AA-GTA--AAAATGGCGAC--TCGA-A-------AAAATGTCACGTCGAGCTACC--CCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACG-CTCTATT--ATCA-----TTTGGGCCGAACGTTCAGTC-A-TTGTCAG--GGAACCAGTAG-A---TAAAATAT-GGT--GCGGATTACTA-T---TTT-A-TAAAC-TTTTTCCCGGCAACATCAGAACACAAATCATCATACATAAGATAG-----TTTATAT--GAGATATAAACTt
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatatATCTGCC-TAGTATATATAT----ATA--TAA---AC-TAAGGCT----AGAATGA-AATA-AA-CT----AGTAGCCCATGAGGAA-TTAG----GGT---GGT-----G------GT--TG-GT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTCAC--TCGA-A-------AAAATGTCACGCCAAG-TAAC-CTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCG-TTCTTTT--ATT-----ATTTAGGTTAAGCG--AA--C-T-TCGCCCG--GGAACCATTAA-A---TAAATGTT-GAA--GCAGAATAATA-T---CC--GCTAAGC-TATACC--GGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATCAAATA-----CTTTATCTT----ATATAAtcg
gi|18 : ttAT----ATA--TAA---AC-TAAAGCT----AGATTAAATTT--AA-GT----AGGAGCCCAAGACAAA-TTAG----GGT---GGT-----T------GT--GG-GT-A-A-AA-TTAGAAAAATAGTGAC--TCGA-A-------AAAATGTCACGTCAAG-TATC-ATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCG-TTCTATTACATTGTATCATTCAGGTCGAGCG--CA--C-T-TCACCCG--GGAACCAATAT-A---TGAAAGGT-GAC--GCCAAATGATA-T---TCG-GTTACA--TATACC--AGCCAGATTAGAACATAAATCTCCATATATGAAATACTT--Ttattata
gi|10 : T----ACAACAAAAAA--GG--T----AGGAGCTCATGAGGAA-AAAG----GGT---GGT-----G------GTAATGTGT-A-A-AA-TTA--AAAATGGTGAT--TCGA-AA------AAAATGCCACTTCAAG-TATC-CTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTT--ATT-----ATTTCGGTCGAGCA--CA--C-T-TCGCCCG--GAAACCAATAT-A---TTAAAAGT-GAC--GCCGAATAATA-T---TTT-GTTACAC-TATACC--AGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATAA-----TTTATCTT--ACATATAAACTACat
gi|26 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaa----AGGAGTTAATGAGGAA-TTAG----GGT---GGT-----G------G----G-GTAT-A-AA-GTA--AAAATGGTGAC--TAGA-A-------AATATGCCACTTCGAG-CTTC-CTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Ta
gi|27 : ----AGGAGTTAATGAGGAA-TTAG----GGT---GGT-----G------G----G-GTAT-A-AA-GTA--AAAATGGTGAC--TAGA-A-------AATATGCCACTTCGAG-CTTC-CTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|15 : ATAAGGAA-ACAG----GGC---GGC------------GT--TG-GT-T-A-AA----------------A--T-----C------AAAAAGGCACGTCAGC-TTTC-TTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCA-CTCTATT----TAG---AACTGGGT-AAGCT--TT--TTA-T-GCACG--GGTACCAGTAA-CAAATTAA-----GA---GCCGAATATTG-T---TTA-G-TAA---TTTACC--GGCCGAAACAGAATACAAATCCTCATACATAAAA-A--C--CTTTATCTT--TCATATAAACT
gi|9 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaa-A-AA-TTA--AAACCGGTGAC--TCGA-A-------AAAACGCCACGTCAAG-TGGC-CTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTT--ATTA-----TTTGGGTCGAACA--CA--C-T-TTGCCCG--GGAACCAACAT-A---TCAAAGGT-GAC--GCCGAAGAATA-T---TTT-GGTAAAC-TATACC--AGCCAGATAAGAACATAAATCCTCATACATGAAATA-----CTTTATCT--AATATATAAACT
gi|21 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtctatgttacttcggatttaataaatgatgaacaataaatatgatggaccgaagtcgcttgtatggtagagatgtaacaacaaaagttgaaatttaattatatatttcctgaagagatacattgattaccattttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-AG-TTA--AA--TGGTGCC--TA-A-GT------AAAATGCCAAGTC-AG-TCTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAA-CTCTTTT--CATA----ATT--GGTTTTGCG--TT--CTATTTGCCCG--GGGACCAGTA--A---ATAAAAATAGAT--GCCAAATATAA-T---TT----TATAA-TCTCCC--GGCCACATCAGAACATAAA
gi|24 : aataaaaattaaacaataacgaaacttaaggataaatggtaaataaAAATGCCACTTCC---------TTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCC-TTTGATT--ATAA----AGT-GGATCGAGCG--CA--C-A-TCTTCCG--GGAACCAATAT-G---TAAAATAC-GAC--GCCGAATAATA-T---TTA-G--AAACATACACC--GACCAGATTAAAATATAAATCCTCATACACAACATACTT--TT---TCTT--ACGTACAAACTGCaaactttcatataaactacctatatactatata
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCA-TTCTATT--ATTA-----TTTGGGACGAGCA--CA--C-T-TCGCGCG--GGAACCAATAT-A---TTAAGGTT-GAC--GCCGAATAATA-T---TTT-GGTAGCC-TATACC--GGCCAGATTAGAACATAAATCCTTATAAACAAAAGACTTAATCTTACATTAAa
gi|13 : AATAT-A---TTTAAGTT-GAC--GCCGAATAATA-T---TTT-GGTAAGC-TATACC--AGCCTAATTAAAACATAAATCTTCATACATGAAATA-----CTTTAAATT--ACATATAAac
gi|30 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcagC--AGCCAGATCAGAACACACATCCTCCTGCATAAAATA-----CTTGATTTT--ACATGTAAACTAC
gi|29 : cC--AGCCAGATCAGAACACACATCCTACTGCATAAAATA-----CTTGATTTT--ACATGTAAAGTACa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 222
lowQualScore : 66666 0 1 2 2 4 44 2 2 333 2 2 0 2 3 2 33 4444 11111111 33 4444 4444 33 2 2 2 1 777 9999999 33 444 2 33 2 5555 4444 4444444 2 22 4444 777777 999999 2 333 2 3 1 22 22 4444 1 44 1 1 1 1 2 0 4444 222 22 22 333 333 2 2 2 2 22 5 333 5 1 1 6666 0 1 1 333 333 1 22
lowQualScore : ..... . . . . . .. . . ... . . . . . . .. .... ........ .. .... .... .. . . . . ... ....... .. ... . .. . .... .... ....... . .. .... ...... ...... . ... . . . .. .. .... . .. . . . . . . .... ... .. .. ... ... . . . . .. . ... . . . .... . . . ... ... . ..
lowQualScore : 22222 5 0 2 2 8 00 1 1 777 1 1 9 1 5 2 11 7777 11111111 11 7777 7777 22 4 4 4 1 333 6666666 22 111 4 22 4 0000 4444 7777777 0 88 2222 888888 222222 0 555 0 8 9 66 66 0000 9 55 8 8 0 8 0 2 2222 777 99 99 999 555 0 0 0 0 66 7 333 7 9 9 9999 7 7 2 000 222 8 99
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATATTATATAATT-CCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTAATCTGCC---TA----AAATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-AA-CT----AGGAGCCCATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CA--C--TTCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( family-9146 ) : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAN-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAANTATATTATATAATT-CCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTAATCTGCC---TA----ANATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-NA-CT----AGGAGCCCATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CA--C--NTCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
gi|1 : TGTGTTACTTTGGATTTAATTAA-----TGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAAATAAATTA-ATAATT-CCTG--ATGAGATACATTAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGCATAAA-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATGTCTTAATCTGCC---TA----ATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AGAAT-GA-CT----AGGAGCCCATGAGG-AA--TCAG----AG------T------GG-TTGT---TGGT-T-AAA-TTA--AACA--TTGTGAAT--A-G-AAT-AA-AATGCCACGTCAAG-TATTATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CA--C--ATCGCCCGAGAACCAATAT---TT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTGG-G-TAAAC--TTTAT-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCCCATACATAAAATAGTTTTT-TATCTTAAACATATAAACTAC
gi|10 : AATGAA-----TGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TGATTA-AAAATGCCGGGAAATATCTTACATAATT-CCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|10 : ATA--CAA---AGTA-ATGAGCATAAAATACAACAAAAA-AG-GT----AGGAGCTCATGAGG-AA--AAAG----GG------T------GG-TGGTAATGTGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGATT--C-G-AA--AAAAATGCCACTTCAAG-TATCCTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTTAT----T---ATTTCGGTCGAGCA--CA--C--TTCGCCCGGAAACCAATAT---AT-TAA-A-AGT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-T-TACAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---ATT-TATCTT--ACATATAAACTACgagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|11 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggCAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAACACCAA-G--AATT----AT-A------------TAAT-----AATTTAGGAAAAGATA-CAT-CAATTACCTA--TATATATATAT--AT-----ATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGGATAT--CTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACAAAGAGCG-AGA-T-A-AACAGGAGAGGTAGTATGTTCAGATCGGCCA--TA----AC-TATGTA--TAA---ACAA-A--GAC-TGGAATA----GAATTAAA-CTAAAAAGGAGTTAATGAGG-AA--TTAA----GG------T------TG-TGGT---GGAT-A-GAA-GTC--AAAT--TGGAAACT--G-G-AA--AT-AATGCCACATCAAG-CTTCCTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATA-CTCTATTAT----T---ATTTGAGACAACCA--TT--C--TTTGACAGGGAACCAGTAG---AT-AAC-A-CAT-GGTGCGGAATA--CTA-T---TC-C-A-TAAAC--TTTTCTCAGAAATATCAGAACAC---AAATCCTCATACACAAAATA---CTT-a
gi|12 : atATGCTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAACACCAA-TTAAGTTG-ATAT-G---GGCA-TTT--AATTA-AAAATGCCGGGAATTATGTTACATAATT-CCTG--AAGAGATACATTAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTAATGAGCATAAC-A-ACAACTAGACAGGTAGTATGTTCAAATATTCC---TA--------ATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGTCTA----AAATA-AA-CT----AGAAGCCCATGATG-AA--TTAG----GG------T------GG-TAGT---GGGT-A-AAA-TCA--AAAA--TGATAACTGGC-G---------ATGCAACGTCAAA-TATCCGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCG-TTCTATTTT----TA--A---GGGT
gi|12 : TA--ATA-T---TT-G-G-TAACA--TATAC-GTGCCACATTGAAACAT---AAATCaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|13 : atgctacttcggatttaataaatgataatcaatgattaggatggaccaaagtcgcttgtattgtaaagatataacaaaaaacaccaattaagttgatatgggcatttaattaaaaatgccgggaattatgttacataattcctgaagagatacattaattagtaatacatagatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaacacccagaaacaaagtaatgagcataacaacaactagacaggtagtatgttcaaatattcctaatatataaactaaggctagtctaaaataaactagaagcccatgatgaattagggtggtagtgggtaaaatcaaaaatgataactggcgatgcaacgtcaaatatccgtgagtatactatcagaactgagaaactgatggtttaccgcgttctatttttaagggTTACTTCGGATTTGATAAA-----TAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAACACGAT-GTTAGTTG-AAAT--------------------------GCCGGGAATTAAATTATATAATT-CCTA--AAGAGATACGTTATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAACAAAT--CTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-AC---------------ATGTTCTTATCTGCC---TA----TAATATATA--TAA---A---------C-TAGAATA----AAATA-AA-CC----AGGAGTCCATGAGGAAA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGTAA-AAA-CTA--AAAA--TGGTGACT--C---AA--AA-AATGCCACGTTTAG-TATCCTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|13 : AATAT---AT-TTA-A-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-TAAGC--TATAC-CAGCCTAATTAAAACAT---AAATCTTCATACATGAAATA---CTT-TAAATT--ACATATAAtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|14 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcagTTATATAATA-CCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAACATAT--ATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTAATCTGCC---AG----AAATAAATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAAAT-GA-CT----AGGAGCCCATGAAG-AA--TTAG----AGTGATTAT------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAAA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CA--C--TTCGCCCGGGAATCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACACCGAATT--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTC--ACATATAAACTA
gi|15 : gGAATTTGATAAA-----AGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGTTGTAAAC-GCCAGATA-----TAAATA-AAAAt
gi|15 : ATAAGG-AA--ACAG----GG------C------GG-CGTT---GGTT-A-AAA-TCA--AAAA---GG-----------------------CACGTCAGC-TTTCTTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCA-CTCTATT------TAG-AACTGGGT-AAGCT--TT--T--TATGCACGGGTACCAGTAACAAAT-TAA-------GA-GCCGAATA--TTG-T---TT-A-G-TAA----TTTAC-CGGCCGAAACAGAATAC---AAATCCTCATACATAAAAAC---CTT-TATCTT--TCATATAAACTcaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|16 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaa-AAATTG---GGCA-ATT-TAATTA-AAAAGGCCGGGA-----ATTATAAAATT-CCGGAAAAAAGATACATCAGTTACT-ATATAT----A--------TA--T----G-------CAAAATA-A----TGAGCATAATAAAA
gi|16 : ATGCAAAATAATGAGCATAAT-A-A-AA-AAGAGAGGTAGTATGTTCTGATCTGCC---TA----GACTATGTAACTAACTAACTA-A--GGC-CAGAATA----TAA-T-TA-------AGAAGTTAATGAGG-GA--TTAG----AG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-GTA--AAAA--TGGCGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCGAGCTA-CCCCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACG-CTCTATTAT----C---ATTTGGGCCGAACGTTCAGTC--ATTGTCAGGGAACCAGTAG---AT-AAA-A-TAT-GGTGCGGATTA--CTA-T---TT-T-A-TAAACTTTTTCC-CGGCAACATCAGAACAC---AAATCATCATACATAAGATA---GTT-TATATG--AGATATAAACTaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatatATCTGCC---TAGTATATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATG----AAATA-AA-CT----AGTAGCCCATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---TGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTCACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGCCAAG-TAACCTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCG-TTCTTTTAT----T---ATTTAGGTTAAGCG--AA--C--TTCGCCCGGGAACCATTAA---AT-AAA-T-GTT-GAAGCAGAATA--ATA-T---CC-G-C-TAAGC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATCAAATA---CTT-TATCTT--ATATAtcg
gi|18 : ttATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGATTA----AATTT-AA-GT----AGGAGCCCAAGACA-AA--TTAG----GG------T------GG-TTGT---GGGT-A-AAA-TTAGAAAAA--TAGTGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCAAG-TATCATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCG-TTCTATTACATTGTATCATTCAGGTCGAGCG--CA--C--TTCACCCGGGAACCAATAT---AT-GAA-A-GGT-GACGCCAAATG--ATA-T---TC-G-G-TTACA--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCTCCATATATGAAATA---CTT-TATatattata
gi|19 : ATGTTACTTCAGATTTAATAAA-----AGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGTTG-TAAT-G---GGCA-TTT-TAATTG-AAAATGCCAGGAATAACATTATCTAATT-CCAG--AAGAGAAACATTAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGATCAAAATTAATGGATATAAATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTGA
gi|2 : ATGTAACTTCAGATTTAACAAA-----TGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAACGTTAA-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCG-TTT-TAATAAGAAAATGCCGGGAGTTATATTAAATAATT-CCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-CATAT--CCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTAATGAGCACAAA-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTGTTCTAATCTGCCGAATAT---ATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TTGAC------AAAAT-AAACC----AGGAGCCCATAAGT-AA--TTTT----GG------T------GG-TGGT---GGGT-C-AAA-TAA--AAAAAATAGAGATT--CTA-AA--AA-AATGCAATGTCGTA-TATCCTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTACTAG----TA---TTTGGGTCGAGCG--CA--C--TTCGCCGGGGAACCAATAT----T-TAA-ATGGT-AAGGTCGAATA--ATA-T---TC-G-G-TTACC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCAT--ACATTTAAACTaataacttgactaatta
gi|20 : ATGTAACTTCGGATTTAAT---------------TAATAAAT--GATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAACAA-GTAAGTCT-AAAT-G---GGTA-TTT-TAATTA-AAAATGATGGGAATTGTATTATATAATT-CTGA--AAAAGACACATTAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGCATGC--CTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATAATGAACATGAT-A---AGCAAAAGAGGTAG---------ATCTGCA---TA----AACTTTGTA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAAT
gi|21 : AATA----AAAAT-TA----------AACA-ATAACG-AAACTTAA----GGA-----T------AAATGGT---AAAT-A-AAAGTTA--AA----TGGTGCCT------AAGTAA-AATGCCAAGTCAGT-CTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAA-CTCTTTTCA----TA--ATT--GGTTTTGCG--TT--CTATTTGCCCGGGGACCAGTA----AA-TAA-A-AATAGATGCCAAATA--TAA-T---TT-T-A-TAA----TCTCC-CGGCCACATCAGAACATAAAAAACTTTCAT--ATAAACTA---CCTATATACT--ATATA
gi|22 : TATGTTACTTCGGGTGTAATAAA-----TGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAACACCAA-GTTAATCG-AAAT-G---GAAA-TTT-TGATTA-AAAAT
gi|23 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAACACCAA-GTAAGTTA-AAGT-G---GGCA-TTT-TAATT-------GCCGGGAGTTATAT-ATTTAATT-CCTG--AAGAGATAGTTTATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAACATAT--ATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAtattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|24 : A-AATGCCAC-------T-TCCTTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCC-TTTGATTAT----AA--AGT-GGATCGAGCG--CA--C--ATCTTCCGGGAACCAATAT---GT-AAA-A-TAC-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-A-G--AAACA-TACAC-CGACCAGATTAAAATAT---AAATCCTCATACACAACATA---CTT-TTTCTT--ACGTACAAACTGCcaatgctccaacgtcatttgcatatagtcgatataatgaatccagcataa
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCA-TTCTATTAT----TA---TTTGGGACGAGCA--CA--C--TTCGCGCGGGAACCAATAT---AT-TAA-G-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-TAGCC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTTATAAACAAAAGA---CTT-AATCTT--ACAT-TAAAa
gi|26 : ----AGGAGTTAATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Tac
gi|27 : ----AGGAGTTAATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|29 : C-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTACTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAAGTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GCCAGTTG-TAAT-G---GGTA-TTT-TAATCG-AAGATGCCGGGAATTATCTTATATATTT-CCTG--AAGATATACATTAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATTAGCATATA-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATGTTGTAATCTGAC---TA----AA--ATATA--TAA---TCTA-A--GGC-TAGAAC-----AAAGT-AA-CT----AGGATCGCATGAGA-AA--TTAGGGGTGG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G--A--AA-AATACCACGTCAAG-TATTCTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CT--C--ATCGCCGGGGAGCCAATAT---AT-TTA-A-AGT-GACGACGAATA--GCA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATATATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATAat
gi|30 : gC-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTCCTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAACTACa
gi|4 : GGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAACACGAT-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATAA-AAAATGCCGGAAATTATATTATA--ATT-CCTG--AAGCGATACATTTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACAGAGGTACAATGTGCTAATCTGCC---AA----AAATATATA--TAA---ATTA-A--TCC-TAGAATA----ACAAT-GA-TT----AGAAGTCCATGATG-AA--TAAG----GG------T------TG-TGGT---GAGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTG-TTATTTTAT----T---ATTTGGGTTGAACG--CA--C--TTCTCCTGGGTACCAATAT---AT-TAA-A-GAT-GACACCGAATAGTATA-C---GT-A-G-TAATA--TACAC-CGGACAGATTAGAACAT---AAATCATCATACAAAAAATA---CTT-TATCTT--ATATATa
gi|5 : act-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAACACCAGAGCAAGTTG-GAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAATTATATTATATAATT-CCTG--AAGAGATACAT--ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAACATAC--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTTATGAACATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTATAATCTTCC---AA----AAATATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAATT-AA-TA----AGGAGCCTTTTAGG-AA--TTTG----GG------T------AG-TGGT---GAGT---AAC-TTA--GAAA--TAGTGACT--C-G-AA--CA-AATGCCACGCCAAG-AACCATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTCGATCTAGTG--CA--C--TTCGCCCGGAAAAAAAAAT---ACATAACA-GAT-GGCGCCAAATT--ATA-TTCCTT-ATA-TAACC--TTTAA-CGGCCAGATTAG---------AATCTTCATACATAAAATA---ATT-TATCTG--ACATA
gi|6 : GGATTAAATAAA-----TGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACATGAT-GTGAGTTG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAAT---------------------TT-CCTA--AAGTGATACATTAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAACATAT--TTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGAATCAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTAATCTGAC---TA----ACACATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-TA-CT----AGGATGCCGTGAGG-AA--TCAG----GG------TGGTGGCGG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--G-G-AG--AA-AATG-CACGTCAAA-TATCCTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTTAT----T---ATTTGAGTCGAGCA--CA--C--ATCGCCCAGGAAACAATAT---AT-TAA-C-GGT-GACGCCGAATA--AT--T---TT-G-G-TAAAC--TAAAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACAT-AAACA---ATT-TATCTT--ACATATAAGCT
gi|7 : TGTAACTTCGGACTTGTTAAA-----TGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGGT-GTAAGTTG-AAAT-G---GGCAATTTATAA--A-AAAAAGCCTG-AATTATCTTTTATATTT-CCTA--CAGAGAT-CATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATCATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATGTTCTAATCTGAC---TA----AAATATATT--TAA---ACTTTA--GGC-TAGAATT----TAAAT-TA-CT----AGGAGTCCATTAGG-AA--TTAG----GG------TAGA---GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATTCCACGTCAAG-TATTCTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTAAT-----A--TTTTGAGTAAAGCG--CA--C--ATCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAT-A-GGT-GA-------------------------------------C-CTGCCAGATTAGAACAT---AATTCCTCANNNNNNNNNNA---TCT-T
gi|8 : AATAAA-----TGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACAAT-ATAAGTT---------------------------AAAATGCCAGGTTATAAATTATATAATT-CCTG--AAGAAATACATTGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTATTCTAATCTGAC---TA----ATATATATG--TAA---ACTT-A--GAC-TAGAATA----AAAAT-TA-CT----AGGAGCCCATGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG------------------------------TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTAGGATCGAGCG--CA--C--ATCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-TACTCCGAATA--ATATT---TT-G-GTTAAAC--TTTAC-CAGCCAGATTAGAACAA---AACTCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ATTTATAAACTAgct
gi|9 : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-----------AAGTTG-AAA------------TT-TAATTA---------------TATAT-------TT-CCTG--AAGAGATACATTGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----
gi|9 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtc-AAA-TTA--AAAC--CGGTGACT--C-G-AA--AA-AACGCCACGTCAAG-TGGCCTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAACA--CA--C--TTTGCCCGGGAACCAACAT---AT-CAA-A-GGT-GACGCCGAAGA--ATATT---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATACATGAAATA---CTT-TATCTA--ATATATAAACTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 222
lowQualScore : 66666 0 1 2 2 1 44 2 2 2 333 22 2 2 33 4 33 4444 11111111 33 4444 4444 33 2 2 2 1 55555 88888888888 22 333 2 22 2 22 4444 1 22 2 4444 4444 2 22 4444 777777 999999 2 333 2 3 1 22 22 4444 1 44 1 1 1 1 2 0 4444 222 22 55555 333 2 2 2 2 22 7 333 3 1 1 6666 0 1 1 333 333 1 22
lowQualScore : ..... . . . . . .. . . . ... .. . . .. . .. .... ........ .. .... .... .. . . . . ..... ........... .. ... . .. . .. .... . .. . .... .... . .. .... ...... ...... . ... . . . .. .. .... . .. . . . . . . .... ... .. ..... ... . . . . .. . ... . . . .... . . . ... ... . ..
lowQualScore : 22222 5 0 2 2 8 00 2 1 1 777 22 1 1 11 9 11 7777 11111111 11 7777 7777 22 4 4 4 9 99999 11111111111 99 777 1 99 1 88 5555 9 88 2 2222 2222 0 88 2222 888888 222222 0 555 0 8 9 66 66 0000 9 55 8 8 0 8 0 2 2222 777 99 00000 555 0 0 0 0 66 6 333 8 9 9 9999 7 7 2 000 222 8 99
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAA--TA----AAANT-AA-CT----AGGAGCCCA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( family-9146 ) : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAA--TA----AAAAT-AA-CT----AGGAGCCCA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
gi|1 : TGTGTTACTTTGGATTTAATTAA-----TGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAAATAAA--TTA-ATAATTCCTG--ATGAGATACATTAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGCATAAA-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATGTCTTA-----ATCTGCCTA----A---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAA--TA----AGAAT-GA-CT----AGGAGCCCA----TGAGG-AA--TCAG----AG------T------GG-TTGT---TGGT-T-AAA-TTA--AACA--TTGTGAAT--A-G-AAT-AA-AATGCCACGTCAAG-TATTATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGAGAACCAATAT---TT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTGG-G-TAAAC--TTTAT-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCCCATACATAAAATAGTTTTT-TATCTTAAACATATAAACTAC
gi|10 : AATGAA-----TGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TGATTA-AAAATGCCGGGAAATATC--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|10 : ATA--CAA---AGTA-ATGAGCATAAAA--TACAACAAAAA-AG-GT----AGGAGCTCA----TGAGG-AA--AAAG----GG------T------GG-TGGTAATGTGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGATT--C-G-AA--AAAAATGCCACTTCAAG-TATCCTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTTAT----T---ATTTCGGTCGAGCA--CAC--T--TCGCCCGGAAACCAATAT---AT-TAA-A-AGT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-T-TACAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---ATT-TATCTT--ACATATAAACTACgagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|11 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggCAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAACACCAA-G-AATTATA-TAAT--------A-ATT-TAGGAA-AAGATAC-----ATCA-A--TTA-------CCTA--TATATATATAT--AT-----ATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGGATAT--CTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACAAAGAGCG-AGA-T-A-AACAGGAGAGGTAGTATGTTCAG-----ATCGGCCAT----A---A-CTATGTA--TAA---ACAA-A--GAC-TGGAA--TA----GAATTAAA-CTAAAAAGGAGTTAA----TGAGG-AA--TTAA----GG------T------TG-TGGT---GGAT-A-GAA-GTC--AAAT--TGGAAACT--G-G-AA--AT-AATGCCACATCAAG-CTTCCTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATA-CTCTATTAT----T---ATTTGAGACAACCA--TTC--T--TTGACAGGGAACCAGTAG---AT-AAC-A-CAT-GGTGCGGAATA--CTA-T---TC-C-A-TAAAC--TTTTCTCAGAAATATCAGAACAC---AAATCCTCATACACAAAATA---CTT-a
gi|12 : atATGCTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAACACCAA-TTAAGT-TG-ATAT-G---GGCA-TTT--AATTA-AAAATGCCGGGAATTATG--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTAATGAGCATAAC-A-ACAACTAGACAGGTAGTATGTTCAA-----ATATTCCTA------------ATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGTC--TA----AAATA-AA-CT----AGAAGCCCA----TGATG-AA--TTAG----GG------T------GG-TAGT---GGGT-A-AAA-TCA--AAAA--TGATAACTGGC-G---------ATGCAACGTCAAA-TATCCGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCG-TTCTATTTT----TA--A---GGGT
gi|12 : TA--ATA-T---TT-G-G-TAACA--TATAC-GTGCCACATTGAAACAT---AAATCaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|13 : atgctacttcggatttaataaatgataatcaatgattaggatggaccaaagtcgcttgtattgtaaagatataacaaaaaacaccaattaagttgatatgggcatttaattaaaaatgccgggaattatgttacataattcctgaagagatacattaattagtaatacatagatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaacacccagaaacaaagtaatgagcataacaacaactagacaggtagtatgttcaaatattcctaatatataaactaaggctagtctaaaataaactagaagcccatgatgaattagggtggtagtgggtaaaatcaaaaatgataactggcgatgcaacgtcaaatatccgtgagtatactatcagaactgagaaactgatggtttaccgcgttctatttttaagggTTACTTCGGATTTGATAAA-----TAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAACACGAT-GTTAGT-TG-AAAT--------------------------GCCGGGAATTAAA--TTATATAATTCCTA--AAGAGATACGTTATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAACAAAT--CTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-AC---------------ATGTTCTT-----ATCTGCCTA----T---A-ATATATA--TAA---A---------C-TAGAA--TA----AAATA-AA-CC----AGGAGTCCA----TGAGGAAA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---GGGTAA-AAA-CTA--AAAA--TGGTGACT--C---AA--AA-AATGCCACGTTTAG-TATCCTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|13 : AATAT---AT-TTA-A-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-TAAGC--TATAC-CAGCCTAATTAAAACAT---AAATCTTCATACATGAAATA---CTT-TAAATT--ACATATAAtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|14 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcag--TTATATAATACCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAACATAT--ATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCAG----A---A-ATAAATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAA--TA----AAAAT-GA-CT----AGGAGCCCA----TGAAG-AA--TTAG----AGTGATTAT------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAAA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAATCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACACCGAATT--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTC--ACATATAAACTA
gi|15 : gGAATTTGATAAA-----AGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TGTAAAC-GCCAGATA-----TAAATA-AAAAt
gi|15 : TA----A---A-ATA-ACA---AA---ATT------GT-TAAAAAACA----AAAAC-AA-TT----ACAAAATTAAAAATAAGG-AA--ACAG----GG------C------GG-CGTT---GGTT-A-AAA-TCA--AAAA---GG-----------------------CACGTCAGC-TTTCTTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCA-CTCTATT------TAG-AACTGGGT-AAGCT--TTT--T--ATGCACGGGTACCAGTAACAAAT-TAA-------GA-GCCGAATA--TTG-T---TT-A-G-TAA----TTTAC-CGGCCGAAACAGAATAC---AAATCCTCATACATAAAAAC---CTT-TATCTT--TCATATAAACTcaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|16 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaat-AAATTG---GGCA-ATT-TAATTA-AAAAGGCCGGGAATTATA----A---AATTCCGGAAAAAAGATACATCAGTTACT-ATATAT----A--------TA--T----G-------CAAAATA-A----TGAGCATAATAAAA
gi|16 : ATGCAAAATAATGAGCATAAT-A-A-AA-AAGAGAGGTAGTATGTTCTG-----ATCTGCCTA----G---A-CTATGTAACTAACTAACTA-A--GGC-CAGAA--TA----TAATT-AA--------GAAGTTAA----TGAGG-GA--TTAG----AG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-GTA--AAAA--TGGCGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCGAGCTA-CCCCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACG-CTCTATTAT----C---ATTTGGGCCGAACGTTCAG--TCATTGTCAGGGAACCAGTAG---AT-AAA-A-TAT-GGTGCGGATTA--CTA-T---TT-T-A-TAAACTTTTTCC-CGGCAACATCAGAACAC---AAATCATCATACATAAGATA---GTT-TATATG--AGATATAAACTaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatat-----ATCTGCCTAGTATA---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAA--TG----AAATA-AA-CT----AGTAGCCCA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGGT---TGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTCACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGCCAAG-TAACCTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCG-TTCTTTTAT----T---ATTTAGGTTAAGCG--AAC--T--TCGCCCGGGAACCATTAA---AT-AAA-T-GTT-GAAGCAGAATA--ATA-T---CC-G-C-TAAGC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATCAAATA---CTT-TATCTT--ATATAtcg
gi|18 : ttATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAT--TA----AATTT-AA-GT----AGGAGCCCA----AGACA-AA--TTAG----GG------T------GG-TTGT---GGGT-A-AAA-TTAGAAAAA--TAGTGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCAAG-TATCATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCG-TTCTATTACATTGTATCATTCAGGTCGAGCG--CAC--T--TCACCCGGGAACCAATAT---AT-GAA-A-GGT-GACGCCAAATG--ATA-T---TC-G-G-TTACA--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCTCCATATATGAAATA---CTT-TATatattata
gi|19 : ATGTTACTTCAGATTTAATAAA-----AGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TG-TAAT-G---GGCA-TTT-TAATTG-AAAATGCCAGGAATAACA--TTATCTAATTCCAG--AAGAGAAACATTAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGATCAAAATTAATGGATATAAATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTG-----A
gi|2 : ATGTAACTTCAGATTTAACAAA-----TGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAACGTTAA-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCG-TTT-TAATAAGAAAATGCCGGGAGTTATA--TTAAATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-CATAT--CCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTAATGAGCACAAA-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTGTTCTA-----ATCTGCCGA----ATATATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TTGAC--------AAAAT-AAACC----AGGAGCCCA----TAAGT-AA--TTTT----GG------T------GG-TGGT---GGGT-C-AAA-TAA--AAAAAATAGAGATT--CTA-AA--AA-AATGCAATGTCGTA-TATCCTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTACTAG----TA---TTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCGGGGAACCAATAT----T-TAA-ATGGT-AAGGTCGAATA--ATA-T---TC-G-G-TTACC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCAT--ACATTTAAACTaataacttgactaatta
gi|20 : ATGTAACTTCGGATTTAAT---------------TAATAAAT--GATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAACAA-GTAAGT-CT-AAAT-G---GGTA-TTT-TAATTA-AAAATGATGGGAATTGTA--TTATATAATTCTGA--AAAAGACACATTAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGCATGC--CTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATAATGAACATGAT-A---AGCAAAAGAGGTAG--------------ATCTGCATA----A---A-CTTTGTA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAA--T
gi|21 : AA--TA----AAAAT-----T----AAA---CAA----TAACG-AAACTTAA----GGA-----T------AAATGGT---AAAT-A-AAAGTTA--AA----TGGTGCCT------AAGTAA-AATGCCAAGTCAGT-CTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAA-CTCTTTTCA----TA--ATT--GGTTTTGCG--TTCTAT--TTGCCCGGGGACCAGTA----AA-TAA-A-AATAGATGCCAAATA--TAA-T---TT-T-A-TAA----TCTCC-CGGCCACATCAGAACATAAAAAACTTTCAT--ATAAACTA---CCTATATACT--ATATA
gi|22 : TATGTTACTTCGGGTGTAATAAA-----TGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAACACCAA-GTTAAT-CG-AAAT-G---GAAA-TTT-TGATTA-AAAAT
gi|23 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAACACCAA-GTAAGT-TA-AAGT-G---GGCA-TTT-TAATT-------GCCGGGAGTTATA--T-ATTTAATTCCTG--AAGAGATAGTTTATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAACATAT--ATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACA--------ATGCTCCAACGTCATTTGCATA----T---A-GTCGATA--TAA-----TG-A--ATC-CAGCA--TA----Atattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|24 : A-AATGCCAC-------T-TCCTTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCC-TTTGATTAT----AA--AGT-GGATCGAGCG--CAC--A--TCTTCCGGGAACCAATAT---GT-AAA-A-TAC-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-A-G--AAACA-TACAC-CGACCAGATTAAAATAT---AAATCCTCATACACAACATA---CTT-TTTCTT--ACGTACAAACTGC
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCA-TTCTATTAT----TA---TTTGGGACGAGCA--CAC--T--TCGCGCGGGAACCAATAT---AT-TAA-G-GTT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-G-TAGCC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTTATAAACAAAAGA---CTT-AATCTT--ACAT-TAAAa
gi|26 : ----AGGAGTTAA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Tac
gi|27 : ----AGGAGTTAA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG-TGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|29 : C-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTACTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAAGTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GCCAGT-TG-TAAT-G---GGTA-TTT-TAATCG-AAGATGCCGGGAATTATC--TTATATATTTCCTG--AAGATATACATTAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATTAGCATATA-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATGTTGTA-----ATCTGACTA----A---A---ATATA--TAA---TCTA-A--GGC-TAGAA--C-----AAAGT-AA-CT----AGGATCGCA----TGAGA-AA--TTAGGGGTGG------T------GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G--A--AA-AATACCACGTCAAG-TATTCTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CTC--A--TCGCCGGGGAGCCAATAT---AT-TTA-A-AGT-GACGACGAATA--GCA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATATATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATAat
gi|30 : gC-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTCCTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAACTACa
gi|4 : GGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATAA-AAAATGCCGGAAATTATA--TTATA--ATTCCTG--AAGCGATACATTTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACAGAGGTACAATGTGCTA-----ATCTGCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ATTA-A--TCC-TAGAA--TA----ACAAT-GA-TT----AGAAGTCCA----TGATG-AA--TAAG----GG------T------TG-TGGT---GAGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTG-TTATTTTAT----T---ATTTGGGTTGAACG--CAC--T--TCTCCTGGGTACCAATAT---AT-TAA-A-GAT-GACACCGAATAGTATA-C---GT-A-G-TAATA--TACAC-CGGACAGATTAGAACAT---AAATCATCATACAAAAAATA---CTT-TATCTT--ATATATa
gi|5 : act-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAACACCAGAGCAAGT-TG-GAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACAT--ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAACATAC--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTTATGAACATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTATA-----ATCTTCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAA--TA----AAATT-AA-TA----AGGAGCCTT----TTAGG-AA--TTTG----GG------T------AG-TGGT---GAGT---AAC-TTA--GAAA--TAGTGACT--C-G-AA--CA-AATGCCACGCCAAG-AACCATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTCGATCTAGTG--CAC--T--TCGCCCGGAAAAAAAAAT---ACATAACA-GAT-GGCGCCAAATT--ATA-TTCCTT-ATA-TAACC--TTTAA-CGGCCAGATTAG---------AATCTTCATACATAAAATA---ATT-TATCTG--ACATA
gi|6 : GGATTAAATAAA-----TGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACATGAT-GTGAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAAT-----------------------TTCCTA--AAGTGATACATTAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAACATAT--TTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGAATCAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---C-ACATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAA--TA----AAAAT-TA-CT----AGGATGCCG----TGAGG-AA--TCAG----GG------TGGTGGCGG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--G-G-AG--AA-AATG-CACGTCAAA-TATCCTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTTAT----T---ATTTGAGTCGAGCA--CAC--A--TCGCCCAGGAAACAATAT---AT-TAA-C-GGT-GACGCCGAATA--AT--T---TT-G-G-TAAAC--TAAAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACAT-AAACA---ATT-TATCTT--ACATATAAGCT
gi|7 : TGTAACTTCGGACTTGTTAAA-----TGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGGT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCAATTTATAA--A-AAAAAGCCTG-AATTATC--TTTTATATTTCCTA--CAGAGAT-CATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATCATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---A-ATATATT--TAA---ACTTTA--GGC-TAGAA--TT----TAAAT-TA-CT----AGGAGTCCA----TTAGG-AA--TTAG----GG------TAGA---GG-TGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATTCCACGTCAAG-TATTCTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTAAT-----A--TTTTGAGTAAAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAT-A-GGT-GA-------------------------------------C-CTGCCAGATTAGAACAT---AATTCCTCANNNNNNNNNNA---TCT-T
gi|8 : AATAAA-----TGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACAAT-ATAAGT-T---------------------------AAAATGCCAGG--TTATAAATTATATAATTCCTG--AAGAAATACATTGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTATTCTA-----ATCTGACTA----A---T-ATATATG--TAA---ACTT-A--GAC-TAGAA--TA----AAAAT-TA-CT----AGGAGCCCA----TGAGG-AA--TTAG----GG------T------GG------------------------------TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTAGGATCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-TACTCCGAATA--ATATT---TT-G-GTTAAAC--TTTAC-CAGCCAGATTAGAACAA---AACTCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ATTTATAAACTAgct
gi|9 : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-----------AAGT-TG-AAA------------TT-TAATTA---------------TATA--T-------TTCCTG--AAGAGATACATTGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----
gi|9 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtc-AAA-TTA--AAAC--CGGTGACT--C-G-AA--AA-AACGCCACGTCAAG-TGGCCTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAACA--CAC--T--TTGCCCGGGAACCAACAT---AT-CAA-A-GGT-GACGCCGAAGA--ATATT---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATACATGAAATA---CTT-TATCTA--ATATATAAACTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111111 222
lowQualScore : 66666 0 1 2 2 1 44 2 2 2 333 22 2 2 33 4 33 4444 11111111 33 4444 4444 33 2 2 2 1 55555 00000000000 33 333 2 33 2 5555 222 4444 2 4444 666666 999999 333 2 3 1 22 22 4444 1 44 1 1 1 1 2 0 4444 222 22 55555 333 2 2 2 2 22 7 333 3 1 1 6666 0 1 1 333 333 1 22
lowQualScore : ..... . . . . . .. . . . ... .. . . .. . .. .... ........ .. .... .... .. . . . . ..... ........... .. ... . .. . .... ... .... . .... ...... ...... ... . . . .. .. .... . .. . . . . . . .... ... .. ..... ... . . . . .. . ... . . . .... . . . ... ... . ..
lowQualScore : 22222 5 0 2 2 8 00 2 1 1 777 22 1 1 11 9 11 7777 11111111 11 7777 7777 22 4 4 4 9 99999 33333333333 11 999 2 11 2 0000 666 7777 1 5555 111111 777777 555 0 8 9 66 66 0000 9 55 8 8 0 8 0 2 2222 777 99 00000 555 0 0 0 0 66 6 333 8 9 9 9999 7 7 2 000 222 8 99
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( family-9146 ) : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
gi|1 : TGTGTTACTTTGGATTTAATTAA-----TGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAAATAAA--TTA-ATAATTCCTG--ATGAGATACATTAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGCATAAA-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATGTCTTA-----ATCTGCCTA----A---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AGAAT-GACT----AGGAGCCCATGAGG-AATCAG----AG------T------GGTTGT---TGGT-T-AAA-TTA--AACA--TTGTGAAT--A-G-AAT-AA-AATGCCACGTCAAG-TATTATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGAGAACCAATAT---TT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTGG-G-TAAAC--TTTAT-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCCCATACATAAAATAGTTTTT-TATCTTAAACATATAAACTAC
gi|10 : AATGAA-----TGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TGATTA-AAAATGCCGGGAAATATC--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|10 : ATA--CAA---AGTA-ATGAGCATAAAATACAACAAAAA-AGGT----AGGAGCTCATGAGG-AAAAAG----GG------T------GGTGGTAATGTGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGATT--C-G-AA--AAAAATGCCACTTCAAG-TATCCTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTTAT----T---ATTTCGGTCGAGCA--CAC--T--TCGCCCGGAAACCAATAT---AT-TAA-A-AGT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-T-TACAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---ATT-TATCTT--ACATATAAACTACgagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|11 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggCAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAACACCAA-G-AATTATA-TAAT--------A-ATT-TAGGAA-AAGATAC-----ATCA-A--TTA-------CCTA--TATATATATAT--AT-----ATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGGATAT--CTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACAAAGAGCG-AGA-T-A-AACAGGAGAGGTAGTATGTTCAG-----ATCGGCCAT----A---A-CTATGTA--TAA---ACAA-A--GAC-TGGAATA----GAATTAAACTAAAAAGGAGTTAATGAGG-AATTAA----GG------T------TGTGGT---GGAT-A-GAA-GTC--AAAT--TGGAAACT--G-G-AA--AT-AATGCCACATCAAG-CTTCCTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATA-CTCTATTAT----T---ATTTGAGACAACCA--TTC--T--TTGACAGGGAACCAGTAG---AT-AAC-A-CAT-GGTGCGGAATA--CTA-T---TC-C-A-TAAAC--TTTTCTCAGAAATATCAGAACAC---AAATCCTCATACACAAAATA---CTT-a
gi|12 : atATGCTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAACACCAA-TTAAGT-TG-ATAT-G---GGCA-TTT--AATTA-AAAATGCCGGGAATTATG--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTAATGAGCATAAC-A-ACAACTAGACAGGTAGTATGTTCAA-----ATATTCCTA------------ATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGTCTA----AAATA-AACT----AGAAGCCCATGATG-AATTAG----GG------T------GGTAGT---GGGT-A-AAA-TCA--AAAA--TGATAACTGGC-G---------ATGCAACGTCAAA-TATCCGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCG-TTCTATTTT----TA--A---GGGT
gi|12 : TA--ATA-T---TT-G-G-TAACA--TATAC-GTGCCACATTGAAACAT---AAATCaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|13 : atgctacttcggatttaataaatgataatcaatgattaggatggaccaaagtcgcttgtattgtaaagatataacaaaaaacaccaattaagttgatatgggcatttaattaaaaatgccgggaattatgttacataattcctgaagagatacattaattagtaatacatagatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaacacccagaaacaaagtaatgagcataacaacaactagacaggtagtatgttcaaatattcctaatatataaactaaggctagtctaaaataaactagaagcccatgatgaattagggtggtagtgggtaaaatcaaaaatgataactggcgatgcaacgtcaaatatccgtgagtatactatcagaactgagaaactgatggtttaccgcgttctatttttaagggTTACTTCGGATTTGATAAA-----TAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAACACGAT-GTTAGT-TG-AAAT--------------------------GCCGGGAATTAAA--TTATATAATTCCTA--AAGAGATACGTTATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAACAAAT--CTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-AC---------------ATGTTCTT-----ATCTGCCTA----T---A-ATATATA--TAA---A---------C-TAGAATA----AAATA-AACC----AGGAGTCCATGAGGAAATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGTAA-AAA-CTA--AAAA--TGGTGACT--C---AA--AA-AATGCCACGTTTAG-TATCCTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|13 : AATAT---AT-TTA-A-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-TAAGC--TATAC-CAGCCTAATTAAAACAT---AAATCTTCATACATGAAATA---CTT-TAAATT--ACATATAAtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|14 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcag--TTATATAATACCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAACATAT--ATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCAG----A---A-ATAAATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAAAT-GACT----AGGAGCCCATGAAG-AATTAG----AGTGATTAT------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAAA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAATCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACACCGAATT--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTC--ACATATAAACTA
gi|15 : gGAATTTGATAAA-----AGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TGTAAAC-GCCAGATA-----TAAATA-AAAAt
gi|15 : ATAAGG-AAACAG----GG------C------GGCGTT---GGTT-A-AAA-TCA--AAAA---GG-----------------------CACGTCAGC-TTTCTTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCA-CTCTATT------TAG-AACTGGGT-AAGCT--TTT--T--ATGCACGGGTACCAGTAACAAAT-TAA-------GA-GCCGAATA--TTG-T---TT-A-G-TAA----TTTAC-CGGCCGAAACAGAATAC---AAATCCTCATACATAAAAAC---CTT-TATCTT--TCATATAAACTcaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|16 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaa-AAATTG---GGCA-ATT-TAATTA-AAAAGGCCGGGAATTATA----A---AATTCCGGAAAAAAGATACATCAGTTACT-ATATAT----A--------TA--T----G-------CAAAATA-A----TGAGCATAATAAAA
gi|16 : ATGCAAAATAATGAGCATAAT-A-A-AA-AAGAGAGGTAGTATGTTCTG-----ATCTGCCTA----G---A-CTATGTAACTAACTAACTA-A--GGC-CAGAATA----TAATT-AA-------GAAGTTAATGAGG-GATTAG----AG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-GTA--AAAA--TGGCGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCGAGCTA-CCCCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACG-CTCTATTAT----C---ATTTGGGCCGAACGTTCAG--TCATTGTCAGGGAACCAGTAG---AT-AAA-A-TAT-GGTGCGGATTA--CTA-T---TT-T-A-TAAACTTTTTCC-CGGCAACATCAGAACAC---AAATCATCATACATAAGATA---GTT-TATATG--AGATATAAACTaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatat-----ATCTGCCTAGTATA---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATG----AAATA-AACT----AGTAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---TGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTCACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGCCAAG-TAACCTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCG-TTCTTTTAT----T---ATTTAGGTTAAGCG--AAC--T--TCGCCCGGGAACCATTAA---AT-AAA-T-GTT-GAAGCAGAATA--ATA-T---CC-G-C-TAAGC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATCAAATA---CTT-TATCTT--ATATAtcg
gi|18 : ttATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGATTA----AATTT-AAGT----AGGAGCCCAAGACA-AATTAG----GG------T------GGTTGT---GGGT-A-AAA-TTAGAAAAA--TAGTGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCAAG-TATCATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCG-TTCTATTACATTGTATCATTCAGGTCGAGCG--CAC--T--TCACCCGGGAACCAATAT---AT-GAA-A-GGT-GACGCCAAATG--ATA-T---TC-G-G-TTACA--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCTCCATATATGAAATA---CTT-TATatattata
gi|19 : ATGTTACTTCAGATTTAATAAA-----AGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TG-TAAT-G---GGCA-TTT-TAATTG-AAAATGCCAGGAATAACA--TTATCTAATTCCAG--AAGAGAAACATTAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGATCAAAATTAATGGATATAAATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTG-----A
gi|2 : ATGTAACTTCAGATTTAACAAA-----TGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAACGTTAA-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCG-TTT-TAATAAGAAAATGCCGGGAGTTATA--TTAAATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-CATAT--CCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTAATGAGCACAAA-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTGTTCTA-----ATCTGCCGA----ATATATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TTGA-CA----AAATA-AACC----AGGAGCCCATAAGT-AATTTT----GG------T------GGTGGT---GGGT-C-AAA-TAA--AAAAAATAGAGATT--CTA-AA--AA-AATGCAATGTCGTA-TATCCTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTACTAG----TA---TTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCGGGGAACCAATAT----T-TAA-ATGGT-AAGGTCGAATA--ATA-T---TC-G-G-TTACC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCAT--ACATTTAAACTaataacttgactaatta
gi|20 : ATGTAACTTCGGATTTAAT---------------TAATAAAT--GATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAACAA-GTAAGT-CT-AAAT-G---GGTA-TTT-TAATTA-AAAATGATGGGAATTGTA--TTATATAATTCTGA--AAAAGACACATTAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGCATGC--CTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATAATGAACATGAT-A---AGCAAAAGAGGTAG--------------ATCTGCATA----A---A-CTTTGTA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAAT
gi|21 : TGGT---AAAT-A-AAAGTTA--AA----TGGTGCCT------AAGTAA-AATGCCAAGTCAGT-CTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAA-CTCTTTTCA----TA--ATT--GGTTTTGCG--TTCTAT--TTGCCCGGGGACCAGTA----AA-TAA-A-AATAGATGCCAAATA--TAA-T---TT-T-A-TAA----TCTCC-CGGCCACATCAGAACATAAAAAACTTTCAT--ATAAACTA---CCTATATACT--ATATA
gi|22 : aataaaaattaaacaataacgaaacttaaggataaaTATGTTACTTCGGGTGTAATAAA-----TGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAACACCAA-GTTAAT-CG-AAAT-G---GAAA-TTT-TGATTA-AAAAT
gi|23 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAACACCAA-GTAAGT-TA-AAGT-G---GGCA-TTT-TAATT-------GCCGGGAGTTATA--T-ATTTAATTCCTG--AAGAGATAGTTTATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAACATAT--ATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACA--------ATGCTCCAACGTCATTTGCATA----T---A-GTCGATA--TAA-----TG-A--ATC-CAGCATA----Atattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|24 : A-AATGCCAC-------T-TCCTTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCC-TTTGATTAT----AA--AGT-GGATCGAGCG--CAC--A--TCTTCCGGGAACCAATAT---GT-AAA-A-TAC-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-A-G--AAACA-TACAC-CGACCAGATTAAAATAT---AAATCCTCATACACAACATA---CTT-TTTCTT--ACGTACAAACTGC
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCA-TTCTATTAT----TA---TTTGGGACGAGCA--CAC--T--TCGCGCGGGAACCAATAT---AT-TAA-G-GTT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-G-TAGCC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTTATAAACAAAAGA---CTT-AATCTT--ACAT-TAAAa
gi|26 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Tac
gi|27 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|29 : C-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTACTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAAGTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GCCAGT-TG-TAAT-G---GGTA-TTT-TAATCG-AAGATGCCGGGAATTATC--TTATATATTTCCTG--AAGATATACATTAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATTAGCATATA-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATGTTGTA-----ATCTGACTA----A---A---ATATA--TAA---TCTA-A--GGC-TAGAAC-----AAAGT-AACT----AGGATCGCATGAGA-AATTAGGGGTGG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G--A--AA-AATACCACGTCAAG-TATTCTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CTC--A--TCGCCGGGGAGCCAATAT---AT-TTA-A-AGT-GACGACGAATA--GCA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATATATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATAat
gi|30 : gC-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTCCTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAACTACa
gi|4 : GGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATAA-AAAATGCCGGAAATTATA--TTATA--ATTCCTG--AAGCGATACATTTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACAGAGGTACAATGTGCTA-----ATCTGCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ATTA-A--TCC-TAGAATA----ACAAT-GATT----AGAAGTCCATGATG-AATAAG----GG------T------TGTGGT---GAGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTG-TTATTTTAT----T---ATTTGGGTTGAACG--CAC--T--TCTCCTGGGTACCAATAT---AT-TAA-A-GAT-GACACCGAATAGTATA-C---GT-A-G-TAATA--TACAC-CGGACAGATTAGAACAT---AAATCATCATACAAAAAATA---CTT-TATCTT--ATATATa
gi|5 : act-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAACACCAGAGCAAGT-TG-GAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACAT--ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAACATAC--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTTATGAACATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTATA-----ATCTTCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAATT-AATA----AGGAGCCTTTTAGG-AATTTG----GG------T------AGTGGT---GAGT---AAC-TTA--GAAA--TAGTGACT--C-G-AA--CA-AATGCCACGCCAAG-AACCATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTCGATCTAGTG--CAC--T--TCGCCCGGAAAAAAAAAT---ACATAACA-GAT-GGCGCCAAATT--ATA-TTCCTT-ATA-TAACC--TTTAA-CGGCCAGATTAG---------AATCTTCATACATAAAATA---ATT-TATCTG--ACATA
gi|6 : GGATTAAATAAA-----TGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACATGAT-GTGAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAAT-----------------------TTCCTA--AAGTGATACATTAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAACATAT--TTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGAATCAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---C-ACATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGATGCCGTGAGG-AATCAG----GG------TGGTGGCGGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--G-G-AG--AA-AATG-CACGTCAAA-TATCCTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTTAT----T---ATTTGAGTCGAGCA--CAC--A--TCGCCCAGGAAACAATAT---AT-TAA-C-GGT-GACGCCGAATA--AT--T---TT-G-G-TAAAC--TAAAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACAT-AAACA---ATT-TATCTT--ACATATAAGCT
gi|7 : TGTAACTTCGGACTTGTTAAA-----TGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGGT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCAATTTATAA--A-AAAAAGCCTG-AATTATC--TTTTATATTTCCTA--CAGAGAT-CATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATCATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---A-ATATATT--TAA---ACTTTA--GGC-TAGAATT----TAAAT-TACT----AGGAGTCCATTAGG-AATTAG----GG------TAGA---GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATTCCACGTCAAG-TATTCTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTAAT-----A--TTTTGAGTAAAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAT-A-GGT-GA-------------------------------------C-CTGCCAGATTAGAACAT---AATTCCTCANNNNNNNNNNA---TCT-T
gi|8 : AATAAA-----TGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACAAT-ATAAGT-T---------------------------AAAATGCCAGG--TTATAAATTATATAATTCCTG--AAGAAATACATTGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTATTCTA-----ATCTGACTA----A---T-ATATATG--TAA---ACTT-A--GAC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GG-----------------------------TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTAGGATCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-TACTCCGAATA--ATATT---TT-G-GTTAAAC--TTTAC-CAGCCAGATTAGAACAA---AACTCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ATTTATAAACTAgct
gi|9 : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-----------AAGT-TG-AAA------------TT-TAATTA---------------TATA--T-------TTCCTG--AAGAGATACATTGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----
gi|9 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtc-AAA-TTA--AAAC--CGGTGACT--C-G-AA--AA-AACGCCACGTCAAG-TGGCCTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAACA--CAC--T--TTGCCCGGGAACCAACAT---AT-CAA-A-GGT-GACGCCGAAGA--ATATT---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATACATGAAATA---CTT-TATCTA--ATATATAAACTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111111 222
lowQualScore : 66666 0 1 2 2 1 44 2 2 2 333 22 2 2 33 4 33 4444 11111111 33 4444 4444 33 2 2 2 1 55555 00000000000 33 333 2 33 2 5555 222 4444 2 4444 666666 999999 333 2 3 1 22 22 4444 1 44 1 1 1 1 2 0 4444 222 22 55555 333 2 2 2 2 22 7 333 3 1 1 6666 0 1 1 333 333 1 22
lowQualScore : ..... . . . . . .. . . . ... .. . . .. . .. .... ........ .. .... .... .. . . . . ..... ........... .. ... . .. . .... ... .... . .... ...... ...... ... . . . .. .. .... . .. . . . . . . .... ... .. ..... ... . . . . .. . ... . . . .... . . . ... ... . ..
lowQualScore : 22222 5 0 2 2 8 00 2 1 1 777 22 1 1 11 9 11 7777 11111111 11 7777 7777 22 4 4 4 9 99999 33333333333 11 999 2 11 2 0000 666 7777 1 5555 111111 777777 555 0 8 9 66 66 0000 9 55 8 8 0 8 0 2 2222 777 99 00000 555 0 0 0 0 66 6 333 8 9 9 9999 7 7 2 000 222 8 99
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( family-9146 ) : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
gi|1 : TGTGTTACTTTGGATTTAATTAA-----TGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAAATAAA--TTA-ATAATTCCTG--ATGAGATACATTAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGCATAAA-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATGTCTTA-----ATCTGCCTA----A---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AGAAT-GACT----AGGAGCCCATGAGG-AATCAG----AG------T------GGTTGT---TGGT-T-AAA-TTA--AACA--TTGTGAAT--A-G-AAT-AA-AATGCCACGTCAAG-TATTATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGAGAACCAATAT---TT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTGG-G-TAAAC--TTTAT-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCCCATACATAAAATAGTTTTT-TATCTTAAACATATAAACTAC
gi|10 : AATGAA-----TGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TGATTA-AAAATGCCGGGAAATATC--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|10 : ATA--CAA---AGTA-ATGAGCATAAAATACAACAAAAA-AGGT----AGGAGCTCATGAGG-AAAAAG----GG------T------GGTGGTAATGTGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGATT--C-G-AA--AAAAATGCCACTTCAAG-TATCCTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTTAT----T---ATTTCGGTCGAGCA--CAC--T--TCGCCCGGAAACCAATAT---AT-TAA-A-AGT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-T-TACAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---ATT-TATCTT--ACATATAAACTACgagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|11 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggCAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAACACCAA-G-AATTATA-TAAT--------A-ATT-TAGGAA-AAGATAC-----ATCA-A--TTA-------CCTA--TATATATATAT--AT-----ATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGGATAT--CTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACAAAGAGCG-AGA-T-A-AACAGGAGAGGTAGTATGTTCAG-----ATCGGCCAT----A---A-CTATGTA--TAA---ACAA-A--GAC-TGGAATA----GAATTAAACTAAAAAGGAGTTAATGAGG-AATTAA----GG------T------TGTGGT---GGAT-A-GAA-GTC--AAAT--TGGAAACT--G-G-AA--AT-AATGCCACATCAAG-CTTCCTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATA-CTCTATTAT----T---ATTTGAGACAACCA--TTC--T--TTGACAGGGAACCAGTAG---AT-AAC-A-CAT-GGTGCGGAATA--CTA-T---TC-C-A-TAAAC--TTTTCTCAGAAATATCAGAACAC---AAATCCTCATACACAAAATA---CTT-a
gi|12 : atATGCTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAACACCAA-TTAAGT-TG-ATAT-G---GGCA-TTT--AATTA-AAAATGCCGGGAATTATG--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTAATGAGCATAAC-A-ACAACTAGACAGGTAGTATGTTCAA-----ATATTCCTA------------ATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGTCTA----AAATA-AACT----AGAAGCCCATGATG-AATTAG----GG------T------GGTAGT---GGGT-A-AAA-TCA--AAAA--TGATAACTGGC-G---------ATGCAACGTCAAA-TATCCGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCG-TTCTATTTT----TA--A---GGGT
gi|12 : TA--ATA-T---TT-G-G-TAACA--TATAC-GTGCCACATTGAAACAT---AAATCaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|13 : atgctacttcggatttaataaatgataatcaatgattaggatggaccaaagtcgcttgtattgtaaagatataacaaaaaacaccaattaagttgatatgggcatttaattaaaaatgccgggaattatgttacataattcctgaagagatacattaattagtaatacatagatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaacacccagaaacaaagtaatgagcataacaacaactagacaggtagtatgttcaaatattcctaatatataaactaaggctagtctaaaataaactagaagcccatgatgaattagggtggtagtgggtaaaatcaaaaatgataactggcgatgcaacgtcaaatatccgtgagtatactatcagaactgagaaactgatggtttaccgcgttctatttttaagggTTACTTCGGATTTGATAAA-----TAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAACACGAT-GTTAGT-TG-AAAT--------------------------GCCGGGAATTAAA--TTATATAATTCCTA--AAGAGATACGTTATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAACAAAT--CTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-AC---------------ATGTTCTT-----ATCTGCCTA----T---A-ATATATA--TAA---A---------C-TAGAATA----AAATA-AACC----AGGAGTCCATGAGGAAATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGTAA-AAA-CTA--AAAA--TGGTGACT--C---AA--AA-AATGCCACGTTTAG-TATCCTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|13 : AATAT---AT-TTA-A-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-TAAGC--TATAC-CAGCCTAATTAAAACAT---AAATCTTCATACATGAAATA---CTT-TAAATT--ACATATAAtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|14 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcag--TTATATAATACCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAACATAT--ATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCAG----A---A-ATAAATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAAAT-GACT----AGGAGCCCATGAAG-AATTAG----AGTGATTAT------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAAA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAATCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACACCGAATT--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTC--ACATATAAACTA
gi|15 : gGAATTTGATAAA-----AGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TGTAAAC-GCCAGATA-----TAAATA-AAAAt
gi|15 : ATAAGG-AAACAG----GG------C------GGCGTT---GGTT-A-AAA-TCA--AAAA---GG-----------------------CACGTCAGC-TTTCTTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCA-CTCTATT------TAG-AACTGGGT-AAGCT--TTT--T--ATGCACGGGTACCAGTAACAAAT-TAA-------GA-GCCGAATA--TTG-T---TT-A-G-TAA----TTTAC-CGGCCGAAACAGAATAC---AAATCCTCATACATAAAAAC---CTT-TATCTT--TCATATAAACTcaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|16 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaa-AAATTG---GGCA-ATT-TAATTA-AAAAGGCCGGGAATTATA----A---AATTCCGGAAAAAAGATACATCAGTTACT-ATATAT----A--------TA--T----G-------CAAAATA-A----TGAGCATAATAAAA
gi|16 : ATGCAAAATAATGAGCATAAT-A-A-AA-AAGAGAGGTAGTATGTTCTG-----ATCTGCCTA----G---A-CTATGTAACTAACTAACTA-A--GGC-CAGAATA----TAATT-AA-------GAAGTTAATGAGG-GATTAG----AG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-GTA--AAAA--TGGCGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCGAGCTA-CCCCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACG-CTCTATTAT----C---ATTTGGGCCGAACGTTCAG--TCATTGTCAGGGAACCAGTAG---AT-AAA-A-TAT-GGTGCGGATTA--CTA-T---TT-T-A-TAAACTTTTTCC-CGGCAACATCAGAACAC---AAATCATCATACATAAGATA---GTT-TATATG--AGATATAAACTaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatat-----ATCTGCCTAGTATA---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATG----AAATA-AACT----AGTAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---TGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTCACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGCCAAG-TAACCTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCG-TTCTTTTAT----T---ATTTAGGTTAAGCG--AAC--T--TCGCCCGGGAACCATTAA---AT-AAA-T-GTT-GAAGCAGAATA--ATA-T---CC-G-C-TAAGC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATCAAATA---CTT-TATCTT--ATATAtcg
gi|18 : ttATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGATTA----AATTT-AAGT----AGGAGCCCAAGACA-AATTAG----GG------T------GGTTGT---GGGT-A-AAA-TTAGAAAAA--TAGTGACT--C-G-AA--AA-AATGTCACGTCAAG-TATCATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCG-TTCTATTACATTGTATCATTCAGGTCGAGCG--CAC--T--TCACCCGGGAACCAATAT---AT-GAA-A-GGT-GACGCCAAATG--ATA-T---TC-G-G-TTACA--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCTCCATATATGAAATA---CTT-TATatattata
gi|19 : ATGTTACTTCAGATTTAATAAA-----AGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TG-TAAT-G---GGCA-TTT-TAATTG-AAAATGCCAGGAATAACA--TTATCTAATTCCAG--AAGAGAAACATTAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGATCAAAATTAATGGATATAAATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTG-----A
gi|2 : ATGTAACTTCAGATTTAACAAA-----TGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAACGTTAA-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCG-TTT-TAATAAGAAAATGCCGGGAGTTATA--TTAAATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-CATAT--CCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTAATGAGCACAAA-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTGTTCTA-----ATCTGCCGA----ATATATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TTGA-CA----AAATA-AACC----AGGAGCCCATAAGT-AATTTT----GG------T------GGTGGT---GGGT-C-AAA-TAA--AAAAAATAGAGATT--CTA-AA--AA-AATGCAATGTCGTA-TATCCTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTACTAG----TA---TTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCGGGGAACCAATAT----T-TAA-ATGGT-AAGGTCGAATA--ATA-T---TC-G-G-TTACC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCAT--ACATTTAAACTaataacttgactaatta
gi|20 : ATGTAACTTCGGATTTAAT---------------TAATAAAT--GATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAACAA-GTAAGT-CT-AAAT-G---GGTA-TTT-TAATTA-AAAATGATGGGAATTGTA--TTATATAATTCTGA--AAAAGACACATTAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGCATGC--CTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATAATGAACATGAT-A---AGCAAAAGAGGTAG--------------ATCTGCATA----A---A-CTTTGTA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAAT
gi|21 : TGGT---AAAT-A-AAAGTTA--AA----TGGTGCCT------AAGTAA-AATGCCAAGTCAGT-CTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAA-CTCTTTTCA----TA--ATT--GGTTTTGCG--TTCTAT--TTGCCCGGGGACCAGTA----AA-TAA-A-AATAGATGCCAAATA--TAA-T---TT-T-A-TAA----TCTCC-CGGCCACATCAGAACATAAAAAACTTTCAT--ATAAACTA---CCTATATACT--ATATA
gi|22 : aataaaaattaaacaataacgaaacttaaggataaaTATGTTACTTCGGGTGTAATAAA-----TGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAACACCAA-GTTAAT-CG-AAAT-G---GAAA-TTT-TGATTA-AAAAT
gi|23 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAACACCAA-GTAAGT-TA-AAGT-G---GGCA-TTT-TAATT-------GCCGGGAGTTATA--T-ATTTAATTCCTG--AAGAGATAGTTTATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAACATAT--ATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACA--------ATGCTCCAACGTCATTTGCATA----T---A-GTCGATA--TAA-----TG-A--ATC-CAGCATA----Atattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|24 : A-AATGCCAC-------T-TCCTTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCC-TTTGATTAT----AA--AGT-GGATCGAGCG--CAC--A--TCTTCCGGGAACCAATAT---GT-AAA-A-TAC-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-A-G--AAACA-TACAC-CGACCAGATTAAAATAT---AAATCCTCATACACAACATA---CTT-TTTCTT--ACGTACAAACTGC
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCA-TTCTATTAT----TA---TTTGGGACGAGCA--CAC--T--TCGCGCGGGAACCAATAT---AT-TAA-G-GTT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-G-TAGCC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTTATAAACAAAAGA---CTT-AATCTT--ACAT-TAAAa
gi|26 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Tac
gi|27 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-G-AA--AA-TATGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|29 : C-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTACTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAAGTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GCCAGT-TG-TAAT-G---GGTA-TTT-TAATCG-AAGATGCCGGGAATTATC--TTATATATTTCCTG--AAGATATACATTAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATTAGCATATA-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATGTTGTA-----ATCTGACTA----A---A---ATATA--TAA---TCTA-A--GGC-TAGAAC-----AAAGT-AACT----AGGATCGCATGAGA-AATTAGGGGTGG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G--A--AA-AATACCACGTCAAG-TATTCTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CTC--A--TCGCCGGGGAGCCAATAT---AT-TTA-A-AGT-GACGACGAATA--GCA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATATATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATAat
gi|30 : gC-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTCCTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAACTACa
gi|4 : GGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATAA-AAAATGCCGGAAATTATA--TTATA--ATTCCTG--AAGCGATACATTTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACAGAGGTACAATGTGCTA-----ATCTGCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ATTA-A--TCC-TAGAATA----ACAAT-GATT----AGAAGTCCATGATG-AATAAG----GG------T------TGTGGT---GAGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTG-TTATTTTAT----T---ATTTGGGTTGAACG--CAC--T--TCTCCTGGGTACCAATAT---AT-TAA-A-GAT-GACACCGAATAGTATA-C---GT-A-G-TAATA--TACAC-CGGACAGATTAGAACAT---AAATCATCATACAAAAAATA---CTT-TATCTT--ATATATa
gi|5 : act-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAACACCAGAGCAAGT-TG-GAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACAT--ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAACATAC--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTTATGAACATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTATA-----ATCTTCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAATT-AATA----AGGAGCCTTTTAGG-AATTTG----GG------T------AGTGGT---GAGT---AAC-TTA--GAAA--TAGTGACT--C-G-AA--CA-AATGCCACGCCAAG-AACCATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTCGATCTAGTG--CAC--T--TCGCCCGGAAAAAAAAAT---ACATAACA-GAT-GGCGCCAAATT--ATA-TTCCTT-ATA-TAACC--TTTAA-CGGCCAGATTAG---------AATCTTCATACATAAAATA---ATT-TATCTG--ACATA
gi|6 : GGATTAAATAAA-----TGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACATGAT-GTGAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAAT-----------------------TTCCTA--AAGTGATACATTAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAACATAT--TTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGAATCAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---C-ACATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGATGCCGTGAGG-AATCAG----GG------TGGTGGCGGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--G-G-AG--AA-AATG-CACGTCAAA-TATCCTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTTAT----T---ATTTGAGTCGAGCA--CAC--A--TCGCCCAGGAAACAATAT---AT-TAA-C-GGT-GACGCCGAATA--AT--T---TT-G-G-TAAAC--TAAAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACAT-AAACA---ATT-TATCTT--ACATATAAGCT
gi|7 : TGTAACTTCGGACTTGTTAAA-----TGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGGT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCAATTTATAA--A-AAAAAGCCTG-AATTATC--TTTTATATTTCCTA--CAGAGAT-CATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATCATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---A-ATATATT--TAA---ACTTTA--GGC-TAGAATT----TAAAT-TACT----AGGAGTCCATTAGG-AATTAG----GG------TAGA---GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATTCCACGTCAAG-TATTCTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCG-CTCTGTAAT-----A--TTTTGAGTAAAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAT-A-GGT-GA-------------------------------------C-CTGCCAGATTAGAACAT---AATTCCTCANNNNNNNNNNA---TCT-T
gi|8 : AATAAA-----TGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACAAT-ATAAGT-T---------------------------AAAATGCCAGG--TTATAAATTATATAATTCCTG--AAGAAATACATTGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTATTCTA-----ATCTGACTA----A---T-ATATATG--TAA---ACTT-A--GAC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GG-----------------------------TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTAGGATCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-TACTCCGAATA--ATATT---TT-G-GTTAAAC--TTTAC-CAGCCAGATTAGAACAA---AACTCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ATTTATAAACTAgct
gi|9 : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-----------AAGT-TG-AAA------------TT-TAATTA---------------TATA--T-------TTCCTG--AAGAGATACATTGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----
gi|9 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtc-AAA-TTA--AAAC--CGGTGACT--C-G-AA--AA-AACGCCACGTCAAG-TGGCCTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAACA--CAC--T--TTGCCCGGGAACCAACAT---AT-CAA-A-GGT-GACGCCGAAGA--ATATT---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATACATGAAATA---CTT-TATCTA--ATATATAAACTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
blockSeqs : ATTAA G A C G GA A T T CCA AT A G AA C AA TTAC ATATTAGA TT ATAG TACA AT A T T A ACGTC GTATATA AC CTA T TG A CAAC TTA AAAA A GGGT TGATTA GGTGGC AAT A T G GA AA GGC A GT A C C T T ATTG ATC TT TCA CAA A C T A GT T TCC T T T ACTT T A AAA . A .
blockSeqs : . T . . C T . . . . T . . . C . . GA . . . . . . . G . ATATATA . . . . . . AA . . . . AGA . . T . . . CT . . . . A . . . AG . TAT . . . . . . T . . . . ACA . A . . . .
blockSeqs : . T . . C A . . . . A . . . T . . . . . . . . . . G . AAC . . . . . . TA . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . T . . . . . . T . . . . AC . T . . . .
blockSeqs : . A . . G A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . TAA . . . . . . TA . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . A . T . . . . . . T . . . . AC . A . . . .
blockSeqs : . T . . C T . . . . A . . . T . . . . . . . . . . G . AAA . . . . . . AT . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . A . T . . . . . . . . . . . CA . A . . . .
blockSeqs : . T . . C A . . . . T . . . A . . . . . . . . . . G . GAC . . . . . . TT . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . T . . . . . . . . . . . GC . G . . . .
blockSeqs : . T . . T A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . G . AAC . . . . . . TA . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . T . . . . . . . . . . . AC . G . . . .
blockSeqs : . A . . C A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . TAG . . . . . . TT . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . T . . . . . . . . . . . GC . G . . . .
blockSeqs : . T . . C A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . C . AAA . . . . . . TA . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . CA . A . . . .
blockSeqs : . A . . C A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . AAA . . . . . . GT . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . CC . A . . . .
blockSeqs : . A . . G A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . C . ACA . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . CC . G . . . .
blockSeqs : . T . . G T . . . . T . . . T . . . . . . . . . . G . AAA . . . . . . TT . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . AC . G . . . .
blockSeqs : . A . . C T . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . ATA . . . . . . AT . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . TA . G . . . .
blockSeqs : . A . . G T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . AT . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . CC . A . . . .
blockSeqs : . C . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . AC . A . . . .
blockSeqs : A . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . AC . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . AC . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . C . . A . . .
blockSeqs : . A .
blockSeqCons : ** *** *** **
originalCons : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----TA--ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
finalCons : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GG------T------GGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-AA--AA-AATGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCG-TTCTGTTAT----T---ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-TAAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111111
lowQualScore : 66666 0 1 2 2 1 44 2 2 2 333 22 2 2 33 4 33 4444 11111111 33 4444 4444 33 2 2 2 1 55555 00000000000 33 333 2 33 2 5555 222 4444 2 4444 999999 666666 333 2 3 1 22 22 4444 44 1 1 1 1 1 22 2 6666666 2 22 55555 333 2 2 2 2 22 5 333 444 1 1 6666 0 1 1 333 333 1 22
lowQualScore : ..... . . . . . .. . . . ... .. . . .. . .. .... ........ .. .... .... .. . . . . ..... ........... .. ... . .. . .... ... .... . .... ...... ...... ... . . . .. .. .... .. . . . . . .. . ....... . .. ..... ... . . . . .. . ... ... . . .... . . . ... ... . ..
lowQualScore : 22222 5 0 2 2 8 00 2 1 1 777 22 1 1 11 9 11 7777 11111111 11 7777 7777 22 4 4 4 9 99999 33333333333 11 999 2 11 2 0000 666 7777 1 5555 777777 111111 555 0 8 9 66 66 0000 55 8 8 8 0 8 22 0 5555555 0 99 00000 555 0 0 0 0 66 7 333 777 9 9 9999 7 7 2 000 222 8 99
consensus : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GGT------G------GTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAA--AA-AA-TGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-T-AAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
Reference ( family-9146 ) : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACNAN-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATGCCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCTA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAANT-AACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GGT------G------GTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAA--AA-AA-TGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATNCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-G-G-T-AAAC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATATAAACTAC
gi|1 : TGTGTTACTTTGGATTTAATTAA-----TGATTAACATTGAAAAGGATGTACCAAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAAATAAA--TTA-ATAATTCCTG--ATGAGATACATTAATTACAAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGCATAAA-A-GCAACAAAAGAGGTAGTATGTCTTA-----ATCTGCCTA----A---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AGAAT-GACT----AGGAGCCCATGAGG-AATCAG----AGT------G------GTTGT---TGGT-T-AAA-TTA--AACA--TTGTGAAT--A-GAAT-AA-AA-TGCCACGTCAAG-TATTATTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TTAATTTGGGTCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGAGAACCAATAT---TT-TAA-A-GGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTGG-G-T-AAAC--TTTAT-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCCCATACATAAAATAGTTTTT-TATCTTAAACATATAAACTAC
gi|10 : AATGAA-----TGGTGAACACTGTGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGAT-T-A-ACAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TGATTA-AAAATGCCGGGAAATATC--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-ATACAACAAAAAAGGTAG
gi|10 : ATA--CAA---AGTA-ATGAGCATAAAATACAACAAAAA-AGGT----AGGAGCTCATGAGG-AAAAAG----GGT------G------GTGGTAATGTGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGATT--C-GAA--AA-AAATGCCACTTCAAG-TATCCTTGAGCATCCGGTCAGAACCGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTTTTGTT-A-------TT-ATTTCGGTCGAGCA--CAC--T--TCGCCCGGAAACCAATAT---AT-TAA-A-AGT-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-T-G-TTACAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATAAAATA---ATT-TATCTT--ACATATAAACTACgagctcatgaggaaaaagggtggtggtaatgtgtaaaattaaaaatggtgattcgaaaaaaatgccacttcaagtatccttgagcatccggtcagaaccgagaaactgactggttaccgcgtttttgttattatttcggtcgagcacacttcgcccggaaaccaatatattaaaagtgacgccgaataatattttgttacactataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaataatttatcttacatataaactaca
gi|11 : aatgaatggtgaacactgtgtaggatggaccgaagtcgcttgtatggtaaagattaacaacaaaacacgatgtaagttgaaatgggcattttgattaaaaatgccgggaaatatcttacataattcctgaagagatacattaattgccaatacatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccggCAATGATAAGGATGGACCAAAGTTGCCTGTATGGTAAAGATGTAA-ACAACAAAACACCAA-G-AATTATA-TAAT--------A-ATT-TAGGAA-AAGATAC-----ATCA-A--TTA-------CCTA--TATATATATAT--AT-----ATATGT----A--------TT--T----A----AATTAAAGGATAT--CTGGACAT-ACAAAAACGTCAGATACAAAACAAAGAGCG-AGA-T-A-AACAGGAGAGGTAGTATGTTCAG-----ATCGGCCAT----A---A-CTATGTA--TAA---ACAA-A--GAC-TGGAATA----GAATTAAACTAAAAAGGAGTTAATGAGG-AATTAA----GGT------T------GTGGT---GGAT-A-GAA-GTC--AAAT--TGGAAACT--G-GAA--AT-AA-TGCCACATCAAG-CTTCCTTGATAATATGGTTAGAACTGGGAAACTGACTGG-TTACCATACTCT-ATT-A-------TT-ATTTGAGACAACCA--TTC--T--TTGACAGGGAACCAGTAG---AT-AAC-A-CAT-GGTGCGGAATA--CTA-T---TC-C-A-T-AAAC--TTTTCTCAGAAATATCAGAACAC---AAATCCTCATACACAAAATA---CTT-a
gi|12 : atATGCTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATTGTAAAGATAT-A-ACAA-AAAACACCAA-TTAAGT-TG-ATAT-G---GGCA-TTT--AATTA-AAAATGCCGGGAATTATG--TTACATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTAGTAATACAT----AGA------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACACCCAGAAACAAAGTAATGAGCATAAC-A-ACAACTAGACAGGTAGTATGTTCAA-----ATATTCCTA------------ATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGTCTA----AAATA-AACT----AGAAGCCCATGATG-AATTAG----GGT------G------GTAGT---GGGT-A-AAA-TCA--AAAA--TGATAACTGGC-G--------A-TGCAACGTCAAA-TATCCGTGAGTATACTATCAGAACTGAGAAACTGA-TGGTTTACCGCGTTCT-ATT-T-------TT-A
gi|12 : TA--ATA-T---TT-G-G-T-AACA--TATAC-GTGCCACATTGAAACAT---AAATCagggtaatatttggtaacatatacgtgccacattgaaacataaatc
gi|13 : atgctacttcggatttaataaatgataatcaatgattaggatggaccaaagtcgcttgtattgtaaagatataacaaaaaacaccaattaagttgatatgggcatttaattaaaaatgccgggaattatgttacataattcctgaagagatacattaattagtaatacatagatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaacacccagaaacaaagtaatgagcataacaacaactagacaggtagtatgttcaaatattcctaatatataaactaaggctagtctaaaataaactagaagcccatgatgaattagggtggtagtgggtaaaatcaaaaatgataactggcgatgcaacgtcaaatatccgtgagtatactatcagaactgagaaactgatggtttaccgcgttctatttttaagggTTACTTCGGATTTGATAAA-----TAATGAACAATGAACAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAGTAAAACACGAT-GTTAGT-TG-AAAT--------------------------GCCGGGAATTAAA--TTATATAATTCCTA--AAGAGATACGTTATTTACCAATACAT----A--------TA--T----A----CATTAAAACAAAT--CTGGTCAT-ACACAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-AC---------------ATGTTCTT-----ATCTGCCTA----T---A-ATATATA--TAA---A---------C-TAGAATA----AAATA-AACC----AGGAGTCCATGAGGAAATTAG----GGT------G------GTGGT---GGGTAA-AAA-CTA--AAAA--TGGTGACT--C--AA--AA-AA-TGCCACGTTTAG-TATCCTCGAGTATCAGGTCAGAA
gi|13 : AATAT---AT-TTA-A-GTT-GACGCCGAATA--ATA-T---TTTG-G-T-AAGC--TATAC-CAGCCTAATTAAAACAT---AAATCTTCATACATGAAATA---CTT-TAAATT--ACATATAAtatatttaagttgacgccgaataatattttggtaagctataccagcctaattaaaacataaatcttcatacatgaaatactttaaattacatataa
gi|14 : ttacttcggatttgataaataatgaacaatgaacaggatggactgaagtcgcttgtatggtaaagatgtaacagtaaaacacgatgttagttgaaatgccgggaattaaattatataattcctaaagagatacgttatttaccaatacatatatacattaaaacaaatctggtcatacacaaccgccggatacaaagtaatgagcataaaaacatgttcttatctgcctataatatatataaactagaataaaataaaccaggagtccatgaggaaattagggtggtggtgggtaaaaactaaaaatggtgactcaaaaaatgccacgtttagtatcctcgagtatcaggtcag--TTATATAATACCTG--AAGAGATACATTAATTGCCAATACCT----A--------TT--T----A----CATCCAAACATAT--ATGGGCAT-TCAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGCCAG----A---A-ATAAATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAAAT-GACT----AGGAGCCCATGAAG-AATTAG----AGT------GATTATGGTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAA--AAAAA-TGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATCTGGTTAGAACTGAGAAACGAACCTG-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCCGGGAATCAATAT---AT-TAA-A-GGT-GACACCGAATT--ATA-T---TT-G-G-T-AAAC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTC--ACATATAAACTA
gi|15 : gGAATTTGATAAA-----AGATGGACAACGATTAGGATGGACCGAA-TCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TGTAAAC-GCCAGATA-----TAAATA-AAAAt
gi|15 : ATAAGG-AAACAG----GGC------G------GCGTT---GGTT-A-AAA-TCA--AAAA---GG-----------------------CACGTCAGC-TTTCTTTTAGCTTACGGTTAGAACTTGGAAA--GACTGG-T-ACCTCACTCT-ATT-T-------AG-AACTGGGT-AAGCT--TTT--T--ATGCACGGGTACCAGTAACAAAT-TAA-------GA-GCCGAATA--TTG-T---TT-A-G-T-AA----TTTAC-CGGCCGAAACAGAATAC---AAATCCTCATACATAAAAAC---CTT-TATCTT--TCATATAAACTcaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaaataaggaaacagggcggcgttggttaaaatcaaaaaggcacgtcagctttcttttagcttacggttagaacttggaaagactggtacctcactctatttagaactgggtaagctttttatgcacgggtaccagtaacaaattaagagccgaatattgtttagtaatttaccggccgaaacagaatacaaatcctcatacataaaaacctttatctttcatataaact
gi|16 : gaatttgataaaagatggacaacgattaggatggaccgaatcgcttgtatggtaaagatgtaataacaaaacaccaagtaagttgtaaacgccagatataaataaaaacaagagaggacatttgttctgaaataactagactaagtaaaactgaaagcaaagaaaattaaaataacaaaattgttaaaaaacaaaaacaattacaaaattaaaa-AAATTG---GGCA-ATT-TAATTA-AAAAGGCCGGGAATTATA----A---AATTCCGGAAAAAAGATACATCAGTTACT-ATATAT----A--------TA--T----G-------CAAAATA-A----TGAGCATAATAAAA
gi|16 : ATGCAAAATAATGAGCATAAT-A-A-AA-AAGAGAGGTAGTATGTTCTG-----ATCTGCCTA----G---A-CTATGTAACTAACTAACTA-A--GGC-CAGAATA----TAATT-AA-------GAAGTTAATGAGG-GATTAG----AGT------G------GTGGT---GGGT-A-AAA-GTA--AAAA--TGGCGACT--C-GAA--AA-AA-TGTCACGTCGAGCTA-CCCCGATAATACGGTTAGAACTGGGAA--T--CTGG-TTATCACGCTCT-ATT-A-------TC-ATTTGGGCCGAACGTTCAG--TCATTGTCAGGGAACCAGTAG---AT-AAA-A-TAT-GGTGCGGATTA--CTA-T---TT-T-A-T-AAACTTTTTCC-CGGCAACATCAGAACAC---AAATCATCATACATAAGATA---GTT-TATATG--AGATATAAACTaagagaggtagtatgttctgatctgcctagactatgtaactaactaactaaggccagaatataattaagaagttaatgagggattagagtggtggtgggtaaaagtaaaaatggcgactcgaaaaaatgtcacgtcgagctaccccgataatacggttagaactgggaatctggttatcacgctctattatcatttgggccgaacgttcagtcattgtcagggaaccagtagataaaatatggtgcggattactattttataaactttttcccggcaacatcagaacacaaatcatcatacataagatagtttatatgagatataaacttcg
gi|17 : aaattgggcaatttaattaaaaaggccgggaattataaaattccggaaaaaagatacatcagttactatatatat-----ATCTGCCTAGTATA---T-ATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATG----AAATA-AACT----AGTAGCCCATGAGG-AATTAG----GGT------G------GTGGT---TGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTCACT--C-GAA--AA-AA-TGTCACGCCAAG-TAACCTTGAATATACGGTCAGAGCTGAGAAATTTACTGG-TTTCCGCGTTCT-TTT-A-------TT-ATTTAGGTTAAGCG--AAC--T--TCGCCCGGGAACCATTAA---AT-AAA-T-GTT-GAAGCAGAATA--ATA-T---CC-G-C-T-AAGC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACATCAAATA---CTT-TATCTT--ATATAtcg
gi|18 : ttATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGATTA----AATTT-AAGT----AGGAGCCCAAGACA-AATTAG----GGT------G------GTTGT---GGGT-A-AAA-TTAGAAAAA--TAGTGACT--C-GAA--AA-AA-TGTCACGTCAAG-TATCATTAAGTATACGGTCAGAACTGAGAAACTGGCTGG-TTACTGCGTTCT-ATT-ACATTGTATC-ATTCAGGTCGAGCG--CAC--T--TCACCCGGGAACCAATAT---AT-GAA-A-GGT-GACGCCAAATG--ATA-T---TC-G-G-T-TACA--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCTCCATATATGAAATA---CTT-TATatattata
gi|19 : ATGTTACTTCAGATTTAATAAA-----AGAAAGACAATGATTAGGATGCACCAAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGT-A-ATAACAAAACACCAA-GTAAGT-TG-TAAT-G---GGCA-TTT-TAATTG-AAAATGCCAGGAATAACA--TTATCTAATTCCAG--AAGAGAAACATTAAATACCGATACAT----A--------TA--TATAGA----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACTGCCAGATCAAAATTAATGGATATAAATA-AAAACAAGAGAGGACATATGTTCTG-----A
gi|2 : ATGTAACTTCAGATTTAACAAA-----TGATAATCAAAGATTAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGGTGT-A-ACAACAAAACGTTAA-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCG-TTT-TAATAAGAAAATGCCGGGAGTTATA--TTAAATAATTCCTG--AAGAGATACATTAATTACCAATATATTTACA--------TA--C----A----CATCAAA-CATAT--CCGGGCAT-GCAAAACCGCCAGATACAAAGTAATGAGCACAAA-A-ACAACAAGAGAGTTAGCTTGTTCTA-----ATCTGCCGA----ATATATATATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TTGA-CA----AAATA-AACC----AGGAGCCCATAAGT-AATTTT----GGT------G------GTGGT---GGGT-C-AAA-TAA--AAAAAATAGAGATT--CTAAA--AA-AA-TGCAATGTCGTA-TATCCTTGAGTATCTGGCCAGAACTGAGAAACTGACTGG-TTACCGCGTTCT-ACT-A-------GT-ATTTGGGTCGAGCG--CAC--T--TCGCCGGGGAACCAATAT----T-TAA-ATGGT-AAGGTCGAATA--ATA-T---TC-G-G-T-TACC--TATAC-CAGCCAGATTAGAACAT---ACATCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCAT--ACATTTAAACTaataacttgactaatta
gi|20 : ATGTAACTTCGGATTTAAT---------------TAATAAAT--GATGAACCAAAGACACTTGTATGGTAAAACCGT-A-TAAACAAAACAACAA-GTAAGT-CT-AAAT-G---GGTA-TTT-TAATTA-AAAATGATGGGAATTGTA--TTATATAATTCTGA--AAAAGACACATTAATTACCTATTCAT----A--------TATTT----A----CATCAAAGCATGC--CTGGGCAT-ACAAAGTTGCCAGATACAAAATAATGAACATGAT-A---AGCAAAAGAGGTAG--------------ATCTGCATA----A---A-CTTTGTA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAAT
gi|21 : TGGT---AAAT-A-AAAGTTA--AA----TGGTGCCT-----AAGTAA-AA-TGCCAAGTCAGT-CTTCCTCAAGAATACGGTAAAAACTGTAAAGCCGACTGG-TAACCTAACTCT-TTTCA-------TA-ATT--GGTTTTGCG--TTCTAT--TTGCCCGGGGACCAGTA----AA-TAA-A-AATAGATGCCAAATA--TAA-T---TT-T-A-T-AA----TCTCC-CGGCCACATCAGAACATAAAAAACTTTCAT--ATAAACTA---CCTATATACT--ATATA
gi|22 : aataaaaattaaacaataacgaaacttaaggataaaTATGTTACTTCGGGTGTAATAAA-----TGAAAATCAATGATAAGGATCGACTAAAGTTGCTTGTATGGTGAGGGTGT-ACACAACAAAACACCAA-GTTAAT-CG-AAAT-G---GAAA-TTT-TGATTA-AAAAT
gi|23 : ttacatagaattattattgccatgaaccttataagaaatcattaacactagagggttaacaggtcaccttgaattttgcatGTAAAGAAGT-A-ACAACAAAACACCAA-GTAAGT-TA-AAGT-G---GGCA-TTT-TAATT-------GCCGGGAGTTATA--T-ATTTAATTCCTG--AAGAGATAGTTTATTTACCAATATAT----A--------TA--T----ATACACATCAAAACATAT--ATGGGCAT-ACAAAACCGCCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACA--------ATGCTCCAACGTCATTTGCATA----T---A-GTCGATA--TAA-----TG-A--ATC-CAGCATA----Atattcataattcaaaatgtcataaagattgacaa
gi|24 : A-AA-TGCCAC-------T-TCCTTAAGTATACAGTAAGAGCTGAGAAACTG----G-TTACCGCCTTTG-ATT-A-------TA-AAGTGGATCGAGCG--CAC--A--TCTTCCGGGAACCAATAT---GT-AAA-A-TAC-GACGCCGAATA--ATA-T---TT-A-G---AAACA-TACAC-CGACCAGATTAAAATAT---AAATCCTCATACACAACATA---CTT-TTTCTT--ACGTACAAACTGC
gi|25 : gtAGAACTGAGTAACTGAATGG-TTATCGCATTCT-ATT-A-------TT-ATTTGGGACGAGCA--CAC--T--TCGCGCGGGAACCAATAT---AT-TAA-G-GTT-GACGCCGAATA--ATATT---TT-G-G-T-AGCC--TATAC-CGGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTTATAAACAAAAGA---CTT-AATCTT--ACAT-TAAAa
gi|26 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GGT------G------GTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-GAA--AA-TA-TGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTAGAACTGGAAAACTGACTGG-Tac
gi|27 : ----AGGAGTTAATGAGG-AATTAG----GGT------G------GTGG-----GGT-ATAAA-GTA--AAAA--TGGTGACT--A-GAA--AA-TA-TGCCACTTCGAG-CTTCCTTGAGAATATGGTTTGAACTGGAAAACTGACTGG-
gi|29 : C-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTACTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAAGTAC
gi|3 : TATGTTAGTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAATAATGAATATGATTGACCGAAGTTGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGAT-GCCAGT-TG-TAAT-G---GGTA-TTT-TAATCG-AAGATGCCGGGAATTATC--TTATATATTTCCTG--AAGATATACATTAATTCCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATTAGCATATA-A-ACAACAAAAAAGGTAGTATGTTGTA-----ATCTGACTA----A---A---ATATA--TAA---TCTA-A--GGC-TAGAAC-----AAAGT-AACT----AGGATCGCATGAGA-AATTAGGGGTGGT------G------GTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-G-A--AA-AA-TACCACGTCAAG-TATTCTTGAGTATCCGGTCAGAACTGAGATACAGACTGG-TTACCGTGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTGGGTCGAGCG--CTC--A--TCGCCGGGGAGCCAATAT---AT-TTA-A-AGT-GACGACGAATA--GCA-T---TT-G-G-T-AAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATATATAAAATA---CTT-TATCTT--ACATAat
gi|30 : gC-CAGCCAGATCAGAACAC---ACATCCTCCTGCATAAAATA---CTT-GATTTT--ACATGTAAACTACa
gi|4 : GGATTTAATGAAATTAATGACAAACAATGAATAGGATGAACCAAAGTCGCTTGTATGGTGAAGATGA-A-GCAACAAAACACGAT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATAA-AAAATGCCGGAAATTATA--TTATA--ATTCCTG--AAGCGATACATTTATTAACCATATAT----G--------TA--T----A----CATCAAAACATAT--CTGGGTAT-ACAAAACCACCGAATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAACAGAGGTACAATGTGCTA-----ATCTGCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ATTA-A--TCC-TAGAATA----ACAAT-GATT----AGAAGTCCATGATG-AATAAG----GGT------T------GTGGT---GAGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAA--AA-AA-TGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTATACGATCAGCACTGAGAAACTGACTGG-TTATCGTGTTAT-TTT-A-------TT-ATTTGGGTTGAACG--CAC--T--TCTCCTGGGTACCAATAT---AT-TAA-A-GAT-GACACCGAATAGTATA-C---GT-A-G-T-AATA--TACAC-CGGACAGATTAGAACAT---AAATCATCATACAAAAAATA---CTT-TATCTT--ATATATa
gi|5 : act-----TGATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGCCGCTTTTATGCTAAAGATGT-A-AAAACAAAACACCAGAGCAAGT-TG-GAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAATACCGGGAATTATA--TTATATAATTCCTG--AAGAGATACAT--ATTACCAATACAT----AATATTAGATA--T----A----TGTCAAAACATAC--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCAGATACAAAGTTATGAACATAAA-A-ACAACAAGAGAGGTAGTATGTTATA-----ATCTTCCAA----A---A-ATATATA--TAA---ACTA-A--AGC-TAGAATA----AAATT-AATA----AGGAGCCTTTTAGG-AATTTG----GGT------A------GTGGT---GAGT---AAC-TTA--GAAA--TAGTGACT--C-GAA--CA-AA-TGCCACGCCAAG-AACCATTAAATATTTGGTCGAAACTGAGAAATTGTCTGA-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTCGATCTAGTG--CAC--T--TCGCCCGGAAAAAAAAAT---ACATAACA-GAT-GGCGCCAAATT--ATA-TTCCTT-ATA-T-AACC--TTTAA-CGGCCAGATTAG---------AATCTTCATACATAAAATA---ATT-TATCTG--ACATA
gi|6 : GGATTAAATAAA-----TGATGAACAATGAAAAGGATGGACCGAAATCGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACATGAT-GTGAGT-TG-AAAT-G---GGCA-TTT-TAATTA-AAAAT-----------------------TTCCTA--AAGTGATACATTAATTGTCAATACAT----A--------TA--T----A----CAT-AAAACATAT--TTAGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTTATGAGAATCAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---C-ACATATA--TAA---ACTA-A--GGC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGATGCCGTGAGG-AATCAG----GGTGGTGGCG------GTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--G-GAG--AA-AA-TG-CACGTCAAA-TATCCTTGAGTATTCGGTTTAAACTGAGAAACAGACTGG-TTACCGCGCTCT-GTT-A-------TT-ATTTGAGTCGAGCA--CAC--A--TCGCCCAGGAAACAATAT---AT-TAA-C-GGT-GACGCCGAATA--AT--T---TT-G-G-T-AAAC--TAAAC-CAGCCAGATTAGAACAT---AAATCCTCATACAT-AAACA---ATT-TATCTT--ACATATAAGCT
gi|7 : TGTAACTTCGGACTTGTTAAA-----TGATGAACAACGAATAGGACGGACCGAAGTCGCTTGCATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACGGT-GTAAGT-TG-AAAT-G---GGCAATTTATAA--A-AAAAAGCCTG-AATTATC--TTTTATATTTCCTA--CAGAGAT-CATTAATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATCAAATCATAT--CTGGGCAT-ACAAAACCGCCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ATAACAAAAGAAGTAGTATGTTCTA-----ATCTGACTA----A---A-ATATATT--TAA---ACTTTA--GGC-TAGAATT----TAAAT-TACT----AGGAGTCCATTAGG-AATTAG----GGTAGA---G------GTGGT---GGGT-A-AAA-TTA--AAAA--TGGTGACT--C-GAA--AA-AA-TTCCACGTCAAG-TATTCTTGAATATCCTGTCAGAACTGAGAAACCGACTGG-TTACCGCGCTCT-GTA-A-------TA-TTTTGAGTAAAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAT-A-GGT-GA--------------------------------------C-CTGCCAGATTAGAACAT---AATTCCTCANNNNNNNNNNA---TCT-T
gi|8 : AATAAA-----TGATGACCAATGACTAGGATGGACAGAAGACGCTTGTATGGTAAAGATGT-A-ACAACAAAACACAAT-ATAAGT-T---------------------------AAAATGCCAGG--TTATAAATTATATAATTCCTG--AAGAAATACATTGATTGCCAATACAT----A--------TA--T----A----CATAAAAACATATATCTGGGCAT-ACAAAACCGTCGGATACAAAGTAATGAGCATAAA-A-ACAACAAAAGAGGTAGTTTATTCTA-----ATCTGACTA----A---T-ATATATG--TAA---ACTT-A--GAC-TAGAATA----AAAAT-TACT----AGGAGCCCATGAGG-AATTAG----GGT------G------G-----------------------------TGGTGACT--C-GAA--AA-AA-TGCCACGTCAAG-TATCCTTGAGTACCCGGTCAGAAATGAGAAACTGATTAA-TAACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTAGGATCGAGCG--CAC--A--TCGCCCGGGAACCAATAT---AT-TAA-A-GGT-TACTCCGAATA--ATATT---TT-G-GTT-AAAC--TTTAC-CAGCCAGATTAGAACAA---AACTCCTCATACATAAAATA---CTT-TATCTT--ATTTATAAACTAgct
gi|9 : TATGTTACTTCGGATTTAATAAA-----TGATGAACAATAAATATGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAGAGATGT-A-ACAACAA-----------AAGT-TG-AAA------------TT-TAATTA---------------TATA--T-------TTCCTG--AAGAGATACATTGATTACCATTTTAT----A--------TA--T----A----
gi|9 : atgctcattgcttcgatatagaagtatacacagtc-AAA-TTA--AAAC--CGGTGACT--C-GAA--AA-AA-CGCCACGTCAAG-TGGCCTTGTATATCCGGTCAGAACTGAGAAAATGACTGG-TTACCGCGTTCT-GTT-A-------TT-ATTTGGGTCGAACA--CAC--T--TTGCCCGGGAACCAACAT---AT-CAA-A-GGT-GACGCCGAAGA--ATATT---TT-G-G-T-AAAC--TATAC-CAGCCAGATAAGAACAT---AAATCCTCATACATGAAATA---CTT-TATCTA--ATATATAAACTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaaaaccggtgactcgaaaaaacgccacgtcaagtggccttgtatatccggtcagaactgagaaaatgactggttaccgcgttctgttattatttgggtcgaacacactttgcccgggaaccaacatatcaaaggtgacgccgaagaatattttggtaaactataccagccagataagaacataaatcctcatacatgaaatactttatctaatatataaact
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTATATACTCGTATTGTTATTTTGACATGTATGTTACAACATTAACAAATGATTGAGCTAAGCAAATGTAAGGTTAAATTAAC
Unaligned ( gi|31 ): TGGTTGTAGTTTCAATTAAAATGCAAAGCAGTCTATAAATGCCTNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|32 ): AGACATATACAGAAGTTGATAAATATGATTTATGTTA