lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 1 11111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 99999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 888888 2 0 5 4 0 4 99999999999999 5 666666666666666666666666666666666666666666666 8 0 00
lowQualScore : ..... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... ...... . . . . . . .............. . ............................................. . . ..
lowQualScore : 00000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 999999 7 7 5 0 0 0 00000000000000 0 444444444444444444444444444444444444444444444 0 8 66
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A-TG-C---AAAT-GCT-GNC---NATAT--GC-AATNTCAN-T-ACAAA-ATTTTG-AA-----ATT--CA-AA--TAC-G-AT-TTTTG---CCAATAAACATTGT----GACNAAG-TTT----G-GTAAAGATTGGATTA-AA-ATTANTCGAG----TTAGAGAGG--GGACA----------TCG---A-----T-A--TTTCTG--------CAAA-----A---ATCG----AAGGGCCAT-ACTNC--AG--TTA--C-C----GAG-GC---TA-TCGGGCTGGTTATC---GAA-------CTTGG-CCGAGAC-GTTT----A-TC--AATA--T--A--TTGT-GACC-A-----AGTTTGG-TG---AANATCGG--A-----TT------AAA----C----NAGA----A--------A-----------T-------------TA-T--GC-----A------AA---TTTA-GAAC------------AA----TC---CAAGGG----CCATA---ACT---------C----------TGGGGT--NATCGG----ATTG-GT-----TATNT--C--ACTNGA----CCTAG-ACNTTTT--------TCTA--AANAAA-----CATTCT----GACCAAGTTTGGTAAAGATTG-GATTNAA-AT-NTCTC--------AAAT-T----AGG---G--GAA-ACCTCGTTATT--CCGAACG-----AATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( gi|1 ) : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA-TG-C---AAAT-ACT-GCC---TGTGTGTGC-AATTTCAGTTGACAAA-ATTTTGTAG-----ATT--CA-AAGGTAC-GGAT-TTTTG---AAAATAAACACTGC----GACTCAG-TTT----A-ATAAAGATTCAATTA-AA-ATTATTTGAG----TTAGAGAAG--GGACA----------TTG---A-----T-A--TTTCTG--------CAAA-----A---ATCA----AAAGGCAACCACTTC--AG--TTA--C-C----GAG-GC---TA-TCAGGTTGATTACT---GAA-------CTTGG-CCAAGGT-GTTT----A-TC--AATA--T--A--TTGT-GACC-A-----AGTTTGG-TG---AAGATCAG--A-----TT------AAA----C----TAGA----A--------A-----------T-------------TA-T--GC-----A------AA---TTTA-GAAA------------AA----TC---CAAAGA----CCATA---GCT---------C----------TGGGGT--TATTGG----ACTG-GC-----TATAT--C--ACTTGA----TCTAG-ATTTTTT--------TTTA--AAAAAA-----CATTTT----GACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-AT-GTCTC--------AAAT-T----AGGTCTG--GAA-ACCTCATTATT--CTGAATG-----AGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC----------AAATGACTTGGC---TATATCGGT-AACTCCATTTTAGCAA-ATTTT--AA-----ATT---A-AA--TA-------TTTTG---TTAATCAATGTTAT----GACCTA--TCT----G-G-AAAAACTGAATTA-AA-ATTAGT--AG----TTAGAGAAG--AGACA----------TTG---A-----T-T--TTTCTG--------CA
gi|6 : AGAAAATGTCAACACTGTG--------A-C---AAAT-GCT--CC---AAT-------AATATCACGTAACAAAGATT--GTAACAACTATTT-CACAAATTAA-GACA-TTTTG---CCAATAAAAAATGC----AACAAAG-TTT----G-GTAAAAACTGGATTA-AA-ATTACTCAAA----ATAGAAAGG--AAATA----------TAG---A-----T-A--TATATT--------CGAA-----A---AT-----------------TTTC--A---CTA--A-C----AAG-GTTCATA-TGAAG----TTACT---GA----------TAA---AAGAT-ATTTC---A-TC--AATA--TACA--TTGTAAACC-A-----AGTTTGG-TA---TAGATTAG--A-----TT------
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGACAAATG-CTCTAGAT--CT-GACACATGTAT-TGCCAATTTCA-----CAAA---TTTG--A-----ATT---------TAC-ACAT-TTT-G---CCAATAAACATTGTATCAGACCAAA-TTT----G-GTAAATATTGGATTA-TA-ATTAATCCAG----TTAGTGAGG--TTACA----------TCA---G-----T-A--TTTCTG--------
gi|7 : tacaatgCA-TGAC---AAAT-GCT-CCA---AATTTG-GC-AATATTAG---A-AAA-GTTTTAAAA-----ATTATCA-AA-----------TTCTACCTAAAAT---CATTGT----AATCAAA-TTT----G-GTAAAGATTGCATTC-AA-ATCATC--------TCAGAGATG--GGGCA----------TTG---A-----C-A--TTTATG--------TAAATTTC-A---AACAAGCTAAGGGCCATAACTGCAGAG--TTA--C-T----GGG-GC---TA-
gi|16 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacacca-ATTTCACAA-----ATT--GA-AA---ACTGGATGTTTTG---TCAATAAAAATTGT----GACAAAG-TTTTGTAA-ATAAA-ATTCAATTA-C------TTTGAG----TTAAAGAGG--atgtactggtaatcaaatttgtct
gi|3 : gcaatgccgAAATAAACATTGT----GATAAAGATTG----G-ATAA-GATTGGATTAGAA-ATTACTTGAGCTATTTACATCA-----ACA----------TTTTTCA-----T-AAATTTCAA--------AAAA-----A---ATC-----AAGGGCCATAATTCC--AGGATTA--C-TATTAAAG-AC---TA-TAAGGCTAATTATC---AAA-------CTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGA-T---AATA--C--A--CTATGGATTGA-----AGATTCC-TG---AATATAAC--A-----TT------GAA----------AGA----A--------A-------------------------------GC-----C------AA---TTTA-AACA------------AA----TA---TAAGGG----CCATA---ACT---------C----------AAGAGTA-AACTTG----AGTG-----------AT--CA-ACTTGGTTATTCT-G-TTTTTTTCCAGATAATCTACCAATAAA-----TATTCC----GACGATGTTTGGTAAACATTG-GATT
gi|2 : ttattatattacTT----AGATGAA-ATTAGATTA-AACAATATTTAAG----TCAGAAAAA--GG-CAGC--------TTA---A-------A--TTT-TG--------CAAA-----A---TTTG----GAA---AA----TTC--AA--TGA--C-CATG-GAGAGT---TGCTTGTGTTGGTTTCA---ACA-------CATTG-CAAAGAC-ATAT----T-TC--AA-A--T--A--GTGT-TACC-A-----CGTT-GG-TA---AATACTGT--A-----TTTATTTAAGA----CAGAGGAGA----T--------A-----------T-------------CG-T--CC-----ATTTTTCAA---TTTCTGAAC------------AA----TA---CAAGGG----CCATA---ACT---------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----A-TGTGT-----TA-ATGAG--ATTCGA----CCTAA-ATATTTT--------TCC---AATAAA-----CATTCT----GACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-AT-G------------GAGT-T----AGAGA-G--GAA-ACCTTATTATT--CGGA
gi|5 : agtttagtgaaAAAGACTGGACGA-AT-ATTACTTGAA----TCAGAGAGA--TGACA----------TCA---C-----TTA--TTT--G--------CAAATTTTTATCTATTG----ATGGACAAT-ATT----AA--TTA--C-T----GAG-AC---TA-TTGGGTCAGTTATA---AAA-------CTAGA-CCTAGA-------------C--AATA--A--A--TTTT-GATC-A-----AGTTTTG-T----AAGAT-GG--A-----TT------TAA----C----cggataggctgtagaa
gi|11 : agttacacgggctataaggcgggttatcaaacttggctgacatatatattttgccTTTGACTA-AA-ATTATTCGAG----TTTGTGA-GTTAGCTA----------TTG---AGGTTTTGA--TTTTTGTCAAATTTCAAAC----A---ATCG----ATAAGCCATTA-TAC--AG--TTA--C-T----GAT-GC---TA-TCTGGCTCGTTCTT---GAA-------CTTGGTCC---GT-G-AT----A-T----ATA--C--A--TTGT-TACT-A-----AGTTGAG-CA---AAATTTAG--T-----TT------AAA----atactcagtttagataggagacatcaatatttggacagatgactggatggaaata
gi|9 : ATTA-AA-AGAAACTGAG----TTAGAAAAG--GGACAACATCTATTTTTG---G-----C-A--TATTTA--------GAAC-----A---ATCC----AAGGGCCATAACTCTGGAG--TAAAAT-C----GGG-GT---AA-TTGAGTTAGTTATT---AAAACTAACACTCTG-CCAA--------------TC--AAC---T-----TTCT-GAAC-A-----AGTTTAG-TA---AAGACC-GTCA-----TT---------------------A----A--------A-----------T-------------TA-T--TC-----A------AA---TTCA-
gi|13 : ataag-A--CTTCTG--------AAAA-----AGTTATCT----AAAAATGACCTCT------------------------GC---TA-TTGAGTTGGTTATC---GAA-------CCCGA-CCTAGAC-ATTT----T-TTTGAATAAAC--A--CTCT-GACC-A-----AGTTTTG-TA---Aagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
gi|5 : aa--AG--TTA--CAC----G-G-GC---TA-TAAGGCGGGTTATC---AAA-------CTTGG-CTGA-------C----A-T----ATA--T--A--TTTT-GCCA-A-----AGACTGGACG---AATATTAC--------TT------GAA----T----CAGA----G--------AGATGACATCACT-------------TA-TTTGC-----A------AA---TTTT-TATC------------TA----TT---GATGGA----CAATATTAATTA--------C----------TGAGAC--TATTGG----GTCA-GT-----TATAA--A--ACTAGA----CCTAG-AC--------------------AATAA------ATTTT----GATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACAT-A-CTC--------AGTT-T----AGATA-G--GAG-ACATCAATATT---TGGACA-----GATGACTGGATGGAAATttccggaatatagagaggaaaacacattattcagatggacagaaagaaaggcaat
gi|15 : --AA--TTA--C-T----GAT-GT---TA-TCACGCTG-TTATTTTCGAG-------CTTGA-CCGAGATAGAGT----G-TC--AATA--T--ACATTGC-GTCC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAATCAA--AAGATGTT------AAA----A----AAGA----ACATCGGCAA-----------T-------------TA-G--GC-----A------AA---TTAA-GAAC------------AA----GC---CAa
gi|4 : A-CCGGTTTGAATATG---GAA-------GTTGG-GTGAGGT-ATTTT---G-CC--AATAAAC--A--TCAT-GACC-AGACCAAGTCT-G-TG---AGGATTGG--A-----TT------A-----------T-------A--------A-----------T-------------TA-C--TC-----A------AGAACTTTA-GAGAGTGGACACCTCCAA----TTTTGCAAAGGTTTTTCATA---ACT---------C----------TGGGGC--AACCGA----TCTG-GT-----T---T--C--A---------------ATTTTT----------------------------TTTT----GTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-AC-TTCTC--------AAAT-C----AGG---GA-GAAGACATCAAAATT--TCAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAAtggatcg
gi|13 : gagcaatcaaagggccagattaATTACA---AAA-------CTTGG-TCAGAGT-GTTT----ATTC--AAtc
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacctctgctattgagttggttatcgaacccgacctagacatttttTA--T--A--TTGT-GACC-A-----AGTTTGG-TG---AATA-CAA--AC----TT------AAAATTTC----TCAAGTATA--------A-----------TGGAACCTCTCCAATATT--GC-----A------AA---TTTT-AAAC------------AA----TC---TAAGGG----CCATA---AATCCAGAGTAAC----------TGGGAT--GATCAG----ACTG-GT-----CATTG--T--ACTAGA----CCTGG-ACATTTtccggaatatagagaggaaaacacattattcagatggacagaaagaaaggcaat
gi|8 : --A--TTGT-GACT-A-----AGTTTGG-TA---AACTTTTTT-A-----TT------AAA----A----T-GA----CTC------A-----------T-------------TT-T--TCTGAATA------AA---TGTA-CACA------------A-----TG---CAAGGT----CCGTA---AGT---------C----------CATAGT--TGCTGC----A----GCAATAATGTAT--CGTACTTGA----TCTAA-ACCTTTA--------TTTA--ATAAAATTCACCAATTT----GA-CAAGCTATGTAGAGATT--GATTTAA-AT-TACTC--------TAGT-TAG--AGG---G--GAA-ACCTCGTCATT--CTT--TC-----A--GAC-AGATGGAAATGGAA
gi|9 : --GC-----A------TA---TTTA-GAAC------------AA----TC---CAAGGG----CCATA---ACT---------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATTGAGT-----TA-GT--T--ATTAAA----ACTAACACTCTGC--------C-----AATCAA-----CTTTCT----GAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TT-AT-TC--------AAAT-TCAAGAGG---G--GA-------GTTATTTACTCA-----------GAC-AGATGGAAATACAAt
gi|13 : ataagattaaaagaaactgagttagaaaagggacaacatctatttttg-GAAA------------AAGTTATC---TAAAAA----TGAC-----CT---------C----------TG---C--TATTGA----GTTG-GT-----TATCG--A--ACCCGA----CCTAG-ACATTTT--------TTTG--AATAAA-----CACTCT----GACCAAGTTTTGTAA
gi|6 : aaacttctC-----TATTT--C--ACA-AA----TTAAG-ACATTTT--------GCCA--ATAAAA-----AATGC-----AACAAAGTTTGGTAAAAACTG-GATTAAA-AT-TACTC--------AAAA-T----AGttccggaatatagagaggaaaacacattattcagatggacagaaagaaaggcaat
gi|10 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaa--AATAAA-----CATTGTATCAGACCAAATTTGGTAAATATTG-GATTATA-AT-aaaggaaatatagatatatattcgaaaattttcactaacaaggttcatatgaagttactgataaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|7 : tacaatgagaaaatgtaacctcatctgacaaatgctctagatctgacacatgtattgccaatttcacaaatttgaatttacacattttgccAAAAT-----CATTGT----AATCAAATTTGGTAAAGATTG-CATTCAA-ATCATCTC--------AGAtaatccagttagtgaggttacatcagtatttctg
gi|14 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccacatgacaaatgctccaaatttggcaatattagaaaagttttaaaaattatcaaattctacctA-----TATTGT----GACCAAGTTTGGTGAATACAA-ACTTAAA-AT-TTCTC--------AAGTAT----AA---TG--G-A-ACCTCgatggggcattgacatttatgtaaatttcaaacaagctaagggccataactgcagagttactggggctaatgtactggtaatcaaatttgtct
gi|17 : t-AT-GTCTCCACCCCAGAAAT-T-----GGTTAGATGAA-GCCTCATTATT--CAAAACG-----ATTTAC-AG----GAATGCAAtccaatattgcaaattttaaacaatctaagggccataaatccagagtaactgggatgatcagactggtcattgtactagacctggacattt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 11111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111111 3333333333333 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222 1111 555555555555555555555 111 11111111 2222 1111111 11 11111111111111 222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000 4 1 0 44444444 3 3 88 55 7777 0 0 0 777 4 55 4444444444 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00000000000 55 55 8888888888888 4 0 0 0 777 4 0 5 1 1111111111111 55 55 00 3 3 3 99999 3 666 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 66 3333333333333 4 9999 0000 888 111111111111111111111 0 111 9999 4 66 77777777 55 2 0 1 5 5555 2 4444444 2 2 3 3 00 1 5 88888888888888 000000 5 5 2 111111111111111111 5 9
lowQualScore : . .. .................................................................................................. ..... . . . ........ . . .. .. .... . . . ... . .. .......... . ............................................... ........... .. .. ............. . . . . ... . . . . ............. .. .. .. . . . ..... . ... . ............................................................................................. ... .. ............. . .... .... ... ..................... . ... .... . .. ........ .. . . . . .... . ....... . . . . .. . . .............. ...... . . . .................. . .
lowQualScore : 2 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666 4 0 7 55555555 6 6 22 33 7777 2 4 7 000 0 55 5555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 55 55 2222222222222 4 9 1 9 888 4 1 0 1 7777777777777 55 55 00 6 6 6 11111 6 444 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 99 8888888888888 4 7777 6666 888 111111111111111111111 1 444 4444 4 11 88888888 33 6 9 9 3 5555 8 1111111 5 0 4 9 66 0 7 11111111111111 555555 0 0 0 111111111111111111 7 9
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG--CTGNCTATAT---G--CAATNTCA-GT---A-CA--AA-ATTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--TA---G-AT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTTT----GTCAAT--A--TA--TTGTG-A-CC-A-----AGTTTGG-TG---AANATCG-N-A-----TT------AAA------C-----AG-A-A--------A-----------T-------------TAT--GC-----A------AA---TTTA-GAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CATA---ACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATCG-GT--T-ATNNN--A-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAA-----CATTCTGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG--CTGNCNATAT---G--CAATNTCA-NT---A-CA--AA-ATTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--TAC--G-AT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CNAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTTT----ATCAAT--A--TA--TTGTG-A-CC-A-----AGTTTGG-TG---AANATCG-G-A-----TT------AAA------CN----AG-A-A--------A-----------T-------------TAT--GC-----A------AA---TTTA-GAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CATA---ACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATTG-GT--T-ATNTC--A-CTNGACCTAGACNTTTTTCTAAANAAA-----CATTCTGACCAAGTTTGGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCGTTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA--CTGCCTGTGT---GTGCAATTTCA-GTTG-A-CA--AA-ATTT---TGTA-GA--T-T------CAAAGGTAC--GGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GA-CTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----TTAGAGAAGGG---AC-A--TTGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCA-----AAAGGCAACCA---CTTC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCAGGTTGATTAC---TGA-ACTTGG-CCAAGGT-GTTT----ATCAAT--A--TA--TTGTG-A-CC-A-----AGTTTGG-TG---AAGATCA-G-A-----TT------AAA------CT----AG-A-A--------A-----------T-------------TAT--GC-----A------AA---TTTA-GAA------------AAA-TC---CAAAGAC----CATA---GCT----------C----------TGGGGT--TATTGG----ACTG-GC--T-ATATC--A-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAA-----CATTTTGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT----AG--GTCTG-GAA-ACCTCATTATTC---T-----GAATGAGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT---CTGAC-ACAT---G--TATTGCCA-ATTTCA-CA--AA---TT---TG-A-A---T-T------TACA--CA--------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GA-CCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----TTAGTGAGGTT---AC-A--TCAG-----T-ATTTCT-G--------
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----TTTGTGAGTTA---GCTA--TTGAGGTTTTGATTTTT-GTCAAATTTCA------------AAC-------AA---TCG-----ATAAGCCAT-T---ATAC--AG--T--TAC-T---G----AT-GCTA-TCTGGCTCGTTCT---TGA-ACTTGGTCCGTGA-----T----AT--AT--A--CA--TTGTT-A-CT-A-----AGTTGAG-CA---AAATTTA-G-T-----TT------AAA------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGCTATATCG-G--TAACTCCA-TT---T-TAGCAA-ATTT---T--A-AA--T-T-------AAA--TA--------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GA-CCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----TTAGAGAAGAG---AC-A--TTGA-----T-TTTTCT-G--------CA------------
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TATTGA----GTTG-GT--T-ATCGA--A-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAA-----CACTCTGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-------AG--A---G-GAA-AACACATTATTC---A-----G-ATG---GAC-AGAAAGAAAGGCAA
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacT--A--TA--TTGTG-A-CC-A-----AGTTTGG-TG---AATA-CA-A-AC----TT------AAAATTTCTCA----AGTATA--------A-----------TGGAACCTCTCCAATATT-GC-----A------AA---TTTT-AAA------------CAA-TC---TAAGGGC----CATA---AATCCAGAGTAA-C----------TGGGAT--GATCAG----ACTG-GT--C-ATTGT--A-CTAGACCTGGACATTTt
gi|15 : --AA--T--TAC-T---G----AT-GTTA-TCACGCTG-TTATTTTCGA-GCTTGA-CCGAGATAGAGT----GTCAAT--A--TACATTGCG-T-CC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAATCA-A-AAGATGTT------AAA------AA----AG-A-ACATCGGCAA-----------T-------------TAG--GC-----A------AA---TTAA-GAA------------CAA-GC---CATGG
gi|16 : -A-AA--T-T------GAAA---ACTGG-ATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GA-CAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----TTAAAGAGGatcg
gi|17 : gcaatgccgatttcacTT----AG--A---T-GAA-GCCTCATTATTC---A-----AAACGATTTAC-AGG----AATGCAA
gi|2 : atgtctccaccccagaaattggAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----TCAGAAAAAGG----C-AGCTTAA-------ATTT-T-G--------CA------------AA--------AT---TTG-----GAA-------A---ATTC--AA--T--GAC-CATGG----AGAGTTGCTTGTGTTGGTT-T---CAACACATTG-CAAAGAC-ATAT----TTCAA---A--TA--GTGTT-A-CC-A-----CGTT-GG-TA---AATACTG-T-A-----TTTATTTAAGA------CAGAGGAG-A-T--------A-----------T-------------CGT--CC-----ATTTTTCAA---TTTCTGAA------------CAA-TA---CAAGGGC----CATA---ACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----ATGT-GT--TAATGAG--A-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAA-----CATTCTGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAG--AG--A---G-GAA-ACCTTATTATT----C-----GGACGGATt
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GA-TAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----CTAT-----TT---AC-A--TCAA-----C-ATTTTT----------CATAAATTTCAAAAAA--------AA---TC------AAGGGCCAT-AA--TTCC--AGGAT--TAC-T---ATTAAAG-ACTA-TAAGGCTAATTAT---CAA-ACTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGAT-AAT--A--CA--CTATGGA-TTGA-----AGATTCC-TG---AATATAA-C-A-----TT------GAA------------AG-A-A--------A------------------------------GC-----C------AA---TTTA--AA------------CAAATA---TAAGGGC----CATA---ACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GATCAA----CTTG-GT--T-ATTCT--GTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAA-----TATTCCGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata--------AA---TCA-----AAGGGCCAG-A-------------T--TA-----------------A-CCGGTTTGAATAT---GGA-AGTTGG-GTGAGGT-ATTTT---GCCAAT--AAACA--TCATG-A-CC-AGACCAAGTCTG--TG---AGGATTG-G-A-----TT------ATA--------------------------A-----------T-------------TAC--TC-----A------AGAACTTTA-GAGAGTGGACACCTCCAA-TTTTGCAAAGGTTTTTCATA---ACT----------C----------TGGGGC--AACCGA----TCTG-GT--T----TC--A-------------ATTTTT----------------TTTTGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC----AG--G---GAGAAGACATCAAAATTT---CAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : gagc-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGA-CCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTTTAGAGAGTGG---AC-A--CCTC-----C-AATTTT-G--------CA------------AA--------tc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta--AG--T--TACAC---G-----G-GCTA-TAAGGCGGGTTAT---CAA-ACTTGG-CTGA--C-AT----------AT--A--TA--TTTTG-C-CA-A-----AGACTGGACG---AATATTA-C-------TT------GAA------TC----AG-A-G--------AGATGACATCACT-------------TATTTGC-----A------AA---TTTT-TAT------------CTA-TT---GATGGAC----AATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TATTGG----GTCA-GT--T-ATAAA--A-CTAGACCTAGAC---------AATAAA-------TTTTGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT----AGATA---G-GAG-ACATCAATATT----T-----GGACAGATGACTGGATGGAAATggtttttcataactctggggcaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGA--------C---AAATG--CT-CCAAT---------AATATCACGTA--A-CA--AAGATTG---TA-ACAA--C-TATTTCACAAAT-TAA--G-ACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AA-CAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----ATAGAAAGGAA---AT-A--TAGA-----T-ATATAT-T--------CG------------AA--------AATTTTCACTAACAAGGTTCAT-A----TGA--AG--T--TAC-T---G----Aa
gi|6 : TTTCA-CT---AACA--AG-GTTCATATG-A-AG--T-TA-----CTGA--TAAAAG-ATATTTCATCAATATACATTGT-----AAACCAAGTTTGGTATA--------GATTAGATTtaaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|6 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagatatatattcgaaaatAGAT-ATTTC---ATCAAT--A--TACATTGTA-AACC-A-----AGTTTGG-TA---TAGATTA-G-A-----TT------
gi|7 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagatatatattcgaaaattttcactaacaaggttcatatgaagttactgataaaAC-A--TGAC---AAATG--CT--CCAAATTTGG--CAATATTA-G----A--A--AA-GTTT---TA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AA-TCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------TCAGAGATGGG---GC-A--TTGA-----C-ATTTAT-G--------TA------------AATTTCAAACAA---GCT-----AAGGGCCATAA---CTGCAGAG--T--TAC-T---G----GG-GCTA-ATGTACTGGTAAT---CAA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccA--TTGTG-A-CT-A-----AGTTTGG-TA---AACTTTT-TTA-----TT------AAA------AT-----G-A-CTC------A-----------T-------------TTT--TCTGAATA------AA---TGTA-CA-------------CAA-TG---CAAGGTC----CGTA---AGT----------C----------CATAGT--TGCTGC----AGCA-ATAAT-GTATCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTTAATAAAATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT----AGAGG---G-GAA-ACCTCGTCATTCTTTC-----A-------GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----TTAGAAAAGGGACAAC-A--TC-------T-ATTTTTGG--------CATATTTAG-----AAC-------AA---TCC-----AAGGGCCAT-AACTCTGG--AG--TAAAAT-C---G----GG-GTAA-TTGAGTTAGTTAT---TAA-A----A-CTAACAC--TCT----GCCAATCAA--CT--TTCTG-A-AC-A-----AGTTTAG-TA---AAGACCGTC-A-----TT------------------------A-A--------A-----------T-------------TAT--TC-----A------AA---TTCA-t
gi|9 : ataa--GC-----A------TA---TTTA-GAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CATA---ACT----------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATTGAGT--T-A-GTT--A-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAA-----CTTTCTGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAAGAG--G---G-GA-------GTTATTT-----------ACTCA-GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 11111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111111 3333333333 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 2222222222222 1111 555555555555555555555 111 11111111111 11111 1111 1111111 11 11111111111111 222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 33 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 4 0 0 44444444 3 3 88 55 7777 0 0 0 777 4 55 4444444444 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00000000000 55 55 8888888888888 4 0 0 0 777 4 0 5 33 2222222222 66 99999 4 4 00000 4 777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 00000 777 2 3333333333333 4 9999 0000 888 111111111111111111111 0 111 22222222222 9999 11111 4 3 3 1 55 4444 44 6666666 2 2 1 3 00 1 5 88888888888888 000000 5 5 111111111111111111 5 6
lowQualScore : . .. . .................................................................................................... ..... . . . ........ . . .. .. .... . . . ... . .. .......... . ............................................... ........... .. .. ............. . . . . ... . . . .. .......... .. ..... . . ..... . ... . ...................................................................... .... ..... ... . ............. . .... .... ... ..................... . ... ........... .... ..... . . . . .. .... .. ....... . . . . .. . . .............. ...... . . .................. . .
lowQualScore : 2 00 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666 4 1 7 55555555 6 6 22 33 7777 2 4 7 000 0 55 5555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 55 55 2222222222222 4 9 1 9 888 4 1 0 44 9999999999 11 33333 0 0 00000 0 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 00000 000 9 8888888888888 4 7777 6666 888 111111111111111111111 1 444 22222222222 4444 22222 4 7 7 9 66 8888 66 2222222 5 0 0 9 66 0 7 11111111111111 555555 0 0 111111111111111111 7 3
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG--CTG-CTATAT---G--CAA----TNCCA-GTT--A-CA--AA-ATTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--C--ATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG--CTGNCTATAT---G--CAA----TNTCA-GT---A-CA--AA-ATTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTTT-GT--CAAT--A--T--ATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA--CTGCCTGTGT---GTGCAA----TTTCA-GTTG-A-CA--AA-ATTT---TGTA-GA--T-T------CAAAGGT--ACGGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GA-CTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----TTAGAGAAGGG---AC-A--TTGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCA-----AAAGGCAACCA---CTTC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCAGGTTGATTAC---TGA-ACTTGG-CCAAGGT-GTTT-AT--CAAT--A--T--ATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAAGA----TCA-G-A-----TT------AAA---------CTA---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------AAA-TC---CAAAGAC----CA---TAGCT----------C----------TGGGGT--TATTGG----ACT-G-GC----TA-TATCA-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAACATTT-------TGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT----AG--GTCTG-GAA-ACCTCATTATTC---T-----GAATGAGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT---CTGAC-ACAT---G--TAT----TGCCA-ATTTCA-CA--AA---TT---TG-A-A---T-T------TACA--C--A------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GA-CCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----TTAGTGAGGTT---AC-A--TCAG-----T-ATTTCT-G--------
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----TTTGTGAGTTA---GCTA--TTGAGGTTTTGATTTTT-GTCAAATTTCA------------AAC-------AA---TCG-----ATAAGCCAT-T---ATAC--AG--T--TAC-T---G----AT-GCTA-TCTGGCTCGTTCT---TGA-ACTTGGTCCGTGAT-AT---------AT--A--C--ATTGTT-ACT-A-----AGTTGAG-C---AAAAT----TTA-G-T-----TT------AAA---------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGCTATATCG-G--TAA----CTCCA-TT---T-TAGCAA-ATTT---T--A-AA--T-T-------AAA--T--A------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GA-CCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----TTAGAGAAGAG---AC-A--TTGA-----T-TTTTCT-G--------CA------------
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TATTGA----GTT-G-GT----TA-TCGAA-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAACACTC-------TGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-------AG--A---G-GAA-AACACATTATTC---A-----G-ATG---GAC-AGAAAGAAAGGCAA
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacT--A--T--ATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAATA-----CA-A-AC----TT------AAAATTTCT---C-AAGTATAATGGA-------ACCTCTCC-----AATA--TTGC-----AAA---TTTTAAA------------CAA-TC---TAAGGGC----CA---TAAATCCAGAGTAA-C----------TGGGAT--GATCAG----ACT-G-GT----CA-TTGTA-CTAGACCTGGACATTTt
gi|15 : --AA--T--TAC-T---G----AT-GTTA-TCACGCTG-TTATTTTCGA-GCTTGA-CCGAGATAGAGT-GT--CAAT--A--TACATTGCG-TCC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAA----TCA-A-AAGATGTT------AAAAAAGAACATC-G---------GC-------A------------ATTA--G-GC-----AAA---TTAAGAA------------CAA-GC---CATGG
gi|16 : ---G--CAA----TGCCG-ATTTCA-CA--AA----T---TG-A-AA-------------AC--T--G--GATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GA-CAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----TTAAAGAGGatcg
gi|17 : TT----AG--A---T-GAA-GCCTCATTATTC---A-----AAACGATTTAC-A----GGAATGCAA
gi|2 : atgtctccaccccagaaattggAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----TCAGAAAAAGG----C-AGCTTAA-------ATTT-T-G--------CA------------AA--------AT---TTG-----GAA-------A---ATTC--AA--T--GAC-CATGG----AGAGTTGCTTGTGTTGGTT-T---CAACACATTG-CAAAGAC-ATAT-TT--CAA---A--T--AGTGTT-ACC-A-----CGTT-GG-T---AAATA----CTG-T-A-----TTTATTTAAGA---------C-A---------GA-------GGAGATATCGTCCATTT--T-TC-----AAT---TTCTGAA------------CAA-TA---CAAGGGC----CA---TAACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----ATG-T-GT----TAATGAGA-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAG--AG--A---G-GAA-ACCTTATTATT----C-----GGACGGATt
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GA-TAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----CTAT-----TT---AC-A--TCAA-----C-ATTTTT----------CATAAATTTCAAAAAA--------AA---TC------AAGGGCCAT-AA--TTCC--AGGAT--TAC-T---ATTAAAG-ACTA-TAAGGCTAATTAT---CAA-ACTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGATAAT--A--C--ACTATGGATTGA-----AGATTCC-T---GAATA----TAA-C-A-----TT------GAA-----------A---------GA-------A------------A-------GC-----CAA---TTTA-AA------------CAAATA---TAAGGGC----CA---TAACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GATCAA----CTT-G-GT----TA-TTCTGTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAATATTC-------CGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata--------AA---TCA-----AAGGGCCAG-A-------------T--TA-----------------A-CCGGTTTGAATAT---GGA-AGTTGG-GTGAGGT-ATTTTGC--CAAT--AAAC--ATCATG-ACC-AGACCAAGTCTG--T---GAGGA----TTG-G-A-----TT------ATA-------------------------------------------ATTA--C-TC-----AAGAACTTTAGAGAGTGGACACCTCCAA-TTTTGCAAAGGTTTTTCA---TAACT----------C----------TGGGGC--AACCG-----ATCTG-GT----T---------TCAA--------TTTTT-----------TTT-------TGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC----AG--G---GAGAAGACATCAAAATTT---CAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : gagc-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGA-CCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTTTAGAGAGTGG---AC-A--CCTC-----C-AATTTT-G--------CA------------AA--------tc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta--AG--T--TACAC---G-----G-GCTA-TAAGGCGGGTTAT---CAA-ACTTGG-CT--GAC-AT---------AT--A--T--ATTTTG-CCA-A-----AGACTGGAC---GAATATTACTTG-A-A-----TC------AGA---------G-A---------GATGACATCA------------CTTATTT-GC-----AAA---TTTTTAT------------CTA-TT---GATGGAC----AATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TATTGG----GTC-A-GT----TA-TAAAA-CTAGACCTAGA--------C-AATAA--ATTT-------TGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT----AGATA---G-GAG-ACATCAATATT----T-----GGACAGATGACTGGATGGAAATggtttttcataactctggggcaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGAC-A----------AATG--CT--CCA-AT-------AA----TATCACGT---AACA--AAGATTG---TA-ACAA--C-TATTTCACAAA--TTAA--GACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AA-CAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----ATAGAAAGGAA---AT-A--TAGA-----T-ATATAT-T--------CG------------AA--------AATTTTCACTAACAAGGTTCAT-A----TGA--AG--T--TAC-T---G----Aa
gi|6 : TATAT---T--CGAAAATTTTCA-CT---AACA--AG-GTTCATATG-A-AG--T-TACTGA-TAAA-----A--GATATTTCATCAATATACATTGT-----AAACCAAGTTTGGTATA--------GATTAGATTtaaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|7 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagataAC-A--TGAC---AAATG--CT--CCAAATTTGG--CAA----TATTA-G----A--A--AA-GTTT---TA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AA-TCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------TCAGAGATGGG---GC-A--TTGA-----C-ATTTAT-G--------TA------------AATTTCAAACAA---GCT-----AAGGGCCATAA---CTGCAGAG--T--TAC-T---G----GG-GCTA-ATGTACTGGTAAT---CAA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacacc--ATTGTG-ACT-A-----AGTTTGG-T---AAACT----TTT-TTA-----TT------AAA---------A-T---------GA-------CTC----------ATTT--T-TCTGAATAAA---TGTACA-------------CAA-TG---CAAGGTC----CG---TAAGT----------C----------CATAGT--TGCTGC----AGC-A-ATAATGTA-TCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTT-AATAAA-ATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT----AGAGG---G-GAA-ACCTCGTCATTCTTTC-----A-------GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----TTAGAAAAGGGACAAC-A--TC-------T-ATTTTTGG--------CATATTTAG-----AAC-------AA---TCC-----AAGGGCCAT-AACTCTGG--AG--TAAAAT-C---G----GG-GTAA-TTGAGTTAGTTAT---TAA-A----A-CTAACAC--TCT-GC--CAATCAA--C--TTTCTG-AAC-A-----AGTTTAG-T---AAAGA----CCGTC-A-----TT-------------------------------A-------A------------ATTA--T-TC-----AAA---TTCAt
gi|9 : ataa-GC-----ATA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATT-GAGT----TA--GTTA-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAACTTTC-------TGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAAGAG--G---G-GA-------GTTATTT-----------ACTCA-GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 11111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111111 3333333333 11 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 2222222222222 1111 555555555555555555555 111 11111111111 11111 1111 1111111 11 11111111111111 222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 33 8 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000 4 0 0 44444444 3 3 88 55 7777 0 0 0 777 4 55 4444444444 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00000000000 55 55 8888888888888 4 0 0 0 777 4 0 5 33 2222222222 66 22 4 4 00000 4 777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 00000 777 2 3333333333333 4 9999 0000 888 111111111111111111111 0 111 22222222222 9999 11111 4 3 3 1 55 4444 44 6666666 2 2 1 3 00 1 5 88888888888888 000000 5 5 111111111111111111 5 6
lowQualScore : . .. . ................................................................................................... ..... . . . ........ . . .. .. .... . . . ... . .. .......... . ............................................... ........... .. .. ............. . . . . ... . . . .. .......... .. .. . . ..... . ... . ...................................................................... .... ..... ... . ............. . .... .... ... ..................... . ... ........... .... ..... . . . . .. .... .. ....... . . . . .. . . .............. ...... . . .................. . .
lowQualScore : 2 00 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 4 1 7 55555555 6 6 22 33 7777 2 4 7 000 0 55 5555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 55 55 2222222222222 4 9 1 9 888 4 1 0 44 2222222222 11 22 0 0 00000 0 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 00000 000 9 8888888888888 4 7777 6666 888 111111111111111111111 1 444 22222222222 4444 22222 4 7 7 9 66 8888 66 2222222 5 0 0 9 66 0 7 11111111111111 555555 0 0 111111111111111111 7 3
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCA-NTT--ACAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCA-GTT--ACAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA-CT--GCCTGTGTGT---GCAA----TTTCA-GTTG-ACAAA-A-TTT---TGTA-GA--T-T------CAAAGGT--ACGGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GA-CTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----TTAGAGAAGGG---AC-A--TTGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCA-----AAAGGCAACCA---CTTC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCAGGTTGATTAC---TGA-ACTTGG-CCAAGGT-GTTT-AT--CAAT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAAGA----TCA-G-A-----TT------AAA---------CTA---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------AAA-TC---CAAAGAC----CA---TAGCT----------C----------TGGGGT--TATTGG----ACT-G-GC----TA-TATCA-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAACATTT-------TGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT----AG--GTCTG-GAA-ACCTCATTATTC---T-----GAATGAGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT--CT--GA---CACAT---GTAT----TGCCA-ATT--TCACA-A-ATT---TG-A-A---T-T------TACA--C--A------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GA-CCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----TTAGTGAGGTT---AC-A--TCAG-----T-ATTTCT-G--------
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----TTTGTGAGTTA---GCTA--TTGAGGTTTTGATTTTT-GTCAAATTTCA------------AAC-------AA---TCG-----ATAAGCCAT-T---ATAC--AG--T--TAC-T---G----AT-GCTA-TCTGGCTCGTTCT---TGA-ACTTGGTCCGTGAT-AT---------AT--A--CATTGTT-ACT-A-----AGTTGAG-C---AAAAT----TTA-G-T-----TT------AAA---------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGC---TATATCG-GTAA----CTCCA-TTTT-AGCAA-A-TTT---T--A-AA--T-T-------AAA--T--A------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GA-CCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----TTAGAGAAGAG---AC-A--TTGA-----T-TTTTCT-G--------CA------------
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TATTGA----GTT-G-GT----TA-TCGAA-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAACACTC-------TGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-------AG--A---G-GAA-AACACATTATTC---A-----G-ATG---GAC-AGAAAGAAAGGCAA
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-T---GAATA-----CA-A-AC----TT------AAAATTTCT---C-AAGTATAATGGA-------ACCTCTCC-----AATA--TTGC-----AAA---TTTTAAA------------CAA-TC---TAAGGGC----CA---TAAATCCAGAGTAA-C----------TGGGAT--GATCAG----ACT-G-GT----CA-TTGTA-CTAGACCTGGACATTTt
gi|15 : --AA--T--TAC-T---G----AT-GTTA-TCACGCTG-TTATTTTCGA-GCTTGA-CCGAGATAGAGT-GT--CAAT--ATACATTGCG-TCC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAA----TCA-A-AAGATGTT------AAAAAAGAACATC-G---------GC-------A------------ATTA--G-GC-----AAA---TTAAGAA------------CAA-GC---CATGG
gi|16 : ---GCAA----TGCCG-ATTTCACAAA-----T---TG-A-AA-------------AC--T--G--GATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GA-CAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----TTAAAGAGGatcg
gi|17 : TT----AG--A---T-GAA-GCCTCATTATTC---A-----AAACGATTTAC-A----GGAATGCAA
gi|2 : atgtctccaccccagaaattggAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----TCAGAAAAAGG----C-AGCTTAA-------ATTT-T-G--------CA------------AA--------AT---TTG-----GAA-------A---ATTC--AA--T--GAC-CATGG----AGAGTTGCTTGTGTTGGTT-T---CAACACATTG-CAAAGAC-ATAT-TT--CAA---A--TAGTGTT-ACC-A-----CGTT-GG-T---AAATA----CTG-T-A-----TTTATTTAAGA---------C-A---------GA-------GGAGATATCGTCCATTT--T-TC-----AAT---TTCTGAA------------CAA-TA---CAAGGGC----CA---TAACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----ATG-T-GT----TAATGAGA-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAG--AG--A---G-GAA-ACCTTATTATT----C-----GGACGGATt
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GA-TAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----CTAT-----TT---AC-A--TCAA-----C-ATTTTT----------CATAAATTTCAAAAAA--------AA---TC------AAGGGCCAT-AA--TTCC--AGGAT--TAC-T---ATTAAAG-ACTA-TAAGGCTAATTAT---CAA-ACTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGATAAT--A--CACTATGGATTGA-----AGATTCC-T---GAATA----TAA-C-A-----TT------GAA-----------A---------GA-------A------------A-------GC-----CAA---TTTA-AA------------CAAATA---TAAGGGC----CA---TAACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GATCAA----CTT-G-GT----TA-TTCTGTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAATATTC-------CGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata--------AA---TCA-----AAGGGCCAG-A-------------T--TA-----------------A-CCGGTTTGAATAT---GGA-AGTTGG-GTGAGGT-ATTTTGC--CAAT--AAACATCATG-ACC-AGACCAAGTCTG--T---GAGGA----TTG-G-A-----TT------ATA-------------------------------------------ATTA--C-TC-----AAGAACTTTAGAGAGTGGACACCTCCAA-TTTTGCAAAGGTTTTTCA---TAACT----------C----------TGGGGC--AACCG-----ATCTG-GT----T---------TCAA--------TTTTT-----------TTT-------TGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC----AG--G---GAGAAGACATCAAAATTT---CAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : gagc-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGA-CCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTTTAGAGAGTGG---AC-A--CCTC-----C-AATTTT-G--------CA------------AA--------tc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta--AG--T--TACAC---G-----G-GCTA-TAAGGCGGGTTAT---CAA-ACTTGG-CT--GAC-AT---------AT--A--TATTTTG-CCA-A-----AGACTGGAC---GAATATTACTTG-A-A-----TC------AGA---------G-A---------GATGACATCA------------CTTATTT-GC-----AAA---TTTTTAT------------CTA-TT---GATGGAC----AATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TATTGG----GTC-A-GT----TA-TAAAA-CTAGACCTAGA--------C-AATAA--ATTT-------TGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT----AGATA---G-GAG-ACATCAATATT----T-----GGACAGATGACTGGATGGAAATggtttttcataactctggggcaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGAC-A----------AATG-CT--CC---AATA-------A----TATCACGTA--ACAAAGA-TTG---TA-ACAA--C-TATTTCACAAA--TTAA--GACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AA-CAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----ATAGAAAGGAA---AT-A--TAGA-----T-ATATAT-T--------CG------------AA--------AATTTTCACTAACAAGGTTCAT-A----TGA--AG--T--TAC-T---G----Aa
gi|6 : ---TATAT---TCGAAAATTTTCA-CTA--ACAAG-G-TTCATATG-A-AG--T-TACTGA-TAAA-----A--GATATTTCATCAATATACATTGT-----AAACCAAGTTTGGTATA--------GATTAGATTtaaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|7 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagataAC-A--TGAC---AAATG-CT---C---CAAATTTGGCAA----TA-----TT--AGAAA-AGTTT---TA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AA-TCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------TCAGAGATGGG---GC-A--TTGA-----C-ATTTAT-G--------TA------------AATTTCAAACAA---GCT-----AAGGGCCATAA---CTGCAGAG--T--TAC-T---G----GG-GCTA-ATGTACTGGTAAT---CAA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccATTGTG-ACT-A-----AGTTTGG-T---AAACT----TTT-TTA-----TT------AAA---------A-T---------GA-------CTC----------ATTT--T-TCTGAATAAA---TGTACA-------------CAA-TG---CAAGGTC----CG---TAAGT----------C----------CATAGT--TGCTGC----AGC-A-ATAATGTA-TCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTT-AATAAA-ATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT----AGAGG---G-GAA-ACCTCGTCATTCTTTC-----A-------GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----TTAGAAAAGGGACAAC-A--TC-------T-ATTTTTGG--------CATATTTAG-----AAC-------AA---TCC-----AAGGGCCAT-AACTCTGG--AG--TAAAAT-C---G----GG-GTAA-TTGAGTTAGTTAT---TAA-A----A-CTAACAC--TCT-GC--CAATCAA--CTTTCTG-AAC-A-----AGTTTAG-T---AAAGA----CCGTC-A-----TT-------------------------------A-------A------------ATTA--T-TC-----AAA---TTCAt
gi|9 : ataa-GC-----ATA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATT-GAGT----TA--GTTA-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAACTTTC-------TGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAAGAG--G---G-GA-------GTTATTT-----------ACTCA-GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 11111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111111 3333333333 11 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 2222222222222 1111 555555555555555555555 111 11111111111 11111 1111 1111111 11 11111111111111 222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 33 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 4 0 0 44444444 3 3 88 55 7777 0 0 0 777 4 55 4444444444 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00000000000 55 55 8888888888888 4 0 0 0 777 4 0 5 33 2222222222 66 22 4 4 00000 4 777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 00000 777 2 3333333333333 4 9999 0000 888 111111111111111111111 0 111 22222222222 9999 11111 4 3 3 1 55 4444 44 6666666 2 2 1 3 00 1 5 88888888888888 000000 5 5 111111111111111111 5 6
lowQualScore : . .. . ................................................................................................... ..... . . . ........ . . .. .. .... . . . ... . .. .......... . ............................................... ........... .. .. ............. . . . . ... . . . .. .......... .. .. . . ..... . ... . ...................................................................... .... ..... ... . ............. . .... .... ... ..................... . ... ........... .... ..... . . . . .. .... .. ....... . . . . .. . . .............. ...... . . .................. . .
lowQualScore : 2 00 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666 4 1 7 55555555 6 6 22 33 7777 2 4 7 000 0 55 5555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 55 55 2222222222222 4 9 1 9 888 4 1 0 44 2222222222 11 22 0 0 00000 0 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 00000 000 9 8888888888888 4 7777 6666 888 111111111111111111111 1 444 22222222222 4444 22222 4 7 7 9 66 8888 66 2222222 5 0 0 9 66 0 7 11111111111111 555555 0 0 111111111111111111 7 3
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA-CT--GCCTGTGTGT---GCAA----TTTCAGTTG-A-CAAA-A-TTT---TGTA-GA--T-T------CAAAGGT--ACGGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GA-CTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----TTAGAGAAGGG---AC-A--TTGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCA-----AAAGGCAACCA---CTTC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCAGGTTGATTAC---TGA-ACTTGG-CCAAGGT-GTTT-AT--CAAT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AAGA----TCA-G-A-----TT------AAA---------CTA---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------AAA-TC---CAAAGAC----CA---TAGCT----------C----------TGGGGT--TATTGG----ACT-G-GC----TA-TATCA-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAACATTT-------TGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT----AG--GTCTG-GAA-ACCTCATTATTC---T-----GAATGAGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT--CT--GA---CACAT---GTAT----TGCCAATT--T-CACA-A-ATT---TG-A-A---T-T------TACA--C--A------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GA-CCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----TTAGTGAGGTT---AC-A--TCAG-----T-ATTTCT-G--------
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----TTTGTGAGTTA---GCTA--TTGAGGTTTTGATTTTT-GTCAAATTTCA------------AAC-------AA---TCG-----ATAAGCCAT-T---ATAC--AG--T--TAC-T---G----AT-GCTA-TCTGGCTCGTTCT---TGA-ACTTGGTCCGTGAT-AT---------AT--A--CATTGTT-ACT-A-----AGTTGAG-CA---AAAT----TTA-G-T-----TT------AAA---------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGC---TATATCG-GTAA----CTCCATTTT-A-GCAA-A-TTT---T--A-AA--T-T-------AAA--T--A------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GA-CCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----TTAGAGAAGAG---AC-A--TTGA-----T-TTTTCT-G--------CA------------
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TATTGA----GTT-G-GT----TA-TCGAA-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAACACTC-------TGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-------AG--A---G-GAA-AACACATTATTC---A-----G-ATG---GAC-AGAAAGAAAGGCAA
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AATA-----CA-A-AC----TT------AAAATTTCT---C-AAGTATAATGGA-------ACCTCTCC-----AATA--TTGC-----AAA---TTTTAAA------------CAA-TC---TAAGGGC----CA---TAAATCCAGAGTAA-C----------TGGGAT--GATCAG----ACT-G-GT----CA-TTGTA-CTAGACCTGGACATTTt
gi|15 : --AA--T--TAC-T---G----AT-GTTA-TCACGCTG-TTATTTTCGA-GCTTGA-CCGAGATAGAGT-GT--CAAT--ATACATTGCG-TCC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAA----TCA-A-AAGATGTT------AAAAAAGAACATC-G---------GC-------A------------ATTA--G-GC-----AAA---TTAAGAA------------CAA-GC---CATGG
gi|16 : ---GCAA----TGCCGATTTCA-CAAA-----T---TG-A-AA-------------AC--T--G--GATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GA-CAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----TTAAAGAGGatcg
gi|17 : TT----AG--A---T-GAA-GCCTCATTATTC---A-----AAACGATTTAC-A----GGAATGCAA
gi|2 : atgtctccaccccagaaattggAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----TCAGAAAAAGG----C-AGCTTAA-------ATTT-T-G--------CA------------AA--------AT---TTG-----GAA-------A---ATTC--AA--T--GAC-CATGG----AGAGTTGCTTGTGTTGGTT-T---CAACACATTG-CAAAGAC-ATAT-TT--CAA---A--TAGTGTT-ACC-A-----CGTT-GG-TA---AATA----CTG-T-A-----TTTATTTAAGA---------C-A---------GA-------GGAGATATCGTCCATTT--T-TC-----AAT---TTCTGAA------------CAA-TA---CAAGGGC----CA---TAACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----ATG-T-GT----TAATGAGA-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAG--AG--A---G-GAA-ACCTTATTATT----C-----GGACGGATt
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GA-TAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----CTAT-----TT---AC-A--TCAA-----C-ATTTTT----------CATAAATTTCAAAAAA--------AA---TC------AAGGGCCAT-AA--TTCC--AGGAT--TAC-T---ATTAAAG-ACTA-TAAGGCTAATTAT---CAA-ACTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGATAAT--A--CACTATGGATTGA-----AGATTCC-TG---AATA----TAA-C-A-----TT------GAA-----------A---------GA-------A------------A-------GC-----CAA---TTTA-AA------------CAAATA---TAAGGGC----CA---TAACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GATCAA----CTT-G-GT----TA-TTCTGTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAATATTC-------CGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata--------AA---TCA-----AAGGGCCAG-A-------------T--TA-----------------A-CCGGTTTGAATAT---GGA-AGTTGG-GTGAGGT-ATTTTGC--CAAT--AAACATCATG-ACC-AGACCAAGTCTG--TG---AGGA----TTG-G-A-----TT------ATA-------------------------------------------ATTA--C-TC-----AAGAACTTTAGAGAGTGGACACCTCCAA-TTTTGCAAAGGTTTTTCA---TAACT----------C----------TGGGGC--AACCG-----ATCTG-GT----T---------TCAA--------TTTTT-----------TTT-------TGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC----AG--G---GAGAAGACATCAAAATTT---CAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : gagc-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGA-CCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTTTAGAGAGTGG---AC-A--CCTC-----C-AATTTT-G--------CA------------AA--------tc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta--AG--T--TACAC---G-----G-GCTA-TAAGGCGGGTTAT---CAA-ACTTGG-CT--GAC-AT---------AT--A--TATTTTG-CCA-A-----AGACTGGACG---AATATTACTTG-A-A-----TC------AGA---------G-A---------GATGACATCA------------CTTATTT-GC-----AAA---TTTTTAT------------CTA-TT---GATGGAC----AATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TATTGG----GTC-A-GT----TA-TAAAA-CTAGACCTAGA--------C-AATAA--ATTT-------TGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT----AGATA---G-GAG-ACATCAATATT----T-----GGACAGATGACTGGATGGAAATggtttttcataactctggggcaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGAC-A----------AATG-CT--CC---AATA-------A----TATCACGT--AACAAAGA-TTG---TA-ACAA--C-TATTTCACAAA--TTAA--GACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AA-CAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----ATAGAAAGGAA---AT-A--TAGA-----T-ATATAT-T--------CG------------AA--------AATTTTCACTAACAAGGTTCAT-A----TGA--AG--T--TAC-T---G----Aa
gi|6 : ---TATAT---TCGAAAATTTTCACTA--A-CAAG-G-TTCATATG-A-AG--T-TACTGA-TAAA-----A--GATATTTCATCAATATACATTGT-----AAACCAAGTTTGGTATA--------GATTAGATTtaaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|7 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagataAC-A--TGAC---AAATG-CT---C---CAAATTTGGCAA----TA----TT--A-GAAA-AGTTT---TA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AA-TCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------TCAGAGATGGG---GC-A--TTGA-----C-ATTTAT-G--------TA------------AATTTCAAACAA---GCT-----AAGGGCCATAA---CTGCAGAG--T--TAC-T---G----GG-GCTA-ATGTACTGGTAAT---CAA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccATTGTG-ACT-A-----AGTTTGG-TA---AACT----TTT-TTA-----TT------AAA---------A-T---------GA-------CTC----------ATTT--T-TCTGAATAAA---TGTACA-------------CAA-TG---CAAGGTC----CG---TAAGT----------C----------CATAGT--TGCTGC----AGC-A-ATAATGTA-TCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTT-AATAAA-ATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT----AGAGG---G-GAA-ACCTCGTCATTCTTTC-----A-------GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----TTAGAAAAGGGACAAC-A--TC-------T-ATTTTTGG--------CATATTTAG-----AAC-------AA---TCC-----AAGGGCCAT-AACTCTGG--AG--TAAAAT-C---G----GG-GTAA-TTGAGTTAGTTAT---TAA-A----A-CTAACAC--TCT-GC--CAATCAA--CTTTCTG-AAC-A-----AGTTTAG-TA---AAGA----CCGTC-A-----TT-------------------------------A-------A------------ATTA--T-TC-----AAA---TTCAt
gi|9 : ataa-GC-----ATA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATT-GAGT----TA--GTTA-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAACTTTC-------TGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAAGAG--G---G-GA-------GTTATTT-----------ACTCA-GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 11111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111111 3333333333 11 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 2222222222222 1111 555555555555555555555 111 11111111111 11111 1111 1111111 11 11111111111111 222222 555555555555555555
lowQualScore : 3 33 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 4 0 0 44444444 3 3 88 55 7777 0 0 0 777 4 55 4444444444 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00000000000 55 55 8888888888888 4 0 0 0 777 4 0 5 33 2222222222 66 22 4 4 00000 4 777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 00000 777 2 3333333333333 4 9999 0000 888 111111111111111111111 0 111 22222222222 9999 11111 4 3 3 1 55 4444 44 6666666 2 2 1 3 00 1 5 88888888888888 000000 5 5 111111111111111111 5 6
lowQualScore : . .. . ................................................................................................... ..... . . . ........ . . .. .. .... . . . ... . .. .......... . ............................................... ........... .. .. ............. . . . . ... . . . .. .......... .. .. . . ..... . ... . ...................................................................... .... ..... ... . ............. . .... .... ... ..................... . ... ........... .... ..... . . . . .. .... .. ....... . . . . .. . . .............. ...... . . .................. . .
lowQualScore : 2 00 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666 4 1 7 55555555 6 6 22 33 7777 2 4 7 000 0 55 5555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 55 55 2222222222222 4 9 1 9 888 4 1 0 44 2222222222 11 22 0 0 00000 0 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 00000 000 9 8888888888888 4 7777 6666 888 111111111111111111111 1 444 22222222222 4444 22222 4 7 7 9 66 8888 66 2222222 5 0 0 9 66 0 7 11111111111111 555555 0 0 111111111111111111 7 3
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA-CT--GCCTGTGTGT---GCAA----TTTCAGTTG-A-CAAA-A-TTT---TGTA-GA--T-T------CAAAGGT--ACGGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GA-CTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----TTAGAGAAGGG---AC-A--TTGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCA-----AAAGGCAACCA---CTTC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCAGGTTGATTAC---TGA-ACTTGG-CCAAGGT-GTTT-AT--CAAT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AAGA----TCA-G-A-----TT------AAA---------CTA---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------AAA-TC---CAAAGAC----CA---TAGCT----------C----------TGGGGT--TATTGG----ACT-G-GC----TA-TATCA-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAACATTT-------TGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT----AG--GTCTG-GAA-ACCTCATTATTC---T-----GAATGAGTGAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT--CT--GA---CACAT---GTAT----TGCCAATT--T-CACA-A-ATT---TG-A-A---T-T------TACA--C--A------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GA-CCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----TTAGTGAGGTT---AC-A--TCAG-----T-ATTTCT-G--------
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----TTTGTGAGTTA---GCTA--TTGAGGTTTTGATTTTT-GTCAAATTTCA------------AAC-------AA---TCG-----ATAAGCCAT-T---ATAC--AG--T--TAC-T---G----AT-GCTA-TCTGGCTCGTTCT---TGA-ACTTGGTCCGTGAT-AT---------AT--A--CATTGTT-ACT-A-----AGTTGAG-CA---AAAT----TTA-G-T-----TT------AAA---------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGC---TATATCG-GTAA----CTCCATTTT-A-GCAA-A-TTT---T--A-AA--T-T-------AAA--T--A------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GA-CCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----TTAGAGAAGAG---AC-A--TTGA-----T-TTTTCT-G--------CA------------
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TATTGA----GTT-G-GT----TA-TCGAA-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAACACTC-------TGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-------AG--A---G-GAA-AACACATTATTC---A-----G-ATG---GAC-AGAAAGAAAGGCAA
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacT--A--TATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AATA-----CA-A-AC----TT------AAAATTTCT---C-AAGTATAATGGA-------ACCTCTCC-----AATA--TTGC-----AAA---TTTTAAA------------CAA-TC---TAAGGGC----CA---TAAATCCAGAGTAA-C----------TGGGAT--GATCAG----ACT-G-GT----CA-TTGTA-CTAGACCTGGACATTTt
gi|15 : --AA--T--TAC-T---G----AT-GTTA-TCACGCTG-TTATTTTCGA-GCTTGA-CCGAGATAGAGT-GT--CAAT--ATACATTGCG-TCC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAA----TCA-A-AAGATGTT------AAAAAAGAACATC-G---------GC-------A------------ATTA--G-GC-----AAA---TTAAGAA------------CAA-GC---CATGG
gi|16 : ---GCAA----TGCCGATTTCA-CAAA-----T---TG-A-AA-------------AC--T--G--GATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GA-CAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----TTAAAGAGGatcg
gi|17 : TT----AG--A---T-GAA-GCCTCATTATTC---A-----AAACGATTTAC-A----GGAATGCAA
gi|2 : atgtctccaccccagaaattggAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----TCAGAAAAAGG----C-AGCTTAA-------ATTT-T-G--------CA------------AA--------AT---TTG-----GAA-------A---ATTC--AA--T--GAC-CATGG----AGAGTTGCTTGTGTTGGTT-T---CAACACATTG-CAAAGAC-ATAT-TT--CAA---A--TAGTGTT-ACC-A-----CGTT-GG-TA---AATA----CTG-T-A-----TTTATTTAAGA---------C-A---------GA-------GGAGATATCGTCCATTT--T-TC-----AAT---TTCTGAA------------CAA-TA---CAAGGGC----CA---TAACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---ATTGG----ATG-T-GT----TAATGAGA-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAG--AG--A---G-GAA-ACCTTATTATT----C-----GGACGGATt
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GA-TAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----CTAT-----TT---AC-A--TCAA-----C-ATTTTT----------CATAAATTTCAAAAAA--------AA---TC------AAGGGCCAT-AA--TTCC--AGGAT--TAC-T---ATTAAAG-ACTA-TAAGGCTAATTAT---CAA-ACTTTG-TTGAGTC-ATTTTGTGATAAT--A--CACTATGGATTGA-----AGATTCC-TG---AATA----TAA-C-A-----TT------GAA-----------A---------GA-------A------------A-------GC-----CAA---TTTA-AA------------CAAATA---TAAGGGC----CA---TAACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GATCAA----CTT-G-GT----TA-TTCTGTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAATATTC-------CGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata--------AA---TCA-----AAGGGCCAG-A-------------T--TA-----------------A-CCGGTTTGAATAT---GGA-AGTTGG-GTGAGGT-ATTTTGC--CAAT--AAACATCATG-ACC-AGACCAAGTCTG--TG---AGGA----TTG-G-A-----TT------ATA-------------------------------------------ATTA--C-TC-----AAGAACTTTAGAGAGTGGACACCTCCAA-TTTTGCAAAGGTTTTTCA---TAACT----------C----------TGGGGC--AACCG-----ATCTG-GT----T---------TCAA--------TTTTT-----------TTT-------TGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC----AG--G---GAGAAGACATCAAAATTT---CAGATGGACCAAAAGAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : gagc-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGA-CCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTTTAGAGAGTGG---AC-A--CCTC-----C-AATTTT-G--------CA------------AA--------tc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta--AG--T--TACAC---G-----G-GCTA-TAAGGCGGGTTAT---CAA-ACTTGG-CT--GAC-AT---------AT--A--TATTTTG-CCA-A-----AGACTGGACG---AATATTACTTG-A-A-----TC------AGA---------G-A---------GATGACATCA------------CTTATTT-GC-----AAA---TTTTTAT------------CTA-TT---GATGGAC----AATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TATTGG----GTC-A-GT----TA-TAAAA-CTAGACCTAGA--------C-AATAA--ATTT-------TGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT----AGATA---G-GAG-ACATCAATATT----T-----GGACAGATGACTGGATGGAAATggtttttcataactctggggcaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGAC-A----------AATG-CT--CC---AATA-------A----TATCACGT--AACAAAGA-TTG---TA-ACAA--C-TATTTCACAAA--TTAA--GACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AA-CAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----ATAGAAAGGAA---AT-A--TAGA-----T-ATATAT-T--------CG------------AA--------AATTTTCACTAACAAGGTTCAT-A----TGA--AG--T--TAC-T---G----Aa
gi|6 : ---TATAT---TCGAAAATTTTCACTA--A-CAAG-G-TTCATATG-A-AG--T-TACTGA-TAAA-----A--GATATTTCATCAATATACATTGT-----AAACCAAGTTTGGTATA--------GATTAGATTtaaaagatatttcatcaatatacattgtaaaccaagtttggtatagattagatt
gi|7 : agaaaatgtcaacactgtgacaaatgctccaataatatcacgtaacaaagattgtaacaactatttcacaaattaagacattttgccaataaaaaatgcaacaaagtttggtaaaaactggattaaaattactcaaaatagaaaggaaatatagataAC-A--TGAC---AAATG-CT---C---CAAATTTGGCAA----TA----TT--A-GAAA-AGTTT---TA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AA-TCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------TCAGAGATGGG---GC-A--TTGA-----C-ATTTAT-G--------TA------------AATTTCAAACAA---GCT-----AAGGGCCATAA---CTGCAGAG--T--TAC-T---G----GG-GCTA-ATGTACTGGTAAT---CAA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccATTGTG-ACT-A-----AGTTTGG-TA---AACT----TTT-TTA-----TT------AAA---------A-T---------GA-------CTC----------ATTT--T-TCTGAATAAA---TGTACA-------------CAA-TG---CAAGGTC----CG---TAAGT----------C----------CATAGT--TGCTGC----AGC-A-ATAATGTA-TCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTT-AATAAA-ATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT----AGAGG---G-GAA-ACCTCGTCATTCTTTC-----A-------GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----TTAGAAAAGGGACAAC-A--TC-------T-ATTTTTGG--------CATATTTAG-----AAC-------AA---TCC-----AAGGGCCAT-AACTCTGG--AG--TAAAAT-C---G----GG-GTAA-TTGAGTTAGTTAT---TAA-A----A-CTAACAC--TCT-GC--CAATCAA--CTTTCTG-AAC-A-----AGTTTAG-TA---AAGA----CCGTC-A-----TT-------------------------------A-------A------------ATTA--T-TC-----AAA---TTCAt
gi|9 : ataa-GC-----ATA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGAGTAAAATCGGGGTAATT-GAGT----TA--GTTA-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAACTTTC-------TGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAAGAG--G---G-GA-------GTTATTT-----------ACTCA-GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
blockSeqs : A CA . AATGCTCCAATAATATCACGTAACAAAGATTGTAACAACTATTTCACAAATTAAGACA GACCA A TTAGATGA G C CT CC AACT ACA T GC TGAGGTTTTG C CATAAATTTCAAAAAAAATC AACTGCAG GA AA CATGGAGA C TTT C T CG ATTTTGTGA CA TA G G GACCA A CCG A CAAACTTAAAATTTCTCAAGTATAATGGAACCTCTCC TTT TGAAT AAC A GAGTGGACACCTC A TTTG TTTT TAT CAAGAATTCCT AAA GGGTAATTGA AATG ATGAG T C C G CA TTTG AC ACCAATT C T T T TC G C ATTCAAATTCAAG ATA A G TCAGATGGACCAAAA T A
blockSeqs : A CC . AATGCTCTAGATCTGACACATGTATTGCCAATTTCACAAATTTGAATTTACACA ATCA . . . . A CG . . . . CAGT T GTCAAATTTCAAACAATCG AACTCTGG . . TATTAAAG . . . . CG AGAGTGT . AA . . . . . T CTGTATTTATTTAAGACAGAGGAGATATCGTCC TT . . G A . C . . CAAGAGTAAAC T AGTTG . TCGA . A C G CA TCC AC . A T A T G T . TTCTCAAATC AGG . . CAAAACGATT . C
blockSeqs : . . . TGACAAATGCTCCAAATTTGGCAATATTAGAAAAGTTTTAAAAATTATCAAAT . . . . . T TG . . . . TGAT C GGCATATTTAGAACAATCC AATTCC . . TGAT . . . . AA ATTTTGC . . . . . . . A TCAAAAGATGTTAAAAAAGAACATCGGCA G . . G A . C . . CCAGAGTAAC G GACTG . TTGT . C C A TA ACC AT . G T G T G A . TACTCTAGTT A . . CGGACGGAT . T
blockSeqs : . AATGACTTGGCTATATCGGTAACTCCATTTTAGCAAATTTTAAATTAAATA . . . . . G TA . . . . CAAC T TCGAAAATTTTCACTAAC TATAC . . TGAT . . . . TG ATATTT . . . . . . . T TTACTTGAATCAGAGAGATGACATCA T . . G A . A . . AC G GATGT . TTCT . T T G TA TTT AC . C C G T T T . ACTCAGTTT A . . TGGACAGAT . T
blockSeqs : . . . . . T TG . . . . CTCC T GTAAATTTCAAACAAGCT AATTC . . ACGG . . . . TG TCTGC . . . . . . . T TTTTTATTAAAATGACTC C . . T A . A . . C A ACTTG . TAAA . C C G CC GCC A . C T T C G T . GGAGTTAG A . . CAGATG . T
blockSeqs : . . . . . C CA . . . . AGAT A GCAAAATTTG ATGA . . TGGG . . . . TA AT . . . . . . . G TAACATTGAAAGAA T . . C T . T . . C T ATCTG . TCGT . A T A CA T . . C . T . . A . ATAG G . . CTTTCA . .
blockSeqs : . . . . . C CA . . . . TGAC A A . . CGGG . . . . T AT . . . . . . . T TTGGATTATA T . . G A . G . . C T GGTCA . GTT . T A . . C . . . . A . . G . . TACTCA
blockSeqs : . . . . . C TG . . . . TAA T . . . . . . . . . . . . . C CCGTCATTAA . . . . . . C C . CAGCA . . . A . . .
blockSeqs : . . . A C . . . . CT . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : GNCAAATTTCAAACAATC***************************** AATTC****** ATTTTGT*** NCC* A***** CGNACAGAT*********
originalCons : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCT-G--------CA------------AA--------AA---TCG-----AAGGGCCAT-A---CTNC--AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGAC-GTNT-GT--CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AG--G---G-GAA-ACCTCATTATTC---C-----GAACGAATGAC-AGACGGAAATGCAA
finalCons : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAA----TNCCANTT--A-CAAA-A-TTT---TG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GA-CCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----TTAGAGAGGGG---AC-A--TCGA-----T-ATTTCTGNCAAATTTCAAACAATC-----------------------------AAGGGCCATAATTC------AG--T--TAC-C---G----AG-GCTA-TCGGGCTGGTTAT---CGA-ACTTGG-CCGAGACATTTTGT---CAAT--A--CATTGTG-ACC-A-----AGTTTGG-TG---AANA----TCG-N-A-----TT------AAA---------C-A---------GA-------A------------ATTA--T-GC-----AAA---TTTAGAA------------CAA-TC---CAAGGGC----CA---TAACT----------C----------TGGGGT--NATCGG----ATC-G-GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTNCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT----AGA-----G-GAA-ACCTCATTATTCGNACAGAT---------GAC-AGACGGAAATGCAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAACTCAGAAGTAACTATGATTAAATTGCAAGTTATTGTGCTTGACCTAGAGATTTTAC
Unaligned ( gi|19 ): ATTTGGTAAATGTCATACAAAACAAGGGCCATGACTCCAGAGTTACTGATAACGACTGG
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 111111111 1111111111111 11 1111 44444444444 111111111 11111 1111111 11 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 2222222222222 1111 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111 1111111 11 111 11 3333333333333333
lowQualScore : 3 33 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 0 0 666666666 3 3 77 44 7777 3 1 1 666 3 55 7777777777777 666 5 44 8888 3 0 4444 7 7 55555555555 44 44 444444444 0 333 0 00000 3 555 4444444 66 66 22 4 4 4 00000 0 4 777 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 777 11111 777 2 7777777777777 5 2222 2222 888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 2222222 2 0 1 6 5555 44 6666666 2 2 1 3 00 1 5 777 6 33 66 66 888 66 5 4444444444444444 5 2
lowQualScore : . .. . ............................................................................................ ..... . . ......... . . .. .. .... . . . ... . .. ............. ... . .. .... . . .... . . ........... .. .. ......... . ... . ..... . ... ....... .. .. .. . . . ..... . . ... . ............................................................ . ... ..... ... . ............. . .... .... ... ..................................................... .... ....... . . . . .... .. ....... . . . . .. . . ... . .. .. .. ... .. . ................ . .
lowQualScore : 2 00 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66666 1 7 888888888 3 3 66 55 1111 3 4 6 444 6 00 5555555555555 444 0 55 5555 6 5 5555 3 3 77777777777 66 66 999999999 4 555 4 44444 6 444 1111111 11 11 22 0 0 0 00000 7 0 000 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 222 11111 888 5 9999999999999 0 1111 1111 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444 7777777 7 9 9 4 3333 66 2222222 5 0 0 9 66 0 7 666 0 88 99 99 888 99 0 9999999999999999 7 7
consensus : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---CATAT---GCAATNCCANTT--A-CAAA-A-TTTTG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GACCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-CTCGAG----T-TAGAGAGGGG---AC-A--T---CGA-----T-AT---TTCTGNCAAA----TTTCA-AACAA--T-C-AA-GGGCCAT--AACT-C---AG--T--TAC-CG----AGGCTATCGGGCTGGTTAT---C-GA-ACTTGG-CCGAGACATTTTGT--CA--AT--A--CATTGT-GA-CC-A-----AGTTTGG-T---GAANATC----G-N-A-----TT------AAA---------C-AGA-------A------------ATTAT--GC-----AAA---TTTAGAA------------C-AATN---CAAGGG----CCATA---ACT----------C----------TGGAGT--NA------TCGG----ATC-G---GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT--A--G--A---GG--AAACCTCATTA-TTC-GGA-----CGGAT-GAC-AGACGGAAATGCAA
Reference ( family-91 ) : ACAAGAAAATGTCACCATCGTGTGAC-A--TG-C---AAATG-CT--GC---TATAT---GCAATNCCANTT--A-CAAA-A-TTTTG-A-AA--T-T------CAAA--T--A--GAT-TTTTGCCAATAAACATTGT-----GACCAAGTTTGGTAAA--------GATTGGATTA-AA-ATTA-NTCGAG----T-TAGAGAGGGG---AC-A--T---CGA-----T-AT---TTCTGNCAAA----TTTCA-AACAA--T-C-AA-GGGCCAT--AATT-C---AG--T--TAC-CG----AGGCTATCGGGCTGGTTAT---C-GA-ACTTGG-CCGAGACATTTTGT--CA--AT--A--CATTGT-GA-CC-A-----AGTTTGG-T---GAANATC----G-N-A-----TT------AAA---------C-AGA-------A------------ATTAT--GC-----AAA---TTTAGAA------------C-AATC---CAAGGG----CCATA---ACT----------C----------TGGGGT--NA------TCGG----ATC-G---GT----TA-TNNNA-CTCGACCTAGACATTTTNCC-AATAAACATTC-------TGACCAAGTTTNGTAAAGATTG-GATTNAA-ATNTCTCAAATT--A--G--A---GG--AAACCTCATTA-TTC-GNA-----CAGAT-GAC-AGACGGAAATGCAA
gi|1 : ACAAGAAAATGTCACTATTGTGTGACCA--TG-C---AAATA-CT--GCCTGTGTGT---GCAATTTCAGTTG-A-CAAA-A-TTTTGTA-GA--T-T------CAAAGGT--ACGGAT-TTTTGAAAATAAACACTGC-----GACTCAGTTTAATAAA--------GATTCAATTA-AA-ATTA-TTTGAG----T-TAGAGAAGGG---AC-A--T---TGA-----T-AT---TTCTG-CAAA----AATCA-AA-AG--G-C-AA----CCAC----TT-C---AG--T--TAC-CG----AGGCTATCAGGTTGATTAC---T-GA-ACTTGG-CCAAGGTG-TTTAT--CA--AT--A--TATTGT-GA-CC-A-----AGTTTGG-T---GAAGATC----A-G-A-----TT------AAA---------CTAGA-------A------------ATTAT--GC-----AAA---TTTAGAA------------A-AATC---CAAAGA----CCATA---GCT----------C----------TGGGGT--TA------TTGG----ACT-G---GC----TA-TATCA-CTTGATCTAGATTTTTTTTTAAAAAAACATTT-------TGACCAAATTTGGTAAAGACTG-GATTGAA-ATGTCTCAAATT--A--G--GTCTGG--AAACCTCATTA-TTCTGAA-----TGAGT-GAC-AGATGAGAATGCAA
gi|10 : AGAAAATGTAACC-TCATCTGAC-AAATG-CTCTAGAT--CT--GA---CACAT---GTATTGCCAATT--T-CACA-A-ATTTG-A-A---T-T------TACA--C--A------TTTTGCCAATAAACATTGTATCA-GACCAAATTTGGTAAA--------TATTGGATTA-TA-ATTA-ATCCAG----T-TAGTGAGGTT---AC-A--T---CAG-----T-AT---TTCTG
gi|11 : tacaatgTTTGACTA-AA-ATTA-TTCGAG----T-TTGTGAGTTA---GCTA--T---TGAGGTTTTGAT---TTTTGTCAAA----TTTCA-AACAA--T-C-GATAAGCCAT--TATA-C---AG--T--TAC-TG----ATGCTATCTGGCTCGTTCT---T-GA-ACTTGGTCCGTGATAT-----------AT--A--CATTGT-TA-CT-A-----AGTTGAG-C---AAAATTT----A-G-T-----TT------AAA---------
gi|12 : ACAAGAAAGTATCACTATCCTGTGAC-A----------AATGACTTGGC---TATATCG-GTAACTCCATTTT-A-GCAA-A-TTTT--A-AA--T-T-------AAA--T--A------TTTTGTTAATCAATGTTAT-----GACCTA-TCTGG-AAA--------AACTGAATTA-AA-ATTA-GT--AG----T-TAGAGAAGAG---AC-A--T---TGA-----T-TT---TTCTG
gi|13 : CT----------C----------TG---C--TA------TTGA----GTT-G---GT----TA-TCGAA-CCCGACCTAGACATTTTTTTGAATAAACACTC-------TGACCAAGTTTTGTA---ATT----CCGGA-ATAT---AG-----A--G--A---GG--AAAACACATTA-TT----------CAGATGGAC-AGAAAGAAAGGCAAca
gi|14 : aaacttctgaaaaagttatctaaaaatgacATATTGT-----GACCAAGTTTGGTGAA--------TACAAACTTA-AA-ATTT-CTCAAG----TATA---ATGGA---AC-C--TCTCCAA-----T-AT---T----GCAAA----TTTTA-AACAA--T-CTAA-GGGCCAT--AAAT-CCAGAG--T--AAC-TG----GGATGATCAGACTGGTCAT---T-GT-ACTAGA-CCTGGACATTTt
gi|15 : t---AA--T--TAC-TG----ATGTTATCACGCTG-TTATTTTC-GA-GCTTGA-CCGAGATAGAGTGT--CAATAT--A--CATTGC-GT-CC-A-----CGTTTGA-TGCCGATAATC----A-A-AAGATGTT------AAAAAAGAACATC-GGC-------A------------ATTAG--GC-----AAA---TTAAGAA------------C-AAGC---CATGG
gi|16 : ---GCAATGCCGATTTCA-CAAA-----TTG-A-AA-------------AC--T--G--GATGTTTTGTCAATAAAAATTGT-----GACAAAGTTTTGTAAA--------TA--AAATT--CA-ATTACTTTGAG----T-TAAAGAGGatcg
gi|17 : TT--A--G--A---TG--AAGCCTCATTA-TTC-AAA--------AC-GAT-TTACAGGAATGCAA
gi|18 : atgtctccaccccagaaattggCATA---ACT----------C----------AGAAGT--AACTATGATTAA----ATT-GCAAGT----TA-TTGTG-CTTGACCTAGAGATTTTACt
gi|19 : TTTGGTAAA----TGTCA-TACAA--AAC-AA-GGGCCAT--GACT-CCAGAG--T--TAC-TG----A
gi|2 : aAGTTTAGTGAATTAGATGAAATTAGATTA-AACAATA-TTTAAG----T-CAGAAAAAGG----C-AGCT---TAA-------AT---TT-TGCAAAA----TTTGG-AAAAT--T-C-AA-TGACCATGGAG-------AG--T--TGC-------------TTGTGTTGGTT-T---C-AACACATTG-CAAAGACATATT-T--CA--A---A--TAGTGT-TA-CC-A-----CGTT-GG-T---AAATACT----G-T-A-----TTTATTTAAGA---------C-AGA-------GGAGATATCGTCCATTTT--TC-----AAT---TTCTGAA------------C-AATA---CAAGGG----CCATA---ACT----------CAAGAATTCCTTGGAGT---A------TTGG----ATG-T---GT----TAATGAGA-TTCGACCTAAATATTTTTCC-AATAAACATTC-------TGACAAAA--TAATGAAA--TG-GATTTAA-ATG----GAGTTAGA--G--A---GG--AAACCTTATTA-TTC-GGA-----CGGAT-taacgactgg
gi|3 : TTACAAATAAACATTGT-----GATAAAGATTGGATAA--------GATTGGATTAGAA-ATTA-CTTGAG----C-TAT-----TT---AC-A--T---CAA-----C-AT---TTTTCATAAA----TTTCA-AAAAAAAT-C-AA-GGGCCAT--AATT-CC--AGGAT--TAC-TATTAAAGACTATAAGGCTAATTAT---C-AA-ACTTTG-TTGAGTCATTTTGTGATA--AT--A--CACTATGGA-TTGA-----AGATTCC-T---GAATATA----A-C-A-----TT------GAA-----------AGA-------A------------A------GC-----CAA---TTTA-AA------------CAAATA---TAAGGG----CCATA---ACTCAAGAGTAAAC----------TTGAGT--GA------TCAA----CTT-G---GT----TA-TTCTGTTTTTTTCCAGATAATCTACC-AATAAATATTC-------CGACGATGTTTGGTAAACATTG-GATTaggctgtagaa
gi|4 : ttattata-AGCAA--T-C-AAAGGGCCAG--A------------T--TA-------------ACCGGTTTGAATAT---G-GA-AGTTGG-GTGAGGTATTTTGC--CA--AT--AAACATCAT-GA-CC-AGACCAAGTCT-G-T---GAGGATT----G-G-A-----TT------A---------------T-------A------------ATTAC--TC-----AAGAACTTTAGAGAGTGGACACCTCC-AATTTTGCAAAGGTTTTTCATA---ACT----------C----------TGGGGC--AA------CC-G----ATCTG---GT----T---------TCA--------ATTTTT-----------TTT-------TGTCC------GGTAAAGATTG-TCTTACA-ACTTCTCAAATC--AGGG--A---GA--AGACATCAAAATTTC-AGATGGACCAAAA-GAT-AGACAGAAATGCAA
gi|4 : g-TTTTGCCAATAAACATCATGACCAGACCAAGTCT-GTGAG--------GATTGGATTA-TA-ATTA-CTCAAGAACTT-TAGAGAGTGG---AC-A--C---CTC-----C-AA---TTTTG-CAAAGGTTTTTCATAAC----T-C-TG-GGGCtc
gi|5 : gagcaatcaaagggccagattaaccggtttgaatatggaagttgggtgaggta---AG--T--TACACG-----GGCTATAAGGCGGGTTAT---C-AA-ACTTGG-CTGA--CAT-----------AT--A--TATTTT-GC-CA-A-----AGACTGGAC---GAATATTACTTG-A-A-----TC------AGA---------G-AGATGACATCA------------CTTATTTGC-----AAA---TTTTTAT------------C-TATT---GATGGA----CAATATTAATTA---------C----------TGAGAC--TA------TTGG----GTC-A---GT----TA-TAAAA-CTAGACCTAGA--------C-AATAA--ATTT-------TGATCAAGTTTTGT-AAGA-TG-GATTTAACATA-CTCAGTTT--A--GATA---GG--AGACATCAATA-TTT-GGA-----CAGAT-GACTGGATGGAAATaaccgatctggtttcaatttttttttgtccggtaaagattgtcttacaacttctcaaatcagggagaagacatcaaaatttcagatggaccaaaagatagacagaaatgcaatc
gi|6 : AGAAAATGTCAACAC--TGTGAC-A----------AATG-CT--CC---AATA-------ATATCACGT--AACAAAGA-TTGTA-ACAA--C-TATTTCACAAA--TTAA--GACATTTTGCCAATAAAAAATGC-----AACAAAGTTTGGTAAA--------AACTGGATTA-AA-ATTA-CTCAAA----A-TAGAAAGGAA---AT-A--T---AGA-----T-ATATATTC-GA-AAA----TTTTC-ACTAA----C-AA-GGTTCAT--A-------------------TG----AAGTTA-----CTGAT---------A-A--------AAGATATTTCAT--CA--AT--ATACATTGT-AAACC-A-----AGTTTGG-T---ATAGATT----A-G-A-----TT------a
gi|7 : AC-A--TGAC---AAATG-CT---C---CAAATTTGGCAATA----TT--A-GAAA-AGTTTTA-A-AAATTAT------CAAA--T----------TCTACCTAAAATCATTGT-----AATCAAATTTGGTAAA--------GATTGCATTC-AA-ATCA--TC-------T-CAGAGATGGG---GC-A--T---TGA-----C-AT---TTATGT-AAA----TTTCA-AACAA--G-CTAA-GGGCCAT--AACTGCAG-AG--T--TAC-TG----GGGCTAATGTACTGGTAAT---C-AA-ATTTG
gi|8 : aaatatatagtgttatatactaaaaacagatgcaagacaccATTGT-GA-CT-A-----AGTTTGG-T---AAACTTT----T-TTA-----TT------AAA---------A-TGA-------CTC----------ATTTT--TCTGAATAAA---TGTACA-------------C-AATG---CAAGGT----CCGTA---AGT----------C----------CATAGT--TG------CTGC----AGC-A---ATAATGTA-TCGTA-CTTGATCTAAACCTTTATTT-AATAAA-ATTCACCAATTTGAC-AAGCTATGTAGAGATTG--ATTTAA-ATTACTCTAGTT--A--G--A---GGGGAAACCTCGTCA-TTC-TTT-----CA----GAC-AGATGGAAATGGAAtct
gi|9 : GATTA-AA-AGAA-ACTGAG----T-TAGAAAAGGGACAAC-A--T---C-------T-AT---TTTTGGCATA----TTTAG-AACAA--TCC-AA-GGGCCAT--AACT-CTGGAG--TAAAAT-CG----GGGTAATTGAGTTAGTTAT---TAAA-ACT--------AACACTCTGC--CA--ATCAA--CTTTCT-GA-AC-A-----AGTTTAG-T---AAAGACC----GTC-A-----TT----------------------A-------A------------ATTAT--TC-----AAA---TTCAt
gi|9 : ataa--GC-----ATA---TTTAGAA------------C-AATC---CAAGGG----CCATA---ACT----------C----------TGGAGTAAAA------TCGGGGTAATT-GA--GT----TA--GTTA-TTAAAACTA-ACACTCTGCC-AATCAACTTTC-------TGAACAAGTTTAGTAAAGACCGTCATTAAA-TTAT-TCAAATTCAA--G--A---GG--GGA----GTTA-TTT-ACT-----CA----GAC-AGATGGAAATACAAagaggggagttatttactcagacagatggaaatacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAACAACCAATGGGCCGTAACTCCAGAGTTATTGGGGCTTCTGCGCTCGTTAT