lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 111 111111111 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 11111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333 22222222222222222222222222 7777777777777777777 11 11111 22222222222 1 1
lowQualScore : 5 888 77777 5 9999999 88888888 777777777 8888 33 4444 4444 2 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 333 999 55 6666666 888888888 2 4444 22 33333333333333333333333333333 555555 0 6666 5 2 2 2 7777 333 777777777777777777777777777777 33 1 5 3 8888888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888 66 99 3 0 44 44 44 444444444 0 7777 5 6666 88888888888888888888888888 77 55 2222222222222222222 00 3 4 00000 4 4 55 4 0 4 11111111111 3 55 6 3
lowQualScore : . ... ..... . ....... ........ ......... .... .. .... .... . . .............................................................. ... ... ... .. ....... ......... . .... .. ............................. ...... . .... . . . . .... ... .............................. .. . . . ....... ................................................................................................................................................................................................................. ..... .. .. . . .. .. .. ......... . .... . .... .......................... .. .. ................... .. . . ..... . . .. . . . ........... . .. . .
lowQualScore : 0 222 11111 7 3333333 88888888 444444444 1111 11 7777 7777 2 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 777 555 88 8888888 333333333 0 2222 88 00000000000000000000000000000 888888 1 6666 5 1 4 2 8888 999 777777777777777777777777777777 99 8 7 5 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 22 00 1 9 22 22 22 444444444 3 4444 7 5555 00000000000000000000000000 99 55 0000000000000000000 33 2 0 00000 0 0 55 0 6 4 44444444444 5 33 7 3
consensus : NATAATTTGT-CAAACGACAAATT-----TCA-A-------AT--G-A---ANT-------TTTAA-GATT-ATTTCCTTTTAAGA----A----A-TGTC----T----CC----A-G---TT--G---C---A-G-----AT-T-----TTA--ATAT--CA---TTG---ATGAT---T--T-------TTA-GC----T-T-TT----ACA--A----------AATG-----TN----T---TTT------ATTTGAGGATGT----GGGATGGT-GCGCC-TT----T---TGCGCT-TTAT-T--TT-T-TTT-T-----AAATG-GAAACTTATTGACACG-----TTTTTT-CT--G--TA-----------A----A-ATATGT-AT------TTGTTTA---AT---A-TA-A--------A--------AN--------A---------T--TAAATACATC--GAAA-AGGAAAAAAAT--GAATTTACAAACAAAT--GA--GATAACAAA----AAT--A----TATCG--T-A--AAA-TTNAA------TATTT-----TGC-AAATTT-GTCGTTCGA--C--AA--ATA-N------CTATTG---AT-TTGGACCTC----ATATTTGT-C---A-ACG--A------C------AAAT--TC--T-T-AG---CT-NT--A-C-ATTTN-AGCA-A-----ATNA-T--TTG-TCGATCGA-CAAAT----------TATTTGTTGTTTTGGTGAT-TGCC
Reference ( gi|2 ) : TATAATTTGT-CAAATGACAAATT-----TCA-A-------AT--G-A---ATT-------TTTGA-TATT-ATTTCCTTTTAAGA----A----A-TGTC----T----CT----A-G---TT--G---C---A-G-----AT-T-----TTA--A-AT--CA---TTG---ATGAT---T--T-------TTA-AC----A-T-TT----ACA--A----------AGTG-----TT----T---TTT------ATTTGAGGATGT----GGGATGAT-GTGCC-TT----T---TGTGTTGTTGT-T--TT-T-TTT-T-----AAATG-GAAACTTGTTAACATG-----TTTTGT-CT--G--TC-----------A----A-ATATGT-AT------TTGTTTA---ATA--A-TA-A--------A--------AG--------A---------T--TAAACACATC--AAAATAGAAAAGAAAT--GAATTTACAAAGAAAT--AA--GATAACAAA----AATAGA----TACCG-GT-A--AAAGTTCAAT-----TATTT-----TGT-AAATTT-GTTGTTCAA--C--AA--ATC-C------CTATTA---AT-TTGGACCTC----ATATTTGT-T---A-ACA--A------C------AAAT--TC--T-T-AG---CT-AT--A-C-ATTTA-AGCA-A-----ATAA-T--TTG-TCGATCAA-CAAAT----------TATTTGTGGTTTTGGTCAT-TGTCATTT
gi|8 : ATAATTTGC-CAAACAACAAATA-----TTACA-------ATTTGTC---ATTGGACAAATTTAA-AATT-ATTTCCTTTTAAGA----A----A-TATCAGCAT----CC----A-G---TT--A---C---A-GC----AT-T----------A-AT--TA---TTG---ATAAT---T--TATTACTTTTA-AT----T-T-TTTTTTACA--A----------ATTA-----TC----T---TTT------ATTTCTGGATGT----GGGATGAT-ACACC-TT----T---TGAGTTG-----T--TT-G-TTA-T-----AAATG-GAAACTTATTAAAACGTTGTTTTTTTT-CT--G--TA-----------A----A-ATATCC-A-------TTGTTTAAATATG--G-CA-ATC------A--------AT--------A---------T--T-AATACATCAGAAAATAAAAA
gi|15 : ggcaaATAACTTGTTCAA----CAAATT-----TCA-A-------AT--G-G---AAT-------TTTAA-GATT-TTTTCAATTTAAGA----A----A-TTTC----C----AC----ATA---TT--G---C---A-GCATTAAT-T-----TT-----AT--CA---------ATAAT---T--C-------TAA-GC----T-T-TT----ATA--A----------AATT-----TT----C---TTT------ATTTGTGGATGTCACAGGGATGTT-GCATT-AT----T---TGAGCTTTTG--------------------AAATG-GAAACTAAAAGACATG-----TTTTctatagatttggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|20 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcATAATTTAT-TGAATGACAAATT-----TTATA-------AT--G-CCGCATTCAACAAATTTCA-AATT-ATTTTCTTGTTAGA----ATTGTA-TGCG----T----CC----T-G---TT--G---C---A-GC----AT-T-------A--ATAT--AG---CTG---ATGAT---T--T-------T-A-AC----T-T-TT----ACA--A----------AATG-----TC----T---TTC------ATTTG-GGA---------GATGGT-ACACC-TT----T---TGttt
gi|29 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagATAATT-GT-C----GACAAATT-----TCA-A-------AT--G-A---AAT-------TTTAA-GATT-ATTTCCATTTTAGA----A----A-T------------------------TT--G---A---A-GAAAC-AT-A-----ATA--ATGT--TA---TTG---ATGCT---T--T-------TTA-GC----T-TGTT----TTA--A----------CATG-----CA----T---TTT------ATTTGAGAATG
gi|26 : atatgcggaAATTTAT-CATTCGGCCAATT-----TCG-A-------AT--T-A---ATA-------TTTAA-AATA-AGTTCCTTTTAAGA----A----A-TGTCCTCAT----CC----A-G---T-------C---A-T-----ATCT-----TTA--A-----CA---TTA---TTGAT---TAGT-------TTA-GCTTTTA-T-AT----ACA--A----------AAGG-----TG----G---TTT------ATTTAAGGCTGT----GGGAT
gi|10 : AAATTGT-CAAATGACAAATTATTTGTCA-ATCAGCATAT--G-A---AGT-------TAAAG-GATT-ATTTCCATTTAAGCTTTTT----C-TGTG----T----CT----A-A---TT--A---G---A-GC----AT-T----------A-AT---A---TTA---ATGATGG-T--T-------TTA-GA----T-T-TT----TCA--A----------A-TA-----TC----T---TTT------ATTTGAGGATGTG---GGGGTGGT-GTGTC-TT----T---GAT----TTAC-T--TT-T-TT---------AATG-GAAAAAAAATGACAT------TTTTTT-CA--T--TA-----------A----A-ATGTGT-ATAAAAAATTAGTGAG--ATA--AGTACAGTC-----A--------AC--------A---------C--TAAACACAAC--AGGAT-GAAAAAAAA----AA-TTACAA--CAAT--------TGACGAT----AACATT----TA-----T-A--AAAATTGAA------AATTT-----CGT-TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAA--ATT-TA-----CTATTG---ATATTG
gi|23 : aTTTGT-T---TGATAAATT-----TCA-A-------AT--G-A---AAT-------TGTAA-GATT-TTTTTCTTTTAAAA----A----AGTGTCCACAC----CT----A-G---T-------------------AT-T----------A-AT---A---TTGTAAGTGAT---T--T-------TAG-GC----T-T-TT----ACA--A----------AATG-----Ta
gi|13 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaacaaatTTGT-C---TGGTAAATT-----TCA-A-------GT--G-A---AAT-------TTTAA-GATG-AATTCCTTTCATGG----A----A-AATCCAAGT----CC----A-G---TT--A---C---A-------AT-G-----TTA--ATAT--CA---TTG---ATAAT---T--T-------GGA-GC----A-T-TT----ACA--A----------AATG-----TT----C---TTT------ATTTGGAGATGT----GGAAT--T-GCGCT-TC----T---T-T-TTGGTGT-G--TT-T-TTT-TA----AAACA-GTATCTTGTTAATATT-----TTTTa
gi|6 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattacaaattgAAACAACAAAA-------CA-A-------A-----A---ATT-------TT-AA-GATT-ATTTTCTTTTAAGA----A----A-TATC----CA---CT----------TTCAG---C---A-G-----AA-T-----TAA--A-GT--TA---TTG---ATGTT---TATT-------TTG-GC----T-T-TT----CCA--A----------AATG-----TG----T---TTT------CTTT-----TCC--------TGGT-ACACC-TT----T---CACACTTTCAT-T--TT-T-TTT-TTCTCCAAAT-----ACT----GACACA-----TTTTTT-CT--C--TC-----------ATGTAA-GTAAGT-AT------TTGTTTA---AAT--C-TA-G--------A--------CA--------A---------T--TAAATGCGTC--------------------------ATAAAGGAA-------GATAA--------AAT----------TG-GTCA--GAATTTCAAT------ATTT-----CAC-AAAATT-GTCATCCAA--C--AA--AAA-A------CTATTC---AT-TTGATCTTC----ATA---G------A-ACG--A------C------AAAT--Tttttctagaa
gi|7 : aaatttacaggaTGACAA-TT-----CTA-A-------AT--G-A---AAA-------TTTAA-GACA-ATT-------AAGG----A----A-TTTC----T----GT------G---TT------C---A-------AT-TACGCATTA--ATAT--TA---TTG---ATAAT---T--T-------TCA-GT----C-T-TT----ACA--A----------AATA-----TG----C---TTT------ATGTAAGGAAAG----GGGATGGT-GTGCC-AT----T---TGCACT----T-T--CT-CGTTT-T-----GATTG-GAAATTTATTAACATA-----TATTTT-TTAAG--GA-----------A----A-ATATGT-AT------ATGTTTA---A----A-TG-A--------GGACCATCGAT--------A---------T--GAAATACATC--CAAC----AAAAAAATTTGAATTTACAAGCAAAT--GA-----AGTAAA----AATTG--------------A--AAATTTAAATGCATGTATTT-----TGT-AAA--T-GTTGtcatgatccctcgttcagtagtgattttgggcatttttattggattgacaatttatttgtcattttaattgatttcgtag
gi|16 : aacttcaaattttacaatctgttgtttTGACAAATT-----TCA-A-------AT--G-A---AAT-------TTTAA-AATG-ATATCCTTTTCAGG----A----A-TTTC----T----GTGTTCA-G---TT--GGGAC---ATT-----AT-T-----T-------T--TA---GTG---ATGAC---A--T-------ATA-AA----ATT-TT----ACA--A----------AAAG-----------T---CTT------ATTTGAGGATGT----GGATTAGT-GCACC-TCAA--T---TTTGCTTTTAT-C--TTAT-TTT-T-----CAATT-GAAACTacctcatacttgtcaagtgatgaattctatgttccatcgtgcaaccaattgtttgtcattttgctggtttcc
gi|9 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttacaatttttggttACAAATT-----TCA-A-------AC--A-A---ATT-------TTT-A-GAGT-ATTTCCTTTTAGGA----A----A-TATC----TGTGTCC----A-T---TT--G-------A-C-----GC-C-----TTA--ATAT--CA---TTA---ATGAT---T--T-------TTTTGC----T-T-TT----ACA--G----------AATA-----TC----T---TTTTAATTTATTTAAGGATGT----GGAATGGT-GCCCT-TT----T---TGTGTT-TT-T-T--CC-T-TTT-G-----AAATT-GAAGC---TTAACAAA-----TTTT-T-CT--T--TC---------------------TGT-A-------------A---AGAGGG-CA-ATC------A--------AC--------A---------T--TAAACACGCC-------AGGAAAG----------------AGAAA--------ATAACAAAC---AATTGA----T-CT---T-A--A---TTTAAG-----TACTT-----AGA-AAATTCGGTCATTCAA--T--AA--ATA-A------C--TTA---TT-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT---A-ACG--ACACAACC------AAAT--TC--T-cat
gi|19 : caATAAATT-----TCG-A-------AC--G-GG--ATA-------TTTAAATAAT-A---CGTTTTAAGA----A----A-TCTC----CACGCCC----A-A---CT--G---T---A--------T-TA----TTA--ATAT--CA---TTG---ATGAT---T--T-------TTG-GC----G-T-TT----ACA--A----------AATG-----TA----T---GTT------ATTTGAAGGTGT----TGGATGGTGGTGTCACA----T---TGCCATTTTAT-T--TG-T-TTT-C-------------AACCTATAAACACGA----TTTTGT---------------------A----A-AAATGT-AT------TTGTTTatgatcccttgtgtc
gi|27 : gaatgtgacaatttttcgttcaTT-----TCA-A-------ATT-G-A---ATT-------TTT-A-GATT-AGTTCGTTTTAAGA----A----A-TGTCCACGT----CC----A-A---TG--T---C---A-G------T-T-----TCA--A-TC--CAGTTTCA---ATGATGCGT--C-------TTA-AC----T-T-TT----ATA--A----------ACTA-----TTGTTGT---TTT------ATTTTTGGATGT----GGGATGGT-TTACC-AT----T---T
gi|5 : T-------TTTAA-GATA-ATTTCCTTTTAAGA----A----C-TGTCCTTGT----CC----A-A---GT--G---C---A-GC----AT-T-------A--ATGT--TA---TTG---ATGAT---T--T-------TTA-GT----A-T-T-----ATA--A----------A-TG-----TT----T---G------------GAGCATGT----AGGATGAT-GCACC-TT----T---TATGC----AT-TAGTT-T-TTT-T-----AAATG-GAAACTTATTAATATA-------------------------------------------GT-AT------TTGTTTA---A----A-TG-A--------A---------G--------ACACGCAACTT--TAAACATATC--A-----GAAAGGAAAA--AAATC-AC-------T--CATTGACAAC-----------------TATT---T-A--AAGGTGC-----------TT-----TGC-AAATTT-GTCATTCAT--C--AA--ATA-A------CTCATG---AT-TTGAACCTC----ATATTTAT-TAAAA-ACA--A------C------AAAT--TC--T----A---CT-TT--ATT-GTTTT-AGCA-A-----ATTA-T--TTG-TTAATCGA-CAAGT----------TGTTTGTTGTTTCAGTGAT-TGCC
gi|1 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacattaA-TATCCATTTATTTCAAAGA----A--------TC----T-----T----A-GCGCTC--G---CTTTA-C-----AT-T-----TTATTA-ATACCA---TTG---ATGAT---A--T-------TTA-GC----T-T-GT----TCA--A----------CACA-----TT----C---TTT------ATTAGATGATAT----AGGATG---GTAAT-TT----T---TATACT-TTAT-T--TT-T-TTTGT-----AAATA-GAAACTTATTAATTAG-----ATTTGT-TT--G--TTTTTAATTTAGAA----A-AAATGT-TC------TTGTTTG-----A--A-TA-A--------G--------GGCCGTCCATA---------T--TCAATATATA--AGGATA------AAAT--TAATATTC---GAAATCAAA--AATAACTGA----GATAAAAGTTTATC-----A--AAATTTAAAT-----CATTTGTACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AA--ATTAC------TTA-TG---GT-TTGGGACGC----ATATTTGC-T---GTGCA--A------A------TAAT--TC--TGT-AATCCCT-A-------ATTCA-A-TA-G-----GTTT-T--TTA-TCAATCAACCCCAT----------TATTTGT--TTTTtaga
gi|11 : tctagtgaaATG-ACTTCTTCTCAGGC----A----A-TG-C----T----C-----A-A---T-----------A-G-----AT-T-----T-A--C-AT--AA---TTA---ATGATAA-T--T-------GTA-AT----A-T-TA----ACTTTATTTTCCTTTTACTA-----TT----T---AGT------ATTTGAGGATGT----GAGATGGT-GTGCC-TT----T---TGCTCTTTTTT-T--TT-C-TTT-T------AATG-GAAACTTATTGACATT-----TTTTTT-CT--G--T-----------------A-ATGTGT-AT------TT-TC------------------------A--------GG--------ACC-------T--CAAA-ACATT--G----AGGAAAAAAAT--GAATT---------GT--AA---ACAATTGG----AGTTGA----TATTG-ATCA--AAA---------------TT-----TGA-AAA----ATCATTCAA--C--AA--ATA-A------CTGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATTTCT-T---GTACA--G------C------AAAT--CT--TAT-AG----T-CC--C-C-CTGTT-GGCA-A-----ATAA-T--TT----GATCTA-CAAAT----------TAtttagagatttcctgcacctggttataaat
gi|3 : aA----A----A-TGTT----T----AT----GTG---TT--A---T---A-A-----AT-T-----TTAC-A-ATTTCT---TTT---TTAAT---T--T-------GTA-A---------TG----AGA--G----------GGTGCGCCGTT----TGCATTT------ATTTAAG-ATAT----AA-ATTAT--TGAC-TTGACGT---TTTGTTGTTGT-T-----------------------G----TTGTT-----G-----TTTT-T-CA--A--TC-----------AGGA-A-ACAAGT-AT------TTGTTTA---A----A-TG-AGTACCATCA--------AC--------A---------T--TAAATGCATC--AAAATAT----TATTT--GAATTCTCAAACAAAT--GA--GATAAAAAA----AATTCA----T--CGCGT--------CTTAAA-----TAGTT-----TAC-AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAGGATC-C------ATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATTTGT-C---A-A-ATTG------C------AAGTTGTA--T-T-AT---CT-CT--A---ATCTA-A-CA-A-----AGTA-T--GCG-TCTATCGA-CAAAG----------TATTTGTTGTGTT
gi|35 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgcc-----TTA--ATGT--TA---TTC---ATAAT---T--T-------TGA-CC----T-T-TT----ACT--A----------AATT-----CC----C---TTT------ATTTGGAGATGT----GGGATTGC-GTGCaccgataacctagatctgttcaaagttata
gi|14 : ttgaagaatttctgcctccagca-T-TT----ACT--A----------AAAG-----TC----C---ATT------ATTTGAAGATGC----AAGATATT-GCACC-TT----T-----TGTCG---------T-T-TTT-T-----ACGTG-AAAACTTAATGGCAC------TTT--T-CT--GCATA-----------A----AGACATGCAAT------TTGTGT----CT---------------------------GC-------A---------T--CAAATACATC-------AGAAA--AAAT--GAATTTATAAACAACT--GC--GAT-ACAAA----gt
gi|12 : G-----TT----T---TTT------ATTTGAGGATGA----TGGATGAT-GCACG-CT----T---TGCGTT----------------T-T-----AAATGTG----TTTTT--CATT-----TTTTCTCCT--G--TA-----------A----A-ACATTT-CT------TTTCTTT---ATA--T-CT-C--------G--------AC--------A---------TC-TA---ACATT--GAAA-AGGAAAACAAT--TAATTTACAAACAAAT--CA--GATA--AAA----AAT-------TATC--------AACATGTAA------TATTT-----TGT-AAA--------ATCGA--C--AA--AGA-C------ATATTG---AT-TTATATTTC----GTATTTAT-C---A-AGG--A------CTTATCAAAATC-TCTAT-T-AG---GTCATTGA-T-ATTTATAGAACA-----GCAA-TCCTTGTTTGGTAAA-TCTGT----------TATTTATTGTTTTGGTGATCTGTctttgcaaacgaattattgattttgacatcatatttgtaaaacgacaaatatcatcccccgttcaacacattatttattggtgattttatagac
gi|18 : GAT-GT-CC-TT----TATATGAGATGGTGCGT--CT-T-TTT-T-----CAATG-GAAAGTTATTGACAAT-----TTTT----------------------------A-ATA--T-AT------TTA--TA---ATT--A-T---------------------G--------T---------TTATAAATACATC--AA---GGGAAAATATT--GAAATTATTAATAAGT--GA--GAT-ACAAATTTGAAT--A----TACAT-AT-ATTAAA-TTTAAA-----TATTT-----TGC-AATTTT-TTTGTTCGA--C--AA--ATA-CATGTTAATATTA---AT-TGGGACCCC----ATATTTGaca
gi|17 : --GATAAAAAA----AA---A----T---G-AT-A--AAA-TTCACA-----TATTT-----TGC-AAATCT-GTCTATCAA--C--AA--ATA-A------CTTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATTTGC-C---A-TTAG-A------C------AAAT--TA--TGTGAT---CT-CT----C-ATTTT-AATA-A-----ATTA-T--TTG-TCAATCGA-TATAA----------TATTTGT
gi|28 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttaacaattgt-----TGC-AAATGT-GTTGTTATATTC--AA--ATA-A------CTGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATCTAT-CG--A-ACA--A------C------AAAT--TC--T-tctttagataacttcctagacctgttaaaataata
gi|30 : tcattactagttggagcttataTTT-GTCGTTCGA--C--AA--ATA-G------CTTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATTTGCAG---A-ACG--A------C------AAAT--TC--T-A-TG---AT-TC--A-C-CATTG-AGCA-A-----GTTA-T--ATG-TCGATCGG-CTAATAATTGGACTTTATTTGTGATTTTgttacccctcattcaatacgttatttatttttggtgatttcctaca
gi|14 : AA--C--GA--AT----------TATTG---AT-TTTGACATC----ATATTTGTAA---A-ACG--A------C------AAAT--ctag
gi|8 : tttactaaaagtccattatttgaagatgcaagatattgcaccttttgtcgttttttacgtgaaaacttaatggcacttttctgcataaagacatgcaatttgtgtctgcatcaaatacatcagaaaaaatgaatttataaacaactgcgatacaaactttgca------CTATAG---AT-TTGGACCTC----ATACTTGT-CA--A-ACA--A------C------AATT--TC--T----G---TG-ATC-A-CTACTTT-GGCA-AATGTTATAATT--TTG-TCatcatcccccgttcaacacattatttattggtgattttatagac
gi|5 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaataaaaa-AACA-A-----ACAA-C--TTG-TCGATTAA-CAAAT----------AATTTGattttagagatttcct
gi|8 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacattattttaagataatttccttttaagaactgtccttgtccaagtgcagcattaatgttattgatgatttttagtattataaatgtttggagcatgtaggatgatgcaccttttatgcattagtttttttaaatggaaacttattaatatagtatttgtttaaatgaagacacgcaactttaaacatatcagaaaggaaaaaaatcactcattgacaactatttaaaggtgctttgcaaatttgtcattcatcaaataactcatgatttgaacctcatatttattaaaaacaacaaattctactttattgttttagGCA-A-----ATAA-T--TTG-CCAAACAA-CAAA-----------TA-TTACAATTT--GTCAT-TGgtttcagtgattgcctaga
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCCAAGTTTCCACAAAACAACAAATTATATGCCGGGCTACAAAATTTGTGTTATGATTTTTCCTTCGACGAATTTCAATTGAAAAATTAAGATAAATTCTTTATTTTAAAAAATGCCGACGTCCAGTTGCAGCAATATACCTATTACTGATGATTTTTGTTTTTACAAAGTGTCCTTTATATAGGATTGATTGTCAGTTTTTGATGGAATGGAATTTTATTGGTCTATTTGTTCTGCTTCTGAAGAAAAAACAACATGCATTTGTTAAAATTAGGTCCATCAATATTAAATGACTTTACAAACAATTAAGATCCAAAGTGATCATTTTTTCTTCAAATTTGTCGTTAAGAGATAAACTTGAAATTGATGTTTGCCCGCATTTAACTTATTACTTGTCAATCGGCACATGATTTGTCCTTTTGGTGATTTCA
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TCTACAGGTCTTGGAAATCACCGAAACTATTTCCCGAGTGACAAATAAATTATGAATTTTCGTCGATAAAATTGAAGTTTTAGATAATACCAATTTAGGAACGTGTGCGTCCAGGCAACATTAATGTTATTGATGAATTTGGCGCTTACAAAAAGTCCTTTATTGGAGGATTGTGGAAT
Unaligned ( gi|24 ): ATCGACAAATAATTTGTCAAACGACAATTTTAATGACAGACTTCAGAGTTTAACAAAAAAACTTTTTTCCATTAACGAAATTCGGCATCCAGCATAACATTGATATGACTGATGATTTTAGCTTTTACAAAACGTTTTTCTA
Unaligned ( gi|25 ): TATTTGTTTAAACGTCTACCAGCAACATTAAACACATCAGAAACAAATATTTGAATTTACAAACAAACTGATTTTTTTCGCAATTTTGTCCTTTTGCAAATACATATTCATTTTGAACTCATATCCACCTCAAAATGCA
Unaligned ( gi|31 ): TTGGGCTACAACTTGATAGTTTGCTGTTTGATATATTTCAAATGAAAATTATTTAAGTTGATACAATTTCTCGACGATTCGCACTATTGATATTATCGATAACCTTTACAAAACATTTGCAATATGT
Unaligned ( gi|32 ): GAAACCAACAAAACAACAAACTAATTGCCGTTTGACGAATGATTTGTTGGACTTCATATTTGACAATTCATTAATCGACAAATTTCCAAATGGAATTTCTTTCAAGGAATT
Unaligned ( gi|33 ): TTTAACACGTTCCTTTTTAAAATGGAAACGTAATGACGTATTTTTTCTGGAAAATGTTTTATCCTTAAATGAGGATCATCAACGTTAGATACAT
Unaligned ( gi|34 ): TTGTATAAATGAGGACCATCAACATTATATTTATTAAAAAAAATAATTTGCAAACAATTGAGAAAAAAAAGAGTAATTTGCAAATTTGTTGTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 11111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111 22222222222222222222222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555 11
lowQualScore : 666 2 2 2 666666 111111111111111111 1 2 666666 6666666 0 333 4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44 333 2 333 44 666 1 3333 3333 3333 22 22 444444 1 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 11111111 2 2 2 2 333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 33 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 55555 6666666666 2 11 33 33 4 8888888888888 55555 4 4444 33 11111111111111111111111111111 55 777777777777777777777777777777777777777777777777 22 5555 2 55555 2 777 0 3 7
lowQualScore : ... . . . ...... .................. . . ...... ....... . ... .... ................................................... . .. ... . ... .. ... . .... .... .... .. .. ...... . . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ........................................................................... . . . . ...... .. ......................................................................................................................................................................... . . ..... .......... . .. .. .. . ............. ..... . .... .. ............................. .. ................................................ .. .... . ..... . ... . . .
lowQualScore : 999 4 4 2 444444 888888888888888888 0 1 111111 8888888 4 777 5555 999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 33 222 9 222 33 000 7 5555 5555 3333 88 22 888888 7 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 11111111 1 1 3 2 999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 1 5 4 000000 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 66666 8888888888 1 88 11 11 4 7777777777777 77777 2 7777 11 77777777777777777777777777777 66 888888888888888888888888888888888888888888888888 22 3333 5 66666 5 333 9 1 9
consensus : NATAATTTGTCGANCGACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---AAT-T------TTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CCA-GTT---GCA-G----AT-T--TTA-AT--A---TTA---TTGATGAT--TTTTA-GCTT-T----T----ACAAAATG----TCTTT--T------A-TTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T-C-----T---G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T--TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC---AA-AGGA-AAA--A--AA--T-----GA---ATTTACAAACAANT-GA-GATAACAAA----AAT---T--ATCG-TA----AAA-TTNA-A-------T-ATTT-T-GC-----AA-----ATTT-GT-CGTTCGA--C--AAA-TA------A---C--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A--C-GA------C------AAAT--T--------C--T--T-AG--C-TCTA-C-A-----TTTN---AGCA--AATTATTTGTC-GATCGG-CAAAT----TA-TTTG---TCGTTTTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NATAATTTGTCAAACGACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---ANT-T------TTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CCA-GTT---GCA-G----AT-T--TTA-AT--A---TCA---TTGATGAT--TTTTA-GCTT-T----T----ACAAAATG----TNTTT--T------A-TTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T-C-----T---G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T--TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ANA-------T-TAAATACATC-GAAA-AGGA-AAA--A--AA--T-----GA---ATTTACAAACAAAT-GA-GATAACAAA----AATA--T--ATCG-TA----AAA-TTNA-A-------T-ATTT-T-GC-----AA-----ATTT-GT-CGTTCGA--C--AAA-TA------N---C--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A--C-GA------C------AAAT--T--------C--T--T-AG--C-TNTA-C-A-----TTTN---AGCA--AATNATTTGTC-GATCGA-CAAAT----TA-TTTG---TTGTTTTGG-TGATTGCC
gi|1 : --TTA-AT--A---CCA---TTGATGAT--ATTTA-GCTT-G----T----TCAACACA----TTCTT--T------A-TTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT-T-----T---A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T--TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----A-AGGATAAA--ATTAA--TATTC-GA---AATCAAAAATAACT-GA-GAT---AAA----AGTT--T--ATC---A----AAA-TTTA-AAT-----C-ATTTGT-ACATGTAAA-----ACAT-AT-TGTTCGA--C--AAATTA------C---T--TA-TG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G--C-AA------A------TAAT--T--------C--TG-T-AAT-C-CCTA---A------TTC---AATA--GGTTTTTTATC-AATCAACCCCAT----TA-TTTGT--TTTTTTTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttaATTATTTGTCAATCAGC--AT--------------AT--G-----------A---AGT-T------AAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTT----C----T---GTG----T----CTA-ATTAGAGCA------------TTA-AT--A---TTA---ATGATGG---TTTTA-GATT-T----T----TC-AAATA----TCTTT--T------A-TTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T-C-----A---T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT--TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGG-ATGA-AAA--A--AA---------A---AATTAC-AACAATT-GACGATAAC--------ATT--T--ATA---A----AAA-TTGA-A-------A-ATTT-C-GT-----TA-----ATAT-GT-TG-TCGA--CTTAAATTT------A---C--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : aaaattgtcaaatgacaa----AT-T--GTA-AT--A---TTAACTTT----AT--TTTC---CTT-T----T----AC----------TATTTAGT------A-TTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T-C-----T---G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T--T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT-G----AGGA-AAA--A--AA--T-----GA---A-TTGTAAACAATTGGA-GTT----------GATA--TTGATC---A----AAA------------------TT-T-GA-----AA-----A----AT-CATTCAA--C--AAA-TA------A---C--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A--C-AG------C------AAAT--C--------T--TA-T-AG----TCCC-C-C-----TGTT---GGCA--AATAATTT----GATCTA-CAAAT----TA-a
gi|12 : aatgacttcttctcaggcaatgctcaatagatttacataattaatgataG----TTTTT--T------A-TTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--T-C-----TCCTG----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T--TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTAA---CATT-GAAA-AGGA-AAA--C--AA--T-----TA---ATTTACAAACAAAT-CA-GATAA--AA----AAT---T--ATC---A----ACA-TGTA-A-------T-ATTT-T-GT-----AA-----AAT---------CGA--C--AAA-GA------C---A--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A--G-GA------CTTATCAAAATC-T--------C--TATT-AGGTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAATC-CTTGT----TTGG-TAAATCTGTTA-TTTA---TTGTTTTGG-TGAT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A--C-AA------C------AATT--T--------G--T--A-AT--G-TTTG-T-A-----GTTC---AACT--CAGCATTTGTC-TATCGG-CAAAT----GA-TTTG---TTGTTTTGctgtaca
gi|13 : ccaggtctaggaaatataTTGTC---TGGTAAAT-TT-CA-A------GT--G-----------A---AAT-T------TTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGG----A----A----A---ATCCAAGT----CCA-GTT---ACA------AT-G--TTA-AT--A---TCA---TTGATAAT--TTGGA-GCAT-T----T----ACAAAATG----TTCTT--T------A-TTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T-T-----T---C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattacaaattgT-T----T----ACTAAAAG----TCCAT--T------A-TTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T-C-----T---GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T--TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC------AG---AAA--A--AA--T-----GA---ATTTATAAACAACT-GC-GAT-ACAA--------------------------------------------ACTT-T-GC-----AA-------------------A--C--GAA-T--------------TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A--C-GA------C------AAAT--
gi|15 : ATAACTTGTT---CAACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------G---AAT-T------TTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGA----A----A----T---TTC----C----ACATATT---GCA-GC---A-----TTA-AT--T---TTA---TCAATAAT--TCTAA-GCTT-T----T----ATAAAATT----TTCTT--T------A-TTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T-atcatcccccgttcaacacattatttattggtgattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcGACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---AAT-T------TTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGG----A----ATTTCT---GTG----T----TCA-GTT---G-G-G----AC-A--TTA-TT--T---TTA---GTGATGACA-TATAA-AATT-T----T----ACAAAAAG----TC--T--T------A-TTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttacaatttttggtttAACAATT-GT-GATAAAAAA----AA-------ATGA-TA----AAA-TTCACA-------T-ATTT-T-GC-----AA-----ATCT-GT-CTATCAA--C--AAA-TA------A---C--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----GA------C------AAAT--T--------A--TG-TGAT--C-TCT--C-A-----TTTT---AATA--AATTATTTGTC-AATCGA-TATAA----TA-TTTG---TTCTTTAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATG----TCCTT--T------A-TATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T------------------------------T-----------AA---------T-ATAT-TT-ATAA----TTATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC---AA-GGGA-AAA--T--AT--T-----GA---AATTATTAATAAGT-GA-GAT-ACAAATTTGAATA--T--A-CA-TATATTAAATTTAA-A-------T-ATTT-T-GC-----AA-----TTTT-TT-TGTTCGA--C--AAA-TACATGTTA---A--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTCAATAAAT-TT-CG-A------AC--G-----------G---GATAT------TTAAA---------TAATACG---TTTTAAGA----A----A----T---CTC----CACGCCCA-ACT---GTA-------T-TA-TTA-AT--A---TCA---TTGATGAT--TTTTG-GCGT-T----T----ACAAAATG----TATGT--T------A-TTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T---------------------T---G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T--TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAATGACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---ATT-T------TTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CTA-GTT---GCA-G----AT-T--TTA-A---A---TCA---TTGATGAT--TTTTA-ACAT-T----T----ACAAAGTG----TTTTT--T------A-TTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T-C-----T---G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T--TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC-AAAATAGAA-AAG--A--AA--T-----GA---ATTTACAAAGAAAT-AA-GATAACAAA----AATAGAT--ACCGGTA----AAAGTTCA-A-------TTATTT-T-GT-----AA-----ATTT-GT-TGTTCAA--C--AAA-TC------C---C--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A--C-AA------C------AAAT--T--------C--T--T-AG--C-TATA-C-A-----TTTA---AGCA--AATAATTTGTC-GATCAA-CAAAT----TA-TTTG---TGGTTTTGG-TCATTGTC
gi|20 : tATAATTTATTGAATGACAAAT-TT-TATA------AT--GCCGCATTCAACA---AAT-T------TCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGA----ATTGTA----T---GCG----T----CCT-GTT---GCA-GC---AT-T----A-AT--A---TAG---CTGATGAT--TTT-A-ACTT-T----T----ACAAAATG----TCTTT--C------A-TTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-attt
gi|22 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagA-A------ATT-G-----------A---AGT-T------TTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGA----ACGT-G----T---GCG----T----CCA-G-----GCA------AC-A--TTA-AT--G---TTA---TTGATGAA--TTT-G-GCGC-T----T----ACAAAAAG----TCCTT--T------A-TTGG-AGGATTGT----GGAAT
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgaattttcgtcgataGATAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---AAT-T------GTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAA----A----AG---T---GTC----C----ACA-CCT-----A-G-----T-A--TTA-AT--A---TTG---TAAGTGAT--TTTAG-GCTT-T----T----ACAAAATG----T
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaacaaattttgtttATAATTTGTCAAACGACAATT-TT----A------AT--G-----------ACAGACT-TCAGAGTTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGA----A----A----TTCGGCA----T----CCA-G------CATA----AC-A--TTG-AT--A---TGA---CTGATGAT--TTT-A-GCTT-T----T----ACAAAACG----TTTTT--a
gi|25 : atcgacaaT-AT------T--TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC-AGAA-AC-A-AAT--A--TT--T-----GA---ATTTACAAAC-----------------------------------------AAA-CTGA-T-------T-TTTT-TCGC-----AA-----TTTT-GT-CCTTTTG--C--AAA-TA------C---A--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTCGGCCAAT-TT-CG-A------AT--T-----------A---ATA-T------TTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTCCTCAT----CCA-GT-----CA-T----ATCT--TTA-AC--A---TTA---TTGATTA---GTTTA-GCTT-TTATAT----ACAAAAGG----TGGTT--T------A-TTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : T-TT-CA-A------ATT-G-----------A---ATT-T------TTA-GA-------TTAGTTCG---TTTTAAGA----A----A----T---GTCCACGT----CCA-ATG---TCA-G-----T-T--TCA-ATCCAGTTTCA---ATGATGCG--TCTTA-ACTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTT--T------A-TTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -T-GC-----AA-----ATGT-GT-TGTTATATTC--AAA-TA------A---C--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A--C-AA------C------AAAT--T--------CTGT--T-AC--C-CCT--C-A-----TTC----------AATA------C-G----------T----TA-TTTA---T--TTTTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataATAATT-GTC----GACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---AAT-T------TTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGA----A----A----T--------------------TT---GAA-GAAACAT-A--ATA-AT--G---TTA---TTGATGCT--TTTTA-GCTTGT----T----TTAACATG----CATTT--T------A-TTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaTT-T----T----ACAATTTC----TTTTT--T------AATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TGT-----T---G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T--TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC-----------AAA--A--TA--TTATTTGA---ATTCTCAAACAAAT-GA-GATAAAAAA----AATT--C--ATCG-C-----GTC-TTAA-A-------T-AGTT-T-AC-----AA-----ATTT-GT-CGTTCGA--C--AAG-GA------T---CCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AATT-G-------C------AAGTTGT--------A--T--T-AT--C-TCTA---A-----TCTA---A-CA--AAGTATGCGTC-TATCGA-CAAAG----TA-TTTG---TTGTGTTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GT-CGTTCGA--C--AAA-TA------G---C--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA--C-GA------C------AAAT--T--------C--T--A-TG--A-TTCA-C-C-----ATTG---AGCA--AGTTATATGTC-GATCGG-CTAAT----AA-TTGGACTTTATTT--G-TGATTaacctagatctgttcaaagttata
gi|32 : ---AT-TTGGA--------A-ATT--TGT-C---G--A--TTAA------T------GAAT--T--------G--T--C-AA--A-TATG-A-A-----GTCC---AACA--AATCATTCGTC-AAACGG-CAA-T----TAGTTTG---TTGTTTTGT-TGGTTttctag
gi|33 : gaT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T-C-----T---G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T--TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATggaatttctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttccA-AAA--A--AA--A-----TA---ATTTGCAAACAATT-GA-GA-AA-AAA----AAGA--------G-TA----A--------------------TT-T-GC-----AA-----ATTT-GT-TGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatcaacattatatttatt----T---GCC----T----CCA-G------CA------------TTA-AT--G---TTA---TTCATAAT--TTTGA-CCTT-T----T----ACTAAATT----CCCTT--T------A-TTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcCA--AAT--TTTGTA-GCCCGG-CATAT----AA-TTTG---TTGTTTTGgt
gi|4 : tccaagtttccaATGATTTTTCCTTCGACGAAT-TT-CA-A------TT--G-----------A---AAA-A------TTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAA----A----A----T---GCCGACGT----CCA-GTT---GCA-GC---AA-T--ATACCT--A---TTA---CTGATGAT--TTTT--GTTT-T----T----ACAAAGTG----TCCTT--T------A-TAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T-C-----T---GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T--TGT--T-------------------------------A--------AAA-------T-TAGGTCCATC---------A-ATATTA--AA--T-----GA---CTTTACAAACAATT-AA-GAT--CCAA----AGTG-----ATCA-T---------TTT-------------TTC-T-TC-----AA-----ATTT-GT-CGTT-AA--G--AGA-TA------A--------------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C---------C-G-------C------A--------------T--T--T-AA--C-TT-------------------------ATTACTTGTC-AATCGG-CACAT----GA-TTTG---TCCTTTTGG-TGATTtgttatgatttttccttcgacgaatttcaattgaaaaattaagataaattctttattttaaaaaatgccgacgtccagttgcagcaatatacctattactgatgatttttgtttttacaaagtgtcctttatataggattgattgtcagtttttgatggaatggaattttattggtctatttgttctgcttctgaagaaaaaacaacatgcatttgttaaaattaggtccatcaatattaaatgactttacaaacaattaagatccaaagtgatcattttttcttcaaatttgtcgttaagagataaacttgaaattgatgtttgcccgcatttaacttattacttgtcaatcggcacatgatttgtccttttggtgatttca
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttT-T------TTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGA----A----C----T---GTCCTTGT----CCA-AGT---GCA-GC---AT-T----A-AT--G---TTA---TTGATGAT--TTTTA-G-TA-T----T----ATAAA-TG----T---------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TTTT-------AA-ATG-GAAACTTATT-----------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T--TGT--T----T-AA------A-T---G-A--------AG-------ACACGCAACTT-TAAACATATC-AGAA-AGGA-AAA--A--AA--T-----CACTCATT---------------GACAAC-------------T--ATT--TA----AAG------G-------T-GCTT-T-GC-----AA-----ATTT-GT-CATTCAT--C--AAA-TA------A---C--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A--C-AA------C------AAAT--T--------C--T-----A--C-TTTATT-G-----TTTT---AGCA--AATTATTTGTT-AATCGA-CAAGT----TG-TTTG---TTGTTTCAG-TGATTGCCtca
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacattaAAACAACAAAA----CA-A------A-------------------AAT-T------TTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGA----A----A----T---A------T----CCA-CTTTCAGCA-G----A--A--TTA-AA--G---TTA---TTGATGTTTATTTTG-GCTT-T----T----CCAAAATG----TGTTT--T------C-TTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T-CTCTCAT---G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T--TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTC-ATAA-AGGA-AGA--T--AA---------A---ATTGGT---CAGA------ATTTC-------AATA--T--TTCA-CA----AAA-TT---------------------------------------GT-CATCCAA--C--AAA-AA------A---C--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A--C-GA------C------AAAT--TTCATGATCC--C--T-CG--T-TCAG-T-AGTGATTTTG---GGC----ATT-TTTATTGGATTGA-CAATT----TA-TTTG---TCATTTTAATTGATTtaga
gi|7 : aaatttacaggaGACAA-T-TC-TA-A------AT--G-----------A---AAA-T------TTAAGA-------CAATT----------AAGG----A----A----T---TTC----TGTGTTCA-ATT---ACG-C----AT-T----A-AT--A---TTA---TTGATAAT--TTTCA-GTCT-T----T----ACAAAATA----TGCTT--T------A-TGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-TT---CTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T-T-----TAA-G----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A--TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC-CAA----CA-AAA--A--AATTT-----GA---ATTTACAAGCAAAT-GA-AGTAA-AA--------------ATTG--A----AAA-TTTA-AATGCATGT-ATTT-T-GT-----AA-----AT-------GTT-----------------------------------------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG-T-GA------T------GAAT--T--------C---------------TA-T-G-----TTCC---A--------------TC-GTGCAA-CCAAT----TG-TTTG---TCATTTTGC-TGGTTTCCtcgtag
gi|8 : aacttcaaattttacaatctgttgttttATAATTTGCCAAACAACAAATATTACA-ATTTGTCATTGG-----------AC--AAA-T------TTAAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---ATCAGCAT----CCA-GTT---ACA-GC---AT-TAATTA-TTG-A---TAA---TTTATTAC--TTTTA-ATTT-T----TTTTTACAAATTA----TCTTT--T------A-TTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T-C-----T---G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T--TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATCAGAAA-ATAA-AAA--C--TA--T-----AG---ATTT
gi|8 : ggcaaAA----AATA--TCCATTG-T---------TTAA-A-------T-ATG----GC-----AATCAATATTA-ATACATCAGA-----AAA-TA------AAAAC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A--C-AA------C------AATT--T--------C--T--G-TG--A-TC-A-CTA-----CTTT---GGCA--AATG--TTAT-----------AAT-------TTTG---TCATTTTAG-AGATTTCCggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtCAACAAAT-TT-CA-A------AC--A-----------A---ATT-T------TTA-GA-------GTATTTCC---TTTTAGGA----A----A----T---ATC----TGTGTCCA-TTT---G-A-C----GC-C--TTA-AT--A---TCA---TTAATGAT--TTTTTTGCTT-T----T----ACAGAATA----TCTTT--TTAATTTA-TTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T-C-----T---G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T--C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC------AGGA-AAG--A--GA---------A---AATAACAAACAATT-G------------------------ATCT-T------AA-TTTA-AG------T-ACTT-A-GA-----AA-----ATTCGGT-CATTCAA--T--AAA-TA------A---CT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A--C-GACACAACC------AAAT--T--------C--T--t
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGGGCTACAACTTGATAGTTTGCTGTTTGATATATTTCAAATGAAAATTATTTAAGTTGATACAATTTCTCGACGATTCGCACTATTGATATTATCGATAACCTTTACAAAACATTTGCAATATGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 1111 2 2 4 2 666666 22 555555555555555555555 2 6666666 0 333 4444 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 333 777 5555555 666 1 3333 3333 555555 777777 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 88888888 2 2 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 66 44 5555 0 2 55 2 2
lowQualScore : . .... . . . . ...... .. ..................... . ....... . ... .... .................................................. . .. ... ... ....... ... . .... .... ...... ...... . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ....................................................................................................................................................................... . . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. ......................................................................................... .. .. .. .... . . .. . .
lowQualScore : 8 7777 2 1 2 1 111111 99 999999999999999999999 0 8888888 4 777 5555 66666666666666666666666666666666666666666666666666 8 55 222 555 9999999 000 7 5555 5555 888888 777777 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 55555555 1 1 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 2 2 66666 00 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 5555 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88 22 3333 3 7 77 7 7
consensus : NATAATTTGTCGNTC-GACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CCA-GTT---GCA-G----AT-T-TTA-AT--ATTA---TTGATGAT---TT-------TTA-GCTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-----T-ATC--T-AAAA-T-TNA-A--T-ATTT-T-GC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NATAATTTGTCGANC-GACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CCA-GTT---GCA-G----AT-T-TTA-AT--ATTA---TTGATGAT---TT-------TTA-GCTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-----T-ATCG-T-AAAA-T-TNA-A--T-ATTT-T-GC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : -TTA-AT--ACCA---TTGATGAT---AT-------TTA-GCTT-G----T----TCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T-TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----AA---GGATAAAATTA--A--TATTCGAAATCA-----AAAAT-AACT-GA-GATA--AAA----GTT-----T-ATC----AAAA-T-TTA-AATC-ATTTGT-ACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttaATTATTTGTCAATC-AGC--AT--------------AT--G-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTT----C----T---GTG----T----CTA-ATTAGAGCA-----------TTA-AT--ATTA---ATGATGG----TT-------TTA-GATT-T----T----TC-AAATATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGGA---TGA-AAAA--A--A--------AAATTA-----C-AAC-AATT-GACGATAAC-------ATT-----T-ATA----AAAA-T-TGA-A--A-ATTT-C-GT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : aaaattgtcaaatgacaa----AT-T-GTA-AT--ATTAACTTT----AT---TT-------TC---CTT-T----T----AC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T-T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT----GA---GGA-AAAA--A--A--T----GAA-TTG-----TAAAC-AATTGGA-GTTGAT--------AT-----TGATC----AAAA--------------TT-T-GA-----AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aatgacttcttctcaggcaatgctcaatagatttacataattaatgataGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T-TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTA---ACATTGAA-AA---GGA-AAAC--A--A--T----TAATTTA-----CAAAC-AAAT-CA-GATA--AAA----AAT-----T-ATC----AACA-T-GTA-A--T-ATTT-T-GT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAAT-TT-CA-A------GT--G-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGG----A----A----A---ATCCAAGT----CCA-GTT---ACA------AT-G-TTA-AT--ATCA---TTGATAAT---TT-------GGA-GCAT-T----T----ACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----T----ACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC--A--------G-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----TAAAC-AACT-GC-GAT-ACAA--------------------------------------ACTT-T-GC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : ATAACTTGT---TC-AACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGA----A----A----T---TTC----C----ACATATT---GCA-GC---A----TTA-AT--TTTA---TCAATAAT---TC-------TAA-GCTT-T----T----ATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcACAATTTTTGGTTT-GACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGG----A----ATTTCT---GTG----T----TCA-GTT---G-G-G----AC-A-TTA-TT--TTTA---GTGATGACA--TA-------TAA-AATT-T----T----ACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttAAC-AATT-GT-GATAAAAAA----AA--------ATGA-T-AAAA-T-TCACA--T-ATTT-T-GC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TT-ATAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--A-AG---GGA-AAAT--A--T--T----GAAATTA-----TTAAT-AAGT-GA-GATA-CAAATTTGAATATACAT-ATAT-T-AAAT-T-TAA-A--T-ATTT-T-GC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAAT-TT-CG-A------AC--G-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGA----A----A----T---CTC----CACGCCCA-ACT---GTA-------T-TATTA-AT--ATCA---TTGATGAT---TT-------TTG-GCGT-T----T----ACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTC----T----CTA-GTT---GCA-G----AT-T-TTA-A---ATCA---TTGATGAT---TT-------TTA-ACAT-T----T----ACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC--A-AAATAGAA-AAGA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAG-AAAT-AA-GATAACAAA----AATAGA--T-ACCGGT-AAAAGT-TCA-A--TTATTT-T-GT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAAT-TT-TATA------AT--GCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGA----ATTGTA----T---GCG----T----CCT-GTT---GCA-GC---AT-T---A-AT--ATAG---CTGATGAT---TT-------T-A-ACTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|22 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagACTTC----AATTT--TAT-C---G--A---------CGA-------------AAAT--T--------C--A-T-A-------------A-----TTT---------------ATTTGTC-ACTCGG-GAAA-----TA-------GTT-TCGG-TGATTTCC
gi|22 : tctacaggtcttAATTT-TCG-TC-GATAAAA-TT---------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGA----ACGT-G----T---GCG----T----CCA-G-----GCA------AC-A-TTA-AT--GTTA---TTGATGAA---TT-------T-G-GCGC-T----T----ACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATtttagataataccaatttaggaacgtgtgcgtccaggcaacattaatgttattgatgaatttggcgcttacaaaaagtcctttattggaggattgtggaat
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgTTTGT---TT-GATAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAA----A----AG---T---GTC----C----ACA-CCT-----A-G-----T-A-TTA-AT--ATTG---TAAGTGAT---TT-------TAG-GCTT-T----T----ACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaacaaatATAATTTGTCAAAC-GACAATT-TT----A------AT--G-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGA----A----A----TTCGGCA----T----CCA-G------CATA----AC-A-TTG-AT--ATGA---CTGATGAT---TT-------T-A-GCTT-T----T----ACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaT-AT------T-TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC--A-------GA-AACA--A--A--TATTTGAATTTA-----CAAACAAACT-G----------------AT-----T-------------T-T---------TTT-C-GC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAAT-TT-CG-A------AT--T-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---GTCCTCAT----CCA-GT-----CA-T----ATCT-TTA-AC--ATTA---TTGATTA----GT-------TTA-GCTT-TTATAT----ACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : T-TT-CA-A------AT--T-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGA----A----A----T---GTCCACGT----CCA-ATG---TCA-G-----T-T-TCA-ATCCAGTT---TCAATGATGCGTC-------TTA-ACTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -T-GC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataATAATT-GTCGA-----CAAAT-TT-CA-A------AT--G-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGA----A----A----T--------------------TT---GAA-GAAACAT-A-ATA-AT--GTTA---TTGATGCT---TT-------TTA-GCTTGT----T----TTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaTT-T----T----ACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC--A-AA-------ATAT--T--A--TTT--GAATTCT-----CAAAC-AAAT-GA-GATAAAAAA----AAT-----TCATCG-C-GTC--T-TAA-A--T-AGTT-T-AC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|32 : TT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------tag
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAAT-TTCCA-A------AT--G-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------T-TATATTTATT--A-AA--------AAA--A--A--T-----AATTTG-----CAAAC-AATT-GA-GAAAAAAAA----GA-----------G-T-AA----------------TT-T-GC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----CCA-G------CA-----------TTA-AT--GTTA---TTCATAAT---TT-------TGA-CCTT-T----T----ACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATGATTTTTCCTTC-GACGAAT-TT-CA-A------TT--G-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAA----A----A----T---GCCGACGT----CCA-GTT---GCA-GC---AA-T-ATACCT--ATTA---CTGATGAT---TT-------TT--GTTT-T----T----ACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T-TGT-------------------T---A-A--------A----------A-------T-TAGGTCCATC--A-A------T-ATTA--A--A--T----GACTTTA-----CAAAC-AATT-AA-GAT--CCAA----AGT-----G-ATCA-T------T-TT--------TTC-T-TC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGA----A----C----T---GTCCTTGT----CCA-AGT---GCA-GC---AT-T---A-AT--GTTA---TTGATGAT---TT-------TTA-G-TA-T----T----ATAAA-TGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TT-T-T-----AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-TG--A-A--------G--------ACACGCAACTT-TAAACATATCAGA-AA---GGA-AAAA--A--A--T-----CACTCA-----TTGAC-AACT------------------AT-----T------T-AAA------G-G--T-GCTT-T-GC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacattAAC-AACAAAA----CA-A------A-------------------------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGA----A----A----T---A------T----CCA-CTTTCAGCA-G----A--A-TTA-AA--GTTA---TTGATGTTTA-TT-------TTG-GCTT-T----T----CCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T-TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTCATA-AA---GGA------------------------------------------A-GATA----A----AAT-----T-G--G-TCAGAA-TTTCA-A--T-ATTT-C-AC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-T-TC-TA-A------AT--G-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGG----A----A----T---TTC----TGTGTTCA-ATT---ACG-C----AT-T---A-AT--ATTA---TTGATAAT---TT-------TCA-GTCT-T----T----ACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-T---TCTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC--C-AA----CA-AAAA--A--ATTT----GAATTTA-----CAAGC-AAAT-GA----AGTAAA----AAT-----T-G------AAAA-T-TTA-A----A----T-GC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttATAATTTGCCAAAC-AACAAATATTACA-ATTTGTCATTGG-----------AC--------AAA-TTTAAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGA----A----A----T---ATCAGCAT----CCA-GTT---ACA-GC---AT-T-----A---ATTA---TTGATAAT---TTATTACTTTTA-ATTT-T----TTTTTACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T-TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATC--A-GA---AAATAAAA--ACTA--T----AGATTTGGACCTCATAC---TT-GT-CA-AACAAC----AAT-----T-TCTG-T-GA-----TCA-C--T-ACTT-TGGC-----AAAT
gi|8 : ggcaaA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAAT-TT-CA-A------AC--------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGA----A----A----T---ATC----TGTGTCCA-TTT---G-A-C----GC-C-TTA-AT--ATCA---TTAATGAT---TT-------TTTTGCTT-T----T----ACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T-C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC-----A---GGA-AAGA--G--A--------AAATAA-----CAAAC-AATT-G-------------------------ATCT-T---AA-T-TTA-AG-T-ACTT-A-GA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGGGCTACAACTTGATAGTTTGCTGTTTGATATATTTCAAATGAAAATTATTTAAGTTGATACAATTTCTCGACGATTCGCACTATTGATATTATCGATAACCTTTACAAAACATTTGCAATATGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111111 333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 555 2 55555 2 2 6666666 222222222222222222222 1 6666666 333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22 333 2222222 000000000000 1 3333 555555 777777 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 88888888 2 2 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 66 33 5555 1 2 55 2 2
lowQualScore : . ... . ..... . . ....... ..................... . ....... ... .................................................... . .. ... ....... ............ . .... ...... ...... . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ..................................................................................................................................................................... . . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. ......................................................................................... .. .. .. .... . . .. . .
lowQualScore : 6 777 2 33333 1 1 8888888 777777777777777777777 9 5555555 555 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 44 000 8888888 888888888888 6 4444 888888 777777 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 55555555 1 1 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 2 2 66666 00 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 5555 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88 44 0000 3 5 11 5 5
consensus : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-GTT---GCA-G----AT-N-TTA-AT--ATTA---TTGATGAT-------TTTT----A-G----CTT-T----TACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AA-T-----T-AT-C---AAAA-TTNA-AT-ATTT-T-GC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NATAATTTGTCGNTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-GTT---GCA-G----AT-T-TTA-AT--ATTA---TTGATGAT-------TTTT----A-G----CTT-T----TACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AA-T-----T-AT-C--TAAAA-TTNA-AT-ATTT-T-GC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : -TTA-AT--ACCA---TTGATGAT-------ATTT----A-G----CTT-G----TTCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T-TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----AA---GGATAAAATTA--A--TATTCGAAATCA-----AAAAT-AACT-GA-GATA--AAA----GT-T-----T-AT-C--AAAAT-TTAA-ATCATTTGT-ACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttaAAATTGTCAAAT-GACAAATTATTTGT-CA-ATCAGCATATG-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTTC----T---GTG----T----C--TA-ATTAGAGCA-----------TTA-AT--ATTA---ATGATGGT-------TTT-----A-G----ATT-T----TTCAAA-TATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGGA---TGA-AAAA--A--A--------AAATTA-----C-AAC-AATT-GACGATAAC-------AT-T-----T-AT-A---AAAA-TTGA-AA-ATTT-C-GT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : a----AT-T-GTA-AT--ATTAACTTT----AT-------TTTC-----------CTT-T----TAC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T-T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT----GA---GGA-AAAA--A--A--T----GAA-TTG-----TAAAC-AATTGGA-GTTGAT--------A-T-----TGAT-C---AAAA-----------TT-T-GA-----AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aatgacttcttctcaggcaatgctcaatagatttacataattaatgataGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T-TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTA---ACATTGAA-AA---GGA-AAAC--A--A--T----TAATTTA-----CAAAC-AAAT-CA-GATA--AAA----AA-T-----T-AT-C---AACA-TGTA-AT-ATTT-T-GT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAATT-----T-CA-A-------GTG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGGA----A----A---ATCCAAGT----C--CA-GTT---ACA------AT-G-TTA-AT--ATCA---TTGATAAT-------TTGG----A-G----CAT-T----TACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----TACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC--A--------G-AAAA--A--A--T----GAATTTA-----TAAAC-AACT-GC-GAT-ACAA------------------------------------ACTT-T-GC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : ATAACTTGT---TC-AACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGAA----A----T---TTC----C----A--CATATT---GCA-GC---A----TTA-AT--TTTA---TCAATAAT-------TCTA----A-G----CTT-T----TATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcACAATTTTTGGTTT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGGA----ATTTCT---GTG----T----T--CA-GTT---G-G-G----AC-A-TTA-TT--TTTA---GTGATGACA------TATA----A-A----ATT-T----TACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttAAC-AATT-GT-GATAAAAAA----AAAT-----G-AT-----AAAA-TTCACAT-ATTT-T-GC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TT-ATAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--A-AG---GGA-AAAT--A--T--T----GAAATTA-----TTAAT-AAGT-GA-GAT-ACAAATTTGAA-TATACAT-ATAT--TAAAT-TTAA-AT-ATTT-T-GC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAATT-----T-CG-A-------ACG-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGAA----A----T---CTC----CACGCC--CA-ACT---GTA-------T-TATTA-AT--ATCA---TTGATGAT-------TTTT----G-G----CGT-T----TACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--TA-GTT---GCA-G----AT-T-TTA-A---ATCA---TTGATGAT-------TTTT----A-A----CAT-T----TACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC--A-AAATAGAA-AAGA--A--A--T----GAATTTA-----CAAAG-AAAT-AA-GATAACAAA----AA-TAGA--T-AC-CGGTAAAAGTTCA-ATTATTT-T-GT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAATT-----T-TATA-------ATGCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGAATTGTA----T---GCG----T----C--CT-GTT---GCA-GC---AT-T---A-AT--ATAG---CTGATGAT-------TTT-----A-A----CTT-T----TACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|21 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagCAAAGTATTTGTC-AATCAG-TAAG----TAATAAG-TTGTT-TTGT-GGATTCCC
gi|22 : tgactgggtcaaACTTC----AATTT--TAT-C---G--A---------CGA-------------AAAT--T--------C--A-T-A-------------A-----TTT---------------ATTTGTC-ACTCGG-GAAA-----TA-------GTT-TCGG-TGATTTCCaactaagtattttatattttattgttcaacaaatttcaaaggaaataacttctgttaaaggaatttaagcttccagttttacttttattatatgctttattattacatgtatatgtattattacaaaa
gi|22 : tctacaggtcttAATTT-TCG-TC-GATAAAAT-----T--------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGAACGT-G----T---GCG----T----C--CA-G-----GCA------AC-A-TTA-AT--GTTA---TTGATGAA-------TTT-----G-G----CGC-T----TACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATtttagataataccaatttaggaacgtgtgcgtccaggcaacattaatgttattgatgaatttggcgcttacaaaaagtcctttattggaggattgtggaat
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgAATTT--TGTTT-GATAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAAA----AG---T---GTC----C----A--CA-CCT-----A-G-----T-A-TTA-AT--ATTG---TAAGTGAT-------TTTA----G-G----CTT-T----TACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaacaATAATTTGTCAAAC-GACAATTT-----T----A-------ATG-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGAA----A----TTCGGCA----T----C--CA-G------CATA----AC-A-TTG-AT--ATGA---CTGATGAT-------TTT-----A-G----CTT-T----TACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaT-AT------T-TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC--A-------GA-AACA--A--A--TATTTGAATTTA-----CAAACAAACT-G----------------A-T-----T-------------TT-------TTT-C-GC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAATT-----T-CG-A-------ATT-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTCCTCAT----C--CA-GT-----CA-T----ATCT-TTA-AC--ATTA---TTGATTA--------GTTT----A-G----CTT-TTATATACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : TT-----T-CA-A-------ATT-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGAA----A----T---GTCCACGT----C--CA-ATG---TCA-G-----T-T-TCA-ATCCAGTT---TCAATGATGCG----TCTT----A-A----CTT-T----TATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -T-GC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataATAATT-----GTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGAA----A----T----------------------TT---GAA-GAAACAT-A-ATA-AT--GTTA---TTGATGCT-------TTTT----A-G----CTTGT----TTTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaTT-T----TACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC--A-AA-------ATAT--T--A--TTT--GAATTCT-----CAAAC-AAAT-GA-GATAAAAAA----AA-T-----TCAT-C--GCGTC-TTAA-AT-AGTT-T-AC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|31 : ATAGTTTGCTGTTT-GATATATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AA--------A-------TTATTTAA---GTTGATACA----A----T---TTC----T----CGACG-ATTC--GCA-C-----T-A-TTG-AT--ATTA---TCGATAAC-------CTTTACAAA-A----CAT-T----TGCAATATGTtag
gi|32 : ttgggctacaacttgTT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAATT-----TCCA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------T-TATATTTATT--A-AA--------AAA--A--A--T-----AATTTG-----CAAAC-AATT-GA-GA----AAA----AA----------------AAGA-GTAA------TT-T-GC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----C--CA-G------CA-----------TTA-AT--GTTA---TTCATAAT-------TTTG----A-C----CTT-T----TACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATGATTTTTCCTTC-GACGAATT-----T-CA-A-------TTG-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAAA----A----T---GCCGACGT----C--CA-GTT---GCA-GC---AA-T-ATACCT--ATTA---CTGATGAT-------TTTT------G----TTT-T----TACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T-TGT-------------------T---A-A--------A----------A-------T-TAGGTCCATC--A-A------T-ATTA--A--A--T----GACTTTA-----CAAAC-AATT-AA-GAT--CCAA----AG-T-----G-AT-C------A-TT----T-TTTC-T-TC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGAA----C----T---GTCCTTGT----C--CA-AGT---GCA-GC---AT-T---A-AT--GTTA---TTGATGAT-------TTTT----A-G-----TA-T----TATAAA-TGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TT-T-T-----AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-TG--A-A--------G--------ACACGCAACTT-TAAACATATCAGA-AA---GGA-AAAA--A--A--T----CACTC--------------ATT-G------AC-------AA-C-----T-AT-T--TAAA-----G-GT-GCTT-T-GC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacatt-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGAA----A----T---A------T----C--CA-CTTTCAGCA-G----A--A-TTA-AA--GTTA---TTGATGTTTA-----TTTT----G-G----CTT-T----TCCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T-TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTCATA-AA---GGA------------------------------------------A-GATA----A----AA-T-----TGGT-C--AGAAT-TTCA-AT-ATTT-C-AC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaaacaacaaaacaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-TT-----C-TA-A-------ATG-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGGA----A----T---TTC----TGTGTT--CA-ATT---ACG-C----AT-T---A-AT--ATTA---TTGATAAT-------TTTC----A-G----TCT-T----TACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-T---TCTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC--C-AA----CA-AAAA--A--ATTT----GAATTTA-----CAAGC-AAAT-GA----AGTAAA----AA-T-----T-G------AAAA-TTTA-A--A----T-GC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttACAATTTGTCATTG-GACAAA------------------------------------------------TTTAAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---ATCAGCAT----C--CA-GTT---ACA-GC---A----TTA-----ATTA---TTGATAATTTATTACTTTT----A-ATTTTTTT-T----TACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T-TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATC--A-GA---AAATAAAA--ACTA--T----AGATTTGGACCTCATAC---TT-GT-CA-AACAAC----AA-T-----T--T-C--TGTGA--TCA-CT-ACTT-TGGC-----AAAT
gi|8 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAATT-----T-CA-A-------AC------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGAA----A----T---ATC----TGTGTC--CA-TTT---G-A-C----GC-C-TTA-AT--ATCA---TTAATGAT-------TTTT----TTG----CTT-T----TACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T-C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC-----A---GGA-AAGA--G--A--------AAATAA-----CAAAC-AATT-G--------------------------AT-C--TTAAT-TTAA-GT-ACTT-A-GA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 0 2 55555 2 2 6666666 222222222222222222222 1 6666666 333 77777777777777777777777777777777777777777777777777 22 333 777 5555555 0000000 1 3333 3333 555555 777777 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 88888888 2 2 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444 7777777 2 6666666666666666666666666666666 2 2 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 66 44 5555 0 2 55 2 2
lowQualScore : . . . ..... . . ....... ..................... . ....... ... .................................................. .. ... ... ....... ....... . .... .... ...... ...... . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ........................................... ....... . ............................... . . . . .................................................. . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. ......................................................................................... .. .. .. .... . . .. . .
lowQualScore : 9 9 2 33333 1 1 8888888 777777777777777777777 9 5555555 555 00000000000000000000000000000000000000000000000000 44 000 222 7777777 7777777 6 4444 4444 888888 777777 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 55555555 1 1 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 6666666 4 5555555555555555555555555555555 1 5 9 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 99999 66 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 5555 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88 22 3333 3 7 77 7 7
consensus : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-GTT---GCA-G----AC-ATTAAT--ATTA---TTGATGAT---TT-------TT----A-GCTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-GTT---GCA-G----AT-NTTAAT--ATTA---TTGATGAT---TT-------TT----A-GCTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : T-ATTAAT--ACCA---TTGATGAT---AT-------TT----A-GCTT-G----T----TCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T-TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----AA---GGATAAAATTA--A--TATTCGAAATCAAAAAT-AACT-GA-GATA--AAA----GTT-------T-ATC----AAA-A-TTTA-AATC-ATTTGTACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacatttAAATTGTCAAAT-GACAAATTATTTGT-CA-ATCAGCATATG-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTTC----T---GTG----T----C--TA-ATT---AGA-G-----C-ATTAAT--ATTA---ATGATGGT---TT-------T-----A-GATT-T----T----TCAAA-TATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGGA---TGA-AAAA--A--A--------AAATTAC-AAC-AATT-GACGATAAC-------ATT-------T-ATA----AAA-A-TTGA-A--A-ATTT-CGT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : a----AT-TGTAAT--ATTAACTTT----AT---TT-------TC-------CTT-T----T----AC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T-T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT----GA---GGA-AAAA--A--A--T----GAA-TTGTAAAC-AATTGGA-GTTGAT--------AT-------TGATC----AAA-A-------------TT-TGA-----AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aatgacttcttctcaggcaatgctcaatagatttacataattaatgataGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T-TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTA---ACATTGAA-AA---GGA-AAAC--A--A--T----TAATTTACAAAC-AAAT-CA-GATA--AAA----AAT-------T-ATC----AAC-A-TGTA-A--T-ATTT-TGT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAATT-----T-CA-A-------GTG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGGA----A----A---ATCCAAGT----C--CA-GTT---ACA------AT-GTTAAT--ATCA---TTGATAAT---TT-------GG----A-GCAT-T----T----ACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----T----ACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC--A--------G-AAAA--A--A--T----GAATTTATAAAC-AACT-GC-GAT-ACAA----------------------------------------ACTT-TGC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : TTGTTC-AACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGAA----A----T---TTC----C----A--CATATT---GCA-G-----C-ATTAAT--TTTA---TCAATAAT---TC-------TA----A-GCTT-T----T----ATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcataacACAATTTTTGGTTT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGGA----ATTTCT---GTG----T----T--CA-GTT---G-G-G----AC-ATTATT--TTTA---GTGATGACA--TA-------TA----A-AATT-T----T----ACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttAAC-AATT-GT-GATAAAAAA----AAA-------T-GAT----AAA-A-TTCACA--T-ATTT-TGC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TT-ATAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--A-AG---GGA-AAAT--A--T--T----GAAATTATTAAT-AAGT-GA-GAT-ACAAATTTGAATATACATAT-ATT----AAA-T-TTAA-A--T-ATTT-TGC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAATT-----T-CG-A-------ACG-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGAA----A----T---CTC----CACGCC--CA-ACT---GTA-T-----T-ATTAAT--ATCA---TTGATGAT---TT-------TT----G-GCGT-T----T----ACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--TA-GTT---GCA-G----AT-TTTAA---ATCA---TTGATGAT---TT-------TT----A-ACAT-T----T----ACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC--A-AAATAGAA-AAGA--A--A--T----GAATTTACAAAG-AAAT-AA-GATAACAAA----AATAGA----T-ACCGGTAAAA-G-TTCA-A--TTATTT-TGT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAATT-----T-TATA-------ATGCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGAATTGTA----T---GCG----T----C--CT-GTT---GCA-G-----C-ATTAAT--ATAG---CTGATGAT---TT-------T-----A-ACTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|22 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagACTTC----AATTT--TAT-C---G--A---------CGA-------------AAAT--T--------C--A-T-A-------------A-----TTT---------------ATTTGTC-ACTCGG-GAAA-----TA-------GTT-TCGG-TGATTTCC
gi|22 : tctacaggtcttAATTT-TCGT-C-GATAAAAT-----T--------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGAACGT-G----T---GCG----T----C--CA-G-----GCA------AC-ATTAAT--GTTA---TTGATGAA---TT-------T-----G-GCGC-T----T----ACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATtttagataataccaatttaggaacgtgtgcgtccaggcaacattaatgttattgatgaatttggcgcttacaaaaagtcctttattggaggattgtggaat
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgACAAATT-TTGTTT-GATAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAAA----AG---T---GTC----C----A--CA-CCT-----A-G-----T-ATTAAT--ATTG---TAAGTGAT---TT-------TA----G-GCTT-T----T----ACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaATAATTTGTCAAAC-GACAATTT-----T----A-------ATG-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGAA----A----TTCGGCA----T----C--CA-G------CATA----AC-ATTGAT--ATGA---CTGATGAT---TT-------T-----A-GCTT-T----T----ACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaT-AT------T-TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC--A-------GA-AACA--A--A--TATTTGAATTTACAAACAAACT-G----------------AT-------T--------------TT---------TTT-CGC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAATT-----T-CG-A-------ATT-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTCCTCAT----C--CA-GT-----CA-T----ATCTTTAAC--ATTA---TTGATTA----GT-------TT----A-GCTT-TTATAT----ACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : TT-----T-CA-A-------ATT-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGAA----A----T---GTCCACGT----C--CA-ATG---TCA-G-----T-TTCAATCCAGTT---TCAATGATGCGTC-------TT----A-ACTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -TGC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGAA----A----T----------------------TT---GAA-GAAACAT-AATAAT--GTTA---TTGATGCT---TT-------TT----A-GCTTGT----T----TTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaataattgTT-T----T----ACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC--A-AA-------ATAT--T--A--TTT--GAATTCTCAAAC-AAAT-GA-GATAAAAAA----AAT-------TCATC----GCGTC-TTAA-A--T-AGTT-TAC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|31 : ATAGTTTGCTGTTT-GATATATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AA--------A-------TTATTTAA---GTTGATACA----A----T---TTC----T----CGACG-ATTC--GCA------CT-ATTGAT--ATTA---TCGATAAC---CT-------TTACAAA-ACAT-T----T----GCAATATGTtag
gi|32 : ttgggctacaacttgTT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAATT-----TCCA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------T-TATATTTATT--A-AA---------AA--A--A--A----TAATTTGCAAAC-AATT-GA-GA----AAA----AA-----------------AAG-A-GTAA--------TT-TGC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----C--CA-G------CA----------TTAAT--GTTA---TTCATAAT---TT-------TG----A-CCTT-T----T----ACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATTTTTCCTTC-GACGAATT-----T-CA-A-------TTG-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAAA----A----T---GCCGACGT----C--CA-GTT---GCA-GCA--AT-ATACCT--ATTA---CTGATGAT---TT-------TT------GTTT-T----T----ACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T-TGT-------------------T---A-A--------A----------A-------T-TAGGTCCATC--A-A------T-ATTA--A--A--T----GACTTTACAAAC-AATT-AA-GAT--CCAA----AGT-------G-ATC--------A-TT------T-TTTC-TTC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttatgAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGAA----C----T---GTCCTTGT----C--CA-AGT---GCA-G-----C-ATTAAT--GTTA---TTGATGAT---TT-------TT----A-G-TA-T----T----ATAAA-TGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TT-T-T-----AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-TG--A-A--------G--------ACACGCAACTT-TAAACATATCAGA-AA---GGA-AAAA--A--A--T----CACTC---------ATT-G------AC-------AAC-------T-AT-----------TTAA-AGGT-GCTT-TGC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacatt-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGAA----A----T---A------T----C--CA-CTTTCAGCA-G----A--ATTAAA--GTTA---TTGATGTTTA-TT-------TT----G-GCTT-T----T----CCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T-TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTCATA-AA---GGA-------------------------------------A-GATA----A----AAT-------TGGTC----AGA-ATTTCA-A--T-ATTT-CAC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaaacaacaaaacaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-TT-----C-TA-A-------ATG-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGGA----A----T---TTC----TGTGTT--CA-ATT---ACG-C----AT---TAAT--ATTA---TTGATAAT---TT-------TC----A-GTCT-T----T----ACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-T---TCTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC--C-AA----CA-AAAA--A--ATTT----GAATTTACAAGC-AAAT-GA----AGTAAA----AAT-------T-G------AAA-A-TTTA-A----A----TGC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttACAATTTGTCATTG-GACAAATT-----T-------------------------------------------AAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---ATCAGCAT----C--CA-GTT---ACA-G-----C-ATTAAT----TA---TTGATAAT---TTATTACTTTT----A-ATTT-T----TTTTTACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T-TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATC--A-GA---AAATAAAA--ACTA--T----AGATTT
gi|8 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAATT-----T-CA-A-------AC------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGAA----A----T---ATC----TGTGTC--CA-TTT---G-A-C----GC-CTTAAT--ATCA---TTAATGAT---TT-------TT----TTGCTT-T----T----ACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T-C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC-----A---GGA-AAGA--G--A--------AAATAACAAAC-AATT-G---------------------------ATC----TTA-A-TTTA-AG-T-ACTT-AGA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 0 2 55555 2 2 6666666 222222222222222222222 1 6666666 0 333 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22 1 22 44 22 777 333 5555555 99999 1 3333 1 3333 3333 555555 777777 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 88888888 2 2 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444 7777777 2 4444444444444444444444444444444 2 2 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 66 44 5555 0 2 55 2 2
lowQualScore : . . . ..... . . ....... ..................... . ....... . ... ................................................ . .. . .. .. .. ... ... ....... ..... . .... . .... .... ...... ...... . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ........................................... ....... . ............................... . . . . .................................................. . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. ......................................................................................... .. .. .. .... . . .. . .
lowQualScore : 9 9 2 33333 1 1 8888888 777777777777777777777 9 2222222 6 333 222222222222222222222222222222222222222222222222 7 44 7 44 11 44 222 000 7777777 33333 7 7777 6 4444 4444 888888 777777 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 55555555 1 1 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 6666666 4 9999999999999999999999999999999 1 5 9 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 99999 66 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 5555 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88 22 3333 3 7 77 7 7
consensus : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : -AT--TA-A--T--ACCATTG--ATGAT---A---T-------TT----A-G----CTT-G----T----TCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T-TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----AA---GGATAAAATTA--A--TATTCGAAATCAAAAAT-AACT-GA-GATA--AAA----GTT-------T-ATC----AAA-A-TTTA-AATC-ATTTGTACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttAAATTGTCAAAT-GACAAATTATTTGT-CA-ATCAGCATATG-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTTC----T---GTG----T----C--TA-A--TT---AGA-G----C-AT--TA-A--T--ATTAATG--ATGGT---T---T-------T-----A-G----ATT-T----T----TCAAA-TATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGGA---TGA-AAAA--A--A--------AAATTAC-AAC-AATT-GACGATAAC-------ATT-------T-ATA----AAA-A-TTGA-A--A-ATTT-CGT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : aA-------TGACTTCT---TCTCAGGCA----A----T---G-C----T----CAATA-GATTT---ACA-T--A---AT--TA-A--TG-ATAATTGTAAT-AT---TAACT-------TT----A-TTTTCCTT-T----T----AC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T-T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT----GA---GGA-AAAA--A--A--T----GAA-TTGTAAAC-AATTGGA-GTTGAT--------AT-------TGATC----AAA-A-------------TT-TGA-----AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T-TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTA---ACATTGAA-AA---GGA-AAAC--A--A--T----TAATTTACAAAC-AAAT-CA-GATA--AAA----AAT-------T-ATC----AAC-A-TGTA-A--T-ATTT-TGT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAATT-----T-CA-A-------GTG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGGA----A----A---ATCCAAGT----C--CA-G--TT---ACA----A-T-GT--TA-A--T--ATCATTG--ATAAT---T---T-------GG----A-G----CAT-T----T----ACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----T----ACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC--A--------G-AAAA--A--A--T----GAATTTATAAAC-AACT-GC-GAT-ACAA----------------------------------------ACTT-TGC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : TTGTTC-AACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGAA----A----T---TTC----C----A--CATA--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--TTTATCA--ATAAT---T---C-------TA----A-G----CTT-T----T----ATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcataacACAATTTTTGGTTT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGGA----ATTTCT---GTG----T----T--CA-G--TT---G-G-G--A-C-AT--TA-T--T--TTTAGTG--ATGACA--T---A-------TA----A-A----ATT-T----T----ACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttAAC-AATT-GT-GATAAAAAA----AAA-------T-GAT----AAA-A-TTCACA--T-ATTT-TGC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TT-ATAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--A-AG---GGA-AAAT--A--T--T----GAAATTATTAAT-AAGT-GA-GATA-CAAATTTGAATATACATAT-ATT----AAA-T-TTAA-A--T-ATTT-TGC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAATT-----T-CG-A-------ACG-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGAA----A----T---CTC----CACGCC--CA-A--CT---GTA-T----T-AT--TA-A--T--ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----G-G----CGT-T----T----ACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--TA-G--TT---GCA-G--A-T-TT--TA-A-----ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-A----CAT-T----T----ACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC--A-AAATAGAA-AAGA--A--A--T----GAATTTACAAAG-AAAT-AA-GATAACAAA----AATAGA----T-ACCGGTAAAA-G-TTCA-A--TTATTT-TGT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAATT-----T-TATA-------ATGCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGAATTGTA----T---GCG----T----C--CT-G--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--ATAGCTG--ATGAT---T---T-------T-----A-A----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|22 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagACTTC----AATTT--TAT-C---G--A---------CGA-------------AAAT--T--------C--A-T-A-------------A-----TTT---------------ATTTGTC-ACTCGG-GAAA-----TA-------GTT-TCGG-TGATTTCC
gi|22 : tctacaggtcttAATTT-TCGT-C-GATAAAAT-----T--------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGAACGT-G----T---GCG----T----C--CA-G-------GCA----A-C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAA---T---T-------T-----G-G----CGC-T----T----ACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATtttagataataccaatttaggaacgtgtgcgtccaggcaacattaatgttattgatgaatttggcgcttacaaaaagtcctttattggaggattgtggaat
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgACAAATT-TTGTTT-GATAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAAA----AG---T---GTC----C----A--CA-C--CT-----A-G----T-AT--TA-A--T--ATTGTAA--GTGAT---T---T-------TA----G-G----CTT-T----T----ACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaATAATTTGTCAAAC-GACAATTT-----T----A-------ATG-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGAA----A----TTCGGCA----T----C--CA-G--------CATA--A-C-AT--TG-A--T--ATGACTG--ATGAT---T---T-------T-----A-G----CTT-T----T----ACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaT-AT------T-TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC--A-------GA-AACA--A--A--TATTTGAATTTACAAACAAACT-G----------------AT-------T--------------TT---------TTT-CGC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAATT-----T-CG-A-------ATT-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTCCTCAT----C--CA-G--T-----CA-T--ATC-TT--TA-A--C--ATTATTG--ATTA----G---T-------TT----A-G----CTT-TTATAT----ACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : TT-----T-CA-A-------ATT-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGAA----A----T---GTCCACGT----C--CA-A--TG---TCA-G----T-TT--CA-A--TCCAGTTTCA--ATGATGCGT---C-------TT----A-A----CTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -TGC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGAA----A----T------------------------TT---GAA-GAAA-C-ATAATA-A--T--GTTATTG--ATGCT---T---T-------TT----A-G----CTTGT----T----TTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaataattgTT-T----T----ACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC--A-AA-------ATAT--T--A--TTT--GAATTCTCAAAC-AAAT-GA-GATAAAAAA----AAT-------TCATC----GCGTC-TTAA-A--T-AGTT-TAC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|31 : ATAGTTTGCTGTTT-GATATATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AA--------A-------TTATTTAA---GTTGATACA----A----T---TTC----T----CGACG-A--TTC--GCA------CTAT--TG-A--T--ATTATCG--ATAAC---C---T-------TTACAAA-A----CAT-T----T----GCAATATGTtag
gi|32 : ttgggctacaacttgTT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAATT-----TCCA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------T-TATATTTATT--A-AA--------AAA--A--A--T-----AATTTGCAAAC-AATT-GA-GA----AAA----AA-----------------AAG-A-GTAA--------TT-TGC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----C--CA-G----------------C-AT--TA-A--T--GTTATTC--ATAAT---T---T-------TG----A-C----CTT-T----T----ACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATTTTTCCTTC-GACGAATT-----T-CA-A-------TTG-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAAA----A----T---GCCGACGT----C--CA-G--TT---GCA-G----C-AA--TATACCT--ATTACTG--ATGAT---T---T-------TT------G----TTT-T----T----ACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T-TGT-------------------T---A-A--------A----------A-------T-TAGGTCCATC--A-A------T-ATTA--A--A--T----GACTTTACAAAC-AATT-AA-GAT--CCAA----AGT-------G-ATC--------A-TT------T-TTTC-TTC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttatgAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGAA----C----T---GTCCTTGT----C--CA-A--GT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G-----TA-T----T----ATAAA-TGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TT-T-T-----AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-TG--A-A--------G--------ACACGCAACTT-TAAACATATCAGA-AA---GGA-AAAA--A--A--T----CACTC---------ATT-G------AC-------AAC-------T-AT-----------TTAA-AGGT-GCTT-TGC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacatt-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGAA----A----T---A------T----C--CA-C--TTTCAGCA-G--A---AT--TA-A--A--GTTATTG--ATGTTTA-T---T-------TT----G-G----CTT-T----T----CCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T-TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTCATA-AA---GGA-------------------------------------A-GATA----A----AAT-------TGGTC----AGA-ATTTCA-A--T-ATTT-CAC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaaacaacaaaacaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-TT-----C-TA-A-------ATG-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGGA----A----T---TTC----TGTGTT--CA-A--TT---ACG------C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATAAT---T---T-------TC----A-G----TCT-T----T----ACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-T---TCTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC--C-AA----CA-AAAA--A--ATTT----GAATTTACAAGC-AAAT-GA----AGTAAA----AAT-------T-G------AAA-A-TTTA-A----A----TGC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttACAATTTGTCATTG-GACAAATT-----T-------------------------------------------AAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---ATCAGCAT----C--CA-G--TT---ACA-G----C-AT--TA-A--T----TATTG--ATAAT---T---TATTACTTTT----A-A----TTT-T----TTTTTACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T-TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATC--A-GA---AAATAAAA--ACTA--T----AGATTT
gi|8 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAATT-----T-CA-A-------AC------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGAA----A----T---ATC----TGTGTC--CA-T--TT---G-A-C--G-C-CT--TA-A--T--ATCATTA--ATGAT---T---T-------TT----TTG----CTT-T----T----ACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T-C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC-----A---GGA-AAGA--G--A--------AAATAACAAAC-AATT-G---------------------------ATC----TTA-A-TTTA-AG-T-ACTT-AGA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 0 2 55555 2 2 6666666 222222222222222222222 1 6666666 0 333 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22 1 22 44 22 777 333 5555555 99999 1 3333 1 3333 3333 555555 777777 1 1 66666 1 22 6666 666666666666666 88888888 2 2 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444 7777777 2 4444444444444444444444444444444 2 2 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 66 44 5555 0 2 55 2 2
lowQualScore : . . . ..... . . ....... ..................... . ....... . ... ................................................ . .. . .. .. .. ... ... ....... ..... . .... . .... .... ...... ...... . . ..... . .. .... ............... ........ . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ........................................... ....... . ............................... . . . . .................................................. . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. ......................................................................................... .. .. .. .... . . .. . .
lowQualScore : 9 9 2 33333 1 1 8888888 777777777777777777777 9 2222222 6 333 222222222222222222222222222222222222222222222222 7 44 7 44 11 44 222 000 7777777 33333 7 7777 6 4444 4444 888888 777777 7 7 22222 9 66 2222 777777777777777 55555555 1 1 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 6666666 4 9999999999999999999999999999999 1 5 9 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 99999 66 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 5555 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88 22 3333 3 7 77 7 7
consensus : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : -AT--TA-A--T--ACCATTG--ATGAT---A---T-------TT----A-G----CTT-G----T----TCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT---AA--T----TTTTA-TACT-TT-ATTTT-TTTTGT-----AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GT-TC------T-TGT--T----T-GA------A-T---A-A--------GGGCCGTCCATA-------T-TCAATATAT-----AA---GGATAAAATTA--A--TATTCGAAATCAAAAAT-AACT-GA-GATA--AAA----GTT-------T-ATC----AAA-A-TTTA-AATC-ATTTGTACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttAAATTGTCAAAT-GACAAATTATTTGT-CA-ATCAGCATATG-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTTC----T---GTG----T----C--TA-A--TT---AGA-G----C-AT--TA-A--T--ATTAATG--ATGGT---T---T-------T-----A-G----ATT-T----T----TCAAA-TATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C----TTT----GAT-TT-ACTTT-TTT---------A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GT-ATAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA-C---A-GTC------A--------ACA-------C-TAAACACAAC--AGGA---TGA-AAAA--A--A--------AAATTAC-AAC-AATT-GACGATAAC-------ATT-------T-ATA----AAA-A-TTGA-A--A-ATTT-CGT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : aA-------TGACTTCT---TCTCAGGCA----A----T---G-C----T----CAATA-GATTT---ACA-T--A---AT--TA-A--TG-ATAATTGTAAT-AT---TAACT-------TT----A-TTTTCCTT-T----T----AC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTTTG-CTCT-TT-TTTTT-TCTT-T-----TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GT-AT------T-T-T-------------------C---A-G--------G--------ACC-------T-CAAA-ACATT----GA---GGA-AAAA--A--A--T----GAA-TTGTAAAC-AATTGGA-GTTGAT--------AT-------TGATC----AAA-A-------------TT-TGA-----AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTTTG-CG-------------TTT-T-----AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TT-CT------T-TTC--T----T-TA-----TA-T---CTC--------G--------ACA-------TCTA---ACATTGAA-AA---GGA-AAAC--A--A--T----TAATTTACAAAC-AAAT-CA-GATA--AAA----AAT-------T-ATC----AAC-A-TGTA-A--T-ATTT-TGT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAATT-----T-CA-A-------GTG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGGA----A----A---ATCCAAGT----C--CA-G--TT---ACA----A-T-GT--TA-A--T--ATCATTG--ATAAT---T---T-------GG----A-G----CAT-T----T----ACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTTT--TGGT-GT-G-TTT-TTTT-A-----AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----T----ACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTTTGTCG----------T-TTTT-T-----AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC-T-----------------------GCA-------T-CAAATACATC--A--------G-AAAA--A--A--T----GAATTTATAAAC-AACT-GC-GAT-ACAA----------------------------------------ACTT-TGC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : TTGTTC-AACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGAA----A----T---TTC----C----A--CATA--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--TTTATCA--ATAAT---T---C-------TA----A-G----CTT-T----T----ATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATTTG-AGC-----------TTTT-G-----AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcataacACAATTTTTGGTTT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGGA----ATTTCT---GTG----T----T--CA-G--TT---G-G-G--A-C-AT--TA-T--T--TTTAGTG--ATGACA--T---A-------TA----A-A----ATT-T----T----ACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTTTG-C-TT-TT-ATCTTATTTT-T-----CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttAAC-AATT-GT-GATAAAAAA----AAA-------T-GAT----AAA-A-TTCACA--T-ATTT-TGC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagttgcatcagcaaacatattttaattttATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTTT-------------------T-T-----CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TT-ATAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--A-AG---GGA-AAAT--A--T--T----GAAATTATTAAT-AAGT-GA-GATA-CAAATTTGAATATACATAT-ATT----AAA-T-TTAA-A--T-ATTT-TGC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAATT-----T-CG-A-------ACG-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGAA----A----T---CTC----CACGCC--CA-A--CT---GTA-T----T-AT--TA-A--T--ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----G-G----CGT-T----T----ACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CATTGCCATT-TT-ATTTG-TTTT-C--------------AACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GT-AT------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--TA-G--TT---GCA-G--A-T-TT--TA-A-----ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-A----CAT-T----T----ACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTTTG-TGTTGTT-GTTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TAAT---A-A--------A--------AGA-------T-TAAACACATC--A-AAATAGAA-AAGA--A--A--T----GAATTTACAAAG-AAAT-AA-GATAACAAA----AATAGA----T-ACCGGTAAAA-G-TTCA-A--TTATTT-TGT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAATT-----T-TATA-------ATGCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGAATTGTA----T---GCG----T----C--CT-G--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--ATAGCTG--ATGAT---T---T-------T-----A-A----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTTTG-tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|22 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagACTTC----AATTT--TAT-C---G--A---------CGA-------------AAAT--T--------C--A-T-A-------------A-----TTT---------------ATTTGTC-ACTCGG-GAAA-----TA-------GTT-TCGG-TGATTTCC
gi|22 : tctacaggtcttAATTT-TCGT-C-GATAAAAT-----T--------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGAACGT-G----T---GCG----T----C--CA-G-------GCA----A-C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAA---T---T-------T-----G-G----CGC-T----T----ACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATtttagataataccaatttaggaacgtgtgcgtccaggcaacattaatgttattgatgaatttggcgcttacaaaaagtcctttattggaggattgtggaat
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgACAAATT-TTGTTT-GATAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAAA----AG---T---GTC----C----A--CA-C--CT-----A-G----T-AT--TA-A--T--ATTGTAA--GTGAT---T---T-------TA----G-G----CTT-T----T----ACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaATAATTTGTCAAAC-GACAATTT-----T----A-------ATG-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGAA----A----TTCGGCA----T----C--CA-G--------CATA--A-C-AT--TG-A--T--ATGACTG--ATGAT---T---T-------T-----A-G----CTT-T----T----ACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaT-AT------T-TGT--T----T-AAACGTCTA-C---C-AGC------A--------ACA-------T-TAAACACATC--A-------GA-AACA--A--A--TATTTGAATTTACAAACAAACT-G----------------AT-------T--------------TT---------TTT-CGC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAATT-----T-CG-A-------ATT-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTCCTCAT----C--CA-G--T-----CA-T--ATC-TT--TA-A--C--ATTATTG--ATTA----G---T-------TT----A-G----CTT-TTATAT----ACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : TT-----T-CA-A-------ATT-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGAA----A----T---GTCCACGT----C--CA-A--TG---TCA-G----T-TT--CA-A--TCCAGTTTCA--ATGATGCGT---C-------TT----A-A----CTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATTT
gi|28 : -TGC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGAA----A----T------------------------TT---GAA-GAAA-C-ATAATA-A--T--GTTATTG--ATGCT---T---T-------TT----A-G----CTTGT----T----TTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaataattgTT-T----T----ACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTTTG-CA-T-TT-ATTT-------------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGTACCATCA--------ACA-------T-TAAATGCATC--A-AA-------ATAT--T--A--TTT--GAATTCTCAAAC-AAAT-GA-GATAAAAAA----AAT-------TCATC----GCGTC-TTAA-A--T-AGTT-TAC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|31 : ATAGTTTGCTGTTT-GATATATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AA--------A-------TTATTTAA---GTTGATACA----A----T---TTC----T----CGACG-A--TTC--GCA------CTAT--TG-A--T--ATTATCG--ATAAC---C---T-------TTACAAA-A----CAT-T----T----GCAATATGTtag
gi|32 : ttgggctacaacttgTT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAATT-----TCCA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT-TTTT-A-----AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A-T---G-AGGATCATCA--------ACG-------T-TAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------T-TATATTTATT--A-AA--------AAA--A--A--T-----AATTTGCAAAC-AATT-GA-GA----AAA----AA-----------------AAG-A-GTAA--------TT-TGC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----C--CA-G----------------C-AT--TA-A--T--GTTATTC--ATAAT---T---T-------TG----A-C----CTT-T----T----ACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATTTTTCCTTC-GACGAATT-----T-CA-A-------TTG-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAAA----A----T---GCCGACGT----C--CA-G--TT---GCA-G----C-AA--TATACCT--ATTACTG--ATGAT---T---T-------TT------G----TTT-T----T----ACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T-T------GATTGT--CAG--T----TTTTG---------A--------T-G-----GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GC-AT------T-TGT-------------------T---A-A--------A----------A-------T-TAGGTCCATC--A-A------T-ATTA--A--A--T----GACTTTACAAAC-AATT-AA-GAT--CCAA----AGT-------G-ATC--------A-TT------T-TTTC-TTC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttatgAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGAA----C----T---GTCCTTGT----C--CA-A--GT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G-----TA-T----T----ATAAA-TGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTA-TGCA-TT-AGTTT-TT-T-T-----AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGT-AT------T-TGT--T----T-AA------A-TG--A-A--------G--------ACACGCAACTT-TAAACATATCAGA-AA---GGA-AAAA--A--A--T----CACTC---------ATT-G------AC-------AAC-------T-AT-----------TTAA-AGGT-GCTT-TGC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacatt-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGAA----A----T---A------T----C--CA-C--TTTCAGCA-G--A---AT--TA-A--A--GTTATTG--ATGTTTA-T---T-------TT----G-G----CTT-T----T----CCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTTCA-CACT-TTCATTTT-TTTT-TTCTCCAA-A---------TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GT-AT------T-TGT--T----TAAA-----TC-T---A-G--------A--------CAA-------T-TAAATGCGTCATA-AA---GGA-------------------------------------A-GATA----A----AAT-------TGGTC----AGA-ATTTCA-A--T-ATTT-CAC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaaacaacaaaacaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-TT-----C-TA-A-------ATG-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGGA----A----T---TTC----TGTGTT--CA-A--TT---ACG------C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATAAT---T---T-------TC----A-G----TCT-T----T----ACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATTTG-CACT-T---TCTC-GTTT-T-----GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------A-TGT--T----T-AA------A-T---G-AGGACCATCG--------ATA-------T-GAAATACATC--C-AA----CA-AAAA--A--ATTT----GAATTTACAAGC-AAAT-GA----AGTAAA----AAT-------T-G------AAA-A-TTTA-A----A----TGC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttACAATTTGTCATTG-GACAAATT-----T-------------------------------------------AAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---ATCAGCAT----C--CA-G--TT---ACA-G----C-AT--TA-A--T----TATTG--ATAAT---T---TATTACTTTT----A-A----TTT-T----TTTTTACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTTTG-AG---TT-G-TTT-GTTA-T-----AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CC-A-------T-TGT--T----TAAA-----TA-TGGCA-ATC------A--------ATA-------T-T-AATACATC--A-GA---AAATAAAA--ACTA--T----AGATTT
gi|8 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAATT-----T-CA-A-------AC------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGAA----A----T---ATC----TGTGTC--CA-T--TT---G-A-C--G-C-CT--TA-A--T--ATCATTA--ATGAT---T---T-------TT----TTG----CTT-T----T----ACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTTTG-TGTT-TT--TTCC-TTTT-G-----AA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GC-AA------T-C------------------------------------A--------ACA-------T-TAAACACGCC-----A---GGA-AAGA--G--A--------AAATAACAAAC-AATT-G---------------------------ATC----TTA-A-TTTA-AG-T-ACTT-AGA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t
blockSeqs : G T . C T . CCGCATTCAACA A AAAAAAC TTA ATGCTCAATAGATTTACATA T AA T CC CC TA GCG AAC ATTACTT TACAA T TTTC G TATA TTTT TGTTGT TAATTT T T CACAG G TT TCAA CCATTTTATTTG TTCTCCA G T G . TTG CGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTCAATCAGGA G T A A AAAAAA A CCTTAAATGAGGATCATCA CGCAACT C AAAATAGAAAAGAAATG A A T G AGATACAAATTTGAATATACATATATTAAATTTAAAT T . . TA G TT TT T CATGTTAA A ATGC A ATTT TC TCAAGGACTTATCAAAATCTCTATTAGGTCATTGATATTTATAGAACAG AT GG A TCTG . TG A T
blockSeqs : T . . . . . ACAGACTTCA . . . AAATCCAAGTCCAGTTACAA . . . . G . TA . . T . . . . . CT TTA . . GG . . A TGTTGTTGTTTT TT . . G . . TATTTGTTCTGCTTCTGAAGAAAAAAC . T . . AAT . TGAGATAAGTACAGTCA . . AGAAAATAAAAACTATA T . T . AGATAACAAAAATAGATACCGGTAAAAGTTCAATT T . . TC . . . . TCCA G G A . . AACGACAAATTTCATGATCCCTCGTTCAGTAGTGATTTTGGG AG G G . . TG . .
blockSeqs : T . . . . . A . . . ATTTCTGTGTTCAGTTGGGA . . . . . . A . . G . . . . . TT . . . G . . . CACTTTCATTTT TA . . A . . CGTTGTTTTTTTTCTGTAA . C . . . . TTAAACGTCTACCAGCA . . GAAAAGGAAAACAATT T . A . AGATAAAAAAAATTCATCGCGTCTTAAAT C . . TT . . . . ACT A G . . . CCATTAGACAAATTATGTGATCTCTCATTTTAA AT T G . . TC . .
blockSeqs : G . . . . . G . . . ATCTCCACGCCCAACTGTAT . . . . . . . . . A . . . . . TT . . . T . . . CTCTTTTTTTT AA . . G . . CATTTTTTCTCTCATGTA . C . . . . TTAAATGAGTACCATCA . . AGAAAGGAAAAAAATC A . C . TGATAAAAAAAAATGATAAAATTCACAT T . . TT . . . . AC A G . . . TTAAAAACAACAAATTCTACTTTATTGTTTTAG AT G A . . GG . .
blockSeqs : A . . . . . A . . . TTGTATGCGTCCTGTTGCAG . . . . . . . . . A . . . . . TC . . . G . . . CTTTTATCTTA TA . . G . . CATTTTTTCTCCTGTAA . T . . . . TTAAATGAGGACCATCG . . AGAAACAAATATTTG T . T . ACGATAACATTTATAAAAATTGAAA T . . TT . . . . AC T G . . . TTGTACAGCAAATCTTATAGTCCCCCTGTTGG AT A A . . CA . .
blockSeqs : G . . . . . G . . . ATGTCCTCATCCAGTCATAT . . . . . . . . . T . . . . . CC . . . A . . . TGCATTAGTTT GA . . G . . AATTTTTCTTTCTGTAA . T . . . . TTAAATATGGCAATCA . . CAACAAAAAAATTTG T . G . AGATAAAAAATTATCAACATGTAAT T . . TG . . . . CA A G . . . CCAGACAACAATTTGTAATGTTTGTAGTTCAA AT G G . . TG . .
blockSeqs : A . . . . . A . . . ATGTCCACGTCCAATGTCAG . . . . . . . . . T . . . . . TC . . . G . . . GATTTACTTT TC . . A . . TATATTTTTTAAGGAA . C . . . . TTTATATCTCG . . AAGGGAAAATATTG T . A . AGATAAAATTGGTCAGAATTTCAAT T . . TT . . . . AT A A . . . TCAAATTGCAAGTTGTATTATCTCTAATCTAA AG A G . . CT . .
blockSeqs : G . . . . . A . . . ATGCCGACGTCCAGTTGCAG . . . . . . . . . A . . . . . CC . . . T . . . TGGTGTGTTT TC . . A . . TTTTTTTTTTCTAG . T . . . . TTAATAATAAA . . AGGATGAAAAAAA T . C . AAGTAAAAATTGAAAATTTAA G . . TT . . . . AC A A . . . CAGAACGACAAATTCTATGATTCACCATTGAG GT A A . . CC . .
blockSeqs : A . . . . . A . . . CTGTCCTTGTCCAAGTGCAG . . . . . . . . . T . . . . . AT . . . G . . . TGTTTTTTCC TA . . G . . TGTTTTGTCTGTCA . C . . . . TTAAATCTAGA . . GAGGAAAAAAATG T . A . AGATCCAAAGTGATCATTT T . . TT . . . . CC G C . . . TCAAACAACAATTTCTGTGATCACTACTTTGG AT G G . . TG . .
blockSeqs : T . . . . . A . . . ATATCAGCATCCAGTTACAG . . . . . . . . . T . . . . . TT . . . G . . . CATTTATTT AA . . G . . TATTTTTTCTGGAA . T . . . . TTAAATGAAG . . AAAATATTATTTG T . T . AGTTGATATTGATCAAAA C . . TT . . . . CA A A . . . TTAACAACAAATTCTTAGCTATACATTTAAG AT T G . . CA . .
blockSeqs : G . . . . . G . . . ATATCTGTGTCCATTTGACG . . . . . . . . . T . . . . . CT . . . G . . . CACTTTCTC GG . . G . . TTTTTTTCATTAA . T . . . . CAGG . . AATATTAAATG T . T . AGAAAAAAAAGAGTAA T . . TT . . . . AC T G . . . TAAAACGACAAATATCATCCCCCGTTCAA AT G A . . CA . .
blockSeqs : G . . . . . A . . . ATTTCTGTGTTCAATTACG . . . . . . . . . G . . . . . CC . . . G . . . AGTTGTTT TA . . G . . CTTTTCTGCATAA . T . . . . GTCT . . AGAAAAAATG T . T . ACAACTATTTAAAGGT C . . AT . . . . GC C G . . . TCGAACAACAAATTCTGTTACCCCTCATT A A A . . CA . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . ATTCGGCATCCAGCATAA . . . . . . . . . T . . . . . TT . . . G . . . TCGT TG . . A . . TTTTTTTTCTGT . T . . . . TAAA . . AGGAAAGAGA A . A . ATCTTAATTTAAGT . . . TT . . . . AT A G . . . TCAAGTGATGAATTCTATGTTCCATCGTG . A . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . ATTTCTCGACGATTCGCA . . . . . . . . . T . . . . . GG . . . G . . . AGC TA . . A . . CGATTTTGTAA . A . . . . TTA . . AAAAAAAAT . . T . CGATACAA . . . . . . . . AC G C . . . TCGACGAAAATTCATAATTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . ATATCCACTTTCAGCAGA . . . . . . . . . T . . . . . AT . . . A . . . CG GA . . . . . ATTTTTAA . . . . . . A . . ATAAAGGA . . . . ATTTT . . . . . . . . AC A G . . . CCCGCATTTAA . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . ATTTCCACATATTGCAG . . . . . . . . . C . . . . . CT . . . G . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . ATGTCTCTAGTTGCAGA . . . . . . . . . T . . . . . CC . . . G . . . . A . . . . . . . . . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . CGTGTGCGTCCAGGCAA . . . . . . . . . T . . . . . CC . . . G . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . AGTGTCCACACCTAG . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATTTGAAGAAA . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . .
blockSeqs : . . . C . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ***** ******* CGTTTGTTT****** TA****** AGAAAAAATG********************* AGATAAAATTGATCAAAATTTAAT************************** ***** G*
originalCons : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTG-CGCT-TT-ATTTT-TTTT-T-----AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATC--A-AA---GGA-AAAA--A--A--T----GAATTTACAAAC-AANT-GA-GATAACAAA----AAT-------T-ATC----AAA-A-TTNA-A--T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
finalCons : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTTTGCGTTTGTTT------TTTTTA------A-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GT-AT------T-TGT--T----T-AA-----TA-T---A-A--------A--------ACA-------T-TAAATACATCAGAAAAAATG---------------------AATTTACAAAC-AANT-GAGATAAAATTGATCAAAATTTAAT--------------------------ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGACTGGGTCAAGGGAATCCACAAAACAACTTATTACTTACTGATTGACAAATACTTTGAACTAAGTATTTTATATTTTATTGTTCAACAAATTTCAAAGGAAATAACTTCTGTTAAAGGAATTTAAGCTTCCAGTTTTACTTTTATTATATGCTTTATTATTACATGTATATGTATTATTACAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 88888888888888888888888888888888888888888888 111111 22222222222222 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 0 2 55555 2 2 6666666 222222222222222222222 1 6666666 0 333 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22 1 22 44 22 444 555 5555555 99999 1 3333 1 3333 3333 555555 777777 1 1 5555 1 0 22 77777 22 99999999999999 333 2 00000 2 2 0 2 2 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 2 000000 2 44444444444444444444444444444444444444444444 7777777 33 666666 2 55 666 44444444444444 222222222 0 555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 55555 33 2 0 22 22 2 7777777777 2 4444 4 4444 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999 2 33 66 444 5555 1 2 55 2 33
lowQualScore : . . . ..... . . ....... ..................... . ....... . ... ................................................ . .. . .. .. .. ... ... ....... ..... . .... . .... .... ...... ...... . . .... . . .. ..... .. .............. ... . ..... . . . . . ... ............................................................................ . . . . ...... . ............................................ ....... .. ...... . .. ... .............. ......... . ...... ......................................................... . . ..... .. . . .. .. . .......... . .... . .... .. .............................................................................. ....... . .. .. ... .... . . .. . ..
lowQualScore : 9 9 2 33333 1 1 8888888 777777777777777777777 9 2222222 6 333 222222222222222222222222222222222222222222222222 7 44 7 44 11 44 888 444 7777777 33333 7 7777 6 4444 4444 888888 777777 7 7 4444 9 4 66 55555 88 11111111111111 666 1 22222 1 1 9 3 2 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 5 4 999999 4 00000000000000000000000000000000000000000000 6666666 22 222222 4 66 333 77777777777777 666666666 8 777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 4 99999 66 1 4 99 99 1 6666666666 6 9999 2 7777 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 8 88 88 444 3333 9 7 11 7 22
consensus : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTT--TG--C--GTT--T--GTTT--TTT-T--T-AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GTA-T------T-TGT--T----T-AA-----TA---T---AA--------A--------ACA-------TTAAATACATC--A-----GAA-A--A--AA---T-----G----AAT--------TTACAAACAANT-GA-GAT--A-A----AA----T----T--GAT---C----A------AA-ATTT-A-A---T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
Reference ( family-909 ) : NACAATTTGTCGTTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--CA-G--TT---GCA-G--A-C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGGT-GCGC--C----TTT--TG--C--GTT--T--GTTT--TTT-T--T-AA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------CG-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-GTA-T------T-TGT--T----T-AA-----TA---T---AA--------A--------ACA-------TTAAATACATC--A-----GAA-A--A--AA---T-----G----AAT--------TTACAAACAANT-GA-GAT--A-A----AA----T----T--GAT---C----A------AA-ATTT-A-A---T-ATTT-TGC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------AC--TATTG---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-C---A--A---------CGA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTC-T--A-C-A-----TTT------NAGCAAATTATTTGTC-GATCGG-CAAA----TTATTTG-TCGTT-TTGG-TGATTTCC
gi|1 : -AT--TA-A--T--ACCATTG--ATGAT---A---T-------TT----A-G----CTT-G----T----TCAACACATT----CTTT------ATTAG-ATGA-TAT----AGGATGGT-AATT--T----TTA--TA--C---TT--T--ATTT--TTT-TTGT-AA-ATA-GAAACTTATTAATT---AGATTTGTTTG-----TTT---T----------TAAT---T-----T--A----G-----------AA---------A-AAAT-GTT-C------T-TGT--T----T-GA------A---T---AA--------GGGCCGTCCATA-------TTCAATATATA--A-----GGATA--A--AA---T-----T----AATATTCGAAATCAAAAATAACT-GA-GAT--A-A----AAG---T----T--TAT---C----A------AA-ATTT-A-AAT-C-ATTTGTACATGTAAAACAT-ATTGTTCGA--C--AAA-TT------AC--TTATG---GT-TTGGGACGC----ATATT--TGC-T---GT-G---------CAA------A------TAAT--T--------C--TGT-AATCCC-T--A---A------TT------CAATAGGTTTTTTATC-AATCAACCCCA----TTATTTGTTTTTT-TTAG-AGATTTCC
gi|10 : tctagtgaaatatccatttatttcaaagaatcttagcgctcgctttacattttAAATTGTCAAAT-GACAAATTATTTGT-CA-ATCAGCATATG-----------A---------AGT-TAAAGGA-------TTATTTCC---ATTTAAGCTTTTTC----T---GTG----T----C--TA-A--TT---AGA-G----C-AT--TA-A--T--ATTAATG--ATGGT---T---T-------T-----A-G----ATT-T----T----TCAAA-TATC----TTTT------ATTTG-AGGA-TGTG---GGGGTGGT-GTGT--C-----TT--TG-----ATT--T--ACTT--TTT-T-----A-ATG-GAAAAAAAATGA-C---A--------T------TTT---T----------T--T---C-----A--T----T-----------AA---------A-ATGT-GTA-TAAAAAAT-TAG--TGAGAT-AAG----TA---C---AGTC------A--------ACA-------CTAAACACAAC--AGGAT-GAA-A--A--AA---------A----AAA--------TTAC-AACAATT-GACGAT--A-A----CA----T----T--TAT---A----A------AA-ATTG-A-A---A-ATTT-CGT-----TAATAT-GTTG-TCGA--CTTAAATTT------AC--TATTG---ATATTGtgcacctggttataaat
gi|11 : aA-------TGACTTCT---TCTCAGGCA----A----T---G-C----T----CAATA-GATTT---ACA-T--A---AT--TA-A--TG-ATAATTGTAAT-AT---TAACT-------TT----A-TTTTCCTT-T----T----AC----TATT----TAGT------ATTTG-AGGA-TGT----GAGATGGT-GTGC--C----TTT--TGCTC--TTT--T--TTTT--TCT-T--T-TA-ATG-GAAACTTATTGA-C---A--------TT-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----T----------------------A-ATGT-GTA-T------T---T--T----C-AG-----GACCTC---AA--------A--------ACA-------TTGAGGA-------------AA-A--A--AA---T-----G----AA---------TTGTAAACAATTGGA-GTT--G-A----TA----T----T--GAT---C----A------AA-ATTT-G-A------------------AAA----ATCATTCAA--C--AAA-TA------AC--TGTAG---AT-TTAGACCTC----ATATT--TCT-T---GT-A---------CAG------C------AAAT--C--------T--TAT-AG--TC-C--C-C-C-----TGT------TGGCAAATAATTT----GATCTA-CAAA----TTAa
gi|12 : aGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGA----TGGATGAT-GCAC--G----CTT--TG--C--GTT--T---------------T-AA-ATGTG----TTTTT----------------CA-----TTT---T----------T--TCTCC-----T--G----T-----------AA---------A-ACAT-TTC-T------T-TTC--T----T-TA-----TA---TCTCGACATCT---A--------ACA-------TTGAAAA------G-----GAA-A--AC-AA---T-----T----AAT--------TTACAAACAAAT-CA-GATAAA-A----AA----T----T---AT---C----A------AC-ATGT-A-A---T-ATTT-TGT-----AAA--------ATCGA--C--AAA-GA------CA--TATTG---AT-TTATATTTC----GTATT--TAT-C---A--A---------GGA------CTTATCAAAATC-T--------CTAT-T-AG-GTCATTGA-T-A-----TTTATAGAACAGCAA--TCCTTGT----TTGG-TAAATCTGTTATTTA-TTGTT-TTGG-TGATCT
gi|13 : ATT--TAC-C---AG-A---------CAA------C------AATT--T--------G--T-A-AT-GTT-T--G-T-A-----GTT------CAACTCAGCATTTGTC-TATCGG-CAAA----TGATTTG-TTGTT-TTGT-ATATTTCCgtaca
gi|13 : ccaggtctaACAAATTGTTGTCT-GGTAAATT-----T-CA-A-------GTG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TGAATTCC---TTTCATGGA----A----A---ATCCAAGT----C--CA-G--TT---ACA----A-T-GT--TA-A--T--ATCATTG--ATAAT---T---T-------GG----A-G----CAT-T----T----ACAAAATGTT----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGAAT--T-GCGCTTC----TTT--TT--G--GTG--T--GTTT--TTT-T--A-AA-ACA-GTATCTTGTTAA-T---A--------TT-----TTT---T----------T--T---T-----T--C----T-----------AG---------A-Attcaagtgaaattttaagatgaattcctttcatggaaaatccaagtccagttacaatgttaatatcattgataatttggagcatttacaaaatgttctttatttggagatgtggaattgcgcttctttttggtgtgtttttttaaaacagtatcttgttaatattttttttttctagaa
gi|14 : ccaggtctaggaaatatacaaaacaacaaatcatttgccgatagacaaatgctgagttgaactacaaacattT-T----T----ACTAAAAGTC----CATT------ATTTG-AAGA-TGC----AAGATATT-GCAC--C----TTT--TG-------T--C--GTTT--TTT------AC-GTG-AAAACTTAATGG-C---A--------C--------T---T----------T--T---C-----T--GCA--T-----------AA---------AGACAT-GCAAT------T-TGT----------G-----TC---T---G-------------------CA-------TCAAATACATC--A-----GAA-A--A--AA---T-----G----AAT--------TTATAAACAACT-GC-GAT--A--------------------------C----A------A---------------ACTT-TGC-----AAA------CG---------------A------AT--TATTG---AT-TTTGACATC----ATATT--TGTAA---A--A---------CGA------C------AAATA-T--------C------AT-CCC------C-C-----GTT------CAACACATTATTTATT-GGT
gi|15 : TTGTTC-AACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTTAAGA-------TTTTTTCA---ATTTAAGAA----A----T---TTC----C----A--CATA--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--TTTATCA--ATAAT---T---C-------TA----A-G----CTT-T----T----ATAAAATTTT----CTTT------ATTTG-TGGA-TGTCACAGGGATGTT-GCAT--T----ATT--TG--A--G----------C--TTT-T--G-AA-ATG-GAAACTAAAAGA-C---A--------TG-----TTT---T----------T--T---gattttatagac
gi|16 : atgattaaccataaacaggtctaagaattcagcgtatgacaaatcataacACAATTTTTGGTTT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAAA-------TGATATCC---TTTTCAGGA----ATTTCT---GTG----T----T--CA-G--TT---G-G-G--A-C-AT--TA-T--T--TTTAGTG--ATGACA--T---A-------TA----A-A----ATT-T----T----ACAAAAAGTC------TT------ATTTG-AGGA-TGT----GGATTAGT-GCAC--CTCAATTT--TG--C--TTT--T--ATCTTATTT-T--T-CA-ATT-GAAACTCATt
gi|17 : tctaggttatccacaaaacaataaaattatttactgcaaattttTGCATC--A-----GCA-A--A--CA---T-----ATTTTAAT--------TTT--AACAATT-GT-GAT--A-A----AA----AAAAAT--GAT--------A------AA-ATTC-ACA---T-ATTT-TGC-----AAATCT-GTCTATCAA--C--AAA-TA------AC--TTTTG---ATATTGAAAA-C----ATATT--TGC-C---ATTA----------GA------C------AAAT--T--------A--TGTGAT-CTC-T----C-A-----TTT------TAATAAATTATTTGTC-AATCGA-TATA----ATATTTG-TTCTT-TAGA-TAACTTCC
gi|18 : atcagtATGTC----CTTT------ATATG-AG-------------ATGGT-GCGT--C----TTT--T------------------------T--T-CA-ATG-GAAAGTTATTGA-C---A---------A-----TTT---T----------T--------------------------------AA---------T-ATAT-TTA-TAAT---TATGT--T----T-A---------------------------------------------TAAATACATC--AAGG--GAA-A--A--TA---TT----G----AAA--------TTATTAATAAGT-GA-GAT--ACA----AA----T----TTGAATATAC----ATATATTAA-ATTT-A-AA--T-ATTT-TGC-----AATTTT-TTTGTTCGA--C--AAA-TACATGTTAA--TATTA---AT-TGGGACCCC----ATATT--TGtagacctgttaaaataata
gi|19 : gACAATTTTTCGTTC-AATAAATT-----T-CG-A-------ACG-----------G---------GATATTTAAA---------TAATACG---TTTTAAGAA----A----T---CTC----CACGCC--CA-A--CT---GTA-T----T-AT--TA-A--T--ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----G-G----CGT-T----T----ACAAAATGTA----TGTT------ATTTG-AAGG-TGT----TGGATGGTGGTGT--CA---CAT--TG--CCATTT--T--ATTT--GTT-T--T---------CAACCTATAAA-C---A--------CG-----ATT---T-----------------------T--G----T-----------AA---------A-A-AT-GTA-T------T-TGT--T----T-
gi|2 : gaatgtgATAATTTGTCAAAT-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------ATT-TTTGATA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTC----T----C--TA-G--TT---GCA-G--A-T-TT--TA-A-----ATCATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-A----CAT-T----T----ACAAAGTGTT----TTTT------ATTTG-AGGA-TGT----GGGATGAT-GTGC--C----TTT--TG--T--GTTGTT--GTTT--TTT-T--TTAA-ATG-GAAACTTGTTAA-C---A--------TG-----TTT---T----------G--T---C-----T--G----T-----------CA---------A-ATAT-GTA-T------T-TGT--T----T-AA-----TAA--T---AA--------A--------AGA-------TTAAACACATC--AAAATAGAA-A--AGAAA---T-----G----AAT--------TTACAAAGAAAT-AA-GAT--A-ACAAAAA----T----A--GATAC-CGGTAA------AA-GTTC-A-A---TTATTT-TGT-----AAATTT-GTTGTTCAA--C--AAA-TC------CC--TATTA---AT-TTGGACCTC----ATATT--TGT-T---A--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T-T-AG-CTA-T--A-C-A-----TTT------AAGCAAATAATTTGTC-GATCAA-CAAA----TTATTTG-TGGTT-TTGG-TCATT
gi|20 : tTT------CAATAAATTATCTGTC-AACTAG-CAAA----TAATACT-TCATT-TTGG-AGATTTTCgtcattt
gi|20 : gacctaATAATTTATTGAAT-GACAAATT-----T-TATA-------ATGCCGCATTCAACA---------AAT-TTCAA-A-------TTATTTTC---TTGTTAGAATTGTA----T---GCG----T----C--CT-G--TT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--ATAGCTG--ATGAT---T---T-------T-----A-A----CTT-T----T----ACAAAATGTC----TTTC------ATTTG--GGA----------GATGGT-ACAC--C----TTT--TG--tgacaaattttataatgccgcattcaacaaatttcaaattattttcttgttagaattgtatgcgtcctgttgcagcattaatatagctgatgattttaacttttacaaaatgtctttcatttgggagatggtacaccttttg
gi|21 : gacctagaaaatctccaaaatgaagtattatttgctagttgacagCAAAGTATTTGTC-AATCAG-TAAG----TAATAAG-TTGTT-TTGT-GGATTCCC
gi|22 : tgactgggtcaaAATTT-TCGT-C-GATAAAAT-----T--------------G-----------A---------AGT-TTTA-GA-------TAATACCA---ATTTAGGAACGT-G----T---GCG----T----C--CA-G-------GCA----A-C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAA---T---T-------T-----G-G----CGC-T----T----ACAAAAAGTC----CTTT------ATTGG-AGGATTGT----GGAATaactaagtattttatattttattgttcaacaaatttcaaaggaaataacttctgttaaaggaatttaagcttccagttttacttttattatatgctttattattacatgtatatgtattattacaaaa
gi|23 : tctacaggtcttggaaatcaccgaaactatttcccgagtgacaaataaattatgACAAATT-TTGTTT-GATAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TGTAAGA-------TTTTTTTC---TTTTAAAAA----AG---T---GTC----C----A--CA-C--CT-----A-G----T-AT--TA-A--T--ATTGTAA--GTGAT---T---T-------TA----G-G----CTT-T----T----ACAAAATGT
gi|24 : aacaacaaattatttgctgatcaaactacaatgttaATAATTTGTCAAAC-GACAATTT-----T----A-------ATG-----------ACAGACTTCAGAG-TTTAACAAAAAAACTTTTTTCC---ATTAACGAA----A----TTCGGCA----T----C--CA-G--------CATA--A-C-AT--TG-A--T--ATGACTG--ATGAT---T---T-------T-----A-G----CTT-T----T----ACAAAACGTT----TTTa
gi|25 : atcgacaaTA-T------T-TGT--T----T-AAACGTCTA---C---CAGC------A--------ACA-------TTAAACACATC--A-----GAA-AC-A--AA---TATTT-G----AAT--------TTACAAACAA-------------------A----C----T--GAT-------------------TTT----------TTT-CGC-----AATTTT-GTCCTTTTG--C--AAA-TA------CA--TATTC---AT-TTTGAACTC----ATATcta
gi|26 : AATTTATCATTC-GGCCAATT-----T-CG-A-------ATT-----------A---------ATA-TTTAAAA-------TAAGTTCC---TTTTAAGAA----A----T---GTCCTCAT----C--CA-G--T-----CA-T--ATC-TT--TA-A--C--ATTATTG--ATTA----G---T-------TT----A-G----CTT-TTATAT----ACAAAAGGTG----GTTT------ATTTA-AGGC-TGT----GGGATccacctcaaaatgca
gi|27 : TT-----T-CA-A-------ATT-----------G---------AAT-TTTTAGA-------TTAGTTCG---TTTTAAGAA----A----T---GTCCACGT----C--CA-A--TG---TCA-G----T-TT--CA-A--TCCAGTTTCA--ATGATGCGT---C-------TT----A-A----CTT-T----T----ATAAACTATTGTTGTTTT------ATTTT-TGGA-TGT----GGGATGGT-TTAC--C----ATT--T
gi|28 : -TGC-----AAATGT-GTTGTTATATTC--AAA-TA------AC--TGTAA---AT-TTGGACCTC----ATATC--TAT-CG--A--A---------CAA------C------AAAT--T--------CTGT-T-AC-CCC-T----C-A-----TT----------CAA--TA-----C-G--------------TTATTTA-T--TT-TTGG-TGATTTCC
gi|29 : tcattactagttggagcttataTC-GACAAATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTCC---ATTTTAGAA----A----T------------------------TT---GAA-GAAA-C-ATAATA-A--T--GTTATTG--ATGCT---T---T-------TT----A-G----CTTGT----T----TTAACATGCA----TTTT------ATTTG-AGAA-TGtaca
gi|3 : atatgcggaataattgTT-T----T----ACAA--TTTC----TTTTTTA---ATTTGTAA-----T----GAGAGGGT-GCGC--C----GTT--TG--C--ATT--T--ATTT-----------AAGATA-TAAA-TTATTGA-CTTGA--------CG-----TTT---TGTTGTTGTTGT--TG--T-----T--G----TTTTTCAATCAGGA---------A-ACAA-GTA-T------T-TGT--T----T-AA------A---T---GAGTACCATCA--------ACA-------TTAAATGCATC--A-------A-A--A--TA---TTATTTG----AAT--------TCTCAAACAAAT-GA-GAT--A-A----AAAAAAT----T--CAT---C----G------CG-TCTT-A-AA--T-AGTT-TAC-----AAATTT-GTCGTTCGA--C--AAG-GA------TCCATATCG---AT-TTTGACCTC----ATATT--TGT-C---A--AAT-------TG-------C------AAGTTGT--------A--T-T-AT-CTC-T--A---A-----TCT------AA-CAAAGTATGCGTC-TATCGA-CAAA----GTATTTG-TTGTG-TTAC-CGAT
gi|30 : taagatgcgttaaaaacatttaaacgaggtgattattaataaattgccaaatgtttatgtgttataaaTTT-GTCGTTCGA--C--AAA-TA------GC--TTTTATGCAT-TTGAACCTA----ATATT--TG--C---AGAA---------CGA------C------AAAT--T--------C--TAT-GA-TTC----A-C-C-----ATT------GAGCAAGTTATATGTC-GATCGG-CTAA----TAATTGG-ACTTTATTTG-TGATTTTCaacctagatctgttcaaagttata
gi|31 : ATAGTTTGCTGTTT-GATATATT-----T-CA-A-------ATG-----------A---------AA--------A-------TTATTTAA---GTTGATACA----A----T---TTC----T----CGACG-A--TTC--GCA------CTAT--TG-A--T--ATTATCG--ATAAC---C---T-------TTACAAA-A----CAT-T----T----GCAATATGTtag
gi|32 : ttgggctacaacttgTT-GCCGTTTGA--C--GAA-TG------AT--T--TG------TTGGACTTC----ATATT--TGA-C---A--ATTCATTAATCGA------C------AAAT--T--------
gi|32 : gaaaccaacaaaacaacaaactaaACAATTCATTAATC-GACAAATT-----TCCA-A-------ATG-----------G---------AAT-TTtccaaatggaatttctttcaaggaatt
gi|33 : gaaaccaacaaaacaacaaactaattgccgtttgacgaatgatttgttggacttcatatttgT--TTT-T--A-AA-ATG-GAAACGTAATGA-C---G--------TA-----TTT---T----------T--T---C-----T--G----G-----------AA---------A-ATGT-----T------T-TATCCT----T-AA------A---T---GAGGATCATCA--------ACG-------TTAGATACATctttcaaggaatt
gi|34 : tttaacacgttcc--------A--------ACA-------TTATATTTATT--A-----AAA-A--A--AA---T----------AAT--------TTGCAAACAATT-GA-GA---A-A----AA-----------------------A------AA-G----A-G---T-AATT-TGC-----AAATTT-GTTGTTC
gi|35 : ttgtataaatgaggaccatc----T---GCC----T----C--CA-G----------------C-AT--TA-A--T--GTTATTC--ATAAT---T---T-------TG----A-C----CTT-T----T----ACTAAATTCC----CTTT------ATTTG-GAGA-TGT----GGGATTGC-GTGC--
gi|4 : ttgaagaatttcATTTTTCCTTC-GACGAATT-----T-CA-A-------TTG-----------A---------AAA-ATTAAGA-------TAAATTCTTTATTTTAAAAA----A----T---GCCGACGT----C--CA-G--TT---GCA-G----C-AA--TATACCT--ATTACTG--ATGAT---T---T-------TT------G----TTT-T----T----ACAAAGTGTC----CTTT------ATAT--AGGA-T----------TGAT---------------------T--GTC--A--GTTT--TTGAT--G-GA-ATG-GAATTTTATTGG-T---C--------TA-----TTT---G----------T--T---C-----T--GCTTCT-----------GAAGAAAAAACA-ACAT-GCA-T------T-TGT---------------------T---AA--------A----------A-------TTAGGTCCATC--A------AT-ATTA--AA---T-----G----ACT--------TTACAAACAATT-AA-GATC-C-A----AA----G----T--GAT---C--------------ATTT-------T--TTC-TTC-----AAATTT-GTCGTT-AA--G--AGA-TA------A-----------AC-TTGAAATTG----ATGTT--TGC-C----------------CG------------------------------------------------C-A-----TTT------AA-CTTATTACTTGTC-AATCGG-CACA----TGATTTG-TCCTT-TTGG-TGATTTCgt
gi|5 : tccaagtttccacaaaacaacaaattatatgccgggctacaaaatttgtgttatgAT-TTTAAGA-------TAATTTCC---TTTTAAGAA----C----T---GTCCTTGT----C--CA-A--GT---GCA-G----C-AT--TA-A--T--GTTATTG--ATGAT---T---T-------TT----A-G-----TA-T----T----AT-AAATGT----------------TTGG-AGCA-TGT----AGGATGAT-GCAC--C----TTTTATG--C--ATT--A--G-TT--TTT-T--T-AA-ATG-GAAACTTATT------------------------------------------------------------------------------------A-ATATAGTA-T------T-TGT--T----T-AA------A---TG--AA--------G--------ACACGCAACTTTAAACATATC--A-----GAA-A--G-------------G----AA-----------AAAAATCACT----------------CA----T----T--GA----C----A------ACTATTT-A-AAGGT-GCTT-TGC-----AAATTT-GTCATTCAT--C--AAA-TA------AC--TCATG---AT-TTGAACCTC----ATATT--TAT-TAAAA--A---------CAA------C------AAAT--T--------C--T----A-CTT-T--ATT-G-----TTT------TAGCAAATTATTTGTT-AATCGA-CAAG----TTGTTTG-TTGTT-TCAG-TGATTGCCa
gi|6 : attggccaaatcaggtcaggacatccacttaatcatacatt-----------A---------AAT-TTTAAGA-------TTATTTTC---TTTTAAGAA----A----T---ATC------------CA-C--TTTCAGCA-G--A---AT--TA-A--A--GTTATTG--ATGTT---TAT-T-------TT----G-G----CTT-T----T----CCAAAATGTG----TTTT------CTTT-------TCC--------TGGT-ACAC--C----TTT--CA--C--ACT--TTCATTT--TTT-T--T-TT-CTC-CAAA--TACTGA-C---A--------CA-----TTT---T----------T--T---CTCTCAT--G----T------------A---------A-GTAA-GTA-T------T-TGT--T----TAAA-----TC---T---AG--------A--------CAA-------TTAAATGCGTC--A-----TAA-A--G--GA---------------------------------------A-GAT--A-A----AA----T----T--GGT---C----A------GA-ATTTCA-A---T-ATTT-CAC-----AAAATT-GTCATCCAA--C--AAA-AA------AC--TATTC---AT-TTGATCTTC----ATA-----G------A--A---------CGA------C------AAAT--TTCATGATCC--C-T-CG-TTC-A--G-T-AGTGATTTT------GGGC--ATT-TTTATTGGATTGA-CAAT----TTATTTG-TCATT-TTAATTGATTTCtaga
gi|7 : aaatttacaggaaaacaacaaaacaaACAATCTGTTGTTTTGACAA-TT-----C-TA-A-------ATG-----------A---------AAA-TTTAAGA-------CAATT----------AAGGA----A----T---TTC----TGTGTT--CA-A--TT---ACG------C-AT--TA-A--T--ATTATTG--ATAAT---T---T-------TC----A-G----TCT-T----T----ACAAAATATG----CTTT------ATGTA-AGGA-AAG----GGGATGGT-GTGC--C----ATT--TG--C--ACT--T--TCTC--GTT-T--T-GA-TTG-GAAATTTATTAA-C---A--------TA-----TAT---T----------T--T---T-----TAAG----G-----------AA---------A-ATAT-GTA-T------A-TGT--T----T-AA------A---T---GAGGACCATCG--------ATA-------TGAAATACATCCAA-----CAA-A--A--AAATTT-----G----AAT--------TTACAAGCAAAT-GA-AGTA-A-A----AA----T----T--G----------A------AA-ATTT-A-A-----A----TGC-----A----T-GTATTTTG----------TA------AA--TGTT----------GACCTC----ATACT--TGT-C---A--AG--------TGA------T------GAAT--T--------C--T-A-TG-TTC-C--A----------TC------GTGCAA------------------CCAA----TTGTTTG-TCATT-TTGC-TGGTTTCCgtag
gi|8 : aacttcaaattttACAATTTGTCATTG-GACAAATT-----T-------------------------------------------AAAA-------TTATTTCC---TTTTAAGAA----A----T---ATCAGCAT----C--CA-G--TT---ACA-G----C-AT--TA-A--T----TATTG--ATAAT---T---TATTACTTTT----A-A----TTT-T----TTTTTACAAATTATC----TTTT------ATTTC-TGGA-TGT----GGGATGAT-ACAC--C----TTT--TG--A--G-T--T--GTTT--GTT-A--T-AA-ATG-GAAACTTATTAA-A---A--------CGTTGTTTTT---T----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-ATAT-CCA--------T-TGT--T----TAAA-----TA---TGGCAATC------A--------ATA-------TT-AATACATC--A-----GAA-A--A--
gi|8 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattA--T--AAA--A------AC--TATAG---AT-TTGGACCTC----ATACT--TGT-CA--A--A---------CAA------C------AATT--T--------C--T-G-TG-ATC----A-CTA-----CTT------TGGCAAA-----TGTT--AT------AA----T--TTTG-TCATT-TTAG-AGATTTCCtaaaaactatagatttggacctcatacttgtcaaacaacaatttctgtgatcactactttggcaaatgttataattttgtcattttagagatttcct
gi|9 : ggcaaataatttgccaaacaacaaatattacaatttgtcattggacaaatttaaaattatttccttttaagaaatatcagcatccagttacagcattaattattgataatttattacttttaatttttttttacaaattatcttttatttctggatgtgggatgatacaccttttgagttgtttgttataaatggaaacttattaaaacgttgttttttttctgtaaaatatccattgtttaaatatggcaatcaatattaatacatcagaaaC-AACAAATT-----T-CA-A-------AC------------A---------AAT-TTTTAGA-------GTATTTCC---TTTTAGGAA----A----T---ATC----TGTGTC--CA-T--TT---G-A-C--G-C-CT--TA-A--T--ATCATTA--ATGAT---T---T-------TT----TTG----CTT-T----T----ACAGAATATC----TTTTTAATTTATTTA-AGGA-TGT----GGAATGGT-GCCC--T----TTT--TG--T--GTT--T--TTTC--CTT-T--TGAA-ATT-GAAGCTTA---A-C---A--------AA-----TTTTTCT----------T--T---C-----T--G----T-----------AA---------A-GAGG-GCA-A------T-C-------------------------------------A--------ACA-------TTAAACACGCC--A-----GGA-A--A--GA---G-----A----AAA--------TAACAAAC--------------------AA----T----T--GAT---C----T------TA-ATTT-A-AG--T-ACTT-AGA-----AAATTCGGTCATTCAA--T--AAA-TA------ACT-TAT------T-TTGGACCTCATTTATATTTCTGT-----A--A---------CGACACAACC------AAAT--T--------C--T-t