lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 222 2222222 22222222222222 5555555555555 1 666666666666666666666666666666666666666 2 1 444 33 1 1 6666666 1 111 1 33333 1 4 1 11 1 4 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 111111 1111111111111111111111 33
lowQualScore : 5 1 5 8 1 4 222 3333333 3 00000000000000 666 4444444444444 0 444444444444444444444444444444444444444 0 4 5 666 00 6 5 5 6 0000000 7 888 7 55555 7 0 66 5 2 99 5 0 6 6 6 6 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 6 55 666666 6 9999999999999999999999 22
lowQualScore : . . . . . . ... ....... . .............. ... ............. . ....................................... . . . ... .. . . . . ....... . ... . ..... . . .. . . .. . . . . . . .. ................................................................................................................................................................................................ . . .. ...... . ...................... ..
lowQualScore : 0 4 7 6 9 2 666 3333333 6 99999999999999 444 3333333333333 8 888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 000 00 0 0 0 0 0000000 0 000 0 00000 0 0 00 5 5 55 0 0 0 0 0 0 00 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 0 00 222222 0 0000000000000000000000 00
consensus : TACAAGATACA-AA-TT-TTATTTA-T-AGTCGGCATTGAGA--TA-TA------AC------ACAATAAAC---ATTA-----GCT--G-ATAGCTATTGACC----GATAT--AATTGATATGAANNAGCAAGTTGAAT-CTAAGTACNAATCATTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAANNAAGCAANTTATATANATGGAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAA-AAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTA--CTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAAATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCAATCTTCTCAGATGCA-AT-AAAA-ATTACAAACGACA-A--T----TAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT--AACA----AAGACTAAAACTATAGAAGTATTAGCGAAAGCACATAGACACATTGC
Reference ( gi|1 ) : TACACGATACA-AA-TTGTTATCTA-A-AGTCGGCATTGAG---TA-TA------AT------ACAATAAAC---ATTA-----GC-----ATATCTATTGACC----TACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTGAACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAA-TGACATAACAATAGAATGACAAAA----TGTAAAGTACTAAGTGG--AAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGATA-A--T----TAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAATTAAACA----AGGACCA------------CGTTAGGGTTAGCACAGTGACACATTGC
gi|14 : TACAAGATACA----TT-TTATCTATATAGTTGGCATTAGG---TA-TA------CTTGTAGCACAATAAAC---ATTG-----GC------TATGTAT
gi|16 : ACAAGATACA-AA-TATTTATTTA-A-AGTCGGCATGAAT---TA-TA------AC------TCAATAAAC---ATAA-----A----------CTATTGGCC----GACAT--Aaact
gi|15 : CAAGATACACAA-TT--TAATTA-A-AGTCGGTAGCAAG---CG-TA------AT------ACATTAAACATAATTAT----GT-----ATAGCTATTGGCC----t
gi|8 : GATACACAA-TT-TTATTTA-T-AATCGGC-TTGAGATATA-TA------AC------ACAATAAAC---ATTA-----GCTATGTATAGTTGTTGACCCCAATATTT--A-----TATGAATAAGCAAGTT-----CTAAGTACAAATCAa
gi|12 : aaGATACA-AAATTGT-ATTTATATAGTCGTCAT-GAGA--TA-TA------GC------TCAATAAGC---ATTA-----GCTATGTATAGCTATTGAC
gi|11 : aATA-A-AA-TTGT-ATTTA-T-AGTCGGCAT-GAG----A-TA------AC------ACAATAAAC---ATAA-----GCTATGTATAGCTATTGACtg
gi|21 : aaaatATACA-AA-ATTTTATTCA-T-AGTCAGCA-TGAGA--TA-TA------AC------GCAA-AAAC---ATTA-----GC------TATaaaca
gi|18 : TATTTA-T-AGTCGGTAT-GAGA--CA-TA------AC------ACAATAAAC---ACTAGGTATGT-----ATAGCTATTAACC----tg
gi|20 : TATTTA-T-AGTCGGTAT-GAGA--CA-TA------AC------ACAATAAAC---ACTAGGTATGT-----ATAGCTATTAAgata
gi|19 : TA-T-AGTTGGCATTAGG---TA-TACTAGTAAC------ACAATAAAC---ATTA-----GCTATGTATAACTATTGAg
gi|2 : GTCGGCAT-AAC---TACTA------CC------ACAA-AAAC---ATTA-----GCT----ATAGATATTGACC----AATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAac
gi|3 : gAACAAGCAACTTATATACATGGAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAA-AAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTA--CTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAAATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCAAT-----------------AAAACG--ATCACAGGCA-A--TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAATAAAATATATTGAGACTAAAACTATAGAAGTATTAGCGAAAGCACATAGACACATTGCgaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|5 : acCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAA---TTGTTACAGACA-A--TAT--TAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAAT---ACA----Aaattaaccatgatacaatttaa
gi|6 : agagtaaaaacaaacactgctgtgttagaaatgcctaaaaataaacccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAATAGA--T----TAAGACTAATTAATGATTACATAGATAC-ACTAAATA----ttcatagagactaaaactagaaccataaaaaggtacacgacat
gi|2 : ATTACAAACAATA----T----AAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT--AACA----tatatagagagatggattgaaactataagcatattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|7 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgATTACAAACAATA----T----AAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT--AACA----
gi|4 : caatcaaatgGACA-AGTT----TAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAAT---ACA----Atacatagaaactaaaaccagaaccataataagatacacgatatatgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : aatactgagagtaaaaacaaacactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A--T----TACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAATtatatagagactaaaactagaaccataataaggtacacgacatatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGACACACCATTTTATTTATAGGCAGTTTCATATATAAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
Unaligned ( gi|13 ): CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCATGAGATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11 1111 5555 222222222 444444444444 2 1 2 11 1 22 11 1 22 1 1 222 11 11 2222222 1 222 111 111 33333 2222 111111 5555555555555555555555 111111 11 444444444 11
lowQualScore : 666 6 4 4 44 222222 22 00 5555 33 555 3333 44 444444444 3 22 444444444444 3 1 7 2 5 55 3 2 0 99 4 4 77 4 5 88 1 1 88 7 3 999 0 2 77 5 5 4 555 2 3 111 77 4 33 4444444 2 0 333 2 222 3 6 222 99999 1 3 6666 1 444444 66 2222222222222222222222 999999 66 88 1 555555555 77 0
lowQualScore : ... . . . .. ...... .. .. .... .. ... .... .. ......... . .. ............ . . . . . .. . . . .. . . .. . . .. . . .. . . ... . . .. . . . ... . . ... .. . .. ....... . . ... . ... . . ... ..... . . .... . ...... .. ...................... ...... .. .. . ......... .. .
lowQualScore : 222 0 0 0 22 111111 88 88 0000 99 000 9999 66 777777777 7 00 333333333333 3 0 3 5 0 00 0 5 0 55 0 0 00 0 0 00 0 0 33 3 3 333 7 5 55 0 5 0 000 5 0 000 55 2 88 7777777 0 7 333 3 777 7 7 222 33333 4 7 2222 1 444444 99 5555555555555555555555 222222 88 88 4 888888888 66 2
consensus : TACAAGATACA-A-AAT-T-TTATT--TATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAAC---ATTAGCTATGTATAGCTATTGA--CCGACAT--AATTGATATNAATTAGCA-GTTGAAT--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAA--AAGCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTG--CTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATN--AAATGA--TTACAGACAATA-A--TTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCA------AT--A------AC------A------GAGA------CTAAAACTATAGAANCATTA-G-NA----AAGCACACAGACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACA-A-A-T-T-TTATT--TATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAAC---ATTAGCTG---ATAGCTATTGA--CCGATAT--AATTGATATGAANNAGCAAGTTGAATC-TAAGTACNAATCATTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAANNAAGCAANTTATATANATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTA--CTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCAATCTTCTCAGATGCA-ATA--AAA--A--TTACAAACGACA-A--TTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCA------AT--A------AC------A------AAGA------CTAAAACTATAGAAGTATTA-GCGA----AAGCACATAGACACATTGC
gi|1 : TACACGATACA-A-A-T-TGTTATC--TAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAAC---ATTAGC-----ATATCTATTGA--CCTACAT--AACAGCTATCAATTAGCA-GTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGG--AAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATA--AAA--ACATTATCACCGATA-A--TTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCA------ATTAA------AC------A------AGGA------CCA------------CGTTA-GGGT----TAGCACAGTGACACATTGC
gi|10 : AGACACA-CCA-T-T-TTATT--TATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAAC---TTTAGCTATATATAGCTATTGA--CAGACA
gi|11 : AAAATATA-A-AAT-T-GTATT--TATA------GTCGGCA-TGAG---A----T--AACACAATAAAC---ATAAGCTATGTATAGCTATTGA--C
gi|12 : AGATACA-A-AAT-T-GTATT--TATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGC---ATTAGCTATGTATAGCTATTGA--CTGaaaca
gi|13 : CAAGATACA-A-AAT-T-TTATT--TATATTTTTTATCGGCA-TGAG-ATA-------AACAC--TAACT---AT--GC-----ACAGCTAATGA--CAGACA
gi|14 : TACAAGATAC----A-T-T-TTATCTATATA------GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAAC---ATTGGCTc
gi|15 : CAAGATACA-C-A-A-T-TTAAT--TAAA------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACATAATTA--TGT--ATAGCTATTGG--CCatgtataact
gi|16 : ACAAGATACA-A-A-TAT-TTATT--TAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAAC---A-TA---------AACTATTGG--CCGACAT--Aa
gi|18 : TATT--TATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAAC---ACTAGGTATGTATAGCTATTAA--CCGATAt
gi|19 : --TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAAC---ATTAGCTATGTATAACTATTGA--
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAAC---ATTAGCT----ATAGATATTGA--CCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAA-CAAGCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATC--AAATGA--TTACAAACAATA----TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCA------AT--A------AC------A------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATT--TATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAAC---ACTAGGTATGTATAGCTATTAA--
gi|21 : ATACA-A-AAT-T-TTATT--CATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAAC---ATTAGCTg
gi|3 : ACAAC-AAGCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTA--CTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATA--AAACGA--TCACAGGCAATATA--ATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCA------AT--A------AA------ATATATTGAGA------CTAAAACTATAGAAGTATTA-GCGA----AAGCACATAGACACATTGCattg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTG--CTaattaaccatgatacaatttaa
gi|4 : GACA-AGTTTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCA------AT--ACAATATAT------A------GAGA------CTAAAAC--TAGAACCATAA---TA----AGGTACAC-GACATATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaagtttaagacaaatcagtgaccacatagatgcaatacaatatatagagactaaaactagaaccataataaggtacacgacatatt
gi|5 : aatactgagagtaaaaacaaacactgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGAGTAAAAACAAACACTG--CTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATC--AAATTG--TTACAGACAATA----TTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCA------AT--ACAATTCAT------A------GAGA------CTAAAAC--TAGAACCATAA---AA----AGGTACAC-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAG--A--TCACAGACAATAGA--TTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACTAAATAT--AT-----AT------A------GAGAGATGGATTGAAACTATAAGCATATTATATTAAGTTAAGCATATAGCCAAATTGCt
gi|7 : CA-ATC--AAATGA--TTACAAACAATA----TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCA------AT--A------ACATACATA------GAAA------CTAAAACCAacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACA-A-T-T-TTATT--TATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAAC---ATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAATAT----TT-ATATGAATAAGCAAGT----TC-TAAGTACAAATCAgaaccataataagatacacgatatatgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : -A--TTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCA------AT--A------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11111111111 111 22 333333 1 1 1 11 1 22222 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 222 1111 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333 1
lowQualScore : 3 666666 22 55555555555 777 7 1 00 333333 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 77777 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 2 5 666 1 0000 66 88888888888888888888888888888 111111111111111111111111 9 1
lowQualScore : . ...... .. ........... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . ..... .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . ... . .... .. ............................. ........................ . .
lowQualScore : 1 111111 88 66666666666 000 3 0 00 000000 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 00000 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 444 1 6666 99 11111111111111111111111111111 333333333333333333333333 8 4
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA--GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGC----AAT--A-A----AC------A------GA------GACTAAAAC--TAGAACCATT------AG-NA-AGGCACAC-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAT--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAA-AA--GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAATGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGC----AAT--A------AC------A------GA------GACTAAAACTATAGAANCATT------AG-NA-AAGCACACAGACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAA-AAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGC----AATTAA------AC------A------AG------GACCA------------CGTT------AG-GGTTAGCACAGTGACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAG-ATA--------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCA-TGAG-----------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA--GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGC----AAT--A------AC------A------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAA
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA--GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGC----AAT--A------AA------ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTATT------AGCGA-AAGCACATAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGC----AAT--ACAATATAT------A------GA------GACTAAAAC--TAGAACCA-T------AA-TA-AGGTACAC-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-T--ATTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGC----AAT--ACAATTCAT------A------GA------GACTAAAAC--TAGAACCA-T------AA-AA-AGGTACAC-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACTAAAT--ATAT---AT------A------GAGAGATGGATTGAAACTATAAGCATATTATATTAAG-TT-AAGCATATAGCCAAATTGCt
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGC----AAT--A------ACATACATA------GA------AACTAAAAC--CAGAACCA-T------AA-TA-AGATACAC-GATATATacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGC----AAT--A------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11111111111 111 22 222222 1 1 1 11 1 1 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 222 66666666 1111 111111 111 111111111 111
lowQualScore : 3 666666 22 55555555555 777 7 1 00 999999 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 3 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 1 5 666 1 5 5 11111111 3 2222 666666 111 0 0 999999999 1 111
lowQualScore : . ...... .. ........... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . . .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . ... . . . ........ . .... ...... ... . . ......... . ...
lowQualScore : 1 111111 88 66666666666 000 3 0 00 333333 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 3 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 444 1 0 0 66666666 7 1111 444444 444 7 7 555555555 0 111
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAA-T-A-AA-----ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCATTAA-NA--AGGCACA-C-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAA-T-A-A------ACA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCATTAG-NA--AGGCACA-C-GACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAATT-A-A------ACA----AG------GACCA------------CGTTAG-GGTTA-GCACAGT-GACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAG-ATA--------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCA-TGAG-----------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAA-T-A-A------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAAca
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA-GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAA-TAA-A------ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTATTAGCGA--AAGCACA-TAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAA-T-ACAATAT--ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCA-TAA-TA--AGGTACA-C-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-T--ATTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAA-T-ACAATTC--ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCA-TAA-AA--AGGTACA-C-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACAC-T-A-AATATATATA----GAGAGATGGATTGAAAC--TATAAGCATt
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAA-T-A-ACATAC-ATA----GA------AACTAAAAC--CAGAACCA-TAA-TA--AGATACA-C-GATATATattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAA-T-A-AGATGT-ATA----GA------G---AAAAC-----AAC--TT----G--AGGCACA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11111111111 111 22 222222 1 1 1 11 1 1 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 22 1 55555 1111 111111 2222 111 111
lowQualScore : 3 666666 22 55555555555 777 7 1 00 999999 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 3 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 1 5 77 1 0 5 66666 2222 666666 0 77 44 4444 111 1 0 111
lowQualScore : . ...... .. ........... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . . .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . .. . . . ..... .... ...... . .. .. .... ... . . ...
lowQualScore : 1 111111 88 66666666666 000 3 0 00 333333 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 3 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 44 1 0 0 44444 1111 444444 1 99 44 1111 777 0 7 333
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAATA-A-ATAC--ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACA-C-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAATA-A-A-----ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCAT---TAA-NAAGGCACA-C-GACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAATT-A-A-----ACA----AG------GACC-ACGT--TAGG---GT---TA------GCACAGT-GACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAG-ATA--------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCA-TGAG-----------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAATA-A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAAca
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA-GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAATA-A-A-----ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTAT---TAGCGAAAGCACA-TAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAATACA-ATAT--ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-TAAGGTACA-C-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-TA--TTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAATACA-ATTC--ATA----GA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-AAAGGTACA-C-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACTA-A-ATATATATA----GAGAGATGGATTGAAAC--TATAAGCAT---t
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAATA-ACATAC--ATA----GA------AACTAAAAC--CAGAACCA----TAA-TAAGATACA-C-GATATATattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAATA-A-GATGT-ATA----GA------GAAAACAAC--TTGAGGCACATATAA-AAACGTATA-T-GCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11111111111 111 22 222222 1 1 1 11 1 1 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 222 1111 111111 2222
lowQualScore : 3 666666 22 55555555555 777 7 1 00 999999 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 3 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 1 5 666 1 5 7777 666666 0 77 33 4444 77 6
lowQualScore : . ...... .. ........... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . . .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . ... . . .... ...... . .. .. .... .. .
lowQualScore : 1 111111 88 66666666666 000 3 0 00 333333 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 3 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 444 1 0 9999 444444 1 99 11 1111 77 7
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-A-A--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-A-A--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAAT-T-A--A-ACA-AG-------GACC-ACGT--TAGG---GT---TAG-CACAGT-----GACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAG-ATA--------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCA-TGAG-----------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT-A-A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAAca
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA-GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAATAA-A--ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTAT---TAGCGAAAGCACATAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAAT-ACA--ATATATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-TAAGGTACAC-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-T--ATTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAAT-ACA--ATTCATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-AAAGGTACAC-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACT-A-AATATATATAGAGAGATGGATTGAAAC--TATAAGCAT---t
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT-A-AC-ATACATAGA------AACTAAAAC--CAGAACCA----TAA-TAAGATACAC-GATATATattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAAT-A-AG-ATGTATAGA------GAAAACAAC--TTGAGGCACATATAA-AAACGTATAT-GCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11111111111 111 22 222222 1 1 1 11 1 1 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 222 1111 111111 2222
lowQualScore : 3 666666 22 55555555555 777 7 1 00 999999 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 3 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 1 5 666 1 5 7777 666666 0 77 33 4444 77 6
lowQualScore : . ...... .. ........... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . . .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . ... . . .... ...... . .. .. .... .. .
lowQualScore : 1 111111 88 66666666666 000 3 0 00 333333 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 3 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 444 1 0 9999 444444 1 99 11 1111 77 7
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-A-A--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-A-A--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG--TA----T--AATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAAT-T-A--A-ACA-AG-------GACC-ACGT--TAGG---GT---TAG-CACAGT-----GACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGT-TTCAT-ATA----T--AAGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAG-ATA--------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAG-ATA----T--AGCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCA-TGAG-----------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCATTAGGTATACTTGT--AGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAGCAAG--CG----T--AATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCA-TGAA-TTA----T--AACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCATTAGGTATACTAGT--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT--AA-CTAC---T--ACCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT-A-A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAG-ACA----T--AACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAAca
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCA-TGAG-ATA----T--AACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA-GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAATAA-A--ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTAT---TAGCGAAAGCACATAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAAT-ACA--ATATATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-TAAGGTACAC-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-T--ATTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAAT-ACA--ATTCATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-AAAGGTACAC-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACT-A-AATATATATAGAGAGATGGATTGAAAC--TATAAGCAT---t
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAAT-A-AC-ATACATAGA------AACTAAAAC--CAGAACCA----TAA-TAAGATACAC-GATATATattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGC-TTGAG-ATA----TATAACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAAT-A-AG-ATGTATAGA------GAAAACAAC--TTGAGGCACATATAA-AAACGTATAT-GCCA
blockSeqs : C TTTTTT TT TATACTTGT TTA T A CA GAAT G A C G GC A C . AA T A TA A G . AA T . TGG G . G T T A T C A GAT G T ATAATCA C T TAA A NNN N . C T G ATA C A AAT GAGATG TA AG CATA CG A
blockSeqs : A TA TT TATACTAGT A . G . C . . . . . . . T T TNN N N . N NCA C . A C . AGA T . CA . . AC T T .
blockSeqs : A TA GC ATATAT . T . T A . . C . . . N N . GTA C . CA . . AC T A .
blockSeqs : A . TT CTACT . C T . A T . AC . . AG . T .
blockSeqs : C . TT ATAT . A A . A T . AG . . AC . A .
blockSeqs : A . T ATAT . C T . A C . A . . GG .
blockSeqs : A . T TTAT . . G . A
blockSeqs : C . T ACAT
blockSeqs : . . T ACAT
blockSeqs : . T ATAT
blockSeqs : . T ATA
blockSeqs : . T CGT
blockSeqs : . T .
blockSeqCons : T* ATAT******* AA* CG** AN T***
originalCons : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCATTGAG-ATA----T--AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-A-A--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
finalCons : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCAT-GAGATAT-------AACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TAA-TTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAAT-ACG--ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 111 22 222222 1 1 1 11 1 1 11 1 11 1 1 222 3333333 111 111 22 111 111111 2222
lowQualScore : 3 666666 2 6 2 33 666666 777 7 1 00 999999 3 7 1 5 22 1 1 5 66 1 1 22 1 5 3 88 7 3 999 1 88 5 5 1 2 1 1 1 111 1 3 1111111 1 8 777 1 000 3 0 5 1 1 5 77 1 999 2 666666 0 77 33 4444 77 6
lowQualScore : . ...... . . . .. ...... ... . . .. ...... . . . . .. . . . .. . . .. . . . .. . . ... . .. . . . . . . . ... . . ....... . . ... . ... . . . . . . .. . ... . ...... . .. .. .... .. .
lowQualScore : 1 111111 9 6 9 99 444444 000 3 0 00 333333 3 3 0 0 00 0 0 5 55 0 0 00 0 0 3 33 3 3 333 0 00 0 5 0 5 0 0 0 000 0 2 8888888 0 2 555 8 000 0 2 7 0 0 0 44 1 999 7 444444 1 99 11 1111 77 7
consensus : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCAT-GAGATA-T--A------ACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAATAAA-ATATATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
Reference ( family-9087 ) : TACAAGATACAAAATTTTATTTATA------GTCGGCAT-GAGATA-T--A------ACACAATAAACATTAGCTATGTATAGCTATTGACCGACAT--AATTGATATNAATTAGC-AGTTGAAN--TAA-TACAAATCATTNTGATGANNTTTTCACNTACANCAGCGACACAAATTACNATTGTANCTAAGCCACTGNATACGTNNACAACACAATNAAACGACAACAA-GCAAGTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAAAATAATNCTAAACTCGACGCAATTGGCNTAACGNTAGNATGANAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGNAAAAACAAACACTGCTGTGTATAATCAAGAANTGCTCTAAAAA---ACCCGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGCGCGATCTTCTCAGATGCA-ATNAAANGATTACAGACAA-TA-ATTAAGACAAATTAATGACCACATAGATGCAATACG-ATACATAGA------GACTAAAAC--TAGAANCAT---TAA-NAAGGTACAC-GACACATTGC
gi|1 : TACACGATACAAATTGTTATCTAAA------GTCGGCATTGAG-TA-T--A------ATACAATAAACATTAGC-----ATATCTATTGACCTACAT--AACAGCTATCAATTAGC-AGTTAAAAAATAA-TACAAATCATTAT-ATGACATTTTTACCTACAACAGCGACACAAATTACT-TTGTAACTAAGTTACTGTATACGTACACAACACAATTAAAC-ACAAAAAAGCAAGTTATATACTTG--AACTAATAATTGAGAAAATGATTTTAAACTTGAC-CAAT-GACATAACAATAGAATGACAAAA---TGTAAAGTACTAAGTGGAAACACAAACTAAGTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGATCTTTTCAGAT-CAGATAAAAACATTATCACCGA-TA-ATTAAGACAAATTAATGATCACATGGATGCAAT-----TAAACAAG------GACC-ACGT--TAGG---GT---TAG-CACAGT-----GACACATTGC
gi|10 : AGACACACCATTTTATTTATA------GGCAGTTT-CATATA-T--A------AGACAGACAACTTTAGCTATATATAGCTATTGACAGACA
gi|11 : AAAATATAAAATTGTATTTATA------GTCGGCAT-GAGATA-----------ACACAATAAACATAAGCTATGTATAGCTATTGACAAACA
gi|12 : AGATACAAAATTGTATTTATATA----GTCGTCAT-GAGATA-T--A------GCTCAATAAGCATTAGCTATGTATAGCTATTGACTG
gi|13 : CAAGATACAAAATTTTATTTATATTTTTTATCGGCAT-GAG-------------------ATAAACACTAACTATGCACAGCTAATGACAGACA
gi|14 : TACAAGATACA---TTTTATCTATATA----GTTGGCAT-TAGGTA-T--ACTTGTAGCACAATAAACATTGGCTATGTATAACTc
gi|15 : CAAGATACACAATTTAATTAA-A------GTCGGTAG-CAAGCG-T--A------ATACATTAAACAT-AATTATGTATAGCTATTGGCC
gi|16 : ACAAGATACAAATATTTATTTAAA------GTCGGCAT-GAATTA-T--A------ACTCAATAAACA-TA---------AACTATTGGCCGACAT--Aa
gi|18 : TATTTATA------GTCGGTAT-GAGACA-T--A------ACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAACCGATAt
gi|19 : TATA------GTTGGCAT-TAGGTA-T--ACTAGTAACACAATAAACATTAGCTATGTATAACTATTGA
gi|2 : ------GTCGGCAT-AAC-TACT--A------CCACAA-AAACATTAGCTAT----AGATATTGACCAATATTTAATTGA-ATAAAATAG---ATTGAAT--TAA-TACTAATC-TTCTGATGAGCTTTTCACATACACCAGTGACACAA-TTACAATTGTATCTAAACCACTGAATATATTAACAACACAATAAAACGACAACAA-GCAAGTTATATAGATGAAGAA-AA-AAC---AAAAATAATac
gi|2 : gGATGCA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgcaatcaaatgattacaaacaatataaaggcaaattaatgacaacatagatgcaataaca
gi|20 : ggtcggcataactactaccacaaaaacattagctatagatattgaccaatatttaattgaataaaatagattgaattaatactaatcttctgatgagcttttcacatacaccagtgacacaattacaattgtatctaaaccactgaatatattaacaacacaataaaacgacaacaagcaagttatatagatgaagaaaaaacaaaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTATA------GTCGGTAT-GAGACA-T--A------ACACAATAAACACTAGGTATGTATAGCTATTAAaca
gi|21 : ATACAAAATTTTATTCATA------GTCAGCAT-GAGATA-T--A------ACGCAA-AAACATTAGCTATg
gi|3 : ACAACAA-GCAACTTATATACATG--GAATAA-AACTGGGAGAATAATGCTAA--TCGATGCAATTGGCTTAAAGTTAGCATAAAAAAGGATTGTAAAATACTGAGAGGCAAAACAGACACTACTGTGTATAATCAAGAACTGTTCTAAAAA---ATCAGATTTGATGTGAACATATTAACATTATCTTCTCGGGC---------------GCA-ATAAAACGATCACAGGCAA-TATAATAAGACTAATTAATGATCACATAGATGCAATAAA-ATATATTGA------GACTAAAACTATAGAAGTAT---TAGCGAAAGCACATAGACACATTGCtg
gi|4 : AATACTGAGAGTAAAAACAAACACTGC---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNGACAAGT---TTAAGACAAATCAGTGACCACATAGATGCAATACA-ATATATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-TAAGGTACAC-GACATATTaattaaccatgatacaatttaa
gi|5 : AGAGTAAAAACAAACACTGCTGTGT----T--AGAAATGC-CTAAAAATAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCTTCTCAGATGCA-ATCAAATTGTTACAGACAA-TA--TTAAGACAAATCAATGATCAGATAGATGCAATACA-ATTCATAGA------GACTAAAAC--TAGAACCA----TAA-AAAGGTACAC-GACA
gi|6 : CAGATGCA-ATATAAAGATCACAGACAA-TAGATTAAGACTAATTAATGATTACATAGATACACTAAATATATATAGAGAGATGGATTGAAAC--TATAAGCAT---t
gi|7 : CA-ATCAAATGATTACAAACAA-TA--TAAAGGCAAATTAATGACAACATAGATGCAATAAC-ATACATAGA------AACTAAAAC--CAGAACCA----TAA-TAAGATACAC-GATATATattatattaagttaagcatatagccaaattgcacgtgactataaaataattcaaat
gi|8 : AAGATACACAATTTTATTTATA------ATCGGCTT-GAGATA-TATA------ACACAATAAACATTAGCTATGTATAGTTGTTGACCCCAAT---ATTTATATGAATAAGCAAGTT---C--TAAGTACAAATCAgtgttgacgatgtttcaatttaa
gi|9 : ACAGACAG-TGTATTACTACAAATTAATGAGCACATAGATGCAATAAG-ATGTATAGA------GAAAACAAC--TTGAGGCACATATAA-AAACGTATAT-GCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGACCGTCACTGATGTGATAATTATAAAATAATCTAAACATGCAGCACTGATATGCTTTAGAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): TATAGCATTTCGAATGCTTTGAACAGAGACAAT