lowQualScore : 222 11111111 11111111 222222222222222222222222222 1111111 33 333333333333333333 3333333333333333333333 111 333333333333333333333333333333333 1 11111 2 222 1111111 5555555555 111111 111111 11 2222 11111 2222 2222 1 1
lowQualScore : 6666 555 44 3 111 0 2 6 2 8888 00000000 2 00000000 222222222222222222222222222 0000000 7 3 9 4 55 11 4 333333333333333333 66 9999999999999999999999 999 3 0 4 66 777 4 999999999999999999999999999999999 5 6 00000 1 0 9 6 333 6 3 0000000 44 3333333333 444444 3 666666 666 0 555 88 0 2 0 4444 1 11111 6 6 2 0 3 55 3 7777 22 666 3 6666 4 3 1111 8 0 5 7
lowQualScore : .... ... .. . ... . . . . .... ........ . ........ ........................... ....... . . . . .. .. . .................. .. ...................... ... . . . .. ... . ................................. . . ..... . . . . ... . . ....... .. .......... ...... . ...... ... . ... .. . . . .... . ..... . . . . . .. . .... .. ... . .... . . .... . . . .
lowQualScore : 5555 444 22 1 666 9 9 9 7 5555 44444444 9 44444444 333333333333333333333333333 8888888 6 6 7 6 00 33 0 111111111111111111 11 4444444444444444444444 555 1 8 6 11 888 7 888888888888888888888888888888888 4 4 00000 1 5 9 4 666 0 3 8888888 66 3333333333 111111 6 888888 444 2 555 11 7 5 9 7777 0 11111 0 2 3 7 6 00 6 7777 99 444 6 1111 5 6 8888 1 8 0 0
consensus : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAA-TCGATTATC-GGTTACAATCGGTTTGGTTCA-ACCGA---TT--------G-A--------TAAT--------CG--------G--------CCA-------ATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCA-TTAACT--TTGCATTTAAAA-TAGAA---T--------------GAGAGA--GA----------------------GATC--AAATGAAANACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------TGT-------------GC--G--ATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAA-AAACATTCGGAGAGAACATGAT-A-------AA--GAG-----G--G-AGACAGAGA------TATAT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAATCATTTAGGCTGAAATTACTTGAGTTCCC-----CATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAGAAAA-T--AAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGA-CAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACATCA
Reference ( gi|1 ) : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAA-CGGATTATC-GGTTACAATCAGTTTGGTTCA-ACCGA---CT--------G-A--------TAAT--------TG--------G--------CCA-------ATATGGGTTTTAGCGATAAAGGGCCA-TAAATT--TTTAATTTAAAA-TAGAA---T--------------GAGAGA--GA----------------------GATA--AAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------TAT-------------GT--G--ATTTATAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTACGTAAACAAACATGTGGAGAGAACACGAT-A-------AA--GAG-----T--A-AGACAGAGA------TATAT-AA------AA---AATCATATA--TGTATAGAAAATCATTTAGGCTGAAATTACTCAAATTTCC-----CACGTATACCTGGTAATCTAACACAAATTATCTGACAGTAAGAAAA-T--AAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCA---GCGA-CAACTGTTTACT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATGGATAG-TCTGAGACAATCAGAACTTCA
gi|2 : GTAATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAA-TCGATTATC-GGTTACACTCGGTTTGTTTCA-ACCAA---TTGATAATCGG-A--------TAAT--------CG--------G--------CCG-------ATGTGGGAAGTAGTGATAAAGGGCCATTAAATT--TGC-ATTTAAAA-TAGAA---T--------------GAGAGA--GA----------------------GAT-----------CACTTGTCTTTATGTC--T---GT--AA----------TAT-------------GTGAG--ATTCAAAT-----AAGCTATTCATTAA--TACTTCACCTA-GTAAA-AAGCATTCGAAGAGAACATGAT-A-------AA--GAT-----G--G-AGACAAAGA------TATATGAA------AA---AATCAAATA--TGTATTGAAAATCAGTTAGGTTTAGATTACTTGAGTTTCC-----CATGTATACC-GGTTATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAGAAAA-T--AAT-CATAAAA----GTCACTGTGCAGCTGCGA-CAATTGATTGTT-AACAAACACAATCAATTATCGC------CAACTCAAACCTACCAATTATTGATAG-TCTGAAACAATCGGAA
gi|5 : aGTTATGAGAAT----CC---GTTG--ATA-TTTTCACAT-TCGATTATC-GGTTACAATCGATTTGGTTCA-ACCAA---TT--------T-A--------TAAT--------CG--------G--------ATA-------AT-CGG---CCAA-AATTAAGGGACA-TTAACA--TTATATTGAAAAATTGAAAAGT--------------GAGAGAAAGA----------------------GATC--AAATGAAAAATTTGTGTTTCTGTC--A---ATGAAA----------TAT-------------GC--A--ATTTAGAT-----AAGTAATTATTTTATTTACTTAACATATGTAAA-AAACAT-T--------CATGAT-A-------AA--GAGGGAAAC--AGAAACAGAGA------TACAT-AA------GT---ATTCATATA--TGTA---AAAATCATTTA-----AATTTACTTGTATTTCC-----CATGCATACCTGGTAATCTAACA---------------TAAGAAAG-TCAAAC-CGAAAAA----GTCACATTGCG---GCCA-CAATCGATTGCT-AACGTACACA-------------AACTTTAATTTAAAAATACCAATTATCGATAGTTTTGAGACAATCGGAACtacc
gi|4 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTTGTAA-TCGATTATC-GAATG-AACCA---------A-ACCGA---TT--------G----------TAAT--------CG--------G--------ATA-------A-ACGGGTTTTATTGATAAAAGACCA-TTAACTAAATGGATTTAAAA-accac
gi|11 : GTGATGGGACT----CG---GTTG--CTA-AGTCCGCAA-TCAATTATC-GGTTTCAGTCAGTTCAAT-CA-AATGAGAACT--------GGA--------TAAT--------CG--------G--------CCA-------ATATTGGTTTTAGTGATAAAAGGCCA-TTAACT--TGGCATTTAAAG-TACAA---C--------------GAGAGA--GACAGACAGAGAGAGAGCGAGAGAGATC--AAATGAAAG-----TCTTTATGTC--T---ATAAAA----------TGT-------------AT--G--ATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGTAAA-AAACATTTAGAGAGAACATGAT-A-------AA--GAG-----G--A-AGAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaatgaaaaacttgtatttgtctataaaatgtgtgattcaaatagataattaattcatttacttcacctatataaacaacattccgagaaaacatgataaagacacaaagacagagatgtatgatgaaaaataatataattatcatttcgttattctccccatgtatacctggtaatctaaaacaaatgatctgacagtaggaaaataaccaaaaagggcacaaacataatcgattatcgtcaacttcaactcaaaccttccacgtatcgatagtctaacacaatcgga
gi|7 : GTGATGGAACT----CG---GTTG--ATA-TTGTCGCAA-TCGAATGTC-A-TTAGAATCGGTTTGGTTTA-ACCGA---GT--------G-A--------TAAT--------CG--------G--------TCA-------ATATGAGTTTTTGTGATAAAAGGTCA-TTAACT--TTGCATTTNNNN-NNNNN---N--------------NNNNNN--NN----------------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCAATTGAATGAAAGGCGCGTCGTTATATCTGTTAAATGCGC--G--ATTCAAAT-----AAGTAATTAGTTCATTTACTTTACCTATTTAA--AAACATTCAGAGAGAACATGAT-A-------AAATGAG----------AGGTAGTTA------TCTAT-AA------AA---AAT-ATGTA--TCT-T-GAAAATCATTTAGGCTGAAATTACTtcga
gi|14 : GTGATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TATTCACAG-TTGATTATC-GGTTACAATCGGTTTGGTTTA-ACTGA---CT--------G-ATAGTCAGGTAAT--------CG--------G--------CCA-------GTA-------TAGTGATAAAGGGCCA-TATACT--TTGCATTTAAAA-TAGAA---T--------------AAAAGA--GA----------------------GATC--TGATGAAATACTTGtgtgttttaggaaagaaaataaccgcaaaatttcgttgttatgcagcaatcgattgcttacaaa
gi|15 : GTGATGGGAAT----CA---GTTG--ATA-TTTTCATAT-TTGATTATC-AGTTACAATTGGTTTGGTTCA-ACTTA---TT--------G-A--------TAATCTGATAAATG--------G--------CCA-------ATATAGGTTGAAGCGATTAAAGGCCA-TTAACT--TTACATATAAAA-AAGAA---T--------------GAGAAA--GA----------------------gtc
gi|8 : aGTGATGGGAAT----CGCGAGTTG--ATA-TTTTCTCAA-TCGATTAAC-AATTACAATCCATTTTGTTCA-GTCGG---TT--------G-A--------TAAT--------TG--------G--------AAAATCTTGTATATAGGTTTT-GTTTTAAATGACCA-CAAACT--TTGCATTAAAAA-TAGAA---TGAAAGAGAGAGAAAGAGAGA--GA----------------------GACATCAAATGAAAGACCTTTAATTTTGTC--T---AT--AC----------CAT-------------GT--GCCATTCAGAT-----AAGTAA------------------------AAAAAAACATCAGTAGAGAATGTGAT-A-------AA--GGGAGA--C--AGAAACAGAGA------TATAT-CA------AT---ATTCATATA--AGTATA
gi|19 : taGTAACAGAAAT----CT---GTTG--ATA-TTTAAACAATCGGGT-ATC-GGTTACAATCGGTTTGGTTCA-A--------T--------G-A--------TAatattctcagtgttgacttcaaatgagatcaaggaccagtctacagttccctatgtataccagtatttatc
gi|16 : gaaGTGATGGGTATATTTTG---ATTGGTATA-TTTTTACAA-TTGATCTTT-GGTTATAATC-----GGTAAACACCAA---CT--------G-A--------TCAT--------TG--------ctaatggtat
gi|17 : aTGATAGGAAT----CG---GCTG--ATA-TTTTCACAA--------TT-GGTTACAATCGGTTTGGTTCA-ACCGT---TT--------G-A--------CAAT--------TGTATCA---G--------CC----------ACGGGTTTTAGTGATTAAGGATCA-TTAACT--attgattaattgatcccatgggaacagataatgataaa
gi|3 : GATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TTTTCACTA-TTGATATTC-GGTTAAAATTGGTTTGGTTCA-ACCGA---TT--------G-A--------TAAT--------CGAATAATCAG--------CCA-------ATATCGGTTTTAGTGATAAAGGGCCA-TTAACT--TTGCATTTAAAA-TAGAT---T--------------GAGGGA--CA----------------------GATC--AAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAA----------------------------------------AT-----AAGTAATTCATTCATTTACTTAACCTATGTAAAAAAACATTCGTCAAGTACATGAT-A-------AA--GAG-----G--G-AGACAGATATACATGTATAT-AA------AA---AATCATA-A--TGTATTGAAAATCATTAAGGCTCGAATTATTTGAGTTCCC-----AATGTATAACTGGTAATCCGACATAAATTATTTAAC--T--GAA------------AAAAA----G-CACTTTGCA---GCGA-AAATAGATTGCT-AACAAACACAACCGATTATAGCCAACTCCAATTCAAACCTACCTATTGTCAGTAG-TCTGAGACAATa
gi|18 : GATGGGTAT----TA---GTT---ATAATTTTTACAA-TGTATGATC-GGTTGCACTAGGTTTGGTTCG-CTCGA---TT--------G-A--------TAAT--------TG--------G--------CCA-------ATATGGGTTTTAgggtacac
gi|4 : aggTTATCCGATTACAATCGGTTTGGTTCA-TTCGA---
gi|6 : gtgatgggaatcggttgatatttttgtaatcgattaTTAAATTTGGTTTGATTCA-ACTAA---TT--------G-A--------TAAT--------CG--------GTTAATCGACCA-------TTATGAGTTTTAGTGATAAAAG---------CT--TTGCATTTGAAA-TAGAA-----------------------A--GA----------------------GATC--AAATAAAACACTTGTCTTTATGCC--T---GTGAAA----------TGT-------------GC--G--ATTCAAAT-----AAGTAATTCCTTCATTTACGTCACCTGTGTAAA-AAACATTC--AGACAACATAAT-A-------AA--AAGGGAGAC--AGAGACAGAGA------TGTAT-AA------AAAACAATCATATA--TGTATTTGAAATCATTTAGACTGAAATTACTTA---TTCCACCTATATGTGTACCTGGTAATCTAACATAAATACTCTGACAGTAAGAAAA-T--AAT-AAAAAAA----GTCAC--TGCG---GCGA-CAATCAATTGCTAAACAAACACAATTGATTATCGCCAACTTCCAATCAAACCTACCAATTATCGCTAG-TCTTAGACAATCAGAACacgggttttattgataaaagaccattaactaaatggatttaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaaatgaaaaacttgtatttgtctataaaatgtgtgattcaaatagataattaattcatttacttcacctatataaacaacattccgagaaaacatgataaagacacaaagacagagatgtatgatgaaaaataatataattatcatttcgttattctccccatgtatacctggtaatctaaaacaaatgatctgacagtaggaaaataaccaaaaagggcacaaacataatcgattatcgtcaacttcaactcaaaccttccacgtatcgatagtctaacacaatcgga
gi|4 : --AAATGAAAAACTTGTATTT--GTC--T---ATAAAA----------TGT-------------GT--G--ATTCAAAT-----AGATAATTAATTCATTTACTTCACCTATATAAACAA-CATTCCGAGAAAACATGAT-A-------AA--GAC-----ACAA-AGACAGAGA------TGTAT-GATGA---AA---AATAATATA-----ATT----ATCATTTCG-------TTATTC----TCCC-----CATGTATACCTGGTAATCTAAAACAAATGATCTGACAGTAGGAAAA-T--AAC-CAAAAAG----G-------GCA-----------------------CAAACATAATCGATTATCGTCAACTTCAACTCAAACCTTCCACGTATCGATAG-TCTAACACAATCGGAaccact
gi|9 : gtgatgggaatcggttgatatttttgtaatcgattatcgaatgaaccaaaccgattgtaatcggataaacgggttttattgataaaagaccattaactaaatggatttaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcTC--T---ATGAAA----------TCT-------------CC--A--ATTCAAATGTTTAAAGTAGTTAATTCAGTTACTTCACCTATGTAAAAATACATTTGGAGAGGACATGAT-A-------AA--GAG-----G--C-AGACAGAGA------TATAT-AATATAAAAA---AATCATATC--CGTATTGAAAATCATTTAGGCTTAAATTACTTGAGTTCCC-----CATGTAAACCTGGTAATCTAGCATAAGTTATCTGACATTAAGAAAA-T--AAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GTGA-CAATTGATTGTT-AACAAACACA-------ATCGCCAAATTCAACTCAAATCTACCAATTAT-----A-TCTGAGACATTCAGAACATCA
gi|10 : --ATTCAAAT-----AAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGTAAA-AAACATTCAGAGAGAACATGATAA-------AA--GAG-----G--G-AGACAGAGA------TATAT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAATCATTTAGGCAGAAATAACTTGAATTCCC-----CATGTATACCTGGTGATTTAACATAAGTTATCTGACAGTAAGAAAA-T--AACGGGAAAAA----GTCACTGTATG---GCGA-CGATGGATTACT-AACAAACACA----ATTATTGCCAACTTCAACTCGAACCTACCAATTATCAATAA-TCTCAGATAATCAGAA
gi|12 : GTAATCGACACATTTACTTAATCTATGTAAA---ACATTCGGAGAGAACATGAT-ATTAAAGAGA--GAG-----G--G-AGATAGAGA------TGTAT-AA------AA---A-TCATATA--CTTATTGAAAATCATTAAGGCTGAG----------TTCCC-----CATGTATACCTGGTAATCTTACATAAATCAACTAAACGTAAGAAAA-T--CAC-CGAAAAA----ATCGCAGTGCG---ACGA-CAATCGATAACT-AACAAACTAACTCGATTATCGCCAACTTTAACTCAAACCtatc
gi|13 : aaacgTGGAGAAAACATGAT-A-------AA--AAG-----G--G-AGACAAAAAA-----TATAT-AA------AA---AA-CATATACGTGTATTAAAAATCATTTAGACTGAAATTACTTGAGTTCCC-----CATGTATACCTGGTAATCAAACATAAATTATCCGACAGTAAGAAAAAT--AAC-TGAACAA----ATCACTGTATG---CCGA-CAAC------CT-A--------------TTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTATCAAGTATCGGTTG-TCTGAGACAATCGGAACATCAactagt
gi|20 : atATCTTACACAAATGAGCAGACAGTAAGAAAA-G--AGC-TGAAACG----GTCACTGAGTA---GTGA-CAATCAATTTTG-GACAAACAc
gi|7 : AAGAAAA-T--AAC-CGCAAAATTTCGTTGTTATGCA---GCAATCGATTGCTTACA-AA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 11111111111111111111111111 1111111 11111111 3333333333333333333333 2222222222222222 2222222222222222 1111111 1111111 11111111111 111111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 555 33 2 33 33 77777 8888888888 00000000 00000000 77777 55555555555555555555555555 0000000 888888 11111111 0 3 666 2222222222222222222222 55 6666666666666666 6 3 55 777 6666666666666666 3333333 99999 0 3 3 3 22 0000000 3 44 99999999999 222222 555 3 999999 555 3 44 1 555 3 0 999999 0 333333333 333 3 666 1 3 3 7777 1 555 0 0 0 3 5555 0 4
lowQualScore : .... ... .. . .. .. ..... .......... ........ ........ ..... .......................... ....... ...... ........ . . ... ...................... .. ................ . . .. ... ................ ....... ..... . . . . .. ....... . .. ........... ...... ... . ...... ... . .. . ... . . ...... . ......... ... . ... . . . .... . ... . . . . .... . .
lowQualScore : 1111 000 99 9 77 77 11111 9999999999 44444444 44444444 11111 99999999999999999999999999 0000000 888888 22222222 3 6 444 3333333333333333333333 00 5555555555555555 3 1 55 000 5555555555555555 0000000 11111 5 3 3 3 11 0000000 1 22 88888888888 999999 888 3 666666 888 5 66 8 888 3 2 666666 4 333333333 666 6 444 3 3 3 1111 4 888 4 2 2 3 8888 1 4
consensus : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
Reference ( family-9040 ) : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAANACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACATCA
gi|1 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAACGGATTATCGGTT--AC--AATCAGTT-----TGGTTCAACCG-----A----CT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGCGATAAAGGGCCATAAATTTTTAATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATAAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TAT-------GTGATTTATAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTACGT-AAACAA-ACATGTGGAGAGAACACGATA-------AA-G--AG----T------AAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATAGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTCAAATTTC-CC---ACGTATACCTGGTAATCTAACACAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCA---GCGACAACTGTTTACT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATGGATAG-TCTGAGACAATCAGAACTTCA
gi|10 : ATTCAAAT-----AAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AAAG--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------AGAAATAA---------CTTGAATTCC-CC---ATGTATACCTGGTGATTTAACATAAGTTATCTGACAGTAAG-AAAATAACGGGAAAAA----GTCACTGTATG---GCGACGATGGATTACT-AACAAACACA----ATTATTGCCAACTTCAACTCGAACCTACCAATTATCAATAA-TCTCAGATAATCAGAATATC
gi|11 : GTGATGGGACT----CG---GTTG--CTA-AGTCCGCAATCAATTATCGGTT--TC--AGTCAGTT-----CAAT-CAAATG-----AGAACTG--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TTGGTTT--------TAGTGATAAAAGGCCATTAACTTGGCATTTAAAG-TACAA---CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAGA--GAG----------------ATCAAATGAAA-----GTCTTTATGTC--T---ATAAAA----------------TGT-------ATGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTTAGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------AAGA
gi|12 : GTAATCGACACATTTACTTAATCTATGT-AAA-A---CATTCGGAGAGAACATGATATTAAAGAGA-G--AG----G------GAGATAGAGA------TGT---AT-AA------AA---A-TCATATA--CTTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TGA-------------------GTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTTACATAAATCAACTAAACGTAAG-AAAATCAC-CGAAAAA----ATCGCAGTGCG---ACGACAATCGATAACT-AACAAACTAACTCGATTATCGCCAACTTTAACTCAAACCtcga
gi|13 : aaacgTTGGAGAAAACATGATA-------AA-A--AG----G------GAGACAAAAAA-----TAT---AT-AA------AA---AA-CATATACGTGTATTAAAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCAAACATAAATTATCCGACAGTAAGAAAAATAAC-TGAACAA----ATCACTGTATG---CCGACAACC--T-------------------ATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTATCAAGTATCGGTTG-TCTGAGACAATCGGAACATCAactagt
gi|14 : aGTGATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TATTCACAGTTGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTTAACTG-----A----CT--------GATAGTCAGGTA-----ATC--------G--------G--------CCA-------GTA---------------------TAGTGATAAAGGGCCATATACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TAAAA----------------------GA--GAG----------------ATCTGATGAAATACTTGc
gi|15 : GTGATGGGAAT----CA---GTTG--ATA-TTTTCATATTTGATTATCAGTT--AC--AATTGGTT-----TGGTTCAACTT-----A----TT--------GA--------TA-----ATCTGATAAATG--------G--------CCA-------ATA------TAGGTTG--------AAGCGATTAAAGGCCATTAACTTTACATATAAAA-AAGAA---TGAGA----------------------AA--GAgtc
gi|16 : aGTGATGGGTATATTTTG---ATTGGTATA-TTTTTACAATTGATCTTTGGTT--AT--AATCGGT
gi|17 : aTGATAGGAAT----CG---GCTG--ATA-TTTTCACAATTG-------GTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----T----TT--------GA--------CAATTGTATC--------A--------G--------CC----------A------CGGGTTT--------TAGTGATTAAGGATCATTAACTaaacaccaactgatcattgattgattaattgatcccatgggaacagataatgataaa
gi|18 : GATGGGTAT----TA---GTT---ATAATTTTTACAATGTATGATCGGTT--GC--ACTAGGTT-----TGGTTCGCTCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAa
gi|19 : aggGTAACAGAAAT----CT---GTTG--ATA-TTTAAACAATCGGGTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAA--------------T--------GA--------TA-----
gi|2 : gaaGTAATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--ACTCGGTT-----TGTTTCAACCA-----A----TTGATAATCGGA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCG-------ATG------TGGGAAG--------TAGTGATAAAGGGCCATTAAATTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATC---------ACTTGTCTTTATGTC--T---GTAATA----------------TGT-------GAGATTCAAAT-----AAGCTATTCATTAA--TACTTCACCTA-GT-AAA-AA-GCATTCGAAGAGAACATGATA-------AA-G--AT----G------GAGACAAAGA------TAT---ATGAA------AA---AATCAAATA--TGTATTGAAAA---TCA-GTTAGGT------TTAGATTA---------CTTGAGTTTC-CC---ATGTATACC-GGTTATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAT-CATAAAA----GTCACTGTGCAGCTGCGACAATTGATTGTT-AACAAACACAATCAATTATCGC------CAACTCAAACCTACCAATTATTGATAG-TCTGAAACAATCGGAATACCctaatggtat
gi|20 : aATCTTACACAAATGAGCAGACAGTAAG-AAAAGAGC-TGAAACG----GTCACTGAGTA---GTGACAATCAATTTTG-GACAAACA
gi|3 : GATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TTTTCACTATTGATATTCGGTT--AA--AATTGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------GAATAATCAG--------CCA-------ATA------TCGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAT---TGAGG----------------------GA--CAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATG------------------------------------AAAT-----AAGTAATTCATTCATTTACTTAACCTATGTAAAA-AA-ACATTCGTCAAGTACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGATATACATGTAT---AT-AA------AA---AATCATA-A--TGTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TCGAATTA---------TTTGAGTTCC-CA---ATGTATAACTGGTAATCCGACATAAATTATTTAAC--T--G-AA---------AAAAA----G-CACTTTGCA---GCGAAAATAGATTGCT-AACAAACACAACCGATTATAGCCAACTCCAATTCAAACCTACCTATTGTCAGTAG-TCTGAGACAATGGGTACA
gi|4 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTTGTAATCGATTATCGAATGAACCAAACCGATTGTAATCGGATAAACGGGTTTTA----TT--------GA--------TA-----AAA--------G--------A--------CCA-------TTAACTAAATGGATTTAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NTCAAATGAAAAACTTGTATTT--GTC--T---ATAAAA----------------TGT-------GTGATTCAAAT-----AGATAATTAATTCATTTACTTCACCTATAT-AAA-CA-ACATTCCGAGAAAACATGATA-------AA-GACAC----A------AAGACAGAGA------TGTATGAT-GA------AA---AATAATATA-----ATT----A---TCA-TTTCG-------------TTA---------TT----CTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAAAACAAATGATCTGACAGTAGG-AAAATAAC-C-AAAAA----G---------G---GC----------------ACAAACATAATCGATTATCGTCAACTTCAACTCAAACCTTCCACGTATCGATAG-TCTAACACAATCGGAc
gi|5 : GTTATGAGAAT----CC---GTTG--ATA-TTTTCACATTCGATTATCGGTT--AC--AATCGATT-----TGGTTCAACCA-----A----TT--------TA--------TA-----ATC--------G--------G--------ATA-------AT-------CGG---C--------CAA-AATTAAGGGACATTAACATTATATTGAAAAATTGAAAAGTGAGA----------------------GAAAGAG----------------ATCAAATGAAAAATTTGTGTTTCTGTC--A---ATGAAA----------------TAT-------GCAATTTAGAT-----AAGTAATTATTTTATTTACTTAACATATGT-AAA-AA-ACATT---------CATGATA-------AA-G--AG----GGAAACAGAAACAGAGA------TAC---AT-AA------GT---ATTCATATA--TGTA---AAAA---TCA-TTTA-----------AATTTA---------CTTGTATTTC-CC---ATGCATACCTGGTAATCTAACATAA-------GAAAGTCA-------AAC-CGAAAAA----GTCACATTGCG---GCCACAATCGATTGCT-AACGTACACA-------------AACTTTAATTTAAAAATACCAATTATCGATAGTTTTGAGACAATCGGAACACCA
gi|6 : TT--AA--ATTTGGTT-----TGATTCAACTA-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------GTTAATCGACCA-------TTA------TGAGTTT--------TAGTGATAAAAG--------CTTTGCATTTGAAA-TAGAA-------------------------------A--GAG----------------ATCAAATAAAACACTTGTCTTTATGCC--T---GTGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTCCTTCATTTACGTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTC--AGACAACATAATA-------AA-A--AG----GGAGACAGAGACAGAGA------TGT---AT-AA------AAAACAATCATATA--TGTATTTGAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTT--ATTCCACCTATATGTGTACCTGGTAATCTAACATAAATACTCTGACAGTAAG-AAAATAAT-AAAAAAA----GTCAC--TGCG---GCGACAATCAATTGCTAAACAAACACAATTGATTATCGCCAACTTCCAATCAAACCTACCAATTATCGCTAG-TCTTAGACAATCAGAACACCAc
gi|7 : GTGATGGAACT----CG---GTTG--ATA-TTGTCGCAATCGAATGTCA-TT--AG--AATCGGTT-----TGGTTTAACCG-----A----GT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------TCA-------ATA------TGAGTTT--------TTGTGATAAAAGGTCATTAACTTTGCATTTNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCAATTGAATGAAAGGCGCGTCGTTATATCTGTTAAATGCGCGATTCAAAT-----AAGTAATTAGTTCATTTACTTTACCTATTT--AA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AA-A--TG----A------GAGGTAGTTA------TCT---AT-AA------AA---A---ATATG--TATCTTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGTGTTct
gi|7 : AAG-AAAATAAC-CGCAAAATTTCGTTGTTATGCA---GC---AATCGATTGCT-TACAAAttaggaaagaaaataaccgcaaaatttcgttgttatgcagcaatcgattgcttacaaa
gi|8 : gtgatggaactcggttgatattgtcgcaatcgaatgtcattagaatcggtttggtttaaccgagtgataatcggtcaatatgagtttttgtgataaaaggtcattaactttgcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaattgaatgaaaggcgcgtcgttatatctgttaaatgcgcgattcaaataagtaattagttcatttactttacctatttaaaaacattcagagagaacatgataaaatgagaggtagttatctataaaaaatatgtatcttgaaaatcatttaggctgaaattacttgtgttttaggaGTGATGGGAAT----CGCGAGTTG--ATA-TTTTCTCAATCGATTAACAATT--AC--AATCCATT-----TTGTTCAGTCG-----G----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------AAAATCTTGTATA------TAGGTTT--------T-GTTTTAAATGACCACAAACTTTGCATTAAAAA-TAGAA---TGAAA----------------------GA--GAGAGAAAGAGAGAGAGACATCAAATGAAAGACCTTTAATTTTGTC--T---ATACCA----------------TGT-------GCCATTCAGAT-----AAGTAA--A----------------------AAA-AA-ACATCAGTAGAGAATGTGATA-------AA-G--GGAGACA------GAAACAGAGA------TAT---AT-CA------AT---ATTCATATA--AGTAT--AATATTCTCAGTGTTGACTTCAAATGAGATCAAGGACCAGTCTACAGTTCC-CT---ATGTATACC
gi|9 : taTC--T---ATGAAA----------------TCT-------CCAATTCAAATGTTTAAAGTAGTTAATTCAGTTACTTCACCTATGT-AAA-AATACATTTGGAGAGGACATGATA-------AA-G--AG----G------CAGACAGAGA------TAT---AT-AATATAAAAA---AATCATATC--CGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TTAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTAAACCTGGTAATCTAGCATAAGTTATCTGACATTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GTGACAATTGATTGTT-AACAAACACA-------ATCGCCAAATTCAACTCAAATCTACCAATTAT-----A-TCTGAGACATTCAGAACATCAagtatttatc
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 11111111111111111111111111 1111111 11111111 3333333333333333333333 2222222222222222 2222222222222222 1111111 1111111 11111111111 111111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 555 33 2 33 33 77777 8888888888 00000000 00000000 77777 55555555555555555555555555 0000000 888888 11111111 0 3 666 2222222222222222222222 55 6666666666666666 1 3 55 777 6666666666666666 3333333 99999 0 3 3 3 22 0000000 3 44 99999999999 222222 555 3 999999 555 3 44 1 555 3 0 999999 0 333333333 333 3 666 1 3 3 7777 1 555 0 0 0 3 5555 0 4
lowQualScore : .... ... .. . .. .. ..... .......... ........ ........ ..... .......................... ....... ...... ........ . . ... ...................... .. ................ . . .. ... ................ ....... ..... . . . . .. ....... . .. ........... ...... ... . ...... ... . .. . ... . . ...... . ......... ... . ... . . . .... . ... . . . . .... . .
lowQualScore : 1111 000 99 9 77 77 11111 9999999999 44444444 44444444 11111 99999999999999999999999999 0000000 888888 22222222 3 6 444 3333333333333333333333 00 5555555555555555 8 1 55 000 5555555555555555 0000000 11111 5 3 3 3 11 0000000 1 22 88888888888 999999 888 3 666666 888 5 66 8 888 3 2 666666 4 333333333 666 6 444 3 3 3 1111 4 888 4 2 2 3 8888 1 4
consensus : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
Reference ( family-9040 ) : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
gi|1 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAACGGATTATCGGTT--AC--AATCAGTT-----TGGTTCAACCG-----A----CT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGCGATAAAGGGCCATAAATTTTTAATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATAAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TAT-------GTGATTTATAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTACGT-AAACAA-ACATGTGGAGAGAACACGATA-------AA-G--AG----T------AAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATAGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTCAAATTTC-CC---ACGTATACCTGGTAATCTAACACAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCA---GCGACAACTGTTTACT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATGGATAG-TCTGAGACAATCAGAAC
gi|10 : ATTCAAAT-----AAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AAAG--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------AGAAATAA---------CTTGAATTCC-CC---ATGTATACCTGGTGATTTAACATAAGTTATCTGACAGTAAG-AAAATAACGGGAAAAA----GTCACTGTATG---GCGACGATGGATTACT-AACAAACACA----ATTATTGCCAACTTCAACTCGAACCTACCAATTATCAATAA-TCTCAGATAATCAGAATATCttca
gi|11 : GTGATGGGACT----CG---GTTG--CTA-AGTCCGCAATCAATTATCGGTT--TC--AGTCAGTT-----CAAT-CAAATG-----AGAACTG--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TTGGTTT--------TAGTGATAAAAGGCCATTAACTTGGCATTTAAAG-TACAA---CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAGA--GAG----------------ATCAAATGAAAG-----TCTTTATGTC--T---ATAAAA----------------TGT-------ATGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTTAGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------AAGA
gi|12 : GTAATCGACACATTTACTTAATCTATGT-AAA-A---CATTCGGAGAGAACATGATATTAAAGAGA-G--AG----G------GAGATAGAGA------TGT---AT-AA------AA---A-TCATATA--CTTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TGA-------------------GTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTTACATAAATCAACTAAACGTAAG-AAAATCAC-CGAAAAA----ATCGCAGTGCG---ACGACAATCGATAACT-AACAAACTAACTCGATTATCGCCAACTTTAACTCAAACCtcga
gi|13 : aaacgTTGGAGAAAACATGATA-------AA-A--AG----G------GAGACAAAAAA-----TAT---AT-AA------AA---AA-CATATACGTGTATTAAAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCAAACATAAATTATCCGACAGTAAGAAAAATAAC-TGAACAA----ATCACTGTATG---CCGACAACC--T-------------------ATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTATCAAGTATCGGTTG-TCTGAGACAATCGGAACATCAactagt
gi|14 : aGTGATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TATTCACAGTTGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTTAACTG-----A----CT--------GATAGTCAGGTA-----ATC--------G--------G--------CCA-------GTA---------------------TAGTGATAAAGGGCCATATACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TAAAA----------------------GA--GAG----------------ATCTGATGAAATACTTGc
gi|15 : GTGATGGGAAT----CA---GTTG--ATA-TTTTCATATTTGATTATCAGTT--AC--AATTGGTT-----TGGTTCAACTT-----A----TT--------GA--------TA-----ATCTGATAAATG--------G--------CCA-------ATA------TAGGTTG--------AAGCGATTAAAGGCCATTAACTTTACATATAAAA-AAGAA---TGAGA----------------------AA--GAgtc
gi|16 : aGTGATGGGTATATTTTG---ATTGGTATA-TTTTTACAATTGATCTTTGGTT--AT--AATCGGT
gi|17 : aTGATAGGAAT----CG---GCTG--ATA-TTTTCACAATTG-------GTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----T----TT--------GA--------CAATTGTATC--------A--------G--------CC----------A------CGGGTTT--------TAGTGATTAAGGATCATTAACTaaacaccaactgatcattgattgattaattgatcccatgggaacagataatgataaa
gi|18 : GATGGGTAT----TA---GTT---ATAATTTTTACAATGTATGATCGGTT--GC--ACTAGGTT-----TGGTTCGCTCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAa
gi|19 : aggGTAACAGAAAT----CT---GTTG--ATA-TTTAAACAATCGGGTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAA--------------T--------GA--------TA-----
gi|2 : gaaGTAATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--ACTCGGTT-----TGTTTCAACCA-----A----TTGATAATCGGA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCG-------ATG------TGGGAAG--------TAGTGATAAAGGGCCATTAAATTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATC---------ACTTGTCTTTATGTC--T---GTAATA----------------TGT-------GAGATTCAAAT-----AAGCTATTCATTAA--TACTTCACCTA-GT-AAA-AA-GCATTCGAAGAGAACATGATA-------AA-G--AT----G------GAGACAAAGA------TAT---ATGAA------AA---AATCAAATA--TGTATTGAAAA---TCA-GTTAGGT------TTAGATTA---------CTTGAGTTTC-CC---ATGTATACC-GGTTATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAT-CATAAAA----GTCACTGTGCAGCTGCGACAATTGATTGTT-AACAAACACAATCAATTATCGC------CAACTCAAACCTACCAATTATTGATAG-TCTGAAACAATCGGAATACCctaatggtat
gi|20 : aATCTTACACAAATGAGCAGACAGTAAG-AAAAGAGC-TGAAACG----GTCACTGAGTA---GTGACAATCAATTTTG-GACAAACA
gi|3 : GATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TTTTCACTATTGATATTCGGTT--AA--AATTGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------GAATAATCAG--------CCA-------ATA------TCGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAT---TGAGG----------------------GA--CAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATG------------------------------------AAAT-----AAGTAATTCATTCATTTACTTAACCTATGTAAAA-AA-ACATTCGTCAAGTACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGATATACATGTAT---AT-AA------AA---AATCATA-A--TGTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TCGAATTA---------TTTGAGTTCC-CA---ATGTATAACTGGTAATCCGACATAAATTATTTAAC--T--G-AA---------AAAAA----G-CACTTTGCA---GCGAAAATAGATTGCT-AACAAACACAACCGATTATAGCCAACTCCAATTCAAACCTACCTATTGTCAGTAG-TCTGAGACAATGGGTACAC
gi|4 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTTGTAATCGATTATCGAATGAACCAAACCGATTGTAATCGGATAAACGGGTTTTA----TT--------GA--------TA-----AAA--------G--------A--------CCA-------TTAACTAAATGGATTTAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NTCAAATGAAAAACTTGTATTT--GTC--T---ATAAAA----------------TGT-------GTGATTCAAAT-----AGATAATTAATTCATTTACTTCACCTATAT-AAA-CA-ACATTCCGAGAAAACATGATA-------AA-GACAC----A------AAGACAGAGA------TGTATGAT-GA------AA---AATAATATA-----ATT----A---TCA-TTTCG-------------TTA---------TT----CTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAAAACAAATGATCTGACAGTAGG-AAAATAAC-C-AAAAA----G---------G---GC----------------ACAAACATAATCGATTATCGTCAACTTCAACTCAAACCTTCCACGTATCGATAG-TCTAACACAATCGGA
gi|5 : GTTATGAGAAT----CC---GTTG--ATA-TTTTCACATTCGATTATCGGTT--AC--AATCGATT-----TGGTTCAACCA-----A----TT--------TA--------TA-----ATC--------G--------G--------ATA-------AT-------CGG---C--------CAA-AATTAAGGGACATTAACATTATATTGAAAAATTGAAAAGTGAGA----------------------GAAAGAG----------------ATCAAATGAAAAATTTGTGTTTCTGTC--A---ATGAAA----------------TAT-------GCAATTTAGAT-----AAGTAATTATTTTATTTACTTAACATATGT-AAA-AA-ACATT---------CATGATA-------AA-G--AG----GGAAACAGAAACAGAGA------TAC---AT-AA------GT---ATTCATATA--TGTA---AAAA---TCA-TTTA-----------AATTTA---------CTTGTATTTC-CC---ATGCATACCTGGTAATCTAACATAA-------GAAAGTCA-------AAC-CGAAAAA----GTCACATTGCG---GCCACAATCGATTGCT-AACGTACACA-------------AACTTTAATTTAAAAATACCAATTATCGATAGTTTTGAGACAATCGGAACACCA
gi|6 : TT--AA--ATTTGGTT-----TGATTCAACTA-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------GTTAATCGACCA-------TTA------TGAGTTT--------TAGTGATAAAAG--------CTTTGCATTTGAAA-TAGAA-------------------------------A--GAG----------------ATCAAATAAAACACTTGTCTTTATGCC--T---GTGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTCCTTCATTTACGTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTC--AGACAACATAATA-------AA-A--AG----GGAGACAGAGACAGAGA------TGT---AT-AA------AAAACAATCATATA--TGTATTTGAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTT--ATTCCACCTATATGTGTACCTGGTAATCTAACATAAATACTCTGACAGTAAG-AAAATAAT-AAAAAAA----GTCAC--TGCG---GCGACAATCAATTGCTAAACAAACACAATTGATTATCGCCAACTTCCAATCAAACCTACCAATTATCGCTAG-TCTTAGACAATCAGAACACCAc
gi|7 : GTGATGGAACT----CG---GTTG--ATA-TTGTCGCAATCGAATGTCA-TT--AG--AATCGGTT-----TGGTTTAACCG-----A----GT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------TCA-------ATA------TGAGTTT--------TTGTGATAAAAGGTCATTAACTTTGCATTTNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCAATTGAATGAAAGGCGCGTCGTTATATCTGTTAAATGCGCGATTCAAAT-----AAGTAATTAGTTCATTTACTTTACCTATTT--AA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AA-A--TG----A------GAGGTAGTTA------TCT---AT-AA------AA---A---ATATG--TATCTTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGTGTTct
gi|7 : AAG-AAAATAAC-CGCAAAATTTCGTTGTTATGCA---GC---AATCGATTGCT-TACAAAttaggaaagaaaataaccgcaaaatttcgttgttatgcagcaatcgattgcttacaaa
gi|8 : gtgatggaactcggttgatattgtcgcaatcgaatgtcattagaatcggtttggtttaaccgagtgataatcggtcaatatgagtttttgtgataaaaggtcattaactttgcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaattgaatgaaaggcgcgtcgttatatctgttaaatgcgcgattcaaataagtaattagttcatttactttacctatttaaaaacattcagagagaacatgataaaatgagaggtagttatctataaaaaatatgtatcttgaaaatcatttaggctgaaattacttgtgttttaggaGTGATGGGAAT----CGCGAGTTG--ATA-TTTTCTCAATCGATTAACAATT--AC--AATCCATT-----TTGTTCAGTCG-----G----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------AAAATCTTGTATA------TAGGTTT--------T-GTTTTAAATGACCACAAACTTTGCATTAAAAA-TAGAA---TGAAA----------------------GA--GAGAGAAAGAGAGAGAGACATCAAATGAAAGACCTTTAATTTTGTC--T---ATACCA----------------TGT-------GCCATTCAGAT-----AAGTAA--A----------------------AAA-AA-ACATCAGTAGAGAATGTGATA-------AA-G--GGAGACA------GAAACAGAGA------TAT---AT-CA------AT---ATTCATATA--AGTAT--AATATTCTCAGTGTTGACTTCAAATGAGATCAAGGACCAGTCTACAGTTCC-CT---ATGTATACC
gi|9 : taTC--T---ATGAAA----------------TCT-------CCAATTCAAATGTTTAAAGTAGTTAATTCAGTTACTTCACCTATGT-AAA-AATACATTTGGAGAGGACATGATA-------AA-G--AG----G------CAGACAGAGA------TAT---AT-AATATAAAAA---AATCATATC--CGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TTAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTAAACCTGGTAATCTAGCATAAGTTATCTGACATTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GTGACAATTGATTGTT-AACAAACACA-------ATCGCCAAATTCAACTCAAATCTACCAATTAT-----A-TCTGAGACATTCAGAACATCAagtatttatc
blockSeqs : ATTT CGA GT A GA CA GTAAT GTTTTA GATAATCG TAGTCAGG ATTGT TGATAAATGG ATCTTGT ACTAAA AAAACNNN A AAG GAGACAGACAGAGAGAGAGCGA AA AGAAAGAGAGAGAGAC G A AA TGA GGCGCGTCGTTATATC TAAATGC GTTTA A . T CA TTAAAGA A AC GGAAACA TACATG ATG G TATAAA AAC A CG G TTC G TTCAAA AGGACCAGT TGA A TAT T A G TTTC T GCT A CTCG T
blockSeqs : . . . . . . . AGAAC . . . GAATAATCAG . . . . . . . . T A . . . . . . . . TA . . . GGAGACA A . . . . A . G . . . . TGA . . C . . . A . . ATCA .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GGTTAATCGA . . . . . . . . G A . . . . . . . . CG . . . AGACA . . . . . A . A . . . . TGA . . T . . . T . . ACCG .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GG . . . . . . . . A C . . . . . . . . TG . . . G . . . . . A . G . . . . TGA . . T . . . T . . ATCG .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . GG . . . . . . . . A A . . . . . . . . CG . . . G . . . . . A . G . . . . TGT . . G . . . T . . ATTG .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . AG . . . . . . . . C N . . . . . . . . CG . . . G . . . . . T . T . . . . TGT . . T . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GG . . . . . . . . N T . . . . . . . . CC . . . G . . . . . A . G . . . . ACA . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GG . . . . . . . . G . . . . . . . . . CA . . . G . . . . . T . G . . . . TGA . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . G . . . . . A . . . . . . T . . T . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GG . . . . . . . . . . . TG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . GG . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . GG . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
finalCons : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111 11111111111111111111111111 1111111 11111111 3333333333333333333333 2222222222222222 2222222222222222 1111111 1111111 11111111111 111111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 555 33 2 33 33 77777 8888888888 00000000 00000000 77777 55555555555555555555555555 0000000 888888 11111111 0 3 666 2222222222222222222222 55 6666666666666666 1 3 55 777 6666666666666666 3333333 99999 0 3 3 3 22 0000000 3 44 99999999999 222222 555 3 999999 555 3 44 1 555 3 0 999999 0 333333333 333 3 666 1 3 3 7777 1 555 0 0 0 3 5555 0 4
lowQualScore : .... ... .. . .. .. ..... .......... ........ ........ ..... .......................... ....... ...... ........ . . ... ...................... .. ................ . . .. ... ................ ....... ..... . . . . .. ....... . .. ........... ...... ... . ...... ... . .. . ... . . ...... . ......... ... . ... . . . .... . ... . . . . .... . .
lowQualScore : 1111 000 99 9 77 77 11111 9999999999 44444444 44444444 11111 99999999999999999999999999 0000000 888888 22222222 3 6 444 3333333333333333333333 00 5555555555555555 8 1 55 000 5555555555555555 0000000 11111 5 3 3 3 11 0000000 1 22 88888888888 999999 888 3 666666 888 5 66 8 888 3 2 666666 4 333333333 666 6 444 3 3 3 1111 4 888 4 2 2 3 8888 1 4
consensus : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
Reference ( family-9040 ) : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGT-AAA-AA-ACATTCGGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GCGACAATCGATTGCT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATCGATAG-TCTGAGACAATCGGAACACCA
gi|1 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAACGGATTATCGGTT--AC--AATCAGTT-----TGGTTCAACCG-----A----CT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAGCGATAAAGGGCCATAAATTTTTAATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATAAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATGAAA----------------TAT-------GTGATTTATAT-----AAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTACGT-AAACAA-ACATGTGGAGAGAACACGATA-------AA-G--AG----T------AAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATAGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTCAAATTTC-CC---ACGTATACCTGGTAATCTAACACAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCA---GCGACAACTGTTTACT-AACAAACACAATCGATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTACCAATTATGGATAG-TCTGAGACAATCAGAAC
gi|10 : ATTCAAAT-----AAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AAAG--AG----G------GAGACAGAGA------TAT---AT-AA------AA---AATCATATA--TGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------AGAAATAA---------CTTGAATTCC-CC---ATGTATACCTGGTGATTTAACATAAGTTATCTGACAGTAAG-AAAATAACGGGAAAAA----GTCACTGTATG---GCGACGATGGATTACT-AACAAACACA----ATTATTGCCAACTTCAACTCGAACCTACCAATTATCAATAA-TCTCAGATAATCAGAATATCttca
gi|11 : GTGATGGGACT----CG---GTTG--CTA-AGTCCGCAATCAATTATCGGTT--TC--AGTCAGTT-----CAAT-CAAATG-----AGAACTG--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCA-------ATA------TTGGTTT--------TAGTGATAAAAGGCCATTAACTTGGCATTTAAAG-TACAA---CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAGA--GAG----------------ATCAAATGAAAG-----TCTTTATGTC--T---ATAAAA----------------TGT-------ATGATTCAAAT-----AAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTTAGAGAGAACATGATA-------AA-G--AG----G------AAGA
gi|12 : GTAATCGACACATTTACTTAATCTATGT-AAA-A---CATTCGGAGAGAACATGATATTAAAGAGA-G--AG----G------GAGATAGAGA------TGT---AT-AA------AA---A-TCATATA--CTTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TGA-------------------GTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTTACATAAATCAACTAAACGTAAG-AAAATCAC-CGAAAAA----ATCGCAGTGCG---ACGACAATCGATAACT-AACAAACTAACTCGATTATCGCCAACTTTAACTCAAACCtcga
gi|13 : aaacgTTGGAGAAAACATGATA-------AA-A--AG----G------GAGACAAAAAA-----TAT---AT-AA------AA---AA-CATATACGTGTATTAAAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCAAACATAAATTATCCGACAGTAAGAAAAATAAC-TGAACAA----ATCACTGTATG---CCGACAACC--T-------------------ATTATCGCCAACTTCAACTCAAACCTATCAAGTATCGGTTG-TCTGAGACAATCGGAACATCAactagt
gi|14 : aGTGATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TATTCACAGTTGATTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTTAACTG-----A----CT--------GATAGTCAGGTA-----ATC--------G--------G--------CCA-------GTA---------------------TAGTGATAAAGGGCCATATACTTTGCATTTAAAA-TAGAA---TAAAA----------------------GA--GAG----------------ATCTGATGAAATACTTGc
gi|15 : GTGATGGGAAT----CA---GTTG--ATA-TTTTCATATTTGATTATCAGTT--AC--AATTGGTT-----TGGTTCAACTT-----A----TT--------GA--------TA-----ATCTGATAAATG--------G--------CCA-------ATA------TAGGTTG--------AAGCGATTAAAGGCCATTAACTTTACATATAAAA-AAGAA---TGAGA----------------------AA--GAgtc
gi|16 : aGTGATGGGTATATTTTG---ATTGGTATA-TTTTTACAATTGATCTTTGGTT--AT--AATCGGT
gi|17 : aTGATAGGAAT----CG---GCTG--ATA-TTTTCACAATTG-------GTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAACCG-----T----TT--------GA--------CAATTGTATC--------A--------G--------CC----------A------CGGGTTT--------TAGTGATTAAGGATCATTAACTaaacaccaactgatcattgattgattaattgatcccatgggaacagataatgataaa
gi|18 : GATGGGTAT----TA---GTT---ATAATTTTTACAATGTATGATCGGTT--GC--ACTAGGTT-----TGGTTCGCTCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------CCA-------ATA------TGGGTTT--------TAa
gi|19 : aggGTAACAGAAAT----CT---GTTG--ATA-TTTAAACAATCGGGTATCGGTT--AC--AATCGGTT-----TGGTTCAA--------------T--------GA--------TA-----
gi|2 : gaaGTAATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTCACAATCGATTATCGGTT--AC--ACTCGGTT-----TGTTTCAACCA-----A----TTGATAATCGGA--------TA-----ATC--------G--------G--------CCG-------ATG------TGGGAAG--------TAGTGATAAAGGGCCATTAAATTTGCATTTAAAA-TAGAA---TGAGA----------------------GA--GAG----------------ATC---------ACTTGTCTTTATGTC--T---GTAATA----------------TGT-------GAGATTCAAAT-----AAGCTATTCATTAA--TACTTCACCTA-GT-AAA-AA-GCATTCGAAGAGAACATGATA-------AA-G--AT----G------GAGACAAAGA------TAT---ATGAA------AA---AATCAAATA--TGTATTGAAAA---TCA-GTTAGGT------TTAGATTA---------CTTGAGTTTC-CC---ATGTATACC-GGTTATCTAACATAAATTATCTGACAGTAAG-AAAATAAT-CATAAAA----GTCACTGTGCAGCTGCGACAATTGATTGTT-AACAAACACAATCAATTATCGC------CAACTCAAACCTACCAATTATTGATAG-TCTGAAACAATCGGAATACCctaatggtat
gi|20 : aATCTTACACAAATGAGCAGACAGTAAG-AAAAGAGC-TGAAACG----GTCACTGAGTA---GTGACAATCAATTTTG-GACAAACA
gi|3 : GATGGGAAT----TG---GTTG--ATA-TTTTCACTATTGATATTCGGTT--AA--AATTGGTT-----TGGTTCAACCG-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------GAATAATCAG--------CCA-------ATA------TCGGTTT--------TAGTGATAAAGGGCCATTAACTTTGCATTTAAAA-TAGAT---TGAGG----------------------GA--CAG----------------ATCAAATGAAAGACTTGTCTTTATGTC--T---ATG------------------------------------AAAT-----AAGTAATTCATTCATTTACTTAACCTATGTAAAA-AA-ACATTCGTCAAGTACATGATA-------AA-G--AG----G------GAGACAGATATACATGTAT---AT-AA------AA---AATCATA-A--TGTATTGAAAA---TCA-TTAAGGC------TCGAATTA---------TTTGAGTTCC-CA---ATGTATAACTGGTAATCCGACATAAATTATTTAAC--T--G-AA---------AAAAA----G-CACTTTGCA---GCGAAAATAGATTGCT-AACAAACACAACCGATTATAGCCAACTCCAATTCAAACCTACCTATTGTCAGTAG-TCTGAGACAATGGGTACAC
gi|4 : GTGATGGGAAT----CG---GTTG--ATA-TTTTTGTAATCGATTATCGAATGAACCAAACCGATTGTAATCGGATAAACGGGTTTTA----TT--------GA--------TA-----AAA--------G--------A--------CCA-------TTAACTAAATGGATTTAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NTCAAATGAAAAACTTGTATTT--GTC--T---ATAAAA----------------TGT-------GTGATTCAAAT-----AGATAATTAATTCATTTACTTCACCTATAT-AAA-CA-ACATTCCGAGAAAACATGATA-------AA-GACAC----A------AAGACAGAGA------TGTATGAT-GA------AA---AATAATATA-----ATT----A---TCA-TTTCG-------------TTA---------TT----CTCC-CC---ATGTATACCTGGTAATCTAAAACAAATGATCTGACAGTAGG-AAAATAAC-C-AAAAA----G---------G---GC----------------ACAAACATAATCGATTATCGTCAACTTCAACTCAAACCTTCCACGTATCGATAG-TCTAACACAATCGGA
gi|5 : GTTATGAGAAT----CC---GTTG--ATA-TTTTCACATTCGATTATCGGTT--AC--AATCGATT-----TGGTTCAACCA-----A----TT--------TA--------TA-----ATC--------G--------G--------ATA-------AT-------CGG---C--------CAA-AATTAAGGGACATTAACATTATATTGAAAAATTGAAAAGTGAGA----------------------GAAAGAG----------------ATCAAATGAAAAATTTGTGTTTCTGTC--A---ATGAAA----------------TAT-------GCAATTTAGAT-----AAGTAATTATTTTATTTACTTAACATATGT-AAA-AA-ACATT---------CATGATA-------AA-G--AG----GGAAACAGAAACAGAGA------TAC---AT-AA------GT---ATTCATATA--TGTA---AAAA---TCA-TTTA-----------AATTTA---------CTTGTATTTC-CC---ATGCATACCTGGTAATCTAACATAA-------GAAAGTCA-------AAC-CGAAAAA----GTCACATTGCG---GCCACAATCGATTGCT-AACGTACACA-------------AACTTTAATTTAAAAATACCAATTATCGATAGTTTTGAGACAATCGGAACACCA
gi|6 : TT--AA--ATTTGGTT-----TGATTCAACTA-----A----TT--------GA--------TA-----ATC--------G--------GTTAATCGACCA-------TTA------TGAGTTT--------TAGTGATAAAAG--------CTTTGCATTTGAAA-TAGAA-------------------------------A--GAG----------------ATCAAATAAAACACTTGTCTTTATGCC--T---GTGAAA----------------TGT-------GCGATTCAAAT-----AAGTAATTCCTTCATTTACGTCACCTGTGT-AAA-AA-ACATTC--AGACAACATAATA-------AA-A--AG----GGAGACAGAGACAGAGA------TGT---AT-AA------AAAACAATCATATA--TGTATTTGAAA---TCA-TTTAGAC------TGAAATTA---------CTT--ATTCCACCTATATGTGTACCTGGTAATCTAACATAAATACTCTGACAGTAAG-AAAATAAT-AAAAAAA----GTCAC--TGCG---GCGACAATCAATTGCTAAACAAACACAATTGATTATCGCCAACTTCCAATCAAACCTACCAATTATCGCTAG-TCTTAGACAATCAGAACACCAc
gi|7 : GTGATGGAACT----CG---GTTG--ATA-TTGTCGCAATCGAATGTCA-TT--AG--AATCGGTT-----TGGTTTAACCG-----A----GT--------GA--------TA-----ATC--------G--------G--------TCA-------ATA------TGAGTTT--------TTGTGATAAAAGGTCATTAACTTTGCATTTNNNN-NNNNN---NNNNN----------------------NN--NNN----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCAATTGAATGAAAGGCGCGTCGTTATATCTGTTAAATGCGCGATTCAAAT-----AAGTAATTAGTTCATTTACTTTACCTATTT--AA-AA-ACATTCAGAGAGAACATGATA-------AA-A--TG----A------GAGGTAGTTA------TCT---AT-AA------AA---A---ATATG--TATCTTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TGAAATTA---------CTTGTGTTct
gi|7 : AAG-AAAATAAC-CGCAAAATTTCGTTGTTATGCA---GC---AATCGATTGCT-TACAAAttaggaaagaaaataaccgcaaaatttcgttgttatgcagcaatcgattgcttacaaa
gi|8 : gtgatggaactcggttgatattgtcgcaatcgaatgtcattagaatcggtttggtttaaccgagtgataatcggtcaatatgagtttttgtgataaaaggtcattaactttgcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaattgaatgaaaggcgcgtcgttatatctgttaaatgcgcgattcaaataagtaattagttcatttactttacctatttaaaaacattcagagagaacatgataaaatgagaggtagttatctataaaaaatatgtatcttgaaaatcatttaggctgaaattacttgtgttttaggaGTGATGGGAAT----CGCGAGTTG--ATA-TTTTCTCAATCGATTAACAATT--AC--AATCCATT-----TTGTTCAGTCG-----G----TT--------GA--------TA-----ATT--------G--------G--------AAAATCTTGTATA------TAGGTTT--------T-GTTTTAAATGACCACAAACTTTGCATTAAAAA-TAGAA---TGAAA----------------------GA--GAGAGAAAGAGAGAGAGACATCAAATGAAAGACCTTTAATTTTGTC--T---ATACCA----------------TGT-------GCCATTCAGAT-----AAGTAA--A----------------------AAA-AA-ACATCAGTAGAGAATGTGATA-------AA-G--GGAGACA------GAAACAGAGA------TAT---AT-CA------AT---ATTCATATA--AGTAT--AATATTCTCAGTGTTGACTTCAAATGAGATCAAGGACCAGTCTACAGTTCC-CT---ATGTATACC
gi|9 : taTC--T---ATGAAA----------------TCT-------CCAATTCAAATGTTTAAAGTAGTTAATTCAGTTACTTCACCTATGT-AAA-AATACATTTGGAGAGGACATGATA-------AA-G--AG----G------CAGACAGAGA------TAT---AT-AATATAAAAA---AATCATATC--CGTATTGAAAA---TCA-TTTAGGC------TTAAATTA---------CTTGAGTTCC-CC---ATGTAAACCTGGTAATCTAGCATAAGTTATCTGACATTAAG-AAAATAAC-CGAAAAA----GTCACTGTGCG---GTGACAATTGATTGTT-AACAAACACA-------ATCGCCAAATTCAACTCAAATCTACCAATTAT-----A-TCTGAGACATTCAGAACATCAagtatttatc