lowQualScore : 111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444 222222222222222222222 111111 33333 11 11111111 222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 333333333333333 11111111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555 888888888888888888888 4 3 99 999999 88 77 11111 11 4 1 66666666 1 4 4 222 0 77 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 33 4444 1 1 1 888888 66666666 5 22 44444 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 22 11111111 6666666 2 888 222222222222222 44444444444444444444 55 222 44444444444444 22 77 666666 44444444 1 99999 4 5 1 6
lowQualScore : ................... ..................... . . .. ...... .. .. ..... .. . . ........ . . . ... . .. . ............................................................. ... .. .... . . . ...... ........ . .. ..... . ..................................................................................................................................................................................... . .. ........ ....... . ... ............... .................... .. ... .............. .. .. ...... ........ . ..... . . . .
lowQualScore : 0000000000000000000 555555555555555555555 0 2 22 888888 77 99 22222 99 4 6 77777777 0 4 4 333 9 66 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11 2222 9 9 9 111111 99999999 5 22 66666 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 99 88888888 6666666 7 999 333333333333333 22222222222222222222 66 888 99999999999999 11 33 000000 00000000 7 88888 3 7 3 6
consensus : AACATGTGAATTAAGTATTGTC-ATGATATATGCAAAGTCCCNTGCTGACTAAGANCAA--ATA-----ATTGAAGTAG-GTT--CTA-----AT--TT-ACCGACGATA-------TTTTGAG-AGTT-GTTTACATATGGGAA-A----AG-GG---TT-----CA---------ATT------------CGTC------------GTCAT---GT--TATG----CTGA-AC-A-CTT----C-TG--------TGCAGTATATGGAAATAC--ACAGCCTC----CAT-ATG--------T--CG--------A----A-----GT-------------C----------C-T------TG-N--------CC--TT-----TGAG-G---TAG------NCGCC------CAG-GA-T-TG----CA-N-A------CG-ACA------C-------A-----TG-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--TC----C--ATGCATTT-GGAAGTTACAGGNCGGACAC-GACCAACA-----AT-------------GCAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCCTC-CAT------ATG---C----CNA--A--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( gi|2 ) : AACAAATTAAT-AAGCAATGCCCATGATATATGTAAAATC-------AAT--AAATCAA--ATA-----ATTGAAGTAG-ATT--CTA-----AT--TT-ACTGACAATA-------TTTTAAG-AGTT-GTTAATATATGGGAA-A----AG-GG---TT-----CA---------ATT------------TATT------------GTCAT---GT--TATG----CTGA-AC-A-CTT----A-TG--------TGCAGCATATGGAAATAC--ACAGCCTC----AAT-ATG--------T--TG--------A----A-----GT-------------C----------C-T------TG-T--------CC--TT-----TGAG-A---TAG------AGGTT------AAG-GATT-TG----CA-A-A------TG-ACA------C-------A-----T--------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--TC----C--ATGCATTT-GGAAATCACAGGGTGGTCAA-GATGAACA-----AT-------------GCAA-TA---TAT-TG-----------AAAT--ACACAGCCTC-TAT------ATG---C----CTA--G--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGG
gi|8 : AACATGTGAATTAAGTATTGTC-ATGATATA--CAAAGTCCCCTGCTGATTAAAAAC-A--ATA-----ATTGAAGTAG-ATTTACCA-----AT--TT---------TA-------TTTGGAG-AGTT-GTT--TACATACGAA-A----AA-TG---TTGAAAACAG--------AAA------------CATC------------ATCAT---GT--AATT----CAGA-AC-A-CTT------------------------------ATAC--ACAGTTTC----CAT-ATG--------C------------A----A--------------------C----------T-T------TG-A--------CT--TT-----AGAG-G---TTG------TCATT------CCG-G-TC-TG----CA-C-A------CA-ACAAGTGTTC-------A-----TGTTATG--CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--TT----T--GAACGTTT-GGAATTT---------TCTA-GAT------------------------------TA---TAC-AA-----------AAAC--ACACAGCATC-AAT------TTG---T----CAA--A--GTCCT
gi|16 : ATATG--AAGTCCCA----AAC--AGATTAACAACA-----ACTGAAGTAG-GTT--CTT-----ACAGTT-ACAGGCGATA-------ATTTACG-AGTT-GTTTACATACGAAAA-A----AT-TG---TT-----AA---------Aata
gi|5 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaCAA--ATATATATATTGAACAAA-CTT--CTATTAGTGT--TT-ACTGACAATA-------ATTTGAG-AGTT-GTTTATAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|18 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgaAA--ATA------TTGAAGTAG-GTT--CTA-----ATG-TTAACCGGCGATA--------TATAAT-GGCTAGTTTATATATCGAAA-A----AC-TG---TT-----CA---------acttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|31 : gtgaaatgcgaggtctcctaccatttgacggcaA--ATA-----ATTAAAGTAG-GTT--CTAAC---AT--TT-ACCGACAATA-------TTTTGGGAAATT-GGAAA---ATGAGAA-C----TG-GA----------CA---------ATTACTCCATATGTACATTGTATGACTCGTGGTCAT---GT--TGTG----CTGG-AC-A-Cgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|33 : A--ATA-----CTTGAAGTAG-GTT--CTAAC---AT--TT-ACTGACGATATTAAAGTTTTTGAG-AGTT-ATTTACATAT
gi|1 : atggaatttactaagtcccctactgattgacaacAAGTAGGATT--CAAT----AT--TT-GCTGACAATA-------TTTTGAG-AGTT-GTTTAGAAACGGAAA-A----AC-TG---CT-----CA---------Atcaa
gi|28 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaac-----AT--TT-AACGACAATA-------TTTTGAC-AGTT-GTTTACATATAGAAA-ATCCAAG-GGAAATG-----CAGACAGGTAAATT------------TGTTAGGC--------GTCATCACGT--TTTA----CTGA-AC-A-CTT----T-TG--------TGCAGTATATGGAAATAC--ACAGCCTC----aatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|11 : cT-ACTGAAAATA-------TCTGAAG---TT-ATT------TG--AA-A----ATCGG---TT-----CATGC------ATT------------TA--------------G--AG---GT--TAAG----AGGACAC-AACCT----A-CAA-------TGCAGTATATGGAAATAC--ACCGTATT----CAT-ATG--------C--TT--------A----A-----ATATTCTGTGCATAAC----------C-T------TG-C--------CC--TT-----TAAA-T---TAG------
gi|4 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgtgttaATACGTGAAGA----AG-AG---TT-----TA---------ATG------------TTTA------------G--AT---GT--T-TGAAAACTGA-GCTA-TTTGCAAA-TGGGAAAAACTGCGGCATA-GGAAATATGGACAG--TT----AA----G--------T--TG--------GTT--A-----GA-------------C----------AAT------TACT--------CCAATT-----TGAGCA---TGT------GTGTG------CAG-CATA-TG----GA-A-A------T--ATA------C-------AGCTTCTG-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--TC----C--TTACATTT-GGAAGATACAAGGCAGATAT-GACTAAGG-----AT-------------GCAG-TG---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCCTC-CAT------ATG---C----CTA--A--ATCCccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|5 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaAA-A----TG-GG---TA-----TA---------ATA------------TATC------------ATCAT---GT--AATG----CTGA-AC-A-ATT----C-TG---------GCAGTATTTGGAAATAC--ACAGCCTC----TAT-ACG--------T--AC--------A----A-----GT-------------C----------C-TGTA---TG-TGAA-----GT--TT-----TGAG-G---TAG------CCATC------CAG-AA---------CACC-A------TG-TTA--------------A-----G--------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--TC----C--
gi|1 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactG-GG---TA-----TG---------ATT------------TATT------------GTCAT---A----ATA----CTGA-GC-A-CAT----T-TG--------TGTAGTATATAAATATAC--ACAGCCAC----TAC-ATA--------T------------A----A-----GT-------------C----------C-TGTA---TG-TGACTTTGACT--TT-----TAAG-G---TAC------ATACC------AAGCGGTCATG----CA-A-AACTCTCTG-TCATCT---T-------A-----TA-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCTC----CAAATGCATg
gi|26 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccat-GG---TA-----CA---------TTT------------CATT------------GCCAT---AT--TATG-------A-AC-A-CTT----C-AG--------TGCAATATATaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|3 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataA---------GTT------------TGTT------------GTCAT---TT--TATG----CTGA-AC-A-CTT----C-TG--------TGTAGTATTTGGAAATAC--AC--TCTC----CAC-ATGCACAATCCT--TG--------A----ATAT--GA-------------C----------C-T------TG-A--------CC--TC-----TGAG-G---TAG------
gi|41 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatA---------ATT------------TGTC------------TTCAT---GT--TATA----CTTA-AC-A-CTT----C-AG--------TGCAGTATATGGAAATA---ACAGCccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|6 : agtaa---------ATT------------TGTC------------TCCAT---GT--TCTA----CTGA-AC-A-CTT----C-TC----------CAGTACATGGACATAT--ACAGCCTC----CAT-ATG--------T--GG--------A----A-----GT-------------C----------C-TGTA---TG-TGAGCTTCACC--TC-----CAAG-G---TAG------CCACC------CAA-AAGT-TGTGCACA-ACA------TGTACA------C-------T-----G--------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--TC----C--ATACATTT-GGAAGTAACAAGCCG--CAC-AGTCAACA-----AT-------------GCAA-TA---TACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT------ATG---C----CGA--A--GTCTTGTATt
gi|22 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatg---------ATT------------TGTC------------TTCAT---TT--CATG----CTAG-AC-A-CTT----C-TG--------TGTAGTATATAGAAATTC--ACAGCCTC----CCT-GTG--------T------------A----A-----GT-------------C----------C-T------
gi|43 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatg---------ATT------------CATC------------ACCAT---GT--TACA----CTGA-AC-A-TTT----C-TG--------TGCAGTAgtatgtgtgtgaccttcaaccaccaggcagtcgcacccaccttaaaattg
gi|13 : caggtatgTT------------CAAT------------GTCAT---AC--TATG----CTGA-AC-A--TT----ATTG--------TGCAGTATATGGAAATTC--AAAGCCTC----CAT-ATG--------T------------A----G-----GT-------------C----------cttaaa
gi|10 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtT------------GTCAT---AG--TAAA----CTGG-AA-A-CTT----C-TG--------TGCAGCATATGGatatacgtgattttgcactagccaacaaattcttgcatacatcacttcagtcacaattgctgaatacttctgtaaagttgtttgaaaaaaggtctgtgcatttaggaagaaacaggcagccacaaaaaaccatgatatatat
gi|32 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaata------------GTCAT---GT--AACG----CTGA-AC-A-GTT----A-TG--------Tgtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|30 : atgatgggcacctctgtgcagtttatggaaataaacagccgccataagtatacctacggtatgtgtcagTCAT---GTCATATG----CTGA-AC-A-CTT----T-TG--------TGtattcaaaaatcagttc
gi|15 : caatgcagtatatggaaatacacagctttcatgtgccaaatttttgtatttgacctttcaagtagcgaT--TAT------TGA-AC-A-CTT----C-TG--------TAAAGTGAATGGAAATAC--ACATCCTC----CATTATA--------TCATGCACAATT-A----A-----GT-------------C----------C-T------T---------------TT-----TGTG-ACCTTGA------ACACT------AAG-G--T-AG----CC-A-A----------------------------------------------CACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--TT----C--AATTATTT-GAAACTTACAAGGTTGACAC-GAGCAACT-----AT-------------GCAG-TA---TAC-AG-----------GAAT--ACACAGCCTC-CATA-----ATG---C----aattggtcaatacatgtagaagt
gi|32 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttATG----ATGG-GC-A-CCT----C-TG--------TGCAGTTTATGGAAATAA--ACAGCCGC----CAT-AAG--------T--
gi|44 : G----CTGA-AT-A-TTT-------G--------TGCAGTATATGAAAATAC--ACATCCTC----CAT-atacctacggtatgtgtcaggtcatgtaacgctgaacagttatgttattcaaaaatcagttc
gi|27 : aaA-AC-A--------A-TG--------TG--GAATATGGAAATAC--ACCACTTC----CAT-ATG--------C--CA--------A----A-----GTA------------CTGCACATGAAC-T------TG-A--------CC--TT-----TGAG-A---
gi|11 : aacatcgccttgttattctgaataattctgtgacattatcggaaaatttgtccatacatttgggagtcacatc--------TGCAGTATATGCAAATAC--ACTGCCTC----CAT-ATG--------C--CC--------A----A-----GC-------------C----------C-CAATACCTG-A--------CC--TT-----TGAG-A---TAG------TTGTTGCACACAAG-CA----G----CA-C-A---------ACG------C-------A-----TGTGTTATACTGAAAATATCTG--AAGT-TATTTGAAAAT---CGG--TT----C--ATGCATTT-AGAGGTTA-AGA--GGACAC-AACCTACA-----AT-------------GCAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACCGTATT-CAT------ATG---C----TTA--AATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAA
gi|12 : a--------TGCAGTATATGGAAATAC--ACAGCCTC----CAT-ATG--------C--CA--------A----A-----GT-------------C----------C-TGCAAC-TG-G--------CC--TTGAATTTGAA-G---TAG------TCGCC------CTG-GTGT-TG----CG-C-G------CG-TTA------C-------G-----T--------CTTAACATTT-TGGGAAGG-TAT-----------------C----C--ATGCATGT-GGAAGTTACAAACCGAACAC-AACCAACA-----AT-------------GCAG-TA---GAC-GG-----------AAAT--ACACAATCTC-TAT------AT----C----CTA--A--Gattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|19 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaa--------TACAGTATATGGAAATAC--ACAGCGTC----CATGACC--------T--TA--------AGTCCA-----GTACGTGA-------C----------C-T------TG-A--------CC--TT-----TGAT-G---TAG------
gi|21 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttatgcattttgaagtgacgggttggacacgagcaacaa--------TACAGTATATGGAAAAAC--ACAGCGTC----CAT-GAG--------C--TT--------A----A-----GTCCAGTACGTGA--C----------C-T------TG-A--------CC--TT-----TGAT-G---TAG------tcgttca
gi|35 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagttatgcattttgaagtgacgggttggacacgagtaataa--------TGCAGTAGACGGAAATAC--ACAATCTC----TAT-ATC--------C--T---------A----A-----GT-------------C----------C-tcgt
gi|30 : tttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaa--------TGCAGTATATGGAAATAC--ACAGCTTT----CAT-GTG--------C--CA--------A----ATTTTTGT-------------A----------T-T------TG-A--------CC--TT-----TCAA-G---TAG------CGATC--------------------------A------TG-TCA------T-------A-----TG-------CTGAACACTTTTGTGAA------TTG----------G--TC----A--ATACATGT-AGAAGT
gi|42 : caa--------TGCAATATATGGATATAC--ACAGCCTC----CAT-AT
gi|14 : tttgaagtggtgtacacaaccaacaaGCAGTATATAACAATAT--ATAGACTT----AAT-ATGCC------T--TGTTATGGCCA----T-----GA-------------T----------C-T------TG-A--------CA--TT-----TGAG-A---TAGCTACCCAGGTT------TTG---TT-TG-------A-A---------ACA------C-------A-----T--------ATTA----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--CC--------TACATTT-GGAAGTAATAGAGAGGACAC-AACCAACA-----ATATTTTACTATTTAACAATTAGTTTAC-TG-----------AAATAAACGCAGCCTCAAAA------ATA---T----CTA--A--GTCTTGTATAT
gi|40 : caggacacaactaataaaTAC--ACAGCCTC----ATT-ATG--------T--CA--------A----G-----GT-------------C----------C-T------
gi|9 : caactacaacaactaaacaatat--ACAGCCTATATAAAC-ATG--------T--GT--------C----A-----GT-------------C----------C-TGTA---TG-TA-------CC--TT-----TGAG-G---TAG------CTGCC------AAG-GTGT-TG----CA-C-A------CA-ACA------CTTCTTTTA-----TG-------CTGAACATTTCAGTGAAatagatggccttgacctttaa
gi|27 : caagtgaataaagttctgccatgcaaaaccaagtcccctactggttgataaaaattattgaagcaggctaaatgttaaccgatgacatttcaacttgtttacatgctgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtg-----T--------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--TC----C--ATACATTT-GGGAGTCACA------TCAA-------CA-----AT-------------GTGG-AA---TAT-GG-----------AAAT--ACACCACTTC-CAT------ATG---C----CAA--A--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGtgtcgtcaagttaggctggacg
gi|24 : aacatcgccttgttat-----T--------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--TT----C--ATACATTT-TATTGTTACAGGGCTGACAC-GATAATCA-----A--------------GTAG-TA---TAT-GA-----------AAAC--ATACAATGTC-CAA------ATG---C----CCA--A--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGa
gi|3 : ttgtcttgttat--------CTGAACACTTCTGTGTAG--TATTTGGAAATA--CAC--TCTCCAC--ATGCAtaacttcaggttt
gi|13 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatg--------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--TC----T--GTGCATTTAGGAAGAAACA-GGCAGCCAC-AAAAAACC-----AT-------------G--A-TA---TAT-caatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|12 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtttcaatgtcatactatgctgaacattattgtgcagtatatggaaattcaaagcctccatatgtaggtcatatacgtgattttgcactagccaacaaattcttgcatacatcacttcagtcacaattgTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--TA----G--GTGCATTT-GGAAATTACAGGACAG-CAACGAC-AACA-----AT-------------GCAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCCTC-CAT------ATG---C----CAA--A--GTCCTGCAACTGGCCTTGAATTTGAAGat
gi|35 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgttt--TC----C--ATGCATGT-GGAAGTTACAAACCGAACAC-AACCAACA-----AT-------------GCAG-TA---GAC-GG-----------AAAT--ACACAATCTC-TAT------AT----C----CTA--A--GTCCtagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|19 : tttgggaaggta--ATGCATTT-TGAAGTGACGGGTTGGACAC-GAGCAACA-----AT-------------ACAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCGTC-CAT------GAC---C----TTA--A--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGA
gi|21 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagtt--ATGCATTT-TGAAGTGACGGGTTGGACAC-GAGTAATA-----AT-------------ACAG-TA---TAT-GG-----------AAAA--ACACAGCGTC-CAT------GAG---C----TTA--A--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtgtagtcgttca
gi|36 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagttGGACAC-AATCAACA-----AT-------------GCAG-TC---ACT-TG-----------AAAT--ACACAGCCAG-CAC------ATG---C----CGA--A--ATCATGTATGTGACTTTtgtagtcgt
gi|44 : cAA-GCTGAATATTT--GT-------------GCAG-TA---TAT-GA-----------AAAT--ACACATCCTC-CAT------tcttatgaagtagt
gi|5 : TGAACA-----ATTCTG---------GCAG-TA---TTT-GG-----------AAAT--ACACAGCCTC-TAT------ACG---T----ACA--A--GTCCTGTATGTGA
gi|28 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgcTGAACACTTTTGT-------------GCAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCCTC-agttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|3 : catttaacgacaatattttgacagttgtttacatatagaaaatccaagggaaatgcagacaggtaaatttgttaggcgtcatcacgttttacTGAACACTTCTGT-------------GTAG-TA---TTT-GG-----------AAAT--ACAC--TCTC-CAC------ATG---C----ACA--A--TCCTTGAATATGACCTTGACCTCTGAGG
gi|14 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgcAATA-----AA-------------GCAG-TA---TAT-AA-----------CAAT--ATATAGACTT-AAT------ATG---C----CT---T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|42 : caggacacaactAACA-----AT-------------GCAA-TA---TAT-GG-----------ATAT--ACACAGCCTC-CAT------ATatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|30 : tttgaagtggtgtacacaaccCA-----AT-------------GCAG-TA---TAT-GG-----------AAAT--ACACAGCTTT-CAT------GTG---C----CAA--A--TTTTTGTATTTGACCT
gi|1 : T-------------GTAG-TA---TAT-AA-----------ATAT--ACACAGCCAC-TAC------ATA---------TA--A--GTCCTGTATGTGACTTTGACTTTTAAGGttcaagtagcgatcatgtcatatgctgaacacttttgtgaattggtcaatacatgtagaagt
gi|22 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgT-------------GTAG-TA---TAT-AG-----------AAAT--TCACAGCCTC-CCT------GTG---------TA--A--GTCCTGTATGTG--TGTGACCTTCAAtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|6 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgatttgtcttcatttcatgctagacacttctgCAG-TA---CAT-GG-----------ACAT--ATACAGCCTC-CAT------ATG---T----GGA--A--GTCCTGTATGTGAGCTTCACCTCCAAGGccaccaggcagtcgcacccaccttaaaattg
gi|15 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgatttgtctccatgttctactgaacacttctcAT-GG-----------AAAT--ACACATCCTC-CATTATATCATG---CACAATTA--A--GTCCTTTTTGTGACCTTGAACACTAAGGtagccacccaaaagttgtgcacaacatgtacactgctgaacacttccgtgaagtaatttgaaaattagtccatacatttggaagtaacaagccgcacagtcaacaatgcaatatacatgtatgtatgaacaaatacacagtctcaatatgccgaagtcttgtat
gi|40 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttttattgaacacttctgtaaagtgaT--ACACAGCCTC-ATT------ATG---T----CAA--G--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAAtagccaacacttctgtttagtaatttggaagttgattcaattatttgaaacttacaaggttgacacgagcaactatgcagtatacaggaatacacagcctccataatgc
gi|10 : caactacaacaactaaacaatatAT------ATGGGTC----CTAAAG--GTTCTGATTATGACCTTGACCCTT
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTGATATAAAACTCAATCAGAGGCAATTGGTTTTAAAACAATTTGTTTGCTAATATAGAATTATTTTATAAGGTTAATTTAGCAACGTTATGCTATCAAGAATTGAGTTCAGTATTGTAATACAATACAAAGTCCCAGACAGTTTGATAACACTATACTGAAGTAGGTTCTTACATTTATAGGCGATTCTTTGCGAGTTGTTTACATACGGTTTAAACTGCTCGAAATGAGCTAAGGAAATGCAGACATGTAATTGGGCCAGTCATTAACTATATAAGAATGGTTCGTCGTCATGGTATAATTAGCATAATTGTGCAGTATGTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTGGAATAAAAAAGTCAATTGTACCAGCAGTTTTATAGGAATTCTCGACCTAATATTATTCTAGCCAGTTTCCTCAAGCAATAATACAGCAACAAGTGAATTGCGTATTGTCATTCAATAAAATGTCCTCTACTGGTTGACAACAATATACTGAAGCAGATTTTAACAAATACCAACAATATTTTGATCATTGTTTACATTCAAAAATCAAAGTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTAACTAGTAGAAAACCCCCTATCAATTGACAACATTAATTAAAGAAGTTTCTCACTTTTAATGGGGATATCTTGAGAGTTGTTTACATACACAAAATAATATTCAAAATAAGCCACATGAAATGCTGCAAGTATTAAAGTTGGCTGGACCATAACTCAATAGGTATGATTA
Unaligned ( gi|23 ): GAGAATGATGTAGAAATATTGAATCTGGAAGAGAGTTAAATACTGCCATGCAATACAAAGTCCCCTACAGGTTGACAACAATATATGGAAGTAGAGTTGACCAACAAATATTTTAGAGTCTTTTACATACCAAAAAAAAACTGTTCAAAATAAGTGATGGGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): CGAATTAAGTATTGTAAAGTCCCCTTGAAGTTGATAACAGTATATTGAAATTGTAAAGTTTGTCAACGGTATTTTGAGAGTTGTTCACTTAAGGAAAAACTGAAATGGGAAATGCAGGTGATGATTTTGTTCAAACATATTTATTC
Unaligned ( gi|29 ): AGGGAATAATGTAGGAAAACAAGTGAATTAATTATTGCCATGAAAATACAATGTTCCTTGCTGGTTGACAACATATAATATTTACCTATTATATTATTAGAGTTGATTACATACAGAACA
Unaligned ( gi|34 ): CATCATGAGAATACATGTAAAACAGGCGAATTAAGTATTACCATACAATATAGAAATTCCTATCAGCTGATAACAATGTATAAAGAAGGTCTTTGTAATGT
Unaligned ( gi|37 ): CGACGTCATTTTGAAAGTTTTTTTACATACGGAAAACTTGTTCAAGATGAGCCACATGAAATACGGACAGGTAAGTTGGCTAGAT
Unaligned ( gi|38 ): TCAAACCAGTGAATTAAGTATTGCCATGTAATACAAAGTCTCCTACCAGTGTACAACAATAATTAAAGTAGGTTCTAAAAT
Unaligned ( gi|39 ): AACAAGTGAATTAAGTATTGCCATGTACAATACGTAGCCCCCTTTTGGTTGATGAAAAGATATTGTAGTAGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333 333333333333333333333333333333333 22222222222222 111111111111111 11111111111111111 22222222222 111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111
lowQualScore : 777 33 66666 6 2 666666666666 2 1 111111111111111111111111111111111 44 2 66666666666666 2 2 6666666 111111111111111 44444 1 1 4444 333 88888888888888888 22 4 22222222222 555 777777 000000000 7777777 2 2 44444 0 1 1 555555 33 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 2 444 33 33 22 2 3 2 88 0 22 44444444444444444 8888888888 22 22 2 2 1 33 0
lowQualScore : ... .. ..... . . ............ . . ................................. .. . .............. . . ....... ............... ..... . . .... ... ................. .. . ........... ... ...... ......... ....... . . ..... . . . ...... .. . ........................................................................................................................................................................................... . . . ... .. .. .. . . . .. . .. ................. .......... .. .. . . . .. .
lowQualScore : 333 77 77777 5 5 222222222222 1 7 666666666666666666666666666666666 44 1 66666666666666 1 0 2222222 999999999999999 88888 9 9 0000 333 88888888888888888 77 0 22222222222 000 333333 000000000 6666666 2 0 88888 7 6 9 888888 11 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 4 2 111 22 22 99 4 8 5 22 8 44 77777777777777777 8888888888 99 88 0 0 0 11 8
consensus : AACA--AGT--GAATTAAGT-----ATTGCC-AT--G-NAT-ATACAAA-GTCCCCTAC----CGG--TTG-A-CAACAA-ATA-----ATTGAAGTAGG-TTCT-A-----A---T----TT-ACCGAC-GATATT-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TACGGAAAA----A-NN---G---TT-----CA---------ATT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGAACACTTCTGTG-CAGTATATGGAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T------TG---A------CCTT-----TGAGGTAGCCG---CCCAG-G-N---T--T-GCAC-G------C---------GACA-----------C-------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( family-87 ) : AACA--TGT--GAATTAAGT-----ATTGTC-AT--GATAT-ATGCAAA-GTCCCNTGC----TGA--CTA-A-GANCAA-ATA-----ATTGAAGTAGG-TTCT-A-----A---T----TT-ACCGAC-GATATT-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TATGGGAAA----A-GG---G---TT-----CA---------ATT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGAACACTTCTGTG-CAGTATATGGAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T------TG---N------CCTT-----TGAGGTAGNCG---CCCAG-G-A---T--T-GCAN-A------C---------GACA-----------C-------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGNCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCNAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
gi|1 : AACAAGTGTCGGAGTTAACT-----ATTG----------AA-ATACAAT-GTCCTGTAC----C-A--TTG-A-CAACAA---------------GTAGGATTCA-AT----A---T----TT-GCTGAC-AATATT-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAG---A-----------------AACGGAAAA----A-CT---G---CT-----CA---------A
gi|1 : a-GG---G---TA-----TG---------ATT-------TATT-GTCATA--ATAC-----TGAGCACATTTGTG-TAGTATATAAATATAC-ACAGCCAC------TA--C-ATA--------T-------------------AA-----GT-------------C-----CTGTATGTGACTT------TG---A------CTTT-----TAAGGTACATA---CCAAGCG-G---TCAT-GCAA-AACTCTCT---------GTCATCT--------T-------A--T---A-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCT--CCAAATGCATaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatTA----------TATAA--AAAT--ACCCAGCCTC-CAA-ATGCATAA--GTCCTGTTTGTAACaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtaAACA--AAT--GGATAAAGT-----ATTGCC-GT--GCAAG-ACG--AA-GTCCGCTAC----CGG--TTG-A-AAACAATATA------TTGGAATAGG-TTCA-ACT---A---T----TT-ACCGAT-GATATT-------TTG---------------A-----CAA-TC-TC----TTAC---A-----------------TACAAAAAA----A-tcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : -GTCATAGTAAAC-----TGGAAACTTCTGTG-CAGCATATGG--GTCCTAAAGGTTC------TGATT-AT-------------------G---------A---------------------C-----C-----------T------TG---A------CCCT-----TGTGGTAGCCA---CCCAG-G-T---T--T-G-AG-AT-----C---------AACATGTCGT-----C-------A--T---G-------CTaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatgtcatagtaaactggaaacttctgtgcagcatatgggtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatTG-CAGTATATGCAAATAC-ACTGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------C---------AA-----GC-------------C-----C-----------CAATACCTG---A------CCTT-----TGAGATAGTTGTTGCACAC-A-A--------GCAGCA------C---------AACG-----------C-------A--T---GTGTTATACTGAAAATATCTG--AAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--TC--ATGCATTT-AGAGGTTA--AGA--GGACACAACCTACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACCGTATT-CAT-ATGCTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAtt
gi|11 : aTG-CAGTATATGGAAATAC-ACCGTATT------CA--T-ATG--------CT--------T---------AA-----ATATTCTGTGCATAAC-----C-----------T------TG---C------CCTT-----TAAATTAGCCA---CTCAG-T-T---T--T-GCTA-G------C---------G--T-----------T-------A--T---C-------TTAAACACCTCT-TTAAGT-TAattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|12 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgtgttatactgaaaatatctgaagttatttgaaaatcggttcatgcatttagaggttaagaggacacaacctacaaAGGTAACCG---CCCAA-G-G---T--T-CGATCG------T---------GACTTGT--------C-------A--T---G-------TT-----TTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--T--AG--GTGCATTT-GGAAATTAC-AGGACAGCAACGAC-AACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCAAA--GTCCTGCAACTGGCCTTGA-ATTTGAAGcaaagtagacacaaaagt
gi|12 : TG-CAGTATATGGAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------A---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGCAAC-TG---G------CCTTGAATTTGAAGTAGTCG---CCCTG-GTG---T--T-GCGC-G------C---------GTTA-----------C-------G--T-----------CTTAACATTT-TGGGAAGG-TAT-------------------CC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--tagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|13 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaa---TT-----CA---------AT-------------GTCATACTATGC-----TGAACATTATTGTG-CAGTATATGGAAATTC-AAAGCCTC------CA--T-ATG--------T-------------------AG-----GT-------------CATATAC-----------G------TG---A-------TTT-----TGCACTAGCCA---ACAA----ATTCT--T-GCAT-A------CATCACTTCAGTCA-----------C-------AATT---G-------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--T--CT--GTGCATTTAGGAAGAAAC-AGG-CAGCCACAAAAAACCATG-------------------ATA----------TAT
gi|14 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtGGACACAACTAATAAAG-----------------CAGTA----------TATAA--CAAT--ATATAGACTT-AAT-ATGCCT-T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGat
gi|14 : caG-CAGTATATAACAATAT-ATAGACTT------AA--T-ATG--------CCTTGTTATGGCC-------AT-----GA-------------T-----C-----------T------TG---A------CATT-----TGAGATAGCTA---CCCAG-G-T---T--TTGTTT-G------A---------AACA-----------C-------A--T---A-------TTA-----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--C--CT--A--CATTT-GGAAGTAAT-AGAGAGGACACAACCAACAATATTTTACTATTTAACAATTAGTT----------TACTG--AAATAAACGCAGCCTCAAAA-ATATCTAA--GTCTTGTAatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|15 : caggacacaactaataaaTTAT-------TGAACACTTCTGTA-AAGTGAATGGAAATAC-ACATCCTC------CA--TTATA--------TC--------ATGCACAATTAA-----GT-------------C-----C-----------T------T-------------TT-----TG-------TG---ACC---------T--T-GAAC-A------C---------TA-A-----------G-------G--TA--G-------CC-AACACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--T--TC--AATTATTT-GAAACTTAC-AAGGTTGACACGAGCAACTATG-----------------CAGTA----------TACAG--GAAT--ACACAGCCTC-CATAATGCtat
gi|16 : gggagcatactaggcaagttgacttggattattt--GAATTTAGTTCAGAATTGCC-AC--ACAAT-ATG--AA-GTCCCAAAC----AGA--TTA-A-CAACAA----------CTGAAGTAGG-TTCT-T-----A---CAG--TT-ACAGGC-GATAAT-------TTA---------------C-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TACGAAAAA----A-TT---G---TT-----AA---------A
gi|16 : tcag---------ATT-------CGTC-GACATGTTATAC-----TCAGCATATCTGTG-CAGTATGTTAAAAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|17 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaatatgaagtcccaaacagattaacaacaactgaagtaggttcttacagttacaggcgataatttacgagttgtttacatacgaaaaaattgttaaaaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgAACA--AGT--GAATTGCGT-----ATTGTC-ATTCAATA------AAATGTCCTCTAC----TGG--TTG-A-CAAC-A-ATAT----ACTGAAGCAGA-TTTT-A-----A---CAA--AT-ACCAAC-AATATT-------TTG---------------A-----TCA-TT-GT----TTAC---A-----------------T
gi|18 : attggaataaaaaagtcaattgtaccagcagttttataggaattctcgacctaatattattctagccagtttcctcaagcaataatacagc-ATGCGAG-GTCTCCTACCATTTGA--C-----GGCAAA-ATA------TTGAAGTAGG-TTCT-A-----A---TG---TTAACCGGC-GATA-T-------ATA---------------A-----TGG-CTAGT----TTAT---A-----------------TATCGAAAA----A-CT---G---TT-----CA---------tcaaaaatcaaagtgttgaa
gi|19 : gtgaa--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGCAACAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCGTC-CAT-GACCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|2 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttAACA--AAT--TAAT-AAGC-----AATGCCCAT--GATAT-ATGTAAA-ATC------------A--ATA-A--ATCAA-ATA-----ATTGAAGTAGA-TTCT-A-----A---T----TT-ACTGAC-AATATT-------TTA---------------A-----GAG-TT-GT----TAAT---A-----------------TATGGGAAA----A-GG---G---TT-----CA---------ATT-------TATT-GTCATGTTATGC-----TGAACACTTATGTG-CAGCATATGGAAATAC-ACAGCCTC------AA--T-ATG--------TT--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T------TG---T------CCTT-----TGAGATAGAGG---TTAAG-G-AT--T--T-GCAA-A------T---------GACA-----------C-------A--T-----------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--T--CC--ATGCATTT-GGAAATCAC-AGGGTGGTCAAGATGAACAATG-----------------CAATA----------TATTG--AAAT--ACACAGCCTC-TAT-ATGCCTAG--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGGtgtagtcgttca
gi|20 : AAA-ACCCCCTAT----CAA--TTG-A-CAACAT--TA-----ATTAAAGAAGT-TTCT-C-----ACT-T----TT-AATGGG-GATATC-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TA
gi|21 : acattaactagtag--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGTAATAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAA--ACACAGCGTC-CAT-GAGCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAcacaaaataatattcaaaataagccacatgaaatgctgcaagtattaaagttggctggaccataactcaataggtatgatta
gi|22 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagtt---------ATT-------TGTC-TTCATTTCATGC-----TAGACACTTCTGTG-TAGTATATAGAAATTC-ACAGCCTC------CC--T-GTG--------T-------------------AA-----GT-------------C-----C-----------T------tgtagtcgt
gi|22 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgTG-----------------TAGTA----------TATAG--AAAT--TCACAGCCTC-CCT-GTG--TAA--GTCCTGTATGTG--TGTGACCTTgtatgtgtgtgaccttcaaccaccaggcagtcgcacccaccttaaaattg
gi|23 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgatttgtcttcatttcatgctagacacttctg--GAGTTAAAT-----ACTGCC-AT--GCAAT-A--CAAA-GTCCCCTAC----AGG--TTG-A-CAAC-A-ATAT----ATGGAAGTAG-------A-----G---T----TG-ACCAACAAATATT-------TT----------------A-----GAG-TC-TT----TTAC---A-----------------TACCAAAAA----A-AAACTG---TT-----CA---------Acaaccaccaggcagtcgcacccaccttaaaattg
gi|24 : gagaatgatgtagaaatattgaatctggaaga-------A--T---T-------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--T--TC--ATACATTT-TATTGTTAC-AGGGCTGACACGATAATCAA-G-----------------TAGTA----------TATGA--AAAC--ATACAATGTC-CAA-ATGCCCAA--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGaataagtgatgggaaaa
gi|25 : ttgtcttgtt--GAATTAAGT-----ATTGT----------------AAA-GTCCCCT------TGAAGTTG-A-TAACAGTATA------TTGAAAT-----TGT-A-----AAG-T----TT-GTCAAC-GGTATT-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TCAC---T-----------------TAAGGAAAA----A-taacttcaggttt
gi|26 : cATT-------TTG---------------A-----TAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TACAGAAAA----ctgaaatgggaaatgcaggtgatgattttgttcaaacatatttattc
gi|26 : tcttaaatggctcG---G---TA-----CA---------TTT-------CATT-GCCATATTATG--------AACACTTCAGTG-CAATATATgctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataggtacatttcattgccatattatgaacacttcagtgcaatatat
gi|27 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccata-------CATC-GCCTTGTTATTC-----TGAATAATTCTGTGACATTAT-CGGAAA
gi|27 : aa-------A--T---T-------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--T--CC--ATACATTT-GGGAGTCAC-A------------TCAACAATG-----------------TGGAA----------TATGG--AAAT--ACACCACTTC-CAT-ATGCCAAA--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGatttgtccatacatttgggagtcacatcaacaatgtggaatatggaaatacaccacttccatatgccaaagtactgcacatgaacttgacctttgaga
gi|28 : aacatcgccttgtt-----A---T----TT-AACGAC-AATATT-------TTG---------------A-----CAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TATAGAAAATCCAA-GG---GAAATG-----CAGACAGGTAAATTTGTTAGGCGTC-ATCACGTTTTAC-----TGAACACTTTTGTG-CAGTATATGGAAATAC-ACAGCCTC------a
gi|29 : cAACA--AGT--GAATTAATT-----ATTGCC-AT--GA-AA-ATACAAT-GTTCCTTGC----TGG--TTG-A-CAACAT-ATA-----AT---------------------A---T----TT-ACCTAT-TATATT-------ATT---------------A-----GAG-TT-GA----TTAC---A-----------------TACAGAA
gi|3 : agggaataatgtaggaaAA-GTCCCTTAT----CAG--CTA-A-CAACAATATA------TTGAAGTAGG-TTTT-A-----A---TGCTTTT-A--AAT-GATATT-------TTG---------------A-----GAG-TT-AT----TTAC---ATAGAGT-----------TATAGGAAA----A-ca
gi|3 : ttA---------GTT-------TGTT-GTCATTTTATGC-----TGAACACTTCTGTG-TAGTATTTGGAAATAC-AC--TCTC------CA--C-ATGCACAATCCTT--------G---------AATAT--GA-------------C-----C-----------T------TG---A------CCTC-----TGAGGTAGCCA---CCCAA-GTG---T--T-GCGC-A------C---------AACA-----------C-------A--CAA-G-------TTA-----TTCTTTGAAGT-ctttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgctgaacacttctgtgtagtatttggaaatacactctccacatgcacaatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|30 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatTG-CAGTATATGGAAATAC-ACAGCTTT------CA--T-GTG--------CC--------A---------AATTTTTGT-------------A-----T-----------T------TG---A------CCTT-----TCAAGTAGC-----------G-A---T-------C-A------T---------GTCA-----------T-------A--T---G-------CTGAACACTTTTGTG-------------AAT---TGG--T--CA--ATACATGT-AGAAGTagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|31 : caaA-ATA-----ATTAAAGTAGG-TTCT-A-----ACA-T----TT-ACCGAC-AATATT-------TTGGGAAATTGGAAAATGA-----GAA-CT-GGACAATTACTCCA-----------------TATGT--AC----A-TT---G---TA-----TG---------ACT-------CGTG-GTCATGTTGTGC-----TGGACAC
gi|32 : ATGA-----TGGGCACCTCTGTG-CAGTTTATGGAAATAA-ACAGCCGC------CA--T-AAG--------TA--------T---------A---------------------C-----C-----------T-----------A------C-----------GGTATGTG----TCAG-G-----T-----CAT-G------T---------AAC---------------------------G-------CTGAACAGTTAT-----GT-TATTCAAAAAT---CAG--T--TC--
gi|33 : -AT--GGAAT-TTACTAA-GTCCCCTAC----TGA--TTG-A-CAACAA--TA-----CTTGAAGTAGG-TTCT-A-----ACA-T----TT-ACTGAC-GATATTAAAGTTTTTG---------------A-----GAG-TT-AT----TTAC---A-----------------TAT
gi|35 : TTTGGGAA-----GG--TATCC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--GTCCtcaa
gi|36 : CGGACACAATCAACAATG-----------------CAGTC----------ACTTG--AAAT--ACACAGCCAG-CAC-ATGCCGAA--ATCATGTATGTGACTTTGTCTTATGAAG
gi|37 : CGAC-GTCATT-------TTG---------------A-----AAGTTT-TT----TTAC---A-----------------TACGGAAAA----C-TT---G---TT-----CA---------Atagt
gi|38 : GT--GAATTAAGT-----ATTGCC-AT--G-TA--ATACAAA-GTCTCCTAC----CAG--TGT-A-CAACAA--TA-----ATTAAAGTAGG-TTCT-A-----A---gatgagccacatgaaatacggacaggtaagttggctagat
gi|39 : tcaaaccaAACA--AGT--GAATTAAGT-----ATTGCC-AT--G-TACAATACGTA-GCCCCCTTT----TGG--TTG-ATGAAAAG-AT------ATTGTAGTAGG-aat
gi|4 : AACA--AGT--GAATTAAGT-----ATTGCC-GT--GCAAT-AT--AAA-GTCCCCCA-----TCA--CTTTA-CAACAA--TA-----CGTGAAGAAGA-GTTT-A-----A---TGT--TT-A--GAT-G----T-------TTG---------------AAAACTGAG-CT-AT----TTGC---AAATGGGAAAAACTGCGGCATAGGAAAT---ATGGACAG---TT-----AA---------GTT-------GGTTAGACA-ATTACTCCAATTTGAGCATGTGTGTG-CAGCATATGGAAATAT-ACAGCTTC------
gi|4 : tcatgtccatatt--T---G-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--T--CC--TTACATTT-GGAAGATAC-AAGGCAGATATGACTAAGGATG-----------------CAGTG----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--ATCCtgctgaacatttctgtgaagctgtttggaaatctgtccttacatttggaagatacaaggcagatatgactaaggatgcagtgtatggaaatacacagcctccatatgcctaaatcc
gi|40 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaatacgtgaagaagagtttaatgtttagatgtttgaaaactgagctatttgcaaatgggaaaaactgcggcataggaaatatggacagttaagttggttagacaattactccaatttgagcatgtgtgtgcagcatatggaaatatacagcttcT--ACACAGCCTC-ATT-ATGTCAAG--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAA
gi|41 : caactacaacaactaaacaatatA---------ATT-------TGTC-TTCATGTTATAC-----TTAACACTTCAGTG-CAGTATATGGAAATA--ACAGC
gi|42 : agtaaTT-TGAAGT------GGTGTACACAACCAACAATG-----------------CAATA----------TATGG--ATAT--ACACAGCCTC-CAT-ATt
gi|43 : ---------ATT-------CATC-ACCATGTTACAC-----TGAACATTTCTGTG-CAGTA
gi|44 : caggtatgGC-----TGAATATTT--GTG-CAGTATATGAAAATAC-ACATCCTC------CA--T-cttaaa
gi|5 : aaGT--GAATTAAGT-----ATTG-C-A---------ATACAAA-GTCCCCTAC----CAG--TTG-A----CAA-ATATATATATTGAACAAAC-TTCT-ATTAGTG---T----TT-ACTGAC-AATAAT-------TTG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAT---A-----------------
gi|5 : aaaaatcAAA----T-GG---G---TA-----TA---------ATA-------TATC-ATCATGTAATGC-----TGAACAATTCTG-G-CAGTATTTGGAAATAC-ACAGCCTC------TA--T-ACG--------TA--------C---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTA---TGTGAA------GTTT-----TGAGGTAGCCA---TCCAG-A-A---------CAC--------------------CA-----------T-------G--TTAAG-------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--T--CC--acttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|6 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattact---------ATT-------TGTC-TCCATGTTCTAC-----TGAACACTTCTC---CAGTACATGGACATAT-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TG--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTATG-TG---AGCTTCACCTC-----CAAGGTAGCCA---CCCAA-A-AG--T--T-GTGC-A------C---------AACATGTA-------C-------AC-T---G-------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--T--CC--ATACATTT-GGAAGTAAC-AAGCCG--CACAGTCAACAATG-----------------CAATATACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT-ATGCCGAA--GTCTTGTAg
gi|7 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgT--GAGTTCAGT-----ATTGTA-AT---ACA--ATACAAA-GTCCCAGAC----AGT--TTG-A-TAACACTATA------CTGAAGTAGG-TTCTTAC----A---T----TT-ATAGGC-GATTCT-------TTG---------------C-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TACGGt
gi|7 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaatTT-------CGTC-GTCATGGTATAA-----TTAGCATAATTGTG-CAGTATGTtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggttcgtcgtcatggtataattagcataattgtgcagtatgtt
gi|8 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaattgagttcagtattgtaatacaatacaaagtcccagacagtttgataacactatactgaagtaggttcttacatttataggcgattctttgcgagttgtttacatacggtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggAACA--TGT--GAATTAAGT-----ATTGTC-AT--GATAT-A--CAAA-GTCCCCTGC----TGA--TTA-A-AAAC-A-ATA-----ATTGAAGTAG-------------A---T----TT-ACCAAT-TTTATT-------TGG---------------A-----GAG-TT-GT----TTAC---A-----------------TAC--GAAA----A-AT---G---TTGAAAACAG--------AAA-------CATC-ATCATGTAATTC-----AGAACACTT------------------ATAC-ACAGTTTC------CA--T-ATG---------C--------A---------A---------------------C-----T-----------T------TG---A------CTTT-----AGAGGTTGTCA---TTCCG-G-T---C--T-GCAC-A------C---------AACAAGTGTTCATGTT-------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--T--TT--GAACGTTT-GGAATTTTCTAG-----------------AT---------------------TA----------TACAA--AAAC--ACACAGCATC-AAT-TTGTCAAA--GTCCTATAt
gi|9 : CA--AGT--GAATAAAGT-----TCTGCC-AT--GCAAA-A--CCAA-GTCCCCTAC----TGG--TTG-A-TAA-AA-ATT-----ATTGAAGCAGG---CT-A-----AATGT----TA-ACCGAT-GACATT-------TC----------------------AAC-TT-GT----TTAC---A-----------------T
gi|9 : -ACAGCCTATATAAACA--T-GTG--------TC-------------------A-----GT-------------C-----C-----------TGTA---TG---TA-----CCTT-----TGAGGTAGCTG---CCAAG-GTG---T--T-GCAC-A------C---------AACA-----------CTTCTTTTA--T---G-------CTGAACATTTCAGTGAAgctgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtgacagcctatataaacatgtgtcagtcctgtatgtacctttgaggtagctgccaaggtgttgcacacaacacttcttttatgctgaacatttcagtgaatgtcgtcaagttaggctggacg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): CATCATGAGAATACATGTAAAACAGGCGAATTAAGTATTACCATACAATATAGAAATTCCTATCAGCTGATAACAATGTATAAAGAAGGTCTTTGTAATGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 111111 2222222222222 1111111111111 1111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111
lowQualScore : 5555 55555 2 777777 1 22 3 888888 33 2 6666666666666 2 1 5555555 5555555 1 44444 0000000000000 1 333 999999999999 88888888888 333 5555 7777777777777777 22 55555 444 88888888 2 1 44444 1 22 1 22 1 555555 22 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 2 444 33 33 22 2 3 2 5555 0 22 44444444444444444 9999999999 33 22 2 2 0 33 0
lowQualScore : .... ..... . ...... . .. . ...... .. . ............. . . ....... ....... . ..... ............. . ... ............ ........... ... .... ................ .. ..... ... ........ . . ..... . .. . .. . ...... .. . ....................................................................................................................................................................................................... . . . ... .. .. .. . . . .... . .. ................. .......... .. .. . . . .. .
lowQualScore : 0000 99999 2 000000 8 55 5 000000 77 1 4444444444444 0 9 9999999 8888888 8 55555 0000000000000 8 222 333333333333 22222222222 999 0000 9999999999999999 00 66666 222 00000000 0 7 33333 7 44 5 44 8 555555 99 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 2 111 22 22 99 4 8 5 5555 8 44 77777777777777777 2222222222 11 99 1 1 8 22 4
consensus : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG-C-A--ATACAAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTCT-A-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---GG------AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---ATT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCCG---CCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( family-87 ) : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG-N-AT-ATACAAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTCT-A-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---GG------AA---A----A----------------ANNGTT-----CA---ATT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCCG---CCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
gi|1 : AACAAGTGTCGGAGTTAACT-----ATTG---------AA-ATACAATGTCCTGTACCA-TTGAC-AA--CA-A-----------GTAGGATTCA-AT----A----T--TT-GCTGAC-AATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---GA------------AAC---GG------AA---A----A----------------ACTGCT-----CA---A
gi|1 : a---ATT-------TATT-GTCATA--ATAC-----TGA-GCA--CATTTGTG-TAGTATATA--AATATAC-ACAGCCAC------TA--C-ATA--------T-------------------AA-----GT-------------C-----CTGTATGTGACTT---------TG---A------CT-----T------TTA------AG-GTACATA---CCAAGCG-G-T---CA-TGC---------AAAA-----------CTCTCTGTCATCTTA--T---A-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCT--CCAAATGCATaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgTG-----------------TAGTA----------TATAA--ATAT--ACACAGCCAC-TAC-ATA--TAA--GTCCTGTATGTGACTTTGACTTTTAAGGaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgA---ACT-------CTCT-GTCATCTTATAC-----TGA-AAA--TGTCTGTA-AAGTATATATAAAAATAC-CCAGCCTC------CA--A-ATG--------CA--------T---------AA-----GT-------------C-----CTGT--------T---------TGT--A------AC-----TCATATGTTA------AACGTAGCCA---CCCAG-tacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaAACAAATG----GATAAAGT-----ATTGCC-GTG-C-A--AGACGAAGTCCGCTACCGGTTGAA-AA--CA-ATATA--TTGGAATAGG-TTCA-ACT---A----T--TT-ACCGAT-GATA-------TTTTGA-----C-AATC-T-----C-------------TT-A---CA------------TAC---AA------AA---A----A----------------AAATAT-----CA---A
gi|10 : -GTCATAGTAAAC-----TGG-AAA--CTTCTGTG-CAGCATATG--GG--TCCTAAAGGTTC------TGATT-ATG-----------------------------A--------------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----C------TTG------TG-GTAGCCA---CCCAG-G-T-TT-Gaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatgtcatagtaaactggaaacttctgtgcagcatatgggtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatTG-CAGTATATG--CAAATAC-ACTGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------C---------AA-----GC-------------C-----C-----------CAATACC---TG---A------CC-----T------TTG------AG-ATAGTTGTTGCACAC-A-A----GCAGCAC---------AACG-----------C-------------A--T---GTGTTATACTGAAAATATCTG--AAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--TC--ATGCATTT-AGAGGTTA--AGAG--GACACAACCTACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACCGTATT-CAT-ATGCTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aT-ACTGAA-AATA-------TCT-GA-------AGTT-A-----T-------------TT--------------------------G------AA---A----A----------------TCGGTT-----CATGCATT---------TA-G--AGGTTAAGA-----GGACACAACCTACAATG-CAGTATATG--GAAATAC-ACCGTATT------CA--T-ATG--------CT--------T---------AA-----ATATTCTGTGCATAAC-----C-----------T---------TG---C------CC-----T------TTA------AA-TTAGCCA---CTCAG-T-T-TT-GCT-AGC---------G--T-----------T-------------A--T---C-------TTAAACACCTCT-TTAAGT-TAattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|12 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgtgtta------AG-GTAACCG---CCCAA-G-G-TT-CGATCGT---------GACTTGT--------C-------------A--T---G-------TT-----TTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--T--AG--GTGCATTT-GGAAATTAC-AGGACAGCAACGAC-AACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCAAA--GTCCTGCAACTGGCCTTGA-ATTTGAAGcaaagtagacacaaaagt
gi|12 : TG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------A---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGCAAC----TG---G------CCTTGAAT------TTG------AA-GTAGTCG---CCCTG-GTG-TT-GCG-CGC---------GTTA-----------C-------------G--T-----------CTTAACA-TTTTGGGAAGG-TA-----------------T--CC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--tagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|13 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaaTT-----CA---AT-------------GTCATACTATGC-----TGA-ACA--TTATTGTG-CAGTATATG--GAAATTC-AAAGCCTC------CA--T-ATG--------T-------------------AG-----GT-------------CATATAC-----------G---------TG---A-------T-----T------TTG------CA-CTAGCCA---ACAAATT-C-TT-GCA-TACATCACTTCAGTCA-----------C-------------AATT---G-------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--T--CT--GTGCATTTAGGAAGAAAC-A-GGCAGCCACAAAAAACCATG-------------------ATA----------TAT
gi|14 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtGGACACAACTAATAAAG-----------------CAGTA----------TATAA--CAAT--ATATAGACTT-AAT-ATGCCT-T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGat
gi|14 : caG-CAGTATATA--ACAATAT-ATAGACTT------AA--T-ATG--------CCTTGTTATGGCC-------AT-----GA-------------T-----C-----------T---------TG---A------CA-----T------TTG------AG-ATAGCTA---CCCAG-G-T-TTTGTT-TGA---------AACA-----------C-------------A--T---A-------TTA-----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--C--CT--A--CATTT-GGAAGTAAT-AGAGAGGACACAACCAACAATATTTTACTATTTAACAATTAGTT----------TACTG--AAATAAACGCAGCCTCAAAA-ATATCTAA--GTCTTGTAatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|15 : caggacacaactaataaaTTAT-------TGA-ACA--CTTCTGTA-AAGTGAATG--GAAATAC-ACATCCTC------CA--TTATA--------TC--------ATGCACAATTAA-----GT-------------C-----C-----------T---------T------------------T------TTG----------TGACC--------------TT-GAA-CAC---------TA-A-----------G-------------G--TA--G-------CC-AACACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--T--TC--AATTATTT-GAAACTTAC-AAGGTTGACACGAGCAACTATG-----------------CAGTA----------TACAG--GAAT--ACACAGCCTC-CATAATGCtat
gi|16 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttG----AATTTAGTTCAGAATTGCC-ACA-C-A--ATATGAAGTCCCAAACAGATTAAC-AA--CA-A------CTGAAGTAGG-TTCT-T-----A----CAGTT-ACAGGC-GATA-------ATTTAC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---GA------AA---A----A----------------ATTGTT-----AA---A
gi|16 : tcag---ATT-------CGTC-GACATGTTATAC-----TCA-GCA--TATCTGTG-CAGTATGTT--AAAAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|17 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaatatgaagtcccaaacagattaacaacaactgaagtaggttcttacagttacaggcgataatttacgagttgtttacatacgaaaaaattgttaaaaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgAACAAGTG----AATTGCGT-----ATTGTC-ATT-C-A--ATAAAATGTCCTCTACTGGTTGAC-AA--C--A-ATATACTGAAGCAGA-TTTT-A-----A----CAAAT-ACCAAC-AATA-------TTTTGA-----T-CATT-G-----T-------------TT-A---CA------------TTC---AA------AAATCA----A----------------AGTGTT-----GA---A
gi|18 : attggaataaaaaagtcaattgtaccagcagttttataggaattctcgacctaatattattctagccagtttcctcaagcaataatacagcTG-A-A--ATGCGAGGTCTCCTACCATTTGAC-GG--CA-A-AAT-ATTGAAGTAGG-TTCT-A-----A----TG-TTAACCGGC-GATA--------TATAA-----T-GGCTAG-----T-------------TT-A---TA------------TAT---CG------AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---
gi|19 : gAGTC----AATTATGT------TTGGC-ATG-C-A--ATACAAAGTCTCCTACCGGGTAAC-AA--TATA-TTG-ATCAAAGTgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|19 : --ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGCAACAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCGTC-CAT-GACCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagcaacaatacagtatatggaaatacacagcgtccatgaccttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgttca
gi|2 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttAACAAATT----AAT-AAGC-----AATGCCCATG-ATAT-ATGTAAAATC-----------AAT-AAATCA-A-ATA-ATTGAAGTAGA-TTCT-A-----A----T--TT-ACTGAC-AATA-------TTTTAA-----G-AGTT-G-----T-------------TA-A---TA------------TAT---GG------GA---A----A----------------AGGGTT-----CA---ATT-------TATT-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTATGTG-CAGCATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------AA--T-ATG--------TT--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---T------CC-----T------TTG------AG-ATAGAGG---TTAAG-GAT-TT-GCA-AAT---------GACA-----------C-------------A--T-----------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--T--CC--ATGCATTT-GGAAATCAC-AGGGTGGTCAAGATGAACAATG-----------------CAATA----------TATTG--AAAT--ACACAGCCTC-TAT-ATGCCTAG--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGGtgtagtcgttca
gi|20 : TAGAAAACCCCCTATCAATTGAC-AA--CA-T--TA-ATTAAAGAAGT-TTCT-C-----ACT--T--TT-AATGGG-GATA-------TCTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---AC------AA---A----AT---------------AATATT-----CA---A
gi|21 : acattaactag-ATG-C-A--ATACAAAGTCTCCTACCAGGTAAC-AC--TATA-TTG-ATCAAAGTaataagccacatgaaatgctgcaagtattaaagttggctggaccataactcaataggtatgatta
gi|21 : tattaaagaagtcaatt--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGTAATAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAA--ACACAGCGTC-CAT-GAGCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagtaataatacagtatatggaaaaacacagcgtccatgagcttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgt
gi|22 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagtt---ATT-------TGTC-TTCATTTCATGC-----TAG-ACA--CTTCTGTG-TAGTATATA--GAAATTC-ACAGCCTC------CC--T-GTG--------T-------------------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTATGTGTGTG---A------CC-----T------TCAACCACCAG-GCAGTCG---Ctgtagtcgt
gi|23 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgAAGAG----AGTTAAAT-----ACTGCC-ATG-C-A--ATACAAAGTCCCCTACAGGTTGAC-AA--C--A-ATATATGGAAGTAG-------A-----G----T--TG-ACCAACAAATA-------TTTT-A-----G-AGTC-T-----T-------------TT-A---CA------------TACCAAAA------AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---Aacccaccttaaaattg
gi|24 : gagaatgatgtagaaatattgaatctgg-------------A--T---T-------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--T--TC--ATACATTT-TATTGTTAC-AGGGCTGACACGATAATCAA-G-----------------TAGTA----------TATGA--AAAC--ATACAATGTC-CAA-ATGCCCAA--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGaataagtgatgggaaaa
gi|25 : ttgtcttgttG----AATTAAGT-----ATTGT---------------AAAGTCCCCTTGAAGTTGAT-AA--CA-GTATA--TTGAAAT-----TGT-A-----AAG--T--TT-GTCAAC-GGTA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TC-A---CT------------TAA---GG------AA---A----A----------------ACTGtaacttcaggttt
gi|26 : cA-------TTTTGA-----T-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---AG------AA---A----A----------------GCTGTT-----AA---Aaaatgggaaatgcaggtgatgattttgttcaaacatatttattc
gi|26 : tcttaaatggctcGTA-----CA---TTT-------CATT-GCCATATTATG--------A-ACA--CTTCAGTG-CAATATATaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataggtacatttcattgccatattatgaacacttcagtgcaatatat
gi|27 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccatag-------CATC-GCCTTGTTATTC-----TGA-ATA--ATTCTGTGACATTAT-CG--GAAA
gi|27 : aa-------------A--T---T-------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--T--CC--ATACATTT-GGGAGTCAC-A------------TCAACAATG-----------------TGGAA----------TATGG--AAAT--ACACCACTTC-CAT-ATGCCAAA--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGatttgtccatacatttgggagtcacatcaacaatgtggaatatggaaatacaccacttccatatgccaaagtactgcacatgaacttgacctttgaga
gi|28 : aacatcgccttgtt-----A----T--TT-AACGAC-AATA-------TTTTGA-----C-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAT---AG------AA---A----ATCCAAGGGAAATGCAGACAGGT-----AA---ATTTGTTAGGCGTC-ATCACGTTTTAC-----TGA-ACA--CTTTTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------a
gi|29 : cAACAAGTG----AATTAATT-----ATTGCC-ATG-A-AA-ATACAATGTTCCTTGCTGGTTGAC-AA--CA-T-ATA-AT---------------------A----T--TT-ACCTAT-TATA-------TTATTA-----G-AGTT-G-----A-------------TT-A---CA------------TAC---AG------AA---
gi|3 : agggaataatgtaggaaAAGTCCCTTATCAGCTAAC-AA--CA-ATATA--TTGAAGTAGG-TTTT-A-----ATGCTT--TT-A--AAT-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A---CA------------TAca
gi|3 : ttA---GTT-------TGTT-GTCATTTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-TAGTATTTG--GAAATAC-AC--TCTC------CA--C-ATGCACAATCCTT--------G---------AATAT--GA-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------CTG------AG-GTAGCCA---CCCAA-GTG-TT-GCG-CAC---------AACA-----------C-------------A--CAA-G-------TTA-----TTCTTTGAAGT-gagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgctgaacacttctgtgtagtatttggaaatacactctccacatgcacaatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|30 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCTTT------CA--T-GTG--------CC--------A---------AATTTTTGT-------------A-----T-----------T---------TG---A------CC-----T------TTC------AA-GTAGC-----------G-A-T---CA-TGT-----------CA-----------T-------------A--T---G-------CTGAACACTTTTGTG-------------AAT---TGG--T--CA--ATACATGT-AGAAGTagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|31 : caa-A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTCT-AAC---A----T--TT-ACCGAC-AATA-------TTTTGG-----GAAATT-GGAAAATGAGAACTGGACAATT-ACTCCA------------TAT---GT-----------A----C----------------ATTGTA-----TG---ACT-------CGTG-GTCATGTTGTGC-----TGG-ACA--C
gi|32 : ATGA-----TGG-GCA--CCTCTGTG-CAGTTTATG--GAAATAA-ACAGCCGC------CA--T-AAG--------TA--------T---------A---------------------C-----C-----------T--------------A------C-----------------------G-GTATGTG----TCAG-G-T-----CA-TGT---------AAC---------------------------------G-------CTGAACAGTTAT-----GT-TATTCAAAAAT---CAG--T--TC--
gi|33 : G-A-AT-TTACTAAGTCCCCTACTGATTGAC-AA--C--A-ATA-CTTGAAGTAGG-TTCT-AAC---A----T--TT-ACTGAC-GATATTAAAGTTTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A---CA------------TA
gi|34 : atgAACAGGCG----AATTAAGT-----ATTACC-ATACA-AT-ATAGAAATT--CCTATCAGCTGAT-AA--CA-ATGTA---TAAAGAAGG-Tttcaa
gi|35 : catcatgagaatacatgtaaTTTGGGAA-----GG--TATCC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--GTCCctttgtaatgt
gi|36 : CGGACACAATCAACAATG-----------------CAGTC----------ACTTG--AAAT--ACACAGCCAG-CAC-ATGCCGAA--ATCATGTATGTGACTTTGTCTTATGAAG
gi|37 : CGAC-GTCA-------TTTTGA-----A-AGTT-T-----T-------------TTTA---CA------------TAC---GG------AA---A----A----------------CTTGTT-----CA---Atagt
gi|38 : AACCAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG-T-A--ATACAAAGTCTCCTACCAGTGTAC-AA--C--A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTCT-A-----A----gatgagccacatgaaatacggacaggtaagttggctagat
gi|39 : tcaAACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG-T-ACAATACGTAGCCCCCTTTTGGTTGAT-GA---A-A-AGATATTGTAGTAGG-aat
gi|4 : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-GTG-C-A--ATATAAAGTCCCCCATCACTTTAC-AA--CA-A--TA-CGTGAAGAAGA-GTTT-A-----A----TGTTT-A--GAT-G-----------TTTGAAAACTG-AGCT-A-----T-------------TT-G---CAAATGGGAAAAACTGC---GGCATAGGAA---ATATGG----------------ACAGTT-----AA---GTT-------GGTTAGACA-ATTACTCCAATTTGA-GCA--TGTGTGTG-CAGCATATG--GAAATAT-ACAGCTTC------
gi|4 : tcatgtccatatt--T---G-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--T--CC--TTACATTT-GGAAGATAC-AAGGCAGATATGACTAAGGATG-----------------CAGTG----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--ATCCtgctgaacatttctgtgaagctgtttggaaatctgtccttacatttggaagatacaaggcagatatgactaaggatgcagtgtatggaaatacacagcctccatatgcctaaatcc
gi|40 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaatacgtgaagaagagtttaatgtttagatgtttgaaaactgagctatttgcaaatgggaaaaactgcggcataggaaatatggacagttaagttggttagacaattactccaatttgagcatgtgtgtgcagcatatggaaatatacagcttcT--ACACAGCCTC-ATT-ATGTCAAG--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAA
gi|41 : caactacaacaactaaacaatatA---ATT-------TGTC-TTCATGTTATAC-----TTA-ACA--CTTCAGTG-CAGTATATG--GAAATA--ACAGC
gi|42 : agtaaTT-TGAAGT------GGTGTACACAACCAACAATG-----------------CAATA----------TATGG--ATAT--ACACAGCCTC-CAT-ATt
gi|43 : ---ATT-------CATC-ACCATGTTACAC-----TGA-ACA--TTTCTGTG-CAGTA
gi|44 : caggtatgGC-----TGA-ATA--TTT--GTG-CAGTATATG--AAAATAC-ACATCCTC------CA--T-cttaaa
gi|5 : aaGTG----AATTAAGT-----ATTGC--------A--ATACAAAGTCCCCTACCAGTTGACAAA--TA-T-ATATATTGAACAAAC-TTCT-ATTAGTG----T--TT-ACTGAC-AATA-------ATTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---TA------------
gi|5 : aaaaatcA---A----A----------------TGGGTA-----TA---ATA-------TATC-ATCATGTAATGC-----TGA-ACA--ATTCTG-G-CAGTATTTG--GAAATAC-ACAGCCTC------TA--T-ACG--------TA--------C---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTA------TGTGAA------GT-----T------TTG------AG-GTAGCCA---TCCAG-A-A-----CA-C-------------CA-----------T-------------G--TTAAG-------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--T--CC--acttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|6 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattact---ATT-------TGTC-TCCATGTTCTAC-----TGA-ACA--CTTCTC---CAGTACATG--GACATAT-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TG--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTATG----TG---AGCTTCACC-----T------CCA------AG-GTAGCCA---CCCAA-A-AGTT-GTG-CAC---------AACATGTA-------C-------------AC-T---G-------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--T--CC--ATACATTT-GGAAGTAAC-AAGCCG--CACAGTCAACAATG-----------------CAATATACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT-ATGCCGAA--GTCTTGTAg
gi|7 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgAAGAATTG----AGTTCAGT-----ATTGTA-ATA-C-A--ATACAAAGTCCCAGACAGTTTGAT-AA--CA-CTATA--CTGAAGTAGG-TTCTTAC----A----T--TT-ATAGGC-GATT-------CTTTGC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---GG------t
gi|7 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcTT-------CGTC-GTCATGGTATAA-----TTA-GCA--TAATTGTG-CAGTATGTtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggttcgtcgtcatggtataattagcataattgtgcagtatgtt
gi|8 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaattgagttcagtattgtaatacaatacaaagtcccagacagtttgataacactatactgaagtaggttcttacatttataggcgattctttgcgagttgtttacatacggtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggAACATGTG----AATTAAGT-----ATTGTC-ATG---AT-ATACAAAGTCCCCTGCTGATTAAA-AA--CA-A--TA-ATTGAAGTAG-------------A----T--TT-ACCAAT-TTTA-------TTTGGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TAC---G--------A---A----A----------------AATGTTGAAAACAG--AAA-------CATC-ATCATGTAATTC-----AGA-ACA--CTT--------------------ATAC-ACAGTTTC------CA--T-ATG---------C--------A---------A---------------------C-----T-----------T---------TG---A------CT-----T------TAG------AG-GTTGTCA---TTCCG-G-T-CT-GCA-CAC---------AACAAGTGTTCATGTT-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--T--TT--GAACGTTT-GGAATTTTCTAG-----------------AT---------------------TA----------TACAA--AAAC--ACACAGCATC-AAT-TTGTCAAA--GTCCTATAt
gi|9 : CAAGTG----AATAAAGT-----TCTGCC-ATG-C-AA-A-ACCAAGTCCCCTACTGGTTGAT-AA---A-A-ATT-ATTGAAGCAGG---CT-A-----AATG-T--TA-ACCGAT-GACA-------TTTC-------A-ACTT-G-----T-------------TT-A---CA------------TGC---
gi|9 : -ACAGCCTATATAAACA--T-GTG--------TC-------------------A-----GT-------------C-----C-----------TGTA------TGT--A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCTG---CCAAG-GTG-TT-GCA-CAC---------AACA-----------CTTCTTTT------A--T---G-------CTGAACATTTCAGTGAAtgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtgacagcctatataaacatgtgtcagtcctgtatgtacctttgaggtagctgccaaggtgttgcacacaacacttcttttatgctgaacatttcagtgaatgtcgtcaagttaggctggacg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 2222222222222 1111111111111 1111111111111111111 1111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111
lowQualScore : 5555 55555 2 333 1 22 22 1 22 777777777 33 2 6666666666666 2 1 5555555 5555555 1 44444 0000000000000 1 7777777777777777777 555555 3333 2 333 4444 5555555555555555 55555 444 444444 88888888 2 1 44444 1 22 1 22 1 555555 22 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 2 444 33 33 22 2 3 2 7777 0 22 44444444444444444 9999999999 33 22 2 2 0 33 0
lowQualScore : .... ..... . ... . .. .. . .. ......... .. . ............. . . ....... ....... . ..... ............. . ................... ...... .... . ... .... ................ ..... ... ...... ........ . . ..... . .. . .. . ...... .. . ........................................................................................................................................................................................................ . . . ... .. .. .. . . . .... . .. ................. .......... .. .. . . . .. .
lowQualScore : 0000 99999 1 666 9 66 66 8 55 777777777 77 1 4444444444444 0 9 9999999 8888888 8 55555 0000000000000 8 3333333333333333333 222222 5555 0 333 2222 2222222222222222 00000 222 444444 11111111 0 7 33333 7 44 5 44 8 555555 99 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 2 111 22 22 99 4 8 5 2222 8 44 77777777777777777 2222222222 11 99 1 1 8 22 4
consensus : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( family-87 ) : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
gi|1 : AACAAGTGTCGGAGTTAACT-----ATTG---A-----AA-T--AC--AATGTCCTGTACCA-TTGAC-AA--CA-A-----------GTAGGATTC-AAT----A----T--TT-GCTGAC-AATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------GA------AAC---GG-AA---A----A----------------ACTGCT-----CA---A------
gi|1 : a---A------TT-------TATT-GTCATA--ATAC-----TGA-GCA--CATTTGTG-TAGTATATA--AATATAC-ACAGCCAC------TA--C-ATA--------T-------------------AA-----GT-------------C------CTGTATGTGACTT---------TG---A------CT-----T------TTA------AG-GTA---CATACCAAGCG-G-T---CA-TGC---------AAAA-----------CTCTCTGTCATCTTA--T---A-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCT--CCAAATGCATaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgTG-----------------TAGTA----------TATAA--ATAT--ACACAGCCAC-TAC-ATA--TAA--GTCCTGTATGTGACTTTGACTTTTAAGGaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgA---A------CT-------CTCT-GTCATCTTATAC-----TGA-AAA--TGTCTGTA-AAGTATATATAAAAATAC-CCAGCCTC------CA--A-ATG--------CA--------T---------AA-----GT-------------C------CTGT--------T---------TGT--A------AC-----TCATATGTTA------AACGTA---GCCACCCAG-tacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaAACAAATG----GATAAAGT-----ATTGCC-GTG--CAA-G--AC--GAAGTCCGCTACCGGTTGAA-AA--C--A-ATATATTGGAATAGG-TTC-AACT---A----T--TT-ACCGAT-GATA-------TTTTGA-----C-AATC-T-----C-------------TT-A-------------------CA------TAC---AA-AA---A----A----------------A
gi|10 : -GTCATAGTAAAC-----TGG-AAA--CTTCTGTG-CAGCATATG--GG--TCCTAAAGGTTC------TGATT-ATG-----------------------------A--------------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----C------TTG------TG-GTA---GCCACCCAG-G-T-TT-Gaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatgtcatagtaaactggaaacttctgtgcagcatatgggtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatTG-CAGTATATG--CAAATAC-ACTGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------C---------AA-----GC-------------CCCAATAC-----------C---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-ATAGTTGTTGCACAC-A-A----GCAGCAC---------AACG-----------C-------------A--T---GTGTTATACTGAAAATATC--TGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--TC--ATGCATTT-AGAGGTTA--AGA--GGACACAACCTACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACCGTATT-CAT-ATGCTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aT-ACTGAA-AATA-------TCT-GA-------AGTT-A-----T-------------TT------------------------------------G-AA---A----A----------------TCGGTT-----CATGCA------TT---------TA-G--AGGTTAAGA-----GGACACAACCTACAATG-CAGTATATG--GAAATAC-ACCGTATT------CA--T-ATG--------CT--------T---------AA-----ATATTCTGTGCATAAC------C-----------T---------TG---C------CC-----T------TTA------AA-TTA---GCCACTCAG-T-T-TT-GCT-AGC---------G--T-----------T-------------A--T---C-------TTAAACACCTCT-TTAAGT-TAattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|12 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgtgtta------AG-GTA---ACCGCCCAA-G-G-TT-CGATCGT---------GACTTGT--------C-------------A--T---G-------TT-----TTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--T--AG--GTGCATTT-GGAAATTAC-AGGACAGCAACGAC-AACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCAAA--GTCCTGCAACTGGCCTTGA-ATTTGAAGcaaagtagacacaaaagt
gi|12 : TG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------A---------AA-----GT-------------C------C-----------TGCAAC----TG---G------CCTTGAAT------TTG------AA-GTA---GTCGCCCTG-GTG-TT-GCG-CGC---------GTTA-----------C-------------G--T-----------CTTAACA-TTTTGGGAAGG-TA-----------------T--CC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--tagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|13 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaaTT-----CA---A------T-------------GTCATACTATGC-----TGA-ACA--TTATTGTG-CAGTATATG--GAAATTC-AAAGCCTC------CA--T-ATG--------T-------------------AG-----GT-------------CATATA-C-----------G---------TG---A-------T-----T------TTG------CA-CTA---GCCAACAAATT-C-TT-GCA-TACATCACTTCAGTCA-----------C-------------AATT---G-------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--T--CT--GTGCATTTAGGAAGAAAC-A-GGCAGCCACAAAAAACCATG-------------------ATA----------TAT
gi|14 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtGGACACAACTAATAAAG-----------------CAGTA----------TATAA--CAAT--ATATAGACTT-AAT-ATGCCT-T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGat
gi|14 : caG-CAGTATATA--ACAATAT-ATAGACTT------AA--T-ATG--------CCTTGTTATGGCC-------AT-----GA-------------T------C-----------T---------TG---A------CA-----T------TTG------AG-ATA---GCTACCCAG-G-T-TTTGTT-TGA---------AACA-----------C-------------A--T---A-------TTA-----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--C--CT--A--CATTT-GGAAGTAAT-AGAGAGGACACAACCAACAATATTTTACTATTTAACAATTAGTT----------TACTG--AAATAAACGCAGCCTCAAAA-ATATCTAA--GTCTTGTAatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|15 : caggacacaactaataaaTTAT-------TGA-ACA--CTTCTGTA-AAGTGAATG--GAAATAC-ACATCCTC------CA--TTATA--------TC--------ATGCACAATTAA-----GT-------------C------C-----------T---------T------------------T------TTG----------TG---ACC-----------TT-GAA-CAC---------TA-A-----------G-------------G--TA--G-------CC-AACACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--T--TC--AATTATTT-GAAACTTAC-AAGGTTGACACGAGCAACTATG-----------------CAGTA----------TACAG--GAAT--ACACAGCCTC-CATAATGCtat
gi|16 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttG----AATTTAGTTCAGAATTGCC-ACA--CAA-T--AT--GAAGTCCCAAACAGATTAAC-AA--CA-A------CTGAAGTAGG-TTC-TT-----A----CAGTT-ACAGGC-GATA-------ATTTAC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A----------------ATTGTT-----AA---A------
gi|16 : tcag---A----A----------------ACTATA-----CA---AGAATGATT-------CGTC-GACATGTTATAC-----TCA-GCA--TATCTGTG-CAGTATGTT--AAAAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|17 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaatatgaagtcccaaacagattaacaacaactgaagtaggttcttacagttacaggcgataatttacgagttgtttacatacgaaaaaattgttaaaaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattatAACAAGTG----AATTGCGT-----ATTGTC-ATT--CAA-T--AA--AATGTCCTCTACTGGTTGAC-AA--C--A-ATATACTGAAGCAGA-TTT-TA-----A----CAAAT-ACCAAC-AATA-------TTTTGA-----T-CATT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TTC---AA-AAATCA----A----------------AGTGTT-----GA---A------
gi|18 : attggaataaaaaagtcaattgtaccagcagttttataggaattctcgacctaatattattctagccagtttcctcaagcaataatacagcTG--AAA-T--GC--GAGGTCTCCTACCATTTGAC-GG--CA-A-AAT-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----TG-TTAACCGGC-GATA--------TATAA-----T-GGCTAG-----T-------------TT-A-------------------TA------TAT---CG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---
gi|19 : gAGTC----AATTATGT------TTGGC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCGGGTAAC-AA--TATA-TTG-ATCAAAGTgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|19 : --ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGCAACAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCGTC-CAT-GACCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagcaacaatacagtatatggaaatacacagcgtccatgaccttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgttca
gi|2 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttAACAAATT----AAT-AAGC-----AATGCCCATG--ATA-T--ATGTAAAATC-----------AAT-AAATCA-A-ATA-ATTGAAGTAGA-TTC-TA-----A----T--TT-ACTGAC-AATA-------TTTTAA-----G-AGTT-G-----T-------------TA-A-------------------TA------TAT---GG-GA---A----A----------------AGGGTT-----CA---A------TT-------TATT-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTATGTG-CAGCATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------AA--T-ATG--------TT--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---T------CC-----T------TTG------AG-ATA---GAGGTTAAG-GAT-TT-GCA-AAT---------GACA-----------C-------------A--T-----------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--T--CC--ATGCATTT-GGAAATCAC-AGGGTGGTCAAGATGAACAATG-----------------CAATA----------TATTG--AAAT--ACACAGCCTC-TAT-ATGCCTAG--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGGtgtagtcgttca
gi|20 : AG-T--AG--AAAACCCCCTATCAATTGAC-AA--CA-T--TA-ATTAAAGAAGT-TTC-TC-----ACT--T--TT-AATGGG-GATA-------TCTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AC-AA---A----AT---------------AATATT-----CA---A------
gi|21 : acattaact-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCAGGTAAC-AC--TATA-TTG-ATCAAAGTaataagccacatgaaatgctgcaagtattaaagttggctggaccataactcaataggtatgatta
gi|21 : tattaaagaagtcaatt--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGTAATAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAA--ACACAGCGTC-CAT-GAGCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagtaataatacagtatatggaaaaacacagcgtccatgagcttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgt
gi|22 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagtt---A------TT-------TGTC-TTCATTTCATGC-----TAG-ACA--CTTCTGTG-TAGTATATA--GAAATTC-ACAGCCTC------CC--T-GTG--------T-------------------AA-----GT-------------C------C-----------TGTATGTGTGTG---A------CC-----T------TCAACCACCAG-GCA---GTCGCtgtagtcgt
gi|23 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgAAGAG----AGTTAAAT-----ACTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACAGGTTGAC-AA--C--A-ATATATGGAAGTAG-------A-----G----T--TG-ACCAACAAATA-------TTTT-A-----G-AGTC-T-----T-------------TT-A-------------------CA------TACCAAAA-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------acccaccttaaaattg
gi|24 : gagaatgatgtagaaatattgaatctgg-------------A--T---T-------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--T--TC--ATACATTT-TATTGTTAC-AGGGCTGACACGATAATCAA-G-----------------TAGTA----------TATGA--AAAC--ATACAATGTC-CAA-ATGCCCAA--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGaataagtgatgggaaaa
gi|25 : ttgtcttgttG----AATTAAGT-----ATTGT------------------AAAGTCCCCTTGAAGTTGAT-AA--CA-GTATA--TTGAAAT-----TG-TA-----AAG--T--TT-GTCAAC-GGTA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TC-A-------------------CT------TAA---GG-AA---A----A----------------ACTGtaacttcaggttt
gi|26 : cA-------TTTTGA-----T-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---A----A----------------GCTGTT-----AA---A------aaatgggaaatgcaggtgatgattttgttcaaacatatttattc
gi|26 : tcttaaatggctcGTA-----CA---T------TT-------CATT-GCCATATTATG--------A-ACA--CTTCAGTG-CAATATATaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataggtacatttcattgccatattatgaacacttcagtgcaatatat
gi|27 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccatag-------CATC-GCCTTGTTATTC-----TGA-ATA--ATTCTGTGACATTAT-CG--GAAA
gi|27 : aa-------------A--T---T-------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--T--CC--ATACATTT-GGGAGTCAC-A------------TCAACAATG-----------------TGGAA----------TATGG--AAAT--ACACCACTTC-CAT-ATGCCAAA--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGatttgtccatacatttgggagtcacatcaacaatgtggaatatggaaatacaccacttccatatgccaaagtactgcacatgaacttgacctttgaga
gi|28 : aacatcgccttgtt-----A----T--TT-AACGAC-AATA-------TTTTGA-----C-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAT---AG-AA---A----ATCCAAGGGAAATGCAGACAGGT-----AA---A------TTTGTTAGGCGTC-ATCACGTTTTAC-----TGA-ACA--CTTTTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------a
gi|29 : cAACAAGTG----AATTAATT-----ATTGCC-ATG--AAAAT--AC--AATGTTCCTTGCTGGTTGAC-AA--CA-T-ATA-AT---------------------A----T--TT-ACCTAT-TATA-------TTATTA-----G-AGTT-G-----A-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---
gi|3 : agggaataatgtaggaaAAGTCCCTTATCAGCTAAC-AA--CA-ATATA--TTGAAGTAGG-TTT-TA-----ATGCTT--TT-A--AAT-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CATAGAGTTAT---AG-GA---A----A----------------ACT-TT-----CA---A------ca
gi|3 : ttTGTA-----TA---G------TT-------TGTT-GTCATTTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-TAGTATTTG--GAAATAC-AC--TCTC------CA--C-ATGCACAATCCTT--------G---------AATAT--GA-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------CTG------AG-GTA---GCCACCCAA-GTG-TT-GCG-CAC---------AACA-----------C-------------A--CAA-G-------TTA-----TTCTTTGAAGT-aatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgctgaacacttctgtgtagtatttggaaatacactctccacatgcacaatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|30 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccataTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCTTT------CA--T-GTG--------CC--------A---------AATTTTTGT-------------A------T-----------T---------TG---A------CC-----T------TTC------AA-GTA---GC--------G-A-T---CA-TGT-----------CA-----------T-------------A--T---G-------CTGAACACTTTTGTG-------------AAT---TGG--T--CA--ATACATGT-AGAAGTagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|31 : caa-A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTC-TAAC---A----T--TT-ACCGAC-AATA-------TTTTGG-----GAAATT-GGAAAATGAGAACTGGACAATT-ACTC----------------CA------TAT---GT------A----C----------------ATTGTA-----TG---A------CT-------CGTG-GTCATGTTGTGC-----TGG-ACA--C
gi|32 : ATGA-----TGG-GCA--CCTCTGTG-CAGTTTATG--GAAATAA-ACAGCCGC------CA--T-AAG--------TA--------T---------A---------------------C------C-----------T--------------A------C-----------------------G-GTA---TGTG-TCAG-G-T-----CA-TGT---------AAC---------------------------------G-------CTGAACAGTTAT-----GT-TATTCAAAAAT---CAG--T--TC--
gi|33 : -ATG--GAA-TTTAC--TAAGTCCCCTACTGATTGAC-AA--C--A-ATA-CTTGAAGTAGG-TTC-TAAC---A----T--TT-ACTGAC-GATATTAAAGTTTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CA------TA
gi|34 : AACAGGCG----AATTAAGT-----ATTACC-ATA--CAA-T--AT--AGAAATTCCTATCAGCTGAT-AA--CA-ATGTA---TAAAGAAGG-Tttcaa
gi|35 : catcatgagaatacatgtaaTTTGGGAA-----GG--TATCC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--GTCCctttgtaatgt
gi|36 : CGGACACAATCAACAATG-----------------CAGTC----------ACTTG--AAAT--ACACAGCCAG-CAC-ATGCCGAA--ATCATGTATGTGACTTTGTCTTATGAAG
gi|37 : CGAC-GTCA-------TTTTGA-----A-AGTT-T-----T-------------TTTA-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------CTTGTT-----CA---A------tagt
gi|38 : AACCAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--TAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCAGTGTAC-AA--C--A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTC-TA-----A----gatgagccacatgaaatacggacaggtaagttggctagat
gi|39 : tcaAACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATGTACAA-T--AC--GTAGCCCCCTTTTGGTTGAT-GA---A-A-AGATATTGTAGTAGG-aat
gi|4 : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-GTG--CAA-T--AT--AAAGTCCCCCATCACTTTAC-AA--CA-A--TA-CGTGAAGAAGA-GTT-TA-----A----TGTTT-A--GAT-G-----------TTTGAAAACTG-AGCT-A-----T-------------TT-GCAAATGGGAAAAACTGCGGCA------TA----GG-AA---ATATGG----------------ACAGTT-----AA---G------TT-------GGTTAGACA-ATTACTCCAATTTGA-GCA--TGTGTGTG-CAGCATATG--GAAATAT-ACAGCTTC------
gi|4 : tcatgtccatatt--T---G-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--T--CC--TTACATTT-GGAAGATAC-AAGGCAGATATGACTAAGGATG-----------------CAGTG----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--ATCCtgctgaacatttctgtgaagctgtttggaaatctgtccttacatttggaagatacaaggcagatatgactaaggatgcagtgtatggaaatacacagcctccatatgcctaaatcc
gi|40 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaatacgtgaagaagagtttaatgtttagatgtttgaaaactgagctatttgcaaatgggaaaaactgcggcataggaaatatggacagttaagttggttagacaattactccaatttgagcatgtgtgtgcagcatatggaaatatacagcttcT--ACACAGCCTC-ATT-ATGTCAAG--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAA
gi|41 : caactacaacaactaaacaatatA---A------TT-------TGTC-TTCATGTTATAC-----TTA-ACA--CTTCAGTG-CAGTATATG--GAAATA--ACAGC
gi|42 : agtaaTT-TGAAGT------GGTGTACACAACCAACAATG-----------------CAATA----------TATGG--ATAT--ACACAGCCTC-CAT-ATt
gi|43 : ---A------TT-------CATC-ACCATGTTACAC-----TGA-ACA--TTTCTGTG-CAGTA
gi|44 : caggtatgGC-----TGA-ATA--TTT--GTG-CAGTATATG--AAAATAC-ACATCCTC------CA--T-cttaaa
gi|5 : aaGTG----AATTAAGT-----ATTGC--------AA-T--AC--AAAGTCCCCTACCAGTTGACAAA--TA-T-ATATATTGAACAAAC-TTC-TATTAGTG----T--TT-ACTGAC-AATA-------ATTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------TA-------AC---TT-CA---A----A----------------ACT
gi|5 : aaaaatcTC-ATCATGTAATGC-----TGA-ACA--ATTCTG-G-CAGTATTTG--GAAATAC-ACAGCCTC------TA--T-ACG--------TA--------C---------AA-----GT-------------C------C-----------TGTA------TGTGAA------GT-----T------TTG------AG-GTA---GCCATCCAG-A-A-----CA-C-------------CA-----------T-------------G--TTAAG-------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--T--CC--ttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|6 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatata---A------TT-------TGTC-TCCATGTTCTAC-----TGA-ACA--CTTCTC---CAGTACATG--GACATAT-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TG--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------TGTATG----TG---AGCTTCACC-----T------CCA------AG-GTA---GCCACCCAA-A-AGTT-GTG-CAC---------AACATGTA-------C-------------AC-T---G-------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--T--CC--ATACATTT-GGAAGTAAC-AAGCCG--CACAGTCAACAATG-----------------CAATATACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT-ATGCCGAA--GTCTTGTAg
gi|7 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgAAGAATTG----AGTTCAGT-----ATTGTA-ATA--CAA-T--AC--AAAGTCCCAGACAGTTTGAT-AA--C--A-CTATACTGAAGTAGG-TTCTTAC----A----T--TT-ATAGGC-GATT-------CTTTGC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GGTTT---A----A----------------ACTGCT-----CG---A------t
gi|7 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatc------TT-------CGTC-GTCATGGTATAA-----TTA-GCA--TAATTGTG-CAGTATGTaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggttcgtcgtcatggtataattagcataattgtgcagtatgtt
gi|8 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaattgagttcagtattgtaatacaatacaaagtcccagacagtttgataacactatactgaagtaggttcttacatttataggcgattctttgcgagttgtttacatacggtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggAACATGTG----AATTAAGT-----ATTGTC-ATG--ATA-T--AC--AAAGTCCCCTGCTGATTAAA-AA--C--A-ATA-ATTGAAGTAG-------------A----T--TT-ACCAAT-TTTA-------TTTGGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A------------------TGTTGAAAACAG--A------AA-------CATC-ATCATGTAATTC-----AGA-ACA--CTT--------------------ATAC-ACAGTTTC------CA--T-ATG---------C--------A---------A---------------------C------T-----------T---------TG---A------CT-----T------TAG------AG-GTT---GTCATTCCG-G-T-CT-GCA-CAC---------AACAAGTGTTCATGTT-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--T--TT--GAACGTTT-GGAATTTTCTAG-----------------AT---------------------TA----------TACAA--AAAC--ACACAGCATC-AAT-TTGTCAAA--GTCCTATAt
gi|9 : CAAGTG----AATAAAGT-----TCTGCC-ATG--CAA-A--AC--CAAGTCCCCTACTGGTTGAT-AA---A-A-ATT-ATTGAAGCAGG---C-TA-----AATG-T--TA-ACCGAT-GACA-------TTTC-------A-ACTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TGC---
gi|9 : -ACAGCCTATATAAACA--T-GTG--------TC-------------------A-----GT-------------C------C-----------TGTA------TGT--A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCTGCCAAG-GTG-TT-GCA-CAC---------AACA-----------CTTCTTTT------A--T---G-------CTGAACATTTCAGTGAAtgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtgacagcctatataaacatgtgtcagtcctgtatgtacctttgaggtagctgccaaggtgttgcacacaacacttcttttatgctgaacatttcagtgaatgtcgtcaagttaggctggacg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 2222222222222 1111111111111 1111111111111111111 1111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111
lowQualScore : 5555 55555 2 333 1 22 22 1 22 777777777 33 2 6666666666666 2 1 5555555 5555555 1 44444 0000000000000 1 7777777777777777777 555555 3333 2 333 4444 5555555555555555 55555 444 444444 88888888 2 1 44444 1 22 1 22 1 555555 22 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 2 444 33 33 22 2 3 2 7777 0 22 44444444444444444 9999999999 33 22 2 2 0 33 0
lowQualScore : .... ..... . ... . .. .. . .. ......... .. . ............. . . ....... ....... . ..... ............. . ................... ...... .... . ... .... ................ ..... ... ...... ........ . . ..... . .. . .. . ...... .. . ........................................................................................................................................................................................................ . . . ... .. .. .. . . . .... . .. ................. .......... .. .. . . . .. .
lowQualScore : 0000 99999 1 666 9 66 66 8 55 777777777 77 1 4444444444444 0 9 9999999 8888888 8 55555 0000000000000 8 3333333333333333333 222222 5555 0 333 2222 2222222222222222 00000 222 444444 11111111 0 7 33333 7 44 5 44 8 555555 99 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 2 111 22 22 99 4 8 5 2222 8 44 77777777777777777 2222222222 11 99 1 1 8 22 4
consensus : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( family-87 ) : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
gi|1 : AACAAGTGTCGGAGTTAACT-----ATTG---A-----AA-T--AC--AATGTCCTGTACCA-TTGAC-AA--CA-A-----------GTAGGATTC-AAT----A----T--TT-GCTGAC-AATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------GA------AAC---GG-AA---A----A----------------ACTGCT-----CA---A------
gi|1 : a---A------TT-------TATT-GTCATA--ATAC-----TGA-GCA--CATTTGTG-TAGTATATA--AATATAC-ACAGCCAC------TA--C-ATA--------T-------------------AA-----GT-------------C------CTGTATGTGACTT---------TG---A------CT-----T------TTA------AG-GTA---CATACCAAGCG-G-T---CA-TGC---------AAAA-----------CTCTCTGTCATCTTA--T---A-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCT--CCAAATGCATaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgTG-----------------TAGTA----------TATAA--ATAT--ACACAGCCAC-TAC-ATA--TAA--GTCCTGTATGTGACTTTGACTTTTAAGGaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgA---A------CT-------CTCT-GTCATCTTATAC-----TGA-AAA--TGTCTGTA-AAGTATATATAAAAATAC-CCAGCCTC------CA--A-ATG--------CA--------T---------AA-----GT-------------C------CTGT--------T---------TGT--A------AC-----TCATATGTTA------AACGTA---GCCACCCAG-tacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaAACAAATG----GATAAAGT-----ATTGCC-GTG--CAA-G--AC--GAAGTCCGCTACCGGTTGAA-AA--C--A-ATATATTGGAATAGG-TTC-AACT---A----T--TT-ACCGAT-GATA-------TTTTGA-----C-AATC-T-----C-------------TT-A-------------------CA------TAC---AA-AA---A----A----------------A
gi|10 : -GTCATAGTAAAC-----TGG-AAA--CTTCTGTG-CAGCATATG--GG--TCCTAAAGGTTC------TGATT-ATG-----------------------------A--------------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----C------TTG------TG-GTA---GCCACCCAG-G-T-TT-Gaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatgtcatagtaaactggaaacttctgtgcagcatatgggtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatTG-CAGTATATG--CAAATAC-ACTGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------C---------AA-----GC-------------CCCAATAC-----------C---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-ATAGTTGTTGCACAC-A-A----GCAGCAC---------AACG-----------C-------------A--T---GTGTTATACTGAAAATATC--TGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--TC--ATGCATTT-AGAGGTTA--AGA--GGACACAACCTACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACCGTATT-CAT-ATGCTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aT-ACTGAA-AATA-------TCT-GA-------AGTT-A-----T-------------TT------------------------------------G-AA---A----A----------------TCGGTT-----CATGCA------TT---------TA-G--AGGTTAAGA-----GGACACAACCTACAATG-CAGTATATG--GAAATAC-ACCGTATT------CA--T-ATG--------CT--------T---------AA-----ATATTCTGTGCATAAC------C-----------T---------TG---C------CC-----T------TTA------AA-TTA---GCCACTCAG-T-T-TT-GCT-AGC---------G--T-----------T-------------A--T---C-------TTAAACACCTCT-TTAAGT-TAattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|12 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgtgtta------AG-GTA---ACCGCCCAA-G-G-TT-CGATCGT---------GACTTGT--------C-------------A--T---G-------TT-----TTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--T--AG--GTGCATTT-GGAAATTAC-AGGACAGCAACGAC-AACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCAAA--GTCCTGCAACTGGCCTTGA-ATTTGAAGcaaagtagacacaaaagt
gi|12 : TG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------A---------AA-----GT-------------C------C-----------TGCAAC----TG---G------CCTTGAAT------TTG------AA-GTA---GTCGCCCTG-GTG-TT-GCG-CGC---------GTTA-----------C-------------G--T-----------CTTAACA-TTTTGGGAAGG-TA-----------------T--CC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--tagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|13 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaaTT-----CA---A------T-------------GTCATACTATGC-----TGA-ACA--TTATTGTG-CAGTATATG--GAAATTC-AAAGCCTC------CA--T-ATG--------T-------------------AG-----GT-------------CATATA-C-----------G---------TG---A-------T-----T------TTG------CA-CTA---GCCAACAAATT-C-TT-GCA-TACATCACTTCAGTCA-----------C-------------AATT---G-------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--T--CT--GTGCATTTAGGAAGAAAC-A-GGCAGCCACAAAAAACCATG-------------------ATA----------TAT
gi|14 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtGGACACAACTAATAAAG-----------------CAGTA----------TATAA--CAAT--ATATAGACTT-AAT-ATGCCT-T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGat
gi|14 : caG-CAGTATATA--ACAATAT-ATAGACTT------AA--T-ATG--------CCTTGTTATGGCC-------AT-----GA-------------T------C-----------T---------TG---A------CA-----T------TTG------AG-ATA---GCTACCCAG-G-T-TTTGTT-TGA---------AACA-----------C-------------A--T---A-------TTA-----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--C--CT--A--CATTT-GGAAGTAAT-AGAGAGGACACAACCAACAATATTTTACTATTTAACAATTAGTT----------TACTG--AAATAAACGCAGCCTCAAAA-ATATCTAA--GTCTTGTAatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|15 : caggacacaactaataaaTTAT-------TGA-ACA--CTTCTGTA-AAGTGAATG--GAAATAC-ACATCCTC------CA--TTATA--------TC--------ATGCACAATTAA-----GT-------------C------C-----------T---------T------------------T------TTG----------TG---ACC-----------TT-GAA-CAC---------TA-A-----------G-------------G--TA--G-------CC-AACACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--T--TC--AATTATTT-GAAACTTAC-AAGGTTGACACGAGCAACTATG-----------------CAGTA----------TACAG--GAAT--ACACAGCCTC-CATAATGCtat
gi|16 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttG----AATTTAGTTCAGAATTGCC-ACA--CAA-T--AT--GAAGTCCCAAACAGATTAAC-AA--CA-A------CTGAAGTAGG-TTC-TT-----A----CAGTT-ACAGGC-GATA-------ATTTAC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A----------------ATTGTT-----AA---A------
gi|16 : tcag---A----A----------------ACTATA-----CA---AGAATGATT-------CGTC-GACATGTTATAC-----TCA-GCA--TATCTGTG-CAGTATGTT--AAAAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|17 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaatatgaagtcccaaacagattaacaacaactgaagtaggttcttacagttacaggcgataatttacgagttgtttacatacgaaaaaattgttaaaaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattatAACAAGTG----AATTGCGT-----ATTGTC-ATT--CAA-T--AA--AATGTCCTCTACTGGTTGAC-AA--C--A-ATATACTGAAGCAGA-TTT-TA-----A----CAAAT-ACCAAC-AATA-------TTTTGA-----T-CATT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TTC---AA-AAATCA----A----------------AGTGTT-----GA---A------
gi|18 : attggaataaaaaagtcaattgtaccagcagttttataggaattctcgacctaatattattctagccagtttcctcaagcaataatacagcTG--AAA-T--GC--GAGGTCTCCTACCATTTGAC-GG--CA-A-AAT-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----TG-TTAACCGGC-GATA--------TATAA-----T-GGCTAG-----T-------------TT-A-------------------TA------TAT---CG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---
gi|19 : gAGTC----AATTATGT------TTGGC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCGGGTAAC-AA--TATA-TTG-ATCAAAGTgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|19 : --ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGCAACAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCGTC-CAT-GACCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagcaacaatacagtatatggaaatacacagcgtccatgaccttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgttca
gi|2 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttAACAAATT----AAT-AAGC-----AATGCCCATG--ATA-T--ATGTAAAATC-----------AAT-AAATCA-A-ATA-ATTGAAGTAGA-TTC-TA-----A----T--TT-ACTGAC-AATA-------TTTTAA-----G-AGTT-G-----T-------------TA-A-------------------TA------TAT---GG-GA---A----A----------------AGGGTT-----CA---A------TT-------TATT-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTATGTG-CAGCATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------AA--T-ATG--------TT--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---T------CC-----T------TTG------AG-ATA---GAGGTTAAG-GAT-TT-GCA-AAT---------GACA-----------C-------------A--T-----------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--T--CC--ATGCATTT-GGAAATCAC-AGGGTGGTCAAGATGAACAATG-----------------CAATA----------TATTG--AAAT--ACACAGCCTC-TAT-ATGCCTAG--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGGtgtagtcgttca
gi|20 : AG-T--AG--AAAACCCCCTATCAATTGAC-AA--CA-T--TA-ATTAAAGAAGT-TTC-TC-----ACT--T--TT-AATGGG-GATA-------TCTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AC-AA---A----AT---------------AATATT-----CA---A------
gi|21 : acattaact-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCAGGTAAC-AC--TATA-TTG-ATCAAAGTaataagccacatgaaatgctgcaagtattaaagttggctggaccataactcaataggtatgatta
gi|21 : tattaaagaagtcaatt--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGTAATAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAA--ACACAGCGTC-CAT-GAGCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtatgcattttgaagtgacgggttggacacgagtaataatacagtatatggaaaaacacagcgtccatgagcttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgt
gi|22 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagtt---A------TT-------TGTC-TTCATTTCATGC-----TAG-ACA--CTTCTGTG-TAGTATATA--GAAATTC-ACAGCCTC------CC--T-GTG--------T-------------------AA-----GT-------------C------C-----------TGTATGTGTGTG---A------CC-----T------TCAACCACCAG-GCA---GTCGCtgtagtcgt
gi|23 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgAAGAG----AGTTAAAT-----ACTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACAGGTTGAC-AA--C--A-ATATATGGAAGTAG-------A-----G----T--TG-ACCAACAAATA-------TTTT-A-----G-AGTC-T-----T-------------TT-A-------------------CA------TACCAAAA-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------acccaccttaaaattg
gi|24 : gagaatgatgtagaaatattgaatctgg-------------A--T---T-------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--T--TC--ATACATTT-TATTGTTAC-AGGGCTGACACGATAATCAA-G-----------------TAGTA----------TATGA--AAAC--ATACAATGTC-CAA-ATGCCCAA--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGaataagtgatgggaaaa
gi|25 : ttgtcttgttG----AATTAAGT-----ATTGT------------------AAAGTCCCCTTGAAGTTGAT-AA--CA-GTATA--TTGAAAT-----TG-TA-----AAG--T--TT-GTCAAC-GGTA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TC-A-------------------CT------TAA---GG-AA---A----A----------------ACTGtaacttcaggttt
gi|26 : cA-------TTTTGA-----T-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---A----A----------------GCTGTT-----AA---A------aaatgggaaatgcaggtgatgattttgttcaaacatatttattc
gi|26 : tcttaaatggctcGTA-----CA---T------TT-------CATT-GCCATATTATG--------A-ACA--CTTCAGTG-CAATATATaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataggtacatttcattgccatattatgaacacttcagtgcaatatat
gi|27 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccatag-------CATC-GCCTTGTTATTC-----TGA-ATA--ATTCTGTGACATTAT-CG--GAAA
gi|27 : aa-------------A--T---T-------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--T--CC--ATACATTT-GGGAGTCAC-A------------TCAACAATG-----------------TGGAA----------TATGG--AAAT--ACACCACTTC-CAT-ATGCCAAA--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGatttgtccatacatttgggagtcacatcaacaatgtggaatatggaaatacaccacttccatatgccaaagtactgcacatgaacttgacctttgaga
gi|28 : aacatcgccttgtt-----A----T--TT-AACGAC-AATA-------TTTTGA-----C-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAT---AG-AA---A----ATCCAAGGGAAATGCAGACAGGT-----AA---A------TTTGTTAGGCGTC-ATCACGTTTTAC-----TGA-ACA--CTTTTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------a
gi|29 : cAACAAGTG----AATTAATT-----ATTGCC-ATG--AAAAT--AC--AATGTTCCTTGCTGGTTGAC-AA--CA-T-ATA-AT---------------------A----T--TT-ACCTAT-TATA-------TTATTA-----G-AGTT-G-----A-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---
gi|3 : agggaataatgtaggaaAAGTCCCTTATCAGCTAAC-AA--CA-ATATA--TTGAAGTAGG-TTT-TA-----ATGCTT--TT-A--AAT-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CATAGAGTTAT---AG-GA---A----A----------------ACT-TT-----CA---A------ca
gi|3 : ttTGTA-----TA---G------TT-------TGTT-GTCATTTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-TAGTATTTG--GAAATAC-AC--TCTC------CA--C-ATGCACAATCCTT--------G---------AATAT--GA-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------CTG------AG-GTA---GCCACCCAA-GTG-TT-GCG-CAC---------AACA-----------C-------------A--CAA-G-------TTA-----TTCTTTGAAGT-aatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgctgaacacttctgtgtagtatttggaaatacactctccacatgcacaatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|30 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccataTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCTTT------CA--T-GTG--------CC--------A---------AATTTTTGT-------------A------T-----------T---------TG---A------CC-----T------TTC------AA-GTA---GC--------G-A-T---CA-TGT-----------CA-----------T-------------A--T---G-------CTGAACACTTTTGTG-------------AAT---TGG--T--CA--ATACATGT-AGAAGTagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|31 : caa-A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTC-TAAC---A----T--TT-ACCGAC-AATA-------TTTTGG-----GAAATT-GGAAAATGAGAACTGGACAATT-ACTC----------------CA------TAT---GT------A----C----------------ATTGTA-----TG---A------CT-------CGTG-GTCATGTTGTGC-----TGG-ACA--C
gi|32 : ATGA-----TGG-GCA--CCTCTGTG-CAGTTTATG--GAAATAA-ACAGCCGC------CA--T-AAG--------TA--------T---------A---------------------C------C-----------T--------------A------C-----------------------G-GTA---TGTG-TCAG-G-T-----CA-TGT---------AAC---------------------------------G-------CTGAACAGTTAT-----GT-TATTCAAAAAT---CAG--T--TC--
gi|33 : -ATG--GAA-TTTAC--TAAGTCCCCTACTGATTGAC-AA--C--A-ATA-CTTGAAGTAGG-TTC-TAAC---A----T--TT-ACTGAC-GATATTAAAGTTTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CA------TA
gi|34 : AACAGGCG----AATTAAGT-----ATTACC-ATA--CAA-T--AT--AGAAATTCCTATCAGCTGAT-AA--CA-ATGTA---TAAAGAAGG-Tttcaa
gi|35 : catcatgagaatacatgtaaTTTGGGAA-----GG--TATCC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--GTCCctttgtaatgt
gi|36 : CGGACACAATCAACAATG-----------------CAGTC----------ACTTG--AAAT--ACACAGCCAG-CAC-ATGCCGAA--ATCATGTATGTGACTTTGTCTTATGAAG
gi|37 : CGAC-GTCA-------TTTTGA-----A-AGTT-T-----T-------------TTTA-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------CTTGTT-----CA---A------tagt
gi|38 : AACCAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--TAA-T--AC--AAAGTCTCCTACCAGTGTAC-AA--C--A-ATA-ATTAAAGTAGG-TTC-TA-----A----gatgagccacatgaaatacggacaggtaagttggctagat
gi|39 : tcaAACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATGTACAA-T--AC--GTAGCCCCCTTTTGGTTGAT-GA---A-A-AGATATTGTAGTAGG-aat
gi|4 : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-GTG--CAA-T--AT--AAAGTCCCCCATCACTTTAC-AA--CA-A--TA-CGTGAAGAAGA-GTT-TA-----A----TGTTT-A--GAT-G-----------TTTGAAAACTG-AGCT-A-----T-------------TT-GCAAATGGGAAAAACTGCGGCA------TA----GG-AA---ATATGG----------------ACAGTT-----AA---G------TT-------GGTTAGACA-ATTACTCCAATTTGA-GCA--TGTGTGTG-CAGCATATG--GAAATAT-ACAGCTTC------
gi|4 : tcatgtccatatt--T---G-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--T--CC--TTACATTT-GGAAGATAC-AAGGCAGATATGACTAAGGATG-----------------CAGTG----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--ATCCtgctgaacatttctgtgaagctgtttggaaatctgtccttacatttggaagatacaaggcagatatgactaaggatgcagtgtatggaaatacacagcctccatatgcctaaatcc
gi|40 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaatacgtgaagaagagtttaatgtttagatgtttgaaaactgagctatttgcaaatgggaaaaactgcggcataggaaatatggacagttaagttggttagacaattactccaatttgagcatgtgtgtgcagcatatggaaatatacagcttcT--ACACAGCCTC-ATT-ATGTCAAG--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAA
gi|41 : caactacaacaactaaacaatatA---A------TT-------TGTC-TTCATGTTATAC-----TTA-ACA--CTTCAGTG-CAGTATATG--GAAATA--ACAGC
gi|42 : agtaaTT-TGAAGT------GGTGTACACAACCAACAATG-----------------CAATA----------TATGG--ATAT--ACACAGCCTC-CAT-ATt
gi|43 : ---A------TT-------CATC-ACCATGTTACAC-----TGA-ACA--TTTCTGTG-CAGTA
gi|44 : caggtatgGC-----TGA-ATA--TTT--GTG-CAGTATATG--AAAATAC-ACATCCTC------CA--T-cttaaa
gi|5 : aaGTG----AATTAAGT-----ATTGC--------AA-T--AC--AAAGTCCCCTACCAGTTGACAAA--TA-T-ATATATTGAACAAAC-TTC-TATTAGTG----T--TT-ACTGAC-AATA-------ATTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------TA-------AC---TT-CA---A----A----------------ACT
gi|5 : aaaaatcTC-ATCATGTAATGC-----TGA-ACA--ATTCTG-G-CAGTATTTG--GAAATAC-ACAGCCTC------TA--T-ACG--------TA--------C---------AA-----GT-------------C------C-----------TGTA------TGTGAA------GT-----T------TTG------AG-GTA---GCCATCCAG-A-A-----CA-C-------------CA-----------T-------------G--TTAAG-------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--T--CC--ttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|6 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatata---A------TT-------TGTC-TCCATGTTCTAC-----TGA-ACA--CTTCTC---CAGTACATG--GACATAT-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TG--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------TGTATG----TG---AGCTTCACC-----T------CCA------AG-GTA---GCCACCCAA-A-AGTT-GTG-CAC---------AACATGTA-------C-------------AC-T---G-------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--T--CC--ATACATTT-GGAAGTAAC-AAGCCG--CACAGTCAACAATG-----------------CAATATACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT-ATGCCGAA--GTCTTGTAg
gi|7 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgAAGAATTG----AGTTCAGT-----ATTGTA-ATA--CAA-T--AC--AAAGTCCCAGACAGTTTGAT-AA--C--A-CTATACTGAAGTAGG-TTCTTAC----A----T--TT-ATAGGC-GATT-------CTTTGC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GGTTT---A----A----------------ACTGCT-----CG---A------t
gi|7 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatc------TT-------CGTC-GTCATGGTATAA-----TTA-GCA--TAATTGTG-CAGTATGTaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggttcgtcgtcatggtataattagcataattgtgcagtatgtt
gi|8 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaattgagttcagtattgtaatacaatacaaagtcccagacagtttgataacactatactgaagtaggttcttacatttataggcgattctttgcgagttgtttacatacggtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggAACATGTG----AATTAAGT-----ATTGTC-ATG--ATA-T--AC--AAAGTCCCCTGCTGATTAAA-AA--C--A-ATA-ATTGAAGTAG-------------A----T--TT-ACCAAT-TTTA-------TTTGGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A------------------TGTTGAAAACAG--A------AA-------CATC-ATCATGTAATTC-----AGA-ACA--CTT--------------------ATAC-ACAGTTTC------CA--T-ATG---------C--------A---------A---------------------C------T-----------T---------TG---A------CT-----T------TAG------AG-GTT---GTCATTCCG-G-T-CT-GCA-CAC---------AACAAGTGTTCATGTT-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--T--TT--GAACGTTT-GGAATTTTCTAG-----------------AT---------------------TA----------TACAA--AAAC--ACACAGCATC-AAT-TTGTCAAA--GTCCTATAt
gi|9 : CAAGTG----AATAAAGT-----TCTGCC-ATG--CAA-A--AC--CAAGTCCCCTACTGGTTGAT-AA---A-A-ATT-ATTGAAGCAGG---C-TA-----AATG-T--TA-ACCGAT-GACA-------TTTC-------A-ACTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TGC---
gi|9 : -ACAGCCTATATAAACA--T-GTG--------TC-------------------A-----GT-------------C------C-----------TGTA------TGT--A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCTGCCAAG-GTG-TT-GCA-CAC---------AACA-----------CTTCTTTT------A--T---G-------CTGAACATTTCAGTGAAtgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtgacagcctatataaacatgtgtcagtcctgtatgtacctttgaggtagctgccaaggtgttgcacacaacacttcttttatgctgaacatttcagtgaatgtcgtcaagttaggctggacg
blockSeqs : . TCAGA C TAC A TT GT A AT ATATTGA G T TTAGTGT A A TTAAAGT AAACTG A GAAAA GAGAACTGGACAA T CAAATGGGAAAAACTGCGG TAGAGT CAAA T ATC TATG TCCAAGGGAAATGCAG GAAAA TGC GAATGA TGTTAGGC A A CAATT C AC A TA T TATAAA AT T TGGAAGTCCTGTATGTGAGCTTCACCTCCAAGGTAGCCACCCAAAAGTTGTGCACAACATGTACACTG T . . . AT . A T T GGAC CC TTTTACTATTTAACAAT TACATGTATG AC AA A A AT
blockSeqs : . . . C . . . . . ATATTGA G . ATGCTT . . . GA . . . . CTC . A . . . T . G . C . A . . . . . . . . . CCCAAGCCCCAATACCTGACCTTTGAGATAGTTGTTGCACACAAGCAGCACAACGCATGTGTTATA C . . . . . . T . AACC AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AAAGATA A . AATGT . . . C . . . . . . G . . . . . . . C . G . . . . . . . . . TAGGTCATATACGTGATTTTGCACTAGCCAACAAATTCTTGCATACATCACTTCAGTCACAATTG T . . . . . . A . GAGA CT . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . ATATATA G . CTAT . . . G . . . . . . A . . . . . . . T . G . . . . . . . . . CACAATCCTTGAATATGACCTTGACCTCTGAGGTAGCCACCCAAGTGTTGCGCACAACACACAAG C . . . . . . A . AGGT CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . AATATA A . ACAG . . . T . . . . . . C . . . . . . . T . A . . . . . . . . . CTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAATTAGCCACTCAGTTTTGCTAGCGTTATC C . . . . . . T . GGTT GC . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AATATA T . ACAA . . . T . . . . . . G . . . . . . . C . G . . . . . . . . . CCTTGTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGATAGCTACCCAGGTTTTGTTTGAAACACATA C . . . . . . G . GGGT GC . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . AAAATA G . ACTT . . . G . . . . . . A . . . . . . . C . G . . . . . . . . . CCAAAGTCCTGCAACTGGCCTTGAATTTGAAGTAGTCGCCCTGGTGTTGCGCGCGTTACGT C . . . . . . C . GGTT TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AAATAA G . AAGT . . . G . . . . . . G . . . . . . . T . G . . . . . . . . . TCAGTCCTGTATGTACCTTTGAGGTAGCTGCCAAGGTGTTGCACACAACACTTCTTTTATG A . . . . . . G . GGGC GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AATATA G . ACAT . . . G . . . . . . A . . . . . . . C . T . . . . . . . . . CAACTTTGACTTTAGAGGTTGTCATTCCGGTCTGCACACAACAAGTGTTCATGTTATG C . . . . . . T . AACC TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . AGTATA G . ACAT . . . G . . . . . . A . . . . . . . G . A . . . . . . . . . TACAAGTCCTGTATGTGAAGTTTTGAGGTAGCCATCCAGAACACCATGTTAAG G . . . . . . C . AGGC TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . ATATAA G . ATGT . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . G . . . . . . . . . TTGAAGTCCTTGTCCTTTGAGATAGAGGTTAAGGATTTGCAAATGACACAT T . . . . . . T . AGCC CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AATATA G . ATG . . . C . . . . . . A . . . . . . . C . G . . . . . . . . . TCATGCACAATTAAGTCCTTTTTGTGACCTTGAACACTAAGGTAG C . . . . . . T . GGC TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . AATGTA A . CAT . . . G . . . . . . G . . . . . . . T . G . . . . . . . . . CCAAATTTTTGTATTTGACCTTTCAAGTAGCGATCATGTCATATG C . . . . . . A . GGT CT . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . ACTATA C . AT . . . G . . . . . . G . . . . . . . C . T . . . . . . . . . TATACCTACGGTATGTGTCAGGTCATGTAACG C . . . . . . T . G CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . AAATTA G . GT . . . G . . . . . . G . . . . . . . C . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . ATTAA G . AT . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . AATAC . . AT . . . G . . . . . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AATAA . . AT . . . G . . . . . . G . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AATAC . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AATAA . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** C** AATATA*** G* ACGT********* *** ** ** GGNC
originalCons : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATG--CAA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CA-A-ATA-ATTGAAGTAGG-TTC-TA-----A----T--TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
finalCons : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCC-ATGC--AA-T--AC--AAAGTCCCCTACCGGTTGAC-AA--CAATATA---TTGAAGTAGG-TTC-TAACGT---------TT-ACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C------C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTA---GCCGCCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGNCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111 1111111111111111111 1111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111
lowQualScore : 5555 66666 555 22 1 1 1 7 22 333 2 77777 2 1 5555555 5555555 1 44444 0000000000000 1 7777777777777777777 555555 3333 2 333 4444 5555555555555555 55555 444 444444 88888888 2 1 44444 1 22 1 22 1 555555 22 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 2 444 33 33 22 2 3 2 88 0 22 44444444444444444 9999999999 33 22 2 2 0 33 0
lowQualScore : .... ..... ... .. . . . . .. ... . ..... . . ....... ....... . ..... ............. . ................... ...... .... . ... .... ................ ..... ... ...... ........ . . ..... . .. . .. . ...... .. . ....................................................................................................................................................................................................... . . . ... .. .. .. . . . .. . .. ................. .......... .. .. . . . .. .
lowQualScore : 3333 22222 111 88 9 9 7 2 22 777 1 77777 0 9 9999999 8888888 8 55555 0000000000000 8 3333333333333333333 222222 5555 0 333 2222 2222222222222222 00000 222 444444 11111111 0 7 33333 7 44 5 44 8 555555 99 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 2 111 22 22 99 4 8 5 22 8 44 77777777777777777 2222222222 11 99 1 1 8 22 4
consensus : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCCATG--CAAT--ACAAAGTCCCCTACC-GGTTGAC-AACA-ATATATTGAAGTAGGTTC---T-AAC-G--TT-TACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCCG---CCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGGCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
Reference ( family-87 ) : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCCATG--CAAT--ACAAAGTCCCCTACC-GGTTGAC-AACA-ATATATTGAAGTAGGTTC---T-AAC-G--TT-TACCGAC-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------TT-------CGTC-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TC--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCCG---CCCAG-G-N-TT-GCA-CGC---------GACA-----------C-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--CC--ATGCATTT-GGAAGTTAC-AGGNCGGACACGACCAACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--GTCCTGTACGTGACCTTGACCTTTGAGG
gi|1 : AACAAGTGTCGGAGTTAACT-----ATTG--A-----AAT--ACAATGTCCTGTACC-A-TTGAC-AACA-A---------GTAGGATT---C-AAT-A--TT-TGCTGAC-AATA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------GA------AAC---GG-AA---A----A----------------ACTGCT-----CA---A------
gi|1 : a---A------TT-------TATT-GTCATA--ATAC-----TGA-GCA--CATTTGTG-TAGTATATA--AATATAC-ACAGCCAC------TA--C-ATA--------T-------------------AA-----GT-------------C-----CTGTATGTGACTT---------TG---A------CT-----T------TTA------AG-GTACATA---CCAAGCG-G-T---CA-TGC---------AAAA-----------CTCTCTGTCATCTTA--T---A-------CTGAAAATGTCTGTAAAGTATATATAAAAATACCCAGCCT--CCAAATGCATaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgTG-----------------TAGTA----------TATAA--ATAT--ACACAGCCAC-TAC-ATA--TAA--GTCCTGTATGTGACTTTGACTTTTAAGGaagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|1 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgA---A------CT-------CTCT-GTCATCTTATAC-----TGA-AAA--TGTCTGTA-AAGTATATATAAAAATAC-CCAGCCTC------CA--A-ATG--------CA--------T---------AA-----GT-------------C-----CTGT--------T---------TGT--A------AC-----TCATATGTTA------AACGTAGCCA---CCCAG-tacataccaagcggtcatgcaaaactctctgtcatcttatactgaaaatgtctgtaaagtatatataaaaatacccagcctccaaatgcataagtcctgtttgtaactcatatgttaaacgtagccacccag
gi|10 : aaacaagtgtcggagttaactattgaaatacaatgtcctgtaccattgacaacaagtaggattcaatatttgctgacaatattttgagagttgtttagaaacggaaaaactgctcaaaatgaatcatgagaaatgtgaacaggtaagtcggcttgacaactgctggtactccatgggtatgatttattgtcataatactgagcacatttgtgtagtatataaatatacacagccactacatataagtcctgtatgtgactttgacttttaaggtacataccaagcggtcatgcaaAACAAATG----GATAAAGT-----ATTGCCGTG--CAAG--ACGAAGTCCGCTACC-GGTTGAA-AACA-ATATATTGGAATAGGTTC-----AACTA--TT-TACCGAT-GATA-------TTTTGA-----C-AATC-T-----C-------------TT-A-------------------CA------TAC---AA-AA---A----A----------------A
gi|10 : -GTCATAGTAAAC-----TGG-AAA--CTTCTGTG-CAGCATATG--GG--TCCTAAAGGTTC------TGATT-ATG-----------------------------A--------------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----C------TTG------TG-GTAGCCA---CCCAG-G-T-TT-Gaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatgtcatagtaaactggaaacttctgtgcagcatatgggtcctaaaggttctgattatgaccttgacccttgtggtagccacccaggtttgagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : aacaaatggataaagtattgccgtgcaagacgaagtccgctaccggttgaaaacaatatattggaataggttcaactatttaccgatgatattttgacaatctcttacatacaaaaaaaaatatcaaaatgaatcacatcaattgcggacaaaatttcccattgatgtattaaccaatgtgttgcgtacggtaatatTG-CAGTATATG--CAAATAC-ACTGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------C---------AA-----GC-------------C-----C-----------CAATACC---TG---A------CC-----T------TTG------AG-ATAGTTGTTGCACAC-A-A----GCAGCAC---------AACG-----------C-------------A--T---GTGTTATACTGAAAATATCTG--AAGT-TATTTGAAAAT---CGG--T--TC--ATGCATTT-AGAGGTTA--AGA--GGACACAACCTACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACCGTATT-CAT-ATGCTTAAATATTCTGTGCATAACCTTGCCCTTTAAagatcaacatgtcgtcatgcttt
gi|11 : a-G--TTATACTGAA-AATA-------TCT-GA-------AGTT-A-----T-------------TT------------------------------------G-AA---A----A----------------TCGGTT-----CATGCA------TT---------TA-G--AGGTTAAGA-----GGACACAACCTACAATG-CAGTATATG--GAAATAC-ACCGTATT------CA--T-ATG--------CT--------T---------AA-----ATATTCTGTGCATAAC-----C-----------T---------TG---C------CC-----T------TTA------AA-TTAGCCA---CTCAG-T-T-TT-GCT-AGC---------G--T-----------T-------------A--T---C-------TTAAACACCTCT-TTAAGT-TAattagccactcagttttgctagcgttatcttaaacacctctttaagttacaaagtagacacaaaagt
gi|12 : atgcagtatatgcaaatacactgcctccatatgcccaagccccaatacctgacctttgagatagttgttgcacacaagcagcacaacgcatgt------AG-GTAACCG---CCCAA-G-G-TT-CGATCGT---------GACTTGT--------C-------------A--T---G-------TT-----TTTCTATAAA-T-TATTTGAAAAT---TGT--T--AG--GTGCATTT-GGAAATTAC-AGGACAGCAACGAC-AACAATG-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCAAA--GTCCTGCAACTGGCCTTGA-ATTTGAAGcaaagtagacacaaaagt
gi|12 : TG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------CC--------A---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGCAAC----TG---G------CCTTGAAT------TTG------AA-GTAGTCG---CCCTG-GTG-TT-GCG-CGC---------GTTA-----------C-------------G--T-----------CTTAACA-TTTTGGGAAGG-TA-----------------T--CC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--tagtcgccctggtgttgcgcgcgttacgtcttaacattttgggaaggtatccatgcatgtggaagttacaaaccgaacacaaccaacaatgcagtagacggaaatacacaatctctatatcctaag
gi|13 : aggtaaccgcccaaggttcgatcgtgacttgtcatgtttttctataaattatttgaaaattgttaggtgcatttggaaattacaggacagcaacgacaacaaTT-----CA---A------T-------------GTCATACTATGC-----TGA-ACA--TTATTGTG-CAGTATATG--GAAATTC-AAAGCCTC------CA--T-ATG--------T-------------------AG-----GT-------------CATATAC-----------G---------TG---A-------T-----T------TTG------CA-CTAGCCA---ACAAATT-C-TT-GCA-TACATCACTTCAGTCA-----------C-------------AATT---G-------CTGAATACTTCTGTAAAGT-TGTTTGAAAAA---AGG--T--CT--GTGCATTTAGGAAGAAAC-AGG-CAGCCACAAAAAACCATG-------------------ATA----------TAT
gi|14 : caatgggtatatgtatgcaaacattaatcaaacacactatagatatgtGGACACAACTAATAAAG-----------------CAGTA----------TATAA--CAAT--ATATAGACTT-AAT-ATGCCT-T--GTTATGGCCATGATCTTGACATTTGAGat
gi|14 : caG-CAGTATATA--ACAATAT-ATAGACTT------AA--T-ATG--------CCTTGTTATGGCC-------AT-----GA-------------T-----C-----------T---------TG---A------CA-----T------TTG------AG-ATAGCTA---CCCAG-G-T-TTTGTT-TGA---------AACA-----------C-------------A--T---A-------TTA-----TGCTGTGAAGT-TATTAGAAAAT---CGG--C--CT--A--CATTT-GGAAGTAAT-AGAGAGGACACAACCAACAATATTTTACTATTTAACAATTAGTT----------TACTG--AAATAAACGCAGCCTCAAAA-ATATCTAA--GTCTTGTAatagctacccaggttttgtttgaaacacatattatgctgtgaagttattagaaaatcggcctacatttggaagtaatagagaggacacaaccaacaatattttactatttaacaattagtttactgaaataaacgcagcctcaaaaatatctaagtcttgtatat
gi|15 : caggacacaactaataaaTTAT-------TGA-ACA--CTTCTGTA-AAGTGAATG--GAAATAC-ACATCCTC------CA--TTATA--------TC--------ATGCACAATTAA-----GT-------------C-----C-----------T---------T------------------T------TTG----------TGACC--------------TT-GAA-CAC---------TA-A-----------G-------------G--TA--G-------CC-AACACTTCTGTTTAGT-AATTTGGAAGT---TGA--T--TC--AATTATTT-GAAACTTAC-AAGGTTGACACGAGCAACTATG-----------------CAGTA----------TACAG--GAAT--ACACAGCCTC-CATAATGCtat
gi|16 : gggagcatactaggcaagttgacttggattatttG----AATTTAGTTCAGAATTGCCACA--CAAT--ATGAAGTCCCAAACA-GATTAAC-AACA-AC----TGAAGTAGGTTC---T-TAC-A--GT-TACAGGC-GATA-------ATTTAC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A----------------ATTGTT-----AA---A------
gi|16 : tcag---A----A----------------ACTATA-----CA---AGAATGATT-------CGTC-GACATGTTATAC-----TCA-GCA--TATCTGTG-CAGTATGTT--AAAAaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattataaactatacaagaatgattcgtcgacatgttatactcagcatatctgtgcagtatgttaaaa
gi|17 : tcaggaatttagttcagaattgccacacaatatgaagtcccaaacagattaacaacaactgaagtaggttcttacagttacaggcgataatttacgagttgtttacatacgaaaaaattgttaaaaacgaaatacaggaattgcatacatgtaagagggccagtcattatAACAAGTG----AATTGCGT-----ATTGTCATT--CAAT--AAAATGTCCTCTACT-GGTTGAC-AACA-ATATACTGAAGCAGATTT---T-AAC-A--AA-TACCAAC-AATA-------TTTTGA-----T-CATT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TTC---AA-AAATCA----A----------------AGTGTT-----GA---A------
gi|18 : attggaataaaaaagtcaattgtaccagcagttttataggaattctcgacctaatattattctagccagtttcctcaagcaataatacagcTG--AAAT--GCGAGGTCTCCTACC-ATTTGAC-GGCA-AAATATTGAAGTAGGTTC---T-AAT-G--TT-AACCGGC-GATA--------TATAA-----T-GGCTAG-----T-------------TT-A-------------------TA------TAT---CG-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---
gi|19 : gAGTC----AATTATGT------TTGGCATG--CAAT--ACAAAGTCTCCTACC-GGGT----AACA-ATATATTGAgactgaaccactggaaaggcggtcatgtaagctgatcaaacaactactccaggtatagttaaccatgatagaaca
gi|19 : --ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGCAACAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAT--ACACAGCGTC-CAT-GACCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtcaaagttatgcattttgaagtgacgggttggacacgagcaacaatacagtatatggaaatacacagcgtccatgaccttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgttca
gi|2 : agtcaattatgtttggcatgcaatacaaagtctcctaccgggtaacaatatattgatcaaagttA-ATA-ATTGAAGTAGATTC---T-AA-----TT-TACTGAC-AATA-------TTTTAA-----G-AGTT-G-----T-------------TA-A-------------------TA------TAT---GG-GA---A----A----------------AGGGTT-----CA---A------TT-------TATT-GTCATGTTATGC-----TGA-ACA--CTTATGTG-CAGCATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------AA--T-ATG--------TT--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------T---------TG---T------CC-----T------TTG------AG-ATAGAGG---TTAAG-GAT-TT-GCA-AAT---------GACA-----------C-------------A--T-----------CTGAGCACTTCTGTGAAGT-TATTTGAAAAT---CAG--T--CC--ATGCATTT-GGAAATCAC-AGGGTGGTCAAGATGAACAATG-----------------CAATA----------TATTG--AAAT--ACACAGCCTC-TAT-ATGCCTAG--GTTCTGCATATGACCTCGACCTTTAAGGtgtagtcgttca
gi|20 : aacaaattaataagcaatgcccatgatatatgtaaaatcaataaatcaAGT--AGAAAACCCCCTATC-AATTGAC-AACA-TTA-ATTAAAGAAGTTTC---T-CAC-T--TT-TAATGGG-GATA-------TCTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AC-AA---A----AT---------------AATATT-----CA---A------
gi|21 : acattaactATG--CAAT--ACAAAGTCTCCTACCAGGT-----AACA-CTATATTGAaataagccacatgaaatgctgcaagtattaaagttggctggaccataactcaataggtatgatta
gi|21 : tattaaagaagtcaatt--ATGCATTT-TGAAGTGAC-GGGTTGGACACGAGTAATAATA-----------------CAGTA----------TATGG--AAAA--ACACAGCGTC-CAT-GAGCTTAA--GTCCAGTACGTGACCTTGACCTTTGAtcaaagttatgcattttgaagtgacgggttggacacgagtaataatacagtatatggaaaaacacagcgtccatgagcttaagtccagtacgtgaccttgacctttgatgtagtcgt
gi|22 : tattaaagaagtcaattatgcaatacaaagtctcctaccaggtaacactatattgatcaaagtt---A------TT-------TGTC-TTCATTTCATGC-----TAG-ACA--CTTCTGTG-TAGTATATA--GAAATTC-ACAGCCTC------CC--T-GTG--------T-------------------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTATGTGTGTG---A------CC-----T------TCAACCACCAG-GCAGTCG---Ctgtagtcgt
gi|23 : ggaaatatgaacaggtacgttggattaacaattactctataggtatgAAGAG----AGTTAAAT-----ACTGCCATG--CAAT--ACAAAGTCCCCTACA-GGTTGAC-AACA-ATATATGGAAGTAGA------------G--TT-GACCAACAAATA-------TTTT-A-----G-AGTC-T-----T-------------TT-A-------------------CA------TACCAAAA-AA---A----A----------------ACTGTT-----CA---A------acccaccttaaaattg
gi|24 : gagaatgatgtagaaatattgaatctgg-------------A--T---T-------CTGTACACTCC-----GGT-TATTTGAAAAT---CGA--T--TC--ATACATTT-TATTGTTAC-AGGGCTGACACGATAATCAA-G-----------------TAGTA----------TATGA--AAAC--ATACAATGTC-CAA-ATGCCCAA--GCACTGTATGTGACATGGACCTTTGAGGaataagtgatgggaaaa
gi|25 : ttgtcttgttG----AATTAAGT-----ATTGT--------------AAAGTCCCCTTGA-AGTTGAT-AACA-GTATATTGAAAT----TG---T-AAA-G--TT-TGTCAAC-GGTA-------TTTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TC-A-------------------CT------TAA---GG-AA---A----A----------------ACTGtaacttcaggttt
gi|26 : cA-------TTTTGA-----T-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---A----A----------------GCTGTT-----AA---A------aaatgggaaatgcaggtgatgattttgttcaaacatatttattc
gi|26 : tcttaaatggctcGTA-----CA---T------TT-------CATT-GCCATATTATG--------A-ACA--CTTCAGTG-CAATATATaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccataggtacatttcattgccatattatgaacacttcagtgcaatatat
gi|27 : tcttaaatggctcattttgatagttgtttacatacagaaaagctgttaaaaatgagcaacggaatatgtggaaagttaagttggctaaacaattacgccatag-------CATC-GCCTTGTTATTC-----TGA-ATA--ATTCTGTGACATTAT-CG--GAAA
gi|27 : aa-------------A--T---T-------CTGAATAATTCTGTGACAT-TATCGGAAAAT---TTG--T--CC--ATACATTT-GGGAGTCAC-A------------TCAACAATG-----------------TGGAA----------TATGG--AAAT--ACACCACTTC-CAT-ATGCCAAA--GTACTGCACATGAACTTGACCTTTGAGatttgtccatacatttgggagtcacatcaacaatgtggaatatggaaatacaccacttccatatgccaaagtactgcacatgaacttgacctttgaga
gi|28 : aacatcgccttgttC-A--TT-TAACGAC-AATA-------TTTTGA-----C-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAT---AG-AA---A----ATCCAAGGGAAATGCAGACAGGT-----AA---A------TTTGTTAGGCGTC-ATCACGTTTTAC-----TGA-ACA--CTTTTGTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCCTC------a
gi|29 : AACAAGTG----AATTAATT-----ATTGCCATGA-AAAT--ACAATGTTCCTTGCT-GGTTGAC-AAC--ATA------------------T-AAT-A--TT-TACCTAT-TATA-------TTATTA-----G-AGTT-G-----A-------------TT-A-------------------CA------TAC---AG-AA---
gi|3 : agggaataatgtaggaaAAGTCCCTTATC-AGCTAAC-AACA-ATATATTGAAGTAGGTTT---T-AAT-GCTTT-TA--AAT-GATA-------TTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CATAGAGTTAT---AG-GA---A----A----------------ACT-TT-----CA---A------ca
gi|3 : ttTGTA-----TA---G------TT-------TGTT-GTCATTTTATGC-----TGA-ACA--CTTCTGTG-TAGTATTTG--GAAATAC-AC--TCTC------CA--C-ATGCACAATCCTT--------G---------AATAT--GA-------------C-----C-----------T---------TG---A------CC-----T------CTG------AG-GTAGCCA---CCCAA-GTG-TT-GCG-CAC---------AACA-----------C-------------A--CAA-G-------TTA-----TTCTTTGAAGT-aatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccatatgtatagtttgttgtcattttatgctgaacacttctgtgtagtatttggaaatacactctccacatgcacaatccttgaatatgaccttgacctctgaggtagccacccaagtgttgcgcacaacacacaagttattctttgaagtagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|30 : ttaagtcccttatcagctaacaacaatatattgaagtaggttttaatgcttttaaatgatattttgagagttatttacatagagttataggaaaactttcaaaatgagcaataggaaattatgcagacaggtaagttggctagacaattactccataTG-CAGTATATG--GAAATAC-ACAGCTTT------CA--T-GTG--------CC--------A---------AATTTTTGT-------------A-----T-----------T---------TG---A------CC-----T------TTC------AA-GTAGC-----------G-A-T---CA-TGT-----------CA-----------T-------------A--T---G-------CTGAACACTTTTGTG-------------AAT---TGG--T--CA--ATACATGT-AGAAGTagccaccccaatggtgcatgacatattgttatgagtatatatacattgtatatataaata
gi|31 : caaA-ATA-ATTAAAGTAGGTTC---T-AAC-A--TT-TACCGAC-AATA-------TTTTGG-----GAAATT-GGAAAATGAGAACTGGACAATT-ACTC----------------CA------TAT---GT------A----C----------------ATTGTA-----TG---A------CT-------CGTG-GTCATGTTGTGC-----TGG-ACA--C
gi|32 : ATGA-----TGG-GCA--CCTCTGTG-CAGTTTATG--GAAATAA-ACAGCCGC------CA--T-AAG--------TA--------T---------A---------------------C-----C-----------T--------------A------C-----------------------G-GTATGTG----TCAG-G-T-----CA-TGT---------AAC---------------------------------G-------CTGAACAGTTAT-----GT-TATTCAAAAAT---CAG--T--TC--
gi|33 : ATG--GAATTTACTAAGTCCCCTACT-GATTGAC-AACA-ATAC-TTGAAGTAGGTTC---T-AAC-A--TT-TACTGAC-GATATTAAAGTTTTTGA-----G-AGTT-A-----T-------------TT-A-------------------CA------TA
gi|34 : AACAGGCG----AATTAAGT-----ATTACCATA--CAAT--ATAGAAATTCCTATC-AGCTGAT-AACA-ATGTA-TAAAGAAGGTttcaa
gi|35 : catcatgagaatacatgtaaTTTGGGAA-----GG--TATCC--ATGCATGT-GGAAGTTAC-AAACCGAACACAACCAACAATG-----------------CAGTA----------GACGG--AAAT--ACACAATCTC-TAT-AT-CCTAA--GTCCctttgtaatgt
gi|36 : CGGACACAATCAACAATG-----------------CAGTC----------ACTTG--AAAT--ACACAGCCAG-CAC-ATGCCGAA--ATCATGTATGTGACTTTGTCTTATGAAG
gi|37 : CGAC-GTCA-------TTTTGA-----A-AGTT-T-----T-------------TTTA-------------------CA------TAC---GG-AA---A----A----------------CTTGTT-----CA---A------tagt
gi|38 : AACCAGTG----AATTAAGT-----ATTGCCATG--TAAT--ACAAAGTCTCCTACC-AGTGTAC-AACA-ATA-ATTAAAGTAGGTTC---T-AAgatgagccacatgaaatacggacaggtaagttggctagat
gi|39 : tcaAACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCCATGTACAAT--ACGTAGCCCCCTTTT-GGTTGAT-GAAA-AGATATTGTAGTAGGaat
gi|4 : AACAAGTG----AATTAAGT-----ATTGCCGTG--CAAT--ATAAAGTCCCCCATC-ACTTTAC-AACA-ATACGT-GAAGAAGAGTT---T-AAT-G--TT-TA--GAT-G-----------TTTGAAAACTG-AGCT-A-----T-------------TT-GCAAATGGGAAAAACTGCGGCA------TA----GG-AA---ATATGG----------------ACAGTT-----AA---G------TT-------GGTTAGACA-ATTACTCCAATTTGA-GCA--TGTGTGTG-CAGCATATG--GAAATAT-ACAGCTTC------
gi|4 : tcatgtccatatt--T---G-------CTGAACATTTCTGTGAAGC-TGTTTGGAAAT---CTG--T--CC--TTACATTT-GGAAGATAC-AAGGCAGATATGACTAAGGATG-----------------CAGTG----------TATGG--AAAT--ACACAGCCTC-CAT-ATGCCTAA--ATCCtgctgaacatttctgtgaagctgtttggaaatctgtccttacatttggaagatacaaggcagatatgactaaggatgcagtgtatggaaatacacagcctccatatgcctaaatcc
gi|40 : tcatgtccatattaacaagtgaattaagtattgccgtgcaatataaagtcccccatcactttacaacaatacgtgaagaagagtttaatgtttagatgtttgaaaactgagctatttgcaaatgggaaaaactgcggcataggaaatatggacagttaagttggttagacaattactccaatttgagcatgtgtgtgcagcatatggaaatatacagcttcT--ACACAGCCTC-ATT-ATGTCAAG--GTCCTATAGATGGCCTTGACCTTTAA
gi|41 : caactacaacaactaaacaatatA---A------TT-------TGTC-TTCATGTTATAC-----TTA-ACA--CTTCAGTG-CAGTATATG--GAAATA--ACAGC
gi|42 : agtaaTT-TGAAGT------GGTGTACACAACCAACAATG-----------------CAATA----------TATGG--ATAT--ACACAGCCTC-CAT-ATt
gi|43 : ---A------TT-------CATC-ACCATGTTACAC-----TGA-ACA--TTTCTGTG-CAGTA
gi|44 : caggtatgGC-----TGA-ATA--TTT--GTG-CAGTATATG--AAAATAC-ACATCCTC------CA--T-cttaaa
gi|5 : aaGTG----AATTAAGT-----ATTGC-------AAT--ACAAAGTCCCCTACC-AGTTGACAAATATATATATTGAACAAACTTCTATT-AGT-G--TT-TACTGAC-AATA-------ATTTGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------TA-------AC---TT-CA---A----A----------------ACT
gi|5 : aaaaatcTC-ATCATGTAATGC-----TGA-ACA--ATTCTG-G-CAGTATTTG--GAAATAC-ACAGCCTC------TA--T-ACG--------TA--------C---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTA------TGTGAA------GT-----T------TTG------AG-GTAGCCA---TCCAG-A-A-----CA-C-------------CA-----------T-------------G--TTAAG-------CTGAACACCTCTGTGAAGA-TAATTAAAAAT---CGG--T--CC--ttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatatatcatcatgtaatgctgaacaattctggcagtatttggaaatacacagcctctatacgtacaagtcctgtatgtgaagttttgaggtagccatccagaacaccatgttaagctgaacacctctgtgaagataattaaaaatcggtccg
gi|6 : aaaaatcgtgaattaagtattgcaatacaaagtcccctaccagttgacaaatatatatattgaacaaacttctattagtgtttactgacaataatttgagagttgtttataacttcaaaactttaaaataaacaatgagaaaagctgaatggctagacaattactaaatgggtataatata---A------TT-------TGTC-TCCATGTTCTAC-----TGA-ACA--CTTCTC---CAGTACATG--GACATAT-ACAGCCTC------CA--T-ATG--------TG--------G---------AA-----GT-------------C-----C-----------TGTATG----TG---AGCTTCACC-----T------CCA------AG-GTAGCCA---CCCAA-A-AGTT-GTG-CAC---------AACATGTA-------C-------------AC-T---G-------CTGAACACTTCCGTGAAGT-AATTTGAAAAT---TAG--T--CC--ATACATTT-GGAAGTAAC-AAGCCG--CACAGTCAACAATG-----------------CAATATACATGTATGTATGAACAAAT--ACACAGTCTC-AAT-ATGCCGAA--GTCTTGTAg
gi|7 : ttttaatgccttaaaataagaaaaatatggacaggtcagttggtgagacaattattccatatggtatgAAGAATTG----AGTTCAGT-----ATTGTAATA--CAAT--ACAAAGTCCCAGACA-GTTTGAT-AACA-CTATACTGAAGTAGGTTC---T-TAC-A--TT-TATAGGC-GATT-------CTTTGC-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GGTTT---A----A----------------ACTGCT-----CG---A------t
gi|7 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatc------TT-------CGTC-GTCATGGTATAA-----TTA-GCA--TAATTGTG-CAGTATGTaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggttcgtcgtcatggtataattagcataattgtgcagtatgtt
gi|8 : ttgatataaaactcaatcagaggcaattggttttaaaacaatttgtttgctaatatagaattattttataaggttaatttagcaacgttatgctatcaagaattgagttcagtattgtaatacaatacaaagtcccagacagtttgataacactatactgaagtaggttcttacatttataggcgattctttgcgagttgtttacatacggtttaaactgctcgaaatgagctaaggaaatgcagacatgtaattgggccagtcattaactatataagaatggAACATGTG----AATTAAGT-----ATTGTCATG--ATAT--ACAAAGTCCCCTGCT-GATTAAA-AACA-ATA-ATTGAAGTAG-------------A--TT-TACCAAT-TTTA-------TTTGGA-----G-AGTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TAC---GA-AA---A----A------------------TGTTGAAAACAG--A------AA-------CATC-ATCATGTAATTC-----AGA-ACA--CTT--------------------ATAC-ACAGTTTC------CA--T-ATG---------C--------A---------A---------------------C-----T-----------T---------TG---A------CT-----T------TAG------AG-GTTGTCA---TTCCG-G-T-CT-GCA-CAC---------AACAAGTGTTCATGTT-------------A--T---G-------CTGAACACTTCTGTCAATT-TGTTTGAAAAT---CAG--T--TT--GAACGTTT-GGAATTTTCTAG-----------------AT---------------------TA----------TACAA--AAAC--ACACAGCATC-AAT-TTGTCAAA--GTCCTATAt
gi|9 : CAAGTG----AATAAAGT-----TCTGCCATG--CAAA--ACCAAGTCCCCTACT-GGTTGAT-AAAA-AT-TATTGAAGCAGG--C---TAAAT-G--TT-AACCGAT-GACA-------TTTC-------A-ACTT-G-----T-------------TT-A-------------------CA------TGC---
gi|9 : -ACAGCCTATATAAACA--T-GTG--------TC-------------------A-----GT-------------C-----C-----------TGTA------TGT--A------CC-----T------TTG------AG-GTAGCTG---CCAAG-GTG-TT-GCA-CAC---------AACA-----------CTTCTTTT------A--T---G-------CTGAACATTTCAGTGAAtgttctaaaatgagcaatgaaaaagcgaacgggtaagttggctagacaattactccattggtacatgtatgatttgtcgtcgtgacagcctatataaacatgtgtcagtcctgtatgtacctttgaggtagctgccaaggtgttgcacacaacacttcttttatgctgaacatttcagtgaatgtcgtcaagttaggctggacg