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Reference ( gi|2 ) : ACTATGTAATAATTCGTATACTATTTTT-ATGAATAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGTA----GTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATT-AAGAC-A--AGATAAATAATCACTTATATA-TAATCAATTCTAAGTTTGATCAACGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGATGTCACA---ATT--GTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGC---AAGAATGTTTGCATAATAGTTCTGTCACAAATTGGATACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTT-TGAGTGATCGGTATAAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGGAGATGAT-TGAGTGATA--CTAAATATGAGAGGAGTTTGAGA----AGGAAG-AGTGTAAAATA--------TGAAAG--T----ATGTAGTTAGTAAG-AAAAGGGAGGTTGAAAGGTTA--------AG--------TAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTT---------AAAAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATAA---------TTAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTT-AGATAGGGAACATTTAAAG-TGAAGAAGAATTAA-GAAGTTAT-----TGTTAAAGTGA------ACTATGAG--ATATGAAC--TTGA--TGAATAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAA-TAC--AAG-TG--TA-A---TGGTAATAATTGAACATT-CCCCGAATATAGATAACATAA------ATTTATGGCCGATTACACTATACACATCA
gi|1 : ACCATGGAATAATTCTTATAATATTCTT-ATGATTAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAAAA----ATTTCTGT-------AATTAATA--GTTATT-AAGAT-T--AGATAAATAATCACTTGTATA-TTAACAATCCTAAGTTTTACCAAAGTGTAAAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACA---TAT--GTTGTACATTCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGC---CAGAATGTTTGCATAGTAGTT--GTCACAAATTGGGCACAAACTATATAGTGTAAATGATAAGTTGTGATGGAT-ATTAGTATG-GTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAAAAAGGATTCATTAGGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTAAGAGA-GAGATGAT-TGAGTGATACCCT-AATATGGGAGGAGTCTGAGA----AGAAAG-AGTGTGAAATA--------TGAAAG--T----ATGTAGGTAGTAAG-AAAAGGGTGGTAGAAAGGTTA--------AA--------TAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTT---------AAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATAG---------TTGGGAAATA--GAGAGAAAGAAAGTT-AAATAGGAAACATTTGAAG-TGAAGAAGAGTTAA-GAAGTTAA-----TGTTAAAGTGA------ACTGTGAGATATATGAAT--TTGA--TGATTAAATGGAAAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAA-TAC--AAG-TG--TT-A---T
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgccgcactataatgagtaaggctttaggccttctaaaggacccctaataaatttcatgcatgattaatcattcccatgagtaggggtttgaagtacaaatcaagctacaggggtgtaaaaggccccttaagggtacattacacaggaatacttgtggaaaatattgtaACCATGTAATAATTCTTATAATATTTTTTATGAATAATATTT-AATATTCTACAAT--ATTGCTATATTAGAA----GTTTCTGTCAAAAATAATTAATACAGTTATT-AAGACTAGTAGATAAATAATCACTCATATA-TAATCAATCCCAAGTTTTATCAAATTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGGTGTCACA---TAT--GTTGTACATCCTGGGCTGGAAaat
gi|16 : tgtaACCATGTAATAATTCTTATACTATTTTT-ATGAATAATGTTTGAGTATTATA--ATGAATTGCTA----AGTAAGATGTATCTTTAAAAACCAATTA
gi|3 : cttgtaGTATAATATTTT--ATGAATAAAATTT-GATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAAAA----GTTTCTGTCAAAAGTAAGTAATACAGTTATT-AAGAC-T--AGATAAATAATCACTTATATA-TAATCAATACTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAATAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTGTCACAGAAATT----TGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGC---CAGAATGTTTGCATAATAATTCTGTCACATATTGGGTACATATGATGTAGTGTAAATGATAAGTTGTT-TGATTGATGGGTATTAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAAGGAGTTCAAAGATTATGAGA-GAGACGAT-TGAGTGATA--CTAAATATGGGAGGAGTTTGAGA----AGAAAG-AGTGTGAAATA--------TGAAAG--T----ATGAAG-GAGTAAG-AAATAGGAGATTGAAAGGTTA--------AG---------AAGGAAAAAGG-AGAT-TGATGGGTC---------AAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAGGGTT--AAGATAG---------TTGGAAAATA--AGGACAAAGAAAGTT-AAATACGGAACATTTGAAG-TGAAGAAGAA------------------TGTTAAGGTGA------ACTGTGAG--ATATGAAC--TGGA--TG-ATTATTGA-AAAAT-AAAATG---ATG-TAAATTGGA-TAC---AG-TGTTTATA---TAGTAATAACTGAACATT-CCCCAAATAGAGATAACGT
gi|4 : catATAATATTTTT-ATGAATAATTTTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTTGAA----GTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATT-AAGAC-T--AGATAAATATTCACTTGTATA-CAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCGTGCAGTGTCACA---TAT--GTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGC---CAGAATGTTTGCATAATAGTTCTGTCACAAATTGGATTCATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTT-TGAGTGATGGGTATTAGTAGTTAATGA-TGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTATTTAGGTTGATAAGGGAGTTTAAAGATTATGATGAGAG-TGAT-TGAGTGATA--CTAAATATGGGAGGAGTTTGAGA----AGAAAT-ATTGTGAAATA--------TGAAAG--T----TTGTAGGTA--AAA-AAAAAGGAGGTTGAAAGGTTA--------AGAAGGAAAGTAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAATGGTT---------AAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--TAGATAG---------TTAGGAAATA--AAAAGAAAGAAAGTT-AAATCGGGAATGTTTGAAG-TGAAGAAAAATAAA-GAAGTTAA-----TGTTAAAGTGA------ATTGTAAG--ATATATAC--CTTA--TC--TAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAA-TAttcatataccgg
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gi|9 : TGGATAATATTT-A-TATTGTACTGT--ATTGCTATATTAGAA----GTTTCTGTCAAAAGTTATTAATACAGTTATT-AAGAC-T--AGATAAATAATCACATGTGTG-TAAACAATCAAAAGTTTTACCAGAGTGTACAAGTAAATAAGCTTATAGTCATGAGGTGTCACATA-ATTATGTTGTACAT-----ACTGGTAGGACATATTAGTGC---CAGAATGTTTGCATAGTAG----GTCACAAATTTGGTACATCTTGTATAATGTAAATGACAAGTTGTT-TGAGTAATGGGTATTAGTAGTTAGTGAATGGAACTAACCAATTAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTGAAAGATTATGAGA-GAGATGAT-TGAGTTAT
gi|6 : AATATTT-GATAGTGTACCAT--ATTGCTATATTCAAA----TTTTCTATCAAAAGTAATTAATACAATTATTTAAGAC-T--AAATAAATAATCACTTATATA-TAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGGTGTTACA---TAT--GTTGTACATCCTGGACTGGAAGGAAATATTAGTGC---CAGAA
gi|7 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAA----ATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATT-AAGAT-T--AGATAAATAATCGCTTGTATACTAAT-AATCCTAAGTTTTATCAAAGTGTACAAGTAAATAAGCCTAAAGTCATGAGGTGTCACA-----T--GTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAAAAGAAggaaaaaggagattgaagggttaagatgagaaagtttgttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaatagggaacatctgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagacatgaactggatgattaaacggaaattaaaaatgatgtaagttggatacaagtgttatagtaataattgaacattcacagaataaacaaatataaagttaatgtttcattaacggcc
gi|8 : GCCATGGGGTGTCACA---TAT--GTTGTACATCTTGGGCTGGAATGAAATATTAGTGC---CAGAATGTTTACATAATAGTTCTGTCACAAATTGGGTACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTT-TGAGTGATGCGTATTAGTAGTTAAAGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGA-GAGATGAT-TGAATGATA--CTAAATATGGGAGGAGTTTGAGA----AGAATG-GGTG--AAATA--------TGGAAG--T----ATGTAGGTAGTAAA-GAAAGGGAGGTTGAAAGGTTA--------AG--------TAAGGAAAAA-T-AGAT-TGAGAGGTT---------GAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATGG---------TTAGGAAATA--AGGGGAAAGAAAGTT-AAATAGGGAACATTTGAAG-TGAAGAAGAAagagtgtgaaatatggaagtatgtcggtagtaagaaaagggaggttgaaaggttaagtaaggaaaaagagattgaggggttaaaaggtgaaagtagattgagaagtgaaggtcaagatagtaaggaaataaggagaaagaaagttaaatagggaacatttgaagacaagaagaattaagaagttatggtaatgttaaagtgaactgtgagatatgaacttgatgattaaatggaaattaaaatgatgtaaattgaatacaagtgttatagtaataattgaacattccccgaatagagatagcataaatttacggccagtttcatacggccga
gi|5 : TGGAAGAAAATATTAGTGC---CAGAAGGTTTGCATAATAGT-CT-------------TACATCCTGTAAAGTGTAAATGATAAGTTGTT-TGAGTGACGGGTATTAATAGTTAATGAATGGAACTGACCGATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGA-GAGATGAT-TGAGTGAAA--CTAAACATGGGAGGAGTTTAGGA----AGAAAG-AGTGTGAAATA--------TGAAAG--TATACATGTAAGTAATAAG-AAATGAGAGGTTGATAGGTCAGGAAGTAGAG--------TAAGAAAAAG-G-AGGT-TGAAAGGTTAGGAAGCGAAGAAGGAAAAGGGAGGTTGAAAGGGGAAG--T--AAGGAAAAGGGAGATCTGAGGGGCTAAGAGGTGAAAGCAGGTTGAGA-AGTGAAGGTTTAAAGATAGTAAGGAAATAA-GGAG--AA-----AG--AAAGTTA------A--ATAAG------GAACATTTGAAGTGAAGAA-----GAATT-AAGGTGTTAATGTTAAAGTGAACTGT--GAGATA--TG-AACTTGATGATAAATGGAAATT-
gi|5 : ggTGAGTGAAACTAAACA-TGGGAG----GAGT--TTAGG---AAGAAAGAGTGTGAAA--TATGAAAGTATAC-ATGTAAGTAATA----AGAAATGAGAGG---TTGATAGGTCAGGAAGTAGAGTAAGAAAAAGGAGGTTGAAAGGTT----AGGAAGCGAAGAAGGAAAAGGGAGGTTGAAAGGGGA--------AG--------TAAGGAAAAG-GGAGATCTGAGGGGCT---------AAGAGGTGAAAGCAGGTTGAGAAGTGAAGGTTTAAAGATAG---------TAAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTT-AAATAAGGAACATTTGAAG-TGAAGAAGAATTAA-GGTGTTAA-----TGTTAAAGTGA------ACTGTGAG--ATATGAAC--TTGA--TG-ATAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAACTGGA-TAC--AAG-TG--TT-G---TATTAATAATTGAACATTCCCCCGAATAAAGA-AAGGTAACGTTTCATATATGGCCGGTTACAaaaatgatgtaaactggatacaagtgttgtattaataattgaacattcccccgaataaagaaaggtaacgtttcatatatggccggttaca
gi|7 : ggtggaagaaaatattagtgccagaaggtttgcataatagtcttacatcctgtaaagtgtaaatgataagttgtttgagtgacgggtattaatagttaatgaatggaactgaccgatgaaagaaaggattaattaggttgattagggagtttaaagattatgagagagatgatAAA----AGAAAG-AGTGTGAAATA--------TGGAAG--T----ATGTCGGTAGTAAG-AAAAGGGAGGTTGAAAGGTTA--------AG--------TAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTT---------AAAAGGTGAAAGTAGATTGAGAAGTGAAGGTC--AAGATAG---------TAAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTT-AAATAGGGAACATTTGAAG-ACAAGAAGAATTAA-GAAGTTATGGTAATGTTAAAGTGA------ACTGTGAG--ATATGAAC--TTGA--TGATTAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAA-TAC--AAG-TG--TT-A---TAGTAATAATTGAACATT-CCCCGAATAGAGATAGCATAA------ATTTACGGCCAGTTTCA
gi|6 : atatttaatattgtaccatattgctatattagaaatttctgtaattaatacagttattaagattagataaataatcgcttgtatactaataatcctaagttttatcaaagtgtacaagtaaataagcctaaagtcatgaggtgtcacatgttgtacatcctgggctggaaggaaatattagtgccAAGGAAAAA-GGAGAT-TGAAGGGTT---------AAGATGAGAAAGTTTGTTGAGAAATGAAGGTT--AAGATAG---------TTAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTT-AAATAGGGAACATCTGAAG-TGAAGAAGAATTAA-GAAGTTAA-----TGTTAAGGTGA------ACTGTGAG--ACATGAAC--TGGA--TGATTAAACGG-AAATTAAAAATG---ATG-TAAGTTGGA-TAC--AAG-TG--TT-A---TAGTAATAATTGAACATT-CACAGAATAAACA-AATATAA------AGTTAtacggccga
gi|13 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcaatatttgatagtgtaccatattgctatattcaaattttctatcaaaagtaattaatacaattatttaagactaaataaataatcacttatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatggggtgttacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtgccagGAAATA--ATGAGTAAGAAATTG-AAATAGGAAAGGTTTGAAG-TGAAAGATAATTAAAGAAGTTA----------AAAACGAGAATTCAGTGTTCG--ATATGAAC--TTAA--TGGTTAAGACA-ATATG-AAAATT---ATG-AGAACTGGA-TACTTAAG-Tatgtttcattaacggcc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCGTGTGCTGCACTACAATGAGTTAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATA
Unaligned ( gi|14 ): ATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACGTTGTTTTTTTTACAAATTTACTTCCATTAATTTTATTCATCCTGTGCTGCACTATAATGAGGCTTTAGGCATTCAAAAGGACCCCTAAT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATGTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTTAGAAATTTACCTGCATGTCTTCAACCTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): AATATTCTTGTGAAAATGGCTATTGTAACCATGTAATAATTCTTATAATTTTTTTTGTAT
Alignments
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lowQualScore : . . .. . . . ... . . .... ..... .. ..... . . . . . . . ......... .. . . .. .... . . ................. . . . ......... ..... .. ... .. . . . ..... . .. .. .. .. . . . ... . .. . ... . . ....... . . . ...... . .
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Reference ( family-868 ) : ACCATGTAATAATTCTTATAATATTTTT-ATGAATAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATT-AAGACTAG---ATAAATAATCACTTGTATA-TAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTGTCACATA----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCA-----TAATAGTTCTGTCACAAATTGGGTACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTAGTA-----GTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGA-GA-G-AGACGAT-TGAGTGATACTA-AAT---------ATGGG--AGGAGTTTGAG-AAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAGAAAAGGGAGGTTGAAAGGTT--------A--------AGTAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAGAGGTG---------AAAGTAGGTTGA-----GAAGTGAAGGTT--AAGATAG---TTAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACGTTTGAAG-TGAAGAAGAATT-AAGAAGT-----TAATGTTAAA-GTGAACT--GTG--AG--ATATGAAC--TTGATGANTAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGGATAC--AAGT-GT---TATAGTAATA-AT-------TGAACATT-CCCCGAATAGAGATAACGTAA------ATTTACGGCCGGTTNCA
gi|1 : ACCATGGAATAATTCTTATAATATTCTT-ATGATTAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAAAAATTTCTGT-------AATTAATA--GTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCACTTGTATA-TTAACAATCCTAAGTTTTACCAAAGTGTAAAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACATA----TGTTGTACATTCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCA-----TAGTAGTT--GTCACAAATTGGGCACAAACTATATAGTGTAAATGATAAGTTGT------GATGGATATTAGTATGGTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAAAAAGGATTCATTAGGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTAAGA-GA-G-AGATGAT-TGAGTGATACCCTAAT---------ATGGG--AGGAGTCTGAG-AAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAGAAAAGGGTGGTAGAAAGGTT--------A--------AATAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAGAGGTG---------AAAGTAGGTTGA-----GAAGTGAAGGTT--AAGATAG---TTGGGAAATA--GAGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACATTTGAAG-TGAAGAAGAGTT-AAGAAGT-----TAATGTTAAA-GTGAACT--GTG--AGATATATGAAT--TTGATGATTAAATGGAAAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAATAC--AAGT-GT---TATAAT
gi|11 : tgagcgatatagggccatcttggccctcttgttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgccgcactataatgagtaaggctttaggccttctaaaggacccctaataaatttcatgcatgattaatcattcccatgagtaggggtttgaagtacaaatcaagctacaggggtgtaaaaggccccttaagggtacattacacaggaatacttgtggaaaatattgtaACCATGTAATAATTCTTATAATATTTTTTATGAATAATATTT-AATATTCTACAAT--ATTGCTATATTAGAAGTTTCTGTCAAAAATAATTAATACAGTTATT-AAGACTAGTAGATAAATAATCACTCATATA-TAATCAATCCCAAGTTTTATCAAATTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGGTGTCACATA----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAA
gi|12 : tgtaTTTT-ATGAATAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCGCTTGTATACTAAT-AATCCTAAGTTTTATCAAAGTGTACAAGTAAATAAGCCTAAAGTCATGAGGTGTCAC--A----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAAAA
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gi|2 : aatattcttgtgaaaatggctattgtaACTATGTAATAATTCGTATACTATTTTT-ATGAATAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGTAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATT-AAGACAAG---ATAAATAATCACTTATATA-TAATCAATTCTAAGTTTGATCAACGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGATGTCACAAT----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCAAGAATGTTTGCA-----TAATAGTTCTGTCACAAATTGGATACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTTTGAGTGATCGGTATAAGTA-----GTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGACTATGA-GAGG-AGATGAT-TGAGTGATACTA-AAT---------ATGAG--AGGAGTTTGAG-AAGGAAGAGTGTAAAATATGAAAG--T----ATGTAG-TTAGTAAGAAAAGGGAGGTTGAAAGGTT--------A--------AGTAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAAAGGTG---------AAAGTAGGTTGA-----GAAGTGAAGGTT--AAGATAA---TTAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTTAGATAGGGAACATTTAAAG-TGAAGAAGAATT-AAGAAGT-----TATTGTTAAA-GTGAACT--ATG--AG--ATATGAAC--TTGATGAATAAATGG-AAATT-AAAATG---ATG-TAAATTGAATAC--AAGT-GT---AATGGTAATA-AT-------TGAACATT-CCCCGAATATAGATAACATAA------ATTTATGGCCGATTACAtgtat
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gi|6 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcAAGGAAAAA-GGAGAT-TGAAGGGTTAAGATGAG---------AAAGTTTGTTGA-----GAAATGAAGGTT--AAGATAG---TTAGGAAATA--AGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACATCTGAAG-TGAAGAAGAATT-AAGAAGT-----TAATGTTAAG-GTGAACT--GTG--AG--ACATGAAC--TGGATGATTAAACGG-AAATTAAAAATG---ATG-TAAGTTGGATAC--AAGT-GT---TATAGTAATA-AT-------TGAACATT-CACAGAATAAACA-AATATAA------AGTTAggaaaaaggagattgaagggttaagatgagaaagtttgttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaatagggaacatctgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagacatgaactggatgattaaacggaaattaaaaatgatgtaagttggatacaagtgttatagtaataattgaacattcacagaataaacaaatataaagttaatgtttcattaacggcc
gi|7 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcaatatttgatagtgtaccatattgctatattcaaattttctatcaaaagtaattaatacaattatttaagactaaataaataatcacttatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatggggtgttacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtgccagATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCGCTTGTATACTAAT-AATCCTAAGTTTTATCAAAGTGTACAAGTAAATAAGCCTAAAGTCATGAGGTGTCAC--A----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAAAAatgtttcattaacggcc
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gi|8 : atatttaatattgtaccatattgctatattagaaatttctgtaattaatacagttattaagattagataaataatcgcttgtatactaataatcctaagttttatcaaagtgtacaagtaaataagcctaaagtcatgaggtgtcacatgttgtacatcctgggctggaaggaaatattagtgccGCCATGGGGTGTCACATA----TGTTGTACATCTTGGGCTGGAATGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTACA-----TAATAGTTCTGTCACAAATTGGGTACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGCGTATTAGTA-----GTTAAAGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGA-GA-G-AGATGAT-TGAATGATACTA-AAT---------ATGGG--AGGAGTTTGAG-AAGAATGG--GTGAAATATGGAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAAGAAAGGGAGGTTGAAAGGTT--------A--------AGTAAGGAAAAA-T-AGAT-TGAGAGGTTGAGAGGTG---------AAAGTAGGTTGA-----GAAGTGAAGGTT--AAGATGG---TTAGGAAATA--AGGGGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACATTTGAAG-TGAAGAAGAAtacggccga
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCGTGTGCTGCACTACAATGAGTTAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATA
Unaligned ( gi|14 ): ATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACGTTGTTTTTTTTACAAATTTACTTCCATTAATTTTATTCATCCTGTGCTGCACTATAATGAGGCTTTAGGCATTCAAAAGGACCCCTAAT
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Alignments
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Reference ( family-868 ) : ACCATGTAATAATTCTTATAATATTTTT-ATGAATAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATT-AAGACTAG---ATAAATAATCACTTGTATA-TAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGGGGTGTCACATA----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCA-----TAATAGTTCTGTCACAAATTGGGTACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTAGTA-----GTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGA-GA-G---AGATGATTGAGTGATACTA-AAT---------ATGGG--AGGAGTTTGAG-AAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAGAAAAGGGAGGTTGAAAGGTT--------A--------AGTAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACGTTTGAAGTG-AAGAAGAATT-AAGAAGT-----TAATG-TTAAA-GTGAACT--GTG--AG--ATATGAACTTGATGATTAAATGG-AAATT-AAAATGATGTAAATTGGATAC--AAGT-GT---TATAGTAATA-AT-------TGAACATT-CCCCGAATAGAGATAACGTAA------ATTTACGGCCGGTTACA
gi|1 : ACCATGGAATAATTCTTATAATATTCTT-ATGATTAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAAAAATTTCTGT-------AATTAATA--GTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCACTTGTATA-TTAACAATCCTAAGTTTTACCAAAGTGTAAAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACATA----TGTTGTACATTCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCA-----TAGTAGTT--GTCACAAATTGGGCACAAACTATATAGTGTAAATGATAAGTTGT------GATGGATATTAGTATGGTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAAAAAGGATTCATTAGGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTAAGA-GA-G---AGATGATTGAGTGATACCCTAAT---------ATGGG--AGGAGTCTGAG-AAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAGAAAAGGGTGGTAGAAAGGTT--------A--------AATAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATAGTTGGGAAATAGAGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACATTTGAAGTG-AAGAAGAGTT-AAGAAGT-----TAATG-TTAAA-GTGAACT--GTG--AGATATATGAATTTGATGATTAAATGGAAAATT-AAAATGATGTAAATTGAATAC--AAGT-GT---TATAAT
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gi|6 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcAAGGAAAAA-GGAGAT-TGAAGGGTTAAGATGAGAAAGTTTGTTGAGAAATGAAGGTT--AAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACATCTGAAGTG-AAGAAGAATT-AAGAAGT-----TAATG-TTAAG-GTGAACT--GTG--AG--ACATGAACTGGATGATTAAACGG-AAATTAAAAATGATGTAAGTTGGATAC--AAGT-GT---TATAGTAATA-AT-------TGAACATT-CACAGAATAAACA-AATATAA------AGTTAggaaaaaggagattgaagggttaagatgagaaagtttgttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaatagggaacatctgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagacatgaactggatgattaaacggaaattaaaaatgatgtaagttggatacaagtgttatagtaataattgaacattcacagaataaacaaatataaagttaatgtttcattaacggcc
gi|7 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcaatatttgatagtgtaccatattgctatattcaaattttctatcaaaagtaattaatacaattatttaagactaaataaataatcacttatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatggggtgttacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtgccagATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAGAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCGCTTGTATACTAAT-AATCCTAAGTTTTATCAAAGTGTACAAGTAAATAAGCCTAAAGTCATGAGGTGTCAC--A----TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAAAAatgtttcattaacggcc
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gi|8 : atatttaatattgtaccatattgctatattagaaatttctgtaattaatacagttattaagattagataaataatcgcttgtatactaataatcctaagttttatcaaagtgtacaagtaaataagcctaaagtcatgaggtgtcacatgttgtacatcctgggctggaaggaaatattagtgccGCCATGGGGTGTCACATA----TGTTGTACATCTTGGGCTGGAATGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTACA-----TAATAGTTCTGTCACAAATTGGGTACATCCTGTATAGTGTAAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGCGTATTAGTA-----GTTAAAGAATGGAACTGACCAATGAAAGAAAGGATTAATTAGGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGA-GA-G---AGATGATTGAATGATACTA-AAT---------ATGGG--AGGAGTTTGAG-AAGAATGG--GTGAAATATGGAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAAGAAAGGGAGGTTGAAAGGTT--------A--------AGTAAGGAAAAA-T-AGAT-TGAGAGGTTGAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATGGTTAGGAAATAAGGGGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACATTTGAAGTG-AAGAAGAAtacggccga
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|6 : tatattatcaatcctaagtttaatcaaagtgcacaagtagaaaagctcagagtcatggggtgtcacagatgttgtacatcctaagctggaaggaaataatagcaccagaatgtttgcAAGGAAAAA-GGAGAT-TGAAGGGTTAAGATGAGAAAGTTTGTTGAGAAATGAAGGTT--AAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACATCTGAAGTG-AAGAAGAATT-AAGAAGT-----TAATG-TTAAG-GTGAACT--GTG--AG--ACATGAACTGGATGATTAAACGG-AAATTAAAAATGATGTAAGTTGGATAC--AAGT-GT---TATAGTAATA-AT-------TGAACATT-CACAGAATAAACA-AATATAA------AGTTAggaaaaaggagattgaagggttaagatgagaaagtttgttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaatagggaacatctgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagacatgaactggatgattaaacggaaattaaaaatgatgtaagttggatacaagtgttatagtaataattgaacattcacagaataaacaaatataaagttaatgtttcattaacggcc
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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gi|1 : ACCATGGAATAATTCTTATAATATTCTT-ATGATTAATATTT-AATATTGTACCAT--ATTGCTATATTAAAAATTTCTGT-------AATTAATA--GTTATT-AAGATTAG---ATAAATAATCACTTGTATA-TTAACAATCCTAAGTTTTACCAAAGTGTAAAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACATA----TGTTGTACATTCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCA-----TAGTAGTT--GTCACAAATTGGGCACAAACTATATAGTGTAAATGATAAGTTGT------GATGGATATTAGTATGGTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAAAAAGGATTCATTAGGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTAAGA-GA-G---AGATGATTGAGTGATACCCTAAT---------ATGGG--AGGAGTCTGAG-AAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAG--T----ATGTAG-GTAGTAAGAAAAGGGTGGTAGAAAGGTT--------A--------AATAAGGAAAAA-G-AGAT-TGAGGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTT--AAGATAGTTGGGAAATAGAGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACATTTGAAGTG-AAGAAGAGTT-AAGAAGT-----TAATG-TTAAA-GTGAACT--GTG--AGATATATGAATTTGATGATTAAATGGAAAATT-AAAATGATGTAAATTGAATAC--AAGT-GT---TATAAT
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