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lowQualScore                  :                               9 8 11 5555555555555555 88  5555555555555555555555555 444444 6 999 6 44444444444 444 5  77 0   1111 555555   5    5 77 66 5 5 5 000   6 6        
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Reference ( gi|65 )           :                          TTTGT-A-T--G-----G----G--C--T--TT------T----C-----C-------T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGCAG-TCAGCGCA
gi|39                         :                          TTTGT-A-T--G-----A----G--T--T--TT------TTTTTC-----C-------TCTTTTTT-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGCAG-TCAGCGCA
gi|66                         :                          TTTAT-A-T--G-----G----A--T--TGATC------T----C-----C-------T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-C-A-A-T---AGTGT-TCAGC
gi|60                         :                         gTTTGT-A-T--G-----T----G--T--G--TT------G----C-----C-------TA-----T-T---T-T-----T-----C---A-CC--A-GTA----T------TCC-AGTT-A--TA-T-A-A-G---GGTAG-TCAACACA
gi|56                         :                         aTTTGT-A-T--G-----G----G--G--T--TT------AGCA-C-----T-------T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AATG-A--TA-T-A-A-T---GGTGG-TC
gi|52                         :                    atttggTTTGT-A-T--GA----G----G--T--T--GT------T----CGC---C-------T------C-T---T-T-----C-----C---A-GC--A-TTA----T------TTC-AGTC-A--CA-T-T-A-T---GGTTG-TCAGCGCA
gi|32                         :                         tTTTGC-AGT--G-----G----G--T--C--TT------TACTGC-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-G-C-A-T----GCAG-TCAGTGCAc
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gi|76                         :                      tttgTTTGT-T-T--AC----G----G--T--T--TT------G----C-----A-------T------T-T---T-T-----T-----T---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGC
gi|7                          :                       ttaTTTGT-A-T--G-----G----G--TA-T--TT------T----C-----CGCTGTTTT------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-GGT--------T-A-A-C---TGCGG-TAAGCGCt
gi|16                         :                      tttaTTTGTTA-G--G-----G----G--A--T--TT------G----CAC---C-------T------T-T---T-A-----T-----C---A-AC--A-ATA----TATTTATTTT-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGCAG-TCAGAGCAgcccagtcatcgtttctggtccgctaggcggttt
gi|62                         :           taataattttatttgTTTGT-A-T--G-------------T--T--TT------T----C-----CCCCC---T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-TTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-C---TGCAA-TCAGc
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gi|34                         :                    tatttgTTTGT-A-T--G-----A----G--G--T--TT------TAAG-C-----C-------T------T-T---T-TTTCCCC-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--Tc
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gi|22                         :                   ttgtgtaTTTGA-G-T--G-----GT---G--C--T--TG------TG---C-----C-------T------T-T---C-T-----T-----T---AGAC--A-GAA----T------TTC-AGTT-A--TA-T-ATA-TACAGGTGG-TCAGCACA
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gi|43                         :                     ttttgTTTGT-A-T--G-----TTTTTG--T--T--TT------T----CTTCA-C-------T------T-C---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-C--TT-T-A-------GGTGA-CCAGTGCAt
gi|38                         :                         gTTTAT-A-T--G-----G----A--T--T--TT------TTCG-C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----T---A-AA--AAGTG----T------TTT-AGGT-A--TA-T-A-A-C---GGTGG-TCA
gi|51                         :                     atttgTTTGT-A-T--A-----A----T--G--T--TT------TGGG-C-----A-------T------T-A---T-T-----C---------A-AT--C-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-C---GGCGG-TCAGTGtggcacc
gi|61                         :                       ttgTTTGT-A-T--G-----G----C--A--T--TT------TAG--C-----C-------T------T-T---T-T-----------C---A-AC--A--TA----C------CTC-AGTT-A--TT-C-A-A-T---GGTGG-Tac
gi|25                         :                 agtttcattTTTGT-A-T--GAC---G----G--T--TAATG------TGG--C-----C-------T------T-T---T-T-----A-----TTAAA-AC--A-CTA----A------TTC-AGTT-A--TA-T-G-A-C---GGCGG-TCATTGCA
gi|17                         :                      tttgTTTAT-A----G-----G----G--T--T--GTG-----T----G-----C-------T------T-T---TGT-----T-----C---A-CA--A-GTA----T------TTC-GATT-A--TA-T-A-A-C---GGCGA-CCAACACAcc
gi|30                         :     tttatcgcatatgtgtttgttTCTGT-A-T--G-----G----G--G--G--TT------TGGG-C-----C-------C------T-T---T-T-----------C---A-AC--A-TTA----T------TTT-AGTT-A--CA-T-A-A-cc
gi|1                          : acataattgattaattcttcatttgTTTGT-A-T--G-----G----G--G--T--TT------TGTG-C-----C-------T------T-T---T-TTT---C-----C---A-GC--A-ATT----T------TTC-AGTA-A--AA-T-A-
gi|13                         :                   gaattgtTTTAT---T--G-----G----G--G--T--TTA-----TG---C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--C-ATA----T------TCT-AGTT-A--TT-T-T-A-C---AGTGT-TCAGCACAttatattatattaaagaaatattcaatagtcagtcacctgggtcctggggcctgctgaccgcttaaccagtac
gi|20                         :                   ctttgatTTTGT-C-T--G-----A----G--G--T--TT------TGCG-T-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-TTA----T------TTC-ATTT-A--CA-T-ccaaatcatcactcctgtgat
gi|50                         :        ttttaaacctatatatcatTTGT-A-T--G-----T----G--TGAT--TT------TGCG-C-----CAT-----T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TGC-AATT-A--AT-T-A-A-C---GGTAA-TCAGTGCcacataaaccagtggt
gi|15                         :                           TTGT-A-T--G-----G----A--G--T--TT------TACA-C-----C-------T------T-T---T-T-----A-----C---A-AC--AAGTAATCAT------TTA-A--T-A--TA-T-A-A-T---GGCAG-T
gi|64                         :     taaattgtcaaattttgtttagTTGT-A-T--A-----G----G--A--T--TT------TGGA-C-----A-------T------A-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-CTA----T------TTC-AGTT-A--CT-T-A-A-C---AGTGA-TCAGTGgcaccta
gi|24                         :                            TAT-A-T--A-----GT---G--C--T--TTA-----T----G-----CA------T------T-T---T-T-----C-----A---A-GC--A-GTA----T------TTT-AGTT-G--TA-T-A-A-T---CGAAG-TCAGTGCA
gi|41                         :                          tgTGT-A-T--G-----A----A--A--T--TTA-----T----CGCA--T-------T------T-T---T-T-----A-----A---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTC-A--TT-T-A-A-C---GGCGG-TCAGTGCActtaattatcgtt
gi|79                         :                      ttcgtgTGT-A-T--G-----G----T--T--T--TTAAG---C----C-----T-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-------CAG-Tc
gi|46                         :                            TGT-A-T--G-----G----G--G--T--TT------T----A-----CGGTGTTGT------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-TCA----T------TTTGAGTT-A--TT-T-G-A-C---GGTGG-TCAGTGCgg
gi|75                         :                             cT-A-T--G-----G----G--C--T--TTG-----TG---T-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A--TA----T------TTC-AATT-A--TA-T-A-A-C---GGCGA-TCAGCGC
gi|73                         :                              T-A-T--GT----G----G--T--T--TT------TATG-C-----A-------T------T-T---T-T-----T---------A-AC--A-GTA----T------TTC-AGCT-A--TT-T-A-A-C---GGTGG-TCAGCG
gi|58                         :                               -A-T--G-----G----G--T--T--TTATTCACT----T-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GACGG-GCA
gi|77                         :                         gtattc-A-T--G-----G----G--A--T--TT------T----T-----CATCTTT-T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-TTA----T------TTC-AGAT-A--TT-T-G-A-T---GACGG-TCa
gi|78                         :                                 -T--G-----G----G--G--T--TT------T----CAATACC-------A------T-T---T-A-----T-----T---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGTGG-TCA
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gi|86                         :         aggtaatgtatatttattatgttt-T--G-----G----G--T--T--TTATG---C----C-----T-------T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--Tca
gi|67                         :                                  gcat-----G----G--T--T--TT------C----CA----C-------T------TAT---T-T-----C-----C---C-AC--A-GTA----T------CT---GTT-A--TA-T-A-A-T---GGCAG-TCA
gi|48                         :                                    ttgcgtgcttaga--C--T--TT------T----T-----C-------T------T-T---T-----------------A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-C--TT-T-A-A-T---GGCAG-TCAGCACA
gi|23                         :                               tatattgttgtttttctt--C--T--TC------T----A-----T-------T------T-T---T-T-----TAAACAC---A-AC--A-GCA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---G--AG-TCAACGCAc
gi|44                         :                           tctactttgtattgttttttta--C--T--TT------G----C-----C-------T------T-A---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AAGT-G--TT-TCA-ACT---GG-GG-TCAGTGcc
gi|68                         :                                   tatttatgtcagttttt--T--TT------TGTG-C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TATT-A-A-T---GGCAT-TCAGCACAt
gi|83                         :                                             tacgatg--T--TT------T----T-----C-------T------T-T---------------------A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GACTG-TCAGCGCA
gi|3                          :                                                 gtt--T--TC------T----C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---G---G-TCATTGCAa
gi|47                         :                                      ttgaataagtactt--T--TT------T----A-----C-------T------T-T---T-T-----TTT---C---A-AC--A-GTA----T------TCT-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGCAG-TTAcctggttgtcattccttggatctgctgggcagttaatctgttctagactatagaaatcttac
gi|72                         :                                    tgtttagtagggttat--T--TT------T----CGT---C-------C------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-TGTT-A--TT-T-A-A-T---GGCGG-ATAGCACAtagc
gi|74                         :                                             atagaga--T--TT------G----C-----C-------T------T-T---T-T-----A-----C---A-GTTAA-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGAGG-TCAGCACA
gi|27                         :                                                gatt--T--TT------G----T-----C-------T------T-TA--T-T-----C-----G---A-AC--A-ATA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-C---AGTGG-TCAACACAcc
gi|82                         :                             ttgtttattcgtttgtttcatat--T--TT------T----C-----CGC-----C------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTC-AGC--------T-A-A-C---AGCGG-TCAGCc
gi|84                         :                                                              cgtg----C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---G-AC--A-GTA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGCAG-GCAGCACatac
gi|70                         :                                                                tg----C-----C-------T------T-G---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TCT-AGTT-A--TA-T-A-A-C---GGCGG-CCAGGGCA
gi|45                         :                                                               gta----C-----C-------T------T-G---T-T-----C-----C---A-AC--A-ATA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGTGG-TAAGCGtctaatcatta
gi|81                         :                                           gcatatttgagacttttttgtca----C-----C-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-A---A-GTA----T------TTC-AGTT-ATTTA-C-A-A-T---AG--G-TCAGCGCA
gi|21                         :                                                                  ----C-----T-------T------T-T---T-T-----C-----C---A-AC--A-GCA----T------TTA-AGTT-A--TT-T-A-C-T---Gtctagtta
gi|33                         :                                          agatttgcttatatgtatgttgtttttttctccac-------T------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-ATA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-G-G-C---GGCAG-GCAGCTCAtggttggaaca
gi|10                         :                                                  agtttataacgttttgtttttaccatt-------T------T-T---G-T-----T-----C---A-TT--A-GTA----T------TTC-GATT-A--AA-T-A-A-C---GGCGA-CCAGCACAcc
gi|80                         :                                                                                    t------T-T---T-T-----T-----C---A-AC--A-GTA----T------TTA-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGTGG-TCAGCGCAccttatcgtcattctgttgatctggtaggaagataatcagtactagac
gi|6                          :                                                                                        tttttatgcg-T-----T-----C---A-AC--A-TTG----T------TTT-AGTT-A--TA-T-A-A-C---GGCAA-GCAGCGC
gi|85                         :                                                                           attgtttgtaataatctgtttttgtgccatg-----C---A-CC--A-GTA----T------GTC-AGTT-A--TA-T-A-A-T---GGCAA-TCAGTGCAccctaatcattgtttaagggtccattaagcggtt
gi|5                          :                                                                                                         t-----C---A-AA--A-CTA----T------TTC-AGTT-A--TA-T-T-A-C---AGAGG-TCAGCACAcctaatc
gi|88                         :                                                                          ggtttgtatagtcagtgtacgttttgtgcctatatact---A-AC--A-GTA----T------GTC-AGTT-A--TT-T-A-A-C---GGCGG-TCAcctaatcatcgtttctgggatacggtacgcag
gi|9                          :                                                                                                                ---A-AT--A-GTA----T------TTC-AGTCGA--TT-T-A-A-C---AGTGG-TCAGCACA
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gi|54                         :                                                                                                                            TA----T------TTC-AGTT-A--TT-T-A-A-T---GGAGG-CCAGCGCAccttaccgccgtatgtggttaaccagtactttacactgtt
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): CTAAAAGATTAATGTTGTATGTATTTCTTGTTGTCCTTTTTTTCAACCTTTTTTTCAACAGGATTTCATTTATTTCATGTTGGTCAGCACA
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lowQualScore                  :                                                      7 00 5555555555 66 33 6 222222 000000000000000000000000000 99999 222 77 5 33333 9999 5 99 22   0000  77   5    5  22 5 999  5   5          
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Reference ( family-855 )      :                                                TTTGTA-T--G-----G----GN-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-NT-A---AC-GGC-GGTCAGCGCA
gi|1                          :                                                TTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------TGTG-C-------C-------T------T-----T---T--T-TTC---C----A-G--C--AAT----TT--TTC-AGT
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gi|11                         :                                                                                    t----C-------T-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGG----AT--TTC-ATTT-AT-TT-C---AT-GTT-GGTCAGCACAccttatcgtcattctgttgatctggtaggaagataatcagtactagac
gi|12                         : ctaaaagattaatgttgtatgtatttcttgttgtcctttttttcaacTTTATA-T--G-----T----GT-T--T-T------TTGCGC-------C-------T------T-----T---G--T-T-----T----A-A--C--AGT----AG--TTC-AGTC-AT-AT-A---AC-GCA-GATCAGCG
gi|13                         :                                           gtttgTTTAT--T--G-----G----GG-T--T-TA-----TG---C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--CAT----AT--TCT-AGTT-AT-TT-T---AC-AGT-GTTCAGCACAgaccaaatcatcgttcgtaagat
gi|14                         :                                                                                                                                         ctttgat--AGT----AT--TTC-GATT-AA-AT-A---AC-GGC-GACCAGCACAccaaatcatcactcctgtgat
gi|15                         :                                                tTTGTA-T--G-----G----AG-T--T-T------TACA-C-------C-------T------T-----T---T--T-A-----C----A-A--CA-AGTAATCAT--TTA-A--T-AT-AT-A---AT-GGC-AGTccttatcgtcggtctgttgatctggtaggaggttcaccagtactagacactatt
gi|17                         :                          taaattgtcaaattttgtttagTTTTTA-T--A-----G----GG-T--T-G------TGTG-C-------T-------T------T-----T---G--T-T-----C----A-C--A--AGT----AT--TTC-GATT-AT-AT-A---AC-GGC-GACCAACACAgcaccta
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gi|26                         :                                                             tttg----GT-T--T-T------T----A-------C-------T------TCGCCAT---T--T-T-----C----A-A--C--AGC----AT--TCC-AGTC-AT-AT-A---AC-GGC-CATCAGCTCAcc
gi|27                         :                                                                aatatct-T--T-T------G----T-------C-------T------T-----T---A--T-T-----CG---A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GGTCAACACActtagctactgt
gi|28                         :                         ttgtttattcgtttgtttcatatTTTGTA-T--G-----G----AG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----TCATT--T-T-----G----A-T--C--CGT----AT--TTC-ATTT-AT-AT-A---CT-GGT-GGTCAGTACAc
gi|29                         :                                          tatttgTTTGTA-T--GTTTAGG----GA-T--T-T------T----CAC-----C-------T------T-----T---T--T-T-----CC---A-A--C--AGT----AT--TTA-AGTT-AT-AT-A---AT-GAT-GATCAGc
gi|3                          :                                                                ttgttta-T--T-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---A----T-GGTCATTGCAag
gi|30                         :                                  ttgaataagtacttTCTGTA-T--G-----G----GG-G--T-T------TGGG-C-------C-------C------T-----T---T--T-------C----A-A--C--ATT----AT--TTT-AGTT-AC-AT-A---Acctggttgtcattccttggatctgctgggcagttaatctgttctagactatagaaatcttac
gi|31                         :                                                                                                                          acataattgattaattcttcatttgGT----AT--TTC-AATC-AT-AT-A---AA-GGC-AGTCGGTACA
gi|32                         :                                                TTTGCAGT--G-----G----GT-C--T-T------TACTGC-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TG-C---AT--GC-AGTCAGTGCAccttaccgccgtatgtggttaaccagtactttacactgtt
gi|33                         :                                                              tca----GT-T--T-T------TA---C-------CATT----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-G---GC-GGC-AGGCAGCTCAcctga
gi|34                         :                                 agtttataacgttttTTTGTA-T--G-----A----GG-T--T-T------TAAG-C-------C-------T------T-----T---T--T-TTCCCCC----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---cc
gi|35                         :                              acatgtgtccgtcattagTTTGTA-TTTG-----G----GC-A--T-T------T---------------------------------T---T--T-T-----A----A-A--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AG-A---GC-TGC-AGTCAGCACA
gi|36                         :                                    tttgtttgtgtgTTTGTG-T--GTA---GT---GA-T--T-T------C----C-------C-------T------T-----TGT-T--T-T-----A----A-A--C--ATT----AT--ATT-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-GGTCAGTGCAc
gi|37                         :                                          ttatgtTTTGCA-T--T-----G----AT-T--T-T------T----A-------C-------TCAT---T-----T---T--T-T-----CCCC-A-A--C--ATT----AT--TTC-AATT-AT-AG-A---AC-AGC-GGTCAGC
gi|38                         :                                         tagtttgTTTATA-T--G-----G----AT-T--T-T------TTCG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----TA---A-A--A--AGT----GT--TTT-AGGT-AT-AT-A---AC-GGT-GGTCAa
gi|39                         :                                           atttgTTTGTA-T--G-----A----GT-T--T-T------TTTTTC-------C-------TCTTTTTT-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-AGTCAGCGCAtggcacc
gi|4                          :                                                TTTATA-T--G-----G----GT-G--T-G------T----C-------CG------T------T-----T---T--T-T-----CCCC-A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-ATATT-T---AC-AGC-GGTCAGCGCA
gi|40                         :                                            tgtgTTTGTA-T--G-----G----GG-TC-T-T------T----C-------A-------C------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TAC-GGTT-AT-CT-A---AC-GTC-GATCAGAGCAcccatgcatcttgtctgggatccggtatcggttaaccag
gi|41                         :                                          gtgtttgaTGTA-T--G-----A----AA-T--T-TA-----T----CG------C-------A------T-----T---T--T-T-----T----A-AAAC--AGT----AT--TTC-AGTC-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTGCAc
gi|43                         :                                          ttcgtgTTTGTA-T--G-----TTTTTGT-T--T-T------T----CTTCA---C-------T------T-----C---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-CT-TT-A------GGT-GACCAGTGCAc
gi|44                         :                                                                      g-T--T-T------G----C-------C-------T------T-----A---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AAGT-GT-TTCA---AC-TGG-GGTCAGTG
gi|45                         :                                                                   tatttatgtcagtttttc----C-------C-------T------T-----G---T--T-C-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTAAGCGt
gi|46                         :                           gcatatttgagacttttttgtcaTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----A-------CGGTGTTGT------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATC----AT--TTTGAGTT-AT-TT-G---AC-GGT-GGTCAGTGC
gi|47                         :                                                                      c-T--T-T------T----A-------C-------T------T-----T---TTTT-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTTA
gi|48                         :                                                 tgtttagtagggttat----GT-T--T-T------T----C-------T-------TC-----T-----T---T--T-T-----CTTTTA-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-CT-TT-A---AT-GGC-AGTCAGCACAtagc
gi|49                         :                                       tatattgttTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------TGT--T-------C-------C------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTT-AGTT-GT-TA-A---AT-GCC-AGTAAGCACAc
gi|5                          :                                                                                                                          tttg-T-----C----A-A--A--ACT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-T---AC-AGA-GGTCAGCACA
gi|50                         :            ggtttgtatagtcagtgtacgttttgtgcctatatacTTGTA-T--GT----GT---GA-T--T-T------TGCG-C-------CAT-----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TGC-AATT-AA-TT-A---AC-GGT-AATCAGTGCcctaatcatcgtttctgggatacggtacgcag
gi|51                         :                                                TTTGTA-T--A-----A----TG-T--T-T------T----GGG-----C-------A------T-----T---A--T-T-----C----A-A--T--CGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTG
gi|52                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----A----GG-T--TGT------T----CGC-----C-------T------C-----T---T--T-C-----C----A-G--C--ATT----AT--TTC-AGTC-AC-AT-T---AT-GGT-TGTCAGCGCAac
gi|53                         :                                               tTTTGTT-T--G-----------T-T--T-T------T----T-------G-------T------T-----TG--T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATA-AT-AT-A---AT-GGC-GGATAGCGCAc
gi|54                         :                                                TTTACA-T--G-----G----GT-T--T-A------T----------------------------------------T-T-----G----A-A--G--AGT----ATATTTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGCCAGCGCAcccaat
gi|55                         :                                          gtttttTTTGTA-T--G-----TT---GG-T--T-T------T----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-C--G--AGT----AC--TTT-AGTT-AT-AT-A---AG-AGT-AGTCGGCctt
gi|56                         :                                          aaattgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------AGCA-C-------T-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATG-AT-AT-A---AT-GGT-GGTC
gi|57                         :                                          atttggTTTGTG-T--G-----A----GA-C--T-T------A----C-------C-------GCCA---T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TCC-AGTT-AC-TT-A---AC-GGC-GATCA
gi|58                         :                                                   agA-T--G-----G----GT-T--T-TATTCACT----T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GAC-GGGCAtag
gi|59                         :                                          gtattcTTTGCA---------------GT-T--T-T------T----TGCA----C-------C------T-----T---T--T-G-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTG-AC-AT-A---AT-GGT-GGTCAa
gi|6                          :                                                                                                                    ttgtgta--T-T-----C----A-A--C--ATT----GT--TTT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-AAGCAGCGC
gi|60                         :                 attgtttgtaataatctgtttttgtgccatgTTTGTA-T--G-----T----GT-G--T-T------G----C-------C-------TA-----T-----T---T--T-T-----C----A-C--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AT-A---AG-GGT-AGTCAACACAccctaatcattgtttaagggtccattaagcggtt
gi|61                         :                                               aTTTGTA-T--G-----G----CA-T--T-T------TAG--C-------C--------------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AC--CTC-AGTT-AT-TC-A---AT-GGT-GGT
gi|62                         :                                       agtttcattTTTGTA-T--G-----------T-T--T-T------T----C-------CCCCC---T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-TGC-AATCAG
gi|63                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----CGC-----C-------T------C-----C---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AC-AT-A---
gi|64                         :                                     tttttaaattaaTTGTA-T--A-----G----GA-T--T-T------TGGA-C-------A-------T------A-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ACT----AT--TTC-AGTT-AC-TT-A---AC-AGT-GATCAGTGtc
gi|65                         :                                                TTTGTA-T--G-----G----GC-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCAGCGCA
gi|66                         :                                                TTTATA-T--G-----G----AT-TGAT-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---AT-AGT-GTTCAGC
gi|67                         :                                                       g--G-----A----GG-T--T-T------T----C-------CAC-----T------TA----T---T--T-C-----C----C-A--C--AGT----AT--CT---GTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCA
gi|68                         :                                                            ttgcgtgctta-T--T-T------TGTG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-ATATT-A---AT-GGC-ATTCAGCACA
gi|7                          :                                         tacgatgTTTGTA-T--G-----G----GTAT--T-T------T----C-------CGCTGTTTT------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-GGT------T-A---AC-TGC-GGTAAGCGC
gi|70                         :                                                                                 ttta----C-------C-------T------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-GGCCAGGGCAgcccagtcatcgtttctggtccgctaggcggttt
gi|71                         :                                             gtaTTAGTA-T--C-----A----GG-T--T-TAAC---T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATT-AT-TT-A---AT-GGtctaatcatta
gi|72                         :                                                   ttttg--G-----A----GA-T--T-T------T----CGT-----C-------C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-TGTT-AT-TT-A---AT-GGC-GGATAGCACAt
gi|73                         :                                                 ataTA-T--G-----T----GG-T--T-T------T----T-------A-------TGCA---T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGCT-AT-TT-A---AC-GGT-GGTCAGCG
gi|74                         :                                                                 ----GA-T--T-T------TTG--C-------C-------T------T-----T---T--T-A-----C----A-G--TTAAGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGTCAGCACA
gi|75                         :                                                    TA-T--G-----G----GC-T--T-TG-----TG---T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AT--TTC-AATT-AT-AT-A---AC-GGC-GATCAGCGCcc
gi|76                         :                                                TTTGTT-T--AC----G----GT-T--T-T------G----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-
gi|77                         :                                                  ttaA-T--G-----G----GA-T--T-T------T----T-------CATCTTT-T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGAT-AT-TT-G---AT-GAC-GGTCt
gi|78                         :                                                      -T--G-----G----GG-T--T-T------T----CAATAC--C-------A------T-----T---T--A-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTCA
gi|79                         :                                                  TGTA-T--G-----G----TT-T--T-TAAG---C----C-------T-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GG
gi|80                         :                                                                                                          ------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTA-AGTT-AT-AT-A---AT-GGT-GGTCAGCGCA
gi|81                         :                                                                           tttttatgcg----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A-----AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-----AC-AATAGGTCAGCGCA
gi|82                         :                                                                       -T--T-T------T----C-------CGC-----C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AG------CT-A---AC-AGC-GGTCAGCtctagtta
gi|83                         :                                                                        cgtg-T------T----T-------T-------T------T-----T---C--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GAC-TGTCAGCGCAatac
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gi|85                         :                                                                                                                            tg-T-----C----A-C--C--AGT----AT--GTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AATCAGTGCA
gi|86                         :                                                   GCA-T--T-----G----GG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----CC---A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-cctaatc
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gi|9                          :                                                                                                                                      ----A-A--T--AGT----AT--TTC-AGTCGAT-TT-A---AC-AGT-GGTCAGCACA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): TAATAATTTTATTTGTTTGTTAGGGGATTTGCACCTTTTATCAACAATATATTTATTTTAGTTATATAATGGCAGTCAGAGCAC
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Unaligned ( gi|21 ): AGATTTGCTTATATGTATGTTGTTTTTTTCTCCACCTTTTTTCCAACAGCATTTAAGTTATTTACTGTGGTTGGAACA
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lowQualScore                  :                                                      7 00 5555555555 66 33 6 222222 000000000000000000000000000 99999 222 77 5 33333 9999 5 99 22   0000  77   5    5  22 5 999  5   5          
consensus                     :                                                TTTGTA-T--G-----G----GN-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-NT-A---AC-GGC-GGTCAGCGCA
Reference ( family-855 )      :                                                TTTGTA-T--G-----G----GN-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-NT-A---AC-GGC-GGTCAGCGCA
gi|1                          :                                                TTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------TGTG-C-------C-------T------T-----T---T--T-TTC---C----A-G--C--AAT----TT--TTC-AGT
gi|10                         :                                                                                           gaattgt-------T------T-----T---G--T-T-----C----A-T--T--AGT----AT--TTC-GATT-AA-AT-A---AC-GGC-GACCAGCACAaaaatattatattatattaaagaaatattcaatagtcagtcacctgggtcctggggcctgctgaccgcttaaccagtac
gi|11                         :                                                                                    t----C-------T-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGG----AT--TTC-ATTT-AT-TT-C---AT-GTT-GGTCAGCACAccttatcgtcattctgttgatctggtaggaagataatcagtactagac
gi|12                         : ctaaaagattaatgttgtatgtatttcttgttgtcctttttttcaacTTTATA-T--G-----T----GT-T--T-T------TTGCGC-------C-------T------T-----T---G--T-T-----T----A-A--C--AGT----AG--TTC-AGTC-AT-AT-A---AC-GCA-GATCAGCG
gi|13                         :                                           gtttgTTTAT--T--G-----G----GG-T--T-TA-----TG---C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--CAT----AT--TCT-AGTT-AT-TT-T---AC-AGT-GTTCAGCACAgaccaaatcatcgttcgtaagat
gi|14                         :                                                                                                                                         ctttgat--AGT----AT--TTC-GATT-AA-AT-A---AC-GGC-GACCAGCACAccaaatcatcactcctgtgat
gi|15                         :                                                tTTGTA-T--G-----G----AG-T--T-T------TACA-C-------C-------T------T-----T---T--T-A-----C----A-A--CA-AGTAATCAT--TTA-A--T-AT-AT-A---AT-GGC-AGTccttatcgtcggtctgttgatctggtaggaggttcaccagtactagacactatt
gi|17                         :                          taaattgtcaaattttgtttagTTTTTA-T--A-----G----GG-T--T-G------TGTG-C-------T-------T------T-----T---G--T-T-----C----A-C--A--AGT----AT--TTC-GATT-AT-AT-A---AC-GGC-GACCAACACAgcaccta
gi|19                         :                                   tttatcgcatatgtgtttg-T--G-----G----GT-T--T-T------TTGT-C-------T-------C------T-----T---T--C-T-----C----A-G--C--AGT----AT--TTC-GGTC-GC-AT-A---AC-AGT-GGTCAACACAcc
gi|2                          :                        aggtaatgtatatttattatgtttTTTGTA-T--C-----A----TA-C--T-T------TG---CG------C-------C------C-----T---T--T-T-----C----A-A--T--ACC----TT--TTC-GGTT-AT-TA-A---AC-GGC-GGTCTCCGCAca
gi|20                         :                                     ttgtttgtttcTTTGTC-T--G-----A----GG-T--T-T------TGCG-T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-ATTT-AC-AT-C---AC-tctaatcaccgtttctatgatcctcttagcggtctacaaacactataaacaa
gi|22                         :                             ttttaaacctatatatcatTTTGAG-T--G-----GT---GC-T--T-G------TG---C-------C-------T------T-----T---C--T-T-----T----AGA--C--AGA----AT--TTC-AGTT-AT-AT-ATATACAGGT-GGTCAGCACAataaaccagtggt
gi|23                         :                                      tgtttgtttgTTTGTA-T--T-----G----TT-T--T-T------T----TACTTCTAT-------T------T-----T---T--T-TAAACAC----A-A--C--AGC----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-G---AGTCAACGCAc
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gi|26                         :                                                             tttg----GT-T--T-T------T----A-------C-------T------TCGCCAT---T--T-T-----C----A-A--C--AGC----AT--TCC-AGTC-AT-AT-A---AC-GGC-CATCAGCTCAcc
gi|27                         :                                                                aatatct-T--T-T------G----T-------C-------T------T-----T---A--T-T-----CG---A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GGTCAACACActtagctactgt
gi|28                         :                         ttgtttattcgtttgtttcatatTTTGTA-T--G-----G----AG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----TCATT--T-T-----G----A-T--C--CGT----AT--TTC-ATTT-AT-AT-A---CT-GGT-GGTCAGTACAc
gi|29                         :                                          tatttgTTTGTA-T--GTTTAGG----GA-T--T-T------T----CAC-----C-------T------T-----T---T--T-T-----CC---A-A--C--AGT----AT--TTA-AGTT-AT-AT-A---AT-GAT-GATCAGc
gi|3                          :                                                                ttgttta-T--T-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---A----T-GGTCATTGCAag
gi|30                         :                                  ttgaataagtacttTCTGTA-T--G-----G----GG-G--T-T------TGGG-C-------C-------C------T-----T---T--T-------C----A-A--C--ATT----AT--TTT-AGTT-AC-AT-A---Acctggttgtcattccttggatctgctgggcagttaatctgttctagactatagaaatcttac
gi|31                         :                                                                                                                          acataattgattaattcttcatttgGT----AT--TTC-AATC-AT-AT-A---AA-GGC-AGTCGGTACA
gi|32                         :                                                TTTGCAGT--G-----G----GT-C--T-T------TACTGC-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TG-C---AT--GC-AGTCAGTGCAccttaccgccgtatgtggttaaccagtactttacactgtt
gi|33                         :                                                              tca----GT-T--T-T------TA---C-------CATT----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-G---GC-GGC-AGGCAGCTCAcctga
gi|34                         :                                 agtttataacgttttTTTGTA-T--G-----A----GG-T--T-T------TAAG-C-------C-------T------T-----T---T--T-TTCCCCC----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---cc
gi|35                         :                              acatgtgtccgtcattagTTTGTA-TTTG-----G----GC-A--T-T------T---------------------------------T---T--T-T-----A----A-A--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AG-A---GC-TGC-AGTCAGCACA
gi|36                         :                                    tttgtttgtgtgTTTGTG-T--GTA---GT---GA-T--T-T------C----C-------C-------T------T-----TGT-T--T-T-----A----A-A--C--ATT----AT--ATT-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-GGTCAGTGCAc
gi|37                         :                                          ttatgtTTTGCA-T--T-----G----AT-T--T-T------T----A-------C-------TCAT---T-----T---T--T-T-----CCCC-A-A--C--ATT----AT--TTC-AATT-AT-AG-A---AC-AGC-GGTCAGC
gi|38                         :                                         tagtttgTTTATA-T--G-----G----AT-T--T-T------TTCG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----TA---A-A--A--AGT----GT--TTT-AGGT-AT-AT-A---AC-GGT-GGTCAa
gi|39                         :                                           atttgTTTGTA-T--G-----A----GT-T--T-T------TTTTTC-------C-------TCTTTTTT-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-AGTCAGCGCAtggcacc
gi|4                          :                                                TTTATA-T--G-----G----GT-G--T-G------T----C-------CG------T------T-----T---T--T-T-----CCCC-A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-ATATT-T---AC-AGC-GGTCAGCGCA
gi|40                         :                                            tgtgTTTGTA-T--G-----G----GG-TC-T-T------T----C-------A-------C------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TAC-GGTT-AT-CT-A---AC-GTC-GATCAGAGCAcccatgcatcttgtctgggatccggtatcggttaaccag
gi|41                         :                                          gtgtttgaTGTA-T--G-----A----AA-T--T-TA-----T----CG------C-------A------T-----T---T--T-T-----T----A-AAAC--AGT----AT--TTC-AGTC-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTGCAc
gi|43                         :                                          ttcgtgTTTGTA-T--G-----TTTTTGT-T--T-T------T----CTTCA---C-------T------T-----C---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-CT-TT-A------GGT-GACCAGTGCAc
gi|44                         :                                                                      g-T--T-T------G----C-------C-------T------T-----A---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AAGT-GT-TTCA---AC-TGG-GGTCAGTG
gi|45                         :                                                                   tatttatgtcagtttttc----C-------C-------T------T-----G---T--T-C-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTAAGCGt
gi|46                         :                           gcatatttgagacttttttgtcaTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----A-------CGGTGTTGT------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATC----AT--TTTGAGTT-AT-TT-G---AC-GGT-GGTCAGTGC
gi|47                         :                                                                      c-T--T-T------T----A-------C-------T------T-----T---TTTT-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTTA
gi|48                         :                                                 tgtttagtagggttat----GT-T--T-T------T----C-------T-------TC-----T-----T---T--T-T-----CTTTTA-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-CT-TT-A---AT-GGC-AGTCAGCACAtagc
gi|49                         :                                       tatattgttTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------TGT--T-------C-------C------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTT-AGTT-GT-TA-A---AT-GCC-AGTAAGCACAc
gi|5                          :                                                                                                                          tttg-T-----C----A-A--A--ACT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-T---AC-AGA-GGTCAGCACA
gi|50                         :            ggtttgtatagtcagtgtacgttttgtgcctatatacTTGTA-T--GT----GT---GA-T--T-T------TGCG-C-------CAT-----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TGC-AATT-AA-TT-A---AC-GGT-AATCAGTGCcctaatcatcgtttctgggatacggtacgcag
gi|51                         :                                                TTTGTA-T--A-----A----TG-T--T-T------T----GGG-----C-------A------T-----T---A--T-T-----C----A-A--T--CGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTG
gi|52                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----A----GG-T--TGT------T----CGC-----C-------T------C-----T---T--T-C-----C----A-G--C--ATT----AT--TTC-AGTC-AC-AT-T---AT-GGT-TGTCAGCGCAac
gi|53                         :                                               tTTTGTT-T--G-----------T-T--T-T------T----T-------G-------T------T-----TG--T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATA-AT-AT-A---AT-GGC-GGATAGCGCAc
gi|54                         :                                                TTTACA-T--G-----G----GT-T--T-A------T----------------------------------------T-T-----G----A-A--G--AGT----ATATTTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGCCAGCGCAcccaat
gi|55                         :                                          gtttttTTTGTA-T--G-----TT---GG-T--T-T------T----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-C--G--AGT----AC--TTT-AGTT-AT-AT-A---AG-AGT-AGTCGGCctt
gi|56                         :                                          aaattgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------AGCA-C-------T-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATG-AT-AT-A---AT-GGT-GGTC
gi|57                         :                                          atttggTTTGTG-T--G-----A----GA-C--T-T------A----C-------C-------GCCA---T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TCC-AGTT-AC-TT-A---AC-GGC-GATCA
gi|58                         :                                                   agA-T--G-----G----GT-T--T-TATTCACT----T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GAC-GGGCAtag
gi|59                         :                                          gtattcTTTGCA---------------GT-T--T-T------T----TGCA----C-------C------T-----T---T--T-G-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTG-AC-AT-A---AT-GGT-GGTCAa
gi|6                          :                                                                                                                    ttgtgta--T-T-----C----A-A--C--ATT----GT--TTT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-AAGCAGCGC
gi|60                         :                 attgtttgtaataatctgtttttgtgccatgTTTGTA-T--G-----T----GT-G--T-T------G----C-------C-------TA-----T-----T---T--T-T-----C----A-C--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AT-A---AG-GGT-AGTCAACACAccctaatcattgtttaagggtccattaagcggtt
gi|61                         :                                               aTTTGTA-T--G-----G----CA-T--T-T------TAG--C-------C--------------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AC--CTC-AGTT-AT-TC-A---AT-GGT-GGT
gi|62                         :                                       agtttcattTTTGTA-T--G-----------T-T--T-T------T----C-------CCCCC---T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-TGC-AATCAG
gi|63                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----CGC-----C-------T------C-----C---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AC-AT-A---
gi|64                         :                                     tttttaaattaaTTGTA-T--A-----G----GA-T--T-T------TGGA-C-------A-------T------A-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ACT----AT--TTC-AGTT-AC-TT-A---AC-AGT-GATCAGTGtc
gi|65                         :                                                TTTGTA-T--G-----G----GC-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCAGCGCA
gi|66                         :                                                TTTATA-T--G-----G----AT-TGAT-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---AT-AGT-GTTCAGC
gi|67                         :                                                       g--G-----A----GG-T--T-T------T----C-------CAC-----T------TA----T---T--T-C-----C----C-A--C--AGT----AT--CT---GTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCA
gi|68                         :                                                            ttgcgtgctta-T--T-T------TGTG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-ATATT-A---AT-GGC-ATTCAGCACA
gi|7                          :                                         tacgatgTTTGTA-T--G-----G----GTAT--T-T------T----C-------CGCTGTTTT------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-GGT------T-A---AC-TGC-GGTAAGCGC
gi|70                         :                                                                                 ttta----C-------C-------T------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-GGCCAGGGCAgcccagtcatcgtttctggtccgctaggcggttt
gi|71                         :                                             gtaTTAGTA-T--C-----A----GG-T--T-TAAC---T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATT-AT-TT-A---AT-GGtctaatcatta
gi|72                         :                                                   ttttg--G-----A----GA-T--T-T------T----CGT-----C-------C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-TGTT-AT-TT-A---AT-GGC-GGATAGCACAt
gi|73                         :                                                 ataTA-T--G-----T----GG-T--T-T------T----T-------A-------TGCA---T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGCT-AT-TT-A---AC-GGT-GGTCAGCG
gi|74                         :                                                                 ----GA-T--T-T------TTG--C-------C-------T------T-----T---T--T-A-----C----A-G--TTAAGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGTCAGCACA
gi|75                         :                                                    TA-T--G-----G----GC-T--T-TG-----TG---T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AT--TTC-AATT-AT-AT-A---AC-GGC-GATCAGCGCcc
gi|76                         :                                                TTTGTT-T--AC----G----GT-T--T-T------G----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-
gi|77                         :                                                  ttaA-T--G-----G----GA-T--T-T------T----T-------CATCTTT-T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGAT-AT-TT-G---AT-GAC-GGTCt
gi|78                         :                                                      -T--G-----G----GG-T--T-T------T----CAATAC--C-------A------T-----T---T--A-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTCA
gi|79                         :                                                  TGTA-T--G-----G----TT-T--T-TAAG---C----C-------T-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GG
gi|80                         :                                                                                                          ------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTA-AGTT-AT-AT-A---AT-GGT-GGTCAGCGCA
gi|81                         :                                                                           tttttatgcg----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A-----AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-----AC-AATAGGTCAGCGCA
gi|82                         :                                                                       -T--T-T------T----C-------CGC-----C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AG------CT-A---AC-AGC-GGTCAGCtctagtta
gi|83                         :                                                                        cgtg-T------T----T-------T-------T------T-----T---C--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GAC-TGTCAGCGCAatac
gi|84                         :                                                                                    g----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----G-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-AGGCAGCACa
gi|85                         :                                                                                                                            tg-T-----C----A-C--C--AGT----AT--GTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AATCAGTGCA
gi|86                         :                                                   GCA-T--T-----G----GG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----CC---A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-cctaatc
gi|88                         :                                                                                                                                      ----A-A--C--AGT----AT--GTC-AGTT-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCA
gi|9                          :                                                                                                                                      ----A-A--T--AGT----AT--TTC-AGTCGAT-TT-A---AC-AGT-GGTCAGCACA


blockSeqs                     :                                                           TTTAGG     TA AA   ATTCAC TTTTCCTCTTTTT               CGCCA CAT      AAACA TTTT   AA TA   AATC               AT
blockSeqs                     :                                                           TTTTT      T  GA   AAC    TACTTCTATT                  A     GT       TCCCC CCC    AA A    .                  AT
blockSeqs                     :                                                           TAGT       G  C    AAG    ACGGTGTTGT                  .     G        .     CCC    G  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           ACG        G  .    A      CCGCTGTTTT                  .     .        .     G      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           TGT        G  .    A      TCATCTTTT                   .     .        .     C      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           GT         T  .    A      GCGCCATT                    .     .        .     A      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           GT         A  .    G      CAATACCA                    .     .        .     C      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           TT         G  .    .      TGCGCCT                     .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           CG         C  .    .      ACTGCCT                     .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           T          T  .    .      ACCATTT                     .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          C  .    .      CTTCACT                     .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CCCCCCT                     .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      ACACCT                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      GTGCTT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           A          A  .    .      TGTCTC                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           A          G  .    .      GCGTCT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      ATGCCT                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      GGGCCC                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      AAGCCT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          C  .    .      ACTCAT                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          A  .    .      TCGCCT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      GCACTT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CCGCCA                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      TGCACC                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          T  .    .      GGACAT                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      GTGCCT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          A  .    .      TATGCA                      .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          T  .    .      ATGCCT                      .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      GCGCC                       .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      GGCCT                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          G  .    .      CACCT                       .     .        .     .      .  .    .                  C 
blockSeqs                     :                                                           A          A  .    .      GTTCC                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      GGGCA                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      CGCCT                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          T  .    .      CGCCT                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CCACT                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           T          G  .    .      CGTCC                       .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      TGCCT                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          A  .    .      CCGCC                       .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      GCCT                        .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      GCCT                        .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CCGT                        .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          A  .    .      CGCA                        .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CTTC                        .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           A          G  .    .      CCTA                        .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           A          A  .    .      AGCC                        .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           T          C  .    .      GTCT                        .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          T  .    .      CTT                         .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      GCA                         .     .        .     .      .  .    .                  T 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      ACT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          A  .    .      TCT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                           G          G  .    .      CCT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
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blockSeqs                     :                                                           .          T  .    .      CCT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
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blockSeqs                     :                                                                      G  .    .      ACT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
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blockSeqs                     :                                                                              .      CTT                         .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                                                     CCT                         .     .        .     .      .  .    .                  T 
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blockSeqs                     :                                                                                     .                           .     .        .     .      .  .    .                  T 
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blockSeqs                     :                                                                                                                 .     .        .     .      .  .    .                  A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .     .      .  .    .                  T 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                .     .      .  .    .                  T 
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): TAATAATTTTATTTGTTTGTTAGGGGATTTGCACCTTTTATCAACAATATATTTATTTTAGTTATATAATGGCAGTCAGAGCAC
Unaligned ( gi|18 ): TTTATCAGGTATGTACCTCTTTGTTTATGAGGGTTTTTTGCCGTTCTTTCACAGTGTTTCACTTATTTAACGGTGGTCGACAC
Unaligned ( gi|21 ): AGATTTGCTTATATGTATGTTGTTTTTTTCTCCACCTTTTTTCCAACAGCATTTAAGTTATTTACTGTGGTTGGAACA
Unaligned ( gi|42 ): ATTTTTGTGTGGATTTTCGCCTTTTCTTGACAGTGTTTTAGGTATCAAACGATGGTTAGCACACCT
Unaligned ( gi|69 ): CTTATATGGGGTTTTACGTATTTTTTAAACAATATTTCTGTATCTAACGGTGGTCAAT
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Alignments
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Reference ( family-855 )      :                                                TTTGTA-T--G-----G----GN-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-NT-A---AC-GGC-GGTCAGCGCA
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gi|12                         : ctaaaagattaatgttgtatgtatttcttgttgtcctttttttcaacTTTATA-T--G-----T----GT-T--T-T------TTGCGC-------C-------T------T-----T---G--T-T-----T----A-A--C--AGT----AG--TTC-AGTC-AT-AT-A---AC-GCA-GATCAGCG
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gi|17                         :                          taaattgtcaaattttgtttagTTTTTA-T--A-----G----GG-T--T-G------TGTG-C-------T-------T------T-----T---G--T-T-----C----A-C--A--AGT----AT--TTC-GATT-AT-AT-A---AC-GGC-GACCAACACAgcaccta
gi|19                         :                                   tttatcgcatatgtgtttg-T--G-----G----GT-T--T-T------TTGT-C-------T-------C------T-----T---T--C-T-----C----A-G--C--AGT----AT--TTC-GGTC-GC-AT-A---AC-AGT-GGTCAACACAcc
gi|2                          :                        aggtaatgtatatttattatgtttTTTGTA-T--C-----A----TA-C--T-T------TG---CG------C-------C------C-----T---T--T-T-----C----A-A--T--ACC----TT--TTC-GGTT-AT-TA-A---AC-GGC-GGTCTCCGCAca
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gi|22                         :                             ttttaaacctatatatcatTTTGAG-T--G-----GT---GC-T--T-G------TG---C-------C-------T------T-----T---C--T-T-----T----AGA--C--AGA----AT--TTC-AGTT-AT-AT-ATATACAGGT-GGTCAGCACAataaaccagtggt
gi|23                         :                                      tgtttgtttgTTTGTA-T--T-----G----TT-T--T-T------T----TACTTCTAT-------T------T-----T---T--T-TAAACAC----A-A--C--AGC----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-G---AGTCAACGCAc
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gi|26                         :                                                             tttg----GT-T--T-T------T----A-------C-------T------TCGCCAT---T--T-T-----C----A-A--C--AGC----AT--TCC-AGTC-AT-AT-A---AC-GGC-CATCAGCTCAcc
gi|27                         :                                                                aatatct-T--T-T------G----T-------C-------T------T-----T---A--T-T-----CG---A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GGTCAACACActtagctactgt
gi|28                         :                         ttgtttattcgtttgtttcatatTTTGTA-T--G-----G----AG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----TCATT--T-T-----G----A-T--C--CGT----AT--TTC-ATTT-AT-AT-A---CT-GGT-GGTCAGTACAc
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gi|3                          :                                                                ttgttta-T--T-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---A----T-GGTCATTGCAag
gi|30                         :                                  ttgaataagtacttTCTGTA-T--G-----G----GG-G--T-T------TGGG-C-------C-------C------T-----T---T--T-------C----A-A--C--ATT----AT--TTT-AGTT-AC-AT-A---Acctggttgtcattccttggatctgctgggcagttaatctgttctagactatagaaatcttac
gi|31                         :                                                                                                                          acataattgattaattcttcatttgGT----AT--TTC-AATC-AT-AT-A---AA-GGC-AGTCGGTACA
gi|32                         :                                                TTTGCAGT--G-----G----GT-C--T-T------TACTGC-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TG-C---AT--GC-AGTCAGTGCAccttaccgccgtatgtggttaaccagtactttacactgtt
gi|33                         :                                                              tca----GT-T--T-T------TA---C-------CATT----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-G---GC-GGC-AGGCAGCTCAcctga
gi|34                         :                                 agtttataacgttttTTTGTA-T--G-----A----GG-T--T-T------TAAG-C-------C-------T------T-----T---T--T-TTCCCCC----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---cc
gi|35                         :                              acatgtgtccgtcattagTTTGTA-TTTG-----G----GC-A--T-T------T---------------------------------T---T--T-T-----A----A-A--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AG-A---GC-TGC-AGTCAGCACA
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gi|4                          :                                                TTTATA-T--G-----G----GT-G--T-G------T----C-------CG------T------T-----T---T--T-T-----CCCC-A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-ATATT-T---AC-AGC-GGTCAGCGCA
gi|40                         :                                            tgtgTTTGTA-T--G-----G----GG-TC-T-T------T----C-------A-------C------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TAC-GGTT-AT-CT-A---AC-GTC-GATCAGAGCAcccatgcatcttgtctgggatccggtatcggttaaccag
gi|41                         :                                          gtgtttgaTGTA-T--G-----A----AA-T--T-TA-----T----CG------C-------A------T-----T---T--T-T-----T----A-AAAC--AGT----AT--TTC-AGTC-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTGCAc
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gi|45                         :                                                                   tatttatgtcagtttttc----C-------C-------T------T-----G---T--T-C-----C----A-A--C--AAT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTAAGCGt
gi|46                         :                           gcatatttgagacttttttgtcaTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----A-------CGGTGTTGT------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATC----AT--TTTGAGTT-AT-TT-G---AC-GGT-GGTCAGTGC
gi|47                         :                                                                      c-T--T-T------T----A-------C-------T------T-----T---TTTT-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTTA
gi|48                         :                                                 tgtttagtagggttat----GT-T--T-T------T----C-------T-------TC-----T-----T---T--T-T-----CTTTTA-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-CT-TT-A---AT-GGC-AGTCAGCACAtagc
gi|49                         :                                       tatattgttTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------TGT--T-------C-------C------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTT-AGTT-GT-TA-A---AT-GCC-AGTAAGCACAc
gi|5                          :                                                                                                                          tttg-T-----C----A-A--A--ACT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-T---AC-AGA-GGTCAGCACA
gi|50                         :            ggtttgtatagtcagtgtacgttttgtgcctatatacTTGTA-T--GT----GT---GA-T--T-T------TGCG-C-------CAT-----T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TGC-AATT-AA-TT-A---AC-GGT-AATCAGTGCcctaatcatcgtttctgggatacggtacgcag
gi|51                         :                                                TTTGTA-T--A-----A----TG-T--T-T------T----GGG-----C-------A------T-----T---A--T-T-----C----A-A--T--CGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCAGTG
gi|52                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----A----GG-T--TGT------T----CGC-----C-------T------C-----T---T--T-C-----C----A-G--C--ATT----AT--TTC-AGTC-AC-AT-T---AT-GGT-TGTCAGCGCAac
gi|53                         :                                               tTTTGTT-T--G-----------T-T--T-T------T----T-------G-------T------T-----TG--T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATA-AT-AT-A---AT-GGC-GGATAGCGCAc
gi|54                         :                                                TTTACA-T--G-----G----GT-T--T-A------T----------------------------------------T-T-----G----A-A--G--AGT----ATATTTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGCCAGCGCAcccaat
gi|55                         :                                          gtttttTTTGTA-T--G-----TT---GG-T--T-T------T----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-C--G--AGT----AC--TTT-AGTT-AT-AT-A---AG-AGT-AGTCGGCctt
gi|56                         :                                          aaattgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------AGCA-C-------T-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATG-AT-AT-A---AT-GGT-GGTC
gi|57                         :                                          atttggTTTGTG-T--G-----A----GA-C--T-T------A----C-------C-------GCCA---T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AAT----AT--TCC-AGTT-AC-TT-A---AC-GGC-GATCA
gi|58                         :                                                   agA-T--G-----G----GT-T--T-TATTCACT----T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GAC-GGGCAtag
gi|59                         :                                          gtattcTTTGCA---------------GT-T--T-T------T----TGCA----C-------C------T-----T---T--T-G-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTG-AC-AT-A---AT-GGT-GGTCAa
gi|6                          :                                                                                                                    ttgtgta--T-T-----C----A-A--C--ATT----GT--TTT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-AAGCAGCGC
gi|60                         :                 attgtttgtaataatctgtttttgtgccatgTTTGTA-T--G-----T----GT-G--T-T------G----C-------C-------TA-----T-----T---T--T-T-----C----A-C--C--AGT----AT--TCC-AGTT-AT-AT-A---AG-GGT-AGTCAACACAccctaatcattgtttaagggtccattaagcggtt
gi|61                         :                                               aTTTGTA-T--G-----G----CA-T--T-T------TAG--C-------C--------------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AC--CTC-AGTT-AT-TC-A---AT-GGT-GGT
gi|62                         :                                       agtttcattTTTGTA-T--G-----------T-T--T-T------T----C-------CCCCC---T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-TGC-AATCAG
gi|63                         :                                             ttgTTTGTA-T--G-----G----GG-T--T-T------T----CGC-----C-------T------C-----C---T--T-T-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGTT-AC-AT-A---
gi|64                         :                                     tttttaaattaaTTGTA-T--A-----G----GA-T--T-T------TGGA-C-------A-------T------A-----T---T--T-T-----C----A-A--C--ACT----AT--TTC-AGTT-AC-TT-A---AC-AGT-GATCAGTGtc
gi|65                         :                                                TTTGTA-T--G-----G----GC-T--T-T------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCAGCGCA
gi|66                         :                                                TTTATA-T--G-----G----AT-TGAT-C------T----C-------C-------T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TC-A---AT-AGT-GTTCAGC
gi|67                         :                                                       g--G-----A----GG-T--T-T------T----C-------CAC-----T------TA----T---T--T-C-----C----C-A--C--AGT----AT--CT---GTT-AT-AT-A---AT-GGC-AGTCA
gi|68                         :                                                            ttgcgtgctta-T--T-T------TGTG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-ATATT-A---AT-GGC-ATTCAGCACA
gi|7                          :                                         tacgatgTTTGTA-T--G-----G----GTAT--T-T------T----C-------CGCTGTTTT------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-GGT------T-A---AC-TGC-GGTAAGCGC
gi|70                         :                                                                                 ttta----C-------C-------T------T-----G---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TCT-AGTT-AT-AT-A---AC-GGC-GGCCAGGGCAgcccagtcatcgtttctggtccgctaggcggttt
gi|71                         :                                             gtaTTAGTA-T--C-----A----GG-T--T-TAAC---T----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AATT-AT-TT-A---AT-GGtctaatcatta
gi|72                         :                                                   ttttg--G-----A----GA-T--T-T------T----CGT-----C-------C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-TGTT-AT-TT-A---AT-GGC-GGATAGCACAt
gi|73                         :                                                 ataTA-T--G-----T----GG-T--T-T------T----T-------A-------TGCA---T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGCT-AT-TT-A---AC-GGT-GGTCAGCG
gi|74                         :                                                                 ----GA-T--T-T------TTG--C-------C-------T------T-----T---T--T-A-----C----A-G--TTAAGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGA-GGTCAGCACA
gi|75                         :                                                    TA-T--G-----G----GC-T--T-TG-----TG---T-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--A-T----AT--TTC-AATT-AT-AT-A---AC-GGC-GATCAGCGCcc
gi|76                         :                                                TTTGTT-T--AC----G----GT-T--T-T------G----C-------A-------T------T-----T---T--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-
gi|77                         :                                                  ttaA-T--G-----G----GA-T--T-T------T----T-------CATCTTT-T------T-----T---T--T-C-----C----A-A--C--ATT----AT--TTC-AGAT-AT-TT-G---AT-GAC-GGTCt
gi|78                         :                                                      -T--G-----G----GG-T--T-T------T----CAATAC--C-------A------T-----T---T--A-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGT-GGTCA
gi|79                         :                                                  TGTA-T--G-----G----TT-T--T-TAAG---C----C-------T-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AC-AGT-GG
gi|80                         :                                                                                                          ------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTA-AGTT-AT-AT-A---AT-GGT-GGTCAGCGCA
gi|81                         :                                                                           tttttatgcg----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----A-A-----AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-----AC-AATAGGTCAGCGCA
gi|82                         :                                                                       -T--T-T------T----C-------CGC-----C------T-----T---T--T-T-----C----A-A--C--AGT----AT--TTC-AG------CT-A---AC-AGC-GGTCAGCtctagtta
gi|83                         :                                                                        cgtg-T------T----T-------T-------T------T-----T---C--T-T-----T----A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GAC-TGTCAGCGCAatac
gi|84                         :                                                                                    g----C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----C----G-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-TT-A---AT-GGC-AGGCAGCACa
gi|85                         :                                                                                                                            tg-T-----C----A-C--C--AGT----AT--GTC-AGTT-AT-AT-A---AT-GGC-AATCAGTGCA
gi|86                         :                                                   GCA-T--T-----G----GG-T--T-T------TATG-C-------C-------T------T-----T---T--T-T-----CC---A-A--C--AGT----AT--TTC-AGTT-AT-cctaatc
gi|88                         :                                                                                                                                      ----A-A--C--AGT----AT--GTC-AGTT-AT-TT-A---AC-GGC-GGTCA
gi|9                          :                                                                                                                                      ----A-A--T--AGT----AT--TTC-AGTCGAT-TT-A---AC-AGT-GGTCAGCACA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GCTTATTTGCTTGTTGTGTTATTTCGCCCTTGTTCAGCATTTTTTTAGTTATTTAACGCTGGTCTATGTGTAACCAAATTATCGTTCCTGAAA
Unaligned ( gi|16 ): TAATAATTTTATTTGTTTGTTAGGGGATTTGCACCTTTTATCAACAATATATTTATTTTAGTTATATAATGGCAGTCAGAGCAC
Unaligned ( gi|18 ): TTTATCAGGTATGTACCTCTTTGTTTATGAGGGTTTTTTGCCGTTCTTTCACAGTGTTTCACTTATTTAACGGTGGTCGACAC
Unaligned ( gi|21 ): AGATTTGCTTATATGTATGTTGTTTTTTTCTCCACCTTTTTTCCAACAGCATTTAAGTTATTTACTGTGGTTGGAACA
Unaligned ( gi|42 ): ATTTTTGTGTGGATTTTCGCCTTTTCTTGACAGTGTTTTAGGTATCAAACGATGGTTAGCACACCT
Unaligned ( gi|69 ): CTTATATGGGGTTTTACGTATTTTTTAAACAATATTTCTGTATCTAACGGTGGTCAAT
Unaligned ( gi|87 ): CCTTATCATTGTTTGGTTTTGGGATTAACTTGTGCT