lowQualScore : 222222 1 22 1 66666666666666 11111111111111 1 111 5555555555555555555555 11111 11 22222222222 1 1111 1111 1 333333333 11 1 111 444 111 11 1 11 22 55555555555555555 1 99999999999999999999999 11111 1 1 1 555555555555555
lowQualScore : 7 555555 7 2 5 4 2 3 11 5 33333333333333 66666666666666 5 777 777 3 8 6 7 7 555 4444444444444444444444 66 33333 0 66 6 55 0 2 22222222222 7777 0 5 3333 5 5 0000 66 7 0 7 7 0 1 5 555555555 7 1 99 7 7 111 1 1 333 6 8 0 6 6 333 11 2 444 66 99 33333333333333333 2 0 55555555555555555555555 77777 44 2 4 1 3 4 4 6 6 6 5 000000000000000 6 2 2 2 6
lowQualScore : . ...... . . . . . . .. . .............. .............. . ... ... . . . . . ... ...................... .. ..... . .. . .. . . ........... .... . . .... . . .... .. . . . . . . . ......... . . .. . . ... . . ... . . . . . ... .. . ... .. .. ................. . . ....................... ..... .. . . . . . . . . . . ............... . . . . .
lowQualScore : 4 444444 3 1 0 0 2 2 66 0 11111111111111 66666666666666 3 888 888 5 9 0 0 1 333 4444444444444444444444 99 99999 8 99 2 55 4 2 88888888888 8888 4 3 7777 7 7 6666 99 1 4 1 3 7 4 7 000000000 8 7 88 0 5 777 0 0 777 0 0 8 0 7 555 00 0 222 55 00 22222222222222222 0 5 00000000000000000000000 00000 00 2 2 2 7 0 0 0 0 0 0 000000000000000 0 5 5 5 0
consensus : TTTTNATGCTTTTNTTT--CCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTAT----A--T---ATCATACTTGGATAA-G--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCC-GGTAAACAATTTTTTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAA--ATTCCT-TAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCA--TGT-TTT-GAGTA----CATT--CATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATA--TAG-TTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTGAA---AATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCTN-TTTTNTAGGTTTGCTA-----------TTGATAAAGGGGTTTCAAGATGTTTTGT--ANAA-----AATATGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCNTTTCCTATATNAAAANTGAGCGTTTCTTCAGTAAATTNTNTTGGACTTACAGAGAATGGCNANGTTTTCAANTCGTTTAT
Reference ( gi|1 ) : TTTTAATGCTTTTTTAT--CCCCGTCGATAAGTGTGTTATAGGTCGGGATCATCCCATCGCACACTG-TGCAATATTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCA-CTCTTTCACTCATTCTCAGTCATATTCAGTAT----AATT---ATCATACTTGGATAA-A--TG--------TATAAACATGGAATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTTTAAATACTTCC-ATTAAACAATTTTTTTTTTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAA--ACTCCT-AAATTATGCTTTCTCCATCAGTCAAA----AC----CAT--AATAATATTTCATCGTTTCA--TGT-TTT-GAGTA----CATT--CATCTATATTAACATGATTTGTGTAAGCGACACGGATTTTAGTTT-TATA--TAA-TTATATGGATCTATAATCAGGTTTATCCTATATATTAAA---AATTTGGAATTATTGTGATAAAATGAACGGAGTATAAATTCCAAT-CTTTTTTTAATCT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCGTTTGAGTCTG-TTTTATAGGTTTTCTA-----------TAGATAAAGGGGTTTCGAGTTGTTTTGT--AAAG-----AATAT-------TTTGTTTCCAACTGTAAATATAATTGTACTTGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATAATTGTTTCTCCACTAATTTCTTTTGGATTCATAGAAAATGGCCAGGTTTTCAACTCATTTGT
gi|2 : TTTGGATGCTTTCATTT--CCCCGTCAATAGGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTA-TACATTGTTGACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTC---TCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTAT----A-------TCATACTTGGAAAA-G--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCC-AGTAAACAATTCTTTTTT------------AAA--AAA----AGAGACAA--ATTCCT-TAATTATGCTCTCTCCGTCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCA--T-T-TTT-CAATA----CATT--CATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TAT---TAAGTTATATAGATCTATTATCAGGTTTATGTTATATTTTGAA---CATTTAGAATTATTGTGATAGAAT-ATCTGAGTATGGATTCCAAT-C-TTTTTTAATTTGTTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACATT-TTC--CAGGATTTTA
gi|4 : atttTTTTAATGCTTTTATTT--CCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGG-TCATCCCATCGCACACTG-TACATTGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTTTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTAT----A-------TCGTACTTGGAAAA-G--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCC-AGTAAACAATTATTTTTTTTTATTTTTTTTAAA--AAA----AGAGAAAA--ATTCCT-TAATTATGCTCTATCCATCAGT--------------------AT--TAGTTCATCGTTTCA--T-T-ATT-GACTA----CATT--CATCTGTATTAACATAACTTGTGAAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATG--T
gi|5 : tttTTTTTATGCTTTTATTT--CCCCGTCAGTAAGTGTGTTACAGGTCGGTGTCATCCCGTCGCACATTG-TACAATGTTAACATATATTTAAGCTTTTTGAGTCT-CTCTTTCGCTTATTCTCACTCGTGTTCAGTATACTAAACTTAGATCAAAC-TAGATAA-C--TG--------TACAAACATGGAATTTT---TAT---ACGTTTAGGGGAAGAGG-ATATTTTCTAGTTTCTTCT-GGTAAACAATT-------------------AAA--AAT----AGAGTAAGGTACT-TT-ATA-TATGCTTTCTCCATATGTCAAGAGTTACAGTGCATACAGTAATAGTACAT-G---CA--TGTATAT-GGAT------------GTCTTTATTTACATAACTTGTGTAAGTGAC
gi|12 : TTTTTATG-TTTTTTATTTCCCCGTCAACAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TGCAATGTTT-CACATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATTTT--GGAT----AAGT----------TTGGATAA-G--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTATAGGGGA------ACATTTTCTAATTGCTT
gi|14 : TTTGGTGCTATTT-----CCCCGTCTTTACGTGTGTTACACGT--------TTCCACAATAGACCACTAAAGTATTC-----TATTC--GCTCTATAAGTAAACTCTT--ACTCATTTACACCCGTAT-CAGTAT----A-------CCATACCTATATAAGA--TA--------TATA----TG--ATCAT---TAT---AAGTTT--GGGAAACTATATATTTTCTAGTTGCTTCT-A
gi|13 : ttaATGCTTTTATTT--CCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TACAATGTTTACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTA--------T---ATCATACTTGGATAA-G--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAAATG-GTATCTgcaa
gi|9 : ttTTTTTCATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCAGGGCCATCCCATCATACACTG-TACAATGCTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTATCACTCATATTCAGTA--------T---ATCATACTTGGATAA-GTTTGGATAAGTTTATAAACATGGGATCTC---AAT---AAGTTCAGGTGAAAATA-ATATTTTCTAATTGCTTCC-AGTAAATAA---------TTTA--------AAA--AAAAAAGAGAGAAAA--ATTCCT-TAATTATGCTCGCTCAATCAGTCAAG----AC----CAT--AGAAATAa
gi|16 : attcttGCACACTG-TACAATATTTACATATATATAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTTTCACTCATATTCAGTAT----A--T---A--ATACTTTGATAA-G--TG--------TATAAACATGGGATCTT---GAT---AAGTTTAGGGCAAA
gi|8 : TAGATAC-G--TA--------TATATACATGGGCTCTTTTAAATTACAAGTTTGAGGAAATATATCTATTTTCTAGTTGCCTCTTGTTAACCA-----------TTA--------AAA--TAA-------GTAAA--ATACTTGAAATT-TGATTTCGCCATTAGTCAAT----GT----CAT--ATTTATAATTCATTGTTTC----GT-TTTAGAGTAAAGGTATGGGTATCTATATTTACATG---TGTG-GGGTAACA--GATTTT--TTT-TCTA---AA-T-ATAC---CCTA-------GTTTATGCTATATTTTGAATAAAAT----AATTATGGTGATAAAAT-AATGGAATATGAATTgat
gi|7 : -ATATTTTCTAATTGCTTCC-AGTTAAC----TTTTTTTTTTA--------AAA--AAA-----GAGAAAC--AATCCT-TAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTT-ATTTGT-TTT-GAGTA----CATT--CATCTATATTAACATGACTTGTGTAAATGACAGGGATTTTAGTTT-TATATGTAG-TTATATAGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTGAA---AATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATCAGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTAATGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTT--CAGGaaataacactctcttatgcttattca
gi|10 : TCTAATTGCTTCC-TGTAAACATTTTTTTTATTTTA--------AAAAAAAA----AGAGAAAT--AATCCT-TAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--ATTAATAGTTCATCTTTTCA--TTT-TTT-GAGTA----CATT--CATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACATG------------------------ATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTGAA---AATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATTGGAGTATGAATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCATAGCTACA-T-T
gi|3 : TGCTTCT-GGTAAACAATTTTT-------A--------AAT--AAA----AGAGTAAA--ATACCT-TAAAAATGCTCTCTCCATCTGTCGAG----AT----CGT--AGCAATAGTCCATCGTTTCA--TTT-TTA-GAGTA----TGTG--GATATATATTAACATGACTTGTGT----GACAGGGATTGAAGTTTGTATA--T-----------ATCTACAACCAAGTTTATGATATATTTGCAA---AATTTTGAATTATTGTGATGAAAT-ATTGGAATATGAATTCCAATCCTTTTTTTAAATT-TTCAAGATTGTTGTTTCTTATAGCTACATT-TTC--CTGAATTTTATGTGTTCTATTGAGTCTGTTTTTTTAGGTTTGGTA-----------TTGATAAAGGGGCTTCAAGATATTATGT--ATAA-----AATATGTAAAA-TTTGATTCTAACAGTAAATATAATTGCACTAGTGTTAGTCC
gi|6 : ccaagt----CATT--CATCTATATTAAAATGACTTGTGTAAATGACAGGTATTTTAGTTT-TATG--TAG-TTAAATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTGAA---AATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGAAGTATGGATTCGAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTGTTGTTT
gi|11 : tTAACTT-TTTAA-ATTGCTGTTTCATGTGGCAAGA-CGTTC--CAGAATTGTATATGTTATTTTAAGCCTA-GTTTG-AGGTTTGTTA-----------TTGATATAGGGATTTCAAAATGCTTTGTTTAAAATACATAAAAT-------GTTGTTTC-------------AA--GCACTAGCGTCAATCCTTTTCCTATAAAAAAATTGAACGTTTCTTCAGTAA-TTCTT----AC---TAGAGAATGGTAAGGTTTTTAACTTGTTTtagataagggggtttcgagttgttttgtatagaatatgtaaaattttgtttccagcagtaaatataattgtactagtgttaatccctttcctatattaaaaatgagtgtttcttcagtaaattatattggatttacagagaatagccatgttttcaaatcatttat
gi|15 : TACA-T-TTTTTCATGATTTTATGTGTTCATTTG----TT-TTTT-TAGGTTTGCTT-----------TTGATAAAGGAGTTTCAAGATGTTTTGC--AATA-----ATTATGTACATTTTTGTTTGCAACAGTAAATATAATCACACACATGTTATTCCATTTCCTATATa
gi|6 : TTCGAATCTT-TTTTA-AATTTTTCAAGATTGTTGTTTTAGATAAGGGGGTTTCGAGTTGTTTTGT--ATAG-----AATATGTAAAATTTTGTTTCCAGCAGTAAATATAATTGTACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGAGTGTTTCTTCAGTAAATTATATTGGATTTACAGAGAATAGCCATGTTTTCAAATCATTTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGTGCAAGCATAATTATTTATGCTCTGCAAGCCTCACATAATAAAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 11111111 444444444444444444444 1111111111 111 1111111 111 1 1111111 111 111 1
lowQualScore : 1 66 1 4 1 4 4 44444444444444 55 44444444 777 777 2 8 4 555555555555555555555 66 9999 0000000000 66 0 555 5 5 9999 66 2 2 0 5 7777777 5 0 000 5 6 5 1 5 99 1 9999999 44 1 444 1 1 0 0 0 5 1 4 1 1 1 1 44 7 888 0 3 1 1 1 0
lowQualScore : . .. . . . . . .............. .. ........ ... ... . . . ..................... .. .... .......... .. . ... . . .... .. . . . . ....... . . ... . . . . . .. . ....... .. . ... . . . . . . . . . . . . .. . ... . . . . . .
lowQualScore : 0 00 4 4 9 4 6 66666666666666 55 55555555 000 000 1 0 6 666666666666666666666 11 4444 6666666666 11 1 666 0 0 4444 11 0 5 1 0 7777777 3 1 000 7 7 7 4 7 22 0 0000000 88 4 000 4 0 8 6 8 0 0 6 0 0 0 0 33 3 777 7 3 0 0 0 7
consensus : TTTTNATGCTTTTA-TTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAATT-T-TTGGATTTAC-AGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
Reference ( family-834 ) : TTTTNATGCTTTTN-TTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTNTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCAAGATGTTTTGTANAAAATATGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCNTTTCCTATATNAAAANTGAGCGTTTCTTCAGTAAATTNTNTTGGACTTAC-AGAGAATGGCNANGTTTTCAANTCGTTTAT
gi|1 : TTTTAATGCTTTTT-TATCCCCGTCGATAAGTGTGTTATAGGTCGGGATCATCCCATCGCACACTG-TGCAATATTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCA-CTCTTTCACTCATTCTCAGTCATATTCAGTATAATT---------ATCATACTTGGATAAA--TG--------TATAAACATGGAATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTTTAAATACTTCCATTAAACAATT-TTTTTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAACTCCTAAATTATGCTTTCTCCATCAGTCAAA----AC----CAT--AATAATATTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGATTTGTGTAAGCGACACGGATTTTAGTTT-TATAT--AATTATATGGATCTATAATCAGGTTTATCCTATATATTA---AAAATTTGGAATTATTGTGATAAAATGAACGGAGTATAAATTCCAAT-CTTTTTTTAATCT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCGTTTGAGTCT-GTTTTATAGGTTTTCTATA---GATAAAGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTAAAGAAT-------ATTTTGTTTCCAACTGTAAATATAATTGTACTTGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATAATTGTTTCTCCACTAATTTCTTTTGGATTCAT-AGAAAATGGCCAGGTTTTCAACTCATTTGT
gi|10 : TCTAATTGCTTCCTGTAAACATTT-TT-TTTATTTTA--------AAAAAAAA----AGAGAAATAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--ATTAATAGTTCATCTTTTCAT--TT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACATG-----------------------ATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATTGGAGTATGAATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCATAGCTACA-T-T
gi|11 : TAACTT-TTTAA-ATTGCTGTTTCATGTGGCAAGA-CGTTC--CAGAATTGTATATGTTATTTTAAGCCT-AGTTTG-AGGTTTGTTATT---GATATAGGGATTTCAAAATGCTTTGTTTAAAATACATAAAATGTTGTTT-CAA--------------GCACTAGCGTCAATCCTTTTCCTATAAAAAAATTGAACGTTTCTTCAGT-AATT--------CTTACTAGAGAATGGTAAGGTTTTTAACTTGTTTA
gi|12 : TTTTTATGTTTTTTATTTCCCCGTCAACAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TGCAATGTTT-CACATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATTTT--GGATA--A---------GT-----TTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTATAGGGGA------ACATTTTCTAATTGCTT
gi|13 : TTATGCTTTTA-TTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TACAATGTTTACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAAATG-GTATCT
gi|14 : TTTGGTGCT---A-TTTCCCCGTCTTTACGTGTGTTACACGT--------TTCCACAATAGACCACTAAAGTATTC-----TATTC--GCTCTATAAGTAAACTCTT--ACTCATTTACACCCGTAT-CAGTATA--C-----------CATACCTATATAAG-------------ATATATATG--ATCAT---TAT---AAGTTT--GGGAAACTATATATTTTCTAGTTGCTTCTAGCAAa
gi|15 : ttaTACA-T-TTTTTCATGATTTTATGTGTTCATTTG------TTTTTTTAGGTTTGCTTTT---GATAAAGGAGTTTCAAGATGTTTTGCAATAATTATGTACATTTTTGTTTGCAACAGTAAATATAATCACACACATGTTATTCCATTTCCTATAT
gi|16 : GCACACTG-TACAATATTTACATATATATAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTTTCACTCATATTCAGTATA--T---------A--ATACTTTGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---GAT---AAGTTTAGGGCAAA
gi|2 : TTTGGATGCTTTCA-TTTCCCCGTCAATAGGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTA-TACATTGTTGACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CT--TTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CATACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATT-CT-TTT-TT-----------AAA--AAA----AGAGACAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCGTCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT---T-TTT-CAATA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATTA--AGTTATATAGATCTATTATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AACATTTAGAATTATTGTGATAGAAT-ATCTGAGTATGGATTCCAAT-C-TTTTTTAATTTGTTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACATT-TTC--CAGGATTTTAgat
gi|3 : atttAGTTGCTTCTGGTAAACAATT-TT-T-------A--------AAT--AAA----AGAGTAAAATACCTTAAAAATGCTCTCTCCATCTGTCGAG----AT----CGT--AGCAATAGTCCATCGTTTCAT--TT-TTA-GAGTA----TGT--GGATATATATTAACATGACTTGT----GTGACAGGGATTGAAGTTTGTATAT------------ATCTACAACCAAGTTTATGATATATTTGC---AAAATTTTGAATTATTGTGATGAAAT-ATTGGAATATGAATTCCAATCCTTTTTTTAAATT-TTCAAGATTGTTGTTTCTTATAGCTACATT-TTC--CTGAATTTTATGTGTTCTATTGAGTCTGTTTTTTTAGGTTTGGTATT---GATAAAGGGGCTTCAAGATATTATGTATAAAATATGTAAAA-TTTGATTCTAACAGTAAATATAATTGCACTAGTGTTAGTCC
gi|4 : ccaTTTTAATGCTTTTA-TTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGG-TCATCCCATCGCACACTG-TACATTGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTTTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CGTACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATTATT-TTT-TTTTATTTTTTTTAAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTATCCATCAGT---------------AT-------TAGTTCATCGTTTCAT---T-ATT-GACTA----CAT--TCATCTGTATTAACATAACTTGTGAAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATGT--
gi|5 : tttTTTTTATGCTTTTA-TTTCCCCGTCAGTAAGTGTGTTACAGGTCGGTGTCATCCCGTCGCACATTG-TACAATGTTAACATATATTTAAGCTTTTTGAGTCT-CTCTTTCGCTTATTCTCACTCGTGTTCAGTATA--CTAAACTTAGATCAAAC-TAGATAAC--TG--------TACAAACATGGAATTTT---TAT---ACGTTTAGGGGAAGAGG-ATATTTTCTAGTTTCTTCTGGTAAACAATT---------------------AAA--AAT----AGAGTAAGGTACTTTATATATGCTTTCTCCATATGTCAAGAGTTACAGTGCATACAGTAATAGTACAT-G---CAT--GTATAT-GGAT------------GTCTTTATTTACATAACTTGTGTAAGTGAC
gi|6 : ----CAT--TCATCTATATTAAAATGACTTGTGTAAATGACAGGTATTTTAGTTT-TATGT--AGTTAAATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGAAGTATGGATTCGAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTGTTGTTT
gi|6 : tTTTTTTAA-----ATTTTTCAAGATTGTTGTTTTAGATAAGGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTATAGAATATGTAAAATTTTGTTTCCAGCAGTAAATATAATTGTACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGAGTGTTTCTTCAGTAAATTATATTGGATTTAC-AGAGAATAGCCATGTTTTCAAATCATTTATtagataagggggtttcgagttgttttgtatagaatatgtaaaattttgtttccagcagtaaatataattgtactagtgttaatccctttcctatattaaaaatgagtgtttcttcagtaaattatattggatttacagagaatagccatgttttcaaatcatttat
gi|7 : tcattcatctatattaaaatgacttgtgtaaatgacaggtattttagttttatgtagttaaatggatctataatcaggtttatgttatattttgaaaatttggaattattgtgatagaatatcgaagtatggattcgaatc-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTTAAC---T-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA-----GAGAAACAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTT-ATTTGT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAATGACAGGGATTTTAGTTT-TATATGTAGTTATATAGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATCAGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTAATGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTT--CAGG
gi|8 : TAGATACG--TA--------TATATACATGGGCTCTTTTAAATTACAAGTTTGAGGAAATATATCTATTTTCTAGTTGCCTCTTGTTAACCATT-----------------------A--AAA----TAAGTAAAATACTTGAAATTTGATTTCGCCATTAGTCAAT----GT----CAT--ATTTATAATTCATTGTTTC----GT-TTTAGAGTAAAGGTATGGGTATCTATATTTACATG---TGTG-GGGTAACA--GATTTT--TTT-TCTAA--A--TATAC---CCTA-------GTTTATGCTATATTTTGAATAAAAT----AATTATGGTGATAAAAT-AATGGAATATGAATT
gi|9 : TTTCA-TTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCAGGGCCATCCCATCATACACTG-TACAATGCTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTATCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAGTTTGGATAAGTTTATAAACATGGGATCTC---AAT---AAGTTCAGGTGAAAATA-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAATAA-----------TTTA--------AAA--AAAAAAGAGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCGCTCAATCAGTCAAG----AC----CAT--AGAAATAaaataacactctcttatgcttattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGTGCAAGCATAATTATTTATGCTCTGCAAGCCTCACATAATAAAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 11111111 444444444444444444444 1111111111 111 1111111 111 1 1111111 111 333333 111
lowQualScore : 1 5 1 4 1 4 4 44444444444444 55 44444444 777 777 2 8 4 555555555555555555555 66 9999 0000000000 66 0 555 5 5 9999 66 2 2 0 5 7777777 5 0 000 5 6 5 1 5 99 1 9999999 44 1 444 1 1 55 0 0 5 1 4 1 0 11 7 222222 6 555 0
lowQualScore : . . . . . . . .............. .. ........ ... ... . . . ..................... .. .... .......... .. . ... . . .... .. . . . . ....... . . ... . . . . . .. . ....... .. . ... . . .. . . . . . . . .. . ...... . ... .
lowQualScore : 0 0 4 4 9 4 6 66666666666666 55 55555555 000 000 1 0 6 666666666666666666666 11 4444 6666666666 11 1 666 0 0 4444 11 0 5 1 0 7777777 3 1 000 7 7 7 4 7 22 0 0000000 88 4 000 4 4 44 6 8 0 0 6 0 2 77 3 000000 7 000 7
consensus : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
Reference ( family-834 ) : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTTACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
gi|1 : TTTTAATGCTTTT-TTATCCCCGTCGATAAGTGTGTTATAGGTCGGGATCATCCCATCGCACACTG-TGCAATATTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCA-CTCTTTCACTCATTCTCAGTCATATTCAGTATAATT---------ATCATACTTGGATAAA--TG--------TATAAACATGGAATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTTTAAATACTTCCATTAAACAATT-TTTTTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAACTCCTAAATTATGCTTTCTCCATCAGTCAAA----AC----CAT--AATAATATTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGATTTGTGTAAGCGACACGGATTTTAGTTT-TATAT--AATTATATGGATCTATAATCAGGTTTATCCTATATATTA---AAAATTTGGAATTATTGTGATAAAATGAACGGAGTATAAATTCCAAT-CTTTTTTTAATCT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCGTTTGAGTCT-GTTTTATAGGTTTTCTATA---GATAAAGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTAAAGAAT-------ATTTTGTTTCCAACTGTAAATATAATTGTACTTGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATAATTGTTTCTCCACTAATTTCT-T-TTGGATTCATAGAAAATGGCCAGGTTTTCAACTCATTTGT
gi|10 : TCTAATTGCTTCCTGTAAACATTT-TT-TTTATTTTA--------AAAAAAAA----AGAGAAATAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--ATTAATAGTTCATCTTTTCAT--TT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACATG-----------------------ATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATTGGAGTATGAATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCATAGCTACA-T-T
gi|11 : TAACTT-TTTAA-ATTGCTGTTTCATGTGGCAAGA-CGTTC--CAGAATTGTATATGTTATTTTAAGCCT-AGTTTG-AGGTTTGTTATT---GATATAGGGATTTCAAAATGCTTTGTTTAAAATACATAAAATGTTGTTT-CAA--------------GCACTAGCGTCAATCCTTTTCCTATAAAAAAATTGAACGTTTCTTCAGT-AAT--T-C-TT--ACT---AGAGAATGGTAAGGTTTTTAACTTGTTTA
gi|12 : TTTTTATGTTTTTTATTTCCCCGTCAACAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TGCAATGTTT-CACATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATTTT--GGATA--A---------GT-----TTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTATAGGGGA------ACATTTTCTAATTGCTT
gi|13 : TTATGCTTTT-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TACAATGTTTACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAAATG-GTATCT
gi|14 : TTTGGTGCT----ATTTCCCCGTCTTTACGTGTGTTACACGT--------TTCCACAATAGACCACTAAAGTATTC-----TATTC--GCTCTATAAGTAAACTCTT--ACTCATTTACACCCGTAT-CAGTATA--C-----------CATACCTATATAAG-------------ATATATATG--ATCAT---TAT---AAGTTT--GGGAAACTATATATTTTCTAGTTGCTTCTAGCAAa
gi|15 : ttaTACA-T-TTTTTCATGATTTTATGTGTTCATTTG------TTTTTTTAGGTTTGCTTTT---GATAAAGGAGTTTCAAGATGTTTTGCAATAATTATGTACATTTTTGTTTGCAACAGTAAATATAATCACACACATGTTATTCCATTTCCTATAT
gi|16 : GCACACTG-TACAATATTTACATATATATAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTTTCACTCATATTCAGTATA--T---------A--ATACTTTGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---GAT---AAGTTTAGGGCAAA
gi|2 : TTTGGATGCTTTC-ATTTCCCCGTCAATAGGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTA-TACATTGTTGACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CT--TTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CATACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATT-CT-TTT-TT-----------AAA--AAA----AGAGACAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCGTCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT---T-TTT-CAATA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATTA--AGTTATATAGATCTATTATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AACATTTAGAATTATTGTGATAGAAT-ATCTGAGTATGGATTCCAAT-C-TTTTTTAATTTGTTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACATT-TTC--CAGGATTTTAgat
gi|3 : atttAGTTGCTTCTGGTAAACAATT-TT-T-------A--------AAT--AAA----AGAGTAAAATACCTTAAAAATGCTCTCTCCATCTGTCGAG----AT----CGT--AGCAATAGTCCATCGTTTCAT--TT-TTA-GAGTA----TGT--GGATATATATTAACATGACTTGT----GTGACAGGGATTGAAGTTTGTATAT------------ATCTACAACCAAGTTTATGATATATTTGC---AAAATTTTGAATTATTGTGATGAAAT-ATTGGAATATGAATTCCAATCCTTTTTTTAAATT-TTCAAGATTGTTGTTTCTTATAGCTACATT-TTC--CTGAATTTTATGTGTTCTATTGAGTCTGTTTTTTTAGGTTTGGTATT---GATAAAGGGGCTTCAAGATATTATGTATAAAATATGTAAAA-TTTGATTCTAACAGTAAATATAATTGCACTAGTGTTAGTCC
gi|4 : ccaTTTTAATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGG-TCATCCCATCGCACACTG-TACATTGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTTTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CGTACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATTATT-TTT-TTTTATTTTTTTTAAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTATCCATCAGT---------------AT-------TAGTTCATCGTTTCAT---T-ATT-GACTA----CAT--TCATCTGTATTAACATAACTTGTGAAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATGT--
gi|5 : tttTTTTTATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAGTAAGTGTGTTACAGGTCGGTGTCATCCCGTCGCACATTG-TACAATGTTAACATATATTTAAGCTTTTTGAGTCT-CTCTTTCGCTTATTCTCACTCGTGTTCAGTATA--CTAAACTTAGATCAAAC-TAGATAAC--TG--------TACAAACATGGAATTTT---TAT---ACGTTTAGGGGAAGAGG-ATATTTTCTAGTTTCTTCTGGTAAACAATT---------------------AAA--AAT----AGAGTAAGGTACTTTATATATGCTTTCTCCATATGTCAAGAGTTACAGTGCATACAGTAATAGTACAT-G---CAT--GTATAT-GGAT------------GTCTTTATTTACATAACTTGTGTAAGTGAC
gi|6 : ----CAT--TCATCTATATTAAAATGACTTGTGTAAATGACAGGTATTTTAGTTT-TATGT--AGTTAAATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGAAGTATGGATTCGAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTGTTGTTT
gi|6 : tTTTTTTAA-----ATTTTTCAAGATTGTTGTTTTAGATAAGGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTATAGAATATGTAAAATTTTGTTTCCAGCAGTAAATATAATTGTACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGAGTGTTTCTTCAGTAAAT--TATATTGGATTTACAGAGAATAGCCATGTTTTCAAATCATTTATtagataagggggtttcgagttgttttgtatagaatatgtaaaattttgtttccagcagtaaatataattgtactagtgttaatccctttcctatattaaaaatgagtgtttcttcagtaaattatattggatttacagagaatagccatgttttcaaatcatttat
gi|7 : tcattcatctatattaaaatgacttgtgtaaatgacaggtattttagttttatgtagttaaatggatctataatcaggtttatgttatattttgaaaatttggaattattgtgatagaatatcgaagtatggattcgaatc-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTTAAC---T-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA-----GAGAAACAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTT-ATTTGT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAATGACAGGGATTTTAGTTT-TATATGTAGTTATATAGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATCAGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTAATGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTT--CAGG
gi|8 : TAGATACG--TA--------TATATACATGGGCTCTTTTAAATTACAAGTTTGAGGAAATATATCTATTTTCTAGTTGCCTCTTGTTAACCATT-----------------------A--AAA----TAAGTAAAATACTTGAAATTTGATTTCGCCATTAGTCAAT----GT----CAT--ATTTATAATTCATTGTTTC----GT-TTTAGAGTAAAGGTATGGGTATCTATATTTACATG---TGTG-GGGTAACA--GATTTT--TTT-TCTAA--A--TATAC---CCTA-------GTTTATGCTATATTTTGAATAAAAT----AATTATGGTGATAAAAT-AATGGAATATGAATT
gi|9 : TTTC-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCAGGGCCATCCCATCATACACTG-TACAATGCTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTATCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAGTTTGGATAAGTTTATAAACATGGGATCTC---AAT---AAGTTCAGGTGAAAATA-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAATAA-----------TTTA--------AAA--AAAAAAGAGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCGCTCAATCAGTCAAG----AC----CAT--AGAAATAaaataacactctcttatgcttattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGTGCAAGCATAATTATTTATGCTCTGCAAGCCTCACATAATAAAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 11111111 444444444444444444444 1111111111 111 1111111 111 1 1111111 111 333333 111
lowQualScore : 1 5 1 4 1 4 4 44444444444444 55 44444444 777 777 2 8 4 555555555555555555555 66 9999 0000000000 66 0 555 5 5 9999 66 2 2 0 5 7777777 5 0 000 5 6 5 1 5 99 1 9999999 44 1 444 1 1 55 0 0 5 1 4 1 0 11 7 222222 6 444 0
lowQualScore : . . . . . . . .............. .. ........ ... ... . . . ..................... .. .... .......... .. . ... . . .... .. . . . . ....... . . ... . . . . . .. . ....... .. . ... . . .. . . . . . . . .. . ...... . ... .
lowQualScore : 0 0 4 4 9 4 6 66666666666666 55 55555555 000 000 1 0 6 666666666666666666666 11 4444 6666666666 11 1 666 0 0 4444 11 0 5 1 0 7777777 3 1 000 7 7 7 4 7 22 0 0000000 88 4 000 4 4 44 6 8 0 0 6 0 2 77 3 000000 7 777 7
consensus : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
Reference ( family-834 ) : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
gi|1 : TTTTAATGCTTTT-TTATCCCCGTCGATAAGTGTGTTATAGGTCGGGATCATCCCATCGCACACTG-TGCAATATTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCA-CTCTTTCACTCATTCTCAGTCATATTCAGTATAATT---------ATCATACTTGGATAAA--TG--------TATAAACATGGAATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTTTAAATACTTCCATTAAACAATT-TTTTTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAACTCCTAAATTATGCTTTCTCCATCAGTCAAA----AC----CAT--AATAATATTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGATTTGTGTAAGCGACACGGATTTTAGTTT-TATAT--AATTATATGGATCTATAATCAGGTTTATCCTATATATTA---AAAATTTGGAATTATTGTGATAAAATGAACGGAGTATAAATTCCAAT-CTTTTTTTAATCT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCGTTTGAGTCT-GTTTTATAGGTTTTCTATA---GATAAAGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTAAAGAAT-------ATTTTGTTTCCAACTGTAAATATAATTGTACTTGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATAATTGTTTCTCCACTAATTTCT-T-TTGGATTCATAGAAAATGGCCAGGTTTTCAACTCATTTGT
gi|10 : TCTAATTGCTTCCTGTAAACATTT-TT-TTTATTTTA--------AAAAAAAA----AGAGAAATAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--ATTAATAGTTCATCTTTTCAT--TT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACATG-----------------------ATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATTGGAGTATGAATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCATAGCTACA-T-T
gi|11 : TAACTT-TTTAA-ATTGCTGTTTCATGTGGCAAGA-CGTTC--CAGAATTGTATATGTTATTTTAAGCCT-AGTTTG-AGGTTTGTTATT---GATATAGGGATTTCAAAATGCTTTGTTTAAAATACATAAAATGTTGTTT-CAA--------------GCACTAGCGTCAATCCTTTTCCTATAAAAAAATTGAACGTTTCTTCAGT-AAT--T-C-TT--ACT---AGAGAATGGTAAGGTTTTTAACTTGTTTA
gi|12 : TTTTTATGTTTTTTATTTCCCCGTCAACAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TGCAATGTTT-CACATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATTTT--GGATA--A---------GT-----TTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTATAGGGGA------ACATTTTCTAATTGCTT
gi|13 : TTATGCTTTT-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TACAATGTTTACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAAATG-GTATCT
gi|14 : TTTGGTGCT----ATTTCCCCGTCTTTACGTGTGTTACACGT--------TTCCACAATAGACCACTAAAGTATTC-----TATTC--GCTCTATAAGTAAACTCTT--ACTCATTTACACCCGTAT-CAGTATA--C-----------CATACCTATATAAG-------------ATATATATG--ATCAT---TAT---AAGTTT--GGGAAACTATATATTTTCTAGTTGCTTCTAGCAAa
gi|15 : ttaTACA-T-TTTTTCATGATTTTATGTGTTCATTTG------TTTTTTTAGGTTTGCTTTT---GATAAAGGAGTTTCAAGATGTTTTGCAATAATTATGTACATTTTTGTTTGCAACAGTAAATATAATCACACACATGTTATTCCATTTCCTATAT
gi|16 : GCACACTG-TACAATATTTACATATATATAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTTTCACTCATATTCAGTATA--T---------A--ATACTTTGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---GAT---AAGTTTAGGGCAAA
gi|2 : TTTGGATGCTTTC-ATTTCCCCGTCAATAGGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTA-TACATTGTTGACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CT--TTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CATACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATT-CT-TTT-TT-----------AAA--AAA----AGAGACAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCGTCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT---T-TTT-CAATA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATTA--AGTTATATAGATCTATTATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AACATTTAGAATTATTGTGATAGAAT-ATCTGAGTATGGATTCCAAT-C-TTTTTTAATTTGTTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACATT-TTC--CAGGATTTTAgat
gi|3 : atttAGTTGCTTCTGGTAAACAATT-TT-T-------A--------AAT--AAA----AGAGTAAAATACCTTAAAAATGCTCTCTCCATCTGTCGAG----AT----CGT--AGCAATAGTCCATCGTTTCAT--TT-TTA-GAGTA----TGT--GGATATATATTAACATGACTTGT----GTGACAGGGATTGAAGTTTGTATAT------------ATCTACAACCAAGTTTATGATATATTTGC---AAAATTTTGAATTATTGTGATGAAAT-ATTGGAATATGAATTCCAATCCTTTTTTTAAATT-TTCAAGATTGTTGTTTCTTATAGCTACATT-TTC--CTGAATTTTATGTGTTCTATTGAGTCTGTTTTTTTAGGTTTGGTATT---GATAAAGGGGCTTCAAGATATTATGTATAAAATATGTAAAA-TTTGATTCTAACAGTAAATATAATTGCACTAGTGTTAGTCC
gi|4 : ccaTTTTAATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGG-TCATCCCATCGCACACTG-TACATTGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTTTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T-----------CGTACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATTATT-TTT-TTTTATTTTTTTTAAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTATCCATCAGT---------------AT-------TAGTTCATCGTTTCAT---T-ATT-GACTA----CAT--TCATCTGTATTAACATAACTTGTGAAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATGT--
gi|5 : tttTTTTTATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAGTAAGTGTGTTACAGGTCGGTGTCATCCCGTCGCACATTG-TACAATGTTAACATATATTTAAGCTTTTTGAGTCT-CTCTTTCGCTTATTCTCACTCGTGTTCAGTATA--CTAAACTTAGATCAAAC-TAGATAAC--TG--------TACAAACATGGAATTTT---TAT---ACGTTTAGGGGAAGAGG-ATATTTTCTAGTTTCTTCTGGTAAACAATT---------------------AAA--AAT----AGAGTAAGGTACTTTATATATGCTTTCTCCATATGTCAAGAGTTACAGTGCATACAGTAATAGTACAT-G---CAT--GTATAT-GGAT------------GTCTTTATTTACATAACTTGTGTAAGTGAC
gi|6 : ----CAT--TCATCTATATTAAAATGACTTGTGTAAATGACAGGTATTTTAGTTT-TATGT--AGTTAAATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGAAGTATGGATTCGAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTGTTGTTT
gi|6 : tTTTTTTAA-----ATTTTTCAAGATTGTTGTTTTAGATAAGGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTATAGAATATGTAAAATTTTGTTTCCAGCAGTAAATATAATTGTACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGAGTGTTTCTTCAGTAAAT--TATATTGGATTTACAGAGAATAGCCATGTTTTCAAATCATTTATtagataagggggtttcgagttgttttgtatagaatatgtaaaattttgtttccagcagtaaatataattgtactagtgttaatccctttcctatattaaaaatgagtgtttcttcagtaaattatattggatttacagagaatagccatgttttcaaatcatttat
gi|7 : tcattcatctatattaaaatgacttgtgtaaatgacaggtattttagttttatgtagttaaatggatctataatcaggtttatgttatattttgaaaatttggaattattgtgatagaatatcgaagtatggattcgaatc-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTTAAC---T-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA-----GAGAAACAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTT-ATTTGT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAATGACAGGGATTTTAGTTT-TATATGTAGTTATATAGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATCAGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTAATGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTT--CAGG
gi|8 : TAGATACG--TA--------TATATACATGGGCTCTTTTAAATTACAAGTTTGAGGAAATATATCTATTTTCTAGTTGCCTCTTGTTAACCATT-----------------------A--AAA----TAAGTAAAATACTTGAAATTTGATTTCGCCATTAGTCAAT----GT----CAT--ATTTATAATTCATTGTTTC----GT-TTTAGAGTAAAGGTATGGGTATCTATATTTACATG---TGTG-GGGTAACA--GATTTT--TTT-TCTAA--A--TATAC---CCTA-------GTTTATGCTATATTTTGAATAAAAT----AATTATGGTGATAAAAT-AATGGAATATGAATT
gi|9 : TTTC-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCAGGGCCATCCCATCATACACTG-TACAATGCTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTATCACTCATATTCAG--TA--T---------ATCATACTTGGATAAGTTTGGATAAGTTTATAAACATGGGATCTC---AAT---AAGTTCAGGTGAAAATA-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAATAA-----------TTTA--------AAA--AAAAAAGAGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCGCTCAATCAGTCAAG----AC----CAT--AGAAATAaaataacactctcttatgcttattca
blockSeqs : T T G C A A G CTAAACTTAGAT TT GATAAGTT TTA TAC A T T ATTTTTTTTTATTTTTTTT AA AAAG AGTTACAGTG AC TTG A A AAGG GG T T G ATGTAGT G AAT . C G T G TT T AGTCTGT TT T TTA A T AC G A C A AC A TATA G TAC
blockSeqs : T . G . A . T AGT . . . . C T A TTTTTATTTTA . . AC . T . . . . T G . TAAGT A . . . . T . . A AGCCTA TT C . A A AT C A T C GT . TC . .
blockSeqs : G . G . A . T TAT . . . . T . A TTTTTTTTTA . . AC . T . . . . A G . GTAGT G . . . . . . . T AA TC G . A T AT C A T A
blockSeqs : G . G . A . T TAT . . . . T . G CTTTTTT . . AT . G . . . . T G . AAA A . . . . . . . T T G T . T T AT . . . A
blockSeqs : A . G . A . T TA . . . . A . A TTTA . . AC . G . . . . T G . AT . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . A . T C . . . . A . G TTTA . . GT . . . . . . T G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . A . . . AC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqCons : AT************ TTTTTTTA************* ATG**** AT
originalCons : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA--T---------ATCATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT-TT-TTT-TTTTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCT-NTTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
finalCons : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATAAT------------CATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATTTTTTTTTA-------------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGATG----TTTTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATATGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGTGCAAGCATAATTATTTATGCTCTGCAAGCCTCACATAATAAAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 11111111 4444444444444444444444444 1111111111 111 1111111 111 1 5555555 11 111 333333 111
lowQualScore : 1 5 1 4 1 4 0000000000000000 55 44444444 777 777 2 8 4 4444444444444444444444444 66 9999 0000000000 66 0 555 5 5 9999 66 2 2 0 5 7777777 5 0 000 5 6 5 1 5 99 1 0000000 11 1 444 1 1 0 0 0 3 1 55 1 0 11 7 222222 6 444 0
lowQualScore : . . . . . . ................ .. ........ ... ... . . . ......................... .. .... .......... .. . ... . . .... .. . . . . ....... . . ... . . . . . .. . ....... .. . ... . . . . . . . .. . . .. . ...... . ... .
lowQualScore : 0 0 4 4 9 4 0000000000000000 55 55555555 000 000 1 0 6 3333333333333333333333333 11 4444 6666666666 11 1 666 0 0 4444 11 0 5 1 0 7777777 3 1 000 7 7 7 4 7 22 0 6666666 00 4 000 4 4 8 6 8 2 0 44 0 2 77 3 000000 7 777 7
consensus : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA----------AT---CATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT---TT---TTT---TTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGAGTCTG-TT--TTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATACGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
Reference ( family-834 ) : TTTTNATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTG-TACAATGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA----------AT---CATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTCTAATTGCTTCCGGTAAACAATT---TT---TTT---TTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATAT--AGTTATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCTTTTGA---TG-TT--TTTTAGGTTTGCTATT---GATAAAGGGGTTTCGAGATGTTTTGTATAAAATATGTAAAATTTTGTTTCCAACAGTAAATATAATCGCACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGANCGTTTCTTCAGTAAAT--T-T-TTGGATTCACAGAGAATGGCCAGGTTTTCAACTCGTTTAT
gi|1 : TTTTAATGCTTTT-TTATCCCCGTCGATAAGTGTGTTATAGGTCGGGATCATCCCATCGCACACTG-TGCAATATTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCA-CTCTTTCACTCATTCTCAGTCATATTCAGTATA----------ATTATCATACTTGGATAAA--TG--------TATAAACATGGAATCTT---AAT---AAGTTTAGGGGAAAATG-ATATTTTTTAAATACTTCCATTAAACAATT---TTTTTTTT---TTA--------AAA--AAA----AGAGAAAAACTCCTAAATTATGCTTTCTCCATCAGTCAAA----AC----CAT--AATAATATTTCATCGTTTCAT--GT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGATTTGTGTAAGCGACACGGATTTTAGTTT-TATAT--AATTATATGGATCTATAATCAGGTTTATCCTATATATTA---AAAATTTGGAATTATTGTGATAAAATGAACGGAGTATAAATTCCAAT-CTTTTTTTAATCT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTC--CAGGATTTTATGTGTTCGTTTGAGTCTG-TT--TTATAGGTTTTCTATA---GATAAAGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTAAAGAAT-------ATTTTGTTTCCAACTGTAAATATAATTGTACTTGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATAATTGTTTCTCCACTAATTTCT-T-TTGGATTCATAGAAAATGGCCAGGTTTTCAACTCATTTGT
gi|10 : TCTAATTGCTTCCTGTAAACATTT---TT---TTTATTTTA--------AAAAAAAA----AGAGAAATAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--ATTAATAGTTCATCTTTTCAT--TT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACATG-----------------------ATATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATTGGAGTATGAATTCCAAT-CTTTTTTTAATTT-TTCAAGATTGTTGTTTCTCATAGCTACA-T-T
gi|11 : TAACTT-TTTAA-ATTGCTGTTTCATGTGGCAAGA-CGTTC--CAGAATTGTATATGTTATTTTAA---GC-CTAGTTTGAGGTTTGTTATT---GATATAGGGATTTCAAAATGCTTTGTTTAAAATACATAAAATGTTGTTTC-------------AA--GCACTAGCGTCAATCCTTTTCCTATAAAAAAATTGAACGTTTCTTCAGT-AAT--T-C-TT--ACT---AGAGAATGGTAAGGTTTTTAACTTGTTTA
gi|12 : TTTTTATGTTTTTTATTTCCCCGTCAACAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TGCAATGTTT-CACATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATTTT--GGATA----------A-------GTTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---AAT---AAGTATAGGGGA------ACATTTTCTAATTGCTT
gi|13 : TTATGCTTTT-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCACACACTG-TACAATGTTTACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTAT-----------AT---CATACTTGGATAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAAATG-GTATCT
gi|14 : TTTGGTGCT----ATTTCCCCGTCTTTACGTGTGTTACACGT--------TTCCACAATAGACCACTAAAGTATTC-----TATTC--GCTCTATAAGTAAACTCTT--ACTCATTTACACCCGTAT-CAGTATA-----------C---CATACCTATATAAG-------------ATATATATG--ATCAT---TAT---AAGTTT--GGGAAACTATATATTTTCTAGTTGCTTCTAGCAAa
gi|15 : ttaTACA-T-TTTTTCATGATTTTATGTGTTCATTTG----T--TT--TTTTAGGTTTGCTTTT---GATAAAGGAGTTTCAAGATGTTTTGCAATAATTATGTACATTTTTGTTTGCAACAGTAAATATAATCACACACATGTTATTCCATTTCCTATAT
gi|16 : GCACACTG-TACAATATTTACATATATATAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTTTCACTCATATTCAGTAT-----------AT---AATACTTTGATAAG--TG--------TATAAACATGGGATCTT---GAT---AAGTTTAGGGCAAA
gi|2 : TTTGGATGCTTTC-ATTTCCCCGTCAATAGGTGTGTTATAGGTCGGGGTCATCCCATCGCACACTA-TACATTGTTGACATATGTTTAAGCTTTTCTAGTCT-CT--TTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA-----------T---CATACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATT---CT---TTT---TTA--------AAA--AAA-----GAGACAAATTCCTTAATTATGCTCTCTCCGTCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTTCAT---T-TTT-CAATA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATTA--AGTTATATAGATCTATTATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AACATTTAGAATTATTGTGATAGAAT-ATCTGAGTATGGATTCCAAT-C-TTTTTTAATTTGTTCAAGATTGTTGTTTCTCGTAGCTACATT-TTC--CAGGATTTTAgat
gi|3 : atttAGTTGCTTCTGGTAAACAATT---TT---T-------A--------AAT--AAA----AGAGTAAAATACCTTAAAAATGCTCTCTCCATCTGTCGAG----AT----CGT--AGCAATAGTCCATCGTTTCAT--TT-TTA-GAGTA----TGT--GGATATATATTAACATGACTTGT----GTGACAGGGATTGAAGTTTGTATAT------------ATCTACAACCAAGTTTATGATATATTTGC---AAAATTTTGAATTATTGTGATGAAAT-ATTGGAATATGAATTCCAATCCTTTTTTTAAATT-TTCAAGATTGTTGTTTCTTATAGCTACATT-TTC--CTGAATTTTATGTGTTCTATTGAGTCTGTTT--TTTTAGGTTTGGTATT---GATAAAGGGGCTTCAAGATATTATGTATAAAATATGTAAAA-TTTGATTCTAACAGTAAATATAATTGCACTAGTGTTAGTCC
gi|4 : ccaTTTTAATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAATAAGTGTGTTATAGGTCGGG-TCATCCCATCGCACACTG-TACATTGTTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTTTTTCACTCATTCTCACTCATATTCAGTATA-----------T---CGTACTTGGAAAAG--TG--------TATAAACATGGGGTCTT---ACT---AAGTTTAGGGGAAATTG-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAACAATTATTTT---TTT---TTATTTTTTTTAAA--AAA----AGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCTATCCATCAGT---------------AT-------TAGTTCATCGTTTCAT---T-ATT-GACTA----CAT--TCATCTGTATTAACATAACTTGTGAAAGTGACAGGGATTTTAGTTT-TATGT--
gi|5 : tttTTTTTATGCTTTT-ATTTCCCCGTCAGTAAGTGTGTTACAGGTCGGTGTCATCCCGTCGCACATTG-TACAATGTTAACATATATTTAAGCTTTTTGAGTCT-CTCTTTCGCTTATTCTCACTCGTGTTCAGTATACTAAACTTAGAT---CAAAC-TAGATAAC--TG--------TACAAACATGGAATTTT---TAT---ACGTTTAGGGGAAGAGG-ATATTTTCTAGTTTCTTCTGGTAAACAATT-------------------------AAA--AAT----AGAGTAAGGTACTTTATATATGCTTTCTCCATATGTCAAGAGTTACAGTGCATACAGTAATAGTACAT-G---CAT--GTATAT-GGAT------------GTCTTTATTTACATAACTTGTGTAAGTGAC
gi|6 : ----CAT--TCATCTATATTAAAATGACTTGTGTAAATGACAGGTATTTTAGTTT-TATGT--AGTTAAATGGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATTATTGTGATAGAAT-ATCGAAGTATGGATTCGAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTGTTGTTT
gi|6 : tTTTTTTAA----A-TT--TTTCAAGATTGTTGTTTTAGATAAGGGGGTTTCGAGTTGTTTTGTATAGAATATGTAAAATTTTGTTTCCAGCAGTAAATATAATTGTACTAGTGTTAATCCCTTTCCTATATTAAAAATGAGTGTTTCTTCAGTAAAT--TATATTGGATTTACAGAGAATAGCCATGTTTTCAAATCATTTATtagataagggggtttcgagttgttttgtatagaatatgtaaaattttgtttccagcagtaaatataattgtactagtgttaatccctttcctatattaaaaatgagtgtttcttcagtaaattatattggatttacagagaatagccatgttttcaaatcatttat
gi|7 : tcattcatctatattaaaatgacttgtgtaaatgacaggtattttagttttatgtagttaaatggatctataatcaggtttatgttatattttgaaaatttggaattattgtgatagaatatcgaagtatggattcgaatc-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTTAAC--TT---TT---TTT---TTT--------AAA--AAA----AGAGAAACAATCCTTAATTATGCTCTCTCCATCAGTCAAG----AC----CAT--AGTAATAGTTCATCGTTT-ATTTGT-TTT-GAGTA----CAT--TCATCTATATTAACATGACTTGTGTAAATGACAGGGATTTTAGTTT-TATATGTAGTTATATAGATCTATAATCAGGTTTATGTTATATTTTG---AAAATTTGGAATAATTGTGATAGAAT-ATCAGAGTATGGATTCCAAT-CTTTTTTAAATTT-TTCAAGATTAATGTTTCTCGTAGCTACA-T-TTT--CAGG
gi|8 : TAGATACG--TA--------TATATACATGGGCTCTTTTAAATTACAAGTTTGAGGAAATATATCTATTTTCTAGTTGCCTCTTGTTAACCATT---------------------------A--AAA----TAAGTAAAATACTTGAAATTTGATTTCGCCATTAGTCAAT----GT----CAT--ATTTATAATTCATTGTTTC----GT-TTTAGAGTAAAGGTATGGGTATCTATATTTACATG---TGTG-GGGTAACA--GATTTT--TTT-TCTAA--A--TATAC---CCTA-------GTTTATGCTATATTTTGAATAAAAT----AATTATGGTGATAAAAT-AATGGAATATGAATT
gi|9 : TTTC-ATTTCCCCATCAATAAGTGTGTTATAGGTCAGGGCCATCCCATCATACACTG-TACAATGCTTACATATATTTAAGCTTTTCTAGTCT-CTCTTTCACTCATTATCACTCATATTCAGTAT-----------AT---CATACTTGGATAAGTTTGGATAAGTTTATAAACATGGGATCTC---AAT---AAGTTCAGGTGAAAATA-ATATTTTCTAATTGCTTCCAGTAAATAA------------T---TTA--------AAA--AAAAAAGAGAGAAAAATTCCTTAATTATGCTCGCTCAATCAGTCAAG----AC----CAT--AGAAATAaaataacactctcttatgcttattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGTGCAAGCATAATTATTTATGCTCTGCAAGCCTCACATAATAAAT