lowQualScore : 22 1 22 1 555
lowQualScore : 0 2 00 0 5 0 55 99 8 4 7 6 3 5 6 2 777 3
lowQualScore : . . .. . . . .. .. . . . . . . . . ... .
lowQualScore : 2 0 22 0 6 6 33 22 6 3 1 0 8 5 0 5 555 0
consensus : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAAATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTNTTTCT--NTCTTNTAAAA
Reference ( gi|1 ) : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTATAACAACAACAAGATTTAACGATTAATAATGATAAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAAGTTACTTATCACGAGCCACAGACTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCCTTTCTTTCTTCCTCTTATAAAA
gi|8 : AACAAAATTGTTGAATCAGTACAGACTTTTATTTAAACATCAAAACGATTGAACGATTAATAATGATTAAATTCTACATATTTGTTTTT--ATCATGTTTCAAAAATAAT--AACCTGTCAATGCAAGTTGACTGCT----------AAAATACTCATCACGAGCCGCTGGGTGTTGGTGTGAGGTGCCAAACAGATGAGAA-TGAACTATCAAAATAA
gi|16 : tAAGAAAATTGTAAAAACAATACATAATTTTATT-TAACAGCAAAAAGATT--------AATAATGATTTAGATCTACATATTTGTTTTA--ATTAAGTT
gi|2 : aatAAAAACCTGTTGAATCAGTTCATGATTTTATTAAATCAACAACAAAATTTAACGATTAATAATTATTAAGTTCTACATATTTGATTTT--TTTAAGTTTACAAACTAATATAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAAATTACTTATTGCGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTTTATAAACTTTGTGATGCAGCAACTAAat
gi|7 : cGAAAATTGTTGAATCAGTATGTAATGTTATTAAAACAATAAAAATATTTAACGATTAATAATGAT-------TACACATTTGTTTTT--ATTAA------AAAATA-TAGAACCTGTCAATGCCAGTTAACTGCTGCTTATGTTGAAATTACTTATCACGAGTCGCTGGTTGTTAGCGGGAGATGCCAAACAGATGGGAAGTAAATTATCAAAATAACTGGTTATAAACT
gi|6 : ACAAAAAGATTTACCGACTACTAATGAATTAGTTCTACATATTTGTTTTTTTATTATGTTTGCAAAATAATAGAATCTGTCGATGGCGTTTGACTGCTGCTTCTGTTGAAATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGTCAAACAGATGAGAAGTGAACTATTAAATTAACTGTATATAAACTTT-TTATGCAGCAACTAACTC
gi|10 : AAGTTCAACATATTTGTCTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAAGAGAACCTGTCATTGCAGGTTGGCTGCTGCTTCTGTTGAAATCATTTATCACGAACCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATAACAA-AACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGtttc
gi|13 : tTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGTTTCTGTTGAAATTACTTATCACGAGCCGCTGTCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCG
gi|12 : AGTTTGCAAAATAATAAAACCTGTCAATGAAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAAATTACTTATCACGAGCCGCAGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAAAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTC
gi|3 : ttTGTTGAACAT-CTTATCACGAGCCGCTGACGGTTAGAGGGAGGTGCCAAAAAGATGAGAAGTGATCTATCAAAATAAATGTATATATCCCTTGTTATACAGCAACAAACTCGCTCTATCTCTTTTTTCTTCTTTTCTTTCT--ATCTTCTAAAAa
gi|19 : catactatGGGAGATGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTtacaacttagtattgttttttttctcgtttccatatttgtaaatgattttggttatgttatgtattttatgccattgttaacaaacga
gi|11 : AACTATATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCGCTCTTCTTCTTTTGTTTCT--CTCTTATAAAA
gi|22 : ATAAACTTTGTTATGCCGCAACTGACTCGCTCctcaactaaatattgttttgttttgttttcttctcttttccataatactcgtcaatgcttttggttttgtaatgtattttatgccattgttaaacaaacga
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AACTAGCTATATCTCTTTCTTCTTCCTCTCTTCTAAAACTCAATTAAATATTGTTGTTTTTTCTCTTTTCCATAATATTTGTAAATGAATTTGTTTTTTAAAATGTATTTCATGCCATTGTTAAAAAACGATTGTATTCTATATAGGGGAAGGACCGAATCGAATGTTGACAGAGCTTGTGACCCAACCCCATTTCCTGTAAATAATAAAATAAAATATGTTTAAACTAAACT
Unaligned ( gi|5 ): TTTCCTTCTCCTTTATCTTTTCCACTCTCATAAATTTTCCTCTTCCCTCTTCAATCATATGTGTAAATGTCTTTAGTTTGTAATATATTTTATGTCAATTTTAATCAAATCGGTGTCTAGTCTGTAGGAGGATGGACGAGAATTTAATATTGGTAAATCTTGTGAACCACTCTAATTTCAAAAATAGCACTGAAAAACATGTGTGTTAAAGCAAAATAAACTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTTTCTCTCTCAGATCTTATTCTCATACAATACAATGCTGTCTTTCTTTTCTCCATATTTATGATATCTGTTTACAAATGCAATATTCAATATATTATTTGTTAAACTGTAGGTGAGGGTTAAATCTAATGTTGGAAGAACTTGTTTCGACCCAACCCCGTGTCTCTATTATAAACATAATTAAAATATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|14 ): TAATCTCTGTTACTAGCTTTTTCTTTTCTGTCTCTACTCTTTTCTCTCTGTCTCTTTTAAATCTCAGTTAGATATTGTTCTTATTCTCTTATTCTATATGTGTATGTTTTTTAGTTTTGTAAAGTAGTTCTTGCCATTGTTAATCAAGCGA
Unaligned ( gi|15 ): AACACTTATCCCTATTTTCTGCATTTATATATTTTTTCATATTCAACACTCATCTGACCCCCAGAGAGGGTCGAATTTAATGTTGGAAGACCTTGTGGCCTAACCCAATTTCTATATTATAAATAGAAATAAAATATGTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAATGTTGGAAAAAAATTGTAGCCCAACCCCCCTTTTCTGTATACATGCATGTATATAAATAGAAATAACATATGTTTAAACAA
Unaligned ( gi|18 ): AGGATTGAAACTAATATTTGACGAACACGTGGTGAAATCCATTTTCTATATTATAAATAGAAATAAAGTATGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTTGGACGAACATGTGACCCAACCCCATTTCTGTATTATAAATAGAAATAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GTTTACAATTGCCATACTCAATATGTTATTTGTTAAATTGTAG
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 6 3 77 0 3 4 7 4 444 1
lowQualScore : . . . .. . . . . . ... .
lowQualScore : 4 0 2 99 9 0 4 0 5 888 0
consensus : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
Reference ( family-800 ) : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTNTTTCT--NTCTTNTAAAA
gi|1 : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTATAACAACAACAAGATTTAACGATTAATAATGATAAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-GTTACTTATCACGAGCCACAGACTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCCTTTCTTTCTTCCTCTTATAAAA
gi|10 : TAAGTTCAACATATTTGTCTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAAGAGAACCTGTCATTGCAGGTTGGCTGCTGCTTCTGTTGAA-ATCATTTATCACGAACCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATAACAA-AACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCG
gi|11 : AACTATATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCGCTCTTCTTCTTTTGTTTCT--CTCTTATAAAA
gi|12 : AGTTTGCAAAATAATAAAACCTGTCAATGAAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCAGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAAAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCctcaactaaatattgttttgttttgttttcttctcttttccataatactcgtcaatgcttttggttttgtaatgtattttatgccattgttaaacaaacga
gi|13 : ttTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGTTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGTCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGa
gi|16 : AAGAAAATTGTAAAAACAATACATAATTTTATTTAA-CAGCAAAAAGATT--------AATAATGATTTAGATCTACATATTTGTTTTA--ATTAAGTT
gi|19 : aatGGGAGATGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTat
gi|2 : AAAAACCTGTTGAATCAGTTCATGATTTTATTAAATCAACAACAAAATTTAACGATTAATAATTATTAAGTTCTACATATTTGATTTT--TTTAAGTTTACAAACTAATATAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATTGCGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTTTATAAACTTTGTGATGCAGCAACTAA
gi|22 : cATAAACTTTGTTATGCCGCAACTGACTCGCTC
gi|3 : TGTTGAACAT--CTTATCACGAGCCGCTGACGGTTAGAGGGAGGTGCCAAAAAGATGAGAAGTGATCTATCAAAATAAATGTATATATCCCTTGTTATACAGCAACAAACTCGCTCTATCTCTTTTTTCTTCTTTTCTTTCT--ATCTTCTAAAA
gi|4 : catactatAACTAGCTATATCTCTTTCTTCTTC--------CT--CTCTTCTAAAAtacaacttagtattgttttttttctcgtttccatatttgtaaatgattttggttatgttatgtattttatgccattgttaacaaacga
gi|6 : ACAAAAAGATTTACCGACTACTAATGAATTAGTTCTACATATTTGTTTTTTTATTATGTTTGCAAAATAATAGAATCTGTCGATGGCGTTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGTCAAACAGATGAGAAGTGAACTATTAAATTAACTGTATATAAACTTT-TTATGCAGCAACTAACTCctcaattaaatattgttgttttttctcttttccataatatttgtaaatgaatttgttttttaaaatgtatttcatgccattgttaaaaaacgattgtattctatataggggaaggaccgaatcgaatgttgacagagcttgtgacccaaccccatttcctgtaaataataaaataaaatatgtttaaactaaact
gi|7 : GAAAATTGTTGAATCAGTATGTAATGTTATTAAAACAATAAAAATATTTAACGATTAATAATGATTA-------CACATTTGTTTTT--ATTAA------AAAATA-TAGAACCTGTCAATGCCAGTTAACTGCTGCTTATGTTGAA-ATTACTTATCACGAGTCGCTGGTTGTTAGCGGGAGATGCCAAACAGATGGGAAGTAAATTATCAAAATAACTGGTTATAAACTtttc
gi|8 : AACAAAATTGTTGAATCAGTACAGACTTTTATTTAAACATCAAAACGATTGAACGATTAATAATGATTAAATTCTACATATTTGTTTTT--ATCATGTTTCAAAAATAAT--AACCTGTCAATGCAAGTTGACTGCT----------AA-AATACTCATCACGAGCCGCTGGGTGTTGGTGTGAGGTGCCAAACAGATGAGAA-TGAACTATCAAAATAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTCCTTCTCCTTTATCTTTTCCACTCTCATAAATTTTCCTCTTCCCTCTTCAATCATATGTGTAAATGTCTTTAGTTTGTAATATATTTTATGTCAATTTTAATCAAATCGGTGTCTAGTCTGTAGGAGGATGGACGAGAATTTAATATTGGTAAATCTTGTGAACCACTCTAATTTCAAAAATAGCACTGAAAAACATGTGTGTTAAAGCAAAATAAACTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTTTCTCTCTCAGATCTTATTCTCATACAATACAATGCTGTCTTTCTTTTCTCCATATTTATGATATCTGTTTACAAATGCAATATTCAATATATTATTTGTTAAACTGTAGGTGAGGGTTAAATCTAATGTTGGAAGAACTTGTTTCGACCCAACCCCGTGTCTCTATTATAAACATAATTAAAATATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|14 ): TAATCTCTGTTACTAGCTTTTTCTTTTCTGTCTCTACTCTTTTCTCTCTGTCTCTTTTAAATCTCAGTTAGATATTGTTCTTATTCTCTTATTCTATATGTGTATGTTTTTTAGTTTTGTAAAGTAGTTCTTGCCATTGTTAATCAAGCGA
Unaligned ( gi|15 ): AACACTTATCCCTATTTTCTGCATTTATATATTTTTTCATATTCAACACTCATCTGACCCCCAGAGAGGGTCGAATTTAATGTTGGAAGACCTTGTGGCCTAACCCAATTTCTATATTATAAATAGAAATAAAATATGTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAATGTTGGAAAAAAATTGTAGCCCAACCCCCCTTTTCTGTATACATGCATGTATATAAATAGAAATAACATATGTTTAAACAA
Unaligned ( gi|18 ): AGGATTGAAACTAATATTTGACGAACACGTGGTGAAATCCATTTTCTATATTATAAATAGAAATAAAGTATGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTTGGACGAACATGTGACCCAACCCCATTTCTGTATTATAAATAGAAATAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GTTTACAATTGCCATACTCAATATGTTATTTGTTAAATTGTAG
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 6 3 77 0 2 4 7 2 33 1
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 4 0 2 99 9 5 4 0 5 88 0
consensus : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
Reference ( family-800 ) : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
gi|1 : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTATAACAACAACAAGATTTAACGATTAATAATGATAAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-GTTACTTATCACGAGCCACAGACTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCCTTTCTTTCTTCCTCTTATAAAA
gi|10 : TAAGTTCAACATATTTGTCTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAAGAGAACCTGTCATTGCAGGTTGGCTGCTGCTTCTGTTGAA-ATCATTTATCACGAACCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATAACAA-AACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCG
gi|11 : AACTATATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCGCTCTTCTTCTTTTGTTTCT--CTCTTATAAAA
gi|12 : AGTTTGCAAAATAATAAAACCTGTCAATGAAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCAGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAAAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCctcaactaaatattgttttgttttgttttcttctcttttccataatactcgtcaatgcttttggttttgtaatgtattttatgccattgttaaacaaacga
gi|13 : ttTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGTTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGTCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGa
gi|16 : AAGAAAATTGTAAAAACAATACATAATTTTATTTAA-CAGCAAAAAGATT--------AATAATGATTTAGATCTACATATTTGTTTTA--ATTAAGTT
gi|19 : aatGGGAGATGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTat
gi|2 : AAAAACCTGTTGAATCAGTTCATGATTTTATTAAATCAACAACAAAATTTAACGATTAATAATTATTAAGTTCTACATATTTGATTTT--TTTAAGTTTACAAACTAATATAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATTGCGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTTTATAAACTTTGTGATGCAGCAACTAA
gi|22 : cATAAACTTTGTTATGCCGCAACTGACTCGCTC
gi|3 : TGTTGAACAT--CTTATCACGAGCCGCTGACGGTTAGAGGGAGGTGCCAAAAAGATGAGAAGTGATCTATCAAAATAAATGTATATATCCCTTGTTATACAGCAACAAACTCGCTCTATCTCTTTTTTCTTCTTTTCTTTCT--ATCTTCTAAAA
gi|4 : catactatAACTAGCTATATCTCTTTCTTCTTC--------CT--CTCTTCTAAAAtacaacttagtattgttttttttctcgtttccatatttgtaaatgattttggttatgttatgtattttatgccattgttaacaaacga
gi|6 : ACAAAAAGATTTACCGACTACTAATGAATTAGTTCTACATATTTGTTTTTTTATTATGTTTGCAAAATAATAGAATCTGTCGATGGCGTTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGTCAAACAGATGAGAAGTGAACTATTAAATTAACTGTATATAAACTTT-TTATGCAGCAACTAACTCctcaattaaatattgttgttttttctcttttccataatatttgtaaatgaatttgttttttaaaatgtatttcatgccattgttaaaaaacgattgtattctatataggggaaggaccgaatcgaatgttgacagagcttgtgacccaaccccatttcctgtaaataataaaataaaatatgtttaaactaaact
gi|7 : GAAAATTGTTGAATCAGTATGTAATGTTATTAAAACAATAAAAATATTTAACGATTAATAATGATTA-------CACATTTGTTTTT--ATTAA------AAAATA-TAGAACCTGTCAATGCCAGTTAACTGCTGCTTATGTTGAA-ATTACTTATCACGAGTCGCTGGTTGTTAGCGGGAGATGCCAAACAGATGGGAAGTAAATTATCAAAATAACTGGTTATAAACTtttc
gi|8 : AACAAAATTGTTGAATCAGTACAGACTTTTATTTAAACATCAAAACGATTGAACGATTAATAATGATTAAATTCTACATATTTGTTTTT--ATCATGTTTCAAAAATAAT--AACCTGTCAATGCAAGTTGACTGCT----------AA-AATACTCATCACGAGCCGCTGGGTGTTGGTGTGAGGTGCCAAACAGATGAGAA-TGAACTATCAAAATAA
blockSeqs : T T T TT A C T G . A
blockSeqs : A A T . A . T C . C
blockSeqs : A A T . C . . . . C
blockSeqs : T . G . A .
blockSeqs : . . C .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : A .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
finalCons : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTCCTTCTCCTTTATCTTTTCCACTCTCATAAATTTTCCTCTTCCCTCTTCAATCATATGTGTAAATGTCTTTAGTTTGTAATATATTTTATGTCAATTTTAATCAAATCGGTGTCTAGTCTGTAGGAGGATGGACGAGAATTTAATATTGGTAAATCTTGTGAACCACTCTAATTTCAAAAATAGCACTGAAAAACATGTGTGTTAAAGCAAAATAAACTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTTTCTCTCTCAGATCTTATTCTCATACAATACAATGCTGTCTTTCTTTTCTCCATATTTATGATATCTGTTTACAAATGCAATATTCAATATATTATTTGTTAAACTGTAGGTGAGGGTTAAATCTAATGTTGGAAGAACTTGTTTCGACCCAACCCCGTGTCTCTATTATAAACATAATTAAAATATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|14 ): TAATCTCTGTTACTAGCTTTTTCTTTTCTGTCTCTACTCTTTTCTCTCTGTCTCTTTTAAATCTCAGTTAGATATTGTTCTTATTCTCTTATTCTATATGTGTATGTTTTTTAGTTTTGTAAAGTAGTTCTTGCCATTGTTAATCAAGCGA
Unaligned ( gi|15 ): AACACTTATCCCTATTTTCTGCATTTATATATTTTTTCATATTCAACACTCATCTGACCCCCAGAGAGGGTCGAATTTAATGTTGGAAGACCTTGTGGCCTAACCCAATTTCTATATTATAAATAGAAATAAAATATGTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAATGTTGGAAAAAAATTGTAGCCCAACCCCCCTTTTCTGTATACATGCATGTATATAAATAGAAATAACATATGTTTAAACAA
Unaligned ( gi|18 ): AGGATTGAAACTAATATTTGACGAACACGTGGTGAAATCCATTTTCTATATTATAAATAGAAATAAAGTATGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTTGGACGAACATGTGACCCAACCCCATTTCTGTATTATAAATAGAAATAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GTTTACAATTGCCATACTCAATATGTTATTTGTTAAATTGTAG
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 6 3 77 0 2 4 7 2 33 1
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 4 0 2 99 9 5 4 0 5 88 0
consensus : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
Reference ( family-800 ) : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTAAAACAACAAAAAGATTTAACGATTAATAATGATTAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAATAGAACCTGTCAATGCCGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTCT--CTCTTNTAAAA
gi|1 : AAGAAAATTGTTGAATCAGTACGTAATTTTATTATAACAACAACAAGATTTAACGATTAATAATGATAAAGTTCTACATATTTGTTTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-GTTACTTATCACGAGCCACAGACTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTTCCTTTCTTTCTTCCTCTTATAAAA
gi|10 : TAAGTTCAACATATTTGTCTTT--ATTAAGTTTGCAAAATAAGAGAACCTGTCATTGCAGGTTGGCTGCTGCTTCTGTTGAA-ATCATTTATCACGAACCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATAACAA-AACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCG
gi|11 : AACTATATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCGCTCTTCTTCTTTTGTTTCT--CTCTTATAAAA
gi|12 : AGTTTGCAAAATAATAAAACCTGTCAATGAAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCAGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAAAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCctcaactaaatattgttttgttttgttttcttctcttttccataatactcgtcaatgcttttggttttgtaatgtattttatgccattgttaaacaaacga
gi|13 : ttTAAGTTTGCAAAATAGTAGAACCTGTCAATGCCAGTTGACTGCTGTTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGTCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGa
gi|16 : AAGAAAATTGTAAAAACAATACATAATTTTATTTAA-CAGCAAAAAGATT--------AATAATGATTTAGATCTACATATTTGTTTTA--ATTAAGTT
gi|19 : aatGGGAGATGAACTATCAAAATAACTGTATATAAACTTTGTTATGCAGCAACTAACTCGCTCTATCTCTTTCTTCTat
gi|2 : AAAAACCTGTTGAATCAGTTCATGATTTTATTAAATCAACAACAAAATTTAACGATTAATAATTATTAAGTTCTACATATTTGATTTT--TTTAAGTTTACAAACTAATATAACCTGTCAATGCAGGTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATTGCGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGCCAAACAGATGAGAAGTGAACTATCAAAATAACTGTTTATAAACTTTGTGATGCAGCAACTAA
gi|22 : cATAAACTTTGTTATGCCGCAACTGACTCGCTC
gi|3 : TGTTGAACAT--CTTATCACGAGCCGCTGACGGTTAGAGGGAGGTGCCAAAAAGATGAGAAGTGATCTATCAAAATAAATGTATATATCCCTTGTTATACAGCAACAAACTCGCTCTATCTCTTTTTTCTTCTTTTCTTTCT--ATCTTCTAAAA
gi|4 : catactatAACTAGCTATATCTCTTTCTTCTTC--------CT--CTCTTCTAAAAtacaacttagtattgttttttttctcgtttccatatttgtaaatgattttggttatgttatgtattttatgccattgttaacaaacga
gi|6 : ACAAAAAGATTTACCGACTACTAATGAATTAGTTCTACATATTTGTTTTTTTATTATGTTTGCAAAATAATAGAATCTGTCGATGGCGTTTGACTGCTGCTTCTGTTGAA-ATTACTTATCACGAGCCGCTGGCTGTTAGTGGGAGGTGTCAAACAGATGAGAAGTGAACTATTAAATTAACTGTATATAAACTTT-TTATGCAGCAACTAACTCctcaattaaatattgttgttttttctcttttccataatatttgtaaatgaatttgttttttaaaatgtatttcatgccattgttaaaaaacgattgtattctatataggggaaggaccgaatcgaatgttgacagagcttgtgacccaaccccatttcctgtaaataataaaataaaatatgtttaaactaaact
gi|7 : GAAAATTGTTGAATCAGTATGTAATGTTATTAAAACAATAAAAATATTTAACGATTAATAATGATTA-------CACATTTGTTTTT--ATTAA------AAAATA-TAGAACCTGTCAATGCCAGTTAACTGCTGCTTATGTTGAA-ATTACTTATCACGAGTCGCTGGTTGTTAGCGGGAGATGCCAAACAGATGGGAAGTAAATTATCAAAATAACTGGTTATAAACTtttc
gi|8 : AACAAAATTGTTGAATCAGTACAGACTTTTATTTAAACATCAAAACGATTGAACGATTAATAATGATTAAATTCTACATATTTGTTTTT--ATCATGTTTCAAAAATAAT--AACCTGTCAATGCAAGTTGACTGCT----------AA-AATACTCATCACGAGCCGCTGGGTGTTGGTGTGAGGTGCCAAACAGATGAGAA-TGAACTATCAAAATAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTCCTTCTCCTTTATCTTTTCCACTCTCATAAATTTTCCTCTTCCCTCTTCAATCATATGTGTAAATGTCTTTAGTTTGTAATATATTTTATGTCAATTTTAATCAAATCGGTGTCTAGTCTGTAGGAGGATGGACGAGAATTTAATATTGGTAAATCTTGTGAACCACTCTAATTTCAAAAATAGCACTGAAAAACATGTGTGTTAAAGCAAAATAAACTTA
Unaligned ( gi|9 ): TTTTCTCTCTCAGATCTTATTCTCATACAATACAATGCTGTCTTTCTTTTCTCCATATTTATGATATCTGTTTACAAATGCAATATTCAATATATTATTTGTTAAACTGTAGGTGAGGGTTAAATCTAATGTTGGAAGAACTTGTTTCGACCCAACCCCGTGTCTCTATTATAAACATAATTAAAATATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|14 ): TAATCTCTGTTACTAGCTTTTTCTTTTCTGTCTCTACTCTTTTCTCTCTGTCTCTTTTAAATCTCAGTTAGATATTGTTCTTATTCTCTTATTCTATATGTGTATGTTTTTTAGTTTTGTAAAGTAGTTCTTGCCATTGTTAATCAAGCGA
Unaligned ( gi|15 ): AACACTTATCCCTATTTTCTGCATTTATATATTTTTTCATATTCAACACTCATCTGACCCCCAGAGAGGGTCGAATTTAATGTTGGAAGACCTTGTGGCCTAACCCAATTTCTATATTATAAATAGAAATAAAATATGTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TAATGTTGGAAAAAAATTGTAGCCCAACCCCCCTTTTCTGTATACATGCATGTATATAAATAGAAATAACATATGTTTAAACAA
Unaligned ( gi|18 ): AGGATTGAAACTAATATTTGACGAACACGTGGTGAAATCCATTTTCTATATTATAAATAGAAATAAAGTATGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTTGGACGAACATGTGACCCAACCCCATTTCTGTATTATAAATAGAAATAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GTTTACAATTGCCATACTCAATATGTTATTTGTTAAATTGTAG