lowQualScore                  :                               1     222222                   4444444444444444                            22                              1          1                              222                   111                          2222222222222222222222                 1                  111                                              22                             1               111      1                           333333                                                   11111     11111111111      2222         444444444444444444444444                   5555555555555555555555555555555555555555555555555            2222                    
lowQualScore                  :             1         2    0  1  66 555555 5     7   3 3     4444444444444444       7      999999  3     66      9           3           4      3   1            33            77  111                   444   5 0       7       2    0000000000000000000000     4           6          777     222               4                0             77            6    8 2  2      4      6        555  4   3 555  0          5         000000            888888 5   77777    3      0           33333     66666666666 3    1111 6666  2 333333333333333333333333                33 7777777777777777777777777777777777777777777777777    77777   0000             6      
lowQualScore                  :             .         .    .  .  .. ...... .     .   . .     ................       .      ......  .     ..      .           .           .      .   .            ..            ..  ...                   ...   . .       .       .    ......................     .           .          ...     ...               .                .             ..            .    . .  .      .      .        ...  .   . ...  .          .         ......            ...... .   .....    .      .           .....     ........... .    .... ....  . ........................                .. .................................................    .....   ....             .      
lowQualScore                  :             1         0    1  3  11 666666 6     5   3 6     1111111111111111       5      666666  3     88      6           7           2      6   4            11            99  111                   111   7 1       8       2    0000000000000000000000     0           8          000     555               0                3             77            1    6 9  9      2      0        444  8   1 444  2          6         222222            888888 5   77777    1      4           11111     77777777777 1    9999 1111  9 000000000000000000000000                99 9999999999999999999999999999999999999999999999999    77777   3333             0      
consensus                     :  AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTA--G------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--TGACG--GATANT-TATGCCTAATTTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACGTCTCGTGTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GT--TTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAT--G--A-----G-----TTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAA-T-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGT---AGCACATTGTGTTTATCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTT----GA-----TATGATN--NT----AT-T---T----G-N----TN---GGGTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--GTG-----GGT-AT----G-GA---GG-GTTG-GG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( gi|1 )            :  AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATA--G------TAACTTTGGCCATGTAGCC--TTACC--AAAAGT-TATGCCTTATTTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACATCTGGTGTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GT--ATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A-----G-----TTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAA-T-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACT---AGCACATTGTGTTCATCATCATT--CC--AGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTT----AA-----TATGATA--AT----AT-T---T----G-A----TA---AAATTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--GTG-----GGT-AT----G-GA---GG-GTTG-GG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|2                          :  AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATA--G------TTACATTTGCCATGTAGCC--TGACG--AATAGT-TATGCCTAGTTTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACGTCTCTTGTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GT--TTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A-----G-----TTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAATC----------TATAATATGA-T-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGT---AGAACATTGTGT---TTATCATT--CT--A-GGACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTT----AA-----TATGATT--AT----AT-TG--TTTTAG-G----TA---AACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--GCG-----TGT-GC----G-G----------G-GG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|5                          :  AGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTA--G------TGATTTTGGCCGTGTAGCC--TGGCC--GAAAGT-TATGCCTAATTCAA------TA-TATTT------TATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACGTCTCGCGTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GT--TTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A-----G-----TTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAA-T-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTA---TCCGCTGCTTGGAGTACATT-------------TC--TC--AGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTT----GA-----TATGATT--AT----AT-TGCAT----GTG----TT---ACGTTTGTAGAAGT
gi|4                          : cAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTA--G------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATTG----GATATG-TATGCCTTGTTTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAATACta
gi|3                          :  AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAGCG------TA--TTTGGCCGTGTAGTC--TGATG--GATACT-TATGAATAATCTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATGTCTCGTGCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GT--TTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCAC-TTCCA----AT--G--AAAAGTG-----TTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCA-T-CT-TTTTTCAgtcccccatgatgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|8                          : cAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTA--G------TGACATTTGCCGTTTAGTC----AAT--GGATATGTATGCCTTATTTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACgggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|9                          :  AGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTA--G------TGACTTTTGCCGTTTAGCC----ACTTGGATATG-TATGCCTTGTTTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGTCTggatcccatgaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|14                         :  AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTA--A------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATTG----GATATG-TATGCCTTGTTCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|19                         : cAAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTA--GACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCC--TGACA--GATATT-TATGCCTAATTCAA------TA-TATTTTTGTGTTaaccaacgtatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|18                         :  AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTA--GACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCC--TGACG--GATAAT-TATGCCTAATTCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|15                         :                                               TTTGGCCGTGTTGTC--TGACA--GATAGT-TATGCTTAATCTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACATGTCGTGTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GT--TTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A-----G-----TTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|6                          :                                                   GCCATGTAGTC--TGACG--GATAAT-TATGCCTAATTTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACGTCTCATGTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GT--TTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACT
gi|7                          :                                                                                   ctcaTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACATGCGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATA--GACATTTTAACCA-CATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A-----G-----ATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAA-T-TA-TTTTTCTTTAGTGCTGTATC-CATTGCA--AGT---AG-AAA-TGT-TTCATAATCATT--TCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATTT-----A-----T---------T----AT-T---T----G------TT---GACTTTATAGAAATGAAACG--T---------T--GCG-----GTT-CT---------------TC------TAAG-----TCTAAT-TGGGAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|21                         :                                                                                                                     attacggctgatgtGTGGCAAATACGACTTCTCGTGTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GT--TTACATATCAACATCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                         TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A-----G-----TTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-T-TT-CT-----TCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGT---AGCACATTGTGTTTATTATCATT--TCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTT----GA-----TATGATT--GT----AT-A---T----T-ACTTTTT---AGGTTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-GTG-----GGA-A--------A---GG-GC----G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                 TCCCAT--GAA--A--A-----G-----TTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAC-T-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGT---AGCACATGTTGTTTGTCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGAAAAG-----TGTGATA--ATGAGGGT-TG--T----G-G----TT---AAATCTG
gi|9                          :                                                                                                    aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaTTCCAT--GAAAAG--A-----G-----TTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTattggggaacttgattttgcc
gi|4                          :                                                                                                     aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcCCAT--GAT--GGGA-----G-----TTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAATT-TT-CTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGT---AGCACATTGTGTTTGTCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTT----GA-----TTTGATATTTT----AT-T---T----G-T----TA---GGG-TTGTAGAAATGAAAAG------------T--GT------GAT-AA----A-GA---GG-GTTG-GGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|14                         :                                                                                                         aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtcccT--CAT--G--A-----AACTATTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAG-CCCGGTGTGACTTTAATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                        caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtattCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAA-T-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGT---AGCACATTGTGTTGATCATCATT--CT--ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTT----AT-----CATGATA--AT----AT-T---T----T-A----TT---TGGTTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--GTG-----TGT-GT----GTGATTCGGTGTTG-GG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCA
gi|17                         :                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGAC-TTAACACAA-T-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGT---AGAGCATTGTGTTTAACATCATT--CC--
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAATT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGT---AACACATTGTGTTTATCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTT----GT-----TAT-------T----AT-T---T----G-T----TA---GGGTTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCGTGATAATGGT-GT----A-GG---GG-AT----G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAATT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGT---AACACATTGTGTTTATCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTT----GA-----TAT-------T----AT-T---T----G-T----TA---GGGTTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--GTGATAATGGTGAT----G-G----GG-AT----G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAA-T-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGT---AGTACATTGTGTTTGTCATCATTTCTC--AGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTT----GA-----TTTGATATTTT----AT-T---T----G-T----TA---GGG-TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--GTGT----GATAAT----G-AG---GG-ATTG-GT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTa
gi|13                         :                                                                                                                                                                         aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcttccatgaaaagagttatcttaacaaatatagCTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAA-TGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGT---AGCACATTGTGTTTGTCATCATTTCTC--AGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTT----GA-----TTTGATATTTT----AT-T---T----G-T----TA---GAG-TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--GTGT----GAT-AA----A-GA---GG-GTTG-GGATTAAG-----TCTTAT-TTGGAACTTGATTTttc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAA-C-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGT---AGCACATTGTGTTTATCCTCATTTCTC--AGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTT----GATTTGGTATGATT--AT----AT-T---T----T-AT---TAGTTAGGTTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--TT-------GT-GT----G-AA---GG---TG-GA--Tatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCTTT-TT--TC--AGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTT----GG-----TGTGATT--AT----AT-T---T----T-ACTTTTT---AGGCATGTAGAAATAAAATG--TTGATTG---T--GTG-----CGT-GTGAGCG-GA---GC-GGCG-GA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                         caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactcTGATA--TT----TTAT---T----G-G----TT---AGGGTCGTAGAAATGAAAAG--T---------A--ATG---------AT----GAGA---AG-GAGG-GG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtTGAAAAG--T------------GTG-----ATA-AT----G--A---GG-GTTGTGGT-TAAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                    aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggatcccatgaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaattAAG--T---------T--GTGT----GAT-AT----T-GA---GG-GTTG-GGGTTAAG-----TCT--------AATTTGATTTCACCAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                222222                                                                                                                                                                                                 111111                                        111                                                                     1                                                                                                                11111               1111111             11111111     111111                   44444444444444444444444444444444444444444444444444444                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                333333             3     3   44     1        2  555    888888  3      5      1                               44      4                        66                            5                      666 555555 55      3                      666     111               3                                                  2  0                                               2                         888888     77777    2                  22222       66666   8888888   8888 444  66666666 3   000000                33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999    77777                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ......             .     .   ..     .        .  ...    ......  .      .      .                               ..      .                        ..                            .                      ... ...... ..      .                      ...     ...               .                                                  .  .                                               .                         ......     .....    .                  .....       .....   .......   .... ...  ........ .   ......                .. .....................................................    .....                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                000000             0     5   66     0        2  444    888888  1      2      6                               66      0                        99                            0                      555 333333 55      6                      444     444               0                                                  7  7                                               9                         222222     11111    9                  11111       77777   3333333   3333 777  66666666 6   111111                77 55555555555555555555555555555555555555555555555555555    11111                           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTAT----T---TG---T----TNGGG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( family-80 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATNNTAT----T---TG---N----TNGGG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATAG------TAACTTTGGCCATGTAGCCTTAC--CAAAAGTTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACA--TCTGGT-GTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GTATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAAT-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACTAGCACATTGTGTTC-ATCATCATT--CCAGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAA-----TATG--ATAATAT----T---TG---A----TAAAA-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A--GTTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-------TTTCTTCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATTATCATTTCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTTGA-----TATG--ATTGTATA---T---TACTTT----TTAGG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-G------TG-----GGA-A-------A---GG-GC---G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TAT-------TAT----T---TG---T----TAGGG-----TTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--G------TGATAATGGTGATG----G----GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGT-----TAT-------TAT----T---TG---T----TAGGG-----TTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCG------TGATAATGGT-GTA----GG---GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAATGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTTGA-----TTTGATATTTTAT----T---TG---T----TAGAG------TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TGT----GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGATTAAG-----TCTTATTT-GGAACTTGATTTCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTAA------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAAACCAACG--Tatc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAGCCC-GGTGTGACTTTAATATatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtatttcatgaaactatTTTGGCCGTGTTGTCTGAC--AGATAGTTATGCTTAAT---CTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACA--TGTCGT-GTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GTTTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAAC-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCCTCATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTTGATTTGGTATG--ATTATATTTTAT---TA---G----TTAGG-----TTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--T------T-------GT-GTG----AA---GG---TGGA--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGACTT-AACACAAT-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGAGCATTGTGTTT-AACATCATTCCg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTAGACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTAGACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--AGATATTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATAG------TTACATTTGCCATGTAGCCTGAC--GAATAGTTATGCCTAGT---TTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACG--TCTCTT-GTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GTTTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAAT----------CTATAATATGAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGTAGAACATTGTGTTT-ATCA----TTCT-AG-GACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTTAA-----TATG--ATTATAT----T---GT---T----TTAGGTAAACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--G------CG-----TGT-GCG----G----------GGG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGA-----TAT-----TTTAT----T---GG---T----TAGGG-----TC-GTAGAAATGAAAAG--T---------A--A------TG---------ATGA---GA---AG-GAGGGG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTGGCAAATACGACT--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GTTTACATATCAACATCT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAG--T---------T--G------TGT----GAT-ATT----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATT--------TGATTTCACCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAG------CGTATTTGGCCGTGTAGTCTGAT--GGATACTTATGAATAAT---CTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATG--TCTCGT-GCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GTTTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCACTTCCAAT--GAA--A--AGTGTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCAT-CT-TTTTTC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTCATCTTTTTTCAGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTTGG-----TGTG--ATTATAT----T---TT---ACTTTTTAGG-----CATGTAGAAATAAAATG--T---------T--GATTGTGTG-----CGT-GTGAGCGGA---GC-GGCGGA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATagggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|4                          : caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactctAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTAG------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAAT---ACG--TCCCCC-ATGAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCAT--GAT--GGGA--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAAT-TTTCTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTAT----T---TG---T----TAGGG------TTGTAGAAATGAAAAG------------T--G------T------GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtccAGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTAG------TGATTTTGGCCGTGTAGCCTGGC--CGAAAGTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTT------ATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACG--TCTCGC-GTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GTTTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAAT-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTATCCGCTGCTTGGAGTA----------------CATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTTGA-----TATG--ATTATAT----TGCATGT--G----TTACG-----TTTGTAGAAGT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cGCCATGTAGTCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACG--TCTCAT-GTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GTTTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAAT-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGTAGCACATTGTGTTG-ATCATCATT-CT-ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAT-----CATG--ATAATAT----T---TT---A----TTTGG-----TTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--G------TG-----TGT-GTGT---GATTCGGTGTTGGG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTTACGGCTGATGTTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACA--TG-CGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATAGACATTTTAACCAC-ATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A--GATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAAT-TA-TTTTTCTTTAGTGCTG---TATCCATTGCAAGTAGAA----ATGTTTCATAATCATTTCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATT---------------TATTAT----T---TG--------TTGAC-----TTTATAGAAATGAAACG--T---------T--G------CG-----GTT-CT--------------TC-----TAAG-----TCTAA-TTGGGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTAG------TGACATTTGCCGTTTAGTC-AAT--GGATATGTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGGATCCCAT-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCCAT--GAA--A--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATACT-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGTAGCACATGTTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGA-----AAAG--------T----G---TG---A----T-----------------AATG-AGGG--T---------T--G------T-----------------------G-GTT------AAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCCaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                  aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaAGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--ACTTGGATATGTATGCCTTGT---TTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACG--TCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCCAT--GAAAAG--A--GTTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcAATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGTACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTAT----T---TG---T----TAGGG------TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--G------TGT----GATAATG----AG---GG-ATTGGT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTTcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                222222                                                                                                                                                                                                 111111                                        111                                                                     1                                                                                                                11111               1111111           1111                                   55555555555555555555555555555555555555555555555555555                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                333333             1     3   44     1        1  555    888888  3      5      1                               44      4                        66                            5                      666 222222 55      3                      666     111               3                                                  2  0                                               2                         888888     77777    2                  22222       66666 0 7777777  2 2 444  0000 2 77777  888888                33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    77777                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ......             .     .   ..     .        .  ...    ......  .      .      .                               ..      .                        ..                            .                      ... ...... ..      .                      ...     ...               .                                                  .  .                                               .                         ......     .....    .                  .....       ..... . .......  . . ...  .... . .....  ......                .. .....................................................    .....                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                000000             0     5   66     0        0  444    888888  1      2      6                               66      0                        99                            0                      555 333333 55      6                      444     444               0                                                  7  7                                               9                         222222     11111    9                  11111       77777 5 9999999  7 7 777  3333 7 99999  555555                77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    11111                           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-T---TG----T-TAG---GG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( family-80 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-T---TG----T-TNG---GG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATAG------TAACTTTGGCCATGTAGCCTTAC--CAAAAGTTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACA--TCTGGT-GTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GTATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAAT-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACTAGCACATTGTGTTC-ATCATCATT--CCAGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAA-----TATG--ATAATA-T-T---TG----A-TAA---AA-----TTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A--GTTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-------TTTCTTCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATTATCATTTCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTTGA-----TATG--ATTGTA-TAT---TACTT-T-TTA---GG-----TTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-G------TG-----GGA-A-------A---GG-GC---G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TAT-------TA-T-T---TG----T-TAG---GG-----TTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--G------TGATAATGGTGATG----G----GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGT-----TAT-------TA-T-T---TG----T-TAG---GG-----TTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCG------TGATAATGGT-GTA----GG---GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAATGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-T---TG----T-TAG---AG------TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TGT----GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGATTAAG-----TCTTATTT-GGAACTTGATTTCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTAA------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAAACCAACG--Tatc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAGCCC-GGTGTGACTTTAATATatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtatttcatgaaactatTTTGGCCGTGTTGTCTGAC--AGATAGTTATGCTTAAT---CTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACA--TGTCGT-GTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GTTTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAAC-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCCTCATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTTGATTTGGTATG--ATTATATT-T---TA----T-TAGTTAGG-----TTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--T------T-------GT-GTG----AA---GG---TGGA--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGACTT-AACACAAT-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGAGCATTGTGTTT-AACATCATTCCg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTAGACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTAGACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--AGATATTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATAG------TTACATTTGCCATGTAGCCTGAC--GAATAGTTATGCCTAGT---TTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACG--TCTCTT-GTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GTTTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAAT----------CTATAATATGAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGTAGAACATTGTGTTT-ATCA----TTCT-AG-GACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTTAA-----TATG--ATTATA-T-T---GT----T-TTA---GGTAAACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--G------CG-----TGT-GCG----G----------GGG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGA-----TAT-----TTTA-T-T---GG----T-TAG---GG-----TC-GTAGAAATGAAAAG--T---------A--A------TG---------ATGA---GA---AG-GAGGGG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTGGCAAATACGACT--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GTTTACATATCAACATCT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAG--T---------T--G------TGT----GAT-ATT----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATT--------TGATTTCACCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAG------CGTATTTGGCCGTGTAGTCTGAT--GGATACTTATGAATAAT---CTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATG--TCTCGT-GCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GTTTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCACTTCCAAT--GAA--A--AGTGTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCAT-CT-TTTTTC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTCATCTTTTTTCAGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTTGG-----TGTG--ATTATA-T-T---TTACTTT-TTA---GG-----CATGTAGAAATAAAATG--T---------T--GATTGTGTG-----CGT-GTGAGCGGA---GC-GGCGGA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATagggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|4                          : caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactctAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTAG------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAAT---ACG--TCCCCC-ATGAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCAT--GAT--GGGA--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAAT-TTTCTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-T---TG----T-TAG---GG------TTGTAGAAATGAAAAG------------T--G------T------GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtccAGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTAG------TGATTTTGGCCGTGTAGCCTGGC--CGAAAGTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTT------ATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACG--TCTCGC-GTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GTTTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAAT-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTATCCGCTGCTTGGAGTA----------------CATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTTGA-----TATG--ATTATA-T-TGCATG----TGTTA---CG-----TTTGTAGAAGT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cGCCATGTAGTCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACG--TCTCAT-GTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GTTTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAAT-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGTAGCACATTGTGTTG-ATCATCATT-CT-ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAT-----CATG--ATAATA-T-T---TT----A-TTT---GG-----TTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--G------TG-----TGT-GTGT---GATTCGGTGTTGGG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTTACGGCTGATGTTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACA--TG-CGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATAGACATTTTAACCAC-ATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A--GATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAAT-TA-TTTTTCTTTAGTGCTG---TATCCATTGCAAGTAGAA----ATGTTTCATAATCATTTCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATTT-A-----T---------TA-T-T---TG----T-T-G---AC-----TTTATAGAAATGAAACG--T---------T--G------CG-----GTT-CT--------------TC-----TAAG-----TCTAA-TTGGGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTAG------TGACATTTGCCGTTTAGTC-AAT--GGATATGTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGGATCCCAT-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCCAT--GAA--A--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATACT-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGTAGCACATGTTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGA-----AAAG---------------TG----T-------GA-----T-------AATG-AGGG--T---------T--G------T------GGT------------------------TAAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCCaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                  aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaAGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--ACTTGGATATGTATGCCTTGT---TTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACG--TCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCCAT--GAAAAG--A--GTTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcAATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGTACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-T---TG----T-TAG---GG------TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--G------TGT----GATAATG----AG---GG-ATTGGT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTTcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                222222                                                                                                                                                                                                 111111                                        111                                                                     1                                                                                                                11111               1111111          1111111111111    1111111111                   55555555555555555555555555555555555555555555555555555                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                333333             1     3   44     1        1  555    888888  3      5      1                               44      4                        66                            5                      666 222222 55      3                      666     111               3                                                  2  0                                               2                         888888     77777    2                  22222       66666 0 7777777  2 66666 1111111111111    1111111111                33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    77777                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ......             .     .   ..     .        .  ...    ......  .      .      .                               ..      .                        ..                            .                      ... ...... ..      .                      ...     ...               .                                                  .  .                                               .                         ......     .....    .                  .....       ..... . .......  . ..... .............    ..........                .. .....................................................    .....                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                000000             0     5   66     0        0  444    888888  1      2      6                               66      0                        99                            0                      555 333333 55      6                      444     444               0                                                  7  7                                               9                         222222     11111    9                  11111       77777 5 9999999  7 77777 7777777777777    3333333333                77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    11111                           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( family-80 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATAG------TAACTTTGGCCATGTAGCCTTAC--CAAAAGTTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACA--TCTGGT-GTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GTATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAAT-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACTAGCACATTGTGTTC-ATCATCATT--CCAGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAA-----TATG--ATAATA-T-----T-----T-G-----ATAA---A----ATTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A--GTTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-------TTTCTTCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATTATCATTTCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTTGA-----TATG--ATTGTA-TATTACT-----T-T-----TTA----G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-G------TG-----GGA-A-------A---GG-GC---G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--G------TGATAATGGTGATG----G----GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGT-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCG------TGATAATGGT-GTA----GG---GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAATGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---A----G-TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TGT----GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGATTAAG-----TCTTATTT-GGAACTTGATTTCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTAA------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAAACCAACG--Tatc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAGCCC-GGTGTGACTTTAATATatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtatttcatgaaactatTTTGGCCGTGTTGTCTGAC--AGATAGTTATGCTTAAT---CTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACA--TGTCGT-GTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GTTTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAAC-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCCTCATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTTGATTTGGTATG--ATTATATT-----T-----T-A-----TTAGTTAG----GTTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--T------T-------GT-GTG----AA---GG---TGGA--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGACTT-AACACAAT-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGAGCATTGTGTTT-AACATCATTCCg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTAGACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTAGACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--AGATATTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATAG------TTACATTTGCCATGTAGCCTGAC--GAATAGTTATGCCTAGT---TTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACG--TCTCTT-GTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GTTTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAAT----------CTATAATATGAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGTAGAACATTGTGTTT-ATCA----TTCT-AG-GACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTTAA-----TATG--ATTATA-T-----TG----T-T-----TTAG---GTAAACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--G------CG-----TGT-GCG----G----------GGG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGA-----TAT-----TTTA-T-----T-----G-G-----TTAG---G----GTC-GTAGAAATGAAAAG--T---------A--A------TG---------ATGA---GA---AG-GAGGGG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTGGCAAATACGACT--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GTTTACATATCAACATCT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAG--T---------T--G------TGT----GAT-ATT----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATT--------TGATTTCACCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAG------CGTATTTGGCCGTGTAGTCTGAT--GGATACTTATGAATAAT---CTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATG--TCTCGT-GCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GTTTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCACTTCCAAT--GAA--A--AGTGTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCAT-CT-TTTTTC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTCATCTTTTTTCAGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTTGG-----TGTG--ATTATA-T-----T-----T-TACTTTTTAG---G-----CATGTAGAAATAAAATG--T---------T--GATTGTGTG-----CGT-GTGAGCGGA---GC-GGCGGA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATagggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|4                          : caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactctAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTAG------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAAT---ACG--TCCCCC-ATGAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCAT--GAT--GGGA--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAAT-TTTCTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAATGAAAAG------------T--G------T------GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtccAGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTAG------TGATTTTGGCCGTGTAGCCTGGC--CGAAAGTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTT------ATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACG--TCTCGC-GTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GTTTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAAT-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTATCCGCTGCTTGGAGTA----------------CATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTTGA-----TATG--ATTATA-T-----TGCATGT-G-----TTA----C----GTTTGTAGAAGT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cGCCATGTAGTCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACG--TCTCAT-GTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GTTTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAAT-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGTAGCACATTGTGTTG-ATCATCATT-CT-ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAT-----CATG--ATAATA-T-----T-----TTA-----TT-T---G----GTTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--G------TG-----TGT-GTGT---GATTCGGTGTTGGG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTTACGGCTGATGTTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACA--TG-CGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATAGACATTTTAACCAC-ATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A--GATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAAT-TA-TTTTTCTTTAGTGCTG---TATCCATTGCAAGTAGAA----ATGTTTCATAATCATTTCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATTT-A-----T---------TA-T-----T-----T-G-----TT-G---A----CTTTATAGAAATGAAACG--T---------T--G------CG-----GTT-CT--------------TC-----TAAG-----TCTAA-TTGGGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTAG------TGACATTTGCCGTTTAGTC-AAT--GGATATGTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGGATCCCAT-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCCAT--GAA--A--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATACT-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGTAGCACATGTTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGA-----AA---------------------------------AG-----------TGTGATAATG-AGGG--T---------T--G------T------GGT------------------------TAAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCCaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                  aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaAGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--ACTTGGATATGTATGCCTTGT---TTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACG--TCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCCAT--GAAAAG--A--GTTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcAATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGTACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--G------TGT----GATAATG----AG---GG-ATTGGT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTTcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                222222                                                                                                                                                                                                 111111                                        111                                                                     1                                                                                                                11111               1111111          1111111111111    1111111111                   55555555555555555555555555555555555555555555555555555                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                333333             1     3   44     1        1  555    888888  3      5      1                               44      4                        66                            5                      666 222222 55      3                      666     111               3                                                  2  0                                               2                         888888     77777    2                  22222       66666 0 7777777  2 66666 1111111111111    1111111111                33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    77777                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ......             .     .   ..     .        .  ...    ......  .      .      .                               ..      .                        ..                            .                      ... ...... ..      .                      ...     ...               .                                                  .  .                                               .                         ......     .....    .                  .....       ..... . .......  . ..... .............    ..........                .. .....................................................    .....                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                000000             0     5   66     0        0  444    888888  1      2      6                               66      0                        99                            0                      555 333333 55      6                      444     444               0                                                  7  7                                               9                         222222     11111    9                  11111       77777 5 9999999  7 77777 7777777777777    3333333333                77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    11111                           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( family-80 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATAG------TAACTTTGGCCATGTAGCCTTAC--CAAAAGTTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACA--TCTGGT-GTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GTATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAAT-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACTAGCACATTGTGTTC-ATCATCATT--CCAGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAA-----TATG--ATAATA-T-----T-----T-G-----ATAA---A----ATTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A--GTTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-------TTTCTTCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATTATCATTTCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTTGA-----TATG--ATTGTA-TATTACT-----T-T-----TTA----G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-G------TG-----GGA-A-------A---GG-GC---G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--G------TGATAATGGTGATG----G----GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGT-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCG------TGATAATGGT-GTA----GG---GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAATGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---A----G-TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TGT----GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGATTAAG-----TCTTATTT-GGAACTTGATTTCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTAA------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAAACCAACG--Tatc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAGCCC-GGTGTGACTTTAATATatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtatttcatgaaactatTTTGGCCGTGTTGTCTGAC--AGATAGTTATGCTTAAT---CTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACA--TGTCGT-GTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GTTTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAAC-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCCTCATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTTGATTTGGTATG--ATTATATT-----T-----T-A-----TTAGTTAG----GTTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--T------T-------GT-GTG----AA---GG---TGGA--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGACTT-AACACAAT-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGAGCATTGTGTTT-AACATCATTCCg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTAGACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTAGACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--AGATATTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATAG------TTACATTTGCCATGTAGCCTGAC--GAATAGTTATGCCTAGT---TTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACG--TCTCTT-GTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GTTTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAAT----------CTATAATATGAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGTAGAACATTGTGTTT-ATCA----TTCT-AG-GACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTTAA-----TATG--ATTATA-T-----TG----T-T-----TTAG---GTAAACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--G------CG-----TGT-GCG----G----------GGG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGA-----TAT-----TTTA-T-----T-----G-G-----TTAG---G----GTC-GTAGAAATGAAAAG--T---------A--A------TG---------ATGA---GA---AG-GAGGGG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTGGCAAATACGACT--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GTTTACATATCAACATCT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAG--T---------T--G------TGT----GAT-ATT----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATT--------TGATTTCACCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAG------CGTATTTGGCCGTGTAGTCTGAT--GGATACTTATGAATAAT---CTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATG--TCTCGT-GCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GTTTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCACTTCCAAT--GAA--A--AGTGTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCAT-CT-TTTTTC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTCATCTTTTTTCAGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTTGG-----TGTG--ATTATA-T-----T-----T-TACTTTTTAG---G-----CATGTAGAAATAAAATG--T---------T--GATTGTGTG-----CGT-GTGAGCGGA---GC-GGCGGA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATagggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|4                          : caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactctAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTAG------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAAT---ACG--TCCCCC-ATGAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCAT--GAT--GGGA--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAAT-TTTCTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAATGAAAAG------------T--G------T------GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtccAGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTAG------TGATTTTGGCCGTGTAGCCTGGC--CGAAAGTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTT------ATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACG--TCTCGC-GTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GTTTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAAT-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTATCCGCTGCTTGGAGTA----------------CATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTTGA-----TATG--ATTATA-T-----TGCATGT-G-----TTA----C----GTTTGTAGAAGT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cGCCATGTAGTCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACG--TCTCAT-GTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GTTTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAAT-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGTAGCACATTGTGTTG-ATCATCATT-CT-ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAT-----CATG--ATAATA-T-----T-----TTA-----TT-T---G----GTTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--G------TG-----TGT-GTGT---GATTCGGTGTTGGG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTTACGGCTGATGTTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACA--TG-CGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATAGACATTTTAACCAC-ATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A--GATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAAT-TA-TTTTTCTTTAGTGCTG---TATCCATTGCAAGTAGAA----ATGTTTCATAATCATTTCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATTT-A-----T---------TA-T-----T-----T-G-----TT-G---A----CTTTATAGAAATGAAACG--T---------T--G------CG-----GTT-CT--------------TC-----TAAG-----TCTAA-TTGGGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTAG------TGACATTTGCCGTTTAGTC-AAT--GGATATGTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGGATCCCAT-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCCAT--GAA--A--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATACT-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGTAGCACATGTTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGA-----AA---------------------------------AG-----------TGTGATAATG-AGGG--T---------T--G------T------GGT------------------------TAAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCCaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                  aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaAGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--ACTTGGATATGTATGCCTTGT---TTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACG--TCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCCAT--GAAAAG--A--GTTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcAATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGTACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--G------TGT----GATAATG----AG---GG-ATTGGT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTTcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTAAG             T     A   TT     T        T  GTT    ATTAAA  A      T      A                               GA      T                        TT                            G                      GAA TGGG   GT      G                      AAC     AGT               C                                                  G  T                                               C                         ATACAT     ATGAT    T                  TGTTT       TTTGG   GATATTT  T ATTAC TTACTTT          GTAAACT                   TT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTCGGTGTTGGG                       GGTAC
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTAAG             G     T   .      G        A  .      .       .      G      T                               .       .                        .                             .                      T   AAAG   .       .                      .       TA                C                                                  .  T                                               .                         .          .        .                  TTT         .       GATATTT  . .     GCATGTG          TTAGGT                    .  TGATTGTGTGCGTGTGAGCGGAGCGGCGGA                           .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  T     T   .      A        A  .      .       .      T      A                               .       .                        .                             .                      T   AAAG   .       .                      .       .                 C                                                  .  T                                               .                         .          .        .                  .           .       GATATTT  . .     GTT              GGT                       .  TTCGTGATAATGGTGTAGGGGATG                                 .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  T     T   .      T        A  .      .       .      T      T                               .       .                        .                             .                      T   TA     .       .                      .       .                 T                                                  .  T                                               .                         .          .        .                  .           .       GATTG    . .     TTA              GGT                       .  TGTGTGATAAAGAGGGTTGGGAT                                  .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  G     T   .      G        A  .      .       .      T      A                               .       .                        .                             .                      G   TG     .       .                      .       .                 C                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       GATTA    . .     TT               GGT                       .  TGTGTGATATTGAGGGTTGGGGT                                  .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  G     T   .      C        A  .      .       .      A      T                               .       .                        .                             .                      G   TG     .       .                      .       .                 C                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       GATTA    . .     TG               GGT                       .  TGTGATAATGGTGATGGGGATG                                   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  T     A   .      T        T  .      .       .      G      T                               .       .                        .                             .                      A   AA     .       .                      .       .                 T                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       GATTA    . .     TG               CGT                       .  TGTGTGATAATGAGGGATTGGT                                   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  G     T   .      G        A  .      .       .      G      T                               .       .                                                                             G   AG     .       .                      .       .                 C                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       GATTA    . .     TG               GGT                       .  TGTGATAAAGAGGGTTGGGGT                                    .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                  G     T   .      A        A  .      .       .      G      G                               .       .                                                                             G   AA     .       .                      .       .                 C                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       GATAA    . .     TA               ACT                       .  AATGATGAGAAGGAGGGG                                       .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T     .   .      T        G  .      .       .      A      T                               .                                                                                                        .                      .       .                 C                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       TT       . .     GG               AG                        .  TTTGTGTGAAGGTGGA                                         .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T     .   .      T        T  .      .       .      G                                      .                                                                                                                                                         .                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       .        . .     TG               GC                        .  TGGTGGGAAAGGGCG                                          .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T  .      .       .      .                                                                                                                                                                                                .                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       .        . .     TG               GG                        .  TGCGTGTGCGGGGG                                           .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                  .  .                                               .                         .          .        .                  .           .       .        . .     TG               GG                        .  TGCGGTTCTTC                                              .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  .                                                                                                                            .       .        . .     .                .                         .  TGTGGT                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                222222                                                                                                                                                                                                 111111                                        111                                                                     1                                                                                                                11111               1111111          1111111111111    1111111111                   55555555555555555555555555555555555555555555555555555                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                333333             1     3   44     1        1  555    888888  3      5      1                               44      4                        66                            5                      666 222222 55      3                      666     111               3                                                  2  0                                               2                         888888     77777    2                  22222       66666 0 7777777  2 66666 1111111111111    1111111111                33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    77777                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ......             .     .   ..     .        .  ...    ......  .      .      .                               ..      .                        ..                            .                      ... ...... ..      .                      ...     ...               .                                                  .  .                                               .                         ......     .....    .                  .....       ..... . .......  . ..... .............    ..........                .. .....................................................    .....                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                000000             0     5   66     0        0  444    888888  1      2      6                               66      0                        99                            0                      555 333333 55      6                      444     444               0                                                  7  7                                               9                         222222     11111    9                  11111       77777 5 9999999  7 77777 7777777777777    3333333333                77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111    11111                           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
Reference ( family-80 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTNTAGCCTGAC--GGATANTTATGCCTNAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGCAAATACAACG--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACAA--GTTTACATATCAACACCTTTATCGCCAT-CATACTCCTCATCACTTCCCAT--NAN--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTAATATAAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TATG--ATTNTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGCAGAGAGGTAACTAGTTCTAATAG------TAACTTTGGCCATGTAGCCTTAC--CAAAAGTTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTAAGTGTTACTTTACTAACCTCTGATGTGGCAATTACAACA--TCTGGT-GTGATATTAAATCCTGCATTACAA--GTATACATATCAACATCTTTATTGTCAT-CATACTCCTTATCACTTTCCAT--CAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATTGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCATTTTCAATACCAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCCCGTGTGACTTTAACATAAT-TT-CTTTTCATCAGTGTTGTATTATATTTTACTACTAGCACATTGTGTTC-ATCATCATT--CCAGGGACAGTTTC------AGTGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAA-----TATG--ATAATA-T-----T-----T-G-----ATAA---A----ATTTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TG-----GGT-ATG----GA---GG-GTTGGG--TAAG-----TCTAGTGTGGGAACCTGATTCCGCCAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCGCCAT-TATACTCCTCATCACTTCCCGA--TAT--A--A--GTTATT-TTAACAAATCTGGACTTCCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTCAATATCAGTTATTGTATGGCTAGCAAGTCCGGATGTAAATTTAATATAA-------TTTCTTCAGTGCTGTATTATTCGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATTATCATTTCTTAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACGCCCATCTTCTTT--GATTTGA-----TATG--ATTGTA-TATTACT-----T-T-----TTA----G----GTTTGTAGAAATGAAAAG--C---------TG-G------TG-----GGA-A-------A---GG-GC---G--TAAG-----TTTAATTTGGTAACCTGATTTTGTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGTTGTGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTT------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGA-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGGTTT---------T--G------TGATAATGGTGATG----G----GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCAATACCAATAATTTTAGAGCTACCAAGTCCGGGTGTGACTTTATTATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTTTCTGTTGCTGGTAACACATTGTGTTT-ATCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTGT-----TAT-------TA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----GTTT-TAGAAATGAAAGG--T---------TTCG------TGATAATGGT-GTA----GG---GG-AT---G--TAAG-----TCTTATTTGGGAACCTGATTTCGCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTACCAAGTTCGGGTGTGACTTTAATATAATGTT-GTTTTCTTCATTGCTGTATTATCTATTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGACAAAGTTTC------ACTGA-----TTTA-TTTGACTCACCTATCTTT-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---A----G-TTGTAGAAATGAAAAG--T---------T--G------TGT----GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGATTAAG-----TCTTATTT-GGAACTTGATTTCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTATGCACAGAGGT--------CTACTAA------TGACTTTTGCCGTTCAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TCAG------TA-CATTTTTGTGTTAATTTACTAACCTTTGATTTGGAAAAACCAACG--Tatc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTTAGT-TTAACAAATATAGACTTGTTTG---TACTA---CTGTAGATGCATTTT--ATACCAATAATTGTATAGCTACCAAGCCC-GGTGTGACTTTAATATatttcatgaaactatttagtttaacaaatatagacttgtttgtactactgtagatgcattttataccaataattgtatagctaccaagcccggtgtgactttaatat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     caggagtatgcacagaggtctactaatgacttttgccgttcagccaattggatatgtatgccttgttcagtacatttttgtgttaatttactaacctttgatttggaaaaaccaacgtatttcatgaaactatTTTGGCCGTGTTGTCTGAC--AGATAGTTATGCTTAAT---CTAAATTAAATA-TATGTTGGTGTTATTTCACTAACCTCTGATGTGGCACATACAACA--TGTCGT-GTGATAATAAACCCTGCATTACCA--GTTTACATATCAATACCGTTATCGCCAT-C-T-CTCCTCATCACTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATTTAGACTTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTCCGGGTGTGGCGTAAATAAAAC-TT-ATTTTCTTCAGTGCTTTATTATCAGCTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-ATCCTCATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA------TGA-TTTGACACAACCATCTTC-----AATTTGATTTGGTATG--ATTATATT-----T-----T-A-----TTAGTTAG----GTTAGTAGAAATTAAAAG--T---------T--T------T-------GT-GTG----AA---GG---TGGA--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTAGATTCATTTTTAATACTAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCGTGTGTGACTT-AACACAAT-TG-ATTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGAGCATTGTGTTT-AACATCATTCCg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGAGAGGTAACCAGTTGTACTAGACTAAGTGATTTTTGCAGTTTAGCCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGAGTCTGCAGTGAGGTAACCAGTTCTACTAGACTAAGTGACTTTTGCCGTTTAGCCTGAC--AGATATTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTTTGTGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGAGTCTGATGAGAAGTAGCCAGCTTTAATAG------TTACATTTGCCATGTAGCCTGAC--GAATAGTTATGCCTAGT---TTAA------TA-TATTTTTATGTTAATTTACTAACCTCTGATATGGCAATTACAACG--TCTCTT-GTAATATTAAACCCTGCATTACAC--GTTTACATATCAACATCTTTATCGCCAT-CACACTCCTCATCATTTCCCAT--TAT--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACATTCTGG---TACTA---CTTCAGATGTATTTTCAATACCAATAATGTTATAGCTACCAAAT----------CTATAATATGAT-TT-CTTTTCTTCAGTGCTTTATTATCTGTTGATAGTAGAACATTGTGTTT-ATCA----TTCT-AG-GACAGTTTC------AGTGA-----TTGATTTTGACACACCCATCGTC-----AATTTAA-----TATG--ATTATA-T-----TG----T-T-----TTAG---GTAAACTTTGTAGAAATAAAAAG--T---------T--G------CG-----TGT-GCG----G----------GGG--CATG-----TCTAATTTGAAAACCCGATTTCACCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGA-----TAT-----TTTA-T-----T-----G-G-----TTAG---G----GTC-GTAGAAATGAAAAG--T---------A--A------TG---------ATGA---GA---AG-GAGGGG--AAAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTGGCAAATACGACT--TCTCGT-GTGATATTAAACCCTGCATTACGA--GTTTACATATCAACATCT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAG--T---------T--G------TGT----GAT-ATT----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATT--------TGATTTCACCAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTGTCTGCAGAGAG-TAACCAGTTCTACTAG------CGTATTTGGCCGTGTAGTCTGAT--GGATACTTATGAATAAT---CTTA------TA-TATGTTAGAGTTATTTAACTCATCTTTGAAGTGGCAAGTACAATG--TCTCGT-GCGATATTGAGCCCTGAACTACAA--GTTTACCAATTAACACCTTTATCAGCTT-CAAACTCCTCATCACTTCCAAT--GAA--A--AGTGTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGA---TACTA---CTTAAGAAGCATTGTCAAATCCAGTAGGTTTATAGATACCGAGTCCGAGTTTGACTCT----TCAT-CT-TTTTTC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTCATCTTTTTTCAGGGACAGCTTC------AATGAATGATTTGA-TTTGACAAACGTATCTTC-----AGTTTGG-----TGTG--ATTATA-T-----T-----T-TACTTTTTAG---G-----CATGTAGAAATAAAATG--T---------T--GATTGTGTG-----CGT-GTGAGCGGA---GC-GGCGGA---AAG-----TCTAATTTGGGAACCTGATTTCGCCATagggacagcttcaatgaatgatttgatttgacaaacgtatcttcagtttggtgtgattatattttactttttaggcatgtagaaataaaatgttgattgtgtgcgtgtgagcggagcggcggaaagtctaatttgggaacctgatttcgccat
gi|4                          : caggtgtctgcagagagtaaccagttctactagcgtatttggccgtgtagtctgatggatacttatgaataatcttatatatgttagagttatttaactcatctttgaagtggcaagtacaatgtctcgtgcgatattgagccctgaactacaagtttaccaattaacacctttatcagcttcaaactcctcatcacttccaatgaaaagtgttattttaacaaatatagactttctgatactacttaagaagcattgtcaaatccagtaggtttatagataccgagtccgagtttgactctAGGAGTCTGCATAGAGGTAACTAGTTAAAGTAG------TGACTTTTGTCGTTTAGCCAATT--GGATATGTATGCCTTGT---TTGA------TA-TAGTTTGGTGTTAATTGACTAACCTTTGATGTGGAAAAT---ACG--TCCCCC-ATGAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCAT--GAT--GGGA--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTAGATGCAGTTTTAACACAAATAATTTTATAGCTACCAAGTCCAGATGTGACTTTAGTATAAT-TTTCTTTTCGTCAGTGCTGTATTATTTGTTGCTAGTAGCACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATAA-----TTCA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAATGAAAAG------------T--G------T------GAT-AAA----GA---GG-GTTGGGGTTAAG-----TCTAATTTGGGAACTTGATTTCGCCgggagttattttaacaaatatagactttctggtactactgtagatgcagttttaacacaaataattttatagctaccaagtccagatgtgactttagtataattttcttttcgtcagtgctgtattatttgttgctagtagcacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaataattcatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaatgaaaagtgtgataaagagggttggggttaagtctaatttgggaacttgatttcgcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   aggagtctgcatagaggtaactagttaaagtagtgacttttgtcgtttagccaattggatatgtatgccttgtttgatatagtttggtgttaattgactaacctttgatgtggaaaatacgtccAGCAGTCTGCAGAGAGATAACCAGTTATACTAG------TGATTTTGGCCGTGTAGCCTGGC--CGAAAGTTATGCCTAAT---TCAA------TA-TATTTT------ATTTCACTAACCATTGGTGTGGCAAATACAACG--TCTCGC-GTGATATTAAATCTTGAATTACAA--GTTTACAAATCAACACCTGTATCGCCAT-TATACGCACCATCACTTCCCATGAAAA--G--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACTA---CTGTTGATGCATTTTCAATATCAATAATTTTA--------AAGTCCGAGTGTGACTTTAAAGTAAT-TT-CTTTCCTTCAGTGCTGTATTATCCGCTGCTTGGAGTA----------------CATTTCTCAGGGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTCGACACACCCATCTTCTGTTTGATTTGA-----TATG--ATTATA-T-----TGCATGT-G-----TTA----C----GTTTGTAGAAGT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cGCCATGTAGTCTGAC--GGATAATTATGCCTAAT---TTAA------TA-TATTTTGGTGTTATTTTACTAACCTTT-ATGTGGCAAATACAACG--TCTCAT-GTGATATTAAATCCTGCATTACCG--GTTTACATATCAACACCTTTATCTTCAT-CGTACTACTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcaCTTCATCG---TACTA---CTATAGATGTATTTTCAATACTAATAATTT---------CAAGTTCGGGTCAGTCTTTGATATAAT-TT-CTTTTGTTCAGTGCTGTCTTATCTTTTGCTTGTAGCACATTGTGTTG-ATCATCATT-CT-ATAGACAGTTTC------AATGA-----TTGA-TTTGACACACCCATCTTC-----AATTTAT-----CATG--ATAATA-T-----T-----TTA-----TT-T---G----GTTTGTATAAATGAAAAG--TGTGTGTGTGT--G------TG-----TGT-GTGT---GATTCGGTGTTGGG--TGGGGGTACCCTAATTTGGGAACCTCATTTTGCCAatagatgtattttcaatactaataatttcaagttcgggtcagtctttgatataatttcttttgttcagtgctgtcttatcttttgcttgtagcacattgtgttgatcatcattctatagacagtttcaatgattgatttgacacacccatcttcaatttatcatgataatattttatttggtttgtataaatgaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattcggtgttgggtgggggtaccctaatttgggaacctcattttgcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           ctcagccatgtagtctgacggataattatgcctaatttaatatattttggtgttattttactaacctttatgtggcaaatacaacgtctcatgtgatattaaatcctgcattaccggtttacatatcaacacctttatTTACGGCTGATGTTTTAA------TAATAGTTTGGTGTCATTTTACTCACTTGTAATGCGTCAGATACAACA--TG-CGTTGTTATATTAA-----GCATTA-AATTGTTTATACATAGACATTTTAACCAC-ATGCATAGTCCCAATCACTTCCCAT--AAAAAG--A--GATATTGTTAACAAATATAGACTTTCTGG---TACAA---GTGTAGATGCATTATCAATACTGATAATTTTATAGCTACCAATTCCGGGTATGGCTTTAATATAAT-TA-TTTTTCTTTAGTGCTG---TATCCATTGCAAGTAGAA----ATGTTTCATAATCATTTCTTAGAAAC--TTTCATACATAATCA-----TTGA-TTTTA------TATCTT------AATTT-A-----T---------TA-T-----T-----T-G-----TT-G---A----CTTTATAGAAATGAAACG--T---------T--G------CG-----GTT-CT--------------TC-----TAAG-----TCTAA-TTGGGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aAGGAGTCTGCTTAGAGGTAACTAGTTCTACTAG------TGACATTTGCCGTTTAGTC-AAT--GGATATGTATGCCTTAT---TTAA------TA-TATTTTAGTGTTTGTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACGGATCCCAT-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCCAT--GAA--A--A--GTTATT-TTAACAAATATAGACTTTCTTGAACTACTATA-CTGTAGATGCATTTT-AATACCAATAATTTCATAGCTACCTAGTCCGGGTGTGACTTTAATATACT-TT-TCTTTCTTTAGTGCTGTATTGTCTGTTGCTAGTAGCACATGTTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AATGA-----TCGA-TTTGACCCACCTATCTCT-----AATTTGA-----AA---------------------------------AG-----------TGTGATAATG-AGGG--T---------T--G------T------GGT------------------------TAAA-----TCTGATTGGGGAACTTGATTTTGCCaaaagttattttaacaaatatagactttcttgaactactatactgtagatgcattttaataccaataatttcatagctacctagtccgggtgtgactttaatatacttttctttctttagtgctgtattgtctgttgctagtagcacatgttgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaatgatcgatttgacccacctatctctaatttgaaaagtgtgataatgagggttgtggttaaatctgattggggaacttgattttgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                  aggagtctgcttagaggtaactagttctactagtgacatttgccgtttagtcaatggatatgtatgccttatttaatatattttagtgtttgtttactaacctttgatgtggaaaatacaacggaAGGAGTCAGCATAGAGGTGACTAGTTCTACTAG------TGACTTTTGCCGTTTAGCC--ACTTGGATATGTATGCCTTGT---TTAC------TA-TAGTTTGTTGTTATTTTACTAACCTTTGATGTGGAAAATACAACG--TCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCCAT--GAAAAG--A--GTTATC-TTAACAAATATAGAATTTCTGG---TACCAAGTCTGGGTATG-ACTTT-AAT----ATAATTTTtccatgaaaagagttatcttaacaaatatagaatttctggtaccaagtctgggtatgactttaatataattttcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aggagtcagcatagaggtgactagttctactagtgacttttgccgtttagccacttggatatgtatgccttgtttactatagtttgttgttattttactaacctttgatgtggaaaatacaacgtcAATTTC-TGG-TACCAAGTCTGGGTATGACTTTAATATAAT-TTTCTTTTCTTCAGTGCTGTATTATCTTTTGCTAGTAGTACATTGTGTTT-GTCATCATTTCTCAGAGACAGTTTC------AACGA-----TTTA-TTTGACCCACCTATCTTC-----AATTTGA-----TTTGATATTTTA-T-----T-----T-G-----TTAG---G----G-TTGTAGAAAAGAAAAG--T---------T--G------TGT----GATAATG----AG---GG-ATTGGT--CAAG-----TCTAATTTGGGAACTTAACTTcttttcttcagtgctgtattatcttttgctagtagtacattgtgtttgtcatcatttctcagagacagtttcaacgatttatttgacccacctatcttcaatttgatttgatattttatttgttagggttgtagaaaagaaaagttgtgtgataatgagggattggtcaagtctaatttgggaacttaactttc