lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 222222 1 222222 11 11 6666666666 4444444444 1 1 22 111111 2222 111 5555555555555555555555555555555555555 111 11111 11111 11 999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 333
lowQualScore : 66 66 88888888 5 0 3 2 777777 4 2 2 7 5 666666 33 1 77 33 2 0000000000 88 5555555555 3 3 00 555555 8888 8 222 2222222222222222222222222222222222222 000 6 5 77777 0 22222 3 5 888 9 66 66 33 4 00 888888888888888888888888888 5 5 5 66 7 5 4 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 9999 55 99 7 66 3 5555 111111111111111111111111111111111111111111 3 4 99 1111 9 8 2 88 555 66
lowQualScore : .. .. ........ . . . . ...... . . . . . ...... .. . .. .. . .......... .. .......... . . .. ...... .... . ... ..................................... ... . . ..... . ..... . . ... . .. .. .. . .. ........................... . . . .. . . . . .......................................................................................... . .... .. .. . .. . .... .......................................... . . .. .... . . . .. ... ..
lowQualScore : 99 99 55555555 0 5 1 2 333333 3 1 4 1 0 000000 11 7 99 00 8 6666666666 88 6666666666 3 3 00 222222 2222 0 666 6666666666666666666666666666666666666 000 7 7 66666 3 55555 4 0 888 4 99 99 88 5 22 888888888888888888888888888 0 0 0 99 4 0 0 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4444 11 22 4 11 3 9999 888888888888888888888888888888888888888888 6 0 11 8888 7 0 5 00 000 00
consensus : GCAGAATAA--AG--ACA--CG----TTT-CATTGGAAATATAAAAGGA--A-NAAANATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT-A-TTT-TTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTAT-CAAAAAGT----GTTAGACATATCGAC-AATAAAAANGNTT-CAATACCTAAATAAA-GCAATTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGC-ATATG-ANTGCATACTTCGTGACGTA----A----------T---C--GCT---TTTACAGAGTTGT-TA--ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA--TA--AA-GTNTTTCAAAATC--TT--ATTTAAAC--------A----T-ATTA-TG-TG--GTCTTTTT-TGCTAAATATTCACGA---TCTT--------------AA-----A-----------AATT--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--G--TCT--NC-T-T--TGAACT-AC----TTT-TCA-CGCGCATTCAT--TCTTATAGAGG-AGTACTTCGC---ACTTTTGGGTTGGCA-A-CCAGCCA---AAA--G--GA---GA-T--C-N--T--CAGAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGG-GCAAGCNCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCACGTGATACNNCGTG
Reference ( gi|1 ) : GCAGAATAA--AG--ACA--TA----TTT-CATTGGAAATGTAAAAGAA--A-ACAACATGTGAATTGCATTTTTATATATTT-A-ATT-CTAATATCATGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATAT-GAGAAAGT----GT----CATATCGAC-AATAAAAGGGGTT-TATTACCTAAATAAA-GCATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAACTAGTATTAAC-ATATG-AATGC-------------TA----A----------T---C--GCT---TTTACAGAATTAT-TA--ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA--TA--AC-GTCTTCCAAAATC------A---------------A----T-ATTA-TG-TG--GTCTTCTT-TGCCAAATATTTACGA---T-----------------AA-----A-----------AATT--G-TTT-----A-----AG----AGTT--G--TCT--TC-T-T--TGAACT-AC----TTT-CCA-TGCGCATTCAT--TCTTATAGAGG-AGTACTTCGC---CCTTTTGGGTTGG-A-A-CTAGGCGG-TAAA--G--GA---GT-T--C-T--C--CAGAAATCCAGCA-TT-GGTGTTATGGCCTTTTGG-GCAAGCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACAACGTG
gi|21 : GCAAAATAA--GG--ACACTTT----TTT-CATTGGAAATGTAAAAGGAATA-AAAACA--TGAATGACATT
gi|17 : aCAGAAAAACAAC--ACA--TT----TTT-CATTAGAATTATAAAAGGA--A--TAAAAAATGAATTGTATGTTTATGTATTTTATATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACG--AAAATGCAA
gi|13 : AGAGTAA--GG--ACA--CGGG--TTT-CATTA------TAAAAGAA--G-TAAACATGCGAATTGTATGTTTATGTATT--A-ATTGTTAATATCACGCTGAAAAGACC--AAAATGCAACGTAT-CAAGAAGT----ATCAGACATACTGAA-AATACAAATGTTT-CGATACCTTAATAAa
gi|19 : AGAATAA--AGTCACA--T-----TTT-TATTGGAAATATAGAAGGA--T-AAAAAATA--AATTGTATCTTAATGTATTT-A-TTG-TTAATATCATGCAGAA--GATC--AAAA
gi|22 : gaAGAATAA--AG--ACA--CA----TTTTCATTGGAAATATAAAAGGA--A-
gi|20 : agaGAATAA--AG--ACA--CAAATTTTT-TATTGGAAATATCAAAGGT--A-TAAAAGGGTGAATTGTATTTTTATCTATTT-taaaaagg
gi|2 : ATAA--AC--ACA--AA----TTT-CATTGGAAATGTAAAAGAA--A-TCAACATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT-A-GTT-TTAATATCGTGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATAT-GAGAAAAT----GT----CATATCGAC-AATAAAATGGATT-TAATACTTAAATAAA-GCAATTTTTgtta
gi|10 : A--AG--ACA--CAGT--TTT-TATTGGAATTATAAAAGGA--ATAAAAGA-ATGAATTACAATTTTATGTATTT-A-TTG-GTAATATCATGCAGAATGGACC--AAAAT-TATTGTAT-CAAAAGGTGACAGA----CATATCGGCAAATAAAAATGTTTCTA-TACCTGTATAAAGGCACTTTTaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaattattactagcatatgaatgctaatcgctttgacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaactatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttcttttaactactttccacgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactagccggtaaaggtgttctccagaaatccagcattggtgctatggcctttggagcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaccgtg
gi|3 : aaagtcGTGAATTGTATCTTTATGTATTT-A-TTG-TTAATATCATAGAGAAAATACCAAAAAATGCAATATAT-CAAAAAGT----ATTAGACATATCCGC-AAATAAAGAAGTT-CAATACCTAAAT
gi|16 : atgaaGTATTTTGATGTATTT-A-TTT-ACAATAGCATGAGAAAAAGGCC--AACATGCAATGTATCGAAAATGC----GTTGGACATATCGAC---TGAAAA---------TAACTAAAAAAT-GCAATTTTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactctaaattaggtcacatgacgccgagctataacaggcgtagtgcaatctcttttacagagatgttacaattcctatacgtatatgccgtttaggtatataaagtatttcaaaatcttttaaacattatgatgaggtcttatttcctggatattcacgatctttagcctttatatgcagttcaatttgattcaagagttgcctactttgaactacttttctcgcgcattcattctcatagaggagtacttcgcacttttgggttggcaaccagccaaaagtggatatcgttagaaatccagcat
gi|2 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAATTATTACTAGC-ATATG-AATGC-------------TA----A----------T---C--GCT---TTGACAGAATTAT-TA--ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA--TA--AC-GTCTTCCAAAATC------A---------------A----T-ATTA-TG-TG--GTCTTCTT-TGCCAACTATTTACGA---T-----------------AA-----A-----------AATT--G-TTT-----A-----AG----AGTT--G--TCT--TC-T-T--TTAACT-AC----TTT-CCA-CGCGCATTCAT--TCTTATAGAGG-AGTACTTCGC---CCTTTTGGGTTGG-A-A-CTAGCCGG-TAAA--G--GT---GT-T--C-T--C--CAGAAATCCAGCA-TT-GGTGCTATGGCCTTTGGA-GCAAGCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACACCGTGgaat
gi|5 : ataaacacaaatttcattggaaatgtaaaagaaatcaacatgtgaattgtatttttatgtatttagttttaatatcgtgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaaatgtcatatcgacaataaaatggatttaatacttaaataaagcaatttttaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGAATTAGGTCACGTGACCCCTGGTACTATTTTTAGC-ATATG-ACTGCAAACTTTGTGACGTAGGGAA----------C---C--GCT---TTCACA----TAT-T------TGTTG-----ACGG-GTCAT---TTAGGTA--TA--AA-GTATTTCAAAATC------ATTTAAAC--------A----TTATTA-TG-TG----TTTCTTACGCTAAATGTTTACGA---TCTTTCGGTTTT------AA-----ATGC--------AGTTCAG-TTT-----G-----ATTTACAGTT--G--ACT--AC-T-T--TGAACT-AC----TTTCCCA-CGCGCATTCGT--TCTTATA-AGG-AGTTCTTCGC---ACTTTTGGATTGGCA-A-CCAGCCA---AAA--G--TA---GA-T--A-TGGT--CAGGAATCCAGCATTT-GGTACCGTGGCCTTTATG-GCAA
gi|3 : TAAATTAGGTCACATGACGCC--GAGCTA----TAAC-AGGCGTAGTGC--------------A----A----------T---C--TCT---TTTACAGAGATGT-TACAAT-TCCTATACGTATAT-GCCGT---TTAGGTA--TATAAA-GTATTTCAAAATCTTTTA-A---------------A----C-ATTA-TGATGAGGTCTTATT-TCCTGGATATTCACGA---TCTTTAGCCTTTATATGCAGTTC--A-----------ATTT--GATTC-----A-----AG----AGTT--G--CCT--AC-T-T--TGAACT-AC----TTT-TCT-CGCGCATTCAT--TCTCATAGAGG-AGTACTTCGC---ACTTTTGGGTTGGCA-A-CCAGCCA---AAAGTG--GA---TA-T--C-G--T--TAGAAATCCAGCA-Ttgccgaaacaaa
gi|8 : atgaagtgaattgtatctttatgtatttattgttaatatcatagagaaaataccaaaaaatgcaatatatcaaaaagtattagacatatccgcaaataaagaagttcaatacctaaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactcTTAGGTCACGTGGCGCCTGATACTTTTTTTAGC-ATATG-CCTGCATACTTCGTGACGTA----G----------TGCACTGGCT---TTTACAGTGTTGA-TA--AACATCTA-----ATGG-GTGGT---T-AGATA--AA--AA-GTATTTCAAAATC------ATTTAAACATTAGGATA----T-ACTG-TG-TG--GTCTT-TC-TGCTAAATATTCACGA---T-----------------C--------------------------TTC-----A-------------------------TC-T-T--TTAAAT-AC----AGT-TCG-CGCGCAT--AC--TGTTATAGAGA-AGTACTTCGC---ACTTTTGGGTTGGCA-A-CT-------------------------------------GGAATC---CA-TT-AGTAATATGGCATTTGTT-ACAAGCACCAGGCCAA-AA
gi|4 : TAGGTCACATGACGCCTGATACT-GTTTTAAGGATATG-ATTGCATATTTTG-----TA----ACGTAGTGCACT---C--GCT---TTTACTGATTTGTACA--A-CTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA--TA--AA-GTATTTCAAAATC------ATTTAAACA-------A----T-ATTA-TA-TG--TTTTTTCT-TGCTTAATTTTTAAGA---TCTT--------------AA-----GCTATTCAATACAGTTACG-TTTGATCCA-----AG----AG----A--TCT--ACGTGT--TGAACT-AC----TTT-TCA-CGCGCTTTCAT--TCTTGTGGAGG--GTACTTCAA---ACGTTCGGGTTGACA-A-TCAGCCA---AAAGTG--GAT--AT-T--G-T-----CATAAATCTAGCA-AT-GGTACTATGGCCTTTGGA-GCAAGCCACAGGCAAAGAAAAAATCAC--CACGTGATATCACGTc
gi|7 : A----A----------T---T--GCTGGATTTGGAAAGTCAT-TA--ACATTCAA-----GTCGTGTCATAACTTGCGTAGTTG--AGAGTTTCCCAA--TCCATTTGA---------------A----T-ATGAATT-TG--GCTATTTT-TGCTAAATATTCATGA---C-----------------CA-----T-----------AAGT--T-TTT-----ATATCCAGTAC-AATT--AGATCC--CT-G-T--TGAGCT-GA----TTT-TCACTGCGCATT-------TT-TAGAAG-AGTAATTTGC---TTTTATGGGGCG----A-TTAAGTG---AAA--GCGGATAGGC-T--C-T--------GAACCCAGCA-TT-GCTAGTATGGC--TTTGGAACAAGCTCCAGGCt
gi|9 : ttatcaatagccaacattcatatcCT---TTTACAGAGTTAT-TA--AACAACTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA--TA--AC-GTCTTCCAACATCGTTT--A---------------AACGTT-ATCA-CG-TG--GTCTGTTT-TA-TAAGTATTCACGAGCTT-----------------AA-----G-----------CA------TTT-----A-----AGTAC-AGCTTAG--TTTGATC-C-A--AGAACTGACTACTTTT-CCA-TGCGAATACAT--TGTTATCGAGG-AGTGCTTCTCAATCAGTTTGGTTTGG-
gi|6 : TA-----ATGG-TTCAT---TAAGGT---CA--AA-ATCGTTCAAA--C------A---------------C----C-ATTA-CG-TG--GTATTTTT-GGCTAAATATTCAAGA---TCTTG-------------AGCTTTTA-----------AATTTAG-TTC-----A-----A-------TT--G--GAT--TC-A-TGCTGAACT-AC----TTT-TCA-T-CGCG--CAT--TCTGATAGAGG-AGTACTTTGC---ACTTT--GGTTTG-A----CAGCCAGCTAAA--A--GT---GCATAAC-G--T--AAGAAATACATCA-TT-GGTcaatcag
gi|11 : tattatagtggcgcattaatgtctaatcttcggtttattgta--TGGATT-AC----TTT-TCA-----CAT-CGTAATCTTATAGAGG-AGTACTTTGC---GCTTTTGGGTTAA-A-AGCCAGCCA---AAA--G--TG---GA-TAAC-G--T--CAGAAATCCAGCA-CT-GGTACTATGGCCTTTTGG-GAAAGCactgttgtactgattggcgtggatctgaaccaatcaactacataacaccgataactgtg
gi|14 : ttaattttgggattcatacTAAAGAGG-AGTACTTCAA---AATTTTGGGTTGGCA-A-TCAGCCAA-CAAT--T--AA---TA-T--CGT--CATCAAAAATCATGCA-TT-GATATTATGGCCTTTGGT-GCAAGCACCAGGCCAA-Aaaaaatcactgctgtaagattacatttc
gi|12 : tactgttttagtgAGAGGGAGTGCTTTGC---ACTTTTGGGTTGG-TTA-CCATGCAG---AA--GTTGA---GA-T--C-G--T--CAGAAATTTAGCG-TT-GGTACAATAGCCTTTCAG-GCAATC-CCAAGGCAtattgacctgtttcttatgttcataaagtt
gi|18 : tcatgaaaG-AATACTTCTT---ACTTTTTGGTTGG-C-A-TCAGCCAA-AAAT--A--GA---GA-T--C-G--T--CTGAAATTCAGCA-TTTAGTATTATGACCTTTAAG-GCAAGCCTCAAGTCAC-AAtgtaaagagtaatgaaaatattatatcaataacaaaatatattctcacctga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTATAGTCGTGCATTAATATATTTTGTTAACTATGATGGTTCATTGTGCTGCAAAGTATTTCAAAATCTTTTAAACATCATTACGTGATATACTCTGCTAAATATGATCGAGCTTAAGCTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 11 11 11111 1 5555555555555555555555555555555 11111 55555555555555555555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111111111 222222222222 333
lowQualScore : 66666 66 4 1 1 5 777 6 66 6 33 7777 00000 0 3 3 7 3 66 5555555555555555555555555555555 888 0 4 888 00000 4 777 4 55 0 2 66666666666666666666666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 00000 99999999999 4 4 4 4 4 3 3 555 0 99 777777777777 2 555 3 3 0 5 5 1 9 777 22
lowQualScore : ..... .. . . . . ... . .. . .. .... ..... . . . . . .. ............................... ... . . ... ..... . ... . .. . . ....................... .............................................................................. . ..... ........... . . . . . . . ... . .. ............ . ... . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 99999 77 4 0 0 2 888 0 99 7 88 5555 88888 0 5 7 8 7 55 3333333333333333333333333333333 888 2 4 888 00000 0 000 0 55 6 4 55555555555555555555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 77777 00000000000 0 0 0 0 0 3 1 444 8 22 444444444444 2 888 3 6 7 3 7 0 8 000 00
consensus : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACCAAAA--TGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AA-TAAAAANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGTTA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--AAGTATTTCAAAATC--GTTTAAAC--------A-T--ATTACGTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CGTCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAAGCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
Reference ( family-795 ) : GCAGAATAAAGACACG----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAANAAANATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTTTTAATATCATGCAGAAAAGACCAAAA--TGCAATGTATCAAAAA-GTGTTAGACATATCGAC-AA-TAAAAANGNTTCAATACCTAAATAAA-GCAATTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGTTA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--AAGTNTTTCAAAATCTTATTTAAAC--------A-T--ATTATGTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAA--G--GAGAT--CNTCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAAGCNCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCACGTGATACNNCGTG
gi|1 : GCAGAATAAAGACATA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAAACAACATGTGAATTGCATTTTTATATATTT---AATTCTAATATCATGCAGAAACGATCAAAA--TGCAATATATGAGAAA-GTGT----CATATCGAC-AA-TAAAAGGGGTTTATTACCTAAATAAA-GCATTTTTT
gi|1 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAACTAGTATTAACATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTTACAGAATTATTA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--ACGTCTTCCAAAATC--------A---------A-T--ATTATGTGGTCTTCTTTGCCAAATATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTGA-----------ACTACTTT-C-CA-T-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGGCGGTAAA--G--GAGTT--CTCCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGTTATGGCCTTTTGGGCAAGCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACAACGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaactagtattaacatatgaatgctaatcgcttttacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaaatatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttctttgaactactttccatgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactaggcggtaaaggagttctccagaaatccagcattggtgttatggccttttgggcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaacgtg
gi|10 : gcagaataaagacatatttcattggaaatgtaaaagaaaacaacatgtgaattgcatttttatatatttaattctaatatcatgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaagtgtcatatcgacaataaaaggggtttattacctaaataaagcattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGACACAGT--TTT--T-ATTGGAATTATAAAAGGAATAAAAGAATGAATTACAATTTTATGTATTT---ATTGGTAATATCATGCAGAATGGACCAAAA--T-TATTGTATCAAAAG-GTGACAGACATATCGGCAAA-TAAAAATGTTTCTATACCTGTATAAAGGCACTTTT
gi|11 : aaagtcTGG-----------ATTACTTT-T-CA-C-ATCGTA---AT-CTTATAGAGG-AGTACTTTGCGCT---TTTGGGTTAAAAGCCAGCCA--AAA--G--TGGATAACGTCA---GAAATCCAGCA-CT-GGTACTATGGCCTTTTGGGAAAGC------------AAAAATCACTGC
gi|12 : ttaattttgggattcatacAGAGGGAGTGCTTTGCACT---TTTGGGTTGGTTACCATGCA--GAA--GTTGAGAT--CGTCA---GAAATTTAGCG-TT-GGTACAATAGCCTTTCAGGCAATCCCAAGGCtgtaagattacatttc
gi|13 : tcatgaaaAGAGTAAGGACACGGG--TTT--C-ATT------ATAAAAGAAGTAAACATGCGAATTGTATGTTTATGTATTA---ATTGTTAATATCACGCTGAAAAGACCAAAA--TGCAACGTATCAAGAA-GTATCAGACATACTGAA-AA-TACAAATGTTTCGATACCTTAATAAatgtaaagagtaatgaaaatattatatcaataacaaaatatattctcacctga
gi|14 : TAAAGAGG-AGTACTTCAAAAT---TTTGGGTTGGCAATCAGCCA--ACA--ATTAATAT--CGTCATCAAAAATCATGCA-TT-GATATTATGGCCTTTGGTGCAAGCACCAGGCCAA-A
gi|15 : tactgttttagtgTTGTTA-AC--TATG-----ATGG-TTCAT---TGTGCTG-CA--AAGTATTTCAAAATCT--TTTAAAC--------A-TC-ATTACGTGATATACTCTGCTAAATATGATCGAGC--------TTAA-----------------tattgacctgtttcttatgttcataaagtt
gi|16 : tttatagtcgtgcattaatatattGTATTTTGATGTATTT---ATTTACAATAGCATGAGAAAAAGGCCAACA--TGCAATGTATCGAAAATGCGTTGGACATATCGAC----TGAA--------AATAACTAAAAAAT-GCAATTTTgcttt
gi|17 : CAGAAAAACAACACA----TTTTTC-ATTAGAATTATAAAAGGAATAAAAA-ATGAATTGTATGTTTATGTATTTTATATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACGAAAA--TGCAAgaat
gi|18 : G-AATACTTCTTACT---TTTTGGTTGGCA-TCAGCCA--AAA--ATAGAGAT--CGTCT---GAAATTCAGCA-TTTAGTATTATGACCTTTAAGGCAAGCCTCAAGTCAC-AAa
gi|19 : AGAATAAAGTCACA----TTT--TTATTGGAAATATAGAAGGATAAAAAATA--AATTGTATCTTAATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAG--AAGATCAAAA--tc
gi|2 : gaATAAACACAAA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAATCAACATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---AGTTTTAATATCGTGCAGAAACGATCAAAA--TGCAATATATGAGAAA-ATGT----CATATCGAC-AA-TAAAATGGATTTAATACTTAAATAAA-GCAATTTTT
gi|2 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAATTATTACTAGCATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTGACAGAATTATTA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--ACGTCTTCCAAAATC--------A---------A-T--ATTATGTGGTCTTCTTTGCCAACTATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTTA-----------ACTACTTT-C-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGCCGGTAAA--G--GTGTT--CTCCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGCTATGGCCTTTGGAGCAAGCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACACCGTGaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaattattactagcatatgaatgctaatcgctttgacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaactatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttcttttaactactttccacgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactagccggtaaaggtgttctccagaaatccagcattggtgctatggcctttggagcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaccgtg
gi|20 : ataaacacaaatttcattggaaatgtaaaagaaatcaacatgtgaattgtatttttatgtatttagttttaatatcgtgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaaatgtcatatcgacaataaaatggatttaatacttaaataaagcaatttttaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAATAAAGACACAAATTTTT--T-ATTGGAAATATCAAAGGTATAAAAGGGTGAATTGTATTTTTATCTATTT---GTT
gi|21 : GCAAAATAAGGACACT----TTTTTC-ATTGGAAATGTAAAAGGAATAAAAACATGAATa
gi|22 : aAGAATAAAGACACA----TTTT-C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAAgacatt
gi|3 : agaGTGAATTGTATCTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATAGAGAAAATACCAAAAAATGCAATATATCAAAAA-GTATTAGACATATCCGC-AAATAAAGAAG-TTCAATACCTAAATgg
gi|3 : atgaaTAAATTAGGTCACATGACGCC-GA-GCTAT----AACA---G---GCGTA----GTG---C----AAT-----C----TCT---TTTACAGAGATGTTACAATTCCTATACGTATAT-GCCGT---TTAGGTA-TATAAAGTATTTCAAAATCTT--TTAAAC--------A-TT-ATGATGAGGTCTTATTTCCTGGATATTCACGATC--------TTTAGCCTTTATATGCAGTTCA------ATT-------T--GATTC-----A-----AG----AGTT--GCC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CT-C-G-CGCATTCATTCTCATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTG--GATAT--CGTTA---GAAATCCAGCA-Ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactctaaattaggtcacatgacgccgagctataacaggcgtagtgcaatctcttttacagagatgttacaattcctatacgtatatgccgtttaggtatataaagtatttcaaaatcttttaaacattatgatgaggtcttatttcctggatattcacgatctttagcctttatatgcagttcaatttgattcaagagttgcctactttgaactacttttctcgcgcattcattctcatagaggagtacttcgcacttttgggttggcaaccagccaaaagtggatatcgttagaaatccagcat
gi|4 : atgaagtgaattgtatctttatgtatttattgttaatatcatagagaaaataccaaaaaatgcaatatatcaaaaagtattagacatatccgcaaataaagaagttcaatacctaaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactcTAGGTCACATGACGCCTGATACTGTTTTAAGGATATGATTGCATATTTTGTAACGT----AGTGCACTC----GCT---TTTACTGATTTGTAC-AACTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--AAGTATTTCAAAATC--ATTTAAACA-------A-T--ATTATATGTTTTTTCTTGCTTAATTTTTAAGATC--------TTAA-----------------GCTATTCAATACAGTTAC--G-TTTGATCCA-----AG----AG----ATC-TACGTGTTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCTTTCATTCTTGTGGAGG--GTACTTCAAACG---TTCGGGTTGACAATCAGCCA--AAAGTG--GATAT--TGTCA---TAAATCTAGCA-AT-GGTACTATGGCCTTTGGAGCAAGCCACAGGCAAAGAAAAAATCAC--CACGTGATATCACGT
gi|5 : TGAATTAGGTCACGTGACCCCTGGTACTATTTTTAGCATATGACTGCAAACTTTGTGACGTAGGGAAC-----C----GCT---TTCACATATTTGTTG-AC-------------GG-GTCAT---TTAGGTA-TA--AAGTATTTCAAAATC--ATTTAAAC--------ATT--ATTATGT-GTTTCTTACGCTAAATGTTTACGATCTTTCGGTTTTAA-----------------ATGC---AGT-------TCAG-TTT-----G-----ATTTACAGTT--GAC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTTCC-CA-C-G-CGCATTCGTTCTTATA-AGG-AGTTCTTCGCACT---TTTGGATTGGCAACCAGCCA--AAA--GTAGATAT--GGTCA---GGAATCCAGCATTT-GGTACCGTGGCCTTTATGGCAAt
gi|6 : TA-----ATGG-TTCAT---TAAGGT--------------CAAAATC--GTTCAAAC--------A-CC-ATTACGTGGTATTTTTGGCTAAATATTCAAGATC--------TTGAGCTTTT-----------A------AAT-------TTAG-TTC-----A-----ATT---GGAT---TCATGC----TGA-----------ACTACTTT-T-CATC-G-CG----CATTCTGATAGAGG-AGTACTTTGCAC----TTTGGTTTGACAGCCAGCTA--AAA--G--TGCATAACGTAA---GAAATACATCA-TT-GGTACTGTtgccgaaacaaa
gi|7 : tattatagtggcgcattaatgtctaatcttcggtttattgta----AAT-----T----GCTGGATTTGGAAAGTCATTA-ACATTCAA-----GTCGTGTCATAACTTGCGTAGTT--GAGAGTTTCCCAATCC-ATTTGAAT--------A-TGAATT---TGGCTATTTTTGCTAAATATTCATGACC----------AT-----------------A------AGT-------T----TTT-----ATATCCAGTAC-AATTAGATC-CCT-G-TTGA-----------GCTGATTT-T-CA-CTG-CGCATT--TT----TAGAAG-AGTAATTTGCTTT---TATGG---GGCGATTAAGTG--AAA--G--CGGATAGGCTCT---G-AACCCAGCA-TT-GCTAGTATGG-CTTTGGAACAAGCTCCAGGCtgtactgattggcgtggatctgaaccaatcaactacataacaccgataactgtg
gi|8 : ttatcaatagccaacattcatatcTTAGGTCACGTGGCGCCTGATACTTTTTTTAGCATATGCCTGCATACTTCGTGACGT----AGTG----CACTGGCT---TTTACAGTGTTGATA-AACATCTA-----ATGG-GT-GG---TTAGATA-AA--AAGTATTTCAAAATC--ATTTAAACATTAGGATA-T--ACTGTGTGGTC-TTTCTGCTAAATATTCACGATC--------TTCA------------------------------------------------------------------TC-T---T-TTAA-----------A-TACAGT-T-CG-C-G-CGCAT--ACTGTTATAGAGA-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACT------------------------------GGAATC---CA-TT-AGTAATATGGCATTTGTTACAAGCACCAGGCCAA-AA
gi|9 : CT---TTTACAGAGTTATTA-AACAACTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--ACGTCTTCCAACATC--GTTTAAAC--------GTT--ATCACGTGGTCTGTTTTA-TAAGTATTCACGAGC--------TTAA-----------------G------CA-------------TTT-----A-----AGT---A-CA--GCT-TAG-T-TTGATCCAAGAACTGACTACTTT-TCCA-T-G-CGAATACATTGTTATCGAGG-AGTGCTTCTCAATCAGTTTGGTTTGGCAATCAGc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 11 1 11 1 222222 1 5555555555555555555555555555555 11111 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111111111 111 22222222 222
lowQualScore : 1111 66 4 4 777 66 6 33 3 777777 0 1 3 7 3 66 5555555555555555555555555555555 888 0 4 4 666 0 00000 4 777 1 4 55 4 55 8888 999 4 666666 4 7777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 00000 99999999999 4 4 4 4 4 3 3 555 0 111 33333333 99 44 555 3 3 0 4 4 5 1 9 333
lowQualScore : .... .. . . ... .. . .. . ...... . . . . . .. ............................... ... . . . ... . ..... . ... . . .. . .. .... ... . ...... . .... .............................................................................. . ..... ........... . . . . . . . ... . ... ........ .. .. ... . . . . . . . . ...
lowQualScore : 7777 77 4 8 888 99 7 55 3 777777 0 0 7 8 7 55 3333333333333333333333333333333 888 2 0 0 111 9 00000 0 000 3 0 55 0 55 5555 444 0 555555 0 5555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 77777 00000000000 0 0 0 0 0 3 1 444 8 999 33333333 22 66 888 3 6 7 0 8 7 0 8 333
consensus : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-T----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
Reference ( family-795 ) : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-GTTTAAAC-A-T----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
gi|1 : GCAGAATAAAGACATA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAAACAACATGTGAATTGCATTTTTATATATTT---AATTCTAATATCATGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-GTGT----CATATCGAC-AATAAAAGGGG-TTTATTACCTAAATAAA-GCATTTTTT
gi|1 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAACTAGTATTAACATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTTACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A--------A-T----AT-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAAATATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTGA-----------ACTACTTT-C-CA-T-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGGCGGTAAA--G--GAGTT--CT--CCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGTTATGGCCTTTTGGGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACAACGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaactagtattaacatatgaatgctaatcgcttttacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaaatatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttctttgaactactttccatgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactaggcggtaaaggagttctccagaaatccagcattggtgttatggccttttgggcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaacgtg
gi|10 : gcagaataaagacatatttcattggaaatgtaaaagaaaacaacatgtgaattgcatttttatatatttaattctaatatcatgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaagtgtcatatcgacaataaaaggggtttattacctaaataaagcattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGACACAGT--TTT--T-ATTGGAATTATAAAAGGAATAAAAGAATGAATTACAATTTTATGTATTT---ATTGGTAATATCATGCAGAATGGACC--AAAAT-TATTGTATCAAAAG-GTGACAGACATATCGGCAAATAAAA-ATGTTTCTATACCTGTATAAAGGCACTTTT
gi|11 : aaagtcTGG-----------ATTACTTT-T-CA-C-ATCGTA---AT-CTTATAGAGG-AGTACTTTGCGCT---TTTGGGTTAAAAGCCAGCCA--AAA--G--TGGATAACG--TCA---GAAATCCAGCA-CT-GGTACTATGGCCTTTTGGGAAA-GC------------AAAAATCACTGC
gi|12 : ttaattttgggattcatacAGAGGGAGTGCTTTGCACT---TTTGGGTTGGTTACCATGCA--GAA--GTTGAGAT--CG--TCA---GAAATTTAGCG-TT-GGTACAATAGCCTTTCAGGCAA-TCCCAAGGCtgtaagattacatttc
gi|13 : tcatgaaaAGAGTAAGGACACGGG--TTT--C-ATT------ATAAAAGAAGTAAACATGCGAATTGTATGTTTATGTATTA---ATTGTTAATATCACGCTGAAAAGACC--AAAATGCAACGTATCAAGAA-GTATCAGACATACTGAA-AATACAA-ATGTTTCGATACCTTAATAAatgtaaagagtaatgaaaatattatatcaataacaaaatatattctcacctga
gi|14 : TAAAGAGG-AGTACTTCAAAAT---TTTGGGTTGGCAATCAGCCA--ACA--ATTAATAT--CG--TCATCAAAAATCATGCA-TT-GATATTATGGCCTTTGGTGCAA-GCACCAGGCCAA-A
gi|15 : tactgttttagtgTTGT-TA-AC--TATG-----ATGG-TTCAT---TGTGCTG-CA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAAC-A-TC---AT-TAC---GTGATATACTCTGCTAAATATGATCGAGC--------TTAA-----------------tattgacctgtttcttatgttcataaagtt
gi|16 : tttatagtcgtgcattaatatattGTATTTTGATGTATTT---ATTTACAATAGCATGAGAAAAAGGCC--AACATGCAATGTATCGAAAATGCGTTGGACATATCGAC---TGAA---------AATAACTAAAAAAT-GCAATTTTgcttt
gi|17 : CAGAAAAACAACACA----TTTTTC-ATTAGAATTATAAAAGGAATAAAAA-ATGAATTGTATGTTTATGTATTTTATATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACG--AAAATGCAAgaat
gi|18 : G-AATACTTCTTACT---TTTTGGTTGGCA-TCAGCCA--AAA--ATAGAGAT--CG--TCT---GAAATTCAGCA-TTTAGTATTATGACCTTTAAGGCAA-GCCTCAAGTCAC-AAa
gi|19 : AGAATAAAGTCACA----TTT--TTATTGGAAATATAGAAGGA-TAAAAA-ATAAATTGTATCTTAATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAG--AAGATC--AAAAtc
gi|2 : gaATAAACACAAA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAATCAACATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---AGTTTTAATATCGTGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-ATGT----CATATCGAC-AATAAAA-TGGATTTAATACTTAAATAAA-GCAATTTTT
gi|2 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAATTATTACTAGCATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTGACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A--------A-T----AT-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAACTATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTTA-----------ACTACTTT-C-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGCCGGTAAA--G--GTGTT--CT--CCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGCTATGGCCTTTGGAGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACACCGTGaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaattattactagcatatgaatgctaatcgctttgacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaactatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttcttttaactactttccacgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactagccggtaaaggtgttctccagaaatccagcattggtgctatggcctttggagcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaccgtg
gi|20 : ataaacacaaatttcattggaaatgtaaaagaaatcaacatgtgaattgtatttttatgtatttagttttaatatcgtgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaaatgtcatatcgacaataaaatggatttaatacttaaataaagcaatttttaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAATAAAGACACAAATTTTT--T-ATTGGAAATATCAAAGGTATAAAAGGGTGAATTGTATTTTTATCTATTT---GTT
gi|21 : GCAAAATAAGGACACT----TTTTTC-ATTGGAAATGTAAAAGGAATAAAAACATGAATa
gi|22 : aAGAATAAAGACACA----TTTT-C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAAgacatt
gi|3 : agaGTGAATTGTATCTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATAGAGAAAATACCAAAAAATGCAATATATCAAAAA-GTATTAGACATATCCGCAAATAAAG-AAG-TTCAATACCTAAATgg
gi|3 : atgaaTAAATTAGGTCACATGACGCC-GA-GCTAT----AACA---G---GCGTA----GTG---C----AAT-----C----TCT---TTTACAGAGATGT-TACAATTCCTATACGTATAT-GCCGT---TTAGGTA-TATAA-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAAC-A-TT---AT-GAT---GAGGTCTTATTTCCTGGATATTCACGATC--------TTTAGCCTTTATATGCAGTTCA------ATT-------T--GATTC-----A-----AG----AGTT--GCC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CT-C-G-CGCATTCATTCTCATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTG--GATAT--CG--TTA---GAAATCCAGCA-Ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactctaaattaggtcacatgacgccgagctataacaggcgtagtgcaatctcttttacagagatgttacaattcctatacgtatatgccgtttaggtatataaagtatttcaaaatcttttaaacattatgatgaggtcttatttcctggatattcacgatctttagcctttatatgcagttcaatttgattcaagagttgcctactttgaactacttttctcgcgcattcattctcatagaggagtacttcgcacttttgggttggcaaccagccaaaagtggatatcgttagaaatccagcat
gi|4 : atgaagtgaattgtatctttatgtatttattgttaatatcatagagaaaataccaaaaaatgcaatatatcaaaaagtattagacatatccgcaaataaagaagttcaatacctaaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactcTAGGTCACATGACGCCTGATACTGTTTTAAGGATATGATTGCATATTTTGTAACGT----AGTGCACTC----GCT---TTTACTGATTTGT-AC-AACTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACAA-T----AT-TAT---ATGTTTTTTCTTGCTTAATTTTTAAGATC--------TTAA-----------------GCTATTCAATACAGTTAC--G-TTTGATCCA-----AG----AG----ATC-TACGTGTTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCTTTCATTCTTGTGGAGG--GTACTTCAAACG---TTCGGGTTGACAATCAGCCA--AAAGTG--GATAT--TG--TCA---TAAATCTAGCA-AT-GGTACTATGGCCTTTGGAGCAA-GCCACAGGCAAAGAAAAAATCAC--CACGTGATATCACGT
gi|5 : TGAATTAGGTCACGTGACCCCTGGTACTATTTTTAGCATATGACTGCAAACTTTGTGACGTAGGGAAC-----C----GCT---TTCACATATTTGT-TG-AC-------------GG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-ATT----AT-TAT---GT-GTTTCTTACGCTAAATGTTTACGATCTTTCGGTTTTAA-----------------ATGC---AGT-------TCAG-TTT-----G-----ATTTACAGTT--GAC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTTCC-CA-C-G-CGCATTCGTTCTTATA-AGG-AGTTCTTCGCACT---TTTGGATTGGCAACCAGCCA--AAA--GTAGATAT--GG--TCA---GGAATCCAGCATTT-GGTACCGTGGCCTTTATGGCAATGCCt
gi|6 : TGTCTA-ATCTTC---------GG-TTTAT---T---GTA-TA--ATGGTTCATTAAGGTCAAAATC-GTTCAAAC-A-CC---AT-TAC---GTGGTATTTTTGGCTAAATATTCAAGATC--------TTGAGCTTTT-----------A------AAT-------TTAG-TTC-----A-----ATT---GGAT---TCATGC----TGA-----------ACTACTTT-T-CATC-G-CG----CATTCTGATAGAGG-AGTACTTTGCAC----TTTGGTTTGACAGCCAGCTA--AAA--G--TGCATAACG--TAA---GAAATACATCA-TT-GGTACTGTgaaacaaa
gi|7 : tattatagtggcgcattaa----AAT-----T----GCTGGATTTGGAAAGTCAT-TA-ACATTCAA-----GTCGTGTCATAACTTGCGTAGTT--G-AGA--GTT----TCCCAATCCATTTGAAT-A-TGA--AT-T------TGGCTATTTTTGCTAAATATTCATGACC----------AT-----------------A------AGT-------T----TTT-----ATATCCAGTAC-AATTAGATC-CCT-G-TTGA-----------GCTGATTT-T-CA-CTG-CGCATT--TT----TAGAAG-AGTAATTTGCTTT---TATGG---GGCGATTAAGTG--AAA--G--CGGAT--AGGCTCT---G-AACCCAGCA-TT-GCTAGTATGG-CTTTGGAACAA-GCTCCAGGCtgtactgattggcgtggatctgaaccaatcaactacataacaccgataactgtg
gi|8 : ttatcaatagccaacattcatatcTTAGGTCACGTGGCGCCTGATACTTTTTTTAGCATATGCCTGCATACTTCGTGACGT----AGTG----CACTGGCT---TTTACAGTGTTGA-TA-AACATCTA-----ATGG-GT-GG---TTAGATA-AA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-TTAGGATATACTGTGTGGTC-TTTCTGCTAAATATTCACGATC--------TTCA------------------------------------------------------------------TC-T---T-TTAA-----------A-TACAGT-T-CG-C-G-CGCAT--ACTGTTATAGAGA-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACT--------------------------------GGAATC---CA-TT-AGTAATATGGCATTTGTTACAA-GCACCAGGCCAA-AA
gi|9 : CT---TTTACAGAGTTAT-TA-AACAACTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAACATC-GTTTAAAC-GTT----AT-CAC---GTGGTCTGTTTTA-TAAGTATTCACGAGC--------TTAA-----------------G------CA-------------TTT-----A-----AGT---A-CA--GCT-TAG-T-TTGATCCAAGAACTGACTACTTT-TCCA-T-G-CGAATACATTGTTATCGAGG-AGTGCTTCTCAATCAGTTTGGTTTGGCAATCAGc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 11 1 11 1 222222 1 5555555555555555555555555555555 11111 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111111111 111 22222222 222
lowQualScore : 1111 66 4 4 777 66 6 33 3 777777 0 1 3 7 3 66 5555555555555555555555555555555 888 0 4 4 666 0 00000 4 777 1 4 55 4 55 8888 4 0 4 666666 4 7777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 00000 99999999999 4 4 4 4 4 3 3 555 0 111 33333333 99 44 555 3 3 0 4 4 5 1 9 333
lowQualScore : .... .. . . ... .. . .. . ...... . . . . . .. ............................... ... . . . ... . ..... . ... . . .. . .. .... . . . ...... . .... .............................................................................. . ..... ........... . . . . . . . ... . ... ........ .. .. ... . . . . . . . . ...
lowQualScore : 7777 77 4 8 888 99 7 55 3 777777 0 0 7 8 7 55 3333333333333333333333333333333 888 2 0 0 111 9 00000 0 000 3 0 55 0 55 5555 0 8 0 555555 0 5555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 77777 00000000000 0 0 0 0 0 3 1 444 8 999 33333333 22 66 888 3 6 7 0 8 7 0 8 333
consensus : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-T----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
Reference ( family-795 ) : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-T----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
gi|1 : GCAGAATAAAGACATA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAAACAACATGTGAATTGCATTTTTATATATTT---AATTCTAATATCATGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-GTGT----CATATCGAC-AATAAAAGGGG-TTTATTACCTAAATAAA-GCATTTTTT
gi|1 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAACTAGTATTAACATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTTACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A--------A-T----AT-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAAATATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTGA-----------ACTACTTT-C-CA-T-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGGCGGTAAA--G--GAGTT--CT--CCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGTTATGGCCTTTTGGGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACAACGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaactagtattaacatatgaatgctaatcgcttttacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaaatatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttctttgaactactttccatgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactaggcggtaaaggagttctccagaaatccagcattggtgttatggccttttgggcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaacgtg
gi|10 : gcagaataaagacatatttcattggaaatgtaaaagaaaacaacatgtgaattgcatttttatatatttaattctaatatcatgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaagtgtcatatcgacaataaaaggggtttattacctaaataaagcattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGACACAGT--TTT--T-ATTGGAATTATAAAAGGAATAAAAGAATGAATTACAATTTTATGTATTT---ATTGGTAATATCATGCAGAATGGACC--AAAAT-TATTGTATCAAAAG-GTGACAGACATATCGGCAAATAAAA-ATGTTTCTATACCTGTATAAAGGCACTTTT
gi|11 : aaagtcTGG-----------ATTACTTT-T-CA-C-ATCGTA---AT-CTTATAGAGG-AGTACTTTGCGCT---TTTGGGTTAAAAGCCAGCCA--AAA--G--TGGATAACG--TCA---GAAATCCAGCA-CT-GGTACTATGGCCTTTTGGGAAA-GC------------AAAAATCACTGC
gi|12 : ttaattttgggattcatacAGAGGGAGTGCTTTGCACT---TTTGGGTTGGTTACCATGCA--GAA--GTTGAGAT--CG--TCA---GAAATTTAGCG-TT-GGTACAATAGCCTTTCAGGCAA-TCCCAAGGCtgtaagattacatttc
gi|13 : tcatgaaaAGAGTAAGGACACGGG--TTT--C-ATT------ATAAAAGAAGTAAACATGCGAATTGTATGTTTATGTATTA---ATTGTTAATATCACGCTGAAAAGACC--AAAATGCAACGTATCAAGAA-GTATCAGACATACTGAA-AATACAA-ATGTTTCGATACCTTAATAAatgtaaagagtaatgaaaatattatatcaataacaaaatatattctcacctga
gi|14 : TAAAGAGG-AGTACTTCAAAAT---TTTGGGTTGGCAATCAGCCA--ACA--ATTAATAT--CG--TCATCAAAAATCATGCA-TT-GATATTATGGCCTTTGGTGCAA-GCACCAGGCCAA-A
gi|15 : tactgttttagtgTTGT-TA-AC--TATG-----ATGG-TTCAT---TGTGCTG-CA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAAC-A-TC---AT-TAC---GTGATATACTCTGCTAAATATGATCGAGC--------TTAA-----------------tattgacctgtttcttatgttcataaagtt
gi|16 : tttatagtcgtgcattaatatattGTATTTTGATGTATTT---ATTTACAATAGCATGAGAAAAAGGCC--AACATGCAATGTATCGAAAATGCGTTGGACATATCGAC---TGAA---------AATAACTAAAAAAT-GCAATTTTgcttt
gi|17 : CAGAAAAACAACACA----TTTTTC-ATTAGAATTATAAAAGGAATAAAAA-ATGAATTGTATGTTTATGTATTTTATATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACG--AAAATGCAAgaat
gi|18 : G-AATACTTCTTACT---TTTTGGTTGGCA-TCAGCCA--AAA--ATAGAGAT--CG--TCT---GAAATTCAGCA-TTTAGTATTATGACCTTTAAGGCAA-GCCTCAAGTCAC-AAa
gi|19 : AGAATAAAGTCACA----TTT--TTATTGGAAATATAGAAGGA-TAAAAA-ATAAATTGTATCTTAATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAG--AAGATC--AAAAtc
gi|2 : gaATAAACACAAA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAATCAACATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---AGTTTTAATATCGTGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-ATGT----CATATCGAC-AATAAAA-TGGATTTAATACTTAAATAAA-GCAATTTTT
gi|2 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAATTATTACTAGCATATGAATGC-------------T----AAT-----C----GCT---TTGACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A--------A-T----AT-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAACTATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----AGTT--GTC-TTC-T-TTTA-----------ACTACTTT-C-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGCCGGTAAA--G--GTGTT--CT--CCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTGCTATGGCCTTTGGAGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACACCGTGaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaattattactagcatatgaatgctaatcgctttgacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaactatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttcttttaactactttccacgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactagccggtaaaggtgttctccagaaatccagcattggtgctatggcctttggagcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaccgtg
gi|20 : ataaacacaaatttcattggaaatgtaaaagaaatcaacatgtgaattgtatttttatgtatttagttttaatatcgtgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaaatgtcatatcgacaataaaatggatttaatacttaaataaagcaatttttaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAATAAAGACACAAATTTTT--T-ATTGGAAATATCAAAGGTATAAAAGGGTGAATTGTATTTTTATCTATTT---GTT
gi|21 : GCAAAATAAGGACACT----TTTTTC-ATTGGAAATGTAAAAGGAATAAAAACATGAATa
gi|22 : aAGAATAAAGACACA----TTTT-C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAAgacatt
gi|3 : agaGTGAATTGTATCTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATAGAGAAAATACCAAAAAATGCAATATATCAAAAA-GTATTAGACATATCCGCAAATAAAG-AAG-TTCAATACCTAAATgg
gi|3 : atgaaTAAATTAGGTCACATGACGCC-GA-GCTAT----AACA---G---GCGTA----GTG---C----AAT-----C----TCT---TTTACAGAGATGT-TACAATTCCTATACGTATAT-GCCGT---TTAGGTA-TATAA-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAAC-A-TT---AT-GAT---GAGGTCTTATTTCCTGGATATTCACGATC--------TTTAGCCTTTATATGCAGTTCA------ATT-------T--GATTC-----A-----AG----AGTT--GCC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CT-C-G-CGCATTCATTCTCATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTG--GATAT--CG--TTA---GAAATCCAGCA-Ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactctaaattaggtcacatgacgccgagctataacaggcgtagtgcaatctcttttacagagatgttacaattcctatacgtatatgccgtttaggtatataaagtatttcaaaatcttttaaacattatgatgaggtcttatttcctggatattcacgatctttagcctttatatgcagttcaatttgattcaagagttgcctactttgaactacttttctcgcgcattcattctcatagaggagtacttcgcacttttgggttggcaaccagccaaaagtggatatcgttagaaatccagcat
gi|4 : atgaagtgaattgtatctttatgtatttattgttaatatcatagagaaaataccaaaaaatgcaatatatcaaaaagtattagacatatccgcaaataaagaagttcaatacctaaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactcTAGGTCACATGACGCCTGATACTGTTTTAAGGATATGATTGCATATTTTGTAACGT----AGTGCACTC----GCT---TTTACTGATTTGT-AC-AACTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACAA-T----AT-TAT---ATGTTTTTTCTTGCTTAATTTTTAAGATC--------TTAA-----------------GCTATTCAATACAGTTAC--G-TTTGATCCA-----AG----AG----ATC-TACGTGTTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCTTTCATTCTTGTGGAGG--GTACTTCAAACG---TTCGGGTTGACAATCAGCCA--AAAGTG--GATAT--TG--TCA---TAAATCTAGCA-AT-GGTACTATGGCCTTTGGAGCAA-GCCACAGGCAAAGAAAAAATCAC--CACGTGATATCACGT
gi|5 : TGAATTAGGTCACGTGACCCCTGGTACTATTTTTAGCATATGACTGCAAACTTTGTGACGTAGGGAAC-----C----GCT---TTCACATATTTGT-TG-AC-------------GG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-ATT----AT-TAT---GT-GTTTCTTACGCTAAATGTTTACGATCTTTCGGTTTTAA-----------------ATGC---AGT-------TCAG-TTT-----G-----ATTTACAGTT--GAC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTTCC-CA-C-G-CGCATTCGTTCTTATA-AGG-AGTTCTTCGCACT---TTTGGATTGGCAACCAGCCA--AAA--GTAGATAT--GG--TCA---GGAATCCAGCATTT-GGTACCGTGGCCTTTATGGCAATGCCt
gi|6 : TGTCTA-ATCTTC---------GG-TTTAT---T---GTA-TA--ATGGTTCATTAAGGTCAAAATC-GTTCAAAC-A-CC---AT-TAC---GTGGTATTTTTGGCTAAATATTCAAGATC--------TTGAGCTTTT-----------A------AAT-------TTAG-TTC-----A-----ATT---GGAT---TCATGC----TGA-----------ACTACTTT-T-CATC-G-CG----CATTCTGATAGAGG-AGTACTTTGCAC----TTTGGTTTGACAGCCAGCTA--AAA--G--TGCATAACG--TAA---GAAATACATCA-TT-GGTACTGTgaaacaaa
gi|7 : tattatagtggcgcattaa----AAT-----T----GCTGGATTTGGAAAGTCAT-TA-ACATTCAA-----GTCGTGTCATAACTTGCGTAGTT--G-AGA--GTT----TCCCAATCCATTTGAAT-A-TGA--AT-T------TGGCTATTTTTGCTAAATATTCATGACC----------AT-----------------A------AGT-------T----TTT-----ATATCCAGTAC-AATTAGATC-CCT-G-TTGA-----------GCTGATTT-T-CA-CTG-CGCATT--TT----TAGAAG-AGTAATTTGCTTT---TATGG---GGCGATTAAGTG--AAA--G--CGGAT--AGGCTCT---G-AACCCAGCA-TT-GCTAGTATGG-CTTTGGAACAA-GCTCCAGGCtgtactgattggcgtggatctgaaccaatcaactacataacaccgataactgtg
gi|8 : ttatcaatagccaacattcatatcTTAGGTCACGTGGCGCCTGATACTTTTTTTAGCATATGCCTGCATACTTCGTGACGT----AGTG----CACTGGCT---TTTACAGTGTTGA-TA-AACATCTA-----ATGG-GT-GG---TTAGATA-AA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-TTAGGATATACTGTGTGGTC-TTTCTGCTAAATATTCACGATC--------TTCA------------------------------------------------------------------TC-T---T-TTAA-----------A-TACAGT-T-CG-C-G-CGCAT--ACTGTTATAGAGA-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACT--------------------------------GGAATC---CA-TT-AGTAATATGGCATTTGTTACAA-GCACCAGGCCAA-AA
gi|9 : CT---TTTACAGAGTTAT-TA-AACAACTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAACATC-GTTTAAAC-GTT----AT-CAC---GTGGTCTGTTTTA-TAAGTATTCACGAGC--------TTAA-----------------G------CA-------------TTT-----A-----AGT---A-CA--GCT-TAG-T-TTGATCCAAGAACTGACTACTTT-TCCA-T-G-CGAATACATTGTTATCGAGG-AGTGCTTCTCAATCAGTTTGGTTTGGCAATCAGc
blockSeqs : AATT TT T A TAT AA T CA A AATGT G C C A A AA ATATTTTGTAACGTAGTGCACTC GGA C C TCT TACGT T AAC G G TA T TC AAGG C A TTAGG A CTGT TTTAGCCTTTATATGCAGTTCAATTTGATTCAAGAGTTG A ACGTG TCCAAGAACTG C C T T T T G CAG GGT GTTGAG AA GC TCA T T T C G A T GTG
blockSeqs : GT TT . T . . . CA A AATGT . A A T T AT ATACTTCGTGACGTAGTGCACTG . . . ATT . . . C . . . . . . . TGA . C TTTCGGTTTTAAATGCAGTTCAGTTTGATTTACAGTTG . TCT . . . . . . T . . A ATTAAT AA . . . . . A . C A .
blockSeqs : GG T . T . . . TG . ATGGA . A A T T AC AAACTTTGTGACGTAGGGAACC . . . ACT . . . T . . . . . . . TC . T TTAAGCTATTCAATACAGTTACGTTTGATCCAAGAGA . ACT . . . . . . T . . A ATAGAG . . . . . . C . A .
blockSeqs : . . . G . . . TA . GAAG G T T CC GTAGTGCAATC . . . TCT . . . T . . . . . . . TT . T TTGAGCTTTTAAATTTAGTTCAATTGGAT . ACT . . . . . . T . . A GTGGAT . . . . . . T .
blockSeqs : . . . C . . . . . . G . . . TAATC . . . CAT . . . T . . . . . . . TT . T ATAAGTTTTTATATCCAGTACAATTAGA . CTG . . . . . . T . . A GTGGAT . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . ACA . . . T . . . . . . . CC . T AAAAATTGTTTAAGAGTTG . AGT . . . . . . A . . A GTAGAT . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . ACA . . . T . . . . . . . TT . C TTAAGCATTTAAGTACAG . GC . . . . . . . . . A GTGG . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . C . . . T . . . . . . . T . C TTCA . T . . . . . . . . . A GGTG . . . . . . A
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A GTGC . . . . . . .
blockSeqs : . . G GCGG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CA AACTTCGTGACGTAGTGCACTC********* TT**** A** GTNGAT**
originalCons : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCATACTTCGTGACGT----AAT-----C----GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-A-T----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAA--G--GAGAT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
finalCons : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCAACTTCGTGACGTAGTGCACTC---------GCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAAC-ATT----AT-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATC--------TTAA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---AGTT--GTC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTNGAT--AT--CG--TCA---GAAATCCAGCA-TT-GGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 11 1 11 1 222222 1 666666666666 11111 11111 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 11111111111 222
lowQualScore : 1111 66 4 4 777 66 6 33 3 777777 0 1 3 7 3 3 111111111111 44444 888 0 4 4 666 0 00000 4 777 1 4 55 4 55 8888 4 0 3333 4 4 7777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 00000 99999999999 4 4 4 4 4 3 3 555 0 99 1 4 555 6 0 4 4 5 1 9 333
lowQualScore : .... .. . . ... .. . .. . ...... . . . . . . ............ ..... ... . . . ... . ..... . ... . . .. . .. .... . . .... . . .... .............................................................................. . ..... ........... . . . . . . . ... . .. . . ... . . . . . . . ...
lowQualScore : 7777 77 4 8 888 99 7 55 3 777777 0 0 7 8 7 3 333333333333 44444 888 2 0 0 111 9 00000 0 000 3 0 55 0 55 5555 0 8 2222 0 0 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 77777 00000000000 0 0 0 0 0 3 1 444 8 22 0 6 888 7 7 0 8 7 0 8 333
consensus : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCA-A-CTTCGTGACGTAGTGCACTCGCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACATT---A-T-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATCTT--------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---A--GTTG--TC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCG--AAAGTGGATATCGTCA---GAAATCCAGCA-TTGGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
Reference ( family-795 ) : GCAGAATAAAGACACA----TTT--C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAACGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACC--AAAATGCAATGTATCAAAAA-GTGTCAGACATATCGAC-AATAAAA-ANG-TTCAATACCTAAATAAA-GCANTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTGAATTAGGTCACGTGACGCCTGATACTATTTTTAGCATATGANTGCA-A-CTTCGTGACGTAGTGCACTCGCT---TTTACAGAGTTGT-TA-ANCTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACATT---A-T-TAC---GTGGTCTTTTTTGCTAAATATTCACGATCTT--------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AGT---A--GTTG--TC-TNC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTNGATATCGTCA---GAAATCCAGCA-TTGGTACTATGGCCTTTGGGGCAA-GCCCCAGGCCAA-AAANAATCACAGCAC---ATACAACGTG
gi|1 : GCAGAATAAAGACATA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAAACAACATGTGAATTGCATTTTTATATATTT---AATTCTAATATCATGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-GTGT----CATATCGAC-AATAAAAGGGG-TTTATTACCTAAATAAA-GCATTTTTT
gi|1 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAACTAGTATTAACATATGAATGC--------------TAAT-----CGCT---TTTACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A-------AT----A-T-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAAATATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----A--GTTG--TC-TTC-T-TTGA-----------ACTACTTT-C-CA-T-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGGCGGTAAAGGAGTTCTC--CA---GAAATCCAGCA-TTGGTGTTATGGCCTTTTGGGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACAACGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaactagtattaacatatgaatgctaatcgcttttacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaaatatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttctttgaactactttccatgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactaggcggtaaaggagttctccagaaatccagcattggtgttatggccttttgggcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaacgtg
gi|10 : gcagaataaagacatatttcattggaaatgtaaaagaaaacaacatgtgaattgcatttttatatatttaattctaatatcatgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaagtgtcatatcgacaataaaaggggtttattacctaaataaagcattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGACACAGT--TTT--T-ATTGGAATTATAAAAGGAATAAAAGAATGAATTACAATTTTATGTATTT---ATTGGTAATATCATGCAGAATGGACC--AAAAT-TATTGTATCAAAAG-GTGACAGACATATCGGCAAATAAAA-ATGTTTCTATACCTGTATAAAGGCACTTTT
gi|11 : aaagtcTGG-----------ATTACTTT-T-CA-C-ATCGTA---AT-CTTATAGAGG-AGTACTTTGCGCT---TTTGGGTTAAAAGCCAGCCA--AAAGTGGATAACGTCA---GAAATCCAGCA-CTGGTACTATGGCCTTTTGGGAAA-GC------------AAAAATCACTGC
gi|12 : ttaattttgggattcatacAGAGGGAGTGCTTTGCACT---TTTGGGTTGGTTACCATGCA--GAAGTTGAGATCGTCA---GAAATTTAGCG-TTGGTACAATAGCCTTTCAGGCAA-TCCCAAGGCtgtaagattacatttc
gi|13 : tcatgaaaAGAGTAAGGACACGGG--TTT--C-ATT------ATAAAAGAAGTAAACATGCGAATTGTATGTTTATGTATTA---ATTGTTAATATCACGCTGAAAAGACC--AAAATGCAACGTATCAAGAA-GTATCAGACATACTGAA-AATACAA-ATGTTTCGATACCTTAATAAatgtaaagagtaatgaaaatattatatcaataacaaaatatattctcacctga
gi|14 : TAAAGAGG-AGTACTTCAAAAT---TTTGGGTTGGCAATCAGCCA--ACAATTAATATCGTCATCAAAAATCATGCA-TTGATATTATGGCCTTTGGTGCAA-GCACCAGGCCAA-A
gi|15 : tactgttttagtgTTGT-TA-AC--TATG-----ATGG-TTCAT---TGTGCTG-CA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAACATC---A-T-TAC---GTGATATACTCTGCTAAATATGATCGAGCTT--------AA-----------------tattgacctgtttcttatgttcataaagtt
gi|16 : tttatagtcgtgcattaatatattGTATTTTGATGTATTT---ATTTACAATAGCATGAGAAAAAGGCC--AACATGCAATGTATCGAAAATGCGTTGGACATATCGAC---TGAA---------AATAACTAAAAAAT-GCAATTTTgcttt
gi|17 : CAGAAAAACAACACA----TTTTTC-ATTAGAATTATAAAAGGAATAAAAA-ATGAATTGTATGTTTATGTATTTTATATTGTTAATATCATGCAGAAAAGACG--AAAATGCAAgaat
gi|18 : G-AATACTTCTTACT---TTTTGGTTGGCA-TCAGCCA--AAAATAGAGATCGTCT---GAAATTCAGCATTTAGTATTATGACCTTTAAGGCAA-GCCTCAAGTCAC-AAa
gi|19 : AGAATAAAGTCACA----TTT--TTATTGGAAATATAGAAGGA-TAAAAA-ATAAATTGTATCTTAATGTATTT---ATTGTTAATATCATGCAG--AAGATC--AAAAtc
gi|2 : gaATAAACACAAA----TTT--C-ATTGGAAATGTAAAAGAAATCAACATGTGAATTGTATTTTTATGTATTT---AGTTTTAATATCGTGCAGAAACGATC--AAAATGCAATATATGAGAAA-ATGT----CATATCGAC-AATAAAA-TGGATTTAATACTTAAATAAA-GCAATTTTT
gi|2 : ACATTGAATTAGGTCAGCTGACGTTTAAAATTATTACTAGCATATGAATGC--------------TAAT-----CGCT---TTGACAGAATTAT-TA-ATCTTCTA-----ATAG-GTCAT---TCAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAAAATC-A-------AT----A-T-TAT---GTGGTCTTCTTTGCCAACTATTTACGAT-----------AA-----------------A------AAT-------T--G-TTT-----A-----AG----A--GTTG--TC-TTC-T-TTTA-----------ACTACTTT-C-CA-C-G-CGCATTCATTCTTATAGAGG-AGTACTTCGCCCT---TTTGGGTTGG-AACTAGCCGGTAAAGGTGTTCTC--CA---GAAATCCAGCA-TTGGTGCTATGGCCTTTGGAGCAA-GCTCCAAGCCAA-AAACAATTACAGCAC---ATACACCGTGaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattgaattaggtcagctgacgtttaaaattattactagcatatgaatgctaatcgctttgacagaattattaatcttctaataggtcattcaggtataacgtcttccaaaatcaatattatgtggtcttctttgccaactatttacgataaaaattgtttaagagttgtcttcttttaactactttccacgcgcattcattcttatagaggagtacttcgcccttttgggttggaactagccggtaaaggtgttctccagaaatccagcattggtgctatggcctttggagcaagctccaagccaaaaacaattacagcacatacaccgtg
gi|20 : ataaacacaaatttcattggaaatgtaaaagaaatcaacatgtgaattgtatttttatgtatttagttttaatatcgtgcagaaacgatcaaaatgcaatatatgagaaaatgtcatatcgacaataaaatggatttaatacttaaataaagcaatttttaaaaaaaatgtctgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAATAAAGACACAAATTTTT--T-ATTGGAAATATCAAAGGTATAAAAGGGTGAATTGTATTTTTATCTATTT---GTT
gi|21 : GCAAAATAAGGACACT----TTTTTC-ATTGGAAATGTAAAAGGAATAAAAACATGAATa
gi|22 : aAGAATAAAGACACA----TTTT-C-ATTGGAAATATAAAAGGAATAAAAAgacatt
gi|3 : agaGTGAATTGTATCTTTATGTATTT---ATTGTTAATATCATAGAGAAAATACCAAAAAATGCAATATATCAAAAA-GTATTAGACATATCCGCAAATAAAG-AAG-TTCAATACCTAAATgg
gi|3 : atgaaTAAATTAGGTCACATGACGCC-GA-GCTAT----AACA-------------------GGCGTAGTGCAATCTCT---TTTACAGAGATGT-TACAATTCCTATACGTATAT-GCCGT---TTAGGTA-TATAA-AGT--ATT----TCAAAATC-TTTTAAACATT---A-T-GAT---GAGGTCTTATTTCCTGGATATTCACGATCTT--------TAGCCTTTATATGCAGTTCA------ATT-------T--GATTC-----A-----AG----A--GTTG--CC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTT-T-CT-C-G-CGCATTCATTCTCATAGAGG-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAACCAGCCA--AAAGTGGATATCGTTA---GAAATCCAGCA-Ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactctaaattaggtcacatgacgccgagctataacaggcgtagtgcaatctcttttacagagatgttacaattcctatacgtatatgccgtttaggtatataaagtatttcaaaatcttttaaacattatgatgaggtcttatttcctggatattcacgatctttagcctttatatgcagttcaatttgattcaagagttgcctactttgaactacttttctcgcgcattcattctcatagaggagtacttcgcacttttgggttggcaaccagccaaaagtggatatcgttagaaatccagcat
gi|4 : atgaagtgaattgtatctttatgtatttattgttaatatcatagagaaaataccaaaaaatgcaatatatcaaaaagtattagacatatccgcaaataaagaagttcaatacctaaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactcTAGGTCACATGACGCCTGATACTGTTTTAAGGATATGATTGCATA-TTTTGTAACGTAGTGCACTCGCT---TTTACTGATTTGT-AC-AACTTCTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACAAT---A-T-TAT---ATGTTTTTTCTTGCTTAATTTTTAAGATCTT--------AA-----------------GCTATTCAATACAGTTAC--G-TTTGATCCA-----AG----A--G--A--TC-TACGTGTTGA-----------ACTACTTT-T-CA-C-G-CGCTTTCATTCTTGTGGAGG--GTACTTCAAACG---TTCGGGTTGACAATCAGCCA--AAAGTGGATATTGTCA---TAAATCTAGCA-ATGGTACTATGGCCTTTGGAGCAA-GCCACAGGCAAAGAAAAAATCAC--CACGTGATATCACGT
gi|5 : TGAATTAGGTCACGTGACCCCTGGTACTATTTTTAGCATATGACTGCA-AACTTTGTGACGTAGGGAAC-CGCT---TTCACATATTTGT-TG-AC-------------GG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACATT---A-T-TAT---GTG-TTTCTTACGCTAAATGTTTACGATCTTTCGGTTTTAA-----------------ATGC---AGT-------TCAG-TTT-----G-----ATTTACA--GTTG--AC-TAC-T-TTGA-----------ACTACTTTCC-CA-C-G-CGCATTCGTTCTTATA-AGG-AGTTCTTCGCACT---TTTGGATTGGCAACCAGCCA--AAAGTAGATATGGTCA---GGAATCCAGCATTTGGTACCGTGGCCTTTATGGCAATGCCt
gi|6 : TGTCTA-ATCTTC---------GG-TTTAT---T---GTA-TA--ATGGTTCATTAAGGTCAAAATC-GTTCAAACACC---A-T-TAC---GTGGTATTTTTGGCTAAATATTCAAGATCTT--------GAGCTTTT-----------A------AAT-------TTAG-TTC-----A-----ATT---G--GAT---TCATGC----TGA-----------ACTACTTT-T-CATC-G-CG----CATTCTGATAGAGG-AGTACTTTGCAC----TTTGGTTTGACAGCCAGCTA--AAAGTGCATAACGTAA---GAAATACATCA-TTGGTACTGTgaaacaaa
gi|7 : tattatagtggcgcattaaCAATTGCTGGATTTGGAAAGTCAT-TA-ACATTCAA-----GTCGTGTCATAACTTGCGTAGTT--G-AGA--GTT----TCCCAATCCATTTGAATATG---AAT-T------TGGCTATTTTTGCTAAATATTCATGACCAT--------AA-----------------G--------T-------T----TTT-----ATATCCAGT---ACAATTAGATC-CCT-G-TTGA-----------GCTGATTT-T-CA-CTG-CGCATT-----TT-TAGAAG-AGTAATTTGCTTT---TATGGG---GCGATTAAGTG--AAAGCGGATAGGCTCT---GAA-CCCAGCA-TTGCTAGTATGG-CTTTGGAACAA-GCTCCAGGCtgtactgattggcgtggatctgaaccaatcaactacataacaccgataactgtg
gi|8 : ttatcaatagccaacattcatatTTAGGTCACGTGGCGCCTGATACTTTTTTTAGCATATGCCTGCATA-CTTCGTGACGTAGTGCACTGGCT---TTTACAGTGTTGA-TA-AACATCTA-----ATGG-GT-GG---TTAGATA-AA--A-AGT--ATT----TCAAAATC-ATTTAAACATTAGGA-TATACTGTGTGGTC-TTTCTGCTAAATATTCACGATCTT--------CA--------------------------------------------------------------------TC-T---T-TTAA-----------A-TACAGT-T-CG-C-G-CGCAT--ACTGTTATAGAGA-AGTACTTCGCACT---TTTGGGTTGGCAAC------------TGGA-ATC----------------CA-TTAGTAATATGGCATTTGTTACAA-GCACCAGGCCAA-AA
gi|9 : CT---TTTACAGAGTTAT-TA-AACAACTA-----ATGG-GTCAT---TTAGGTA-TA--A-CGT--CTT----CCAACATC-GTTTAAACGTT---A-T-CAC---GTGGTCTGTTTTA-TAAGTATTCACGAGCTT--------AA-----------------G------CA-------------TTT-----A-----AGT---A---CAG--CT-TAG-T-TTGATCCAAGAACTGACTACTTT-TCCA-T-G-CGAATACATTGTTATCGAGG-AGTGCTTCTCAATCAGTTTGGTTTGGCAATCAGc