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Reference ( gi|6 )            :          AGAACGTTATTTTA-ATTCCTAGTACGGTTATCAT-AAAAGAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTA---AATTATCATATGAA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TGAACCGTG-GATTATGTGCTTCCCTCGTGTATATTAA-CGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTG-AAATGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGCTGTTTTT---TAAAT--T----T----GTTTTA--TTTTTTCATTGCTT-TTTCAAAGCATGGGAATG-TC-AAACACGAAAA--TTAGGCCTCACTTTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAAC----A-------TTTATTGATGGAAG-GGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--A-A----TTCGCGCG----TTTTCCATTCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATTTTAGTCGCGATATTGT-GAATGT-CTTACTTTATCTAG-ATC------GCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATAAGT-------------TAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTT-CCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATTTG------TTGTCGTTTGTTTACTTTGTTT-TC-T-CTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
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gi|11                         :                                                                                                                                                             TA--TTTT-----TCATGTAGTGGTATATAG-TAGTAGA-TGAAGGGTA-GATTTTGTGTTACCCTCGTGTATATGAA-CGAAA-TACAGGTCA-AAACATGCAATTCTTC-AAATGCAATATTTCAATTTATCGCAGGTGTTGTT---------AT--G----T----GTTGT---TTTGCTCGT--CTT-TATCAAAATATGGGA-TGACC-AGACATAAAAA--TTAGGCCTCAGTGTTGATTTTGGAATTTCCAGGGTGATAT----A-------TT-ATGAATAAATG-GGCATGACGTCA-CGTTATTTGCATTCGTAA--C-A----TTTCTGCGGGTTTTTTTCATGCAAAGTCATCTGTCATCTTG--TTGAGCAGTTGA-GGTTCTTG----GACATTGC--AAT----TTAATT-ATTTAGTATCATGTTTGCATTACA-CTGCAAGAGAAGGT---------------------CAGTT----TTA-TTATTGATAAGT-------------TAATTTGCATAATAATGATTAAATACAAACAAAACTAATTTAACCTACTGT-TATTGCGATGTGCCAA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                             aGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTG-AAGTGCAATAGTTCTATTTGTCACTGGTGTTGTTTTT---CAAAC--G----T----GTTTTA--TATTTTCATTGCTT-TTT-AAAGCATAGGAATG-TC-AAAAACAAAAA--TTAGGCCTCACTGTTAAAATCAGAATTTCCAGGGTGAAAA----A-------TTAATTGATGGAAG-GGCATAACGTCA-TGTCATTTTC-CATGCAA--A-------------G----ATTTC--------------CGCGATCTTTGTTTCAGCTGTTGGTGGATTTGGACACTATACTTT-GGATAT-TTTACTTTATCTAG-GTC------GCATTACA-TTGCGAGGAAAGGT---------------------ATGAA----TTA-TTATTTATTAGC-------------TAAGTTGCATAATAATTATTTATAACAATCAAAACTTTAATGAACTATTGT-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctAAATC----TTTCCATGG-AAAAC----AGGCGAATTTTACTTACGCAAATGACATGACGTCA-TGCC-CTTCCATCAATAA--ATAT---TTCGC
gi|7                          :                                                                                                                   tctatagagcattattaattcaaagtacgattatcataaaagaattatcattatttatatttcttcgaatatggagtcattgcattattatcatatgaaactcgttatctattttcgaatttggcccggttattttgttcagtagagataaagagtgattggtgaaccgtggattatgtgcctccctcgtgtatattcacggaagtgaagtccagaaatatgtaatacctgaagttcaatatttctatttgtcacaagagttgtttttcaaatgtgttttattttttcattgctttttcaaagcataggagtgtcaaacacgaaaataaggcctcactgttaaaatcggaatttccaggATACGTAA--A-A----TACGCGCG----TTTTTCATGCAATAATTTCCGCCATATTGGTTTTAGCTGTCGATGGTTTTGGACGCTGTATTTT-GGATATGTTTAATT-ATCTCG-ATT------GGATAACA-TTGCGAGGGAAGGT------------------------T-----TTA-GTATTGATTAGC-------------TAAGTTGCATAGTAATAATCTATAACAATCAAAACTTAAATGATCTATTGT-T-TTGCGCTGTGCCAA-GTTTT-C--A--------AATGTGAAC--------GCCTTGCG------ATGTCGTTTGCTAACTT--------------TTTTTTA-TCTACTGTGTATTGTGTTAAGTTGAAATccaccatcttggatacagctgttgatggttttggacgcggtattttgaatattttgctttatccagatcgcattatataacgaggaacggtaggtattattattgagttaaattgcataaaaatgatttataacaatcaaaacttatttgaactattgttttgcgatgtgccaagttttccaaagtgtaacgcaattcgatgtcgtttg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTTCCATGCAAAGATTTCCGCAATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTTTTGGACGCGGTATTTT-GACTAT-TTTACTTTATCTAG-ATC------GCATTATA-TATTGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGT-------------TAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGAGATGTGCCAA-GTTTT-CCAA--------AGGGT-AAC--------GCCA-----------TGTCGTTTGTTTACTTTGTTT-TC-T-CTCTTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATatcgtagggctttctatgcaataaatcaatactttatattgcagctgtagttcccaatgagctgaataagaccattggtgaaattcatgaactttatataaacaacgaatgttgcatcgactgattggaattgtactgtatttttcagttttgttgtgttgcgtgaaaggataatcctgttgatatttcttttaatgggaatcatactgtgcatgtgtgttttgtacattggttcttttttaggttcctttctgatgtgatttcatagctcaatgtcaccaatttatcttgcgccctcatgcgctgtacacatggggttaatgtcaaggtcacaacattttacataattcttggttagcgactgatcatgtcagtctgtgtttgcacactctttagttatggcacat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCATTCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATTTTAGTCGCGATATTGT-GAATGT-CTTACTTTATCTAG-ATC------GCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATAAGT-------------TAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTT-CCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATTTG------TTGTCGTTTGTTTACTTTGTTT-TC-T-CTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatgcaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttaaaattattaatttgtatgtaaacaacgaatgttgtatcggctgattggatggtgattttcatttttggtgtggtgcatgaaaggattattttgttgtgattttttaacgggaatcgtactgtgcatgagtgttttgttcattggttctttcttgagttctttcctatctgattccattgcttgatgtcatccgtgtatcatgcgctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatccgactgggcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgccagtttttattaaatgctgtcatgaattataaaacaataagcatatgctttccaaagcagttggtgtacataaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccatacattattttttaaggtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttgcataggttatgttctgcataattacttaaattttgtttccgtgcattacaatatggagaagctgctgttactgttttaagtcctctgcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CATGCAAAGATTTCCGTCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATTTTAGACGCAGTATTTTCGTA-GT-CTTACTTTATCTAG-ATC------GCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGTATTATTGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTT-CCAA--------AGGGT-AAC--------GCCATTCG------ATGTCGTTTGTTTACTTTGTTT-TT-T-CTCTTTTTTT-Tgccgttcaatgcagtaagtaaatattttatattggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggtaaaatttattaacttttatgtaaacatcgactgttgtatcggctgattggaatggttgttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgttgtgttttttaacgggaatcgtacgatgacatccgtgtatcatgagccgccttgcgctgcacacacgatcacacaatggtgtttatgtcaaggtcacaattgtttatgtaattcttgggttctgactgcgcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattataaaacaataagtatatgatttccaaagcagctggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatggttgaggatgtttatggcgtttatggccgacattcccataaattatttttttaaagtaatggcctgtgtgtctgtt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGAG--AAGGT---------------------ATGT-----TTACTTATTGATAAAC-------------TAATTTGCATAATGATGATTAGTTGCAAGCAAAACTAAAATAACCTTCTCTAA-TTGCGATATACCAACTTTTT-TTGAAATGTTTCAGTGT-AAC--------GATACGTGATAGGCCTATTGTTTGTGTACTTTTTTTATT-TGTTGTTTTTTT-TCtatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttcattgtcacgtttgcatttcactgca-GTCTTGCTGG--------AGGGT-GAT--------G-----TG------GTCCCG---GTTTACTTTGTTT-TT-T-CTCTTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtaaatgattatcatgtatgtttacgtgctgtgcatgtgtatattagttctttcctaacagatttcacaatatgatatagaatgttcttaagcattaaacacatgtggagtttatgtcaaggtcgcgtatgattacacaaattcgtggttaccgactgggttttctgtcgggtgtttcataatatttgtttattacacatgaagagtatacatatacgagcttttattaaatgttggcatgacttattaaacaataaacataagctttccgtagctgttaccttacatatttcttttgtttatgcctttatga
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGGAATATATACATGTACAAGCTTTTACTATGTTGACATGAATTATAAAACAATAAACATATTCCAAAGCTATTGGTCTACATAGACATTTTTATTCTTGTGATATTGCTTTGCTTTATGATTGAGGATGTTTGTGACCAGCATTTCCATAAATTCATTATATTAAGGTAATGTCCTCCAATTTTGTAGATAAAAAAACAGTAGTGCTATTGTTATTTTTATCTTACGTATATACAAAAAAATACTGAGTCTGTGCTTGTTCCGTTTCCTTGCATAACAATGGTTAACAGCATTAAGAAGCTACTGTTACTGTTTAAGACATGCCCTCTGTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TCTGCATGAAGGAATATATACATGTGCGAGTTTTATTAAATGTTGTCATGAATTATAAAACAATAAGCATATGCTTTCCAAAGCAGTTGGTGTACATAAAAAAATATTGCTTGTGATAATGCTTTGCTTCATGATTGAGGATGTTAATAGCCGACATTTCCATAAAAACATTTTGAAGGTAATGGCATGTGTATCTTTTGTTTCGATGTTCCTTGCATAGGTTATGATCTGCATAATTACATAAATTTTGTTTCCGTGCATAAAAATGGTTAACAATATGGAGAAGCTGCTGTTACTGTTTTAAGC
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTAAAAGTAATGGCCTGTGTGTCTGTTGTTTCGATGTTCCTTCCATAGGTTATGTTCTGCATAATTACTTATTTTTTGTTTCTTTTCATAACAATGGTTAACATGGAGAAGCTGATGTTACTGTTTTAAGGCCTCTGCCATTA
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lowQualScore                  :                            ..    .       .         .   .       ..        ...       .                 ...                ..  .         .....                        ..    .... .  .    . .  . .  .  .    .  .  .    .                         .         ..     ..  ..       .   .               .      .           .  ....     ............      ..      .    .   .                . .  .           .          .       .                    .....   .                       .                  ..  .  .    ....        ..                      . .               .        .       .     . .    .                    . ..           .....................    .....   .    .............    .                                                      . .              .       . ........     .   ........     .   ......        ..        ..     ..  .       .                            
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consensus                     :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATTCGA------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTC-TCTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
Reference ( family-761 )      :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCGCAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGTGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGNTNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATNCGA------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTC-TCTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agCGAG--AAGGT---------------------ATGT-----TTACTTAT-------------TGATAAACTAATTTGCATAATGATGATTAGTTGCAAGCAAAACTAAAATAACCTTCTCTAA-TTGCGATATACCAACTTTTTTTGAAATGTTTCAGTGT-AAC--------GATACGTGATAGGCCTATTGTTT--GTGTACTTT-TTTTA-TTTGTTGTTTT-TTTatttttgtaatggaaataattttgtacataagttccgtcctaactgatttcataagttgatgtagagcgtgtcaatcatcattcattctacacacatggcggttaatgtcacggccacgcttgattacatacatacaagcgactgcgtatgtcagtctgtgtttcaaaatatttggttattgcacatgaagacaatatatacatatacgagtttttaattaatgctggcatgaatttaaaa
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctCAT--GCAAAGATTTCCGTCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTTCG--TAGT-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGTATTATTGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCAA--------AGGGT-AAC--------GCCATTCGA------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTT-TCTCTTTTTTT-
gi|19                         :                                                                                                                      TATG-AA-GTTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TTATTGG-TTCAACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGAAAGT-------------ATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACTGGTGCTGTTTTT---TAAACG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCAAAATAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCtatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCAATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GACTA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATTGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGAGATGTGCCAA-GTTTTCCAA--------AGGGT-AAC--------GCC-----A------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTC-TCTCTTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
gi|20                         :                 AGAGCGTTATA--CATT-CATAGTATTATTGTCATTAAA-GAATTTT--CATT-TTT---AAACTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATA-AA-GCTATATTC-----CTGTTTTCGAGTTTGACCCAGATA--TTTT---CTCAA-GTAGTGGTATATAT-AGGTAGG-TG-AAGTGTA-GATTTTGTTTTTCTTTCGTGTTTATGAACGGAAGTGgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatgcaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttaaaattattaatttgtatgtaaacaacgaatgttgtatcggctgattggatggtgattttcatttttggtgtggtgcatgaaaggattattttgttgtgattttttaacgggaatcgtactgtgcatgagtgttttgttcattggttctttcttgagttctttcctatctgattccattgcttgatgtcatccgtgtatcatgcgctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatccgactgggcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgccagtttttattaaatgctgtcatgaattataaaacaataagcatatgctttccaaagcagttggtgtacataaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccatacattattttttaaggtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttgcataggttatgttctgcataattacttaaattttgtttccgtgcattacaatatggagaagctgctgttactgttttaagtcctctgcc
gi|21                         :          tttcaatAGAGCATTATT--TATT-CATGCTA---TTTTTGTAAAA-A---TAC--TATTATTT---GTACTTC-TTTGATTATGGATCCAT---T------TGATCAGTTG-AATGCTCTATAT-----TTATTTTCAAGTTTGTCCCAAATAACGTCT---ATATATGAAGCAATAGATAGATG--TGGATG-AA--GTGCGGTTTTGTGTTTCTATCGTGTATATGAACGGAAATtc
gi|24                         :            tttttAGAGCGTCATT--AGTT-C-TAGTATTGTTAGCATTAAA-GAGTTATATCATTATTA---ACATTTC-TTCGGATATGAAGTC-----TACCATATAATTACATACAC-GCTCTGTATAATAACTGGCTTCAAGTTTGACC
gi|3                          :            tttatAGAGCGTTTTC--AGTT-CATAGTACGGTTATCATCAAA-GAATTAT--CATTATTT---TTATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATG-AA-GCCCTATATAT---CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTCCA-GTGGAGGTAAAGAG-TGATTGG-TG-AACAGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATTTTAACAGAAGTGAACTTTAAAAACATGTAATACCTCAAGTGCATTATTTTT--------CAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TT---------G----TTTCAAAGCATAGGAA---------CACGAAAA-TTAGACCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCCGGGTGAAA----AATTAATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGTTTCAGCTGTTGGTGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-T-TTTACTTTATCTAGGTCGCTTTATC-T---------AGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATTAGTTTAGTTGCATAATAATCATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGAT--------GTTTTCCAA--------AGGGT-AAC--------GCCATGCTA------TGTCGTTC--GTTTACGTTGTTTTCAGCTGATTTTTT-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttctatCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATTTGT------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTC-TCTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATacgttctctcctatctgattccatggcttgatgcatctatgtatcatgcactgtcatgggctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttgctactgcgcatgtcagtctgcatggaggaataaataaatgtgcgaatttttattaaatgttgccatgaattataaaaaaaaataaacctatgctttccaaagcagttgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GA------TGTGGTCCCGGTTTACTTTGTTTTT-TCTCTTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgccgttcaatgcagtaagtaaatattttatattggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggtaaaatttattaacttttatgtaaacatcgactgttgtatcggctgattggaatggttgttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgttgtgttttttaacgggaatcgtacgatgacatccgtgtatcatgagccgccttgcgctgcacacacgatcacacaatggtgtttatgtcaaggtcacaattgtttatgtaattcttgggttctgactgcgcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattataaaacaataagtatatgatttccaaagcagctggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatggttgaggatgtttatggcgtttatggccgacattcccataaattatttttttaaagtaatggcctgtgtgtctgtt
gi|6                          : ggtcttgctggagggtAGAACGTTATTTTAATT-CCTAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTAAATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCTTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTGAAATGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGCTGTTTTT---TAAATT------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATGGGAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCCTCACTTTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----CATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCGA--------AGGGT-AAC--------GCCATTTGT------TGTCGTTT--GTTTACTTTGTTTTC-TCTCTTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttcaatttaattaacttttatgtaaacatcgaatgttgaatcagctgattggaatggtggttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgtgggccttactttgttgcgttttttgaacgggaatcgttttgtgcattgtttttttcttgcgttcttttctatctgtttccattgcttgatgtcatccatgtatcatgcgccgtcttgcgctgtacacatggtcacacaatagtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttacgactgcgcaggtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattttaaaacaataagcatatattttccaaagcagttggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgttttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccataaattattgttttgaagtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttccataggttatgttctgcataattacttttttgtttctgttcataacactggttaacaacatggagaagctgatgttactgttttaaggcctctgccatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACGTAA--AATACGCGCG----TTTTTCAT--GCAATAATTTCCGCCATATTGGTTTTAGCTGTCGATGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-TGTTTAA-TTATCTCGATTGGATAACA-TTGCGAGGGAAGGT------------------------T-----TTA-GTAT-------------TGATTAGCTAAGTTGCATAGTAATAATCTATAACAATCAAAACTTAAATGATCTATTGT-T-TTGCGCTGTGCCAA-GTTTTC--A--------AATGTGAAC--------GCCTTGCGA------TGTCGTTT--GCTAACTT------------TTTTTTA-TCTACTGTGTATTGTGTTAAGTTGAAAT
gi|8                          :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTTTTTTTTATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTTTATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTTTTTGTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TAATTGG-TG-AACCGTG-AATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAAAAGTATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAAGTGCTTTTTTT---TAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AAACACGAAAAATTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----AAATTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AACTCGCGCG----TTTTCCAT--GCATAGATTTCCGCCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTT-CAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-TTTTTTCAA--------AGGGT-AAC--------GCCATTCGA------TGTCGTTT--GTatcgtagggctttctatgcaataaatcaatactttatattgcagctgtagttcccaatgagctgaataagaccattggtgaaattcatgaactttatataaacaacgaatgttgcatcgactgattggaattgtactgtatttttcagttttgttgtgttgcgtgaaaggataatcctgttgatatttcttttaatgggaatcatactgtgcatgtgtgttttgtacattggttcttttttaggttcctttctgatgtgatttcatagctcaatgtcaccaatttatcttgcgccctcatgcgctgtacacatggggttaatgtcaaggtcacaacattttacataattcttggttagcgactgatcatgtcagtctgtgtttgcacactctttagttatggcacat
gi|9                          :          tttctatAGAGCATTATT--AATT-CAAAGTACGATTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TGCATTATTATCATATG-AA-ACTCGTTAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCGGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTCACGGAAGTGAAGTCCAGAAATATGTAATACCTGAAGTTCAATATTTCTATTTGTCACAAGAGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAGTG-TC-AAACACGAAAA-TAAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----TATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCGTAAGTAA--AATTCGCCTG----TTTTCCAT--GGAAAGATTTCCACCATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTGCTTTATCCAGATCGCATTATA-TAACGAGGAACGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TG---AGTTAAATTGCATAAAAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAA-GTTTTCCAA--------AGTGT-AAC--------GCAATTCGA------TGTCGTTT--G
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGGAATATATACATGTACAAGCTTTTACTATGTTGACATGAATTATAAAACAATAAACATATTCCAAAGCTATTGGTCTACATAGACATTTTTATTCTTGTGATATTGCTTTGCTTTATGATTGAGGATGTTTGTGACCAGCATTTCCATAAATTCATTATATTAAGGTAATGTCCTCCAATTTTGTAGATAAAAAAACAGTAGTGCTATTGTTATTTTTATCTTACGTATATACAAAAAAATACTGAGTCTGTGCTTGTTCCGTTTCCTTGCATAACAATGGTTAACAGCATTAAGAAGCTACTGTTACTGTTTAAGACATGCCCTCTGTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TCTGCATGAAGGAATATATACATGTGCGAGTTTTATTAAATGTTGTCATGAATTATAAAACAATAAGCATATGCTTTCCAAAGCAGTTGGTGTACATAAAAAAATATTGCTTGTGATAATGCTTTGCTTCATGATTGAGGATGTTAATAGCCGACATTTCCATAAAAACATTTTGAAGGTAATGGCATGTGTATCTTTTGTTTCGATGTTCCTTGCATAGGTTATGATCTGCATAATTACATAAATTTTGTTTCCGTGCATAAAAATGGTTAACAATATGGAGAAGCTGCTGTTACTGTTTTAAGC
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTAAAAGTAATGGCCTGTGTGTCTGTTGTTTCGATGTTCCTTCCATAGGTTATGTTCTGCATAATTACTTATTTTTTGTTTCTTTTCATAACAATGGTTAACATGGAGAAGCTGATGTTACTGTTTTAAGGCCTCTGCCATTA
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Unaligned ( gi|25 ): GATGTCGTCCATTTATCATGTGTTAACAAATGGGGTTAATGTCAAGGTCACAATTGTTTACATAATACTTGGTTTGCGACAGTGCATGTCAGTCTGTGACGCACACTCTTTGGTTATGACAC
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Alignments
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lowQualScore                  :                            ..    .       .         .   .       ..        ...       .                 ...                ..  .         .....                        ..    .... .  .    . .  . .  .  .    .  .  .    .                         .         ..     ..  ..       .   .               .                  .  ....     ............      ..      .    .   .                . .  .           .          .       .               .    .....   .                       .                  ..  .  .    ....        ..                      . .               .        .       .     . .    .                    . ..           .....................    .....   .    .............    .                                                      . .                     ..  ........    .   ........     .     ......      ..        .    .  ..  ..       .                            
lowQualScore                  :                            55    6       8         0   6       00        444       6                 444                77  3         99999                        66    6666 0  7    0 1  8 0  3  1    3  3  8    3                         4         11     99  99       3   0               2                  5  7777     555555555555      00      6    5   6                2 6  6           6          2       4               1    33333   5                       0                  11  8  1    4444        66                      6 0               3        3       6     6 6    4                    6 00           333333333333333333333    44444   3    3333333333333    2                                                      3 3                     11  55555555    0   55555555     0     555555      00        9    4  22  66       9                            
consensus                     :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
Reference ( family-761 )      :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agCGAG--AAGGT---------------------ATGT-----TTACTTAT-------------TGATAAACTAATTTGCATAATGATGATTAGTTGCAAGCAAAACTAAAATAACCTTCTCT-AATTGCGATATACCAACTTTTTTTGAAATGTTTCAGTGT-AAC--------GATACGTGATAGGCCTATTGTTT--GTGTACTTTTTTTATT-TGTTGTTTTTTT-TCatttttgtaatggaaataattttgtacataagttccgtcctaactgatttcataagttgatgtagagcgtgtcaatcatcattcattctacacacatggcggttaatgtcacggccacgcttgattacatacatacaagcgactgcgtatgtcagtctgtgtttcaaaatatttggttattgcacatgaagacaatatatacatatacgagtttttaattaatgctggcatgaatttaaaa
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctCAT--GCAAAGATTTCCGTCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTTCG--TAGT-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGTATTATTGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTT-
gi|19                         :                                                                                                                      TATG-AA-GTTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TTATTGG-TTCAACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGAAAGT-------------ATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACTGGTGCTGTTTTT---TAAACG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCAAAATAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCtatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCAATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GACTA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATTGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGAGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCC-----ATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
gi|20                         :                 AGAGCGTTATA--CATT-CATAGTATTATTGTCATTAAA-GAATTTT--CATT-TTT---AAACTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATA-AA-GCTATATTC-----CTGTTTTCGAGTTTGACCCAGATA--TTTT---CTCAA-GTAGTGGTATATAT-AGGTAGG-TG-AAGTGTA-GATTTTGTTTTTCTTTCGTGTTTATGAACGGAAGTGgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatgcaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttaaaattattaatttgtatgtaaacaacgaatgttgtatcggctgattggatggtgattttcatttttggtgtggtgcatgaaaggattattttgttgtgattttttaacgggaatcgtactgtgcatgagtgttttgttcattggttctttcttgagttctttcctatctgattccattgcttgatgtcatccgtgtatcatgcgctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatccgactgggcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgccagtttttattaaatgctgtcatgaattataaaacaataagcatatgctttccaaagcagttggtgtacataaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccatacattattttttaaggtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttgcataggttatgttctgcataattacttaaattttgtttccgtgcattacaatatggagaagctgctgttactgttttaagtcctctgcc
gi|21                         :          tttcaatAGAGCATTATT--TATT-CATGCTA---TTTTTGTAAAA-A---TAC--TATTATTT---GTACTTC-TTTGATTATGGATCCAT---T------TGATCAGTTG-AATGCTCTATAT-----TTATTTTCAAGTTTGTCCCAAATAACGTCT---ATATATGAAGCAATAGATAGATG--TGGATG-AA--GTGCGGTTTTGTGTTTCTATCGTGTATATGAACGGAAATtc
gi|24                         :            tttttAGAGCGTCATT--AGTT-C-TAGTATTGTTAGCATTAAA-GAGTTATATCATTATTA---ACATTTC-TTCGGATATGAAGTC-----TACCATATAATTACATACAC-GCTCTGTATAATAACTGGCTTCAAGTTTGACC
gi|3                          :            tttatAGAGCGTTTTC--AGTT-CATAGTACGGTTATCATCAAA-GAATTAT--CATTATTT---TTATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATG-AA-GCCCTATATAT---CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTCCA-GTGGAGGTAAAGAG-TGATTGG-TG-AACAGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATTTTAACAGAAGTGAACTTTAAAAACATGTAATACCTCAAGTGCATTATTTTT--------CAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TT---------G----TTTCAAAGCATAGGAA---------CACGAAAA-TTAGACCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCCGGGTGAAA----AATTAATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGTTTCAGCTGTTGGTGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-T-TTTACTTTATCTAGGTCGCTTTATC-T---------AGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATTAGTTTAGTTGCATAATAATCATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGAT-------GTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATGCTATG------TCGTTC--GTTTACGTTGTTT-TCAGCTG-ATTTTTT-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttctatCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATacgttctctcctatctgattccatggcttgatgcatctatgtatcatgcactgtcatgggctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttgctactgcgcatgtcagtctgcatggaggaataaataaatgtgcgaatttttattaaatgttgccatgaattataaaaaaaaataaacctatgctttccaaagcagttgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GATG------TGGTCCCGGTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgccgttcaatgcagtaagtaaatattttatattggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggtaaaatttattaacttttatgtaaacatcgactgttgtatcggctgattggaatggttgttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgttgtgttttttaacgggaatcgtacgatgacatccgtgtatcatgagccgccttgcgctgcacacacgatcacacaatggtgtttatgtcaaggtcacaattgtttatgtaattcttgggttctgactgcgcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattataaaacaataagtatatgatttccaaagcagctggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatggttgaggatgtttatggcgtttatggccgacattcccataaattatttttttaaagtaatggcctgtgtgtctgtt
gi|6                          : ggtcttgctggagggtAGAACGTTATTTTAATT-CCTAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTAAATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCTTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTGAAATGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGCTGTTTTT---TAAATT------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATGGGAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCCTCACTTTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----CATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttcaatttaattaacttttatgtaaacatcgaatgttgaatcagctgattggaatggtggttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgtgggccttactttgttgcgttttttgaacgggaatcgttttgtgcattgtttttttcttgcgttcttttctatctgtttccattgcttgatgtcatccatgtatcatgcgccgtcttgcgctgtacacatggtcacacaatagtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttacgactgcgcaggtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattttaaaacaataagcatatattttccaaagcagttggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgttttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccataaattattgttttgaagtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttccataggttatgttctgcataattacttttttgtttctgttcataacactggttaacaacatggagaagctgatgttactgttttaaggcctctgccatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACGTAA--AATACGCGCG----TTTTTCAT--GCAATAATTTCCGCCATATTGGTTTTAGCTGTCGATGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-TGTTTAA-TTATCTCGATTGGATAACA-TTGCGAGGGAAGGT------------------------T-----TTA-GTAT-------------TGATTAGCTAAGTTGCATAGTAATAATCTATAACAATCAAAACTTAAATGATCTATTGT-T-TTGCGCTGTGCCAAGTTTTC---AA--------ATGTGAAC--------GCCTTGCGATG------TCGTTT--GCTAACTT--------------TTTTTTA-TCTACTGTGTATTGTGTTAAGTTGAAAT
gi|8                          :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTTTTTTTTATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTTTATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTTTTTGTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TAATTGG-TG-AACCGTG-AATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAAAAGTATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAAGTGCTTTTTTT---TAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AAACACGAAAAATTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----AAATTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AACTCGCGCG----TTTTCCAT--GCATAGATTTCCGCCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTT-CAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAATTTTTTC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTatcgtagggctttctatgcaataaatcaatactttatattgcagctgtagttcccaatgagctgaataagaccattggtgaaattcatgaactttatataaacaacgaatgttgcatcgactgattggaattgtactgtatttttcagttttgttgtgttgcgtgaaaggataatcctgttgatatttcttttaatgggaatcatactgtgcatgtgtgttttgtacattggttcttttttaggttcctttctgatgtgatttcatagctcaatgtcaccaatttatcttgcgccctcatgcgctgtacacatggggttaatgtcaaggtcacaacattttacataattcttggttagcgactgatcatgtcagtctgtgtttgcacactctttagttatggcacat
gi|9                          :          tttctatAGAGCATTATT--AATT-CAAAGTACGATTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TGCATTATTATCATATG-AA-ACTCGTTAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCGGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTCACGGAAGTGAAGTCCAGAAATATGTAATACCTGAAGTTCAATATTTCTATTTGTCACAAGAGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAGTG-TC-AAACACGAAAA-TAAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----TATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCGTAAGTAA--AATTCGCCTG----TTTTCCAT--GGAAAGATTTCCACCATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTGCTTTATCCAGATCGCATTATA-TAACGAGGAACGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TG---AGTTAAATTGCATAAAAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GTGT-AAC--------GCAATTCGATG------TCGTTT--G
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGGAATATATACATGTACAAGCTTTTACTATGTTGACATGAATTATAAAACAATAAACATATTCCAAAGCTATTGGTCTACATAGACATTTTTATTCTTGTGATATTGCTTTGCTTTATGATTGAGGATGTTTGTGACCAGCATTTCCATAAATTCATTATATTAAGGTAATGTCCTCCAATTTTGTAGATAAAAAAACAGTAGTGCTATTGTTATTTTTATCTTACGTATATACAAAAAAATACTGAGTCTGTGCTTGTTCCGTTTCCTTGCATAACAATGGTTAACAGCATTAAGAAGCTACTGTTACTGTTTAAGACATGCCCTCTGTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TCTGCATGAAGGAATATATACATGTGCGAGTTTTATTAAATGTTGTCATGAATTATAAAACAATAAGCATATGCTTTCCAAAGCAGTTGGTGTACATAAAAAAATATTGCTTGTGATAATGCTTTGCTTCATGATTGAGGATGTTAATAGCCGACATTTCCATAAAAACATTTTGAAGGTAATGGCATGTGTATCTTTTGTTTCGATGTTCCTTGCATAGGTTATGATCTGCATAATTACATAAATTTTGTTTCCGTGCATAAAAATGGTTAACAATATGGAGAAGCTGCTGTTACTGTTTTAAGC
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTAAAAGTAATGGCCTGTGTGTCTGTTGTTTCGATGTTCCTTCCATAGGTTATGTTCTGCATAATTACTTATTTTTTGTTTCTTTTCATAACAATGGTTAACATGGAGAAGCTGATGTTACTGTTTTAAGGCCTCTGCCATTA
Unaligned ( gi|23 ): GTTGTAAATCTACTATGCAATAAGTTAATATTTTATATAGCAGCTGTAGTTCACAATAAGCTGAATAAGACCATTGGTGAAATTCATTAACTTTACATAAACAACAAATGTTGCATCGACCGATTGGAATTGT
Unaligned ( gi|25 ): GATGTCGTCCATTTATCATGTGTTAACAAATGGGGTTAATGTCAAGGTCACAATTGTTTACATAATACTTGGTTTGCGACAGTGCATGTCAGTCTGTGACGCACACTCTTTGGTTATGACAC
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Alignments
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lowQualScore                  :                            ..    .       .         .   .       ..        ...       .                 ...                ..  .         .....                        ..    .... .  .    . .  . .  .  .    .  .  .    .                         .         ..     ..  ..       .   .               .                  .  ....     ............      ..      .    .   .                . .  .           .          .       .               .    .....   .                       .                  ..  .  .    ....        ..                      . .               .        .       .     . .    .                    . ..           .....................    .....   .    .............    .                                                      . .                     ..  ........    .   ........     .     ......      ..        .    .  ..  ..       .                            
lowQualScore                  :                            55    6       8         0   6       00        444       6                 444                77  3         99999                        66    6666 0  7    0 1  8 0  3  1    3  3  8    3                         4         11     99  99       3   0               2                  5  7777     555555555555      00      6    5   6                2 6  6           6          2       4               1    33333   5                       0                  11  8  1    4444        66                      6 0               3        3       6     6 6    4                    6 00           333333333333333333333    44444   3    3333333333333    2                                                      3 3                     11  55555555    0   55555555     0     555555      00        9    4  22  66       9                            
consensus                     :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
Reference ( family-761 )      :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agCGAG--AAGGT---------------------ATGT-----TTACTTAT-------------TGATAAACTAATTTGCATAATGATGATTAGTTGCAAGCAAAACTAAAATAACCTTCTCT-AATTGCGATATACCAACTTTTTTTGAAATGTTTCAGTGT-AAC--------GATACGTGATAGGCCTATTGTTT--GTGTACTTTTTTTATT-TGTTGTTTTTTT-TCatttttgtaatggaaataattttgtacataagttccgtcctaactgatttcataagttgatgtagagcgtgtcaatcatcattcattctacacacatggcggttaatgtcacggccacgcttgattacatacatacaagcgactgcgtatgtcagtctgtgtttcaaaatatttggttattgcacatgaagacaatatatacatatacgagtttttaattaatgctggcatgaatttaaaa
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctCAT--GCAAAGATTTCCGTCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTTCG--TAGT-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGTATTATTGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTT-
gi|19                         :                                                                                                                      TATG-AA-GTTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TTATTGG-TTCAACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGAAAGT-------------ATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACTGGTGCTGTTTTT---TAAACG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCAAAATAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCtatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCAATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GACTA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATTGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGAGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCC-----ATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
gi|20                         :                 AGAGCGTTATA--CATT-CATAGTATTATTGTCATTAAA-GAATTTT--CATT-TTT---AAACTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATA-AA-GCTATATTC-----CTGTTTTCGAGTTTGACCCAGATA--TTTT---CTCAA-GTAGTGGTATATAT-AGGTAGG-TG-AAGTGTA-GATTTTGTTTTTCTTTCGTGTTTATGAACGGAAGTGgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatgcaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttaaaattattaatttgtatgtaaacaacgaatgttgtatcggctgattggatggtgattttcatttttggtgtggtgcatgaaaggattattttgttgtgattttttaacgggaatcgtactgtgcatgagtgttttgttcattggttctttcttgagttctttcctatctgattccattgcttgatgtcatccgtgtatcatgcgctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatccgactgggcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgccagtttttattaaatgctgtcatgaattataaaacaataagcatatgctttccaaagcagttggtgtacataaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccatacattattttttaaggtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttgcataggttatgttctgcataattacttaaattttgtttccgtgcattacaatatggagaagctgctgttactgttttaagtcctctgcc
gi|21                         :          tttcaatAGAGCATTATT--TATT-CATGCTA---TTTTTGTAAAA-A---TAC--TATTATTT---GTACTTC-TTTGATTATGGATCCAT---T------TGATCAGTTG-AATGCTCTATAT-----TTATTTTCAAGTTTGTCCCAAATAACGTCT---ATATATGAAGCAATAGATAGATG--TGGATG-AA--GTGCGGTTTTGTGTTTCTATCGTGTATATGAACGGAAATtc
gi|24                         :            tttttAGAGCGTCATT--AGTT-C-TAGTATTGTTAGCATTAAA-GAGTTATATCATTATTA---ACATTTC-TTCGGATATGAAGTC-----TACCATATAATTACATACAC-GCTCTGTATAATAACTGGCTTCAAGTTTGACC
gi|3                          :            tttatAGAGCGTTTTC--AGTT-CATAGTACGGTTATCATCAAA-GAATTAT--CATTATTT---TTATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATG-AA-GCCCTATATAT---CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTCCA-GTGGAGGTAAAGAG-TGATTGG-TG-AACAGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATTTTAACAGAAGTGAACTTTAAAAACATGTAATACCTCAAGTGCATTATTTTT--------CAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TT---------G----TTTCAAAGCATAGGAA---------CACGAAAA-TTAGACCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCCGGGTGAAA----AATTAATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGTTTCAGCTGTTGGTGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-T-TTTACTTTATCTAGGTCGCTTTATC-T---------AGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATTAGTTTAGTTGCATAATAATCATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGAT-------GTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATGCTATG------TCGTTC--GTTTACGTTGTTT-TCAGCTG-ATTTTTT-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttctatCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATacgttctctcctatctgattccatggcttgatgcatctatgtatcatgcactgtcatgggctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttgctactgcgcatgtcagtctgcatggaggaataaataaatgtgcgaatttttattaaatgttgccatgaattataaaaaaaaataaacctatgctttccaaagcagttgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GATG------TGGTCCCGGTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgccgttcaatgcagtaagtaaatattttatattggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggtaaaatttattaacttttatgtaaacatcgactgttgtatcggctgattggaatggttgttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgttgtgttttttaacgggaatcgtacgatgacatccgtgtatcatgagccgccttgcgctgcacacacgatcacacaatggtgtttatgtcaaggtcacaattgtttatgtaattcttgggttctgactgcgcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattataaaacaataagtatatgatttccaaagcagctggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatggttgaggatgtttatggcgtttatggccgacattcccataaattatttttttaaagtaatggcctgtgtgtctgtt
gi|6                          : ggtcttgctggagggtAGAACGTTATTTTAATT-CCTAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTAAATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCTTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTGAAATGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGCTGTTTTT---TAAATT------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATGGGAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCCTCACTTTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----CATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttcaatttaattaacttttatgtaaacatcgaatgttgaatcagctgattggaatggtggttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgtgggccttactttgttgcgttttttgaacgggaatcgttttgtgcattgtttttttcttgcgttcttttctatctgtttccattgcttgatgtcatccatgtatcatgcgccgtcttgcgctgtacacatggtcacacaatagtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttacgactgcgcaggtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattttaaaacaataagcatatattttccaaagcagttggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgttttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccataaattattgttttgaagtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttccataggttatgttctgcataattacttttttgtttctgttcataacactggttaacaacatggagaagctgatgttactgttttaaggcctctgccatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACGTAA--AATACGCGCG----TTTTTCAT--GCAATAATTTCCGCCATATTGGTTTTAGCTGTCGATGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-TGTTTAA-TTATCTCGATTGGATAACA-TTGCGAGGGAAGGT------------------------T-----TTA-GTAT-------------TGATTAGCTAAGTTGCATAGTAATAATCTATAACAATCAAAACTTAAATGATCTATTGT-T-TTGCGCTGTGCCAAGTTTTC---AA--------ATGTGAAC--------GCCTTGCGATG------TCGTTT--GCTAACTT--------------TTTTTTA-TCTACTGTGTATTGTGTTAAGTTGAAAT
gi|8                          :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTTTTTTTTATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTTTATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTTTTTGTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TAATTGG-TG-AACCGTG-AATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAAAAGTATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAAGTGCTTTTTTT---TAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AAACACGAAAAATTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----AAATTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AACTCGCGCG----TTTTCCAT--GCATAGATTTCCGCCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTT-CAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAATTTTTTC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTatcgtagggctttctatgcaataaatcaatactttatattgcagctgtagttcccaatgagctgaataagaccattggtgaaattcatgaactttatataaacaacgaatgttgcatcgactgattggaattgtactgtatttttcagttttgttgtgttgcgtgaaaggataatcctgttgatatttcttttaatgggaatcatactgtgcatgtgtgttttgtacattggttcttttttaggttcctttctgatgtgatttcatagctcaatgtcaccaatttatcttgcgccctcatgcgctgtacacatggggttaatgtcaaggtcacaacattttacataattcttggttagcgactgatcatgtcagtctgtgtttgcacactctttagttatggcacat
gi|9                          :          tttctatAGAGCATTATT--AATT-CAAAGTACGATTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TGCATTATTATCATATG-AA-ACTCGTTAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCGGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTCACGGAAGTGAAGTCCAGAAATATGTAATACCTGAAGTTCAATATTTCTATTTGTCACAAGAGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAGTG-TC-AAACACGAAAA-TAAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----TATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCGTAAGTAA--AATTCGCCTG----TTTTCCAT--GGAAAGATTTCCACCATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTGCTTTATCCAGATCGCATTATA-TAACGAGGAACGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TG---AGTTAAATTGCATAAAAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GTGT-AAC--------GCAATTCGATG------TCGTTT--G


blockSeqs                     :                            TT    G       T         T   A       AT        TTT       .                 AAG                AC  T         AATAA                        AC    TTTG T  T    T      T  A       A  C  G    C                                   AC     AG  AC           C                                  A  AGGT     TTTCAA            AG      .        A                  A  T           A          G       T               T    CATTT   T                       C                  .      C    GGTT        AC                      T T               C        T       C     G G    C                    . TG           .                        T       C    TGATGAGTATTAT    A                                                      . A                     TG  ATGTTTCA    G   .            G     GGCCTA      CG        T    A  AG  TG       A
blockSeqs                     :                            .     .       C         T   .       .         .         .                 .                  T   .         AT                           .     G    T  T    T      T  .       .  .  G    .                                   TT     TA  GT           C                                  T  C        T                 .       .        .                  .  .           .          A       T               T    T       T                       .                  .      T    .           .                       A T               .        T       .     . .    C                    . TG           .                        A       .    .                A                                                      . A                     A   .           .   .            T     .           .         T    .  T   C        A
blockSeqs                     :                            .     .       T         T   .       .         .         .                 .                  T   .         .                            .     G    T  .    T      G  .       .  .  C    .                                   CA     AG  AC           C                                  C  A        T                 .       .        .                  .  .           .          T       A               T    A       T                       .                  .      G    .           .                       A A               .        A       .     . .    C                    . AT           .                        A       .    .                T                                                      . .                     A   .           .   .            G     .           .         T    .  T   C        .
blockSeqs                     :                            .     .       T         T   .       .         .         .                 .                  G   .         .                            .     C    T  .    T      C  .       .  .  T    .                                   GA     AA  AT           A                                  T  C        T                 .       .        .                  .  .           .          C       T               A    A       A                       .                  .      G    .           .                       T A               .        G       .     . .    C                    . AT           .                        A       .    .                G                                                      . .                     A   .           .   .            T     .           .         T    .  T   G        .
blockSeqs                     :                            .     .       T         A   .       .         .         .                 .                  A   .         .                            .     G    C  .    A      G  .       .  .  C    .                                   GA     AG  AC           G                                  T  T        T                 .       .        .                  .  .           .          C       A               T    C       A                       .                  .      G    .           .                       A T               .        T       .     . .    C                    . AT           .                        A       .    .                G                                                      . .                     G   .           .   .            T     .           .         T    .  T   C        .
blockSeqs                     :                            .     .       C         T   .       .         .         .                 .                  G   .         .                            .     C    A  .    T      T  .       .  .  G    .                                   GA     AA  AT           G                                  T  C        T                 .       .        .                  .  .           .          C       A               T    A       T                       .                  .      G    .           .                       A A               .        G       .     . .    C                    . AT           .                        A       .    .                T                                                      . .                     G   .           .   .            G     .           .         T    .  T   C        .
blockSeqs                     :                            .     .       C         C   .       .         .         .                 .                  G   .         .                            .     A    C  .    C      T  .       .  .  C    .                                   GA     AG  GT           C                                  T  T        T                 .       .        .                  .  .           .          C       A               C    T       T                       .                  .      G    .           .                       T A               .        G       .     . .    A                    . TG           .                        A       .    .                A                                                      . .                     A   .           .   .            T     .           .         T    .  T   C        .
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finalCons                     :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATGT-----------GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TCT-CTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
Reference ( family-761 )      :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATNAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTCA-GTAGNGGTAAANAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATGAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTNAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----NATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATNCAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATNAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
gi|1                          :                                  -CATAGTATGGTAGCCATTAAA-GAATTAC--CACTATTT---ATATTTTATTCGAATATGAAGTAAT---TACTATATTATCATATA-TA-GCTCTATTC-----CTGTTTTTGAGTTTGACCCAGATA--TTTT---CTCCA-GAAGTGGTATATAG-AGGTAGG-TG-AAGCGTA-GATTTTGTGTTTCCCTCGTGTATATGGACGGAAGTGTAGTTC---------------TTTAAATGCAATATTTCAATTTATCGCAAGTGTTGTTATT---CAAATACTAGTAT-----GTGTTA--TTTTTTTCATAACTT-TATCAAAGCATTGGAAAA-CG-AGACACAAAAA-T-AGGCCTCATTGTTAAATTTGGATTTTACAGGGTGAAA----TATTGATCAATGGAAGGGCATGACGTCA-TATCGTTTGCATACGTAACTAA--CCCGCG----ATTTTCAT--ACATAGTCTTCCGCCACCTTGGTTGCA---GTTGA-GGTTCTTGGACGTTGCAATTC-AAATA-A-TTTA--TTATCACGTTTGCATTACACTGT-GAGAGAAGGTACTTTATTTCACTGTGAGAGAAGGTACGTTTTA-CTAT-------------TGATTAGTTGATTTGCATAATCTTGACTAATAACAAGCATGACATAAATAACCTACTGTAA-TGGCGATGTACCAAGTTTTCG-AAA--------GTGT-AACAGTGTAAAGCTACGCGATA------TTGTGT--GTTTACTT--TTT-TC--------ATATT-TATACTGTTGATTATGTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agCGAG--AAGGT---------------------ATGT-----TTACTTAT-------------TGATAAACTAATTTGCATAATGATGATTAGTTGCAAGCAAAACTAAAATAACCTTCTCT-AATTGCGATATACCAACTTTTTTTGAAATGTTTCAGTGT-AAC--------GATACGTGATAGGCCTATTGTTT--GTGTACTTTTTTTATT-TGTTGTTTTTTT-TCatttttgtaatggaaataattttgtacataagttccgtcctaactgatttcataagttgatgtagagcgtgtcaatcatcattcattctacacacatggcggttaatgtcacggccacgcttgattacatacatacaagcgactgcgtatgtcagtctgtgtttcaaaatatttggttattgcacatgaagacaatatatacatatacgagtttttaattaatgctggcatgaatttaaaa
gi|11                         :                                                                                                                                     ttcattgtcacgtttgcatttcactgcaATA--TTTT-----TCATGTAGTGGTATATAG-TAGTAGA-TG-AAGGGTA-GATTTTGTGTTACCCTCGTGTATATGAACGAAA-TACAGGTCA-AAACATGCAATTCTTCAAATGCAATATTTCAATTTATCGCAGGTGTTGTT---------ATG------T-----GTTGT---TTTGCT-CGT--CTT-TATCAAAATATGGGA-TGACC-AGACATAAAAA-TTAGGCCTCAGTGTTGATTTTGGAATTTCCAGGGTGATA----TATT-ATGAATAAATGGGCATGACGTCA-CGTTATTTGCATTCGTAA--CATTTCTGCGGGTTTTTTTCAT--GCAAAGTCATCTGTCATCTTG--TTGAGCAGTTGA-GGTTCTTGGACATTGCAATTT-AATTA-T-TTAG---TATCATGTTTGCATTACA-CTGCAAGAGAAGGT---------------------CAGTT----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAATTTGCATAATAATGATTAAATACAAACAAAACTAATTTAACCTACTGT-TATTGCGATGTGCCAAgtaaatgattatcatgtatgtttacgtgctgtgcatgtgtatattagttctttcctaacagatttcacaatatgatatagaatgttcttaagcattaaacacatgtggagtttatgtcaaggtcgcgtatgattacacaaattcgtggttaccgactgggttttctgtcgggtgtttcataatatttgtttattacacatgaagagtatacatatacgagcttttattaaatgttggcatgacttattaaacaataaacataagctttccgtagctgttaccttacatatttcttttgtttatgcctttatga
gi|12                         :                 AGAGCGTTATT--GGTT-CATAGTATGGTTATTATTAAA-TAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATCAAGTCAT---CTCTATGTTCCAATAT--AA-TCTCTATAT-----CTATTTCTGGAGATGACCTAGATA--TTTT---GTTTA-GTAGTGTTACATAG-AGATTTG-TG-AAGCGTA-GATTATGTGTCTCCCTCATGTATATGAACGGAAGT-------------ATGTAATTCCTCAAATGCAATATTTCTTTTTGT-ACAG------TTATT---CAAAAG------T-----GTGTTA--TTTTTT-CTTTGCTT-TATCAAAGCATAGGAATG-TC-AGACACGAAAA-TTAGGCCTCAAAGTTCAATTTGGAATTTCCAAGGTGAAA-----ATTTATTGATGGAAGGACATGACGTCA-TGTCATTTGTAAACCT----TTTTTTCGCG----TTTTTCATACGCAAA
gi|13                         :        tttttctatAGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATTTTTAAAAGAATTAT--CGTTATTT---ATACTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTATATTATCATATT-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCTAAGTTGGCCCAGATA--TTTT---GTTGA-GTAGTGGTAAAGAG-TGATTTG-TG-AACCGTG-GAGTATGTGCCTCCCTTGTGTATATGAACGTAAGTTTAGTTCAGAAGTATGTAATACCTCAAATGCAACATTTCTATTTGTCAAAGGTGTAGTTTTT---AAAATG------TTTCAAGTGTTT--TTCTTT-CATTCATT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AGGCAAGATAA-TTGGGCCTCATTGTTAAAATTGGTATTTCCAGTGTGAAACATTTATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATctttgttcaagtagctgaggttctttgacgtttcaatt
gi|14                         :          tttctatAGAGTGTTATT--AATTGTA-AGTATTGATAGCATTAAA-GAATTCT--CATTATAT---ATAATTT-TTCGAATATGGAGTCATAAGTATCATATTGTCATATT-AC-GCTCTATAA-----CTGTTTTCAAACCTGACCTAGATA--TTTT---CT--A-GTAGTGATAAACAG-AGGTACA-TG-TATAGTT-GA--A---GCAGCAGTCGTGT-T-TGACCGGAAATCATATTATAAAACAGGGAACTCTGAAAATGTGATATTTCTTATTACCGCA---GTTATTCTTAGGTAAATA------T-----ATGCTAAGTTGTCT-TATT-CTTACTATACATTATAAGAAAG-GCTGGACA--AAAA-TT-----TTA--GTTAAATTTGGAATTTTCAGGGAGAAA-----ATTTATAAATGGAAGGCCATAACATCACTGTAATTCACA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                             ttttcaGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTGAAGTGCAATAGTTCTATTTGTCACTGGTGTTGTTTTT---CAAACG------T-----GTTTTA--TATTTT-CATTGCTT-TTT-AAAGCATAGGAATG-TC-AAAAACAAAAA-TTAGGCCTCACTGTTAAAATCAGAATTTCCAGGGTGAAA----AATTAATTGATGGAAGGGCATAACGTCA-TGTCA-----------------------------TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCGATCTTTGTTTCAGCTGTTGGTGGAT-TTGGACACTATACTTT-GGATA-T-TTTACTTTATCTAGGTCGCATTACA-TTGCGAGGAAAGGT---------------------ATGAA----TTA-TTAT-------------TTATTAGCTAAGTTGCATAATAATTATTTATAACAATCAAAACTTTAATGAACTATTGT-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctCAT--GCAAAGATTTCCGTCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTTCG--TAGT-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTATTGATGAGTATTATTGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTT-
gi|19                         :                                                                                                                      TATG-AA-GTTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TTATTGG-TTCAACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGAAAGT-------------ATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACTGGTGCTGTTTTT---TAAACG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCAAAATAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCtatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCAATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GACTA-T-TTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATTGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGTTGCATAATAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGAGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCC-----ATG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAAT
gi|20                         :                 AGAGCGTTATA--CATT-CATAGTATTATTGTCATTAAA-GAATTTT--CATT-TTT---AAACTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATA-AA-GCTATATTC-----CTGTTTTCGAGTTTGACCCAGATA--TTTT---CTCAA-GTAGTGGTATATAT-AGGTAGG-TG-AAGTGTA-GATTTTGTTTTTCTTTCGTGTTTATGAACGGAAGTGgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatgcaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttaaaattattaatttgtatgtaaacaacgaatgttgtatcggctgattggatggtgattttcatttttggtgtggtgcatgaaaggattattttgttgtgattttttaacgggaatcgtactgtgcatgagtgttttgttcattggttctttcttgagttctttcctatctgattccattgcttgatgtcatccgtgtatcatgcgctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatccgactgggcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgccagtttttattaaatgctgtcatgaattataaaacaataagcatatgctttccaaagcagttggtgtacataaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccatacattattttttaaggtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttgcataggttatgttctgcataattacttaaattttgtttccgtgcattacaatatggagaagctgctgttactgttttaagtcctctgcc
gi|21                         :          tttcaatAGAGCATTATT--TATT-CATGCTA---TTTTTGTAAAA-A---TAC--TATTATTT---GTACTTC-TTTGATTATGGATCCAT---T------TGATCAGTTG-AATGCTCTATAT-----TTATTTTCAAGTTTGTCCCAAATAACGTCT---ATATATGAAGCAATAGATAGATG--TGGATG-AA--GTGCGGTTTTGTGTTTCTATCGTGTATATGAACGGAAATtc
gi|24                         :            tttttAGAGCGTCATT--AGTT-C-TAGTATTGTTAGCATTAAA-GAGTTATATCATTATTA---ACATTTC-TTCGGATATGAAGTC-----TACCATATAATTACATACAC-GCTCTGTATAATAACTGGCTTCAAGTTTGACC
gi|3                          :            tttatAGAGCGTTTTC--AGTT-CATAGTACGGTTATCATCAAA-GAATTAT--CATTATTT---TTATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TATTATATTATCATATG-AA-GCCCTATATAT---CTATTTTCGAATTTGGCCCAGATA--TTTT---GTCCA-GTGGAGGTAAAGAG-TGATTGG-TG-AACAGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATTTTAACAGAAGTGAACTTTAAAAACATGTAATACCTCAAGTGCATTATTTTT--------CAGGTGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TT---------G----TTTCAAAGCATAGGAA---------CACGAAAA-TTAGACCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCCGGGTGAAA----AATTAATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--GCAAAGATTTCCGCCATCTTGGTTTCAGCTGTTGGTGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-T-TTTACTTTATCTAGGTCGCTTTATC-T---------AGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATTAGTTTAGTTGCATAATAATCATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGAT-------GTTTTCC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATGCTATG------TCGTTC--GTTTACGTTGTTT-TCAGCTG-ATTTTTT-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttctatCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATacgttctctcctatctgattccatggcttgatgcatctatgtatcatgcactgtcatgggctgtacacatggtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttgctactgcgcatgtcagtctgcatggaggaataaataaatgtgcgaatttttattaaatgttgccatgaattataaaaaaaaataaacctatgctttccaaagcagttgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GATG------TGGTCCCGGTTTACTTTGTTT-TT-TCTC-TTTTTTTATCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgccgttcaatgcagtaagtaaatattttatattggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggtaaaatttattaacttttatgtaaacatcgactgttgtatcggctgattggaatggttgttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgttgtgttttttaacgggaatcgtacgatgacatccgtgtatcatgagccgccttgcgctgcacacacgatcacacaatggtgtttatgtcaaggtcacaattgtttatgtaattcttgggttctgactgcgcatgtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattataaaacaataagtatatgatttccaaagcagctggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgctttgcttcatggttgaggatgtttatggcgtttatggccgacattcccataaattatttttttaaagtaatggcctgtgtgtctgtt
gi|6                          : ggtcttgctggagggtAGAACGTTATTTTAATT-CCTAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATAT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTAAATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCTTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAGAAATATGTAATACCTGAAATGCAATATTTCTATTTGTCACAGGTGCTGTTTTT---TAAATT------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATGGGAATG-TC-AAACACGAAAA-TTAGGCCTCACTTTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----CATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AATTCGCGCG----TTTTCCAT--TCAAAGATTTCCGCCATCTTGGATACAGCTGGTGATGATT-TTAGTCGCGATATTGT-GAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATAAGTTAAGCCGCATTATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-GAA--------GGGT-AAC--------GCCATTTGTTG------TCGTTT--GTTTACTTTGTTT-TC-TCTC-TTTTTTT-TCTACTGTACATTTTGTTTAGTTGAAATgtcgtacaatgcagtaagtaaatattttataatggaattgtagttcacaacgagctgaattggaccattggttcaatttaattaacttttatgtaaacatcgaatgttgaatcagctgattggaatggtggttttcttttttgttgtgttgcgtgaaaggattactttgtgggccttactttgttgcgttttttgaacgggaatcgttttgtgcattgtttttttcttgcgttcttttctatctgtttccattgcttgatgtcatccatgtatcatgcgccgtcttgcgctgtacacatggtcacacaatagtgttaatgtcaaggtcacaattgtttatgtaatacttggtttacgactgcgcaggtcagtctgcatgaaggaatatatacatgtgcgagtttttattaaatgttgccatgaattttaaaacaataagcatatattttccaaagcagttggtgtacattaaaaaatatattgcttgtgataatgttttgcttcatgattgaggatgtttatggccgacatttccataaattattgttttgaagtaatggcctgtgtgtctgttgtttcgatgttccttccataggttatgttctgcataattacttttttgtttctgttcataacactggttaacaacatggagaagctgatgttactgttttaaggcctctgccatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACGTAA--AATACGCGCG----TTTTTCAT--GCAATAATTTCCGCCATATTGGTTTTAGCTGTCGATGGTT-TTGGACGCTGTATTTT-GGATA-TGTTTAA-TTATCTCGATTGGATAACA-TTGCGAGGGAAGGT------------------------T-----TTA-GTAT-------------TGATTAGCTAAGTTGCATAGTAATAATCTATAACAATCAAAACTTAAATGATCTATTGT-T-TTGCGCTGTGCCAAGTTTTC---AA--------ATGTGAAC--------GCCTTGCGATG------TCGTTT--GCTAACTT--------------TTTTTTA-TCTACTGTGTATTGTGTTAAGTTGAAAT
gi|8                          :                 AGAGCGTTATT--AATT-CATAGTACGGTTATCATAAAA-GAATTAT--CATTTTTTTTTATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TACTTTATTATCATATG-AA-GCTCTATAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCAGTTA--TTTTTTTGTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TAATTGG-TG-AACCGTG-AATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTAACGGAAGTGAAGTTCAAAAGTATGTAATACCTGAAGTGCAATATTTCTATTTGTCACAAGTGCTTTTTTT---TAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAATG-TC-AAACACGAAAAATTAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----AAATTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTACATACGTAA--AACTCGCGCG----TTTTCCAT--GCATAGATTTCCGCCATCTCGGATACGGCTGTTGGTGATT-TTAGACGCAGTATTTT-CAATG-T-CTTACTTTATCTAGATCGCATTATA-TATCGAGGAAAGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TGATGAGTTAAGCTGCATAATAATGATTTATAACATTCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAATTTTTTC-AAA--------GGGT-AAC--------GCCATTCGATG------TCGTTT--GTatcgtagggctttctatgcaataaatcaatactttatattgcagctgtagttcccaatgagctgaataagaccattggtgaaattcatgaactttatataaacaacgaatgttgcatcgactgattggaattgtactgtatttttcagttttgttgtgttgcgtgaaaggataatcctgttgatatttcttttaatgggaatcatactgtgcatgtgtgttttgtacattggttcttttttaggttcctttctgatgtgatttcatagctcaatgtcaccaatttatcttgcgccctcatgcgctgtacacatggggttaatgtcaaggtcacaacattttacataattcttggttagcgactgatcatgtcagtctgtgtttgcacactctttagttatggcacat
gi|9                          :          tttctatAGAGCATTATT--AATT-CAAAGTACGATTATCATAAAA-GAATTAT--CATTATTT---ATATTTC-TTCGAATATGGAGTCAT---TGCATTATTATCATATG-AA-ACTCGTTAT-----CTATTTTCGAATTTGGCCCGGTTA--TTTT---GTTCA-GTAGAGATAAAGAG-TGATTGG-TG-AACCGTG-GATTATGTGCCTCCCTCGTGTATATTCACGGAAGTGAAGTCCAGAAATATGTAATACCTGAAGTTCAATATTTCTATTTGTCACAAGAGTTGTTTTT---CAAATG------T-----GTTTTA--TTTTTT-CATTGCTT-TTTCAAAGCATAGGAGTG-TC-AAACACGAAAA-TAAGGCCTCACTGTTAAAATCGGAATTTCCAGGGCGAAA----TATTTATTGATGGAAGGGCATGACGTCA-TGTCATTTGCGTAAGTAA--AATTCGCCTG----TTTTCCAT--GGAAAGATTTCCACCATCTTGGATACAGCTGTTGATGGTT-TTGGACGCGGTATTTT-GAATA-T-TTTGCTTTATCCAGATCGCATTATA-TAACGAGGAACGGT---------------------AGGTA----TTA-TTAT-------------TG---AGTTAAATTGCATAAAAATGATTTATAACAATCAAAACTTATTTGAACTATTGT-T-TTGCGATGTGCCAAGTTTTCC-AAA--------GTGT-AAC--------GCAATTCGATG------TCGTTT--G
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGGAATATATACATGTACAAGCTTTTACTATGTTGACATGAATTATAAAACAATAAACATATTCCAAAGCTATTGGTCTACATAGACATTTTTATTCTTGTGATATTGCTTTGCTTTATGATTGAGGATGTTTGTGACCAGCATTTCCATAAATTCATTATATTAAGGTAATGTCCTCCAATTTTGTAGATAAAAAAACAGTAGTGCTATTGTTATTTTTATCTTACGTATATACAAAAAAATACTGAGTCTGTGCTTGTTCCGTTTCCTTGCATAACAATGGTTAACAGCATTAAGAAGCTACTGTTACTGTTTAAGACATGCCCTCTGTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TCTGCATGAAGGAATATATACATGTGCGAGTTTTATTAAATGTTGTCATGAATTATAAAACAATAAGCATATGCTTTCCAAAGCAGTTGGTGTACATAAAAAAATATTGCTTGTGATAATGCTTTGCTTCATGATTGAGGATGTTAATAGCCGACATTTCCATAAAAACATTTTGAAGGTAATGGCATGTGTATCTTTTGTTTCGATGTTCCTTGCATAGGTTATGATCTGCATAATTACATAAATTTTGTTTCCGTGCATAAAAATGGTTAACAATATGGAGAAGCTGCTGTTACTGTTTTAAGC
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTAAAAGTAATGGCCTGTGTGTCTGTTGTTTCGATGTTCCTTCCATAGGTTATGTTCTGCATAATTACTTATTTTTTGTTTCTTTTCATAACAATGGTTAACATGGAGAAGCTGATGTTACTGTTTTAAGGCCTCTGCCATTA
Unaligned ( gi|23 ): GTTGTAAATCTACTATGCAATAAGTTAATATTTTATATAGCAGCTGTAGTTCACAATAAGCTGAATAAGACCATTGGTGAAATTCATTAACTTTACATAAACAACAAATGTTGCATCGACCGATTGGAATTGT
Unaligned ( gi|25 ): GATGTCGTCCATTTATCATGTGTTAACAAATGGGGTTAATGTCAAGGTCACAATTGTTTACATAATACTTGGTTTGCGACAGTGCATGTCAGTCTGTGACGCACACTCTTTGGTTATGACAC
Unaligned ( gi|26 ): ACGCGCATGTCAATCTGTGATGCACACTCTTTGGTTA