lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 777 1111 1 1 1 1 1 222 1 1 44 00000000000000000000000000000000000000000 1 11111111 1 1111 1 1 1 22222222222222 111 22 1 22 3333 9999999999999999999999999999999999999 1 3333 11 2222 222222222222 33 1111 111 1111 3333333 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11111 3333 22222222 11111111 11 1111 2222 111111 44444 222222 555 5555555555555555555555555555 111 1 1 555555555555555 222 1
lowQualScore : 000 7777 7 5 5 5 6 7 000 6 6 5 6 5 66 6 4 2 11111111111111111111111111111111111111111 0 99 4 1 7 5 99999999 6 5 5555 8 6 6 5 6 1 5 6 0 0 77777777777777 5 0 1 3 111 88 5 8 77 55 3333 9 4 3333333333333333333333333333333333333 8 3 6 0 9 5 0000 0 8 0 0 6 88 6 8 6 6666 333333333333 88 0 6 8 2 0 99 4444 666 5 5 1 1 3 2222 999 4444444 999 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 44444 77 66 0000 00000000 3 6 1 88888888 666 55 5 5 4444 66 0000 888888 55 3 777 55 9999 4 4 77777 333 22 1 55555 666666 000 2 4444444444444444444444444444 3 111 5 1 666666666666666 5 7 222 5
lowQualScore : ... .... . . . . . . ... . . . . . .. . . . ......................................... . .. . . . . ........ . . .... . . . . . . . . . . .............. . . . . ... .. . . .. .. .... . . ..................................... . . . . . . .... . . . . . .. . . . .... ............ .. . . . . . .. .... ... . . . . . .... ... ....... ... . .............................................................................................................................................................. .... ..... .. .. .... ........ . . . ........ ... .. . . .... .. .... ...... .. . ... .. .... . . ..... ... .. . ..... ...... ... . ............................ . ... . . ............... . . ... .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 00 0 0 5 33333333333333333333333333333333333333333 7 77 0 0 0 0 00000000 0 0 0000 2 2 0 0 0 4 0 0 8 8 88888888888888 0 8 0 0 888 88 0 0 00 22 8888 0 2 5555555555555555555555555555555555555 8 2 5 2 7 0 5555 8 2 8 8 0 22 4 2 0 5555 777777777777 33 2 5 8 5 8 22 5555 000 7 7 4 4 0 1111 333 9999999 444 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33333 99 11 6666 88888888 9 0 5 44444444 444 55 0 0 0000 99 9999 555555 55 4 000 55 4444 4 4 00000 999 66 1 88888 666666 222 2 5555555555555555555555555555 7 333 0 0 555555555555555 2 8 000 0
consensus : NNATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGNGNAATTGTCACAGTTTANGTAGGNAAAATACCACACG----------CTAGACATCAACCGGACAAAANTATTAGACGCGAGTACGCACCT-ATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGNAAGGCAACTAAAACCCTA-GNTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACCCTGATCCGN--------------CCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACCA-CAGTCGGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGCAGACGC---TGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAANAACTTAAATGGTCGACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAG-CT-AGTCTAAACCT----CTTTT--ATAAAAT-A---CACACAG--GTCAAGTCT-------CA--AT---------A--------AA------CAAGG-CC--TA-CT--------C---------CC-------AATCC---TTACG--ACAA-ACC--------A----GG-C--A----ATG---TTAA--------------------TAC----TGATGC-----CTTT--AAATTC-CCCT----TTTTCC-GA----GAACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCAT----GACNAC---AGT-AGATGGTT-T-CC---AATCAA--CCATT---TAGGCA-----TCAGGTC--AGAGGTTATGCAC---GGTGCAT--CCTC----TG-AA-ANT--CATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AATN-A--TGTTT--TAATGAGAAA-A-G------GGG----GTAAAATTTTAATGCCACCACAT--CGCATGATTGTCGT----------TA---TCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( gi|1 ) : TTATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGTAAA-TGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTA-GTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGTCCGA--------------CCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTA-CAACAGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGCAGGCGA---TGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAG-CT-AGCCTAAACCT----CTTTC--ATAAAAT-T---TACACAT--GTCAAATCT-------CA--AT---------G--------AA------C----------------------T---------CC-------AATCC---TTACG--GCAA-ACC--------A----GG-C--A----ATT---TTAA--------------------TAC----TGATGC-----CTTT--AAATTC-CCCTA---TTTTCC-AA----TAACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCAT----GCCCAC---AGT-TGATGGTT-T-CT---AATCAA--CCATT---AAGGCA-----CCAGGTC--AGAGGTTATGCAC---GGTGCAT--CCTC----TG-AA-AG---AATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AATA-A--TGTTTCATAATGGGAAA-A-G------GGG----GTATTTTTTTAATGCCACCACAT--CGCATTATTTTCGT----------GG---TCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|7 : ATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGGAAAA-TACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTA-GGTTTCGT-TGCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAG
gi|17 : cATGTAATTGTCACAGTTTAAA-AGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGT
gi|5 : A----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTA-GGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACC
gi|13 : tTAGAGAATATAAAAT--GCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTA-GCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------TCCGC--------------CCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTA-tttatgggatcaccaactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|10 : acCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAAT-CGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGACTCTT--------------CCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACCACCAGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|2 : ATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCA-TATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGTCCGA--------------CCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAACAGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGCAGACGC---TGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATG-CA-ATCCCCAACCT----CTTTT--ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCT-------CACTAT---------ATTTCACCTAG------CCAGGTCATTCA-----------T---------CC-------AAGCC---GAATGTTGCAG-ACC----------------C--A----ATG---TTAA--------------------TAC----TGATGC-----CTTT--AAAGTC-TCCT----TATCCC-GA----TAATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCAT----GGCCAC---AGT-AGATGGTT-T-CC---AATCAA--GCATT---TAGGCA-----TCATGTC--AGAGGTTATGCAC---GGCGCAT--CTTC----TA-AA-AC---CATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATA--TGTT--GTAATGGAAAAGA-G------GTG----GTG----------GTCACCACAT--AGCATGATTGTCGT----------TA---TCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAcccaatgataa
gi|9 : aacATGTGGAACCCCTA-C----------CATTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGCAGACGC---TGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAAT---------GCTTGAATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAG-CT-ATTCTAAACCT----CTTTT--ATAAAAT-A---CACCCAG--GTCAAGTTTTCAGGAACA--AG---------G--------AAGAATATC----------------------TTGTCCCTGCCC-------AATCC---TTTCG--ACAA-ACT--------A----TG-T--C----ATT---T
gi|3 : CTA-C--CAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGCAGACAC---TGGCATAACTAAAGTCAT---GTT-TGA--ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAG-CT-GGTGTAAACAT----CTTTC--ATAAAAT-G---CACACAG--GTCAAGTCTTCATAACCA--AG---------A--------AA------CAATATCTTTCCACTG-------C---------CC-------AATCTAAACTACA--AAAA-GCCAATTTCACA----GA-CCCA----ATG---TTAA--------------------TAC----TGATGC-----CTTT--AAATTCTCCTTT---TTTTCC-AA----AAACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCAT----GACAAC---AGT-AGATGGTT-T-CC---AATCAA--CCATT---TAGGCA-----TCAGGTC--AGAGGTTATGCAC---AGTGCAT--CCTC----TG-AA-AAT--CATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aagtcaagccagaaatagcagaccaattgataatg
gi|5 : cta-TAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGT
gi|8 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaacGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAG-CTCAACCT---TTT----TTTTT--ATAAAA------TACACAG--GTCtgc
gi|4 : cTAGAA----GC---AAG--TACAGACT-GGTCTATAC-T----CATAT--ATAAAAT-A---CACACAG--GTCAAGTCT-------CA--ATATAAACTAGG--------AA------CAATATCTTCTCCCTG-------C---------CC-------AACCT---TTACA--ACAA-ACC--------A----GG-T--G----ATT---ttgttttcataaacaaggaataatatattttcccctgcccaatctttacgacaagcggtgcaggacattcaaccaagcgcaatatagcaggccaatgttaatacagtctgattcctttaaattctccttttttcgacaactattcttctttggaataatcaactaccaacagctgttgtcatgaccacagtagaaccatttggtcttcc
gi|6 : ---AGAACCAAAG-CT-AGTCTAAACCT----CTTTT--ATAAAAT-A---CACACTG--GTCAAGTCT-------CT--AT---------A--------AA------CAAGGAACAATAACTTTCCCCTGT---------CT-------AATCC---TTACG--ACAA-ACC--------AGCCTGG-C--AGGTCATTTGATTAAGCCCAATATAGCAAACCCAATGT----TGATACTGATACTTTTAAAATTG-CCTT----TTTACT-GG----GAACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCAT----G---AC---AGT-AGATGGTT-T-CC---AATCAA--CCATT---TACGCA-----TCAGGTC--AGAGGTTATTTAC---GGTGCAT--CCTCGTCTTGTAA-AT---CATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTTcaatcaagcccaatataccagatcaatgtcaatactgttgcctttaaatttttctgagatctattcctctttggaataatctcccaccaactactgttgccatgaccacagtagatggtttcgaatcagccatttaggcatgtgttcaggtcagaagatatgcacagagcatcatctgaaaatcatagcttgtaaacatatttgagtggctcagttatgtttttaatgtgaaaataggggtaaaataacaatgctatcccattgcctgatttttgttatcaccgggcaataaatgaaagataga
gi|14 : G-CT-AGTCTAAACCTAAACCTTTCTTATAAAA--G---CACAAAG--GTTAAATCT-------CT--AT---------A--------AA------CAAGGAACAATATCTT-------T---------CCCCTGCCGAAACC---TTATG--ACAA-ACC--------A----GGTC--------TT---TTAA--------------------T
gi|14 : TTT-------TA--AT---------C--------AA------G----------------------C---------CC-------AAT-------ATA--GCAG-ACC----------------C--A----ATG---TTAA--------------------TAC----GGACTC-----CTCT--AAATTC-TCCTCTCTTTTTTT-GAGACCTAGCTATTCCTCTTcaagcccaatatagcagacccaatgttaatacggactcctctaaattctcctctctttttttgagacctagctattcctctt
gi|4 : gctagtctaaacctaaacctttcttataaaagcacaaaggttaaatctctataaacaaggaacaatatctttcccctgccgaaaccttatgacaaaccaggtcT-------CA--AT---------C--------AA------G----------------------C---------CC-------AAT--------------AT-ACC--------A----GATC--A----ATG---TCAA--------------------TAC----TGTTGC-----CTTT--AAATT-----------TTTCT-GA----GATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCAT----GACCAC---AGT-AGATGGTT-T-CG---AATCAG--CCATT---TAGGCATGTGTTCAGGTC--AGAAGATATGCAC---AGAGCAT--CATC----TG-AA-AAT--CATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAGTT---------A--TGTTTT-TAATGTGAAA-ATA------GGG----GTAAAATAACAATGCTATCCCAT--TGCCTGATTTTTGT----------TA---TC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATA
gi|11 : tagaagcaagtacagactggtctatactcatatataaaatacacacaggtcaagtctcaatataaactaggaacaatatcttctccctgcccaacctttacaacaaaccaggtgat--GCAAGACC----------------C--A----ATG---ATAA--------------------TAC----TGATGC-----CTTT--AATTTC-TCCTT---TTTTCC-GA----GAACga
gi|8 : tC--------A----GG-CC-A----ATG---TTAA--------------------TACAGTCTGATTC-----CTTT--AAATTC-TCCT----TTTTTC-GA----CAACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCAT----GACCAC---AGT-AGAaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|19 : cgaaaaatttaaatgtcaactctagaataccgtaggtcctaagctcaacctttttttttataaaatacacaggtcttgttttcataaacaaggaataatatattttcccctgcccaatctttacgacaagcggtgcaggacattcaaccaagcgcaatatagC-CCCCA---CTTCCCCGA----GAACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCAaccatttggtcttcc
gi|11 : caattgtcaatcctaaCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACTA-------------------------GAAGGTT-T-CC---AATCAA--CCATT---GA---A-----TCAGGTC--AGAGGTTATGTACAAAGGTGCAT--TTTC----TG-AATAT---CTTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aatatcac
gi|2 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccCACCACCT-CTTTT-CCATTACAACATAT---ATT-TAATGGCTATGCC---ACTCAAAGCTATTTTCAAGGTA-----T--GGTTTTAGAAG--ATGCGC---CGTGCATAACCTC----TG-AC-AT---GATGCC---TAAAT--GCTTGATTGG
gi|3 : aacatctagtgaccacttcaactaatacttttgactggggatcacatataattgatataactagttactaggaagacaattaaatccccatatttcattcgtcgtaacttggcccctagctccatggaaaacgaaagtggttgcctataacacactggtccgacccaagtttgaatacgtgtcaccgatatggacccactaccaacagtcagatattaatagaatagacaaagtccaaaggaactgctcccagatgggcttgcagacgctggcgtaaccaacgttatgcggctggagaaaaatgcttaaataacttaaatggtcaactttagaatcacgtacgaggctcaatgcaatccccaacctcttttatgaaatataagtatacgtgggtaaagtctcactatatttcacctagccaggtcattcatccaagccgaatgttgcagacccaatgttaatactgatgcctttaaagtctccttatcccgataattattcctcttggaagaaacctcccactaactacttctgccatggccacagtagatggtttACCATCTACTGTTGTCAT----GGCAACAGTAGT-TGATGGgtcaccacatagcatgattgtcgttatcaatggagcaattaacgagagata
gi|4 : ctactaccagtcagatattaacaaagcagaagcagtccagagaactgctaccagatggacttgcagacactggcataactaaagtcatgtttgaatatgcttgaagaacttcaatggttgaccgtaaaatcccgtaggaccgaagctggtgtaaacatctttcataaaatgcacacaggtcaagtcttcataaccaagaaacaatatctttccactgcccaatctaaactacaaaaagccaatttcacagacccaatgttaatactgatgcctttaaattctcctttttttccaaaaactatttctctttcgaataatcttACCATCTACTGTGGTCAT----GGCAAC---AGT-AGTTGGTttccaatcaaccatttaggcatcaggtcagaggttatgcacagtgcatcctctgaaaatcataccttgtaaatagatttgagtagcctagtcaata
gi|12 : tagaagcaagtacagactggtctatactcatatataaaatacacacaggtcaagtctcaatataaactaggaacaatatcttctccctgcccaacctttacaacaaaccaggtgattcaatcaagcccaatataccagatcaatgtcaatactgttgcctttaaatttttctgagatctattcctctttggaataatctcccGTTGCCAT----GACCAC---AGT---ATATTT-T-TTTTCAAGTAA--CCATT---CAGACA-----TCAGTAC--ATATGTTATATAC---GGTGAAT--GCTC----TG-AA-AAT--CATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAGT-A--TGTTT--TAGTGAGAAA-A-T------GGG----GTAACATGTTTATACCGCCGCAT--CACATGAGTGGCGT----------TA---TCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAttcgaatcagccatttaggcatgtgttcaggtcagaagatatgcacagagcatcatctgaaaatcatagcttgtaaacatatttgagtggctcagttatgtttttaatgtgaaaataggggtaaaataacaatgctatcccattgcctgatttttgttatcaccgggcaataaatgaaagataga
gi|18 : aaaTGCCAT----GACAAC---AATATAA-GATT-T-CC---AATCAA--ACATA---TAGGCA-----TTAGGTC--AAAGGTTATGCAC---GGTGCAT--CCTC----TG-AA-Aga
gi|15 : TT--AGATATTATGCAC---CGTGCAT--CCTC----TG-AA-AATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCA-T-AA-A-ATTTGTTT--TAATGAGAAA-A-T------GGGCGGAGTAGAATTTTATTGTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAatcatac
gi|15 : TC--AGAGG--ATGCAC---GGTGCAT--gagctaa
gi|16 : ttagatattAGCGGCTTAGTCGTT-AATT-A--TGTTC--TAATGAGAAA-A-GGGGCTGGGG----ATAAATGTTTCATG-CACTACAT--TGCATGATTGTCAT----------TT---TCTAGCAACCAATTATCGAaaatccgatatataaatatgtttgagtggcttggtcataaaatttgttttaatgagaaaatgggcggagtagaattttattgttaccacattgcacatgattgtagttatcaataccggttatcgatcgagcaattaacgagagctaa
gi|20 : atacagtaggtTAATGGGAAA-GTG------GAG----GTAAAACTTTAATACCACCACAT--TGCATGATTGCCGT----------TA---TTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTTgaatagattgataacatatatactgttga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CGCATGAATGTCGTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333 2 1111 1 666666666666 333 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 555 2 4 2 3 2 4 2 2 2 2 0 1 1 9999 3 1 7 4 7 444444444444 0 0 1 2 2 2 777 6 0 2 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 5 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 4 8 1 444 777 666 0 3 5 2 111 0 0000 000000 444444 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 111111 2222 4 99 8888 6 222222 4 4 2 22222 777 9999 1 66 0 5 77 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . .... . . . . . ............ . . . . . . ... . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . . ... ... ... . . . . ... . .... ...... ...... . .................................................................................................................................................................................................... .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... . .. . . .. . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 5 0 5 0 5 0 5 5 5 5 0 0 0 7777 7 0 3 0 3 000000000000 7 2 0 0 5 0 555 5 2 0 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 0 8 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 6 0 0 000 555 222 8 8 4 8 777 9 6666 444444 444444 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 0 11 1 0 77 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGTTTATGTAGGCAAAATACCACA----------CGCTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT-------CN--ATA---------AACAAGGAA-AATA-TCT----N------------CT-C--CC------AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGNGNAATTGTCACAGTTTANGTAGGNAAAATACCACA----------CGCTAGACATCAACCGGACAAAANTATTAGACGCGAGTACGCACCT-ATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGNAAGGCAACTAAAACCCTAGNTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACCCTGAT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCGGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAANAACTTAAATGGTCGACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT-------CA--ATA---------AACAAGG--------CCT----A------------CT-C--CC------AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACNACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAANTC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-NATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGTAAA-TGCCACA----------CACTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCT-------CA--ATG---------AAC-----------------------------------T--CC------AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCT-------CT--ATA---------AACAAGGAACAATA-TCT-----------------TT-C--CCCTGCCGAAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtGTAATTGTCACAGTTTAAA-AGACAAAATACCA-------------GCTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCT-------CACTATATTTCACCT-AGCCAGG--------TC-----A------------TT-CATCC------AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCTTCATAACCA--AGA---------AACAATA--------TCTTTCCA------------CTGC--CC------AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT-------CA--ATATAAACTAGGAACAATA--------TCT----T------------CT-C--CCTGCCC-AACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacagaCTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCT-------CT--ATA---------AACAAGGAACAATAACTT----T------------CC-C--CTGTCT--AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : -C--CC------AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAAT--------TTAATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTT-------TC--ATA---------AACAAGG--------AAT----AATATATTTTCCCCTGC--CC------AATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTT-------TC--AGG---------AACAAGGAAGAATATCTT----GTCC---------CTGC--CC------AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 1111111 1 44444444444444 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 22222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 6 9999999 7 2 7 88888888888888 0 0 1 7 2 6 0 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 3 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 8 1 444 777 666 0 3 3 111 0 0000 000000 444444 1 66 1 55555555 3 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 111111 2222 4 99 8888 3 222222 4 4 2 22222 777 9999 66 0 5 6 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . ....... . . . .............. . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . ... ... ... . . . ... . .... ...... ...... . .. . ........ . . .............................................................................................................................................................. .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... .. . . . . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 7 7777777 3 0 3 44444444444444 2 8 0 0 5 5 2 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 8 4 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 0 0 000 555 222 8 2 8 777 9 6666 444444 444444 4 99 0 00000000 4 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 11 1 0 7 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT--CCATA--------AACAAGGAACAATAT-----C-T----T----CT-CCC-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGTTTATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT--CNATA--------AACAAGGAA-AATAT-----C-T----N----CT-CCC-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGTAAA-TGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCT--CAATG--------AAC--------------------------------TCC-----AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCT--CTATA--------AACAAGGAACAATAT-----C-T----T----TC-CCCTGCCGAAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtAATTGTCACAGTTTAAA-AGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atgtTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCTCACTATATTTCACCTAGCCAGG-------T-----CAT----T----CA-TCC-----AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCT--TCATA--------ACCAAGAAACAATAT-----C-T----TTCCACTGCCC-----AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCT--CAATATA------AACTAGGAACAATAT-----C-T----T----CT-CCCTGCCCAACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacaga----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCT--CTATA--------AACAAGGAACAATAA-----C-T----T----TC-CCCTGTCTAATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : -CCC-----AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTT--TCATA--------AACAAGGAATAATATATTTTC-C----C----CTGCCC-----AATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTT--TCAGG--------AACAAGGAAGAATAT-----C-TTGTCC----CTGCCC-----AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 2222222 11 44444444444444 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 6 6666666 99 88888888888888 0 0 1 7 2 6 0 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 3 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 8 1 444 777 666 0 3 3 111 0 0000 000000 444444 1 999 888 0 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0000 111111 2222 4 99 8888 3 222222 4 4 2 22222 777 9999 66 0 5 6 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . ....... .. .............. . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . ... ... ... . . . ... . .... ...... ...... . ... ... . . ............................................................................................................................................ .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... .. . . . . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 7 0000000 33 44444444444444 2 8 0 0 5 5 2 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 8 4 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 0 0 000 555 222 8 2 8 777 9 6666 444444 444444 4 111 888 4 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 11 1 0 7 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATC-TT----CT-CCC---C--AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATC-TT----CT-CCC------AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGT-AAATGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCTC--AATGAA---C-----------------------TCC------AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCTC--TATAAA---CAAGGAACAATATC-TT----TC-CCCTGCCG-AAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtAATTGTCACAGT-TTAAAAGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atgtTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCTC--ACTATATTTCACCTAGCCAGGTCATT----CA-TCC------AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCTT--CATAAC---CAAGAAACAATATC-TTTCCACTGCCC------AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTCAATATAAA---CTAGGAACAATATC-TT----CT-CCCTGCCC-AACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacaga----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCTC--TATAAA---CAAGGAACAATAAC-TT----TC-CCCTGTCT-AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : -CCC------AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTTT--CATAAA---CAAGGAATAATATA-TT----TT-CCCCTGCCCAATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTTT--CAGGAA---CAAGGAAGAATATC-TTGTCCCTGCCC------AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 2222222 11 44444444444444 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 6 6666666 99 88888888888888 0 0 1 7 2 6 0 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 3 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 8 1 444 777 666 0 3 3 111 0 0000 000000 444444 1 999 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000 111111 2222 4 99 8888 3 222222 4 4 2 22222 777 9999 66 0 5 6 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . ....... .. .............. . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . ... ... ... . . . ... . .... ...... ...... . ... ... ............................................................................................................................................... .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... .. . . . . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 7 0000000 33 44444444444444 2 8 0 0 5 5 2 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 8 4 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 0 0 000 555 222 8 2 8 777 9 6666 444444 444444 4 111 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 11 1 0 7 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGT-AAATGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCTC--AATGAA-------------------------CTC----C-----AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCTC--TATAAA---CAAGGAACAATATCTT-----TCCC----CTGCCGAAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtAATTGTCACAGT-TTAAAAGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atgtTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCTC--ACTATATTTCACCTAGCCAGGTCAT----TCATC----C-----AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCTT--CATAAC---CAAGAAACAATATCTTTCCACTGCC----C-----AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTCAATATAAA---CTAGGAACAATATCTT----CTCCCTGCCC-----AACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacaga----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCTC--TATAAA---CAAGGAACAATAACTT-----TCCC----CTGTCTAATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : CC----C-----AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTTT--CATAAA---CAAGGAATAATATATT----TTCCC----CTGCCCAATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTTT--CAGGAA---CAAGGAAGAATATCTTGTCCCTGCC----C-----AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 2222222 11 44444444444444 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 6 6666666 99 88888888888888 0 0 1 7 2 6 0 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 3 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 8 1 444 777 666 0 3 3 111 0 0000 000000 444444 1 999 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000 111111 2222 4 99 8888 3 222222 4 4 2 22222 777 9999 66 0 5 6 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . ....... .. .............. . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . ... ... ... . . . ... . .... ...... ...... . ... ... ............................................................................................................................................... .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... .. . . . . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 7 0000000 33 44444444444444 2 8 0 0 5 5 2 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 8 4 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 0 0 000 555 222 8 2 8 777 9 6666 444444 444444 4 111 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 11 1 0 7 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGT-AAATGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCTC--AATGAA-------------------------CTC----C-----AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCTC--TATAAA---CAAGGAACAATATCTT-----TCCC----CTGCCGAAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtAATTGTCACAGT-TTAAAAGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atgtTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCTC--ACTATATTTCACCTAGCCAGGTCAT----TCATC----C-----AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCTT--CATAAC---CAAGAAACAATATCTTTCCACTGCC----C-----AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTCAATATAAA---CTAGGAACAATATCTT----CTCCCTGCCC-----AACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacaga----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCTC--TATAAA---CAAGGAACAATAACTT-----TCCC----CTGTCTAATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : CC----C-----AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTTT--CATAAA---CAAGGAATAATATATT----TTCCC----CTGCCCAATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTTT--CAGGAA---CAAGGAAGAATATCTTGTCCCTGCC----C-----AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA
blockSeqs : . G T G T G T C C C G . A G CACAGT CA CACAATGAGAATCA G T C A G AACTAGT C T G G C C T C A TCGACTTCCCCCCC T CCACCACCCACCCAACT A G C A CC G G AGA GCG GAA T A ACG AAAC TTTT TATAAG A AAT TTT TTCCCCTGCCCAATCTTTACGACAAGCGGTGCAGGACATTCAACCAAGCGCAATATAGCAGGCCAAT AGTC CTCTCT TCCT . TT ACCT C ACCATT C T C TGTGT AAA GTCT CG A A T . A T CTGGGGATAAATGT G C TG TAGTTATCAATACCG G C A
blockSeqs : . A A G G C A G A . C A G C C . T A G . C . T T C . CC . C . . G G C . . CTT . T T . TCCCCTGCCGAAACCTTATGACAAACCAGGTCTTTTAATCAAGCCCAATATAGCAGACCCAAT . . T . A . A . . . T . . . . . . . . A T CGGAGTAGAATT . T . GC G T G
blockSeqs : T . . . . . C G G A C . T C A . A . C G A . C . A . . . A A . . T . C A . CTCCCTGCCCAACCTTTACAACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCAATATACCAGATCAAT . . . . . . C . . . T . . . . . . . . A . GTAACATG . T . TC T G G
blockSeqs : . . T . G C . . . . . C . . T C . . . T . . . . . C . C C . TCCACTGCCCAATCTAAACTACAAAAAGCCAATTTCACAGACCCAAT . . . . . . A . . . T . . . . . . . . G . GTAAAACT . C . TC A T G
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . T . C T . TCATCCAAGCCGAATGTTGCAGACCCAAT . . . . . . C . . . T . . . . . . . . T . GTAAAATA . C . CC G C G
blockSeqs : . T . C C . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . TC G C G
blockSeqs : . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : C** **
originalCons : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
finalCons : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-AC--AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 2222222 11 44444444444444 1 2222222 44444444444444 55555555555555555 111 111 111 111 111 1111 111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 1111 111111 11111 1 222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 6 6666666 99 88888888888888 0 0 1 7 2 6 0 0 0 0 1111111 2 3 2 1 1 6 6 3 1 77777777777777 1 66666666666666666 0 3 3 2 6 444 8 1 444 777 666 0 3 3 111 0 0000 000000 444444 1 999 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000 111111 2222 4 99 8888 3 222222 4 4 2 22222 777 9999 66 0 5 6 6 77 6 1 222222222222222222 0 5 1 66 888888888888888 1 3 1
lowQualScore : ... . . . . . . . . . . . . . ....... .. .............. . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . .............. . ................. . . . . . ... . . ... ... ... . . . ... . .... ...... ...... . ... ... ............................................................................................................................................... .... ...... .... . .. .... . ...... . . . ..... ... .... .. . . . . .. . . .................. . . . .. ............... . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 7 0000000 33 44444444444444 2 8 0 0 5 5 2 2 8 3 7777777 5 3 5 0 0 7 0 8 4 00000000000000 0 00000000000000000 8 2 2 5 7 777 0 0 000 555 222 8 2 8 777 9 6666 444444 444444 4 111 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 555555 5555 0 55 5555 9 888888 4 4 2 55555 888 4444 11 1 0 7 7 99 0 4 000000000000000000 3 7 7 99 555555555555555 4 4 4
consensus : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
Reference ( family-742 ) : NNATCAAACCCCAGNGGGATNGTNAGACTNTTNAAGACGANCTNGNCAAGCCTTCNCTCTGGNAAAAGCACTGGCTAGNGGAATTGT-ACAGT-TATGTAGGCAAAATACCACACG----------CTAGACACCAACCGGACAAAATTATTAGACGTGANTATGCACTTCATGGCCAAGTGTTAGAGAGTGTAACANCTGCAAAGTATCTAGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAATAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAAACCCTAGGTTTCATTCGTCGTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGCCTATAACACNCTGGT--------------CCGNCCCCA-----------------GTTGGAATACGCGTCACCGATATGGAACCCCTACC-A-C-AGTCAGATATTAACAAAATAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTNCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTGAAGAACTTNAATGGTCAACCTTAGAATCCCGT---AGGACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTC--CATAAA---CAAGGAACAATATCTT----CTCCC----C-----AATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCT-TTTT--CCGAG----AACTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTCATT-AAT-TATG-TTT--TAATGAGAAAA-GGGG----GTA-----AAAT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATGATTG------TC-------GTTATCGACCGAGCGATTAACGAGAGATAGTT
gi|1 : ATCAAACCCCAGTGAGATAGTTAGACTGTTCAAGATGAACTAGACAAGCCTTCGCTCTGGTAAAAGTACTGGTTAATGGAATTGT-ACAATGTATGTAGGT-AAATGCCACACA----------CTAGACACCAACCAGACAAAATTATTAAACGTGATTATTCACTTCATGGCCAAGTGTTAAACAGTGTAATATCTGCAAAGTATTTAGGGTTTACTTTCACCAACACTATCGACTGCGGATCACGCATAAGTAATAT-------TACTAATAAGGCAACTAAAACTCTAGTTTCCATATGTCGTCACTTGGCCC-TAGCTCCGAGATTAACAAAAGTGGTAACCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCCA-----------------GTTAGAATACGCGTCACCAATATTGAACCCCTACA-A-C-AGTCAGGTATTAACAAAATAGAAAAAGTCCGGA-TAACTGCTGCCAGATGGGTTTGC---AGGCGATGGCGTAACCAAAGTCAT---GTTGTAG--AAATCGTTGAAGAACTTCAATGGTCAACCTTAGAATCCCGC---AGGATTAAAGCTAGCCTAAACCT----CTTT--C---ATAAAA------TTTACACATGTCAAATCTC--AATGAA-------------------------CTC----C-----AATCC---TTAC--------------G--G------------------------CA---A---ACCAG-------G---------------C---------------AAT--------------TTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----CCCTATTTT--CCAAT----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCTCTCACCAACTACTGTTGCCATGCCCACAGTTGA------TGGT-TTC-TAATCAACCATTAAGGCA-----CCAGGTCAGAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAG-A--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTGGCCTAGTTATT-AAT-AATG-TTTCATAATGGGAAAA-GGGG----GTA-----TTTT-TTTAAT-GCCACCACAT--CGCATTATTT------TC-------GTGGTCGACCGAGCAATTAACGATATATATTT
gi|10 : ttCAAAGTATATAGGTATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGGGATCACACATAAGTAACAT-------TACTAGTAAGGCAACTAAACCCCTAGGTTTCAATCGTCGTAACTTGGCCC-TTGCTCCAAGACAAACAAAAGTGGTTGTCTATAACACCCTGAC--------------TCTTCCCTA-----------------GTTGGAAT-------ACCGACATGGAACCCCAACC-ACC-AGTCGGATATCAACACAATAGAAAAAGTTCAGA-GAACTGCTGCAAGA
gi|11 : ---------------C---------------AAT--------------GATAATAC----TGATGCCTTTA------ATTTCT---CCTT-TTTT--CCGAG----AACcccaatgataa
gi|11 : tgcaagaccCCTTTACTCTCTAATTC----C-----TTG--TCGAG----AAC-----CCCTTTGGAATAATCTCCTACCAACTACT-----------------AGA------AGGT-TTC-CAATCAACCATT---GAA-----TCAGGTCAGAGGTTATGTACAAAGGTGCATTTTC----TGAATATC--TTACATTGAAAATATATTTGAATGGTTTAGCCATT-Aaagcacacaagcacctttactctctaattccttgtcgagaacccctttggaataatctcctaccaactactagaaggtttccaatcaaccattgaatcaggtcagaggttatgtacaaaggtgcattttctgaatatcttacattgaaaatatatttgaatggtttagccatta
gi|12 : tgcaagacccaatgataatactgatgcctttaatttctccttttttccgagaacaagcacacaagcaGTTGCCATGACCACAGTATA------TTTT-TTTTCAAGTAACCATTCAGACA-----TCAGTACATATGTTATATAC---GGTGAATGCTC----TGAAAATC--ATATAGGGTAAATAGACT-----AGCCCAGTTATT-AAG-TATG-TTT--TAGTGAGAAAA-TGGG----GTA-----ACAT-GTTTAT-ACCGCCGCAT--CACATGAGTG------GC-------GTTATCGGCCGAGCGATTAACGAGAAATAG
gi|13 : aaaTAGAGAATATAAAA--TGCAAAGTATCTAGGGGTCACTTTAACTAATACTTTCAACTAGGGATCACACATAAGTCATAT-------TACTAGAAAGGCAACTAAAACCCTAGCTTCCATTCATCTTAACTTGGCCC-TAGCTCCAAGACAAATAAAAGTGGT-----------------T--------------CCGCCCCCA-----------------GTTGGAATACGAGTTGCGTATATGGAACCCCTAa
gi|14 : acGCTAGTCTAAACCTAAACCTTTCTT---ATAAAA-------GCACAAAGGTTAAATCTC--TATAAA---CAAGGAACAATATCTT-----TCCC----CTGCCGAAACC---TTAT--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------GTCTTTTAATCAAGCCC---------------AATATAGCAGACCCAATGTTAATAC----GGACTCCTCTA------AATTCTCCTCTCT-TTTT--TTGAGACCTAGCTATTCCTCTT
gi|15 : TTAGATATTATGCAC---CGTGCATCCTC----TGAAAATCCGATA---TATAAATATGTTTGAGTGGCTTGGTCATA-AAA-TTTG-TTT--TAATGAGAAAA-TGGGCGGAGTA-----GAAT-TTTATT-GTTACCACATTGCACATGATTGTAGTTATCAATACCGGTTATCGATCGAGCAATTAACGAGAGCTA
gi|16 : AGCGGCTTAGTCGTT-AAT-TATG-TTC--TAATGAGAAAA-GGGG----CTGGGGATAAATGTTTCAT-G-CACTACAT--TGCATGATTG------TC-------ATTTTCTAGCAACCAATTATCGAGA-ATAGa
gi|17 : atacagtaggtAATTGTCACAGT-TTAAAAGACAAAATACCA---G----------CTAGACACCAACAGGACAAAGGTATTTGACGTGTGTATGCACTTCGTAGTCAAGTattgataacatatatactgttga
gi|18 : atgtTGCCATGACAACAATATA------AGAT-TTC-CAATCAAACATATAGGCA-----TTAGGTCAAAGGTTATGCAC---GGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATAC
gi|19 : ------AACCC----CCAC-TTCC--CCGAG----AACTATTGCTCTTTGGCATAATCTACCACCAATTGCTGTTGCCA
gi|2 : caattgtcaatcctATCTAGTGACCACTTCAACTAATACTTTTGACTGGGGATCACATATAATTGATATAACTAGTTACTAGGAAGACAATTAAATCCCCATATTTCATTCGTCGTAACTTGGCCCCTAGCTCCATGGAAAACGAAAGTGGTTGCCTATAACACACTGGT--------------CCGACCCAA-----------------GTTTGAATACGTGTCACCGATATGGACCCACTACCAA-C-AGTCAGATATTAATAGAATAGACAAAGTCCAAAGGAACTGCTCCCAGATGGGCTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAACGTTATGCGGCTGGAGAAAAATGCTTAAATAACTTAAATGGTCAACTTTAGAATCACGTACGAGGCTCAATGCAATCCCCAACCT----CTTT--T---ATGAAATATAAGTATACGTGGGTAAAGTCTC--ACTATATTTCACCTAGCCAGGTCAT----TCATC----C-----AAGCC---GAAT--------------GTTG------------------------CA---G---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AAGTC----TCCT-TATC--CCGAT----AATTATTCCTCTTGGAAGAAACCTCCCACTAACTACTTCTGCCATGGCCACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAAGCATTTAGGCA-----TCATGTCAGAGGTTATGCAC---GGCGCATCTTC----T-AAAACC--ATACCTTGAAAATAGCTTTGAGTGGCATAGCCATTAAATATATG-TTG--TAATG-GAAAA-GAGG-------------------TGGTGGTCACCACAT--AGCATGATTG------TC-------GTTATCAATGGAGCAATTAACGAGAGATAatatcac
gi|20 : aacTT--TAATGGGAAAGTGGAG----GTA-----AAAC-TTTAAT-ACCACCACAT--TGCATGATTG------CC-------GTTATTGA-----TGATTAACGAGAGATAGTT
gi|21 : --CGCATGAATG------TC-------GTTATCGACTGAGCGATTAACAAGAGATAGtat
gi|3 : CTACT-A-CCAGTCAGATATTAACAAAGCAGAAGCAGTCCAGA-GAACTGCTACCAGATGGACTTGC---AGACACTGGCATAACTAAAGTCAT---GTTTGA---ATATGCTTGAAGAACTTCAATGGTTGACCGTAAAATCCCGT---AGGACCGAAGCTGGTGTAAACAT----CTTT--C---ATAAAA------TGCACACAGGTCAAGTCTT--CATAAC---CAAGAAACAATATCTTTCCACTGCC----C-----AATCTAAACTAC--------------A--A------------------------AA---A---GCCAATTTCACAGACC------------C---------------AAT--------------GTTAATAC----TGATGCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTTTTCCAAA----AACTATTTCTCTTTCGAATAATCTTCCATCAACTACTGTTGCCATGACAACAGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTAGGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATGCAC---AGTGCATCCTC----TGAAAATC--ATACCTTGTAAATAGATTTGAGTAGCCTAGTCAAT-Aat
gi|4 : CTGGTCTATAC-T----CATA--T---ATAAAA------TACACACAGGTCAAGTCTCAATATAAA---CTAGGAACAATATCTT----CTCCCTGCCC-----AACCT---TTAC--------------A--ACAAACCAGGTGATTCAATCAAGCCCA---ATATACCAG-------AT--------------C---------------AAT--------------GTCAATAC----TGTTGCCTTTA------AATT-----------TTT--CTGAG----ATCTATTCCTCTTTGGAATAATCTCCCACCAACTACTGTTGCCATGACCACAGTAGA------TGGT-TTC-GAATCAGCCATTTAGGCATGTGTTCAGGTCAGAAGATATGCAC---AGAGCATCATC----TGAAAATC--ATAGCTTGTAAACATATTTGAGTGGCTCAG--------T-TATGTTTT--TAATGTGAAAATAGGG----GTA-----AAAT-AACAAT-GCTATCCCAT--TGCCTGATTT------TT-------GTTATC-ACCGGGCAATAAATGAAAGATAG
gi|5 : tagaagcaagtacaga----------CTAGACATCAACCGGACAAAACAATTAGGCATGAGTATGCAC---AT---CAAATGTTAGAGAGTGTAACAGCTGCAAAGTATCGTGGGATCACTTTAACTAACACTATCGACTGGTGATCAAACATAAGTAATAT-------TA-TGATAA--CAGT--AAACTCTAGGTTTCATCCGTCGTAACTTGGTCC-TAGCTTCAAGACAAACAAACGCGGTTGCATATAACACCCTGATTCGACTTCCCCCCCCCCCCCCCACCACCACCCACCCAACTGTTGGAATACGCGTCACCTTTATGGGATC---ACC-A-a
gi|5 : taAACTGCTTCCAGGTGGGCTTACAGAAGAAGCTGGCGTAACTAAAGTTGactaactgcttccaggtgggcttacagaagaagctggcgtaactaaagttgc
gi|6 : tactagacatcaaccggacaaaacaattaggcatgagtatgcacatcaaatgttagagagtgtaacagctgcaaagtatcgtgggatcactttaactaacactatcgactggtgatcaaacataagtaatattatgataacagtaaactctaggtttcatccgtcgtaacttggtcctagcttcaagacaaacaaacgcggttgcatataacaccctgattcgacttcccccccccccccccaccaccacccacccaactgttggaatacgcgtcacctttatgggatcaccaact---AGAACCAAAGCTAGTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACACTGGTCAAGTCTC--TATAAA---CAAGGAACAATAACTT-----TCCC----CTGTCTAATCC---TTAC--------------G--A------------------------CA---A---ACCAG-------c
gi|6 : CC----C-----AAT-------AT--------------A--G------------------------CA---A---ACC-------------------------C---------------AAT--------------GTTGATAC----TGATACTTTTA------AAATT----GCCT-TTTTA-CTGGG----AACTATTCCTCTTTCGAATAATCTCCTACCAATGTCTGTTGCCATGAC---AGTAGA------TGGT-TTC-CAATCAACCATTTACGCA-----TCAGGTCAGAGGTTATTTAC---GGTGCATCCTCGTCTTGTAAATC--ATACCTTGTAAATCGATATGAGTGGCCTAGTcctggcaggtcatttgattaagcccaatatagcaaacccaatgttgatactgatacttttaaaattgcctttttactgggaactattcctctttcgaataatctcctaccaatgtctgttgccatgacagtagatggtttccaatcaaccatttacgcatcaggtcagaggttatttacggtgcatcctcgtcttgtaaatcataccttgtaaatcgatatgagtggcctagtt
gi|7 : agaaccaaagctagtctaaacctcttttataaaatacacactggtcaagtctctataaacaaggaacaataactttcccctgtctaatccttacgacaaaccagcctggcaggtcatttgattaagATCA---CCCAGGGGAATTGTGAGACTTTTGAAGACGATCTCGCCAAACTTTCCCTCTAGGAAAAGC-CTGGCTAGAGGAATT-T-A------ATGTAGG-AAAATACCACACAATGAGAATCACTAAACATCAGTTGGACAAAATTATTAAATGCGATTACGCACCTAATGGCCAAGTGTTAGAGAGCGTAACAACTGAAAAGTATCTAGCCGTCACTCTAACTAACACTATCGACAGGGAACCACACA-AAGTA---------------------GTAACTAAAACCCTAGGTTTCGTT-GCCGTAACTTGGTCC-AAGCTCCACGACAAACAAAAGt
gi|8 : cGAAAAATTTAAATG-TCAACTCTAGAATACCGT---AGGTCCTAAGCT---C--AACCT----TTTT--TTTTATAAAA------TACACA--GGTCTTGTTTT--CATAAA---CAAGGAATAATATATT----TTCCC----CTGCCCAATCT---TTACGACAAGCGGTGCAGG--A------------------------CATTCA---ACCAA-------G---------------CGCAATATAGCAGGCCAAT--------------GTTAATACAGTCTGATTCCTTTA------AATTC----TCCT-TTTT--TCGAC----AACTATTCTTCTTTGGAATAATCAACTACCAACAGCTGTTGTCATGACCACAGTAGAACCATTTGGTCTTC-C
gi|9 : cATGTGGAACCCCTACC-A------------TTAACAAACTAGAAAAAGTCCAGA-GAACTGCTACCATATGGGGTTGC---AGACGCTGGCGTAACCAAAGTCGT---GTTGGAG--AAATGCTTG---------AATGGTCAACCTTAGAAATCCGT---AGAACCAAAGCTATTCTAAACCT----CTTT--T---ATAAAA------TACACCCAGGTCAAGTTTT--CAGGAA---CAAGGAAGAATATCTTGTCCCTGCC----C-----AATCC---TTTC--------------G--A------------------------CA---A---ACTA