lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 1111 111111 1 444444444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222222 111111111 1111 22222222222222222222 22 11111 222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 1111 11 44444444444444444444444 222222222222222222222222 2222 1
lowQualScore : 8 3 666 5 4 0000 6666 99999999999 555555 2 3 222222222222222222222222222222222222222 7777777 444 2 55555555555555555555555555555555 444 1 000000000 0000 1 3 44444444444444444444 22 222 44444 11 22 00000 3333 7 9999999999999 22 6666666 555555555 444 11 1 111111111 222 8 7 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777777 0 6 1 1 66666666666 0000 22 1 11 88888888888 55 77777 2 11111111111111111111111 777 777777777777777777777777 1111 6
lowQualScore : . . ... . . .... .... ........... ...... . . ....................................... ....... ... . ................................ ... . ......... .... . . .................... .. ... ..... .. .. ..... .... . ............. .. ....... ......... ... .. . ......... ... . . .. .. .................................................................................................................... ........... . . . . ........... .... .. . .. ........... .. ..... . ....................... ... ........................ .... .
lowQualScore : 3 1 222 0 4 0000 1111 11111111111 555555 8 8 333333333333333333333333333333333333333 6666666 444 2 66666666666666666666666666666666 888 7 888888888 9999 7 3 55555555555555555555 33 888 00000 88 11 77777 3333 7 6666666666666 00 1111111 555555555 333 99 4 888888888 444 5 3 99 88 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666666666 2 4 6 6 99999999999 8888 44 8 88 33333333333 00 00000 2 11111111111111111111111 444 666666666666666666666666 2222 0
consensus : ATTATAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTTGTTGGTTT----ACA----GA--T-T------TTTC-----TCCAAAAA------T-------------------T------T-----AAA-------A---GAA-GAA------A-NAA---------TA-A---A----T---T-A---C---G-GAT----G-A-AA-C-A-T---AG---A----G--GT---CA-----AATTT--GGTC----A----TTTTCTAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-CC----T-CA---TAACAA--TGAT--TTT-------AT--GG-----------------TT----G-----T---A----CA----A-----T-----TT-------T------------G-----------G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-C------T----TTTT-TCT--TTT-TCA-CCA------T----TTAAT--AT-C---A-T--TN----T----CAA----AG-AA---TGAA-----A--------------NT--TTTTTTT----CACA-ATTGAAA
Reference ( gi|13 ) : ATTATTAGGCCAGAC-T-CTTTTTATCTGGTGGTTT----ACA----GA--T-T------TTTC-----TCCAACAA------T-------------------T------T-----AAA-------A---GAA-GAA------A-CAA---------TA-A---A----T---T-A---C---A-GAT----G-A-A--C-A-T---AA---A----G--GT---CA-----AACAT--GGTC----A----TTTTCCAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-TC----G-CA---TGACGA--TGAT--TTC-------AC--AG-----------------TT----A-----T---G----CA----A-----T-----TT-------T------------G-----------G-----------A-----------AATCTGCAATT-T-C------T----TTTT-TCT--TTT-TCA-CCA------T----TTAAT--AT-C---A-T--TC----T----CAA----AG-AA---TGAA-----A--------------CT--TTTTTTT----CACATATTGAAA
gi|10 : ATTGTTAGGTCAAAA-T---TTTTATCTATTGGTAA----ACA----GA--TTT------TTTT-----TTCAAAAA------T-------------------T------
gi|20 : gtatgaataaaaccttgatTTATAAGGCCAGAC-T---TTCTATTTGATTGTTT----ACA----AA--G-T------TTCC------CAAAGAA------TAAAAAATATAGAAATTCTGT------T-----AAA-------A---AAATAAA------A-AAA---------TA-ATTCA----T---T-A---C---A-GATTTTTG-A-AT-C-A-T---GG---A----T--TT---CA-----AATTT--TGTC----A----TTTTCTTAT-------------ATTG--AGA-------AA---------T---TA--A-T-CT----T-AA---CAACAA--TGAT--TTT------------G-----------------TC----T-----T---G----CA----ACATGGT-----TT-------TGTCAA-------G-----------G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|19 : atttttgTATAAGGCCAGAC-T---TGTTATGTGTTGGTTT-----TA-----A--T--------------------AA-AA------T-------------------C------TGTA--AAA-------A---GAT-GAC------A-CAT---------TT----------T---T-A---C---G-GAT----G-A-AA-C-A-C---AG---A----A--GT---CA-----T---T--GGTTCATGA----TCTTCTGAT-------------TTTG--ATA-------TG---------T---TT--C-T-TC----T-CA---TAAGAA--T-AT--TTC-------TG--TG-----------------GT----G-----T---A----CAT---A-----T-----TTGTTGCCGT------------G-----------G-----------A-----------AATC-ACAAAT-T-T------C----GGTC-ACT--TTT-CCA-GCA------T----TTAAA--TT-C---A-T--TA----T----CAG----AA-AAGTCTGAA-----
gi|2 : ataaAGGTAAGAC-T-TTTTTTATTTGTAAGTTT----ATT----GA--T-G------TTTA-----TCCAAga
gi|7 : cactccagacaaaatgaaccaagcaAGGCCAGAC-T---TGTTATTTGTTGGTTT----ACAAGGGGA-----------------------GGAAA------T-------------------C------TGGA--AAA-------A---AAA-GAA------A-TAA---------TT-C---A----T---T-A---T---G-GAT----A-ACA--C-A-TTGTAC---GCTC-G--GT---CA-----AATGT--GTTC----A----TTTTCTAAA-------------TGTGATAAA-------TG---------C---TA--A-T-TC----T-CA---GAGCAA--TGCT--TTT-------AT--GG-----------------TGAACAA-----T---A----CATG--G-----T-----TT-------T------------G---------------------------------------TTCAGTT-T-C------T----TTTT---A--TTA-TCA-TAA------TTGTCTTGAC--AG-A---A-T--GA----A----AAA----AA-AA---TAAAGAGTGA--------------TT--TTTTTTT----TACAAATGGAaagtgattggatggatggttggaatatttttctttagaaaattccgtaaaaaaggagaataaaagaaatttagaagtgtgagatgttaatccccattactacgactttttggtgtacaattttggttgtcaaggaagtctgcagtgtttttcctttttccccattttaaattagagccagaataatcaaaaaataaaaaaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|16 : ttattttagtaAGGTCAGAC-T---TTTTATATGTCAGCTT----ATG----GA--T-T------TTTT-----CCCAACAA------taaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|3 : aCCAGTC-A-TTTTTTATTTGTGGGTTT----AT-----GA--T-T------TTTC-----CCCAAAAA------T-------------------agaccagaaatgtagttttattgaaaattccataaaaaataaaaaataccttaaattactatgaatgaaacaaagattatttttatcttatttgaaaattttctaattttgagatattaatcctcgtaacatttattttatggtgtacaaatttggtttgttgataaatcaggatttattttttttctggtttt
gi|41 : aCTAGACAT-TTTTTCATTTGCTGGTTT----ACA----GA--T-T------TTTCCAAAATCTGATGG------C-------------------TTGATGAT-----AAA-------A---AAA-AAA------A-AAATCTG-----TA-A---ACTTTT---T-A---C---A-GAgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|12 : CAGAC-T-TATTTTGGTTGTTCGTTT----ACA----GA--T-T------TTT------TCCAA-AA------T-------------------T------T-----AAA-------ATTGGAA-AAATATGT-A-CAAAATGAGAAATA-ATTGA----T---T-A---C---A-GGT----A-A-AA-T-A-T---AG---A----G--GT---CA-----AA-----GGTC----A----TTAATAAGT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-CC----T-GA---TAATAA--TGAT--TTT-------GT--AA------------------T----G-----T---A----CA----A-----T-----TT-------T------------G-----------GTTTTGTCAAGAA-----------AATCTACAGTT-T-A------------TTT-TGT--TTT-TCC-CTA------T----TCAGT--ATGA---A-T--TA----T----T---------AA---TAAA-----A--------------GTTATTTTTTT----TACA
gi|24 : aCAGAC-T--TTCTTATTTGCTGGTTTGTGAACA----TA--T-TGGATGGTTGA-----TCAAATAAAAAAAAT-------------------T------G-----AAATGAAATTA---GAA-AAATCTGTTA-AAA---------TA-A---T----T---T-AA--C---A-GAT----G-A-AA-C-A-T---AG---G----G--AT---CA-----GAATT--GGTG----G----TTTTCTAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------A---T---A-T-TC----A-CA---CAACAA--CGAT--
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTTTTATTTCTTGGTTT----ACA----GAAGT-T------TTTT-----CCTAAAAA------T-------------------T------gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|9 : AC-T-TTTTTTACTTGTTGGTTTTT--ATA----GA--T-T------T--------TCCCACAA------T-------------------T------T-----attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|39 : aAC-T-TTTTTTATTTGCTGGTTT----ACA----TG--T-T------TTT------TTTAAAAA--------------------------T------T-----AAA-------tattggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
gi|26 : TTTTTATCTGTTGGTTT----GCA----GA--T-T------TTTT-----Ttattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|8 : gcaTTC-----TTGAAAAA---------------------------------------AAA-------A---AGA-GAA------A-TAA---------TC-T---A----T---T-A---G---A-GAT----G-AGA--T-T-T---CA---A----G--AG---CA-----AA-ATTTGACA----A----ATTTCTAGT-------------TTAG--AGA-------TT---------T---T---------------CA---TAACAA--TACT--TTT-------AT--GG-----------------TC----A---------A----CA----A-----T-----TT-------T------------G-----------GTTTTATTAAGAA-----------AATCTGTAGTT-T-C------T-----TTT-ACT--TCT-CC--CCA------T----TGAAT--GT-CCGTA-TGGTA----T----CAA-------AA---TGAG-----A--------------gaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|26 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaac-----TCTGAAAA------T-------------------T------TTGTGAAAA-------A---GGA-GAA------ATCAT---------TA----------T---C-A---T---G-AAT----G-A-AA-C-A-----AG---A----T--GT---CA-----AATTT--GGCC----A----GTTATTAGT-------------TTTG--CTA-------TA---------T---TA--T-T-CT----T-CA---TTAAAA--TGAT--TTT-------TT--GG------------------T----A-----T---A----CA----A-----T-----aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|10 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaaCTAAGAA------T-------------------T------TTGTTAAAA-------A---GAA-GAA------T-TA----------------------T---T-A---C---A-GAT----G-T-A--TTG-T---AG---A----G--GT---CA-----AATTT--GGTC----T----TATTCTCAT-------------ATTG--AAA-------TA---------G---TA--A-T-CC----T-C------ACAA--TA-----TC-------AA--GG-----------------TT----G-----TATGG----CG--------------------------------------G-----------G-----------A-----------AATTT-TGGTT-T-C------T----GTTC-T-T--TTT-TCA-CCA------C----TTAAT--AT-C---A-T--TG----T----C------AG-TA---TGAA-----A--------------
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaacAA------T-------------------TGTG---T-----ATA-------A---AAA-GAG------A--AA---------TA-A---G----T---T-A---TTA-G-GAT----G-A-AA-C-A-A---AG---A----G--GT---CA-----AAC-T--TGTC----A----TTTTCTAAG-------------TTTA--AGA-------TA---------T---AA--C-T-CC----T-CA---TTACAA--TGA---TTC-------AA--TG-----------------CT----G-----T---G----TC----A-----TTATAGTT-------T------------G-----------GTTAAGA-----A-----------AACCTTCAG-------------------TT-TCT--TTT-TCA-ACA------T----TAAAT--AT-C---A-T--TG----T------A----AA-AA---TGAA-----A--------------aa
gi|9 : agataatttga------T-------------------T------T-----GAA-------A---ACA-GAA------G-AAA---------TA-A---T----T---TGA---C---A-GATCTGTG-A-A--T---C---AG---G----G--GC---CA-----AATTT--GGTA----A----TTTTCAAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---AA--A-T-TC----T-CACATTAATGATTTAATGGTTT-------AC--AG-----------------TT----T-----T---GGTTTTATTATA-----T-----TA-------T------------G-----------G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-C-----------TTTA-ACT--TTT-ACC-CAA------T----TTAATTAAT-----A-TA-TA----T----CAATGTTGG-AA---TGAA-----A--------------gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|4 : aactttttttacttgttggtttttatagattttcccacaattttattggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattct-------------------T------T-----AAA-------A---AAA-GGA------A-AAA---------TA-A---T----T---T-AATAC---A-GAT----GGA-A--C-A-T---AG---A----A--AT---CA-----AAATT--GTTT----A----TTATCTAAT-------------CTTG--CGA-------TG---------T---TA--A-T-------G-------AACAA--TGAT--TTT--------C--TG-----------------GT----A-----T---A----AA----G-----T-----TT-------T------------GTAT--------GTGTCAC-----A-----------AATATGCAGAT-T-CATTTAAT----TTTT-TAA--TTT-TCA-aa
gi|3 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctg-----AAA-------A---GTA-GAA------A-TGA---------TA-A---A----T---T-A---T---T-GGTT---A-A-A--C-A-T---TA---A----G--GT---CA-----GTTTT--TGTC----A----TTTTCTAACA------------TTTG--AGA-------TA---------T---CA--A-T-CC----T-CA---TAACAA--TTGT--TGT-------AT---G-----------------AT----G-----T---T----TA----A-----T-----TT-------TGGGTTCTGTTAAG-----------G-----------A-----------AATCCA-AATT-T-T------C----TTTT-TCT--TTT-TCC-CCA------A----TTAAT--AT-T---G-T--TG----C----CAG----AA-TA---TAAA-----A--------------ttgttagaaggaatcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|43 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaa-----AAG-------A---AAA-GGA------A--AA---------TA-A---T----T---T-ATATC---A-TATT---A-A-A--C-A-T---AT---A----G--GG---AA-----GACTT--GGT-----A----TTTTCATAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-TA----T-CA---TAACCA--TGAT--Taaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|25 : -----AAA-------A---GGA-GAA------G-TAA---------TT-G---A----T---T-A---T---G-AAT----G-A-A--A-AAT---AG---A----G--AT----A-----AA-----GTTT----AAAAGTTTTCTAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-CCTCAAA-CA---AAATGA--TGAT--TT
gi|16 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaa-----AAA-------A---TAA-AAA------A-TACCT-------TA-A---A----T---T-A---CTATG-AAT----G-A-A----A-C---AA---A----G--AT---TATTTTTATCTT--ATTTGAAAA----TTTTCTAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-CC----T-CG---TAACAT--TTAT--TTT-------AT--GG------------------T----G-----T---A----CA----A-----A-----TT-------T------------G-----------GTTTGTTGAT--A-----------AATCAGGATTTAT-T------T----TTTT-TCTGGTTT-Ttttgg
gi|22 : aaggtcagactttttatatgtcagcttatggattttttcccaacaaagaccagaaatgtagttttattgaaaattccataaA-GAA------T-TAA---------TT-T---A----T---T-A---C---G-GGT----G-A-AG-C-A-T---AG---A----A--GT---CA-----AATTT--GGTT----A----TATTCTAAC-------------TTTG--ATA-------TA---------TAAGTG--A-T---------CA---TAACAA--TGAT--T-C-------AT--GG-----------------TG----AACATTT---C----TA----A-----T-----TT-------T------------GTACTG------G-----------A-----------AAACTACATGT-T-CAGC---T----TCTTATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAA--TTAAT--AT-C---A-TTGTC----T----GAG----AG-AC---TGAA-----A--------------
gi|14 : taaaattctgtaaatacttg-GGA------A-TAA---------TA-T---A----T---A-A---C---A-GAT----G-A-AAGC-A-G---AA---ACGAAGATGT---AA-----AAATT--GGTA----A----TTTTCTAAT-------------ATTG--AGATGCTAATTA---------T---TA--A-TATC----ACCA---TAACAA--TGAT--TTT-------GT--AGTGTGTATTTATTTCATTTT----G-----T---G----CA----A-----T-----TT-------TACGTTTTGTCAAG-----------G-----------A-----------AATCTGGACTT-T-C-----------TTTT-ACT--TTT-TCT-GTG------T----TCAAT--AT-C---A-TCGTCAGATT----TAA----AGAAA---TGAA-----AAAGTGAAATTTTTTCT--TTTTTTC----CCCATATT
gi|5 : AA------A-CAG---------TATA---A----T---T-----------GAT----T-A-G--T-A-----AA---A--------T---TA-----AACAC--AATT----A----TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTTG--CG-------------------T---TA--A-T-TT----T-CA---TTACAG--TGAT--GAT-------AT--AG-----------------TT----------T---A----TA----T-----T-----TT-------T------------GATTGTCAAA--G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-C------T----TT-----T--TTT-AC--CCA------T----TTAAA--AT-T---G-C--TG----TGGAATAA----AG-AA---TAAA-----
gi|38 : cggccatacattttctctttgttggtttattcttcaaaaacattgtaggaaaggtggtagggaaaaaatcagacaattctataA------A-TAA---------TA-C---G----TA--T-A---A---A-GAT----G-A-AA-T-A-T---AG---T----G--GT---CA-----ACTTT--GGTC----A----TTTTCTAAC-------------ATTG--AGA-------TG---------T---TA--G-T-CA----T-CA---TAATTA--TAAC--TTT-------AT--GG------------------T----G-----T---A----CA----G-----T-----TT-------T------------G-----------G-----------caaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|1 : AA---------TA-A---A----TCTTT-A---C---A-GAC----A-A-AA-C-A-T---AC---A----A--GT---CA-----TTTTT--TGTTT---A----TTTTCTCAT-------------TTAT--AGG-------TG---------T---CA--G-T-TT----T-CA---TAACAA--TGAT--TTG-------GT--GG------------------T----G-----T---G----TA----G-----T-----TT-------T------------G-----------GTATGTTAATA-A-----------AATCTACTGTT-T-C------A----TTTA-TAT--TTT-TC--CAG------T----TTAAT--GT-T---A-T--Tttttaaggaaat
gi|6 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaatagatttagtcagaaaagtatgtataataataga---------TA-A---C----T---T-A---C---AAGAC----A-A-A------T---AGGTCA----G--GTTTACA-----AACA------A----A----TGTTCTAAT-------------TGTT--AGG-------TT---------T---TA--A-C-CC----T-CC---TAACAA--TGAT--TTTGTGGTAGAC--AG-----------------CT----T-----T---G----------A-----T-----AT-------T------------GTTAACA-----G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-C------TGAAATTGT-TCT--TTT-TT--CTA------T----GTAAT--AT-C---A-T--TC----T----C------GG-AA---TAAA-----A--------------Ctggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|45 : agtatttacgagtacaagtagttttt----T---T-A---T---G-GAT----G-A-AA-C-A-T---AG---A----G--GT---CA-----GATAT--GATG----A----TTTTATAAT-------------TTTG--AGA-------TA---------T---TA--A-T-T--------A---T-------TGGT--TT--------AT--GG------------------T----G-----T---G----CA----A-----T-----TT-------T------------aaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|21 : -GAT----G-A-AA-C-A-A---AC---A----G--GT---CA-----AAGTT--GGAC----A----TTTG--GAG-------------TTTG--AGA-------CA---------T---TA--A-T-CC----T-CA---TATCAA--AGGT--TTT-------AT--AG-----------------TA----A---------A----CA----A-----T-----TC-------T------------GATTTTGTTCTGG-----------A-----------AATCTGCAGTT-G-C------T----TTTA-TTT--TT
gi|34 : tat-A-A--C-A-T---TG---A----G--TT---CA-----GATTT--GGTC----A----ATTTCTAAT-------------TTTG--AAAC------TA---------TAG-TA--A-C-TT------CA---TAACAA--TAAC--CTA-------AT--GG------------------T----G-----G---A----CA----A-----T-----TT-------TGTTGTCTA----G-----------G-----------A-----------AATCT----TT-T-C------T----TTTgataacagtgttaaaatgtttgttttttacccaaaaggaaaactatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|32 : tga---CA-----AATTT--GGTC----A----TTTTCAAAT-------------TTTG--AGA-------TAAGTGAACATT---TA--AAT-TC----T-CA---TTTTAA--TGAT--TTT-------ATG-AA-----------------TT----T-----T--------------------T-----TT-------T------------GTTCTGTCACA-G-----------A-----------AATCAGCAGTT-T-T------C----TTTT-T-T--TGT-TAA-CCA------A----TTAATT-AT-C---A-T--TA----T----C------AC-AA---TGAA-----A--------------cccccccaattcaata
gi|27 : T--GGTT----A----GTTCTTAAT-------------TTTA--AGA-------TA---------T---TATTA-T-GC----C-CA---TAAC-A--TGAT--TG--------AC--AG-----------------GT----A-----T---A----TC----A-----T-----TC-------T------------G-----------G-----------ATTTGTCAAGGAAATCTGCAGTT-T-C------T----TTTT-CTT--TTT-TCGCCCA------T----TTATT--AT-C---AGTA-TT----T----TAA----TG-AA---CTAA---------------------T--TTTT
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTTG--AGA-------AG---------T---TT--G-T-CC----T-CA---TAGCAT--TGAT--TTT-------ACTGAG-----------------T---------------A----CA----A-----T-----TT-------T------------GTGTTTTGTCA-G-----------A-----------A--CTGCAGGT-T-C------T----TTT---AC--TTT-TCA-CCA------T----TTAGT--AT-aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|2 : TG--AGA-------TG---------T---TA--A-T-CC----C-CA---TTACTA--CGAC--TTT-------TT--GG-----------------T-----G-----T---A----CA----A-----T-----TT-------T------------G-----------GTTGTCAAGG--A-----------AGTCTGCAGTG-T-------------TTTT-CCT--TTT-TCC-CCA------T----TTtgtcactgtggataaagtggataaaaatgagtggggcg
gi|18 : cactccagacaaaatgaaccaagcaaggtaagactttttttatttgtaagtttattgatgtttatccaaaagtgattggatggatggttggaatatttttctttagaaaattccgtaaaaaaggagaataaaagaaatttagaagtg---------T---TA--A-T-CC----T-CA---TGCCAA--TTAT--TTC-------GT--AG-----------------T-----G-----T---A----CA----A-----C-----TT-------T------------G-----------GTTTTGTCAAG-A-----------AATCTTCAGTT-T-C------TAC--TCAT-TTT--TTT-TCA---------------TTGAT--AT-G---A----------------GA----AA-AATT-TGAA-----AAGT-----------AT--TTTTTTTGTTACACA-AATGAAAtaaattagagccagaataatcaaaaaataaaaaaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|29 : tGAT--TTT-------G----G-----------------TT----T-----T---G----CA----A---------------------------------G-----------G-----------A-----------AATCAGCAGTT-TAC------C----TTTA-TAT--TTTATC--CCA------T----TTTAT--AT-A---A-T--TG----T----C------AG-AA---TAAA-----A--------------aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|36 : gc------------G-----------G-----------A-----------AATCTGCAGTT-T-C------C----TTTA-CAT--TTT---G-CCA------T----TTAAT--AA-C---A-G--TA----T----CAA-------AA---TGAA-----A--------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|17 ): GATTTTTTCTTGTTTGTAGGTTTGCTGATTTTTTCCAAATATTATTGGGATAGGCGTTTTAAAATAATAGAAAATTAACATTAAGAAAATTTTGTGAAAAAAGGAGAAATAATTTATTACTGCTGAAACAGAGATTATATTTGGTGGTTTTCTCATTTTAAAAATAGTAGTTCTACAGTTTCTTTTTTTTTTTGTGTGATATTCTGCTTGTGTTAAGGAAATATGCAGTT
Unaligned ( gi|23 ): AGGCAAGACTTTTTCTGTTAGTTGGTTTTATATCATAATCTGCTTTTTCCAAAAAAAAATTGAAGACCAGGTGGTCAAAAAAAAATCTGCAAAATTGGAGAAATAATTTATATAGGTAAAACATAGAAGGTTAAATTTTGGTAATTACTAATTTTACTTAATCTTCATAACCATGATGACTCTGTGGTGTACAATTCTAGG
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|30 ): ATCAGATTTTTTTTTATTAATGGATTTTCCCCAAAAAATTATTGGATGCAAAGGTGAAAGAAAATAATAAAATCAGTAAGTTATGTTAAAAATGGGAAAATAATTTATTAGGGATGAAGAGATTTCAAATCTGGTAGTTTTCTGATTTTAAGCTA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|35 ): TTTTAAAAATATTGGATATGTGGTCGAAAAATGAAAGTAACTGAAAATTCTGTAAAAGCAGAGCAATAATTCATTACGAATAAAAGACCGCAGCCAGATTTGGTTATTATCTAGGTTTGAG
Unaligned ( gi|37 ): TTTATTTGTGGTTTGCCGATTTTTTCAAAATATTATCAGGTGGATGGTCAAGAAAAAAAATCAGAAACTTCAGTAGAAAAATAAAAAAAGTTTATTATGGATGGAACATTGAAGTCAAA
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|42 ): CCAGACTTTTGCATTAATTGGTTTACAGATTTGTTCTAAAAGTTATTTGATGCATGCAGATCGAAAAAAAAATAAAAGAATCAGAAATTCTG
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333 111111111 1111 1
lowQualScore : 8 2 2 88 55 4444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 11 444444 5 000000000000000000000 333 4444 88888888 5555 6666666 2222 5555 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 1 111111111111111111111 333333333 77777 4444 66 4444 0 8
lowQualScore : . . . .. .. .... ............................................................................................................................................... ..... .. ...... . ..................... ... .... ........ .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... .. . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ..................... ......... ..... .... .. .... . .
lowQualScore : 0 4 4 44 33 7777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000 99 000000 0 888888888888888888888 888 3333 77777777 5555 7777777 8888 2222 333 3 7777777777777 3 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 6 999999999999999999999 000000000 00000 7777 99 2222 0 3
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTTGTTGG--TTT----ACA----GA--T---T------TTT-T------C----------C----AA------AA----A--T------------T------T------A-------------A-------A-------A---GA-----------------A-----GA--A------ATAAT----------A-----A---AT---T----A---C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TACA-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTTGTTGG--TTT----ACA----GA--T---T------TTTCT------C----------C----AA------AA----A--T------------T------T------A-------------A-------A-------A---GA-----------------A-----GA--A------ANAAT----------A-----A---AT---T----A---C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TNT----C------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----CACA-ATTGAAA
gi|1 : ----AA------AAGT--A--T------------G------T------A-------------T-------A-------A---TA-----------------A-----TA--G------A-AAT----------A-----A---ATCTTT----A---C---AGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTCATT-TT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-TA--GG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTA--CT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaatagatttagtcagATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT--ATCTATTGG--TAA----ACA----GA--TT--T------TTTTT------T----------C----AA------AA----A--T------------T------tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgat------C----------T----AA------GA----A--T------------T------TTGTTA-A-------------A-------A-------A---GA-----------------A-----GA--A------TTA-----------------------T---T----A---C---AGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-GA--AA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G-----------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C------------A--GTA---------TGAA-----A---attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac------AA----A--T------------TGTG---T------A-------------T-------A-------A---AA-----------------A-----GA--G------A-AAT----------A-----A---GT---T----A---TTA-GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTCAAA-CT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-AA--GA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTT--CA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgCAGAC-T-TATTTTGGTTGTTCG--TTT----ACA----GA--T---T------TTT-T------C----------C-----A------AA----A--T------------T------T------A-------------A-------A-------ATTGGAAAAATATGTACAAAATGA-----GA--A------ATAAT----------T-----G---AT---T----A---C---AGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA----------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTA--CA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T----------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TACA-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTTTTATCTGGTGG--TTT----ACA----GA--T---T------TTTCT------C----------C----AA------CA----A--T------------T------T------A-------------A-------A-------A---GA-----------------A-----GA--A------ACAAT----------A-----A---AT---T----A---C---AGAT----GAA--------C----A---TA---A-A-----G-------GTCAAA-CA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CACATATTGAAA
gi|14 : -----GG--A------ATAAT----------A-----T---AT---A----A---C---AGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTAAAA-AT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-GA--GA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTG--GA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTTAA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTTATAT--GTCAG--CTT----ATG----GA--T---T------TTTTC------CCAACAAAGACC----AG------AA----A--TGTAGTT------T------T------ATTGAAAATTCCATA-------A-------A---AA-----------------A-----TA--A------AAAAT----------ACCTTAA---AT---T----A---CTATGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATCTTA-TT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAG--GA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Ttttttccccatatt
gi|17 : A------AA----A--T------------T------TTGTGAAA-------------A-------A-------A---GG-----------------A-----GA--A------ATAAT----------T-----T---AT---T----A---C---TGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATTATA-TT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAAA--AA-T----A---------G--TA-----G-TTCT
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTT--CA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A-----------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACACA-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATGTGTTGG--TTT-----TA-----A--T--------------------------------------A------AA----A--T------------C------TGTA---A-------------A-------A-------A---GA-----------------T-----GA--C------ACATT----------T----------T---T----A---C---GGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTCA----T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-GA--TA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-A--CA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTTTTATTTGTAAG--TTT----ATT----GA--T---G------TTTAT------C----------C----AA------AA----G--TGA----------T------T------G-------------G-------A-------T---GG-----------------ATGGTTGG--A------ATATTTTTCTTTAGAA-----A---AT---T----C---C---GTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G--AAA-TT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-GA--GA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTG--CA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT--ATTTGATTG--TTT----ACA----AA--G---T------TTCCCAAAGAAT----------A----AA------AA----A--TATAGAAATTCTGT------T------A-------------A-------A-------A---AA-----------------AT----AA--A------AAAAT----------A-----ATTCAT---T----A---C---AGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTCAAA-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-GA--GA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTCAAA-GT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-GA--GA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TAC
gi|22 : tat-----------------A-----GA--A------TTAAT----------T-----T---AT---T----A---C---GGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTCAAA-TT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-GA--TA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTA--CATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG----AG----A--GAC---------TGAA-----A---ccaaaaggaaaactatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttgAGGCAAGAC-T-TTTTCTGTTAGTTGGT-TTT----ATATCATAA--TCTGC------TTTTT------C----------CAAAAAA------AA----A--T------------T------G------A-------------A-------
gi|23 : ----AA------AA----A--T------------C------TGC----A-------------A-------A-------ATT-GG-----------------A-----GA--A------ATAAT----------T-----T---AT--------A---T---AGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTTAAA-TT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCTT-ATTTGCTGG--TTTGTGAACA----TA--T---TGGATGGTTGAT------C----------A----AATAAAAAAA----A--T------------T------G------A-------------A-------ATGAAATTA---GA-----------------A-----AA--ATCTGTTAAAAT----------A-----A---TT---T----AA--C---AGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATCAGA-AT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTTTTATTTCTTGG--TTT----ACA----GAAGT---T------TTTTC------C----------T----AA------AA----A--T------------T------gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A-------------A-------A-------A---GG-----------------A-----GA--A------GTAAT----------T-----G---AT---T----A---T---GAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATAAAG-TT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTTTTATCTGTTGG--TTT----GCA----GA--T---T------TT------------------------------------------T------------T------T------G-------------A--------------------A-----------------A-----GA--A------ATGAT----------A-----A---TT---TTTGGA---C---GGGT----G
gi|26 : gcaT------C----------T----GA------AA----A--T------------T------TTGTGA-A-------------A-------A-------A---GG-----------------A-----GA--A------ATCAT----------T-----A----T---C----A---T---GAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTCAAA-TT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-GC--TA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--gttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-AA--GA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT---------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAG--CA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTTTTATTTGTGGG--TTT----AT-----GA--T---T------TTTCC------C----------C----AA------AA----A--T------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA----A--T------------C------TGTAA--A-------------A-------A-------A---GT-----------------A-----GA--A------ATGAT----------A-----A---AT---T----A---T---TGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTCAGT-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-GA--GA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA---A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----C------AG----A--ATA---------TAAA-----A---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg------------T------T------A-------------A-------A-------A----A-----------------T-----GG--G------AAAAT----------A-----ATTTAT---T----A---G---GGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTCAAA-TC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-AA--GC-T----A---------aaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-GA--GA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAG--CA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-GA--GA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTG--CA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTCAGA-TT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-GA--AACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-------TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA----A--T------------TCTG---T------A-------------A-------A-------A---GC-----------------A-----GAGCA------ATAAT----------T-----C---AT---T----A---C---GAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCCAGA-TT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-GA--Gcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTG--CA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|38 : aac--A------ATAAT----------A-----C---GTA--T----A---A---AGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTCAAC-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-GA--GA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------aaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|39 : AC-T-TTTTTTATTTGCTGG--TTT----ACA----TG--T---T------TTT-T------T----------T----AA------AA----A---------------T------T------A-------------A-------A-------ttttaaggaaat
gi|4 : ------------T------T------A-------------A-------A-------A---AA-----------------A-----GG--A------AAAAT----------A-----A---TT---T----AATAC---AGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATCAAA-AT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-GC--GA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATG--CA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgCTAGACAT-TTTTTCATTTGCTGG--TTT----ACA----GA--T---T------TT--T------C----------C----AA------AATCTGA--TGGC---------TTGATGAT------A-------------A-------A-------A---AA-----------------A-----AA--A------AAAAT----------tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTGC-ATTAATTGG--TTT----ACA----GA--T---T------TGT-T------C----------T----AA------AAGTT-A--T------------T------T------G-------------ATGCATGCA-------GATCGA-----------------A-----AA--A------AAAAT----------A-----A---Actgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A-------------A-------G-------A---AA-----------------A-----GG--A------A-AAT----------A-----A---TT---T----ATATC---ATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGAAGA-CT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------agaatcagaaattctg
gi|45 : T---T----A---T---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAGA-TA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTTCTCTTTGTTGG--TTT----A----------------------TTCT------T----------C----AA------AA----ACAT------------TG-----T------AGG-----------A-------A-------A---GGTGGTAG-----------G-----GA--A------AAAATCAG-------AC----A---AT---T----C---T-----AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTAAAA-TTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-GC--G-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : cT----------A-----A---CT---T----A---C---A--------AGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTCAGG-TT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-TA--GG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C------------G--GAA---------TAAA-----A---caaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagtttttTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATTTGTTGG--TTT----ACAAGGGGA----------------------------------------GG------AA----A--T------------C------TGGA---A-------------A-------A-------A---AA-----------------A-----GA--A------ATAAT----------T-----C---AT---T----A---T---GGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTCAAA-TG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------T------GA-ACA--A-----------T--ACA------T------------G------------G----------------T--TTTGTTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TACA-AATGGAcaaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|8 : ttattTTCT------T----------G----AA------AA----A-----------------------------A-------------A-------A-------A---AG-----------------A-----GA--A------ATAAT----------C-----T---AT---T----A---G---AGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-GA--GA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTG--TA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C------AA--------AA---------TGAG-----A---taaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaacAC-T-TTTTTTACTTGTTGGTTTTT----ATA----GA--T---T------TT--C------C----------C----AC------AA----T--T------------T------T------A-------------aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--T------------T------T------G-------------A-------A-------A---AC-----------------A-----GA--A------GAAAT----------A-----A---TT---TG---A---C---AGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCCAAA-TT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTG--CA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|37 ): TTTATTTGTGGTTTGCCGATTTTTTCAAAATATTATCAGGTGGATGGTCAAGAAAAAAAATCAGAAACTTCAGTAGAAAAATAAAAAAAGTTTATTATGGATGGAACATTGAAGTCAAA
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333333 111111111 1111 111
lowQualScore : 8 2 4 77 2 22 44 3333 0 7777 99999999999 22 44444444444444444444 444444 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555 22 4444444 555555555 7777777777777777 333 6666 88888888 5555 6666666 2222 5555 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 0 888888888888888888888888 333333333 9999999999999 0000 000 6
lowQualScore : . . . .. . .. .. .... . .... ........... .. .................... ...... . .......................................................................... ..... .. ....... ......... ................ ... .... ........ .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ........................ ......... ............. .... ... .
lowQualScore : 0 2 4 11 1 88 55 9999 4 7777 22222222222 55 99999999999999999999 333333 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 00 8888888 777777777 6666666666666666 888 7777 00000000 5555 7777777 8888 2222 333 3 7777777777777 3 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 4 555555555555555555555555 000000000 3333333333333 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T---T------A--AA-------A---G---------A-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T----------A-N---AT---T----A---C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T---T------A--AA-------A---G---------A-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T----------A-A---AT---T----A---C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : ----ATA----GA--T----T---T--AG--TC-----------A----GA------AA-AG-------------------TATGT------A--TA-------A---T---------A-----------------A-----TA--GA--------AA---------T----------A-A---ATCTTT----A---C---AGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTCATT-TT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-T--AGG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTACT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT--ATCT-ATT--GG--TAA----ACA----GA--T----TTT-T--TT--TT-----------C----AA------AA-AT-------------------T---tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgatC-----------T----AA------GA-AT-------------------T---TTGTTA-A--AA-------A---G---------A-----------------A-----GA--ATT-------A----------------------------T---T----A---C---AGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-G--AAA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G---------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------------A--GTA---------TGAA-----A---attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac---T------A--AA-------A---A---------G-----------------A-----GA--AAT-------AA---------G----------T-T---AT---T----A-------GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTCAAA-CT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTTCA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT---------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATTTTGGTT-GTT--CG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C-----A------AA-AT-------------------T---T------A--AA-------ATTGG---------AAAAATATGTACAAAATGA-----GA--AAT-------AA---------T----------T-G---AT---T----A---C---AGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA----------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTACA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T-------------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTTTTATCT-GGT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TTC-TC-----------C----AA------CA-AT-------------------T---T------A--AA-------A---G---------A-----------------A-----GA--AAC-------AA---------T----------A-A---AT---T----A---C---AGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTCAAA-CA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : -----GG--AAT-------AA---------T----------A-T---AT---A----A---C---AGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTAAAA-AT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-G--AGA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTGGA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTTATAT---GTC--AG--CTT----ATG----GA--T----T---T--TT--TCCCAACAAAGACC----AG------AA-ATGTAGTTTTA----------T---T------G--AA-------A---ATTCCAT---A-----------------A-----AA--AAT-------AAAAAATACCTT----------A-A---AT---T----A---CTATGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATCTTA-TT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAGGA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Tttttccccatatt
gi|17 : A------AA-AT-------------------T---TTGTGAAA--AA-------A---G---------G-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T----------T-T---AT---T----A---C---TGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATTATA-TT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAA--AAA-T----A---------G--TA-----G-TTCT
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTTCA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A--------------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATGT-GTT--GG--TTT-----TA-----A--T----------------------------------A------AA-AT-------------------C---T------G--TA-------A---A---------A-----------------A-----GA----T-------GA---------C----------A-C---AT---TTTT-A---C---GGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTCA----T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-G--ATA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-ACA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C---------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTTTTATTT-GTA--AG--TTT----ATT----GA--T----G---T--TTA-TC-----------C----AA------AA-GTGA-----------------T---T------G--GA-------T---G---------G-----------------ATGGTTGG--AAT-------AT---------TTTTCTTTAGAA-A---AT---T----C---C---GTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G--AAA-TT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-G--AGA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTGCA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C---------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT--ATTT-GAT--TG--TTT----ACA----AA--G----T---T--TC--CC-----------A----AA------GA-ATAAAAAATATAGAAATTCTGT---T------A--AA-------A---A---------A-----------------AT----AA--AAA-------AA---------T----------A-ATTCAT---T----A---C---AGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTCAAA-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-G--AGA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTCAAA-GT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-G--AGA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T---------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tat-----------------A-----GA--ATT-------AA---------T----------T-T---AT---T----A---C---GGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTCAAA-TT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-G--ATA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTACATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG-------AG----A--GAC---------TGAA-----A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttgAGGCAAGAC-T-TTTTCTGTTA-GTT--GGT-TTT----ATATCATAA--TCTGCT---T--TT--TC-----------CAAAAAA------AA-AT-------------------T---G------A--A
gi|23 : ----AA------AA-AT-------------------C---TGC----A--AA-------ATT-G---------G-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T----------T-T---AT--------A---T---AGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTTAAA-TT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCTT-ATTT-GCT--GG--TTTGTGAACA----TA--T----TGGATGGTTGATC-----------A----AATAAAAAAA-AT-------------------T---G------A--AATGAAATTA---G---------A-----------------A------A--AATCTGTTAAAA---------T----------A-A---TT---T----AA--C---AGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATCAGA-AT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTTTTATTT-CTT--GG--TTT----ACA----GAAGT----T---T--TT--TC-----------CT---AA------AA-AT-------------------T---gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AA-------A---G---------G-----------------A-----GA--AGT-------AA---------T----------T-G---AT---T----A---T---GAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATAAAG-TT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTTTTATCT-GTT--GG--TTT----GCA----GA--T----T---T--T---------------------------------T-------------------T---T------G--A----------------------A-----------------A-----GA--AAT-------GA---------T----------A-A---TT---TTTGGA---C---GGGT----G
gi|26 : gca--TC-----------T----GA------AA-AT-------------------T---TTGTGA-A--AA-------A---G---------G-----------------A-----GA--AAT-------CA---------T----------T-A----T---C----A---T---GAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTCAAA-TT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-G--CTA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--gttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT------------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAGCA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C---------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTTTTATTT-GTG--GG--TTT----AT-----GA--T----T---T--TTC-CC-----------C----AA------AA-AT-------------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA-AT-------------------C---TGTAA--A--AA-------A---G---------T-----------------A-----GA--AAT-------GA---------T----------A-A---AT---T----A---T---TGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTCAGT-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-G--AGA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA-A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----CAGAATATAAAA----A--AAA---------TTAA-----A---AG--TTATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T---T------A--AA-------AAT-G---------G-----------------G-----AA--AAT-------AA---------T----------T-T---AT---T----A---G---GGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTCAAA-TC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-A--AGC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAGCA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C---------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-G--AGA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTGCA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T---------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTCAGA-TT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-G--AAACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-----TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA-AT-------------------TCTGT------A--AA-------A---G---------C-----------------A-----GAGCAAT-------AA---------T----------T-C---AT---T----A---C---GAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCCAGA-TT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-G--AGcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTGCA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C---------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|38 : aac--AAT-------AA---------T----------A-C---GTA--T----A---A---AGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTCAAC-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-G--AGA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------aaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|39 : AC-T-TTTTTTATTT-GCT--GG--TTT----ACA----TG--T----T---T--TT--TT-----------T----AA------AA-A--------------------T---T------A--AA-------ttttaaggaaat
gi|4 : -------------------T---T------A--AA-------A---A---------A-----------------A-----GG--AAA-------AA---------T----------A-A---TT---T----AATAC---AGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATCAAA-AT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-G--CGA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATGCA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T---------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgCTAGACAT-TTTTTCATTT-GCT--GG--TTT----ACA----GA-------T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTGC-ATTA-ATT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--GT--TC-----------T----AA------AA-GT-------------------T---tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AG-------A---A---------A-----------------A-----GG--AA--------AA---------T----------A-A---TT---T----ATATC---ATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGAAGA-CT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : T---T----A---T---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAGA-TA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTTCTCTTT-GTT--GG--TTT----A---------------T---T--CT--TC-----------A----AA------AACAT-------------------TG--T------AGGAA-------A---GGTGGTAGGGA-----------------A-----AA--AAT-------CA---------G----------ACA---AT---T----C---T-----AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTAAAA-TTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-G--CG-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT---------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : c---------T----------A-A---CT---T----A---C---A--------AGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTCAGG-TT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-T--AGG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTGCA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------------G--GAA---------TAAA-------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagtttttTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATTT-GTT--GG--TTT----ACAAGGGGA------------------------------------GG------AA-AT-------------------C---TGGA---A--AA-------A---A---------A-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T----------T-C---AT---T----A---T---GGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTCAAA-TG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGA-ACA--ATACATGG----T--TT-------T------------G----------------------------------TTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A---------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TAC---A-AATGGAgaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTTTTATTTTGTTCTGG--T------ATG----GA--T----T---T--TT--CC-----------C----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca--GG--CTT----A-------A--C----T---T--CT--TG-----------A----AA------AA-A-------------------------------A--AA-------A---G---------A-----------------------GA--AAT-------AA---------T----------C-T---AT---T----A---G---AGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-G--AGA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTGTA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C---------AA--------AA---------TGAG-----A---tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcAC-T-TTTTTTACTT-GTT--GGTTTTT----ATA----GA-------T---T--TT--CC-----------C----AC------AA-TT-------------------T---T------A--aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC----ACA----AA--A----T---T--CT--TT-----------T----GA------AA-AC------------------------------------------A---G---------A-----------------A-----GA--AAT-------AA---------T-----------------T---TG---A---C---AGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCCAAA-TT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTGCA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C---------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|37 ): TTTATTTGTGGTTTGCCGATTTTTTCAAAATATTATCAGGTGGATGGTCAAGAAAAAAAATCAGAAACTTCAGTAGAAAAATAAAAAAAGTTTATTATGGATGGAACATTGAAGTCAAA
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333333 111111111 1111 111
lowQualScore : 0 2 4 44 2 22 44 4444 0 9999999999999 333 22 88 5555555555555555 444444 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 5555555 1111111111111111111111 1 444 444444 5555 6666666 2222 5555 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 0 888888888888888888888888 333333333 9999999999999 0000 000 6
lowQualScore : . . . .. . .. .. .... . ............. ... .. .. ................ ...... . ............................................................................. .. ....... ...................... . ... ...... .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ........................ ......... ............. .... ... .
lowQualScore : 0 4 7 44 2 99 88 0000 9 3333333333333 333 66 00 4444444444444444 444444 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 0000000 0000000000000000000000 5 111 666666 9999 7777777 8888 2222 333 3 7777777777777 3 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 4 555555555555555555555555 000000000 3333333333333 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T-----T------A--AA-------A---G---------GA-----------------GA--AAT-------AA---------T----------NNAT-T---A-C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T-----T------A--AA-------A---G---------AA-----------------GA--AAT-------AA---------T----------ANAT-T---A-C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : ----ATA----GA--T----T---T--AG--TC-----------A----GA------AA-AG-------------------TATGTAT------A--AT-------A---A---------TA-----------------GA--AAT-------AA---------A----------TCTT-T---A-C---AGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTCATT-TT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-T--AGG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTACT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaC-----------T----AA------GA-AT-------------------T-----TTGTTA-A--AA-------A---G---------AA-----------------GA--ATT-------A------------------------T-T---A-C---AGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-G--AAA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G---------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------------A--GTA---------TGAA-----A---tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac-----T------A--AA-------A---A---------GA-----------------GA--AAT-------AA---------G----------TTAT-T---A-----GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTCAAA-CT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTTCA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT---------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATTTTGGTT-GTT--CG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA--T-------------------T-----T------A--AA-------ATTGG---------AAAAATATGTACAAAATGAGA--AAT-------AA---------T----------TGAT-T---A-C---AGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA----------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTACA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T-------------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTTTTATCT-GGT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TTC-TC-----------C----AA------CA-AT-------------------T-----T------A--AA-------A---G---------AA-----------------GA--AAC-------AA---------T----------AAAT-T---A-C---AGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTCAAA-CA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : -----------------GG--AAT-------AA---------T----------ATAT-A---A-C---AGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTAAAA-AT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-G--AGA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTGGA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTTATAT---GTC--AG--CTT----ATG----GA--T----T---T--TT--TCCCAACAAAGACC----AG------AA-ATGTAGTTTTA----------T-----T------G--AA-------A---ATTCCAT---AA-----------------AA--AAT-------AAAAAATACCTT----------AAAT-T---A-CTATGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATCTTA-TT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAGGA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Tttttccccatatt
gi|17 : A------AA-AT-------------------T-----TTGTGAAA--AA-------A---G---------GA-----------------GA--AAT-------AA---------T----------TTAT-T---A-C---TGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATTATA-TT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAA--AAA-T----A---------G--TA-----G-TTCT
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTTCA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A--------------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATGT-GTT--GG--TTT-----TA-----A--T----------------------------------A------AA-AT-------------------C-----T------G--TA-------A---A---------AA-----------------GA----T-------GA---------C----------ACAT-TTTTA-C---GGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTCA----T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-G--ATA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-ACA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C---------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTTTTATTT-GTA--AG--TTT----ATT----GA--T----G---T--TTA-TC-----------C----AA------AA-GTGA-----------------T-----T------G--GA-------T---G---------GATGGTT------------GG--AAT-------AT---------TTTTCTTTAGAAAAT-T---C-C---GTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G--AAA-TT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-G--AGA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTGCA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C---------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT--ATTT-GAT--TG--TTT----ACA----AA--G----T---T--TC--CC-----------A----AA------GA-ATAAAAAATATAGAAATTCTGT-----T------A--AA-------A---A---------AATAAA-------------AA--AAT-------AA---------T----------TCAT-T---A-C---AGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTCAAA-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-G--AGA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTCAAA-GT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-G--AGA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T---------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tatA-----------------GA--ATT-------AA---------T----------TTAT-T---A-C---GGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTCAAA-TT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-G--ATA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTACATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG-------AG----A--GAC---------TGAA-----A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttgAGGCAAGAC-T-TTTTCTGTTA-GTT--GGT-TTT----ATATCATAA--TCTGCT---T--TT--TC-----------CAAAAAA------AA-AT-------------------T-----G------A--A
gi|23 : ----AA------AA-AT-------------------C-----TGC----A--AA-------ATT-G---------GA-----------------GA--AAT-------AA---------T----------TTAT-----A-T---AGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTTAAA-TT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCTT-ATTT-GCT--GG--TTTGTGAACA----TA--T----TGGATGGTTGATC-----------A----AATAAAAAAA-AT-------------------T-----G------A--AATGAAATTA---G---------AA------------------A--AATCTGTTAAAA---------T----------AATT-T---AAC---AGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATCAGA-AT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTTTTATTT-CTT--GG--TTT----ACA----GAAGT----T---T--TT--TC-----------CT---AA------AA-AT-------------------T-----gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AA-------A---G---------GA-----------------GA--AGT-------AA---------T----------TGAT-T---A-T---GAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATAAAG-TT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTTTTATCT-GTT--GG--TTT----GCA----GA--T----T---T--TT--TT-----------G----AA------AG-A
gi|26 : gca--TC-----------T----GA------AA-AT-------------------T-----TTGTGA-A--AA-------A---G---------GA-----------------GA--AAT-------CA---------T-----------TAT-C---A-T---GAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTCAAA-TT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-G--CTA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--aatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT------------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAGCA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C---------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTTTTATTT-GTG--GG--TTT----AT-----GA--T----T---T--TTC-CC-----------C----AA------AA-AT-------------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA-AT-------------------C-----TGTAA--A--AA-------A---G---------TA-----------------GA--AAT-------GA---------T----------AAAT-T---A-T---TGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTCAGT-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-G--AGA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA-A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----CAGAATATAAAA----A--AAA---------TTAA-----A---AG--TTATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T-----T------A--AA-------AAT-G---------GG-----------------AA--AAT-------AA---------T----------TTAT-T---A-G---GGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTCAAA-TC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-A--AGC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAGCA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C---------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-G--AGA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTGCA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T---------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTCAGA-TT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-G--AAACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-----TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA-AT-------------------TCTG--T------A--AA-------A---G---------CA-----------------GAGCAAT-------AA---------T----------TCAT-T---A-C---GAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCCAGA-TT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-G--AGcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTGCA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C---------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|38 : aac--AAT-------AA---------T----------ACGTAT---A-A---AGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTCAAC-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-G--AGA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------aaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|39 : AC-T-TTTTTTATTT-GCT--GG--TTT----ACA----TG--T----T---T--TT--TT-----------T----AA------AA-A--------------------T-----T------A--AA-------ttttaaggaaat
gi|4 : ------A--AA-------A---G---------GA-----------------AA--AAT-------AA---------T----------TTAA-T---A-C---AGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATCAAA-AT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-G--CGA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATGCA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T---------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgttaaaCTAGACAT-TTTTTCATTT-GCT--GG--TTT----ACA----GA-------T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTGC-ATTA-ATT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--GT--TC-----------T----AA------AA-GT-------------------T-----tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AA-------A---G---------GA------------------A--AAT-------AA---------TTT--------ATAT-C---A-T-----AT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGAAGA-CT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : aagT-T---A-T---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAGA-TA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTTCTCTTT-GTT--GG--TTT----A---------------T---T--CT--TC-----------A----AA------AACAT-------------------TG----T------AGGAA-------A---GGTGGTAGGGAA-----------------AA--AAT-------CA---------G----------ACAA-T---T-C---T-AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTAAAA-TTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-G--CG-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT---------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : cAGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTCAGG-TT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-T--AGG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTGCA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------------G--GAA---------TAAA-------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagttttttaacttacaTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATTT-GTT--GG--TTT----ACAAGGGGA------------------------------------GG------AA-AT-------------------C-----TGGA---A--AA-------A---A---------AA-----------------GA--AAT-------AA---------T----------TCAT-T---A-T---GGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTCAAA-TG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGA-ACA--ATACATGG----T--TT-------T------------G----------------------------------TTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A---------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TAC---A-AATGGAgaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTTTTATTTTGTTCTGG--T------ATG----GA--T----T---T--TT--CC-----------C----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca--GG--CTT----A-------A--C----T---T--CT--TG-----------A----AA------AA-A---------------------------------A--AA-------A---G---------A------------------GA--AAT-------AA---------T----------CTAT-T---A-G---AGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-G--AGA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTGTA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C---------AA--------AA---------TGAG-----A---tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcAC-T-TTTTTTACTT-GTT--GGTTTTT----ATA----GA-------T---T--TT--CC-----------C----AC------AA-TT-------------------T-----T------A--aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC----ACA----AA--A----T---T--CT--TT-----------T----GA------AA-AC--------------------------------------------A---G---------AA-----------------GA--AAT-------AA---------T-------------T-TG--A-C---AGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCCAAA-TT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTGCA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C---------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|37 ): TTTATTTGTGGTTTGCCGATTTTTTCAAAATATTATCAGGTGGATGGTCAAGAAAAAAAATCAGAAACTTCAGTAGAAAAATAAAAAAAGTTTATTATGGATGGAACATTGAAGTCAAA
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333333 111111111 1111 111
lowQualScore : 8 2 4 77 2 22 22 5555 7777 99999999999 22 88 4444444444444444 444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444 555555555 666666666666 1 555555 5555 6666666 2222 5555 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 0 888888888888888888888888 333333333 9999999999999 0000 000 6
lowQualScore : . . . .. . .. .. .... .... ........... .. .. ................ ...... . ......................................................................... ....... ......... ............ . ...... .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... .. . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ........................ ......... ............. .... ... .
lowQualScore : 0 1 2 11 0 88 66 7777 7777 66666666666 66 00 2222222222222222 333333 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888888 999999999 000000000000 4 777777 7777 7777777 8888 2222 333 3 7777777777777 3 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 4 555555555555555555555555 000000000 3333333333333 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T-----T------A--AAA--G------G------A------------------GAAAT-------AA---------TTT----------AT-TA-C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTTATTT-GTT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-AT-------------------T-----T------A--AAA--G------G------A------------------GAAAT-------AA---------TNN----------AT-TA-C---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : ----ATA----GA--T----T---T--AG--TC-----------A----GA------AA-AG-------------------TATGTAT------A--ATA--A------T------A------------------GAAAT-------AA---------ATC----------TT-TA-C---AGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTCATT-TT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-TA--GG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTA--CT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT--ATCT-ATT--GG--TAA----ACA----GA--T----TTT-T--TT--TT-----------C----AA------AA-AT-------------------T-----tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgatC-----------T----AA------GA-AT-------------------T-----TTGTTA-A--AAA--G------A------A------------------GAA---------------------TT----------AT-TA-C---AGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTCAAA-TT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-GA--AA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G-----------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------------A--GTA---------TGAA-----A---attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac-----T------A--AAA--A------G------A------------------GAAAT-------AA---------GTT----------AT-TA-----GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTCAAA-CT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-AA--GA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTT--CA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT---------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATTTTGGTT-GTT--CG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TT--TC-----------C-----A------AA-AT-------------------T-----T------A--AAATTG------G------AAAAATATGTACAAAATGAGAAAT-------AA---------TTG----------AT-TA-C---AGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTCAAA----------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTA--CA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T-------------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTTTTATCT-GGT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--TTC-TC-----------C----AA------CA-AT-------------------T-----T------A--AAA--G------A------A------------------GAAAC-------AA---------TAA----------AT-TA-C---AGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTCAAA-CA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : ------------------GGAAT-------AA---------TAT----------AT-AA-C---AGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTAAAA-AT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-GA--GA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTG--GA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTTATAT---GTC--AG--CTT----ATG----GA--T----T---T--TT--TCCCAACAAAGACC----AG------AA-ATGTAGTTTTA----------T-----T------G--AAA--ATTCCATA------A------------------AAAAT-------AAAAAATACCTTAA----------AT-TA-CTATGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATCTTA-TT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAG--GA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Tttttccccatatt
gi|17 : A------AA-AT-------------------T-----TTGTGAAA--AAA--G------G------A------------------GAAAT-------AA---------TTT----------AT-TA-C---TGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATTATA-TT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAAA--AA-T----A---------G--TA-----G-TTCT
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTT--CA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A--------------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATGT-GTT--GG--TTT-----TA-----A--T----------------------------------A------AA-AT-------------------C-----TGT----A--AAA--A------G------AT-----------------GACAC-------AT---------TT------------T-TA-C---GGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTCA----T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-GA--TA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-A--CA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C---------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTTTTATTT-GTA--AG--TTT----ATT----GA--T----G---T--TTA-TC-----------C----AA------AA-GTGA-----------------T-----T------G--GAT--G------G------ATGGTT-------------GGAAT-------AT---------TTTTCTTTAGAAAAT-TC-C---GTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G--AAA-TT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-GA--GA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTG--CA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C---------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT--ATTT-GAT--TG--TTT----ACA----AA--G----T---T--TC--CC-----------A----AA------GA-ATAAAAAATATAGAAATTCTGT-----T------A--AAA--A------A------ATAAA--------------AAAAT-------AA---------TTC----------AT-TA-C---AGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTCAAA-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-GA--GA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTCAAA-GT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-GA--GA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T---------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tat------G------A------------------GAATT-------AA---------TTT----------AT-TA-C---GGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTCAAA-TT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-GA--TA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTA--CATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG-------AG----A--GAC---------TGAA-----A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttAGGCAAGAC-T-TTTTCTGTTA-GTT--GG--TTTT---ATATCATAA--TCTGCT---T--TT--TC-----------CAAAAAA------AA-AT-------------------T-----G------A--A
gi|23 : ----AA------AA-AT-------------------C-----TGC----A--AAATTG------G------A------------------GAAAT-------AA---------TTT----------AT--A-T---AGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTTAAA-TT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCTT-ATTT-GCT--GG--TTTGTGAACA----TA--T----TGGATGGTTGATC-----------A----AATAAAAAAA-AT-------------------T-----G------A--AAT--GAAATTAG------A------------------AAAATCTGTTAAAA---------TAA----------TT-TAAC---AGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATCAGA-AT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTTTTATTT-CTT--GG--TTT----ACA----GAAGT----T---T--TT--TC-----------CT---AA------AA-AT-------------------T-----gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AAA--G------G------A------------------GAAGT-------AA---------TTG----------AT-TA-T---GAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATAAAG-TT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTTTTATCT-GTT--GG--TTT----GCA----GA--T----T---T--TT--TT-----------G----AA------AG-A
gi|26 : gca--TC-----------T----GA------AA-AT-------------------T-----TTGTGA-A--AAA--G------G------A------------------GAAAT-------CA---------TT-----------AT-CA-T---GAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTCAAA-TT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-GC--TA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--aatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-AA--GA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT------------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAG--CA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C---------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTTTTATTT-GTG--GG--TTT----AT-----GA--T----T---T--TTC-CC-----------C----AA------AA-AT-------------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA-AT-------------------C-----TGTAA--A--AAA--G------T------A------------------GAAAT-------GA---------TAA----------AT-TA-T---TGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTCAGT-TT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-GA--GA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA---A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----CAGAATATAAAA----A--AAA---------TTAA-----A---AG--TTATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T-----T------A--AAAATG------G------G------------------AAAAT-------AA---------TTT----------AT-TA-G---GGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTCAAA-TC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-AA--GC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgCAAA-TT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-GA--GA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAG--CA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C---------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-GA--GA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTG--CA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T---------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTCAGA-TT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-GA--AACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-------TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA-AT-------------------TCTG--T------A--AAA--GCA----G------A------------------GCAAT-------AA---------TTC----------AT-TA-C---GAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCCAGA-TT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-GA--Gcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTG--CA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C---------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|38 : aacAAT-------AA---------TAC----------GTATA-A---AGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTCAAC-TT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-GA--GA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------aaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|39 : AC-T-TTTTTTATTT-GCT--GG--TTT----ACA----TG--T----T---T--TT--TT-----------T----AA------AA-A--------------------T-----T------A--AAttttaaggaaat
gi|4 : ------A--AAA--G------G------A------------------AAAAT-------AA---------TTT----------AA-TA-C---AGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATCAAA-AT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-GC--GA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATG--CA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T---------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgttaaaCTAGACAT-TTTTTCATTT-GCT--GG--TTT----ACA----GA-------T---T--TT--TC-----------C----AA------AA-tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTGC-ATTA-ATT--GG--TTT----ACA----GA--T----T---T--GT--TC-----------T----AA------AA-GT-------------------T-----tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AAA--G------G------A-------------------AAAT-------AA---------TTT----------AT-AT-C---ATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGAAGA-CT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : aagT-TA-T---GGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTCAGA-TA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTTCTCTTT-GTT--GG--TTT----A---------------T---T--CT--TC-----------A----AA------AACAT-------------------TG----T------AGGAAA--G------GTGGTAGG------------------GAAAA-------AA---------TCAGACA------AT-TC-T-----AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTAAAA-TTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-GC--G-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT---------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : c-AT-------------------T-----T------A--CGA--G------T------A------------------CAAGT-------AG---------TTT----------TT-TAAC---TTAC----AAGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTCAGG-TT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-TA--GG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTG--CA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------------G--GAA---------TAAA-------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|6 : agtAAGGCCAGTT-T-TTTTTAATTT-TTT--GC--TTT----ACA----GA--gaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagttttttaacttacaagacaaataggtcaggtttacaaacaaatgttctaattgttaggttttaaccctcctaacaatgattttgtggtagacagctttgatattgttaacagaaatctgcagtttctgaaattgttcttttttctatgtaatatcattctcggaataaaacaaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggatTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT--ATTT-GTT--GG--TTT----ACAAGGGGA------------------------------------GG------AA-AT-------------------C-----TGGA---A--AAA--A------A------A------------------GAAAT-------AA---------TTC----------AT-TA-T---GGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTCAAA-TG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------T------GA-ACA--A-----------T--ACA------T------------G------------G----------------T--TTTGTTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A---------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TAC---A-AATGGAgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTTTTATTTTGTTCTGG--T------ATG----GA--T----T---T--TT--CC-----------C----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca----AA------AA-A---------------------------------A--AAA--A------G------A------------------GAAAT-------AA---------TCT----------AT-TA-G---AGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-GA--GA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTG--TA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C---------AA--------AA---------TGAG-----A---tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaacttcttgAC-T-TTTTTTACTT-GTT--GGTTTTT----ATA----GA-------T---T--TT--CC-----------C----AC------AA-TT-------------------T-----T------A--aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC----ACA----AA--A----T---T--CT--TT-----------T----GA------AA-AC-------------------------------------A--G------A------A------------------GAAAT-------AA---------TT------------T-GA-C---AGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCCAAA-TT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-GA--GA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTG--CA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C---------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|37 ): TTTATTTGTGGTTTGCCGATTTTTTCAAAATATTATCAGGTGGATGGTCAAGAAAAAAAATCAGAAACTTCAGTAGAAAAATAAAAAAAGTTTATTATGGATGGAACATTGAAGTCAAA
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333333 111111111 1111 111
lowQualScore : 8 2 4 777 555555 1 22 22 1111111 9999 777777777777777777 22 77 55555 444444 555555 9999999999999999999999999999999999999999 11 4444444 44 22 666666 88888 555555555 33333 444444 9999999999 1 11 111 5555 6666666 2222 4444 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 0 888888888888888888888888 333333333 9999999999999 0000 000 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. .. ....... .... .................. .. .. ..... ...... ...... ........................................ .. ....... .. .. ...... ..... ......... ..... ...... .......... . .. ... .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ........................ ......... ............. .... ... .
lowQualScore : 0 0 0 888 555555 9 66 55 1111111 8888 777777777777777777 55 66 33333 000000 222222 7777777777777777777777777777777777777777 99 8888888 22 00 333333 00000 555555555 44444 000000 0000000000 3 88 444 3333 5555555 7777 7777 333 3 6666666666666 2 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 4 555555555555555555555555 000000000 3333333333333 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : -------ATA----GA--T-----------T---T--AG--TCA----GA------AA------AG-------------------TATGTA--------T------A--AT-------A--A--T------A-----GAA---------ATA-----A------ATC----------TT-T--A-CAGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTC-ATTTT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-T--AGG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTACT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT---AT------CT-ATT--GG--TAA-------ACA----GA--T-----------TTT-T--TT--TTC----AA------AA------AT-------------------T-------------tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgatCT----AA------GA------AT-------------------T-------------TTGTTA-A--AA-------A--G--A------A-----GAA-------------------------TT----------AT-T--A-CAGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-G--AAA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G---------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------------A--GTA---------TGAA-----A---attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac-------------T------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------GTT----------AT-T--A--GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTC-AAACT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTTCA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT---------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATT-TTGG------TT-GTT--CG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AATTTAAAAT-------------------TGGAAAAATATGTAC------A--AA-------A--T--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTG----------AT-T--A-CAGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAA---------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTACA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T-------------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTT-TTAT------CT-GGT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TTC-TCC----AA------CA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--A------A-----GAA---------ACA-----A------TAA----------AT-T--A-CAGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTC-AAACA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : -----GGA---------ATA-----A------TAT----------AT-A--A-CAGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTA-AAAAT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-G--AGA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTGGA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTT-ATATGTCAGCTT-ATG--GA--TTTTTTCCCAACAAA--GA--CCAGAAATGTAGT---T--TT--ATT----GA------AA------AT-------------------TCCA----------T------A--AA-------A--A--ATA----A-----AAA---------ATACCTTAA------ATT----------AC-T--A-TGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATC-TTATT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAGGA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Tttttccccatatt
gi|17 : GAT-T-TTTTCTTGT------TT-GTA--GG--TTT-------GCT----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AT------AT-------------------T-------------
gi|17 : A------AA------AT-------------------T-------------TTGTGAAA--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CTGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATT-ATATT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAA--AAA-T----A---------G--TA-----G-TTCTattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaagaaaattttgtgaaaaaaggagaaataatttattactgctgaaacagagattatatttggtggttttctcattttaaaaatagtagttctacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTTCA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A--------------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------GT-GTT--GG--TTT--------TA-----A--T------------------------------A------AA------AT-------------------C-------------TGT----A--AA-------A--A--G------AT----GAC---------ACA------------TTT-----------T-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTC-A---T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-G--ATA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-ACA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C---------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTA--AG--TTT-------ATT----GA--T-----------G---T--TTA-TCC----AA------AA------GTGA-----------------T-------------T------G--GA-------T--G--G------ATGGTTGGA---------ATA-----T------TTTTCTTTAGAAAAT-T--C-CGTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G---AAATT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-G--AGA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTGCA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C---------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT---AT------TT-GAT--TG--TTT-------ACA----AA--G-----------T---T--TC--CCA----AA------GA------ATAAAAAATATAGAAATTCTGT-------------T------A--AA-------A--A--A------ATAAA-AAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CAGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTC-AAATT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-G--AGA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTC-AAAGT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-G--AGA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T---------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tat--G------A-----GAA---------TTA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTC-AAATT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-G--ATA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTACATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG-------AG----A--GAC---------TGAA-----A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttAGGCAAGAC-T-TTTT-CTGT------TA-GTT--GG--TTTT------ATATCATAA--TCTGC-------T---T--TT--TCCAAAAAA------AA------AT-------------------T-------------G------A--A
gi|23 : ----AA------AA------AT-------------------C-------------TGC----A--AA-------ATTG--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT----A-TAGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTT-AAATT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCT-T-AT------TT-GCT--GG--TTTGTGA---ACA----TA--T-----------TGGATGGTTGATCA----AATAAAAAAA------AT-------------------T-------------G------A--AATGAAATTA--G--A------A-----AAATCTGTTAAAATA-----A------TTT----------A-----A-CAGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATC-AGAAT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTT-TTAT------TT-CTT--GG--TTT-------ACA----GAAGT-----------T---T--TT--TCCT---AA------AA------AT-------------------T-------------gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------GTA-----A------TTG----------AT-T--A-TGAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATA-AAGTT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTT-TTAT------CT-GTT--GG--TTT-------GCA----GA--T-----------T---T--T---------------------------T-------------------T-------------T------G--AA-------A--G--A------A-----ATG---------ATA-----A------TTT-----------T-TGGA-CGGGT----G
gi|26 : gca--TCT----GA------AA------AT-------------------T-------------TTGTGA-A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATC-----A------TT-----------AT-C--A-TGAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTC-AAATT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-G--CTA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--gttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT------------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAGCA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C---------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTT-TTAT------TT-GTG--GG--TTT-------AT-----GA--T-----------T---T--TTC-CCC----AA------AA------AT-------------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA------AT-------------------C-------------TGTAA--A--AA-------A--G--T------A-----GAA---------ATG-----A------TAA----------AT-T--A-TTGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTC-AGTTT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-G--AGA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA-A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----CAGAATATAAAA----A--AAA---------TTAA-----A---AG--TTATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T-------------T------A--AA-------AATG--G------G-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-GGGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTC-AAATC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-A--AGC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAGCA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C---------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-G--AGA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTGCA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T---------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTC-AGATT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-G--AAACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-----TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA------AT-------------------TCTG----------T------A--AA-------A--GCAG------A-----GCA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CGAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCC-AGATT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-G--AGcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTGCA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C---------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|37 : aacC----AG------AA------AC-------------------T-------------T------C--AG-------T--A--G------A-----AAA---------ATA-----AAAAAAGTTT----------AT-T--A-TGGAT----GGAA-------C----A---TT---G-A-----A-------GTC-AAAaaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|38 : tttatttgtggtttgccgattttttcaaaatattatcaggtggatggtcaagaaaaaaaatA---------ATA-----A------TAC----------GTAT--A-AAGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTC-AACTT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-G--AGA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------
gi|39 : AC-T-TTTT-TTAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----TG--T-----------T---T--TT--TTT----AA------AA------A--------------------T-------------T------A--AA-------ttttaaggaaat
gi|4 : ------A--AA-------A--G--G------A-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AA-T--A-CAGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATC-AAAAT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-G--CGA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATGCA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T---------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgttaaaCTAGACAT-TTTT-TCAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----GA--------------T---T--TT--TCC----AA------AA------tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTG-C-AT------TA-ATT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--GT--TCT----AA------AA------GT-------------------T-------------tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AA-------A--G--G------A------AA---------ATA-----A------TTT----------AT-A--T-CATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGA-AGACT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : aagT-T--A-TGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AGATA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTT-CTCT------TT-GTT--GG--TTT-------A----------------------T---T--CT--TCA----AA------AAC-----AT-------------------TG------------T------AGGAA-------A--G--GTGGTAGG-----GAA---------AAA-----A------TCAGACA------AT-T--C-T--AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTA-AAATTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-G--CG-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT---------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : c------AT-------------------T-------------T------A--CG-------A--G--T------A-----CAA---------GTA-----G------TTT----------TT-T--AACTTAC----AAGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTC-AGGTT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-T--AGG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTGCA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------------G--GAA---------TAAA-------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|6 : agtAAGGCCAGTT-T-TTTT-TAAT------TT-TTT--GC--TTT-------ACA----GA--gaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagttttttaacttacaagacaaataggtcaggtttacaaacaaatgttctaattgttaggttttaaccctcctaacaatgattttgtggtagacagctttgatattgttaacagaaatctgcagtttctgaaattgttcttttttctatgtaatatcattctcggaataaaacaaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggatTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------TT-GTT--GG--TTT-------ACAAGGGGA--------------------------------GG------AA------AT-------------------C-------------TGGA---A--AA-------A--A--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-TGGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTC-AAATG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGA-ACA--ATACATGG----T--TT-------T------------G----------------------------------TTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A---------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TAC---A-AATGGAgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTT-TTAT------TTTGTTCTGG--T---------ATG----GA--T-----------T---T--TT--CCC----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca----AA------AA------A-----------------------------------------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------TCT----------AT-T--A-GAGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-G--AGA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTGTA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C---------AA--------AA---------TGAG-----A---tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaacttcttgAC-T-TTTT-TTAC------TT-GTT--GGTTTTT-------ATA----GA--------------T---T--TT--CCC----AC------AA------TT-------------------T-------------T------A--aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC-------ACA----AA--A-----------T---T--CT--TTT----GA------AA------AC----------------------------------------------------A--G--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------G-----A-CAGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCC-AAATT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTGCA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C---------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 333333333333333333333333 111111111 1111 111
lowQualScore : 8 2 4 777 555555 1 22 22 1111111 9999 777777777777777777 22 77 55555 444444 555555 9999999999999999999999999999999999999999 11 4444444 44 22 666666 88888 555555555 33333 444444 9999999999 1 11 111 5555 6666666 2222 4444 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 33333333 1 888 22 1 11 22 888888 22 1 555 333 000000 44 0 888888888888888888888888 333333333 9999999999999 0000 000 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. .. ....... .... .................. .. .. ..... ...... ...... ........................................ .. ....... .. .. ...... ..... ......... ..... ...... .......... . .. ... .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... . . ........ . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... .. . ........................ ......... ............. .... ... .
lowQualScore : 0 0 0 888 555555 9 66 55 1111111 8888 777777777777777777 55 66 33333 000000 222222 7777777777777777777777777777777777777777 99 8888888 22 00 333333 00000 555555555 44444 000000 0000000000 3 88 444 3333 5555555 7777 7777 333 3 6666666666666 2 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 33333333 6 555 33 7 00 44 777777 44 7 444 000 111111 11 4 555555555555555555555555 000000000 3333333333333 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : -------ATA----GA--T-----------T---T--AG--TCA----GA------AA------AG-------------------TATGTA--------T------A--AT-------A--A--T------A-----GAA---------ATA-----A------ATC----------TT-T--A-CAGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTC-ATTTT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-T--AGG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTACT-GTT-T--CA----TTT-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----AT--T
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT---AT------CT-ATT--GG--TAA-------ACA----GA--T-----------TTT-T--TT--TTC----AA------AA------AT-------------------T-------------tggcacaataaaaaaaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgatCT----AA------GA------AT-------------------T-------------TTGTTA-A--AA-------A--G--A------A-----GAA-------------------------TT----------AT-T--A-CAGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-G--AAA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G---------------------------------------GTT-T--CT----GTT-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------------A--GTA---------TGAA-----A---attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac-------------T------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------GTT----------AT-T--A--GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTC-AAACT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTTCA-G--------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----AT--TGT---------------A----A--AAA---------TGAA-----A---aa
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATT-TTGG------TT-GTT--CG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AATTTAAAAT-------------------TGGAAAAATATGTAC------A--AA-------A--T--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTG----------AT-T--A-CAGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAA---------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTACA-GTT-T--A------TT-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----AT--TAT----T-------------------AA---------TAAA-----A---GTTATTTTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTT-TTAT------CT-GGT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TTC-TCC----AA------CA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--A------A-----GAA---------ACA-----A------TAA----------AT-T--A-CAGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTC-AAACA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-ATT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---CT--TTTTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : -----GGA---------ATA-----A------TAT----------AT-A--A-CAGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTA-AAAAT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-G--AGA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTGGA-CTT-T--C-----TTT-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----AT--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAATGAAAAAGTGAA-----A---TT--TTTTCTT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTT-ATATGTCAGCTT-ATG--GA--TTTTTTCCCAACAAA--GA--CCAGAAATGTAGT---T--TT--ATT----GA------AA------AT-------------------TCCA----------T------A--AA-------A--A--ATA----A-----AAA---------ATACCTTAA------ATT----------AC-T--A-TGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATC-TTATT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAGGA-TTTAT--TT----TTT-T-TCTGGTTT-Tttttccccatatt
gi|17 : GAT-T-TTTTCTTGT------TT-GTA--GG--TTT-------GCT----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AT------AT-------------------T-------------
gi|17 : A------AA------AT-------------------T-------------TTGTGAAA--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CTGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATT-ATATT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAA--AAA-T----A---------G--TA-----G-TTCTattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaagaaaattttgtgaaaaaaggagaaataatttattactgctgaaacagagattatatttggtggttttctcattttaaaaatagtagttctacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTTCA-GTT-T--CTAC--TCA-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A--------------------GA----A--AAATT-------TGAA-----AAGTAT--TTTTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------GT-GTT--GG--TTT--------TA-----A--T------------------------------A------AA------AT-------------------C-------------TGT----A--AA-------A--A--G------AT----GAC---------ACA------------TTT-----------T-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTC-A---T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-G--ATA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-ACA-AAT-T--TC----GGT-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----AT--TAT----C---------AG----A--AAAGTC------TGAA-----aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTA--AG--TTT-------ATT----GA--T-----------G---T--TTA-TCC----AA------AA------GTGA-----------------T-------------T------G--GA-------T--G--G------ATGGTTGGA---------ATA-----T------TTTTCTTTAGAAAAT-T--C-CGTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G---AAATT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-G--AGA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTGCA-G---T--GT----TTT-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAAT--AAT----C---------AA----A--AAA---------TAAA-----A---ga
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT---AT------TT-GAT--TG--TTT-------ACA----AA--G-----------T---T--TC--CCA----AA------GA------ATAAAAAATATAGAAATTCTGT-------------T------A--AA-------A--A--A------ATAAA-AAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CAGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTC-AAATT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-G--AGA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--aaaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTC-AAAGT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-G--AGA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-G--CT----TTTAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----AG--TGT----T---------AA--------AA---------TG-----------TT--TGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tat--G------A-----GAA---------TTA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTC-AAATT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-G--ATA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTACATGTT-CAGCT----TCT-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----CTG-------AG----A--GAC---------TGAA-----A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttAGGCAAGAC-T-TTTT-CTGT------TA-GTT--GG--TTTT------ATATCATAA--TCTGC-------T---T--TT--TCCAAAAAA------AA------AT-------------------T-------------G------A--A
gi|23 : ----AA------AA------AT-------------------C-------------TGC----A--AA-------ATTG--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT----A-TAGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTT-AAATT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCT-T-AT------TT-GCT--GG--TTTGTGA---ACA----TA--T-----------TGGATGGTTGATCA----AATAAAAAAA------AT-------------------T-------------G------A--AATGAAATTA--G--A------A-----AAATCTGTTAAAATA-----A------TTT----------A-----A-CAGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATC-AGAAT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTT-TTAT------TT-CTT--GG--TTT-------ACA----GAAGT-----------T---T--TT--TCCT---AA------AA------AT-------------------T-------------gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------GTA-----A------TTG----------AT-T--A-TGAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATA-AAGTT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTT-TTAT------CT-GTT--GG--TTT-------GCA----GA--T-----------T---T--T---------------------------T-------------------T-------------T------G--AA-------A--G--A------A-----ATG---------ATA-----A------TTT-----------T-TGGA-CGGGT----G
gi|26 : gca--TCT----GA------AA------AT-------------------T-------------TTGTGA-A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATC-----A------TT-----------AT-C--A-TGAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTC-AAATT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-G--CTA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--gttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-AT--TTT------------------------AA---------TGAACT---A---AT--TTTT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAGCA-GTT-TA-CC----TTT-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----AT--TGT----C---------------A--GAA---------TAAA-----A---aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTT-TTAT------TT-GTG--GG--TTT-------AT-----GA--T-----------T---T--TTC-CCC----AA------AA------AT-------------------aaaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA------AT-------------------C-------------TGTAA--A--AA-------A--G--T------A-----GAA---------ATG-----A------TAA----------AT-T--A-TTGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTC-AGTTT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-G--AGA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA-A-ATT-T--TC----TTT-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----GT--TGC----CAGAATATAAAA----A--AAA---------TTAA-----A---AG--TTATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T-------------T------A--AA-------AATG--G------G-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-GGGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTC-AAATC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-A--AGC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAGCA-GTT-T---T----CTT-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----AT--TAT----C---------------A--CAA---------TGAA-----A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-G--AGA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTGCA-GGT-T--C------TT-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----AC--TGTGGA-T---------AA----AGTGGA---------TAAA-----A---AT--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTC-AGATT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-G--AAACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-----TT-T--CT----TTT-gagtggggcg
gi|35 : A------AA------AT-------------------TCTG----------T------A--AA-------A--GCAG------A-----GCA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CGAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCC-AGATT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-G--AGcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTGCA-GTT-T--CC----TTT-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----AG--TAT----C---------AA--------AA---------TGAA-----A---
gi|37 : aacC----AG------AA------AC-------------------T-------------T------C--AG-------T--A--G------A-----AAA---------ATA-----AAAAAAGTTT----------AT-T--A-TGGAT----GGAA-------C----A---TT---G-A-----A-------GTC-AAAaaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|38 : tttatttgtggtttgccgattttttcaaaatattatcaggtggatggtcaagaaaaaaaatA---------ATA-----A------TAC----------GTAT--A-AAGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTC-AACTT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-G--AGA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------
gi|39 : AC-T-TTTT-TTAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----TG--T-----------T---T--TT--TTT----AA------AA------A--------------------T-------------T------A--AA-------ttttaaggaaat
gi|4 : ------A--AA-------A--G--G------A-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AA-T--A-CAGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATC-AAAAT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-G--CGA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATGCA-GAT-T--C-----ATT-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----AT--TGT----T---------------A--GAA---------GGAA-----tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgttaaaCTAGACAT-TTTT-TCAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----GA--------------T---T--TT--TCC----AA------AA------tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTG-C-AT------TA-ATT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--GT--TCT----AA------AA------GT-------------------T-------------tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AA-------A--G--G------A------AA---------ATA-----A------TTT----------AT-A--T-CATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGA-AGACT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : aagT-T--A-TGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AGATA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTT-CTCT------TT-GTT--GG--TTT-------A----------------------T---T--CT--TCA----AA------AAC-----AT-------------------TG------------T------AGGAA-------A--G--GTGGTAGG-----GAA---------AAA-----A------TCAGACA------AT-T--C-T--AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTA-AAATTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-G--CG-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----GC--TGTGGAAT---------AA----A--GAA---------TAAA-----
gi|6 : c------AT-------------------T-------------T------A--CG-------A--G--T------A-----CAA---------GTA-----G------TTT----------TT-T--AACTTAC----AAGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTC-AGGTT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-T--AGG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTGCA-GTT-T--CTGAAATTG-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----AT--TCT----C---------------G--GAA---------TAAA-------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|6 : agtAAGGCCAGTT-T-TTTT-TAAT------TT-TTT--GC--TTT-------ACA----GA--gaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagttttttaacttacaagacaaataggtcaggtttacaaacaaatgttctaattgttaggttttaaccctcctaacaatgattttgtggtagacagctttgatattgttaacagaaatctgcagtttctgaaattgttcttttttctatgtaatatcattctcggaataaaacaaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggatTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------TT-GTT--GG--TTT-------ACAAGGGGA--------------------------------GG------AA------AT-------------------C-------------TGGA---A--AA-------A--A--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-TGGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTC-AAATG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGA-ACA--ATACATGG----T--TT-------T------------G----------------------------------TTCA-GTT-T--CT----TTT-T---A--TTA-TCA-TAA--TTGTC--TT--GA-C---A---G-A----AT--GAA----A---------AA----A--AAA---------TAAAGAGTGA---TT--TTTTTTT----TAC---A-AATGGAgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTT-TTAT------TTTGTTCTGG--T---------ATG----GA--T-----------T---T--TT--CCC----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca----AA------AA------A-----------------------------------------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------TCT----------AT-T--A-GAGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-G--AGA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTGTA-GTT-T--C-----TTT-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-ATGGTAT----C---------AA--------AA---------TGAG-----A---tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaacttcttgAC-T-TTTT-TTAC------TT-GTT--GGTTTTT-------ATA----GA--------------T---T--TT--CCC----AC------AA------TT-------------------T-------------T------A--aaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC-------ACA----AA--A-----------T---T--CT--TTT----GA------AA------AC----------------------------------------------------A--G--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------G-----A-CAGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCC-AAATT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTGCA-GTT-T--C-----TTT-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------ATA-TAT----C---------AATGTTG--GAA---------TGAA-----A---ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
blockSeqs : G A A CTT GTCAGC T CT TT TTTCCCA TCAT CCAGAAATGTAGT GG GA CAAAA TAAAAA TTTAAA AAAAAATATAGAAATTCTGTT GG TGAAATT TT CA TGGTAG TGGTT TCTGTTAAA CCTTA AAAAAG TCTTTAGAAA A GG ACT TTTT GCAGAAA GAGA GTAT ATT T TTATTTTT A AAACA T TCATG AACAAA ATTTTCTCTTCTT A AT C AAGTGAACAT AG TTAAT A TAT AAATG GAC GACAGGTATATCA AC TGTGTATTTATTTCATTTTGTGCAATTTTACGTTTTGTCAAGG T A CTGAAA A ATA GG A GC AC ATGTAA TA T TAG TTG CCAGA GG CAGAATATAAAAAA ATGAAAAAG GAGTGATT GTTA CCA T
blockSeqs : . . A TT . . . . GTGA AGGG TCTGCT . C CT . C TGGAAAAATATGTAC . . AT . TA TAAA . . . GACA . . CA CTGT TTT . T . . CGCTCG . . . C . A . . . GCTAA . TT . . . . . A TTTACAGTTTTGGTTTTATTATATTATGG . . CTAC . TC . . A . TGTC . . TA . CAGT A CAGATTTAAAG GTC AAGTAT . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . T AA TTGGA . A C . . TTTGTGAA . . . . . T . . . . . . CA . . . A . . TTA . . . C . . . . . A . . . . . . . A TGTTTAATTTTGGGTTCTGTTAAGG . . AGCT . TG . . A . . . . . . CCGT . GGATAAAGTG TT CTAAT . . .
blockSeqs : . . . AT . . . . . . TTTT . C T . . TTTGTTA . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . AG . . . C . . . . . A . . . . . . . G TAGACAGCTTTGATATTGTTAACAG . . ACC . TC . . C . . . . . . GA . GGAATAAAG . ACT . . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . AGTT . . C . . TTTGTGA . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . G . . . C . . . . . A . . . . . . . A TGTGTCATTATAGTTTGGTTAAGA . . CT . AC . . A . . . . . . C . CAATGTTGG . ATT . . .
blockSeqs : . . CT . . . . . . TT . . C . . CTGTAA . . . . . . . . . . . . TG . . . A . . G . . . A . . . . . A . . . . . . . G TGTACAATTTTGGTTTTGTCAAGA . . CT . TC . . T . . . . . . C . CTGAGAG . AAG . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . TT . . T . . TCCAT . . . . . . . . . . . . CT . . . A . . G . . . A . . . . . A . . . . . . . A TAAACAATTCTGATTTTGTTCTGG . . TT . TT . . A . . . . . . C . CAAAG . AAT .
blockSeqs : . . TT . . . . . . TT . . C . . TCTGT . . . . . . . . . . . . CG . . . C . . G . . . G . . . . . A . . . . . . . G TGAACATTTCTAATTTTGTACTGG . . TC . AC . . A . . . . . . C . CAGAA . TT
blockSeqs : . . TT . . . . . . TG . . C . . CTGGA . . . . . . . . . . . . CG . . . T . . T . . . C . . . . . G . . . . . . . G TGTACCATTTTGGTTTTGTTAAGG . . GT . CC . . C . . . . . . G . CAAAA . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . GT . . A . . CTGT . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . G . . . C . . . . . G . . . . . . . T TCAACAATTTTGGTTTTATTAAGA . . CT . CT . . A . . . . . . C . AAAAA .
blockSeqs : . . TC . . . . . . TT . . A . . GATT . . . . . . . . . . . . CG . . . A . . A . . . T . . . . . A . . . . . . . G TGTACAACTTTGGTTTTGTCAAG . . CT . TA . . C . . . . . . C . GAAA .
blockSeqs : . . CT . . . . . . TT . . T . . CTGC . . . . . . . . . . . . TA . . . T . . A . . . A . . . . . A . . . . . . . A TGTACAAATTTGGTTTGTTGAT . . TC . TC . . A . . . . . . C . AAA .
blockSeqs : . . TA . . . . . . TT . . C . . TGT . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . T . . . G . . . . . A . . . . . . . A TGTACAATTTTGGTTGTCAAGG . . CT . TT . . A . . . . . . A . TAA .
blockSeqs : . . TT . . . . . . TT . . C . . TT . . . . . . . . . . . . TG . . . T . . G . . . A . . . . . A . . . . . . . G TTGCAACATGGTTTTGTCAAGG . . CC . TA . . G . . . . . . T . CAG .
blockSeqs : . . TT . . . . . . TT . . T . . TG . . . . . . . . . . . . CG . . . T . . A . . . C . . . . . A . . . . . . . T GTACAATTTTGTGTTTTGTCAG . . CT . CA . . A . . . . . . C . CAC .
blockSeqs : . . T . . . . . . AT . . C . . TG . . . . . . . . . . . . TG . . . T . . G . . . T . . . . . A . . . . . . . T TATAAAGTTTTGTATGTGTCAC . . CT . AA . . A . . . . . . C . CAA .
blockSeqs : . . C . . . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . . . . TT . . . T . . G . . . C . . . . . A . . . . . . . C TTTATATTTTTGATTGTCAAAG . . A . TC . . C . . . . . . C . TAG .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . A . . TT . . . . . . . . . . . . GG . . . C . . T . . . A . . . . . A . . . . . . . A TGTACATATTTGTTGCCGTGG . . C . AC . . . . . . . . . C . CGG .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . C . . TT . . . . . . . . . . . . CG . . . T . . G . . . C . . . . . A . . . . . . . A ATTTTTTTTGTTCTGTCACAG . . T . AC . . . . . . . . . T . CAA .
blockSeqs : . . . . . . . T . . C . . TT . . . . . . . . . . . . TG . . . T . . T . . . C . . . . . G . . . . . . . A TGGACAATTTTGTTGTCTAGG . . C . T . . . . . . . . . C . T .
blockSeqs : . . . . . . T . . TT . . . . . . . . . . . . AA . . . T . . G . . . T . . . . . A . . . . . . . A TGAACAATACATGGTTTTG . . C . T . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . A . . . C . . . . . G . . . . . . . C TTATGCAATTTTGG . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . A . . . T . . . . . G . . . . . . . A TGTACAATTCTAG . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . A . . G . . . G . . . . . A . . . . . . . A TGTACAGTTTTGG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . T . . A . . . T . . . . . A . . . . . . . G CGGGAAATTTTG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . G . . . C . . . . . T . . . . . . . A ATTTGTCAAGG
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . . . . G . . . C . . . . . G . . . . . . . A TTTTGCAAGG
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . A . . . . . A . . . . . . . A
blockSeqs : . . . T . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TT* TT************************************** C**** A* AAT**********
originalCons : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAA-----A---NT--TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
finalCons : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTTTT-AT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------ATTT--------------------------------------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TTT-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----AT--TGT----C---------AA----A--GAA---------TGAAAAT----------TTTTTTT----TAC---A-AATGAAA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 111111 4444444444444444444444444 1111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 8 2 4 777 555555 1 22 22 1111111 9999 777777777777777777 22 77 55555 444444 555555 9999999999999999999999999999999999999999 11 4444444 44 22 666666 88888 555555555 33333 444444 9999999999 1 11 111 5555 6666666 2222 4444 222 1 8888888888888 1 33333 1 77777 333333 7777777777777 1 11 1 66666666666666 11 44444 1 222 33333 222 7777777777777 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 44444444 222 1 555 22 1 22 22 555555 22 1 777 333 000000 1 44 3333333333333333333333333 555 5555555 22 333 6666666666666666666 4 0000 000 6
lowQualScore : . . . ... ...... . .. .. ....... .... .................. .. .. ..... ...... ...... ........................................ .. ....... .. .. ...... ..... ......... ..... ...... .......... . .. ... .... ....... .... .... ... . ............. . ..... . ..... ...... ............. . .. . .............. .. ..... . ... ..... ... ............. .. ................................................................................................... . . ........ ... . ... .. . .. .. ...... .. . ... ... ...... . .. ......................... ... ....... .. ... ................... . .... ... .
lowQualScore : 0 0 0 888 555555 9 66 55 1111111 8888 777777777777777777 55 66 33333 000000 222222 7777777777777777777777777777777777777777 99 8888888 22 00 333333 00000 555555555 44444 000000 0000000000 3 88 444 3333 5555555 7777 7777 333 3 6666666666666 2 11111 2 66666 666666 9999999999999 2 77 2 44444444444444 77 88888 2 333 22222 222 1111111111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 99999999 888 6 555 33 7 11 44 000000 44 7 222 000 111111 7 11 1111111111111111111111111 444 7777777 44 333 0000000000000000000 4 6666 000 7
consensus : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT---T-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----A-T--TGT----C---------AA----A--G-AA---TGA-------A--A---A----------------T--TT-TTTTT----TAC---A-AATGAAA
Reference ( family-736 ) : ATTA-TAAGGCCAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT---T-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----A-T--TGT----C---------AA----A--G-AA---TGA-------A--A---A----------------T--TT-TTTTT----TAC---A-AATGAAA
gi|1 : -------ATA----GA--T-----------T---T--AG--TCA----GA------AA------AG-------------------TATGTA--------T------A--AT-------A--A--T------A-----GAA---------ATA-----A------ATC----------TT-T--A-CAGAC----AAAA-------C----A---TA---C-A-----A-------GTC-ATTTT-----T-TGTTT---A------TTTTCTCAT-------------TTA-T--AGG-T----G---------T--CA-----G-TTTTCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TGG-TGG-----------------------TGT-GTA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTATGTTAATA------AAATCTACT-GTT-T--CA----TT---T-A-TAT--TTT-TC--CAG--T------TT--AA-T---G---T-T----ATT--TGG----C---------------A--C-AA---TAA-------A--A---A----------------
gi|10 : ttttttttaattgttggttcttgttgtattttcataagactggtgaatgggtgatggacaaaaaATTG-TTAGGTCAAAA-T-TTTT---AT------CT-ATT--GG--TAA-------ACA----GA--T-----------TTT-T--TT--TTC----AA------AA------AT-------------------T-------------aaaccaaattgaatgtgaaatctgtaagtgtaaagaatgtaaatgtgaacatttgtttctccaatggaaacaaaatattggtggtgtatcccacaaaccaacaaat
gi|10 : gtatgaataaaaccttgatCT----AA------GA------AT-------------------T-------------TTGTTA-A--AA-------A--G--A------A-----GAA-------------------------TT----------AT-T--A-CAGAT----GTAT-------T----G---TA---G-A-----G-------GTC-AAATT-----T-GGTC----T------TATTCTCAT-------------ATT-G--AAA-T----A---------G--TA-----A-TCCTCACAATATCA-----A-GGT---T-------------GTA-TGG-----------------C-----GGG-A-A--A-----------T--TT-------T------------G---------------------------------------GTT-T--CT----GT---T-C-T-T--TTT-TCA-CCA--C------TT--AA-T---A---T-C----A-T--TGT----C---------------A--G-TA---TGA-------A--A---A----------------attgaatggatggtcgaggaaaaaaaacctaagaattttgttaaaaagaagaattattacagatgtattgtagaggtcaaatttggtcttattctcatattgaaatagtaatcctcacaatatcaaggttgtatggcgggaaattttggtttctgttcttttttcaccacttaatatcattgtcagtatgaaaaa
gi|11 : gtatgaataaaaccttgatattgttaggtcaaaatttttatctattggtaaacagatttttttttcaaaaattattgaatggatggtcgaggaaaaaaaac-------------T------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------GTT----------AT-T--A--GGAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----G-------GTC-AAACT-----T-G-TC----A------TTTTCTAAG-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--AA-----C-TCCTCATTA---CA-----ATGAT---T-------------CAA-TGC-----------------TG----TGT--CATTA-----------TAGTT-------T------------G------------GTTAAGA----------AAACCTTCA-G-----------------T-T-TCT--TTT-TCA-ACA--T------TA--AA-T---A---T-C----A-T--TGT---------------A----A--A-AA---TGA-------A--A---a
gi|12 : agataatttgaaattgtgtaCAGAC-T-TATT-TTGG------TT-GTT--CG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AATTTAAAAT-------------------TGGAAAAATATGTAC------A--AA-------A--T--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTG----------AT-T--A-CAGGT----AAAA-------T----A---TA---G-A-----G-------GTC-AAA---------GGTC----A------TTAATAAGT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTGATAA---TA-----ATGAT---T-------------TTG-TAA-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTCAAGA-----AAATCTACA-GTT-T--A------T---T-T-TGT--TTT-TCC-CTA--T------TC--AG-T---A---TGA----A-T--TAT----T--------------------AA---TAA-------A--A---G----------------TTATT-TTTTT----TAC---A-gcaattaaaaacagtgatttattttaaaactgagaaaaacaggaggttggattccataaatcaacataagtctggc
gi|13 : aATTA-TTAGGCCAGAC-T-CTTT-TTAT------CT-GGT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--TTC-TCC----AA------CA------AT-------------------T-------------T------A--AA-------A--G--A------A-----GAA---------ACA-----A------TAA----------AT-T--A-CAGAT----G-AA-------C----A---TA---A-A-----G-------GTC-AAACA-----T-GGTC----A------TTTTCCAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTCGCATGA---CG-----ATGAT---T-------------TCA-CAG-----------------T-----TAT-GCA--A-----------T--TT-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-ATT-T--CT----TT---T-T-TCT--TTT-TCA-CCA--T------TT--AA-T---A---T-C----A-T--TCT----C---------AA----A--G-AA---TGA-------A--A---C----------------T--TT-TTTTT----CAC---ATATTGAAA
gi|14 : -----GGA---------ATA-----A------TAT----------AT-A--A-CAGAT----GAAAGCAGAAAC----G---AA---G-A-----T-------GTA-AAAAT-----T-GGTA----A------TTTTCTAAT-------------ATT-G--AGA-TGCTAA---------T--TATTAATA-TCACCATAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TAGTGTGTATTTATTTCATTT-----TGT-GCA--A-----------T--TT-------TACGTTTTGTCAAG------------G----------------AAATCTGGA-CTT-T--C-----TT---T-T-ACT--TTT-TCT-GTG--T------TC--AA-T---A---T-C----A-T--CGT----CAGATTT---AA----A--GAAA---TGAAAAAGTGA--A---A----------------T--TT-TTTCT----T
gi|16 : AAGGTCAGAC-T-TTTT-ATATGTCAGCTT-ATG--GA--TTTTTTCCCAACAAA--GA--CCAGAAATGTAGT---T--TT--ATT----GA------AA------AT-------------------TCCA----------T------A--AA-------A--A--ATA----A-----AAA---------ATACCTTAA------ATT----------AC-T--A-TGAAT----GAAA-------C----A---AA---G-A-----TTATTTTTATC-TTATT-----T-GAAA----A------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCGTAA---CA-----TTTAT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------A--TT-------T------------G------------GTTTGTTGAT-------AAATCAGGA-TTTAT--TT----TT---T-T-TCTGGTTT-Ttttttccccatatt
gi|17 : GAT-T-TTTTCTTGT------TT-GTA--GG--TTT-------GCT----GA--T-----------T---T--TT--TCC----AA------AT------AT-------------------T-------------
gi|17 : A------AA------AT-------------------T-------------TTGTGAAA--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-CTGCT----GAAA-------C---------A---G-A-----G-------ATT-ATATT-----T-GGTG----G------TTTTCTCAT-------------TTTAA--AAA-T----A---------G--TA-----G-TTCTattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaagaaaattttgtgaaaaaaggagaaataatttattactgctgaaacagagattatatttggtggttttctcattttaaaaatagtagttctacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|18 : gattttttcttgtttgtaggtttgctgattttttccaaatattattgggataggcgttttaaaataatagaaaattaacattaag---------T--TA-----A-TCCTCATGC---CA-----ATTAT---T-------------TCG-TAG-----------------------TGT-ACA--A-----------C--TT-------T------------GGTTTTGTCAA--G----------------AAATCTTCA-GTT-T--CTAC--TC---A-T-TTT--TTT-TCA-------------TT--GA-T---A---T-G----A---------------------GA----A--A-AATT-TGA-------A--AAGTA----------------T--TT-TTTTTGTTACAC---A-AATGAAAacagtttctttttttttttgtgtgatattctgcttgtgttaaggaaatatgcagtt
gi|19 : tTA-TAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------GT-GTT--GG--TTT--------TA-----A--T------------------------------A------AA------AT-------------------C-------------TGT----A--AA-------A--A--G------AT----GAC---------ACA------------TTT-----------T-T--A-CGGAT----GAAA-------C----A---CA---G-A-----A-------GTC-A---T-----T-GGTTCATGA------TCTTCTGAT-------------TTT-G--ATA-T----G---------T--TT-----C-TTCTCATAA---GA-----ATATT---T-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACAT-A-----------T--TTGTTGCCGT------------G------------G----------------AAATC-ACA-AAT-T--TC----GG---T-C-ACT--TTT-CCA-GCA--T------TT--AA-A---T---T-C----A-T--TAT----C---------AG----A--A-AAGTCTGA-------A--G---A----------------aaaataggaacggttgattctttaaacaaaaaaaaataaatggcctagtcctgttataaattttatttatttgtaatatattgttacttatttacac
gi|2 : ataaAAGGTAAGAC-T-TTTT-TTAT------TT-GTA--AG--TTT-------ATT----GA--T-----------G---T--TTA-TCC----AA------AA------GTGA-----------------T-------------T------G--GA-------T--G--G------ATGGTTGGA---------ATA-----T------TTTTCTTTAGAAAAT-T--C-CGTAA----AAAA-------GGAGAA---TA---A-A-----A-------G---AAATT-----T-AG-------------------AAG-------------TGT-G--AGA-T----G---------T--TA-----A-TCCCCATTA---CT-----ACGAC---T-------------TTT-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TT-------TGGTTGTCAA---G------------G----------------AAGTCTGCA-G---T--GT----TT---T-T-CCT--TTT-TCC-CCA--T------TTTAAA-TTAGA---G-CCAGAA-T--AAT----C---------AA----A--A-AA---TAA-------A--A---A----------------
gi|20 : cactccagacaaaatgaaccaagcTTA-TAAGGCCAGAC-T-TTCT---AT------TT-GAT--TG--TTT-------ACA----AA--G-----------T---T--TC--CCA----AA------GA------ATAAAAAATATAGAAATTCTGT-------------T------A--AA-------A--A--A------ATAAA-AAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CAGATTTTTGAAT-------C----A---TG---G-A-----T-------TTC-AAATT-----T-TGTC----A------TTTTCTTAT-------------ATT-G--AGA-A----A---------T--TA-----A-TCTTAACAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-T-C-----------------T-----TGCAACATGG-----------T--TT-------TGTCAA-------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--aaaaataaaaaaaaaaaaagaatgatataccagtaattttttttgttcacagatagaataaatagatgatagtttccagtaactaacaaataaagaagtctgg
gi|21 : atttttgGAT----GAAA-------C----A---AA---C-A-----G-------GTC-AAAGT-----T-GGAC----A------TTTG--GAG-------------TTT-G--AGA-C----A---------T--TA-----A-TCCTCATAT---CA-----AAGGT---T-------------TTA-TAG-----------------------TAA-ACA--ATTCTGATTTTGT--TC-------T------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-G--CT----TT---TAT-T-----------------T------TT--GA-T---A---A-C----A-G--TGT----T---------AA---------AA---TG--------------------------------T--TTGTTTTT----TACCCAA-AAGGAAA
gi|22 : tat--G------A-----GAA---------TTA-----A------TTT----------AT-T--A-CGGGT----GAAG-------C----A---TA---G-A-----A-------GTC-AAATT-----T-GGTT----A------TATTCTAAC-------------TTT-G--ATA-T----A---------T--AA-----G-TGATCATAA---CA-----ATGA----T-------------TCA-TGG-----------------TGAACATTT-CTA--A-----------T--TTTGTAC--T------------G------------G----------------AAAACTACATGTT-CAGCT----TC---T-TATAT--TTT-ACA-CCAACTATGTAATT--AA-T---A---T-C----A-T--TGT----CTG-------AG----A--G-AC---TGA-------A--A---actatagggattatggattctataaatcataaaataaagatagtct
gi|23 : taaaattctgtaaatacttAGGCAAGAC-T-TTTT-CTGT------TA-GTT--GG--TTTT------ATATCATAA--TCTGC-------T---T--TT--TCCAAAAAA------AA------AT-------------------T-------------G------A--A
gi|23 : ----AA------AA------AT-------------------C-------------TGC----A--AA-------ATTG--G------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------AT----A-TAGGT----AAAA-------C----A---TA---G-AA----G-------GTT-AAATT-----TTGGTA----A------TTA-CTAAT-------------TTT------A-C--------------T--TA-----A-TCTTCATAA---CC-----ATGATGACT-------------CTG-TGG-----------------------TGT-ACA--A-----------T--TC-------T------------A------------G----------------gaccaggtggtcaaaaaaaaatctgcaaaattggagaaataatttatataggtaaaacatagaaggttaaattttggtaattactaattttacttaatcttcataaccatgatgactctgtggtgtacaattctagg
gi|24 : aggcaagactttttctgttagttggttttatatcataatctgctttttccaaaaaaaaattgaagaccaggtggtcaaaaCAGAC-T-TTCT-T-AT------TT-GCT--GG--TTTGTGA---ACA----TA--T-----------TGGATGGTTGATCA----AATAAAAAAA------AT-------------------T-------------G------A--AATGAAATTA--G--A------A-----AAATCTGTTAAAATA-----A------TTT----------A-----A-CAGAT----GAAA-------C----A---TA---G-G-----G-------ATC-AGAAT-----T-GGTG----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------A--T------A-TTCACACAA---CA-----ACGAT---g
gi|25 : ttgtgtaatagCAGAA-TATTTT-TTAT------TT-CTT--GG--TTT-------ACA----GAAGT-----------T---T--TT--TCCT---AA------AA------AT-------------------T-------------gtacaaataggttttgtcaagcaaatc
gi|25 : ------A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------GTA-----A------TTG----------AT-T--A-TGAAT----GAAA-------A----A---TA---G-A-----G-------ATA-AAGTT-----T-AAAA----G------TTTTCTAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TCCTCA-AA---CAAAATGATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------attggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaaaaaggagaagtaattgattatgaatgaaaaatagagataaagtttaaaagttttctaattttgagatattaatcctcaaacaaaatgatgattttttgg
gi|26 : cagaatattttttatttcttggtttacagaagttttttcctaaaaattattggatgcgtggtccaaaaaaaataaaagagtgaaaattatggtaaaTTT-TTAT------CT-GTT--GG--TTT-------GCA----GA--T-----------T---T--T---------------------------T-------------------T-------------T------G--AA-------A--G--A------A-----ATG---------ATA-----A------TTT-----------T-TGGA-CGGGT----G
gi|26 : gca--TCT----GA------AA------AT-------------------T-------------TTGTGA-A--AA-------A--G--G------A-----GAA---------ATC-----A------TT-----------AT-C--A-TGAAT----GAAA-------C----A----A---G-A-----T-------GTC-AAATT-----T-GGCC----A------GTTATTAGT-------------TTT-G--CTA-T----A---------T--TA-----T-TCTTCATTA---AA-----ATGAT---T-------------TTT-TGG-----------------------TAT-ACA--A-----------T--gttgaaaaaaaaatctgaaaattttgtgaaaaaggagaaatcattatcatgaatgaaacaagatgtcaaatttggccagttattagttttgctatattattcttcattaaaatgattttttggtatacaat
gi|27 : gcatttttatctgttggtttgcagatttttttgaaagaaatgataatttttggacgggtggttgaaaaaaaaa-----T-GGTT----A------GTTCTTAAT-------------TTT-A--AGA-T----A---------T--TATT---A-TGCCCATAA---C------ATGAT---TGACAGGTATATCATTC-TGGAT---------------T-----TGT--CA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT---T-T-CTT--TTT-TCGCCCA--T------TT--AT-T---A---T-CAGT-A-T--TTT-------------------------AA---TGA-------ACTA---A----------------T--TT-TT
gi|29 : GAT---T-------------TT---GG-----------------T-----TTT-GCA--A------------------------------------G------------G----------------AAATCAGCA-GTT-TA-CC----TT---T-A-TAT--TTTATC--CCA--T------TT--TA-T---A---T-A----A-T--TGT----C---------------A--G-AA---TAA-------A--A---A----------------aaaaaaaagtgagagagaaaaacaacaaaattcagtagaaca
gi|3 : gcCCAGTC-A-TTTT-TTAT------TT-GTG--GG--TTT-------AT-----GA--T-----------T---T--TTC-CCC----AA------AA------AT-------------------aaatataataaaagttacctcaaaaaaaaaaaacagtgaattccataaatcaagaaaaaaaaggtcaggccttgcctaaaatccacaagaaac
gi|3 : a----AA------AA------AT-------------------C-------------TGTAA--A--AA-------A--G--T------A-----GAA---------ATG-----A------TAA----------AT-T--A-TTGGT----TAAA-------C----A---TT---A-A-----G-------GTC-AGTTT-----T-TGTC----A------TTTTCTAACA------------TTT-G--AGA-T----A---------T--CA-----A-TCCTCATAA---CA-----ATTGT---T-------------GTA-TGA-----------------T------GT-TTA--A-----------T--TT-------T------------G------------GGTTCTGTTAAGG----AAATCCA-A-ATT-T--TC----TT---T-T-TCT--TTT-TCC-CCA--A------TT--AA-T---A---T-T----G-T--TGC----CAGAATATAAAA----A--A-AA---TTA-------A--A---A----------------G--TT-ATTTT----TGC---gatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttgaaaaatctgtaaaaaagtagaaatgataaattattggttaaacattaaggtcagtttttgtcattttctaacatttgagatatcaatcctcataacaattgttgtatgatgtttaattttgggttctgttaaggaaatccaaattttctttttctttttccccaattaatattgttgccagaatataaaaaaaattaaaagttatttttgcctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|30 : accagtcattttttatttgtgggtttatgatttttccccaaaaatgatcggatggctggtcaaaaaatagcaaaagtaaatatttg-------------------T-------------T------A--AA-------AATG--G------G-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AT-T--A-GGGAT----GAAG-----------------A---G-A-----T-------TTC-AAATC-----T-GGTA----G------TTTTCTGAT-------------TTT-A--AGC-T----A---------ctatggataaaataatgacgttgaattttgtaaaccaataaataaagagtttg
gi|32 : atcagatttttttttattaatggattttccccaaaaaattattggatgcaaaggtgaaagaaaataataaaatcagtaagttatgC-AAATT-----T-GGTC----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----AAGTGAACATT--TA-----AATTCTCATTT---TA-----ATGAT---T-------------TTA-TGAATTTTTT----------T-----TGT-TCT--G-----------T--CA-------C------------A------------G----------------AAATCAGCA-GTT-T---T----CT---T-T-TTT--TGT-TAA-CCA--A------TT--AATT---A---T-C----A-T--TAT----C---------------A--C-AA---TGA-------A--A---
gi|33 : TTTTTAAT-------------TTT-G--AGA-A----G---------T--TT-----G-TCCTCATAG---CA-----TTGAT---T-------------TTACTGA------------------------GT-ACA--A-----------T--TT-------T------------GTGTTTTGTCA--G----------------AA--CTGCA-GGT-T--C------T---T-T-TAC--TTT-TCA-CCA--T------TT--AG-T---ATTGT-C----A-C--TGTGGA-T---------AA----AGTG-GA---TAA-------A--A---A----------------T--
gi|34 : T----GAAA-------C----A---TT---G-A-----G-------TTC-AGATT-----T-GGTC----A------ATTTCTAAT-------------TTT-G--AAACT----A---------TAGTA-----A--CTTCATAA---CA-----ATAAC---C-------------TAA-TGG-----------------------TGG-ACA--A-----------T--TT-------TGTTGTCTA----G------------G----------------AAATCT-----TT-T--CT----TT---T-gagtggggcg
gi|35 : A------AA------AT-------------------TCTG----------T------A--AA-------A--GCAG------A-----GCA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-CGAAT----AAAA-------G----A---CC---G-C-----A-------GCC-AGATT-----T-GGTT----A------TTATCTAGG-------------TTT-G--AGcccccccaattcaata
gi|36 : ttttaaaaatattggatatgtggtcgaaaaatgaaagtaactg-TGG-----------------T------GT-ACC--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTGTTAAGG-----AAATCTGCA-GTT-T--CC----TT---T-A-CAT--TTT---G-CCA--T------TT--AA-T---A---A-C----A-G--TAT----C---------AA---------AA---TGA-------A--A---A----------------
gi|37 : aacC----AG------AA------AC-------------------T-------------T------C--AG-------T--A--G------A-----AAA---------ATA-----AAAAAAGTTT----------AT-T--A-TGGAT----GGAA-------C----A---TT---G-A-----A-------GTC-AAAaaaaaaaacaaatcaaaaatattctgtaaaccaaca
gi|38 : tttatttgtggtttgccgattttttcaaaatattatcaggtggatggtcaagaaaaaaaatA---------ATA-----A------TAC----------GTAT--A-AAGAT----GAAA-------T----A---TA---G-T-----G-------GTC-AACTT-----T-GGTC----A------TTTTCTAAC-------------ATT-G--AGA-T----G---------T--TA-----G-TCATCATAA---TT-----ATAAC---T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------G----------------
gi|39 : AC-T-TTTT-TTAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----TG--T-----------T---T--TT--TTT----AA------AA------A--------------------T-------------T------A--AA-------ttttaaggaaat
gi|4 : ------A--AA-------A--G--G------A-----AAA---------ATA-----A------TTT----------AA-T--A-CAGAT----GGAA-------C----A---TA---G-A-----A-------ATC-AAAAT-----T-GTTT----A------TTATCTAAT-------------CTT-G--CGA-T----G---------T--TA-----A-T-----GAA---CA-----ATGAT---T-------------TTC-TGG-----------------------TAT-AAA--G-----------T--TT-------T------------GTAT---------GTGTCAC----------AAATATGCA-GAT-T--C-----AT---T-T-AAT--TTT-TTA---A--T------TT-------------T-C----A-T--TGT----T---------------A--G-AA---GGA-------A--tattggatgagtgaatggcagaataataaaaaaattgtttaaaaatttcttt
gi|41 : gttcttaatctttggcatacaaagtttctttcaaaaaccattggatgagtgacagaaaaaataaaacaaataaaaatcaggaaattctgttaaaCTAGACAT-TTTT-TCAT------TT-GCT--GG--TTT-------ACA----GA--------------T---T--TT--TCC----AA------AA------tcgattaaaaacagtgaaacaatttattttggacgaaacagggatgtttaattccatgaatcttaaattaaaaaataaatggccttac
gi|42 : CCAGAC-T-TTTG-C-AT------TA-ATT--GG--TTT-------ACA----GA--T-----------T---T--GT--TCT----AA------AA------GT-------------------T-------------tctgatggcttgatgataaaaaaaaaaaaaatctgtaaactttttacaga
gi|43 : ------A--AA-------A--G--G------A------AA---------ATA-----A------TTT----------AT-A--T-CATAT----TAAA-------C----A---TA---T-A-----G-------GGA-AGACT-----T-GGT-----A------TTTTCATAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A-TTATCATAA---CC-----ATGAT---T-------------atttgatgcatgcagatcgaaaaaaaaataaaagaatcagaaattctg
gi|45 : aagT-T--A-TGGAT----GAAA-------C----A---TA---G-A-----G-------GTC-AGATA-----T-GATG----A------TTTTATAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--TA-----A----TTAT-------------TGG----T-------------TTA-TGG-----------------------TGT-GCA--A-----------T--TT-------T------------
gi|5 : GGCCATAC-A-TTTT-CTCT------TT-GTT--GG--TTT-------A----------------------T---T--CT--TCA----AA------AAC-----AT-------------------TG------------T------AGGAA-------A--G--GTGGTAGG-----GAA---------AAA-----A------TCAGACA------AT-T--C-T--AT----AAAA-------C----AGTATAATTG-ATT---A-------GTA-AAATTAAACAC-AATT----A------TTTTTTAATATTTTCTCTTCTTTTT-G--CG-----------------T--TA-----A-TTTTCATTA---CA-----GTGAT---G-------------ATA-TAG-----------------T-----T-T-ATA--T-----------T--TT-------T------------GATTGTCAAA---G----------------AAATCTGCA-GTT-T--CT----TT---------T--TTT-AC--CCA--T------TT--AA-A---A---T-T----G-C--TGTGGAAT---------AA----A--G-AA---TAA-------A--
gi|6 : c------AT-------------------T-------------T------A--CG-------A--G--T------A-----CAA---------GTA-----G------TTT----------TT-T--AACTTAC----AAGA-------C----A---AA---T-A-----G-------GTC-AGGTT-----T-A--C----AAACAAATGTTCTAAT-------------TGT-T--AGG-T----T---------T--TA-----A-CCCTCCTAA---CA-----ATGAT---T-------------TTG-TGG-----------------T-----AG--ACA--G-----------C--TT-------T------------GATATTGTTAACAG----------------AAATCTGCA-GTT-T--CTGAAATT---G-T-TCT--TTT-TT--CTA--T------GT--AA-T---A---T-C----A-T--TCT----C---------------G--G-AA---TAA-------A---------------------------------------AC---A-AATGAAAcaaaaaaaaagaatgggaaatgtcttcttttattccacaaaacaaatgacacattgccttctgtaaaccaataataaaaaggt
gi|6 : agtAAGGCCAGTT-T-TTTT-TAAT------TT-TTT--GC--TTT-------ACA----GA--gaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggattctgtaaagcaaaaaattaaaaaaaactggccttgcctattataga
gi|7 : agtatttacgagtacaagtagttttttaacttacaagacaaataggtcaggtttacaaacaaatgttctaattgttaggttttaaccctcctaacaatgattttgtggtagacagctttgatattgttaacagaaatctgcagtttctgaaattgttcttttttctatgtaatatcattctcggaataaaacaaatgaaagaattgtgggataatttttttagatcttttttcacaactggaaaaaaatattgacgatggatTTAGTAAGGCCAGAC-T-TGTT---AT------TT-GTT--GG--TTT-------ACAAGGGGA--------------------------------GG------AA------AT-------------------C-------------TGGA---A--AA-------A--A--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTC----------AT-T--A-TGGAT----AACA-------C----A---TT---GTACGCTCG-------GTC-AAATG-----T-GTTC----A------TTTTCTAAA-------------TGT-GATAAA-T----G---------C--TA-----A-TTCTCAGAG---CA-----ATGCT---T-------------TTA-TGG-----------------------TGA-ACA--A-----------T--------------------------------------------------------ACATG---GTT-T--TG----TTCAGT-T-TCT--TTT-T-----A--T------T----A-TC--A---T-A----A-T--TGT----CTTG------AC----A--G-AA---TGA-------A--A---AAAAAATAAAGAGTGATT--TT-TTTTT----TAC---A-AATGGAgcctattataga
gi|8 : ttattAAAC-TATTTT-TTAT------TTTGTTCTGG--T---------ATG----GA--T-----------T---T--TT--CCC----Ataaaaaataggaatggcagatgtttctgtatgccaacaaataaaaaga
gi|8 : cca----AA------AA------A-----------------------------------------A--AA-------A--A--G------A-----GAA---------ATA-----A------TCT----------AT-T--A-GAGAT----GAGATTT----C----A----A---G-A-----G---------CAAAATT-----T-GACA----A------ATTTCTAGT-------------TTA-G--AGA-T--------------T--T-----------TCATAA---CA-----ATACT---T-------------TTA-TGG-----------------T-----CA--ACA--A-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTAAGA-----AAATCTGTA-GTT-T--C-----TT---T-T-ACT--TCT-CC--CCA--T------TG--AA-T---G---T-CCGT-A-TGGTAT----C---------AA---------AA---TGA-------G--A---A----------------tcaattattggatgggcggcttaacttcttgaaaaaaaaaagagaaataatctattagagatgagatttcaagagcaaaatttgacaaatttctagtttagagattttcataacaatacttttatggtcaacaattttggttttattaagaaaatctgtagtttcttttacttctccccattgaatgtccgtatggtatcaaaatgagaaaaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : ccaaaactattttttattttgttctggtatggatttttcccatcaattattggatgggcggcttaacttcttgAC-T-TTTT-TTAC------TT-GTT--GGTTTTT-------ATA----GA--------------T---T--TT--CCC----AC------AA------TT-------------------T-------------T------A--aaaannnnnnnnnncagttacaataagactggatacaac
gi|9 : a--TTC-------ACA----AA--A-----------T---T--CT--TTT----GA------AA------AC----------------------------------------------------A--G--A------A-----GAA---------ATA-----A------TTT----------G-----A-CAGATCTGTGAAT-------C----A--------G-G-----G-------GCC-AAATT-----T-GGTA----A------TTTTCAAAT-------------TTT-G--AGA-T----A---------T--AA-----A-TTCTCACAT---TA-----ATGAT---T-------------TAA-TGG-----------------T-----T-T-ACA--G-----------T--TT-------T------------G------------GTTTTATTATATTATGGAAATCTGCA-GTT-T--C-----TT---T-A-ACT--TTT-ACC-CAA--T------TT--AA-TTA-A---T------A-TA-TAT----C---------AATGTTG--G-AA---TGA-------A--A---A----------------ttggattgatggtcgaaaaaaaaaaaaattcacaaaattcttttgaaaacagaagaaataatttgacagatctgtgaatcaggggccaaatttggtaattttcaaattttgagatataaattctcacattaatgatttaatggtttacagttttggttttattatattatggaaatctgcagtttctttaacttttacccaatttaattaatatatatcaatgttggaatgaaaaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTTTATAATAATAAACTAATGGTGTATAGTTTTGGTTTTTTCAATGCAATGTTTAATTATTATCTCATATGTTATCATTGGCAGCATAAAACATTGAGAAAGGTTTCCAGGGTAATAATGTTTTCACAAATGAAACAAACGGCCGCAGATGCCTTACATCAAGAAATAGAAAAAAAGCCTCCAGTCCGGTCATTCTATTCTACTAAACCGTGCTATATTTTGTTATTCTATTTAACA
Unaligned ( gi|28 ): CATAATAATGATTTTATGGCGAACAGTTTTGATTGTATCGAGGTAATGTTCAGTTTATTTGAGGTTTTCTCTTATCTGATATAATGGACTAAATAAACAAACTAAAAATAAGCGTAAATTCGATTGTTTCACACGCATGGAAAAGAAATATATACGGTCAATTCCGTAAACCAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACCATTGAAATCTGTCATTTCTTTTGAGGTTTATTTCCCATTTGATTGTCAGGACAAATAAAATGAAACAAGTGTATAATTTATATTTACAAATACAAATAACTAGAGATGATGGATTCTGTTAACCAACAAATTAAAAAAAATT
Unaligned ( gi|40 ): GTGCATATGTTGGTCTTGTCAAGGAAGTCATTACGTTTTCTCTGTTAAATATCATTGTCAGAATAAAATCAAATTAAAAAGTTTTTTTTTTTT
Unaligned ( gi|44 ): TATCACTGACAGAGTGAAAAAAAATAAAACAGTGAAATTTTTTAATATTTTTTCACAAATGGAAAAATAGTGATGGTGGATTCTGTACAA
Unaligned ( gi|46 ): TTTCTTTTTACAAATTGTTGAAATAGGGATGCCGGATATTGTATGCAACAAATAATAAGGAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TAAAAAGTTTGGCCTCAGGTCACACCAACAACAAA