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gi|7 : TGTTAATATCAG-TCA-TCA---TG-TT-ACTTATGTGTATTG------------------------AAACTGGTCCAGGTCGACCTACTC----CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCATCAC-T-----TTAGCCA-TTAA----CC-CCAGCATT-TTGCTA-GAAATAGGAA---TGATTTAAACC-TTTCGTGTATA-----------GTTTGG-TGAG-------TTGACCGGT-GTGTTCCATGGACCA-CATGT------------------ACC------------------AGCCAATCAAAT--ATCCACATGAAAGGGCTTGTGC---------G-TATT-TT---C-------A----------G---------GGAGATAATGA-A---------A-GCT--TGATTGGTTTGTTTACAAGCAAC-AGCTCCATT-AAATGTCACA--GTGAAA----------TATTGTTG-----TA-TG----T-GGTG-TCG---GA-CCTATATAA-ACT---AGAC-------GTTTTGAC-------CAGA--------------G-A--------------------------A------AG-------------------G-------------AATC------TTATGGAGTGGGCACTC-ACTCTGGTCTGTAGCTTGG-CACCTTGCT--ATCTATTGCTAAGT-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACTACGTGTTTGTTCC-AAG-TATTGCCATAGTAcat
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gi|9 : GTTATCAC-TACACATT---CA-T-AATCATCC-TCCGTCTC-TTACTA-GGAAATGAC-------TTTACACAATCTCGTATGTATCGTTA--AATGTTT---TGAGGGCTTGTTTGATGGATCGTGTCCCCCAGATCA-CATGTCCAGGAACAGGTCAAAGAACAGTCGTAC----TCAAAGTAGCCAGTCAAAC--GTACGCACGAATG---TTATTC---------ATAATT-CC---C-------AAAGAGATAATG---------A-----------A---------A-GCT--TGGTTGAGCTTTTTACGAATTAG-A----------AA-ATCACA--ATGATA----------TATTGCTG---------A----G-GGTG-AGG---GAATGTTTATAA-TCT---GG-A-------CATTTGGCTAGA---CAGA--------------GCA--------------------------ATCTCGGAG-------------------T--G----------AGTCT----CATAAGGGGAAAG-C----ACTCGGGCATGTCGCT-AGTCACGT-GCT--ATATGTTGCTA-GA-ATT-AAAAGTACTATTTG-T-AAACCACGTGTTTGTTTT-AAGTCATTGTCGTTGTAGCAC
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Reference ( family-7275 ) : TGTTAATATCGG-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTGA----------------GAAACT--GGTC-CAGGTC-----AAC---C---T---GCTC----C-------ATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCTA-GAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT---GTA-C---TTGAAG-G--------TTTNG---ATG-AG-----TTGACCGGT-GTGTTCCACGGANC-ACATGT------------------ACC--GCCATGCTCNAAGCAGCCAATCAAACGTCCACATGAA-AGGGCTCGTG--CATA----TTT--------TC---AG---------GG---------A---------AGCTTGA----T--TGATTTG----TTTAC--AAGTTAG-AGCTCCATT-AAA-GTCACA--ATGAAA----------TATTGTTGTACG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGNGGG----NACTC----TGGTCTGTCGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-AAGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
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originalCons : TGTTAATATCGG-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----AAC---C---T---GCTC----C-------ATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT---GTA-C---TTGAAG-G--------TTTNG---ATG-AG-----TTGACCGGT-GTGTTCCACGGANC-ACATGT------------------ACC--GCCATGCTCNAAGCAGCCAATCAAACGTCCGCATGAAA--GGGCTCGTG--CGTA----TTT--------TC-----AG---------GG---------A---------AGCTTGA----T--TGATTTG----TTTAC--GAGTTAG-AGCTCCATT-AAA-GTCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTACG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGNGGG----CACT----CTGGTCTGTCGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-AAGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
finalCons : TGTTAATATCGG-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----AAC---C---T---GCTCC-----------ATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT---GTATTGAAG---------------TTTNG---ATG-AG-----TTGACCGGT-GTGTTCCACGGANC-ACATGT------------------ACC--GCCATGCTCNAAGCAGCCAATCAAACGTCCGCATGAAA--GGGCTCGTG--CGTA----TTTTCAGGGAGATAATGAA-------------------------------AGCTTGA----T--TGATTTG----TTTAC--GAGTTAN-AGCTCCATT-AAA-GTCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTACG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGNGGG----CACT----CTGGTCTGTCGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-AAGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TACCAATCTTAACCTTATCAATAAATTAGGTCAAGCTTG
Unaligned ( gi|23 ): CGTAGGCCGTATGTTCGAGTTCCACTGCTTTT
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consensus : TGTTAATATCGG-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----AAC---C---T---GCTC-------CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-GTA----TTG---AA--G---------TTTNG---ATG-AG-----TTGACCGGT-GT--GTTCCACGGANC-ACATGT------------------ACC--GCCATGCTCNAAGCAGCCAATCAAACGTCCGCATGAAA--GGGCTCGTGCGT-A----T-TT-TC-AGG---GAGATAATGAAAGCT--TGATTGANTTGTTTAC--AAGTTA-N-AGCTCCATT-AAA-GTCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTACG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGNGGG----CACT----CTGGTCTGTCGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-AAGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
Reference ( family-7275 ) : TGTTAATATCGG-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----AAC---C---T---GCTC-------CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-GTA----TTG---AA--G---------TTTNG---ATG-AG-----TTGACCGGT-GT--GTTCCACGGANC-ACATGT------------------ACC--GCCATGCTCNAAGCAGCCAATCAAACGTCCGCATGAAA--GGGCTCGTGCGT-A----T-TT-TC-AGG---GAGATAATGAAAGCT--TGATTGATTTGTTTAC--GAGTTA-N-AGCTCCATT-AAA-GTCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTACG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGNGGG----CACT----CTGGTCTGTCGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-AAGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
gi|1 : TGTTAATATCGA-TCA-TCA---TG-TT-ACTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CGGGTC-----AAC---C---T---GTTCGATC---CATGTC--GGTCAGGCTTTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----AT-C-AGCGTG-TTGCT-AAAAAGTGGCA---TTATTAAAACT-TCTTGTGT-ATAGCG-TTG---AA--GG--------TTTTG---ATG-AG-----TCGACCGAT-GT--ATCCCACGTAAC-ACATGT------------------ACC--GCCATACTCCAAGAAGTCAATCAAATGTCCACATGAAA--GGGCTCGTGCGT-A----T-CTATG-AAATATGAGATAATGAAAGCT--TAATTGATTTGTTTAC--AAGTTAGC-ATCTCCGTT-ACA-GTCACG--ATGAAACATCATCGTTCATTATTGTTCG----------C-GATGTTGG---GGGCTT-TATAACACTTT---------------AGCCAGTCTGAT----CAGACTTGGGCAGATTCGG-AC------A-G-------------------TCTCTTAAGGAGAGTC----TCATA-------CGG--------------AGGGGGCACTCACT----CTGGTCTGCAGCG--TGGC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCGAAAA-AAT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACAACGTGTTTGTTCT-AGGT-A-TTGCCATAGTAGTAC
gi|10 : gGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----TTAG----CC-CCAGCATG-TTGCC-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-ATA--------------G---------TTTAG----TG-AG-----TTGAGCGGT-GT--GTTCTATGGACC-AAATGT------------------GCC--GCCATGCTCAAAGCAGTCAATCATGCATTCTCATGAAA--GGGCTCATGCAT-A----T-TT-TC-AAT---GAGATAATGAACACT--TGATTGATTTGTTTAC--AAGCTA-C-AGCTCCATT-AAAGGTCACA--ATGACA----------TATATTTGTATG----------T-GGTA-C-C---GGGCATATATAA-AC--T---------------AGGCATTTTGAC----CAGA--------------G-AG------G-G--------------------C----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGTGGG----CACT----CTGGTCTGTCGCT--TGG--ACTTTGAT--ATATGTTGC------ATT--AAAGTACTGTTTT-TAAAACCACGTGTTTGTCTG-AAGT-A-ATACCATAGTAGTACa
gi|11 : -----TTGGTCA-----T-AA----AC-TCTGTCTG-TTGAT-AGAAAGT--CA---C------------TTCGTGT--T-----TTG---C-------------CTTTG---AAA-AG-----TTA--CGAT-TTTTGT----CGG-TC-AGA-AT------------------CCA--GTCATCCTCAAAGTAGCCAATCAAATGAAAGTACGTAA--GG--TCGTGCAT-C----T-TT-TCCAGG---GAGATAATGAATGCT--TGAATGAGTTG---------------------CATT-AAA-GTCACT--ATGAAA----------TATTATTGTTCG----------T-GATG-
gi|12 : G---GAGATAATAAAAGCT--CGATTGATTTGTTTAC--AAGTTA-GCAGCTCCATTCAAA-ACCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTATG----------T-GGTG-TGG---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCATA-------CGG--------------AGGGAG----CACT----CTGGTCTGTAGCT--TGGC-AACTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTATTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTTT-ACAT-A-TTGCCGTAGTAGTAcatatatttggcatacgattaattaaagcatagcaaagaaa
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gi|14 : AGATAATAAAAGCT--TGATTGAGCTGTTTAC--AAATTA-GGAACTCCACT-AAA-GTCACA--ATGAAA----------TACTGTTA-ACG----------T-GACG-TGGCACGG---TTTATAA-AC--T---------------GGA-GATTTAACGGGACAGG--------------G-CA--------G-------------------TCTCACACAG--AGTC----TCATA-------CAG--------------AGAAAG----TACT----CTGGTCTGTCGCT--AGCC-AC-TTGCT--ATCTGTTGCT-AGA-ATTAAAAAGTACTATTTG-TAAAA----GT-------------C-A-TTGCCATGGTAGTAC
gi|15 : -------------------TC----------AGTCATAATCTTA-------CGG--------------AGAGGG----AACT----CTGGTCTGTAGTT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTTCTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACCACGTGTTTGTTCT-TAGT-T-CTGCCATAGTAGTACa
gi|16 : tctataaactggacacttagccagtctggcaaacttggccagactcggacagagactcagagagggagtttcgaacgcagtcTGCTAATATCGG-TCAGTCAACATG-TT-ACTAATGTATAACG------------------AA-CT-GGTA-CAGGAC-----AAC---T---T---GCCC-------CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTGGCCAT----T-AA----CC-CAAGCATG-TTGCT-AGAAAGTTGCA---AGAATTAAACC-GTTTGTAT-GT------------A--G---------TTTTG----TG-AG-----TTGACCGGT-GT--GTTCCATGGACC-ACATGT------------------GCC--GCCATGCTCTAACCAaa
gi|17 : gTGTTAATATCAT-TTA-ACT---TG-TTTACTAAAGTGTATTG------------------AATTTAGGTTACA-GTG-----AAA---C---TATAGTTCATATATTGATGTGTAGGTAAAAGTGTGTG-CGT---CAC-C-----TT--CCC-----T-AG----TC-TTATCGT-----CC----AAGTGAGT---TGATTTACACA-GCTC-------------TG---AAG-G---------TTTTG---ATC-AG-----TTGACTGTT-GT--GTTC
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gi|20 : TCGCTAGTAGCCATCT-GCT--ATCTGTTGCTA-GA-CTT-AAAAGTATTATTTG-T-AAACCATGTGTTTGTTTTCAAGT-T-TTGACGTTGTAGCAC
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gi|5 : GTTAATATCAAATTA-TCA---TG-CA-ACTTATGTGTACTG------------------TAACT-GATC-CACGTCCCAGAAAC---T---A---GCAC------------A--GGTCAGTCTGTAC--CATATATAT-T-----GTAACTAAACTAT-AA----AC-TCGGTACGATTGCT--GATAG-AACACCTTGATTTATACA-CTTCGTGT-GTACCTTTTG---AA--AGCTTACGAATTTCGCCCATACAA-----TTAACATGG-GA--GTTGC-CGG-TT-AGA---------------------ACCAAGACATCATCAAGGGAGCCAATC--------GGATGGAACGGGGAACGTG-GTCA----TCTT-TC-CTG---GAGAT--TGAAACCT--TGATGGGAACATTTACTGGAGG-A-A-GGGTCAGTT-AAA-GTCGCA--ATAAAA----------TATTGTCGTTTT----------TTAGTG-TGG---GG-CCTTTATCA-AC--T---------------GGACACTTTAGT----TATT--------------G-AG------A-G-------------------GC----------AGTC----T-------------G--------------AG---G----AACT----CTGGTCTGTCACT--TGAC-ACCTTGCT--ATCTGTTGCTAAGA-ATC-AAAAGTACTAATTG-TAAAACCATGTGTTTGTTCT-AAGT-A-TTGCAATAGTAGTA
gi|6 : TGTTAATATCAG-TCA-ACA---TG-TT-ACTAATGTATAACG------------------AA-CT-GGTA-CAGGAC-----AAC---T---T---GCCC-------CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----TTAA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AAAAAGTTGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-GTA--------------G---------TTTGG----TG-AG-----TCAACCGGC-GT--GTTCCGTGGGCC-ACATGT------------------GCT--GCCATGCTCTAACCAGTCAGTCAAACGTCCACATGAAA--GGGCCCATGCGT-G----A-TT-TC-GGG---GGGATAATGAAAGCT--TTATTGATTTGTTTAC------CA-A-A-------T-AAATGTCACA--TTGAAA----------TATTGTTGTAAG----------T-GGTG-C-T---GGGCCTATATAA-AT--T---------------AAGCGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G--------------------C----------AGTC----TCTTA-------CGG--------------AGTGGG----TACT----CTGGTCTGTCACT--TGGC-ATATTGCTAAAT-TGTTGCTAAGA-ATT--AAAGTACTGTTTGTTAAAACCACGTGTTTGTCTT-AAGT-AGTTGTCATGGT
gi|7 : gTGTTAATATCAG-TCA-TCA---TG-TT-ACTTATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----GAC---C---T---ACTC-------CATGTG--GGTCAGGCTGTACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----TTAA----CC-CCAGCATT-TTGCT-AGAAATAGGAA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-ATA--------------G---------TTTGG----TG-AG-----TTGACCGGT-GT--GTTCCATGGACC-ACATGT------------------ACC----------------AGCCAATCAAATATCCACATGAAA--GGGCTTGTGCGT-A----T-TT-TC-AGG---GAGATAATGAAAGCT--TGATTGGTTTGTTTAC--AAGCAA-C-AGCTCCATT-AAATGTCACA--GTGAAA----------TATTGTTGTATG----------T-GGTG-TCG---GA-CCTATATAA-AC--T---------------AGACGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------G-----------AATC----TTAT---------GG--------------AGTGGG----CACTCACTCTGGTCTGTAGCT--TGGC-ACCTTGCT--ATCTATTGCTAAGT-ATT-AAAAGTACTATTTG-TAAAACTACGTGTTTGTTCC-AAGT-A-TTGCCATAGTA
gi|8 : TGTTAATATAGG-TCA-TCA---TG-TT-TCTAATGTGTATTG------------------AAACT-GGTC-CAGGTC-----AAC---A---T---GCTC-------CATGTG--GGTCAAGCTATACGTCAT---CAC-T-----TTAGCCA-----T-AA----CC-CCAGCATG-TTGCT-AGAAAGTGGCA---TGATTTAAACC-TTTCGTGT-AT------------A--G---------TTT-G---ATG-AG-----TTGACCAGT-GC--ATTCCACGGAAC-ACATGT------------------ACC--ACCATGCTCTAAGCAGTCAATCAAATGTCTACATGAAA--GAGCTTGTGTGT-A----T-TT-TC-AGG-----GATAATGAAAGCT--TGATTAATTTGTTTAC--AAATTA-C-AGCTCCAGT--AA-GTCACA--GTGAAA----------TA---TTGTATG----------T-GGTG-T-C---GGGCCTATATAA-AC--T---------------GGGTGTTTTGAC----CAGA--------------G-AA------A-G-------------------TC----------AGTC----TCTTA-------CGG--------------AGTGGACACTCACT----CTGGTCTGTAGCT--TGGC-AC--TGCT--ATTTGTTGCTAAGA-ATT-AAAAGTACTA
gi|9 : GTTAT---CAC-TACACATT---CA-----T-AATCATCC-TCCGTCTC-TTACT-AGGAAATGAC-------TTTACACAATCTCGTAT-GTA----TCGTTAAAT-G---------TTTTG---A-G-GGCTTGTTTGATGGATCGT--GTCCCCCAGATC-ACATGTCCAGGAACAGGTCAAAGAACA--GTCGTACTCAAAGTAGCCAGTCAAACGTACGCACGAAT--G---TTATTCAT-AA---T-TC-CC-AAA---GAGATAATGAAAGCT--TGGTTGAGCTTTTTAC--GAATTA-G-----------AAA-ATCACA--ATGATA----------TATTGCTG---A----------G-GGTG-AGG---GAATGTTTATAA-TC--T---------------GGACA-TTTGGCTAGACAGA--------------GCAATCTCGGA-G-------------------TG----------AGTC----TCATA-------AGG--------------GGAAAG----CACT----CGGGCATGTCGCT--AGTC-A-CGTGCT--ATATGTTGCT-AGA-ATT-AAAAGTACTATTTG-T-AAACCACGTGTTTGTTTT-AAGTCA-TTGTCGTTGTAGCACcat
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