lowQualScore                  :                       1                                                                                 111                            
lowQualScore                  :                22     5          1 2   888   44    1     22   555      222   7   6666    22 6666        888     22                     
lowQualScore                  :                ..     .          . .   ...   ..    .     ..   ...      ...   .   ....    .. ....        ...     ..                     
lowQualScore                  :                66     6          6 1   222   44    6     22   777      888   9   2222    44 3333        222     66                     
consensus                     :           TATGT--ATGTTTATTGTTGCCA-AATTTT--ATT--AAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
Reference ( gi|7 )            :           TATGT--ATGTTAATTGTTGCCA-AATTTG--ATT--AAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGCTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGATTGTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|5                          :           TATGT--ATGTTTATTGTTGCCA-ATTTTG--ATT--AAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACTTCAGCA--TTTTTAAAGTACCTCAGCGT
gi|4                          :          aTATGT--ATGTTTATTGTTGCCA-AATTCG--ATT--AAAA-TTAAT--AAAGAAACGAAAC--TTGTTTA--T-TGTT--A-G--AAATCTGACTTTTGTG--TCTTTAAAATCCCTCAGTGT
gi|1                          :          aTATGA--ATGTTCATTGTTGCTA-AATTTG--ATG--AAAA-T-GAT--AA-T--AAAAAAA--ATGTTTA--T-TTTTTTATG--ATATCTGACTATTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|3                          :        atgTATGT--ATGATTATTGCTGCCA-A-TTTC--ATT--AAAA-TTGAT--CAAT--ACAAAAC--TTGTTTATTT-TTTT--ATA--AAATCTGACTTTTATT--TGTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|19                         :         taTACGT--ATGTTTATTGCTGCCA-A--TTG--TTTTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|17                         :          aTACGT--ATGTTTATTGCTGCCA-A--TTG--TTTTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGCctcagggtat
gi|22                         :         taTATGT--ATGTTTGTTGTTTCCA-AATTTG--ATA--AAAA-TTGAT--AAAT--AC--------------------------G--AAATCTGACT-TTGCG--TATTTAAAATCCCTCAGTGctcagggtat
gi|11                         :       taatTATGT--ATATTTATTGCTACCC-ATTTTTTTATT--AAAG-TTGAT--AACT--ACAAAAC--CAGTTTA--T-TTTA--ACG--AAATCCGACTTTTGC-----------GTCCCTCAGTATAc
gi|12                         :         taTACGG--ATGTTTATTGCTGCCG-AATTTT--ATT--AAAA-TTGATACAAAA--AAAAAA-------TTA--A-ATTT--ACA--AAGTCCGA-CG--GCG--TTATTAAGGTCTCTCA
gi|24                         :         taTGTGA--ATGATTATTGCTGTCA-AATTTT--ATT--AAAG-TTGAT--TAA----CAA-------------------T--A-A--AAGTTCGACTTTTGCG--TTTT-AAAGTCCCTCAGTGTtt
gi|21                         :           TGTGA--ATGTTTATTTATGC-A-AATTTT--ATT--AAAA-TTGTT--AAAA--AAGAAAC--TTGTTT----------------GAGTCCAACTTTTACA--TTTTTAAAGT
gi|23                         :         tgTATGTGGATGTTTAT-GTTGCCACAATTT---ATT--AAAA-CTGGT--GAACG-ATAAAGT--CT--TTA----TTTT--ACA--AAGTCCTAC--TTGCG--TTTtttca
gi|8                          :            ATAT--ATGTTTATTGTTGCCA-AATTTG--ATT--AAAA-CTGAT--AAAT--ACAGAAC--GTGTTTA--T-TTTA--ACA--AAATCTGACTTTTG-A--TTTTTTAAGTCCCTCAGTGTaa
gi|2                          :             TGT--ATGTTTATTGTTGCCA-ATTTTG--ATT--AAAA-TTTAT--AAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-CTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGCG--TTTTTAAACTCCCTCAGTG
gi|10                         :       taatttTAT--ATGTTTATTGTTGCCA-ATTTTT--ATC--AAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTCT--AAG--AAATCTGACTTTTGGG--TTTGTAAAGTCCCTCAGTG
gi|14                         :             TGT--ATGTCTATT-TTGCCA-ATTTTT--ATT--AAAA-TTGAT--TAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-TTTT--AC---------GACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|18                         :          gttTGG--ATGTTCATTGTTACCA-AATTTT--ATT-----------------------------TTATTTA--T-TT------GGTAAGTCCCACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCGCTCGGTGTA
gi|25                         : ggtttaggtgccacT--ATGTTTGTTGCTGCCA-AATTTG--ATA--AAAAATTTAA--AAAT--ATAAAA----------------------------TCTGACTTTTGCG--TTTTTAATGTCCCTTAGTGTA
gi|9                          :               a--ATGTTTATTGTTGTCA-AATTTT--ATT--AAAA-CTGAT--TGAT---CAAAAC--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCGACAATTGCG--TGTTT-ACGTCCCTCAGTGT
gi|13                         :           tgttg--ATATTTATTGTTACCA-AATTTT--ATT--AAAG-TTAAT--AAAC--AAGAAAC--TTGTTTT--TATTTT--ACA--AAGTCAGACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCCCT
gi|6                          :             cgg--ATGTTTATTGTAGGAA-AATTTT--ATT--AAAA-TTGAC--AGA----CAAAACATTTGTTTA--T-TTA---ACA--AAGTCCGACCATTGCG--TTTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|16                         :             tacattgGTTA-TTGTTGCCA-GATTTG--ATC--AAAA-TTAAT--AAAT--ACCAGAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACGTTTTCT--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|15                         :                        ATTGTTGCCA-AATGTT--AAC--AGAA-CTGAT--AAAC--AAGAAAC--TCGTTTA--T-TT
gi|26                         :          tatttggatgctcatTTGTTGCCA-AATTTT--ATT--AAAA-TTGAT--AATC--AAGAAAC--TTgcaatgtccggctttttcttcagtgtttat
gi|20                         :                           GTTGTTA-AATTTT--GTT--AAAA-TAGAT--AAGC--AAGAAAT--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAATCCAACCATTGCGTTTTTTTAAAGTCCCTCAGTG





Alignments
lowQualScore                  :                    22     22                 22       1     22   666      333       9999    22 4444         0      22                     
lowQualScore                  :                    ..     ..                 ..       .     ..   ...      ...       ....    .. ....         .      ..                     
lowQualScore                  :                    44     33                 11       5     11   111      666       5555    22 9999         1      55                     
consensus                     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
Reference ( family-7266 )     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|1                          :               TATGA--ATGTT--CATTGTTGCTAAATTTG--ATGAAAA-T-GAT--AA-T--AAAAAAA--ATGTTTA--T-TTTTTTATG--ATATCTGACTATTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|10                         :              atgTAT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTT--ATCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTCT--AAG--AAATCTGACTTTTGGG--TTTGTAAAGTCCCTCAGTG
gi|11                         :               TATGT--ATATT--TATTGCTACCCATTTTTTTATTAAAG-TTGAT--AACT--ACAAAAC--CAGTTTA--T-TTTA--ACG--AAATCCGACTTTTGC-----------GTCCCTCAGTATA
gi|12                         :             taTACGG--ATGTT--TATTGCTGCCGAATTTT--ATTAAAA-TTGATACAAAA--AAAAAA-------TTA--A-ATTT--ACA--AAGTCCGAC---GGCG--TTATTAAGGTCTCTCA
gi|13                         :                  ta--ATATT--TATTGTTACCAAATTTT--ATTAAAG-TTAAT--AAAC--AAGAAAC--TTGTTTT--TATTTT--ACA--AAGTCAGACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCCCTtt
gi|14                         :              cggTGT--ATGTC--TATT-TTGCCAATTTTT--ATTAAAA-TTGAT--TAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-TTTT--A---------CGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|15                         :              gttTGG--ATGCTCATATTGTTGCCAAATGTT--AACAGAA-CTGAT--AAAC--AAGAAAC--TCGTTTA-----TTT--GCA--ATGTCCGGCTTTT
gi|16                         :                      tattT--TATTGTTGCCAGATTTG--ATCAAAA-TTAAT--AAAT--ACCAGAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACGTTTTCT--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTtcttcagtgtttat
gi|17                         :              gTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|18                         :               taTGG--ATGTT--CATTGTTACCAAATTTT--ATT---------------------------TTATTTA--T-TT------GGTAAGTCCCACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCGCTCGGTGTActcagggtat
gi|19                         : ggtttaggtgccacTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|2                          :                aTGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTTAT--AAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-CTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGCG--TTTTTAAACTCCCTCAGTGctcagggtat
gi|20                         :                           taatttGTTGTTAAATTTT--GTTAAAA-TAGAT--AAGC--AAGAAAT--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAATCCAACCATTGCGTTTTTTTAAAGTCCCTCAGTG
gi|21                         :            tgaTGTGA--ATGTT--TATTTATGC-AAATTTT--ATTAAAA-TTGTT--AAAA--AAGAAAC--TTGTTT----------------GAGTCCAACTTTTACA--TTTTTAAAGT
gi|22                         :             tgTATGT--ATGTT--TGTTGTTTCCAAATTTG--ATAAAAA-TTGAT--AAA--------------------------T--ACG--AAATCTGAC-TTTGCG--TATTTAAAATCCCTCAGTGtttca
gi|23                         :           taatTATGTGGATGTT--TAT-GTTGCCACAATTT--ATTAAAA-CTGGT--GAACG-ATAAAG----TCTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCTAC--TTGCG--TTTc
gi|24                         :               TGTGA--ATGAT--TATTGCTGTCAAATTTT--ATTAAAG-TTGAT--TAA----CAA-------------------T--A-A--AAGTTCGACTTTTGCG--TTTT-AAAGTCCCTCAGTGTaa
gi|25                         :                   T--ATGTT--TGTTGCTGCCAAATTTG--ATAAAAAATTTAA--AAAT--ATAAAA----------------------------TCTGACTTTTGCG--TTTTTAATGTCCCTTAGTGTA
gi|26                         :                              aTTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AATC--AAGAAAC--TT
gi|3                          :               TATGT--ATGAT--TATTGCTGCCAA-TTTC--ATTAAAA-TTGAT--CAAT--ACAAAAC--TTGTTTATTT-TTTT--ATA--AAATCTGACTTTTATT--TGTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|4                          :             taTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTCG--ATTAAAA-TTAAT--AAAGAAACGAAAC--TTGTTTA--T-TGTT--A-G--AAATCTGACTTTTGTG--TCTTTAAAATCCCTCAGTGT
gi|5                          :              aTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACTTCAGCA--TTTTTAAAGTACCTCAGCGT
gi|6                          :                   a--ATGTT--TATTGTAGGAAAATTTT--ATTAAAA-TTGAC--AG----ACAAAACATTTGTTTA----TTTA--ACA--AAGTCCGACCATTGCG--TTTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|7                          :        tacattgTATGT--ATGTT--AATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGCTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGATTGTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|8                          :                ATAT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-CTGAT--AAAT--ACAGAAC--GTGTTTA--T-TTTA--ACA--AAATCTGACTTTTG-A--TTTTTTAAGTCCCTCAGTGT
gi|9                          :                    --ATGTT--TATTGTTGTCAAATTTT--ATTAAAA-CTGAT--TGAT---CAAAAC--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCGACAATTGCG--TGTTT-ACGTCCCTCAGTGT





Alignments
lowQualScore                  :                    22     22                 22       1     22   666      333       9999    22 4444         0      22                     
lowQualScore                  :                    ..     ..                 ..       .     ..   ...      ...       ....    .. ....         .      ..                     
lowQualScore                  :                    44     33                 11       5     11   111      666       5555    22 9999         1      55                     
consensus                     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
Reference ( family-7266 )     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|1                          :               TATGA--ATGTT--CATTGTTGCTAAATTTG--ATGAAAA-T-GAT--AA-T--AAAAAAA--ATGTTTA--T-TTTTTTATG--ATATCTGACTATTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|10                         :              atgTAT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTT--ATCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTCT--AAG--AAATCTGACTTTTGGG--TTTGTAAAGTCCCTCAGTG
gi|11                         :               TATGT--ATATT--TATTGCTACCCATTTTTTTATTAAAG-TTGAT--AACT--ACAAAAC--CAGTTTA--T-TTTA--ACG--AAATCCGACTTTTGC-----------GTCCCTCAGTATA
gi|12                         :             taTACGG--ATGTT--TATTGCTGCCGAATTTT--ATTAAAA-TTGATACAAAA--AAAAAA-------TTA--A-ATTT--ACA--AAGTCCGAC---GGCG--TTATTAAGGTCTCTCA
gi|13                         :                  ta--ATATT--TATTGTTACCAAATTTT--ATTAAAG-TTAAT--AAAC--AAGAAAC--TTGTTTT--TATTTT--ACA--AAGTCAGACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCCCTtt
gi|14                         :              cggTGT--ATGTC--TATT-TTGCCAATTTTT--ATTAAAA-TTGAT--TAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-TTTT--A---------CGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|15                         :              gttTGG--ATGCTCATATTGTTGCCAAATGTT--AACAGAA-CTGAT--AAAC--AAGAAAC--TCGTTTA-----TTT--GCA--ATGTCCGGCTTTT
gi|16                         :                      tattT--TATTGTTGCCAGATTTG--ATCAAAA-TTAAT--AAAT--ACCAGAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACGTTTTCT--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTtcttcagtgtttat
gi|17                         :              gTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|18                         :               taTGG--ATGTT--CATTGTTACCAAATTTT--ATT---------------------------TTATTTA--T-TT------GGTAAGTCCCACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCGCTCGGTGTActcagggtat
gi|19                         : ggtttaggtgccacTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|2                          :                aTGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTTAT--AAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-CTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGCG--TTTTTAAACTCCCTCAGTGctcagggtat
gi|20                         :                           taatttGTTGTTAAATTTT--GTTAAAA-TAGAT--AAGC--AAGAAAT--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAATCCAACCATTGCGTTTTTTTAAAGTCCCTCAGTG
gi|21                         :            tgaTGTGA--ATGTT--TATTTATGC-AAATTTT--ATTAAAA-TTGTT--AAAA--AAGAAAC--TTGTTT----------------GAGTCCAACTTTTACA--TTTTTAAAGT
gi|22                         :             tgTATGT--ATGTT--TGTTGTTTCCAAATTTG--ATAAAAA-TTGAT--AAA--------------------------T--ACG--AAATCTGAC-TTTGCG--TATTTAAAATCCCTCAGTGtttca
gi|23                         :           taatTATGTGGATGTT--TAT-GTTGCCACAATTT--ATTAAAA-CTGGT--GAACG-ATAAAG----TCTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCTAC--TTGCG--TTTc
gi|24                         :               TGTGA--ATGAT--TATTGCTGTCAAATTTT--ATTAAAG-TTGAT--TAA----CAA-------------------T--A-A--AAGTTCGACTTTTGCG--TTTT-AAAGTCCCTCAGTGTaa
gi|25                         :                   T--ATGTT--TGTTGCTGCCAAATTTG--ATAAAAAATTTAA--AAAT--ATAAAA----------------------------TCTGACTTTTGCG--TTTTTAATGTCCCTTAGTGTA
gi|26                         :                              aTTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AATC--AAGAAAC--TT
gi|3                          :               TATGT--ATGAT--TATTGCTGCCAA-TTTC--ATTAAAA-TTGAT--CAAT--ACAAAAC--TTGTTTATTT-TTTT--ATA--AAATCTGACTTTTATT--TGTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|4                          :             taTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTCG--ATTAAAA-TTAAT--AAAGAAACGAAAC--TTGTTTA--T-TGTT--A-G--AAATCTGACTTTTGTG--TCTTTAAAATCCCTCAGTGT
gi|5                          :              aTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACTTCAGCA--TTTTTAAAGTACCTCAGCGT
gi|6                          :                   a--ATGTT--TATTGTAGGAAAATTTT--ATTAAAA-TTGAC--AG----ACAAAACATTTGTTTA----TTTA--ACA--AAGTCCGACCATTGCG--TTTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|7                          :        tacattgTATGT--ATGTT--AATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGCTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGATTGTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|8                          :                ATAT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-CTGAT--AAAT--ACAGAAC--GTGTTTA--T-TTTA--ACA--AAATCTGACTTTTG-A--TTTTTTAAGTCCCTCAGTGT
gi|9                          :                    --ATGTT--TATTGTTGTCAAATTTT--ATTAAAA-CTGAT--TGAT---CAAAAC--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCGACAATTGCG--TGTTT-ACGTCCCTCAGTGT


blockSeqs                     :                    GG     CA                 TT       A     AC   GAA      CAT       TTT     .  GGT                 TT
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    CG       C         TA      .  AG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    A        C         A       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    C        C         T       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  AG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    C        T         T       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        T         T       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        T         T       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    C        C         T       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    A        C         T       .  TA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         T       .  AG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    C        C         .       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         .       .  CG                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         .       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        C         .       .  CA                  . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        .         .       .  A                   . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    T        .         .       .  G                   . 
blockSeqs                     :                    .      .                  .        .     .    .        .         .       .  .                     
blockSeqs                     :                           .                  .        .     .    .        .         .       .  .                     
blockSeqs                     :                                              .        .     .    .        .         .       .  .                     
blockSeqs                     :                                              .        .     .    .        .                                          


blockSeqCons                  :                                                                                             **
originalCons                  :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
finalCons                     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA





Alignments
lowQualScore                  :                    22     22                 22       1     22   666      333       9999    22 4444         0      22                     
lowQualScore                  :                    ..     ..                 ..       .     ..   ...      ...       ....    .. ....         .      ..                     
lowQualScore                  :                    44     33                 11       5     11   111      666       5555    22 9999         1      55                     
consensus                     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
Reference ( family-7266 )     :               TATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCCGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|1                          :               TATGA--ATGTT--CATTGTTGCTAAATTTG--ATGAAAA-T-GAT--AA-T--AAAAAAA--ATGTTTA--T-TTTTTTATG--ATATCTGACTATTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|10                         :              atgTAT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTT--ATCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTCT--AAG--AAATCTGACTTTTGGG--TTTGTAAAGTCCCTCAGTG
gi|11                         :               TATGT--ATATT--TATTGCTACCCATTTTTTTATTAAAG-TTGAT--AACT--ACAAAAC--CAGTTTA--T-TTTA--ACG--AAATCCGACTTTTGC-----------GTCCCTCAGTATA
gi|12                         :             taTACGG--ATGTT--TATTGCTGCCGAATTTT--ATTAAAA-TTGATACAAAA--AAAAAA-------TTA--A-ATTT--ACA--AAGTCCGAC---GGCG--TTATTAAGGTCTCTCA
gi|13                         :                  ta--ATATT--TATTGTTACCAAATTTT--ATTAAAG-TTAAT--AAAC--AAGAAAC--TTGTTTT--TATTTT--ACA--AAGTCAGACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCCCTtt
gi|14                         :              cggTGT--ATGTC--TATT-TTGCCAATTTTT--ATTAAAA-TTGAT--TAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-TTTT--A---------CGACTTTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGT
gi|15                         :              gttTGG--ATGCTCATATTGTTGCCAAATGTT--AACAGAA-CTGAT--AAAC--AAGAAAC--TCGTTTA-----TTT--GCA--ATGTCCGGCTTTT
gi|16                         :                      tattT--TATTGTTGCCAGATTTG--ATCAAAA-TTAAT--AAAT--ACCAGAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACGTTTTCT--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTtcttcagtgtttat
gi|17                         :              gTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|18                         :               taTGG--ATGTT--CATTGTTACCAAATTTT--ATT---------------------------TTATTTA--T-TT------GGTAAGTCCCACTTTTGTG--TTTTTAAAGTCGCTCGGTGTActcagggtat
gi|19                         : ggtttaggtgccacTACGT--ATGTT--TATTGCTGCCAATTGTT--TTCAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAT--TTGTTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGC
gi|2                          :                aTGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTTAT--AAAT--ACAAAAC--CTGTTTA--T-CTTT--ACG--AAATCTGACTTTTGCG--TTTTTAAACTCCCTCAGTGctcagggtat
gi|20                         :                           taatttGTTGTTAAATTTT--GTTAAAA-TAGAT--AAGC--AAGAAAT--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAATCCAACCATTGCGTTTTTTTAAAGTCCCTCAGTG
gi|21                         :            tgaTGTGA--ATGTT--TATTTATGC-AAATTTT--ATTAAAA-TTGTT--AAAA--AAGAAAC--TTGTTT----------------GAGTCCAACTTTTACA--TTTTTAAAGT
gi|22                         :             tgTATGT--ATGTT--TGTTGTTTCCAAATTTG--ATAAAAA-TTGAT--AAA--------------------------T--ACG--AAATCTGAC-TTTGCG--TATTTAAAATCCCTCAGTGtttca
gi|23                         :           taatTATGTGGATGTT--TAT-GTTGCCACAATTT--ATTAAAA-CTGGT--GAACG-ATAAAG----TCTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCTAC--TTGCG--TTTc
gi|24                         :               TGTGA--ATGAT--TATTGCTGTCAAATTTT--ATTAAAG-TTGAT--TAA----CAA-------------------T--A-A--AAGTTCGACTTTTGCG--TTTT-AAAGTCCCTCAGTGTaa
gi|25                         :                   T--ATGTT--TGTTGCTGCCAAATTTG--ATAAAAAATTTAA--AAAT--ATAAAA----------------------------TCTGACTTTTGCG--TTTTTAATGTCCCTTAGTGTA
gi|26                         :                              aTTGTTGCCAAATTTT--ATTAAAA-TTGAT--AATC--AAGAAAC--TT
gi|3                          :               TATGT--ATGAT--TATTGCTGCCAA-TTTC--ATTAAAA-TTGAT--CAAT--ACAAAAC--TTGTTTATTT-TTTT--ATA--AAATCTGACTTTTATT--TGTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|4                          :             taTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTCG--ATTAAAA-TTAAT--AAAGAAACGAAAC--TTGTTTA--T-TGTT--A-G--AAATCTGACTTTTGTG--TCTTTAAAATCCCTCAGTGT
gi|5                          :              aTATGT--ATGTT--TATTGTTGCCAATTTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGTTTA--T-TTTT--AAG--AAATCTGACTTCAGCA--TTTTTAAAGTACCTCAGCGT
gi|6                          :                   a--ATGTT--TATTGTAGGAAAATTTT--ATTAAAA-TTGAC--AG----ACAAAACATTTGTTTA----TTTA--ACA--AAGTCCGACCATTGCG--TTTTTAAAGTTCCTCAGTGT
gi|7                          :        tacattgTATGT--ATGTT--AATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-TTGAT--AAAT--ACAAAAC--TTGCTTA--T-TTTT--ACG--AAATCTGATTGTTGCG--TTTTTAAAGTCCCTCAGTGTA
gi|8                          :                ATAT--ATGTT--TATTGTTGCCAAATTTG--ATTAAAA-CTGAT--AAAT--ACAGAAC--GTGTTTA--T-TTTA--ACA--AAATCTGACTTTTG-A--TTTTTTAAGTCCCTCAGTGT
gi|9                          :                    --ATGTT--TATTGTTGTCAAATTTT--ATTAAAA-CTGAT--TGAT---CAAAAC--TTGTTTA----TTTT--ACA--AAGTCCGACAATTGCG--TGTTT-ACGTCCCTCAGTGT