lowQualScore : 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000 2 1 44 3333333333 222 1111 1 1111 11111111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4444444444444444 1 2222 2222222222 11111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666 44
lowQualScore : 00000 0 2 5 6 00 2 6 5 2 5555555555 111 2222 1 0 1111 0 88888888 3 5 000 44 0 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 2 0 0 000 5 44 3333333333333333 6 4 1 0 6 1 99999 8888 9999999999 0 66 0 0 77 33333 777 1 4 11 3333 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 777777 66
lowQualScore : ..... . . . . .. . . . . .......... ... .... . . .... . ........ . . ... .. . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. . . . ... . .. ................ . . . . . . ..... .... .......... . .. . . .. ..... ... . . .. .... . . ................................................................... . ...... ..
lowQualScore : 00000 0 5 0 0 77 5 7 3 2 0000000000 333 5555 2 0 4444 6 99999999 0 7 000 00 9 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5 9 4 000 7 77 5555555555555555 7 0 0 0 5 2 55555 3333 2222222222 3 00 2 7 11 00000 888 9 4 00 9999 4 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 000000 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGG-----TCTCCCGTNGCCGAGTGGTCTAAGGCGCCGTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCNA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGGTGGTTCTACTCAGATTC-----ATTCTG-A-NGTCA-----TTCCT-------CCACCAATAAAACTGG--TA-GCCATATAT-ACNTATAACC-GAAATGT---GTTGAAA----ATGGCGT----TA-AAC--TTC----A--TGAAANANANANAAGAATCTTCAAAAGA---TATTACAG--ATATGNAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATNACGAACTTATTTAACGTCTCTTGNATTGANTGCA-TAT-AT-TCTTTCTGTTACA---AT-GAATG--GG-TTTAA----CGCCATTTTCA---------ACAT--ATTT-CAGGTTATA----TATGGCACT--T--CCAGTTT-ANTGGTG------GAG-------T-CAGANT---GA---ATC------GA---CT--GAGTAGAACCACCGTC---CTT-CCGCAAGTAAC---T------GG-A--A-ACTTTCTCACAT-AANGTTTTTGGANCGAGC-GGGACTC----------GAACCTACGACCTT-AGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGAC---CTATAGGATT-NCGGT--TN-TAG--AC--T----TGAA--T-ANATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
Reference ( gi|1 ) : TAGAAATAACGAGGTATGGATTTGTTACGGAAGAGGGGTGGGGAGCGGGGAGCGTCTTC-GTGGCCGATTGGTCCAAGACACC-TCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTC-----A---TG-A-TGTTA---TATTTCT-------CCTGCAGTAAAAATGG-GTATGCCATATAT-ACATGTAACCTGAAATGT---GTTGAAT----ATGACGA----TA-AAC--TTCA---A--TAAAAAAAAAAAAAAAA-----AAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AACCACATTATTATATCTTCCTGTTACA---ATAGAATG--GG-TTTAA----CGCCATTTTCA---------ACAT--ATTT-CAGGTTATA----TATGGCATT--T--CCCGTTTTCCTGGTA------GA--------T-CAGACT---GA---ATCA-----GA---CT--GAGTAGAACCATCGTC---CTT-CCGCAAGTAAC---T------GG-A--A-ACTTTCTCACAT-AACGTTTTTGGAGCGAGC-AGTACTC----------GAACCTACGACCTT-AGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGAC---CTA-AAGGTT-GTGGT--CC-TAG--AC--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAATTGTAGGCATTTTTCAATCAAAATATCAT
gi|11 : AGCGGG-----TCTTCCGTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
gi|3 : CTCC-ATTGCCAAGTGGTCTTAGGCGCCGTCTCAAGATCACTTACGTCTCACCGCT-AAGGTCATACATTT----------GAGTCTCA-CTCGCTCTAAAAAC-ATTGTGTGAGAAAGTGTGTCC-----TTTACTTGCGG-AAG---G------------CTCAGATTC-----ATTTTG-A-AGTC------TTCCT-------CCACCAATTAAACTGG-ATACGCCATATA-------TAACCTGAAATGT---GTTGAAA----ATGGC---------------------A--TGAAAAAAAAAAAAGAATCTTCAAAAGAagttataataaaacaggattggcggaggaactgttatgaatatatatata
gi|7 : aaaaagtgcactttaatatctaggatgaaactagtcaataaattataaacttatttaacaGAGTGGTATAAGACACTGTCTCAAGGGCTCTTAACTGTCACCACgaccctattgaagattcaaggcaatctataagattcaggtcataggcatttaagtaaagtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|13 : cctagAGACACTGTCTGAACAT-ACTTACCTCTAACCACT-GAGGTaccgtgctggatctgccctctgtagatctataattatggttcattttgtatgtacatgtatatatactttttgtataat
gi|4 : ataACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTC-----A---TATA-TGTTAGTTTGTATCTGAGATTACCTCC---AAAACTGGAGT---CCATGCATAACCTATAAAT--AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCATGCAGTTGAAATATATATAAAAA-----AAA------TATTACAG--ATATGacctaattgctcagtcgtggaaaacccttt
gi|6 : gtctaactataacattatcaccatcACCACTTACCTGTCACCTTT-GATGTCGTTGGTTT----------GCGTTCga
gi|14 : gctATAACATACTTCTCATCGCT-AAGGTAGTAGGTTC----------GAGTaatgatacaattgaccttaaaccagcaggaccctttgaaagtagtatttcgagacgaattaggagtttggttgtttaaatttataaaatgta
gi|5 : CACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTC-----ATTCTG-A-GGTC------TTCCT-------CCACCAGTG--------------CATA----ACATGT--C-----ATGT---GTTGAAA----ATGGTGT----TA-A----TTCC---A--Taattcttctacggaggaccct
gi|18 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaCGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCCTCAA---TG-ATTATTA---CCCTTCT-------CTAACA-T---AGTGG---ATGCCATATAT-AC
gi|9 : CA-----GTTACTTGTGA-ATA---GATGGTGGTTCTAC-CAG
gi|2 : cgctattttctttttataaatggcactgaccccattcccctgaaattaagaaactcaTTACTTGTGG-AAG---GACGGTGGTTCTACTCGGATTT-----ATTCTG-A-GGTC------TTACT-------CCACCAATAAGACTGA-TTAAGTCGTATAG-ATTTATAACCGGAAATAT---GTTGAAA----ATGGCGT----TG-AAC--
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgtttaacgaatatacgtttcttatattaagtgcaatattattccgttatatgaatggaatgaggAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA--GAT------------TCTTTTTTTT------------T------TTTCA----TGCCATTTTCA---------ACAC--ATTT-CAGGTTATA----TATGGCGTA--T--CCAGTTTAATTGGTG------GAGGAAGACTT-CAAAAT---GA---AT------------CT--GAG------------C---CTT-CCGCAAGTAAA----------GG-AC-ACACTTTCTCACAC-AATGTTTTTAGAGCGAGT-GAGACTC----------AAATGTATGACCTT-AGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAAT---CTATAAGATT-CAGGT--CA-TAG--GCATT----TAAG--T-AAAtatgtggattaaattactcatcgacaagttgtaaagtga
gi|2 : TAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATATTAT----TCC-GTTATATGAATGGAATGAGGG-TTCAA----CGCCATTTTCA---------ACAT--ATTT-CCGGTTATAAATCTATACGACT--TAATCAGTCTTATTGGTG------GAG-------T-AAGACCTCAGA---ATAA-----AT---CC--GAGTAGAACCACCGTC---CTT-CCACAAGTAATATGT------GG-ATTA-AATTACTCAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|4 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttTTAT-ATATATTTCAACTGCA----T-GAATT--GT-TATAAGATTCGTCATTTTTATTTAACTTTACATTTATTTATAGGTTATG----CATGG-ACT-----CCAGTTTTGGAGGTAATCTCAGA--------TACAAACT---AACATATAT-----GA---CTTTGAGTAGATCAATCGTCGCTCTT-TT-----TAAC-------------A--A-ACTGTTATACAT-AGAGTCTT--GACTGAGCTAGGACCCCGTGAACTATGAACCCATGAACTTCCGCGGCGAGAGGCAAGTGGTGATGtcgacaagttgtaaagtga
gi|5 : gtctaactataacattatcacCTTTCTGACACA---A----ATG--GA-ATTAA----CACCATTTTCA---------ACAC--ATGA-CATGTTAT---------GCA----------------CTGGTG------GAGGAAGACCT-CAGAAT---GA---ATT------------T--GAGTAGAACCACCAGC---CTT-CTGCAAGCAAC---TTCTGTAGC-A--A-ACTTCCTCACATAAACGTATTTG--TCAAGC-TGGACTC----------AAACCCACAATCTT-AGCAGTGaaaaaatattacagatatgga
gi|19 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctaGAATG--GGGTTCAA----CGACATTTTCA---------ACAT--ATtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|9 : gaag----CGCTATTTTC-----------------TTT-----TTATA----AATGGCACTGAC--CCCATTCCCCTG--A------AA--------T-TAA------GA---AACT-----CA---CT--G-GTAGAACCACCATC---TAT-TCACAAGTAAC---T------G
gi|8 : TATA----TATGGCAT-------CCACT---ATGTTA------GA--------G-AAGGGT---AATA-ATCATTGAGGAAATCT--GAATA-AACCATCACC---CTGACCG-AAGCTAC---T------GGTA--A-ACTT
gi|18 : TCGTA---CTT-CCGTAAGTAAC---T------GA-C--A--------CACAT-AAAAGTTTTGGAACGc
gi|6 : ACGC----------AAACCAACGACATC-AAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTA-GGAGTT--TGGTTGTT-TAA--AT--T----T--A--TAAAATGTA
gi|14 : gctgaACTC----------GAACCTACTACCTT-AGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|12 : CTT----------GGACCTTCAACCTG-ACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTGaattcttctacggaggaccct
gi|13 : ACCTC-AGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|7 : ataCCTA-GGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGAT---CTATAA--TT-ATGGT--TCAT-----T--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGA
gi|11 : --GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA-----AAAC-------AGGATTGGCGG-------AGGAAC--TGTTATGAA--T-ATATATATA
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11111111
lowQualScore : 00000000000 1 4 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333 111 2222 2222 1 2222 555555 11111111 333 22 22 222222 333 4444 111 333 9999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 222222 1 222 77777777 4444 22222 3333 1111 2222222222222222 111 44444444444444444444 11 22 2 1
lowQualScore : 88888888888 1 5 6 6 6 0 3 9 8888888888 1 3 44 2 1 0 1111 3 00000 5 6 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 1 3 555 777 1111 1111 0 1111 111111 1 1 1 1 66666666 555 77 1 77 222222 4 555 2222 1 0 333 777 0 44 3333333333333333333333333333333333333333333333333 0 55 1111 666666 0 444 33 33333333 444 3333 3 3 0 0 11111 6666 1 1 3 3 2 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 333 55555555555555555555 44 99 1 77 0 5
lowQualScore : ........... . . . . . . . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... ............................................................ . .. . . ... ... .... .... . .... ...... . . . . ........ ... .. . .. ...... . ... .... . . ... ... . .. ................................................. . .. .... ...... . ... .. ........ ... .... . . . . ..... .... . . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . ... .................... .. .. . .. . .
lowQualScore : 00000000000 0 0 0 0 0 0 3 0 3333333333 0 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 7 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 66 0 2 222 555 2222 2222 0 7777 777777 0 0 0 0 55555555 000 55 0 55 000000 0 000 5555 0 7 000 777 7 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777 8 55 2222 000000 0 000 55 88888888 555 0000 2 2 2 2 00000 0000 0 0 7 7 4 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 666 44444444444444444444 22 00 0 55 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTC-GTGGCCGATTGGTCCAAGACACC-TCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGTTAT--T--CCTCCNCCAGTAAAACTGG-T--A-G-CCATATAT-ACNTGTAACC-GAAATGT---GT----TGAAAATGGCG----TTA-AA-C--TTCA------TGAAANANANANAAAAA-----AAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACTTAT---ACGTCTCTTNAA--AA-CGCA-----ATATTCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAGT-TT-NCTGGTGGAG-AAGACCTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGAC-A-ACTTTCTCACACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CC-TAG--AC--T----TGAAT--AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGG-----TCTCCCGTNGCCGAGTGGTCTAAGGCGCCGTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGGTCGTGGGTTC----------GAGTCCNA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGGTGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGANGTCAT--T--CCTCCACCAATAAAACTGG-T--A-G-CCATATAT-ACNTATAACC-GAAATGT---GT----TGAAAATGGCG----TTA-AA-C--TTCA------TGAAANANANANAAGAATCTTCAAAAGA---TATTACAG--ATATGNAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATNACGAACTTATTTAACGTCTCTTGNATTGANTGCAT----ATATTCTTTCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAGT-TT-ANTGGTGGAG-------TCAGANTGAATC-GACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCACATAANGTTTTTGGANCGAGCGGGACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NCGGT--TN-TAG--AC--T----TGAAT--ANATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTC-GTGGCCGATTGGTCCAAGACACC-TCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT--------------------GATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGT--ATG-CCATATAT-ACATGTAACCTGAAATGT---GT----TGAATATGACG----ATA-AA-C--TTCAA-----TAAAAAAAAAAAAAAAA-----AAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AACCACATTATTATAT-CTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGT-TTTCCTGGTAGA--------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCACATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CC-TAG--AC--T----TGAAT--AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG-------AGGAAC--TGTTATGAAT--ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACG
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATATa
gi|2 : gTAACGAA--TAT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCA-----ATATTATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAGTCTT-ATTGGTGGAGTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCA
gi|2 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttTTACTTGTGG-AAG---GACGGTGGTTCTACTCGGATTTAT---------------TC--TGAGGTC-T--T--ACTCCACCAATAAGACTGA-TTAA-G-TCGTATAG-ATTTATAACCGGAAATAT---GT----TGAAAATGGCG----TTG-AACC--CTCA------Ttcgacaagttgtaaagtga
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgtttaacgaatatacgtttcttatattaagtgcaatattattccgttatatgaatggaAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA------G---------ATTCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAGT-TTAATTGGTGGAGGAAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGAC-ACACTTTCTCACACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CA-TAG--GCATT----TAAGT--AAAtatgtggattaaattactcatcgacaagttgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGATTA------CCTCC------AAAACTGG----A-GTCCATGCATAACCTATAAAT--AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAA-CAATTCATGCAGTTGAAATATATATAA--------AAAAAA---TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGTC-T--T--CCTCCACCAGTG----------------CATA----ACATGT--C-----ATGT---GT----TGAAAATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTT-TAA--AT--T----T--ATA-AAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTCA-CCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TCAT-----T--T----TGTATGTACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--TTAT--TACCCTTCTCTAACATAG-TGG-A--T-G-CCATATAT-AC
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCATT-CC-CCTGA--AAT-------TAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 444444 333333333 2222 1 22 66666666 333333 11 11 222 1 222 2222 22 222 555555555555555555555 444444444444444444444 2222 222222 1111111 444444444 3333 22222 2222 11 1 1111 2222222222222222 44444444444444444444444444 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1 555555 222222222 0 8888 3 77 88888888 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 22 333 0 888888888888888888888 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 111111111 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 99 44444444444444444444444444 8 1 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . ........................................................... .... . ...... ......... . .... . .. ........ . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . .. ... . ..................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . .. .......................... . . .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 0 000000 777777777 7 3333 3 55 55555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 00 333 7 000000000000000000000 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 222222222 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666666 0 0 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGC-TAAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGTAAAA-T-GG-A-G-CCATATAT-ACATGTAACC--AAATGT---GT----TGAAAATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAAC-TAT---ACGTCTCTTN-A--AAA-CGCA-TAT----TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGC-TAAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCNCCAGTAAAACT-GGTA-G-CCATATAT-ACNTGTAACC-GAAATGT---GT----TGAAAATGGCG----TTA-AAC--TTC-A------TGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACTTAT---ACGTCTCTTN-A--AAA-CGCAATAT----TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACCTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGC-TAAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA--------------------TGATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATG-CCATATAT-ACATGTAACCTGAAATGT---GT----TGAATATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAAC-TAT---ACAGCCCTTC-A--AAACCACATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG------AGGAA-C--TGTTATGAA--T-ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA--TAT---ACGTTTCTTATATTAAG-TGCAATAT----TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTG-A--AGA--------T----TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CATAG--G-CATT----TAAG--T-AAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTT---------GTTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGAT--TA----CCTCC------AAAACT-GG-A-GTCCATGCATAACCTATAAAT--AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTC-ATGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGC-TAAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGT--C-TT--CCTCCACCAGTG--------------CATA----ACATGT--C-----ATGT---GT----TGAAAATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTTTAA--A-T--T----T--A--TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TC-----ATT--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--T--TATTACCCTTCTCTAACATAG-T-GGAT-G-CCATATAT-AC
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 333333 222 2222 2222 1 11 4444444 333333 11 11 222 1 222 2222 1 222 88888888888888888888888 444444444444444444444 2222 222222 1111111 333333333 3333 22222 2222 11 1 1111 2222222222222222 44444444444444444444444444 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 555555 333 8888 8888 3 88 4444444 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 6 3 333 0 11111111111111111111111 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 777777777 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 99 44444444444444444444444444 8 1 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . . ........................................................... . . ...... ... .... .... . .. ....... . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . . . ... . ....................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . .. .......................... . . .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 000000 333 3333 3333 3 55 5555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 7 3 333 7 77777777777777777777777 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 888888888 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666666 0 0 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TCTGA--GGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGGAT--G-CCATATATA-CATGTAACC--AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTN-A--AAAC-CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TCTGA--GGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAAATGGA---G-CCATATATA-CATGTAACC--AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTN-A--AAACGCA-TAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA------------------TGA--TGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATG-CCATATATA-CATGTAACCTGAAATGT---GTTGAA----TATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTC-A--AAAC-CA-CATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG------AGGAA-C--TGTTATGAA--T-ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATAT-------TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTG-A--AGA-------T-------TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CATAG--G-CATT----TAAG--T-AAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATCTGA--GAT--TA-------CCTCCA---AAACTGGA---GTCCATGCATAACCTATAAAT--AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCA-TGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TCTGA--GGT--C-TT--CCTCCACCAGT-G-------------CATA---A-CATGT--C-----ATGT---GTTGAA----AATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTTTAA--A-T--T----T--A--TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TC-----ATT--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATT--T---------------CCTCAATGAT--TATTACCCTTCTCTAAC-ATAGTGGAT--G-CCATATATA-C
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 77777777777777777777 222222222 222222222222222 1 222222 222 2222 2222 1 11 4444444 333333 11 11 222 1 222 2222 1 222 77777777777777777777 444444444444444444444 2222 222222 1111111 333333333 3333 22222 2222 11 1 1111 2222222222222222 44444444444444444444444444 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 66666666666666666666 99 666666666 999999999999999 7 0 666666 7 333 8888 8888 3 88 4444444 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 6 3 333 0 1 88888888888888888888 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 777777777 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 99 44444444444444444444444444 8 1 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . .................... .. ......... ............... . . ...... . ... .... .... . .. ....... . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . . . ... . . .................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . .. .......................... . . .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 55555555555555555555 00 000000000 000000000000000 0 0 777777 3 333 3333 3333 3 55 5555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 7 3 333 7 0 00000000000000000000 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 888888888 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666666 0 0 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C--AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---C-ACAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAACC--AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CCACAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA--------------------TGATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATGCCATATATA-CATGTAACCTGAAATGT---GTTGAA----TATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AA---CCACATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG------AGGAA-C--TGTTATGAA--T-ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATAT-------TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA--GA--------T-------TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CATAG--G-CATT----TAAG--T-AAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGAT--TA-------CCTCCA---AAACTGG--AGTCCATGCATAACCTATAAAT--AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCA-TGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGT--C-TT--CCTCCACCAGT-G------------CATA---A-CATGT---C--A--TGT---GTTGAA----AATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTTTAA--A-T--T----T--A--TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TC-----ATT--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--T--TATTACCCTTCTCTAAC-ATAGTGG--ATGCCATATATA-C
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 77777777777777777777 222222222 222222222222222 1 3333333 222 2222 2222 1 11 4444444 333333 11 11 222 1 222 2222 1 222 99999999999999999999 444444444444444444444 2222 222222 1111111 333333333 3333 22222 2222 11 1 1111 2222222222222222 44444444444444444444444444 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 66666666666666666666 99 666666666 999999999999999 7 0 8888888 7 333 8888 8888 3 88 4444444 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 6 3 333 0 1 88888888888888888888 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 777777777 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 99 44444444444444444444444444 8 1 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . .................... .. ......... ............... . . ....... . ... .... .... . .. ....... . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . . . ... . . .................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . .. .......................... . . .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 55555555555555555555 00 000000000 000000000000000 0 0 3333333 3 333 3333 3333 3 55 5555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 7 3 333 7 0 00000000000000000000 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 888888888 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666666 0 0 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA--------------------TGATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATGCCATATATA-CATGTAA-CCTGAAATGT---GTTGAA----TATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AAC--CA-CATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG------AGGAA-C--TGTTATGAA--T-ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATAT-------TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA--GA--------T-------TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CATAG--G-CATT----TAAG--T-AAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGAT--TA-------CCTCCA---AAACTGG--AGTCCATGCATAACCTATAAAT---AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCA-TGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGT--C-TT--CCTCCACCAGT-G------------CATA---A-CATGT---C---A--TGT---GTTGAA----AATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTTTAA--A-T--T----T--A--TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TC-----ATT--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--T--TATTACCCTTCTCTAAC-ATAGTGG--ATGCCATATATA-C
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 77777777777777777777 222222222 222222222222222 1 3333333 222 2222 2222 1 11 4444444 333333 11 11 222 1 222 2222 1 222 99999999999999999999 444444444444444444444 2222 222222 1111111 333333333 3333 22222 2222 11 1 1111 2222222222222222 44444444444444444444444444 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 66666666666666666666 99 666666666 999999999999999 7 0 8888888 7 333 8888 8888 3 88 4444444 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 6 3 333 0 1 88888888888888888888 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 777777777 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 6666666666666666 1 222 8 3 0 99 44444444444444444444444444 8 1 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . .................... .. ......... ............... . . ....... . ... .... .... . .. ....... . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . . . ... . . .................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................ . ... . . . .. .......................... . . .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 55555555555555555555 00 000000000 000000000000000 0 0 3333333 3 333 3333 3333 3 55 5555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 7 3 333 7 0 00000000000000000000 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 888888888 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 1111111111111111 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666666 0 0 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA--------------------TGATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATGCCATATATA-CATGTAA-CCTGAAATGT---GTTGAA----TATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AAC--CA-CATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTATAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGG------AGGAA-C--TGTTATGAA--T-ATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTG
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-c
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTGTAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATAT-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATAT-------TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA--GA--------T-------TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT-CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGT--CATAG--G-CATT----TAAG--T-AAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGAT--TA-------CCTCCA---AAACTGG--AGTCCATGCATAACCTATAAAT---AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCA-TGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGT--C-TT--CCTCCACCAGT-G------------CATA---A-CATGT---C---A--TGT---GTTGAA----AATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-GA---AAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTTGTTTAA--A-T--T----T--A--TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGT--TC-----ATT--T----TGTATGT-ACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--T--TATTACCCTTCTCTAAC-ATAGTGG--ATGCCATATATA-C
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
blockSeqs : G ATAGTTCACG T G TT C A G TAAC T CAGAA A T AGC C TATATGTTAGTTTGTATC GA TATTACC ACATAGTGGATG C A AAAT A AAA TAAA AATC T AA TGCAGT T T T T . . G . TCT . A . . C T TTA A TTAAGTGCAATAT T ATATGAATGGAATGAGGG CC AATC GACC TCTTA TG GTAAGACC TA CA A T TATGT TTA CG T G G G A T A TTG ACC T TCTG A A AAAGTAGTATTTC A TCT T G GG AGGAACTGTTATGAA A T . . T
blockSeqs : . . A . GT C G . AGGA C . G . . C CTCAA GG CTTC AAACTGGAGT T . C . . . . . . . . G GAT . T CA . TAA TTTAA TG GGAAGACT TG . A T CT CAC . . T A C T G G T . . C . . AAGATTCAAG G CGA . A C TCATAGGCATTTAAG . A
blockSeqs : A . T . . C . . . . . TTC . TA GTG . . . . T TCCC . AAT . . . . A T C A G C . . . . . TTATAATA A TCT . G T TTGTTTAAATTTA . A
blockSeqs : . . . . . T C C G A . . . . . TTGTAAA G . . . A TTCATTTTGTATG . C
blockSeqs : C A A A C . . . . . ATATATA G
blockSeqs : A T C A T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TTATAATA******** TTGAATTTAG****************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTGTAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGT--CCTAG--A-C--T----TGAA--T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-GTTATAATA--------GAGACCTA-TAGGATT-NTGGTTGAATTTAG----------------T-AAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG
Alignments
lowQualScore : 1 5555555555 1 1 1111 22222 111 77777777777777777777 222222222 222222222222222 1 3333333 222 2222 2222 1 11 4444444 333333 11 11 222 1 222 2222 1 222 99999999999999999999 444444444444444444444 2222 222222 1111111 333333333 3333 22222 2222 11 1 1111 22222222222222222 55555555555555555555555 11 1 1
lowQualScore : 0 3 8888888888 3 3 44 2 1 0 1111 3 00000 8 8 444 2 66666666666666666666 99 666666666 999999999999999 7 0 8888888 7 333 8888 8888 3 88 4444444 1 1 1 1 000000 88 1 88 111 5 1 000 3333 0 6 3 333 0 1 88888888888888888888 7 999999999999999999999 0 55 1111 666666 1111111 33 777777777 33 1111 3 3 0 0 11111 9999 88 2 3 1 1 1 0 1 2 888 777 0 4 2222 4 4 99999999999999999 1 222 8 3 0 99 77777777777777777777777 88 5 5
lowQualScore : . . .......... . . .. . . . .... . ..... . . ... . .................... .. ......... ............... . . ....... . ... .... .... . .. ....... . . . . ...... .. . .. ... . . ... .... . . . ... . . .................... . ..................... . .. .... ...... ....... .. ......... .. .... . . . . ..... .... .. . . . . . . . . ... ... . . .... . . ................. . ... . . . .. ....................... .. . .
lowQualScore : 7 3 3333333333 7 3 22 5 2 0 4444 2 00000 2 0 000 5 55555555555555555555 00 000000000 000000000000000 0 0 3333333 3 333 3333 3333 3 55 5555555 0 0 0 0 000000 00 0 55 000 0 0 000 5555 7 7 3 333 7 0 00000000000000000000 3 000000000000000000000 8 55 2222 000000 5555555 55 888888888 55 8888 2 2 2 2 00000 7777 33 0 7 0 0 7 7 0 2 444 000 7 0 5555 0 0 77777777777777777 7 444 0 2 8 00 66666666666666666666666 00 5 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTA-TAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGTC-TA-G----AAT--TT-A---GTAAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
Reference ( family-705 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGACCACTTGCCTCTCGCCGCT-AAGATCGTGGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGNTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCAT---------------TC--TGAGGT--TATT--CCTCCTCCAGT-AAANTGG--ATGCCATATATA-CATGTAA-C---AAATGT---GTTGAA----AATGACG----TTA-AACAATTCAATGCAGTTGAAANANANANAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGNAAAAAGTAAGCACTTTAATATCTAGCGATGGAGCTNGTCGCCAATATCTGAATAACGAACT-AT---ACGTCTCTTNAA--AA---CA-CAT-------TCTTCCTGTTACAAT-GAATGG-------G-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCACT---T--CCAG-T-TT-NCTGGTGGA-G-AAGACTTCAGAATGAATC--ACTGAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA-CA-ACTTTCTCAC--ACAACGTTTTTGGAGCGAGCGGNACTCGAACCTACGACCTNAGCGGTGAGAGGTAAGTGATNTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTA-TAATA----GAGACCTA-TAGGATT-NTGGTT----G----AAT--TT-A---GTAAATGTATATAGTTACATTTTTGTGTAAT
gi|1 : AGCGGGGAGCGTCTTCGTGGCCGATTGGTCCAAGACACCTCTCAAGATCACTTACCTCTCACCGCT-AAGATCGTAGGTTC----------GAGTCCGA-CTCGCTCCAAAAAC-TTTATGTGAGAAAGTTTGCCA-----GTTACTTGCGG-AAG---GACGATGGTTCTACTCAGATTCA--------------------TGATGTTATATT--TCTCCTGCAGTAAAAATGGGTATGCCATATATA-CATGTAA-CCTGAAATGT---GTTGAA----TATGACG----ATA-AAC--TTCAA------TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTACGGCTATATGCAAAAAGTAAGTACTTTAATA---AGCAATGGAGCTTGTCGCCAATATCTGAATAACAAACT-AT---ACAGCCCTTCAA--AAC--CA-CATTATTATATCTTCCTGTTACAATAGAATGG-------G-TTTAACGCCATTTTCAACATATTTCAGGTTATA----TATGGCATT---T--CCCGTT-TT-CCTGGTAGA---------TCAGACTGAATCAGACTGAGTAGAACCATCGTCCTTCCGCAAGTAAC---TGGA--A-ACTTTCTCAC--ATAACGTTTTTGGAGCGAGCAGTACTCGAACCTACGACCTTAGCGGTGAGAGGTAAGTGATGTTGAGACGGC--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAGGA----CCCT-TT-G----TTG-TAATA----GAGACCTA-AAGG-TT-GTGGTCCTA-G----ACT--TG-A---ATAAATGTATATAGTTACATTTTTG-GTAAT
gi|11 : tagaaataacgaggtatggatttgttacggaagaggggtgggg--GCCT---TAGACC-ACTCGGCCACGGAAGA----CCCG-CTAG----TTA-TAATA----AA-----A-CAGGATTGGCGGAG----G----AACTGTT-A----TGAATATATATAtgtaggcatttttcaatcaaaatatcat
gi|12 : CTTGGACCTTCAACCTGACAAGTTAAAGATAAGTGATTGTGAGAC-------------AGACCTAGTAGGTCACGGAGGA----CCTT-TC-A----TTta
gi|13 : ACCTCAGTGGTTAGAGGTAAGT-ATGTTCAGACAGT--GTCTACCTA-ATT-GCTCAGTCGTGGAAAA----CCCT-TT-gc
gi|14 : ataACTCGAACCTACTACCTTAGCGATGAGAAGTATGTTAT
gi|15 : CT---TAGGCC-ACTCGGCCACGGAGGA-----ACG-TT-G----TTG-TAA-A----GAAAaattcttctacggaggaccct
gi|16 : GGC--GCCT---TAAACC-ACTTGGCCACGTATGAC---CCCT-TT-G----ATA-T-ATA----AAGAaaaaaagat
gi|17 : ATATTGTGACGAA--GTCT---TAGACC-ACTTGGCCACGGGTGA----CCCC-CT-G----T
gi|18 : CGTTCCAAAACT-TTTATGTG--------TGTCA-----GTTACTTACGG-AAG---TACGA
gi|19 : AAG-GAATGG-------GGTTCAACGACATTTTCAACATAT
gi|2 : gTAACGAA-T-AT---ACGTTTCTTATATTAAGTGCAATAT-------TATTCC-GTTATA-T-GAATGGAATGAGGG-TTCAACGCCATTTTCAACATATTTCCGGTTATAAATCTATACGACT---TAATCAG-TCTT-ATTGGTGGA-GTAAGACCTCAGAATAAAT----CCGAGTAGAACCACCGTCCTTCCACAAGTAATATGTGGATTA-AATTACTCATCGACAA-GTT
gi|3 : taattgcgcaatgacggtctgttttagtctatttgacattacattttaaattcaatcacatatgcaattgtacacgtcatctcgaatattacgaggaaaataagatcgcaacaataacggaataacaagcaaaacaacaaaaacaaacagttttacaagaacgaatttcgttattttaattattaataattaagcatatggctgtccgaagtatttctcaattgctttgttAAAAAGT--GCACTTTAATATCTAG-GATGAAACTAGTC---AATA----AATTATAAACTTATTTAACATCTTTTGAA--GA--------T-------TCTTTTTTTT---------T-----------TTTCATGCCATTTTCAACACATTTCAGGTTATA----TATGGCGTA---T--CCAG-T-TTAATTGGTGGAGG-AAGACTTCAAAATGAAT----CTGAG------------CCTTCCGCAAGTAAA----GGA-CACACTTTCTCAC--ACAATGTTTTTAGAGCGAGTGAGACTCAAATGTATGACCTTAGCGGTGAGACGTAAGTGATCTTGAGACGGC--GCCT---AAGACC-ACTTGGCAATGGAGGA----CCCTATT-GAAGATT--CAA-G----GCAATCTA-TAAGATT-CAGGTCATAGG----CAT--TTAA---GTAAAgtaaagtga
gi|4 : ACCACTTGCCTCTCGCCGCGGAAGTTCATGGGTTCATAGTTCACGGGGTCCTAGCTCAGTC--AAGAC-TCTATGTATAACAGTTTG---------TTA-----AA-AAGAGCGACGATTGATCTACTCAAAGTCATATATGTTAGTTTGTATC--TGAGAT--TA-------CCTCCA---AAACTGG--AGTCCATGCATAACCTATAAAT---AAATGTAAAGTTAAATAAAAATGACGAATCTTATAACAATTCA-TGCAGTTGAAATATATATAAAAAAAA------TATTACAG--ATATGGAgtgatctcttaaatatagaaaatcac
gi|5 : gtctaactataacattatcaccatcCACTGCT-AAGATTGTGGGTTT----------GAGTCCAG-CTTGA--CAAATACGTTTATGTGAGGAAGTTTGCTACAGAAGTTGCTTGCAG-AAG---GCTGGTGGTTCTACTCAAATTCAT---------------TC--TGAGGT--C-TT--CCTCCACCAGT-G------------CATA---A-CATGT---C---A--TGT---GTTGAA----AATGGTG----TTA-A
gi|6 : attcatcactcttatgttttccgtacatacataaaatgtgttaaaatgccaagctactttctgacacaaatggaaGCTGAACGCAAACCAACGACATCAAAGGTGACAGGTAAGTGGTAATGATACAATTGACCT---TAAACC-A----GC-----AGGA----CCCT-TT-G----AAAGTAGTATTTCGAGACGAATTAGGAGT-TTGGTT----GTTTAAAT--TT-A---TAAAATGTAtgtctccaacttgaaaaaacatcagaatgacatcaac
gi|7 : CCTAGGTGGTGACAGTTAAGAGCCCTTGAGACAGT--GTCT---TATACC-ACTC-ACCGTGCTGGATCTGCCCT-CT-G----T-------------AGATCTA-TA--ATT-ATGGTT----C----ATT--TT-GTATGTACATGTATATA--TAC-TTTTTGTATAAT
gi|8 : AAGTTTACCA-----GTAGCTT-CGGTCAG---GGTGATGGTT-TATTCAGATTTCC---------------TCAATGA--T--TATTACCCTTCTCTAAC-ATAGTGG--ATGCCATATATA-C
gi|9 : CGCTATTTTC------TTT----TTATA----AATGGCACTGACC--CCAT-T-CC-CCTGA-------AA---TTAAGAA--ACTC--ACTG-GTAGAACCACCATCTATTCACAAGTAAC---TG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATCTCAGCAGTGAGACACAAGTAACCATGAGATGGTACACAAGACGACTCGGACACAAGGATTTGATCATATATGAAGAATTAAG