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lowQualScore : . . . . .. . . . .. . . . . . . ... . . . . .. .. . .. . . . . . . . .. .... . . ................ . . . . . ............... .. . ........ . . . . . . . ...................... . .... . . . . . . . ..... .. . . . . . . . .. . ..... . . .. . . . . . ... . ... . . . . . .. . ... . . ...... .. . . . . . . . . ........ . . ......... . . .... . . .... .............. . . . . . . ................. ... ...... .. ........ . . . . . ... . ..................... . . .. .. .... .... ................. . .... ..... . . . . . . . .. . .
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Reference ( gi|5 ) : ACATATTGTTATTACAAGCAAGTGGAAACAAATATATCTTATGATTGTTTTAATATGATGTGTTTATAAAATACCACATCGGCACAGGTAGTACAGTGTTACAAACATAAAGAAGAGTATACCTCCGTGTATGTGCCAAATGCAAATCCTCAATTACA-AAGATTGAT-TCTGATACACGTAAAAATAGCTACATATTTGTAAATATTCCACAGATGACA--GTTTTCCTACTAATTTATTATGGCGTATTGTA-ATATTTCACGTCAACCATGCACTACAATTTAATGCAGAG----AAAAAACAATACGAGTGTAAATATTCGTAAACAGGATTCATCTTATAATGAACTATCCAAACATATTGGACGGAAACACAATTCTGTTTGGAAACATCTTATTATCTTACAGACTGTTCATGCTTAGGTTGTTATATACATCTCATTTACTGAAACGTGTATATGCTTCTAATATAAAATAAAT----------G----ATTTGTTTCGCCACTACCAAGGAATATTCGAAATCAGTTTTGTTCATTT--T-TTT-TTTACTTTC-AAATGTCGAACACACTTAGATGGGTTGAAATATTTTAATGTTGGTAATTGATATCAACGATG----------------------CATGATACA----CATAA-ACCATAGATTTGTCAGGGAAATTATGATTTCTAGCTGACAAGGAGAATAACAAATAAACAACTA-AAA-AATTACTTACTCTGAGTAATGAGGTGTATAACTGTTCGATTCC--TTCCAATTCTGTTTGTAACCTCCAATA----TGTAGTTGGTAAAATCTGTCT-CTTGTATATCAGTTATTTTTAGATGGGCTATACTGCCGTTCAATGTTACATCTTCACCATAGAACTTGGTCATGACTGTCGATATT---TCATATGACACAGT-TGTTCTGTTACTGTTCTGCATTTTTATGCCATCTTGTCTGGTAAAATTTATGCTATA--TGCAGGTGGGTAACTATAAAACGG------AA--CGTTTATCAT-CACATTTCCTGATATTGCGCCCGCAAATGTTATTTCCTCAGCT---AATATTTTTGGTGAAACTA---------AAACAG-AA----A-AC-A----ACA---T----T-TAACCAGTTTATTTG-AAAGAAAAATATGAAATCATATGAATTGAATGTACATATAGTAACCGTTTAAAACATGGTAA-AAAA-ACATAAATTAAATTA-TGTAT--TGTAAC-GTTGAGATTTCCTGAC---ACTA-TCACT---------TTG-TG------TTGCTGGTCAAGTCATCAACAACGATTTTCCTGTAATTGATTAGAGCTGATCAAGGGAATT---------T-----CTTTATATTGCAGTTCTG-----GCTTCTACAAAGACAACAAGTACATCTG-CTATGTCATTAATATTTAAAGTA
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gi|1 : tttacatttgattatagacagtttacatattatggacttatatctatacgtcaatgttttaacaaacattgctttgaactaaacggtaacttttgataatatttaccctcagcacatatggttttgcgaataatttatcaagtgctatttatctttttttgaaatttaaatatcacaattactgaacggatacatgtcttgaatcaagtatctgactcattttaaaagggatataagaacaaggaaagttaaaaagataatagtaactaattatatgtcgcaggtttgtatctacaatcacaattgtttaaataacgaatttaccatttcaaaataatactatcctgtttaatattgtaataaaattgaaaatttgatctgcttcatttcaaataccgttaagaaatacatgtgtatctaagacattatgattaagatagaagaatattcgcttattctatgtatgaacaaaaccatggacacttgatcgcaaagacatatgttaaaacaatttcatttaagtttacctccatgtgtcgtaaagtttaatacatctgtatagggactgcttccgtttacattgaatgcgtagatccggacgtagtattgtgtgcctttcgataatgtgtccaaagtagcattcatttggaatcctgttatattctttccaccaaacacgaatgaattattcatccatagcgctttgtctttacttaactgtatgacaaatatctgattatttccaccgtgaaaaccagctttccaggatacgactacgtcagtttcaccgacttgtctgttgaaacttgtaggcttatatggagcacctgtgtatgtgcaaataataatcttgatcattgtagtgagcaatatcaatgaagtaggattggtataatatgactaagagtttacattgtgtaacagtacttactttaacctaaatcaaattgcttgatatcaatcaaataggaacatatgtatgattttcaccaaccgtaattattgcaatttaatacatacatgcacgtattcaacaatacaagcacgtacaaacacacgtacgtacgtacgtacgtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaacatagatacaaattccgtgtaaatattattcagttttatatgcctaatacacaagtggttccatcaaactaagtcgtctaatatttaaactttaaagttatttctttcacacttcgggacaatcgtcaactggcagtgaacatacacatgctatgtcacagaattacttatatataaagtgaaatttcacagttgatACATATTGTTATTACAAGCAAGTGGAAATGAA
gi|3 : ttttcatctgattttagatagtttacatattacaattgacatatgactatacgtcaatgttctaacaaacattgctaaacggtaacttctaataatatttaccctcagcacatatggttagcgaataattcatcaagtgctatttatattttattgaaatttcaacaccacaataactgaacggatacatgccttgtatcaagtatctgactcattttaaaaaggatataagaaccacgaaattataaaagaaaattgtagcttattataattcttgctggtatatatctacaatcataattgtttaaataacgattttttcatttcaatataatattatcctgtttaatattataataaaattgaatgtttgatctgcttcatttcaaataccgttgaaaatacatgtgtatctaggaaattatgatttaggtggaagaatattcgtttattctatgtatgaacaaaaccatggatacttgattgcaaagatatatgttaaaatgatttatttttagtttacctccatgtgtcgtaacgtttaatacatctgtatagggactgctgacgtttatattgaacgagtagatgcggacgtagtatttggtgcctttcgataatctgtccaaagtaacattcatctggaatactgttgtattcttaccatcaaacacgaacgaatcgctacgcaatagctctttgtctttatttaactgtatgccaaatgtctgatcacttctaccgtgaaaaccagctctccaggatacgactgcgtcagtttcactgacttgtctgttgaaacttgtaggcttattttgagcacctgtgtatgtgcaaataataaccttgatcattgtagtgaacaatatcaataaagtaggattgctataacatgactaagagttaacattgtgtaacagtacttactttaacctaaatcaaattgcttgatatcaatcaaacaggagcatatgtataattttcattaatcgtaattattgcaattaaatacacacatgcacgtagtcaaccacacacgtacgtacaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatacatacaatgtcttataaataatattcagtttaatatgcctaatacacaattattcgtggttccaccaaactaagtcttcttatatttaaactttgaacttattcctttcacacttcggaacaatcgtcaactggaagtaaacatacacatactgtgtcaaagaattctaattgcacgaatctttcaaatattatggtcgtataactaattaaaaatagatcagtacttatatataaaatgatgtttcacagtttatTGTTGTTATTACAAACAAGTGTAAACGAAgtctgtaaattcctattttacttaagttaagcaatatatcttatgactttttaatatgctatgttcataaaataccacaccagcacaagtaaaacagtgttacaaacacaaagaagattttaccgtcgtgcatgtgcaaaattcaaatcctcaatttgaaagatttattctgaaacacgtaacaataaggacatacatgtaaatattccacagatgacactgttttccttctattttattatggtatattataatattttacgtcaatcatgtaatacattttaatgcagagaaaaaaaaaacaaaacgagtgtaaatttttgtaaacaggatttt
gi|4 : ATTCCTATTTCACTTAAGTT-AAGCAA-TATATCTTATGATTGCTTTAATATGCTATGTTCCCAAAATACCACACCAGCGCATGTAATACAGTGTTACAAACACAAAGAAGAATTTACCTCCGTCCATGTGCCAAATTCAAAACCACAATTACA-AAGATAGAT-TCTGATACACGTAACAATAGGTACATACATGTAAATATTCCACAGATGACCCTGTTTTCCTTCTAATTGTTTATGGCGTTTTATA-ATATCTCACGTCAACCATGCAATAGAATGTAATGCAAAG----AAAAAACAATACAAGTGTAAATATTCGTAAACAGGATTCGTCTTATTATGAACTATCCAAACACAGTGGACGCAAACACAATTCTGTTTGGAAACCTTTTATTATCTTACAGACTGTTCATGCTTAGGTTGATATATACATCTCATTTACTGAAACGTGTATATGCTTCTAATATAAAATAAAT----------G----ATTTGTTTCGCCACTACCAAGGAAACTTCGAAATCAGCTTTGTTCATTTAAT-TTG-TTT-CTTTC-AAATGTCGAACACAATTAAATGGGTTGAAATATTGTCATGTTGGTAATCGATATCAACGATG----------------------CATGATACATAGACATAA-ACCATAGATCTGTCAGGGAAATTATGGTTTCTAGTTGACAACGAGAATAACAAATAAACA-CTT-TAA-CATTACTTACTCTGAGGAATTAGATTTATAACTGTTCGATTTC--TTCCAATACTGTTTGTAACCTCCAATG----TATAGTTGGTAAAATCTGTTT-CTTGTATATCAGTTATTTTTAGATGGGCTATACTGCCGTTCAATGTTACATCTTCAGCATATAACTTAGTAATGACAGGCGATATT---TCATATGAAACAGT-TGTTCTGTTACTCTTCTGTATTTGTACGCCATCTTGTCTGGTAAAGTTTATGCTATC--TGCAGGCGGGAAACTATAAAACGG------AA--CGTTTATCAT-CACATTTCCTGATATTGCGCCCGTAAATGTTAATTCTTCAGCT---AATATTTTTGGTGAAACTA---------AAACAGAAA----A-AC-A----ACT---T----T-AAATCAGTTCATTTA-AAAAAAAAACATGAAATCATATGAATTTAATGTACATGTAATAACCAGATAAAACATGGTAAGGAAA-ACATAAATGTTATCA-TATTT--TGTAAC-GTTGGGATTGCCCGAC---ACTA-TCGCT---------T-----------TTGCTGATCAAGTCATAAACACGGATTTT-GTGTAATTAGTTAGAGATAATCAAGAGAA-----------------GTTTATAgtctgcaaattcctatttcacttaagttaagcgatatatcttatgattgttttgatatgctgtgttcctaaaataccacaccagtacaagtaaaacagtgttacaaacacaaagaagaatttacctccgtgcatgtgccaagttcaaatcctcaatttgaacgatttattatgatacacgaaacaataggtacatacatgtaaatattccacagatgacactgttttccttcttattcattatggcgttttttttatatctcacgtcaaccaattttatcagagaaaaaacaatcaagtgtaaatattcataaacaggatacatcttataataaactatccaaacacattgtacgcaatcaaaattctgtttgggaaccttttattatcttacagattgttcatgctaagatagatatatacatctcatttactgaaacgtgtatatgcttttaataaaaaataattgatttgtttcgccactaccgagaaatcatcgaaatcagttttgttcattttatttgtttactttcaaaatgtcgaacacacttaaatgggttgaaatattttcatgttggtaatcggtatcatcgatgcataatagttatgtaaacgtaccatgatacacataaaccatagttctgtcaggggaattatgatttctagttgacaacgagaataacaaataaacacctaaacattacttactctgaggaattaggtttataactgtgcgattccttccaatactgtttgtaacctccaatatgtagttgataaaatctgtttctcgtatatcagttatttctagatacgctaaactgccgttcaatgttacatcttcaccataaaacttagtaatgacaggcgatatttcatatgaaacagttgttctgttactgttttgcatttgtatgccatcttgtctggtaaagattatgctatctgcagacgggaaactataaaacggaacgtttatcatcacatttcctgatattgcgcccgcaaatgttaattcttcagctaatatttttggtgaaactaaaacagaaaacaacattaaatcagtttatttgaaagataaataagaacctgaaataaccagataaaacatggtaaggagaatataagttttattatgatttttaacgttgggattgccagacactatcacttcgcttttgctgatcaagtcatcaacacggattttgtgtaacaagttagagatactcaagggaattttataactatctttatattgctgttctggcttctacacagccaacaagaacatttgcctatggcaacaatatttatagta
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-6907 ) : ACATATTGTTATTACAAGCAAGTGGAAACGAATATATCTTATGATTGTTTTAATATGCTGTGTTCATAAAATACCACACCGGCACANGTAATACAGTGTTACAAACACAAAGAAGANTTTACCTCCGTGCATGTGCCAAATNCAAATCCTCAATTNNAAAGATTNAT-TCTGATACACGTAACAATAGGTACATACATGTA-AATATTCCACAGATGACACTGTTTTCCTTCTAATTTATTATGGCG-TATTATAATATCTCACGTCAACCATGCAATACAATTTAATGCAGAG----AAAAAACAATACGAGTGTAAATATTCGTAAACAGGATTCGTCTTATAATGAACTATCCAAACACA-T--G-ACGCAAACACAATTCTGTTTGGAAACCTTTTATTATCTTACAGACTGTTCACGCTTAGGTTGATATATACATCTCATTTACTGAAACGTGTATATGCTTCTAATATAAAATAAAT----------G----ATTTGTTTCGCCACTACCAAGGAAT-C-T-CGAAATCAGCTTTGTTCATTT--T-TTT-TTTACTTTC-AAATGTCGAACACACTTAAATGGGTCGA-----AATATTTTCATGT-TGGT-----AATCGGTATCAACG-ATGCATGA--------TACA----CG--------------TA--AT-----------ACCATAGATTTGTCAGGGAAATTATGATTTCT--AGT-TGACA-ACGAGAATAACAAAT--AAAC-ACTA-AAACAT-TACTTACTCTGAGGAATGAGGTTTATAACTGTNCGATTCCTTCCAATACTGTTTGTAACCTCCAATG----TGTAGTTGGTAAAATCTGTCTCTCGTATATCAGTTATTTGTAGATANGCTATACTGCCGTTCAATGTTACGTCTTCACCATAGAACTTAGTCATGACNGGCGATATTTCATATGACACAGTTGTTCTGTTGCTGTTCTGTATTTGTACGCCATCTTGTCTGGTAAAGTTTACGCTATCTGCAGGCGGGNAACTATAAAACGGAACGTTTATCNTCACATTTCCTGATATTGCGCCCGCAAATGTTAATTCTTGAGNTAATATCTTTGGTGA--AACTAGAACAG-AAAACAGCATTAAANCAGTTTATTTGAAAGNTAAATATGAA-------ATCATATG-A--TT--G-ATGT-CAT-T-AATAACCGGATAAAACATGGTAAGGAAAACATAAATTTTATCATGTTTTGTAACGTTGGGATTGCCNGAC---ACTAT---------CGCT-TCG------TTTTGCTGATCAAGTCATNAACACGGATTTT-NTGTAACTGGTTAGAGATANTCAAGGGAA-TTT----AC-----T--CTTTATATTGCTGTTCTGGCTTCTACAAAGNCAACGAGTACATCTGCCTATGNCATCAATATTTATAGTA
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gi|11 : ttttcatctgattttagatagtttacatattacaattgacatatgactatacgtcaatgttctaacaaacattgctaaacggtaacttctaataatatttaccctcagcacatatggttagcgaataattcatcaagtgctatttatattttattgaaatttcaacaccacaataactgaacggatacatgccttgtatcaagtatctgactcattttaaaaaggatataagaaccacgaaattataaaagaaaattgtagcttattataattcttgctggtatatatctacaatcataattgtttaaataacgattttttcatttcaatataatattatcctgtttaatattataataaaattgaatgtttgatctgcttcatttcaaataccgttgaaaatacatgtgtatctaggaaattatgatttaggtggaagaatattcgtttattctatgtatgaacaaaaccatggatacttgattgcaaagatatatgttaaaatgatttatttttagtttacctccatgtgtcgtaacgtttaatacatctgtatagggactgctgacgtttatattgaacgagtagatgcggacgtagtatttggtgcctttcgataatctgtccaaagtaacattcatctggaatactgttgtattcttaccatcaaacacgaacgaatcgctacgcaatagctctttgtctttatttaactgtatgccaaatgtctgatcacttctaccgtgaaaaccagctctccaggatacgactgcgtcagtttcactgacttgtctgttgaaacttgtaggcttattttgagcacctgtgtatgtgcaaataataaccttgatcattgtagtgaacaatatcaataaagtaggattgctataacatgactaagagttaacattgtgtaacagtacttactttaacctaaatcaaattgcttgatatcaatcaaacaggagcatatgtataattttcattaatcgtaattattgcaattaaatacacacatgcacgtagtcaaccacacacgtacgtacaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatacatacaatgtcttataaataatattcagtttaatatgcctaatacacaattattcgtggttccaccaaactaagtcttcttatatttaaactttgaacttattcctttcacacttcggaacaatcgtcaactggaagtaaacatacacatactgtgtcaaagaattctaattgcacgaatctttcaaatattatggtcgtataactaattaaaaatagatcagtacttatatataaaatgatgtttcacagtttatacatattgttattacaagcaagtggaaatgaagtctgtaaattcctattttacttaagttaagcTTCT--AGC-TGGCA-ATGGTACTATCAAAT--AGAA-GTTA-AAACAAAGACTTACTTTGAGGAATGAGGCTTTTAATTATCCAATTCCTTCCAATACTATGTGTAGCTTCAAATAATTATGTAGTTGGTAAAATCTGTATCCTGTATGTCAGTTATTTGTAGATAGGCTACATAACCGTTAAATATTTCGTCTGCATCATAGAACTGAGT----------GATATTTCATGTGACACAGTTGTTCTGTTGTTGGTCTGTATAAGTATACCATCTTGTCTAGTAAAACTTATGCTATCTGCAGGCGTGAAACTATTAAACGGTACGTTTGTCCTCAAAAATCCAGATAATGCGCCCGCAAATGTTAAATCTTGAAATATTATTTTAGGTGA--AACTACAAC---GAAATACCACCAACACTGTAAATTTTACAGCTGCATATGAA-------ATTAtt
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