lowQualScore                  :                              1111111111111            666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                               
lowQualScore                  :                4  7 11     1 2222222222222 1  1  4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    2          33              
lowQualScore                  :                .  . ..     . ............. .  .  .... ....................................................................................    .          ..              
lowQualScore                  :                3  4 99     4 8888888888888 4  4  8888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    8          99              
consensus                     :    TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
Reference ( gi|18 )           :    TTCGGAACTCCTTGGAC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|19                         :    TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-GC----T----------------T--------TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGAGAATTGAGC--GAGGTATTCCGAA
gi|17                         :    TTCGTAACTTCTCGGGC--ACTAC-T-------------C-AC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------TT--------------A-----------TTCGGAAAATTGAGC--GAGGTGTTCTGAAT
gi|1                          :    TTCGGAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------GTGCTTCCGC------AGCAAGTTTGT-TTCGGAGAATTGAGC--GAGATGTTCCGAA
gi|14                         :    TTCGGAACTCCTTGGGT--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------TTTTGAGG-TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGG-----GAGC--GAGGTATTCCGAAT
gi|5                          :   aTTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------TGTACTTGAGCAG---------------A-----------TTTATAAAATTGAGCCGGAGGTGTTCCGAAT
gi|2                          :    TTCGGAACTCCTCGGGC--ACAGC-T-------------C-GC-AC----TAATTGTGCTTACGCAGTAAG-----TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGAGAATTGGGC--AAAGTGTTCCGAA
gi|13                         :    TTCGGAACTCCCCGGTC--AAGGC-T-------------C-GC-TT----T----------------T--------TT-----------------TCAGTTT-----G---------------A-----------TTCGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCAA
gi|22                         :    TTCGAAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------C-AC-AC----T----------------G--------CT-----------------T-----------G---------------------------T---GAAAATTGAGG--GAGGTGATCCAAAT
gi|25                         :   aTTCGGAATTCCTCGGCC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------G---------------------------T------ACTGGAAC--AAGGTGTTCCGAAg
gi|15                         :   aTTCGGAACTCCTCGGTT--ACAGC-T-------------C-GC-ACAT--T----------------T--------TT-----------------T-----------T---------------A-----------TTCATAGAATTGGCC--AAGGTAGTCTGAATc
gi|21                         :   aTTCGGAACCCTTTAGTC--ACTGC-TTA-----------C-GC-AC----T----------------T---------------------------------------A---------------A-----------TTCGTAGAATTTTGG--AAGGTGTTCCGAA
gi|12                         :    TTCGAAACTCATAGGACTAACT---T-------------C-GC-ACGTTTT----------------T--------TTG----------------T-----------G---------------A-----------ATCGTAGAATTGAGC--GTGGTGTTCCGA
gi|23                         :  caTTTGGAACTCCTTGGGA--AATGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T---------------------------A-----------T---AAGAATTAAGC--GCAGAGTTCCAAAT
gi|24                         :   aTTCGGAACTCCTCGGTC--ACTTT-T-------------T-G-------------------------T--------TA-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGATAATTGTGG--GA-GTGTTCTAAAT
gi|3                          :   aTTCGGAAGTCCCCGGGC--GAGGC-T-------------C-GC-AT----T----------------T--------TTGTGTACTTTTTTCAGTTT-----------G---------------A-----------TTCGTTGAATTGAGC--GAGGTGTTCC
gi|31                         :   aTTCGGAACTCCTCTGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------A--------TT-----------------T-----------G---------------a
gi|7                          :    aTCGGAACGCCTCTGTC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------GT--------------ACTTCCGCAGATTTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAATt
gi|4                          :     TTGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA-----------TACGAAGAATTGAGC--GACGTGTTCCGAAT
gi|26                         :     TCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------C-G---------------------------------------------------------------------------------A-----------T-CGGATAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAA
gi|8                          :     TCGGAGCTCCTCGGGC--ACTAT-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA-----------TTTGGAG--TTGAGC--GAGGTGTTCCGA
gi|28                         :     TCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TTTTG--------------T-----------G---------------A-----------TTC
gi|6                          :     TTGGAACTC-TCGGTC--ACTGTGTG------------C-GC-AC----T----------------C--------TTCACTGCTTGTT------T-----------G---------------A-----------TTCGCAGAATTGTGA--GAGGTGTTCCGAATtgcagtatat
gi|27                         :     TCGAAACTCCTCGGGC--ACGGT-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TT------------------------------------------------------------------TTGTGC--GAGATGTCCCGAAT
gi|30                         :     TCGGAATTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GG-AC----T----------------A--------TT-----------------T-----------G---------------A-----------
gi|10                         :     acGGAACAGCTTG--C--ACTTT-T-------------C-GT-GC----T----------------TGCGGCAAGTT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCGAAg
gi|20                         : tcctcaGGAACTCCTCGGTC--ACTGC-T-------------TTGT-TG----T----------------C--------TG-----------------T-----------G---------------C-----------CTCGTAAGATTGAGC--GAGGTGCTACGAAT
gi|16                         :       tGAACTCCTCGGTC--ACGGC-TTG-----------C-GC-AT----T----------------TG-------TTTGTG-------------T-----------G---------------A-----------TTCGTAG-ATTATGC--GAGGTGTTCCAA
gi|11                         :         AACTCCTCGGGC--CCTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T--------TTAGTGCTTCCGCAGCTTTT-----------G---------------A-----------TTCAGAGAATTTAGC--GAGGTGTTCct
gi|9                          :            TCCTCGGTC--ACTGC-TTCAGTGTATTTGTC-ACTAC----T----------------T--------GTG----------------T-----------G---------------C-----------TTCGTAGAATTG-GCCCGAGGTGTTCCGAAT
gi|29                         :                                                                        --------TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTTGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAATg
gi|32                         :                                                             acttccgtagg--------TT-----------------T-----------G---------------A-----------TTCGGAGAATTGATC--GAGGTGTTCAGAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                      1111111111111            666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                
lowQualScore                  :                           1 11     1 2222222222222 1  1  4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  1  2          33              
lowQualScore                  :                           . ..     . ............. .  .  .... ...................................................................................................  .  .          ..              
lowQualScore                  :                           5 88     3 3333333333333 3  3  7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  3  3          88              
consensus                     :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
Reference ( family-670 )      :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|1                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGC------AGCAAGTTTGTTT-CGGAGAATTGAGC--GAGATGTTCCGAA
gi|10                         :                    TCCTCAGGA--ACAGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TCGTGCTTGCGGCAAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCGAA
gi|11                         :                 AACTCCTCGGGC--CCTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------TTAGTGCTTCCGCAGCTTT-----------------T-----------G---------------A----------TT-CAGAGAATTTAGC--GAGGTGTTC
gi|12                         :            TTCGAAACTCATAGGACTAACT---T-------------C-GC-ACGTTTT----------------T-------T-----------------TG----------------T-----------G---------------A----------AT-CGTAGAATTGAGC--GTGGTGTTCCGA
gi|13                         :          caTTCGGAACTCCCCGGTC--AAGGC-T-------------C-GC-TT----T----------------T-------T-----------------T-----------------TCAGTTT-----G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCAA
gi|14                         :            TTCGGAACTCCTTGGGT--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------TTTTGAGGT-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGG-----GAGC--GAGGTATTCCGAAT
gi|15                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTT--ACAGC-T-------------C-GC-ACAT--T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------T---------------A----------TT-CATAGAATTGGCC--AAGGTAGTCTGAAT
gi|16                         :               aGAACTCCTCGGTC--ACGGC-TTG-----------C-GC-AT----T----------------TG------T-----------------TTGTG-------------T-----------G---------------A----------TT-CGTAG-ATTATGC--GAGGTGTTCCAA
gi|17                         :            TTCGTAACTTCTCGGGC--ACTAC-T-------------C-AC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------TT--------------A----------TT-CGGAAAATTGAGC--GAGGTGTTCTGAATct
gi|18                         :            TTCGGAACTCCTTGGAC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|19                         :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-GC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTATTCCGAA
gi|2                          :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACAGC-T-------------C-GC-AC----TAATTGTGCTTACGCAGTAAG----T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGGGC--AAAGTGTTCCGAA
gi|20                         :               GGAACTCCTCGGTC--ACTGC-T-------------TTGT-TG----T----------------C-------T-----------------G-----------------T-----------G---------------C----------CT-CGTAAGATTGAGC--GAGGTGCTACGAAT
gi|21                         :           tTTCGGAACCCTTTAGTC--ACTGC-TTA-----------C-GC-AC----T----------------T-------------------------------------------------------A---------------A----------TT-CGTAGAATTTTGG--AAGGTGTTCCGAA
gi|22                         :            TTCGAAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------C-AC-AC----T----------------G-------C-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T----GAAAATTGAGG--GAGGTGATCCAAAT
gi|23                         :           aTTTGGAACTCCTTGGGA--AATGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T---------------------------A----------T----AAGAATTAAGC--GCAGAGTTCCAAATg
gi|24                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTC--ACTTT-T-------------T-G-------------------------T-------T-----------------A-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGATAATTGTGG--GA-GTGTTCTAAAT
gi|25                         :           aTTCGGAATTCCTCGGCC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T-------ACTGGAAC--AAGGTGTTCCGAA
gi|26                         :            aTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------C-G--A----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-CGGATAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAc
gi|27                         :             TCGAAACTCCTCGGGC--ACGGT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T------------------------------------------------------------------TTGTGC--GAGATGTCCCGAAT
gi|28                         :             TCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TTTG--------------T-----------G---------------A----------TT-C
gi|29                         :                                                                                -------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-TGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAATtgcagtatat
gi|3                          : acttccgtaggTTCGGAAGTCCCCGGGC--GAGGC-T-------------C-GC-AT----T----------------T-------T-----------------TGTGTACTTTTTTCAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTTGAATTGAGC--GAGGTGTTCC
gi|30                         :            aTCGGAATTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GG-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------a
gi|31                         :          acTTCGGAACTCCTCTGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------g
gi|32                         :                                                                               a-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGATC--GAGGTGTTCAGAATt
gi|4                          :             TTGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TA-CGAAGAATTGAGC--GACGTGTTCCGAAT
gi|5                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------TGTACTTGAGCAG---------------A----------TT-TATAAAATTGAGCCGGAGGTGTTCCGAAT
gi|6                          :             TTGGAACTC-TCGGTC--ACTGTGTG------------C-GC-AC----T----------------C-------T-----------------TCACTGCTTGTT------T-----------G---------------A----------TT-CGCAGAATTGTGA--GAGGTGTTCCGAAT
gi|7                          :             TCGGAACGCCTCTGTC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTACTTCCGCAG----A----------TTTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|8                          :             TCGGAGCTCCTCGGGC--ACTAT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TT-TGGAG--TTGAGC--GAGGTGTTCCGA
gi|9                          :                    TCCTCGGTC--ACTGC-TTCAGTGTATTTGTC-ACTAC----T----------------T-------G-----------------TG----------------T-----------G---------------C----------TT-CGTAGAATTG-GCCCGAGGTGTTCCGAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                      1111111111111            666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                
lowQualScore                  :                           1 11     1 2222222222222 1  1  4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  1  2          33              
lowQualScore                  :                           . ..     . ............. .  .  .... ...................................................................................................  .  .          ..              
lowQualScore                  :                           5 88     3 3333333333333 3  3  7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  3  3          88              
consensus                     :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
Reference ( family-670 )      :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|1                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGC------AGCAAGTTTGTTT-CGGAGAATTGAGC--GAGATGTTCCGAA
gi|10                         :                    TCCTCAGGA--ACAGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TCGTGCTTGCGGCAAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCGAA
gi|11                         :                 AACTCCTCGGGC--CCTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------TTAGTGCTTCCGCAGCTTT-----------------T-----------G---------------A----------TT-CAGAGAATTTAGC--GAGGTGTTC
gi|12                         :            TTCGAAACTCATAGGACTAACT---T-------------C-GC-ACGTTTT----------------T-------T-----------------TG----------------T-----------G---------------A----------AT-CGTAGAATTGAGC--GTGGTGTTCCGA
gi|13                         :          caTTCGGAACTCCCCGGTC--AAGGC-T-------------C-GC-TT----T----------------T-------T-----------------T-----------------TCAGTTT-----G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCAA
gi|14                         :            TTCGGAACTCCTTGGGT--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------TTTTGAGGT-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGG-----GAGC--GAGGTATTCCGAAT
gi|15                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTT--ACAGC-T-------------C-GC-ACAT--T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------T---------------A----------TT-CATAGAATTGGCC--AAGGTAGTCTGAAT
gi|16                         :               aGAACTCCTCGGTC--ACGGC-TTG-----------C-GC-AT----T----------------TG------T-----------------TTGTG-------------T-----------G---------------A----------TT-CGTAG-ATTATGC--GAGGTGTTCCAA
gi|17                         :            TTCGTAACTTCTCGGGC--ACTAC-T-------------C-AC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------TT--------------A----------TT-CGGAAAATTGAGC--GAGGTGTTCTGAATct
gi|18                         :            TTCGGAACTCCTTGGAC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|19                         :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-GC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTATTCCGAA
gi|2                          :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACAGC-T-------------C-GC-AC----TAATTGTGCTTACGCAGTAAG----T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGGGC--AAAGTGTTCCGAA
gi|20                         :               GGAACTCCTCGGTC--ACTGC-T-------------TTGT-TG----T----------------C-------T-----------------G-----------------T-----------G---------------C----------CT-CGTAAGATTGAGC--GAGGTGCTACGAAT
gi|21                         :           tTTCGGAACCCTTTAGTC--ACTGC-TTA-----------C-GC-AC----T----------------T-------------------------------------------------------A---------------A----------TT-CGTAGAATTTTGG--AAGGTGTTCCGAA
gi|22                         :            TTCGAAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------C-AC-AC----T----------------G-------C-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T----GAAAATTGAGG--GAGGTGATCCAAAT
gi|23                         :           aTTTGGAACTCCTTGGGA--AATGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T---------------------------A----------T----AAGAATTAAGC--GCAGAGTTCCAAATg
gi|24                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTC--ACTTT-T-------------T-G-------------------------T-------T-----------------A-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGATAATTGTGG--GA-GTGTTCTAAAT
gi|25                         :           aTTCGGAATTCCTCGGCC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T-------ACTGGAAC--AAGGTGTTCCGAA
gi|26                         :            aTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------C-G--A----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-CGGATAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAc
gi|27                         :             TCGAAACTCCTCGGGC--ACGGT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T------------------------------------------------------------------TTGTGC--GAGATGTCCCGAAT
gi|28                         :             TCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TTTG--------------T-----------G---------------A----------TT-C
gi|29                         :                                                                                -------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-TGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAATtgcagtatat
gi|3                          : acttccgtaggTTCGGAAGTCCCCGGGC--GAGGC-T-------------C-GC-AT----T----------------T-------T-----------------TGTGTACTTTTTTCAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTTGAATTGAGC--GAGGTGTTCC
gi|30                         :            aTCGGAATTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GG-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------a
gi|31                         :          acTTCGGAACTCCTCTGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------g
gi|32                         :                                                                               a-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGATC--GAGGTGTTCAGAATt
gi|4                          :             TTGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TA-CGAAGAATTGAGC--GACGTGTTCCGAAT
gi|5                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------TGTACTTGAGCAG---------------A----------TT-TATAAAATTGAGCCGGAGGTGTTCCGAAT
gi|6                          :             TTGGAACTC-TCGGTC--ACTGTGTG------------C-GC-AC----T----------------C-------T-----------------TCACTGCTTGTT------T-----------G---------------A----------TT-CGCAGAATTGTGA--GAGGTGTTCCGAAT
gi|7                          :             TCGGAACGCCTCTGTC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTACTTCCGCAG----A----------TTTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|8                          :             TCGGAGCTCCTCGGGC--ACTAT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TT-TGGAG--TTGAGC--GAGGTGTTCCGA
gi|9                          :                    TCCTCGGTC--ACTGC-TTCAGTGTATTTGTC-ACTAC----T----------------T-------G-----------------TG----------------T-----------G---------------C----------TT-CGTAGAATTG-GCCCGAGGTGTTCCGAAT


blockSeqs                     :                           G TA     G TCAGTGTATTTGT T  T  GTTT AATTGTGCTTACGCAGTAAGTTTGA                                                                            T  T          CG
blockSeqs                     :                           G .      . TG            .  .  AT   TTTCGTGCTTGCGGCAAGTTTGA                                                                              .  G          CC
blockSeqs                     :                           A .      . TA            .  .  .    TTTAGTGCTTCCGCAGCTTTTGA                                                                              .  T          . 
blockSeqs                     :                           T .      . G             .  .  .    TTTGTGTACTTTTTTCAGTTTGA                                                                              .  T          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTGTGCTTCCGCAGTTTGA                                                                                .  G          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TTTTGTGCTTCCGCAGTTTGA                                                                                .  T          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TTTTGTACTTGAGCAGA                                                                                    .  T          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    CTTCACTGCTTGTTTGA                                                                                    .  G          . 
blockSeqs                     :                           A .      . .             .  .  .    TTTTGTACTTCCGCAGA                                                                                    .  G          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTGAGGTTTGA                                                                                        .  G          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTCAGTTTGA                                                                                         .  G          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TGTTTGTGTGA                                                                                          .  T          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TTTTTGTGA                                                                                            .  T          . 
blockSeqs                     :                           A .      . .             .  .  .    TTTGTGA                                                                                              .  G          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTTTA                                                                                              .  A          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TGTGTGC                                                                                              .  G          . 
blockSeqs                     :                           C .      . .             .  .  .    TTTTTA                                                                                               .  G          . 
blockSeqs                     :                           A .      . .             .  .  .    TTTTGA                                                                                               .  G          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTGA                                                                                               .  T          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    CTGTGC                                                                                               .  G          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTATGA                                                                                               .  A          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    ATTTGA                                                                                               .  T          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    GCTTG                                                                                                .  C          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    TTTTA                                                                                                .  G          . 
blockSeqs                     :                           A .      . .             .  .  .    TTTTG                                                                                                .  G          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TAA                                                                                                  .  T          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .    TTT                                                                                                  .  .          . 
blockSeqs                     :                           G .      . .             .  .  .    .                                                                                                    .  .          . 
blockSeqs                     :                           T .      . .             .  .  .                                                                                                         .               


blockSeqCons                  :            
originalCons                  :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
finalCons                     :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                      1111111111111            666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                
lowQualScore                  :                           1 11     1 2222222222222 1  1  4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  1  2          33              
lowQualScore                  :                           . ..     . ............. .  .  .... ...................................................................................................  .  .          ..              
lowQualScore                  :                           5 88     3 3333333333333 3  3  7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  3  3          88              
consensus                     :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
Reference ( family-670 )      :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|1                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGC------AGCAAGTTTGTTT-CGGAGAATTGAGC--GAGATGTTCCGAA
gi|10                         :                    TCCTCAGGA--ACAGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TCGTGCTTGCGGCAAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCGAA
gi|11                         :                 AACTCCTCGGGC--CCTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------TTAGTGCTTCCGCAGCTTT-----------------T-----------G---------------A----------TT-CAGAGAATTTAGC--GAGGTGTTC
gi|12                         :            TTCGAAACTCATAGGACTAACT---T-------------C-GC-ACGTTTT----------------T-------T-----------------TG----------------T-----------G---------------A----------AT-CGTAGAATTGAGC--GTGGTGTTCCGA
gi|13                         :          caTTCGGAACTCCCCGGTC--AAGGC-T-------------C-GC-TT----T----------------T-------T-----------------T-----------------TCAGTTT-----G---------------A----------TT-CGTAGAATTGAGA--GAGGTGTTCCAA
gi|14                         :            TTCGGAACTCCTTGGGT--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------TTTTGAGGT-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGG-----GAGC--GAGGTATTCCGAAT
gi|15                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTT--ACAGC-T-------------C-GC-ACAT--T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------T---------------A----------TT-CATAGAATTGGCC--AAGGTAGTCTGAAT
gi|16                         :               aGAACTCCTCGGTC--ACGGC-TTG-----------C-GC-AT----T----------------TG------T-----------------TTGTG-------------T-----------G---------------A----------TT-CGTAG-ATTATGC--GAGGTGTTCCAA
gi|17                         :            TTCGTAACTTCTCGGGC--ACTAC-T-------------C-AC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------TT--------------A----------TT-CGGAAAATTGAGC--GAGGTGTTCTGAATct
gi|18                         :            TTCGGAACTCCTTGGAC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|19                         :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-GC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGAGC--GAGGTATTCCGAA
gi|2                          :            TTCGGAACTCCTCGGGC--ACAGC-T-------------C-GC-AC----TAATTGTGCTTACGCAGTAAG----T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGGGC--AAAGTGTTCCGAA
gi|20                         :               GGAACTCCTCGGTC--ACTGC-T-------------TTGT-TG----T----------------C-------T-----------------G-----------------T-----------G---------------C----------CT-CGTAAGATTGAGC--GAGGTGCTACGAAT
gi|21                         :           tTTCGGAACCCTTTAGTC--ACTGC-TTA-----------C-GC-AC----T----------------T-------------------------------------------------------A---------------A----------TT-CGTAGAATTTTGG--AAGGTGTTCCGAA
gi|22                         :            TTCGAAACTCCTCGGAC--ATTGC-T-------------C-AC-AC----T----------------G-------C-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T----GAAAATTGAGG--GAGGTGATCCAAAT
gi|23                         :           aTTTGGAACTCCTTGGGA--AATGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T---------------------------A----------T----AAGAATTAAGC--GCAGAGTTCCAAATg
gi|24                         :           aTTCGGAACTCCTCGGTC--ACTTT-T-------------T-G-------------------------T-------T-----------------A-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGATAATTGTGG--GA-GTGTTCTAAAT
gi|25                         :           aTTCGGAATTCCTCGGCC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------G--------------------------T-------ACTGGAAC--AAGGTGTTCCGAA
gi|26                         :            aTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------C-G--A----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-CGGATAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAc
gi|27                         :             TCGAAACTCCTCGGGC--ACGGT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T------------------------------------------------------------------TTGTGC--GAGATGTCCCGAAT
gi|28                         :             TCGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------TTTG--------------T-----------G---------------A----------TT-C
gi|29                         :                                                                                -------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-TGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAATtgcagtatat
gi|3                          : acttccgtaggTTCGGAAGTCCCCGGGC--GAGGC-T-------------C-GC-AT----T----------------T-------T-----------------TGTGTACTTTTTTCAGTTT-----------G---------------A----------TT-CGTTGAATTGAGC--GAGGTGTTCC
gi|30                         :            aTCGGAATTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------C-GG-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------a
gi|31                         :          acTTCGGAACTCCTCTGGC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------A-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------g
gi|32                         :                                                                               a-------T-----------------T-----------------T-----------G---------------A----------TT-CGGAGAATTGATC--GAGGTGTTCAGAATt
gi|4                          :             TTGGAACTCCTCGGGC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TA-CGAAGAATTGAGC--GACGTGTTCCGAAT
gi|5                          :            TTCGGAACTCCTCGGAC--ACTGC-T-------------T-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------TGTACTTGAGCAG---------------A----------TT-TATAAAATTGAGCCGGAGGTGTTCCGAAT
gi|6                          :             TTGGAACTC-TCGGTC--ACTGTGTG------------C-GC-AC----T----------------C-------T-----------------TCACTGCTTGTT------T-----------G---------------A----------TT-CGCAGAATTGTGA--GAGGTGTTCCGAAT
gi|7                          :             TCGGAACGCCTCTGTC--ACTGC-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTACTTCCGCAG----A----------TTTCGGAGAATTGAGC--GAGGTGTTCCGAAT
gi|8                          :             TCGGAGCTCCTCGGGC--ACTAT-T-------------C-GC-AC----T----------------T-------T-----------------T-----------------T-----------GTGCTTCCGCAGTTTGA----------TT-TGGAG--TTGAGC--GAGGTGTTCCGA
gi|9                          :                    TCCTCGGTC--ACTGC-TTCAGTGTATTTGTC-ACTAC----T----------------T-------G-----------------TG----------------T-----------G---------------C----------TT-CGTAGAATTG-GCCCGAGGTGTTCCGAAT