lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            111111111111111111111                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                22                            1       1111                                   111               1        1                                                                               1                  1             222                 2222222   33333333333333333                 1           999999999999999         22             2222                                                                 1                        1                                                                    1                                                                                      1             22                                                                                      1    11                    1  1      1                     333333                                  22222       888888888888888888888888888888888        1                                                   1            22       1                 11   2                  1                     22222                                11        1                       1      1        1  2222                    222222   3     11                                        22     1     33333333  1       1      1                                                                                                               11    111    22          777777777777777777777                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      4                         11                  6         2  5    3333    5 3                            888               1 5      5                                       5                                       2 4           8    7 0           111                 6666666   99999999999999999                 5 3         666666666666666         88             2222    6       3                                    6               7                        9                                               6                    7     6                       6          6                  6                          4             11  9               6                                                 6                 5    11                    7  5      2 3                 0 999999    0   1       2                 00000   0   666666666666666666666666666666666  7     5           6     333             2   8    0   2    7            33       7                 66   8 2 6   2 0        7          8      9   55555      0                    2    11        5     2  8          6   5      6        0  6666                6   111111   0   8 33 2     2  2                             11  6  7     66666666  7       7      5                                         6                        6                      6   6        3     0  88    777 3  11 6     7  111111111111111111111      6                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                         ..                  .         .  .    ....    . .                            ...               . .      .                                       .                                       . .           .    . .           ...                 .......   .................                 . .         ...............         ..             ....    .       .                                    .               .                        .                                               .                    .     .                       .          .                  .                          .             ..  .               .                                                 .                 .    ..                    .  .      . .                 . ......    .   .       .                 .....   .   .................................  .     .           .     ...             .   .    .   .    .            ..       .                 ..   . . .   . .        .          .      .   .....      .                    .    ..        .     .  .          .   .      .        .  ....                .   ......   .   . .. .     .  .                             ..  .  .     ........  .       .      .                                         .                        .                      .   .        .     .  ..    ... .  .. .     .  .....................      .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      0                         33                  0         7  7    9999    4 0                            111               9 0      0                                       7                                       8 2           2    0 2           666                 0000000   66666666666666666                 4 0         888888888888888         00             7777    0       5                                    7               0                        2                                               0                    0     0                       0          0                  0                          5             00  0               0                                                 0                 0    00                    0  0      7 5                 6 000000    8   4       8                 00000   8   888888888888888888888888888888888  8     0           0     000             5   2    8   5    0            00       0                 00   5 5 0   5 2        0          0      0   00000      2                    5    55        0     5  8          0   0      5        0  0000                0   555555   0   8 00 2     5  5                             00  0  0     22222222  0       0      0                                         0                        0                      0   7        7     7  33    777 7  77 7     3  333333333333333333333      0                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTATTTTTTAAA-TTTCG---ATTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCCAGCGG-TGTGGGAGTTTCATGATTCCCGCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTGTTGGCATATTTGTTCCCAGCAAGCATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA-------AAA-----TAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTG-------TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGT---CCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCT-CCCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAAT-TTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTG---------------TCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCCACCATCACGAAAACGAGCTACCNAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAAT-CCCTA-AACCTATTTTGAAGTCGATT-NA---AAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTT-T-CGAT-ATGACTTATATT-TGCG--ATATTTTA-CAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGGGCGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCCAAGTGCTGATTTGTGGCTCGTTATTTTTTTAA-TTTCA---ATTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCAATTTACACTTGTTCCAGCCG-TGTGGGCGTTTCATGATTCCCGCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCGGCTGGCATATTTGCTCCCTGCAAGCATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA-------AAA-----TAGT--------GCAAGGTCAGGACTGTATGAAGGATGGTG-------T-------CCCACGTGTTTGTCTTCAACAAGT---ACTTTATTTTGGTAGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGTGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATGTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAATTGTGCGACCTTTTGGAACATTATGTGCCAATACAACGCCTTTATAATCCCGGAAAATGATGACCATAACTTTTCCAGCAGGAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGACGGGGAACCAGCTTTTAACCATTGTTTGGACTGTACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCATAATATGGTGCAGAAATCAATCT-TCCTGTCTCTTATGACGAGCCTGACGGTCTTAAAAAGTGGTCTTGCGAACCAA--TTTAGGTCTGCTGACAACTGCTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACC---------------TTG---------------TCTCGTACTATCTTAAATACTGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATCAGCAACTTCTTGCTAAGTGACTCGTCATTCTTTCAAGATATAAGATTCGACATTGTTTAACCGTTTGTGGGGTCACTTTGCAAGCTGG-ACGCCCACTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCATGAAAACGACCTACCCAAAAATAAAACGCACTAAGTGACAAACATGAAT-CC-TA-AACCTATTTTGAAGTCAATT-AA---AAA-AAACACTGATTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACAATGCTCATCATA--------TGATGAGTCCTTATTACAATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACACATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTATTGCATATCATCTGCTAAGGTCCAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTT-T-CGAT-TTGACTTATAT--------ATATT--------AGTCCATCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGGACGTTCATTATCTAGGTGGACAACCTTTAGTGCTTATTTGCGGCTCATTATTTTTTAAA-GTTCG---ATTTAAATCCTTCTCAAAGTATTATCCTTCTTCCATTATACACTTGTTCCAGCGG-TGTGGGAGTTTCATGATTCCCGCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTGCTGATTTACAGCCCCAATCAATACCCCTCTGCTGGCATATTTGTTCCCAGTAAGCATTTTTTT--AATTCTGGAAACAAATA-------AAAGTCACTAGGA-------GCAAGGTCAGGACTGTAAGGAGGGTGGTG-------TAGAGTTTCCCATTTGTAGGTCTTCAACAAGT---CTTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCAATCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATAAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACAAAATGTGTCAATACAATGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGG-CGGTGAACCAGACCGTAACCATTGTTTGGATTGCACCTTGGATTAAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCTCTGTCACAATATGATGCAGAAATCCATCT-CCCTGTCTCATATGACGAACCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGTGGACCCAT-TTTTGGTCTACTAACAACTGTTTTGGCACCCATCTATCACTTAACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTG---------------TCCCGTACGATCCTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTA-CATTTGTGGTGTCACTATGGAAGCTGG-GCGCCCCCAG-----CCACGTTTATTGATAATGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAACTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCC-TT-AACCTATTTTGAAGTCGGTTCAAAATAAA-AAACA---ATTTTT------------GAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cgaGGGACGGTCATTATCTAGGTGGAC
gi|12                         : atttgttcccagcaagcattcttttttaattctggaaacaaataaaatgtcactgggagcaaggtcaggactgtagggagaagggtgtagagtttccgcgtgtaggtcttcaacaagtcctttgttttggtggaggtatgtgctggggcattatcgtgctgaagtacatatattacattctgagtctaggcctcagtttacacaaatttgctttcaatttaggtaaaactacatcagaataataatttgtagtaactgtgcgaccttttggaacataatgtgtcaatacaacgcctttataatcccataaaatgatggccataacttttccagcagaatgtgactgtttgaatttctttgggggcagggaaccagctcgtacccattgtttggactgcaccttggattcagactcagagtgatgaatccatgtttcgtcccctgtcaccatatggtgcagaaatccatctccctgtctcttatgatgagctagaaggtctttagaagtggtcttgcgaaccaatttttggtctgctgacaactgttttggcacccatctaacacttacctcgctcaagccaaggttgtcccgtatgatcttaaataccgatcccttgagatgctaaatctattagcaacttcttgcaaagagactcgtcgatctttcatgatataagattcggtattttttaccatttttgggtcactatgcaagctgtacaccccctgccacgtctattgttaacgtcatttccaccagcacgaaaatgagctatccaagaataaaacgtgctacgtgacttacatgaatcccgtaacctaatttgaagtcgattcaaaataaaaaccggtttttgcccttcttcaagaagaaatcttattacggcatgctgttcttcatatgttgagtctatattaccatgtatacatgcaatgtataagtgattgattttggtacaacgcattgtccgattttaaaagtaagtgttgcatatcatctgcttaggtctaatatcgagttttatgcaatattttaacaaaaGGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTTGTTCATTATTTTTTAAA-TTTCG---ATTTTATTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTGCAGCGG-TGTGGGACTTTCATGATTCCCGCAGTAAACCACCATtcgta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaGGGAAGGTCATTATCAAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTTTTTTTTAAA-TTTTG---ATAATACTCCTTCTCA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gcgaGGGGCGGTCATAATCTAGGTTGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGACTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acgaGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTAATTTGTGGCTCATTATTTTTTAAA-TTTCG---ATTTTACTCCTTTTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTTCAGCGG-TGTGAGAGTTTCATGATTCCCGCAGTGAACCAATATTTAGGCCAAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTGTTGGCATATTTGGTCCCAGCAAGCATTTTTT---AATTCTGGAAACAATTA-------AAA-------GTCACTGGGAGCAAGGTCATGACTGTAGGGAGGATGGTG-------TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTACAACAAGT---CCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTGTCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTGTGAGTCTAGGCTTCAATTTACGCAAATTTGCTTTCAATCTTGGTAAAACTACATCAGAATAATTATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTGATTAATCGCAGAAAATTATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTTGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGGCTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATAGTGCAGAAATTCATCT-CCCTGTCTCTTATGACGAGCAAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAGCCAAT-TTTTCGTCTGCTAACAACTGCTTTGGCATCCATCTAGC-----ACT--CC---------------T---------------------GTATGATCTTAATTACCGATCCTT------------------------CTT---GCAAAGTGAATCGTCGATCTTTCATAAAATAAGATTCGACATTTTTT-ACAATTTGTAAGGTGACTATGCAAGCTGG-ATGC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaaGGACGGTCATTATCTAGGTGGACtgccgaccgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtctcttatgacgagccagaaggtctttagaagtggtcttgctcacaactattttggcacccatctagcacttaccttgctcaggccaaggttgtcccgtacgatcttaaataccgatccttttgagatgctaaatatattagcagcttcttgcaaagtgactcgtcgatctttcatgatataagattcgacatattttaccatttgtggggtcgctatgcaagctggacgccccctgccacgtctattgttaacgtcgtttctaccatcacgaaaacaagctacagaagaataaaacgcgctacgtggcacacatgaatccctaaacctattttgaagtcgattcaaaataaaaaccggtttttgccattcttcaagaagaaagcttattacggcacgctgttctttatatgttgagtccatattatcatgtatacatgcaatgtataagtgaccgattttggtacaacgcattgtccgattttaaaagctattgttgcatatcacctgctaaggtcttatctacccgtgcacatcaagtttttttttatatgacatatattatgcaatattttaacaaaaGGACGGTCATTATCTAGGGGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTATTTTTTAGA-TTTCG---ATTT-ACTCCTTCTCAAAGTATTCTCATTCTTTCATTATACACTTGTTCCAGCAG-TGTGGGAGTTTCCCGATTCCCGCAGTGAACCAGCATTTAGGCCTAT-GTCGAAAGTGCTGATTTACAGCCAAAATCAATGCCCCTCAAGTGGCACATTTGttcgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gatGTGGTCAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTACTTTTTTAAATTTCG---ATTTTACTCCTT---AAAGTATTCTCCTTCTTTCATTTCACACTTGTTCCAGCGG-TGGGGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AA-TTTTAGAAATTTAA----TTCTCGAGGTATTTTCCGTCTTTAAGTATACACTT-TACCAAACGTTGTGGacttatttgttcccagcaag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaTATTCTCATTCTTTAAGTATGCATTGATCCCAACGG-CTTGGCAGCTTCCTGACTCCGGTACTAAACCAAGATGTGGGCCTTT-GTCGAAtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCAGCGG-TGTGGGAGTTTCATGATTCCTGCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTTGAAGGTACTGATTTACAGCCCCACTCAATGCCCCTCTGTTGGCATATTTGTTCCCAGAAAGCATTTTTTT--AATTCGGGAACCAAATA-------AAA-------GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTG-------TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTTAACAAGT---CCTTTGTTTTGGTGGCAGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCCAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTACAACCTTTCAGAACATAATGTGTCAATACAACGTCTTTATAGTCCCAGAAAATGATGGCCATAACTCTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGTGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTCTTTTGTCTCTTATGATGAGCCAGAAGGTCTTTAAAAGTGGTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAGGCCTAT-GTCGACGTTCCTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCTATTGTCGAATGTATTGATTTATGGCCCCAATCAATGCtatgtttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagtttcccacgtgtaggtcttcaacaagtcctttgttttagtggcgatatgtgcttgggcattatcgtgctgaagaacaacattttttattctgaatctaggccaaagtttacacaaatttgctttcatttttggtaaaactacatcagaataataatttgcaggaactgtgcgaccttttggaatataatgtgtcaatgcaacgcctttattattccagaaaataatggccataacttttccagcagaagg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattATTTGTTCCCAGCAAGCATTCTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA-------AAA-----T-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGAAGGGTG-------TAGAGTT-TCCGCGTGTAGGTCTTCAACAAGT---CCTTTGTTTTGGTGGAGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGTACATATATTA--CATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTAGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGTAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCATAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAATGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCAGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGACTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACCATATGGTGCAGAAATCCATCT-CCCTGTCTCTTATGATGAGCTAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAAT-TTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAAC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTG---------------TCCCGTATGATCTTAAATACCGATCCC-TTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGAGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGGTATTTTTT-ACCATTT-TTGGGTCACTATGCAAGCTGT-ACACCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCATTTCCACCAGCACGAAAATGAGCTATCCAAGAATAAAACGTGCTACGTGACTTACATGAAT-CC-CGTAACCTAATTTGAAGTCGATT-CA---AAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCATGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCTATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGATTGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTAAGTGTTGCATATCATCTGCTTAGGTCTAAT------------ATCGAG--TTTTATGCAATATT---TTA-AC--------AAA----------AGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTAatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTTCTTTAGTTCTTGTAACAGATACTAACCAAAA-----GAA---------GCTTGGTCAGCGCTGTAGGAAGGATAATGAAGAGTTT-------CCCACTGGTATACCTGCAATAGGTCTAAC---GTTTTGGAAGCAATATGAGCAAGAGCATTGTCATTCAAATGAACC-ACGTTCTTCGATTAAAGTATTGGTCTTAGTTGACGAAGAT-TGCGTTCAAGTTT-GCAAAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtaGTT-------T-------CCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGT---CCTTTGTTTTAGTGGCGATATGTGCTTGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTTTTTATTCTGAATCTAGGCCAAAGTTTACACAAATTTGCTTTCATTTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGGAACTGTGCGACCTTTTGGAATATAATGTGTCAATGCAACGCCTTTATTATTCCAGAAAATAATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGaaaacaactaaaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taggcctatgtcgacgttcctgatttacagccccaatcaatgccctatgtttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaTGGTGAATCTGTGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATTT-CCCCGTCTCTTATGAATAGCCAGAAGGTCTTAAGAAGTGGTCTTGCGAACTAATTTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGTTCAAGCCAAGGTTG---------------TCCCATACGATCTTAAATACCGATCCATTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGC---------------TC-----ACAACTATTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACC---------------TTGCTCAGGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCTTTTGAGATGCTAAATATATTAGCAGCTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACAT-ATTTTACCATTTGTGGGGTCGCTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACAAGCTACAGAAGAATAAAACGCGCTACGTGGCACACATGAAT-CCCTA-AACCTATTTTGAAGTCGATT-CA---AAATAAAAACCGGTTTTTGCCATTCTTCAAGAAGAAAGCTTATTACGGCACGCTGTTCTTTATA--------TGTTGAGTCCATATTATCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGCTATTGTTGCATATCACCTGCTAAGGTCTTATCTACCCGTGCACATCAAGTTTTTT-T-TTAT-ATGACATATATTATGCA--ATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTGGTACCCCTACTGGGCCCCCACGTATATTGTTAACGTCGTTTCCA--ATC--GAAAACGAACTACCAAATAATAATACGCGCTACGTGACATACATGAAT-CCCTA-AACCTATATTGAAGTCGATT-AA---AAATAAAAACGGGATTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTATGGTACGCTGTTCTTCATAAGTTTTTATGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAATGCATTGTCCGAGTTTTAAAGTTATTGATGCATATCATCTACTATGGTCTAATCTACCCGTGTACATCAAT--CTTT-T-CGAT-ATGACTTATATTTTATGCAATATTTTACTAAAAGTCCACCTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tGTCCACCTAGATAATGAACGTCCCTCGta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCaacctttagtgcttatttgcggctcattattttttaaagttcgatttaaatccttctcaaagtattatccttcttccattatacacttgttccagcggtgtgggagtttcatgattcccgcagtgaaccaacatttaggcctatgtcgaaggtgctgatttacagccccaatcaatacccctctgctggcatatttgttcccagtaagcatttttttaattctggaaacaaataaaagtcactaggagcaaggtcaggactgtaaggagggtggtgtagagtttcccatttgtaggtcttcaacaagtcttttgttttggtggcggtatgtgctggggcattatcgtgctgaagaacaacattcttcaatctgagtctaggcctcagtttacacaaatttgctttcaattttggtaaaactacataagaataataatttgcagtaactgtgcgaccttttggaacaaaatgtgtcaatacaatgcctttataatcccagaaaatgatggccataacttttccagcagaaggtgactgtttgaatttctttggggcggtgaaccagaccgtaaccattgtttggattgcaccttggattaaggctcagagtgatgaatccatgtttcgtcctctgtcacaatatgatgcagaaatccatctccctgtctcatatgacgaaccagaaggtctttagaagtggtcttgtggacccatttttggtctactaacaactgttttggcacccatctatcacttaacttaccttgctcaagccaaggttgtcccgtacgatcctaaataccgatccctttgagatgctaaatctattagcaacttcttgcaaagtgactcgtcgatctttcatgatataagattcgacatttttttacatttgtggtgtcactatggaagctgggcgcccccagccacgtttattgataatgtcgtttctaccatcacgaaaacgaactacccaagaataaaacgcgctacgtgacatacatgaatcccttaacctattttgaagtcggttcaaaataaaaaacaatttttgaagaaatcttattacggcacgctgttcttcatatgttgagtccatatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTCCCCCTAGATAATGACCGTCCATCaaccctcagtgctaatttgtggctcattattttttaaatttcgattttactccttttcaaagtattctccttctttcattatacacttgtttcagcggtgtgagagtttcatgattcccgcagtgaaccaatatttaggccaatgtcgaaggtactgatttacagccccaatcaatgcccctctgttggcatatttggtcccagcaagcattttttaattctggaaacaattaaaagtcactgggagcaaggtcatgactgtagggaggatggtgtagagtttcccacgtgtaggtctacaacaagtcctttgttttggtggcggtatgtgctggggcattgtcgtgctgaagaacaacgttcttcattgtgagtctaggcttcaatttacgcaaatttgctttcaatcttggtaaaactacatcagaataattatttgcagtaactgtgcgaccttttggaacataatgtgtcaatacaacgcctgattaatcgcagaaaattatggccataacttttccagcagaaggtgactgtttgaatttcttttggggcggggaaccagctcgtacccattgtttgggctgcaccttggattcaggctcagagtgatgaatccatgtttcgtcccctgtcacaatatagtgcagaaattcatctccctgtctcttatgacgagcaagaaggtctttagaagtggtcttgcgagccaatttttcgtctgctaacaactgctttggcatccatctagcactcctgtatgatcttaattaccgatccttcttgcaaagtgaatcgtcgatctttcataaaataagattcgacattttttacaatttgtaaggtgactatgcaagctggatgctgccgaccgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCaaccctcagtgctgatttgtggctcattattttttagatttcgatttactccttctcaaagtattctcattctttcattatacacttgttccagcagtgtgggagtttcccgattcccgcagtgaaccagcatttaggcctatgtcgaaagtgctgatttacagccaaaatcaatgcccctcaagtggcacatttg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTCCACCTTGATAATGACCTTCCCTCGaaccctcagtgctgatttgttgttcattattttttaaatttcgattttattccttctcaaagtattctccttctttcattatacacttgttgcagcggtgtgggactttcatgattcccgcagtaaaccaccat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gGTCAACCTAGATTATGACCGCCCCTCGTaaccctcagtgctgatttgtggctcatttttttttaaattttgataatactccttctca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CAAAAGTCACTGGGAGTAAGTTCGGGACTGTAGGGTGGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                              1111                                                                                                                                                        111                                  11                    22                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111        1                                                                                                                   1                                              22222                                                                                                                                                                             22222222                                                                                                                                 11                    3333         222222                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    5         0000      66   3 1                            0              4                 0        5                         5                                         000     77                  5        22                    44                                                                                                                         5  1                               1                                                                                                                                                             5                                                                                                               6                                                    6    3                                  66666        0 1   1                                                                                                             0     6                             6          00000                                0         1     1                                     1                    1    0                                                            99999999                                                                                                               2        0        33    666 66    3     6666   8     333333                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    .         ....      ..   . .                            .              .                 .        .                         .                                         ...     ..                  .        ..                    ..                                                                                                                         .  .                               .                                                                                                                                                             .                                                                                                               .                                                    .    .                                  .....        . .   .                                                                                                             .     .                             .          .....                                .         .     .                                     .                    .    .                                                            ........                                                                                                               .        .        ..    ... ..    .     ....   .     ......                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    7         6666      99   6 4                            2              4                 2        0                         0                                         111     99                  7        66                    11                                                                                                                         7  4                               4                                                                                                                                                             0                                                                                                               7                                                    7    2                                  77777        5 0   5                                                                                                             6     0                             7          00000                                8         4     0                                     4                    0    8                                                            00000000                                                                                                               5        2        88    000 88    5     8888   2     555555                                 
consensus                     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAAC-AAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
Reference ( family-6679 )     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCCACCATCACGAAAACGAGCTACCNAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTNAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCGATATTTT-AC-AAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|1                          :                                                               GGGGCGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCCAAGTGCTGATTTGTGGCTCGTTA-TTTTTTTAA----TTTCAA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCAATTTACACTTGTTCC-AGCCGTGTGGGCGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCGG-C-TGGCA--TATTTGCTCCCTGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGT--------GCAAGGTCAGGACTGTATGAAGGATGGTGT-------CCCACGTGTTTGTCTTCAACAAGTACTTTATTTTGGTAGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGTGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATGTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAATTGTGCGACCTTTTGGAACATTATGTGCCAATACAACGCCTTTATAATCCCGGAAAATGATGACCATAACTTTTCCAGCAGGAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGACGGGGAACCAGCTTTTAACCATTGTTTGGACTGTACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCATAATATGGTGCAGAAATCAATCTT-CCTGTCTCTTATGACGAGCCTGACGGTCTTAAAAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTA-GGTCTGCTGACAACTGCTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCT---------------TGTCTCGTACTATCTTAAATACTGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATCAGCAACTTCTTGCTAAGTGACTCGTCATTCTTTCAAGATATAAGATTCGACATTGTTTAACCGTTTGTGGGGTCACTTTGCAAGCTGG-ACGCCCACTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCATGAAAACGACCTACCCAAAAATAAAACGCACTAAGTGACAAACATGAAT-CCTAAACCTATTTTGAAGTCAATTAAAAA-AAACACTGATTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACAATGCTCATCATA--------TGATGAGTCCTTATTACAATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACACATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTATTGCATATCATCTGCTAAGGTCCAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATTTGACTTATAT--------ATATT---------AGTCCATCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|10                         :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGGGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAGA----TTTCGA--TTT-ACTCCTTCTCAAAGTATTCTCATTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCAGTGTGGGAGTTTCCCGATTCCC-GCAGTGAACCAGCATTTAGGCCTAT-GTCGAAAGTGCTGATTTACAGCCAAAATCAATGCCCCTCAA-G-TGGCA--CATTTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatTGGTGAATCTGTGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATTTC-CCCGTCTCTTATGAATAGCCAGAAGGTCTTAAGAAGTGGTCTTGCGAACTAATTTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGTTCAAGCCAAGGTTGTCCCATACGATCTTAAATACCGATCCATTT
gi|12                         :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTTGTTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTATTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTGC-AGCGGTGTGGGACTTTCATGATTCCC-GCAGTAAACCACCAT
gi|13                         :                                                                               gaGTGGTCAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTACTTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTT---AAAGTATTCTCCTTCTTTCATTTCACACTTGTTCC-AGCGGTGGGGGACTTATTTG-TTCCCAGCA
gi|14                         :                                                                                                                                                            TATTCTCATTCTTTAAGTATGCATTGATCCC-AACGGCTTGGCAGCTTCCTGACTCCG-GTACTAAACCAAGATGTGGGCCTTT-GTCGAAag
gi|15                         :                                                              aGGGAAGGTCATTATCAAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTT-TTTTTTAAA----TTTTGA--TAATACTCCTTCTCA
gi|16                         :                                                           gcgaGGGGCGGTCATAATCTAGGTTGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGACTC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgaAAA-AGTCACTGGGAGTAAGTTCGGGACTGTAGGGTGGAT
gi|2                          :                                                              cGGGACGTTCATTATCTAGGTGGACAACCTTTAGTGCTTATTTGCGGCTCATTA-TTTTTTAAA----GTTCGA--TTTAAATCCTTCTCAAAGTATTATCCTTCTTCCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTGCTGATTTACAGCCCCAATCAATACCCCTCTG-C-TGGCA--TATTTGTTCCCAGTAAGC-ATTTTTTT--AATTCTGGAAACAAATAAAA--GTCACTAGGAGCAAGGTCAGGACTGTAAGGAGGGTGGTGTAGAGTTTCCCATTTGTAGGTCTTCAACAAGTCTTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCAATCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATAAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACAAAATGTGTCAATACAATGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTT-GGGGCGGTGAACCAGACCGTAACCATTGTTTGGATTGCACCTTGGATTAAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCTCTGTCACAATATGATGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCATATGACGAACCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGTGGACCCA-TTTTTGGTCTACTAACAACTGTTTTGGCACCCATCTATCACTTAACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCCTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTA-CATTTGTGGTGTCACTATGGAAGCTGG-GCGCCCCCAG-----CCACGTTTATTGATAATGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAACTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTTAACCTATTTTGAAGTCGGTTCAAAATAAAAAACAATTTTT------------GAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgaATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTCTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGAAGGGTGTAGAGTTTCC-GCGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGAGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGTACATATATTA--CATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTAGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGTAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCATAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAATGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCAGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGACTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACCATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGATGAGCTAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAAC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTATGATCTTAAATACCGATCCC-TTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGAGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGGTA-TTTTTTACCATTT-TTGGGTCACTATGCAAGCTGT-ACACCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCATTTCCACCAGCACGAAAATGAGCTATCCAAGAATAAAACGTGCTACGTGACTTACATGAATCCCGTAACCTAATTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCATGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCTATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGATTGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTAAGTGTTGCATATCATCTGCTTAGGTCTAAT------------ATCGAG--TTTT---A----------------TGCAATATTTTAAC-AAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|4                          :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTAATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTTTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTTC-AGCGGTGTGAGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAATATTTAGGCCAAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGGTCCCAGCAAGC-ATTTTTT---AATTCTGGAAACAATTAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCATGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTACAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTGTCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTGTGAGTCTAGGCTTCAATTTACGCAAATTTGCTTTCAATCTTGGTAAAACTACATCAGAATAATTATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTGATTAATCGCAGAAAATTATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTTGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGGCTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATAGTGCAGAAATTCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCAAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAGCCAA-TTTTTCGTCTGCTAACAACTGCTTTGGCATCCATCTAGC-----AC-----------------------TCCTGTATGATCTTAATTACCGATCCTT------------------------CTT---GCAAAGTGAATCGTCGATCTTTCATAAAATAAGATTCGACA-TTTTTTACAATTTGTAAGGTGACTATGCAAGCTGG-ATGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                       gaaC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCT-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTTGAAGGTACTGATTTACAGCCCCACTCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGAAAGC-ATTTTTTT--AATTCGGGAACCAAATAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTTAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCAGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCCAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTACAACCTTTCAGAACATAATGTGTCAATACAACGTCTTTATAGTCCCAGAAAATGATGGCCATAACTCTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGTGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTCTTTTGTCTCTTATGATGAGCCAGAAGGTCTTTAAAAGTGGTTTtgccgaccgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGC---------------TC-----ACAACTATTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAGGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCTTTTGAGATGCTAAATATATTAGCAGCTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATATTTT-ACCATTTGTGGGGTCGCTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACAAGCTACAGAAGAATAAAACGCGCTACGTGGCACACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCATTCTTCAAGAAGAAAGCTTATTACGGCACGCTGTTCTTTATA--------TGTTGAGTCCATATTATCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGCTATTGTTGCATATCACCTGCTAAGGTCTTATCTACCCGTGCACATCAAGTTTTTTTTTATATGACATATATTA--TGCAATATTTTAAC-AAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCGT
gi|7                          :                                                                                                                       TTTTAAAAAATTTTAGAAATTTAA----TTCTCGAGGTATTTTCCGTCTTTAAGTATACACTT-TACCAAACGTTGTGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       cttattcgaggcgcgaagagCCTATTGTCGAATGTATTGATTTATGGCCCCAATCAATGCATCGTTGATGTGGTATTTATCTATTTTCACTAAGCGATTtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattTTTTCTTTAGTTCTTGTAACAGATAC--TAACCAAAAGAAGCTTGGTCAGCGCTGTAGGAAGGATAATGAAGAGTTTCCCACTGGTATACCTGCAATAGGTCTAACGTTTTGGAAGCAATATGAGCAAGAGCATTGTCATTCAAATGAACC-ACGTTCTTCGATTAAAGTATTGGTCTTAGTTGACGAAGA-TTGCGTTCAAGTTT-GCAAAAgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|8                          : cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtaTAGGCCTAT-GTCGACGTTCCTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCC-TATG-T-TTGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTAGTGGCGATATGTGCTTGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTTTTTATTCTGAATCTAGGCCAAAGTTTACACAAATTTGCTTTCATTTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGGAACTGTGCGACCTTTTGGAATATAATGTGTCAATGCAACGCCTTTATTATTCCAGAAAATAATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGaaaacaactaaaaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTGGTACCCCTACTGGGCCCCCACGTATATTGTTAACGTCGTTTCCA--ATC--GAAAACGAACTACCAAATAATAATACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATATTGAAGTCGATTAAAAATAAAAACGGGATTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTATGGTACGCTGTTCTTCATAAGTTTTTATGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAATGCATTGTCCGAGTTTTAAAGTTATTGATGCATATCATCTACTATGGTCTAATCTACCCGTGTACATCAAT--CTTTTCGATATGACTTATATTTTATGCAATATTTT-ACTAAAAGTCCACCTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                              1111                                                                                                                                                        111                                  11                    22                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111                                                                                                                            1                                              22222                                                                                                                                                                             22222222                                                                                                                                 11                    3333                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                    5         0000      66   3 1                            0              4                 0        5                         5                                         000     77                  5        22                    44                                                                                                                         5                                  1                                                                                                                                                             5                                                                                                               6                                                    99                                      66666       44 1   1                                                                                                             0     6                             6          00000                                0         1                                           1                         0                                                            99999999                                                                                                               2        0        33    666 66    3     6666         3  33                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    .         ....      ..   . .                            .              .                 .        .                         .                                         ...     ..                  .        ..                    ..                                                                                                                         .                                  .                                                                                                                                                             .                                                                                                               .                                                    ..                                      .....       .. .   .                                                                                                             .     .                             .          .....                                .         .                                           .                         .                                                            ........                                                                                                               .        .        ..    ... ..    .     ....         .  ..                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    7         6666      99   6 4                            2              4                 2        0                         0                                         111     99                  7        66                    11                                                                                                                         7                                  4                                                                                                                                                             0                                                                                                               7                                                    88                                      77777       77 0   5                                                                                                             6     0                             7          00000                                8         4                                           4                         8                                                            00000000                                                                                                               5        2        88    000 88    5     8888         2  22                                 
consensus                     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
Reference ( family-6679 )     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|1                          :                                                               GGGGCGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCCAAGTGCTGATTTGTGGCTCGTTA-TTTTTTTAA----TTTCAA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCAATTTACACTTGTTCC-AGCCGTGTGGGCGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCGG-C-TGGCA--TATTTGCTCCCTGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGT--------GCAAGGTCAGGACTGTATGAAGGATGGTGT-------CCCACGTGTTTGTCTTCAACAAGTACTTTATTTTGGTAGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGTGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATGTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAATTGTGCGACCTTTTGGAACATTATGTGCCAATACAACGCCTTTATAATCCCGGAAAATGATGACCATAACTTTTCCAGCAGGAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGACGGGGAACCAGCTTTTAACCATTGTTTGGACTGTACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCATAATATGGTGCAGAAATCAATCTT-CCTGTCTCTTATGACGAGCCTGACGGTCTTAAAAAGTGGTCTTGCGAACCAA--TTTAGGTCTGCTGACAACTGCTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACC---------------TTGTCTCGTACTATCTTAAATACTGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATCAGCAACTTCTTGCTAAGTGACTCGTCATTCTTTCAAGATATAAGATTCGACATTGTTTAACCGTTTGTGGGGTCACTTTGCAAGCTGG-ACGCCCACTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCATGAAAACGACCTACCCAAAAATAAAACGCACTAAGTGACAAACATGAAT-CCTAAACCTATTTTGAAGTCAATTAAAAA-AAACACTGATTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACAATGCTCATCATA--------TGATGAGTCCTTATTACAATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACACATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTATTGCATATCATCTGCTAAGGTCCAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATTTGACTTATAT--------ATATT--------AGTCCATCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|10                         :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGGGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAGA----TTTCGA--TTT-ACTCCTTCTCAAAGTATTCTCATTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCAGTGTGGGAGTTTCCCGATTCCC-GCAGTGAACCAGCATTTAGGCCTAT-GTCGAAAGTGCTGATTTACAGCCAAAATCAATGCCCCTCAA-G-TGGCA--CATTTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatTGGTGAATCTGTGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATTTC-CCCGTCTCTTATGAATAGCCAGAAGGTCTTAAGAAGTGGTCTTGCGAACTAATTTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGTTCAAGCCAAGGTTGTCCCATACGATCTTAAATACCGATCCATTT
gi|12                         :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTTGTTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTATTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTGC-AGCGGTGTGGGACTTTCATGATTCCC-GCAGTAAACCACCAT
gi|13                         :                                                                               gaGTGGTCAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTACTTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTT---AAAGTATTCTCCTTCTTTCATTTCACACTTGTTCC-AGCGGTGGGGGACTTATTTG-TTCCCAGCA
gi|14                         :                                                                                                                                                            TATTCTCATTCTTTAAGTATGCATTGATCCC-AACGGCTTGGCAGCTTCCTGACTCCG-GTACTAAACCAAGATGTGGGCCTTT-GTCGAAag
gi|15                         :                                                              aGGGAAGGTCATTATCAAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTT-TTTTTTAAA----TTTTGA--TAATACTCCTTCTCA
gi|16                         :                                                           gcgaGGGGCGGTCATAATCTAGGTTGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGACTC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgaAAA-AGTCACTGGGAGTAAGTTCGGGACTGTAGGGTGGAT
gi|2                          :                                                              cGGGACGTTCATTATCTAGGTGGACAACCTTTAGTGCTTATTTGCGGCTCATTA-TTTTTTAAA----GTTCGA--TTTAAATCCTTCTCAAAGTATTATCCTTCTTCCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTGCTGATTTACAGCCCCAATCAATACCCCTCTG-C-TGGCA--TATTTGTTCCCAGTAAGC-ATTTTTTT--AATTCTGGAAACAAATAAAA--GTCACTAGGAGCAAGGTCAGGACTGTAAGGAGGGTGGTGTAGAGTTTCCCATTTGTAGGTCTTCAACAAGTCTTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCAATCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATAAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACAAAATGTGTCAATACAATGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTT-GGGGCGGTGAACCAGACCGTAACCATTGTTTGGATTGCACCTTGGATTAAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCTCTGTCACAATATGATGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCATATGACGAACCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGTGGACCCA-TTTTTGGTCTACTAACAACTGTTTTGGCACCCATCTATCACTTAACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCCTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTA-CATTTGTGGTGTCACTATGGAAGCTGG-GCGCCCCCAG-----CCACGTTTATTGATAATGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAACTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTTAACCTATTTTGAAGTCGGTTCAAAATAAAAAACAATTTTT------------GAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgaATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTCTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGAAGGGTGTAGAGTTTCC-GCGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGAGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGTACATATATTA--CATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTAGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGTAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCATAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAATGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCAGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGACTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACCATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGATGAGCTAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAAC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTATGATCTTAAATACCGATCCC-TTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGAGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGGTA-TTTTTTACCATTT-TTGGGTCACTATGCAAGCTGT-ACACCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCATTTCCACCAGCACGAAAATGAGCTATCCAAGAATAAAACGTGCTACGTGACTTACATGAATCCCGTAACCTAATTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCATGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCTATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGATTGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTAAGTGTTGCATATCATCTGCTTAGGTCTAAT------------ATCGAG--TTTT---A----------------TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|4                          :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTAATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTTTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTTC-AGCGGTGTGAGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAATATTTAGGCCAAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGGTCCCAGCAAGC-ATTTTTT---AATTCTGGAAACAATTAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCATGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTACAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTGTCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTGTGAGTCTAGGCTTCAATTTACGCAAATTTGCTTTCAATCTTGGTAAAACTACATCAGAATAATTATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTGATTAATCGCAGAAAATTATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTTGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGGCTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATAGTGCAGAAATTCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCAAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAGCCAA-TTTTTCGTCTGCTAACAACTGCTTTGGCATCCATCTAGC-----AC-----------------------TCCTGTATGATCTTAATTACCGATCCTT------------------------CTT---GCAAAGTGAATCGTCGATCTTTCATAAAATAAGATTCGACA-TTTTTTACAATTTGTAAGGTGACTATGCAAGCTGG-ATGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                       gaaC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCT-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTTGAAGGTACTGATTTACAGCCCCACTCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGAAAGC-ATTTTTTT--AATTCGGGAACCAAATAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTTAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCAGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCCAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTACAACCTTTCAGAACATAATGTGTCAATACAACGTCTTTATAGTCCCAGAAAATGATGGCCATAACTCTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGTGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTCTTTTGTCTCTTATGATGAGCCAGAAGGTCTTTAAAAGTGGTTTtgccgaccgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGC---------------TC-----ACAACTATTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAGGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCTTTTGAGATGCTAAATATATTAGCAGCTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATATTTT-ACCATTTGTGGGGTCGCTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACAAGCTACAGAAGAATAAAACGCGCTACGTGGCACACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCATTCTTCAAGAAGAAAGCTTATTACGGCACGCTGTTCTTTATA--------TGTTGAGTCCATATTATCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGCTATTGTTGCATATCACCTGCTAAGGTCTTATCTACCCGTGCACATCAAGTTTTTTTTTATATGACATATATTA--TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCGT
gi|7                          :                                                                                                                       TTTTAAAAAATTTTAGAAATTTAA----TTCTCGAGGTATTTTCCGTCTTTAAGTATACACTT-TACCAAACGTTGTGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       cttattcgaggcgcgaagagCCTATTGTCGAATGTATTGATTTATGGCCCCAATCAATGCATCGTTGATGTGGTATTTATCTATTTTCACTAAGCGATTtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattTTTTCTTTAGTTCTTGTAACAGATAC--TAACCAAAAGAAGCTTGGTCAGCGCTGTAGGAAGGATAATGAAGAGTTTCCCACTGGTATACCTGCAATAGGTCTAACGTTTTGGAAGCAATATGAGCAAGAGCATTGTCATTCAAATGAACC-ACGTTCTTCGATTAAAGTATTGGTCTTAGTTGACGAAGA-TTGCGTTCAAGTTT-GCAAAAgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|8                          : cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtaTAGGCCTAT-GTCGACGTTCCTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCC-TATG-T-TTGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTAGTGGCGATATGTGCTTGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTTTTTATTCTGAATCTAGGCCAAAGTTTACACAAATTTGCTTTCATTTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGGAACTGTGCGACCTTTTGGAATATAATGTGTCAATGCAACGCCTTTATTATTCCAGAAAATAATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGaaaacaactaaaaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTGGTACCCCTACTGGGCCCCCACGTATATTGTTAACGTCGTTTCCA--ATC--GAAAACGAACTACCAAATAATAATACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATATTGAAGTCGATTAAAAATAAAAACGGGATTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTATGGTACGCTGTTCTTCATAAGTTTTTATGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAATGCATTGTCCGAGTTTTAAAGTTATTGATGCATATCATCTACTATGGTCTAATCTACCCGTGTACATCAAT--CTTTTCGATATGACTTATATTTTATGCAATATTTTACTAAAAGTCCACCTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                              1111                                                                                                                                                        111                                  11                    22                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111                                                                                                                            1                                              22222                                                                                                                                                                             22222222                                                                                                                                 11                    3333                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                    5         0000      66   3 1                            0              4                 0        5                         5                                         000     77                  5        22                    44                                                                                                                         5                                  1                                                                                                                                                             5                                                                                                               6                                                    99                                      66666       44 1   1                                                                                                             0     6                             6          00000                                0         1                                           1                         0                                                            99999999                                                                                                               2        0        33    666 66    3     6666         3  33                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    .         ....      ..   . .                            .              .                 .        .                         .                                         ...     ..                  .        ..                    ..                                                                                                                         .                                  .                                                                                                                                                             .                                                                                                               .                                                    ..                                      .....       .. .   .                                                                                                             .     .                             .          .....                                .         .                                           .                         .                                                            ........                                                                                                               .        .        ..    ... ..    .     ....         .  ..                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    7         6666      99   6 4                            2              4                 2        0                         0                                         111     99                  7        66                    11                                                                                                                         7                                  4                                                                                                                                                             0                                                                                                               7                                                    88                                      77777       77 0   5                                                                                                             6     0                             7          00000                                8         4                                           4                         8                                                            00000000                                                                                                               5        2        88    000 88    5     8888         2  22                                 
consensus                     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
Reference ( family-6679 )     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|1                          :                                                               GGGGCGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCCAAGTGCTGATTTGTGGCTCGTTA-TTTTTTTAA----TTTCAA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCAATTTACACTTGTTCC-AGCCGTGTGGGCGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCGG-C-TGGCA--TATTTGCTCCCTGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGT--------GCAAGGTCAGGACTGTATGAAGGATGGTGT-------CCCACGTGTTTGTCTTCAACAAGTACTTTATTTTGGTAGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGTGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATGTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAATTGTGCGACCTTTTGGAACATTATGTGCCAATACAACGCCTTTATAATCCCGGAAAATGATGACCATAACTTTTCCAGCAGGAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGACGGGGAACCAGCTTTTAACCATTGTTTGGACTGTACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCATAATATGGTGCAGAAATCAATCTT-CCTGTCTCTTATGACGAGCCTGACGGTCTTAAAAAGTGGTCTTGCGAACCAA--TTTAGGTCTGCTGACAACTGCTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACC---------------TTGTCTCGTACTATCTTAAATACTGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATCAGCAACTTCTTGCTAAGTGACTCGTCATTCTTTCAAGATATAAGATTCGACATTGTTTAACCGTTTGTGGGGTCACTTTGCAAGCTGG-ACGCCCACTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCATGAAAACGACCTACCCAAAAATAAAACGCACTAAGTGACAAACATGAAT-CCTAAACCTATTTTGAAGTCAATTAAAAA-AAACACTGATTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACAATGCTCATCATA--------TGATGAGTCCTTATTACAATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACACATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTATTGCATATCATCTGCTAAGGTCCAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATTTGACTTATAT--------ATATT--------AGTCCATCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|10                         :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGGGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAGA----TTTCGA--TTT-ACTCCTTCTCAAAGTATTCTCATTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCAGTGTGGGAGTTTCCCGATTCCC-GCAGTGAACCAGCATTTAGGCCTAT-GTCGAAAGTGCTGATTTACAGCCAAAATCAATGCCCCTCAA-G-TGGCA--CATTTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatTGGTGAATCTGTGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATTTC-CCCGTCTCTTATGAATAGCCAGAAGGTCTTAAGAAGTGGTCTTGCGAACTAATTTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGTTCAAGCCAAGGTTGTCCCATACGATCTTAAATACCGATCCATTT
gi|12                         :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTTGTTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTATTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTGC-AGCGGTGTGGGACTTTCATGATTCCC-GCAGTAAACCACCAT
gi|13                         :                                                                               gaGTGGTCAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTACTTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTT---AAAGTATTCTCCTTCTTTCATTTCACACTTGTTCC-AGCGGTGGGGGACTTATTTG-TTCCCAGCA
gi|14                         :                                                                                                                                                            TATTCTCATTCTTTAAGTATGCATTGATCCC-AACGGCTTGGCAGCTTCCTGACTCCG-GTACTAAACCAAGATGTGGGCCTTT-GTCGAAag
gi|15                         :                                                              aGGGAAGGTCATTATCAAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTT-TTTTTTAAA----TTTTGA--TAATACTCCTTCTCA
gi|16                         :                                                           gcgaGGGGCGGTCATAATCTAGGTTGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGACTC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgaAAA-AGTCACTGGGAGTAAGTTCGGGACTGTAGGGTGGAT
gi|2                          :                                                              cGGGACGTTCATTATCTAGGTGGACAACCTTTAGTGCTTATTTGCGGCTCATTA-TTTTTTAAA----GTTCGA--TTTAAATCCTTCTCAAAGTATTATCCTTCTTCCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTGCTGATTTACAGCCCCAATCAATACCCCTCTG-C-TGGCA--TATTTGTTCCCAGTAAGC-ATTTTTTT--AATTCTGGAAACAAATAAAA--GTCACTAGGAGCAAGGTCAGGACTGTAAGGAGGGTGGTGTAGAGTTTCCCATTTGTAGGTCTTCAACAAGTCTTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCAATCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATAAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACAAAATGTGTCAATACAATGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTT-GGGGCGGTGAACCAGACCGTAACCATTGTTTGGATTGCACCTTGGATTAAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCTCTGTCACAATATGATGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCATATGACGAACCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGTGGACCCA-TTTTTGGTCTACTAACAACTGTTTTGGCACCCATCTATCACTTAACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCCTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTA-CATTTGTGGTGTCACTATGGAAGCTGG-GCGCCCCCAG-----CCACGTTTATTGATAATGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAACTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTTAACCTATTTTGAAGTCGGTTCAAAATAAAAAACAATTTTT------------GAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgaATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTCTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGAAGGGTGTAGAGTTTCC-GCGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGAGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGTACATATATTA--CATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTAGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGTAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCATAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAATGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCAGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGACTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACCATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGATGAGCTAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAAC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTATGATCTTAAATACCGATCCC-TTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGAGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGGTA-TTTTTTACCATTT-TTGGGTCACTATGCAAGCTGT-ACACCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCATTTCCACCAGCACGAAAATGAGCTATCCAAGAATAAAACGTGCTACGTGACTTACATGAATCCCGTAACCTAATTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCATGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCTATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGATTGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTAAGTGTTGCATATCATCTGCTTAGGTCTAAT------------ATCGAG--TTTT---A----------------TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|4                          :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTAATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTTTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTTC-AGCGGTGTGAGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAATATTTAGGCCAAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGGTCCCAGCAAGC-ATTTTTT---AATTCTGGAAACAATTAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCATGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTACAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTGTCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTGTGAGTCTAGGCTTCAATTTACGCAAATTTGCTTTCAATCTTGGTAAAACTACATCAGAATAATTATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTGATTAATCGCAGAAAATTATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTTGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGGCTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATAGTGCAGAAATTCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCAAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAGCCAA-TTTTTCGTCTGCTAACAACTGCTTTGGCATCCATCTAGC-----AC-----------------------TCCTGTATGATCTTAATTACCGATCCTT------------------------CTT---GCAAAGTGAATCGTCGATCTTTCATAAAATAAGATTCGACA-TTTTTTACAATTTGTAAGGTGACTATGCAAGCTGG-ATGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                       gaaC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCT-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTTGAAGGTACTGATTTACAGCCCCACTCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGAAAGC-ATTTTTTT--AATTCGGGAACCAAATAAAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTTAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCAGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCCAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTACAACCTTTCAGAACATAATGTGTCAATACAACGTCTTTATAGTCCCAGAAAATGATGGCCATAACTCTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGTGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTCTTTTGTCTCTTATGATGAGCCAGAAGGTCTTTAAAAGTGGTTTtgccgaccgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGC---------------TC-----ACAACTATTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAGGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCTTTTGAGATGCTAAATATATTAGCAGCTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATATTTT-ACCATTTGTGGGGTCGCTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACAAGCTACAGAAGAATAAAACGCGCTACGTGGCACACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCATTCTTCAAGAAGAAAGCTTATTACGGCACGCTGTTCTTTATA--------TGTTGAGTCCATATTATCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGCTATTGTTGCATATCACCTGCTAAGGTCTTATCTACCCGTGCACATCAAGTTTTTTTTTATATGACATATATTA--TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCGT
gi|7                          :                                                                                                                       TTTTAAAAAATTTTAGAAATTTAA----TTCTCGAGGTATTTTCCGTCTTTAAGTATACACTT-TACCAAACGTTGTGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       cttattcgaggcgcgaagagCCTATTGTCGAATGTATTGATTTATGGCCCCAATCAATGCATCGTTGATGTGGTATTTATCTATTTTCACTAAGCGATTtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattTTTTCTTTAGTTCTTGTAACAGATAC--TAACCAAAAGAAGCTTGGTCAGCGCTGTAGGAAGGATAATGAAGAGTTTCCCACTGGTATACCTGCAATAGGTCTAACGTTTTGGAAGCAATATGAGCAAGAGCATTGTCATTCAAATGAACC-ACGTTCTTCGATTAAAGTATTGGTCTTAGTTGACGAAGA-TTGCGTTCAAGTTT-GCAAAAgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|8                          : cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtaTAGGCCTAT-GTCGACGTTCCTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCC-TATG-T-TTGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTAGTGGCGATATGTGCTTGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTTTTTATTCTGAATCTAGGCCAAAGTTTACACAAATTTGCTTTCATTTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGGAACTGTGCGACCTTTTGGAATATAATGTGTCAATGCAACGCCTTTATTATTCCAGAAAATAATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGaaaacaactaaaaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTGGTACCCCTACTGGGCCCCCACGTATATTGTTAACGTCGTTTCCA--ATC--GAAAACGAACTACCAAATAATAATACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATATTGAAGTCGATTAAAAATAAAAACGGGATTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTATGGTACGCTGTTCTTCATAAGTTTTTATGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAATGCATTGTCCGAGTTTTAAAGTTATTGATGCATATCATCTACTATGGTCTAATCTACCCGTGTACATCAAT--CTTTTCGATATGACTTATATTTTATGCAATATTTTACTAAAAGTCCACCTA


blockSeqs                     :                                                                                                                    C         AAAT      AA   T C                                           A                          A                         T                                         ATG     TT                  G        TT                    TA                                                                                                                         T                                  A                                                                                                                                                             G                                                                                                               T                                                    TT                                      ACTTA       TT T   A                                                                                                             T     T                             T          GGCCC                                          A                                           T                                                                                      AGTTTTTA                                                                                                               C                 TT    TTT TA    A     TTTA         T  AC
blockSeqs                     :                                                                                                                    .         .         .    T T                                           .                          .                         .                                         G       .                   .        TT                    NN                                                                                                                         .                                  A                                                                                                                                                             T                                                                                                               .                                                    T                                       .           TT C   A                                                                                                             T     T                             .          .                                              G                                           T                                                                                      .                                                                                                                      C                 .     TCG TA    T     TA           T  AC
blockSeqs                     :                                                                                                                    .         .         .    T C                                           .                          .                         .                                         C       .                   .        NN                    A                                                                                                                          .                                  G                                                                                                                                                             G                                                                                                               .                                                    T                                       .           TC C   A                                                                                                             .     T                             .          .                                              G                                           A                                                                                      .                                                                                                                      .                 .     .   .     .     .            T  CT
blockSeqs                     :                                                                                                                    .         .         .    A C                                           .                          .                         .                                         T       .                   .        .                     T                                                                                                                          .                                  A                                                                                                                                                             .                                                                                                               .                                                    T                                       .           TT C   G                                                                                                             .     .                             .          .                                              A                                           A                                                                                      .                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                    .         .         .    T A                                           .                          .                         .                                         T       .                   .        .                     .                                                                                                                          .                                  G                                                                                                                                                                                                                                                                             .                                                    .                                       .           .  .   .                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                    .         .         .    A C                                           .                          .                         .                                         T       .                   .        .                     .                                                                                                                          .                                  A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                              .         .    . .                                           .                          .                         .                                                                                                    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                           .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T*                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T*                                                  TT
originalCons                  :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAATAGTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
finalCons                     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATAAAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAAT-TTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                              1111                                                                                                                                                        111                                  11                      22                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111                                                                                                                            1                                              22222                                                                                                                                                                             22222222                                                                                                                                 11                    3333                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                    5         0000      66   3 1                            0              4                 0        5                         5                                         000     77                  5        22                 66   44                                                                                                                         5                                  1                                                                                                                                                             5                                                                                                               6                                                    99                                      66666       44 1   1                                                                                                             0     6                             6          00000                                0         1                                           1                         0                                                            99999999                                                                                                               2        0        33    666 66    3     6666         3  33                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    .         ....      ..   . .                            .              .                 .        .                         .                                         ...     ..                  .        ..                 ..   ..                                                                                                                         .                                  .                                                                                                                                                             .                                                                                                               .                                                    ..                                      .....       .. .   .                                                                                                             .     .                             .          .....                                .         .                                           .                         .                                                            ........                                                                                                               .        .        ..    ... ..    .     ....         .  ..                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                    7         6666      99   6 4                            2              4                 2        0                         0                                         111     99                  7        66                 99   88                                                                                                                         7                                  4                                                                                                                                                             0                                                                                                               7                                                    88                                      77777       77 0   5                                                                                                             6     0                             7          00000                                8         4                                           4                         8                                                            00000000                                                                                                               5        2        88    000 88    5     8888         2  22                                 
consensus                     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA--AAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
Reference ( family-6679 )     :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA--AAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACGCAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTACCATTTGTGGGGTCACTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAGCTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTGTTGCATATCATCTGCTAAGGTCTAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATATGACTTATATT---TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|1                          :                                                               GGGGCGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCCAAGTGCTGATTTGTGGCTCGTTA-TTTTTTTAA----TTTCAA--TTTTACTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCAATTTACACTTGTTCC-AGCCGTGTGGGCGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCGG-C-TGGCA--TATTTGCTCCCTGCAAGC-ATTTTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA--AAATAGT--------GCAAGGTCAGGACTGTATGAAGGATGGTGT-------CCCACGTGTTTGTCTTCAACAAGTACTTTATTTTGGTAGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGTGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATGTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAATTGTGCGACCTTTTGGAACATTATGTGCCAATACAACGCCTTTATAATCCCGGAAAATGATGACCATAACTTTTCCAGCAGGAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGACGGGGAACCAGCTTTTAACCATTGTTTGGACTGTACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCATAATATGGTGCAGAAATCAATCTT-CCTGTCTCTTATGACGAGCCTGACGGTCTTAAAAAGTGGTCTTGCGAACCAA--TTTAGGTCTGCTGACAACTGCTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACC---------------TTGTCTCGTACTATCTTAAATACTGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATCAGCAACTTCTTGCTAAGTGACTCGTCATTCTTTCAAGATATAAGATTCGACATTGTTTAACCGTTTGTGGGGTCACTTTGCAAGCTGG-ACGCCCACTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCATGAAAACGACCTACCCAAAAATAAAACGCACTAAGTGACAAACATGAAT-CCTAAACCTATTTTGAAGTCAATTAAAAA-AAACACTGATTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCACAATGCTCATCATA--------TGATGAGTCCTTATTACAATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACACATTGTCCGATTTTAAAAGTTATTATTGCATATCATCTGCTAAGGTCCAATCTACCCGTGCACATCGAG--TTTTTCGATTTGACTTATAT--------ATATT--------AGTCCATCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|10                         :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGGGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAGA----TTTCGA--TTT-ACTCCTTCTCAAAGTATTCTCATTCTTTCATTATACACTTGTTCC-AGCAGTGTGGGAGTTTCCCGATTCCC-GCAGTGAACCAGCATTTAGGCCTAT-GTCGAAAGTGCTGATTTACAGCCAAAATCAATGCCCCTCAA-G-TGGCA--CATTTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gatTGGTGAATCTGTGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATTTC-CCCGTCTCTTATGAATAGCCAGAAGGTCTTAAGAAGTGGTCTTGCGAACTAATTTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGTTCAAGCCAAGGTTGTCCCATACGATCTTAAATACCGATCCATTT
gi|12                         :                                                               GGGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTTGTTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTATTCCTTCTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTGC-AGCGGTGTGGGACTTTCATGATTCCC-GCAGTAAACCACCAT
gi|13                         :                                                                               gaGTGGTCAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTACTTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTT---AAAGTATTCTCCTTCTTTCATTTCACACTTGTTCC-AGCGGTGGGGGACTTATTTG-TTCCCAGCA
gi|14                         :                                                                                                                                                            TATTCTCATTCTTTAAGTATGCATTGATCCC-AACGGCTTGGCAGCTTCCTGACTCCG-GTACTAAACCAAGATGTGGGCCTTT-GTCGAAag
gi|15                         :                                                              aGGGAAGGTCATTATCAAGGTGGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGGCTCATTT-TTTTTTAAA----TTTTGA--TAATACTCCTTCTCA
gi|16                         :                                                           gcgaGGGGCGGTCATAATCTAGGTTGACAACCCTCAGTGCTGATTTGTGACTC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acgaA--AAA--GTCACTGGGAGTAAGTTCGGGACTGTAGGGTGGAT
gi|2                          :                                                              cGGGACGTTCATTATCTAGGTGGACAACCTTTAGTGCTTATTTGCGGCTCATTA-TTTTTTAAA----GTTCGA--TTTAAATCCTTCTCAAAGTATTATCCTTCTTCCATTATACACTTGTTCC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTCGAAGGTGCTGATTTACAGCCCCAATCAATACCCCTCTG-C-TGGCA--TATTTGTTCCCAGTAAGC-ATTTTTTT--AATTCTGGAAACAAATA--AAA--GTCACTAGGAGCAAGGTCAGGACTGTAAGGAGGGTGGTGTAGAGTTTCCCATTTGTAGGTCTTCAACAAGTCTTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCAATCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATAAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACAAAATGTGTCAATACAATGCCTTTATAATCCCAGAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTT-GGGGCGGTGAACCAGACCGTAACCATTGTTTGGATTGCACCTTGGATTAAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCTCTGTCACAATATGATGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCATATGACGAACCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGTGGACCCA-TTTTTGGTCTACTAACAACTGTTTTGGCACCCATCTATCACTTAACTTACCTTGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCCTAAATACCGATCCCTTTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATTTTTTTA-CATTTGTGGTGTCACTATGGAAGCTGG-GCGCCCCCAG-----CCACGTTTATTGATAATGTCGTTTCTACCATCACGAAAACGAACTACCCAAGAATAAAACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTTAACCTATTTTGAAGTCGGTTCAAAATAAAAAACAATTTTT------------GAAGAAATCTTATTACGGCACGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCCATATTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgaATTTGTTCCCAGCAAGC-ATTCTTTTTTAATTCTGGAAACAAATA--AAAT-GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGAAGGGTGTAGAGTTTCC-GCGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGAGGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGTACATATATTA--CATTCTGAGTCTAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTAGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGTAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTTTATAATCCCATAAAATGATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAATGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGCAGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGACTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACCATATGGTGCAGAAATCCATCTC-CCTGTCTCTTATGATGAGCTAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAACCAA-TTTTTGGTCTGCTGACAACTGTTTTGGCACCCATCTAAC-----ACTTACCTCGCTCAAGCCAAGGTTGTCCCGTATGATCTTAAATACCGATCCC-TTGAGATGCTAAATCTATTAGCAACTTCTTGCAAAGAGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGGTA-TTTTTTACCATTT-TTGGGTCACTATGCAAGCTGT-ACACCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCATTTCCACCAGCACGAAAATGAGCTATCCAAGAATAAAACGTGCTACGTGACTTACATGAATCCCGTAACCTAATTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTACGGCATGCTGTTCTTCATA--------TGTTGAGTCTATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGATTGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGTAAGTGTTGCATATCATCTGCTTAGGTCTAAT------------ATCGAG--TTTT---A----------------TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCCTCGTA
gi|4                          :                                                                GGACGGTCATTATCTAGGTGGACAACCCTCAGTGCTAATTTGTGGCTCATTA-TTTTTTAAA----TTTCGA--TTTTACTCCTTTTCAAAGTATTCTCCTTCTTTCATTATACACTTGTTTC-AGCGGTGTGAGAGTTTCATGATTCCC-GCAGTGAACCAATATTTAGGCCAAT-GTCGAAGGTACTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGGTCCCAGCAAGC-ATTTTTT---AATTCTGGAAACAATTA--AAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCATGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTACAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCGGTATGTGCTGGGGCATTGTCGTGCTGAAGAACA-ACGTTCTTCATTGTGAGTCTAGGCTTCAATTTACGCAAATTTGCTTTCAATCTTGGTAAAACTACATCAGAATAATTATTTGCAGTAACTGTGCGACCTTTTGGAACATAATGTGTCAATACAACGCCTGATTAATCGCAGAAAATTATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTTGGGGCGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGGCTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATAGTGCAGAAATTCATCTC-CCTGTCTCTTATGACGAGCAAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGCGAGCCAA-TTTTTCGTCTGCTAACAACTGCTTTGGCATCCATCTAGC-----AC-----------------------TCCTGTATGATCTTAATTACCGATCCTT------------------------CTT---GCAAAGTGAATCGTCGATCTTTCATAAAATAAGATTCGACA-TTTTTTACAATTTGTAAGGTGACTATGCAAGCTGG-ATGC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                       gaaC-AGCGGTGTGGGAGTTTCATGATTCCT-GCAGTGAACCAACATTTAGGCCTAT-GTTGAAGGTACTGATTTACAGCCCCACTCAATGCCCCTCTG-T-TGGCA--TATTTGTTCCCAGAAAGC-ATTTTTTT--AATTCGGGAACCAAATA--AAA--GTCACTGGGAGCAAGGTCAGGACTGTAGGGAGGATGGTGTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTTAACAAGTCCTTTGTTTTGGTGGCAGTATGTGCTGGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTCTTCATTCTGAGTCCAGGCCTCAGTTTACACAAATTTGCTTTCAATTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGTAACTGTACAACCTTTCAGAACATAATGTGTCAATACAACGTCTTTATAGTCCCAGAAAATGATGGCCATAACTCTTCCAGCAGAAGGTGACTGTTTGAATTTCTTTGGGGGTGGGGAACCAGCTCGTACCCATTGTTTGGACTGCACCTTGGATTCAGGCTCAGAGTGATGAATCCATGTTTCGTCCCCTGTCACAATATGGTGCAGAAATCCATCTCTTTTGTCTCTTATGATGAGCCAGAAGGTCTTTAAAAGTGGTTTtgccgaccgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTCTCTTATGACGAGCCAGAAGGTCTTTAGAAGTGGTCTTGC---------------TC-----ACAACTATTTTGGCACCCATCTAGC-----ACTTACCTTGCTCAGGCCAAGGTTGTCCCGTACGATCTTAAATACCGATCCTTTTGAGATGCTAAATATATTAGCAGCTTCTTGCAAAGTGACTCGTCGATCTTTCATGATATAAGATTCGACATATTTT-ACCATTTGTGGGGTCGCTATGCAAGCTGG-ACGCCCCCTG-----CCACGTCTATTGTTAACGTCGTTTCTACCATCACGAAAACAAGCTACAGAAGAATAAAACGCGCTACGTGGCACACATGAATCCCTAAACCTATTTTGAAGTCGATTCAAAATAAAAACCGGTTTTTGCCATTCTTCAAGAAGAAAGCTTATTACGGCACGCTGTTCTTTATA--------TGTTGAGTCCATATTATCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAACGCATTGTCCGATTTTAAAAGCTATTGTTGCATATCACCTGCTAAGGTCTTATCTACCCGTGCACATCAAGTTTTTTTTTATATGACATATATTA--TGCAATATTTTAACAAAAGTCCACCTAGATAATGACCGTCCTTCGT
gi|7                          :                                                                                                                       TTTTAAAAAATTTTAGAAATTTAA----TTCTCGAGGTATTTTCCGTCTTTAAGTATACACTT-TACCAAACGTTGTGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       cttattcgaggcgcgaagagCCTATTGTCGAATGTATTGATTTATGGCCCCAATCAATGCATCGTTGATGTGGTATTTATCTATTTTCACTAAGCGATTtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                     cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattTTTTCTTTAGTTCTTGTAACAGATACTAA----CCAAAAGAAGCTTGGTCAGCGCTGTAGGAAGGATAATGAAGAGTTTCCCACTGGTATACCTGCAATAGGTCTAACGTTTTGGAAGCAATATGAGCAAGAGCATTGTCATTCAAATGAACC-ACGTTCTTCGATTAAAGTATTGGTCTTAGTTGACGAAGA-TTGCGTTCAAGTTT-GCAAAAgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtattttctttagttcttgtaacagatactaaccaaaagaagcttggtcagcgctgtaggaaggataatgaagagtttcccactggtatacctgcaataggtctaacgttttggaagcaatatgagcaagagcattgtcattcaaatgaaccacgttcttcgattaaagtattggtcttagttgacgaagattgcgttcaagtttgcaaaaaaaacaactaaaaa
gi|8                          : cttattcgaggcgcgaagagttttaaaaaattttagaaatttaattctcgaggtattttccgtctttaagtatacactttaccaaacgttgtggtatattcctattgtcgaatgtattgatttatggccccaatcaatgcatcgttgatgtggtatttatctattttcactaagcgattgtaaagtattttcgctaaatgactgcacagttttttcactaaatgattgtaTAGGCCTAT-GTCGACGTTCCTGATTTACAGCCCCAATCAATGCCC-TATG-T-TTGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGAGTTTCCCACGTGTAGGTCTTCAACAAGTCCTTTGTTTTAGTGGCGATATGTGCTTGGGCATTATCGTGCTGAAGAACA-ACATTTTTTATTCTGAATCTAGGCCAAAGTTTACACAAATTTGCTTTCATTTTTGGTAAAACTACATCAGAATAATAATTTGCAGGAACTGTGCGACCTTTTGGAATATAATGTGTCAATGCAACGCCTTTATTATTCCAGAAAATAATGGCCATAACTTTTCCAGCAGAAGGaaaacaactaaaaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCTGGTACCCCTACTGGGCCCCCACGTATATTGTTAACGTCGTTTCCA--ATC--GAAAACGAACTACCAAATAATAATACGCGCTACGTGACATACATGAATCCCTAAACCTATATTGAAGTCGATTAAAAATAAAAACGGGATTTTGCCCTTCTTCAAGAAGAAATCTTATTATGGTACGCTGTTCTTCATAAGTTTTTATGTTGAGTCCATATTACCATGTATACATGCAATGTATAAGTGACCGATTTTGGTACAATGCATTGTCCGAGTTTTAAAGTTATTGATGCATATCATCTACTATGGTCTAATCTACCCGTGTACATCAAT--CTTTTCGATATGACTTATATTTTATGCAATATTTTACTAAAAGTCCACCTA