lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4 111 111 3333333 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 111111111111 2222222222222222222222 11 111111 111 111 11111 11 666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 1 99 111 1 000 4 2222222 6666 1 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 666666666666 7777 3 666666666666 5555555555555555555555 33 3 3 77777 888888 555 6666 3 111111 000 999 22222 5 33 444444444444444444444444444444444 3
lowQualScore : . . .. ... . ... . ....... .... . ... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ ..... ............ .... . ............ ...................... .. . . ..... ...... ... .... . ...... ... ... ..... . .. ................................. .
lowQualScore : 0 0 00 777 4 000 4 2222222 2222 1 444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333 888888888888 1111 3 888888888888 5555555555555555555555 11 1 1 77777 888888 000 5555 1 000000 000 333 55555 0 88 888888888888888888888888888888888 0
consensus : AAGTA-ACAAACCANTA---ATTAA---TGT-AAA--TTTNTCATCAATTCAAGGGCAATA---ACTCTG----A-AGAT--C--TANT--A--AA--T----A-T-TCTG--A---TAC-ACTTGGTGGGACTCA-TA----GC-A--CTAT--GGGN------ATAAACATTT-T-AC---AT--CCANC--T--TTATTA---AAATCCN--GCCA-ACCAT---TACAAAG--TTATTG-CC------ANGGACA--------G-G-----C-----------AA------AT---------TTC--C-ANCAATTCAAGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CT--------TA-----CT---------------C------TCAT-----CG--C---------ACT----A-TGGG------A-----ATAAA--------------C----ATTTGTACC-A-ATT-----GTTA------TT---AAAATC--CGGC-CAAC-----CATT-ACAAAG-T-TAT-----TG-CCC--TGNA--CGTG-TG-ATA-----ACAAA----TGNGTGCNTGCCA
Reference ( gi|4 ) : AAGTAAACAAACCAATA---ATTGA---TGT-AA---TTCGTCATTAAATCAAGGGCAACA---ACTCTG----A-AGAT--C--TAAT--A--AA--T----A-T-TTTG--A--ATAC-ATTTGGTGGGGCTCA-CA----GC-A--CTAT--AGAT------ATAAACATTT-T-AC---ATCCCCACCCACC-CTGTTA---AAATCAA--GCCA-AGCAT---TACAAAG--TTATTG-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----------AA------AT---------TTC--CAAAAAAATCAAGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CT--------TA-----C----------------C------TCAT-----TG--C---------ACT----A-TGGG------A-----ATAAA--------------C----GCTTGAACC-A-ATT-----GTTA------TT---AAAATC--TGGC-CAAT-----CATT-GTAAAG-A-TAT-----TG-CCC--TGTA--CATATTA-ACA-----ACAAA----TGA-TGCATGCCA
gi|3 : AAGTA--CAAACCACTA---ATTAA---CGT-AAATTTCCATCATT---TTAAGGGCAACACCTCCTCTGT---A-AAAA--C--T-GT--G--CC--C----A-T-TCTG--A--CCAT-ACTTGGTAGGGCTC
gi|3 : aACAAAT-AA-A---ATTAA---TAT-AA---GTTTTTACAAATTCCAGGGCAGCA---ACTTTT---------T--CGTTACT--A--AGGCT----T-T-TCTG--A--TTAT-ATTTGGTCAGACTCA-TC----GA-A--CTTA--AGGT------ATAAATGTTTGT-ACCA-ATTGTCA----------TTA---AAATCTA--GCCA-ctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggacaaataaaattaatataagtttttacaaattccagggcagcaactttttcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagactcatcgaacttaaggtataaatgtttgtaccaattgtcattaaaatctagccatt
gi|15 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggACAAACTACTA---ATTAA---TGTCAA---TTT-TCATCAATTAGAGGGCAACA---TTTTT-----------------------------T----A-T-TCTA--A--CAAC-TCTTGGTGGGACTCA-TT----GC-A--CCATTCAGA-------AAAAACATTTCT-AC---tt
gi|2 : acatagtATAGACCAGAA---A--AA---TGT-AAA--TT--TCATCAACTCAAGGGCAATA---ACTCTC----G-AGTTA-C--TAAG--AC-GA--T----A-CAGATG--A--AT-C-CTT--GCAGGACACA-TC----AC-A--CTA---AGGTG-----ATAAACACTT-ccattcattaattatagaatttggccaccattgca
gi|14 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggCAAAACACTA---ATTGT---TAT-CA---TTTTTCATCAACTCAAGGGCAATA---ACTCT-----C-AGAT--A--CAAC--A--GA--T----A-T-TCTG--A--TCAT-ATCTGTTGTG--TCA-CA----TC-A--C-------------------ACATTT-T-GT---ACCTTTGAATTTT-TTATTC---AAGTC-C--GCCA-ACCAT---TAC-AGG--TTATTG-aatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|12 : ATCAATACAAGTTGACAATGT-AAAT-TTCAACATT---TCAGGGGCAATA---ACTCTG----G-A-AT-----TATT--A--AGGCC----A-T-TCT-------------TTG-TGTGATTCA-TA----------CTAC--GGGG------ATAATCATTT--------GTTTCAATTG----TTATTA---AAATTCA--GCCA-ATCAT---TACCAAG--TTA
gi|6 : ttgaatccagccagccTAA---TGT-AAATTTTCATCATT---TAAAGGGCAACA---ACTCT-------AGAG--T--TACT------A--T----A--------------AC-A-TTGGAGGAACTCATCA-------A--ATTT--TGAG------CTAAAC-------AC---AT--GTAGCAATTGTTATTA---AATTCTT--ACCA-ACCAT---TACCAAG--ACCTTG-CC------A---ACA--------G-GAGA--C-----------AAAAACACAT---------TTT--C-ATCAATTCGGGG-GCAAT--------------------AACTGGAATTATAGTA---------CT--------TAGTGGGA----------------C------TCAC-----TG--C---------ACT----A-Tc
gi|8 : agGT-AA---TTTTTCACCAATTCAAGGGCAATA---ACTCTAGCATA-AG-T--A--TGAT--AACAA--TGGCCA-T-TCTGACA--ATAC---TTGG-------CA-CATATTGC-A--CTAT--AGAA------ATAAACATTTGTAACA--ATTTTCATC----------A---AAATTCA--GCCA-GCCAT---CAGTAAG--TTATcaagaaaacacatttt
gi|7 : aaagtttttgacctcaa-AA---TT--TCATCAAAACAAAAGCAGTA---ACTCTG----A-AAAT--acaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|1 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattgcaccatgggtataaacctttataccaattgttacttaaatcgataatcaactgttataaagttaatgccctggacaaaaaatatagtaA---TTTTTCCTCAATTCAAGGGCAATA---ACTCTA----A-AG----T--TAGT--AC-AA--CA---A-T-TTTG--A----CC-AT------GAAATGA-TA----GCTG--CTAT--GGGA------ATAAATATTT-T-A--------CCAATTG---TTATTA---AAATCCT--GC-----CAT---TACAAAGTATTACTG-CC------tact
gi|22 : tacataaaatcagtcattacagagttattgccctaaaaattgatgagcaaatgagatCATCAATTCAAGGGCAGTA---ACTCTA----AGAGAT--cattgtatctgtagtatatagcaaagagctgctgcctgccagtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|2 : ttttcATAAAAACAAGGCCAATA---ACTCTG----C-AG-TGAC--TA-TGGA--GA--T----AAT-GTTG--ATCATGCTACACGCTGAA---CA-CA----CC-AAACTAT--GGGG------ATAGACATTG---AT---A---CCAACAAT---TATTC---AAGTCGG--ACCA-AATAT---TACAAAT--TTATCGGCC------A-GGATA--------G-A-----CCAGAAAAATGTAA------AT---------TTC----ATCAACTCAAGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CT--------agtatggtgattcttaccgt
gi|5 : aatatacagagaaacaaaaaTCAAGGGCAATA---ACTCTG----A-GTTT--C-----------AA--T----G-T-CC---------AC-TCTTGGTGGGGCTC--TA-------A--ATAA--AGATTCAGGAGTAACCATTTGT-ACTAAAT-------------TGTTATT-ATATTCC--GACACAATAT---TACAG-----TATTGTCC------CCGGACA--------G-A-----CAAA--------AA------AT---------TTC--C--ATCAATCAAAGTGCAGT--------------------AACC---------------------Ccgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacacatcacactaaggtgataaacacttaatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|7 : tttttaaagaaagcccagccaactattaaagttataacttgggacaagaaatgtaaattttctat----GC-A--CCAT--GGGT------ATAAACCTTT--------AT----ACCAAT---TGTTACTTAAATCGATAATCA-ACTGT---TATAAAG--TTAATG-CC------CTGGACAAAAAATATA-G-----T-----------AA------AT---------TTCATCAAAA----CAAAA-GCAGT--------------------AACT---------------------CT--------cggagtacaattagta
gi|9 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattTGTTACCAAAATCAT--GCCA-ACCGT---TACAAAG--T--TTG-TG------AAGAATATTAT----G-T-----C-----------AA------TT---------TTC----ATCAATTCAAGG-GTAAC--------------------AACTTATATATGGCCATCCGAATTACT--------TG-----CTACGA-----------C------TTAT-----TG--C---------ATT----A-TGAG------AATTCTATACA--------------C----ATTTTTACC-A-ACT-----TTTA------TA---ATAATC--gaaaattact
gi|16 : gaataaccatttgtgacaattgtTTA---AAATTCA--TCCA-ATCAT---TACAAAG--TTATGG-Ccacc
gi|1 : aagggaaataactctgcaggtactgatctgatcctttttcatacgctgacaatcatttataccaattttacaacaaTA---AAATCA---GTCA-----T---TACAGAG--TTATTG-CCCTAAAAATTGATG--------A-G-----C-----------AA------ATGAGATATTTTTC--CTCAAT--TCAAGG-GCAATAACTCTAAAGTTAGTACAACAATT---------------------TT--------GA-----C----------------CATGAAATGAT-----AG--CT--------GCT----A-TGGG------A-----ATAAA--------------T----ATTTTA-CC-A-ATT-----GTTA------TT---AAAATC--CTGC----------CATT-ACAAAGTATTAC-----TG-CCCATTGTATCTGTAGTATATA-----GCAAAGAGCTGC-TGCCTGCCA
gi|24 : tacaTA---AAATCTG--GCCA-AACAT---TACAACG--TTATTG-CC------ACAGA-A--------G-G-----T-----------CA------AT---------GTC--gtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|5 : A---AAGCCCA--GCCA-ACTAT---TA--AAG--TTATAA-CT------TGGGACA--------A-GAAATGT-----------AA------AT---------TTT--CTAT----TCAAGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CT--------GAG----T----------------T------TCAA-----TGTCC---------ACTCTTGG-TGGGGCTCTAA-----ATAAAGATTCAGGAGTAACC----ATTTGTACTAA-ATT-----GTTA------TT---ATATTC--CGACACAAT------AT---TACAG---TAT-----TGTCCC--CGGA--CA----G-ACA-----AAAAA----T
gi|12 : tttttaaagAATCCA--GCCA-GCCATCAATACAA-G--TT----------------GACA--------ATG-----T-----------AA------AT---------TTC----AACATTTCAGGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CTGGAATTATTAAGG--C----------------CAT----TCTT-----TG--TGTGATTCATACT----A-CGGG------G-----ATAAT--------------C----ATTTGTTTC-A-ATT-----GTTA------TT---AAAATT--CAGC-CAAT-----CATT-ACCAAG-T-TAttccatcaatcaaagtgcagtaaccccggagtacaattagta
gi|19 : ttg---TACAAAG--TTATTG-CC------AAGGACA--------G-A-----C-----------AA------Ac
gi|14 : AACTCAAGG-GCAAT--------------------AACT---------------------CT--------CA-----aagaatgtaaacttcaatgcaagacaattactttggagtaact
gi|6 : caaaacactaattgttatcatttttcatcAAGG-GCAAC--------------------AACT---------------------CTAGAGT---TA-----CTATAACATTGGAGGAAC------TCAT-----CA--A---------ATT----T-TGAG------C------TAAA--------------C----ACATGTAGC-A-ATT-----GTTA------TT---AAATTC--TTAC-CAAC-----CATT-ACCAAG-A-CCT-----TG-CCgatacaacagatattctgatcatatctgttgtgtcacatcacacattttgtacctttgaattttttattcaagtccgccaaccattacaggttattg
gi|16 : agtaatgtaaattttcatcatttaAAGG-GAAAT--------------------AACT---------------------CTGCAGG---TA-----CTGAT------------C------TGATCCTTTTT--C---------A-T----A-CGCT------G-----ACAAT--------------C----ATTTATACC-A-ATT------TTACAACAATT---AAAATT--CATC-CAAT-----CATT-ACAAAG-T-TAT-----GG-Caacaggagacaaaaacacattttcatcaattcgggggcaataactggaattatagtacttagtgggactcactgcactatcaagaaaacacatttt
gi|15 : AAC--------------------AACT---------------------CT--------TG-----GTGGGA-----------C------TCAT-----TG--C---------ACC----ATTCAG------A-----AAAAA--------------C----ATTTCTACC-C-ATTCATTAATTA-------T---AGAATT--TGGC-C-AC-----CATT-GCA
gi|3 : acatagtacaaactactaattaatgtcaattttcatcaattagagggcaacattttttattct----------------C------TCAT-----CG--A---------ACT----T-AAGG------T-----ATAAA--------------T----GTTTGTACC-A-ATT-----GTCA------TT---AAAATC--TAGC-CA
gi|2 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggacaaataaaattaatataagtttttacaaattccagggcagcaactttttcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagaCAT-----CA--C---------ACT----A-AGGT------G-----ATAAA--------------C----ACTT-AATC-AGAAA-----GTTA------TT---AAAATC--TTAT-CTATCAAGCCATT-CCAAAA-A-TAC-----TG-Ctt
gi|7 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggatagaccagaaaaatgtaaatttcatcaactcaagggcaataactctcgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacaAT-----TG--C---------ACC----A-TGGG------T-----ATAAA--------------C----CTTTATACC-A-ATT-----GTTA------CT---TAAATCGATAAT-CAAC-----TGTT-ATAAAG-T-TAA-----TG-CCC--TGGA--CA
gi|8 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatAT-----TG--C---------ACT----A-TAGA------A-----ATAAA--------------C----ATTTGTAAC-A-ATT-----TTCA------TC---AAAATT--CAGC-CAGC-----CATCAGT-AAG-T-TATACAACTG-CAG--TGT---CATGTTG-ATAGATGGACAAA----AGAGTGCAaaaaatatagtaaatttcatcaaaacaaaagcagtaactctgaaaattact
gi|17 : aaagtttttgacctcaagtaatttttcaccaattcaagggcaataactctagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatGGA------A-----ATAA---------------CTTTTGTTTGAAC------T-----GATA------TT---AAAATT--TGGC-CAAC-----CATT-
gi|9 : agtaactatggttgtcctaaccatactttatgtgacataccaaataatgccaagG------A-----ATAAC--------------C----ATTTGTGAC-A-ATT-----GTTG------TTACCAAAATC--ATGC-CAAC-----CGTT-ACAAAG-a
gi|24 : T---AAAATC--TGGC-CAAA-----CATT-ACAACG-T-TAT-----TG-CCtttgtgaagaatattatgtcaattttcatcaattcaagggtaacaacttatatatggccatccgaattacttgctacgacttattgcattatgagaattctatacacatttttaccaacttttataataatccacc
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGTGATATCTGTAGGTTCTTAGTAAATGAACGCAAGCTTGGTTTGTGATGTTTATTATTGGACTCCTAAATAATAACTCTCTAGCTACATGTAGTAACATACAGAATATTGACATACAGTGGAGTAACGCATGAATATGTGGTCACGCTTTAAACGTCGGCCGGCAGCGGCTATTTGCTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): TGTAATGTCTGTAGGTTCTAAGTAAATTAAAGCAAGCTCGATGTTTATTGTTGGACTACTCAATAACAAGTCTCTTGCTAAACGCAGTAACATACAAGATAATCATACAGCGGAGTAACTCATGAATATCTGGCTACGCCTTAAGCACCGGCCGACAGGGGCTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTAATATCTGTAGGTTCTAAGTAAACGAACACAAGCTTGGTTTATGATATTGGACTACTAAATAACAACTCCAGTAACATACAAGATATTAACATACAGTGGAATAACTCATGAATATGTAGCCATGCTGGACAGTAGCATCTATTTGCTGGATAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTAAAGGGCAGTAACTCTAATGCTACTACAGCCATTTTGACCATTTTATAATAACATATAATACAGGGATAAATGGGTGTACCATTTGTTGCATCAA
Unaligned ( gi|20 ): CCATTCCAATGCTGCACATATTGCTCGATAGAAGCTACCAGCATTTTTAATAATTTATCATCA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATATTGACCAATTGCTCCTCTGCAAAAAGAACCCATATATTTATAAATCAAATAACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATAATTTTTGTAGGATCTTAGTAGATGAACACAAACTTGATTTATGAGGTTTACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 22222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111111111111 22222222222222 22222 11 555555555555555555 333333
lowQualScore : 77 7 1 222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888 666666 555555 2 2 333 33 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 1 99999999999999999999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 4 999999999999 66666666666666 1 5 66 0 5 1 99 00000 8 11 11 333333333333333333 9 666666 1
lowQualScore : .. . . ... .............................................................................................................................................. ...... ...... ...... . . ... .. . ........................................................................ ... . .................... ................................................................... . .... . ............ .............. . . .. . . . .. ..... . .. .. .................. . ...... .
lowQualScore : 33 5 3 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 444444 333333 2 4 999 11 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 0 55555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6666 4 444444444444 11111111111111 4 0 99 4 7 7 22 00000 0 00 88 555555555555555555 8 000000 0
consensus : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTA-A----A--T----A-TT---C-TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---ATCGC-ACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A-C-C---A--NT---T---TT------ATTAA------AATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAG--TTATTG-CC------ACG---GAC-A--------G------G-----C---AA------A-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG----ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
Reference ( family-656 ) : AAGTAA-CAAACCANTAATTAATGTAAATTTNT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTA-A----A--T----A-TT---C-TGA-T-A-CA-CTTGGTGGGACTC---ATAGC-ACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----ATC-C---A--NC---T---TT------ATTAA------AATC----CNGC-CAA-CCAT---TACAAAG--TTATTG-CC------ANG---GAC-A--------G------G-----C---AA------A-----------T---------TTCC-ANCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGNACGTG-TG----ATA-----ACAAATGNG----TGCNTGCCA
gi|1 : TAA------AATC----------AG-TCAT---TACAGAG--TTATTG-CCCTAAAAATT---GAT-G--------A------G-----C---AA------A-----------TGAGATATTTTTCC--TCAATTCAAGGGCAATAACTCTAAAGTTAGTACAACAATT---------------------TT--------------GAC-----CATGAAATG------A---T-AGCTGCT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------TATTT-TACC-AATTGTTATTAAAATC--CTG-----CCATTACAAAGTATTAC-----TG-CCCATTGTATCTG-TAGTATATA-----GCAAA-GAGCTGCTGCCTGCCA
gi|1 : tacaATTTTT-CCTCAATTCAAGGGCAATAACTC----TA----AAG----T--TAGTACA----A--C----AATT---T-TGA-C---CA------TGAAA-TG---ATAGCTGCTA-T-GGGAATA-----AATA-----TTT-T-A--------C-C---A--AT---TG--TT------ATTAA------AATC----CTG------CCAT---TACAAAGTATTACTG-CC------gtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|12 : tacataaaatcagtcattacagagttattgccctaaaaattgatgagcaaatgagat------AATC----CAGC-CAG-CCATCAATACAA-G--TT-------------------GAC-A--------AT-----G-----T---AA------A-----------T---------TTC--AACATTTCAGGGG--------------------CAATAACT---------------------CTGGAATTATTAAGGCCATT----C------TTTGTGTGA---TTCAT-ACT----AC-GGG------G-----ATAAT--------------CATTTGTTTC-AATTGTTATTAAAATT--CAGC-CAATCATTACCAAG--TTAcattgtatctgtagtatatagcaaagagctgctgcctgccagtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|14 : ttg-CAAAACACTAATTGTTATCA-TTTTT-CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----T-----CAG--ATA--CAACA-G----A--T----A-TT---C-TGA-TCA-TA-TCTGTTGTG--TC---ACATC-AC------------------ACA-----TTT-T-G-T----ACC-TTTGAATTT---T---TT------ATTCA------AGTC----C-GC-CAA-CCAT---TAC-AGG--TTATTG-c
gi|15 : AGTA--CAAACTACTAATTAATGTCAATTT-T-CATCAATTAGAGGGCAACATTTT----T-----------------------------T----A-TT---C-TAA-C-AACT-CTTGGTGGGACTC---ATTGC-ACCATT-CAGAAAA-----AACA-----TTTCT-A-C------C-C---A-------T---TC------ATTAATTATAGAATT----TGGC-C-A-CCAT---TGCA
gi|16 : acatAAGGGAAATAACTC----TG----CAG--G----TACTG-A---------------T---C-TGA-T-C-CT-TTT--------TC---ATA-C-GCT-------GACA-----ATCA------TT-T-A-T----A-C-C---A--AT---T---TTACAACAATTAA------AATT----CATC-CAA-TCAT---TACAAAG--TTATGG-C
gi|17 : -GGA------A-----ATAA---------------CTTTTGTTTG-AACTGATATTAAAATT--TGGC-CAACCATTA
gi|19 : agtaactatggttgtcctaaccatactttatgtgacataccaaataatgccaag---TACAAAG--TTATTG-CC------AAG---GAC-A--------G------A-----C---AA------A-----------
gi|2 : CAAGGCCAATAACTC----TG----CAGTGA-C--TATGG-AGATAA--T----G-TTGATCATGC-T-A-CA-C---GCTGAACAC---ACCAA-ACTA-T-GGGGATA-----GACA-----TTG---A-T----A-C-C---A--AC---AA--TT------ATTCA------AGTC----GGAC-CAA-ATAT---TACAAAT--TTATCGGCC------AGGATAGACCA--------GAAAAATG-----T---AA------A-----------T---------TTC--ATCAACTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------aagaatgtaaacttcaatgcaagacaattactttggagtaact
gi|2 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaaA-TAGACCAGAAA--AATGTAAATTT---CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----TC----GAG----T--TACTA-AGACGA--T----A------C-AGA-T-G-AATCCTTGCAGGACAC---ATCAC-ACTA-A-GGTGATA-----AACA------CT-T-A------ATCAG---A--AA---G---TT------ATTAA------AATCTTATCTAT-CAAGCCAT---TCCAAAA--ATACTG-Ccgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacacatcacactaaggtgataaacacttaatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|22 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggTTTTC-CATCAATTCAAGGGCAGTAACTC----T-----AAG--AGA--TAGTA-
gi|24 : TAA------AATC----TGGC-CAA-ACAT---TACAACG--TTATTG-CC------ACA---GA--A--------G------G-----T---CA------A-----------T---------GTCtggtgattcttaccgt
gi|3 : AAGTA--CAAACCACTAATTAACGTAAATTTC--CATCATTTTAAGGGCAACACCTCCTC-TGT---AAA--AAC--T-GTG-C----C--C----A-TT---C-TGA-CCA-TA-CTTGGTAGGGCTC---CTCAC-CCAA-TCAAGAATAACAGTAATACTATTTTT-T-A-CCTAAATC-A---A--TT---T---TT-------TTA------------------C-CAA-CCAC---TACAAGG--TAACAG-CTCTGG--ATG---GAC-A--------A------A-----T---AA------AATTAATATAAGT---------TTTT-ACAAATTCCAGGG--------------------CAGCAACT---------------------TT--------------T
gi|3 : aA-CAAATAA--AATTAATATAAGTTTTTACA--AATTCCAGGGCAGCAACTT----TT----------TCGTTACTA-A----GGCT----T-TT---C-TGATT-A-TA-TTTGGTCAGACTC---ATCGA-ACTT-A-AGGTATA-----AATG-----TTTGT-A--------C-C---A--AT---TG--TC------ATTAA------AATC----TAGC-CAtcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagactcatcgaacttaaggtataaatgtttgtaccaattgtcattaaaatctagccatt
gi|4 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggAAGTAAACAAACCAATAATTGATGTAA-TTCGT-CATTAAATCAAGGGCAACAACTC----TG----AAG--ATC--TAATA-A----A--T----A-TT---T-TGAAT-A-CA-TTTGGTGGGGCTC---ACAGC-ACTA-T-AGATATA-----AACA-----TTT-T-A-C----ATC-CCC-A--CC---CACCCT------GTTAA------AATC----AAGC-CAA-GCAT---TACAAAG--TTATTG-CC------ACG---GAC-A--------G------G-----C---AA------A-----------T---------TTCCAAAAAAATCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TAC-----C------TC------A---T-TGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CGCTTGAACC-AATTGTTATTAAAATC--TGGC-CAATCATTGTAAAG--ATAT-----TG-CCC--TGTACATATTA----ACA-----ACAAATGA-----TGCATGCCAtt
gi|5 : AA------AGCC----CAGC-CAA-CTAT---TA--AAG--TTATAA-CT------TGG---GAC-A--------A------GAAATGT---AA------A-----------T---------TT----TCTATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------GAGT----T------TC------AATGT-C-C-ACTCTTGGT-GGGGCTCTAA-----ATAAAGATTCAGGAGTAACCATTTGTACTAAATTGTTATTATATTC--CGACACAA-TATTACAG-----TAT-----TGTCCC--CGGACA----G----ACA-----AAAAAT
gi|5 : tttttaaagAATGTAAATTT-----TCTATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AGT--TTC--------A----A--T----G-TC---C-------A-CT-CTTGGTGGGGCTCTAAATAAA-GATT-C-AGGAGTA-----ACCA-----TTTGT-A-C-----TA-A---A--TT---G---TT------ATTAT------ATTC----CGACACAA--TAT---TACAG-----TATTGTCC------CCG---GAC-A--------G------A-----CAAAAA------A-----------T---------TTCC-ATCAATCAAAGTG--------------------CAGTAACC---------------------Cttccatcaatcaaagtgcagtaaccccggagtacaattagta
gi|6 : tttttaaagaaagcccagccaactattaaagttataacttgggacaagaTAATGTAAATTT-T-CATCATTTAAAGGGCAACAACTC----T------AG--AGT--TACTA---------T----A--------------A-CA--TTGGAGGAACTC---ATCAA-ATTT-T-GAGC-TA-----AACA-------------C----ATG-T---A--GCAATTG--TT------ATTAA------ATTC----TTAC-CAA-CCAT---TACCAAG--ACCTTG-CC------A------AC-A--------G------GAGA--C---AAAAACACA-----------T---------TTTC-ATCAATTCGGGGG--------------------CAATAACTGGAATTATAGTA---------CT--------------TAGTGGGAC------TC------A---C-TGC-ACT----ATCAAG------A-----AAACA--------------CATTTcggagtacaattagta
gi|7 : agAAGAGCAATAACTTACTTTC----AA---------AATA-G----G--T----AATT---A-GGA-C-A-TGTCTTCATGAAATAT---ATTGC-ACCA-T-GGGTATA-----AAC------CTT-T-A-T----A-C-C---A--AT---TG--TT------ACTTA------AATCGA--TAAT-CAA-CTGT---TATAAAG--TTAATG-CC------CTG---GAC-AAAAAATATA------G-----T---AA------A-----------T---------TT-C-ATCAAAACAAAAG--------------------CAGTAACT---------------------CT--------------t
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaa------A---T-TGC-ACC----AT-GGG------T-----ATAAA--------------CCTTTATACC-AATTGTTACTTAAATCGATAAT-CAACTGTTATAAAG--TTAA-----TG-CCC--TGGACgaaaattact
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatGTAAATTT---CATCAAAACAAAAGCAGTAACTC----TG----AAA--AT---TACTaaaaaatatagtaaatttcatcaaaacaaaagcagtaactctgaaaattact
gi|8 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattgcaccatgggtataaacctttataccaattgttacttaaatcgataatcaactgttataaagttaatgccctggacaaaaaatataAAAG--TTTTTG-AC------CT------C-A--------A------G-----T---AA------T-----------T---------TTTC-ACCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------
gi|8 : AATTTTT-CACCAATTCAAGGGCAATAACTC----TAGCATAAG---TA--TGATA-ACA--A--TGGCCA-TT---C-TGA-C-AATA-CTTGGC---ACAT---ATTGC-ACTA-T-AGAAATA-----AACA-----TTTGT-AAC----A-------A--TT---T---TC------ATCAA------AATT----CAGC-CAG-CCAT---CAGTAAG--TTATagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatattgcactatagaaataaacatttgtaacaattttcatcaaaattcagccagccatcagtaagttatacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|8 : aaagtttttgacctcaagt------A---T-TGC-ACT----AT-AGA------A-----ATAAA--------------CATTTGTAAC-AATTTTCATCAAAATT--CAGC-CAGCCATCAGTAAG--TTATACAACTG-CAG--TGT-CATGTTG----ATAGATGGACAAAAGAG----TGCacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|9 : aaagtttttgacctcaagtaatttttcaccaattcaagggcaataactctagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatGAATA-----ACCA-----TTTGTGA-C----AAT-T---G--TT---G---TT------ACCAA------AATC----ATGC-CAA-CCGT---TACAAAG--T--TTG-TG------AAG---AAT-ATTAT----G------T-----C----A------A-----------T---------TTTC-ATCAATTCAAGGG--------------------TAACAACTTATATATGGCCATCCGAATTACT--------------TGCTACGAC------TT------A---T-TGC-ATT----AT-GAG------AATTCTATACA--------------CATTTTTACC-AACTTTTATAATAATC--Ca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGTGATATCTGTAGGTTCTTAGTAAATGAACGCAAGCTTGGTTTGTGATGTTTATTATTGGACTCCTAAATAATAACTCTCTAGCTACATGTAGTAACATACAGAATATTGACATACAGTGGAGTAACGCATGAATATGTGGTCACGCTTTAAACGTCGGCCGGCAGCGGCTATTTGCTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): TGTAATGTCTGTAGGTTCTAAGTAAATTAAAGCAAGCTCGATGTTTATTGTTGGACTACTCAATAACAAGTCTCTTGCTAAACGCAGTAACATACAAGATAATCATACAGCGGAGTAACTCATGAATATCTGGCTACGCCTTAAGCACCGGCCGACAGGGGCTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTAATATCTGTAGGTTCTAAGTAAACGAACACAAGCTTGGTTTATGATATTGGACTACTAAATAACAACTCCAGTAACATACAAGATATTAACATACAGTGGAATAACTCATGAATATGTAGCCATGCTGGACAGTAGCATCTATTTGCTGGATAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTAAAGGGCAGTAACTCTAATGCTACTACAGCCATTTTGACCATTTTATAATAACATATAATACAGGGATAAATGGGTGTACCATTTGTTGCATCAA
Unaligned ( gi|20 ): CCATTCCAATGCTGCACATATTGCTCGATAGAAGCTACCAGCATTTTTAATAATTTATCATCA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATATTGACCAATTGCTCCTCTGCAAAAAGAACCCATATATTTATAAATCAAATAACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATAATTTTTGTAGGATCTTAGTAGATGAACACAAACTTGATTTATGAGGTTTACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444444444444 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111111111111 22222222222222 22222 11 111 22222 33333
lowQualScore : 33 5 2 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 1 555 3 2 99999999 77777 999999 5555555555555555555555555555555 888888 33 888888 2 2 444 2 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 3 0 99999999999999999999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 4 999999999999 66666666666666 1 5 66 0 5 1 99 00000 8 11 11 4444 777 55555 9 55555 1
lowQualScore : .. . . ... ............................................................ . .. . ... . . ........ ..... ...... ............................... ...... .. ...... . . ... . . ........................................................... . . . .................... ................................................................... . .... . ............ .............. . . .. . . . .. ..... . .. .. .... ... ..... . ..... .
lowQualScore : 55 0 3 666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 66 8 888 3 4 22222222 77777 777777 8888888888888888888888888888888 888888 77 666666 4 5 111 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 6 5 55555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6666 4 444444444444 11111111111111 4 0 99 4 7 7 22 00000 0 00 44 0000 555 00000 8 00000 0
consensus : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A---CC----A--NT--T---TTA------T--TAAAATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
Reference ( family-656 ) : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A---CC----A--NT--T---TTA------T--TAAAATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
gi|1 : --TAAAATC----------AG-TCAT---TACAGAGTTATT-G-CCCTAAAAATTGATG--------A-G-----C-----AAA-----------TGAGATATTTTTCC--TCAATTCAAGGGCAATAACTCTAAAGTTAGTACAACAATT---------------------TT--------------GAC-----CATGAAATG------A---T-AGCTGCT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------TATTT-TACC-AATTGTTATTAAAATC--CTG-----CCATTACAAAGTATTAC-----TG-CCCATTGTATCTGTAGTATATA-----GCAAA-GAGCTGCTGCCTGCCA
gi|12 : tacaAATC----CAGC-CAG-CCATCAATACAA-GTT-----------------GACA--------ATG-----T-----AAA-----------T---------TTCA-A-CATTTCAGGGG--------------------CAATAACT---------------------CTGGAATTATTAAGGCCATT----C------TTTGTGTGA---TTCAT-ACT----AC-GGG------G-----ATAAT--------------CATTTGTTTC-AATTGTTATTAAAATT--CAGC-CAATCATTACCAAG--TTAgtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|14 : ttg-CAAAACACTAATTGTTATCA-TTTTT-CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----T-----CAG--ATA--CAACAG----A--T----A-TT---C---TGATC-A-TA-TCTGTTGTGTCAC---AT-CAC--------------------ACA-----TTT-T-G-T----A---CCTTTGAATTT--T---TTA------T--TCAAGTC----C-GC-CAA-CCAT---TAC-AGGTTATT-G-c
gi|15 : AGTA--CAAACTACTAATTAATGTCAATTTT--CATCAATTAGAGGGCAACATTTT----T----------------------------T----A-TT---C---TAA-C-AACT-CTTGGTGGGACTC---AT-TGCACCATT-CAGAAAA-----AACA-----TTTCT-A-C--------CC----A--TTCAT---TAA------TTATAGAATT----TGGC-C-A-CCAT---TGCA
gi|16 : acatAAGGGAAATAACTC----TG----CAG--GT----ACTGA---------------T---C---TGA-T-C-CT-TTT--------TC---ATACGC-----T-G---ACA-----ATCA-----TTT---A-T----A---CC----A--AT--T---TTACAACAAT--TAAAATT----CATC-CAA-TCAT---TACAAAGTTATG-G-C
gi|17 : -GGA------A-----ATAA---------------CTTTTGTTTG-AACTGATATTAAAATT--TGGC-CAACCATTA
gi|18 : agtaactatggttgtcctaaccatactttatgtgacataccaaataatgccaagATTAAAGGGCAGTAACTC----TA----ATG----C--TACTAC----AGCC----A-TT---T---TGA-C---CA-TTT
gi|19 : ---TACAAAGTTATT-G-CC------AAGGACA--------G-A-----C-----AAA-----------tataataacatataatacagggataaatgggtgtaccatttgttgcatcaa
gi|2 : CAAGGCCAATAACTC----TG----CAGTGA-C--TATGGAGATAA--T----G-TTGATCA--TGC-T-A-CA-C---GCTGAACAC---AC-CAAACTA-T-GGGGATA-----GACA------TT-G-A-T----A---CC----A--ACA-A---TTA------T--TCAAGTC----GGAC-CAA-ATAT---TACAAATTTATCGG-CC------A-GGATA--------G-A-----CCAGAAAAA-----------TGTAAA----TTTC-ATCAACTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------aagaatgtaaacttcaatgcaagacaattactttggagtaact
gi|2 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaaAATGTAAATTT---CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----TC----GAG----T--TACTAAGACGA--T----A------CAGATGA---A-TC-CTT-GCAGGACAC---AT-CACACTA-A-GGTGATA-----AACA-----CTT-A-ATC----A---GA----A--A---G---TTA------T--TAAAATCTTATCTAT-CAAGCCAT---TCCAAAAATACT-G-Ccgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacacatcacactaaggtgataaacacttaatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|22 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggatagaccagaaaTTTTC-CATCAATTCAAGGGCAGTAACTC----T-----AAG--AGA--TAGTA
gi|24 : --TAAAATC----TGGC-CAA-ACAT---TACAACGTTATT-G-CC------ACAGA-A--------G-G-----T-----CAA-----------T---------GTCtggtgattcttaccgt
gi|3 : AAGTA--CAAACCACTAATTAACGTAAATTTC--CATCATTTTAAGGGCAACACCTCCTC-TGT---AAA--AAC--T-GTGC----C--C----A-TT---C---TGACC-A-TA-CTTGGTAGGGCTC---CT-CACCCAA-TCAAGAATAACAGTAATACTATTTTT-T-A-CCTAAA---TC----A--AT--T---TTT------T--TA------------C-CAA-CCAC---TACAAGGTAACA-G-CTCTGG--ATGGACA--------A-A-----T-----AAAATTAATATAAGT---------TTTT-ACAAATTCCAGGG--------------------CAGCAACT---------------------TT--------------T
gi|3 : aA-CAAATAA--AATTAATATAAGTTTTTACA--AATTCCAGGGCAGCAACTT----TT----------TCGTTACTAA----GGCT----T-TT---C---TGA-TTA-TA-TTTGGTCAGACTC---AT-CGAACTT-A-AGGTATA-----AATG------TT-T-G-T----A---CC----A--AT--TG--TCA------T--TAAAATC----TAGC-CAtcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagactcatcgaacttaaggtataaatgtttgtaccaattgtcattaaaatctagccatt
gi|4 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggAAGTAAACAAACCAATAATTGATGTAA-TTCGT-CATTAAATCAAGGGCAACAACTC----TG----AAG--ATC--TAATAA----A--T----A-TT---T---TGAAT-A-CA-TTTGGTGGGGCTC---AC-AGCACTA-T-AGATATA-----AACA-----TTT-T-A-C----ATCCCC----A--CC--CACCCTG------T--TAAAATC----AAGC-CAA-GCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCCAAAAAAATCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TAC-----C------TC------A---T-TGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CGCTTGAACC-AATTGTTATTAAAATC--TGGC-CAATCATTGTAAAG--ATAT-----TG-CCC--TGTACATATTA---ACA-----ACAAATGA-----TGCATGCCAtt
gi|5 : AAAGCC----CAGC-CAA-CTAT---TA--AAGTTATA-A-CT------TGGGACA--------A-GAAATGT-----AAA-----------T---------TT----TCTATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------GAGT----T------TC------AATGT-C-C-ACTCTTGGT-GGGGCTCTAA-----ATAAAGATTCAGGAGTAACCATTTGTACTAAATTGTTATTATATTC--CGACACAA-TATTACAG-----TAT-----TGTCCC--CGGACA----G---ACA-----AAAAAT
gi|5 : tttttaaagAATGTAAATTTT-----CTATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AGT--TTC-------A----A--T----G-TC---C---------A-CT-CTTGGTGGGGCTCTAAAT-AAAGATT-C-AGGAGTA-----ACCA-----TTTGT-A-C----T---AA----A--TT--G---TTA------T--TATATTC----CGACACAA-T-AT---TACAG---TATT-GTCC------CCGGACA--------G-A-----C-----AAAAAA--------T---------TTCC-ATCAATCAAAGTG--------------------CAGTAACC---------------------Cttccatcaatcaaagtgcagtaaccccggagtacaattagta
gi|6 : tttttaaagaaagcccagccaactattaaagttataacttgggacaagaTAATGTAAATTTT--CATCATTTAAAGGGCAACAACTC----T------AG--AGT--TACTA------------------------TAA-C-A-----TTGGAGGAACTC---AT-CAAATTT-T-GAGC-TA-----AACA-----CAT---G-T----A---GC----A--AT--TG--TTA------T--TAAATTC----TTAC-CAA-CCAT---TACCAAGACCTT-G-CC------A---ACA--------G-GAGA--C-----AAAAACACA-----T---------TTTC-ATCAATTCGGGGG--------------------CAATAACTGGAATTATAGTA---------CT--------------TAGTGGGAC------TC------A---C-TGC-ACT----ATCAAG------A-----AAACA--------------CATTTcggagtacaattagta
gi|7 : agAAGAGCAATAACTTACTTTC----AA---------AATAG----G--T----AATT---A---GGA-C-A-TGTCTTCATGAAATAT---AT-TGCACCA-T-GGGTATA-----AAC------CTT-T-A-T----A---CC----A--AT--TG--TTA------C--TTAAATCGA--TAAT-CAA-CTGT---TATAAAGTTAAT-G-CC------CTGGACAAAAAATATA-G-----T-----AAA-----------T---------TT-C-ATCAAAACAAAAG--------------------CAGTAACT---------------------CT--------------t
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaa------A---T-TGC-ACC----AT-GGG------T-----ATAAA--------------CCTTTATACC-AATTGTTACTTAAATCGATAAT-CAACTGTTATAAAG--TTAA-----TG-CCC--TGGACAgaaaattact
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatGTAAATTT---CATCAAAACAAAAGCAGTAACTC----TG----AAA--AT---TACTaaaaatatagtaaatttcatcaaaacaaaagcagtaactctgaaaattact
gi|8 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattgcaccatgggtataaacctttataccaattgttacttaaatcgataatcaactgttataaagttaatgccctggacaaaaaatataAAAGTTTTT-G-AC------CT---CA--------A-G-----T-----AAT-----------T---------TTTC-ACCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------
gi|8 : AATTTTT-CACCAATTCAAGGGCAATAACTC----TAGCATAAG---TA--TGATAACA--A--TGGCCA-TT---C---TGA-C-AATA-CTTGGC---ACAT---AT-TGCACTA-T-AGAAATA-----AACA-----TTTGT-A------A---CA----A--TT--T---TCA------T--CAAAATT----CAGC-CAG-CCAT---CAGTAAGTTATagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatattgcactatagaaataaacatttgtaacaattttcatcaaaattcagccagccatcagtaagttatacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|8 : aaagtttttgacctcaagt------A---T-TGC-ACT----AT-AGA------A-----ATAAA--------------CATTTGTAAC-AATTTTCATCAAAATT--CAGC-CAGCCATCAGTAAG--TTATACAACTG-CAG--TGT-CATGTTG---ATAGATGGACAAAAGAG----TGCacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|9 : aaagtttttgacctcaagtaatttttcaccaattcaagggcaataactctagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatGAATA-----ACCA-----TTTGTGA-C----A---AT----T--GT--TG--TTA------C--CAAAATC----ATGC-CAA-CCGT---TACAAAGTT--T-G-TG------AAGAATATTAT----G-T-----C-----AA------------T---------TTTC-ATCAATTCAAGGG--------------------TAACAACTTATATATGGCCATCCGAATTACT--------------TGCTACGAC------TT------A---T-TGC-ATT----AT-GAG------AATTCTATACA--------------CATTTTTACC-AACTTTTATAATAATC--Ca
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGTGATATCTGTAGGTTCTTAGTAAATGAACGCAAGCTTGGTTTGTGATGTTTATTATTGGACTCCTAAATAATAACTCTCTAGCTACATGTAGTAACATACAGAATATTGACATACAGTGGAGTAACGCATGAATATGTGGTCACGCTTTAAACGTCGGCCGGCAGCGGCTATTTGCTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): TGTAATGTCTGTAGGTTCTAAGTAAATTAAAGCAAGCTCGATGTTTATTGTTGGACTACTCAATAACAAGTCTCTTGCTAAACGCAGTAACATACAAGATAATCATACAGCGGAGTAACTCATGAATATCTGGCTACGCCTTAAGCACCGGCCGACAGGGGCTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTAATATCTGTAGGTTCTAAGTAAACGAACACAAGCTTGGTTTATGATATTGGACTACTAAATAACAACTCCAGTAACATACAAGATATTAACATACAGTGGAATAACTCATGAATATGTAGCCATGCTGGACAGTAGCATCTATTTGCTGGATAA
Unaligned ( gi|20 ): CCATTCCAATGCTGCACATATTGCTCGATAGAAGCTACCAGCATTTTTAATAATTTATCATCA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATATTGACCAATTGCTCCTCTGCAAAAAGAACCCATATATTTATAAATCAAATAACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATAATTTTTGTAGGATCTTAGTAGATGAACACAAACTTGATTTATGAGGTTTACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444444444444 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111111111111 22222222222222 22222 11 111 22222 33333
lowQualScore : 33 5 2 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 1 555 3 2 99999999 77777 999999 5555555555555555555555555555555 888888 33 888888 2 2 444 2 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 3 0 99999999999999999999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 4 999999999999 66666666666666 1 5 66 0 5 1 99 00000 8 11 11 4444 777 55555 9 55555 1
lowQualScore : .. . . ... ............................................................ . .. . ... . . ........ ..... ...... ............................... ...... .. ...... . . ... . . ........................................................... . . . .................... ................................................................... . .... . ............ .............. . . .. . . . .. ..... . .. .. .... ... ..... . ..... .
lowQualScore : 55 0 3 666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 66 8 888 3 4 22222222 77777 777777 8888888888888888888888888888888 888888 77 666666 4 5 111 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 6 5 55555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6666 4 444444444444 11111111111111 4 0 99 4 7 7 22 00000 0 00 44 0000 555 00000 8 00000 0
consensus : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A---CC----A--NT--T---TTA------T--TAAAATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
Reference ( family-656 ) : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A---CC----A--NT--T---TTA------T--TAAAATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
gi|1 : --TAAAATC----------AG-TCAT---TACAGAGTTATT-G-CCCTAAAAATTGATG--------A-G-----C-----AAA-----------TGAGATATTTTTCC--TCAATTCAAGGGCAATAACTCTAAAGTTAGTACAACAATT---------------------TT--------------GAC-----CATGAAATG------A---T-AGCTGCT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------TATTT-TACC-AATTGTTATTAAAATC--CTG-----CCATTACAAAGTATTAC-----TG-CCCATTGTATCTGTAGTATATA-----GCAAA-GAGCTGCTGCCTGCCA
gi|12 : tacaAATC----CAGC-CAG-CCATCAATACAA-GTT-----------------GACA--------ATG-----T-----AAA-----------T---------TTCA-A-CATTTCAGGGG--------------------CAATAACT---------------------CTGGAATTATTAAGGCCATT----C------TTTGTGTGA---TTCAT-ACT----AC-GGG------G-----ATAAT--------------CATTTGTTTC-AATTGTTATTAAAATT--CAGC-CAATCATTACCAAG--TTAgtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|14 : ttg-CAAAACACTAATTGTTATCA-TTTTT-CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----T-----CAG--ATA--CAACAG----A--T----A-TT---C---TGATC-A-TA-TCTGTTGTGTCAC---AT-CAC--------------------ACA-----TTT-T-G-T----A---CCTTTGAATTT--T---TTA------T--TCAAGTC----C-GC-CAA-CCAT---TAC-AGGTTATT-G-c
gi|15 : AGTA--CAAACTACTAATTAATGTCAATTTT--CATCAATTAGAGGGCAACATTTT----T----------------------------T----A-TT---C---TAA-C-AACT-CTTGGTGGGACTC---AT-TGCACCATT-CAGAAAA-----AACA-----TTTCT-A-C--------CC----A--TTCAT---TAA------TTATAGAATT----TGGC-C-A-CCAT---TGCA
gi|16 : acatAAGGGAAATAACTC----TG----CAG--GT----ACTGA---------------T---C---TGA-T-C-CT-TTT--------TC---ATACGC-----T-G---ACA-----ATCA-----TTT---A-T----A---CC----A--AT--T---TTACAACAAT--TAAAATT----CATC-CAA-TCAT---TACAAAGTTATG-G-C
gi|17 : -GGA------A-----ATAA---------------CTTTTGTTTG-AACTGATATTAAAATT--TGGC-CAACCATTA
gi|18 : agtaactatggttgtcctaaccatactttatgtgacataccaaataatgccaagATTAAAGGGCAGTAACTC----TA----ATG----C--TACTAC----AGCC----A-TT---T---TGA-C---CA-TTT
gi|19 : ---TACAAAGTTATT-G-CC------AAGGACA--------G-A-----C-----AAA-----------tataataacatataatacagggataaatgggtgtaccatttgttgcatcaa
gi|2 : CAAGGCCAATAACTC----TG----CAGTGA-C--TATGGAGATAA--T----G-TTGATCA--TGC-T-A-CA-C---GCTGAACAC---AC-CAAACTA-T-GGGGATA-----GACA------TT-G-A-T----A---CC----A--ACA-A---TTA------T--TCAAGTC----GGAC-CAA-ATAT---TACAAATTTATCGG-CC------A-GGATA--------G-A-----CCAGAAAAA-----------TGTAAA----TTTC-ATCAACTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------aagaatgtaaacttcaatgcaagacaattactttggagtaact
gi|2 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaaAATGTAAATTT---CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----TC----GAG----T--TACTAAGACGA--T----A------CAGATGA---A-TC-CTT-GCAGGACAC---AT-CACACTA-A-GGTGATA-----AACA-----CTT-A-ATC----A---GA----A--A---G---TTA------T--TAAAATCTTATCTAT-CAAGCCAT---TCCAAAAATACT-G-Ccgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacacatcacactaaggtgataaacacttaatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|22 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggatagaccagaaaTTTTC-CATCAATTCAAGGGCAGTAACTC----T-----AAG--AGA--TAGTA
gi|24 : --TAAAATC----TGGC-CAA-ACAT---TACAACGTTATT-G-CC------ACAGA-A--------G-G-----T-----CAA-----------T---------GTCtggtgattcttaccgt
gi|3 : AAGTA--CAAACCACTAATTAACGTAAATTTC--CATCATTTTAAGGGCAACACCTCCTC-TGT---AAA--AAC--T-GTGC----C--C----A-TT---C---TGACC-A-TA-CTTGGTAGGGCTC---CT-CACCCAA-TCAAGAATAACAGTAATACTATTTTT-T-A-CCTAAA---TC----A--AT--T---TTT------T--TA------------C-CAA-CCAC---TACAAGGTAACA-G-CTCTGG--ATGGACA--------A-A-----T-----AAAATTAATATAAGT---------TTTT-ACAAATTCCAGGG--------------------CAGCAACT---------------------TT--------------T
gi|3 : aA-CAAATAA--AATTAATATAAGTTTTTACA--AATTCCAGGGCAGCAACTT----TT----------TCGTTACTAA----GGCT----T-TT---C---TGA-TTA-TA-TTTGGTCAGACTC---AT-CGAACTT-A-AGGTATA-----AATG------TT-T-G-T----A---CC----A--AT--TG--TCA------T--TAAAATC----TAGC-CAtcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagactcatcgaacttaaggtataaatgtttgtaccaattgtcattaaaatctagccatt
gi|4 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggAAGTAAACAAACCAATAATTGATGTAA-TTCGT-CATTAAATCAAGGGCAACAACTC----TG----AAG--ATC--TAATAA----A--T----A-TT---T---TGAAT-A-CA-TTTGGTGGGGCTC---AC-AGCACTA-T-AGATATA-----AACA-----TTT-T-A-C----ATCCCC----A--CC--CACCCTG------T--TAAAATC----AAGC-CAA-GCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCCAAAAAAATCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TAC-----C------TC------A---T-TGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CGCTTGAACC-AATTGTTATTAAAATC--TGGC-CAATCATTGTAAAG--ATAT-----TG-CCC--TGTACATATTA---ACA-----ACAAATGA-----TGCATGCCAtt
gi|5 : AAAGCC----CAGC-CAA-CTAT---TA--AAGTTATA-A-CT------TGGGACA--------A-GAAATGT-----AAA-----------T---------TT----TCTATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------GAGT----T------TC------AATGT-C-C-ACTCTTGGT-GGGGCTCTAA-----ATAAAGATTCAGGAGTAACCATTTGTACTAAATTGTTATTATATTC--CGACACAA-TATTACAG-----TAT-----TGTCCC--CGGACA----G---ACA-----AAAAAT
gi|5 : tttttaaagAATGTAAATTTT-----CTATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AGT--TTC-------A----A--T----G-TC---C---------A-CT-CTTGGTGGGGCTCTAAAT-AAAGATT-C-AGGAGTA-----ACCA-----TTTGT-A-C----T---AA----A--TT--G---TTA------T--TATATTC----CGACACAA-T-AT---TACAG---TATT-GTCC------CCGGACA--------G-A-----C-----AAAAAA--------T---------TTCC-ATCAATCAAAGTG--------------------CAGTAACC---------------------Cttccatcaatcaaagtgcagtaaccccggagtacaattagta
gi|6 : tttttaaagaaagcccagccaactattaaagttataacttgggacaagaTAATGTAAATTTT--CATCATTTAAAGGGCAACAACTC----T------AG--AGT--TACTA------------------------TAA-C-A-----TTGGAGGAACTC---AT-CAAATTT-T-GAGC-TA-----AACA-----CAT---G-T----A---GC----A--AT--TG--TTA------T--TAAATTC----TTAC-CAA-CCAT---TACCAAGACCTT-G-CC------A---ACA--------G-GAGA--C-----AAAAACACA-----T---------TTTC-ATCAATTCGGGGG--------------------CAATAACTGGAATTATAGTA---------CT--------------TAGTGGGAC------TC------A---C-TGC-ACT----ATCAAG------A-----AAACA--------------CATTTcggagtacaattagta
gi|7 : agAAGAGCAATAACTTACTTTC----AA---------AATAG----G--T----AATT---A---GGA-C-A-TGTCTTCATGAAATAT---AT-TGCACCA-T-GGGTATA-----AAC------CTT-T-A-T----A---CC----A--AT--TG--TTA------C--TTAAATCGA--TAAT-CAA-CTGT---TATAAAGTTAAT-G-CC------CTGGACAAAAAATATA-G-----T-----AAA-----------T---------TT-C-ATCAAAACAAAAG--------------------CAGTAACT---------------------CT--------------t
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaa------A---T-TGC-ACC----AT-GGG------T-----ATAAA--------------CCTTTATACC-AATTGTTACTTAAATCGATAAT-CAACTGTTATAAAG--TTAA-----TG-CCC--TGGACAgaaaattact
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatGTAAATTT---CATCAAAACAAAAGCAGTAACTC----TG----AAA--AT---TACTaaaaatatagtaaatttcatcaaaacaaaagcagtaactctgaaaattact
gi|8 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattgcaccatgggtataaacctttataccaattgttacttaaatcgataatcaactgttataaagttaatgccctggacaaaaaatataAAAGTTTTT-G-AC------CT---CA--------A-G-----T-----AAT-----------T---------TTTC-ACCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------
gi|8 : AATTTTT-CACCAATTCAAGGGCAATAACTC----TAGCATAAG---TA--TGATAACA--A--TGGCCA-TT---C---TGA-C-AATA-CTTGGC---ACAT---AT-TGCACTA-T-AGAAATA-----AACA-----TTTGT-A------A---CA----A--TT--T---TCA------T--CAAAATT----CAGC-CAG-CCAT---CAGTAAGTTATagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatattgcactatagaaataaacatttgtaacaattttcatcaaaattcagccagccatcagtaagttatacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|8 : aaagtttttgacctcaagt------A---T-TGC-ACT----AT-AGA------A-----ATAAA--------------CATTTGTAAC-AATTTTCATCAAAATT--CAGC-CAGCCATCAGTAAG--TTATACAACTG-CAG--TGT-CATGTTG---ATAGATGGACAAAAGAG----TGCacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|9 : aaagtttttgacctcaagtaatttttcaccaattcaagggcaataactctagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatGAATA-----ACCA-----TTTGTGA-C----A---AT----T--GT--TG--TTA------C--CAAAATC----ATGC-CAA-CCGT---TACAAAGTT--T-G-TG------AAGAATATTAT----G-T-----C-----AA------------T---------TTTC-ATCAATTCAAGGG--------------------TAACAACTTATATATGGCCATCCGAATTACT--------------TGCTACGAC------TT------A---T-TGC-ATT----AT-GAG------AATTCTATACA--------------CATTTTTACC-AACTTTTATAATAATC--Ca
blockSeqs : AA C A TTA TAGCATAAGTATGATAACAATGGCCATTCTGACAATA G TG T TAA A A ATTCAGA ACAGT CTATTT TACATCCCCACCCACC CAACAA TA TTATCT A G CAA G T CTGGATGGACAAATAAAATTAATATAAGT C A . TATATATGGCCATCCGAATTACTTGCTACGACTTATT . CTTG C GCTCTAA GATTCAGGAGTAAC G A GA A T . ACAAC T . TA TATT . GATGG T G A
blockSeqs : A C A TC TGCAGTGACTATGGAGATAATGTTGATCATGCTACA G CT T . . A ATCAAGA . T TACCTAAATCAATT . . GATA . . . . . AGGATAGACCAGAAAAATGTAAA T . . CTGGAATTATTAAGGCCATTCTTTGTGTGATTC . . . AATTCT . G . . . C . . . . GA TGTT . . T .
blockSeqs : . A A GT CTCTGTAAAAACTGTGCCCATTCTGACCATA G CA A . . A ATGGGG . T GTGACAATTGTTG . . CA . . . . . CTGGACAAAAAATATAGTAAAT C . . GGAATTATAGTACTTAGTGGGACTCACT . . . G . G . . . T . . . . GA . . . A
blockSeqs : . G TT TCGAGTTACTAAGACGATACAGATGAATC G TA A . . C AAGGTG . C CTACCCATTCAT . . TG . . . . . AACAGGAGACAAAAACACAT T . . CTGAGTTTCAATGTC . . . A . G . . . C . . . . T
blockSeqs : A T TTTCGTTACTAAGGCTTTTCTGATTATA G TC T . . A TAAGGT . T GATACCAACAA . . CA . . . . . TGGGACAAGAAATGTAAAT C . . CTTACCTCATT . . . A . A . . . C .
blockSeqs : A C TGAAGATCTAATAAATATTTTGAATACA G TG T . . A ATAGAT . T TGTACCAATTG . . GG . . . . . CCGGACAGACAAAAAAT C . . . . . A . G . . . .
blockSeqs : A T ACTTTCAAAATAGGTAATTAGGACATGT C TG T . . G TCAGGA . C GTACTAAATTG . . TG . . . . . AAGAATATTATGTCAAT T . . . . . T . T . .
blockSeqs : A T TAATGCTACTACAGCCATTTTGACCA G AG T . . A TTGAGC . C TATACCAATTG . . TA . . . . . ACGGACAGGCAAAT T . . . A .
blockSeqs : . . TGCAGGTACTGATCTGATCCT . TG T . . A ATGGGT . T AATCAGAAAG . . AA . . . . . ACAGAAGGTCAAT T . .
blockSeqs : . TGAGTTTCAATGTCCACT . C A . . A ATAGAA . T GTAGCAATTG . . CA . . . . . GACAATGTAAAT . . .
blockSeqs : TAGAGTTACTATAACA . . A . . . TG . . GTAACAATTT . . CG . . . . . CTCAAGTAATT .
blockSeqs : TTATTCTAACAACT . . ATACCAATT . . TT . . . . .
blockSeqs : . CA . . . . .
blockSeqs : . AT . . . . .
blockSeqs : C . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : T** ATGGGN** GTACCAATTG********************* CG**** ******************** ** **
originalCons : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTT-CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTA-T-GGGNATA-----AACA-----TTT-T-A-C----A---CC----A--NT--T---TTA------T--TAAAATC----CGGC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
finalCons : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTT--CATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTAA----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGGGACTC---AT-CGCACTATGGGN--ATA-----AACA-----TTTGTACCAATTG---------------------TTA------T--TAAAATCCG----GC-CAA-CCAT---TACAAAGTTATT-G-CC------ACGGACA--------G-G-----C-----AAA-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT--------------TACT----C------TC------A---T-CGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATC--CGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGTGATATCTGTAGGTTCTTAGTAAATGAACGCAAGCTTGGTTTGTGATGTTTATTATTGGACTCCTAAATAATAACTCTCTAGCTACATGTAGTAACATACAGAATATTGACATACAGTGGAGTAACGCATGAATATGTGGTCACGCTTTAAACGTCGGCCGGCAGCGGCTATTTGCTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): TGTAATGTCTGTAGGTTCTAAGTAAATTAAAGCAAGCTCGATGTTTATTGTTGGACTACTCAATAACAAGTCTCTTGCTAAACGCAGTAACATACAAGATAATCATACAGCGGAGTAACTCATGAATATCTGGCTACGCCTTAAGCACCGGCCGACAGGGGCTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTAATATCTGTAGGTTCTAAGTAAACGAACACAAGCTTGGTTTATGATATTGGACTACTAAATAACAACTCCAGTAACATACAAGATATTAACATACAGTGGAATAACTCATGAATATGTAGCCATGCTGGACAGTAGCATCTATTTGCTGGATAA
Unaligned ( gi|20 ): CCATTCCAATGCTGCACATATTGCTCGATAGAAGCTACCAGCATTTTTAATAATTTATCATCA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATATTGACCAATTGCTCCTCTGCAAAAAGAACCCATATATTTATAAATCAAATAACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATAATTTTTGTAGGATCTTAGTAGATGAACACAAACTTGATTTATGAGGTTTACTA
Alignments
lowQualScore : 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222 88888888888888888888888888888888888888 111 1111 222222222222 33333333333333 111 22222 1 11 111 22222 33333
lowQualScore : 33 5 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 444 99999 444 2 5555 5555 5555 2 2 999999 2 777777 333 2222222222 2 2 33 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 3 99999999999999999999 77777777777777777777777777777777777777 111 4 6 4444 5 111111111111 33333333333333 2 6 8 3 0 3 777 55555 0 33 3 4444 777 55555 9 55555 1
lowQualScore : .. . . ...................................................................... . ... ..... ... . .... .... .... . . ...... . ...... ... .......... . . .. . . ................................................................ . . .................... ...................................... ... . . .... . ............ .............. . . . . . . ... ..... . .. . .... ... ..... . ..... .
lowQualScore : 55 0 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 777 99999 444 8 1111 3333 3333 5 5 222222 5 777777 999 7777777777 2 4 11 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 55555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333 777 8 7 2222 7 777777777777 66666666666666 5 7 0 2 2 2 222 00000 0 88 2 0000 555 00000 8 00000 0
consensus : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTCATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTA-A----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGTGG-GACTC---AT-CGC-ACTA-C-GGGNATAAACATTT---GT----ACC----A-A-TT-----GTT-A------TTA---AAATC-------CGGC-CAA-CCATTACAAAG--TTATT-G-CC------ACGGACA--------GG-----C-----AA------A-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CTTACT--GAC------TCA---TTGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATCCGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
Reference ( family-656 ) : AAGTAA-CAAACCACTAATTAATGTAAATTTTCATCAATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AAG--ATC--TANTA-A----A--T----A-TT---C---TGA-C-A-CA-CTTGGCGG-GACTC---AT-CGC-ACTA-T-GGGNATAAACATTT---GT----ACC----A-A-TT-----GTT-A------TTA---AAATC-------CGGC-CAA-CCATTACAAAG--TTATT-G-CC------ACGGACA--------GG-----C-----AA------A-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CTTACT----C------TCA---TCGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CATTTGTACC-AATTGTTATTAAAATCCGGC-CAACCATTACAAAG--TTAT-----TG-CCC--TGTACATGTTG---ACA-----ACAAATGAG----TGCNTGCCA
gi|1 : TA---AAATC-------------AG-TCATTACAGAG--TTATT-G-CCCTAAAAATTGATG--------AG-----C-----AA------A-----------TGAGATATTTTTCC--TCAATTCAAGGGCAATAACTCTAAAGTTAGTACAACAATT---------------------TTGAC-----CATGAAATGA---TAGCTGCT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------TATTT-TACC-AATTGTTATTAAAATCCTG-----CCATTACAAAGTATTAC-----TG-CCCATTGTATCTGTAGTATATA-----GCAAA-GAGCTGCTGCCTGCCA
gi|1 : tacaTTTTCCTCAATTCAAGGGCAATAACTC----TA----AAG----T--TAGTACA----A--C----AATT---T---TGA-C---CA-T------G-AAATG---AT-AGCTGCTA-T-GGGAATAAATATTT----T----ACC----A-A-TT-----GTT-A------TTA---AAATC-------CTG------CCATTACAAAGTATTACT-G-CC------gtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|12 : tacataaaatcagtcattacagagttattgccctaaaaattgatgagcaaatgagatatAATGTAAATTT-CAACATTTCAGGGGCAATAACTC----TG----GA---AT---TATTA-A----G-------------------GC-C-A-TT-CTTTGTGT-GATTC---AT-----ACTA-C-GGGGATAATCATTT---GT----TTC----A-A-TT-----GTT-A------TTA---AAATT-------CAGC-CAA-TCATTACCAAG--TTAcattgtatctgtagtatatagcaaagagctgctgcctgccagtgtttaaggcttggccacatattcacaagttactccactgtatgttaatatcttgtatgattaagtaaatgaacaagagcttggtttatgatgtgtcttgttggactactaaataacaactctctagctacatgcagtaacatacaag
gi|14 : ttgaatccagccagccatcaatacaagttgac-CAAAACACTAATTGTTATCATTTTTCATCAACTCAAGGGCAATAACTC----TC----A-G--ATA--CAACA-G----A--T----A-TT---C---TGATC-A-TA-TCTGTTGT-GTCAC---AT-CAC-AC---------AT-----TTT---GT----ACCTTTGA-A-TT-----TTTTA------TTC---AAGTC-------CG-C-CAA-CCATTAC-AGG--TTATT-G-c
gi|15 : AGTA--CAAACTACTAATTAATGTCAATTTTCATCAATTAGAGGGCAACATTTT----T-----------------------------T----A-TT---C---TAA-C-AACT-CTTGGTGG-GACTC---AT-TGC-ACCATT-CAGAAAAAACATTT---CT----ACC----C-A-TTCATTAATT-A-------TA---GAATT-------TGGC-C-A-CCATTGCA
gi|16 : acatAAGGGAAATAACTC----TG----CAG--GT----ACTG-A---------------T---C---TGA-T-C-CT-TTT---------TC---ATACGC------T-G---ACAATCATTT---AT----ACC----A-A-TT------TT-ACAACAATTA---AAATT-------CATC-CAA-TCATTACAAAG--TTATG-G-C
gi|17 : -GGA------A-----ATAA---------------CTTTTGTTTG-AACTGATATTAAAATTTGGC-CAACCATTA
gi|18 : agtaactatggttgtcctaaccatactttatgtgacataccaaataatgccaagATTAAAGGGCAGTAACTC----TA----ATG----C--TACTA-C----AGCC----A-TT---T---TGA-C---CA-TTTTATAATAACAT---AT-----AATA-C-AGGGATAAATGGGT---GT----ACC----A-T-TT-----GTT-
gi|19 : TACAAAG--TTATT-G-CC------AAGGACA--------GA-----C-----AA------A-----------gcatcaa
gi|2 : CAAGGCCAATAACTC----TG----CAGTGA-C--TATGG-AGATAA--T----G-TTGATCA--TGC-T-A-CA-C---GCTG-AACAC---AC-CAA-ACTA-T-GGGGATAGACATTG---AT----ACC----A-A-CA-----ATT-A------TTC---AAGTC-------GGAC-CAA-ATATTACAAAT--TTATCGG-CC------A-GGATA--------GA-----CCAGAAAA------A-----------TGTAAA----TTTC-ATCAACTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CTaagaatgtaaacttcaatgcaagacaattactttggagtaact
gi|2 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaaAATGTAAATTT-CATCAACTCAAGGGCAATAACTC----TC----GAG----T--TACTA-AGACGA--T----A------CAGATGA---A-TC-CTT-GCAG-GACAC---AT-CAC-ACTA-A-GGTGATAAACACTT---A-----ATC----AGA-AA-----GTT-A------TTA---AAATCTTAT---CTAT-CAAGCCATTCCAAAA--ATACT-G-Ccgagttactaagacgatacagatgaatccttgcaggacacatcacactaaggtgataaacacttaatcagaaagttattaaaatcttatctatcaagccattccaaaaatactgc
gi|22 : aatatacagagaaacaaaaaataaaaacaaggccaataactctgcagtgactatggagataatgttgatcatgctacacgctgaacacaccaaactatggggatagacattgataccaacaattattcaagtcggaccaaatattacaaatttatcggccaggatagaccagaaa-----------T---------TTCC-ATCAATTCAAGGG--------------------CAGTAACT---------------------CT
gi|22 : tTTTCCATCAATTCAAGGGCAGTAACTC----T-----AAG--AGA--TAGTA-aagagatagtatggtgattcttaccgt
gi|24 : tTA---AAATC-------TGGC-CAA-ACATTACAACG--TTATT-G-CC------ACAGA-A--------GG-----T-----CA------A-----------T---------GTCtggtgattcttaccgt
gi|3 : AAGTA--CAAACCACTAATTAACGTAAATTTCCATCATTTTAAGGGCAACACCTCCTC-TGT---AAA--AAC--T-GTG-C----C--C----A-TT---C---TGACC-A-TA-CTTGGTAG-GGCTC---CT-CAC-CCAA-TCAAGAAT-AACAGTA---AT----ACT----A-T-TT-----TTT-A------CCT---AAATCAATTTTTTTAC-CAA-CCACTACAAGG--TAACA-G-CTCTGG--ATGGACA--------AA-----T-----AA------AATTAATATAAGT---------TTTT-ACAAATTCCAGGG--------------------CAGCAACT---------------------TTT
gi|3 : aA-CAAATAA--AATTAATATAAGTTTTTACAAATTCCAGGGCAGCAACTT----TT----------TCGTTACTA-A----GGCT----T-TT---C---TGA-TTA-TA-TTTGGTCA-GACTC---AT-CGA-ACTT-A-AGGTATAAATGTTT---GT----ACC----A-A-TT-----GTC-A------TTA---AAATC-------TAGC-CAtcgttactaaggcttttctgattatatttggtcagactcatcgaacttaaggtataaatgtttgtaccaattgtcattaaaatctagccatt
gi|4 : aaagtacaaaccactaattaacgtaaatttccatcattttaagggcaacacctcctctgtaaaaactgtgcccattctgaccatacttggtagggctcctcacccaatcaagaataacagtaatactattttttacctaaatcaatttttttaccaaccactacaaggtaacagctctggatggAAGTAAACAAACCAATAATTGATGTAATTCGTCATTAAATCAAGGGCAACAACTC----TG----AAG--ATC--TAATA-A----A--T----A-TT---T---TGAAT-A-CA-TTTGGTGG-GGCTC---AC-AGC-ACTA-T-AGATATAAACATTTTACATCCCCACC----C-A-CC------CT-G------TTA---AAATC-------AAGC-CAA-GCATTACAAAG--TTATT-G-CC------ACGGACA--------GG-----C-----AA------A-----------T---------TTCCAAAAAAATCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CTTAC-----C------TCA---TTGC-ACT----AT-GGG------A-----ATAAA--------------CGCTTGAACC-AATTGTTATTAAAATCTGGC-CAATCATTGTAAAG--ATAT-----TG-CCC--TGTACATATTA---ACA-----ACAAATGA-----TGCATGCCAtt
gi|5 : A---AAGCC-------CAGC-CAA-CTATTA--AAG--TTATA-A-CT------TGGGACA--------AGAAATGT-----AA------A-----------T---------TT----TCTATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CTGAGT----T------TCAATGTC-C-ACTCTTGGT-GGGGCTCTAA-----ATAAAGATTCAGGAGTAACCATTTGTACTAAATTGTTATTATATTCCGACACAA-TATTACAG-----TAT-----TGTCCC--CGGACA----G---ACA-----AAAAAT
gi|5 : tttttaaagAATGTAAATTTTC-T--ATTCAAGGGCAATAACTC----TG----AGT--TTC--------A----A--T----G-TC---C---------A-CT-CTTGGTGG-GGCTCTAAAT-AAA-GATT-C-AGGAGTAACCATTT---GT----ACT----A-AATT-----GTT-A------TTA---TATTC-------CGACACAA-T-ATTACAG-----TATT-GTCC------CCGGACA--------GA-----C-----AA------AAAA--------T---------TTCC-ATCAATCAAAGTG--------------------CAGTAACC---------------------Cttccatcaatcaaagtgcagtaaccccggagtacaattagta
gi|6 : tttttaaagaaagcccagccaactattaaagttataacttgggacaagaTAATGTAAATTTTCATCATTTAAAGGGCAACAACTC----T------AG--AGT--TACTA-------------------------TAA-C-A-----TTGGAGG-AACTC---AT-CAA-ATTT-T-GAGC-TAAACACAT---GT----AGC----A-A-TT-----GTT-A------TTA---AATTC-------TTAC-CAA-CCATTACCAAG--ACCTT-G-CC------A---ACA--------GGAGA--C-----AAAAACACA-----------T---------TTTC-ATCAATTCGGGGG--------------------CAATAACTGGAATTATAGTA---------CTTAGTGGGAC------TCA---CTGC-ACT----ATCAAG------A-----AAACA--------------CATTTcggagtacaattagta
gi|7 : agAAGAGCAATAACTTACTTTC----AA---------AATA-G----G--T----AATT---A---GGA-C-A-TGTCTTCATGA-AATAT---AT-TGC-ACCA-T-GGGTATAAACCTTT---AT----ACC----A-A-TT-----GTT-A------CTT---AAATCGA-----TAAT-CAA-CTGTTATAAAG--TTAAT-G-CC------CTGGACAAAAAATATAG-----T-----AA------A-----------T---------TT-C-ATCAAAACAAAAG--------------------CAGTAACT---------------------CTt
gi|7 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaGTAAATTT-CATCAAAACAAAAGCAGTAACTC----TG----AAA--AT---TACTgaaaattact
gi|8 : atatgaaaaataaagtcatggaagaaaaagagcaataacttactttcaaaataggtaattaggacatgtcttcatgaaatatattgcaccatgggtataaacctttataccaattgttacttaaatcgataatcaactgttataaagttaatgccctggacaaaaaatataAAAG--TTTTT-G-AC------CT---CA--------AG-----T-----AA------T-----------T---------TTTC-ACCAATTCAAGGG--------------------CAATAACT---------------------CT
gi|8 : GTAATTTTTCACCAATTCAAGGGCAATAACTC----TAGCATAAG---TA--TGATA-ACA--A--TGGCCA-TT---C---TGA-C-AATA-CTTGGC----ACAT---AT-TGC-ACTA-T-AGAAATAAACATTT---GT----AAC----A-A-TT-----TTC-A------TCA---AAATT-------CAGC-CAG-CCATCAGTAAG--TTATagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatattgcactatagaaataaacatttgtaacaattttcatcaaaattcagccagccatcagtaagttatacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|8 : aaagtttttgacctcaaA---TTGC-ACT----AT-AGA------A-----ATAAA--------------CATTTGTAAC-AATTTTCATCAAAATTCAGC-CAGCCATCAGTAAG--TTATACAACTG-CAG--TGT-CATGTTG---ATAGATGGACAAAAGAG----TGCacaactgcagtgtcatgttgatagatggacaaaagagtgca
gi|9 : aaagtttttgacctcaagtaatttttcaccaattcaagggcaataactctagcataagtatgataacaatggccattctgacaatacttggcacatGAATAACCATTT---GT----GAC----A-A-TT-----GTT-G------TTACCAAAATC-------ATGC-CAA-CCGTTACAAAG--T--TT-G-TG------AAGAATATTAT----GT-----C------A------A-----------T---------TTTC-ATCAATTCAAGGG--------------------TAACAACTTATATATGGCCATCCGAATTACTTGCTACGAC------TTA---TTGC-ATT----AT-GAG------AATTCTATACA--------------CATTTTTACC-AACTTTTATAATAATCCa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGTGATATCTGTAGGTTCTTAGTAAATGAACGCAAGCTTGGTTTGTGATGTTTATTATTGGACTCCTAAATAATAACTCTCTAGCTACATGTAGTAACATACAGAATATTGACATACAGTGGAGTAACGCATGAATATGTGGTCACGCTTTAAACGTCGGCCGGCAGCGGCTATTTGCTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): TGTAATGTCTGTAGGTTCTAAGTAAATTAAAGCAAGCTCGATGTTTATTGTTGGACTACTCAATAACAAGTCTCTTGCTAAACGCAGTAACATACAAGATAATCATACAGCGGAGTAACTCATGAATATCTGGCTACGCCTTAAGCACCGGCCGACAGGGGCTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTAATATCTGTAGGTTCTAAGTAAACGAACACAAGCTTGGTTTATGATATTGGACTACTAAATAACAACTCCAGTAACATACAAGATATTAACATACAGTGGAATAACTCATGAATATGTAGCCATGCTGGACAGTAGCATCTATTTGCTGGATAA
Unaligned ( gi|20 ): CCATTCCAATGCTGCACATATTGCTCGATAGAAGCTACCAGCATTTTTAATAATTTATCATCA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATATTGACCAATTGCTCCTCTGCAAAAAGAACCCATATATTTATAAATCAAATAACAA
Unaligned ( gi|23 ): ATAATTTTTGTAGGATCTTAGTAGATGAACACAAACTTGATTTATGAGGTTTACTA