lowQualScore : 22 555555555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1 1 11 11 1 11
lowQualScore : 2 00 1 0 000000000 55 3 3333 77 1 777777777 1 22 2 1 999 0 55 0 222 2222 1 33333 777777 2 2 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 1 33 11 2 11 11 11 00000 77777777777777 9 3 2 2 3 88 33 66 4 55 3 2 999 5 2 55 6
lowQualScore : . .. . . ......... .. . .... .. . ......... . .. . . ... . .. . ... .... . ..... ...... . . .. ..................................................................................... ... . .. .. . .. .. .. ..... .............. . . . . . .. .. .. . .. . . ... . . .. .
lowQualScore : 5 22 4 2 333333333 00 5 7777 22 7 222222222 6 22 6 5 222 2 44 4 333 8888 3 33333 888888 7 7 88 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 3 11 88 6 88 88 88 11111 88888888888888 8 6 6 4 0 11 99 33 1 00 6 2 222 7 0 88 0
consensus : TGCNAGAAA-NAGAATCAGTCAT-GA-TA---GTA--TACAA----T--TG-AGATA--------AT-G--AGATTCC-AACNCTCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA------T-A-GG--A-----A---C------------A-A---------C----G-----------G--------TTC------CG------AT----ANA---A-A--C--A-GTGAA--AC--C--TC--GGGT--------------TGGAATATCCT-TATCTCAAC-CCAATA-NCN-ATGAAAGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-NCACAA
Reference ( gi|16 ) : TGCCAGAAA-TAGAATCAATCAT-GACTACTTGTA--TACAA----T--TG-AGATA--------AT-G--AGATTTC-AGCACTTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA------T-A-GA--A-----A---C------------A-A---------C----A-----------G--------TTT------TG------AT----ATA---A-A--C--A-GTGAA--AC--C--TT--GAGT--------------TGGAATATACT-TATCTAAAC-CCAATA-ACA-ATAGAAAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAA
gi|8 : TGCCAGAAA-AATAATCAATCAT-GACTACTTGTA--TACAA----T--TG-AGATA--------AT-G--AGATTTC-AGCACTTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GATACATGT-A-GG--A-----A---C------------A-A---------C----A-----------G--------TTT------CT------AT----ATG---A-A--C--T-GTGAA--AC--C--TT--GAGT--------------TGGAATATCCT-TTCCTCAAC-CCATTT-TCC-ATAAAACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAA
gi|19 : TGCGAGAAA-AAGAATCGGTCAT-GACCACTTGAA--TACAC----T--TT-AGATA--------AT-G--AGATTTC-AGCTGATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA------T-A-GG--A-----A---C------------A-A---------C----A-----------G--------TTT------CA------AT----ATG---A-A--C--A-GGGAA--AC--C--TT--GATT--------------TGGAATATCCT-TATCTATAC-CCAATA-ACA-ATAGAAAATACT-TATAtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
gi|10 : TGCCAGAAA--AGAATCGACCAC-AAGTA----TAATTATGA----T--TG-AGATC--------AT-G--GGATTCC-AACCCTTG--GTTTC---AC----TG-TTTT-------------------------------------------------------------------------G--------TTT------TA------AT----ATA---A-G--C--A-GTGAA--AG--T--TTAGGGGT--------------TGGCATATCCT-TGGCTCAAC-CT-ACA-GCACATGGAAGAT--T-at
gi|13 : aaTGCCTCAAA-CAAAATCTATAAT--ACGA---GTA--TATAC----C-----AG-TA--------ATCG--AGATTTC-AACCTTCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA------T-G-GG--A-----A---C--------------------------------------------------CTT------GG------TT----ACG---A-A--C--A-CTGAA--ACTTC--TT----GT--------------TGGTATATCCT-CATCTCAAC-CCAGTA-ctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|2 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagaTGCAAGAAAGCAGA-TAAATCTT-GA------GTA--CATAT----C--TG-TGATT--------AT-G--AGATTCA-AGCCTTTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA------T-A-GA--A-----A---CTTT---------A-G---------T----A-----------GAGCCTCGTTTT------TG------AT----AAA---A-A--A--ATGTGAA--AC--C--TT---AGT--------------GTGAATATcctgtgagttaaaaattgt
gi|12 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaTGCCAGAAA--AGAAT--GTCTT-AAGCA---GTA--TG--A----T--TG-AGGTA--------AT-G--AGATTTC-AACTCTTG--GTTTT---AC----AA----A-----GA------TGG-GG--A-----A---C--------------A---------T----G-----------G--------TTG------CA------AT----AAA---G-A--C--A-ACGAA--AC--T--TC--GGGT--------------TGGAAAATct
gi|14 : cggtaTGCAAGAAA--AGAATCATTCAC-GAGTA-----A--T-CAA----T--TG-AGATT--------CT-G--A---------CCCTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA------T-A-GT--A-----A---CCTCGGCAG----A-GT--------C----A-----------G--------TTC------CA------AT----A-----A-A--CCTA-GCAAT--AT--T--TG--GGAT--------------TGGAATATCCT-TATCTCAATACCTATA-Atgtctcattttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|46 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCAAGACA-TAGAATCAGTCATCAATTAC-AGTA--TACGA----T--TG-TAATA--------AT-G--TGATTTC-A--ATTTGAAGTGT----AT----TG-TTTtcttc
gi|18 : AAA-AAGAATGAATCTT-GA--ATTAATG--TAAAA----T--TA-AGAT------------G--AGATGTT-ATCACCTT--GTATC---AT----TG-TTTT-----GG------T-A-GG--G-----ACCTC------------G-G---------C----A-----------GTCTCGC--TTC------TG------AT----AAA---A-A--C--A-GTAAA--AC--CAATT----GT--------------TGGAA-----T-TATCTTAAC-CTAATA-
gi|3 : aaaatcctcgtagtcAAA-AAGAATAAGTTAT-G--TG--TGTA--TACAAAGTGT--TG-AGATACCTGGATAAT-G--AGATTTC-AACCCTCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA------T-A-GG--A-----A------------------------------------------------------TCT------TG------GTT---ATA---A-ATAC--A-GTGAA--AT--C--TT--TGGT--------------TGGAATAT-CT-TATCTCAAC-CCATTA-CCA-ATtgcgtgagatattctca
gi|9 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatgaAAA-TA--ATCAGTCA----------GTAG-TA-AA----TGGTG-AAATA--------AT-C--AGATTTTTACCATCTG---TATC---AT----TA-TTTA-----GA------T-A-GG--A-----A---C------------A-C---------C----ATCAGAGCCTGCG--------ATC------TG------AT----AAA---A-AA-C--A-GTG---------------GAAT--------------TGGAATATcaaataatagattcttgtaat
gi|4 : tgctgatataatgttgcactgttctcaaaaggcagttttaaaaaaaaatatagaaattacagtatcaagcaggtaTGAA--TA-AA----TCGTG-AGATA--------AT-G--AGATGCC-AGCCCTCG--GT-------------G-TTTT-----GA------C-A-GG--A-----A---------------------------------------------G--------CCT------GG------GT----AGAGATA-A--C--A-GTGAA--AC--T--TT--ACGT--------------TGGAATATCCT-CAC----AC-CC-----ACA-A---AAGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACAtttcaa
gi|5 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaaGTA--TGTTA----T--TG-AGATC--------AT-G--AGATT----GC---TG--GT------------TG-TTTT-----AA------T-A-GA--A-----ATCTC------------A-ATAGTGTCT-C----A-----------G--------TTT------CG------AT----AAA---A-A--C--A-GTAAA--AC--C--TC--AGTT--------------TGGAATAT-CTATATCTCAAT-GTAATGCAC--ATCAAAGATTCT-TATAT--gatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|32 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtataaaaatcttagttctgaGTA--TACAA----C--GG-AGTTA--------AC-G--AGATTTC-ATCCCTCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GGT-----T-A-AA--A-----AGTTA------------A-A---------CCCTTG-----------G--------TAC------CG------AT----AAA---A-A--C--A-TTAAA--AC--C--TT--GGGT--------------TG----ATACA-TATCTtttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|17 : GTA--TGTGG----T--TG-AGATA--------AT-G--ATATATA-A--ACTT------CC---AC----CG-TTTT-----GA------T-A-GA--A---------------------------------------A-----------G--------TT----------------------CA---A-G--C-----TGAATTAC--C--T-------------------------------T-TATTTCAAC-CCAATA-CCC-ATAAAAGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|11 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagtgcttaaaaaaagattggtgacgaTA--TACAA----T---G-AGATA--------AT-A--GGATA-C-AAAACCTCT-GTATC---AC----TG-TTTT-----GA------T-A-GG--T-----ACCTC------------G-A---------CAG--A-----------G--------CCT------TGGTTCCCAT----AGA---A-A--C--A-GTGAT--AC--C--TT--AAAT--------------TAAAATAT-CT-T
gi|33 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcaaaaaattacctatcacaaaTA--TATAA----G--TG-AGAT------------G--AGATTCC-TATGCTCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA------C-A-CCTCA-----G---C------------A-A--------------A-----------C--------CCT------CC------ATGCCAATA---A----C--A-GTGAA--AC--C--TA--AAGT--------------TGGAATATCCT-T
gi|26 : tcacaaaA--TACA-----T--TATAGATA--------AT-G--AGATTTC-AACCAGCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA------T-A-GG--A-----A---C------------T-G---------CT---G-----------G--------TGTGCCTCATG------ATG---AAA---A-A--C--A-CCTAA--AC--T--TT--GGGT--------------TGGAATGT-C--------AAC-CTGATA-CTC-ATGGAAGAT--T-
gi|35 : --TACGT----T--CA-AGGTA--------AT-G--CGACTCC-AACCCTAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA------T-AAGA--A-----A---CGGAGACTACTGAA-A---------C-------------------------CTC------TG------AT----A-------A--C--A-ATGAA--AC--C--TT--AGGT--------------TGGAATat
gi|34 : CAA----TCATG-A-ATA---------T-GTCAGATTCC-GACCCTGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA------C-A-GA--A-----A---t
gi|18 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggtt----T--TA-AGATA--------AT--------TCC-AACAATTG--GTTTT---AC----TG-TTTT-----TA------TCA-GA--A-----G---C------------G-A---------tct
gi|31 : aaaatcctcgtagtcaaaaagaatgaatcttgaattaatgtaaaattaagatgagatgttatcaccttgtatcattgttttggtagggacctcggcagtc----T--TG-AAGTT--------AT-G--AGATTCC-AGTGGTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA------T-TTGA--ACCTAGG---C------------A-ATTAAGGCCTC----G-----------G--------TTC------TA------AT----AAA---A-A--C--A-GGGAA--AC--C--TC--TAGT--------------T--AATATcctaatatgcgtgagatattctca
gi|30 : gcacataccctggg----T--TG-AAGTT--------AT-G--AGGTTCC-AGTGGTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GAT-----T-C-GA--ACCTAGG---C------------A-ATTAAGGCCTC----G-----------G--------TTC------TA------AT----AAA---A-A--C--A-GGGAA--AC--C--TC--TTGT--------------T--AATAT
gi|19 : gcacataccctggg-AGATA--------AG-G--ATATTCC-AAATCAAG--GTTTC---CC----TG-TTCA-----TA------T-T-GA--A-----A---C------------T-G---------T----T-----------G--------TTC------CT------AT----CAA---A-A--C--A-GTGAT--AC--C--AT--CAGC--------------TGAAATCTCAT-TATCTAAA
gi|6 : tgcgagaaaaagaatcggtcatgaccacttgaatacac--------AT-A--AGATTCT-AACCTTCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA------T-A-GA--A-----atacccaataacaatagaaaatacttataat
gi|44 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggcGATTCC-AACACCTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA------T-A-GG--A-----A---C------------C-G---------C----C-----------A--------TTC------AG------AT----AAA---A-A--T--G-ACAAA--AT--C--CT--GGTT--------------TGGAATGTTTT-TAcact
gi|1 : CTTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG------T-A--A--A-----G---C------------C-T---------C----A-----------G--------TTC------TC------AT-----TA---A-A--T--TTGTGAT--AC--A--TA--AGGT--------------TGGAATAGCCT-TATCTCAAT-CTTACA-CCT-GTGAAAGAT--TCTATAT----TC-TT
gi|36 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaaatcTTT--GTATT---AC----TG-TTTT-----GGG-----T-A-GA--A-----A---C------------C-T---------C----G-----------G--------CTC------CG------AT----A-A---A-T--C--A-GTGAA--AC--C--gattaacattctc
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA------T-A-AG--A-----A---CCTCG--------ATA---------C----A-----------G--------CCT------CG------GTTCCGATA---ATA--C--A-G-AAA--AC--T--CT--G-GC--------------TGGAATATCCT-TACCTCAAC-gaggaaaaaacagccagtttctaatctaatactcacgaaagattcttat
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA------C-A-GA--A-----A---CCTCGGCAT----A-GCTT------C----A-----------G--------TTT------GA------AA----AAA---A-A--C--A-GTGAA--AC--C--TC--AAGT--------------TGGAATATgtcaaacctttgatccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|23 : TT-----GA------C-A-GA--G-----C---C------------T-T---------T----G-----------G--------TTC------TG------AT----A-A---A-A--C--A-GTAAA--GC--T--TC--CAGC--------------TAGAATACCCT-TATCTCAAT-CAGACA-TCC-AT-GAAAGT--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-cc
gi|22 : --------TTC------TG------AT----AAA---A-A--C--A-GTGAC--AT--C--TC--AAGC--------------TGGAATATCCT-CATCTTGA--CCAAC--ACAGATGAAAGATTCT-TATATCCGATC-Ttgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|10 : A---A-A--C--A-GTGAA--AC--C--AA--GGGT--------------TGGAATgaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|7 : aatgccagaaaagaatcgaccacaagtataattatgattgagatcatggg---A-A--C--A-GCGAA--AC--C--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATAT-CTGTATCTCAAC-CTAATA-CCC-ACAAAAGAT--C-CATAT--AATC-Ttgttttaatataagcagtgaaagtttaggggttggcatatccttggctcaacctacagcacatggaagattctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|49 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaataac-A--C--A-GTGAA--AT--C--TC--GGGT--------------TGGAATATTCT-AATCTCAAC-Cgttgttcagcagattc
17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|20 ): GATGGCAAATCAATGTATTTGTTTAGGAAAAGTCAATCTTATGGGCAAGCAAGACAACGAATCAAACATCGATATAATGAGATTCCAGCTAGAGCCATGGTTACATTATAAACAATGAAATTTCACGTCAAAATCTTCTTACAACCTTATATATCCACGAAAGAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|24 ): AAAAAAAGAAAGATCCAATCATGATGTTTGATTGACTGTAAGATTCCAATCTGTGGGTATCGTAATTTCAGTTGGAATCTCGACGGAGCCAGTTCTGATGAAAAACAGTAATTAATGGGTTCGAATACTCTTATCTCAAC
Unaligned ( gi|25 ): TTGGTTCTTATAAAAACTGTGAAACCTCAGGTTATTATATCCCTATTTCAACCTACTACCTATGAAATATTCTTATATTTAAGCTGCTTGATTGCAGTGTAATACATATCCTGTTATTTATGTCGCAATT
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|40 ): TAATACTGTTCTGATAGGAACTGGAGCTTTGTTGTAACGTAAACAAACTTACGGTGGGAATATCCTCAACACAGCCAGGTACCTTTG
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11
lowQualScore : 1 8 5555 33 0 2 2 777777777777 5555555 22 1 22 999999999 1 1 22 3333 222 2222 1 33333 1 1 4444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333 55555555 3 7 222 1 11 11 55555 88888888888888 22 2 2 1 33 55555 22 2 2 44 5 1 11
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ ....... .. . .. ......... . . .. .... ... .... . ..... . . .......... ........................................................... ..... ........ . . ... . .. .. ..... .............. .. . . . .. ..... .. . . .. . . ..
lowQualScore : 0 8 3333 44 1 5 5 444444444444 6666666 22 6 22 555555555 5 4 66 9999 333 8888 3 33333 3 3 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 44444444 8 2 222 2 77 77 66666 33333333333333 00 1 1 7 11 99999 99 5 8 66 0 0 00
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---GTATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-GAGATTCCAA-CCCTCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------GG--AA---C----------AN--------C--------G-----------G-------------T-----TC-CG-----AT-AAA---AACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAACCC-A-ATACC-CATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAANAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---GTATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-GAGATTCCAA-CNCTCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------GG--AA---C----------AA--------C--------G-----------G-------------T-----TC-CG-----AT-ANA---AACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAACCC-A-ATANC-NATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-NCACAA
gi|1 : AA-TCCTTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T-A------A---AG---C----------CT--------C--------A-----------G-------------T-----TC-TC-----AT-TAA---ATTT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAATCT-T-ACACC-TGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAA-AGAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---AT-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-GGGATTCCAA-CCCTTG--GTTTC---AC----TG-TTTT--------------------------------------------------------------------G-------------T-----TT-TA-----AT-ATA---AGCA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAACCT---ACAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aa---A---ATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-AGGATACAAA-ACCTCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------GG--TACCTC----------GA--------CAGAGCCTTG-----------G-------------T-----TC-CC-----AT-AGA---AACA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcaaaaaattacctatcacaTGCCAGAAA-AGAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---GTATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-GAGATTTCAA-CTCTTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T-G------GGG-AA---C----------A---------T--------G-----------G-------------T-----TG-CA-----AT-AAA---GACA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAGTATATAC----C-----A--G-TA--------ATCGAGATTTCAA-CCTTCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T-G------GG--AA---C----------CT--------T--------G-----------G-------------T-----TA-CG-----A---------ACA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAACCC-A-GTACC-TGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAA-AGAA----TC--ATTCAC-G-A------------GTAATCAA----T--TG-A--GAT-----------------TCTGA-CCCTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T-A------GT--AA---C----------CT--------C--------GGCAGAGTCA--G-------------T-----TC-CA-----AT-AAA---CCTA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT-----C-A-ATACC-TATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTGTATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-GAGATTTCAG-CACTTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------GA--AA---C----------AA--------C--------A-----------G-------------T-----TT-TG-----AT-ATA---AACA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAACCC-A-ATAAC-AATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------GTATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-GATATATAAA-CT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T-A------GA--AA---------------------------------------------G-------------T-----TC-------------A---AGC---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAACCC-A-ATACC-CATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---ATGTAAAA----T--TA-A--GAT------------GAGATGTTAT-CACCTT--GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T-A------GG--GA---C----------CT--------C--------G-----------GCAGTCTCGC----T-----TC-TG-----AT-AAA---AACA-GTAA--AACCAATT--G--TTG--------------GAA-------TTATCTTAACCT-A-ATATG-CGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---GAATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-GAGATTTCAG-CTGATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------GG--AA---C----------AA--------C--------A-----------G-------------T-----TT-CA-----AT-ATG---AACA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATACCC-A-ATAAC-AATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------GTACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-GAGATTCAAG-CCTTTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T-A------GA--AA---CTTT-------AGTAGAGCCTC--------G-----------T-------------T-----TT-TG-----AT-AAA---AAAATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-GAGATTCCAG-C------------------------------------T-A------G---AG---C----------CA--------T--------G-----------G-------------T-----TA-CA-----TT-ATA---AACA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAACCTTATATATC-CACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac-------------T-----TC-TG-----AT-AAA---AACA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA-CC-A-ACACA-GATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : --------G-----------G-------------T-----TC-TG-----AT-A-A---AACA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAATCA-G-ACATC-CATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : ttgacagagcctttAAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------GT----------T--TG-ATTGACT--------GT-AAGATTCCAATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T-T------GG--AATCTC----------GA--------C--------G-----------GAGCCAG-------T-----TC-TG-----ATGAAA---AACA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAACtgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : --------G-----------G-------------T-----TC-TT-----AT-AAA---AACT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAACCT-A-CTACC-TATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ttATACA-----T--TATA--GATA--------AT-GAGATTTCAA-CCAGCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T-A------GG--AA---C----------TG--------CT-------G-----------G-------------TGTGCCTCATG-----ATGAAA---AACA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAACCT-G-ATACT-CATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T-A------AG--AA---CCTCGATAC--AG--------CCTC-----G-----------G-------------T-----TC-CG-----AT-A-A---TACA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------GTATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-GAGATTTCAA-CCCTCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T-A------GG--AA---T----------CT--------T--------G-----------G-------------T-----T---------AT-AAA---TACA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAACCC-A-TTACC-AATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATgtcaaacctttgatccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-GAGGTTCCAG-TGGTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-T------CG--AA---CCTAGGCAATTAAGGCCT---C--------G-----------G-------------T-----TC-TA-----AT-AAA---AACA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-GAGATTCCAG-TGGTAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-T-T------TG--AA---CCTAGGCAATTAAGGCCT---C--------G-----------G-------------T-----TC-TA-----AT-AAA---AACA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---GTATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-GAGATTTCAT-CCCTCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TTA------AA--AA---GTTA-------AA--------CCCTT----G-----------G-------------T-----AC-CG-----AT-AAA---AACA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---ATATATAA----G--TG-A--GAT------------GAGATTCCTA-TGCTCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C-A------CCTCAG---C----------AAACCCT---C--------C-----------A-------------T-----GC-CA-----AT-A------ACA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaTGCAACATACAGGT----TC--AATCAT-G-A--------------ATA----------TG-----------------T-CAGATTCCGA-CCCTGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C-A------GA--AA---
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtaTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-GCGACTCCAA-CCCTAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T-A------AG--A---------------AA--------C--------G-----------GAGACTACTGAAACC-----TC-TG-----AT-------AACA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAATtct
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT-A------GA--AA---C----------CT--------C--------G-----------G-------------C-----TC-CG-----AT-A-A---ATCA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AATCT-A-ATACT-CACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-GAGATGCCAG-CCCTCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C-A------GG--AA---------------------------------------------G-------------C-----CT-GG-----GT-AGAGATAACA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TCAC----ACCC-A-----C-A---AA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|44 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcgGATTCCAA-CACCTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T-A------GG--AA---C----------CG--------C--------C-----------A-------------T-----TC-AG-----AT-AAA---AATG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---GTATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-GTGATTTCAA-
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C-A------GA--AA---C----------CT--------C--------G-----------GCATAGC-------T-----TC-AGTTTGAAA-AAA---AACA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : ACA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAACC
gi|5 : AAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------GTATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-GAGATT------GCT-G--GT------------TG-TTTT-----AA-T-A------GA--AATCTC----------AATAGTGTCTC--------A-----------G-------------T-----TT-CG-----AT-AAA---AACA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAATGT-A-ATGCA-CATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtata--------AT-AAGATTCTAA-CCTTCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T-A-------G--AA---C----------Atttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggc-----AT-AAC---AACA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAACCT-A-ATACC-CACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tct
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTGTATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-GAGATTTCAG-CACTTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T-ACATGTAGG--AA---C----------AA--------C--------A-----------G-------------T-----TT-CT-----AT-ATG---AACT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAACCC-A-TTTTC-CATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---GTA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-CAGATTTTTA-CCATCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T-A------GG--AA---C----------AC--------C--------ATCAGAGCCTGCG-------------A-----TC-TG-----ATAAAA---AACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|40 ): TAATACTGTTCTGATAGGAACTGGAGCTTTGTTGTAACGTAAACAAACTTACGGTGGGAATATCCTCAACACAGCCAGGTACCTTTG
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1
lowQualScore : 1 1 5555 33 0 2 2 555555555555 2 0 3333 44 1 22 888888888 1 22 1 22 11 3333 222 2222 1 33333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 6666666666 333333 3 1 11 11 66666 88888888888888 22 1 2 2 55555 22 2 2 44 5 1 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ . . .... .. . .. ......... . .. . .. .. .... ... .... . ..... . ............................................................................ ..... .......... ...... . . .. .. ..... .............. .. . . . ..... .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3333 44 7 5 5 555555555555 2 5 5555 44 6 22 555555555 5 11 5 00 55 9999 333 8888 3 22222 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 7777777777 666666 8 2 77 77 33333 33333333333333 00 8 0 0 99999 99 5 8 66 0 0 0
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------GG-----AA-------C--------N--------TC---G-----------G---------T-----TC-C--G-----A------T-AAAAACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------GG-----AA-------C--------A--------NC---G-----------G---------T-----TC-C--G-----A------T-AAAAACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
gi|1 : A--ATCC-TTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T--------A------A------AG-------C--------C--------TC---A-----------G---------T-----TC-T--C-----A------T-TAAATTT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAAT-CT-T-ACACCTGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAAA-GAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---A-T-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-G--GGAT-TCCA--ACCC-TTG--GTTTC---AC----TG-TTTT---------------------------------------------------------------------------G---------T-----TT-T--A-----A------T-ATAAGCA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAAC-CT-A-CAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aaAAAAAA----TT--ACCTAT-C-A----C---A---AATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-A--GGAT-ACAA--AACC-TCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------GG-----TA-------CCTCGACAGA--------GCCTTG-----------G---------T-----TC-C--C-----A------T-AGAAACA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcTGCCAGAAAA-GAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---G-TATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACTC-TTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T--------G------GGG----AA-------C--------A--------T----G-----------G---------T-----TG-C--A-----A------T-AAAGACA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAG-TATATAC----C-----A--G-TA--------ATCG--AGAT-TTCA--ACCT-TCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T--------G------GG-----AA-------C--------C--------TT---G-----------G---------T-----TA-C--G-----A------------ACA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAAC-CC-A-GTACCTGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAAA-GAA----TC--ATTCAC-G-A------------G-TAATCAA----T--TG-A--GAT--------------------TCTG--ACCC-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T--------A------GT-----AA-------C--------C--------TC---GGCAGAGTCA--G---------T-----TC-C--A-----A------T-AAACCTA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT------C-A-ATACCTATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------GA-----AA-------C--------A--------AC---A-----------G---------T-----TT-T--G-----A------T-ATAAACA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------G-TATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-G--ATATAT--A--AACT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T--------A------GA-----AA------------------------------------------G---------T-----TC---------------------AAGC---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAAC-CC-A-ATACCCATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---A-TGTAAAA----T--TA-A--GAT------------G--AGAT-GTTATCACCT-T----GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T--------A------GG-----GA-------C--------C--------TC---G-----------GCAGTCTCGCT-----TC-T--G-----A------T-AAAAACA-GTAA--AACCAATT----GTTG--------------GAA-------TTATCTTAAC-CT-A-ATATGCGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---G-AATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCTG-ATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------GG-----AA-------C--------A--------AC---A-----------G---------T-----TT-C--A-----A------T-ATGAACA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------G-TACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-G--AGAT-TCAA--GCCT-TTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T--------A------GA-----AA-------CTTTAGTAGA--------GCCTCG-----------T---------T-----TT-T--G-----A------T-AAAAAAATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-G--AGAT-TCCA--GC-------------------------------------T--------A------GA-----GC-------C--------A--------T----G-----------G---------T-----TA-C--A-----T------T-ATAAACA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAAC-CTTATATATCCACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac---------T-----TC-T--G-----A------T-AAAAACA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA--CC-A-ACACAGATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : TT-----GA-C--------A------GA-----GC-------C--------T--------TT---G-----------G---------T-----TC-T--G-----A------T-AAAA-CA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAAT-CA-G-ACATCCATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : AAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------G-T----------T--TG-ATTGACT--------GT-A--AGAT-TCCA--ATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T--------T------GG-----AATCT----C--------G--------AC---G-----------GAGCCAG---T-----TC-T--G-----A------TGAAAAACA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAAC-tgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : ---G-----------G---------T-----TC-T--T-----A------T-AAAAACT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAAC-CT-A-CTACCTATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ttATACA-----T--TATA--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACCA-GCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T--------A------GG-----AA-------C--------T--------GCT--G-----------G---------TGTGCCTCAT--G-----A------TGAAAAACA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAAC-CT-G-ATACTCATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T--------A------AG-----AA-------CCTCGATACA--------GCCTCG-----------G---------T-----TC-C--G-----A------T-AATA-CA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACGTC-A-A-ACCTTTGAat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------G-TATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-G--AGAT-TTCA--ACCC-TCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T--------A------GG-----AA-------T--------C--------TT---G-----------G---------T-----T-----------A------T-AAATACA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAAC-CC-A-TTACCAATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATtccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGGT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTCGAACCTA------GGCAATTAAGG-----C--------C--------TC---G-----------G---------T-----TC-T--A-----A------T-AAAAACA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGAT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTTGAACCTA------GGCAATTAAGG-----C--------C--------TC---G-----------G---------T-----TC-T--A-----A------T-AAAAACA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---G-TATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-G--AGAT-TTCA--TCCC-TCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TT-------A------AA-----AAGTTAAACC--------C--------TT---G-----------G---------T-----AC-C--G-----A------T-AAAAACA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---A-TATATAA----G--TG-A--GAT------------G--AGAT-TCCT--ATGC-TCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C--------ACCTC--AG-----CA-------A--------A--------CC-------------------------C-----TC-CATG-----C------C-AATAACA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaCAA----TCATG-A---ATA---------T-GTCAGAT-TCCG--ACCC-TGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C--------A------GA-----AA-------
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggttTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-G--CGAC-TCCA--ACCC-TAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------AG-----A-----------------A--------AC---G-----------GAGAC-----T-----AC-T--G-----AAACCTCT-GATAACA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAATtct
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT--------A------GA-----AA-------C--------C--------TC---G-----------G---------C-----TC-C--G-----A------T-AAAT-CA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AAT-CT-A-ATACTCACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-GCCA--GCCC-TCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C--------A------GG-----AAG------C--------C--------TG---G-----------G---------T-----AG-A--G-----A------T----AACA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TC--------------ACACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|44 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcgGAT-TCCA--ACAC-CTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T--------A------GG-----AA-------C--------C--------GC---C-----------A---------T-----TC-A--G-----A------T-AAAAATG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---G-TATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-G--TGAT-TTCA--A
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C--------A------GA-----AA-------C--------C--------TC---G-----------GCATAGC---T-----TC-A--GTTTGAA------A-AAAAACA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : ACA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAAC-C
gi|5 : AAAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------G-TATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-G--AGAT-TGC---------TG--GT------------TG-TTTT-----AA-T--------A------GA-----AATCT----C--------AATAGTGTCTC---A-----------G---------T-----TT-C--G-----A------T-AAAAACA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAAT-GT-A-ATGCACATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtat--------AT-A--AGAT-TCTA--ACCT-TCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T--------A-------G-----AA-------C--------A--------tttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggc-----A------T-AACAACA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAAC-CT-A-ATACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tct
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T--------ACATGTAGG-----AA-------C--------A--------AC---A-----------G---------T-----TT-C--T-----A------T-ATGAACT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAAC-CC-A-TTTTCCATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---G-TA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-C--AGAT-TTTT--ACCA-TCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T--------A------GG-----AA-------C--------A--------CC---ATCAGAGCCTGCG---------A-----TC-T--G-----A------TAAAAAACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|40 ): TAATACTGTTCTGATAGGAACTGGAGCTTTGTTGTAACGTAAACAAACTTACGGTGGGAATATCCTCAACACAGCCAGGTACCTTTG
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 1 5555 33 0 2 2 555555555555 2 0 3333 44 1 22 888888888 1 22 1 22 11 3333 222 2222 1 33333 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 33333 333333 66666 222 1 11 11 6666 88888888888888 11 1 22 1 55555 22 2 2 44 5 1 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ . . .... .. . .. ......... . .. . .. .. .... ... .... . ..... . ................................................................................... ..... ..... ...... ..... ... . .. .. .... .............. .. . .. . ..... .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3333 44 7 5 5 555555555555 2 5 5555 44 6 22 555555555 5 11 5 00 55 9999 333 7777 3 11111 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 88888 555555 77777 111 2 66 66 9999 11111111111111 99 7 33 9 99999 99 5 8 66 0 0 0
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CCTC-----------G-----------G---------T-----TC-CG--A------T-----AA---AAACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CNTC-----------G-----------G---------T-----TC-CG--A------T-----AA---AAACA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
gi|1 : A--ATCC-TTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T--------A------A-----------------AG-----------CCTC-----------A-----------G---------T-----TC-TC--A------T-----TA---AATTT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAAT-CT-T-ACACCTGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAAA-GAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---A-T-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-G--GGAT-TCCA--ACCC-TTG--GTTTC---AC----TG-TTTT----------------------------------------------------------------------------------G---------T-----TT-TA--A------T-----AT---AAGCA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAAC-CT-A-CAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aaAAAAAA----TT--ACCTAT-C-A----C---A---AATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-A--GGAT-ACAA--AACC-TCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----TA-----------CCTCGACAGAGCCTTG-----------G---------T-----TC-CC--A------T-----AG---AAACA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcTGCCAGAAAA-GAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---G-TATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACTC-TTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T--------G------G-----------GG----AA-----------CAT------------G-----------G---------T-----TG-CA--A------T-----AA---AGACA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAG-TATATAC----C-----A--G-TA--------ATCG--AGAT-TTCA--ACCT-TCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T--------G------G-----------G-----AA-----------CCTT-----------G-----------G---------T-----TA-CG---------------------AACA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAAC-CC-A-GTACCTGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAAA-GAA----TC--ATTCAC-G-A------------G-TAATCAA----T--TG-A--GAT--------------------TCTG--ACCC-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------T-----AA-----------CCTC-----------GGCAGAGTCA--G---------T-----TC-CA--A------T-----AA---ACCTA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT------C-A-ATACCTATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA-----------CAAC-----------A-----------G---------T-----TT-TG--A------T-----AT---AAACA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------G-TATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-G--ATATAT--A--AACT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA--------------------------------------G---------T-----TC-----------------------AAGC---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAAC-CC-A-ATACCCATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---A-TGTAAAA----T--TA-A--GAT------------G--AGAT-GTTATCACCT-T----GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T--------A------G-----------G-----GA-----------CCTC-----------G-----------GCAGTCTCGCT-----TC-TG--A------T-----AA---AAACA-GTAA--AACCAATT----GTTG--------------GAA-------TTATCTTAAC-CT-A-ATATGCGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---G-AATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCTG-ATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CAAC-----------A-----------G---------T-----TT-CA--A------T-----AT---GAACA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------G-TACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-G--AGAT-TCAA--GCCT-TTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T--------A------GAAACTTTAGTAG-----AG-----------CCTC-----------G-----------T---------T-----TT-TG--A------T-----AA---AAAAATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-G--AGAT-TCCA--GC-------------------------------------T--------A------G-----------A-----GC-----------CAT------------G-----------G---------T-----TA-CA--T------T-----AT---AAACA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAAC-CTTATATATCCACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac---------T-----TC-TG--A------T-----AA---AAACA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA--CC-A-ACACAGATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : TT-----GA-C--------A------G-----------A-----GC-----------CTTT-----------G-----------G---------T-----TC-TG--A------T-----AA---AA-CA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAAT-CA-G-ACATCCATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : AAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------G-T----------T--TG-ATTGACT--------GT-A--AGAT-TCCA--ATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T--------T------G-----------G-----AA-----------TCTC-----------GACGGAGCCA--G---------T-----TC-TG--A------TG----AA---AAACA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAAC-tgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : TT-----------G-----------G---------T-----TC-TT--A------T-----AA---AAACT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAAC-CT-A-CTACCTATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ATACA-----T--TATA--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACCA-GCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTGCT----------G-----------G---------TGTGCCTCATG--A------TG----AA---AAACA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAAC-CT-G-ATACTCATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------CCTC-----------GATACAGCCTCGG---------T-----TC-CG--A------T-----AA---TA-CA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACGTC-A-A-ACCTTTGAat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------G-TATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-G--AGAT-TTCA--ACCC-TCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------TCTT-----------G-----------G---------T-----T------A------T-----AA---ATACA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAAC-CC-A-TTACCAATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATtccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGGT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTCGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------CCTC-----------G-----------G---------T-----TC-TA--A------T-----AA---AAACA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGAT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTTGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------CCTC-----------G-----------G---------T-----TC-TA--A------T-----AA---AAACA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---G-TATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-G--AGAT-TTCA--TCCC-TCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TT-------A------A-----------A-----AAGTTAAAC----CCTT-----------G-----------G---------T-----AC-CG--A------T-----AA---AAACA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---A-TATATAA----G--TG-A--GAT------------G--AGAT-TCCT--ATGC-TCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C--------ACCTCA-G-----------C-----AAAC---------CCTC-----------C-----------A---------T-----GC-CA--A------T-----AA------CA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaCAA----TCATG-A---ATA---------T-GTCAGAT-TCCG--ACCC-TGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------TCT
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggttTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-G--CGAC-TCCA--ACCC-TAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------A--C-----------G-----------GAGAC-----T-----AC-TG--AAACCTCT-----GA---TAACA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAAT
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT--------A------G-----------A-----AA-----------CCTC-----------G-----------G---------C-----TC-CG--A------T-----AA---AT-CA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AAT-CT-A-ATACTCACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-GCCA--GCCC-TCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C--------A------G-----------G-----AAG----------CCTG-----------G-----------G---------T-----AG-AG--A------T-----------AACA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TC--------------ACACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|40 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcg---AC----TG-TTCT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTGG-----------A-----------G---------C-----TT-TGTTG------T-----AACGTAAAC-----A--AACT--TA--CGGTGG--------------GAATATCC--TCAACACAGC-CA-G-GTACCgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|44 : taatGAT-TCCA--ACAC-CTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CCGC-----------C-----------A---------T-----TC-AG--A------T-----AA---AAATG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAtttg
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---G-TATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-G--TGAT-TTCA--A
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------CCTC-----------G-----------GCATAGC---T-----TC-AG--T------TTGAAAAA---AAACA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : ACA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAAC-C
gi|5 : AAAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------G-TATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-G--AGAT-TGC---------TG--GT------------TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------A-----AATCTCAATAGTGTCTC-----------A-----------G---------T-----TT-CG--A------T-----AA---AAACA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAAT-GT-A-ATGCACATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtat--------AT-A--AGAT-TCTA--ACCT-TCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----Atttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggc--A------T-----AA---CAACA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAAC-CT-A-ATACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tcact
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T--------ACATGTAG-----------G-----AA-----------CAAC-----------A-----------G---------T-----TT-CT--A------T-----AT---GAACT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAAC-CC-A-TTTTCCATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---G-TA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-C--AGAT-TTTT--ACCA-TCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T--------A------G-----------G-----AACAC--------CATC-----------A-----------GAGCC-----TGCGA-TC-TG--A------TA----AA---AAACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 1 5555 33 0 2 2 555555555555 2 0 3333 44 1 22 888888888 1 22 1 22 11 3333 222 2222 1 33333 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444 333333 55555 1 1 11 11 6666 88888888888888 11 1 22 1 55555 22 2 2 44 5 1 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ . . .... .. . .. ......... . .. . .. .. .... ... .... . ..... . ............................................................................................... ..... ...... ..... . . .. .. .... .............. .. . .. . ..... .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3333 44 7 5 5 555555555555 2 5 5555 44 6 22 555555555 5 11 5 00 55 9999 333 7777 3 11111 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 555555 55555 2 2 66 66 9999 11111111111111 99 7 33 9 99999 99 5 8 66 0 0 0
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
gi|1 : A--ATCC-TTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T--------A------A-----------------AG-----------C-----------CT-C-----------A-----------G---------TTCT----CA------T-----TAAAT-TT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAAT-CT-T-ACACCTGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAAA-GAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---A-T-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-G--GGAT-TCCA--ACCC-TTG--GTTTC---AC----TG-TTTT----------------------------------------------------------------------------------------------G---------TTTT----AA------T-----ATAAG-CA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAAC-CT-A-CAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aaAAAAAA----TT--ACCTAT-C-A----C---A---AATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-A--GGAT-ACAA--AACC-TCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----TA-----------C-----------CT-CGACAGAGCCTTG-----------G---------TTCC----CA------T-----AGAAA-CA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcTGCCAGAAAA-GAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---G-TATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACTC-TTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T--------G------G-----------G-----GA-----------A-----------CA-T-----------G-----------G---------TTGC----AA------T-----AAAGA-CA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAG-TATATAC----C-----A--G-TA--------ATCG--AGAT-TTCA--ACCT-TCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T--------G------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-T-----------G-----------G---------TTAC----G----------------AA-CA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAAC-CC-A-GTACCTGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAAA-GAA----TC--ATTCAC-G-A------------G-TAATCAA----T--TG-A--GAT--------------------TCTG--ACCC-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------T-----AA-----------C-----------CT-C-----------GGCAGAGTCA--G---------TTCC----AA------T-----AAACC-TA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT------C-A-ATACCTATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTT----GA------T-----ATAAA-CA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------G-TATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-G--ATATAT--A--AACT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA--------------------------------------------------G---------TTC---------------------AAG-C---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAAC-CC-A-ATACCCATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---A-TGTAAAA----T--TA-A--GAT------------G--AGAT-GTTATCACCT-T----GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T--------A------G-----------G-----GA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCAGTCTCGCTTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACCAATT----GTTG--------------GAA-------TTATCTTAAC-CT-A-ATATGCGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---G-AATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCTG-ATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----AA------T-----ATGAA-CA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------G-TACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-G--AGAT-TCAA--GCCT-TTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T--------A------GAAACTTTAGTAG-----AG-----------C-----------CT-C-----------G-----------T---------TTTT----GA------T-----AAAAA-AATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-G--AGAT-TCCA--GC-------------------------------------T--------A------G-----------------AG-----------C-----------CA-T-----------G-----------G---------TTAC----AT------T-----ATAAA-CA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAAC-CTTATATATCCACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac---------TTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA--CC-A-ACACAGATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : TT-----GA-C--------A------G-----------A-----GC-----------C-----------TT-T-----------G-----------G---------TTCT----GA------T-----AAAA--CA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAAT-CA-G-ACATCCATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : AAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------G-T----------T--TG-ATTGACT--------GT-A--AGAT-TCCA--ATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T--------T------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-C-----------GACGGAGCCA--G---------TTCT----GA------TG----AAAAA-CA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAAC-tgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : T-T-----------G-----------G---------TTCT----TA------T-----AAAAA-CT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAAC-CT-A-CTACCTATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ATACA-----T--TATA--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACCA-GCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTG---------CT-G-----------GT----------G---------TGCCTCATGA------TG----AAAAA-CA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAAC-CT-G-ATACTCATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------GATACAGCCTCGG---------TTCC----GA------T-----AATA--CA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACGTC-A-A-ACCTTTGAat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------G-TATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-G--AGAT-TTCA--ACCC-TCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-T-----------G-----------G---------TT-------A------T-----AAATA-CA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAAC-CC-A-TTACCAATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATtccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGGT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTCGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGAT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTTGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---G-TATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-G--AGAT-TTCA--TCCC-TCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TT-------A------A-----------A-----AAGTTAAAC----C-----------CT-T-----------G-----------G---------TACC----GA------T-----AAAAA-CA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---A-TATATAA----G--TG-A--GAT------------G--AGAT-TCCT--ATGC-TCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C--------ACCTCA-G-----------C-----AAAC---------C-----------CT-C-----------C-----------A---------TGCC----AA------T-----AA----CA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaCAA----TCATG-A---ATA---------T-GTCAGAT-TCCG--ACCC-TGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------T-----------CT-
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggttTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-G--CGAC-TCCA--ACCC-TAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------A--------------C-----------G-----------GAGAC-----TACT----GAAACCTCT-----GATAA-CA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAAT
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------CTCC----GA------T-----AAAT--CA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AAT-CT-A-ATACTCACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-GCCA--GCCC-TCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C--------A------G-----------G-----AAG----------C-----------CT-G-----------G-----------G---------TAGA----GA------T--------AA-CA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TC--------------ACACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|40 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcg---AC----TG-TTCT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTGGAG------CT-T-----------T-----------G---------TTGT----AA------C-----GTAAA-C-----A--AACT--TA--CGGTGG--------------GAATATCC--TCAACACAGC-CA-G-GTACCgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|44 : taatGAT-TCCA--ACAC-CTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CG-C-----------C-----------A---------TTCA----GA------T-----AAAAA-TG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAtttg
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---G-TATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-G--TGAT-TTCA--A
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCATAGC---TTCA----GT------TTGAAAAAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : A-CA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAAC-C
gi|5 : AAAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------G-TATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-G--AGAT-TGC---------TG--GT------------TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------A-----AATCTCAATAGTGT-----------CT-C-----------A-----------G---------TTTC----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAAT-GT-A-ATGCACATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtat--------AT-A--AGAT-TCTA--ACCT-TCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----Atttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggcA------T-----AACAA-CA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAAC-CT-A-ATACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tcact
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T--------ACATGTAG-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----TA------T-----ATGAA-CT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAAC-CC-A-TTTTCCATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---G-TA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-C--AGAT-TTTT--ACCA-TCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CACCATCAGAGCCTGC-----------G-----------A---------T-CT----GA------T-----AAAAAACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 1 5555 33 0 2 2 555555555555 2 0 3333 44 1 22 888888888 1 22 1 22 11 3333 222 2222 1 33333 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444 333333 55555 1 1 11 11 6666 88888888888888 11 1 22 1 55555 22 2 2 44 5 1 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ . . .... .. . .. ......... . .. . .. .. .... ... .... . ..... . ............................................................................................... ..... ...... ..... . . .. .. .... .............. .. . .. . ..... .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3333 44 7 5 5 555555555555 2 5 5555 44 6 22 555555555 5 11 5 00 55 9999 333 7777 3 11111 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 555555 55555 2 2 66 66 9999 11111111111111 99 7 33 9 99999 99 5 8 66 0 0 0
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
gi|1 : A--ATCC-TTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T--------A------A-----------------AG-----------C-----------CT-C-----------A-----------G---------TTCT----CA------T-----TAAAT-TT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAAT-CT-T-ACACCTGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAAA-GAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---A-T-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-G--GGAT-TCCA--ACCC-TTG--GTTTC---AC----TG-TTTT----------------------------------------------------------------------------------------------G---------TTTT----AA------T-----ATAAG-CA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAAC-CT-A-CAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aaAAAAAA----TT--ACCTAT-C-A----C---A---AATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-A--GGAT-ACAA--AACC-TCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----TA-----------C-----------CT-CGACAGAGCCTTG-----------G---------TTCC----CA------T-----AGAAA-CA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcTGCCAGAAAA-GAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---G-TATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACTC-TTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T--------G------G-----------G-----GA-----------A-----------CA-T-----------G-----------G---------TTGC----AA------T-----AAAGA-CA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAG-TATATAC----C-----A--G-TA--------ATCG--AGAT-TTCA--ACCT-TCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T--------G------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-T-----------G-----------G---------TTAC----G----------------AA-CA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAAC-CC-A-GTACCTGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAAA-GAA----TC--ATTCAC-G-A------------G-TAATCAA----T--TG-A--GAT--------------------TCTG--ACCC-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------T-----AA-----------C-----------CT-C-----------GGCAGAGTCA--G---------TTCC----AA------T-----AAACC-TA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT------C-A-ATACCTATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTT----GA------T-----ATAAA-CA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------G-TATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-G--ATATAT--A--AACT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA--------------------------------------------------G---------TTC---------------------AAG-C---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAAC-CC-A-ATACCCATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---A-TGTAAAA----T--TA-A--GAT------------G--AGAT-GTTATCACCT-T----GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T--------A------G-----------G-----GA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCAGTCTCGCTTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACCAATT----GTTG--------------GAA-------TTATCTTAAC-CT-A-ATATGCGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---G-AATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCTG-ATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----AA------T-----ATGAA-CA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------G-TACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-G--AGAT-TCAA--GCCT-TTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T--------A------GAAACTTTAGTAG-----AG-----------C-----------CT-C-----------G-----------T---------TTTT----GA------T-----AAAAA-AATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-G--AGAT-TCCA--GC-------------------------------------T--------A------G-----------------AG-----------C-----------CA-T-----------G-----------G---------TTAC----AT------T-----ATAAA-CA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAAC-CTTATATATCCACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac---------TTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA--CC-A-ACACAGATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : TT-----GA-C--------A------G-----------A-----GC-----------C-----------TT-T-----------G-----------G---------TTCT----GA------T-----AAAA--CA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAAT-CA-G-ACATCCATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : AAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------G-T----------T--TG-ATTGACT--------GT-A--AGAT-TCCA--ATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T--------T------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-C-----------GACGGAGCCA--G---------TTCT----GA------TG----AAAAA-CA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAAC-tgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : T-T-----------G-----------G---------TTCT----TA------T-----AAAAA-CT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAAC-CT-A-CTACCTATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ATACA-----T--TATA--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACCA-GCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTG---------CT-G-----------GT----------G---------TGCCTCATGA------TG----AAAAA-CA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAAC-CT-G-ATACTCATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------GATACAGCCTCGG---------TTCC----GA------T-----AATA--CA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACGTC-A-A-ACCTTTGAat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------G-TATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-G--AGAT-TTCA--ACCC-TCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-T-----------G-----------G---------TT-------A------T-----AAATA-CA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAAC-CC-A-TTACCAATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATtccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGGT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTCGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGAT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTTGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---G-TATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-G--AGAT-TTCA--TCCC-TCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TT-------A------A-----------A-----AAGTTAAAC----C-----------CT-T-----------G-----------G---------TACC----GA------T-----AAAAA-CA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---A-TATATAA----G--TG-A--GAT------------G--AGAT-TCCT--ATGC-TCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C--------ACCTCA-G-----------C-----AAAC---------C-----------CT-C-----------C-----------A---------TGCC----AA------T-----AA----CA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaCAA----TCATG-A---ATA---------T-GTCAGAT-TCCG--ACCC-TGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------T-----------CT-
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggttTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-G--CGAC-TCCA--ACCC-TAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------A--------------C-----------G-----------GAGAC-----TACT----GAAACCTCT-----GATAA-CA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAAT
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------CTCC----GA------T-----AAAT--CA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AAT-CT-A-ATACTCACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-GCCA--GCCC-TCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C--------A------G-----------G-----AAG----------C-----------CT-G-----------G-----------G---------TAGA----GA------T--------AA-CA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TC--------------ACACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|40 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcg---AC----TG-TTCT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTGGAG------CT-T-----------T-----------G---------TTGT----AA------C-----GTAAA-C-----A--AACT--TA--CGGTGG--------------GAATATCC--TCAACACAGC-CA-G-GTACCgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|44 : taatGAT-TCCA--ACAC-CTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CG-C-----------C-----------A---------TTCA----GA------T-----AAAAA-TG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAtttg
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---G-TATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-G--TGAT-TTCA--A
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCATAGC---TTCA----GT------TTGAAAAAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : A-CA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAAC-C
gi|5 : AAAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------G-TATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-G--AGAT-TGC---------TG--GT------------TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------A-----AATCTCAATAGTGT-----------CT-C-----------A-----------G---------TTTC----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAAT-GT-A-ATGCACATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtat--------AT-A--AGAT-TCTA--ACCT-TCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----Atttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggcA------T-----AACAA-CA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAAC-CT-A-ATACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tcact
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T--------ACATGTAG-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----TA------T-----ATGAA-CT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAAC-CC-A-TTTTCCATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---G-TA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-C--AGAT-TTTT--ACCA-TCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CACCATCAGAGCCTGC-----------G-----------A---------T-CT----GA------T-----AAAAAACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
blockSeqs : C A AGAT TT C T CTACTT A AGTG CA T TT ACCTGGATA C TC A TC TG CGTA CCT GATG C . G TCGAACCTAGGCAATTAAGGCCTCGG CTCAT AACCTC TGAAA A T TT AA TAGG AAATATCAGAGTTG AG G TT T ATAAT AC . A CC A C G
blockSeqs : A A . . . . CCACTT . . GG . . A . . . . C TG . . . . . TTGAACCTAGGCAATTAAGGCCTCGG T . G . . . . TA T . . T . . TC . T . . A .
blockSeqs : C A . . . . CTACTT . . . . . A . . . . C CT . . . . . AGGAACACCATCAGAGCCTGCGA C . G . . . . CG . . . C . . TC . A . . A .
blockSeqs : T A . . . . TACGA . . . . . A . . . . C TG . . . . . AGGTACCTCGACAGAGCCTTGG C . . . . . . CT . . . C . . TC . A . . T
blockSeqs : G A . . . . TTACA . . . . . A . . . . T CA . . . . . AGAAACTTTAGTAGAGCCTCGT C . . . . . . GG . . . C . . . . A . .
blockSeqs : A A . . . . ATTA . . . . . A . . . . C AG . . . . . AAGAACCTCGATACAGCCTCGG C . . . . . . TG . . . C . . . . T . .
blockSeqs : A C . . . . GCA . . . . . A . . . . C TG . . . . . AGAAATCTCAATAGTGTCTCAG T . . . . . . TG . . . T . . . . T . .
blockSeqs : C A . . . . CA . . . . . T . . . . T TG . . . . . AGTAACCTCGGCAGAGTCAG T . . . . . . TA . . . C . . . . A .
blockSeqs : A A . . . . TA . . . . . A . . . . T TG . . . . . AGGGACCTCGGCAGTCTCGC C . . . . . . CA . . . C . . . . A .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . T . . . . G GG . . . . . TGGAATCTCGACGGAGCCAG T . . . . . . CA . . . A . . . . A .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . A . . . . T CG . . . . . TAAAAAGTTAAACCCTTGG C . . . . . . CC . . . T . . . . T .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . T . . . . A CG . . . . . ACCTCAGCAAACCCTCCA T . . . . . . CA . . . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . T . . . . C AG . . . . . AGAAACCTCGGCATAGC T . . . . . . TG . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . G AG . . . . . ACATGTAGGAACAACAG T . . . . . . CT . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . G CT . . . . . AGGAACTGGAGCTTTG T . . . . . . TT . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . C GG . . . . . AGGAACTGCTGGTG C . . . . . . CT . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . C AA . . . . . AAGAAACGGAGAC T . . . . . . CT . . . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . C CG . . . . . AGGAAGCCTGGG T . . . . . . TG . . . T .
blockSeqs : . . . . C . . . . C TG . . . . . GGGGAACATGG C . . . . . . AA . . . C .
blockSeqs : . . . . A . . . . C TG . . . . . GGGAACCTTGG C . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . C CA . . . . . AGAAACAACAG T . . . . . . AG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T TG . . . . . AGGAACAACAG C . . . . . . TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C CT . . . . . AGAGCCTTTGG A . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . . . . A C . . . . . AGGAATCTTGG T . . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AGAAACCTCGG A . . . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGGAACCGCCA A . . . . . . CG . .
blockSeqs : . . . . . . AGAGCCATGG C . . . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . AGAAAG C . . . . . . CG . .
blockSeqs : . . . . . G T . . . . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TA********** *****
originalCons : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
finalCons : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-ATA----------G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC
Alignments
lowQualScore : 444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 1 5555 33 0 2 2 555555555555 2 0 3333 44 1 22 888888888 1 22 1 22 11 3333 222 2222 1 33333 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444 333333 55555 1 1 11 11 6666 88888888888888 11 1 22 1 55555 22 2 2 44 5 1 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ............ . . .... .. . .. ......... . .. . .. .. .... ... .... . ..... . ............................................................................................... ..... ...... ..... . . .. .. .... .............. .. . .. . ..... .. . . .. . . .
lowQualScore : 0 7 3333 44 7 5 5 555555555555 2 5 5555 44 6 22 555555555 5 11 5 00 55 9999 333 7777 3 11111 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 555555 55555 2 2 66 66 9999 11111111111111 99 7 33 9 99999 99 5 8 66 0 0 0
consensus : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
Reference ( family-651 ) : TGCNAGAAAAAGAA----TC--AGTCAT-G-A----T---A---G-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TCCA--ACCC-TCG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCC----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--GGGTTG--------------GAATATCC--TTATCTCAAC-CC-A-ATACCCATGAA-----AGAT--T-TATAT--AATC-TTTATATT-CCACAA
gi|1 : A--ATCC-TTG--GTATC---AT----TG-CTTTACCTTGG-T--------A------A-----------------AG-----------C-----------CT-C-----------A-----------G---------TTCT----CA------T-----TAAAT-TT-GTGA--TACA--TA--AGGTTG--------------GAATAGCC--TTATCTCAAT-CT-T-ACACCTGTGAA-----AGAT--TCTATAT----TC-TTGAT
gi|10 : tgcttactgaaaaagggataccatggttacatgagcttgtgagatattctatcataaccttatgttgagataatattcatgcactcatgaaatgagcatgcctgcataccgataatgtcacacttttgtcagaagatgataaatcaacaaatttgtttagagaaaaatataaaTGCCAGAAAA-GAA----TC--GACCAC-A-AGTA-T---A---A-T-TATGA----T--TG-A--GATC--------AT-G--GGAT-TCCA--ACCC-TTG--GTTTC---AC----TG-TTTT----------------------------------------------------------------------------------------------G---------TTTT----AA------T-----ATAAG-CA-GTGA--AAGT--TTAGGGGTTG--------------GCATATCC--TTGGCTCAAC-CT-A-CAGCACATGGA-----AGAT--T-taacattctc
gi|11 : aaAAAAAA----TT--ACCTAT-C-A----C---A---AATATACAA----T---G-A--GATA--------AT-A--GGAT-ACAA--AACC-TCT--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----TA-----------C-----------CT-CGACAGAGCCTTG-----------G---------TTCC----CA------T-----AGAAA-CA-GTGA--TACC--TT--AAATTA--------------AAATATCT--Tctcagacttattatggcagtcaccgccattacagattcatatgaaccaaca
gi|12 : attttcaggagacactaaatctatttaattattttgaaaaaaaaatcttagtgatatgcTGCCAGAAAA-GAA----T----GTCTT-A-AG---C---A---G-TATG--A----T--TG-A--GGTA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACTC-TTG--GTTTT---AC----AA-A--------GA-T--------G------G-----------G-----GA-----------A-----------CA-T-----------G-----------G---------TTGC----AA------T-----AAAGA-CA-ACGA--AACT--TC--GGGTTG--------------GAAAA-----TTGTCTCA
gi|13 : cggtaAAACAAAA----TC-----TAT-A-A----T---ACGAG-TATATAC----C-----A--G-TA--------ATCG--AGAT-TTCA--ACCT-TCA--GTAAT---AC----TG-TTTT-----GA-T--------G------G-----------G-----AA-----------C-----------CT-T-----------G-----------G---------TTAC----G----------------AA-CA-CTGA--AACT--TC--TTGTTG--------------GTATATCC--TCATCTCAAC-CC-A-GTACCTGTGAttttgaagattcttactgatattatagtattatctacggattgctagatatgtgaaaaa
gi|14 : ataactagactagaaatgtgtatagtgacacagatgcctcTGCAAGAAAA-GAA----TC--ATTCAC-G-A------------G-TAATCAA----T--TG-A--GAT--------------------TCTG--ACCC-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------T-----AA-----------C-----------CT-C-----------GGCAGAGTCA--G---------TTCC----AA------T-----AAACC-TA-GCAA--TATT--TG--GGATTG--------------GAATATCC--TTATCT------C-A-ATACCTATAAgttaaaaattgt
gi|16 : gtatcggtattcaagaattaatataaaaagtatgagcggtaTGCCAGAAATAGAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTT----GA------T-----ATAAA-CA-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATAC--TTATCTAAAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAAT--T-TATAT--AATC-TTTCTATT-CCATAAtcttc
gi|17 : TGCTTAAAAAAAGA----TT--GGTGAC-G-A------------G-TATGTGG----T--TG-A--GATA--------AT-G--ATATAT--A--AACT-TC-------C---AC----CG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----AA--------------------------------------------------G---------TTC---------------------AAG-C---TGA--A-------------T------------------TACCT--TTATTTCAAC-CC-A-ATACCCATAAA-----AGAT--C-TTTAT--AATC-
gi|18 : tctttctgagaagatgctaaattaacatattaaaagtataaaaatcctagAAAAAGAA----TG--AATCTT-G-AAT--T---A---A-TGTAAAA----T--TA-A--GAT------------G--AGAT-GTTATCACCT-T----GTATC---AT----TG-TTTT-----GG-T--------A------G-----------G-----GA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCAGTCTCGCTTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACCAATT----GTTG--------------GAA-------TTATCTTAAC-CT-A-ATATGCGTGAG-----ATAT--T-
gi|19 : aaaatcctcgtagtcTGCGAGAAAAAGAA----TC--GGTCAT-G-ACCACT---T---G-AATACAC----T--TT-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCTG-ATG--GTATC---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----AA------T-----ATGAA-CA-GGGA--AACC--TT--GATTTG--------------GAATATCC--TTATCTATAC-CC-A-ATAACAATAGA-----AAATACT-TATActca
gi|2 : TGCAAGAAAGCAGA----TA--AATCTT-G-A------------G-TACATAT----C--TG-T--GATT--------AT-G--AGAT-TCAA--GCCT-TTG--ATAAC---AT----TA-TTTT-----GA-T--------A------GAAACTTTAGTAG-----AG-----------C-----------CT-C-----------G-----------T---------TTTT----GA------T-----AAAAA-AATGTGA--AACC--TT--AG--TGT-------------GAATATCat
gi|20 : taagattatcagccatttaacatctgtgagaaatctttatctctacctagctttgacataaaatccatgcactcacaaaatgcatagtccgtcacactattctcaaaagatgtatcaagtttatgtttagaaaaaaaatggatattatagtggtaA----T--CG-A--TATA--------AT-G--AGAT-TCCA--GC-------------------------------------T--------A------G-----------------AG-----------C-----------CA-T-----------G-----------G---------TTAC----AT------T-----ATAAA-CA-ATGA--AATT--TC--ACGTCA--------------AAATCTTC--TTA---CAAC-CTTATATATCCACGAA-----AGAT--t
gi|22 : gatggcaaatcaatgtatttgtttaggaaaagtcaatcttatgggcaagcaagacaacgaatcaaac---------TTCT----GA------T-----AAAAA-CA-GTGA--CATC--TC--AAGCTG--------------GAATATCC--TCATCTTGA--CC-A-ACACAGATGAA-----AGATTCT-TATATCCGATC-T
gi|23 : TT-----GA-C--------A------G-----------A-----GC-----------C-----------TT-T-----------G-----------G---------TTCT----GA------T-----AAAA--CA-GTAA--AGCT--TC--CAGCTA--------------GAATACCC--TTATCTCAAT-CA-G-ACATCCATGAA-----AG-T--T-T-TCT--GGTCATTTATATT-gaaggatttattttgccttgtggtgcaataaaaaacctaactaagctcaagacaaacttatc
gi|24 : AAAAAAAGAAAGATCC--AATCAT-G-A----T-------G-T----------T--TG-ATTGACT--------GT-A--AGAT-TCCA--ATCTGTGG--GTATC---GT----AA-TTTC-----AG-T--------T------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-C-----------GACGGAGCCA--G---------TTCT----GA------TG----AAAAA-CA-GTAATTAAT-------GGGTTC--------------GAATACTC--TTATCTCAAC-tgtatcttggtagttataaatatgctcagaataaagctaatca
gi|25 : T-T-----------G-----------G---------TTCT----TA------T-----AAAAA-CT-GTGA--AACC--TC--AGGTTA--------------TTATATCC--CTATTTCAAC-CT-A-CTACCTATGAA-----ATATTCT-TATAT--
gi|26 : ATACA-----T--TATA--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--ACCA-GCG--GTATC---A------G-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTG---------CT-G-----------GT----------G---------TGCCTCATGA------TG----AAAAA-CA-CCTA--AACT--TT--GGGTTG--------------GAATG----------TCAAC-CT-G-ATACTCATGGA-----AGAT--T-ttaagctgcttgattgcagtgtaatacatatcctgttatttatgtcgcaatt
gi|28 : TACT---AC----TG-CTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------C-----------CT-C-----------GATACAGCCTCGG---------TTCC----GA------T-----AATA--CA-G--A--AAAC--TC--TGGCTG--------------GAATATCC--TTACCTCAACGTC-A-A-ACCTTTGAat
gi|3 : AAAAAGAA----TA--AGTTAT-GTG----T-------G-TATACAAAGTGT--TG-A--GATACCTGGATAAT-G--AGAT-TTCA--ACCC-TCG--TAATCCCTACGATGTA-TTTT-----TA-T--------A------G-----------G-----AA-----------T-----------CT-T-----------G-----------G---------TT-------A------T-----AAATA-CA-GTGA--AATC--TT--TGGTTG--------------GAATAT-C--TTATCTCAAC-CC-A-TTACCAATCAAATAATAGAT--T-CTTGT--AATtccttttccctatattcatatgccaatttaa
gi|30 : atggcatcagtcttcttagaaaaatgtaaatcaatatttttgtgaagcacataattaaaataaaaaagcttgtggtatgcatga----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGGT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTCGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TTGTT----------------AATAT
gi|31 : gcacataccctggg----T--TG-A--AGTT--------AT-G--AGAT-TCCA--GTGG-TAG--ATATC---AC----TG-TTTT-----GA-TTTGAACCTA------G-----------GCAATTAAGG---------C-----------CT-C-----------G-----------G---------TTCT----AA------T-----AAAAA-CA-GGGA--AACC--TC--TAGTT----------------AATAT
gi|32 : gcacataccctggg---G-TATACAA----C--GG-A--GTTA--------AC-G--AGAT-TTCA--TCCC-TCGTAATGTC---AC----TG-ATTT-----GG-TT-------A------A-----------A-----AAGTTAAAC----C-----------CT-T-----------G-----------G---------TACC----GA------T-----AAAAA-CA-TTAA--AACC--TT--GGGTTG----------------ATA--C--ATATCT
gi|33 : ---A---A-TATATAA----G--TG-A--GAT------------G--AGAT-TCCT--ATGC-TCT--GTTTC---AC----TA-ATTT-----GA-C--------ACCTCA-G-----------C-----AAAC---------C-----------CT-C-----------C-----------A---------TGCC----AA------T-----AA----CA-GTGA--AACC--TA--AAGTTG--------------GAATATCC--TT
gi|34 : tcacaCAA----TCATG-A---ATA---------T-GTCAGAT-TCCG--ACCC-TGG--GTATC---AC----TGCTTTT-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------T-----------CT-
gi|35 : gtatgtgttcagaaacaatacaaaaccgttaccagtatgcaacatacaggttTACGT----T--CA-A--GGTA--------AT-G--CGAC-TCCA--ACCC-TAA--ATATA---AC----TG-TTTT-----GA-T--------A------A-----------G-----AA-----------A--------------C-----------G-----------GAGAC-----TACT----GAAACCTCT-----GATAA-CA-ATGA--AACC--TT--AGGTTG--------------GAAT
gi|36 : --GTATT---AC----TG-TTTT-----GGGT--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------G---------CTCC----GA------T-----AAAT--CA-GTGA--AACC--GA--GGAA-A--------------AAACAGCCAGTT-TCT-AAT-CT-A-ATACTCACGAA-----AGAT--T-CTTAT--t
gi|4 : ttt--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-GCCA--GCCC-TCG--G-------------TG-TTTT-----GA-C--------A------G-----------G-----AAG----------C-----------CT-G-----------G-----------G---------TAGA----GA------T--------AA-CA-GTGA--AACT--TT--ACGTTG--------------GAATATCC--TC--------------ACACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AAT--TGTATATT-ACA
gi|40 : agaatagcataacactgttctcagtagacagtaaatcaagtatctgatagaaaaacatataaatcttatagtggcatgcagaaaatgaataaatcg---AC----TG-TTCT-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CTGGAG------CT-T-----------T-----------G---------TTGT----AA------C-----GTAAA-C-----A--AACT--TA--CGGTGG--------------GAATATCC--TCAACACAGC-CA-G-GTACCgatggacagcctgtttgtggttgtgttgatataaaaata
gi|44 : taatGAT-TCCA--ACAC-CTG--GTATT---AC----TG-TCT------GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------C-----------CG-C-----------C-----------A---------TTCA----GA------T-----AAAAA-TG-ACAA--AATC--CT--GGTTTG--------------GAATGTTT--TTAtttg
gi|46 : TGCAAGACATAGAA----TC--AGTCATCA-A----TTACA---G-TATACGA----T--TG-T--AATA--------AT-G--TGAT-TTCA--A
gi|47 : ATC---AC----TG-CTTA-----GA-C--------A------G-----------A-----AA-----------C-----------CT-C-----------G-----------GCATAGC---TTCA----GT------TTGAAAAAAAA-CA-GTGA--AACC--TC--AAGTTG--------------GAATATCC--tttgaagtgtattgttt
gi|49 : A-CA-GTGA--AATC--TC--GGGTTG--------------GAATATTC--TAATCTCAAC-C
gi|5 : AAAAA----TCTTAGTTCT-G-A------------G-TATGTTA----T--TG-A--GATC--------AT-G--AGAT-TGC---------TG--GT------------TG-TTTT-----AA-T--------A------G-----------A-----AATCTCAATAGTGT-----------CT-C-----------A-----------G---------TTTC----GA------T-----AAAAA-CA-GTAA--AACC--TC--AGTTTG--------------GAATATCT--ATATCTCAAT-GT-A-ATGCACATCAA-----AGATTCT-TATAT--ttattccaa
gi|6 : tattatcagaagacatatttgtttaaaaaaatgtat--------AT-A--AGAT-TCTA--ACCT-TCA--GCACC---AG----TG-TTTT-----GA-T--------A------G-----------A-----Atttcaagccagctgatttgtttataaacactattgacatttcacgacatc
gi|7 : gctcacttataaggatagctgtcatcggtgcgagacatttctatttcaccctcgggtcgtcattacattcatccgattataatatgcatgtacgaatatttcacgctactctcagaagacgataaagcagtctattttgtttaggaatataaaatgatataacatatgagagataagcaaaaaaacatcgcgggcA------T-----AACAA-CA-GCGA--AACC--TC--GAGTTGAAATATCAGAGTTGGAATATCT--GTATCTCAAC-CT-A-ATACCCACAAA-----AGAT--C-CATAT--AATC-Tcact
gi|8 : ataatattgatgctttcatttaatgtacacactaaatgatgacccattttttcccagaggatggtaaattaacatattcatttagaaaaatataaaaatcttagtggtatataaagaatcaaccacgaTGCCAGAAAAATAA----TC--AATCAT-G-AC---T---ACTTG-TATACAA----T--TG-A--GATA--------AT-G--AGAT-TTCA--GCAC-TTG--GTATC---TC----TG-TTTT-----GA-T--------ACATGTAG-----------G-----AA-----------C-----------AA-C-----------A-----------G---------TTTC----TA------T-----ATGAA-CT-GTGA--AACC--TT--GAGTTG--------------GAATATCC--TTTCCTCAAC-CC-A-TTTTCCATAAA-----ACAT--T-CTTAT--AATC-TTTTCATTGCCACAAgttgttcagcagattc
gi|9 : GCAGGTAAAATAA----TC--AGTCA----G----T---A---G-TA---AA----TGGTG-A--AATA--------AT-C--AGAT-TTTT--ACCA-TCT--GTATC---AT----TA-TTTA-----GA-T--------A------G-----------G-----AA-----------CACCATCAGAGCCTGC-----------G-----------A---------T-CT----GA------T-----AAAAAACA-GTGG--AA-----------TTG--------------GAATATtctaaatatatgcttccatgcttatccacaagttctt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTGCCATTTACCAGTGTGAGGTAATTCTATCTTGCTGTAGAGTAAATGTAAATTTCATACACTCATCAAATGCATATACTAGTATGACATCATGGTATTCTCGTAAGGTAAAGCAATGTATTAGAAGTAATATAGAAATTTTAGCGGTTTGCAAGGAAAAAAAAGAACAGATCATGAATAT
Unaligned ( gi|21 ): AAAGACATCTGCCATTTACGCGTGGAGATATTTCTATCTTATCCAAGAGTCATAAATGCATGTGCGTATAATAAACTGCATGAACTAGTATGCCATCATGCGATGAATCCTAAAAGACCAGAGGTAGTTTATTTGTTTACAAAAAATTTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TTCGTGTATACACTAGCCTAAGTGTGGCTTTACGCTACATTTTCAGAAGATGGTAAATCAAAATATTTGTTTAGAAATGTTTAAAAAATCTTTATTGAATACAAGAAATTAATACCAATTATGAAT
Unaligned ( gi|29 ): AATTCCATACGCTCATGAAATGCACGTGTTGATATGACGTCAAGGTATATCAAGAAATCAGTAAATCAACATAGCCATTTAGAAAAAAATCTTAGTGGTAAAATAACCAATCGTGAGCA
Unaligned ( gi|37 ): GCTGAGATAACATTCATGTGCTCACAAAATGCATGTGCTATTTTGATGTTGTGCTTTTCTTAAATGACAGAAAATCAATATATTTGCTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATGCTGCATGTTTCCCCACTTACTGGCATGAAGTATTTCTATCTTATGGTCCAGGGATGAGGTAAAGTTCATACAGTCAAAAAATGCATTTATA
Unaligned ( gi|39 ): TTCACACACTAATAAAATGCATATAGGCTGGTAAGTATGACATCATGTTATTCTCAGAAGATGTAAAATCACATTTTTAAGTTTAAAAAAA
Unaligned ( gi|41 ): GTAAGATTCATACACTCGTAAAATGTACATGTATGATGTCACGCTATTCTTAGAAGATGATGAAATCAACGTATTTATTTAAAAAA
Unaligned ( gi|42 ): AATGTACACACTACTATGATATCTTCTTATTCTCAGAGCATGGTAAAACACTATAATCGCTGAGGAAAAATAAAAAATCTTA
Unaligned ( gi|43 ): GTTGAGATAAAACTCGTGCACTCACAAAATGCATGTACCAGTATTCTTAGAAGACAGTCAATCAAGCTATTTGTTAAAAAA
Unaligned ( gi|45 ): ACTTTATTTTATTCTAAAGTTGAGATAAAATTCGCACATTCATTAACTGAATGTGCTAGTATGACATCACGCTATTC
Unaligned ( gi|48 ): TTTCAGAAGACAGTACATGTAAATCTGCATATTTGTAGATAAAACAATGAATACTAGAATATATTT
Unaligned ( gi|50 ): ATTAGTGTTGAGGTAAAATTCACACACTTGTAAATTGTAC