lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 1 44444 111 111111 11 22 222222222222 1 1 11 22222222222 33333 1 1 1 22222222 222 55 33333333333 1 1 11 1 22222222 111 1 333 11 1 444444 11 1 2 1 1 4 2 222 0000000000000000000000000 1 222 1 4444 333333333333333 2 1 22 111 1 1 2222 22 11 3333 2222222222222222 11 33333333 11111111 222 1 2222 2222 1 1 1111111111 1 1 11 1111 1 2222 444444444444 1 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 2222 11 11 1 1 22 1 1 22 111 1 33 1 1 222 22 11 1
lowQualScore : 0 6 5 6 00000 66 666 2 2 777 222222 44 4 33 2 7 666666666666 5 1 22 11 0 88888888888 99 22222 9 3 6 3 1 6 9 99999999 6 2 444 77 6 55 2 44444444444 666 3 6 2 0 0 33 4 4 5 22222222 000 6 2 2 666 6 55 6 7 0 4 111111 88 00 3 5 0 99 5 5 4 0 3 2 888 0000000000000000000000000 555 5 2 111 4 5 4 4 4444 4 888888888888888 0 77 2 5 2 22 4 777 55 6 6 2 88 7 2 3333 2 4 4 6 00 88 4 77 4 2222 4 7777777777777777 7 88 6 44444444 11 6 88888888 666 3 8888 6 8888 9999 3 7 6 4 5 4444444444 5 7 3 88 2222 1 5555 555555555555 4 7 88 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 0 4 4444 2 4 77 00 5 7 77 1 0 3 33 888 5 2 44 6 6 6 6 7 0 4 3 4 000 2 77 66 2 4 4 4 99 4 6 3 4 2 6 6
lowQualScore : . . . . ..... .. ... . . ... ...... .. . .. . . ............ . . .. .. . ........... .. ..... . . . . . . . ........ . . ... .. . .. . ........... ... . . . . . .. . . . ........ ... . . . ... . .. . . . . ...... .. .. . . . .. . . . . . . ... ......................... ... . . ... . . . . .... . ............... . .. . . . .. . ... .. . . . .. . . .... . . . . .. .. . .. . .... . ................ . .. . ........ .. . ........ ... . .... . .... .... . . . . . .......... . . . .. .... . .... ............ . . .. . ..................................................... .... . . .... . . .. .. . . .. . . . .. ... . . .. . . . . . . . . . ... . .. .. . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 11111 99 000 2 0 888 888888 11 4 00 2 7 333333333333 0 6 99 22 2 77777777777 55 22222 2 3 0 2 8 6 6 00000000 0 5 222 88 0 00 0 00000000000 000 2 5 5 0 0 88 0 0 0 22222222 555 7 7 2 000 0 77 7 0 7 0 555555 00 00 0 0 0 00 0 0 0 0 0 5 555 5555555555555555555555555 555 0 5 000 0 5 0 0 5555 0 555555555555555 0 00 5 0 5 00 0 555 55 0 0 5 00 0 5 0000 5 0 0 0 00 00 0 00 0 0000 7 7777777777777777 0 33 7 33333333 33 7 00000000 333 3 3333 0 3333 0000 3 0 7 7 0 7777777777 7 7 3 33 0000 5 5555 000000000000 0 0 00 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333 7 7 0000 5 0 55 00 0 0 55 5 5 0 00 555 0 5 00 0 0 0 0 0 5 0 0 0 555 5 55 55 5 0 0 0 00 0 0 0 0 5 0 0
consensus : NNGTTATCCATTTCTATTTTT-A-TGTTC--AATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGC------ATAAGCATCA-ATATACAAATTTCTATATTATCGT--A-----ACATAATGGCGACATGTAATAAACGTACATACAAGCA--TAG--CTTAAGGANACGGCTA---TGTAATAATGTTANTATTAAATATCAATTGTTAGTATA--------AATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT--GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA---TA---TAATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTNTGTT-AC-TTG--TGTCANGTNTCGCGTGCG---TT---TATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGAGGTAAGTGCGCTTTTAAAANGTTTATGCATATACCGNNATANAANTATTCTATACAAANATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAANCATTTTTACCTTTTCACATATTCCAATATTTTNTCGATGAGTAAACTAAATAAGATAAAATAAATATTNCNAATTCCGTATAGTTTTCCANTAACAAAAGTGAAGNAAATTTAATNACATNCGGGCCGTGNATAGTAAAATTGTT-T----TCATANATATTTTTATCCTNNAAANTGCTANTTCCGGGCATACTNAAATANAGTGAAATTCATCACCNNGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTNATNNATGNGCACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGNATGCGATGGTNTCTNGTTATAANTAGCATGATANTTTTNCNNGAAAANGAAGGTAATAATTCNATATATTTNCTTTGTTCAAANTTCGTTTC-AA-AGCTTGTATAAAT--TTGTGTTCGAAGTTATT-CGTATTTCAGCATACCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAA-TTTTTG-TTGA-AGGACTTAATAA----GCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGT-CCCAGATACCTGANTATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTNACGAANACAANNTCATGTTATAGATANNTNCATACATTNTTGATGATAGTTTNTTGTTGT-CATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTATNC-------TTTGACCAGT----AAGATNCTATTTTGTTTTTAATGTNCATATATAANGNTGTCATTCCAGTTTCGCCATATGCCANATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATNAAAAGNGTATTTTAAGAATTNAAGCTGCACCCTTTCTNNNACATCTNTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAANATTGGTTTTACNGTTTTNTCGNAAANAAGTCGNNTTNCANTTCANANGGAAGTGANAGNGCTTTTATCTTTCTCAACAANGAAAANANTGCTTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( gi|2 ) : ACGTT-TTCAGTTTTATTTTTCAATGTTC--AATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGC------ATGAGCATCA-ATAAACAAATTTCTATATTATAAC--A-----ACATAATGCCGACATGAAATAAACACACATACAAGCA--TAT--CTTAAGGAAACGGCTA---AATAATCATGTTAATATTAGATATCATTTGTAAGTTTA--------AATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA--GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA---TA---TAATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTT-AC-TTG--TGTCAAATTTCCCGTGCG---TC---TATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGTATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAAT---------AAACT-AAGTTTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAGAAAATTTAATAATATTTGGG-T-CGTATAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT--TTCTGTTCGAAGTGCTT-CATATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAA-TTTTGG-TTGACAAGACTTATTAA----GTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGT-CCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATA-TTTTTAAAATTTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATAT----AATAAA-ATATATATTATAGATGATAGTTTATTACGGT-CATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTATACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTGC
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTTTT----GTTC--AAT-ATTTAATGT-----TA---GGTTCATATTTACAGC------ATAAGTATCA-ATATACACATTTCTATATCATCCT--G-----ACATAATGGCGACATGTAACAAACGTAAATACAATCA--TAG--CTGAAGGAAATGGCTA---TGTAATAA-ATTATTGTTTAATG--ATTC-TCAATTTA--------AAT
gi|13 : acgtATTTGTTATTGTGG--AATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAAC------ATATGGATTA-GTATTCAAATTTTTCTTTTATCAT--A-----ACATAATGGCGACATGTTATAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|11 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgATTTTTGA---TTCCAAATTATTT-ATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAAC------ATTTGCACAG-AT-TACAATTTAGCATAATATAAT--AGAAACATATAAT----ACAT-AAAT---TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTT---TGCAATAATGGTACCATTAAATAGCActgtac
gi|12 : aaAGTATTC--CATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAAC------ATAAGTCTCAGATA--CAAATGTCTATTTTATCAT--A-----ACATAATGGCGACATGAAATACACat
gi|1 : gattgataattattattggcataagtatataatgTTC--AATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGC------AT------CA-ATATACAAATTTCTGTATTATCAT--A-----ACATAATGACGACATGTTATAAACGTTCATACAAGCA-----------------CAACTA---TGTAATAATGTTAAAATTAAACATCAATTGTTAGTATA--------CATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT--GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA---AG---CAATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTT-AC-TTG--TGTCATGTATCATGTGCG---TT---TTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATATTC-AATATTTTGT---TGAGT---------AAG-------------TGTAAATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AGAAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTATAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTGTTCAAAA-------------GCTTGCATAAAT--TTGTGTTCGAAGTATTTGCA-ATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAA-GTTTTG-TGGA-AGGACTAAATAA----GCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGT-CCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAAA-TA-ATTTTCAAATATTTC-ATCAATGCTGATT--TAACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATTATAAATAAATATATATATTATTGATGATAGTTTATT----------CGAAT-----T-ATTTT--TATCAA-----TTATG--------TTTGACCAGT----AGGATGCTATTTT----TTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTGtttcgtgaatataaactgaaccacatttaat
gi|5 : aTTC--AAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGC------ATAAGCATCA-ATATGGAATTTTTTATATTATCAT--A-----GCCTAATGGCGACTTGTAATGAACGTACATGCAAGCA--TAG--CTTAAGGAAACGGCTA---TGTAATAATGTTAATATTAAATATCAATTGTTAGTATA--------AATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT--GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA---TA---AAATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTT-AC-TTG--TGTCAAATTCCACGTGCG---TT---TATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACAatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|9 : caaTTC--AA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGC------ACCAGCACCG-ATATACAG--TTCTAT-TTA------A-----GTCTAATAGCGAAATGTAATACATGTGCATACA--CA----------AAGGTTACAGCTATGCATTAAT--TGT-ACTATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAG
gi|16 : tattcgaa--AATT-CTTTATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGC------ATacaagtttaatgacataatatatgtaaaaaa
gi|14 : A---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAA-ATATACAAATTACAAT-TTA-AGCATA-----GCATAAAGGCGACAT----T-----TACATATAAACA--TAG--CTTAAa
gi|15 : GCATCA--TA--CAAATTTCTATATGATCGT--A-----ACATAATGGCGACGTGTAATAAATGTACATACAAACA--Tcgtatatcagtaacaaagttcattcattatccaaata
gi|6 : atTAATGGCGACATGTAATAAACGTACATACAAGCA--TAG--CTTTATGACACGGCTA---TGTAATAATGTTTATATTAACTATCAATTGTTAGTATA--------AATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT--GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA---TA---TAATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTT-AC-TTG--TATCATGTTTCACGTGTG---TT---TATT------GTGATACTCATtg
gi|10 : ACAGT-AAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGT-ATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCT-AAGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGTTTAATATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTC
gi|3 : t---TATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGTTTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCTAATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAATTTAATTATATTTGGGCT-TGAATAGTAAAATTGTT-T-------TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT--TTGTGTTCGAAGTTATT-GCTATTTCAACATACCAATTTT-------GATATCATTAAA-TAATTG-TTGACAAGACTTAATCA----GCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGT-ACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTGA
gi|7 : ---TATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAaacattttcacactgt
gi|4 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaatATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAG--TTTATAAATACTACAGTTTGAAGATATT-TGTATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGA------TTACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAA-ATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATG-TTTTTTATATTTATCTATCCAAGGGGACT--TTATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATGT----GATATT-CCATACATTTTTGATGAT--TTTTTTGTTGTGTATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTC----AT-TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTT
gi|8 : GT-CATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTATATC--------TGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|4 : aatacctgaatatcctgaagaaAATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGtaga
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 1 2 11 11 111111111111111111111 1 22222 66666666 2 2 333 11 1 1 1 11 222 2222 2222222222222 1 11 2 3333333333333 3333333333 222222 1111 22222 666666666 2222 33 33
lowQualScore : 5 3 0 444444 000 0 777 8888888 0 1 8 0 6 0 666 2222 8888 1 333 66 66 0 33 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 1 333333 3 77 1 4 999999 1 4 3 1 5 222 1 1 6 3 1 0 0 1 7 22 1 00 0 0 999999999999999999999 222 0 1 7 4 1 0 11 22222 0 00000000 88 3 22 1 1 3 1 1 22 3 1 22 1 0 3 1 0 1 1 1 1 1 222 1 11 1 444 4 111 33 99 0 0 0 9 44 0 2 0 33 777 4 1111 3 0 2 1 4444444444444 8 0 1 0 33 444 1 3 22 0 6666666666666 0 1 7 0000000000 888888 1 4444 55555 222222222 1111 1 7 11 1 1 0 1 00 1 11 0 1 0 333 1 1 1 11 1 6 1 1 00 222 11 1 1 1 1 1 3 0 1 1 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . . ... .... .... . ... .. .. . .. ........ . . .. . ........ . . . ...... . .. . . ...... . . . . . ... . . . . . . . . . .. . .. . . ..................... ... . . . . . . .. ..... . ........ .. . .. . . . . . .. . . .. . . . . . . . . . . ... . .. . ... . ... .. .. . . . . .. . . . .. ... . .... . . . . ............. . . . . .. ... . . .. . ............. . . . .......... ...... . .... ..... ......... .... . . .. . . . . .. . .. . . . ... . . . .. . . . . .. ... .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 7777777 7 3 6 7 2 2 444 7777 5555 9 444 66 99 4 11 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 0 000000 2 44 0 6 222222 9 3 0 0 3 777 0 0 7 7 0 7 7 0 3 77 0 33 7 7 000000000000000000000 777 7 0 3 0 0 7 77 00000 7 00000000 33 7 00 0 0 7 0 0 00 7 0 00 0 7 7 0 7 0 0 0 0 0 777 0 77 0 888 2 888 88 55 0 2 0 8 55 0 5 8 88 555 0 2222 2 2 5 0 4444444444444 0 2 0 0 88 999 0 7 00 7 0000000000000 7 0 3 2222222222 222222 0 8888 00000 222222222 2222 0 0 77 0 0 7 0 33 0 77 7 0 7 000 0 0 0 77 0 7 0 0 33 777 77 0 0 0 0 0 7 7 0 0 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAATATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-TATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACTAAGT----T----T---T-TTTTTAATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAATTTAATAATATTCGGGCCGTG-ATAGTAAAATTATT----T--CATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAA--GCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTTT----TTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAA--CA---AAA--NATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATAT-ATAAATA--TATATATATTATTGATGATAGTTT-TTGC-GT-CATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTATAC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCATTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCGTAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTANTATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTNTGTTA------CTTGTGTCANGTNTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGAGGTAAGTGCGCTTTTAAAANGTTTATGCATATACCGNNATANAANTATTCTATACAAANATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAANCATTTTTACCTTTTCACATATTCCAATATTTTNTCGATGAGTAAACTAAATAAGATAAAATAAATATTNCNAATTCCGTATAGTTTTCCANTAACAAAAGTGAAGNAAATTTAATNACATNCGGGCCGTGNATAGTAAAATTGTT----T-TCATANATATTTTTATCCTNNAAANTGCTANTTCCGGGCATACTNAAATANAGTGAAATTCATCACCNNGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTNATNNATGNGCACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGNATGCGATGGTNTCTNGTTATAANTAGCATGATANTTTTNCNNGAAAANGAAGGTAATAATTCNATATATTTNCTTTGTTCAAANTTCGTTTC--AAA--GCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCATACCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGA-AGGACTTAATAAGCCATTTT----TTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCCAGATACCTGANTATCCTGAGGAA--CA---AAA--NATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTNACGAANACAANNTCATGTTATAGATANNTNCATACATTNTTGATGATAGTTTNTTGTTGT-CATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTATNC-------TTTGACCAGT----AAGATNCTATTTTGTTTTTAATGTNCATATATAANGNTGTCATTCCAGTTTCGCCATATGCCANATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATNAAAAGNGTATTTTAAGAATTNAAGCTGCACCCTTTCTNNNACATCTNTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAANATTGGTTTTACNGTTTTNTCGNAAANAAGTCGNNTTNCANTTCANANGGAAGTGANAGNGCTTTTATCTTTCTCAACAANGAAAANANTGCTTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCAT------------CAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC----A-------------CAACTAT--GTAATAATGTTAAAATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATATTC-AATATTTTGT---TGAGTAAG----------------------TGTAAATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAATTTAATAACATACGGGC-GTGTATAGTAAAATTATT----T--CATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTGTTCA-------------AAA--GCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTTT----TTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAA--CA---AAA---ATA-ATTTTCAAATATTTC-ATCAATGCTGATT--TAACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATTATAAATAAATATATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTATG--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACCATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTT--CATTCATTATC
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATcaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAATATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGTATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAATAAACTAAGTT---T----T---TTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAGAAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--ATAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAA--GCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTTT----TTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAA--TA---AAA--AATA-TTTTTAAAATTTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATATAATAAA-----ATATATATTATAGATGATAGTTTATTACGGT-CATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTATACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGTTTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCTAATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAATTTAATTATATTTGGGCT-TGAATAGTAAAATTGTT----T----TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAA--GTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTT-------GATATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTTT----TTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAA--CA---AAA--TATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTGAc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTT--AAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGA--TTACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTG--C------A--GATG-TTTTTTATATTTATCTATCCAAGGGGACT--TTATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATGT----GATA-TTCCATACATTTTTGATGAT--TTTTTTGTTGTGTATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-----TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTaacattttcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAATATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTATATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATTGTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaaATACCTGAATATCCTGAAGAAGTCATTCGAATTTATA-TTTTT
gi|8 : aGT-CATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTATA--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTAaattatatctgaccagtaagatactaccttgtttttaatgtacatatataaagttgtcattctagtttcaccatatgccatatacgaaggtgtcgattttttcatatcaaaagggtattttaagaattgaagctgcactctttctaaaacatctgtatttccgtcaccccatacctcgctaccgtaga
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACTATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 1 1111111111111111111111111 1 1 22222222 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 1 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 000 0 777 8888888 0 1 8 0 0 666 2222 8888 1 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 3 7 0000000000000000000000000 0 7 3 3 0 99999999 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 2 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 0 0 1 0 33 2222 1 0 1 555555555555555555 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . ... .... .... . ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . . ......................... . . . . . ........ ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . . .. ... . .... . . . . . . . . . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 7777777 7 3 6 7 2 444 7777 5555 9 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 3 7777777777777777777777777 7 3 3 3 7 33333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 5 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 0 2 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGA-TAAATAAACTAAGT---------T---T-TTTCT--AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATAAA---ATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGA-TAAATAAACTAAGT---------T---TTTTTTT--AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATAAAT--ATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCAT------------CAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC----A-------------CAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTGAGTAAGTG---TA-------------------------AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTA-TAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATA-ATTTTCAAATATTTC-ATCAATGCTGATT--TAACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAA-TAAATAAACTAAGT---------T---TTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--A-TAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATA-TTTTTAAAATTTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATAAA-----AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGA-TAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT--AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TG-AATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTT-------GATATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATG-TTTTTTATATTTATCTATCCAAGGGGACT--TTATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T-G-------ATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 1 22222222222222222222222222222222 1 1 333333 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 1 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 000 0 777 6666666 0 1 8 0 0 666 2222 8888 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 3 00000000000000000000000000000000 0 7 3 3 0 888888 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 2 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 0 0 1 0 33 2222 1 0 1 333333333333333333 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . ... .... .... ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . ................................ . . . . . ...... ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . . .. ... . .... . . . . . . . . . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 2222222 7 3 6 7 2 444 7777 5555 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 77777777777777777777777777777777 7 3 3 3 7 333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 5 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 0 2 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGA-TAAAT---------AAA-T-AAGT---T-TTTCT---AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-ATAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGA-TAAAT---------AAACT-AAGT---TTTTTCT---AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-ATAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCA------------TCAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC-----------------ACAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTGAGTAAGT---------G---T-A----------------AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTATAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATA-ATTTTCAAATATTTC-ATCAATGCTGATT--TAACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAA-TAAAT---------AAACT-AAGT---TTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--ATAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATA-TTTTTAAAATTTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATA---AA--AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGA-TAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT---AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TGAATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTT-------GATATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATG-TTTTTTATATTTATCTATCCAAGGGGACT--TTATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T--------GATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 999999999999999 33333333 1 1 22222222 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 1 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 000 0 777 6666666 0 1 8 0 0 666 2222 8888 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 7 666666666666666 7 88888888 0 7 3 3 0 99999999 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 2 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 0 0 1 0 33 2222 1 0 1 333333333333333333 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . ... .... .... ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . ............... . ........ . . . . . ........ ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . . .. ... . .... . . . . . . . . . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 2222222 7 3 6 7 2 444 7777 5555 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 777777777777777 7 00000000 7 3 3 3 7 33333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 5 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 0 2 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAAC--------------TAAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAA---------------TAAGTTTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATA-TTTTTCAAATNTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCA------------TCAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC-----------------ACAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTG-------AG---------------TAAGTGT---A----AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTA-TAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATA-ATTTTCAAATATTTC-ATCAATGCTGATT--TAACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAATAAAC--------------TAAGTTTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--A-TAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATA-TTTTTAAAATTTTTC-ATCCATGCTGATT--TAACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATA---AA--AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TG-AATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTT-------GATATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATG-TTTTTTATATTTATCTATCCAAGGGGACT--TTATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T--------GATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 77777777777777 33333333 1 1 22222222 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 11 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 000 0 777 6666666 0 1 8 0 0 666 2222 8888 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 7 88888888888888 1 88888888 0 7 3 3 0 99999999 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 3 33 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 00 1 0 33 2222 1 0 1 333333333333333333 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . ... .... .... ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . .............. . ........ . . . . . ........ ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . .. . .. ... . .... . . . . . . .. . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 2222222 7 3 6 7 2 444 7777 5555 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 33333333333333 0 00000000 7 3 3 3 7 33333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 2 22 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 22 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCA------------TCAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC-----------------ACAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTG--------AGT--------------AAGTGT---A----AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTA-TAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATAATTTT-CAAATATTTC-ATCAATGCTGATTTA--ACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAATAAACT--------------AAGTTTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--A-TAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATATTTTT-AAAATTTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATA---AA--AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TG-AATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTTGA-------TATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATGTTTTT-TATATTTATCTATCCAAGGGGACTTT--ATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T--------GATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 111 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 77777777777777 33333333 1 1 22222222 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 11 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 000 0 777 6666666 0 1 8 0 0 666 2222 8888 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 7 88888888888888 1 88888888 0 7 3 3 0 99999999 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 3 33 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 00 1 0 33 2222 1 0 1 333333333333333333 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... ... . ... ....... . . . . . ... .... .... ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . .............. . ........ . . . . . ........ ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . .. . .. ... . .... . . . . . . .. . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 777 8 000 2222222 7 3 6 7 2 444 7777 5555 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 33333333333333 0 00000000 7 3 3 3 7 33333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 2 22 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 22 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATT-TTTTATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCA------------TCAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC-----------------ACAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTG--------AGT--------------AAGTGT---A----AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTA-TAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATAATTTT-CAAATATTTC-ATCAATGCTGATTTA--ACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atAATTCTTT-ATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : GTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAATAAACT--------------AAGTTTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--A-TAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATATTTTT-AAAATTTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATA---AA--AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TG-AATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTTGA-------TATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATGTTTTT-TATATTTATCTATCCAAGGGGACTTT--ATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T--------GATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAA--ATTCT-TTTGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga
blockSeqs : A T G CAATG ATT . TTAAATT G T CAT CTTT AACT GCA GT CA TC CTATTATG T T TT T CTTATTTT ACGTTG G AA A G ATTCCA A G C GT C T T T A AAATAAAATAAAAT T TTTTTTTT T T A CTTGAA ATATTATT A . A T A . TG A T C A T TT A A T CA . A GA AT CAA T AGCA T C A A A TC T T TA GATG T A A TAATAAAAT ATTACGGTC TTATTA A TAT AGTAT ACCAGTATA ATAA A T . T T C G C AG A
blockSeqs : . ATTG TTT . A G T . AT . TAA AA . . . T . TT C TAT . G AA T C . A G A TT . . . T A . A TTCT T . . TCGTA T A . C C T . CA T T C G C GT . . T GC . A TG . CAA T . T A A A T A G . . TTG A . T TGATATTCC TGTTGTGT T C T . TCAT . T T . C G A A . . T
blockSeqs : . G TGT . A A T . . . TAA AA . . . A . CT T TAA . A TG T A . T G A G A G T T . . . A TG . . . . T A . . A G . G T T . . G C . G T A T . A . A C
blockSeqs : TTC . A A A . . . TTA AC . . . A . C A TAT . . A T A . A G
blockSeqs : TTA . G A A . . . GAA AA . . . . C . . T .
blockSeqs : GTC . A A A . . . TA TT . . . .
blockSeqs : T . A A A . . . AA . . .
blockSeqs : A . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TTT *** A****** TAA AN
originalCons : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTNTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
finalCons : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTTTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCATA------AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 1111111 1111 22222222 11111111 222222 111111 333 1 77777777777777 33333333 1 1 22222222 44444444 1 1 1 1 1 11 111 2222 1 11 1 11 2222 1 555555555555555555 5555555555 222222 1111 22222 66666666666 2222 11 11
lowQualScore : 5 1 0 444444 0 0 777 8888888 0 1 8 0 0 666 2222 8888 1 333 66 66 0 0 66 44444444 1 6 55 7 44444444 0 0 333333 3 77 1 4 999999 1 4 1 444 0 6 3 0 7 7 7 88888888888888 1 88888888 0 7 3 3 0 99999999 11111111 7 3 1 1 1 3 44 1 9 2 4 4 99 0 0 0 9 44 0 3 33 0 33 000 1 1111 3 0 1 1 3 0 00 1 0 33 2222 1 0 1 333333333333333333 7777777777 888888 1 4444 55555 00000000000 1111 1 7 88 1 3 1 1 6 88 0 1
lowQualScore : . . . ...... . . ... ....... . . . . . ... .... .... . ... .. .. . . .. ........ . . .. . ........ . . ...... . .. . . ...... . . . ... . . . . . . . .............. . ........ . . . . . ........ ........ . . . . . . .. . . . . . .. . . . . .. . . .. . .. ... . .... . . . . . . .. . . .. .... . . . .................. .......... ...... . .... ..... ........... .... . . .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 5 0 0 000000 5 8 000 7777777 7 3 6 7 2 444 7777 5555 9 444 66 99 4 2 99 22222222 4 7 33 8 44444444 8 8 000000 2 88 4 6 222222 9 3 0 000 7 7 3 7 3 3 3 33333333333333 0 00000000 7 3 3 3 7 33333333 33333333 3 3 0 0 0 3 33 2 8 5 5 2 55 0 2 0 8 55 0 2 22 8 88 555 0 2222 2 2 0 2 2 8 22 0 0 88 5555 0 0 0 000000000000000000 3333333333 222222 0 8888 00000 00000000000 2222 2 0 33 0 7 0 0 7 33 7 0
consensus : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTTTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
Reference ( family-6429 ) : NNGTTATCCANTTCTATTT-TT--AT-GTTCAATTTTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATACAAATTTCTATATTATCATAACATAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTAAGGANACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGTAACGGTCAAT-GAATCTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAGTTTCGCGTGCGT------TTATTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCCGNGGTAAGTGCGCTTTTAAAATGT-T-ATGCATATACCGTAATAAAAATATTCTA-ACAAATATACAGTCTTCAAATATATGTCACGTTAAACATTTTTACCTTTTCACATATTTCAATATTTTGTCGATAAATAAACT--------------AAGTNTTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCACTAACAAAAGTGAAG-AAA-TTTAATAATATTCGGGCCGTG-A-TAGTAAAATTATT------TCATATATATTTTT-TCCTTAAAACTGCTAGTTCCGGGCATANTAAAATANAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACACGTTAAGNATTTCCTTTCATTTATGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGATA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTATAAATAGCATGATATTTTTACATAAAAATGAAGGTAATAATTCGATATATTTACTTTGTTCAAANTTCGTTTTCAAAAGCTTGTATAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTCGT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTTG--TTGACAAGACTNAATAAGCCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTNCCAGATACCTGAATATCCTGAGGAACAAAANATATTTTT-CAAATNTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGACGAANAC-ATNTCATA-T-ATA---AAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT--TTGC-GTCATTCGAAT-----TTATNTT--T-TCAA-----TTAT--AC-------TTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATNAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACTCTTTCTANAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTATANTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCGAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGATAGTGNTTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCCTGTTCTG
gi|1 : TTCAATTTTTT-ATTTACACTTATTAGGTTTATTTGAACAGCAT------------CAATATACAAATTTCTGTATTATCATAACATAATGACGACATGTTATA---AA----CGTTCATACAAGC----A-------------CAACTAT--GTAATAATGTTAAA--ATTAAACATCAATTGTTAGT--------ATACATAATCATATAAATAGTAACGGTCATT-GAATGTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCGCTGTAA--AGC---AATAACTACCTTTTGTATATTAAGTTATCGAGAGTGTAAGGTCTGTTA------CTTGTGTCATGTATCATGTGCGT------TTTTTGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGATAACTGAGGGTCATTTTGTTTCTCCCGCGGTAAATGCGCTTTTAAAATGT-------ATATACCAAAATAAAACTATTCTA-ACAAAGATACAGTCTTCAAATATATGTCATGTTAATCATTTTTACCTTTTCACATA-TTCAATATTTTGTTG--------AGT--------------AAGTGT---A----AATTCTGTATAATTTTCCACTAACAAAAG---AG-AAA-TTTAATAACATACGGG-CGTGTA-TAGTAAAATTATT------TCATAT---TTTTTATCCTACAAAGTGCTAGTTCCGGGCATATTAAAATAAAGTGAAATTCATCACCCCGTTCATTACACGTTAAGCATTTCCTTTAATTTATGGGTACATCTGTCCATCTACCTACTTCGATATGGGATGCAATGGTTTCTTGTTATAACTAGCATGATATTTTTACCAAAAAATGAAGGTAATAATTTTATATATTTACTTTG-------------TTCAAAAGCTTGCATAAAT-TTGT-GTTCGAAG-TATTTGCAATTTCAGCACACCAATTTGGAATAAAGATATCTTTAAAGTTTTG--TGGA-AGGACTAAATAAGCCATTT----TTTATTAATAAACCTTTGGTTGTCCCAGATACCTGTTTATCATGAGGAACAAAA-ATAATTTT-CAAATATTTC-ATCAATGCTGATTTA--ACTGAATTTAACTAAAAC-ATTTCATATT-ATAAATAAATAT---ATATATTATTGATGATAGTTT----------ATTCGAA------TTATTTT--TATCAA-----TTAT--G--------TTTGACCAGT----AGGATGCTAT----TTTTTAATGTCTATATATAATGGTGTTATTCCAGTTTCGCCATATACCAAATACGAAGGTGTCGATTTTTTTCCATATAAAAAACGTATTTTAAAAATTTAAGCTGCACCCTTTCTTTTACATCTCTATTTCCATCACCCCATACCTTGCTACCGTATACTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGGAAAGA--TCATGTTTTAATTCAAAAGGAAGTGAAAGTGCTTTTATCTTTCTCAACAATGAAAAAACTG
gi|10 : aACAGTAAATTGAATC-ACAATACTTGCAGTAAGTTTTAAGAGCGCACCCTCACCAAACACTTGTATCTTATTTTAACAATTAGCTTGTCTGAAT---GTT-TCTA-AGTATAACGGACGTTAACGTTGCTTGT-TTAA-TATTGTATGCGCATTCCATTATTGTAAGAGTGATATATAAATTAAATGGGTAATCAAGGATCATTTAGCTTTTCatatcttttagattttgtaaaactcctaccttttgagaaaaaaatatacctaagtatttatattcacgtacaatatctattttatcattaccaactttaaaatttaagttttctgatggagtacctttccttaaaatcacaactttagtgttttatatttgttttgagtttccaatattctttaaaatgatgaatgcagacttaagatc
gi|11 : tATTT-TTG-AT--TCCAAATTATTTATTGACGCTTA---GATTCATATGAACAACAT-----------T---TGCACAGATTACAAT-TTAGCATAATATAATAGAAACATATAATACATAAAT--TATACATACAAGCAACTATAGCTGCAGGGTACGGCTTT--GCAATAATGGTACC--ATTAAATAGCAAT
gi|12 : aaT-ATTCCATTTTATTATTTACAATTA---CGTCCATATGAACAACAT----A--AGTCTCAG-ATACAAATGTCTATTTTATCATAACATAATGGCGACATGAAATA---CACTTTCGTGAATATAAAC----
gi|13 : gattgataattattattggcataagtatataatgagATTTGTT--ATTGTGGAATGTTTTCATTTCCGCCTA---AGTTCATATGAACAACAT----A--TGGATTAGTATTCAAATTTTTCTTTTATCATAACATAATGGCGACATGTTATA---AC----TGTACtgaaccacatttaat
gi|14 : attataacttttgctgagtgtaagtcaatttataaatgA---GGTTTATATGAACAGCATTTAAATTAGCATAAATATACAAATTACAATTTAAGCATAGCATAAAGGCGACAT-T---------------TACATATAAAC----ATAGCTTA-----ACGTATATCAGTAACAAAGTTCATTCATTA
gi|15 : GCATCA---TACAAATTTCTATATGATCGTAACATAATGGCGACGTGTAATA---AA----TGTACATACAAAC----ATtccaaata
gi|16 : atTTCTTTATTTATACCTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--tg
gi|2 : aaGTT-TTCAGTTTTATTT-TTCAAT-GTTCAATTATTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----G--AGCATCAATAAACAAATTTCTATATTATAACAACATAATGCCGACATGAAATA---AA----CACACATACAAGC----ATATCTTAAGGAAACGGCTAA--ATAATCATGTTAAT--ATTAGATATCATTTGTAAGT--------TTAAATAATCATATAGATAGTAACGGTCAAA-GAATTTATAACAC--GCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGACCCCTGTGA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTTCCCGTGCGT------CTATTGCTAAAGTGATACTCATTTTAAATGGATAACTGAATCTCATTTAATTTCTCACGCGGTTAGTGCGCTTTTAAAATGTGT-ATGCATATACCATAATAAGAATATTCTA-ACAAATGTACATTCTTCAAATATATGTCATGTGAAACATTTTTACCTTT-CACATATTTTAATATTTTGTCAATAAATAAACT--------------AAGTTTTTTTTTTTAATTCTGTATAGTTTTCGACTAACAAAAGTGAAG-AAAATTTAATAATATTTGGGTCGT--A-TAGTAAAATTATTATATTATTATATATATTTTT-TCCTTAAAACTTCTAGTTCCGGGCATGATAAAAGATAGTGAAATTCATCACCCAGTTCATTACATGTTAAGAATTTCCTTTCATTTAAGGGTACACCTGTCCATCTACCTACTTCGGCA-GGCATGCGATGATTTCTAGTTGTAAAAAGCATGATATGTTTACATAAAAATGAAGGTAATAAACTGATATATTTACTTTGTTCAAAATTTGTTTTCAAAAGCTTTTATAAAT-TTCT-GTTCGAAGTGCTTCAT-ATTTCAGCACGCCAATTTTGAATAAAGATATCTTTAAATTTTGG--TTGACAAGACTTATTAAGTCATTT----TTTGTTAACAAACCTCTGGTTGTCCAAGATACCTGAATATCCGGAGGAATAAAAAATATTTTT-AAAATTTTTC-ATCCATGCTGATTTA--ACTGTATTTGATGAATAC-ATATCATA-TAATA---AA--AT---ATATATTATAGATGATAGTTTA-TTACGGTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TCAA-----TTAT--ACCAGTATATTTGACCAGT----AGGATACTATTTTGTTTTTAATGTCTATATATAATGGGGTTATTCCAGTTTCGCCATATGCCATGTACGAATGTGTCGAATTTTT--CATATTAAAAATGTATTTTAAAAATTTAAGCTGTTCTCTTTCTACAACATATGTATAACCGTTACTCCATATCTCACTACCGAATAGTAAAATTGGTTTTATAGTTTTTTCGTAAAGA--TCAAGTTGTAATTCAAAAGGAAGTGCTAGTGATTTTATTTTTCTCAACAATGAAAAAACTGCCTTATTGGCTTGTTCTG
gi|3 : acTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAAGT-TTATGCATATACCGTTATATAAATATT-TATACAAATATACAGTCTTCAAATGTATGTCACGTTAAACATTTTTATCTTTTCACATATTTCAATATTTTCTCGATAAATAAACTAAATAAAATAAAATAAATATTTCT----AATTCCGTATAGTTTTCCAATAACAAAAGTGAAGTAAA-TTTAATTATATTTGGGCT-TG-AATAGTAAAATTGTT------T--TAGATATTTTT-TCTTTAAAACTGCTACTTCCAGGCATACTTAAATACAGTGAAATTCATCACCGAGTTCATTACACGTTAAGTATTTCCTTTCATAAATGTGCACACCTGTCCATCTACTTACTTCGATA-GGCATGCGATGATATTTAGTTATAAATAGCATGATAGTTTTTCATGAAAAAGAAGGTAATAATTCAATAAATTTTCTTTGTTCAAAGTTCGTTTCCAAAAGTTTGTAAAAAT-TTGT-GTTCGAAGTTATTGCT-ATTTCAACATACCAATTTTGA-------TATCATTAAATAATTG--TTGACAAGACTTAATCAGCCATTT----TTTGTTAACACACTTCTTGTTGTACCAGATACCTGAATATTCTGTGGAACAAAATATATTTTTTCAAATGTTTC-ACCCATGCTGATTTATAACTGTATTTG----AAAC-ATTTc
gi|4 : ATATATATGCTTTGATGAAATTTTGTTTTAAATAGTTT--ATAAATACTACAGTTTGAAGATATTTGT-ATATCCGATTGCCAGCTTTGAATAAATGTGTCTTTAAACTTTTGATTTGAT--TACTAAATACGCCATTTAGCAATTGT----AAAACTCAGGCTATACCAAATGCCTAAGTATCCTGAGGTGC---AGATGTTTTT-TATATTTATCTATCCAAGGGGACTTT--ATTTTGTTTT-TGAACACAAGGTCATG-T--------GATATTCCATACATTTTTGATGATTTTTTTGTTGT-GT-ATTATAATTATTATTATCTTTAT-TCAAAGTATTTATTCAT-------TTTGTCCAGTATAAAAGAGTCTATTTTtcacactgt
gi|4 : AATAATATTGGTTTTACCGTTTTAT--TAAATAAGTCGATTTGCATTTCATATGGAAGTGATAAAGTTTTTATTTTTCTTAATAAGGAAAATAGTGCTTTATTGGCCTGTTCTGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataatattggttttaccgttttattaaataagtcgatttgcatttcatatggaagtgataaagtttttatttttcttaataaggaaaatagtgctttattggcctgttctg
gi|5 : atatatatgctttgatgaaattttgttttaaatagtttataaatactacagtttgaagatatttgtatatccgattgccagctttgaataaatgtgtctttaaacttttgatttgattactaaatacgccatttagcaattgtaaaactcaggctataccaaatgcctaagtatcctgaggtgcagatgttttttatatttatctatccaaggggactttattttgtttttgaacacaaggtcatgtgatattccatacatttttgatgatttttttgttgtgtattataattattattatctttattcaaagtatttattcattttgtccagtataaaagagtctattttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTCAAGTCTTTTATTTACACTTA---GGTTCATATGAACAGCAT----A--AGCATCAATATGGAATTTTTTATATTATCATAGCCTAATGGCGACTTGTAATG---AA----CGTACATGCAAGC----ATAGCTTAAGGAAACGGCTAT--GTAATAATGTTAAT--ATTAAATATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAATAATAGTCAAT-GAATTTATAATACCTGCAATAAGTTTTAAGAGCGCAATATCGCCTGACCCTTGTAA--TAA---AATAACTACATTTTGTGTATTGCGTAATCTGGAGTGTAACGTCTGTTA------CTTGTGTCAAATTCCACGTGCGT------TTATAGTTAAAGTGATACTCAATTTAAATGGACA
gi|6 : caaTAATGGCGACATGTAATA---AA----CGTACATACAAGC----ATAGCTTTATGACACGGCTAT--GTAATAATGTTTAT--ATTAACTATCAATTGTTAGT--------ATAAATAATCATATAAATAGAAACGGTCAAT-GAATCTATAATACTTGCAATAATTTTTAAGAGCGCAATCTCGCCTGATCCTTGTAA--TAT---AATAACTACCTTTTGTGTATTGCGTTATCTGGAGTGTTACATATGTTA------CTTGTATCATGTTTCACGTGTGT------TTATT------GTGATACTCA
gi|7 : GTTATCCATTTCTCTTT-TT-----GTTCAAT------ATTTAATGTTA---GGTTCATATTTACAGCAT----A--AGTATCAATATACACATTTCTATATCATCCTGACATAATGGCGACATGTAACA---AA----CGTAAATACAATC----ATAGCTGAAGGAAATGGCTAT--GTAATAA-ATTATT--GTTTAAT---GATTCTCAAT--------TTAAATt
gi|7 : acgt------TTATTGTTTAA-TGATTCTCAATTTAAATGGATAACCGAGGATCATTTAGTTTCTCCTGAGGTAAGTGCACTTTTAAAAggataaccgaggatcatttagtttctcctgaggtaagtgcacttttaaaa
gi|8 : acgtgttatccatttctctttttgttcaatatttaatgttaggttcatatttacagcataagtatcaatatacacatttctatatcatcctgacataatggcgacatgtaacaaacgtaaatacaatcatagctgaaggaaatggctatgtaataaa-GTCATTCGAAT-----TTATATT--T-TTAA-----TTAT--A--------TCTGACCAGT----AAGATACTACCTTGTTTTTAATGTACATATATAAAGTTGTCATTCTAGTTTCACCATATGCCATATACGAAGGTGTCGATTTTTT--CATATCAAAAGGGTATTTTAAGAATTGAAGCTGCACTCTTTCTAAAACATCTGTATTTCCGTCACCCCATACCTCGCTACCGTA
gi|9 : aatacctgaatatcctgaagaaTTCAAATTCTTT---TGCACTTT---GGTTCACATGAGCAGCAC----C--AGCACCGATATACAG--TTCTAT-TTA----AGTCTAATAGCGAAATGTAATA---CA----TGTGCATACA--C----A------AAGGTTACAGCTAT--GCATTAATTGTACT--ATCAAATATCAATTGTTAGTCTATTATGACAAGTAATCATATAAACAGACAAGTTTAAT-GA---CATAATATATGTAAAAAga