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Reference ( gi|1 )            : CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATACAGTGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-TTAAAACCAA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAAATGAGATT-ATGCAAAGCTTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATACTATTGCTAACAGGAGATAGTCTTTC-ATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTTA---GAAGGTGAAATGATCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGCTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|2                          : CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTGA----TT-----TGTATAAAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-TTAAAAACAA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAAATAAGATT-ATGCAAAGCATTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGAGATAGTCTCTC-ATCTCTGTATAGAAAGCGATGTGTACTTA---GAGGGTGAAATGATCTTGTAGAGTTGAACAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|18                         : CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATAAAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-TTAAAAACAA---GACt
gi|17                         : CACAAAAATAAAATCA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----GATATAAAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-TTAAAACCAA---GAC
gi|22                         : CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATAAAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACTAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-T
gi|23                         : CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATAAAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTGACTAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTACA--G-T
gi|25                         : CACAAAAATAAAAACA---AACCTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------TTAGTTTAAT
gi|5                          :  ACAAAAGTTAAAACA---AA-CTTTGGCGTCCTATGCAACTTAAC-G-TTAACTTTGTATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATG----TAGTACA--G-TTAAAAACAA---GATAG-GAA-----A---ACA----------TAAATGAGATA-ATGCAAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCACTTCGACTATA------ATAATATTGCTAACAA----------------CTCCATACAGAAGGCGCTG
gi|10                         :  ACAAAAATAAAAACA---AAACTTTCGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATG----TAGTACA--G-TTAAAAACAA---GACGG-GAA-----A---ACA----------TAAATGAGATT-ATGCAAAGCGTTGAGg
gi|11                         : tACACAAATAAAAACA---AAGCTTTGGTGTCCTATGCAACTCAAC-A-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTGAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATG----TAATACA--G-TTAAAAACAA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAAATGCGATT-ATGCAAAGCGTATAG
gi|21                         :     AAAATAAAAACA---AAACTTTGGAGTCCTGTGCAACTTAAC-A-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCCAAG-AAATG----TAGTACA--G-
gi|4                          :          AAAAACA---AAACATTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTGAATTATTCACAAGA-TCGAAG-TAATA----TAGTGCA--GCTTAAAAC-AA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAAATGTGATT-ATACAAAATGTTTAGTTTCTTTGATATACGAGTAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------AAAGTATTGCTAACA----------TTGCTATCTCTACAAAGAAGGCGTTGTATATTT-------CGTG----------GTCGAGTTAAAAAATGTTCATCTTTAGGTTCTATACGTTGTGCATTTGAAAAA
gi|6                          :          AAAAACAGCAAAACTTTGGTTTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCGAAG-TAATG----TAGTACA--G-TTAAAAACAT---GGCAG-GAA-----C---ACATAAATGAGATTAAATGAGATT-ATGCAAAGCGTTGAGTTTCTTTGATTTA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ACAATATTGCTAAC-----AT-GTCTTTC-ct
gi|14                         :                 ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----TATATGTGATGA--G-------A-A-A-------ATAGTTAAATAGTTGAAATGA-AC-AAA-TAATAAACCTAACATAACG-TT-ACACTAATTTAACAGTGAACT---G---ACA----------AAAATGAAA
gi|16                         :                 ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-C-TT-----TGTATACAACGG--G------CG-A-AGTGTAGTACAGTTAAA------ACAAG----------------------ACA--G-TT-------------------A-----A---ACA----------TAAATGAGATT-ATAC
gi|8                          :                    acACTTGTGTGTCTTTTGCAACATGTC-A-TT-----GGTATACAATGT--A------TT-A-A-------ACAGTTAAAGTGTTTGCAAGA-TCGAAG-TAATG----GAGTACA--G-TTAAA--CAG---GACAG-GAA-----A---ATA----------TCAATGAAAAT-ACACAAGAC-----G-TTCTTTAATA-A--------ACCGAACAGCTTTGATTtttggtgtttcattttttt
gi|3                          :                         TTTGTGTCCAAAGCAACTTGACCA-T-------GTGTACAATGG--A-------A-G-A-------ACAGTTAAAGAGTTCGCAAGG-TCGAAG-TTATG----CAGTACA--G-TTAACAG-AA---GATAG-GAT-----T---ACA----------TAAATGAGATT-ATACAAAGCGTT-AGTTTCTTTAA---A------GTAGTGTACAGCTTTGACTAGA------ATAATATTGCTAACAAAAGATATTCTTTC-ATCGTCATATAGAAGACG-TTTTTTTTTATTCAATTGAGAAATGGCCTTGTCGGATGAAATGGTGTTAATCTTTGGTTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAA
gi|19                         :                            GTGTCCAATGCAACTTGAC-T-TT-----TGTATAC---------------A-A-A-------A----------------AGGAGTCAAAG-----------AGT-------TTAAA--CAA---GACAG-CAA-----A---ACA----------TAAACGAGATT-ATATAAAGCTTTCAGTTTCataatg
gi|15                         :                         attGTGTTCTTTACAACTTGAC-C-AT-----TGCATACAATGATTG------AA-A-ACAA----ACAGTTATTGAATTCACA-TA-TTGAAAACAATG----CAGTTCA--G-TTAAAA-CAA---GATAG-G-------A---ATA----------TAAATGAGATT-Aat
gi|13                         :                            tTGTCCAATGCAACTTGAC-C-TT-----TGTGTACAATAA--AAAAAAACA-ACA-------ACAGTCAAATACTTTGCAAGA-TATAAG-AAATG----CAGTACA--G-TTAAAA-CAA---GACAG-GAA-----ATATACG----------TAAATCATATT-ATACAAAGCGTTTAG
gi|24                         :                                  TATGCAACTTA-C-ACTT-----TGCATACACTGA--G------GATA-C-------ATAGTTAAAGAGTTCACGAGA-TCGAAG-TA
gi|9                          :                                gtgtctttagacaAC-G-TT-----TATATACAATGG--G------CA-A-A-------ATAGTTAAATAGTCCACAAGA-TCGAAG-TAATG----TAGTA-A--GCTTAACTACAA---GACAG-TAA-----A---ACA----------TAAATTAGATT-ATACAAAGCATGTAGCGCCTTTAATATA------GTATTGt
gi|29                         :                                                                                              GTTAAAGAGTTCACAAAC-TCTAAG-AAATG----CGGTGCA--A-TTAAAA-CAA---GACAG-GAA-----aaaatagtataagaaaatatat
gi|27                         :                                                                                                           CAAGA-TCAGAA-TAATG----CAGTACA--T-TTAAAAC-AA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAAATAAGATT-ATACAAA
gi|12                         :                                                                                                                                   GTACA--G-TTAAAAACAA---GACAG-GAA-----A---ACA----------TAGATGAGATT-ATGCAAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAATATGAGATAGTCTTTC-ATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTatt
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                GCTTTGGCTATACGAGTAATACTATTGCTAACATGTGATAGTCTTTT-ATTGTCATGTGGAAGGCGTTTTGTgc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTCATATGCTACTTGACCTTTCGGTACACAATAAAATGAAACAAAACAGCTAGACA






Alignments
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consensus                     :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
Reference ( family-634 )      :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATG-GATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGNGTGAAATGGTCTTGTCGAGTNAAATAGTGTTNATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|1                          :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAGT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCTTTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATACTATTGCTAACAGGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTTAG---AAGGTGAAATGATCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGCTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|10                         :                          ACAAAAATAAAAACA---AAACTTTCGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACGGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAG
gi|11                         :                         tACACAAATAAAAACA---AAGCTTTGGTGTCCTATGCAACTCAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAATACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGCGATT-ATGC-AAAGCGTATAG
gi|12                         :                                                                                                                                                          GTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAGA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAATATGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACT
gi|13                         :                                                     TGTCCAATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTGTACAAT------AA--AAAAAAACA---ACAACAGTCAAATACTTTGCAAGA-TAT-AAGAAATGCAGTACAG-TT-AAAACAAGACAGGAA-----ATATACGTAAA----------TCATATT-ATAC-AAAGCGTTTAG
gi|14                         :                                         ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATGTGAT------GA--G-------A---A-AATAGTTAAATAGTTGAAATGA-AC--AAATAAT
gi|15                         :                                                    GTGTTCTTTACAACTTGAC-C-AT-----T--GCATACAAT------GATTG------AAAACA-AACAGTTATTGAATTCAC-ATA-TTGAAAACAATGCAGTTCAG-TT-AAAACAAGATAGG-------A---ATATAAA----------TGAGATT-Aaaacctaacataacgttacactaatttaacagtgaactgacaaaaatgaaa
gi|16                         :                                        t---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTATACAAC------GG--G------CG---A-AGT-GT----------------------AGTA--------CAG-TT-AAAACAAGACAGTTA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATACTTTGGTGTTTCATTTTTTT
gi|17                         :                       acCACAAAAATAAAATCA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----G--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGAC
gi|18                         :                         CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGAC
gi|19                         :                                                    GTGTCCAATGCAACTTGAC-T-TT-----T--GTATA---------------------CA---A-AA----------------AGGAGTCA-AAG------AGT-----TTAAA--CAAGACAGCAA-----A---ACATAAA----------CGAGATT-ATAT-AAAGCTTTCAGTTTC
gi|2                          :                      attCACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTGA----TT-----T--GTATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATGC-AAAGCATTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGAGATAGTCTCTCATCTCTGTATAGAAAGCGATGTGTACTTAG---AGGGTGAAATGATCTTGTAGAGTTGAACAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAATAat
gi|20                         :                                                                                                                                                             CAG-TTAAAA-CAAAACAGGAAGACATA---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTAAGTTTCTCTTATA------TAGTGTt
gi|21                         : tatctttgtaattaagatacacattactAAAATAAAAACA---AAACTTTGGAGTCCTGTGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCC-AAGAAATGTAGTACAG-
gi|22                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|23                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTGACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|24                         :                                                          TATGCAACTT-AC-ACTT-----T--GCATACACT------GA--G------GAT--A-CATAGTTAAAGAGTTCACGAGA-TCG-AAGTA
gi|25                         :            gtgtctttagacaCACAAAAATAAAAACA---AACCTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-ATTAGTTTAATt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  GCTTTGGCTATACGAGTAATACTATTGCTAACATGTGATAGTCTTTTATTGTCATGTGGAAGGCGTTTTGT
gi|27                         :                                                                                                                                      CAAGA-TCA-GAATAATGCAGTACAT-TTAAAA-CAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATAC-AAA
gi|28                         :                                                    GTGTCATATGCTACTTGAC-C-TT-----TCGGTACACAATAAAATGAA--A------CA---A-AACAGCTAGACAatt
gi|29                         :                                                                                                                        tGTTAAAGAGTTCACAAAC-TCT-AAGAAATGCGGTGCAA-TT-AAAACAAGACAGGAA-----
gi|3                          :                                                 TTTGTGTCCAAAGCAACTTGACCA-T---------GTGTACAAT------GG--A-------A---G-AACAGTTAAAGAGTTCGCAAGG-TCG-AAGTTATGCAGTACAG-TTAACAG-AAGATAGGAT-----T---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTT-AGTTTCTTTAA---------AGTAGTGTACAGCTTTGACTAGA------ATAATATTGCTAACAAAAGATATTCTTTCATCGTCATATAGAAGACGTTTTTT-TTTATTCAATTGAGAAATGGCCTTGTCGGATGAAATGGTGTTAATCTTTGGTTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ATTGTACAGCTTTGACTATA------CTGATATTACTAATATGTGTTAGTATTCCATCataatg
gi|4                          :                                  AAAAACA---AAACATTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATTATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTGCAG-CTTAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGTGATT-ATAC-AAAATGTTTAGTTTCTTTGATATACGAGTAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------AAAGTATTGCTAACATT-G-----CT---ATCTCTACAAAGAAGGCGTTGTATATTT-------CGTG----------GTCGAGTTAAAAAATGTTCATCTTTAGGTTCTATACGTTGTGCATTTGAAAAAgc
gi|5                          :                          ACAAAAGTTAAAACA---AA-CTTTGGCGTCCTATGCAACTTAAC-G-TTAACTTT--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGATAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATA-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATA------TAGTATTGTACCACTTCGACTATA------ATAATATTGCTAACA----A-----------CTCCATACAGAAGGCGCTGct
gi|6                          :                                  AAAAACAGCAAAACTTTGGTTTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACATGGCAGGAA-----C---ACATAAATGAGATTAAATGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAGTTTCTTTGATT------TAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------ACAATATTGCTAACAT------GTCTTTCg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   -----A---ACATAAA----------TGCGGTTTATAC-AAAGCGTTTGGTTTCTTTGATA------TAGAAGTGTGCCGCTTTGGCTATA------ATAATATTGCTAAGATGTGACAGTCTTTCATCGCCATAGAGAAGGTGCTTTGTACTTAC---TGGGTGAACTTGTCTTGTCGAGTGAGATAGTGTTTATATTTGGATTCAATATGT
gi|8                          :                                            atACTTGTGTGTCTTTTGCAACATGTC-A-TT-----G--GTATACAAT------GT--A------TT---A-AACAGTTAAAGTGTTTGCAAGA-TCG-AAGTAATGGAGTACAG-TT--AAACAGGACAGGAA-----A---ATATCAA----------TGAAAAT-ACAC-AAGACG------TTCTTTAATA-------A--ACCGAACAGCTTTGATT
gi|9                          :                                                                     AC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAGTCCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTA-AGCTTAACTACAAGACAGTAA-----A---ACATAAA----------TTAGATT-ATAC-AAAGCATGTAGCGCCTTTAATA------TAGTATTG





Alignments
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lowQualScore                  :                                         777  3  666                3  444  33333 44         000000  44 000000  888 7                      7   7                7  5   2           33333 999       7777777777       2    4        1               555555                      555555               888 11                          0         8888888    8 6  4           6          0                                     
consensus                     :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
Reference ( family-634 )      :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|1                          :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAGT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCTTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATACTATTGCTAACAGGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTTAG---AAGGTGAAATGATCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGCTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|10                         :                          ACAAAAATAAAAACA---AAACTTTCGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACGGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAG
gi|11                         :                         tACACAAATAAAAACA---AAGCTTTGGTGTCCTATGCAACTCAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAATACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGCGATT-ATGC-AAAGCGTATAG
gi|12                         :                                                                                                                                                          GTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAGA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAATATGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACT
gi|13                         :                                                     TGTCCAATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTGTACAAT------AA--AAAAAAACA---ACAACAGTCAAATACTTTGCAAGA-TAT-AAGAAATGCAGTACAG-TT-AAAACAAGACAGGAA-----ATATACGTAAA----------TCATATT-ATAC-AAAGCGTTTAG
gi|14                         :                                         ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATGTGAT------GA--G-------A---A-AATAGTTAAATAGTTGAAATGA-AC--AAATAAT
gi|15                         :                                                    GTGTTCTTTACAACTTGAC-C-AT-----T--GCATACAAT------GATTG------AAAACA-AACAGTTATTGAATTCAC-ATA-TTGAAAACAATGCAGTTCAG-TT-AAAACAAGATAGG-------A---ATATAAA----------TGAGATT-Aaaacctaacataacgttacactaatttaacagtgaactgacaaaaatgaaa
gi|16                         :                                        t---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTATACAAC------GG--G------CG---A-AGT-GT----------------------AGTA--------CAG-TT-AAAACAAGACAGTTA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATACTTTGGTGTTTCATTTTTTT
gi|17                         :                       acCACAAAAATAAAATCA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----G--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGAC
gi|18                         :                         CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGAC
gi|19                         :                                                    GTGTCCAATGCAACTTGAC-T-TT-----T--GTATA---------------------CA---A-AA----------------AGGAGTCA-AAG------AGT-----TTAAA--CAAGACAGCAA-----A---ACATAAA----------CGAGATT-ATAT-AAAGCTTTCAGTTTC
gi|2                          :                      attCACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTGA----TT-----T--GTATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATGC-AAAGCATTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGAGATAGTCTCTCATCTCTGTATAGAAAGCGATGTGTACTTAG---AGGGTGAAATGATCTTGTAGAGTTGAACAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAATAat
gi|20                         :                                                                                                                                                             CAG-TTAAAA-CAAAACAGGAAGACATA---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTAAGTTTCTCTTATATA------GTGTt
gi|21                         : tatctttgtaattaagatacacattactAAAATAAAAACA---AAACTTTGGAGTCCTGTGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCC-AAGAAATGTAGTACAG-
gi|22                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|23                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTGACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|24                         :                                                          TATGCAACTT-AC-ACTT-----T--GCATACACT------GA--G------GAT--A-CATAGTTAAAGAGTTCACGAGA-TCG-AAGTA
gi|25                         :            gtgtctttagacaCACAAAAATAAAAACA---AACCTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-ATTAGTTTAATt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  GCTTTGGCTATACGAGTAATACTATTGCTAACATGTGATAGTCTTTTATTGTCATGTGGAAGGCGTTTTGT
gi|27                         :                                                                                                                                      CAAGA-TCA-GAATAATGCAGTACAT-TTAAAA-CAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATAC-AAA
gi|28                         :                                                    GTGTCATATGCTACTTGAC-C-TT-----TCGGTACACAATAAAATGAA--A------CA---A-AACAGCTAGACAatt
gi|29                         :                                                                                                                        tGTTAAAGAGTTCACAAAC-TCT-AAGAAATGCGGTGCAA-TT-AAAACAAGACAGGAA-----
gi|3                          :                                                 TTTGTGTCCAAAGCAACTTGACCA-T---------GTGTACAAT------GG--A-------A---G-AACAGTTAAAGAGTTCGCAAGG-TCG-AAGTTATGCAGTACAG-TTAACAG-AAGATAGGAT-----T---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTT-AGTTTCTTTAA---A------GTAGTGTACAGCTTTGACTAGA------ATAATATTGCTAACAAAAGATATTCTTTCATCGTCATATAGAAGACGTTTTTT-TTTATTCAATTGAGAAATGGCCTTGTCGGATGAAATGGTGTTAATCTTTGGTTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ATTGTACAGCTTTGACTATA------CTGATATTACTAATATGTGTTAGTATTCCATCataatg
gi|4                          :                                  AAAAACA---AAACATTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATTATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTGCAG-CTTAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGTGATT-ATAC-AAAATGTTTAGTTTCTTTGATATACGAGTAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------AAAGTATTGCTAACAT-TG-----CT---ATCTCTACAAAGAAGGCGTTGTATATTT-------CGTG----------GTCGAGTTAAAAAATGTTCATCTTTAGGTTCTATACGTTGTGCATTTGAAAAAgc
gi|5                          :                          ACAAAAGTTAAAACA---AA-CTTTGGCGTCCTATGCAACTTAAC-G-TTAACTTT--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGATAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATA-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCACTTCGACTATA------ATAATATTGCTAACA----A-----------CTCCATACAGAAGGCGCTGct
gi|6                          :                                  AAAAACAGCAAAACTTTGGTTTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACATGGCAGGAA-----C---ACATAAATGAGATTAAATGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAGTTTCTTTGATTTA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ACAATATTGCTAACAT------GTCTTTCg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   -----A---ACATAAA----------TGCGGTTTATAC-AAAGCGTTTGGTTTCTTTGATATA------GAAGTGTGCCGCTTTGGCTATA------ATAATATTGCTAAGATGTGACAGTCTTTCATCGCCATAGAGAAGGTGCTTTGTACTTAC---TGGGTGAACTTGTCTTGTCGAGTGAGATAGTGTTTATATTTGGATTCAATATGT
gi|8                          :                                            atACTTGTGTGTCTTTTGCAACATGTC-A-TT-----G--GTATACAAT------GT--A------TT---A-AACAGTTAAAGTGTTTGCAAGA-TCG-AAGTAATGGAGTACAG-TT--AAACAGGACAGGAA-----A---ATATCAA----------TGAAAAT-ACAC-AAGACG------TTCTTTAATA-A--------ACCGAACAGCTTTGATT
gi|9                          :                                                                     AC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAGTCCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTA-AGCTTAACTACAAGACAGTAA-----A---ACATAAA----------TTAGATT-ATAC-AAAGCATGTAGCGCCTTTAATATA------GTATTG





Alignments
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lowQualScore                  :                                         777  3  666                3  444  33333 44         000000  44 000000  888 7                      7   7                7  5   2           33333 999       7777777777       2    4        1               555555                      555555               888 11                          0         8888888    8 6  4           6          0                                     
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Reference ( family-634 )      :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|1                          :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAGT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCTTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATACTATTGCTAACAGGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTTAG---AAGGTGAAATGATCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGCTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|10                         :                          ACAAAAATAAAAACA---AAACTTTCGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACGGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAG
gi|11                         :                         tACACAAATAAAAACA---AAGCTTTGGTGTCCTATGCAACTCAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAATACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGCGATT-ATGC-AAAGCGTATAG
gi|12                         :                                                                                                                                                          GTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAGA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAATATGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACT
gi|13                         :                                                     TGTCCAATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTGTACAAT------AA--AAAAAAACA---ACAACAGTCAAATACTTTGCAAGA-TAT-AAGAAATGCAGTACAG-TT-AAAACAAGACAGGAA-----ATATACGTAAA----------TCATATT-ATAC-AAAGCGTTTAG
gi|14                         :                                         ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATGTGAT------GA--G-------A---A-AATAGTTAAATAGTTGAAATGA-AC--AAATAAT
gi|15                         :                                                    GTGTTCTTTACAACTTGAC-C-AT-----T--GCATACAAT------GATTG------AAAACA-AACAGTTATTGAATTCAC-ATA-TTGAAAACAATGCAGTTCAG-TT-AAAACAAGATAGG-------A---ATATAAA----------TGAGATT-Aaaacctaacataacgttacactaatttaacagtgaactgacaaaaatgaaa
gi|16                         :                                        t---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTATACAAC------GG--G------CG---A-AGT-GT----------------------AGTA--------CAG-TT-AAAACAAGACAGTTA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATACTTTGGTGTTTCATTTTTTT
gi|17                         :                       acCACAAAAATAAAATCA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----G--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGAC
gi|18                         :                         CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGAC
gi|19                         :                                                    GTGTCCAATGCAACTTGAC-T-TT-----T--GTATA---------------------CA---A-AA----------------AGGAGTCA-AAG------AGT-----TTAAA--CAAGACAGCAA-----A---ACATAAA----------CGAGATT-ATAT-AAAGCTTTCAGTTTC
gi|2                          :                      attCACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTGA----TT-----T--GTATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATGC-AAAGCATTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGAGATAGTCTCTCATCTCTGTATAGAAAGCGATGTGTACTTAG---AGGGTGAAATGATCTTGTAGAGTTGAACAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAATAat
gi|20                         :                                                                                                                                                             CAG-TTAAAA-CAAAACAGGAAGACATA---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTAAGTTTCTCTTATATA------GTGTt
gi|21                         : tatctttgtaattaagatacacattactAAAATAAAAACA---AAACTTTGGAGTCCTGTGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCC-AAGAAATGTAGTACAG-
gi|22                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|23                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTGACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|24                         :                                                          TATGCAACTT-AC-ACTT-----T--GCATACACT------GA--G------GAT--A-CATAGTTAAAGAGTTCACGAGA-TCG-AAGTA
gi|25                         :            gtgtctttagacaCACAAAAATAAAAACA---AACCTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-ATTAGTTTAATt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  GCTTTGGCTATACGAGTAATACTATTGCTAACATGTGATAGTCTTTTATTGTCATGTGGAAGGCGTTTTGT
gi|27                         :                                                                                                                                      CAAGA-TCA-GAATAATGCAGTACAT-TTAAAA-CAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATAC-AAA
gi|28                         :                                                    GTGTCATATGCTACTTGAC-C-TT-----TCGGTACACAATAAAATGAA--A------CA---A-AACAGCTAGACAatt
gi|29                         :                                                                                                                        tGTTAAAGAGTTCACAAAC-TCT-AAGAAATGCGGTGCAA-TT-AAAACAAGACAGGAA-----
gi|3                          :                                                 TTTGTGTCCAAAGCAACTTGACCA-T---------GTGTACAAT------GG--A-------A---G-AACAGTTAAAGAGTTCGCAAGG-TCG-AAGTTATGCAGTACAG-TTAACAG-AAGATAGGAT-----T---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTT-AGTTTCTTTAA---A------GTAGTGTACAGCTTTGACTAGA------ATAATATTGCTAACAAAAGATATTCTTTCATCGTCATATAGAAGACGTTTTTT-TTTATTCAATTGAGAAATGGCCTTGTCGGATGAAATGGTGTTAATCTTTGGTTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ATTGTACAGCTTTGACTATA------CTGATATTACTAATATGTGTTAGTATTCCATCataatg
gi|4                          :                                  AAAAACA---AAACATTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATTATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTGCAG-CTTAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGTGATT-ATAC-AAAATGTTTAGTTTCTTTGATATACGAGTAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------AAAGTATTGCTAACAT-TG-----CT---ATCTCTACAAAGAAGGCGTTGTATATTT-------CGTG----------GTCGAGTTAAAAAATGTTCATCTTTAGGTTCTATACGTTGTGCATTTGAAAAAgc
gi|5                          :                          ACAAAAGTTAAAACA---AA-CTTTGGCGTCCTATGCAACTTAAC-G-TTAACTTT--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGATAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATA-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCACTTCGACTATA------ATAATATTGCTAACA----A-----------CTCCATACAGAAGGCGCTGct
gi|6                          :                                  AAAAACAGCAAAACTTTGGTTTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACATGGCAGGAA-----C---ACATAAATGAGATTAAATGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAGTTTCTTTGATTTA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ACAATATTGCTAACAT------GTCTTTCg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   -----A---ACATAAA----------TGCGGTTTATAC-AAAGCGTTTGGTTTCTTTGATATA------GAAGTGTGCCGCTTTGGCTATA------ATAATATTGCTAAGATGTGACAGTCTTTCATCGCCATAGAGAAGGTGCTTTGTACTTAC---TGGGTGAACTTGTCTTGTCGAGTGAGATAGTGTTTATATTTGGATTCAATATGT
gi|8                          :                                            atACTTGTGTGTCTTTTGCAACATGTC-A-TT-----G--GTATACAAT------GT--A------TT---A-AACAGTTAAAGTGTTTGCAAGA-TCG-AAGTAATGGAGTACAG-TT--AAACAGGACAGGAA-----A---ATATCAA----------TGAAAAT-ACAC-AAGACG------TTCTTTAATA-A--------ACCGAACAGCTTTGATT
gi|9                          :                                                                     AC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAGTCCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTA-AGCTTAACTACAAGACAGTAA-----A---ACATAAA----------TTAGATT-ATAC-AAAGCATGTAGCGCCTTTAATATA------GTATTG


blockSeqs                     :                                         GCA  A  TTC                   AC   AACTT CG         AAAATG  TT AAAAAA  AAC C                      G   A                C  A               GACAT TAT       TGAGATTAAA       T    T        G               CGAGTA                      CGAGTA               TGA AT                          A         ATTCAAT         A                      A
blockSeqs                     :                                         .    G  TTG                   CA   .     .          .       .  .       T   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    TGA AT                          A         AGAG            G                      A
blockSeqs                     :                                         .    A  TTT                   A    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    TGT AT                          T         ACTG            G                      C
blockSeqs                     :                                         .    A  TTT                   A    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    AAA AT                          T         .               .                      T
blockSeqs                     :                                         .    G  TTG                   C    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    TGT TT                          T                                                 
blockSeqs                     :                                         .    G  TTG                   G    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        C               .                           .                    TGT AC                          C                                                 
blockSeqs                     :                                         .    G  TTT                   C    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    TT  A                           C                                                 
blockSeqs                     :                                         .    A  TTG                   C    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        A               .                           .                    T   .                                                                             
blockSeqs                     :                                         .    C  TTG                   A    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                           .                    .   .                                                                             
blockSeqs                     :                                         .    A  TTG                   A    .     .          .       .  .       .   .                      .   .                .  A               .     .         .                .    .        T               .                                                                                                                                  
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lowQualScore                  :                                         777  3  666                3  444  33333 44         000000  44 000000  888 7                      7   7                7  5   2           33333 999       7777777777       2    4        1               555555                      555555               888 11                          0         8888888    8 6  4           6          0                                     
consensus                     :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
Reference ( family-634 )      :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-A-TT-----T--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGNGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGNTGTGTACTTAN---AGGGTGAAATGGTCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGTTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|1                          :                         CACAAAAATAAAAACA---AAACTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAGT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCTTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATACTATTGCTAACAGGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACTTAG---AAGGTGAAATGATCTTGTCGAGTTAAATAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTACGCTGTGCATTTGAAAAAATA
gi|10                         :                          ACAAAAATAAAAACA---AAACTTTCGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGACGGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAG
gi|11                         :                         tACACAAATAAAAACA---AAGCTTTGGTGTCCTATGCAACTCAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAATACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGCGATT-ATGC-AAAGCGTATAG
gi|12                         :                                                                                                                                                          GTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAGA----------TGAGATT-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAATATGAGATAGTCTTTCATCTCCATATAGAAGGCGATGTGTACT
gi|13                         :                                                     TGTCCAATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTGTACAAT------AA--AAAAAAACA---ACAACAGTCAAATACTTTGCAAGA-TAT-AAGAAATGCAGTACAG-TT-AAAACAAGACAGGAA-----ATATACGTAAA----------TCATATT-ATAC-AAAGCGTTTAG
gi|14                         :                                         ---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATGTGAT------GA--G-------A---A-AATAGTTAAATAGTTGAAATGA-AC--AAATAAT
gi|15                         :                                                    GTGTTCTTTACAACTTGAC-C-AT-----T--GCATACAAT------GATTG------AAAACA-AACAGTTATTGAATTCAC-ATA-TTGAAAACAATGCAGTTCAG-TT-AAAACAAGATAGG-------A---ATATAAA----------TGAGATT-Aaaacctaacataacgttacactaatttaacagtgaactgacaaaaatgaaa
gi|16                         :                                        t---AAACTTTTGTGTCCTATGCAACTTGAC-C-TT-----T--GTATACAAC------GG--G------CG---A-AGT-GT----------------------AGTA--------CAG-TT-AAAACAAGACAGTTA-----A---ACATAAA----------TGAGATT-ATACTTTGGTGTTTCATTTTTTT
gi|17                         :                       acCACAAAAATAAAATCA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----G--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAACCAAGAC
gi|18                         :                         CACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGAC
gi|19                         :                                                    GTGTCCAATGCAACTTGAC-T-TT-----T--GTATA---------------------CA---A-AA----------------AGGAGTCA-AAG------AGT-----TTAAA--CAAGACAGCAA-----A---ACATAAA----------CGAGATT-ATAT-AAAGCTTTCAGTTTC
gi|2                          :                      attCACAAAAATAAAAACA---AAGCT----------ATGCAACTTGA----TT-----T--GTATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-TTAAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATGC-AAAGCATTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ATAATATTGCTAACATGAGATAGTCTCTCATCTCTGTATAGAAAGCGATGTGTACTTAG---AGGGTGAAATGATCTTGTAGAGTTGAACAATGTTAATCTTTGGGTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAATAat
gi|20                         :                                                                                                                                                             CAG-TTAAAA-CAAAACAGGAAGACATA---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTTAAGTTTCTCTTATATA------GTGTt
gi|21                         : tatctttgtaattaagatacacattactAAAATAAAAACA---AAACTTTGGAGTCCTGTGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCC-AAGAAATGTAGTACAG-
gi|22                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|23                         :                         CACAAAAATAAAAAC------------------TATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATAAAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTGACTAGA-TCG-AAGTAATATAGTACAG-T
gi|24                         :                                                          TATGCAACTT-AC-ACTT-----T--GCATACACT------GA--G------GAT--A-CATAGTTAAAGAGTTCACGAGA-TCG-AAGTA
gi|25                         :            gtgtctttagacaCACAAAAATAAAAACA---AACCTTTGGTGTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-ATTAGTTTAATt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  GCTTTGGCTATACGAGTAATACTATTGCTAACATGTGATAGTCTTTTATTGTCATGTGGAAGGCGTTTTGT
gi|27                         :                                                                                                                                      CAAGA-TCA-GAATAATGCAGTACAT-TTAAAA-CAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TAAGATT-ATAC-AAA
gi|28                         :                                                    GTGTCATATGCTACTTGAC-C-TT-----TCGGTACACAATAAAATGAA--A------CA---A-AACAGCTAGACAatt
gi|29                         :                                                                                                                        tGTTAAAGAGTTCACAAAC-TCT-AAGAAATGCGGTGCAA-TT-AAAACAAGACAGGAA-----
gi|3                          :                                                 TTTGTGTCCAAAGCAACTTGACCA-T---------GTGTACAAT------GG--A-------A---G-AACAGTTAAAGAGTTCGCAAGG-TCG-AAGTTATGCAGTACAG-TTAACAG-AAGATAGGAT-----T---ACATAAA----------TGAGATT-ATAC-AAAGCGTT-AGTTTCTTTAA---A------GTAGTGTACAGCTTTGACTAGA------ATAATATTGCTAACAAAAGATATTCTTTCATCGTCATATAGAAGACGTTTTTT-TTTATTCAATTGAGAAATGGCCTTGTCGGATGAAATGGTGTTAATCTTTGGTTTCTGTATGTTGTGCATTTGAAAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ATTGTACAGCTTTGACTATA------CTGATATTACTAATATGTGTTAGTATTCCATCataatg
gi|4                          :                                  AAAAACA---AAACATTGGTGTCCTATGCAACTTGAC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTGAATTATTCACAAGA-TCG-AAGTAATATAGTGCAG-CTTAAAACAAGACAGGAA-----A---ACATAAA----------TGTGATT-ATAC-AAAATGTTTAGTTTCTTTGATATACGAGTAGTATTGTACCGCTTTGACTATA------AAAGTATTGCTAACAT-TG-----CT---ATCTCTACAAAGAAGGCGTTGTATATTT-------CGTG----------GTCGAGTTAAAAAATGTTCATCTTTAGGTTCTATACGTTGTGCATTTGAAAAAgc
gi|5                          :                          ACAAAAGTTAAAACA---AA-CTTTGGCGTCCTATGCAACTTAAC-G-TTAACTTT--GTATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACAAGATAGGAA-----A---ACATAAA----------TGAGATA-ATGC-AAAGCGTTTAGTTTCTTTGATATA------GTATTGTACCACTTCGACTATA------ATAATATTGCTAACA----A-----------CTCCATACAGAAGGCGCTGct
gi|6                          :                                  AAAAACAGCAAAACTTTGGTTTCCTATGCAACTTAAC-A-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAATTCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTACAG-TTAAAAACATGGCAGGAA-----C---ACATAAATGAGATTAAATGAGATT-ATGC-AAAGCGTTGAGTTTCTTTGATTTA------GTATTGTACCGCTTTGACTATA------ACAATATTGCTAACAT------GTCTTTCg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   -----A---ACATAAA----------TGCGGTTTATAC-AAAGCGTTTGGTTTCTTTGATATA------GAAGTGTGCCGCTTTGGCTATA------ATAATATTGCTAAGATGTGACAGTCTTTCATCGCCATAGAGAAGGTGCTTTGTACTTAC---TGGGTGAACTTGTCTTGTCGAGTGAGATAGTGTTTATATTTGGATTCAATATGT
gi|8                          :                                            atACTTGTGTGTCTTTTGCAACATGTC-A-TT-----G--GTATACAAT------GT--A------TT---A-AACAGTTAAAGTGTTTGCAAGA-TCG-AAGTAATGGAGTACAG-TT--AAACAGGACAGGAA-----A---ATATCAA----------TGAAAAT-ACAC-AAGACG------TTCTTTAATA-A--------ACCGAACAGCTTTGATT
gi|9                          :                                                                     AC-G-TT-----T--ATATACAAT------GG--G------CA---A-AATAGTTAAATAGTCCACAAGA-TCG-AAGTAATGTAGTA-AGCTTAACTACAAGACAGTAA-----A---ACATAAA----------TTAGATT-ATAC-AAAGCATGTAGCGCCTTTAATATA------GTATTG