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Reference ( gi|4 ) : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATGCAAATA-------CTATTCAATTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTTCACTTTTACGAGCAATGTAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGCTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
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gi|8 : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAAAAACTGTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcattttaacagtttttcttagttttcaatccttcacttttacgagcaatgtagttagtattgagcacatttaatacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaa
gi|10 : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcatttttacagtttttcttagttttcaatacttcacttttacgagcaatgtagttagtattgagcacatttaaaacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaat
gi|7 : TACTACTTCTGCTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcatttttacagtttttcttagttttcaatcctacacttttacgagcaatgcagttattattgagcacatttaatacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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Reference ( family-632 ) : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
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gi|8 : tactacttctgctagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAAAAACTGTATTAT
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gi|9 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcaaaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTAAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTAT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
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lowQualScore : 9999 4444 4 7777777 2 5555 3 3 11
lowQualScore : .... .... . ....... . .... . . ..
lowQualScore : 4444 7777 1 2222222 1 3333 6 6 44
consensus : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
Reference ( family-632 ) : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
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gi|10 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATg
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gi|8 : tactacttctgctagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAAAAACTGTATTAT
gi|8 : TCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATACTTCACTTTTACGAGCAATGTAGTTAGTATTGAGCACATTTAAAACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcatttttacagtttttcttagttttcaatacttcacttttacgagcaatgtagttagtattgagcacatttaaaacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaat
gi|9 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcaaaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTAAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTAT
gi|9 : TCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTA-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTTCACTTTTACGAGCAATGTAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcattttaacagtttttcttagttttcaatccttcacttttacgagcaatgtagttagtattgagcacatttaatacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaa
blockSeqs : ATTG TTGA T ACTAGTA T TTAT T T TT
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finalCons : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
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lowQualScore : .... .... . ....... . .... . . ..
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Reference ( family-632 ) : TACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTAGTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TC-AATACATGTATGTTTTTTATG
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gi|10 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTATg
gi|10 : GTTTCATTT-GTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTACGAGCAATGCAGTTATTATTGAGCACATTTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcatttgtcaatcaaaataaacacagttcagtttattatatataaatgttatacaaatactattcatttttacagtttttcttagttttcaatcctacacttttacgagcaatgcagttattattgagcacatttaatacatgtaatataaattatgttgttgtattggaatagccatatcagttaa
gi|11 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTAT
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gi|12 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTAT
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gi|13 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTTCATTTTGTCAATCAAAATGAATACAGTTCAGTATATTATATATAAATGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTTTCTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTAGGAGCAATACAGTTAGTATTGAGCACAATTAATACATGTAATATAAATTATGTTGTT----GTATTGGAATAGCCATATCAGTTAATAAAATGTTGAG-TTTCTCTGTTTA-TCTTATACATGTATGTTTTTAATG
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gi|20 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTTTCATTTTGTCAATCAAAATAAACACAGTTCAGTTTATTATATATA--TGTTATACAAATA-------CTATTCATTTTT-ACAGTTTT-CTTAGTTTTCAATCCTACACTTTTAGGAGCAATACAGTTAGTACTGAACACATTTAATACATG
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gi|6 : tactacttctggtagtttattttgataaacaatgttcagaaactgtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTACTTCTGGTAGTTTATTTTGAT----A----AACAATGTTCAGAAACTGTATTAT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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