lowQualScore : 1 1 1 1 1 2 1 22 1 1 1 22 1 111 11 1 1 11111 22 1 1 11 1111 1111 666666666666 2 1 1 1111 1 111 444444444444444444444 11111 1111111111 11 11 1 333333 444444444444 2 1 1
lowQualScore : 2 2 6 5 2 5 6 6 6 7 3 6 5 6 5 6 6 6 0 6 7 6 77 5 5 2 2 3 7 11 5 777 4 11 9 3 9999 2 4 3 6 777 66 3 0 7 00000 4 99 4 1 2 55 5 7777 2 9999 6 666666666666 0 2 6 7 7 1 5 6 9999 5 5 7 111 3 111111111111111111111 77777 77 7777777777 33 0 4 4 3 99 6 8 0 2 6 0 888888 9 7 888888888888 0 0 0 9
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . .. . ... . .. . . .... . . . . ... .. . . . ..... . .. . . . .. . .... . .... . ............ . . . . . . . . .... . . . ... . ..................... ..... .. .......... .. . . . . .. . . . . . . ...... . . ............ . . . .
lowQualScore : 5 5 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 5 5 0 0 00 0 222 1 77 9 4 4444 7 8 9 0 888 11 3 1 0 00000 0 88 4 2 2 11 0 4444 0 5555 0 111111111111 3 7 3 3 1 4 7 0 4444 7 6 0 555 2 999999999999999999999 55555 00 5555555555 11 3 0 0 9 44 7 3 8 8 0 0 222222 0 3 555555555555 0 0 0 0
consensus : ATGGAAGGGCAACNAGNTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCNTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTANCTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTANCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCNTNTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTNAGTTGGGAAAGCCTAG-ATGCAATCCGTGATCGGGCCC-AAGGCTGCAATA----CCCGAAAAGAACCATGCTACGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGGATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTTCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAA-A-TTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--C-TT-GGNTCAAATGGTAGAAATTTG-TTTATTTTTTCNGGCTATATATCTCTCTTA-AAAGT--G--TAGG-CCCTAG----------CCTGTGAGCGCCGATAC-C-CTTTTTTACGGTT-CTTGTACATGTCGTATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGTA-TA-AC---AACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGG-G-AATGTGTTAATTCTCCTTAATA
Reference ( gi|2 ) : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAGAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTATGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACACTGTTGTGAGACCTGTGTTTTACTTAGTTATTTTAATTCCGCCATTGCTTTGTTCTTCATACTCAATAAAACATTTGCAAAGTGCTTACTGTTATACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCAATTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTCATCCGCCTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAATATTTTGTTTGGAAAGCCTTA-ATGCAATCCATGATCGGGCCT-AATGCCGCAATA----CCCAAAAAGAACCATGCTACGCCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCTTTTTCGAAGC-----AT-TTGATGAACGAAG-ATTTTTGTTACAGGGAATTTGG-GGGAAACTTTAATTTTAAGGGATCTATAACGTCAAAATGCACTAATCATGGTAGGGTAGCTTGATGACCTTCCTACAATACCGTACCGTCCAAGAAGCATACGACGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAAC-AA-A-TTTTCAGTGTTCAAAGCTACAAAAAA--C-TT-GGTTCAAATGGAAGAAATTTG-TATATTTTTTCTGTCTATATATTTCTCTTAAAAAGT--G--TAGA-CCCTAG----------CCTGTGAGCACTGATAC-C-CTTTTTTATGGTT-ATTGTACATGTCGTTTGTGCGATTGAATGTTTCTTACCATGCATATA-TA-A----AACAATGAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGAT-G-G-AATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|5 : ATGGAAGGGCAACGAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCTGTAAGACCTGTGTTTTATTTAGTAATTTTACCTCCGCCATTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGTGAAGTGCTTACTGTTACATG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCATTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTAAGTTGGGAAAGCCTAA-ATGCAATCCGTGATCGGGCCT-AAGGCCGCAATA----CCCGAAAAGATCCATGCTACTTCATT---GATATTTGCC--GT-TTTTATCCAAGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCAAGGGATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGAACTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATACACTGAGAGAATTTAGAGTAAAAACAACA---AA-A-TGTTTAGTGTTCAAAGCCACAAAAAAACC-TT-GGTTCAAATGGTAGAAA
gi|3 : TGGAAGGGCAACCAGTTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCATTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGTCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTT
gi|3 : TTCTGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTAGCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTGTAAACGGTGTCACGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAA-ATGCAATCTATGATCGGGCCTAAAAGCCGCAATA----CCCGAAAAGAACCATGCTACGTCATT---GATTTTTGCC--G--TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGAAG-ATAATTATTAGAGGGAAGTTGG-GGCAAACCTTGATTTCAAGGGATCTAT-------AAATGCGCCAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAGCAACAACAAA-A-TTTTCAGTAGTCAAAGCCACAAAAAAGCC-TT-GGTTGAAATGGTAGAAATTTG-TTTATTTTTTCT-------------CCTT---AAGTGAG--TAAACCCCTAG----------CCTGTGAGCACTGATAC-C-TTTTTTTATGGTT-CTTGTACATGTCGTAAGTGCGATTGAATATTTCTTACCAGGCACGTA-TA-A----acaaacgtaatccgactgcgaaactacaagtagctgttcctccaagttttgctagctctgcctgtaaacggtgtcacgttaaaaatttagttgggaaagcctaaatgcaatctatgatcgggcctaaaagccgcaatacccgaaaagaaccatgctacgtcattgatttttgccgttttatccaggcgcttgcacccattttcgaagcatttgatttacgaagataattattagagggaagttggggcaaaccttgatttcaagggatctataaatgcgccaatcatggtagcatgatgaccttcctacaattccgtaccgtccaagaagcatacgatgcactgagagaatttaaagtaaaagcaacaacaaaattttcagtagtcaaagccacaaaaaagccttggttgaaatggtagaaatttgtttattttttctccttaagtgagtaaacccctagcctgtgagcactgatacctttttttatggttcttgtacatgtcgtaagtgcgattgaatatttcttaccaggcacgtataa
gi|1 : tggaagggcaaccagttcaaaattctattccgcttgttacttattctgttgttgttaaatacaactgcatttctgtgtttttgttaatcaaaccatacaatgccgtaagacctgcgttttatttagtaattttaattccgtcgttactttgttcgtcatactcgataaaacagttgcgaagtgcttactgttacatgtgtaatatgcggtGGAAACCCTAG-ATGCAATCCGTGATCGGGCCC-AAGGCTGCAATA----CCCGAAAAAA--CATGCTACGTCATT---GAATTTTGCC--ATGTTCCATCCAGACGCTTGCACCCA----CGAAGT-----TTATTGTTAGATGGAA-ACTTTAATTTCGGGGG--TTGG-GGGAGG----------GGGGAATCAATAATTTCAAAATGCGCTAATTATGGTAG-----CATGATGACCTTTCTAGAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACAATGCACTGAGAAAATTTAAAGTAATTACAACAAC-AACA-TTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAC--T-TT-GGGTCAAATGGTAGAAATTTG-TTTATTTTTTCAGGCTATATATCTCTCCT---AAGT--GACTAGA-AATTTGTTTATTTTTTTCTGT------CGATATAT-CTCTCCTATGGTT-CTTGTACATGTCGTATGTGCGATTGAATATTTCTAACCATGCATGTATTA-C----AACAATAAACATATACATATAGATCTATATATATATATATATATACTTGATGG-G-AATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|13 : gGAAAGCCTAG-ATGCAGTCAGTTATCGGGCCA-AAGGCTGCAATC----CCCGAAAGGAACCATTCTACGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTTTCCAGGCGCTTGCACACATTTTCGAAGC-----AT-TTtgaggacatattttcattatgtatgtctactcctcgtgaatatagggcctatatttatttaaaaatggcttgtaaaaagtcgttcagtcagactttcatgttggtaccagatggaaaccatagtaactctatataacttgggctaacatgacggaaggcaaagttttctgaaatagattgactgattgaatatttagcgtcatttttatgcaatcaatggcttacagacgatcagttaacctaacaactctttttatatcaggtgaggtcctatggcggattggaccagtcaggtgaggtccaatggcggattgcactagtcaattgatctaaaaatgcagaaagtactgtatatttctatatcaggtgaggtctaatggcggattgaaccagtc
gi|6 : AAAGCCTAG-ATGCAATCCGTGATCGGGCCA-AAGGCTGCAATC----CCCGAAAGGAACCATTCTACGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTATCCAGGCGCTTGAAAACATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGATG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAGCTTTAATTTCGCGGGA-------------AATGCGATAATCATGGT----T-GCATGATGCCCCTCCTGCAAT---------T-----AAGCGTACGAAGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAGCAAC-AA-AATTTTCAGTGTGTAAAGCCACAAAAAA--C-TTTGGATCAAATGGTAGAAATTCG-TTTATTTGTTCAGGCTTTAT----CTCTCACAAAGT--GACTAGG-CCCTGG----------CCT-------------------TTTTTATGGTTTCTTGTACATATCGTATGTGCGATTGAATATTTCTTATCATGCATGTA-TA-AC---AACAATAAACATAT-AATATCGAT---------TA-ATATGTATACTTGATGG-G-AATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|4 : AACCCTAGATGCAATCCGTGATCGGGCCC-AATGCTGTATTA----CTCGAAAAGAAC-ATGCTACGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGT-----GT-TTGATTTACGAAG-AGTATTGTTAGAGGTAAGTTGG-AGGAAACTTTAATTTCGGGGGATATATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTGCAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCAAACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAATACAACAAG-AACA-TTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAATC--C-TC-GGTTGAAATGGTAGAAATTTATTAT-TTTTTTCTGTCCATATATCTCTTCTAAAGTGA--G--TAGG-CACTAG----------CCTGTGAG----GATAC-C-CTTTTTTATGGTT-CTTGTACATGTCGTATGTGCTATTGAATATTTCTTACCATGCATGTA-TACATAACAACAATCAACATAAAAATATAGATC----------TATATATATACTTGAT-GAG-AATGTGTTAATTCTCCTTAATAtgaggacatattttcattatgtaagtctacctctcgtgaatatatttaaaaagaactggtaaaatgtcgttctgtcagaccttcacgtttgtaccagttgcaaaccatagtaactagtaactctatgtaacttgagctaacatgacggaatgcaaagatttctgaaatagattgat
gi|11 : AGCCTAG-ATGCAATCCGTGATCGGGCC---------------------AAAAAGTACCATACTACGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GGTTATCCAGGCGCTTGCACTCATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGTAGTTGG-GGGACACTTTAATT--------TCT------TCAAAATGCGCTAATCtgagaacatattttcatgatgtttgtctacccctcgtgaatataggcctatatctatataaaaatggcttttaaaatgtcgttcagtcagtcctctacgttagtaccagttggaaaccataataactctatataacttggactagcatgacagaatgcacatatttcttagataga
gi|12 : CCTAA-ATGCAATCCGTTGTCGGACGT-AATGATGCAATATTTGCACAAAAATA-----GTAACGTCGTTTTCGTCTTTTGCCATGT-TTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----AT-TTGATTTACGAAT-ACTTTTGTTAGAAGG
gi|8 : CCC-AAGGCTGCAATA----CCCGAAAAGAAC-ATGCTACGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACGCATTTTCGAAGCGTTTCAT-TTGATTTACGAAATGTTATTCTTAGAGGGACGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGGATCTGTAACTTCAAAGTGCGCTAATCATGG-A----AGCATGATGACCTTCCCACGATTCCGTACTGTTCAAGAAACATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAA-A-TTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--CTTT-GGATCAAATGtcttta
gi|9 : caataccgttaacaaTTTCCGAAGC-----AT-TTGATTTATGAAA-ATTATTGTTAGGGGGAAGTTGGTGGAAAACTTTAATTTCCGGGGATCTATAACTTCAAAATGCGCTTATCATGGTAG-----CATGATGATCTTGCTACAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACGATGCAGTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAA-A-TTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--CTTT-GGATTAAATG
gi|19 : CTCT---AAAGC--GACTAGG-CCCTAG----------CCTGTAAGC-CCAATAC-C-A-TTTTTACTGTT-CTTGTGTAT
gi|15 : --TAGG-CCCTAG----------CCTGTGAGCGCTGATAC-C-CTTTTTTACTGTT-CTTGTATATATa
gi|16 : ttttttacnnnnnnnnnncaaatgagac--TAGG-ACTTAG----------CCTGTGAGCGCTGATAC-C-CTTTTTTACTGTT-CTTGTATATAT-GTTTATG
gi|14 : tccaaatgagac--TAGG-CCTTAG----------CCTGTGAGCGCTGATAC-C-CTTTTTTACTGTT-CTTCTATATAT-GTTTATG---TTG-ATGTtatata
gi|18 : tccaaatgagac--TAGG-CCCTAG----------CCTGTGAGCGCTGATAC-C-CTTTTTTAata
gi|17 : ctccaaatgagac--TAGG-CCCTAG----------CCTGTGAAGGCCGATAC-CATTTTTTTACTGTT-CTTCTATATcnnnnnnnnnnc
gi|10 : tctccaaatgagacATA--------TATATATATATACTTGAT-G-GGAATGTGTTAATTCTCCTTAATAa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GTGTTATCTTGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAAATAGAATGTAATAATTAATAATTTAAGTGACTGACAATAACACAATATGAGGACATATTTTTATTATGTATGTCTACCCTTCGTGAATATAGGGCCTATATTTATTTAAAAATGGCTTGTAAAAAGTCATTCAGTCAGACCTCCACGCTGGTACTCGTTGGAAACCATTGTAACATTATATAACTTGGGCTGACATGACGAAAGTTTTCTGAAATAGATTGACTGATTGAATATTTCGCGTCATTTTTATGCAATCGATGGCTTACAGACGATCATTTAACCCAACAACTATTTGTATATCAAGCGAGGTCCAATGGCTGATTGAATCA
Alignments
lowQualScore : 2 33 1 222222222222222 4444444 2222 2222 11 1111111111 1111 3333333333
lowQualScore : 1 1 1 0 0 11 0 3 4 00 1 0 1 1 1 4 6 55 2 4 777 55 2 3 99999 4 4 11 777777777777777 0 2 1111111 1 3 0000 1 8 5 1 0 3 9999 99 55 3 5555555555 3 3 3 2 4 55 77 7777 2 0 3 4444444444 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. . . . . . . . .. . . ... .. . . ..... . . .. ............... . . ....... . . .... . . . . . . .... .. .. . .......... . . . . . .. .. .... . . . .......... .
lowQualScore : 0 0 0 7 7 77 7 7 0 77 0 7 0 0 0 0 4 66 5 0 000 55 0 0 11111 0 4 88 888888888888888 1 5 0000000 1 6 8888 0 8 0 0 6 5 3333 22 00 6 7777777777 3 6 6 5 0 55 99 0000 5 8 2 8888888888 8
consensus : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--CTTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
Reference ( family-6089 ) : ATGGAAGGGCAACNAGNTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCNTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTANCTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTANCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCNTNTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTNAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTTCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--C-TTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGGCTATATATCTCTCTT-AAAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|1 : GGGAAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAAA--CATGCTA-CGTCATT---GAATTTTGCC--ATGTTCCATCCAGACGCTTGCACCCA-------------------------CGAAG-TTTATTGTTAGA-------TGG----AAACTTTAATTTCGGGGGTTGGGGGAGGGGGGAATCAATAATTTCAAAATGCGCTAATTATGGTA-----GCATGATGACCTTTCTAGAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACAATGCACTGAGAAAATTTAAAGTAATTACAACAACAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAC--T-TTGGGTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCAGGCTATATATCTCTCCT---AAGT--GACTAGA-----AATTTGTTTATTTTTTTCTGTCGATATAT-CTCTCCTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTAACCATGCATGT----ATTACAACAATAAACATATACATATAGATCTATATATATATATATATATACTTGATGGGAATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|10 : ATA--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATAtgaggacatattttcattatgtatgtctactcctcgtgaatatagggcctatatttatttaaaaatggcttgtaaaaagtcgttcagtcagactttcatgttggtaccagatggaaaccatagtaactctatataacttgggctaacatgacggaaggcaaagttttctgaaatagattgactgattgaatatttagcgtcatttttatgcaatcaatggcttacagacgatcagttaacctaacaactctttttatatcaggtgaggtcctatggcggattggaccagtcaggtgaggtccaatggcggattgcactagtcaattgatctaaaaatgcagaaagtactgtatatttctatatcaggtgaggtctaatggcggattgaaccagtc
gi|11 : tAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCC-----------------AAAAAGTACCATACTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GGTTATCCAGGCGCTTGCACTCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGTAGTTGG-GGGACACTTTAATTT-----------------------------CTTCAAAATGCGCTAATCtgatgacatatttttattatgtatgtatacccctcatgaatatttatttaaaaaaaggcttgtaaaaagtcgttcagtcagaccttcacgttggtactcgttggaaactatcgtaacactatataacttgggctgacatgacggaatgcaaa
gi|12 : CCTAAATGCAAT-CCGTTGTCGGACGTAAT-GATGCAATATTTGCACAAAA--ATAGTAACGTCGTTTTCGTCTTTTGCCATGT-TTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAT-ACTTTTGTTAGAAGG
gi|13 : GAAAGCCTAGATGCAGT-CAGTTATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTTTCCAGGCGCTTGCACACATTTTCGAAGC-----ATTTtcttta
gi|14 : --TAGGCCT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCTTCTATATATGTT---TATGT
gi|15 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATATtgatgtata
gi|16 : ttttttacnnnnnnnnnncaaatgagac--TAGGACT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATAT-GTTTATGT
gi|17 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAA--------GGCCGATAC-CATTTTTTTACTG-TTCT--TCTATATatata
gi|18 : tctccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACa
gi|19 : ctccaaatgagacCTCT---AAAGC--GACTAGGCCC-TAGCCTGTAAG--------C-CCAATAC-C-A-TTTTTACTG-TTCT--TGTGTATnnnnnnnnnnc
gi|2 : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAGAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTATGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACACTGTTGTGAGACCTGTGTTTTACTTAGTTATTTTAATTCCGCCATTGCTTTGTTCTTCATACTCAATAAAACATTTGCAAAGTGCTTACTGTTATACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCAATTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTCATCCGCCTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAATATTTTGTTTGGAAAGCCTTAATGCAAT-CCATGATCGGGCCTAAT-GCCGCAATACCCAAAAAGAACCATGCTA-CGCCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCTTTTTCGAAGC-----ATTTGATGAACGAAG-ATTTTTGTTACAGGGAATTTGG-GGGAAACTTTAATTTTAAGGG---------------ATCTATAACGTCAAAATGCACTAATCATGGTAGGGTAGCTTGATGACCTTCCTACAATACCGTACCGTCCAAGAAGCATACGACGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAAC-AAATTTTCAGTGTTCAAAGCTACAAAAAA--C-TTGGTTCAAATGGAAGAAATTTGTATATTTTTTCTGTCTATATATTTCTCTTAAAAAGT--G--TAGACCC-TAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-CTTTTTTATGG-TTAT--TGTACATGTCG--TTTGTGCGATTGAATGTTTCTTACCATGCATAT----ATAA-AACAATGAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGAT-GGAATTTGTTAATTCTCCTTAATAa
gi|3 : TGGAAGGGCAACCAGTTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCATTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGTCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTT
gi|3 : TTCTGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTAGCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTGTAAACGGTGTCACGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CTATGATCGGGCCTAAAAGCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTT-ATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATAATTATTAGAGGGAAGTTGG-GGCAAACCTTGATTTCAAGGG---------------ATCTATAA-------ATGCGCCAATCATGGTA-G----CATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAGCAACAACAAAATTTTCAGTAGTCAAAGCCACAAAAAAGCC-TTGGTTGAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTC------------TC-CTT-AAGTGA--G--TAAACCCCTAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-TTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TAAGTGCGATTGAATATTTCTTACCAGGCACGT----ATAAacaaacgtaatccgactgcgaaactacaagtagctgttcctccaagttttgctagctctgcctgtaaacggtgtcacgttaaaaatttagttgggaaagcctaaatgcaatctatgatcgggcctaaaagccgcaatacccgaaaagaaccatgctacgtcattgatttttgccgttttatccaggcgcttgcacccattttcgaagcatttgatttacgaagataattattagagggaagttggggcaaaccttgatttcaagggatctataaatgcgccaatcatggtagcatgatgaccttcctacaattccgtaccgtccaagaagcatacgatgcactgagagaatttaaagtaaaagcaacaacaaaattttcagtagtcaaagccacaaaaaagccttggttgaaatggtagaaatttgtttattttttctccttaagtgagtaaacccctagcctgtgagcactgatacctttttttatggttcttgtacatgtcgtaagtgcgattgaatatttcttaccaggcacgtataa
gi|4 : tggaagggcaaccagttcaaaattctattccgcttgttacttattctgttgttgttaaatacaactgcatttctgtgtttttgttaatcaaaccatacaatgccgtaagacctgcgttttatttagtaattttaattccgtcgttactttgttcgtcatactcgataaaacagttgcgaagtgcttactgttacatgtgtaatatgcggtAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAT-GCTGTATTACTCGAAAAGAA-CATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGT-----GTTTGATTTACGAAG-AGTATTGTTAGAGGTAAGTTGG-AGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATATATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTGCAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCAAACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAATACAACAAGAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAATC--C-TCGGTTGAAATGGTAGAAATTTATTATTTTTTTCTGTCCATATATCTCTTCT--AAAGTGAG--TAGGCAC-TAGCCTGTGAG------------GATAC-C-CTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCTATTGAATATTTCTTACCATGCATGTATACATAACAACAATCAACATAAAAATATAGATC----------TATATATATACTTGATGAGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|5 : ATGGAAGGGCAACGAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCTGTAAGACCTGTGTTTTATTTAGTAATTTTACCTCCGCCATTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGTGAAGTGCTTACTGTTACATG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCATTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTAAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CCGTGATCGGGCCTAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGATCCATGCTA-CTTCATT---GATATTTGCC--GT-TTTTATCCAAGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCAAGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGAACTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATACACTGAGAGAATTTAGAGTAAA---AACAACAAAATGTTTAGTGTTCAAAGCCACAAAAAAACC-TTGGTTCAAATGGTAGAAAtgagaacatattttcatgatgtttgtctacccctcgtgaatataggcctatatctatataaaaatggcttttaaaatgtcgttcagtcagtcctctacgttagtaccagttggaaaccataataactctatataacttggactagcatgacagaatgcacatatttcttagataga
gi|6 : AAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTATCCAGGCGCTTGAAAACATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGATG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAGCTTTAATTTCGCGGG---------------A-------------AATGCGATAATCATGGT----T-GCATGATGCCCCTCCTGCAATT--------------AAGCGTACGAAGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAGCAACAAAATTTTCAGTGTGTAAAGCCACAAAAAA--CTTTGGATCAAATGGTAGAAATTCGTTTATTTGTTCAGGCTTTATCTCTCAC----AAAGT--GACTAGGCCC-TGG--------------------------C-CTTTTTTATGGTTTCT--TGTACATATCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTATCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATAT-AATATCGAT---------TA-ATATGTATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|8 : CAATACCGTTAACAA-CCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAGAAC-ATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACGCATTTTCGAAGCGTTTCATTTGATTTACGAAATGTTATTCTTAGAGGGACGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTGTAACTTCAAAGTGCGCTAATCATGG-A----AGCATGATGACCTTCCCACGATTCCGTACTGTTCAAGAAACATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--CTTTGGATCAAATGtgaggacatattttcattatgtaagtctacctctcgtgaatatatttaaaaagaactggtaaaatgtcgttctgtcagaccttcacgtttgtaccagttgcaaaccatagtaactagtaactctatgtaacttgagctaacatgacggaatgcaaagatttctgaaatagattgat
gi|9 : TTTCCGAAGC-----ATTTGATTTATGAAA-ATTATTGTTAGGGGGAAGTTGGTGGAAAACTTTAATTTCCGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTTATCATGGTA-----GCATGATGATCTTGCTACAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACGATGCAGTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCACAAAAAA--CTTTGGATTAAATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GTGTTATCTTGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAAATAGAATGTAATAATTAATAATTTAAGTGACTGACAATAACACAATATGAGGACATATTTTTATTATGTATGTCTACCCTTCGTGAATATAGGGCCTATATTTATTTAAAAATGGCTTGTAAAAAGTCATTCAGTCAGACCTCCACGCTGGTACTCGTTGGAAACCATTGTAACATTATATAACTTGGGCTGACATGACGAAAGTTTTCTGAAATAGATTGACTGATTGAATATTTCGCGTCATTTTTATGCAATCGATGGCTTACAGACGATCATTTAACCCAACAACTATTTGTATATCAAGCGAGGTCCAATGGCTGATTGAATCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 222222222222222 4444444 1111 22 1111111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 0 0 0 3 1 88 0 4 6 55 2 2 4 777 55 2 3 99999 4 4 11 777777777777777 0 2 1111111 1 1 3 88 5 2 1 8 3 777 1111 99 00 3 5555555555 3 3 3 2 4 55 77 7777 2 0 3 4444444444 0
lowQualScore : . . . . . . .. . . . .. . . . ... .. . . ..... . . .. ............... . . ....... . . . .. . . . . . ... .... .. .. . .......... . . . . . .. .. .... . . . .......... .
lowQualScore : 7 7 7 7 3 0 33 7 0 4 66 1 5 0 000 55 0 0 11111 0 4 88 888888888888888 1 5 0000000 1 1 6 22 0 8 0 8 8 000 2222 22 00 6 7777777777 3 6 6 5 0 55 99 0000 5 8 2 8888888888 8
consensus : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
Reference ( family-6089 ) : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|1 : GGGAAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAAA--CATGCTA-CGTCATT---GAATTTTGCC--ATGTTCCATCCAGACGCTTGCACCCA-------------------------CGAAG-TTTATTGTTAGA-------TGG----AAACTTTAATTTCGGGGGTTGGGGGAGGGGGGAATCAATAATTTCAAAATGCGCTAATTATGGTA-----GCATGATGACCTTTCTAGAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACAATGCACTGAGAAAATTTAAAGTAATTACAACAACAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAA-CTTTGGGTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCAGGCTATATATCTCTCCT---AAGT--GACTAGA-----AATTTGTTTATTTTTTTCTGTCGATATAT-CTCTCCTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTAACCATGCATGT----ATTACAACAATAAACATATACATATAGATCTATATATATATATATATATACTTGATGGGAATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|10 : ATA--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATAtgaggacatattttcattatgtatgtctactcctcgtgaatatagggcctatatttatttaaaaatggcttgtaaaaagtcgttcagtcagactttcatgttggtaccagatggaaaccatagtaactctatataacttgggctaacatgacggaaggcaaagttttctgaaatagattgactgattgaatatttagcgtcatttttatgcaatcaatggcttacagacgatcagttaacctaacaactctttttatatcaggtgaggtcctatggcggattggaccagtcaggtgaggtccaatggcggattgcactagtcaattgatctaaaaatgcagaaagtactgtatatttctatatcaggtgaggtctaatggcggattgaaccagtc
gi|11 : tAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCC-----------------AAAAAGTACCATACTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GGTTATCCAGGCGCTTGCACTCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGTAGTTGG-GGGACACTTTAATTT-----------------------------CTTCAAAATGCGCTAATCtgatgacatatttttattatgtatgtatacccctcatgaatatttatttaaaaaaaggcttgtaaaaagtcgttcagtcagaccttcacgttggtactcgttggaaactatcgtaacactatataacttgggctgacatgacggaatgcaaa
gi|12 : CCTAAATGCAAT-CCGTTGTCGGACGTAAT-GATGCAATATTTGCACAAAA--ATAGTAACGTCGTTTTCGTCTTTTGCCATGT-TTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAT-ACTTTTGTTAGAAGG
gi|13 : GAAAGCCTAGATGCAGT-CAGTTATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTTTCCAGGCGCTTGCACACATTTTCGAAGC-----ATTTtcttta
gi|14 : --TAGGCCT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCTTCTATATATGTT---TATGT
gi|15 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATATtgatgtata
gi|16 : ttttttacnnnnnnnnnncaaatgagac--TAGGACT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATAT-GTTTATGT
gi|17 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAA--------GGCCGATAC-CATTTTTTTACTG-TTCT--TCTATATatata
gi|18 : tctccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACa
gi|19 : ctccaaatgagacCTCT---AAAGC--GACTAGGCCC-TAGCCTGTAAG--------C-CCAATAC-C-A-TTTTTACTG-TTCT--TGTGTATnnnnnnnnnnc
gi|2 : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAGAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTATGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACACTGTTGTGAGACCTGTGTTTTACTTAGTTATTTTAATTCCGCCATTGCTTTGTTCTTCATACTCAATAAAACATTTGCAAAGTGCTTACTGTTATACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCAATTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTCATCCGCCTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAATATTTTGTTTGGAAAGCCTTAATGCAAT-CCATGATCGGGCCTAAT-GCCGCAATACCCAAAAAGAACCATGCTA-CGCCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCTTTTTCGAAGC-----ATTTGATGAACGAAG-ATTTTTGTTACAGGGAATTTGG-GGGAAACTTTAATTTTAAGGG---------------ATCTATAACGTCAAAATGCACTAATCATGGTAGGGTAGCTTGATGACCTTCCTACAATACCGTACCGTCCAAGAAGCATACGACGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAAC-AAATTTTCAGTGTTCAAAGCTAC-AAAAAA-C-TTGGTTCAAATGGAAGAAATTTGTATATTTTTTCTGTCTATATATTTCTCTTAAAAAGT--G--TAGACCC-TAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-CTTTTTTATGG-TTAT--TGTACATGTCG--TTTGTGCGATTGAATGTTTCTTACCATGCATAT----ATAA-AACAATGAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGAT-GGAATTTGTTAATTCTCCTTAATAa
gi|3 : TGGAAGGGCAACCAGTTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCATTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGTCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTT
gi|3 : TTCTGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTAGCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTGTAAACGGTGTCACGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CTATGATCGGGCCTAAAAGCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTT-ATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATAATTATTAGAGGGAAGTTGG-GGCAAACCTTGATTTCAAGGG---------------ATCTATAA-------ATGCGCCAATCATGGTA-G----CATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAGCAACAACAAAATTTTCAGTAGTCAAAGCCAC-AAAAAAGCCTTGGTTGAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTC------------TC-CTT--AA-GT--GAGTAAACCCCTAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-TTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TAAGTGCGATTGAATATTTCTTACCAGGCACGT----ATAAacaaacgtaatccgactgcgaaactacaagtagctgttcctccaagttttgctagctctgcctgtaaacggtgtcacgttaaaaatttagttgggaaagcctaaatgcaatctatgatcgggcctaaaagccgcaatacccgaaaagaaccatgctacgtcattgatttttgccgttttatccaggcgcttgcacccattttcgaagcatttgatttacgaagataattattagagggaagttggggcaaaccttgatttcaagggatctataaatgcgccaatcatggtagcatgatgaccttcctacaattccgtaccgtccaagaagcatacgatgcactgagagaatttaaagtaaaagcaacaacaaaattttcagtagtcaaagccacaaaaaagccttggttgaaatggtagaaatttgtttattttttctccttaagtgagtaaacccctagcctgtgagcactgatacctttttttatggttcttgtacatgtcgtaagtgcgattgaatatttcttaccaggcacgtataa
gi|4 : tggaagggcaaccagttcaaaattctattccgcttgttacttattctgttgttgttaaatacaactgcatttctgtgtttttgttaatcaaaccatacaatgccgtaagacctgcgttttatttagtaattttaattccgtcgttactttgttcgtcatactcgataaaacagttgcgaagtgcttactgttacatgtgtaatatgcggtAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAT-GCTGTATTACTCGAAAAGAA-CATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGT-----GTTTGATTTACGAAG-AGTATTGTTAGAGGTAAGTTGG-AGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATATATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTGCAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCAAACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAATACAACAAGAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAT-CCTCGGTTGAAATGGTAGAAATTTATTATTTTTTTCTGTCCATATATCTCTTCT--AAAGTGAG--TAGGCAC-TAGCCTGTGAG------------GATAC-C-CTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCTATTGAATATTTCTTACCATGCATGTATACATAACAACAATCAACATAAAAATATAGATC----------TATATATATACTTGATGAGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|5 : ATGGAAGGGCAACGAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCTGTAAGACCTGTGTTTTATTTAGTAATTTTACCTCCGCCATTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGTGAAGTGCTTACTGTTACATG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCATTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTAAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CCGTGATCGGGCCTAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGATCCATGCTA-CTTCATT---GATATTTGCC--GT-TTTTATCCAAGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCAAGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGAACTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATACACTGAGAGAATTTAGAGTAAA---AACAACAAAATGTTTAGTGTTCAAAGCCACAAAAAAA-CCTTGGTTCAAATGGTAGAAAtgagaacatattttcatgatgtttgtctacccctcgtgaatataggcctatatctatataaaaatggcttttaaaatgtcgttcagtcagtcctctacgttagtaccagttggaaaccataataactctatataacttggactagcatgacagaatgcacatatttcttagataga
gi|6 : AAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTATCCAGGCGCTTGAAAACATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGATG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAGCTTTAATTTCGCGGG---------------A-------------AATGCGATAATCATGGT----T-GCATGATGCCCCTCCTGCAATT--------------AAGCGTACGAAGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAGCAACAAAATTTTCAGTGTGTAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGGTAGAAATTCGTTTATTTGTTCAGGCT-T-TATCTCTCAC--AAAGT--GACTAGGCCC-TGG--------------------------C-CTTTTTTATGGTTTCT--TGTACATATCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTATCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATAT-AATATCGAT---------TA-ATATGTATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|8 : CAATACCGTTAACAA-CCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAGAAC-ATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACGCATTTTCGAAGCGTTTCATTTGATTTACGAAATGTTATTCTTAGAGGGACGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTGTAACTTCAAAGTGCGCTAATCATGG-A----AGCATGATGACCTTCCCACGATTCCGTACTGTTCAAGAAACATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGtgaggacatattttcattatgtaagtctacctctcgtgaatatatttaaaaagaactggtaaaatgtcgttctgtcagaccttcacgtttgtaccagttgcaaaccatagtaactagtaactctatgtaacttgagctaacatgacggaatgcaaagatttctgaaatagattgat
gi|9 : TTTCCGAAGC-----ATTTGATTTATGAAA-ATTATTGTTAGGGGGAAGTTGGTGGAAAACTTTAATTTCCGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTTATCATGGTA-----GCATGATGATCTTGCTACAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACGATGCAGTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATTAAATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GTGTTATCTTGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAAATAGAATGTAATAATTAATAATTTAAGTGACTGACAATAACACAATATGAGGACATATTTTTATTATGTATGTCTACCCTTCGTGAATATAGGGCCTATATTTATTTAAAAATGGCTTGTAAAAAGTCATTCAGTCAGACCTCCACGCTGGTACTCGTTGGAAACCATTGTAACATTATATAACTTGGGCTGACATGACGAAAGTTTTCTGAAATAGATTGACTGATTGAATATTTCGCGTCATTTTTATGCAATCGATGGCTTACAGACGATCATTTAACCCAACAACTATTTGTATATCAAGCGAGGTCCAATGGCTGATTGAATCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 222222222222222 4444444 1111 22 1111111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 0 0 0 3 1 88 0 4 6 55 2 2 4 777 55 2 3 99999 4 4 11 777777777777777 0 2 1111111 1 1 3 88 5 1 8 3 777 1111 99 00 3 5555555555 3 3 3 2 4 55 77 7777 2 0 3 4444444444 0
lowQualScore : . . . . . . .. . . . .. . . . ... .. . . ..... . . .. ............... . . ....... . . . .. . . . . ... .... .. .. . .......... . . . . . .. .. .... . . . .......... .
lowQualScore : 7 7 7 7 3 0 33 7 0 4 66 1 5 0 000 55 0 0 11111 0 4 88 888888888888888 1 5 0000000 1 1 6 22 0 0 8 8 000 2222 22 00 6 7777777777 3 6 6 5 0 55 99 0000 5 8 2 8888888888 8
consensus : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
Reference ( family-6089 ) : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|1 : GGGAAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAAA--CATGCTA-CGTCATT---GAATTTTGCC--ATGTTCCATCCAGACGCTTGCACCCA-------------------------CGAAG-TTTATTGTTAGA-------TGG----AAACTTTAATTTCGGGGGTTGGGGGAGGGGGGAATCAATAATTTCAAAATGCGCTAATTATGGTA-----GCATGATGACCTTTCTAGAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACAATGCACTGAGAAAATTTAAAGTAATTACAACAACAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAA-CTTTGGGTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCAGGCTATATATCTCTCCT---AAGT--GACTAGA-----AATTTGTTTATTTTTTTCTGTCGATATAT-CTCTCCTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTAACCATGCATGT----ATTACAACAATAAACATATACATATAGATCTATATATATATATATATATACTTGATGGGAATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|10 : ATA--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATAtgaggacatattttcattatgtatgtctactcctcgtgaatatagggcctatatttatttaaaaatggcttgtaaaaagtcgttcagtcagactttcatgttggtaccagatggaaaccatagtaactctatataacttgggctaacatgacggaaggcaaagttttctgaaatagattgactgattgaatatttagcgtcatttttatgcaatcaatggcttacagacgatcagttaacctaacaactctttttatatcaggtgaggtcctatggcggattggaccagtcaggtgaggtccaatggcggattgcactagtcaattgatctaaaaatgcagaaagtactgtatatttctatatcaggtgaggtctaatggcggattgaaccagtc
gi|11 : tAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCC-----------------AAAAAGTACCATACTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GGTTATCCAGGCGCTTGCACTCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGTAGTTGG-GGGACACTTTAATTT-----------------------------CTTCAAAATGCGCTAATCtgatgacatatttttattatgtatgtatacccctcatgaatatttatttaaaaaaaggcttgtaaaaagtcgttcagtcagaccttcacgttggtactcgttggaaactatcgtaacactatataacttgggctgacatgacggaatgcaaa
gi|12 : CCTAAATGCAAT-CCGTTGTCGGACGTAAT-GATGCAATATTTGCACAAAA--ATAGTAACGTCGTTTTCGTCTTTTGCCATGT-TTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAT-ACTTTTGTTAGAAGG
gi|13 : GAAAGCCTAGATGCAGT-CAGTTATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTTTCCAGGCGCTTGCACACATTTTCGAAGC-----ATTTtcttta
gi|14 : --TAGGCCT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCTTCTATATATGTT---TATGT
gi|15 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATATtgatgtata
gi|16 : ttttttacnnnnnnnnnncaaatgagac--TAGGACT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATAT-GTTTATGT
gi|17 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAA--------GGCCGATAC-CATTTTTTTACTG-TTCT--TCTATATatata
gi|18 : tctccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACa
gi|19 : ctccaaatgagacCTCT---AAAGC--GACTAGGCCC-TAGCCTGTAAG--------C-CCAATAC-C-A-TTTTTACTG-TTCT--TGTGTATnnnnnnnnnnc
gi|2 : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAGAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTATGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACACTGTTGTGAGACCTGTGTTTTACTTAGTTATTTTAATTCCGCCATTGCTTTGTTCTTCATACTCAATAAAACATTTGCAAAGTGCTTACTGTTATACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCAATTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTCATCCGCCTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAATATTTTGTTTGGAAAGCCTTAATGCAAT-CCATGATCGGGCCTAAT-GCCGCAATACCCAAAAAGAACCATGCTA-CGCCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCTTTTTCGAAGC-----ATTTGATGAACGAAG-ATTTTTGTTACAGGGAATTTGG-GGGAAACTTTAATTTTAAGGG---------------ATCTATAACGTCAAAATGCACTAATCATGGTAGGGTAGCTTGATGACCTTCCTACAATACCGTACCGTCCAAGAAGCATACGACGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAAC-AAATTTTCAGTGTTCAAAGCTAC-AAAAAA--CTTGGTTCAAATGGAAGAAATTTGTATATTTTTTCTGTCTATATATTTCTCTTAAAAAGT--G--TAGACCC-TAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-CTTTTTTATGG-TTAT--TGTACATGTCG--TTTGTGCGATTGAATGTTTCTTACCATGCATAT----ATAA-AACAATGAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGAT-GGAATTTGTTAATTCTCCTTAATAa
gi|3 : TGGAAGGGCAACCAGTTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCATTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGTCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTT
gi|3 : TTCTGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTAGCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTGTAAACGGTGTCACGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CTATGATCGGGCCTAAAAGCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTT-ATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATAATTATTAGAGGGAAGTTGG-GGCAAACCTTGATTTCAAGGG---------------ATCTATAA-------ATGCGCCAATCATGGTA-G----CATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAGCAACAACAAAATTTTCAGTAGTCAAAGCCAC-AAAAAAGCCTTGGTTGAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTC------------TC-CTT--AA-GT--GAGTAAACCCCTAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-TTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TAAGTGCGATTGAATATTTCTTACCAGGCACGT----ATAAacaaacgtaatccgactgcgaaactacaagtagctgttcctccaagttttgctagctctgcctgtaaacggtgtcacgttaaaaatttagttgggaaagcctaaatgcaatctatgatcgggcctaaaagccgcaatacccgaaaagaaccatgctacgtcattgatttttgccgttttatccaggcgcttgcacccattttcgaagcatttgatttacgaagataattattagagggaagttggggcaaaccttgatttcaagggatctataaatgcgccaatcatggtagcatgatgaccttcctacaattccgtaccgtccaagaagcatacgatgcactgagagaatttaaagtaaaagcaacaacaaaattttcagtagtcaaagccacaaaaaagccttggttgaaatggtagaaatttgtttattttttctccttaagtgagtaaacccctagcctgtgagcactgatacctttttttatggttcttgtacatgtcgtaagtgcgattgaatatttcttaccaggcacgtataa
gi|4 : tggaagggcaaccagttcaaaattctattccgcttgttacttattctgttgttgttaaatacaactgcatttctgtgtttttgttaatcaaaccatacaatgccgtaagacctgcgttttatttagtaattttaattccgtcgttactttgttcgtcatactcgataaaacagttgcgaagtgcttactgttacatgtgtaatatgcggtAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAT-GCTGTATTACTCGAAAAGAA-CATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGT-----GTTTGATTTACGAAG-AGTATTGTTAGAGGTAAGTTGG-AGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATATATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTGCAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCAAACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAATACAACAAGAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAT-CCTCGGTTGAAATGGTAGAAATTTATTATTTTTTTCTGTCCATATATCTCTTCT--AAAGTGAG--TAGGCAC-TAGCCTGTGAG------------GATAC-C-CTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCTATTGAATATTTCTTACCATGCATGTATACATAACAACAATCAACATAAAAATATAGATC----------TATATATATACTTGATGAGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|5 : ATGGAAGGGCAACGAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCTGTAAGACCTGTGTTTTATTTAGTAATTTTACCTCCGCCATTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGTGAAGTGCTTACTGTTACATG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCATTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTAAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CCGTGATCGGGCCTAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGATCCATGCTA-CTTCATT---GATATTTGCC--GT-TTTTATCCAAGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCAAGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGAACTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATACACTGAGAGAATTTAGAGTAAA---AACAACAAAATGTTTAGTGTTCAAAGCCACAAAAAAA-CCTTGGTTCAAATGGTAGAAAtgagaacatattttcatgatgtttgtctacccctcgtgaatataggcctatatctatataaaaatggcttttaaaatgtcgttcagtcagtcctctacgttagtaccagttggaaaccataataactctatataacttggactagcatgacagaatgcacatatttcttagataga
gi|6 : AAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTATCCAGGCGCTTGAAAACATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGATG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAGCTTTAATTTCGCGGG---------------A-------------AATGCGATAATCATGGT----T-GCATGATGCCCCTCCTGCAATT--------------AAGCGTACGAAGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAGCAACAAAATTTTCAGTGTGTAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGGTAGAAATTCGTTTATTTGTTCAGGCT-T-TATCTCTCAC--AAAGT--GACTAGGCCC-TGG--------------------------C-CTTTTTTATGGTTTCT--TGTACATATCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTATCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATAT-AATATCGAT---------TA-ATATGTATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|8 : CAATACCGTTAACAA-CCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAGAAC-ATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACGCATTTTCGAAGCGTTTCATTTGATTTACGAAATGTTATTCTTAGAGGGACGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTGTAACTTCAAAGTGCGCTAATCATGG-A----AGCATGATGACCTTCCCACGATTCCGTACTGTTCAAGAAACATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGtgaggacatattttcattatgtaagtctacctctcgtgaatatatttaaaaagaactggtaaaatgtcgttctgtcagaccttcacgtttgtaccagttgcaaaccatagtaactagtaactctatgtaacttgagctaacatgacggaatgcaaagatttctgaaatagattgat
gi|9 : TTTCCGAAGC-----ATTTGATTTATGAAA-ATTATTGTTAGGGGGAAGTTGGTGGAAAACTTTAATTTCCGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTTATCATGGTA-----GCATGATGATCTTGCTACAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACGATGCAGTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATTAAATG
blockSeqs : T T TT A T AA T C A TTC AT G T GTTTC T T AA . G TAGGGTA C C A AA G T T T ATA TTAA GA AC C CG T . A T T TC TT ATAC C A AT
blockSeqs : . . . A T T C . . . G C . . . AA . G GGTA C C A A . T T T ATA TT . AG . CG T . . T . . . . C A CT
blockSeqs : . T G C C . . . . T . . . GG . G GGTA T T T A . T A G T CT . AC . CG T . . T . . . . . . C
blockSeqs : . T T C C . . . . T . . . AA . G TAG C C A A . T . . . AC . . . GG C . . T . . . . T
blockSeqs : . C T T C . . . . C . . . GC . G TT T T A A . A T . . . CG T . . T . . .
blockSeqs : . T G C C . . . . T . . . GG . . AA T T A A . A . . CA C . . G . . .
blockSeqs : . A G T C . . . . T . . . CG . . TA . . . . . A . . CA T . . G . .
blockSeqs : . C G T . . . . . C . . . . . . . C T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : *************** A* ** CG******** T*********
originalCons : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
finalCons : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCACA-AAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAGCG--------CCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATT---------ATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GTGTTATCTTGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAAATAGAATGTAATAATTAATAATTTAAGTGACTGACAATAACACAATATGAGGACATATTTTTATTATGTATGTCTACCCTTCGTGAATATAGGGCCTATATTTATTTAAAAATGGCTTGTAAAAAGTCATTCAGTCAGACCTCCACGCTGGTACTCGTTGGAAACCATTGTAACATTATATAACTTGGGCTGACATGACGAAAGTTTTCTGAAATAGATTGACTGATTGAATATTTCGCGTCATTTTTATGCAATCGATGGCTTACAGACGATCATTTAACCCAACAACTATTTGTATATCAAGCGAGGTCCAATGGCTGATTGAATCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 222222222222222 4444444 1111 22 1111111111 1111 444444444
lowQualScore : 0 0 0 0 3 1 88 0 4 6 55 2 2 4 777 55 2 3 99999 4 4 11 777777777777777 0 2 1111111 1 1 3 88 5 1 8 3 777 1111 99 00 3 5555555555 3 3 3 2 4 55 77 7777 2 0 3 000000000 11
lowQualScore : . . . . . . .. . . . .. . . . ... .. . . ..... . . .. ............... . . ....... . . . .. . . . . ... .... .. .. . .......... . . . . . .. .. .... . . . ......... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 3 0 33 7 0 4 66 1 5 0 000 55 0 0 11111 0 4 88 888888888888888 1 5 0000000 1 1 6 22 0 0 8 8 000 2222 22 00 6 7777777777 3 6 6 5 0 55 99 0000 5 8 2 000000000 66
consensus : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
Reference ( family-6089 ) : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGCCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCANTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTCATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCATGGTA-GGTAGCATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CCTTGGNTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCNGNCTATATATCTCTCTT--AAAGT--G--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCCGATAC-C-CTTTTTTACGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTACCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATATAAATATAGAT---------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|1 : GGGAAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAAA--CATGCTA-CGTCATT---GAATTTTGCC--ATGTTCCATCCAGACGCTTGCACCCA-------------------------CGAAG-TTTATTGTTAGA-------TGG----AAACTTTAATTTCGGGGGTTGGGGGAGGGGGGAATCAATAATTTCAAAATGCGCTAATTATGGTA-----GCATGATGACCTTTCTAGAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACAATGCACTGAGAAAATTTAAAGTAATTACAACAACAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAA-CTTTGGGTCAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTCAGGCTATATATCTCTCCT---AAGT--GACTAGA-----AATTTGTTTATTTTTTTCTGTCGATATAT-CTCTCCTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTAACCATGCATGT----ATTACAACAATAAACATATACATATAGATCTATATATATATATATATATACTTGATGGGAATTTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|10 : TATA------------TATATATATATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATAtgaggacatattttcattatgtatgtctactcctcgtgaatatagggcctatatttatttaaaaatggcttgtaaaaagtcgttcagtcagactttcatgttggtaccagatggaaaccatagtaactctatataacttgggctaacatgacggaaggcaaagttttctgaaatagattgactgattgaatatttagcgtcatttttatgcaatcaatggcttacagacgatcagttaacctaacaactctttttatatcaggtgaggtcctatggcggattggaccagtcaggtgaggtccaatggcggattgcactagtcaattgatctaaaaatgcagaaagtactgtatatttctatatcaggtgaggtctaatggcggattgaaccagtc
gi|11 : AGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCC-----------------AAAAAGTACCATACTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GGTTATCCAGGCGCTTGCACTCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGTAGTTGG-GGGACACTTTAATTT-----------------------------CTTCAAAATGCGCTAATCtgatgacatatttttattatgtatgtatacccctcatgaatatttatttaaaaaaaggcttgtaaaaagtcgttcagtcagaccttcacgttggtactcgttggaaactatcgtaacactatataacttgggctgacatgacggaatgcaaa
gi|12 : CCTAAATGCAAT-CCGTTGTCGGACGTAAT-GATGCAATATTTGCACAAAA--ATAGTAACGTCGTTTTCGTCTTTTGCCATGT-TTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAT-ACTTTTGTTAGAAGG
gi|13 : GAAAGCCTAGATGCAGT-CAGTTATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTTTCCAGGCGCTTGCACACATTTTCGAAGC-----ATTTtcttta
gi|14 : --TAGGCCT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCTTCTATATATGTT---TATGT
gi|15 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATATtgatgtata
gi|16 : ttttttacnnnnnnnnnncaaatgagac--TAGGACT-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACTG-TTCT--TGTATATAT-GTTTATGT
gi|17 : tccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAA--------GGCCGATAC-CATTTTTTTACTG-TTCT--TCTATATatata
gi|18 : tctccaaatgagac--TAGGCCC-TAGCCTGTGAG--------CGCTGATAC-C-CTTTTTTACa
gi|19 : ctccaaatgagacCTCT---AAAGC--GACTAGGCCC-TAGCCTGTAAG--------C-CCAATAC-C-A-TTTTTACTG-TTCT--TGTGTATnnnnnnnnnnc
gi|2 : ATGGAAGGGCAACCAGGTCAGAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTATGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACACTGTTGTGAGACCTGTGTTTTACTTAGTTATTTTAATTCCGCCATTGCTTTGTTCTTCATACTCAATAAAACATTTGCAAAGTGCTTACTGTTATACG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTGCCAATTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACCGTATTCCG--ACAAACGTCATCCGCCTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTTTAAACGGTGTCGCGTTAAATATTTTGTTTGGAAAGCCTTAATGCAAT-CCATGATCGGGCCTAAT-GCCGCAATACCCAAAAAGAACCATGCTA-CGCCATT---GATTTTTGCC--GT-TTTTATCCAGGCGCTTGCACCCTTTTTCGAAGC-----ATTTGATGAACGAAG-ATTTTTGTTACAGGGAATTTGG-GGGAAACTTTAATTTTAAGGG---------------ATCTATAACGTCAAAATGCACTAATCATGGTAGGGTAGCTTGATGACCTTCCTACAATACCGTACCGTCCAAGAAGCATACGACGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAACAACAAC-AAATTTTCAGTGTTCAAAGCTAC-AAAAAA--CTTGGTTCAAATGGAAGAAATTTGTATATTTTTTCTGTCTATATATTTCTCTTAAAAAGT--G--TAGACCC-TAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-CTTTTTTATGG-TTAT--TGTACATGTCG--TTTGTGCGATTGAATGTTTCTTACCATGCATAT----ATAA-AACAATGAACATATAAATATAGATC--------TATATATATATACTTGAT-GGAATTTGTTAATTCTCCTTAATAa
gi|3 : TGGAAGGGCAACCAGTTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCATTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCCGTAAGACCTGCGTTTTATTTAGTAATTTTAATTCCGTCGTTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGCGAAGTGCTTACTGTTACATGTGTAATATGCGGTTTCTGTT
gi|3 : TTCTGTTACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTAGCTGTTCCTCCAAGTTTTGCTAGCTCTGCCTGTAAACGGTGTCACGTTAAAAATTTAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CTATGATCGGGCCTAAAAGCCGCAATACCCGAAAAGAACCATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-TTT-ATCCAGGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATAATTATTAGAGGGAAGTTGG-GGCAAACCTTGATTTCAAGGG---------------ATCTATAA-------ATGCGCCAATCATGGTA-G----CATGATGACCTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAAAGCAACAACAAAATTTTCAGTAGTCAAAGCCAC-AAAAAAGCCTTGGTTGAAATGGTAGAAATTTGTTTATTTTTTC------------TC-CTT--AA-GT--GAGTAAACCCCTAGCCTGTGAG--------CACTGATAC-C-TTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TAAGTGCGATTGAATATTTCTTACCAGGCACGT----ATAAacaaacgtaatccgactgcgaaactacaagtagctgttcctccaagttttgctagctctgcctgtaaacggtgtcacgttaaaaatttagttgggaaagcctaaatgcaatctatgatcgggcctaaaagccgcaatacccgaaaagaaccatgctacgtcattgatttttgccgttttatccaggcgcttgcacccattttcgaagcatttgatttacgaagataattattagagggaagttggggcaaaccttgatttcaagggatctataaatgcgccaatcatggtagcatgatgaccttcctacaattccgtaccgtccaagaagcatacgatgcactgagagaatttaaagtaaaagcaacaacaaaattttcagtagtcaaagccacaaaaaagccttggttgaaatggtagaaatttgtttattttttctccttaagtgagtaaacccctagcctgtgagcactgatacctttttttatggttcttgtacatgtcgtaagtgcgattgaatatttcttaccaggcacgtataa
gi|4 : tggaagggcaaccagttcaaaattctattccgcttgttacttattctgttgttgttaaatacaactgcatttctgtgtttttgttaatcaaaccatacaatgccgtaagacctgcgttttatttagtaattttaattccgtcgttactttgttcgtcatactcgataaaacagttgcgaagtgcttactgttacatgtgtaatatgcggtAACCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCCAAT-GCTGTATTACTCGAAAAGAA-CATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACCCATTTTCGAAGT-----GTTTGATTTACGAAG-AGTATTGTTAGAGGTAAGTTGG-AGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATATATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGACCTTCCTGCAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCAAACGATGCACTGAGAGAATTTAAAGTAAATACAACAAGAACATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC--AAAAT-CCTCGGTTGAAATGGTAGAAATTTATTATTTTTTTCTGTCCATATATCTCTTCT--AAAGTGAG--TAGGCAC-TAGCCTGTGAG------------GATAC-C-CTTTTTTATGG-TTCT--TGTACATGTCG--TATGTGCTATTGAATATTTCTTACCATGCATGTATACATAACAACAATCAACATAAAAATATAGAT---------C-TATATATATACTTGATGAGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|5 : ATGGAAGGGCAACGAGGTCAAAATTCTATTCCGCTTGTTACTTATTCTGTTGTTGTTAAATACAACTGCCTTTCTGTGTTTTTGTTAATCAAACCATACAATGCTGTAAGACCTGTGTTTTATTTAGTAATTTTACCTCCGCCATTACTTTGTTCGTCATACTCGATAAAACAGTTGTGAAGTGCTTACTGTTACATG-GTAATATGCGGTTTCTGTTTACCATTTCGCTTTCCGCTTAACGCTTAACTGTATTCCG--ACAAACGTAATCCGACTGCGAAACTACAAGTACCTGTTCCTCCGAGTTTTGCTAGCTCTGCATTTAAACGGTGTCGCGTTAAAAATTAAGTTGGGAAAGCCTAAATGCAAT-CCGTGATCGGGCCTAAG-GCCGCAATACCCGAAAAGATCCATGCTA-CTTCATT---GATATTTGCC--GT-TTTTATCCAAGCGCTTGCACCCATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGAAG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCAAGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTAATCAT-----GGTAGCATGATGAACTTCCTACAATTCCGTACCGTCCAAGAAGCATACGATACACTGAGAGAATTTAGAGTAAA---AACAACAAAATGTTTAGTGTTCAAAGCCACAAAAAAA-CCTTGGTTCAAATGGTAGAAAtgagaacatattttcatgatgtttgtctacccctcgtgaatataggcctatatctatataaaaatggcttttaaaatgtcgttcagtcagtcctctacgttagtaccagttggaaaccataataactctatataacttggactagcatgacagaatgcacatatttcttagataga
gi|6 : AAAGCCTAGATGCAAT-CCGTGATCGGGCCAAAG-GCTGCAATCCCCGAAAGGAACCATTCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GT-GTTTATCCAGGCGCTTGAAAACATTTTCGAAGC-----ATTTGATTTACGATG-ATTATTGTTAGAGGGAAGTTGG-GGGAAGCTTTAATTTCGCGGG---------------A-------------AATGCGATAATCATGGT----T-GCATGATGCCCCTCCTGCAATT--------------AAGCGTACGAAGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAGCAACAAAATTTTCAGTGTGTAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGGTAGAAATTCGTTTATTTGTTCAGGCT-T-TATCTCTCAC--AAAGT--GACTAGGCCC-TGG--------------------------C-CTTTTTTATGGTTTCT--TGTACATATCG--TATGTGCGATTGAATATTTCTTATCATGCATGT----ATAACAACAATAAACATAT-AATATCGAT---------TA-ATATGTATACTTGATGGGAATGTGTTAATTCTCCTTAATA
gi|8 : CAATACCGTTAACAA-CCCAAG-GCTGCAATACCCGAAAAGAAC-ATGCTA-CGTCATT---GATTTTTGCC--GTGTTTCATCCAGACGCTTGCACGCATTTTCGAAGCGTTTCATTTGATTTACGAAATGTTATTCTTAGAGGGACGTTGG-GGGAAACTTTAATTTCGGGGG---------------ATCTGTAACTTCAAAGTGCGCTAATCATGG-A----AGCATGATGACCTTCCCACGATTCCGTACTGTTCAAGAAACATACGATGCACTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATCAAATGtgaggacatattttcattatgtaagtctacctctcgtgaatatatttaaaaagaactggtaaaatgtcgttctgtcagaccttcacgtttgtaccagttgcaaaccatagtaactagtaactctatgtaacttgagctaacatgacggaatgcaaagatttctgaaatagattgat
gi|9 : TTTCCGAAGC-----ATTTGATTTATGAAA-ATTATTGTTAGGGGGAAGTTGGTGGAAAACTTTAATTTCCGGGG---------------ATCTATAACTTCAAAATGCGCTTATCATGGTA-----GCATGATGATCTTGCTACAATTCCGTACTGTTCAAGAAGCATACGATGCAGTGAGAGAATTTGAAGTAAAAACAACAACAAAATTTTCAGTGTTCAAAGCCAC-AAAAAA-CTTTGGATTAAATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GTGTTATCTTGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAAATAGAATGTAATAATTAATAATTTAAGTGACTGACAATAACACAATATGAGGACATATTTTTATTATGTATGTCTACCCTTCGTGAATATAGGGCCTATATTTATTTAAAAATGGCTTGTAAAAAGTCATTCAGTCAGACCTCCACGCTGGTACTCGTTGGAAACCATTGTAACATTATATAACTTGGGCTGACATGACGAAAGTTTTCTGAAATAGATTGACTGATTGAATATTTCGCGTCATTTTTATGCAATCGATGGCTTACAGACGATCATTTAACCCAACAACTATTTGTATATCAAGCGAGGTCCAATGGCTGATTGAATCA