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gi|8 : aacttggtggacagttgggtcttttaaaatgtgagacc-TTGGGTCAAA------AA-T--TA--------AATTACTGGGT--CCA---ACCCAA-C--A------G-TTCGTGAT----C------ACAA-TGA--T-------AT--GT-T-----------------C------A--TTTTAC-ACCTA--ATTATTGGGTTTACTCCC--TG-----CAC-TACTA-AATGA---TTT----T-GA-ACTGTTGGG-TCTAGACC---CAAC--AATCGA--C--TTTCGG-ACCGAAC-Atcaaaattatttagtagtgcagggagtagacccaataattaggtgtaaaatgaacatatcattgtgatcacaaactgttgggttagacccagtaatttaatttttgacccaatactggggcgaaataatatgaatatatataatttatgggtcccaataattgaccaagtttga
gi|7 : ggacagttgggtcttttataaatgtgagaccgtactgttgggtccagagtcgat-TTGGGTCAAA------AA-T--TA--------AATTACTGGGT--CTA---ACCCAA-C--A------G-TTTGTGAT----C------ACAA-TGA--T-------AT--GT-T-----------------C------A--TTTTAC-ACCTA--ATTATTGGGTCTACTCCC--TG-----CAC-TACTA-AATAA---TTT----T-GA-ACTGTTGGG-TCTAGATC---CAAC--AATCAA--C--TTTCGG-ACCCAAC-Atactggggcgaaataatataaatatatatatatatatgggtccgaataattgaccaagtttga
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gi|5 : ggtgaacttagtggagcctttttccagtttgaggttgtattgatgggtcaaaagtcaattaataccagtaggtattTTGTTAGGT--CCA---ACCCAG-C--ATTTGGTG-T------T----C------AAAA-TGA--Taataaaaaaaaaagattattagttgttggggagatccaatataagcaagtataaaatgacttgttgacctaaacctatgctacagtgtccgacctaacaatagcattttttttaactctattcaactattttattatgtatttgtaatacataaaggaccctgaacagcactgaataacttt
gi|13 : acatatatctgaatagttttaaacttggtggaaagttggatcttttatagatgtgagaccgtattgttgggttgaaagttggctgttgggtccaaaactcaaaagttgggtctgcacctaacagttaaaaatcaatttgaggacagagggtagacccaacaataaggtgtaaaatgaaattaacacG--ACCCAA-ATAA------G-TG-----T----CGC----AAAA---A--GTA----A-TG-GT-G------------------------GGGAGGAAA-ACCCA--ATAAACAGATGTA--AAA--TG------ACATATTAGTCTGA---AAG----C-AATACTACAGGG-T-TAAACT---CA----AATATAGCA--TATTTG-ACCCGAT-ACTCT---GTT-----TT----GTATGC--------------AT---ATA---ATATTA---TA--------CAAGAG-CCCAACAGCCATA--TAAC-T---TTTGAGTATATATaatcattttttatccagtgatggggtgatatatgttacccaatatgttaccaagtatgtatatata
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|5 : ACATATATCTG-----AATAGTT--TTAAACTTGGTGGA--A--AG---T-TGGA----TCT--T--TTATAGAT------GTGAGAC-C-GTATTGTTGGGTTGAAAGTTGGCT-------GTTGGG---TCC---A----AA------ACTCAAAAGTTGGGT--CTGCACCTAA-CAGT----TAAA-----A-ATCA---ATTTG----AG-----------GA-CAGAGGGTAG---ACCCA--ACAATAAGGTGTAAAATGAAATTAACACATCATTTTGAACAC-CA-AATGCTGGGTTGGACCTA--ACAAAATC--A--TTTTTTATCCAGT-GATGG---GGTG-----------------------------ATAT---A----TGT----TA-------------CCCAATA---T--G-TT-AC-CAAGTAT--GTATATATcttgttgacctaaacctatgctacagtgtccgacctaacaatagcattttttttaactctattcaactattttattatgtatttgtaatacataaaggaccctgaacagcactgaataacttt
gi|6 : ATTTATAAA-A-----TATAGTT--TTAAACTTGATATA--A--TG---T-AGGG----TCTTCT--TTGTCTAT-------TGGGAC-C-----------GTCGAAGATAGTTT-------GTTGAG---TCT---G----AA------GGTTGA-------------AAACCCAAGCA-T----TCAAAAATCA-ATAA---CTT-G---T-------------TG-C--GGAGTAG---ATAAA--ATAAATAGGCGTTAAGTG-----AACGTAACAATTTGAACACTAA-ACT-TTAGGTCCGACCCAATGCAATC----A--TATTTGACCAAAT-ACTGG---a
gi|7 : atatactattaaagtaaacAACTTGGTGGA--C--AG---T-TGGG----TCT--T--TTA-AAAT------GTGAGAC-C-GAACTGTTGGGTCCAGAGTCGATT-------GTTGGG---TCC---G----AA------AGTTGATTGTTGGAT--CTAGACCCAA-CAGT----TCAA-----A-ATTA---TTTAG---TAG-----------TG-CAGGGAGTAG---ACCCA--ATAATTAGGTGTAAAATG-----AACATATCATTGTGATCAC-AA-ACTGTTGGGTTAGACCCA--GTAATTTA--A--TTTTTGACCCAAT-ACTGG---GGCGAAATA----ATATGA--------------ATAT---A----TATAATTTA--------TGGGTCCCAATA---A--T-TG-AC-CAAGTTTGAttttattgtgtgtgttaaagatgttgactatcctgtgtata
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originalCons : ATATATATATA-----TATAGTT--TTAAACTTGGTGGA--C--AG---T-TGGG----TCT--T--TTATAAAT------GTGAGAC-C-GTACTGTTGGGTCGAAAGTCGATT-------GTTGGG---TCC---G----AA------AGTCGATTGTTGGGT--CTAGACCCAA-CAGT----TCAA-----A-ATNA---TTTAG---TAG-----------TG-CAGGGGGTAG---ACCCA--ATAATTAGGTGTAAAATG-----AACGTATCATTGTGATCAC-GA-ACTGTTGGGTTGGACCCA--GTAATTTA--A--TTTTTGACCCAAT-ACTGG---GGCGAAATA----ATATGA--------------ATAT---A----TATA---TA--------TGGGTCCCAATA---A--T-TG-AC-CAAGTTTGAGTATATAT
finalCons : ATATATATATA-----TATAGTT--TTAAACTTGGTGGAC----AG---T-TGGG----TCT--T--TTATAAAT------GTGAGAC-C-GTACTGTTGGGTCGAAAGTCGATT-------GTTGGG---TCCGAA-------------AGTCGATTGTTGGGT--CTAGACCCAA-CAGT----TCAA-----A-ATNA---TTTAG---TAG-----------TG-CAGGGGGTAG---ACCCA--ATAATTAGGTGTAAAATG-----AACGTATCATTGTGATCAC-GA-ACTGTTGGGTTGGACCCA--GTAATTTA--A--TTTTTGACCCAAT-ACTGG---GGCGAAATA----ATATGA--------------ATAT---A----TATA---TAT--------GGGTCCCAATA---A--T-TG-AC-CAAGTTTGAGTATATAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATGAATTATTATTATTTAAAATTCGATTAGTGGGTCATTTTTAGCATTATTTTGTCAGGTGTTTAATGGTGTATTAGTCAGATACCTGTATTATTGGGTCGGATGCAATCAATAATTGCATTTTTTACTAATATAGTACTGTTTTATTTGTACATATTGGCATACATCATATATAAGGGACCACAAC
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Unaligned ( gi|22 ): TATTAGCTAGAAACCTATTCTACAAGGTCGGATCCAATAATAGCATTTTCAACCAGTACT
Alignments
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Reference ( family-582 ) : ATATATATATA-----TATAGTT--TTAAACTTGGTGGA--C--AG---T-TGGG----TCT--T--TTATAAAT------GTGAGAC-C-GTACTGTTGGGTCGAAAGTCGATT-------GTTGGG---TCC---G----AA------AGTCGATTGTTGGGT--CTAGACCCAA-CAGT----TCAA-----A-ATNA---TTTAG---TAG-----------TG-CAGGGGGTAG---ACCCA--ATAATTAGGTGTAAAATG-----AACGTATCATTGTGATCAC-GA-ACTGTTGGGTTGGACCCA--GTAATTTA--A--TTTTTGACCCAAT-ACTGG---GGCGAAATA----ATATGA--------------ATAT---A----TATA---TA--------TGGGTCCCAATA---A--T-TG-AC-CAAGTTTGAGTATATAT
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