lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 11 222 22222 666666666666666666666666666 11111 111 11111111111111 11 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1111 11111 1 111111 222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999 444444444 1 1 111111111 33333333333333333333 111111111 1111111111111111111 2
lowQualScore : 3 888 8888 2 1 66 1 333 6 33333 22 1 444 1 222 222 777777777777777777777777777 1 1 5 55555 22 22 6 1 3 999 55 1 22 444 1 22 66 2 5 88888888888888 11 444444 1 66 222 1 1 66666666 22 666666666 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 11111 33 33 5555 7777 2 44444 66 6 2 2 77 88888 2 66 666666 66666666 1 1 333 1 88 0 1 4 9999 1 1 333333333333333 22 1 111111111111111111111111111111111111111111111 44444 1 1 66 1 55 22 444444 5555 3 777777777 1 1 77 1 222 222 1 3 3 2 000000000 3333 66666666666666666666 6666666666 111111111 7777777777777777777 2 4 5 3 6
lowQualScore : . ... .... . . .. . ... . ..... .. . ... . ... ... ........................... . . . ..... .. .. . . . ... .. . .. ... . .. .. . . .............. .. ...... . .. ... . . ........ .. ......... ...... ..................................................... .. ..... .. .. .... .... . ..... .. . . . .. ..... . .. ...... ........ . . ... . .. . . . .... . . ............... .. . ............................................. ..... . . .. . .. .. ...... .... . ......... . . .. . ... ... . . . . ......... .... .................... .......... ......... ................... . . . . .
lowQualScore : 1 777 0000 2 7 33 7 333 2 44444 11 6 444 6 888 888 666666666666666666666666666 6 6 2 22222 33 33 4 6 2 222 22 5 11 222 5 11 44 5 8 66666666666666 55 444444 3 66 888 6 6 00000000 22 444444444 000000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 33333 77 77 7777 3333 7 00000 33 1 7 6 99 88888 0 11 111111 33333333 7 7 000 7 88 9 7 5 0000 7 7 777777777777777 33 7 888888888888888888888888888888888888888888888 00000 6 6 55 6 99 33 666666 0000 2 111111111 6 5 11 5 777 777 5 3 8 3 999999999 0000 55555555555555555555 7777777777 222222222 9999999999999999999 0 4 3 3 0
consensus : CGGCAAAA-AC--GTTCTGCA---CACT-TGG-GG-GTA-TTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCA--TAC--GGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---A--A-A---A--A--A-T-AAA--TT-CA-AACTTAACAAACAG----G--C--G-A-A-A-N-A--G-A--ATGAA---A-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAATC--TTAT-G-CAAATGTA-NA------CAGGGGTCATC-GGTC---A-A-AAATG--------GCC--AAAATA---------CA----G-GT----AT---A-----N-AAT--A-TAGNCAA------G----TT--C--TA--A--CAC-----CA--AG-GTGG----A---TAC-A-C---ACA--TTATTG-ACAG-AAATAN--TGT-AT-TTT-----GGC--------CATTT-T-T---G-A-CCGGTG-ACCCCTGTNTA--C-T-T-TG------N-TAATGG-A--TTA-CTAATGAA-------C-------TA--------G--------TGAAT------T-----T-T-CATTCT-NT-TTTCG-CCTG--TTTGTTAA------GTT----TG-A--TA--TT-T-TGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AGT---------G---------TGC-AGAAC-TTTT-TTG-CCGAGTA
Reference ( gi|2 ) : CGGCAAAA-AC--GTTCTGCT---CACT-TGG-GG-GTA-TTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCT--TAC--GGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---A--A-A---A--A--A-T-GAAATTT-CA-AATTTAACAAACAT----G--C--G-A-A-A-C-A--G-A--ATGAA---A-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATC--TTAT-G-CACATGTA-CA------CAGGGGTCATC-GGTC---A-A-AAATG--------GCT--AAAATA---------CA----G-GT----AT---A-----A-AAT--A-TAGCCAA----GTG----TT--T--TGC-A--CAC-----CA--AG-GTGG----A---AAC-A-G---ACA--TTCTTG-ATAA-AAATAA--TGT-AC-TTA-----GGC--------CATTT-T-T---G-A-TTGGTG-ACCCCTGTCTA--C-T-T-TG------T-TAGTGA-A--TTA-CTAATGAA-------G-------TA--------G--------T----------T-----T-T-CATTCT-GT-TTTCA-CCTA--TTTGTTAA------GTT----TG-A-TTA--TT-T-TGTT-TATTATG-GT-A---TA---T-AAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AGT---------G---------TGC-AGAAC-TTTTATTG-CCGAATA
gi|4 : CGGCAAAA-AT--GTT--GATAAACATC-TGG-GG-TAA-TTGG-GTTATGAAATGAAA---------CT---------ATAT-----A-TAT---A-----------A---A--A-A---A--A--A-TCAAAAGTT-AA-AATTTATCAAACAG----G--C--G-A-A-AAC-A--G-A--ATAAT---A-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATC--TTAT-G-CAAATGTA-TA------CAGGGGTCA----------------ATG--------GCT--TAACTA---------CA----G-GT----G----A-----A-GAC--AATAGTTGA----CAA----TT--CAATA--A--CAC-----CA--AG-GTGG----A---TAC-A-C---ACA--TTATTG-ACAG-AAATAC--TGC-AA-TTT-----GGA--------TATTT-T-----A-A-CTGGTG-GCCTCTGTCTA--C-T-T-TA------A-TAATGG-G--TTA-CTATTAAA-------C-------TA--------G--------TGAATGGAT--T-----T-T-AATTCTCGT-TTTTA-C-TA--TTTGTTAA------GTT----TG-A-TT----T-T-TGTT-TATTATG-CG-A---TA---T-AAAATATATCCGTACGGAAT-AAGTTTTTATTTTAAAACCCAAATA----C----------C---------CC----------A---------AAT---------G---------TGC-AGAAC-CTTT
gi|3 : tCGGCAAAA-AT--GTTCAGCA---CATT-TGG-GA------------TATAGAATGAAAATTGTATGTCT--TA---GGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---AT-A-A---A--C--A-T-TAA---T-CA-AATTTAACAAGCAG----G--C--A-A-AGA-T-A--G-A--ATGAG---A-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTC--TTAT-G-CACATCTA-TA------CACGGGTCATC-AGCC---A-A-AACTG--------ACT--AAAATA---------CA----G-GTGA--AT---A-----C-AAT--AATTGACAA------------T--T--TA--A--TAC-----CACTAGTATGG----A---TAC-ACG---A-G--TTATTT-ACAG-AAATAC--TGTTAT-TT------GGC--------AAGTT-T-T---G-G-TT--TG-AT-------TA--C-T-T-TG------A-TAATAA-AAATTA-ATAATGAA-------C-------TA--------G--------TAAATCGGG--T-----T-T-TATTCT-CT-TAACG-CCAA--TTTGTTT-------GTT----TG-A-AT---TT-T-TGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A----------------------------C----------A---------AAT---------G---------TGC-AGAAC-ATTT-TTG-
gi|17 : tatactCGGCAAAA-AC--GTTCTACA---CACT-TTT-AT-GTA-CTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCA--TAC--GGATATATTTTA-TAT---AT-C---A---TA---AT-A-A---AC-A--A-T-AA---TT-CA-ACCTTAACAAACAG----G--C--G-A-A-A---A--G-A----GAAT--A-AT--C-TATACATTAGTTCATT------------T-A-CACATGTA-TA------CAGGAGTCATC-GGTC---A-A-AAATT--------GTTCAAAAAT
gi|10 : CGGTAAAATAA--GTTCTTCA---TACT-TGG-AA--TA-TTTGGGTTATAAAAT--AAACTGTATTTTA--TAC--AGATATGCGTTA-TAT---AT-C---A----A---A--A-C---A--A--A-C------------AACTGAACAAATAT----G--C--G-A-A-ATC-A--A-A--ATTAA---A-AC--C-CATTCACTGGTTCATTAATA-----TTAT---CAAA-GTA-AA------CATTTGTTTCC-AGTC---A-A-AATAG--------GTA--AAAATA---------C-----G-GT----AT---tgttttttgtttatgatg
gi|11 : tcacttgttcattagttatcttgtgtatatgtaaacagagatcatggctacaatacacgtgaatacaataattgagaattcaaagtggagacacacattattgacaaaaCGGCAAAA-ATATGTTCTGCG---CACT-TGG-GG--CA-TTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCA--TAT--TGATATGCTTTA-TAT---AT-G---A---TACCCA--A-T---A--A-----------TT-CA-AACTTAACAAACAA----G--C--G-A-A-A---A--G-ATAATGAA---A-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-----------------A-TA------CAGGGGACTTC-GGTC---A-A-AAATT--------GCT--AAAATA---------CA----G-GT---------------A-AAT--A-CA-CTAA----TTGACAATT--C--CATAA--CAC-----CG--AT-GCGG----A---TAC-A-C---ACA--CTATTA-ACAT-AAagt
gi|14 : tCGGCAAAA-A---GTTCT--C---CACT-TTTTGG-ATA-TTTGAACTATAAAATGAAAACTGTA---CT--TAC--GGATATTTTTTA-TAT---AT-A---A---T----A--A-T---A--A--A-C-AAAAGTT-CA-ACCTTAACAAAATT----GATT--G-A-A-A-T-AC-A-A--ATGAATTCA-A-----TATTTGACAATTTAATA--AATA--TTATAA-TACGTGTA-TA------TAGcattggtcaatgttttt
gi|23 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaaCGACAAAT-GG--GTTCTGCA---CACT-CGG-AT--TA-TTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTA--TAC--GGGTATGTagtat
gi|28 : aggtatttggtaaattatcctCGGCAAAA-ACT-GTTCTG-----CACTGTAG-GG-GCA-TTTGGGTTATACAATagtgt
gi|27 : ctCGGCAAAA-A---GTTTTGCA---CACT-T-G-CG-ATA-TTTGGGTTAGAAACTGatagat
gi|18 : atacGCAACA-ACA-GTTCTGCA---CACT-TGG-GA-GTA-TTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCA--TAC--AGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---A--T-A---A--ACCA-T-AA---TT-CA-AACTTAACAAACAG----G--CTAA-A-A-A-G-A--G-A--ATGAA---A-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATC--TTAT-G-TAAGTTTA-TA------CAGGGGattgta
gi|3 : aCAAAA-AT--GTTCTGCA---CATT-TG------------------TA---TGAAAGCTGTTTTTCA--TAC--AGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---A--T-A---A--A----C-AAAAATT-CA-AACA-AACAAATTG----G--C--G-TTA-A-G-A--G-A--ATAAA---A-CC--C-GATTTACTAGTTCATTATTAATT--TT-------TAT-TATCA------AAGTAATCA---AACC---A-A-AACTT--------GCC--AAATAA---------CA----G--T----AT---TTCTGTA-AAT--A--ACTC------GTG----TA--T--C-C-A--TAC-----TA-----GTGGTATTA---AAT-T-G---TCAA-TTATTGTAT------TCACCTGT-AT-TTT-----AGT--------CAGTT-T-T---G-G-CTGATG-ACCCGTGTATA--G-A-T--G------T-GCATAAGA--CTA-CTAATGAA-------C-------TA--------G--------TGAATGGAT--T-----C-T-CATTCT-AT-CTTTG-CCTG--CTTGTTAA------ATT----TG-A-TTA-----A-TGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCC-TAAGACATACAATTTTCATTCT---------ATA----T----------C---------CC----------A---------AAT---------G---------TGC-TGAAC-ATTT-TTG-CCGAGTA
gi|21 : taCAAAA-AA--GTTCTACA---CACT-TGG-GG--TG-TTTGCGCTA-AAAATGAAAACTTTATTTTA--TAC--GGATATATTTTA-TAT---AT-C---A---TA---ATTA-ACACA--A--ATT-CAAACTT-TA-AG-TTAACTAATAG----G--C--GAA-A-A-C-A--G-A--ATAAA---A-AT--
gi|4 : aacgaAA-AG--GTTCTGCA---CATT-TGG-GG--TA-TTTGGGTTTTAAAATAAAAACT-TATTCCG--TAC--GGATATATTTTA-TAT---CG-C---A---TA---A--T-A---A--A--C-A-AAAA--T-CA-AACTTAACAAATAG----T--A--A-A-A-A-CGA--G-A--ATTAA---A-AT--C-CATTCACTAGTTTAATAGTAACCCATTAT---TAAA-GTA-GA------CAGAGGCCACC-AGTT-----A-AAATA--------TCC--AAATTG---------CA------GT----AT---ttcgagtg
gi|5 : tcggcaaaaatgttgataaacatctggggtaattgggttatgaaatgaaactatatatataaaaaaaatcaaaagttaaaatttatcaaacaggcgaaaacagaataataattcattcactagttcatttgtaatcttatgcaaatgtatacaggggtcaatggcttaactacaggtgaagacaatagttgacaattcaataacaccaaggtggatacacacattattgacagaa--GTTCTGCC---TACT-TGG-GG-TAA-TT-GTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGT--TAC--GGATATGCTCTAATAT---AT-C---A---TA---A--T-A---AGTA--A-T-AA---TT-CA-AACTTAACAAACAG----G--T--G-A-A-A---A--C-A--ATGAA---A-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATC--TTAT-G-CACATGTA-CA---------------TC-GGTC---A-A-CAATG--------GAT--AAAGTA---------AA----G-GTGAATAT---A-----ATAATTGA-CAACCCA----GTA---------------A--CAC-----CA--AT-GTGG----A---CAC-A-C---ACA--CTATTG-ACAG-AAATAC--TGT-AT-TTT-----GGC--------CATTT-T-T---G-A-CTGGTG-ACTCCCGTCTT--C-T-T-TG------A-TAATGG-A--TGA-CTAACAAA-------C-------TA--------G--------TGAATGGA---T-----T-TAAATTCT-CT-TTTCG-CCTA--T---TTAA-----------------------------ATT-TATCATA-AC-A---TA---T-AAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATA----A----------C---------
gi|13 : ttct--GTTCTGCA---AACG-TGG-GG--TA-TTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCA--TAC--GGCTATGTTGTA-TAT---AT-CGTTA---TA---T--A-A---C--A--A-T-AA---TT-CA-ATCTTAACAAATA-----------------A-G-A--G-A--ATGAA---ATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATC--CATT-G-TAAAAGTA-GA------CAGGGGACATC-GGTC---A-G-AAATG--------GCT--TAAATA---------CA----G-GTGA--AT---T-----C-AATC-A-TTGACAA-----------TT--C--CATAA--CAC-----CA--AG-GTGG----A---TAC-A-C---ACA--TTAACG-ACAG-AAATa
gi|19 : --GTTCTGCA---CACT-TGA-GATGTT-TTGG-ATTAT-AAATG-AAACCTTA-AGCTCATAC--AAATGCATTTTG-TAG---AC-C---A---TA---T--A-A---A--A--------------CA-TAT-------ACAC----G-----A-A-A-A-T-A--G-A--AAATA---A-AT--T-CATTTA-TAATTCGTT-GT-------------CA-ATGTA-AG------TAGTGTTCACT-AGTA---A-A-AAATG--------ACC--AAAGTA---------
gi|1 : tgaaaTTATGCA---TACT-TAG-AG-TTT-TCGGC--TATGAAATGAAAACTGCATTCAA--TAC--AGATAT---TTA-TAC---AT-C---A---TA---AT-A-A---AC-A--A-C---AATTCACA-AAA--AATAAACATATAGG--C--G-A-ACA-C-A--G-A--ATGAA---A-AT--C-CATTCAATAGTCCATTAGTAATCCATTAT---CAAA-GCA-GA------CAGGGGTCACC-AGTC---ACA-AAATG--------GCC--AAAATA---------CA------GT----AT------------TT--A-T-GTCAATAACGTG-----------TGC-ATCCACCTTGTCA--A---TGA----ATTTAAT---G---A-A--TTTTCA-ATTA-CTAT-A--TTC-AC-CTATTTTTAGC--------CATTT-T-T---T-A-CCAATG-ACCCCTGTAAG--CAT-G-TG------TATAAC---A--TTA-CTAATGAA-------C-------TA--------A--------TGAA-------TGGATGT-T-CATTCT-CT-TTACG-CCTG--GTTGTTTA------GTT----TG-AGTTA-----T-TGTT-TAATATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCCGTGTAAAACACGGTTTTTATTTC---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AATACCCCATACG---------TGC-AGACC-Ttgt
gi|25 : atactctgcTCTGCA---CACT-TGG-GG--TA-TTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCA--TAC--ATATAGGTCTTA-TAT---GT-C---A---TATC-A--A-A---C--A--A-T-AA---TT-CA-AACT
gi|1 : G-GG-GTA-TTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTT--T--TACACGGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TATT-A--A-A---C--A--A-T-AA---CT-CA-AACTAAACAACCAG----G--C--GTA-A-A-G-A--G-A--ATGAA---C-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATG--TTAT-A-CACATGCT-TA------CAGGGGTCATT-GGTA---A-A-AAATG--------GCT--AAAA-A---------TA----G-GT---------------G-AAT--A-TAG-TAA----TTGAAAATTCAT--TAA-ATTCATTGA--CA--AG-GTGG----A---TGC-A-C---ACG--TTATTG-ACAT-AAATAC--TGT-AT-TTT-----GGC--------CATTT-TGT---G-A-CTGGTG-ACCCCTGTCTG--C-T-T-TG------A-TAATGG-A--TTA-CTAATGGA-------C-------TATTGAATGGA--------T----------T-----T-T-CATTCT-GT-GTTCG-CCTA--TATGTTTA------TTTTTTGTG-A---A--TTGT-TGTT-TATTATG-AT-G---TA---T-AA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATA----G----------CCGAAAACT-CT----------A---------AGT---------A---------TGC-ATAA
gi|12 : atactctgcaggtctgcacgtatG-GG-ATA-TTTGGGTTATGACATGAAAACTGTACTTCA--TAT--GGATATGTTTTA--A----AT-T---A---TA---T--A-A---T--A--A-T-AAA---T-AA-AAATTAACAAACAG----T--C--GGA-A-A-C-A--G-A--ATGAA---A-AT--C-CATTCACTAGTCCATTAGTTATCCGTTAT---CAAA-GTA-GA------CAGGGGTCACCAGGCC---A-A-AAATG--------GCC--AAAATA---------CA----T-GT----
gi|6 : attgagtaaaatacaggtgaatactataattaacaattcaataacaccaaggtggatacacccgttattgacagaaG-GG-GTAATTGG-GTTATAAAATGAAAACTGCATTTCA--TAT--GGGTATGTTTTT-CAT---AC-C---A---CA---A--T-A---ACCA--A-T-AA---TT-CT-AACTTAACA-----------------A-A-A---A--G-A--AAGAG---A-AT--G-AA------AATCCATTCATAAGT--TCAT---------TA--------------GTAATC---TT---A------T----------CC--AATATA---------CA----G-G----------A-----G-AAT--A-CAATAAT----GCA----AT--T------A--CAC-----CA--AG-GTCG----A---TAC-A-C---ACA--CT---------------A--TGC-GCATTA-------------------TT-T-T---G-A-ATAGTG-ACCC-TGTCTA--A-T-T-TG------A-TAATGG-A--TTA-CTAATGAA-------C-------GA--------G--------TGAATGGAT--T-----T-T-CCTTCT-AT-TTTCG-CTTG--TATGTTAA------GTT----TG-A---A--TT-T-TGTT-TACAATG-AT-A---TA---T-AAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT----------------A----------C---------CC----------A---------Aa
gi|16 : t-GG-ATA-TTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCA--TAC--GGATATGTTTTA-TAA---A------A---T----T--A-A---C--A--A-T-AA---TT-CA-AACTT-ACAAACAG----G--C--G-A-A-AGC-A--G-A--AAGGA---A-AT--C-CATTCagaatgc
gi|24 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactca-GG-GTT-TTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTTTTTTA--TAC--GGATATGGTTCA-TAT---AT-C---A---TA---AC-A-A---A--C--A-A-AAAA--T-CA-AATTGAACAAAgagaattcagagcatc
gi|8 : aaa-TTAAAGTTGTATAATGTAAATTGCAGTTCA--AAC--GGATATGTTTTA-TAT---AT-C---A---TA---AT-A-A---AC-A--A-T-AA---TT-CA-CACTTAACACATAG----G--C--A-A-A-A-A-ATGG-A--ATTAA---A-GT--C-TAaaaat
gi|5 : aaatacgttatttttgccattattgtctgatgacccctactGTTATAAAATGAAATATGTGTTTCA--TAC--GGATAGGTTTTA-TAT---GT-T---A---TG---A--------------------------TA-AATTTAA---ATAG----G--C--G-A-A-A-AGA--G-A--ATTTA---A-AT--C-CATTCACTAGTTTGTTAGTCATCCATTAT---CAAA-GAA-GA------CGGGAGTCACC-AGTC---A-A-AAATG--------GCC--AAAATA---------CA------GT----AT---ataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
gi|9 : ttctGTTATAAAATGAAAGTTTTATTTCA--TAC--AGATACGTTCTA-TATT--ATAT---A---TA---AT-A-A---A--C--A-T-AAA--CT-CATAACTGAACAAATAG----G--C--A-A-A-AAC-A--G-A--ATGAA---A-AT-------TCATT----CACTAGTAATCCATTAT---CAAA-GTA-GG------AAGAAGTCACC-AGTC---A-A-AAAAG--------GCC--AAAATA---------CA------GT----AT---ttctgtcaatagtgtgtgtgtccacattggtgttactgggttgtcaattattatattcacctttactttatccattgttgaccgatgtacatgtgcataagattactaataaactaatgaatgaattttcattgttttcacctgtttgttaagtttgaattattacttattatgatatattagagcatatccgtaacaaatacaattttcgtattataacacaattaccccaagtaggcagaaca
gi|6 : gcgaaaagggaatgaaaataattaatcattttttcattagtaatcttatgtacatgtatagagaagtcatcggtcaaaaatacctaaaatacacatgagtacaataattgacaattcaataacaaggtggatacacacattaatgacagaaTAAAATGAAAAGAGTATTCCA--TAC--AGATAGGTTTTA-TAT---AT-C---ATTGTA---A--ACA---A--A--A--------TT-CA-AACTTAACATACAA----G--C--GAA-A-A-T-A--G-A--AGGAA---A-AT--C-CATTCACTCGTTCATTAGTAATCCATTAT---CAAAT-TA-GA------CA-GGGTCACT-ATTC---A-A-AAccaactatc
gi|7 : tggggtaattgggttataaaatgaaaactgcatttcatatgggtatgtttttcataccacaataaccaataattctaacttaacaaaaagaaagagaatgaaaatccattcataagttcattagtaatcttatccaatatacaggagaatacaataatgcaattacaccaaggtcgatacacacactatgcgcattaCTGTATTTCA--AAT--GAACATATTTCA-TATCTTAT-T---A---TA---A--A-C---A--A--A-----AATT--CA-AACTTAACAAATAT----A--C--G-A-A-A-A-AA-G-A--ATGAA---A--T--C-CATTCACCAATTCATTAGTAATC---CAT-GATAAAGGTA-GA------CAGGTGTCATC---TCCCAA-A-AAATG--------GCC--AAAATA---------cccaaagaatgc
gi|9 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgc----G--C--G-A-A-A-A-G--GGA--ATGAA---A-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATC--TTAT-G-TACATGTA-TA------GAGAAGTCATC-GGTC---A-A-AAATA--------CCT--AAAATA---------CACATGA-GT----AC---A-----A-TA---A-TTGACAA---------------T--TCA-A--TAA-----CA--AG-GTGG----A---TAC-A-C---ACA--TTAATG-ACAG-AAATAC--TGT-AT-TTT-----GGC--------CTTTT-T-T---G-A-CTGGTG-ACTTCTTCCTA--C-T-T-TG------A-TAATGG-A--TTA-CTAGTGAA-------T-------GA--------A--------T----------T-----T-T-CATTCT-GT-TTTTG-CCTA--TTTGTTCA------GTTA---TG-A-GT---TT-A-TGTT-TATTATATATAA---TA---T-AGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------Aagtttttctatcaatattgcctataaccacgttggtgttattgaattgtcaattattgtattcacccggcgagcgtctattttagctatttttgaccaatgacccctgtaaacatgtgcatatgattactaacgaatggattttcattttctttttgcct
gi|7 : -A-A-A-G-A--A-A--ATGAA---A-AT--C-CATTCGTTA--------GTAATC--ATAT-G-CACATGTT-TA------CAGGGGTCATT-GGTC---A-A-AAATA--------GCT--AAAATAGACGCTCGCCG----G-GTGA--AT---A-----C-AAT--AATTGACAA-----------TT--CAATA--A--CAC-----CA--AC-GTGG----T---TAT-A-G---GCA--ATATTG-ATAG-AAA-AA--CTT-AT-TTT-----GGC--------CATTT-T-TTGGG-A---GATG-ACACCTGTCTA--CCT-T-TA------T-CA-TGG-A--TTA-CTAATGAA-------T-------TG--------G--------TGAATGGA---T-----T-T-CATTCT-TT-TTTCG-TATA--TTTGTTAA------GTT----TG-A-AT---TT-T-TGTT-TATAATA-AG-A---TA---T-GAAATATGTTCATTTGAAATACAGctatc
gi|15 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgc--G-A--ATGAA---A-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATC--TTAT-G-CACATGTA-CATGTATACAGGGGT------------A-A-AAATG--------GCT--AAAATA---------AA----GTGA----ATTCCA-----A-AACTGA-CAATCAA------------------TA--A--CAC-----CA--AG-CCGG----A---TACTA-GTACACACCTTATTG--TAAGAAATAC--TGT-AT-TTT-----GGC--------CATTTCT-T---G-A-CTGGTG-ACCCTTGCCTA--C-T-T-TG------A-TAATGA-A--TTA-CTAATGAttgcct
gi|10 : TCACTTGTTCATTAGTTATC--TTGT-G-TATATGTA-AA------CAGAGATCAT-----------------G--------GCT--ACAATA---------CA----C-GTGA--AT---A-----C-AAT--A---ATTGA----GAA----TT--------------------CA--AA-GTGG----A---GAC-A-C---ACA--TTATTG-ACAA-AAATAC--CGT-AT-TTT-----TAC--------CTATT-T-T---G-A-CTGGAA-ACAAATGTTTA--C-T-T-TGATAATAT-TAATGA------A-CCAGTGAA-------T-------GG--------G--------T----------T-----T-T-AATTTT-GA-TTTCG-CATA--TTTGTTCA------G-T----TG---------T-T-TGTT-T----TG-AT-A---TA---T-AACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATA----A----------CCCAAATATTCC----------A---------AGT---------A---------TGA-AGAAC-TTATTTTA-CCGAG
gi|15 : TCATTAGTAATTCATTAT---CAAA-GTA-GG------CAAGGGTCACC-AGTC---A-AGAAATG--------GCC--AAAATA---------CA------GT----AT---
gi|22 : gaatgaaactccattataagttcataagttatcttatgcacatgtacatgtatacaggggtaaaaatggctaaaataaagtgaattccaaaactgacaatcaataacaccaagccggatactagtacacaccttattgtaagaaGTAATCCATTAT---CAAAT-CA-AA------CGGAGGTCATC-TGTC---A-A-AAATAAAACAATTGCC--AAAATA---------CA----
gi|8 : aaatacaggtgaatacaattattgacaattcaataacacaatggtggatacacacattattgacataaaaaAGGGGTCATC-AGAC---A-A-TAATG--------GCA--AAAATA----------A----C-GT----AT---
gi|12 : aaT--AAAATA---------CA----G-GT----GA---A-----T-ACT--A-TAATTAA----CAA----TT--CAATA--A--CAC-----CA--AG-GTGG----A---TAC-A-C---CCG--TTATTG-ACAG-AAAC-A--TGT-AT-TTT-----GGC--------CATTT-T-T---G-GCCTGGTG-ACCCCTGTCTA--C-T-T-TG------A-TAACGG-A--TAA-CTAATGGA-------C-------TA--------GTGAATGGAT----------T-----T-T-CATTCT-GT-TTCCG-ACTG--TTTGTTAA-------T---------------TT-T-TATT-TATTATT-AT-A---TAATTT-AAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AAT---------A---------Tacttagactttaattccattttttgcctatgtgttaagtgtgaattattgtttattatgatatataaaacatatccgtttgaactgcaatttacattatacaactttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
gi|22 : attgagAAATA---------CA----G-GTGA--AT---A-----C-AATT-A-TTGACAA-----------TT--CAATA--A--CAC-----AA--TG-GTGG----A---TAC-A-C---ACA--TTATTG-ACAT-AAA-AA--TGT-AT-TTT-----GGCAATTGTTTTATTT-T-T---G-A-CAGATG-ACCTCCGTTTG--A-T-T-TG------A-TAATGG-A--TTA-Cccca
gi|17 : AA-AAACAA--TTT----TTG-----AAC--------AATTT-T-T---G-A-CCGATG-ACTCCTGTATA--CAT-G-TG------T-AAATGA-A------CTAATGTA---------------TA--------G--------A----------T-----T----ATTCT-CT-TTTCG-CCTG--TTTGTTAA------GGT----TG-A---A--TTAT-TGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAATATATCCGTATGGAATACACTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CCAAGTACATAAA---------AGT---------G---------TGT-AGAAC-GTTT-TTG-CCG
gi|4 : --TGT-AG-TTA-----AGC--------CATT-----------------G-ACCCCTGTATA--CAT-T-TGCA----T-AAG----A--TTA-CAAATGAA-------C-------TA--------G--------TGAATGAA---T-----TAT-TATTCT-GT-TTTCG-CCTG--TTTGATAA------ATT---------TTAACTT-T-TGAT-TTTTTT---T-A---TA---T----ATATA---G-------------TTTCATTTC---------ATA----A----------C---------CC----------A---------Atgtttatgatg
gi|13 : tcggcaaaaatgttgataaacatctggggtaa--TGT-AT-TTA-----AGC--------CATTT-C-T---G-A-CCGATG-TCCCCTGTCTA--C-T-T-TT------A-CAATGG-A--TTA-CTAATGAA-------C-------TA--------A--------TGAATGCAATAT-----T-T-CATTCT----------CTTA--TTTGTTAA------GAT----TGAA-TTA-----T-TGTTATATAACG-AT-A---TA---T-ACAACATAGCCGTATGGAA-----TTTTCATTAT---------GTA----ACGCAAATAC-C---------CC----------A---------CGT---------T---------TGC-AGAAC-ggtgaagacaatagttgacaattcaataacaccaaggtggatacacacattattgacagaaatactgcaatttggatattttaactggtggcctctgtctactttaataatgggttactattaaactagtgaatggattttaattctcgtttttactatttgttaagtttgatttttgtttattatgcgatataaaatatatccgtacggaataagtttttattttaaaacccaaataccccaaatgtgcagaaccttt
gi|11 : --TGT-AT-TTT-----AGC--------AATTT-T-T---G-A-CCGAAG-TCCCCTGTATA----T-T-AC------T-TA-TGA-A--CTAATTAATGGA----------------------------------T----------T-----T-T-CATTAT-CT-TTTCG-CTTG--TTTGTTAA------GTT----TGAA-TTA-----T-TGGG-TATCA----T-A---TA---T-AAAGCATATCAATATGAAATA-------CATTTT---------ATA----AACCAAATGC-C---------CC----------A---------AGT---------G---------CGC-AGAACATATTTTTG-CCGAggtgaattcaatcattgacaattccataacaccaaggtggatacacacattaacgacagaaat
gi|5 : T-AC-TTT-----ATC--------CATTG-T-T---G-A-CCGATGTACATGTGCATA--A-GAT-TA------C-TAATAA-A------CTAATGAA-------T-------GA--------A--------T----------T-----T-T-CATT---GT-TTTCA-CCTG--TTTGTTAA------GTT----TG-A---A--TTAT-TACT-TATTATG-AT-A---TA---TTAGAGCATATCCGTAACAAATACAATTTTCGTATT---------ATA----A----------CACAATTACCCC----------A---------AGT---------A---------GGC-AGAAC-ggtaaatacactaattgacaattccataacaccgatgcggatacacacactattaacataacattggtcaatgttttt
gi|7 : ttctgttataaaatgaaatatgtgtttcatacggataggttttatatgttatgataaatttaaataggcgaaaagagaatttaaatccattcactagtttgttagtcatccattatcaaagaagacgggagtcaccagtcaaaaatggccaaaatacagtatttctgtcaatagtgtgtgtgtccacattggtgttactgggttgtcaattattatattcaccttT-AT-TTT-----AGC--------TATTT-T-T---G-A-CCAATG-ACCCCTGTAAA--CAT-G-TG------CATA-TG--A--TTA-CTAACGAA---------------TG--------GA-------T----------T-----T-T-CATTTT-CT-TTTTG-CCTa
gi|19 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcctgtatttcaaatgaacatatttcatatcttattataaacaaaaattcaaacttaacaaatatacgaaaaaagaatgaaatccattcaccaattcattagtaatccatgataaaggtagacaggtgtcatctcccaaaaaatggccaaaataagtttttctatcaatattgcctataaccacgttggtgttattgaattgtcaattattgtattcacccggcgagcgtcT-AC-TTT-----GGT--------CATTT-T-T---T-A-CTAGTG-AACACTACTTA--C-A-T-TG------A-CAACGA-A--TTA-TAAATGAA-------T-------TT--------A--------T----------T-----T-T-C----T-AT-TTTCG-TGTA--TATGTT---------------------------------T-TAT-ATG-GT-C---TA---C-AAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATA----ATCCAAAACATC---------TC----------A---------AGT---------G---------TGC-AGAAC-T
gi|9 : tgaaa-TTA-----GGT---------ATTT-T-T---G-A-CCGATG-ACTTCTCTATA--C-A-T--G------T-ACATAAGA--TTA-CTAATGAA-------AAAATGATTAATT-----A--------T----------T-----T-T-CATTCC-CT-TTTCG-Cgt
gi|8 : GC--------CATTA-T-T---G-T-CTGATG-ACCCCT----A--C-T-T------------AG---------A-CT--TTAA---------------------------------------------T-----T-C-CATT------TTTTG-CCTA--TGTGTTAA------GTG----TG-A---A--TTAT-TGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACA----A----------C---------aatacacatgagtacaataattgacaattcaataacaaggtggatacacacattaatgacagaaatactgtattttggccttttttgactggtgacttcttcctactttgataatggattactagtgaatgaattttcattctgtttttgcctatttgttcagttatgagtttatgtttattatatataatatagaacgtatctgtatgaaataaaactttcattttataacccaactatc
gi|6 : aaatacgttattttt--------CATTA-T-T---GTA-TT------CTCCTGTATA----T-T-GG------A-TAA--G-A--TTA-CTAATGAACTTATGAA-------TG--------GA-------T----------T-----T-T-CATTCT-CT-TT-----CTT--TTTGTTAA------GTT----AG-A---A--TTAT-TGGT-TATTGTG-GT-A---TG---A-AAAACATACCCATATGAAATGCAGTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
gi|18 : tggggtaaCCCCTGTATAAAC-T-TACA------T-AAG----A--TTA-CTAATGAA-------C-------TA--------A--------TAAATGGAT--T-----T-T-CATTCT-CT-TTTTAGCCTG--TTTGTTAA------GTT----TG-A---A--TTAT-GGTT-TATTATG-AT-A---TA---T-AAAACATATCTGTATGAAATACAATTTTTATTTT---------ATATCCCAAATACT----C---------CC----------A---------AGT---------G---------TGC-AGAAC-TGTTGTTG-Ccaattacaccaaggtcgatacacacactatgcgcattattttgaatagtgaccctgtctaatttgataatggattactaatgaacgagtgaatggattttccttctattttcgcttgtatgttaagtttgaattttgtttacaatgatatataaaacctatctgtatggaatactcttttcattttacccaaagaatgc
gi|21 : aA--------A--------T----------T-----T-T-TATTCT-GT-TTTCG-CCTA--TTAGTTAACTTAAAGTT----TG-A---A--TT-TGTGTT-AATTATG-AT-A---TA---T-AAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACA----C----------C---------CC----------A---------AGT---------G---------TGT-AGAAC-TTTT-TTGTTCGAG
gi|16 : aacg--------T----------T-----T-C-CTTTCT-GC-TTTCG-CCTG--TTTGT-AA------GTT----TG-A---A--TTAT-TGTT-AATT-----T-----TA---T-AAAACATATCCGTATGGAATGCAGTTTTCATGTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AAT---------A---------TCCGAGAAT-Tg
gi|14 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcagaatgga-----T-T-CATT-T-GTATTTCA-ATCAATTTTGTTAA------GGT----TG-A---AC-TT-T-TGTT-TATTATT-AT-A---TA---T-AAAAAATATCCGTAAG---TACAGTTTTCATTTT---------ATA----G----------T---------TC----------A---------AATATCCAAAAAG---------TGG-AGAAC-TTT--TTG-CCGAGTAcagagcatc
gi|24 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatatttattaaattgtcaaatattgaaA--TTTGTTCA------ATT----TG-A-TT---TT-T-TGTT-TGTTATG-AT-A---TA---T-GAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------At
gi|25 : aaA------GTT----TG-A---A--TTAT-TGTT-TGATATG-AC-A---TA---T-AAGACCTATATGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATA----ACTGAAATAC-C---------CC----------A---------AGT---------G---------TGC-AGAaaacccaaaat
gi|23 : -TATT-TG-GT-AAATTA---T-CCTACATACCCGTATAAAATACAGTTTTCATTTT---------ATA----A----------C---------CC----------AAATAATCCGAGT---------G---------TGC-AGAAC-CCAT-TTG-TCGAG
gi|28 : aggATTGT---------ATA----A----------C---------CC----------A---------AAT---------GCCCCTACAGTGC-AGAAC-AGTTTTTG-CCGAgt
gi|29 : cTTT---------ATA----A----------A---------CC----------ATATACAC--AGT---------G---------TAC-AGAACTTTTTTTTG-CCAAGTAatagat
gi|27 : ta---------ATA----T----------C---------GC----------A---------AGT---------G---------TGC-AAAAC-TTT--TTG-CCGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG
Unaligned ( gi|26 ): ATAAACATTAATTCAAACTTAAAAAACAGGCGAAATGCAACTAAAAATCCATTCATATTCAGAGTAGTTATATTCATAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111111 222222222 111 1111111 111111111 777777777777777777777777777777777 11111111 33333333333333 3333333333333333333 333333333333333333333333333333333 1111111 111111111
lowQualScore : 555 3 3 7 1 3 0 555 444444444 222222222 6666 2 555 2 2 2 33 2 7 6666666 3 0 2 3 5 111111111 2 111111111111111111111111111111111 2 555 555 33 2 6666 33 4 00000000 2 2 2 555 99 2 2 33 33 33 2 33333333333333 2 2 2 33 6 0 2 0000000000000000000 5 5 0 2 2 444 000000000000000000000000000000000 0000000 666666666 999 5 5 6
lowQualScore : ... . . . . . . ... ......... ......... .... . ... . . . .. . . ....... . . . . . ......... . ................................. . ... ... .. . .... .. . ........ . . . ... .. . . .. .. .. . .............. . . . .. . . . ................... . . . . . ... ................................. ....... ......... ... . . .
lowQualScore : 999 1 1 1 4 3 4 888 333333333 222222222 6666 9 222 7 7 7 77 7 3 6666666 8 5 1 1 5 444444444 9 333333333333333333333333333333333 9 000 000 99 9 1111 99 0 44444444 9 9 9 000 66 0 0 99 99 99 1 66666666666666 9 9 0 99 8 9 4 3333333333333333333 3 3 3 7 7 777 999999999999999999999999999999999 0000000 000000000 111 7 7 7
consensus : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AA-A-G-AG-AA-TGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCA-----C-ATGTATACAGGGGTCATCGGTCAAAAA-TGGCTAAAATA---------CAG-GTGAA--T---ACAAT--A-TTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CA--AG-GTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GACT-GGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTC-TGTTTTCGCC--TATTTGTTAA------GTT----TGA--ATT-T-TGTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
Reference ( family-5593 ) : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AA-A-N-AG-AA-TGAAA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAATCTTATGCA-----A-ATGTANACAGGGGTCATCGGTCAAAAA-TGGCCAAAATA---------CAG-GT--A--T---ANAAT--A-TAGNCAA--GTTC--TA-A---CAC---CA--AG-GTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATANTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GACC-GGTGACCCCTGTNTACTTTGNTAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTC-TNTTTTCGCC--TGTTTGTTAA------GTT----TGA-TATT-T-TGTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
gi|1 : TC-TGCACGTA-TGGGG-TATTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTTTTACACGGATATGTTTTA-TATATC---ATATTA-AAC--AAT---A-A---CTCAAACTAAACAACCAGGC--GTAA-A-G-AG-AA-TGAAC-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATGTTATACA-----C-ATGCTTACAGGGGTCATTGGTAAAAAA-TGGCTAAAA-A---------TAG-GTGAA--T---ATAGTA-A-TTGA-AA--ATTCATTA-AATTCATTGACA--AG-GTGGATGC----ACACG--TTATTGACATAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-TGT---GACT-GGTGACCCCTGTCTGCTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--GACTATTGAATGGA----T----TTT-CATTC-TGTGTTCGCC--TATATGTTTA------TTTTTTGTGA--ATTGT-TGTTTATTATG-AT-GTA---TAA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATAG----------CCGAAAACT-CTA-------AGT---------ATGCATAA
gi|10 : atactctgcaggTCACTTGTTCATTAGTTATCTTGTGTA-----T-ATGTAAACAGAGATCAT------------GGCTACAATA---------CAC-GTGAA--T---ACAAT--AATTGAGAA---TTC----------------A--AA-GTGGAGAC----ACACA--TTATTGACAAAAATACCGTATTTTTAC--------CTA-TT-T-T---GACT-GGAAACAAATGTTTACTTTGATAA-------TATTAA--TG--AACCAGTGA----ATGGGT----TTT-AATTT-TGATTTCGCA--TATTTGTTCA------G-T----TG-----T-T-TGTTT----TG-AT-ATA---TAACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATAA----------CCCAAATATTCCA-------AGT---------ATGAAGAAC--TTATT-TTA-CCGAGT
gi|11 : CGGCAAAAATATGTTC-TGCGCACT-TGGGG-CATTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCATATTGATATGCTTTA-TATATG---ATA--C-CCA--A-T---A-A---TTCAAACTTAACAAACAAGC--G-AA-A-AGAT-AA-TGAAA-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-------------------ATACAGGGGACTTCGGTCAAAAA-TTGCTAAAATA---------CAG-GTAAA--T---ACACTA-A-TTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CG--AT-GCGGATAC----ACACA--CTATTAACATAA
gi|12 : tAAAATA---------CAG-GT--G--A---ATACT--A-TAATTAACAATTCAATA-A---CAC---CA--AG-GTGGATAC----ACCCG--TTATTGACAGAAACA-TGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GGCCTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAC--GGATAACTAA--TG--GACTAGTGAATGGA----T----TTT-CATTC-TGTTTCCGAC--TGTTTGTTAA-------T-----------TT-T-TATTTATTATT-AT-ATAATTTAAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATAA----------C---------CCA-------AAT---------ATcattggtcaatgttttt
gi|13 : attgagt--GTTC-TGCAAACG-TGGGG-TATTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCATACGGCTATGTTGTA-TATATCGTTATA--T-AAC--AAT---A-A---TTCAATCTTAACAAATA----------A-G-AG-AA-TGAAATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATCCATTGTA-----A-AAGTAGACAGGGGACATCGGTCAGAAA-TGGCTTAAATA---------CAG-GTGAA--T---TCAATC-A-TTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CA--AG-GTGGATAC----ACACA--TTAACGACAGAAATccca
gi|14 : TTATTAAATTGTCAAATATTGA----A----T----T---CATTTGTATTTCAATCAAT-TTTGTTAA------GGT----TGA-ACTT-T-TGTTTATTATT-AT-ATA---TAAAAAATATCCGT---AAGTACAGTTTTCATTTT---------ATAG----------T---------TCA-------AATATCCAAAAAGTGGAGAAC---T-TT-TTG-CCGAGTA
gi|15 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatatG-AA-TGAAA-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATCTTATGCACATGTACATGTATACAGGGGT--------AAAAA-TGGCTAAAATA---------AAGTGA--A--TTCCAAAACTGA-CAATCAA--------TA-A---CAC---CA--AG-CCGGATACTAGTACACACCTTATTGTAAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TTCT-T---GACT-GGTGACCCTTGCCTACTTTGATAAT--GAATTACTAA--TG--At
gi|16 : GGATATTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCATACGGATATGTTTTA-TAAA-----AT---T-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTT-ACAAACAGGC--G-AA-AGC-AG-AA-AGGAA-AT--C-CATTC
gi|17 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcaCGGCAAAAAC--GTTC-TACACACT-TTTATGTACTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCATACGGATATATTTTA-TATATC---ATA--ATAAAC-AAT-----AA--TTCAACCTTAACAAACAGGC--GAAA-A-G-AG-AA-T---A-AT--C-TATACATTAGTTCATT----------TACA-----C-ATGTATACAGGAGTCATCGGTCAAAAATTGTTCAAAAgagaattcagagcatc
gi|18 : GCAACAACA-GTTC-TGCACACT-TGGGAGTATTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCATACAGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-TAA--ACC---ATAA--TTCAAACTTAACAAACAGGCTAA-AA-A-G-AG-AA-TGAAA-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATCTTATGTA-----A-GTTTATACAGGGGattgttttttgtttatgatg
gi|19 : aTACTTTGGT--------CAT-TT-T-T---TACT-AGTGAACACTACTTACATTGACAAC--GAATTATAAA--TG--AATT--T------A----T----TTT-C-----TATTTTCG--------TGT------------------A-TATG-T-T--TTAT-ATG-GT-CTA---CAAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATAATCCAAAACATC---------TCA-------AGT---------GTGCAGAAC--T
gi|2 : tgaaaCGGCAAAAAC--GTTC-TGCTCACT-TGGGGGTATTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCTTACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---G-AAATTTCAAATTTAACAAACATGC--G-AA-A-C-AG-AA-TGAAA-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATCTTATGCA-----C-ATGTACACAGGGGTCATCGGTCAAAAA-TGGCTAAAATA---------CAG-GT--A--T---AAAAT--A-TAGCCAAGTGTTT--TGCA---CAC---CA--AG-GTGGAAAC----AGACA--TTCTTGATAAAAATAATGTACTTAGGC--------CAT-TT-T-T---GATT-GGTGACCCCTGTCTACTTTGTTAGT--GAATTACTAA--TG--AAGTAG------------T----TTT-CATTC-TGTTTTCACC--TATTTGTTAA------GTT----TGATTATT-T-TGTTTATTATG-GT-ATA---TAAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TTATTG-CCGAATAgt
gi|21 : GA----A----T----TTT-TATTC-TGTTTTCGCC--TATTAGTTAACTTAAAGTT----TGA--ATT-TGTGTTAATTATG-AT-ATA---TAAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACAC----------C---------CCA-------AGT---------GTGTAGAAC--TT-TT-TTGTTCGAGT
gi|22 : aacAAATA---------CAG-GTGAA--T---ACAATT-A-TTGACAA---TTCAATA-A---CAC---AA--TG-GTGGATAC----ACACA--TTATTGACATAAA-AATGTATTTTGGCAATTGTTTTAT-TT-T-T---GACA-GATGACCTCCGTTTGATTTGATAAT--GGATTACg
gi|23 : CGACAAATGG--GTTC-TGCACACT-CGGAT-TATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTATACGGGTATGT
gi|24 : aggtatttggtaaattatcctTTTGTTCA------ATT----TGA-TTTT-T-TGTTTGTTATG-AT-ATA---TGAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Aagtgt
gi|25 : aaaTC-TGCACACT-TGGGG-TATTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACATATAGGTCTTA-TATGTC---ATATCA-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTaaacccaaaat
gi|26 : -AAA--CAT---T-AA--TTCAAACTTAAAAAACAGGC--G-AA-A-T-GC-AACTAAAA-AT--C-CATTCA-TA-TTCA-GAGTAGTTATATTCA-----T-AT
gi|27 : atCGGCAAAAA---GTTT-TGCACACT-T-GCGATATTTGGGTTAGAAACTG
gi|28 : atacCGGCAAAAACT-GTTC-TGCAC--TGTAGGGGCATTTGGGTTATACAATattgta
gi|29 : ctTTT---------ATAA----------A---------CCATATACACAGT---------GTACAGAACTTTT-TT-TTG-CCAAGTAatagat
gi|3 : taCGGCAAAAAT--GTTC-AGCACA-----------TTTGGGATATAGAATGAAAATTGTATGTCTTA-GGATATGTTTTA-TATATC---ATA--ATAAA--CAT---T-AA--T-CAAATTTAACAAGCAGGC--A-AAGA-T-AG-AA-TGAGA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTCTTATGCA-----C-ATCTATACACGGGTCATCAGCCAAAAC-TGACTAAAATA---------CAG-GTGAA--T---ACAATA-A-TTGACAA----TT--TA-A---TAC---CACTAGTATGGATAC----ACGAG--TTATTTACAGAAATACTGTTATTTGGC--------AAG-TT-T-T--------GGT-----TTGATTACTTTGATAATAAAAATTAATAA--TG--AACTAGTAA----A----TCGGGTTT-TATTC-TCTTAACGCC--AATTTGTT-T------GTT----TGA-ATTT-T-TGTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A------------------------CA-------AAT---------GTGCAGAAC--AT-TT-TTG-
gi|4 : tatactCGGCAAAAAT--GTTGATAAACATC-TGGGG-TAATTGGGTTATGAAATGAAA-CTATAT------------------A-TATA-------A--A-AAA--AATCAAA-AG--TTAAAATTTATCAAACAGGC--G-AA-A-ACAG-AA-TAATA-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATCTTATGCA-----A-ATGTATACAGGGGTC----------AA-TGGCTTAACTA---------CAG-GTGAA--G---ACAAT--AGTTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CA--AG-GTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGCAATTTGG----------ATATT-T-T---AACT-GGTGGCCTCTGTCTACTTTAATAAT--GGGTTACTAT--TA--AACTAGTGAATGGA----T----TTT-AATTC-TCGTTTTTAC--TATTTGTTAA------GTT----TGA-T-TT-T-TGTTTATTATG-CG-ATA---TAAAATATATCCGTACGGAATA-AGTTTTTATTTTAAAACCCAAATAC----------C---------CCA-------AAT---------GTGCAGAAC--CT-TT-
gi|5 : t--GTTC-TGCCTACT-TGGGG-TAATTGTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGTTACGGATATGCTCTAATATATC---ATA--A-TAAGTAAT---A-A---TTCAAACTTAACAAACAGGT--G-AA-A---AC-AA-TGAAA-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATCTTATGCA-----C-ATGTA---------CATCGGTCAACAA-TGGATAAAGTA---------AAG-GTGAA--T---ATAAT--AATTGACAA---CCCAGTA-A---CAC---CA--AT-GTGGACAC----ACACA--CTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GACT-GGTGACTCCCGTCTTCTTTGATAAT--GGATGACTAA--CA--AACTAGTGA----A----TGGA-TTTAAATTC-TCTTTTCGCC--TAT---TTAA-------------------------ATTTATCATA-AC-ATA---TAAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATAA----------C---------
gi|6 : ttctGGGGTAATTGGGTTATAAAATGAAAACTGCATTTCATATGGGTATGTTTTT-CATACC---ACA--A-TAACCAAT---A-A---TTCTAACTTAACAAAAAG------AA-A-G-AG-AA-TGAAA-AT--C-CATTCATAAGTTCATTAGTAATCTTATCCA-----A----TATACAGG----------------------AGAATA---------CA-------------ATAAT-------GCAA---TT------A---CAC---CA--AG-GTCGATAC----ACACA--CTAT-----------GCGCATT--------------AT-TT-T-----GAAT-AGTGACCC-TGTCTAATTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACGAGTGA----A----TGGATTTT-CCTTC-TATTTTCGCT--TGTATGTTAA------GTT----TGA--ATT-T-TGTTTACAATG-AT-ATA---TAAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT------------A----------C---------CCA-------Aa
gi|7 : tAGGC--A-AA-A-AGAA-AA-TGAAA-AT--C-CATTCG--------TTAGTAATCATATGCA-----C-ATGTTTACAGGGGTCATTGGTCAAAAA-TAGCTAAAATAGACGCTCGCCGG-GTGAA--T---ACAAT--AATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CA--AC-GTGGTTAT----AGGCA--ATATTGATAGAAAAACT-TATTTTGGC--------CAT-TT-T-TTGGGA---GATGACACCTGTCTACCTTTATCAT--GGATTACTAA--TG--AATTGGTGA----A----TGGA-TTT-CATTC-TTTTTTCGTA--TATTTGTTAA------GTT----TGA-ATTT-T-TGTTTATAATA-AG-ATA---TGAAATATGTTCATTTGAAATACAGagaatgc
gi|8 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcAAATACGTTATTTTTGC--------CAT-TA-T-T---GTCT-GATGACCCC----TACTT---------AGACT-TTAA--T---------------------------TC-CATT-----TTTTGCC--TATGTGTTAA------GTG----TGA--ATTAT-TGTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACAA----------C---------
gi|9 : GC--G-AA-A-A-GGGAA-TGAAA-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATCTTATGTA-----C-ATGTATAGAGAAGTCATCGGTCAAAAA-TACCTAAAATA---------CAC-AT--GAGT---ACAAT--AATTGACAA---TTC---A-A---TAA---CA--AG-GTGGATAC----ACACA--TTAATGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CTT-TT-T-T---GACT-GGTGACTTCTTCCTACTTTGATAAT--GGATTACTAG--TG--AA----TGA----A----T----TTT-CATTC-TGTTTTTGCC--TATTTGTTCA------GTTA---TGA--GTT-TATGTTTATTATATATAATA---TAGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111111 222222222 111 111111111 222 11111111 33333333333333 11111111111111111111 333333333333333333333333333333333 1111111 111111111
lowQualScore : 555 3 3 7 1 3 0 555 444444444 222222222 0 7777 333 33 2 33 2 2 888888 0 2 33 111111111 2 222 555 2 555 555 6666 33 00000000 2 2 2 555 2 33 33 33 2 33333333333333 2 2 2 33 1 2 88888888888888888888 5 5 2 2 2 444 000000000000000000000000000000000 0000000 666666666 999 5 5 6
lowQualScore : ... . . . . . . ... ......... ......... . .... ... .. . .. . . ...... . . .. ......... . ... ... . ... ... .... .. ........ . . . ... . .. .. .. . .............. . . . .. . . .................... . . . . . ... ................................. ....... ......... ... . . .
lowQualScore : 999 1 1 1 4 3 4 888 333333333 222222222 8 3333 666 77 7 77 7 1 222222 6 1 99 444444444 9 444 000 9 000 000 1111 99 44444444 9 9 9 000 9 99 99 99 1 66666666666666 9 9 9 77 1 4 66666666666666666666 3 3 7 7 7 777 999999999999999999999999999999999 0000000 000000000 111 7 7 7
consensus : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAAT-ACAAT-AATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
Reference ( family-5593 ) : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAAT-ACAAT-A-TTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
gi|1 : TC-TGCACGTA-TGGGG-TATTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTTTTACACGGATATGTTTTA-TATATC---ATATTA-AAC--AAT---A-A---CTCAAACTAAACAACCAGGC--GTAAA-G-A--GAATGAAC-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATGTTATACACATGCT------TACAGGGGTCATTGGTAAAAAATGGCT--AAAA-A---------TAGGTGAAT-ATAGTAA-TTGAAAA---TTCATTA-AATTCATTGACAAGGTGGATGC----ACACG--TTATTGACATAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-TGT---GA-CTGGTGACCCCTGTCTGCTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--GACTATTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-GTTCGCCTA--TATGTTTA------TTTTTTGTGA--A-TTGT-T-GTTTATTATG-AT-GTA---TAA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATAG----------CCGAAAACT-CTA-------AGT---------ATGCATAA
gi|10 : atactctgcaggTCACTTGTTCATTAGTTATCTTGTGTATATGTA------AACAGAGATCAT-----------GGCT--ACAATA---------CACGTGAAT-ACAAT-AATTGAGAA---TTCAA----------------AGTGGAGAC----ACACA--TTATTGACAAAAATACCGTATTTTTAC--------CTA-TT-T-T---GA-CTGGAAACAAATGTTTACTTTGATAA-------TATTAA--TG--AACCAGTGA----ATGGGT----TTT-AATTTT-GA-TTTCGCATA--TTTGTTCA------G-T----TG------T-T-T-GTTT----TG-AT-ATA---TAACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATAA----------CCCAAATATTCCA-------AGT---------ATGAAGAAC--TTATT-TTA-CCGAGT
gi|11 : CGGCAAAAATATGTTC-TGCGCACT-TGGGG-CATTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCATATTGATATGCTTTA-TATATG---ATA--C-CCA--A-T---A-A---TTCAAACTTAACAAACAAGC--G-AAAAG-A--TAATGAAA-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-------------A------TACAGGGGACTTCGGTCAAAAATTGCT--AAAATA---------CAGGTAAAT-ACACTAA-TTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CGATGCGGATAC----ACACA--CTATTAACATAA
gi|12 : tT--AAAATA---------CAGGTGAAT-ACTAT-AATTAACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACCCG--TTATTGACAGAAACA-TGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GGCCTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAC--GGATAACTAA--TG--GACTAGTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-TTCCGACTG--TTTGTTAA-------T------------TT-T-T-ATTTATTATT-AT-ATAATTTAAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATAA----------C---------CCA-------AAT---------ATcattggtcaatgttttt
gi|13 : attgag--GTTC-TGCAAACG-TGGGG-TATTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCATACGGCTATGTTGTA-TATATCGTTATA--T-AAC--AAT---A-A---TTCAATCTTAACAAATA---------A-G-A--GAATGAAATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATCCATTGTAAAAGTA------GACAGGGGACATCGGTCAGAAATGGCT--TAAATA---------CAGGTGAAT-TCAATCA-TTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTAACGACAGAAATccca
gi|14 : TTATTAAATTGTCAAATATTGA----A----T----T---CATT-T-GTATTTCAATCAATTTTGTTAA------GGT----TGA--ACTT-T-T-GTTTATTATT-AT-ATA---TAAAAAATATCCGT---AAGTACAGTTTTCATTTT---------ATAG----------T---------TCA-------AATATCCAAAAAGTGGAGAAC---T-TT-TTG-CCGAGTA
gi|15 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatat--GAATGAAA-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATCTTATGCACATGTACATGTATACAGGGGT--------AAAAATGGCT--AAAATA----------AAGTGAATTCCAAA-A-CTGACAA---T-CAATA-A---CAC---CAAGCCGGATACTAGTACACACCTTATTGTAAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TTCT-T---GA-CTGGTGACCCTTGCCTACTTTGATAAT--GAATTACTAA--TG--At
gi|16 : GGATATTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCATACGGATATGTTTTA-TAAA-----AT---T-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTT-ACAAACAGGC--G-AAA-GCA--GAAAGGAA-AT--C-CATTC
gi|17 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcaCGGCAAAAAC--GTTC-TACACACT-TTTATGTACTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCATACGGATATATTTTA-TATATC---ATA--ATAAAC-AAT-----AA--TTCAACCTTAACAAACAGGC--GAAAA-G-A--GAAT---A-AT--C-TATACATTAGTTCATT----------TACACATGTA------TACAGGAGTCATCGGTCAAAAATTGTTCAAAAATgagaattcagagcatc
gi|18 : GCAACAACA-GTTC-TGCACACT-TGGGAGTATTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCATACAGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-TAA--ACC---ATAA--TTCAAACTTAACAAACAGGCTAA-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATCTTATGTAAGTTTA------TACAGGGGtgttttttgtttatgatg
gi|19 : aGAAATACT-----TTGGT--------CAT-TT-T-T---TA-CTAGTGAACACTACTTACATTGACAAC--GAATTATAAA--TG--AATT--T------A----T----T-----TTCT-AT-TTTCGTGTA--TATGT-------------------------------TTTA-TATG-GT-CTA---CAAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATAATCCAAAACATC---------TCA-------AGT---------GTGCAGAAC--T
gi|2 : tCGGCAAAAAC--GTTC-TGCTCACT-TGGGGGTATTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCTTACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---G-AAATTTCAAATTTAACAAACATGC--G-AAA-C-A--GAATGAAA-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------CACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGT--AT-AAAAT-A-TAGCCAAGTGTTT--TGCA---CAC---CAAGGTGGAAAC----AGACA--TTCTTGATAAAAATAATGTACTTAGGC--------CAT-TT-T-T---GA-TTGGTGACCCCTGTCTACTTTGTTAGT--GAATTACTAA--TG--AAGTAG------------T----TTT-CATTCT-GT-TTTCACCTA--TTTGTTAA------GTT----TGATTA-TT-T-T-GTTTATTATG-GT-ATA---TAAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TTATTG-CCGAATAgt
gi|21 : GA----A----T----TTT-TATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTAGTTAACTTAAAGTT----TGA--A-TT-TGT-GTTAATTATG-AT-ATA---TAAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACAC----------C---------CCA-------AGT---------GTGTAGAAC--TT-TT-TTGTTCGAGT
gi|22 : aacAAATA---------CAGGTGAAT-ACAATTA-TTGACAA---TTCAATA-A---CAC---AATGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACATAAA-AATGTATTTTGGCAATTGTTTTAT-TT-T-T---GA-CAGATGACCTCCGTTTGATTTGATAAT--GGATTACg
gi|23 : CGACAAATGG--GTTC-TGCACACT-CGGAT-TATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTATACGGGTATGT
gi|24 : aggtatttggtaaattatcctA--TTTGTTCA------ATT----TGA--T-TT-T-TTGTTTGTTATG-AT-ATA---TGAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Aagtgt
gi|25 : aaTC-TGCACACT-TGGGG-TATTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACATATAGGTCTTA-TATGTC---ATATCA-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTaaacccaaaat
gi|26 : -AAA--CAT---T-AA--TTCAAACTTAAAAAACAGGC--G-AAATG-C--AACTAAAA-AT--C-CATTCAT--ATTCA-GAGTAGTTATATTCATAT
gi|27 : atCGGCAAAAA---GTTT-TGCACACT-T-GCGATATTTGGGTTAGAAACTG
gi|28 : atacCGGCAAAAACT-GTTC-TGCAC--TGTAGGGGCATTTGGGTTATACAATattgta
gi|29 : ctTTT---------ATAA----------A---------CCATATACACAGT---------GTACAGAACTTTT-TT-TTG-CCAAGTAatagat
gi|3 : taCGGCAAAAAT--GTTC-AGCACA-----------TTTGGGATATAGAATGAAAATTGTATGTCTTA-GGATATGTTTTA-TATATC---ATA--ATAAA--CAT---T-AA--T-CAAATTTAACAAGCAGGC----AAA-G-ATAGAATGAGA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTCTTATGCACATCTA------TACACGGGTCATCAGCCAAAACTGACT--AAAATA---------CAGGTGAAT-ACAATAA-TTGACAA---TTTAATA-C---CAC---TAGTATGGATAC----ACGAG--TTATTTACAGAAATACTGTTATTTGGC--------AAG-TT-T-T---GG-TT--TGA-------TTACTTTGATAATAAAAATTAATAA--TG--AACTAGTAA----A----TCGGGTTT-TATTCT-CT-TAACGCCAA--TTTGTT-T------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A------------------------CA-------AAT---------GTGCAGAAC--AT-TT-TTG-
gi|4 : tatactCGGCAAAAAT--GTTGATAAACATC-TGGGG-TAATTGGGTTATGAAATGAAA-CTATAT------------------A-TATA-------A--A-AAA--AATCAAA-AG--TTAAAATTTATCAAACAGGC--G-AAA-ACA--GAATAATA-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATCTTATGCAAATGTA------TACAGGGGTCA----------ATGGCT--TAACTA---------CAGGTGAAG-ACAAT-AGTTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGCAATTTGG----------ATATT-T-T---AA-CTGGTGGCCTCTGTCTACTTTAATAAT--GGGTTACTAT--TA--AACTAGTGAATGGA----T----TTT-AATTCTCGT-TTTTA-CTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--T-TT-T-T-GTTTATTATG-CG-ATA---TAAAATATATCCGTACGGAATA-AGTTTTTATTTTAAAACCCAAATAC----------C---------CCA-------AAT---------GTGCAGAAC--CT-TT-
gi|5 : t--GTTC-TGCCTACT-TGGGG-TAATTGTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGTTACGGATATGCTCTAATATATC---ATA--A-TAAGTAAT---A-A---TTCAAACTTAACAAACAGGT--G-AAA---A--CAATGAAA-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATCTTATGCACATGTA---------------CATCGGTCAACAATGGAT--AAAGTA---------AAGGTGAAT-ATAAT-AATTGACAA---CCCAGTA-A---CAC---CAATGTGGACAC----ACACA--CTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTCCCGTCTTCTTTGATAAT--GGATGACTAA--CA--AACTAGTGA----A----TGGA-TTTAAATTCT-CT-TTTCGCCTA--T---TTAA---------------------------ATTTATCATA-AC-ATA---TAAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATAA----------C---------
gi|6 : ttctGGGGTAATTGGGTTATAAAATGAAAACTGCATTTCATATGGGTATGTTTTT-CATACC---ACA--A-TAACCAAT-----AA--TTCTAACTTAACAAAAA-----G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATAAGTTCATTAGTAATCTTATCCA---ATA------TACAGGAG-----------------------AATA---------C-----------AAT-A-ATG-CAA---TT------A---CAC---CAAGGTCGATAC----ACACA--CTA-TG----------CGCATT--------------A--TT-T-T---GA-ATAGTGA-CCCTGTCTAATTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACGAGTGAATGGA----T----TTT-CCTTCT-AT-TTTCGCTTG--TATGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTACAATG-AT-ATA---TAAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT------------A----------C---------CCA-------Aa
gi|7 : tAGGC--A-AAAAG-A--AAATGAAA-AT--C-CATTCGTTAGT--------AATCATATGCACATGTT------TACAGGGGTCATTGGTCAAAAATAGCT--AAAATAGACGCTCGCCGGGTGAAT-ACAAT-AATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAACGTGGTTAT----AGGCA--ATATTGATAGAAAAACT-TATTTTGGC--------CAT-TT-T-TTGGGA---GATGACACCTGTCTACCTTTATCAT--GGATTACTAA--TG--AATTGGTGA----A----TGGA-TTT-CATTCT-TT-TTTCGTATA--TTTGTTAA------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATAATA-AG-ATA---TGAAATATGTTCATTTGAAATACAGagaatgc
gi|8 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcAAATACGTTATTTTTGC--------CAT-TA-T-T---GT-CTGATGACCCCT----ACTTAGAC--------TT--TAA--T---------------------------TC-CATT------TTTTGCCTA--TGTGTTAA------GTG----TGA--A-TTAT-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACAA----------C---------
gi|9 : GC--G-AAAAG-G--GAATGAAA-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATCTTATGTACATGTA------TAGAGAAGTCATCGGTCAAAAATACCT--AAAATA---------CACATGAGT-ACAAT-AATTGACAA---TTCAATA-A---CA------AGGTGGATAC----ACACA--TTAATGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CTT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTTCTTCCTACTTTGATAAT--GGATTACTAG--TG--AA----TGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTTGCCTA--TTTGTTCA------GTTA---TGA--G-TT-TAT-GTTTATTATATATAATA---TAGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111111 222222222 111 111111111 11111111 33333333333333 11111111111111111111 333333333333333333333333333333333 1111111 111111111
lowQualScore : 555 3 3 7 1 3 0 555 444444444 222222222 0 7777 333 33 2 33 2 2 888888 0 2 33 111111111 555 2 555 555 6666 33 00000000 2 2 2 555 2 33 33 33 2 33333333333333 2 2 2 33 1 2 88888888888888888888 5 5 2 2 2 444 000000000000000000000000000000000 0000000 666666666 999 5 5 6
lowQualScore : ... . . . . . . ... ......... ......... . .... ... .. . .. . . ...... . . .. ......... ... . ... ... .... .. ........ . . . ... . .. .. .. . .............. . . . .. . . .................... . . . . . ... ................................. ....... ......... ... . . .
lowQualScore : 999 1 1 1 4 3 4 888 333333333 222222222 8 3333 666 77 7 77 7 1 222222 6 1 99 444444444 000 9 000 000 1111 99 44444444 9 9 9 000 9 99 99 99 1 66666666666666 9 9 9 77 1 4 66666666666666666666 3 3 7 7 7 777 999999999999999999999999999999999 0000000 000000000 111 7 7 7
consensus : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
Reference ( family-5593 ) : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
gi|1 : TC-TGCACGTA-TGGGG-TATTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTTTTACACGGATATGTTTTA-TATATC---ATATTA-AAC--AAT---A-A---CTCAAACTAAACAACCAGGC--GTAAA-G-A--GAATGAAC-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATGTTATACACATGCT------TACAGGGGTCATTGGTAAAAAATGGCT--AAAA-A---------TAGGTGAATATAGTAATTGAAAA---TTCATTA-AATTCATTGACAAGGTGGATGC----ACACG--TTATTGACATAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-TGT---GA-CTGGTGACCCCTGTCTGCTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--GACTATTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-GTTCGCCTA--TATGTTTA------TTTTTTGTGA--A-TTGT-T-GTTTATTATG-AT-GTA---TAA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATAG----------CCGAAAACT-CTA-------AGT---------ATGCATAA
gi|10 : atactctgcaggTCACTTGTTCATTAGTTATCTTGTGTATATGTA------AACAGAGATCAT-----------GGCT--ACAATA---------CACGTGAATACAATAATTGAGAA---TTCAA----------------AGTGGAGAC----ACACA--TTATTGACAAAAATACCGTATTTTTAC--------CTA-TT-T-T---GA-CTGGAAACAAATGTTTACTTTGATAA-------TATTAA--TG--AACCAGTGA----ATGGGT----TTT-AATTTT-GA-TTTCGCATA--TTTGTTCA------G-T----TG------T-T-T-GTTT----TG-AT-ATA---TAACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATAA----------CCCAAATATTCCA-------AGT---------ATGAAGAAC--TTATT-TTA-CCGAGT
gi|11 : CGGCAAAAATATGTTC-TGCGCACT-TGGGG-CATTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCATATTGATATGCTTTA-TATATG---ATA--C-CCA--A-T---A-A---TTCAAACTTAACAAACAAGC--G-AAAAG-A--TAATGAAA-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-------------A------TACAGGGGACTTCGGTCAAAAATTGCT--AAAATA---------CAGGTAAATACACTAATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CGATGCGGATAC----ACACA--CTATTAACATAA
gi|12 : tT--AAAATA---------CAGGTGAATACTATAATTAACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACCCG--TTATTGACAGAAACA-TGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GGCCTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAC--GGATAACTAA--TG--GACTAGTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-TTCCGACTG--TTTGTTAA-------T------------TT-T-T-ATTTATTATT-AT-ATAATTTAAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATAA----------C---------CCA-------AAT---------ATcattggtcaatgttttt
gi|13 : attgag--GTTC-TGCAAACG-TGGGG-TATTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCATACGGCTATGTTGTA-TATATCGTTATA--T-AAC--AAT---A-A---TTCAATCTTAACAAATA---------A-G-A--GAATGAAATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATCCATTGTAAAAGTA------GACAGGGGACATCGGTCAGAAATGGCT--TAAATA---------CAGGTGAATTCAATCATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTAACGACAGAAATccca
gi|14 : TTATTAAATTGTCAAATATTGA----A----T----T---CATT-T-GTATTTCAATCAATTTTGTTAA------GGT----TGA--ACTT-T-T-GTTTATTATT-AT-ATA---TAAAAAATATCCGT---AAGTACAGTTTTCATTTT---------ATAG----------T---------TCA-------AATATCCAAAAAGTGGAGAAC---T-TT-TTG-CCGAGTA
gi|15 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatat--GAATGAAA-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATCTTATGCACATGTACATGTATACAGGGGT--------AAAAATGGCT--AAAATA----------AAGTGAATTCCAAAACTGACAA---T-CAATA-A---CAC---CAAGCCGGATACTAGTACACACCTTATTGTAAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TTCT-T---GA-CTGGTGACCCTTGCCTACTTTGATAAT--GAATTACTAA--TG--At
gi|16 : GGATATTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCATACGGATATGTTTTA-TAAA-----AT---T-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTT-ACAAACAGGC--G-AAA-GCA--GAAAGGAA-AT--C-CATTC
gi|17 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcaCGGCAAAAAC--GTTC-TACACACT-TTTATGTACTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCATACGGATATATTTTA-TATATC---ATA--ATAAAC-AAT-----AA--TTCAACCTTAACAAACAGGC--GAAAA-G-A--GAAT---A-AT--C-TATACATTAGTTCATT----------TACACATGTA------TACAGGAGTCATCGGTCAAAAATTGTTCAAAAATgagaattcagagcatc
gi|18 : GCAACAACA-GTTC-TGCACACT-TGGGAGTATTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCATACAGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-TAA--ACC---ATAA--TTCAAACTTAACAAACAGGCTAA-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATCTTATGTAAGTTTA------TACAGGGGtgttttttgtttatgatg
gi|19 : aGAAATACT-----TTGGT--------CAT-TT-T-T---TA-CTAGTGAACACTACTTACATTGACAAC--GAATTATAAA--TG--AATT--T------A----T----T-----TTCT-AT-TTTCGTGTA--TATGT-------------------------------TTTA-TATG-GT-CTA---CAAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATAATCCAAAACATC---------TCA-------AGT---------GTGCAGAAC--T
gi|2 : tCGGCAAAAAC--GTTC-TGCTCACT-TGGGGGTATTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCTTACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---G-AAATTTCAAATTTAACAAACATGC--G-AAA-C-A--GAATGAAA-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------CACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGT--ATAAAAT-ATAGCCAAGTGTTT--TGCA---CAC---CAAGGTGGAAAC----AGACA--TTCTTGATAAAAATAATGTACTTAGGC--------CAT-TT-T-T---GA-TTGGTGACCCCTGTCTACTTTGTTAGT--GAATTACTAA--TG--AAGTAG------------T----TTT-CATTCT-GT-TTTCACCTA--TTTGTTAA------GTT----TGATTA-TT-T-T-GTTTATTATG-GT-ATA---TAAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TTATTG-CCGAATAgt
gi|21 : GA----A----T----TTT-TATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTAGTTAACTTAAAGTT----TGA--A-TT-TGT-GTTAATTATG-AT-ATA---TAAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACAC----------C---------CCA-------AGT---------GTGTAGAAC--TT-TT-TTGTTCGAGT
gi|22 : aacAAATA---------CAGGTGAATACAATTATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---AATGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACATAAA-AATGTATTTTGGCAATTGTTTTAT-TT-T-T---GA-CAGATGACCTCCGTTTGATTTGATAAT--GGATTACg
gi|23 : CGACAAATGG--GTTC-TGCACACT-CGGAT-TATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTATACGGGTATGT
gi|24 : aggtatttggtaaattatcctA--TTTGTTCA------ATT----TGA--T-TT-T-TTGTTTGTTATG-AT-ATA---TGAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Aagtgt
gi|25 : aaTC-TGCACACT-TGGGG-TATTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACATATAGGTCTTA-TATGTC---ATATCA-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTaaacccaaaat
gi|26 : -AAA--CAT---T-AA--TTCAAACTTAAAAAACAGGC--G-AAATG-C--AACTAAAA-AT--C-CATTCAT--ATTCA-GAGTAGTTATATTCATAT
gi|27 : atCGGCAAAAA---GTTT-TGCACACT-T-GCGATATTTGGGTTAGAAACTG
gi|28 : atacCGGCAAAAACT-GTTC-TGCAC--TGTAGGGGCATTTGGGTTATACAATattgta
gi|29 : ctTTT---------ATAA----------A---------CCATATACACAGT---------GTACAGAACTTTT-TT-TTG-CCAAGTAatagat
gi|3 : taCGGCAAAAAT--GTTC-AGCACA-----------TTTGGGATATAGAATGAAAATTGTATGTCTTA-GGATATGTTTTA-TATATC---ATA--ATAAA--CAT---T-AA--T-CAAATTTAACAAGCAGGC----AAA-G-ATAGAATGAGA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTCTTATGCACATCTA------TACACGGGTCATCAGCCAAAACTGACT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTTAATA-C---CAC---TAGTATGGATAC----ACGAG--TTATTTACAGAAATACTGTTATTTGGC--------AAG-TT-T-T---GG-TT--TGA-------TTACTTTGATAATAAAAATTAATAA--TG--AACTAGTAA----A----TCGGGTTT-TATTCT-CT-TAACGCCAA--TTTGTT-T------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A------------------------CA-------AAT---------GTGCAGAAC--AT-TT-TTG-
gi|4 : tatactCGGCAAAAAT--GTTGATAAACATC-TGGGG-TAATTGGGTTATGAAATGAAA-CTATAT------------------A-TATA-------A--A-AAA--AATCAAA-AG--TTAAAATTTATCAAACAGGC--G-AAA-ACA--GAATAATA-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATCTTATGCAAATGTA------TACAGGGGTCA----------ATGGCT--TAACTA---------CAGGTGAAGACAATAGTTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGCAATTTGG----------ATATT-T-T---AA-CTGGTGGCCTCTGTCTACTTTAATAAT--GGGTTACTAT--TA--AACTAGTGAATGGA----T----TTT-AATTCTCGT-TTTTA-CTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--T-TT-T-T-GTTTATTATG-CG-ATA---TAAAATATATCCGTACGGAATA-AGTTTTTATTTTAAAACCCAAATAC----------C---------CCA-------AAT---------GTGCAGAAC--CT-TT-
gi|5 : t--GTTC-TGCCTACT-TGGGG-TAATTGTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGTTACGGATATGCTCTAATATATC---ATA--A-TAAGTAAT---A-A---TTCAAACTTAACAAACAGGT--G-AAA---A--CAATGAAA-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATCTTATGCACATGTA---------------CATCGGTCAACAATGGAT--AAAGTA---------AAGGTGAATATAATAATTGACAA---CCCAGTA-A---CAC---CAATGTGGACAC----ACACA--CTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTCCCGTCTTCTTTGATAAT--GGATGACTAA--CA--AACTAGTGA----A----TGGA-TTTAAATTCT-CT-TTTCGCCTA--T---TTAA---------------------------ATTTATCATA-AC-ATA---TAAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATAA----------C---------
gi|6 : ttctGGGGTAATTGGGTTATAAAATGAAAACTGCATTTCATATGGGTATGTTTTT-CATACC---ACA--A-TAACCAAT-----AA--TTCTAACTTAACAAAAA-----G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATAAGTTCATTAGTAATCTTATCCA---ATA------TACAGGAG-----------------------AATA---------C----------AATAAT--GCAA---TT------A---CAC---CAAGGTCGATAC----ACACA--CTA-TG----------CGCATT--------------A--TT-T-T---GA-ATAGTGA-CCCTGTCTAATTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACGAGTGAATGGA----T----TTT-CCTTCT-AT-TTTCGCTTG--TATGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTACAATG-AT-ATA---TAAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT------------A----------C---------CCA-------Aa
gi|7 : tAGGC--A-AAAAG-A--AAATGAAA-AT--C-CATTCGTTAGT--------AATCATATGCACATGTT------TACAGGGGTCATTGGTCAAAAATAGCT--AAAATAGACGCTCGCCGGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAACGTGGTTAT----AGGCA--ATATTGATAGAAAAACT-TATTTTGGC--------CAT-TT-T-TTGGGA---GATGACACCTGTCTACCTTTATCAT--GGATTACTAA--TG--AATTGGTGA----A----TGGA-TTT-CATTCT-TT-TTTCGTATA--TTTGTTAA------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATAATA-AG-ATA---TGAAATATGTTCATTTGAAATACAGagaatgc
gi|8 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcAAATACGTTATTTTTGC--------CAT-TA-T-T---GT-CTGATGACCCCT----ACTTAGAC--------TT--TAA--T---------------------------TC-CATT------TTTTGCCTA--TGTGTTAA------GTG----TGA--A-TTAT-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACAA----------C---------
gi|9 : GC--G-AAAAG-G--GAATGAAA-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATCTTATGTACATGTA------TAGAGAAGTCATCGGTCAAAAATACCT--AAAATA---------CACATGAGTACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CA------AGGTGGATAC----ACACA--TTAATGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CTT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTTCTTCCTACTTTGATAAT--GGATTACTAG--TG--AA----TGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTTGCCTA--TTTGTTCA------GTTA---TGA--G-TT-TAT-GTTTATTATATATAATA---TAGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG
Alignments
lowQualScore : 111 1 111111111 222222222 111 111111111 11111111 33333333333333 11111111111111111111 333333333333333333333333333333333 1111111 111111111
lowQualScore : 555 3 3 7 1 3 0 555 444444444 222222222 0 7777 333 33 2 33 2 2 888888 0 2 33 111111111 555 2 555 555 6666 33 00000000 2 2 2 555 2 33 33 33 2 33333333333333 2 2 2 33 1 2 88888888888888888888 5 5 2 2 2 444 000000000000000000000000000000000 0000000 666666666 999 5 5 6
lowQualScore : ... . . . . . . ... ......... ......... . .... ... .. . .. . . ...... . . .. ......... ... . ... ... .... .. ........ . . . ... . .. .. .. . .............. . . . .. . . .................... . . . . . ... ................................. ....... ......... ... . . .
lowQualScore : 999 1 1 1 4 3 4 888 333333333 222222222 8 3333 666 77 7 77 7 1 222222 6 1 99 444444444 000 9 000 000 1111 99 44444444 9 9 9 000 9 99 99 99 1 66666666666666 9 9 9 77 1 4 66666666666666666666 3 3 7 7 7 777 999999999999999999999999999999999 0000000 000000000 111 7 7 7
consensus : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
Reference ( family-5593 ) : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
gi|1 : TC-TGCACGTA-TGGGG-TATTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTTTTACACGGATATGTTTTA-TATATC---ATATTA-AAC--AAT---A-A---CTCAAACTAAACAACCAGGC--GTAAA-G-A--GAATGAAC-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATGTTATACACATGCT------TACAGGGGTCATTGGTAAAAAATGGCT--AAAA-A---------TAGGTGAATATAGTAATTGAAAA---TTCATTA-AATTCATTGACAAGGTGGATGC----ACACG--TTATTGACATAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-TGT---GA-CTGGTGACCCCTGTCTGCTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--GACTATTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-GTTCGCCTA--TATGTTTA------TTTTTTGTGA--A-TTGT-T-GTTTATTATG-AT-GTA---TAA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATAG----------CCGAAAACT-CTA-------AGT---------ATGCATAA
gi|10 : atactctgcaggTCACTTGTTCATTAGTTATCTTGTGTATATGTA------AACAGAGATCAT-----------GGCT--ACAATA---------CACGTGAATACAATAATTGAGAA---TTCAA----------------AGTGGAGAC----ACACA--TTATTGACAAAAATACCGTATTTTTAC--------CTA-TT-T-T---GA-CTGGAAACAAATGTTTACTTTGATAA-------TATTAA--TG--AACCAGTGA----ATGGGT----TTT-AATTTT-GA-TTTCGCATA--TTTGTTCA------G-T----TG------T-T-T-GTTT----TG-AT-ATA---TAACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATAA----------CCCAAATATTCCA-------AGT---------ATGAAGAAC--TTATT-TTA-CCGAGT
gi|11 : CGGCAAAAATATGTTC-TGCGCACT-TGGGG-CATTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCATATTGATATGCTTTA-TATATG---ATA--C-CCA--A-T---A-A---TTCAAACTTAACAAACAAGC--G-AAAAG-A--TAATGAAA-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-------------A------TACAGGGGACTTCGGTCAAAAATTGCT--AAAATA---------CAGGTAAATACACTAATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CGATGCGGATAC----ACACA--CTATTAACATAA
gi|12 : tT--AAAATA---------CAGGTGAATACTATAATTAACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACCCG--TTATTGACAGAAACA-TGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GGCCTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAC--GGATAACTAA--TG--GACTAGTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-TTCCGACTG--TTTGTTAA-------T------------TT-T-T-ATTTATTATT-AT-ATAATTTAAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATAA----------C---------CCA-------AAT---------ATcattggtcaatgttttt
gi|13 : attgag--GTTC-TGCAAACG-TGGGG-TATTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCATACGGCTATGTTGTA-TATATCGTTATA--T-AAC--AAT---A-A---TTCAATCTTAACAAATA---------A-G-A--GAATGAAATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATCCATTGTAAAAGTA------GACAGGGGACATCGGTCAGAAATGGCT--TAAATA---------CAGGTGAATTCAATCATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTAACGACAGAAATccca
gi|14 : TTATTAAATTGTCAAATATTGA----A----T----T---CATT-T-GTATTTCAATCAATTTTGTTAA------GGT----TGA--ACTT-T-T-GTTTATTATT-AT-ATA---TAAAAAATATCCGT---AAGTACAGTTTTCATTTT---------ATAG----------T---------TCA-------AATATCCAAAAAGTGGAGAAC---T-TT-TTG-CCGAGTA
gi|15 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatat--GAATGAAA-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATCTTATGCACATGTACATGTATACAGGGGT--------AAAAATGGCT--AAAATA----------AAGTGAATTCCAAAACTGACAA---T-CAATA-A---CAC---CAAGCCGGATACTAGTACACACCTTATTGTAAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TTCT-T---GA-CTGGTGACCCTTGCCTACTTTGATAAT--GAATTACTAA--TG--At
gi|16 : GGATATTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCATACGGATATGTTTTA-TAAA-----AT---T-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTT-ACAAACAGGC--G-AAA-GCA--GAAAGGAA-AT--C-CATTC
gi|17 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcaCGGCAAAAAC--GTTC-TACACACT-TTTATGTACTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCATACGGATATATTTTA-TATATC---ATA--ATAAAC-AAT-----AA--TTCAACCTTAACAAACAGGC--GAAAA-G-A--GAAT---A-AT--C-TATACATTAGTTCATT----------TACACATGTA------TACAGGAGTCATCGGTCAAAAATTGTTCAAAAATgagaattcagagcatc
gi|18 : GCAACAACA-GTTC-TGCACACT-TGGGAGTATTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCATACAGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-TAA--ACC---ATAA--TTCAAACTTAACAAACAGGCTAA-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATCTTATGTAAGTTTA------TACAGGGGtgttttttgtttatgatg
gi|19 : aGAAATACT-----TTGGT--------CAT-TT-T-T---TA-CTAGTGAACACTACTTACATTGACAAC--GAATTATAAA--TG--AATT--T------A----T----T-----TTCT-AT-TTTCGTGTA--TATGT-------------------------------TTTA-TATG-GT-CTA---CAAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATAATCCAAAACATC---------TCA-------AGT---------GTGCAGAAC--T
gi|2 : tCGGCAAAAAC--GTTC-TGCTCACT-TGGGGGTATTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCTTACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---G-AAATTTCAAATTTAACAAACATGC--G-AAA-C-A--GAATGAAA-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------CACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGT--ATAAAAT-ATAGCCAAGTGTTT--TGCA---CAC---CAAGGTGGAAAC----AGACA--TTCTTGATAAAAATAATGTACTTAGGC--------CAT-TT-T-T---GA-TTGGTGACCCCTGTCTACTTTGTTAGT--GAATTACTAA--TG--AAGTAG------------T----TTT-CATTCT-GT-TTTCACCTA--TTTGTTAA------GTT----TGATTA-TT-T-T-GTTTATTATG-GT-ATA---TAAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TTATTG-CCGAATAgt
gi|21 : GA----A----T----TTT-TATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTAGTTAACTTAAAGTT----TGA--A-TT-TGT-GTTAATTATG-AT-ATA---TAAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACAC----------C---------CCA-------AGT---------GTGTAGAAC--TT-TT-TTGTTCGAGT
gi|22 : aacAAATA---------CAGGTGAATACAATTATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---AATGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACATAAA-AATGTATTTTGGCAATTGTTTTAT-TT-T-T---GA-CAGATGACCTCCGTTTGATTTGATAAT--GGATTACg
gi|23 : CGACAAATGG--GTTC-TGCACACT-CGGAT-TATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTATACGGGTATGT
gi|24 : aggtatttggtaaattatcctA--TTTGTTCA------ATT----TGA--T-TT-T-TTGTTTGTTATG-AT-ATA---TGAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Aagtgt
gi|25 : aaTC-TGCACACT-TGGGG-TATTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACATATAGGTCTTA-TATGTC---ATATCA-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTaaacccaaaat
gi|26 : -AAA--CAT---T-AA--TTCAAACTTAAAAAACAGGC--G-AAATG-C--AACTAAAA-AT--C-CATTCAT--ATTCA-GAGTAGTTATATTCATAT
gi|27 : atCGGCAAAAA---GTTT-TGCACACT-T-GCGATATTTGGGTTAGAAACTG
gi|28 : atacCGGCAAAAACT-GTTC-TGCAC--TGTAGGGGCATTTGGGTTATACAATattgta
gi|29 : ctTTT---------ATAA----------A---------CCATATACACAGT---------GTACAGAACTTTT-TT-TTG-CCAAGTAatagat
gi|3 : taCGGCAAAAAT--GTTC-AGCACA-----------TTTGGGATATAGAATGAAAATTGTATGTCTTA-GGATATGTTTTA-TATATC---ATA--ATAAA--CAT---T-AA--T-CAAATTTAACAAGCAGGC----AAA-G-ATAGAATGAGA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTCTTATGCACATCTA------TACACGGGTCATCAGCCAAAACTGACT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTTAATA-C---CAC---TAGTATGGATAC----ACGAG--TTATTTACAGAAATACTGTTATTTGGC--------AAG-TT-T-T---GG-TT--TGA-------TTACTTTGATAATAAAAATTAATAA--TG--AACTAGTAA----A----TCGGGTTT-TATTCT-CT-TAACGCCAA--TTTGTT-T------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A------------------------CA-------AAT---------GTGCAGAAC--AT-TT-TTG-
gi|4 : tatactCGGCAAAAAT--GTTGATAAACATC-TGGGG-TAATTGGGTTATGAAATGAAA-CTATAT------------------A-TATA-------A--A-AAA--AATCAAA-AG--TTAAAATTTATCAAACAGGC--G-AAA-ACA--GAATAATA-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATCTTATGCAAATGTA------TACAGGGGTCA----------ATGGCT--TAACTA---------CAGGTGAAGACAATAGTTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGCAATTTGG----------ATATT-T-T---AA-CTGGTGGCCTCTGTCTACTTTAATAAT--GGGTTACTAT--TA--AACTAGTGAATGGA----T----TTT-AATTCTCGT-TTTTA-CTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--T-TT-T-T-GTTTATTATG-CG-ATA---TAAAATATATCCGTACGGAATA-AGTTTTTATTTTAAAACCCAAATAC----------C---------CCA-------AAT---------GTGCAGAAC--CT-TT-
gi|5 : t--GTTC-TGCCTACT-TGGGG-TAATTGTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGTTACGGATATGCTCTAATATATC---ATA--A-TAAGTAAT---A-A---TTCAAACTTAACAAACAGGT--G-AAA---A--CAATGAAA-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATCTTATGCACATGTA---------------CATCGGTCAACAATGGAT--AAAGTA---------AAGGTGAATATAATAATTGACAA---CCCAGTA-A---CAC---CAATGTGGACAC----ACACA--CTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTCCCGTCTTCTTTGATAAT--GGATGACTAA--CA--AACTAGTGA----A----TGGA-TTTAAATTCT-CT-TTTCGCCTA--T---TTAA---------------------------ATTTATCATA-AC-ATA---TAAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATAA----------C---------
gi|6 : ttctGGGGTAATTGGGTTATAAAATGAAAACTGCATTTCATATGGGTATGTTTTT-CATACC---ACA--A-TAACCAAT-----AA--TTCTAACTTAACAAAAA-----G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATAAGTTCATTAGTAATCTTATCCA---ATA------TACAGGAG-----------------------AATA---------C----------AATAAT--GCAA---TT------A---CAC---CAAGGTCGATAC----ACACA--CTA-TG----------CGCATT--------------A--TT-T-T---GA-ATAGTGA-CCCTGTCTAATTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACGAGTGAATGGA----T----TTT-CCTTCT-AT-TTTCGCTTG--TATGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTACAATG-AT-ATA---TAAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT------------A----------C---------CCA-------Aa
gi|7 : tAGGC--A-AAAAG-A--AAATGAAA-AT--C-CATTCGTTAGT--------AATCATATGCACATGTT------TACAGGGGTCATTGGTCAAAAATAGCT--AAAATAGACGCTCGCCGGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAACGTGGTTAT----AGGCA--ATATTGATAGAAAAACT-TATTTTGGC--------CAT-TT-T-TTGGGA---GATGACACCTGTCTACCTTTATCAT--GGATTACTAA--TG--AATTGGTGA----A----TGGA-TTT-CATTCT-TT-TTTCGTATA--TTTGTTAA------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATAATA-AG-ATA---TGAAATATGTTCATTTGAAATACAGagaatgc
gi|8 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcAAATACGTTATTTTTGC--------CAT-TA-T-T---GT-CTGATGACCCCT----ACTTAGAC--------TT--TAA--T---------------------------TC-CATT------TTTTGCCTA--TGTGTTAA------GTG----TGA--A-TTAT-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACAA----------C---------
gi|9 : GC--G-AAAAG-G--GAATGAAA-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATCTTATGTACATGTA------TAGAGAAGTCATCGGTCAAAAATACCT--AAAATA---------CACATGAGTACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CA------AGGTGGATAC----ACACA--TTAATGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CTT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTTCTTCCTACTTTGATAAT--GGATTACTAG--TG--AA----TGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTTGCCTA--TTTGTTCA------GTTA---TGA--G-TT-TAT-GTTTATTATATATAATA---TAGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
blockSeqs : CA A G A C A GTT ATAAAC CAAAAG TAA AG TA T AA G T CATGTA C CA GACGCTCGC GTG C . . TAGT CC AATTGTTT A C . TGG C AA AT TC C ATGGGT A C A AT T C CTTAAAGTTTGAA A G T T A ATT ATAATCCAAAACATC TATACAC ATCCAAAAA TTT . A T
blockSeqs : CT . . G G . . TCAAAC GAAAT GA GC . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C ATGGAT . . . . T A GTTTGATTA . A . . . . ATAACCCAAATATT . . T . . .
blockSeqs : C . . G T . . ATAAGT ATAA G TG . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A ATCGGG . . . . T A GGTTGAAC . . . . . . AAAACCCAAATACC . . T . . .
blockSeqs : C . . G C . . ATAACC TAA G AC . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T ATGGAT . . . . A A GTTTGAAT . . . . . . TAGCGCAAACACC . . T . . .
blockSeqs : G . . A C . . ATAAA TAA G AG . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G ATGGAT . . . . T A GTTTGAAT . . . . . . ATAAC . . A . . .
blockSeqs : T . . G C . . CCCA AA G AG . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C ATGGA . . . . T C GTTATGAG . . . . . . ATAGT . . C . .
blockSeqs : T . . G T . . TAAC AA G G . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C ATGGA . . . . T A ATTTGAT . . . . . . ATAAC . . .
blockSeqs : . . . . C . . TAAC AA G G . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT . . . . T A GTTTGAT . . . . . . ATAAC . .
blockSeqs : . . . T . . ATAA AA G G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT . . . . T A GTTTGAA . . . . . . ATAAA . .
blockSeqs : . . . C . . AAAA AA A C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . A A GTGTGAA . . . . . . ATAAC .
blockSeqs : . . . . . . AAAA AA G G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . T A GTTG . . . . . . ACAAC .
blockSeqs : . . . . AA . G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G C T . . . . . . ATAAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqCons : C** NAAA***** G*** *** *** GTTTGAA************* ATAAC****************************
originalCons : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATA--A-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
finalCons : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---ATANAAA-----AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGCG---AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAAGTTTGAA-------------TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTTATAAC----------------------------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG
Alignments
lowQualScore : 111 1 111 22222222222222 111 111111111 11111111 33333333333333 11111111111111111111 333333333333333333333333333333333 1111111 111111111
lowQualScore : 555 3 3 7 1 3 0 555 3 000 33333333333333 0 7777 333 33 2 33 2 2 888888 0 2 33 111111111 555 2 555 555 6666 33 00000000 2 2 2 555 2 33 33 33 2 33333333333333 2 2 2 33 1 2 88888888888888888888 5 5 2 2 2 444 000000000000000000000000000000000 0000000 666666666 999 5 5 6
lowQualScore : ... . . . . . . ... . ... .............. . .... ... .. . .. . . ...... . . .. ......... ... . ... ... .... .. ........ . . . ... . .. .. .. . .............. . . . .. . . .................... . . . . . ... ................................. ....... ......... ... . . .
lowQualScore : 999 1 1 1 4 3 4 888 1 222 33333333333333 8 3333 666 77 7 77 7 1 222222 6 1 99 444444444 000 9 000 000 1111 99 44444444 9 9 9 000 9 99 99 99 1 66666666666666 9 9 9 77 1 4 66666666666666666666 3 3 7 7 7 777 999999999999999999999999999999999 0000000 000000000 111 7 7 7
consensus : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-N-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
Reference ( family-5593 ) : CGGCAAAAAC--GTTC-TGCACACT-TGGGGGTATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACGGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-N-AAA--AAT---A-AA--TTCAAACTTAACAAACAGGC--G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------TACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACTAGTGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTATGAAATACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TT-TTG-CCGAGTA
gi|1 : TC-TGCACGTA-TGGGG-TATTTGGGTTATGAAATAAAAACCGTGTTTTACACGGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-TTAAAC-AAT---A-A---CTCAAACTAAACAACCAGGC--GTAAA-G-A--GAATGAAC-AT--C-CATTCATTAGTTCATTAGTAATGTTATACACATGCT------TACAGGGGTCATTGGTAAAAAATGGCT--AAAA-A---------TAGGTGAATATAGTAATTGAAAA---TTCATTA-AATTCATTGACAAGGTGGATGC----ACACG--TTATTGACATAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-TGT---GA-CTGGTGACCCCTGTCTGCTTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--GACTATTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-GTTCGCCTA--TATGTTTA------TTTTTTGTGA--A-TTGT-T-GTTTATTATG-AT-GTA---TAA---ATATCTGTATTGAATGCAGTTTTCATTTC---------ATAG----------CCGAAAACT-CTA-------AGT---------ATGCATAA
gi|10 : atactctgcaggTCACTTGTTCATTAGTTATCTTGTGTATATGTA------AACAGAGATCAT-----------GGCT--ACAATA---------CACGTGAATACAATAATTGAGAA---TTCAA----------------AGTGGAGAC----ACACA--TTATTGACAAAAATACCGTATTTTTAC--------CTA-TT-T-T---GA-CTGGAAACAAATGTTTACTTTGATAA-------TATTAA--TG--AACCAGTGA----ATGGGT----TTT-AATTTT-GA-TTTCGCATA--TTTGTTCA------G-T----TG------T-T-T-GTTT----TG-AT-ATA---TAACGCATATCTGTATAAAATACAGTTT--ATTTT---------ATAA----------CCCAAATATTCCA-------AGT---------ATGAAGAAC--TTATT-TTA-CCGAGT
gi|11 : CGGCAAAAATATGTTC-TGCGCACT-TGGGG-CATTTGGTTTATAAAATG-------TATTTCATATTGATATGCTTTA-TATATG---AT-A-C-CCA--A-T---A-A---TTCAAACTTAACAAACAAGC--G-AAAAG-A--TAATGAAA-AT--C-CATTAATTAGTTCATAAGTAAT-------------A------TACAGGGGACTTCGGTCAAAAATTGCT--AAAATA---------CAGGTAAATACACTAATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CGATGCGGATAC----ACACA--CTATTAACATAA
gi|12 : tT--AAAATA---------CAGGTGAATACTATAATTAACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACCCG--TTATTGACAGAAACA-TGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GGCCTGGTGACCCCTGTCTACTTTGATAAC--GGATAACTAA--TG--GACTAGTGAATGGA----T----TTT-CATTCT-GT-TTCCGACTG--TTTGTTAA-------T------------TT-T-T-ATTTATTATT-AT-ATAATTTAAAACATATCCATATGAAGTACAGTTTTCATGTC---------ATAA----------C---------CCA-------AAT---------ATcattggtcaatgttttt
gi|13 : attgag--GTTC-TGCAAACG-TGGGG-TATTTGCGTTACATAATGAAAA-----TTCCATACGGCTATGTTGTA-TATATCGTTAT-A-T-AAC--AAT---A-A---TTCAATCTTAACAAATA---------A-G-A--GAATGAAATAT--TGCATTCATTAGTTCATTAGTAATCCATTGTAAAAGTA------GACAGGGGACATCGGTCAGAAATGGCT--TAAATA---------CAGGTGAATTCAATCATTGACAA---TTCCATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTAACGACAGAAATccca
gi|14 : TTATTAAATTGTCAAATATTGA----A----T----T---CATT-T-GTATTTCAATCAATTTTGTTAA------GGT----TGA--ACTT-T-T-GTTTATTATT-AT-ATA---TAAAAAATATCCGT---AAGTACAGTTTTCATTTT---------ATAG----------T---------TCA-------AATATCCAAAAAGTGGAGAAC---T-TT-TTG-CCGAGTA
gi|15 : ctttagtgttagattttcggtacgttattcttttacatattatatgacaatatgttaaactatatacacgtattataatat--GAATGAAA-CT--C-CATT-ATAAGTTCATAAGTTATCTTATGCACATGTACATGTATACAGGGGT--------AAAAATGGCT--AAAATA----------AAGTGAATTCCAAAACTGACAA---T-CAATA-A---CAC---CAAGCCGGATACTAGTACACACCTTATTGTAAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TTCT-T---GA-CTGGTGACCCTTGCCTACTTTGATAAT--GAATTACTAA--TG--At
gi|16 : GGATATTTGGGTTATAACATGAAAACTGCATTCCATACGGATATGTTTTA-TAAA-----AT---T-AAC--AAT-----AA--TTCAAACTT-ACAAACAGGC--G-AAA-GCA--GAAAGGAA-AT--C-CATTC
gi|17 : tgtgtgggtatcggtaattagaaactcggttgtcaatttccagtacgttagcacttgacgaacagaggtactggtccatacactcaCGGCAAAAAC--GTTC-TACACACT-TTTATGTACTTGGGTTATAAAATGAAAAGTGTATTCCATACGGATATATTTTA-TATATC---ATAA-T-AAAC-AAT-----AA--TTCAACCTTAACAAACAGGC--GAAAA-G-A--GAAT---A-AT--C-TATACATTAGTTCATT----------TACACATGTA------TACAGGAGTCATCGGTCAAAAATTGTTCAAAAATgagaattcagagcatc
gi|18 : GCAACAACA-GTTC-TGCACACT-TGGGAGTATTTGGGATATAAAATAAAAATTGTATTTCATACAGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-A-TAA--ACC---ATAA--TTCAAACTTAACAAACAGGCTAA-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTTATTAGTTCATTAGTAATCTTATGTAAGTTTA------TACAGGGGtgttttttgtttatgatg
gi|19 : aGAAATACT-----TTGGT--------CAT-TT-T-T---TA-CTAGTGAACACTACTTACATTGACAAC--GAATTATAAA--TG--AATT--T------A----T----T-----TTCT-AT-TTTCGTGTA--TATGT-------------------------------TTTA-TATG-GT-CTA---CAAAATGCATTTGTATGAGCTTAAGGTTTCA-TTT---------ATAATCCAAAACATC---------TCA-------AGT---------GTGCAGAAC--T
gi|2 : tCGGCAAAAAC--GTTC-TGCTCACT-TGGGGGTATTAGCGTTATAAAATGAAAACCGTATTGCTTACGGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-A-AAA--AAT---G-AAATTTCAAATTTAACAAACATGC--G-AAA-C-A--GAATGAAA-AT--C-TATTCATTAATTCATTAGTAATCTTATGCACATGTA------CACAGGGGTCATCGGTCAAAAATGGCT--AAAATA---------CAGGT--ATAAAATA-TAGCCAAGTGTTT--TGCA---CAC---CAAGGTGGAAAC----AGACA--TTCTTGATAAAAATAATGTACTTAGGC--------CAT-TT-T-T---GA-TTGGTGACCCCTGTCTACTTTGTTAGT--GAATTACTAA--TG--AAGTAG------------T----TTT-CATTCT-GT-TTTCACCTA--TTTGTTAA------GTT----TGATTA-TT-T-T-GTTTATTATG-GT-ATA---TAAAATATATCCGTAAGAAATAAAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------AGT---------GTGCAGAAC--TT-TTATTG-CCGAATAgt
gi|21 : GA----A----T----TTT-TATTCT-GT-TTTCGCCTA--TTAGTTAACTTAAAGTT----TGA--A-TT-TGT-GTTAATTATG-AT-ATA---TAAAATATATCCGTATAAAATAAAGTTTTCATTTTTAGCGCAA-ACAC----------C---------CCA-------AGT---------GTGTAGAAC--TT-TT-TTGTTCGAGT
gi|22 : aacAAATA---------CAGGTGAATACAATTATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---AATGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACATAAA-AATGTATTTTGGCAATTGTTTTAT-TT-T-T---GA-CAGATGACCTCCGTTTGATTTGATAAT--GGATTACg
gi|23 : CGACAAATGG--GTTC-TGCACACT-CGGAT-TATTTGGGTTATAAAATGAAAACTGTATTTTATACGGGTATGT
gi|24 : aggtatttggtaaattatcctA--TTTGTTCA------ATT----TGA--T-TT-T-TTGTTTGTTATG-AT-ATA---TGAACCATATCCGTATAAAAAACAGTTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Aagtgt
gi|25 : aaTC-TGCACACT-TGGGG-TATTTCAGTTATAAAATGAAAACTGTATTTCATACATATAGGTCTTA-TATGTC---AT-ATC-AAAC-AAT-----AA--TTCAAACTaaacccaaaat
gi|26 : -A-T-AAA--CAT---T-AA--TTCAAACTTAAAAAACAGGC--G-AAATG-C--AACTAAAA-AT--C-CATTCAT--ATTCA-GAGTAGTTATATTCATAT
gi|27 : CGGCAAAAA---GTTT-TGCACACT-T-GCGATATTTGGGTTAGAAACTG
gi|28 : atacCGGCAAAAACT-GTTC-TGCAC--TGTAGGGGCATTTGGGTTATACAATattgta
gi|29 : ctTTT---------ATAA----------A---------CCATATACACAGT---------GTACAGAACTTTT-TT-TTG-CCAAGTAatagat
gi|3 : taCGGCAAAAAT--GTTC-AGCACA-----------TTTGGGATATAGAATGAAAATTGTATGTCTTA-GGATATGTTTTA-TATATC---AT-A-ATAAA--CAT---T-AA--T-CAAATTTAACAAGCAGGC----AAA-G-ATAGAATGAGA-AT--C-CATTCACTAGTTCATTAGTAGTCTTATGCACATCTA------TACACGGGTCATCAGCCAAAACTGACT--AAAATA---------CAGGTGAATACAATAATTGACAA---TTTAATA-C---CAC---TAGTATGGATAC----ACGAG--TTATTTACAGAAATACTGTTATTTGGC--------AAG-TT-T-T---GG-TT--TGA-------TTACTTTGATAATAAAAATTAATAA--TG--AACTAGTAA----A----TCGGGTTT-TATTCT-CT-TAACGCCAA--TTTGTT-T------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCTGTATGAAAAACAGCTTTCA---T---------A------------------------CA-------AAT---------GTGCAGAAC--AT-TT-TTG-
gi|4 : tatactCGGCAAAAAT--GTTGATAAACATC-TGGGG-TAATTGGGTTATGAAATGAAA-CTATAT------------------A-TATA--------A-A-AAA--AATCAAA-AG--TTAAAATTTATCAAACAGGC--G-AAA-ACA--GAATAATA-AT--T-CATTCACTAGTTCATTTGTAATCTTATGCAAATGTA------TACAGGGGTCA----------ATGGCT--TAACTA---------CAGGTGAAGACAATAGTTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAAGGTGGATAC----ACACA--TTATTGACAGAAATACTGCAATTTGG----------ATATT-T-T---AA-CTGGTGGCCTCTGTCTACTTTAATAAT--GGGTTACTAT--TA--AACTAGTGAATGGA----T----TTT-AATTCTCGT-TTTTA-CTA--TTTGTTAA------GTT----TGA--T-TT-T-T-GTTTATTATG-CG-ATA---TAAAATATATCCGTACGGAATA-AGTTTTTATTTTAAAACCCAAATAC----------C---------CCA-------AAT---------GTGCAGAAC--CT-TT-
gi|5 : t--GTTC-TGCCTACT-TGGGG-TAATTGTGTTATAATACGAAAATTGTATTTGTTACGGATATGCTCTAATATATC---AT-A-A-TAAGTAAT---A-A---TTCAAACTTAACAAACAGGT--G-AAA---A--CAATGAAA-AT--T-CATTCATTAGTTTATTAGTAATCTTATGCACATGTA---------------CATCGGTCAACAATGGAT--AAAGTA---------AAGGTGAATATAATAATTGACAA---CCCAGTA-A---CAC---CAATGTGGACAC----ACACA--CTATTGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CAT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTCCCGTCTTCTTTGATAAT--GGATGACTAA--CA--AACTAGTGA----A----TGGA-TTTAAATTCT-CT-TTTCGCCTA--T---TTAA---------------------------ATTTATCATA-AC-ATA---TAAAACCTATCCGTATGAAACACATATTTCATTTT---------ATAA----------C---------
gi|6 : ttctGGGGTAATTGGGTTATAAAATGAAAACTGCATTTCATATGGGTATGTTTTT-CATACC---AC-A-A-TAACCAAT-----AA--TTCTAACTTAACAAAAA-----G-AAA-G-A--GAATGAAA-AT--C-CATTCATAAGTTCATTAGTAATCTTATCCA---ATA------TACAGGAG-----------------------AATA---------C----------AATAAT--GCAA---TT------A---CAC---CAAGGTCGATAC----ACACA--CTA-TG----------CGCATT--------------A--TT-T-T---GA-ATAGTGA-CCCTGTCTAATTTGATAAT--GGATTACTAA--TG--AACGAGTGAATGGA----T----TTT-CCTTCT-AT-TTTCGCTTG--TATGTTAA------GTT----TGA--A-TT-T-T-GTTTACAATG-AT-ATA---TAAAACCTATCTGTATGGAATACTCTTTTCATTTT------------A----------C---------CCA-------Aa
gi|7 : tAGGC--A-AAAAG-A--AAATGAAA-AT--C-CATTCGTTAGT--------AATCATATGCACATGTT------TACAGGGGTCATTGGTCAAAAATAGCT--AAAATAGACGCTCGCCGGGTGAATACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CAC---CAACGTGGTTAT----AGGCA--ATATTGATAGAAAAACT-TATTTTGGC--------CAT-TT-T-TTGGGA---GATGACACCTGTCTACCTTTATCAT--GGATTACTAA--TG--AATTGGTGA----A----TGGA-TTT-CATTCT-TT-TTTCGTATA--TTTGTTAA------GTT----TGA--ATTT-T-T-GTTTATAATA-AG-ATA---TGAAATATGTTCATTTGAAATACAGagaatgc
gi|8 : ctatgtctgctttggacataaaaacatatttgcAAATACGTTATTTTTGC--------CAT-TA-T-T---GT-CTGATGACCCCT----ACTTAGAC--------TT--TAA--T---------------------------TC-CATT------TTTTGCCTA--TGTGTTAA------GTG----TGA--A-TTAT-T-GTTTATTATG-AT-ATA---TAAAACATATCCGTTTGAACTGCAATTTACATTAT---------ACAA----------C---------
gi|9 : GC--G-AAAAG-G--GAATGAAA-ATAAT-TAATCATTTTTTCATTAGTAATCTTATGTACATGTA------TAGAGAAGTCATCGGTCAAAAATACCT--AAAATA---------CACATGAGTACAATAATTGACAA---TTCAATA-A---CA------AGGTGGATAC----ACACA--TTAATGACAGAAATACTGTATTTTGGC--------CTT-TT-T-T---GA-CTGGTGACTTCTTCCTACTTTGATAAT--GGATTACTAG--TG--AA----TGA----A----T----TTT-CATTCT-GT-TTTTGCCTA--TTTGTTCA------GTTA---TGA--G-TT-TAT-GTTTATTATATATAATA---TAGAACGTATCTGTATGAAATAAAACTTTCATTTT---------ATAA----------C---------CCA-------Atttaaataaacaatcctagagttgggctgtaaggctataataacggccggaaaatatcaatacaataaaattgtttaatataccaagtagcaataaattatgtcaaattattcggtctctggtagaacataatttcgaagtttcaataccgtagtgtgtaccattattggttcatttatgaattatca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATCAATAGAATAAAATTAATATTCGAAGTAGCAACACAAAATGTAAAATTATTCGAAATGTTTGGTAGAAAACCGTTGCAATAAAGTTTCGATACCATTATTAGTTTATTAATGAATTTATGAATTAAACGCTTTTTTTGGACAACCCTCG