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Reference ( gi|4 ) : GTGAAATGATT----T------GTTCACAGTAATGTGAC-GGATAAGTTAA-A----T-A--TT-TGGCACCAGATT-CTTGTAGATTTGTTGC--AA------TATTCAACAGAATAGATTATACTTCAAAATGGTTAAAAAATAAATACTTAGTTTCAGCAATGAGT-AAAC-AAGTAT-TTAAATAACACACATAA-AAGAGAAT-A---------TGA-------AAAAAAGA-GTAGTAAATAATGCTTTTATA-----TA--GTC-ATTTTGTCATGTCGGAG-A-TGCAATG-GATTAGTTCCC-TTA--G----GCAACCGATT--AGTTCTTAATTCGAAGTTAAGGCGCCGGATTTGTTCTCATTTCTT-TT--AT--ATA--TC--C--T---G-T-----C-AATA----TTG--------TGTA---AACAA-TTT------ATGA--------TCAG-----AACTGT--G-AG-CTAATCTGTCGCATTACTGTGAAC-A----AA------TC---ACTCCA----CGCTATGACAA----GCTATAC
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gi|1 : AATCTGTCGCATTACTATGAAC-A----AA------TC---ACTTCA----CGCTGTGACA------CTATACgtaaat
gi|2 : GTCGTATTACAGTGAAC-A----AA------TC---ACTTCA----GGCTGTGACAtgttaaataattggcaccagattcgtacaaattggtttcagtgcacaacaggatagattcttcttcaaaatggttagaaaataaatacttggagtaaagagttaaaaaatatttaaataaagaacttaatagcaaataccggtacattgaaaatgtgtaataaatggtggttagatagtcattttgtcatggcgtaaatgcaatggattagtacaattggtcctcaactctgattcagggtgccagcttaattctcatcttttatagatctcctgtcatttttgtgtaaaccatttatgaccagaactataagcaattttgtctcatttatgtgaacaaatcactttatgcagaaaaactgtgcaccc
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Reference ( family-5560 ) : GTGAAGTGATTT------GTTCACAGTAATGCGACGGATTAGTTAA-A-T-ATT-T----GGCACCGGATT-CTTGCAGATTGGTTGCAA------TATTCAACAGGATAGATTATACTTCAAAATGGTTAGAA-AATAAATACTTAG-TT-CAGTAATGAGT-AAAC-AANTAT-TTAAATAACGAACNTAATAGAAAAT-A-TG----ATN-----AAAAA-GTGTAGTAAATGGTGCCTTTATA-----TA--GTC-ATTTTGTCATGTCGGAGATGCAATGGATTAGTTCCCATAGGCAACCGATT--AGTTCTCAACTCGGATTCATGGCGCCGGATTTGTTCTCATTTCTTTT--AT--ATA--TC--C--T---GTCAATATTGTGTAAACAATTTATGACCAGAACTGTGAGCTAATCCGTCGCATTACTGTGAACA----AA-TCACTTCACGCTGTGACATACTATAC
gi|1 : AATCTGTCGCATTACTATGAACA----AA-TCACTTCACGCTGTGAC--ACTATAC
gi|1 : GTGAAGTGATTT------GTTCATAGTAATGCGACAGATTTGTTAA-A-T-AAT-T----GGCACCAGATT-CGTACAAATTGGTTTCAG------TGCACAACAGGATAGATTCTTCTTCAAAATGGTTAGAA-AATAAATACTTGG-----AGTAAAGAGT-TAAA-AAATAT-TTAAATAAAGAACTTAATAGCAAAT-ACCGGTACATT-----GAAAATGTGTAATAAATGGTG--GTTAGA-----TA--GTC-ATTTTGTCATGGCGTAAATGCAATGGATTAGT----A--------CAATT--GGTCCTCAACTCTGATTCAGGGTGCCAGCTTAATTCTCA--TCTTTT--ATAGATC--TC--C--T---GTCATTTTTGTGTAAACCATTTATGACCAGAACTATAAGCAATTTTGTCTCATTTATGTGAACA----AA-TCACTTTATGCtgttaaataattggcaccagattcgtacaaattggtttcagtgcacaacaggatagattcttcttcaaaatggttagaaaataaatacttggagtaaagagttaaaaaatatttaaataaagaacttaatagcaaataccggtacattgaaaatgtgtaataaatggtggttagatagtcattttgtcatggcgtaaatgcaatggattagtacaattggtcctcaactctgattcagggtgccagcttaattctcatcttttatagatctcctgtcatttttgtgtaaaccatttatgaccagaactataagcaattttgtctcatttatgtgaacaaatcactttatgcagaaaaactgtgcaccc
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