lowQualScore : 111111111111 33333333333333333333333
lowQualScore : 22222222 111 11111111111111111 333333333 1 1 1 1111111 111 11111 1 33333333333333333333 11111 22222 1 1111 11111 2222 11111 22 1111 1111111 1 1 2222 222222 111111 11 11 1 666666666 1 4444 22222 1 1 1 222 33 77777777777777777 33 1 1 1 1 22 33 444444444444 22 1 1 1 4444 1 111 1 77777777777777777777777 1 1 555555 1 222 2 1 33 2222 4 1 777777777
lowQualScore : 1 00000000 555 8888 888888 44444444444444444 222222222 5 55 5 0 2 2 77 3333333 999 3 99999 6 1 4 55 4 4 99999999999999999999 00000 33333 1 5 3 777 4 44 6 6 3 9 5555 888 0 5 22222 5 888 2222 888 1 0 2 9 22222 888 33 0000 3 8888888 1 5 5 1 1 8 7777 1 444444 888 1 0 888888 11 11 1 5 666666666 6 4 5 4444 55555 7 6 5 7 6 333 44 77777777777777777 22 6 6 5 6 7 5 7 33 6 6 6 22 6 6 000000000000 11 6 5 7 6 5 6 3333 6 5 888 5 6 00000000000000000000000 6 6 5 5 888888 7 6 999 6 0 5 2 44 3 6 2 9999 0 7 444444444 2 6 2 2
lowQualScore : . ........ ... .... ...... ................. ......... . .. . . . . .. ....... ... . ..... . . . .. . . .................... ..... ..... . . . ... . .. . . . . .... ... . . ..... . ... .... ... . . . . ..... ... .. .... . ....... . . . . . . .... . ...... ... . . ...... .. .. . . ......... . . . .... ..... . . . . . ... .. ................. .. . . . . . . . .. . . . .. . . ............ .. . . . . . . .... . . ... . . ....................... . . . . ...... . . ... . . . . .. . . . .... . . ......... . . . .
lowQualScore : 0 33333333 555 5555 888888 55555555555555555 555555555 1 00 4 8 5 5 22 0000000 777 3 22222 9 6 0 55 0 0 88888888888888888888 00000 44444 4 0 6 888 4 66 1 1 1 9 9999 888 1 9 55555 0 888 1111 888 1 4 1 6 55555 888 22 6666 7 6666666 7 7 2 5 0 0 2222 8 888888 888 8 8 000000 00 00 4 0 555555555 0 0 0 0000 00000 0 0 0 0 0 000 00 00000000000000000 00 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 00 0 0 000000000000 00 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 000 0 0 00000000000000000000000 0 0 0 0 000000 0 0 000 0 0 5 5 00 0 0 5 0000 0 0 555555555 5 0 5 5
consensus : ATACAGAATAG-------TTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATC------AAT--------A--------CAT--------GTGCATGCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGA-TCAAGTC-A---TAGTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTATTA-CAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAG-T---GGA--ACT---CATCCTCAATATTTTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCT-TGTCGACC-TTTTCCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTA-CNCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCATTATNAATGCTNGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAATATTGGTTGTANAAATGAGTCGAACANATTCAACACAATATTAACCGNCACATTCAATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAGCACATTGCCNTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGCTGAGNTTGCTGTTACAAGCGACGCACCA
Reference ( gi|1 ) : ATACAAAATAA-------TTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATC------AAT--------A--------CAT--------ATGCATTCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTG-TTAAGTC-T---TAGTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTGTTT-CAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAG-T---GTA--ACT---CATCCTCAATATTTTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTCTATGTCGACC-TTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTA-CACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACACGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACA-TC-ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGTGACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCACCT
gi|7 : ATACAGAATAA-------TTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATC------AAT--------A--------CATCAATACATGTGCATGCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGA-TCAAGTC-A---TAGTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTATTA-CAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGG---ATTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATA
gi|10 : atacagaATACAAAAAAAATATTTTTTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------C------AAT--------A--------CATCA------ATGCAT----AGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGA-TCAAGTC-A---TAGTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATTTAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATT-TTA-AATAc
gi|15 : aATACAGAATAG-------TTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATT------AAT--------A--------CAT--------GTGCATGCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGA-TCAAGTC-T---TAGTATT
gi|19 : tactgaATACAGAATAG-------TTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATC------AATACATCAAAA--------CAT--------GTGCATGCATAGAAAAACAA
gi|5 : gaTACAGATTAG-------TTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATC------AAT--------A--------CATTAATACATGTGCATGCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGCT----------------------GAATAGGACAATGAAATAAACTAAATC-A---CAGTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTATTA-CAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAG-T---GGA--ACT---CGTCCTCAATATCTTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCT
gi|18 : AAAAGAG-------TTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATC------AAT--------A--------AAT--------GCGCATGCATAGAAAAAAGAAA--
gi|20 : tgaaaaaaaATAG-------TTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATA------AAT--------A--------CAT-----------CATTttcaaa
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGTTTCTTAGAAT--------G--------TGT--------ATAGA---AT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGA-TCAAGTC-A---TGGTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA
gi|4 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtTATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATC------AAT--------ATATCAATACAC--------GTGCATGCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATA-TTAAGTC-A---TAGTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTATA--CAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAA-T---GGA--ACT---CATCCTCTATGTTTTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTCTCTTTCGACC-TTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTA-CTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAAttataatacaca
gi|11 : cgaaaacgggatagtttattTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATC------AAT--------A--------TAT--------GTAGATGCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGG-TCAATTC-A---AAGTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTtt
gi|16 : ttattgataagagtcaccCATCATAAATAATAACGTATC------AAT--------A--------CTT--------TTGCATGCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATGactacacgacaagaagttg
gi|3 : caagcagtaaaaaaagAACATATC------TAT--------A--------CAT--------ATGCATtaatattatcatgcacaatcat
gi|3 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaATC------AAT--------A--------CTT--------GTACATGCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGA-TCAAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTATTA-CAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACG-G---GGA--ACT---CATTCTCAATACCTTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTCTATGTCGATC-TTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGA-------CG-------AG-AGTCGCTATCA-TGTGCTT--CTT--ATTAACAAcaatacttgtacatgcatagaaaaacaaaacaattcaaatacatgttatataaacgagagtaaatatgataatttaatgatcaaatcatacatagtatttaattttaatttcctttcttgagaagcttttctttaaattataatataagttatttaagattctaactttattacagttaagtaattggataaatataataacacttggattattataataatatttgggtacaaattgtctcattaagtttgaataatgatcacagattatgataacggggaactcattctcaataccttgcctgttgcaaacactacatttatttcctatcttgccgtgaaatttgaacagttctatgtcgatcttttccaattcgcagtccgtgtgacgagagtcgctatcatgtgcttcttattaacaa
gi|2 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGG-TCAAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTAT---CA-TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGA---TTAT-----TAT-------CAT--------------TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAG-T---G----------------GAATAATTTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-A-TGGAATAGTTCCTTGTCGACCATTTTC-AACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTA-CTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA--------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACA-TTAATACTTTTTGTCATAGATATAAG---------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|8 : tGTGAATATGGCAATTAAATGA-TCAAGTC-A---ACGTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTTCTG-CAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAG-TGACGGA--ACT---CATTCTCAATAGTATTGCTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA----------GAGC-TTTTC-AATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTA-Ctcttgt
gi|14 : ATGACAATTAAATGA-TCAAGTC-T---TAGTATTTAAtcgg
gi|9 : ---TAGAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTACTA-CAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAA-T---GGA--ACT---CATTCTCAATATCTTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAACGTTTTT-TGTaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|14 : acaATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATT--CATA-TAATATTTTTTTGTAAA-ATACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAA-T---G------------TCTTC-----TTTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAA
gi|12 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATGA-----TAACGAT---GTATGACTGTTTACTTTAAATCTTTTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGTA-CAGTTCTATATCGACC-CTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCT---ACTGTGCGTAACTTTGATTTAC
gi|21 : TCGCTA-CCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATTATTAATGCTAGTTTC
gi|13 : CCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTC-ATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAGCACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222 1111111 33333333333333333333 11111 11111 1111111 222 111111 22 1 1 444444444444 1 88888888888888888888888 22 2 222 2222
lowQualScore : 666 7777 11111111 77777777777777777777777 3 3 44 3 1111111 3 6666 3 55 3 3 33333333333333333333 99999 3 55 0 4 777 4 2 2 7 1 1 4 777 1 22222 888 2 0 4 5 11111 777 9999 6666666 0 5 4 333 6 2 0 6 55 99 99 888888 1 1 3 3 4 4 4 3 4 3 4 88 77 5 5 66 3 4 2 4 4 66 777777777777 2 2 4 3 5 3 2 55555555555555555555555 3 3 77 2 4 4 0 3 7 1 1 0 0 1 999 7 7777 11 0 11 0 77
lowQualScore : ... .... ........ ....................... . . .. . ....... . .... . .. . . .................... ..... . .. . . ... . . . . . . . ... . ..... ... . . . . ..... ... .... ....... . . . ... . . . . .. .. .. ...... . . . . . . . . . . . .. .. . . .. . . . . . .. ............ . . . . . . . ....................... . . .. . . . . . . . . . . . ... . .... .. . .. . ..
lowQualScore : 888 7777 22222222 33333333333333333333333 3 3 66 6 8888888 1 5555 6 00 6 6 77777777777777777777 11111 6 00 1 4 000 0 3 7 3 8 0 4 888 0 55555 888 0 9 4 3 11111 888 4444 2222222 2 0 3 000 3 2 7 7 77 22 22 777777 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 55 0 0 55 0 0 5 0 0 55 000000000000 5 5 0 0 5 0 5 00000000000000000000000 0 0 55 5 0 0 7 3 3 0 0 7 7 0 777 3 7777 77 7 77 7 33
consensus : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTC-TATGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCAC-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-AATACTTTTTGTCATAGATATAAG--A-CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
Reference ( family-545 ) : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTC-T-TGTCGACCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACNCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCATTATNAATGCTNGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAATATTGGTTGTANAAATGAGTCGAACANATTCAACACAATATTAACCGNCACATTCAATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAGCACATTGCCNTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGCTGAGNTTGCTGTTACAAGCGACGCACCA
gi|1 : ATACAAAATAATTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATATGCA-T-TCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTGTT-AAGTCTTA----GTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTG-T--TTCAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GTAACTCATCCTCAATATT-TTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTC-TATGTCGACCTTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTACACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACACGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACATC--ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGTGACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|10 : TTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------CA--------AT--------A--------C-----AT---CAAT-GCATAGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATT--TAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATTTTcct
gi|11 : aatacaaaaaaaatattttTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATCA--------AT--------A--------T-----ATGTAGA-T-GCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGGTC-AATTCAAA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTA-C--TACAaaata
gi|12 : ttattgataagagtcaccAATCTT-TTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGT-ACAGTTC-TATATCGACCCTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCTA--CTGTGCGTAACTTTGATTTACcgacaagaagttg
gi|13 : atgataacgatgtatgactgtttactttaCCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTCA-TACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAGCACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
gi|14 : ctATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATTTAAtttgt
gi|14 : ATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATTCATATAATATT-TTTTTGTA-AAA-T-ACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAAT---G-------TCTTC-----T-TTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAAaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|15 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATACAGAATAGTTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATTA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATT
gi|16 : tactgaCATCATAAATAATAACGTATCA--------AT--------A--------C-----TTTTGCA-T-GCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATG-TAAT---ATTATC-A
gi|18 : caagcagtaaaaaaagAAAAGAGTTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------A-----ATGCGCA-T-GCATAGAAAAA----------AGAAATTCAAAtgcacaatcat
gi|19 : tgaaaaaaaATACAGAATAGTTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------ATACATCAAAA--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAA
gi|2 : gaCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGGTC-AAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTA-T--CA---TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGATTATTAT---------------CA-----------T---TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAGT---GGAA-----------TAAT-TTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-AT-GGAATAGTTCCT-TGTCGACCATTTTCAACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTACTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA--------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACATT-AATACTTTTTGTCATAGATATAAG---------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|20 : tATAGTTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATAA--------AT--------A--------C-----ATtcttgt
gi|21 : TCGCTACCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATTATTAATGCTAGTTTCcatt
gi|3 : ATCA--------AT--------A--------C-----TTGTACA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGATC-AAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACGG---GGAACTCATTCTCAATACC-TTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTC-TATGTCGATCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGACGAGAGTCGC--TATCA-------------TGTGCTT--CTT--ATTAACAA
gi|4 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcACGGGATAGTTTATTT--------------ATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATCA--------AT--------ATATCAATAC-----ACGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATATT-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTA-T---ACAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAAT---GGAACTCATCCTCTATGTT-TTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTC-TCTTTCGACCTTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTACTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAA
gi|5 : cgaaaTACAGATTAGTTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATCA--------AT--------ACATTAATAC-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGC----------------------TGAATAGGACAATGAAATAAACTAAATCACA----GTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTA-T--TACAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAGT---GGAACTCGTCCTCAATATC-TTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTtt
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGT-----------T--------T--------CTTAGAATGTGTA-TAGAAT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGATC-AAGTCATG----GTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA---TTA-TAATACA
gi|7 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtATACAGAATAATTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATCAATACATCAAT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGATC-AAGTCATA----GTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTA-T--TACAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGGA---TTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATAca
gi|8 : atacagaGTGAATATGGCAATTAAATGATC-AAGTCAAC----GTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTT-C--TGCAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAGTGACGGAACTCATTCTCAATAGTATTG-CTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA-----------GAGCTTTT-CAATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTACTCc
gi|9 : CATA----GAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTA-C--TACAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAAT---GGAACTCATTCTCAATATC-TTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAACGTTTT-T-TGTgg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG
Alignments
lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222 1111111 33333333333333333333 11111 11111 1111111 3333333 11 1 1 2222 222 1 77777777777777777777777 11 1 1 55555555
lowQualScore : 666 7777 11111111 77777777777777777777777 3 3 44 3 1111111 3 6666 3 55 3 3 33333333333333333333 99999 3 55 0 4 777 4 2 2 7 1 1 4 777 1 22222 888 2 0 4 5 11111 777 9999 6666666 0 5 0 5 6 2 0 6 44 99 99 8888888 1 2 1 1 1 1 1 1 1 22 88 5 5 22 1 1 1 1 1 22 3333 111 1 1 1 1 5 1 1 77777777777777777777777 1 1 88 1 1 1 3 7 5 7 77777777 0
lowQualScore : ... .... ........ ....................... . . .. . ....... . .... . .. . . .................... ..... . .. . . ... . . . . . . . ... . ..... ... . . . . ..... ... .... ....... . . . . . . . . .. .. .. ....... . . . . . . . . . .. .. . . .. . . . . . .. .... ... . . . . . . . ....................... . . .. . . . . . . . ........ .
lowQualScore : 888 7777 22222222 33333333333333333333333 3 3 66 6 8888888 1 5555 6 00 6 6 77777777777777777777 11111 6 00 1 4 000 0 3 7 3 8 0 4 888 0 55555 888 0 9 4 3 11111 888 4444 2222222 2 0 7 3 0 2 7 7 44 22 22 0000000 0 5 0 0 0 0 0 0 0 00 55 0 0 00 0 0 0 0 0 00 5555 000 0 0 0 0 5 0 0 55555555555555555555555 0 0 55 0 0 0 3 3 3 3 33333333 7
consensus : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAA--G---G-CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
Reference ( family-545 ) : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTATGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATTAATACTTTTTGTCATAGATATAA--G---A-CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|1 : ATACAAAATAATTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATATGCA-T-TCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTGTT-AAGTCTTA----GTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTG-T--TTCAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GTAACTCATCCTCAATATT-TTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTCTATGTCGACCTTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTACACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACA-CGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACATC-ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGTG---ACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|10 : TTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------CA--------AT--------A--------C-----AT---CAAT-GCATAGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATT--TAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATTTTcct
gi|11 : aatacaaaaaaaatattttTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATCA--------AT--------A--------T-----ATGTAGA-T-GCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGGTC-AATTCAAA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTA-C--TACAaaata
gi|12 : ttattgataagagtcaccAATCTT-TTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGTA-CAGTTCTATATCGACCCTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCTA--CTGTGCGTAACTTTGATTTACcgacaagaagttg
gi|13 : atgataacgatgtatgactgtttactttaCCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTCATACTTTTTGTCATAGATATAA--GGTAG-CACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
gi|14 : ctATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATTTAAtttgt
gi|14 : ATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATTCATATAATATT-TTTTTGTA-AAA-T-ACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAAT---G-------TCTTC-----T-TTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAAaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|15 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATACAGAATAGTTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATTA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATT
gi|16 : tactgaCATCATAAATAATAACGTATCA--------AT--------A--------C-----TTTTGCA-T-GCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATG-TAAT---ATTATC-A
gi|18 : caagcagtaaaaaaagAAAAGAGTTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------A-----ATGCGCA-T-GCATAGAAAAA----------AGAAATTCAAAtgcacaatcat
gi|19 : tgaaaaaaaATACAGAATAGTTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------ATACATCAAAA--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAA
gi|2 : gaCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGGTC-AAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTA-T--CA---TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGATTATTAT---------------CA-----------T---TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAGT---GGAA-----------TAAT-TTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-AT-GGAATAGTTCCTTGTCGACCATTTTCAACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTACTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA---------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACATTAATACTTTTTGTCATAGATATAA--G----------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|20 : tATAGTTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATAA--------AT--------A--------C-----ATtcttgt
gi|21 : TCGCTACCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATT-ATTAATGCTAGTTTCcatt
gi|3 : ATCA--------AT--------A--------C-----TTGTACA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGATC-AAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACGG---GGAACTCATTCTCAATACC-TTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTCTATGTCGATCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGACGAGAGTCGC--TATCA-------------TGTGCTT--CTT--ATTAACAA
gi|4 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcACGGGATAGTTTATTT--------------ATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATCA--------AT--------ATATCAATAC-----ACGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATATT-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTA-T---ACAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAAT---GGAACTCATCCTCTATGTT-TTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTCTCTTTCGACCTTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTACTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAA
gi|5 : cgaaaTACAGATTAGTTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATCA--------AT--------ACATTAATAC-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGC----------------------TGAATAGGACAATGAAATAAACTAAATCACA----GTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTA-T--TACAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAGT---GGAACTCGTCCTCAATATC-TTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTtt
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGT-----------T--------T--------CTTAGAATGTGTA-TAGAAT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGATC-AAGTCATG----GTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA---TTA-TAATACA
gi|7 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtATACAGAATAATTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATCAATACATCAAT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGATC-AAGTCATA----GTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTA-T--TACAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGGA---TTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATAca
gi|8 : atacagaGTGAATATGGCAATTAAATGATC-AAGTCAAC----GTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTT-C--TGCAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAGTGACGGAACTCATTCTCAATAGTATTG-CTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA----------GAGC-TTTTCAATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTACTCc
gi|9 : CATA----GAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTA-C--TACAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAAT---GGAACTCATTCTCAATATC-TTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAAC-GTTTTTTGTgg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG
Alignments
lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222 1111111 33333333333333333333 11111 11111 1111111 3333333 11 1 1 2222 222 1 77777777777777777777777 11 1 2 666666
lowQualScore : 666 7777 11111111 77777777777777777777777 3 3 44 3 1111111 3 6666 3 55 3 3 33333333333333333333 99999 3 55 0 4 777 4 2 2 7 1 1 4 777 1 22222 888 2 0 4 5 11111 777 9999 6666666 0 5 0 3 6 2 0 6 44 99 99 8888888 1 2 1 1 1 1 1 1 1 22 88 5 5 22 1 1 1 1 1 22 3333 111 1 1 1 1 5 1 1 77777777777777777777777 1 1 88 1 1 1 3 7 6 7 111111 0
lowQualScore : ... .... ........ ....................... . . .. . ....... . .... . .. . . .................... ..... . .. . . ... . . . . . . . ... . ..... ... . . . . ..... ... .... ....... . . . . . . . . .. .. .. ....... . . . . . . . . . .. .. . . .. . . . . . .. .... ... . . . . . . . ....................... . . .. . . . . . . . ...... .
lowQualScore : 888 7777 22222222 33333333333333333333333 3 3 66 6 8888888 1 5555 6 00 6 6 77777777777777777777 11111 6 00 1 4 000 0 3 7 3 8 0 4 888 0 55555 888 0 9 4 3 11111 888 4444 2222222 2 0 7 0 0 2 7 7 44 22 22 0000000 0 5 0 0 0 0 0 0 0 00 55 0 0 00 0 0 0 0 0 00 5555 000 0 0 0 0 5 0 0 55555555555555555555555 0 0 55 0 0 0 3 3 7 3 777777 7
consensus : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
Reference ( family-545 ) : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|1 : ATACAAAATAATTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATATGCA-T-TCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTGTT-AAGTCTTA----GTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTG-T--TTCAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GTAACTCATCCTCAATATT-TTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTCTATGTCGACCTTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTACACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACA-CGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACATC-ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGT--GACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|10 : TTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------CA--------AT--------A--------C-----AT---CAAT-GCATAGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATT--TAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATTTTcct
gi|11 : aatacaaaaaaaatattttTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATCA--------AT--------A--------T-----ATGTAGA-T-GCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGGTC-AATTCAAA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTA-C--TACAaaata
gi|12 : ttattgataagagtcaccAATCTT-TTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGTA-CAGTTCTATATCGACCCTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCTA--CTGTGCGTAACTTTGATTTACcgacaagaagttg
gi|13 : atgataacgatgtatgactgtttactttaCCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTCATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAG--CACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
gi|14 : ctATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATTTAAtttgt
gi|14 : ATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATTCATATAATATT-TTTTTGTA-AAA-T-ACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAAT---G-------TCTTC-----T-TTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAAaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|15 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATACAGAATAGTTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATTA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATT
gi|16 : tactgaCATCATAAATAATAACGTATCA--------AT--------A--------C-----TTTTGCA-T-GCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATG-TAAT---ATTATC-A
gi|18 : caagcagtaaaaaaagAAAAGAGTTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------A-----ATGCGCA-T-GCATAGAAAAA----------AGAAATTCAAAtgcacaatcat
gi|19 : tgaaaaaaaATACAGAATAGTTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------ATACATCAAAA--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAA
gi|2 : gaCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGGTC-AAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTA-T--CA---TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGATTATTAT---------------CA-----------T---TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAGT---GGAA-----------TAAT-TTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-AT-GGAATAGTTCCTTGTCGACCATTTTCAACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTACTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA---------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACATTAATACTTTTTGTCATAGATATAAG-----------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|20 : tATAGTTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATAA--------AT--------A--------C-----ATtcttgt
gi|21 : TCGCTACCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATT-ATTAATGCTAGTTTCcatt
gi|3 : ATCA--------AT--------A--------C-----TTGTACA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGATC-AAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACGG---GGAACTCATTCTCAATACC-TTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTCTATGTCGATCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGACGAGAGTCGC--TATCA-------------TGTGCTT--CTT--ATTAACAA
gi|4 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcACGGGATAGTTTATTT--------------ATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATCA--------AT--------ATATCAATAC-----ACGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATATT-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTA-T---ACAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAAT---GGAACTCATCCTCTATGTT-TTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTCTCTTTCGACCTTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTACTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAA
gi|5 : cgaaaTACAGATTAGTTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATCA--------AT--------ACATTAATAC-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGC----------------------TGAATAGGACAATGAAATAAACTAAATCACA----GTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTA-T--TACAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAGT---GGAACTCGTCCTCAATATC-TTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTtt
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGT-----------T--------T--------CTTAGAATGTGTA-TAGAAT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGATC-AAGTCATG----GTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA---TTA-TAATACA
gi|7 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtATACAGAATAATTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATCAATACATCAAT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGATC-AAGTCATA----GTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTA-T--TACAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGGA---TTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATAca
gi|8 : atacagaGTGAATATGGCAATTAAATGATC-AAGTCAAC----GTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTT-C--TGCAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAGTGACGGAACTCATTCTCAATAGTATTG-CTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA----------GAGC-TTTTCAATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTACTCc
gi|9 : CATA----GAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTA-C--TACAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAAT---GGAACTCATTCTCAATATC-TTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAAC-GTTTTTTGTgg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG
Alignments
lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222 1111111 33333333333333333333 11111 11111 1111111 3333333 11 1 1 2222 222 1 77777777777777777777777 11 1 2 666666
lowQualScore : 666 7777 11111111 77777777777777777777777 3 3 44 3 1111111 3 6666 3 55 3 3 33333333333333333333 99999 3 55 0 4 777 4 2 2 7 1 1 4 777 1 22222 888 2 0 4 5 11111 777 9999 6666666 0 5 0 3 6 2 0 6 44 99 99 8888888 1 2 1 1 1 1 1 1 1 22 88 5 5 22 1 1 1 1 1 22 3333 111 1 1 1 1 5 1 1 77777777777777777777777 1 1 88 1 1 1 3 7 6 7 111111 0
lowQualScore : ... .... ........ ....................... . . .. . ....... . .... . .. . . .................... ..... . .. . . ... . . . . . . . ... . ..... ... . . . . ..... ... .... ....... . . . . . . . . .. .. .. ....... . . . . . . . . . .. .. . . .. . . . . . .. .... ... . . . . . . . ....................... . . .. . . . . . . . ...... .
lowQualScore : 888 7777 22222222 33333333333333333333333 3 3 66 6 8888888 1 5555 6 00 6 6 77777777777777777777 11111 6 00 1 4 000 0 3 7 3 8 0 4 888 0 55555 888 0 9 4 3 11111 888 4444 2222222 2 0 7 0 0 2 7 7 44 22 22 0000000 0 5 0 0 0 0 0 0 0 00 55 0 0 00 0 0 0 0 0 00 5555 000 0 0 0 0 5 0 0 55555555555555555555555 0 0 55 0 0 0 3 3 7 3 777777 7
consensus : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
Reference ( family-545 ) : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|1 : ATACAAAATAATTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATATGCA-T-TCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTGTT-AAGTCTTA----GTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTG-T--TTCAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GTAACTCATCCTCAATATT-TTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTCTATGTCGACCTTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTACACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACA-CGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACATC-ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGT--GACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|10 : TTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------CA--------AT--------A--------C-----AT---CAAT-GCATAGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATT--TAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATTTTcct
gi|11 : aatacaaaaaaaatattttTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATCA--------AT--------A--------T-----ATGTAGA-T-GCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGGTC-AATTCAAA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTA-C--TACAaaata
gi|12 : ttattgataagagtcaccAATCTT-TTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGTA-CAGTTCTATATCGACCCTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCTA--CTGTGCGTAACTTTGATTTACcgacaagaagttg
gi|13 : atgataacgatgtatgactgtttactttaCCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTCATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAG--CACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
gi|14 : ctATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATTTAAtttgt
gi|14 : ATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATTCATATAATATT-TTTTTGTA-AAA-T-ACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAAT---G-------TCTTC-----T-TTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAAaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|15 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATACAGAATAGTTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATTA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATT
gi|16 : tactgaCATCATAAATAATAACGTATCA--------AT--------A--------C-----TTTTGCA-T-GCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATG-TAAT---ATTATC-A
gi|18 : caagcagtaaaaaaagAAAAGAGTTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------A-----ATGCGCA-T-GCATAGAAAAA----------AGAAATTCAAAtgcacaatcat
gi|19 : tgaaaaaaaATACAGAATAGTTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------ATACATCAAAA--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAA
gi|2 : gaCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGGTC-AAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTA-T--CA---TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGATTATTAT---------------CA-----------T---TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAGT---GGAA-----------TAAT-TTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-AT-GGAATAGTTCCTTGTCGACCATTTTCAACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTACTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA---------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACATTAATACTTTTTGTCATAGATATAAG-----------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|20 : tATAGTTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATAA--------AT--------A--------C-----ATtcttgt
gi|21 : TCGCTACCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATT-ATTAATGCTAGTTTCcatt
gi|3 : ATCA--------AT--------A--------C-----TTGTACA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGATC-AAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACGG---GGAACTCATTCTCAATACC-TTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTCTATGTCGATCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGACGAGAGTCGC--TATCA-------------TGTGCTT--CTT--ATTAACAA
gi|4 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcACGGGATAGTTTATTT--------------ATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATCA--------AT--------ATATCAATAC-----ACGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATATT-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTA-T---ACAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAAT---GGAACTCATCCTCTATGTT-TTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTCTCTTTCGACCTTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTACTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAA
gi|5 : cgaaaTACAGATTAGTTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATCA--------AT--------ACATTAATAC-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGC----------------------TGAATAGGACAATGAAATAAACTAAATCACA----GTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTA-T--TACAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAGT---GGAACTCGTCCTCAATATC-TTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTtt
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGT-----------T--------T--------CTTAGAATGTGTA-TAGAAT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGATC-AAGTCATG----GTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA---TTA-TAATACA
gi|7 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtATACAGAATAATTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATCAATACATCAAT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGATC-AAGTCATA----GTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTA-T--TACAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGGA---TTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATAca
gi|8 : atacagaGTGAATATGGCAATTAAATGATC-AAGTCAAC----GTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTT-C--TGCAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAGTGACGGAACTCATTCTCAATAGTATTG-CTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA----------GAGC-TTTTCAATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTACTCc
gi|9 : CATA----GAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTA-C--TACAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAAT---GGAACTCATTCTCAATATC-TTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAAC-GTTTTTTGTgg
blockSeqs : TTT AAAT ATACATCA ACATCAAAAC A A TT T TTCTAAA T CATA A GG G A TACTGGGTACT TATAT T AA C AAA T A T T A A C CCG T TCAGT GAC A A T ATAGT TGA ATTT CATATAG T A C C T CT AA TG GGCATT A A T A A A T T A TT . C C CT A A C T A TG . . C G T T A T C . A T . G A T C T C T GTAG
blockSeqs : TT . . ATATCAATAC . . . . . . . . . . . ATAATAT . . . . . . G C A A A . . A . . A . C . . . . . T A T . CC . . . . . A T .
blockSeqs : TG . . ACATTAATAC . . . . . . . . . . . TTGAT . . . . . . G A A A A . . A . . T . C . . . . . A T C . CT . .
blockSeqs : TG . . TCTTAGA . . . . . . . . . . . TTGCA . . . . . . T A C A A . . A . . A . C . . . . . C T G . CT . .
blockSeqs : CA . . AC . . . . . . . . . . . TGCTT . . . . . . A T A A A . . A . . A . A . . . . . T . T . . . .
blockSeqs : CG . . AT . . . . . . . . . . . TGTT . . . . . . G T C . G . . T . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : TC . . AC . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . A T . . A . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : TT . . AC . . . . . . . . . . . CAA . . . . . . G T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . . AC . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . AC . . . . .
blockSeqs : . AC . .
blockSeqCons : TAT*****************
originalCons : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
finalCons : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-TTAT-----------------AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG
Alignments
lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222 1111111 33333333333333333333 11111 11111 1111111 3333333 11 1 1 2222 222 1 77777777777777777777777 11 1 2 666666
lowQualScore : 666 7777 11111111 77777777777777777777777 3 3 44 3 1111111 3 6666 3 55 3 3 33333333333333333333 99999 3 55 0 4 777 4 2 2 7 1 1 4 777 1 22222 888 2 0 4 5 11111 777 9999 6666666 0 5 0 3 6 2 0 6 44 99 99 8888888 1 2 1 1 1 1 1 1 1 22 88 5 5 22 1 1 1 1 1 22 3333 111 1 1 1 1 5 1 1 77777777777777777777777 1 1 88 1 1 1 3 7 6 7 111111 0
lowQualScore : ... .... ........ ....................... . . .. . ....... . .... . .. . . .................... ..... . .. . . ... . . . . . . . ... . ..... ... . . . . ..... ... .... ....... . . . . . . . . .. .. .. ....... . . . . . . . . . .. .. . . .. . . . . . .. .... ... . . . . . . . ....................... . . .. . . . . . . . ...... .
lowQualScore : 888 7777 22222222 33333333333333333333333 3 3 66 6 8888888 1 5555 6 00 6 6 77777777777777777777 11111 6 00 1 4 000 0 3 7 3 8 0 4 888 0 55555 888 0 9 4 3 11111 888 4444 2222222 2 0 7 0 0 2 7 7 44 22 22 0000000 0 5 0 0 0 0 0 0 0 00 55 0 0 00 0 0 0 0 0 00 5555 000 0 0 0 0 5 0 0 55555555555555555555555 0 0 55 0 0 0 3 3 7 3 777777 7
consensus : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
Reference ( family-545 ) : ATACAGAATAGTTTATTTTN-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTCA-GCAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTTTTATAATAATATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATANTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GGAACTCATCCTCAATATT-TTGNCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTATC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACAGTTCTNTGTCGACCTTTTTCAATTCGCAGTCCGTGCGAAGAGAGTCGCA-TTTCAGTAATCGCTACTCTGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATAATCAGGCA-C-ATAAATGCTTGTTTCAGTTNTCTAAATAACGCNAGTGGGCNGCTTTTNTCCATGCTTTCACGCNATCCTGATATAAANACGTCTTTGAGTCNTNGCTTNNACAATGGAATAGACACGCTTTGACATTTATTGAACTCGGANNTAGCCGCANTTCACCTNATCCTANATTATTNAATAACNGTTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTACATTGTTATCTGATNNTAGTACGAGGTACTCCAAAGTACCTCGTAGTATGNAGTTATTAGTTTNTGTGTGTAATTTTAACCANTACTTGANTACCCTTATCCTCGCTANTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGCCATACANTGACAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCACAAAACCNATTTNATTAATTTCTNATGTACACGTTCNACTTTCTCTGCTGATATATGNCACCAAATTTCACATGAATAATT-TAATATTGGTTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGGCACATT-ATACTTTTTGTCATAGATATAAG---G--CACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|1 : ATACAAAATAATTTATTTCC-GATTTAAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------C-----ATATGCA-T-TCATAGAAAAACAAAA--CATAAAAATTGAAATACAGGTT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATTGTT-AAGTCTTA----GTATTTAATTTTAGTGTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTG-T--TTCAGTTCA-GTAACTGGATGAATTTAAAAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTTGATACATA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAATATTGATCACATATTATGA-----TAAAGT---GTAACTCATCCTCAATATT-TTGGCTA-----TTGCA---AACTGTAC----ATTTCCTGTC-------TTGTCGTGGA-ATTGGAACATTTCTATGTCGACCTTTTCGAAGTTGCAGTCCGTGTGAAGATAATCGCA-TTTTAGTAATCGCTACACTTTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAGATCATCAGACA-CGATAAATGTTTGTTTCAGTTCTCTAAATAACACAAGTGAACTGCTTTTTTCCATGCTTTCACGCCATCCTGATATAAAAACGTCTTTGAGTCGTTGCTTAAACAATGGAATAGATATG-TTTAA-ATTTATTGAACTCGGAAATAGCCGCACTTCACCTTATCCTAGATTATTAAATAACTGTTTCAATTTAAATGCCCAATTATTTACATTGTTATCTGATATTAGTACGAGGTACTCCAAAATACCTCGTAGTATGAAGTTATTAGTTTTTGTGTGTAATTTTAACCAATACTTGAGTATCCTT-TCCTCGCTAGTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCGTCATACAATGATAAATTACATGTCGTCTGCTAAACTCATAAAATCCATTTGATTAATTTTTTATGTACACGTTCTACTTTCTCTGCTGATATATGACACCAAATTTCACATGAATAGTT-TAATATTGGTTGTACATTTGAGTCGAACAAATTTAACATAATGTTAACCGGCACATC-ATAC-TTTTGTCAAAGATATAAGT--GACCACATTGCTCTATTTGCTTTGCCGGCCAAAGTTGAAGTTGCTGTTACAAACGATCCACCA
gi|10 : TTTTTTTTT-AATTTTAGCATATTACATAGCTTA----TCATCACAAATAAT-------CA--------AT--------A--------C-----AT---CAAT-GCATAGAAAAACAAAA--CACGAACACTGAAACACATGTT--TATA-------ACTGAGAGTGAATATGACATTTAAATGATC-AAGTCATA----GTATTTTATTTTAATATCCTTTCTTGACATGCTTTTATTA-TA--TA-T-T----T-----------T---AAGTTATTTA-----AGATTTTAACTTTATT--TAAAGTGCA-GCAACTGGATAAATATAAAAA---CAG-TAAAATTTTcct
gi|11 : aatacaaaaaaaatattttTACAAAGTTTAAAATTCATCACACGTAATCAAATATCA--------AT--------A--------T-----ATGTAGA-T-GCATAGCAAAACAAGG--AATAACACCTCAAATGCATGTT-ACATATTCTAAAAACGAGAATGAATATGACAATTAAATGGTC-AATTCAAA----GTATTTAATTTTAATGTCCTTGCAGGAGATGTTTTCATTA-CA--TA-T-T----TTGA--------T---AAGACAGATA-----AGGTTC-AACTTTA-C--TACAaaata
gi|12 : ttattgataagagtcaccAATCTT-TTGTCTGATAGTTTGTATGAAACAATAC----ATTTCCTGTC-------GTGTTGTAGA-ATTGTA-CAGTTCTATATCGACCCTTTTCATTTCGCAGTCCGTGCGATGAGAGTCACATTTTTAGTAATCGCTA--CTGTGCGTAACTTTGATTTACcgacaagaagttg
gi|13 : atgataacgatgtatgactgtttactttaCCAAATTTCACATAAATAATT-TAATATTGATTGTACAAATGAGTCGAACAAATTTAACATAATATTAACCGCCACATTCATACTTTTTGTCATAGATATAAGGTAG--CACATTGCTATATTTGCTTTGCCAGCCAAAACTGAATTTGCTGTTACAAACGATGCACCA
gi|14 : ctATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATTTAAtttgt
gi|14 : ATTTAAAAAAAACAC-TTG-ATTCATATAATATT-TTTTTGTA-AAA-T-ACCTCCT---TATGTTTGAATTTTGATCACGTGTTGTGA-----TAAAAT---G-------TCTTC-----T-TTGCCTA-----TAACT---AACAATAC----ATTTCCTATA-------TTGTCGTGGA-ATTGGAAaaaaaacacttgattcatataatatttttttgtaaaatacctccttatgtttgaattttgatcacgtgttgtgataaaatgtcttctttgcctataactaacaatacatttcctatattgtcgtggaattggaa
gi|15 : atgacaattaaatgatcaagtcttagtATACAGAATAGTTTATTTTG-GATTTTAGCATATCACATAGCTTT----TCATAACAAACAATAACACATTA--------AT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATGGAA-----------ATGAAAATTCAAA-------T-ATGTA-------AACGAGAGTGAATATGACAATTAAATGATC-AAGTCTTA----GTATT
gi|16 : tactgaCATCATAAATAATAACGTATCA--------AT--------A--------C-----TTTTGCA-T-GCATCGAAAA---------ATGAAAATTCAAATAAATGTT-CTCT--------GACGGTAGAAAACATG-TAAT---ATTATC-A
gi|18 : caagcagtaaaaaaagAAAAGAGTTTATTTTG-GATTTAAGCATATTATGTAACT-------CATCACAAATAATAACATATCA--------AT--------A--------A-----ATGCGCA-T-GCATAGAAAAA----------AGAAATTCAAAtgcacaatcat
gi|19 : tgaaaaaaaATACAGAATAGTTTATTTCA-GATTTAAGCATATTACCTAGCTTA----TCATCACAAATAATAACATATCA--------ATACATCAAAA--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAA
gi|2 : gaCGAAATTCATGAAAACTCAAATACATATT-ATATA-------AACGAGAGTGAATATTACAATCAAACGGTC-AAGT----------ATTTGATTTCAATGACCTTTCTTGAGATGCTTTTATTA-TA--CA-T-T----T--A--------T---A-GTTATTTA-----TGATTTTGATTTTA-T--CA---TTAACGCAACTGGGTGAATTAAAAAA---CAC-TTAGATTATTAT---------------CA-----------T---TAAGTTTAAATAATGATCACATATTCTGC-----TTAAGT---GGAA-----------TAAT-TTGCTTA-----GTGCA---AACAATAC----AATTCCTATC-------TATTCGTCGA-AT-GGAATAGTTCCTTGTCGACCATTTTCAACTTACAGTTTATGTGAAGAGAGTCGCA-TTTCTGTAATTGCTACTCTGTGTTT--TTT--ATTAATAAGTTTTATCAGATAATCA---------AAATGCTTGTTTCAGTTATCTAAATAAAGTTAGTAGGCAGCTTTTATCCATGCTTTCATGCAATCCTGATATAAATACGTTTTTGAGTCTTAGCTTTTACAATGG--TAGACACACTTTGACATTTATTGAACTCGGACTTAACCACAATTCACTTAATCCTACATTATTTAATAACAATTTCAATTTAAATGCCCAATTACTTATATTGTTATTTGATTGTAATATGAGGT----TAAAG---CTCGTAGTATACAATTATTAGTTTGTGTGTGTAATTTTAACCATTATTTGATTACCCTTATTTTTGCTATTTCCATTGGGAGTCTCCCGGTTTCACTATACACTGACA-----------------------CACAAAACCAATTTTATTAA--TCTGATGTACACGTTCAATTTTCTCTGCTGATATATATTACCAAATCTCACATGAATAATTCTAA-ATTGGTTGTAAAAATGAATTGAATACATTCAACACAATATTAACCGGTACATTAATACTTTTTGTCATAGATATAAG-----------TGCCCTATTTGCTTTGCCAGCCAAAGTTGAGGTTGCTGTTACAAGCGACCCATC
gi|20 : tATAGTTTATTTCG-GATTGAGGCATATTGCATAGCTTG----TCATCACAAAACCTAACATATAA--------AT--------A--------C-----ATtcttgt
gi|21 : TCGCTACCATGTGCTT--CTT--ATTTACAAGTTTTATCAAATAATCAGGCATT-ATTAATGCTAGTTTCcatt
gi|3 : ATCA--------AT--------A--------C-----TTGTACA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CA-----ATTCAAATACATGTT-ATATA-------AACGAGAGTAAATATGATAATTTAATGATC-AAATCATACATAGTATTTAATTTTAATTTCCTTTCTTGAGAAGCTTTTCTT--TA--AA-T-TATAAT--A--------T---AAGTTATTTA-----AGATTCTAACTTTA-T--TACAGTTAA-GTAATTGGATAAATATAATAA---CAC-TTGGATTATTATAATAATATTTGGGTACAAA-TTGTCTCAT---TAAGTTTGAATAATGATCACAGATTATGA-----TAACGG---GGAACTCATTCTCAATACC-TTGCCTG-----TTGCA---AACACTACATTTATTTCCTATC-------TTGCCGTGAA-ATTTGAACAGTTCTATGTCGATCTTTTCCAATTCGCAGTCCGTGTGACGAGAGTCGC--TATCA-------------TGTGCTT--CTT--ATTAACAA
gi|4 : tattctaaacatgtcccacgaaagtcttcaaatacatcaaatagcaaaaggacattaaacatatctatacatatgcACGGGATAGTTTATTT--------------ATTATAAAGGTTA----TCATCAAAAACAATAACATATCA--------AT--------ATATCAATAC-----ACGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--CATGAAAATTCAAATACATGTG-ATATA-------GATGAGATTGAATATGACAATTAAAATATT-AAGTCATA----GTATTTAATTTTAATGCCCTTTCTTATGACGATTT-ATTAATAGGTA-T-T----T-----------T-----GTTATTTA-----CGATTCAAACTTTA-T---ACAGCTCA-GCAACTGGATGAATTTTAAAA---CAC-TTTTATTTTTATAACAATAGTTTGGTATAAACTTGTCTCCT---TAAG-TTGAACAATGATCACATATTATGC-----TAGAAT---GGAACTCATCCTCTATGTT-TTTACTA-----TTGCA---AACAATAC----ATATCCTATC-------TTGTCGTAGA-ATTAGAAAAGTTCTCTTTCGACCTTTTTCAATTGGCAGTCTGTGTGAAAAGAGTCGCA-TTTTAGTAACCGCTACTCTGTGTTC--CTT--ATTTACAA
gi|5 : cgaaaTACAGATTAGTTTATTTTTTAATTAAAGCATAGTACATAGCTTG----TCATTACAAATAGTAGCATATCA--------AT--------ACATTAATAC-----ATGTGCA-T-GCATAGAAAAACAAAA--TATGAAAATTCAAATACATGC----------------------TGAATAGGACAATGAAATAAACTAAATCACA----GTATTTAATTACAATTTTCTTTCTTAAGATACTTTTATCA-TA--TA-T-T----T-----------TGCAAAGTTATTTA-----AAATTCTAACTTTA-T--TACAGGTCA-GAAACTTGGCGAATTTGAAAA---CAC-CTAAATTTGAATAATGCTATTCTGGTACAAA-TTGTCTCCT---TAAGTTTGAACAATGATCACATATCATTA-----TAAAGT---GGAACTCGTCCTCAATATC-TTGTCTA-----TTGCA---AACAATAC----ATTTCCTtt
gi|6 : TTTTC-AGTTCAAACAT--TGTATAATTTA----T----ATAAACA-TA-CATGT-----------T--------T--------CTTAGAATGTGTA-TAGAAT-GAGAAACAAAA--CACGATGATTTATATACATGTTTATATA-------AACCAGAGTGAATATGACAATTGAACGATC-AAGTCATG----GTATATAATT---ATGTTCTTTCTTGGGATTCTTTGATTA-TA--C--T-C----C--A--------A---AAGTTGTGTATATATATATTCTA---TTA-TAATACA
gi|7 : tgaaataaagatttaataaaatacataacagaacatcttttattttcgtaataaattattgtacaacattgcacagcataatttgaaaaaggttattatgacgatttcatttgatttacaattgatttctatcaatggccatatactcgtATACAGAATAATTTATTTTT-GATTTAAGCATATTACATAACTAA----TTGTCATAAATAATAACATATCAATACATCAAT--------A--------C-----ATGTGCA-T-GCATAGAGAAACAAAA--CATGACGATTCAAGTACAGGTT-ATATA-------AATGAGAGTGAATATGAGAATTTAATGATC-AAGTCATA----GTATTGAACTTTAATACACTTTCTGGAGAAGCTTTTATTA-CA--TAGT-T----T--GCT------T---AAGTTACTTA-----ATATTCTAACTTTA-T--TACAGTTTA-ATAACTGGATGAATTTAAGAA---CAC-TTGGA---TTATGATAATACGTTGTTACAAA-GTGTCTCCT---TAAAGTTAAATAca
gi|8 : atacagaGTGAATATGGCAATTAAATGATC-AAGTCAAC----GTACTTGATTTTAATGTCTTGTCTTGAGATGCCTTTATTA-TA--TG-T-T----T--ACTGGGTACT---AAGCTATATA-----CGATTTTAACTTTT-C--TGCAGTTCA-GCAACT---TGA--TTA-------------GAGTTTTTATAATA---TGTTGGTACAGA-TTGTCACTT---TAAGTTTGACTTTTCATCACATATTATTA-----TAAAGTGACGGAACTCATTCTCAATAGTATTG-CTA-----TTGCA---AATACTAC----ATTTACTATC-------TTGTT---GA-ATTGGAACA----------GAGC-TTTTCAATTTGCAATCCATGCGAATGTGGTCGAA-TTTCAGTAATCGCTACTCc
gi|9 : CATA----GAATTTAGTTTCACTGTCCTTTCTTAAGATGTTTTTATTA-TA--TA-TAT----T--G--------TT--AAAATATTTA-----AGATTCCAACTTTA-C--TACAGTAAA-GCAACTGGATGAATTAAAAAA---CACTTTTGATTTTTATAATACTATTTTGGTACAAA-TTGTCTCCTCCGTAAGTTTGAATATTGATCACATCTCGTAATCAGTTGAAAT---GGAACTCATTCTCAATATC-TTGACTT-----TTGCA---AACAGAAC----ATTTCCTATCCATATAGCTGTCATGGGTGTTTAAAC-GTTTTTTGTgg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAATAAAATTTAGAAAAATAGTTACCAGTGTTATATTTTCTACCTATAAAAAATAAGATCTGCCTACATACTGGGGTATATTTTGATTTGTATCATATTTACATACGCTTTAAAAATAA
Unaligned ( gi|22 ): GATTTGATTTGATTTACAATTGATTTCTACCAATGACCATG