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Reference ( gi|1 ) : TTCACTTTTCTTCCCTTCAAATTTATT-ATGTAAGAACATGTTGTGGTATTGTCACTAAGAATATGAATATGAATATTATGCTT--GTCTTTACATAATGACAACAAAGCATGCT--GGCAAGTTTTCAATTCAAGAATATTGATATGTAATAATTGTTCTGGTTGT-GACCAAACCCCTTTT-GTA-CTAACATTTTCTACTGCTATATTTGCCCCCCCCCCCCCCCCAAAACAATGAACTATCAGTAGTCATGATCAAATCAGGATTTGAC--TCCGATAATGGTTT-AAAGATAATATCTAGATTATTGGGCCACCAGTTTA--TGTAT-------TCTTTTAAGTTGACTGTAACATTCATAAAACAATCATAGCGACATTTCT-----TCCAATTTAAATTCTTTTCTTTTGCCTGTTCCAAAGGCTTGTAAAAAAAGAGGAGCGCAACATACTCCTTGTTCACATGCTACTAATGTCCCAATTAATTGTGCAAATTTCCGAATTGTGACGAATTTT-GATTTTATTATTTCATTACATAAAGCTTTTATGCTCATTACTTTTTCATG-TGTTAACCTAACTGTCA--GT--T---TCAGAGCACAAGACAAACCCCACAAAAGTTAT----------TTTCTTTGAAGGC--TAAA--CTAT--ATTTTTTC-TGATGAATTGTTAATCCTAATTTGTCCA-CAAGTTCAATGGTAGCCAAAATATTATTTTCACACTCCTGAAAGGTCT----------------T-ACCTTGGAGACAGGAATCATTGATAAAAGCTGTGCTAATAAA--T--C--T--GATTCTTTGAAT-TT-GCCAAAACTGG-TT--AA-GAATTTTTGTGAAAAC-CTTAGGTGACGTACTTAGCCCCATAACCAA------CGTATTGAATTTATACATT-TGCCCTTG--AAATTT--AAATCTGAAATATTTTTTATCTTCAT-TTAGAATGGAAATGGAATAGTAGGCATCTGATAAATCTACTGAACCAATGTA--AGTTTT------TT---------GTCATCAAATTGATTGCCG-TTT---AT---GTTTCCATCTTAAAATGAA-TATG--CTG-CATGTAGTC---ATTAAA---TGACTTTAAGTTTAAGATAGTTTGAATTTTACCATT-TTTCTTTGG-C---ATAAAGAATATGTTTGAAATAAATTCACCATT-TTC---CATGT--------CATTTGGTATTTCC---AT--TA-TTCCACAATTATGAAATCTG-TCTATTTC-GTCT---TTAATCTTTTGAATTTCAATCTCGCTAAATTTTAATGGTTTTGG-TGTAA-ATTT-CTG--AT-TAGGAA-TAGATTGTAATTCAACTTTATAGCCACAAACTG---TTTGTAAT--ATT-CATCTTTCATTGGCTATTTTACACCAATTATGAAATTTTGATTT--AGT-TTT---GCAAGCTTAAAAATTTCTAATTTTGTTAACCATTGTATAACATT-TTGTCCTAGTACTTACTCCTACATCTAATATTTTTTCCCCAGACCATC-TTTTGTCAAGGC-TTT---TTTCTTTTGCGGAAAGTTCTTTCCACTCCCGTTGTAGGGATTTCCAGGACGGGTATGTTTCCCCATCTGATGTTTTACAGGCCTGCTGAAGTGGGAGAGCC---------------TT-----TG----------TTGCAAGGGGCCTGAATGTTTGTCAAGGTGTGTGTACCCTCC-TCACTTCCCTAAAAAAGAACTGGATGGCTGGACTT---T-AGTAGTCATTTTTATTGCCTTAGATGTATCAAGTTGTTTGGATTCTTCTAGGAGGTTGTCTCCAAACAATTTCGTGACTGAAGCTGGATGAGCTTCCCCACACAAACTTCTAAATTTAGGAACTAATTCCGTGTT-AACAGCTTCCCTGTGTTTCATGTTGGAAGCATGAATGCTTTAGCAAATGAA-C----TTGAAACTGT---CTCCA---ATGC-AA--AGTT------G-TTTAGGTCTGGT-TGGCCATCCCTATTCATCACTTCCATGGCCTGAATCA-ATGGCAACATTGCATTGTTCAAATGCCCCACTGTTTTCTGTCT---AAA---ATC---AGTTTGTGTTTTCACTTTCAATTGTTCCCACAAAA-AACTGTCAATT-TTTGGAACTTGCAGGTTTTCCACATTGTCTGGTCATTTGTATTTTTCCTGTAGT-TTCTTGATTTTTTCCTCTTTGGGATTGATTGCCTCTCAATGA-CTTGTTGGCAATC---TTAGCTACATTTGTTATGAACCACGTTGTCCCCATCCAAAGTTTCTCCA-ATGAAGAATTCATCAATGTCCTATAAAAAGTCGTTGTGATTGTTGTTCTGATTTTCACTTGATTTTGGCTATAAAAA----TCGCTGTCCGACATGTTATCATCATAACTGCTATTTTTCAACTCTG-------ACGAATCCACCGTTAGCCTTTGCTTTTTGTTGTTTGTATCACTGGCCATAGCATTCTTTTTCTTTAAAGAT-TTTACATCTTCTCTT--AGCTCCGTCACAGTTCTACTTA-GTTC-CTGTAATGAGCGTGAATGGCAGTCAAACGCTTTCACACTAGATGTGAACGTTTCCAAAATAGTCTACCCTTTCTTC-A-AAAA-GCTTCC-ATATT----------TAGGATTTTTCCCGATGTCGCGTCAT-----TGCGCAGATGACGTACTTCTGCCATGGACTACTGCCA-AT--TCTTTATCCAT-----CT--GATAC---------CTTTGATTCTA----AAAT-AAATGC-AATAAAGATATCATTTGTTTGCTTTCAGCAATGTTGAATATAACATCTGAACTAACATTAGTTCATTCAGAACATTGTAAATACAAAACG------AT------TTTGATCGTTATTCTTGGAAC------------------------G-----TGAT----GTAATTCTACAATCACATGCATCGGTAT--AC--CTATTTCATACAATGCGAATAATGAATTATCTGCTGTCGATTCACAATATTTGTGTAGCATTTTGCCGTTTTTAGTTGTCGTTCAGACAGATTTGTTCATTCTGAACATG--TTTGGTCATTCAGACCGTCACAAAATATAAGTTT--TTCTTT-------------CCAACAAA---AT--CC-----------TTTGT-----TTACCTTG-GCCC--ACAGCTAAA--TGACCGC-A-GGTTG-CATATGAAAAAG--GTGTGCACACATACCTTTACTGCTGTGGTTTTTTCCTTCCTTGATAATCCTTTGATTCACTGATATATAATTTTTCCAACAAATTACTTCCTGGTTATTAAATTGTATAAAATTGATCTAATAACGTAAATTTTTGCTTATTCATTTTTTCTTCAACCAATCTCGCAA-GACAGTGAACCTCGTTCTGATTTTGCATAGATAATGAGCTACGTCATACTCTGTG-GGG-CC---CT-CAAGGAGTTATATGGGAAATAAAAT
gi|2 : TTCACTTTTCTTCCCTCCAAATTTATTTATGTAA-AGCATGTTGTGGTATTGTCACTTAGAATACGAATATGAATATTATGTCT--GTCTTTACATAATGACAACAAAGCAAGCT--GACAAGCTTTCAATTCAAGAATATTGATATGTAATGATTGTTCTGTTTGT-GACCAAAGCCCTTTC-GTA-CTAACGTTTTCTACTGCTATATTTGCCCCCCAACC-------AACCAATGAACTATCAGTTGTCATGATCAAATCAGGATTTGAC--TCTGATATTGGTTT-AAAGCTAATATCTAGATTGTTGGGCCACCACTTTA--TGTAT-------TCTTT-GAGTTGGCCGTAACAATCATAAAACAATCATAGCGACCTTTCT-----TCCAATTTAAAT-CTTTTCTTTTGCCTGTTCCAAAGGCTTGTTAAAAA-GAGGAGCTT--CA-----------CACATGCTACTAATGTCCCCATTAATGTTTCAAATTTCCGAATTGTAATGAATTTT-TATTTTGTTATTTCATTACATAAAGCTTTTATGCGCATTACTTTTTCATG-TGTTAACCTAACTGTCATAAT--T---TCAGAGCACAAGACAAACCCTACAAAAGTTAC----------TTTCTTTGAAGGCACCAAA--CTTG--ATTTTTTCAGGATGAATTGTTACTCCTTATTTGTCCA-TAAGTTCAATGGTAGCAGAAATATTATTTTCACTCTCTTGAAAAGTCTGACCTTGTGAAAAGTCTGACCTTGGAGACAGAAATCATCGATATAAGCTGTGCTTAAAAA--TTTC--C--AATTCCTTAAAT-CT-GC-AAAACTGG-TT--TATGTATTTTTGTGAAAAC-CCGTGGTGACATACATAGCCCCATAACCAA------TGTATTGAATTGATACTTT-TGCTGTTG--AAATTT--AAATCTGAAATATTTTTTATCTTCAT-TTCGAATGGGAATGGAATAGTAGGCATCCGATAAATCTACTGAACCAAAGTAACAGTTTT------TT---------GTCATCAAATTGATTGCTG-TTTGTAAT---GTTTCCATCTTAAAATGGA-TATG--CTG-CATGTAGTC---ATTAAA---TGAC-TTAAATTTAAAATGATTCGAATTTTACCATT-TTTCTTTGG-C---CTAAAGAATATGTTTGAAATAAATTCACCATT-TTC---CATGT--------CATTTGGTATTTCCATAAT--TA-TTCCACAATGATGAAGT-TGTTCTATTTC-ATCT---TTAATCTTTTGAATTTCAATCTCGCTAAATTTTAATGGTTTTGG-AGTAA-ATTT-CTG--GTATAGGAA-TAGATTGTAATTCAACTTGAGAGCCACAAATTG---TTTGTAAT--AGC-CATCTGTCATTGGTTATTTTACACCAATTATTAATTTTTGATTT--AGT-TTT---GCCTGCTTGAAAATTATCAATTTTGTTAACCAGTGTATAA-ATT-TTGTCCCAGTACTTAATCCTACATCTAATATTTTTT-CCCAGAGCCTCTTTTTGTCAAAGC-ATT---TTTTTTTTGTGGAAAGTTCATTCCACT-CTGTTGTAGTGATTTCCAGGACAGGTATGTTTCCCCTTCTGATA-TTTACTGGCTTGTTGAATTTGGAGTGCCTTTCCTGTGGATAATTT-----TG----------TCG-GAGGGGCCTGAATGTTTGTCGTGGTGTGTGTACCCCAC-TCTCTTCTCTAAAAAAGAACTTGATGGCTGGACTTAAGTAAGTAGTCATTTTAATTGCTTTTGATGTGTCAAGTTGTTTGGATTCGTCTAGGAGGTTGTCCCCAAACAGTTTTGTGGCTTAAGCTGGATGATTTTCACCACACAAACTTCTGAATTTACGAACTTATTCCTTTTT-AACAGTTTCCCTGCGTTGCATGTTGGTGGCAAGAATGCTTTGGCACATAAA-C----TTGAAACTGT---CTCCG---ATGT-AA--A-CT------G-TTT---TCTG
gi|3 : TTCACTTTTCTTCCCTTCAAATTTATT-ATGTAAGAACATGTTGTGGTATTGTCACTAAGAATATGAATATGAATATTATGCTT--GTCTTTACATAATGACAACAAAGCATGCT--GGCAAGTTTTCAATTCAAGAATATTGATATGTAATAATTGTTCTGGTTGT-GACCAAACCCCTTTT-GTA-CTAACATTTTCTACTGCTATATTTGCCCCCCCCCCCCCCCCAAAACAATGAACTATCAGTAGTCATGATCAAATCAGGATTTGAC--TCCGATAATGGTTT-AAAGATAATATCTAGATTATTGGGCCACCAGTTTA--TGTAT-------TCTTTTAAGTTGACTGTAACATTCATAAAACAATCATAGCGACATTTCT-----TCCAATTTAAATTCTTTTCTTTTGCCTGTTCCAAAGGCTTGTAAAAAAAGAGGAGCGCAACATACTCCTTGTTCACATGCTACTAATGTCCCAATTAATTGTGCAAATTTCCGAATTGTGACGAATTTT-GATTTTATTATTTCATTACATAAAGCTTTTATGCTCATTACTTTTTCATG-TGTTAACCTAACTGTCA--GT--T---TCAGAGCACAAGACAAACCCCACAAAAGTTAT----------TTTCTTTGAAGGC--TAAA--CTAT--ATTTTTTC-TGATGAATTGTTAATCCTAATTTGTCCA-CAAGTTCAATGGTAGCCAAAATATTATTTTCACACTCCTGAAAGGTCT----------------T-ACCTTGGAGACAGGAATCATTGATAAAAGCTGTGCTAATAAA--T--C--T--GATTCTTTGAAT-TT-GCCAAAACTGG-TT--AA-GAATTTTTGTGAAAAC-CTTAGGTGACGTACTTAGCCCCATAACCAA------CGTATTGAATTTATACATT-TGCCCTTG--AAATTT--AAATCTGAAATATTTTTTATCTTCAT-TTAGAATGGAAATGGAATAGTAGGCATCTGATAAtctgaagaaatccccagtttgggtattattttcaattgttcccacagaaaactgtcaattatttgggacttgcaggttttccacattccctggacatttgtatttttcctgcattttcttgatttttacctcatcgggattgcctctcaatgacttgttgacaatcttagctacatttgcagccatgttgtccccaaccacagtttcttcagtgaagaatgcatcaagttcctgtaaaaagtcattgtgattgtcattctggttttcacttgatttaggctaaaaaaaaacactgctgtccgacatgtcatcatcagaactgctattttgattctgacggatcctctgttagcctttgttttttattgtttgtatcaacggccacagcattcattctcttaaaagattttacatcttctctaagctctgttacagttcttctcagttcctgtaatgagtgtgaatgtctgtctaacgctttcacactaaacccgaatgtttccaaaattgtctccccttttttcaaaaaagcttccatattttggtttttccctgatgtcacatcatgcagatgcgcagatgacgtactttcgccctggacaagtcttggtccatctgagacctaaaattctaaaattaatataataaagacatcatttgtttgtgttcagcaatgtcgaatataacatccgatctaacattagttcattcagaacatagtaaatacaaatcgatagtaattttgatgttgttcttggaacaacgtaagaccaatgtaatcgtcggtgatgtaattctacagtcacatgcatcaatatgcgtatatttcatattgcgaataatgaattatttgctgccaattcacaatatttttgtagcattttaccattttagttcaccttcagacagatttttcattcagaacatgtttggtaatcagaccatcagaaaagataagtttatctttccaacaaatgcttccaacaaaacctttttgtttgcctcggcccgcagctaaatgaccgcaggttgcatatgaaaaaggtttgcgcacatacctttactggtgtgattttttcaattgttgataatcttttgagtcactgttaaataagttttccaacaaattacttcctggttattaaattgtataaaaatgattaaataatgtaaatttttgcccattaattttttcttcaactgatctcgcaagatgctgaacctcgttctgatttcgcatagacaatgagctacgtcattctctgtggggccctcaaggagttatatgggatataaaatgtta
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gi|12 : TGCATAGACAATGAACTACATCATATTCTGTG-TGATCC---CT-CAAGGAGTT-TATGGTCAATAAAATtctttggaacaaggcgccatctgtgataatcaaacagtgttcatgaaaaagtgtttgatgaacagtagacagtttggcgcggatttcgtaatgaacaatcaatatcacaatcgtgggtgggtgagcccttaaggagactgcggtcaataaaagctggatcaaactccaacttccctctttcgtcggtaagtattgtttaatccatcaatcttatttcctgcataactcattgaagggcccaaaagagattttagtgttacttcttcattatgcattattttgtatcagaaataaaaatgatcttcaattagttatgttacatgttttaataatataaaagtgtatccatagtaacaattataaaacatcccactttttcactcatttttaccatgtgtagtctccatgtctagttcgtttaaaattgcctcccgtacagacagtgatgtttcaattagttaattataaaatttggcaaatgtagtagcatttttcagcccttagttttgataatggttcccagtttaaaccctttaaggtttgcagtacttgctgcaaccgctcgaatactatgcggcttgtactgtgtgtgcactcctgctttaaccagcattaattacatccatctagatactgtagatgacgcaaccattttgtgtggcttccttgtgtgctaatgagaaagtttagtggtgccacctctcaaacattttgtccggttattgtattcctggaaaaccatcaaaatacacagctgctcatggcgttcataacgttttaacacaataggttcagaatgatgacccggtttagactatattaataaatggtttgtttgaatcacattttttcaatcaacaaatgcaatgtcatttaactcaattagatgaagtatctggcatctttgagctattaacaacaaatacaaaactgacaattttcctgacaataattgtagtgacggttttgataatgtagtgacggttttgataatgtagataagtatcttaacgttattttcacacccaaacatttgtgtactttggtagtagtggtctcttttcaaaaatccattcatatttttttttaacaagcaatgcattactaaagtgtttttcaccaaaaatgctaagaagctgaatcacagctggtcgaccagtacacgtaccaattgctgatactggcggtgttaatggaataaattgttccgaatctgtgaagttgaaccaacgctttatgtatgttgtgaattgtcgttttagttggccaggatgcttgaacaatatctgccgactcatctgaaattcctcgtttccgtagtgtttccctgatagccgaaaaacacccatcttcatctggcgcagagggtggcgttgtccaggtgtgtagggtactgacagcattttctgcggagatggtagcgtgggccagtcggcaattaccagttgtaacagttttggtcaccatctctgcgtcacccatattggtgctatcatgactacttctgcttaatccatctgaactttatgcagatcaaattgaaaggaggaaatatgtataatgatcctttattctaattcaaagaaaaagcatgaactgcacaggcttttggttcaggatatttagaa
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Unaligned ( gi|16 ): ACGTATATGTTGTATTGGGAATTTGTAGAGTGTCGCCAGGAGTCCATGATGATGTCGATAGCTTCTGCTGATAATTTGTTGCTTTCAAGGGATCGCCATATAACATGAAAACTGTCAAATTGAATCTCATTTTTTTCTCTTAGAAGACGAAGTCGTCC
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