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lowQualScore                  :                    2  1  333 1 333    4444  2    5     2 2  22   1111111111    2       00000000   5555     4444     8888    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    3   33 333    33  444 666  9999999999  9999999  2 2  4444 2    3         2    9999999  2      6666666       2    3       2   
lowQualScore                  :                    .  .  ... . ...    ....  .    .     . .  ..   ..........    .       ........   ....     ....     ....    ................................................................    .   .. ...    ..  ... ...  ..........  .......  . .  .... .    .         .    .......  .      .......       .    .       .   
lowQualScore                  :                    1  0  777 2 777    5555  3    1     0 0  22   6666666666    2       99999999   0000     5555     3333    9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    8   33 999    11  888 555  4444444444  3333333  2 2  7777 3    3         2    4444444  0      5555555       0    2       5   
consensus                     :            TGACCTGACGCGAG---AGC---GACT----ATCGCTCCGCCCA-C-TG-GCCACG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--ACTTA-GACATCGTTAGCTTGTCT-AA---GGGA--AA--AT---GGC-GNT-TAGCAA------CCA-A-TA----TCGATCGCTGATTGGA-TTATCGA----CT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
Reference ( gi|7 )            :            TGACCTGATGCAAG---AAT---GACT----ATTGCTCTACCCA-C-TG-GCCATG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--A-AATG----------T----------A----G--------A------GTTC--ACCTA-GGCATCGTCAGCTTTTCT-AA---AGAA--AA--AT---GGC-ATTTTAGGAA------CCA-A-TA----TTGATCACTGATTGGA-TTATGAA----CT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACGTCAGG-TCA
gi|8                          :            TGACCTGTCGCAAG---ATC---AATT----ATCGCTCAACCCA-T-TG-GCCATA--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--A-CTACGACATCATTTGTTTGTCT--A---AGGA--AA--AT---GGC-AGTGTAGCAG------CCA-A-TA----TTGATCGCTACTTGGATTTATCAA----CT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCATGTCAG
gi|5                          :           tTGACCTGACTCGAG---GAC---AACT----AACGCTCCACCGA-C-TG-GCCACG--------TGGC-ATTATTT--------ATC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--ACTAA-GACATAGTAAG-TTGCCT--A---AGGA--AA--AT---GTC-AGTGTAGCAA------GCT-A-TA----TTGATCGCTGACGAGA-TTATCAA----AT-TGTTTG-------ATCGACA-ACCTGTGTCAGG-TCA
gi|3                          :         aacTGACCTGACGCGAC---AGC---GGCC----ATCGCCCCACCCA-C-TG-ACCACG--------TTGC-ATTTTTT--------GTC----CAAAT----AAATA--C-AATG----------TTATACA----A----GT-------ATT----GTTT--ACTAA-GAGACCGTTAGCTTGTCT-AA---GGAA--AA---T---GAC-AT----GGAA------ACA-A-TA----TCAATCGCTGATTGGC-TTATCGA----CT-TGTTTG-------ACTGACA-GCCCGCGCAAGG-TCAat
gi|6                          :            TGACCTGACACAAG---GGT---GACC----ATCACTCCGCCCG-C-TG-ACCA-------------C-AA-------------GTC----TAAGT----AAATA--C-AATGAAATACAATAT----------A----A--------T------GTTT--ACTTA-GACACAATATGCTTGTCT--A---AGGA--AA--AT---GGC-ACTATAACAA------TCA-A-TA----TCAGTCACTGATTGCA-TTACCAA----CT-TAATTG-------ATTGACA-GCCCGTGTCAGA-TCAg
gi|9                          :           cTGACCTGGCATGAG---AGC---AACA----ATTACCCCATCCA-C-TG-GCCAAA--------TGGT-GTTGTTTT-------GTA----CAAGT----AATCA--C-AATG----------T----------A----A----------------TAC--A---A-TGTAGTGTT-TCTTGTCT-AA---GGAA--AA---T---GGC-AGCCATGGAA------ACA-A-TA----TTGATCGCTGATTGGA-TT---AA----CTGTGTTTG-------ATTGACA-GCCAGTGTCAGG-TCAa
gi|2                          :            TGACCTTATGCGAG---AAT---GACTTATGATTGCTCC-TTCATC-TG-GCCATG--------TGGT-CTTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------A----ATACAATGCA------GTTTTTACTAA-GATTCCGTTAGCTTATCT-TA---GGAA--AATAAT---GAT-AT---AGCAA------CCA-AATAAAAATCAATTGCCAATTTGG-TTAT--ATCTTCT-TGTATG-------ATTGACA-GCTTGCATAAGG-TCAg
gi|10                         :         aatTGACCTGA--CATG---AGTCCTGACT----ACTGCTCAACTCA-C-TG-ACCATG--------TGGC-AGTGTTT--------GTC----TAAAT----AAATA--T-AATG----------T----------T----G---------------GTTTTAACTTA-GACATTGAAAGTTTGCCT-AA---GGAA--AG---T---GGT-AATTAAGCAA------CTATA-TA----TCCATCTCTGAT-------ATGA-----------TT--------ATCGACA-GCTCCTATCAGG-TCAat
gi|16                         :            TGACCTGATGCGAG---TGC---AACT----ATCGCTCCACCCA-C-TG-G-CATG--------TGAC-ATTGTTT--------ATC----CTAAT----ATATA--T-AAT---------------------------G--------A------ATT---AC-----------------------AA---TGGG--AA--AT---GGTGATCCTGACAA-------CA-A-TA----TCGATCGCTGATTGGA-TTATTAA----CT-TGTTTG-------ATTGACA-at
gi|11                         :            TGATCTAACGCGAG---AGT---GACT----ATAGCTCCGCCAA-C-TG------G--------TGG----TGTTT--------GTT----AAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------AATATG--------ATGTAGTGTTT--ACTTA-GAGACAGTACGCTTGTCT--A---AGGA--AA--AT---GG-------AGGAGTAACATCCA-A-TA----TTGATCGTTGATT--A-T-----A----TT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCA
gi|12                         :            TAACCTGACATGAG---AGT---GTCC----ATCGCTCTGCCCA-C-TG-ACAACG--------TGAC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATG--C-AATG----------TTACACAATGAA----G--------T------GTTA--TGTTA-GAGATGGTTCACTTGTCT-AA---GGAA--AA--gg
gi|28                         :          aaTGACCTGATGCGAG---AAT---GACT----AATGCTTTACCCG-C-TG-GCCATtgtaaagatagctaccaacttggaacatcagtatttgtttaat
gi|1                          :            TGACC-GACGCATGCGCAGC---GACT----ATCGCTCCGCCCA-T-TTCGCCATACATGTTCATAGC-GTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAAAGA--GCAATG----------T----------A----A--------C------GTTT--ACTTA-ATAACCATTCGTTTGTCTTAATGGAGGA--AA--ATGGCGGC-ATTT---GAA------ATA-A-TA----TCGACCGCTGATTCGA-TTATCGA----CT-TGCTTGGCGTCATATTGCCACGCCC
gi|29                         :            TGACCTGATGCAAG---AAC---AACT----ATCACTCAACCCA-C-TG-GC
gi|24                         :           aTGACCTGATGTGAG---AAT---G----------------TCCA-C-TG-ACATTG--------TGGC-ATTATTT--------ATT----AAAGT----AATTA--C-AATA----------T----------A----T--------A------GTt
gi|4                          :           gtGACCTGATTTGAG---AAT---GAAT----ATCACTCCACCCC-CATT-GTCACG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------T----T--------T------ACTT--ACTTA-AACATTGTTAGCTTGTCT--A---AGGA--AA--AC---GGT-GGTGTATCAA------TCA-A-TA----TCTACTGCTAATTGGA-TTATTAC----CT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCTGTGTCAGG-g
gi|13                         :            tgACCTGACACGAG---ACT---GAAC----ATTGTTCTG------------------------------TTGTTT--------GTT----CAAAG----AAATA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--ACATA-GACATCATTAGCTTGTCT-GA---GGAA--AA---T---GGT-GGTGTAGCAA------CCA-A-TA----CCAATCACAGATTGTA-TTATCGA----CT-TGTTTC-------ATTGACA-GTCCGTCTTAGG-TCAaaat
gi|26                         :              ATCCGACACGAG---AAC---AACT----ATTGCCCTGCTCG-C-TG-GCCATG--------TGGT-ATa
gi|23                         : tatctttaacatattttGATACAAT-----T---GACA----ATCGCTCCACCCA-C-TT-ACCA-----------GGT-ATTGCTT--------GTC----AAAAT----AAATATGA-AAGG----------T-------------------------------GTTC--AACT
gi|14                         :                          ---AAC---GACT----ACCGCTCCACCCA-T-TG-AAAA-A--------TAGCCATTGTTT--------GTC----CAAGT----AAATA--C-AATG----------T----------A----GTT------A-------TTT--ACTTA-GACATTGTTTGCTTTTCT--A---AGGA--AA--AT---GGT-------GGCG------C-----------TGGATTAATGATTGGA-CTATCGA----CT-TGTTGA-------ACTGACA-GCCCACATCAGG-TCA
gi|15                         :                                                       A-C-TG-ATCATG--------TGGC-ATTGTGT--------GTT----CAACT----GAATA--C-AAAG----------T----------A----G----------------------------------TCAA--TGTCT-AA---GGAA--AAT-ATC--GAC-GTT---GCAA------CCA-A-TA----TCTACCGTTGATTGAA-TTAAGA-----CT-TGGTTT-------ATTGACA-GCCCGCGCCGTG-TCA
gi|17                         :                                                                               gaaggatcattcttagggtttgctgAAAT----AATTA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--ACTAA-GACATCATTGGCTTGCCC-TA---AGAA--AATTGT---GG----TGTAGCAC------ACA-A-AA----TCCACTGCTGATTGGA-TTACAGA----CT-TGCCTG-------AATGACA-GTCCGCGTCAGG-TCAagt
gi|20                         :                                                                                                         tGT----AAACA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTAT--ACTTG-GACATCATCAGCGTGTCT-AA---GGAAATAA--AC---GCC-G---TAGCAA------CCA-A-TA----TCGATCGCTAA------------------T-TGTTTG-------AGTGACA-GCCCGCGGCGGGATCA
gi|19                         :                                                                                                                   TA--C-AATG----------T----------A----G--------T------GTTT--ACTTG-ATCATAGTTAGCTTGTCT-AA---GGAG--AATGAT---GG-----TTGGCAA------CTA-A-TA----TCAA-CA--GATTGGA-TTATCT-----CT-TGTTTC-------ATTGACA-GCCCGCATCAGG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                      AA------ACA-A-AA----ATGATCGCTGATTGGA-TAATCGA----CT-TGTTTG-------ATTGACG-GTCCGCCTTAGG-TCAaaa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                atatgttgtaaggtgttgaattagagcgtgttcgattgtcttaggaatagggcggcgctaaATAAA----GT-TCTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTTGGG-TCAa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACATCAGA-TCAatta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGACCGACGCATGCGCAGCGACTATCGCTCCGCCCATTTCGCCATACATGTTCATAGCGTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAAAGA
Unaligned ( gi|25 ): GCAGCTCCTGGATACAATATCAATCGCTGAATTGATTAGCGATGGACAGCCTTTTTCAGGCCAATT
Unaligned ( gi|27 ): AACCTTTTTGATAATTGCTGAAGCATACATAATAGTTATGACGTAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                             111111111             11111111                                     222222222222222222222                                            2222                  2222222                                                                                      
lowQualScore                  :                                        777 2 1    4444        0     1  1    333333333     2       00000000   4444     4444  8888888888   1     999999999999999999999 22 555     22  1 0   1  66   44     1   1  9999   22  1  1 22 1  6666666 1 1    1 1 1  4444              0  1 22  333   1      6666666       1            2   
lowQualScore                  :                                        ... . .    ....        .     .  .    .........     .       ........   ....     ....  ..........   .     ..................... .. ...     ..  . .   .  ..   ..     .   .  ....   ..  .  . .. .  ....... . .    . . .  ....              .  . ..  ...   .      .......       .            .   
lowQualScore                  :                                        000 7 9    0000        3     8  9    222222222     1       33333333   7777     2222  3333333333   8     222222222222222222222 55 222     66  9 6   9  22   22     9   9  4444   66  9  9 66 9  0000000 9 9    8 8 8  0000              3  9 66  222   9      2222222       9            4   
consensus                     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--G-CG-G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
Reference ( family-5301 )     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTG-TCT-AA---GGGA--AA-AT-G--G-CG-N--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
gi|1                          :                          TGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-TTCGCCATACATGTTCATAGC-GTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAA----------AGAGCAATG----------T----------A--A---CGTTT--AC-TTAAT-AACCATTC-GTTTG-TCTTAATGGAGGA--AA-AT-G--G-CG-GCAT--T-T-GAAAT--A-AT----ATCGACCGCTGATTCGA-T--TATCGACT-TGCTTGGCGTCATATTGCCACGCCC
gi|10                         :                          TGACCTGACATGAG---TCCTGACT----ACTGCTCAACTCAC-TG-ACCA--------TGTGGC-AGTGTTT--------GTC----TAAAT----AA----------ATA-TAATG----------T----------T--G----GTTTTAAC-TTAGA-CATTGAAA-GTTTG-CCT-AA----GGA--AA-GT-G--G-TA-A--T--TAA-GCAACT-ATAT----ATCCATCTCTGATATGA-T--TATCGAC
gi|11                         :                          TGATCTAACGCGAG---AGT-GACT----ATAGCTCCGCCAAC-TG-G-------------TGG----TGTTT--------GTT----AAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATATGATGTA--G---TGTTT--AC-TTAGA-GACAGTAC-GCTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--GAGG-A--G--T-A-ACATCC-A-AT----ATTGATCGTTGATT--A-T-------ATT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCagctcctatcaggtcaat
gi|12                         :                          TAACCTGACATGAG---AGT-GTCC----ATCGCTCTGCCCAC-TG-ACAA--------CGTGAC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATG-CAATG----------TTACACAATGAA--G---TG-TT--ATGTTAGA-GATGGTTC-ACTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-GTAA-AG-A-----T-A-GCTACC-A-Aagg
gi|13                         :                          aaACCTGACACGAG---ACT-GAAC----ATTGTTCTG-----------------------------TTGTTT--------GTT----CAAAG----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-ATAGA-CATCATTA-GCTTG-TCT-GA----GGA--AA-AT-G--G-TG-G--TG-T-A-GCAACC-A-AT----ACCAATCACAGATTGTA-T--TATCGACT-TGTTTC-------ATTGACA-GTCCGTCTTAGG-TCActtggaacatcagtatttgtttaat
gi|14                         :                                        ---AAC-GACT----ACCGCTCCACCCAT-TG-AAAA---------ATAGCCATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--GT--TATTT--AC-TTAGA-CATTGTTT-GCTTT-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--G-TG-G--C------GC--------------TGGATTAATGATTGGA-C--TATCGACT-TGTTGA-------ACTGACA-GCCCACATCAGG-TCAa
gi|15                         :                                                                   AC-TG-ATCA--------TGTGGC-ATTGTGT--------GTT----CAACT----GA----------ATA-CAAAG----------T----------A--G---T---------------CA-----A----TG-TCT-AA---GGAA--AATATCG--A-CG-T--T------GCAACC-A-AT----ATCTACCGTTGATTGAA-T--TA-AGACT-TGGTTT-------ATTGACA-GCCCGCGCCGTG-TCA
gi|16                         : gaaggatcattcttagggtttgctgTGACCTGATGCGAG---TGC-AACT----ATCGCTCCACCCAC-TG-G-CA--------TGTGAC-ATTGTTT--------ATC----CTAAT----AT----------ATA-TAATG----------A----------A---------TT--AC--------------------------AA---TGGG--AA-AT-G--G-TG-A--TCCT-G-ACAA-C-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATTAACT-TGTTTG-------ATTGACA-agt
gi|17                         :                                                                                                                   AAAT----AA----------TTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATCATTG-GCTTGCCCT-AA-----GA--AA-AT-T--G-TG-G--TG-T-A-GCACAC-A-AA----ATCCACTGCTGATTGGA-T--TACAGACT-TGCCTG-------AATGACA-GTCCGCGTCAGG-TCA
gi|18                         :                                                                                                                                             tTG----------T----------AAGG---TGTTG--AA-TTAGAGCGT-GTTC-GATTG-TCT-TA---GG-A--AT-AG-G--G-CG-G--CGCT-A-AAAACA-A-AA----AT-GATCGCTGATTGGA-T--AATCGACT-TGTTTG-------ATTGACG-GTCCGCCTTAGG-TCA
gi|19                         :                                                                                                                                  atatgtTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTGAT-CATAGTTA-GCTTG-TCT-AA----GGA--GA-AT-G--A-TG-G--T--T-G-GCAACT-A-AT----ATCAA---CAGATTGGA-T--TATCT-CT-TGTTTC-------ATTGACA-GCCCGCATCAGG-a
gi|2                          :                          TGACCTTATGCGAG---AAT-GACTTATGATTGCTCCTTCATC-TG-GCCA--------TGTGGT-CTTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATACAATGCA--G---TTTTT--AC-TAAGA-TTCCGTTA-GCTTA-TCT-TA----GGA--AA-AT-A--A-TG-A--TA-T-A-GCAACCAA-ATAAAAATCAATTGCCAATTTGG-TTATATCTTCT-TGTATG-------ATTGACA-GCTTGCATAAGG-TCAaaa
gi|20                         :                                                                                                                  aatGT----AA----------ACA-CAATG----------T----------A--G---TGTAT--AC-TTGGA-CATCATCA-GCGTG-TCT-AA---GGAAATAA-AC-G--C-CG-------T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTAA----------------T-TGTTTG-------AGTGACA-GCCCGCGGCGGGATCAat
gi|21                         :                                                                                                                            A----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGT----A--TTAGA-GAAAGTTT-GTCTG-TCT-AA---GTAA-----------G-TG-T--T--T-G----------AT----ATTGTTTGCTG-----------------T-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACATCAGA-TCA
gi|22                         :               aatcacgatgtTGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-Tatt
gi|23                         :                                             t-GACA----ATCGCTCCACCCAC-TT-ACCA-----------GGT-ATTGCTT--------GTC----AAAAT----AA----------ATA-tcgccatacatgttcatagcgttgtataggcagcggttacaacaaatgcgaaaaga
gi|24                         :                 gatacaattTGACCTGATGTGAG---A-----------AT------GTCCAC-TG-ACAT--------TGTGGC-ATTATTT--------ATT----AAAGT----AA----------TTA-CAATA----------T----------A--tgaaaggtgttcaact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                     gtC-A-AT----ATCAATCGCTGAATTGA-T--TAGCGA---TG--------------GACA-GCCTTTTTCAGG-CCAtagtg
gi|26                         :              gcagctcctggataATCCGACACGAG---AAC-AACT----ATTGCCCTGCTCGC-TG-GCCA--------TGTGGT-ATatt
gi|28                         :         tatctttaacatattttTGACCTGATGCGAG---AAT-GACT----AATGCTTTACCCGC-TG-GCCA--------
gi|29                         :                          TGACCTGATGCAAG---AAC-AACT----ATCACTCAACCCAC-TG-GCt
gi|3                          :                         aTGACCTGACGCGAC---AGC-GGCC----ATCGCCCCACCCAC-TG-ACCA--------CGTTGC-ATTTTTT--------GTC----CAAAT----AA----------ATA-CAATG----------TTATACA----A--GTATTGTTT--AC-TAAGA-GACCGTTA-GCTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--A-CA-T---------GGAAAC-A-AT----ATCAATCGCTGATTGGC-T--TATCGACT-TGTTTG-------ACTGACA-GCCCGCGCAAGG-TCAt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-TCTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTTGGG-TCAg
gi|4                          :                     ataaagGACCTGATTTGAG---AAT-GAAT----ATCACTCCACCCCCATT-GTCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------T--T---TACTT--AC-TTAAA-CATTGTTA-GCTTG-TCT-AA----GGA--AA-AC-G--G-TG-G--TG-T-A-TCAATC-A-AT----ATCTACTGCTAATTGGA-T--TATTACCT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCTGTGTCAGG-atta
gi|5                          :                        tgTGACCTGACTCGAG---GAC-AACT----AACGCTCCACCGAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTATTT--------ATC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATAGTAA-G-TTG-CCT-AA----GGA--AA-AT-G--T-CA-G--TG-T-A-GCAAGC-T-AT----ATTGATCGCTGACGAGA-T--TATCAAAT-TGTTTG-------ATCGACA-ACCTGTGTCAGG-TCAaaat
gi|6                          :                       aacTGACCTGACACAAG---GGT-GACC----ATCACTCCGCCCGC-TG-ACCA--------CA-----A--------------GTC----TAAGT----AA----------ATA-CAATGAAATACAATAT----------A--A---TGTTT--AC-TTAGA-CA-CAATATGCTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--G-CA-C--TA-T-A-ACAATC-A-AT----ATCAGTCACTGATTGCA-T--TACCAACT-TAATTG-------ATTGACA-GCCCGTGTCAGA-TCAat
gi|7                          :                         cTGACCTGATGCAAG---AAT-GACT----ATTGCTCTACCCAC-TG-GCCA--------TGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-AAATG----------T----------A--G---AGTTC--AC-CTAGG-CATCGTCA-GCTTT-TCT-AA---AGAA--AA-AT-G--G-CATT--T--T-A-GGAACC-A-AT----ATTGATCACTGATTGGA-T--TATGAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACGTCAGG-TCAa
gi|8                          :                          TGACCTGTCGCAAG---ATC-AATT----ATCGCTCAACCCAT-TG-GCCA--------TATGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TACGA-CATCATTT-GTTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--G-CA-G--TG-T-A-GCAGCC-A-AT----ATTGATCGCTACTTGGATT--TATCAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCATGTCAG
gi|9                          :                         tTGACCTGGCATGAG---AGC-AACA----ATTACCCCATCCAC-TG-GCCA--------AATGGT-GTTGTTTT-------GTA----CAAGT----AATCACAATGTAATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT---------------------CTTG-TCT-AA----GGA--AA-AT-G--G-CA-G--C--C-ATGGAAAC-A-AT----ATTGATCGCTGATTGGA-T--TA---ACTGTGTTTG-------ATTGACA-GCCAGTGTCAGG-TCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AACCTTTTTGATAATTGCTGAAGCATACATAATAGTTATGACGTAAC






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consensus                     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCG--G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
Reference ( family-5301 )     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCG--G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
gi|1                          :                          TGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-TTCGCCATACATGTTCATAGC-GTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAA----------AGAGCAATG----------T----------A--A---CGTTT--AC-TTAAT-AACCATTC-GTTTGTCTTAATGGA-GGA---AAATG-GCG--GCAT--T-T-GAAAT--A-AT----ATCGACCGCTGATTCGA-T--TATCGACT-TGCTTGGCGTCATATTGCCACGCCC
gi|10                         :                          TGACCTGACATGAG---TCCTGACT----ACTGCTCAACTCAC-TG-ACCA--------TGTGGC-AGTGTTT--------GTC----TAAAT----AA----------ATA-TAATG----------T----------T--G----GTTTTAAC-TTAGA-CATTGAAA-GTTTGCCT-----AA-GGA---AAGTG-GTA--A--T--TAA-GCAACT-ATAT----ATCCATCTCTGATATGA-T--TATCGAC
gi|11                         :                          TGATCTAACGCGAG---AGT-GACT----ATAGCTCCGCCAAC-TG-G-------------TGG----TGTTT--------GTT----AAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATATGATGTA--G---TGTTT--AC-TTAGA-GACAGTAC-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GAG--GA-G--T-A-ACATCC-A-AT----ATTGATCGTTGATT--A-T-------ATT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCagctcctatcaggtcaat
gi|12                         :                          TAACCTGACATGAG---AGT-GTCC----ATCGCTCTGCCCAC-TG-ACAA--------CGTGAC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATG-CAATG----------TTACACAATGAA--G---TG-TT--ATGTTAGA-GATGGTTC-ACTTGTCT-----AA-GGA---AAATGTAAA--G--A--T-A-GCTACC-A-Aagg
gi|13                         :                          aaACCTGACACGAG---ACT-GAAC----ATTGTTCTG-----------------------------TTGTTT--------GTT----CAAAG----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-ATAGA-CATCATTA-GCTTGTCT-----GA-GGA---AAATG-GTG--G--TG-T-A-GCAACC-A-AT----ACCAATCACAGATTGTA-T--TATCGACT-TGTTTC-------ATTGACA-GTCCGTCTTAGG-TCActtggaacatcagtatttgtttaat
gi|14                         :                                        ---AAC-GACT----ACCGCTCCACCCAT-TG-AAAA---------ATAGCCATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--GT--TATTT--AC-TTAGA-CATTGTTT-GCTTTTCT-----AA-GGA---AAATG-GTG--G--C------GC--------------TGGATTAATGATTGGA-C--TATCGACT-TGTTGA-------ACTGACA-GCCCACATCAGG-TCAa
gi|15                         :                                                                   AC-TG-ATCA--------TGTGGC-ATTGTGT--------GTT----CAACT----GA----------ATA-CAAAG----------T----------A--G---T---------------CA-----A----TGTCT-----AA-GGA---AAATA-TCGACG--T--T---GCAACC-A-AT----ATCTACCGTTGATTGAA-T--TA-AGACT-TGGTTT-------ATTGACA-GCCCGCGCCGTG-TCA
gi|16                         : gaaggatcattcttagggtttgctgTGACCTGATGCGAG---TGC-AACT----ATCGCTCCACCCAC-TG-G-CA--------TGTGAC-ATTGTTT--------ATC----CTAAT----AT----------ATA-TAATG----------A----------A---------TT--AC-----------------------------AATGGG---AAATG-GTG--A--TCCT-G-ACAA-C-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATTAACT-TGTTTG-------ATTGACA-agt
gi|17                         :                                                                                                                   AAAT----AA----------TTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATCATTG-GCTTGCCC-----TA-AGA---AAATT-GTG--G--TG-T-A-GCACAC-A-AA----ATCCACTGCTGATTGGA-T--TACAGACT-TGCCTG-------AATGACA-GTCCGCGTCAGG-TCA
gi|18                         :                                                                                                                                             tTG----------T----------AAGG---TGTTG--AA-TTAGAGCGT-GTTC-GATTGTCT-----TA-GGA---ATAGG-GCG--G--CGCT-A-AAAACA-A-AA----AT-GATCGCTGATTGGA-T--AATCGACT-TGTTTG-------ATTGACG-GTCCGCCTTAGG-TCA
gi|19                         :                                                                                                                                  atatgtTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTGAT-CATAGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---GAATG-ATG--G--T--T-G-GCAACT-A-AT----ATCAA---CAGATTGGA-T--TATCT-CT-TGTTTC-------ATTGACA-GCCCGCATCAGG-a
gi|2                          :                          TGACCTTATGCGAG---AAT-GACTTATGATTGCTCCTTCATC-TG-GCCA--------TGTGGT-CTTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATACAATGCA--G---TTTTT--AC-TAAGA-TTCCGTTA-GCTTATCT-----TA-GGA---AAATA-ATG--A--TA-T-A-GCAACCAA-ATAAAAATCAATTGCCAATTTGG-TTATATCTTCT-TGTATG-------ATTGACA-GCTTGCATAAGG-TCAaaa
gi|20                         :                                                                                                                  aatGT----AA----------ACA-CAATG----------T----------A--G---TGTAT--AC-TTGGA-CATCATCA-GCGTGTCT-----AA-GGAAATAAACG-CCG--------T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTAA----------------T-TGTTTG-------AGTGACA-GCCCGCGGCGGGATCAat
gi|21                         :                                                                                                                            A----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGT----A--TTAGA-GAAAGTTT-GTCTGTCT-----AA-GTA---A-----GTG--T--T--T-G----------AT----ATTGTTTGCTG-----------------T-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACATCAGA-TCA
gi|22                         :               aatcacgatgtTGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-Tatt
gi|23                         :                                             t-GACA----ATCGCTCCACCCAC-TT-ACCA-----------GGT-ATTGCTT--------GTC----AAAAT----AA----------ATA-tcgccatacatgttcatagcgttgtataggcagcggttacaacaaatgcgaaaaga
gi|24                         :                 gatacaattTGACCTGATGTGAG---A-----------AT------GTCCAC-TG-ACAT--------TGTGGC-ATTATTT--------ATT----AAAGT----AA----------TTA-CAATA----------T----------A--tgaaaggtgttcaact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                   gtC-A-AT----ATCAATCGCTGAATTGA-T--TAGCGA---TG--------------GACA-GCCTTTTTCAGG-CCAtagtg
gi|26                         :              gcagctcctggataATCCGACACGAG---AAC-AACT----ATTGCCCTGCTCGC-TG-GCCA--------TGTGGT-ATatt
gi|28                         :         tatctttaacatattttTGACCTGATGCGAG---AAT-GACT----AATGCTTTACCCGC-TG-GCCA--------
gi|29                         :                          TGACCTGATGCAAG---AAC-AACT----ATCACTCAACCCAC-TG-GCt
gi|3                          :                         aTGACCTGACGCGAC---AGC-GGCC----ATCGCCCCACCCAC-TG-ACCA--------CGTTGC-ATTTTTT--------GTC----CAAAT----AA----------ATA-CAATG----------TTATACA----A--GTATTGTTT--AC-TAAGA-GACCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-ACA--------T-G-G-AAAC-A-AT----ATCAATCGCTGATTGGC-T--TATCGACT-TGTTTG-------ACTGACA-GCCCGCGCAAGG-TCAt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-TCTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTTGGG-TCAg
gi|4                          :                     ataaagGACCTGATTTGAG---AAT-GAAT----ATCACTCCACCCCCATT-GTCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------T--T---TACTT--AC-TTAAA-CATTGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAACG-GTG--G--TG-T-A-TCAATC-A-AT----ATCTACTGCTAATTGGA-T--TATTACCT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCTGTGTCAGG-atta
gi|5                          :                        tgTGACCTGACTCGAG---GAC-AACT----AACGCTCCACCGAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTATTT--------ATC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATAGTAA-G-TTGCCT-----AA-GGA---AAATG-TCA--G--TG-T-A-GCAAGC-T-AT----ATTGATCGCTGACGAGA-T--TATCAAAT-TGTTTG-------ATCGACA-ACCTGTGTCAGG-TCAaaat
gi|6                          :                       aacTGACCTGACACAAG---GGT-GACC----ATCACTCCGCCCGC-TG-ACCA--------CA-----A--------------GTC----TAAGT----AA----------ATA-CAATGAAATACAATAT----------A--A---TGTTT--AC-TTAGA-CA-CAATATGCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--C--TA-T-A-ACAATC-A-AT----ATCAGTCACTGATTGCA-T--TACCAACT-TAATTG-------ATTGACA-GCCCGTGTCAGA-TCAat
gi|7                          :                         cTGACCTGATGCAAG---AAT-GACT----ATTGCTCTACCCAC-TG-GCCA--------TGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-AAATG----------T----------A--G---AGTTC--AC-CTAGG-CATCGTCA-GCTTTTCTA----AA-GAA---AAATG-GCAT-T--T--T-A-GGAACC-A-AT----ATTGATCACTGATTGGA-T--TATGAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACGTCAGG-TCAa
gi|8                          :                          TGACCTGTCGCAAG---ATC-AATT----ATCGCTCAACCCAT-TG-GCCA--------TATGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TACGA-CATCATTT-GTTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--G--TG-T-A-GCAGCC-A-AT----ATTGATCGCTACTTGGATT--TATCAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCATGTCAG
gi|9                          :                         tTGACCTGGCATGAG---AGC-AACA----ATTACCCCATCCAC-TG-GCCA--------AATGGT-GTTGTTTT-------GTA----CAAGT----AATCACAATGTAATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT---------------------CTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--G--C--C-ATGGAAAC-A-AT----ATTGATCGCTGATTGGA-T--TA---ACTGTGTTTG-------ATTGACA-GCCAGTGTCAGG-TCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AACCTTTTTGATAATTGCTGAAGCATACATAATAGTTATGACGTAAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                        000 7 9    0000        3     8  9    222222222     1       33333333   7777     2222  3333333333   8     222222222222222222222 55 222     66  9 6   9  22   22        77777  9   333     9   00000000 444    8 8 8  0000              3  9 66  222   9      2222222       9            4   
consensus                     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCG--G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
Reference ( family-5301 )     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCG--G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
gi|1                          :                          TGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-TTCGCCATACATGTTCATAGC-GTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAA----------AGAGCAATG----------T----------A--A---CGTTT--AC-TTAAT-AACCATTC-GTTTGTCTTAATGGA-GGA---AAATG-GCG--GCAT--T-T-GAAAT--A-AT----ATCGACCGCTGATTCGA-T--TATCGACT-TGCTTGGCGTCATATTGCCACGCCC
gi|10                         :                          TGACCTGACATGAG---TCCTGACT----ACTGCTCAACTCAC-TG-ACCA--------TGTGGC-AGTGTTT--------GTC----TAAAT----AA----------ATA-TAATG----------T----------T--G----GTTTTAAC-TTAGA-CATTGAAA-GTTTGCCT-----AA-GGA---AAGTG-GTA--A--T--TAA-GCAACT-ATAT----ATCCATCTCTGATATGA-T--TATCGAC
gi|11                         :                          TGATCTAACGCGAG---AGT-GACT----ATAGCTCCGCCAAC-TG-G-------------TGG----TGTTT--------GTT----AAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATATGATGTA--G---TGTTT--AC-TTAGA-GACAGTAC-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GAG--GA-G--T-A-ACATCC-A-AT----ATTGATCGTTGATT--A-T-------ATT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCagctcctatcaggtcaat
gi|12                         :                          TAACCTGACATGAG---AGT-GTCC----ATCGCTCTGCCCAC-TG-ACAA--------CGTGAC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATG-CAATG----------TTACACAATGAA--G---TG-TT--ATGTTAGA-GATGGTTC-ACTTGTCT-----AA-GGA---AAATGTAAA--G--A--T-A-GCTACC-A-Aagg
gi|13                         :                          aaACCTGACACGAG---ACT-GAAC----ATTGTTCTG-----------------------------TTGTTT--------GTT----CAAAG----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-ATAGA-CATCATTA-GCTTGTCT-----GA-GGA---AAATG-GTG--G--TG-T-A-GCAACC-A-AT----ACCAATCACAGATTGTA-T--TATCGACT-TGTTTC-------ATTGACA-GTCCGTCTTAGG-TCActtggaacatcagtatttgtttaat
gi|14                         :                                        ---AAC-GACT----ACCGCTCCACCCAT-TG-AAAA---------ATAGCCATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--GT--TATTT--AC-TTAGA-CATTGTTT-GCTTTTCT-----AA-GGA---AAATG-GTG--G--C------GC--------------TGGATTAATGATTGGA-C--TATCGACT-TGTTGA-------ACTGACA-GCCCACATCAGG-TCAa
gi|15                         :                                                                   AC-TG-ATCA--------TGTGGC-ATTGTGT--------GTT----CAACT----GA----------ATA-CAAAG----------T----------A--G---T---------------CA-----A----TGTCT-----AA-GGA---AAATA-TCGACG--T--T---GCAACC-A-AT----ATCTACCGTTGATTGAA-T--TA-AGACT-TGGTTT-------ATTGACA-GCCCGCGCCGTG-TCA
gi|16                         : gaaggatcattcttagggtttgctgTGACCTGATGCGAG---TGC-AACT----ATCGCTCCACCCAC-TG-G-CA--------TGTGAC-ATTGTTT--------ATC----CTAAT----AT----------ATA-TAATG----------A----------A---------TT--AC-----------------------------AATGGG---AAATG-GTG--A--TCCT-G-ACAA-C-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATTAACT-TGTTTG-------ATTGACA-agt
gi|17                         :                                                                                                                   AAAT----AA----------TTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATCATTG-GCTTGCCC-----TA-AGA---AAATT-GTG--G--TG-T-A-GCACAC-A-AA----ATCCACTGCTGATTGGA-T--TACAGACT-TGCCTG-------AATGACA-GTCCGCGTCAGG-TCA
gi|18                         :                                                                                                                                             tTG----------T----------AAGG---TGTTG--AA-TTAGAGCGT-GTTC-GATTGTCT-----TA-GGA---ATAGG-GCG--G--CGCT-A-AAAACA-A-AA----AT-GATCGCTGATTGGA-T--AATCGACT-TGTTTG-------ATTGACG-GTCCGCCTTAGG-TCA
gi|19                         :                                                                                                                                  atatgtTA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTGAT-CATAGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---GAATG-ATG--G--T--T-G-GCAACT-A-AT----ATCAA---CAGATTGGA-T--TATCT-CT-TGTTTC-------ATTGACA-GCCCGCATCAGG-a
gi|2                          :                          TGACCTTATGCGAG---AAT-GACTTATGATTGCTCCTTCATC-TG-GCCA--------TGTGGT-CTTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATACAATGCA--G---TTTTT--AC-TAAGA-TTCCGTTA-GCTTATCT-----TA-GGA---AAATA-ATG--A--TA-T-A-GCAACCAA-ATAAAAATCAATTGCCAATTTGG-TTATATCTTCT-TGTATG-------ATTGACA-GCTTGCATAAGG-TCAaaa
gi|20                         :                                                                                                                  aatGT----AA----------ACA-CAATG----------T----------A--G---TGTAT--AC-TTGGA-CATCATCA-GCGTGTCT-----AA-GGAAATAAACG-CCG--------T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTAA----------------T-TGTTTG-------AGTGACA-GCCCGCGGCGGGATCAat
gi|21                         :                                                                                                                            A----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGT----A--TTAGA-GAAAGTTT-GTCTGTCT-----AA-GTA---A-----GTG--T--T--T-G----------AT----ATTGTTTGCTG-----------------T-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACATCAGA-TCA
gi|22                         :               aatcacgatgtTGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAT-Tatt
gi|23                         :                                             t-GACA----ATCGCTCCACCCAC-TT-ACCA-----------GGT-ATTGCTT--------GTC----AAAAT----AA----------ATA-tcgccatacatgttcatagcgttgtataggcagcggttacaacaaatgcgaaaaga
gi|24                         :                 gatacaattTGACCTGATGTGAG---A-----------AT------GTCCAC-TG-ACAT--------TGTGGC-ATTATTT--------ATT----AAAGT----AA----------TTA-CAATA----------T----------A--tgaaaggtgttcaact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                   gtC-A-AT----ATCAATCGCTGAATTGA-T--TAGCGA---TG--------------GACA-GCCTTTTTCAGG-CCAtagtg
gi|26                         :              gcagctcctggataATCCGACACGAG---AAC-AACT----ATTGCCCTGCTCGC-TG-GCCA--------TGTGGT-ATatt
gi|28                         :         tatctttaacatattttTGACCTGATGCGAG---AAT-GACT----AATGCTTTACCCGC-TG-GCCA--------
gi|29                         :                          TGACCTGATGCAAG---AAC-AACT----ATCACTCAACCCAC-TG-GCt
gi|3                          :                         aTGACCTGACGCGAC---AGC-GGCC----ATCGCCCCACCCAC-TG-ACCA--------CGTTGC-ATTTTTT--------GTC----CAAAT----AA----------ATA-CAATG----------TTATACA----A--GTATTGTTT--AC-TAAGA-GACCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-ACA--------T-G-G-AAAC-A-AT----ATCAATCGCTGATTGGC-T--TATCGACT-TGTTTG-------ACTGACA-GCCCGCGCAAGG-TCAt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-TCTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTTGGG-TCAg
gi|4                          :                     ataaagGACCTGATTTGAG---AAT-GAAT----ATCACTCCACCCCCATT-GTCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------T--T---TACTT--AC-TTAAA-CATTGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAACG-GTG--G--TG-T-A-TCAATC-A-AT----ATCTACTGCTAATTGGA-T--TATTACCT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCTGTGTCAGG-atta
gi|5                          :                        tgTGACCTGACTCGAG---GAC-AACT----AACGCTCCACCGAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTATTT--------ATC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TAAGA-CATAGTAA-G-TTGCCT-----AA-GGA---AAATG-TCA--G--TG-T-A-GCAAGC-T-AT----ATTGATCGCTGACGAGA-T--TATCAAAT-TGTTTG-------ATCGACA-ACCTGTGTCAGG-TCAaaat
gi|6                          :                       aacTGACCTGACACAAG---GGT-GACC----ATCACTCCGCCCGC-TG-ACCA--------CA-----A--------------GTC----TAAGT----AA----------ATA-CAATGAAATACAATAT----------A--A---TGTTT--AC-TTAGA-CA-CAATATGCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--C--TA-T-A-ACAATC-A-AT----ATCAGTCACTGATTGCA-T--TACCAACT-TAATTG-------ATTGACA-GCCCGTGTCAGA-TCAat
gi|7                          :                         cTGACCTGATGCAAG---AAT-GACT----ATTGCTCTACCCAC-TG-GCCA--------TGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-AAATG----------T----------A--G---AGTTC--AC-CTAGG-CATCGTCA-GCTTTTCTA----AA-GAA---AAATG-GCAT-T--T--T-A-GGAACC-A-AT----ATTGATCACTGATTGGA-T--TATGAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACGTCAGG-TCAa
gi|8                          :                          TGACCTGTCGCAAG---ATC-AATT----ATCGCTCAACCCAT-TG-GCCA--------TATGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TACGA-CATCATTT-GTTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--G--TG-T-A-GCAGCC-A-AT----ATTGATCGCTACTTGGATT--TATCAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCATGTCAG
gi|9                          :                         tTGACCTGGCATGAG---AGC-AACA----ATTACCCCATCCAC-TG-GCCA--------AATGGT-GTTGTTTT-------GTA----CAAGT----AATCACAATGTAATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT---------------------CTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCA--G--C--C-ATGGAAAC-A-AT----ATTGATCGCTGATTGGA-T--TA---ACTGTGTTTG-------ATTGACA-GCCAGTGTCAGG-TCA


blockSeqs                     :                                        CGC C T    TATG              A  .    T             C       T          .        .     TCACAATGTA   .     TAATATGATGT           AG TAT     TA  G     G  TT   AT        A      T   AAT     T   ACGT     AA     C A T  AAAA                 T TA  TCG   G      .             .            A
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    C             .       .          .        .     .            .     TTACACAATGA           .  T       .   .     .  CA   A         .      .   .       .   ATCC     AT     C . .  .                    . .   TCG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     TAATACAATGC           .  .       .   .     .  TG   C         .      .   .       .   GCGC     A      C . .  .                    . .   TCG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   C .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     AAATACAATAT           .  .       .   .     .  TC   C         .      .   .       .   GAG      A      C . .  .                    . .   TTA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     TTATACA               .  .       .   .     .  TT   A         .      .   .       .   GTG      A      C . .  .                    . .   CAG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TC   T         .      .   .       .   GTG      G      A . .  .                    . .   TCG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TA   A         .      .   .       .   ATA      A      C . .  .                    . .   TCT   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    C             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  CC   G         .      .   .       .   GTG      A      C . .  .                    . .   TCT   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    C             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TC   C         .      .   .       .   GTG      G      C . .  .                    . .   GCG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    C             .       .          .        .     .            .     A                     .  .       .   .     .  AA   A         .      .   .       .   CTA      A      C . .  .                    . .   TCG   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    C             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  CC   A         .      .   .       .   TTT      A      A . .  .                    . .   TTA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TT   A         .      .   .       .   GTG      G      T . .  .                    . .   TCA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    T             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TA   T         .      .   .       .   AT       G      G . .  .                    . .   CCA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    A             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TC   A         .      .   .       .   GA       A      T . .  .                    . .   TGA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    .             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  TC   A         .      .   .       .   GC       A      C . .  .                    . .   TCA   .      .             .            .
blockSeqs                     :                                        .   A .    .                 .  .    .             .       .          .        .     .            .     T                     .  .       .   .     .  T    A         .      .   .       .   GT       A      C . .  .                    . .   AG    .      .             .            .
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blockSeqs                     :                                        .   G .    .                 .  .    .             .                           .     .            .     T                     .  .       .   .     .  .    T         .      .   .       .   GC       A      . . .  .                    . .   .     .      .             .             
blockSeqs                     :                                        .   . .    .                 .  .                                              .     .            .     T                     .  .       .   .     .  .    .         .      .   .       .   .        .      . . .  .                    . .   .     .      .             .             
blockSeqs                     :                                              .    .                 .  .                                                    .            .     T                     .  .       .   .     .  .    .         .      .   .       .   .        .      . . .  .                    . .   .     .      .             .             
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blockSeqCons                  :                                        ***                                  T********             ********   ****     ****                                                                                  *****                  GTG*****                                                       *******
originalCons                  :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCA--------CGTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCG--G--T--T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
finalCons                     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCAC-TG-GCCAT--------GTGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A--G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGA---AAATG-GCGGTG-----T-A-GCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AACCTTTTTGATAATTGCTGAAGCATACATAATAGTTATGACGTAAC






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consensus                     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCA-C-TG-GCCATG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGAAAATGGCGG-C-G-TAGCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
Reference ( family-5301 )     :                          TGACCTGACGCGAG---AGC-GACT----ATCGCTCCGCCCA-C-TG-GCCATG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TTAGA-CATCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGAAAATGGCGG-T-G-TAGCAACC-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATCGACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTCAGG-TCA
gi|1                          :                          TGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCA-T-TTCGCCATACATGTTCATAGC-GTTGTATAGGCAGCGGTTACAACAAATGCGAAA----------AGAGCAATG----------T----------A----------A---CGTTT--AC-TTAAT-AACCATTC-GTTTGTCTTAATGGA-GGAAAATGGCGG-C-A-TTTGAAAT-A-AT----ATCGACCGCTGATTCGA-T--TATCGACT-TGCTTGGCGTCATATTGCCACGCCC
gi|10                         :                          TGACCTGACATGAG---TCCTGACT----ACTGCTCAACTCA-C-TG-ACCATG--------TGGC-AGTGTTT--------GTC----TAAAT----AA----------ATA-TAATG----------T----------T----------G----GTTTTAAC-TTAGA-CATTGAAA-GTTTGCCT-----AA-GGAAAGTGGTAA-T-T-AAGCAACT-ATAT----ATCCATCTCTGATATGA-T--TATCGAC
gi|11                         :                          TGATCTAACGCGAG---AGT-GACT----ATAGCTCCGCCAA-C-TG-G-------------TGG----TGTTT--------GTT----AAAGT----AA----------ATA-CAATG----------TAATATGATGTA----------G---TGTTT--AC-TTAGA-GACAGTAC-GCTTGTCT-----AA-GGAAAATGGAGG-A-G-TAACATCC-A-AT----ATTGATCGTTGATT--A-T-------ATT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCagctcctatcaggtcaat
gi|12                         :                          TAACCTGACATGAG---AGT-GTCC----ATCGCTCTGCCCA-C-TG-ACAACG--------TGAC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATG-CAATG----------TTACACAATGAA----------G---TG-TT--ATGTTAGA-GATGGTTC-ACTTGTCT-----AA-GGAAAATGTAAA-G-A-TAGCTACC-A-Aagg
gi|13                         :                          aaACCTGACACGAG---ACT-GAAC----ATTGTTCTG------------------------------TTGTTT--------GTT----CAAAG----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-ATAGA-CATCATTA-GCTTGTCT-----GA-GGAAAATGGTGG-T-G-TAGCAACC-A-AT----ACCAATCACAGATTGTA-T--TATCGACT-TGTTTC-------ATTGACA-GTCCGTCTTAGG-TCActtggaacatcagtatttgtttaat
gi|14                         :                                        ---AAC-GACT----ACCGCTCCACCCA-T-TG-AAAA-A--------TAGCCATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------GT--TATTT--AC-TTAGA-CATTGTTT-GCTTTTCT-----AA-GGAAAATGGTGG-C-G-C-----------------TGGATTAATGATTGGA-C--TATCGACT-TGTTGA-------ACTGACA-GCCCACATCAGG-TCAa
gi|15                         :                                                                   A-C-TG-ATCATG--------TGGC-ATTGTGT--------GTT----CAACT----GA----------ATA-CAAAG----------T----------A----------G---T---------------CA-----A----TGTCT-----AA-GGAAAATATCGA-C-G-TTGCAACC-A-AT----ATCTACCGTTGATTGAA-T--TA-AGACT-TGGTTT-------ATTGACA-GCCCGCGCCGTG-TCA
gi|16                         : gaaggatcattcttagggtttgctgTGACCTGATGCGAG---TGC-AACT----ATCGCTCCACCCA-C-TG-G-CATG--------TGAC-ATTGTTT--------ATC----CTAAT----AT----------ATA-TAATG----------A----------A-----------------TT--AC-----------------------------AATGGGAAATGGTGA-TCC-TGACAA-C-A-AT----ATCGATCGCTGATTGGA-T--TATTAACT-TGTTTG-------ATTGACA-agt
gi|17                         :                                                                                                                    AAAT----AA----------TTA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TAAGA-CATCATTG-GCTTGCCC-----TA-AGAAAATTGTGG-T-G-TAGCACAC-A-AA----ATCCACTGCTGATTGGA-T--TACAGACT-TGCCTG-------AATGACA-GTCCGCGTCAGG-TCA
gi|18                         :                                                                                                                                              tTG----------T----------AAG--------G---TGTTG--AA-TTAGAGCGT-GTTC-GATTGTCT-----TA-GGAATAGGGCGG-C-GCTAAAAACA-A-AA----AT-GATCGCTGATTGGA-T--AATCGACT-TGTTTG-------ATTGACG-GTCCGCCTTAGG-TCA
gi|19                         :                                                                                                                                   atatgtTA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TTGAT-CATAGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGAGAATGATGG-T---TGGCAACT-A-AT----ATCAA---CAGATTGGA-T--TATCT-CT-TGTTTC-------ATTGACA-GCCCGCATCAGG-a
gi|2                          :                          TGACCTTATGCGAG---AAT-GACTTATGATTGCTCCTTCAT-C-TG-GCCATG--------TGGT-CTTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------AATACAATGCAG---TTTTT--AC-TAAGA-TTCCGTTA-GCTTATCT-----TA-GGAAAATAATGA-T-A-TAGCAACCAA-ATAAAAATCAATTGCCAATTTGG-TTATATCTTCT-TGTATG-------ATTGACA-GCTTGCATAAGG-TCAaaa
gi|20                         :                                                                                                                   aatGT----AA----------ACA-CAATG----------T----------A----------G---TGTAT--AC-TTGGA-CATCATCA-GCGTGTCT-----AA-GGAAATAAACGC-C-G-TAGCAACC-A-AT----ATCGATCGCTAA----------------T-TGTTTG-------AGTGACA-GCCCGCGGCGGGATCAat
gi|21                         :                                                                                                                             A----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGT----A--TTAGA-GAAAGTTT-GTCTGTCT-----AA-GTAA-------G-T-G-T-----TT-G-AT----ATTGTTTGCTG-----------------T-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACATCAGA-TCA
gi|22                         :               aatcacgatgtTGACC-GACGCATGCGCAGC-GACT----ATCGCTCCGCCCATT-TC-GCCATatt
gi|23                         :                                             t-GACA----ATCGCTCCACCCA-C-TT-ACCA-----------GGT-ATTGCTT--------GTC----AAAAT----AA----------ATA-acatgttcatagcgttgtataggcagcggttacaacaaatgcgaaaaga
gi|24                         :                 gatacaattTGACCTGATGTGAG---A-----------AT------GTCCA-C-TG-ACATTG--------TGGC-ATTATTT--------ATT----AAAGT----AA----------TTA-CAATA----------T----------A----------tgaaaggtgttcaact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                    gtC-A-AT----ATCAATCGCTGAATTGA-T--TAGCGA---TG--------------GACA-GCCTTTTTCAGG-CCAtagtg
gi|26                         :              gcagctcctggataATCCGACACGAG---AAC-AACT----ATTGCCCTGCTCG-C-TG-GCCATG--------TGGT-ATatt
gi|28                         :         tatctttaacatattttTGACCTGATGCGAG---AAT-GACT----AATGCTTTACCCG-C-TG-GCCAT
gi|29                         :                          TGACCTGATGCAAG---AAC-AACT----ATCACTCAACCCA-C-TG-GC
gi|3                          :                         aTGACCTGACGCGAC---AGC-GGCC----ATCGCCCCACCCA-C-TG-ACCACG--------TTGC-ATTTTTT--------GTC----CAAAT----AA----------ATA-CAATG----------TTATACA----A----------GTATTGTTT--AC-TAAGA-GACCGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGAAAATGAC-----A-TGG-AAAC-A-AT----ATCAATCGCTGATTGGC-T--TATCGACT-TGTTTG-------ACTGACA-GCCCGCGCAAGG-TCAt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            T-TCTTTG-------ATTGACA-GCCCGCGTTGGG-TCAg
gi|4                          :                     ataaagGACCTGATTTGAG---AAT-GAAT----ATCACTCCACCCC-CATT-GTCACG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------T----------T---TACTT--AC-TTAAA-CATTGTTA-GCTTGTCT-----AA-GGAAAACGGTGG-T-G-TATCAATC-A-AT----ATCTACTGCTAATTGGA-T--TATTACCT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCTGTGTCAGG-atta
gi|5                          :                        tgTGACCTGACTCGAG---GAC-AACT----AACGCTCCACCGA-C-TG-GCCACG--------TGGC-ATTATTT--------ATC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TAAGA-CATAGTAA-G-TTGCCT-----AA-GGAAAATGTCAG-T-G-TAGCAAGC-T-AT----ATTGATCGCTGACGAGA-T--TATCAAAT-TGTTTG-------ATCGACA-ACCTGTGTCAGG-TCAaaat
gi|6                          :                       aacTGACCTGACACAAG---GGT-GACC----ATCACTCCGCCCG-C-TG-ACCA-------------C-AA-------------GTC----TAAGT----AA----------ATA-CAATGAAATACAATAT----------A----------A---TGTTT--AC-TTAGA-CA-CAATATGCTTGTCT-----AA-GGAAAATGGCAC-T-A-TAACAATC-A-AT----ATCAGTCACTGATTGCA-T--TACCAACT-TAATTG-------ATTGACA-GCCCGTGTCAGA-TCAat
gi|7                          :                         cTGACCTGATGCAAG---AAT-GACT----ATTGCTCTACCCA-C-TG-GCCATG--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-AAATG----------T----------A----------G---AGTTC--AC-CTAGG-CATCGTCA-GCTTTTCTA----AA-GAAAAATGGCAT-T-T-TAGGAACC-A-AT----ATTGATCACTGATTGGA-T--TATGAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCACGTCAGG-TCAa
gi|8                          :                          TGACCTGTCGCAAG---ATC-AATT----ATCGCTCAACCCA-T-TG-GCCATA--------TGGC-ATTGTTT--------GTC----CAAGT----AA----------ATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT--AC-TACGA-CATCATTT-GTTTGTCT-----AA-GGAAAATGGCAG-T-G-TAGCAGCC-A-AT----ATTGATCGCTACTTGGATT--TATCAACT-TGTTTG-------ATTGACA-GCCCATGTCAG
gi|9                          :                         tTGACCTGGCATGAG---AGC-AACA----ATTACCCCATCCA-C-TG-GCCAAA--------TGGT-GTTGTTTT-------GTA----CAAGT----AATCACAATGTAATA-CAATG----------T----------A----------G---TGTTT---------------------CTTGTCT-----AA-GGAAAATGGCAGCC-A-TGG-AAAC-A-AT----ATTGATCGCTGATTGGA-T--TA---ACTGTGTTTG-------ATTGACA-GCCAGTGTCAGG-TCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AACCTTTTTGATAATTGCTGAAGCATACATAATAGTTATGACGTAAC