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Reference ( gi|1 ) : GGTCAGCTGCCACCATTGAGTGGAGCTCTATGATCGGTTGAAAAA-AGTATAGGGATGTTAAGAGCA--TA-T--ACATTT---ATAGTAA--GCTAAATTTTGGTTGGATGAAAATG--ACAAACTGGCAAATGATCACAATAAAATA------TAAGTTTA----TTATGTTT----GT-----GTTAATAAAA---TA---AA--TATGTTTCTGTTACTGACTAAATTC-----ATTGTATCAAAGAAACTGTTTGGAAAGTAAAATTTGTGAAATGTC--CCT--TTTTCATGCTGAAAGTGGGGGTATCCAACTTCA-GGGGGCAAACAATGGTCAAATGTGATACTTTTGA-CCCGTTTTGA-GACATTTTAA--------T-TTGAGTCTGGGATAGT----ACTTT-----ACTTTGA----TGTAAGACATTT--TGG-TGGAGC--GCATGGTCTAGTGGTAGAGCATCGA-ACT--------CATGATCG--GAGAATCGTCGGTTCGA-TCCTCCGCCACGGCTATGTGTGGTGTCTTAGGGCAAGA---CACTTTTCCGCATATGCTTAGTACTGGTTCTAACCAG-GAAGACTTCGAGCGTG-GTTTGCCTT--AGTTGTAATAACTTGTTTCACAATCGAAGTAAAATAAATAAGTTTAAACTAAAC--TT-TTTGGTCCGCAAATGGTAGAAATAG-TGAAAAGTA---GGTCAAACGTTAT-AATATAAGTCTATGGAAAACGCAATGGTGGTGGCTTACCT
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gi|5 : gtcagctaccaccattgagacgagctctctgaatggatgaaatattggaatgttcaaggcatacattttgaatataagcttatatttggtttgatggaaatgtcacactggcaaatgatcacaataaaataaaattataggtttattatgattgtgtcaataaaaaaataaaattatgttcctgtcactcactaaattcattttattaaggaaactgtatggaaagtaaaattggtggaattaatttttatgctgaaagtgggggtacccaacttcatcaggacaaaaagtggtaaaacgtgatattttttgaacatttccatttgagtctaggacagtactttaatatgatatatgAT--TT-TTTGGTCCACGAATGGTGGAAATCG-TGAAAATTA---CGCAAAACGTTAT-AATGTAAGACTATGGTAAACGCAATGGTGGTAGCTtatgaaaattgcagaagaatcgccatcttaactagttcat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|5 : gttaaaaatacattttaaagaatacttaGGTCAGCTACCACCATTGAGAGGAGCTCTCTGATTGACTGAGAAA-AGTATAGGGATGTTCACGACA--TAT--TTTTTTT--ATAGTAA--GTTTGTTTCTGGTTGGATGAAAATGTCA--AGCTGGCAAATGATCACAATATAG------TAC---TTTA----ATATGaattaatcaagttttcaataaaagttat
gi|5 : acttaccttttgtATAGT----ACTTT--AATAT---G-----ATGTAGGATTTTT--TGGTatgtaggattttttggtccacgaatggtggaaatcgtgaaaattacgcaaaacgttataatgtaagactatggtaaacgcaatggtggtagctgaacttttgtaagactgtatttagagtcgcgaattctgatgactgtttat
gi|5 : acttaccttttgtggtcagctaccaccattgagaggagctctctgattgactgagaaaagtatagggatgttcacgacatattttttttatagtaagtttgtttctggttggatgaaaatgtcaagctggcaaatgatcacaatGAT--TT-TTTGGTCCACGAATGGTGGAAAT-CGTGAAAATTACGCAAAACGTTATAATGTAAGACTATGGTAAACGCAATGGTGGTAGCTGAACTccacgaatggtggaaatcgtgaaaattacgcaaaacgttataatgtaagactatggtaaacgcaatggtggtagctgaacttttgtaagactgtatttagagtcgcgaattctgatgactgtttat
gi|6 : acttaccttttgtggtcagctaccaccattgagaggagctctctgattgactgagaaaagtatagggatgttcacgacatattttttttatagtaagtttgtttctggttggatgaaaatgtcaagctggcaaatgatcacaatatagtactttaatatgatgtagTTATTTTTGTTTGGTTGAAAATG-CT--GCCTGACAAATTATCACAATAAAG------TGT---TCTT----TCAT------------------AAA---ATAATA---AAATTTATTTTATTTTGACT---TAGTTTTT---GCAATTTGATTTAGAAA---GTATAAAGAAATAAAG--GATAGAGA-TT-----TA------TTGATACTGAAACT--GGTTACAATCAGCGTCA-GTGGCCAAAtttgtaagactgtatttagagtcgcgaattctgatgactgtttat
gi|7 : tGTCTGGTAGCAGAGCATTGAGATT--------GGTGATCA--G----TCCTTGG-TCGAGTGTGCCACCAGGAGCATGTTTAATGTGTTACAGCAAGGTATCACATCTCCACATGCG--TGACACTT-GTTCCTGCTAGTTAAAACATCAAGC-TGAATTTGTT--TGCATTGTAA-AAC
gi|8 : gtattCTATGATCGGTT-AAAAA-GGCGCA---------AAAGCAAATATTGACGTGC---ATGGTAAATGCTAATTTCTTATAAAATGAAAATGTCA--CTCTGGCAAAGGCTCACTATAAAA------TATAAATGTAACTTTTATGTTTTCTCGTTTACACTTAAC---AAAATA---AA
gi|9 : TAGAAA--GCTAACCTTTAGTTGGACGAAACTGTTATAAACTGGCTAAAGATTACCATAAAA------TGCAAATTTC----TT----------------------T---AAAAC-----AATT----CTACTTTGA-----TCAGTTCTGTCG--ATTGTATTGTAAACACTGTAAGGA-GAGTAACTTTGG
blockSeqs : C TTT A AA TTGACG TGA AT T T TAAA TAAAAT AGG ACTT GTTTTCTCGTTTACACTT AAA TTG TA C CA TGTCG G A TTTAGTATAGGGA G G AA A T A C T CCCCA GG GG TTCG CT A GGACCC A CA AG AT TG G TATTGATAA GT AT C G A TAT G TGACACTT A T G AA TT CA T G A AA A TA
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blockSeqs : A AA C . TTTT T . T T AA . AAA . GTTTGTGTC . . A A . . . . TTAA C . . G . T . . . A . . A G T CG . . CA . A . AG T . G . . A . GC G G . . T
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Alignments
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lowQualScore : . ... . .. ...... ... .. . . .... ......... ..... . . ............ . ............... . . ....... ....... . . ........... . . . .. . . . . . . . ....... .. . .. .... .. . ......... . .. .. .. .. . . ......... . .. .. . . . . . ... . . ........... . . . .. .. .. . .. . .. . . .. .
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Reference ( family-5123 ) : GGTCAGCTACCACCATTGAGAGGAGCTCTNTGATCGGTTGAAAAA-AGTATAGGGATGTTCAGGGCA--TAT--ACGTTTT--ATAGTAA--GCTNATTTCTGGTTGGATGAAAATGTCA--AACTGGCAAATGATCACAATAAAATA------TAAGTTTA----TTATGTTT----GT-----GTCAATAAAA---TA---A-AA---TTATGTTACTGTGAC--T--CTAAATTCT---G--ATTTTATTAAGGAAACTGTATGGA-AAGTAAAATTGGT-GAAAT---TNA----TTTTCATGCTGAAANTGGGGGTAC--CCAACTTCA-GNGGGCAAAAAGTGGTAAAACGTGATACTTTTGA--CC-G-TTTTGA-GACATTTCAATTTGAGTCTGGGATAGT----ACTTT--AATAT---G-----ATGTAAGACNTTT--TGGTGGAGC--GCGTGGTCCGGTGGTAGAGCATCGA-ACT--------CATGATCG--GAGAATCGTCGGTTCGA-TCCTCCGCCACGGNTATGTGTGGTGTCTTAGAGCAAGA---CACTTNTCCGCATACG--TGGCAC-T-GTTCTAACNAG-GAAGACTTCGAGCGTG-ATTTGCC--TNAGTTGTAATAACTTGTTTCACAATCGAAGTAAAATAAGTAAG-TTAAACTAGAC--TT-TTCGGTCCGCGAATGGTAAAAAT-AATGAAAATTAGGCCAAACGTTATAATGTAAGTCTATGGAAAACGCAATGGTGGTAGCTGACCT
gi|1 : GGTCAGCTGCCACCATTGAGTGGAGCTCTATGATCGGTTGAAAAA-AGTATAGGGATGTTAAGAGCA--TAT--ACATTT---ATAGTAA--GCTAAATTTTGGTTGGATGAAAATGACA--AACTGGCAAATGATCACAATAAAATA------TAAGTTTA----TTATGTTT----GT-----GTTAATAAAA---TA---A-A-----TATGTTTCTGTTAC--TGACTAAATTC-------ATTGTATCAAAGAAACTGTTTGGA-AAGTAAAATTTGT-GAAATGTCCCT----TTTTCATGCTGAAAGTGGGGGTAT--CCAACTTCA-GGGGGCAAACAATGGTCAAATGTGATACTTTTGA--CCCG-TTTTGA-GACATTTTAATTTGAGTCTGGGATAGT----ACTTT--ACTTT---G-----ATGTAAGACATTT--TGGTGGAGC--GCATGGTCTAGTGGTAGAGCATCGA-ACT--------CATGATCG--GAGAATCGTCGGTTCGA-TCCTCCGCCACGGCTATGTGTGGTGTCTTAGGGCAAGA---CACTTTTCCGCATATGCTTAGTAC-TGGTTCTAACCAG-GAAGACTTCGAGCGTG-GTTTGCC--TTAGTTGTAATAACTTGTTTCACAATCGAAGTAAAATAAATAAGTTTAAACTAAAC--TT-TTTGGTCCGCAAATGGTAGAAAT-AGTGAAAAGTAGGTCAAACGTTATAATATAAGTCTATGGAAAACGCAATGGTGGTGGCTTACCT
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gi|3 : gtcagctaccaccattgagacgagctctctgaatggatgaaatattggaatgttcaaggcatacattttgaatataagcttatatttggtttgatggaaatgtcacactggcaaatgatcacaataaaataaaattataggtttattatgattgtgtcaataaaaaaataaaattatgttcctgtcactcactaaattcattttattaaggaaactgtatggaaagtaaaattggtggaattaatttttatgctgaaagtgggggtacccaacttcatcaggacaaaaagtggtaaaacgtgatattttttgaacatttccatttgagtctaggacagtactttaatatgatatatTTTATTAAGGAAACTTTATGGA-AAGTAAAATTGTT-GAAAT---TTA----tatgaaaattgcagaagaatcgccatcttaactagttcat
gi|3 : GTTGAAATTTAGTATAGGGATGTTCAGGGCA--TAT--ATTTTTT--ATAGTAT--GCTTATTTCTGATTGGATGAAAATGTCA--AACTGGCAAATGACCACAATAAAATA------TAAGTTTA----TAATGTTT----GT-----GTCAATAGAA---TATTGA-AA---TTATGTTAATGTGACTGT--CTAAACTC-------ATTTTATTAAGGAAACTGTATGGA-AAGTAAAATTGGT-GAAAT---TCAGTTTTTTTCATGCTGAAATTGGGGGTAC--CCATCTTCA-GCGGGCAAAAAGTGGTAAAAAGTGATACTTTTGACCCC-A-TTTTGAGGACATTTTAATTTGAGTCTAGGATATA----ACTTT--GATAT---G-----ATGTAAGACGTTT--TGGTgtatagggatgttcagggcatatattttttatagtatgcttatttctgattggatgaaaatgtcaaactggcaaatgaccacaataaaatataagtttataatgtttgtgtcaatagaatattgaaattatgttaatgtgactgtctaaactcattttattaaggaaactgtatggaaagtaaaattggtgaaattcagtttttttcatgctgaaattgggggtacccatcttcagcgggcaaaaagtggtaaaaagtgatacttttgaccccattttgaggacattttaatttgagtctaggatataactttgatatgatgtaagacgttttggtccgcgaatggtaaaaataatgaaaataaggccaaacgttgtaatgtaattctatggaaaacgcaatggtggtacctgaccatat
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gi|5 : acttaccttttgtATAGT----ACTTT--AATAT---G-----ATGTAGGATTTTT--TGGTatgtaggattttttggtccacgaatggtggaaatcgtgaaaattacgcaaaacgttataatgtaagactatggtaaacgcaatggtggtagctgaacttttgtaagactgtatttagagtcgcgaattctgatgactgtttat
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gi|6 : acttaccttttgtggtcagctaccaccattgagaggagctctctgattgactgagaaaagtatagggatgttcacgacatattttttttatagtaagtttgtttctggttggatgaaaatgtcaagctggcaaatgatcacaatatagtactttaatatgatgtagTTATTTTTGTTTGGTTGAAAATG-CT--GCCTGACAAATTATCACAATAAAGT----------GTTC-----------TT------------TCA-TAAAA---TA---ATAAAATTTATTTTATTTTGAC--T---TAGTTTTT---GCAATTTGATTTAGAAA---GTATAAAGAAATAAAG--GATAGAGAT---TTA------TTGATACTGAAACT--GGTTACAATCAGCGTCA-GTGGCCAAAtttgtaagactgtatttagagtcgcgaattctgatgactgtttat
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