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lowQualScore : 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555 11 11 3333333 1111 222222222 11111111 1 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
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Reference ( gi|1 ) : AAAACATTTACAAGGGTTTT--CAAACCTTTTA--ACGTAAA--TATACG-ATTT--ATAACTAACAT-TCACTCAAAAAC-ACAAGCAAACGCC-TCACGGTGAATAGTTCATTTCA--AGTT-TGTACA-AAG-GTTGC---------------TGGT--A----GC--TAGACCTTGCATGGCAATG-----------CATTTC--------------T----GT-----TCC-GCATG-----T----------G---T-----T-----A-----AGT----CC----CCT-TTTTT----AC-AT---AAAATT-ACGTT--GCAATCAACATCCGCGGAATAACTC-AATCAATCG--AC-GTC---CGATTG-GTTTTC----AA-TGTGTCCACAA--G----GTTG--C-T-ATTACAT-TA--TCTTGC-TTGGGATTGTA---------TTTCAGGCC---GACAC---ATCT-----TT----T---TTTACGT-GAGTTATG-CCCCTTTATTTACCCTAAAA---TTGCAATTTA-ATTGGCATCCGTTT--CAAT-----TA-ATCGA--------TGTC--CGAGT-GTTTTTT----AAA-T-T-G-TT-C-CT---AA---T---G-TTGATTT-TTACAATATCCTGCATGGGATTGT-T--------TTTCAGG------TGTG---CACGTCCAA---TTTTACAC-GAGT-TAT-T---T-CCTTTTATTTACCA--TAAAAT--TG-CA--TTT--AATTAGCATCCACTTAATG--AC--TTG--AGCA---ACTG----T----T-GATTC-TTTCC-----AA--T-TAAGTACAT---GTA-----TTGCTTATCACTG
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gi|13 : atgttttgtctgaccaataactagaagcaaacatTTTTTT----AAC-TGT-G-TA-CACA---AA---TTAAG-TTG--TA-TCACGATACTTTATTTGATATTTT-A--------TTTTAGG------ATTG---CATGTCTAA---TTTTATAG-GAGT-TAT-G---C-CCCTTTATTTACataaaacctgtatgggatttcatgtcaactccgcatgttctccatcaagtatgcctttttttaaaacaaaaaattatgt
gi|5 : aacatatattccctgattctTTTGT----AAA-T-TTG-TA-C-AC---AG---A---G-TTG---T-TTA---TACCTTACATAGGTTTGT-A--------TTTCAGG------C-TGA--CATGTCTAA---TTTTACATGGAGT-T----------CCTTTACTTACTC--TAAAAT--TG-CAT-TTT--GATTTACGTTCGCCCAGTC--AC--TCG--AACA---ATTATTATT----T-GATTC-T----------A--TATAAATGCAT---ACACAAGGTTGTTTTTCATT
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gi|6 : gagcaagacctgaaacaaaccaaaactcttctgaaatttcaactcaaagtgaAAGACCTTGCATGGGATTGA-A--------TTTCAGCCC----TCTGACATATGTAAAA---ATTTACAT-GAGT-TAT-G---T-CCTCT--TTTA--A---AAAATAACGTCG--TTT----CTA-CATCTGC-CAATA--ACCATTG--GTTA---A--A----T----T-GATT------T-----AA--G-TGTGTACAT---TTA-----TTaca
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gi|9 : ---TTTTGCAT-GA---TGT-G---TGCCATTAATTCATCT--TTAAAT--TG-CA--TTTTGAACGGACATTCGCTAAATA--AC--TTT--AACAC--AC-GAAGTT----T-GATTC-TCTTT-----AA--A-TGAGTACAaaagacatggttaaccctactagacattgctttggattaaatttcaaatcagttatgcatattttcaaatgtaacatttcgttttatttaacatcagctcaataactctgacaaatatcgccctattattttttaaaatttg
gi|10 : catgcttttacgtcttTTCATTTACCG--TACAAT--TG-CATTTTT--TATCAACGTCCGCTTAACAATAC--TTGCAAAC----ATTGT---T----T-GAGTCGTTTTA-----AA--T-TAcaagattgaacattactaaaccttacaggggaatgtaattcggcacataatacttatgcatgtatt
gi|2 : tgtatttcagactcacttgtctaatatctaCCG--TAAAAT--TA-TAT-TTT--AGTCAATATCCGCTCATTA--AC--TCA--AACA---AACG----TTGGGT-GATTA-TTTTC-----AA--A-TGTGTACATAAGGTA-------ACTTATCACTctaaattttgtttactacgaaaccttgcatgggatttaatgtcagctct
gi|12 : --TAAAAT--TG-TAT-TTT--AATCAACATTTGCTGAATA--AC--TC---AACC---ATTGT---T----T-GATTT-T----------G--T-TAA-T---T---TTG-----TTGCTCATCACTagggcgtgtatgtgaatgaattccagcatatattatttacaagattttttttatttttcaatgtttacgtttaaatcaggatcactctaatacatgttgtccattttttttcttcaaatttatttaaaaatgcttgcttgtcacagtacctcacgtgaggttgtatgtgttgggtttcagactcgcacgtccattcaaatatgattcatgcctcctcgtttaccgcaaagttatattttaaccaaaatcc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTGCTCATTAACTCTCACAAATATTGCCTGATTCTTCTCAAATGTGTACAAAAGATATCTAATCACTAGAGCTCCCAACATATTATATTTCAGTCTCTTGCATCCAATGTTAAATGCAATATGCTCCATCTTTGTTGTAAAACTTATTTAACATGCT
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