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gi|16 : CTATAAAATTTC--TCACGCATATTAACTTTTATCATCA----TTAATGAAATAA--CCTACC---AA--G-A-ATGGTCAATATTTTTCACTGAAAAGTGTTCAGATGTTACCTCCTG--GCATCTAGAAATT---CAAAATTTCCC---AGGGGAGACCCCCCAGACCGCCC
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gi|19 : CAGAAGGCATCTAGGATTTCAAAATT-TT--CT---GGGGGAGGACCCACATACCCCCCGCccctatgagaggggggaattccatcatccctttcatactctcccctggctcgagcattcggccctcgtgtatggtttgggacatactgcaatatgtggcttctggtcgagcactggtaaaacggaattcttaagacacttttaaatgaaaaacactttgaaagcatcaattaggtaaaatgtaaagc
gi|14 : ctgaaaacaccttcagaactcac-TCGCTTTCAACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCt
Alignments
lowQualScore : 44 11 1111111 111111
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lowQualScore : . .. . .. . ....... . . . . . .. . . . . ... .. ... .. .. .. ...... ... . ..
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Reference ( family-510 ) : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--CCG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCGCAAAACCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
gi|1 : AT-GCCAACTTTTGCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTATGAAAAATTTGCTCTCT--GATTTTCCATGAATTGTCTCAGA-TTTTTAAAA-AAAAACAGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAATTAATCAGCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATAC
gi|1 : GCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATACGTACTACATCACCTCTAAAAGCGCTATTAATTAGGTTTTCCGGAAAATACACAAGTTTTTAAGAAAACAACATCGGATGATCCAGAA-------AAGGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCAGCAAAGAAAAAAA--GTACGAACATAAACAAATATTTATTAAAAGTTACAGCAATGCATATCCTTGCTTTTCGACGTCGTGGATGGGGGTGCATTGTTGCATTCTGCATGGTCTGCATTGCAGAAATTATGTTATCTAGCAGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-A-AA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCGGCTCAACTTGTCAATCGTCATCAAGGAAAGTATCGACAATGGTTGCAACAACTCAACCAATGGATGAGTCAGTAATTAAATCCCAATATAACTTAATTTGAATGTTCAATAAAGTTTCGCTTTTCATCAGTTTTCCAGCTTTTTTAATTTGTTCTATAAAACT-CGAGCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---GA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTT---AAAAT--T--TTATGGGG----CCCCC---CCCCCC------CC--TCGCTTTCTACCACACTCCTA-TTTCAGTAATTAAGAGTTGGCATCTCTnnnnnnnnnngcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacgtactacatcacctctaaaagcgctattaattaggttttccggaaaatacacaagtttttaagaaaacaacatcggatgatccagaaaaggccgatcaacaaccttcaaaatccaatatggcggatgcaacaccagcaaagaaaaaaagtacgaacataaacaaatatttattaaaagttacagcaatgcatatccttgcttttcgacgtcgtggatgggggtgcattgttgcattctgcatggtctgcattgcagaaattatgttatctagcagtgggatgggtgatttgaaaaaacattgctacaaaacagcacatcaccggctcaacttgtcaatcgtcatcaaggaaagtatcgacaatggttgcaacaactcaaccaatggatgagtcagtaattaaatcccaatataacttaatttgaatgttcaataaagtttcgcttttcatcagttttccagcttttttaatttgttctataaaactcgagcactcaattctctttttcatcaggtattatgaaatatttcttaatgaatacatgactttttatcactgaaaagtgctgaaatgccatctcagagcatctacaactttaaaattttatggggccccccccccccctcgctttctaccacactcctatttcagtaattaagagttggcatctct
gi|10 : atgccaacttttgcgattttggcggagtgaatccgatttttgtatgaaaaatttgctctctgattttccatgaattgtctcagatttttaaaaaaaaacaggtccgggataaatttcacaggtaaaacaattaatcagcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacnnnnnnnnnnAGGGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTC--CGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATT-CCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACATTATCGAATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAAAGTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCCTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTGTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAAACATCGCTATAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTTGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATCCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAACTTGAAAAAA
gi|11 : CTCCTTCAATTTTGGCGGAGTAAATCTGATTTTTTAATGAAAAATCTGCTCTC--CGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTTTTA-AAAAAATGGTCCAGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGCTTTTGATGTTCAGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTATAGAAGCGCTATTACTTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACAAAAACATTA-CTGATGATCCGGAATTTTTTAA-GGTCGATTAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCAGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGAGCATAAACAA-CATTTATTAAAAGTTATACCGATGCATATCCTTGCTCTTCGACAACGAGGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAA---------TGCAGAAATTATA--ATATCACAGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAG--CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGTGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCATCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAG---GA--ATACATG---ATTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGGCATCTCAGA--GCACATACGACTT---AAAAATTGT--CTA-GGGGtt
gi|12 : tcgCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTC--CGATTTTCTATTAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGATCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCATTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCAGTATGCGGTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCGGAGTATTTATGAAAACAATATCGGATAATTCGGAA-------A-GGCTGATCAACAGCCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGCACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCATGGTGGGATGGGTGATTTAA-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACGGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGG-AAATATCGACAATGGTTGCGGCAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CAATCACTCA-ATTCTCTTTT-
gi|13 : ACCACAAAAGAAAAAAAA-GTATGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCAACATCGAGGATGGGGGTACGTTATTGCATTCTGCAAGGTTTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCGCGGTAGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAT--CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTAGTCGAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAGGCCTCCCTTTT-ATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCAATCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAATGAAAA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAA----------AT----------GGGAGAACACCCAGACCTCCC-----ACCACTCGCTTTCGACCACACTCTTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTnnnnnnnnnnatatactatatgccacatctaaatacggatatactatatgccacattaaatacggatatactatatgccacatttttattaaaa
gi|14 : ATGCATATCCTTGCTTTTCAACATCGAGGATGGGGGTGGGTTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAT--CATTGCTACAAAACAGTACATCACT-GCTCAACTTGTCAGTCGTCATCAAGGAAAATATCAACAATGGTTGCGACAACTCAATCAATGGATTAGTTAGTAATAAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTTGCTTTT-ATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAAATTATTCTAT-AAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAATGAAAA--ATACTTG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTAAA-----------CC-----------------ACCCCTCG------------CTTTCAACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTC
gi|15 : TTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGGCAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATGAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-TGATTA-TCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCCGA--GCATCTACAACTTGAAAAGAAT--T--CTG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCACACAAACG-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
gi|16 : CTATAAAATTTC--TCACGCATATTAACTTTTATCATCA----TTAATGAAATAA--CCTACC---AA--G-A-ATGGTCAATATTTTTCACTGAAAAGTGTTCAGATGTTACCTCCTG--GCATCTAGAAATT---CAAAAT--TTCCCA-GGGGAGACCCCCCAGACCGCCC
gi|17 : TTTTTTCTC-TCATCA----TTAATGAAATAA--CCTACC---AAGAATGGTTA---ATATTTT-TCACTGAAAAGTGTTCAGATGCCACCTCCTG--GCATCTAGAAATT---CAAAAT--TTCCCA-GGGGA-GACCCCCAGACCGCCCcctatgagaggggggaattccattatccctttcatactctcccttggctcgagcattcggccctcgtgtatggtctgggacatcctgcaatatgtggcttctggtcgagcactggtaaaacggaattctaaaggcactcttaaatgaaaaacactttgaaagcatcaattaggtaaaatgtaaag
gi|18 : AGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTATGAAAAATCCGCTCT--CCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAACACCGTTTACACTGACACCGGTTTTccctatgagaggggggaattccatcatccctttcatactctcccctggctcgagcattcggccctcgtgtatggtttgggacatactgcaatatgtggcttctggtcgagcactggtaaaacggaattcttaagacacttttaaatgaaaaacactttgaaagcatcaattaggtaaaatgtaaagc
gi|19 : CAGAAGGCATCTAGGATTTCAAAATT-T--T--CTG-GGGGAGGACCCACATACCCCCCGC
gi|2 : ctgaaaacaccttcagaactcacAGAGATAGCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCTGATTTTTGTACGAAAAATCTGCTC----CGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAAAAAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACGTTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTATGAAAAGAAGATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCAATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCTTTGCTTTTTGACATCGAAGATGGGGGTGCCTTATTGCATTCTGCAAGGTTTGCAATGCAGAAATTATGTCATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAATTTGTCAGTCGTCGTGAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CAATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--GTG-GGGGAGGACCCCTAGACCCCCCACAAAATCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTt
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gi|4 : AGAGAT-GCCAATTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTC--CGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCCCAACGTCACTTCTAGAAGTGCTTTTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGAACCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTATGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAAGAAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCA---GTCGTCAAGGCAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCGATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCATCGCATTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAACTATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGCAAAAAAT--T--CTG-GGGGAG--------GACCCCCCGCAAAACAC-TCGCTTTCGGCCACACTCCTTTTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTg
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gi|7 : GAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCAGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTC--CGATTTTCCATGACTTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACAGGTTTTGATGTTCAGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTATAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTATGAAAACAATATCGGATGATACGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAATACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACAGATGCATATCCTTGCTTTTCAACATCGAAGATGGGGGTACATTATTGCATTCGGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-GAAAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCATCCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAACCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCA--------TCAGCTTTTTTAATTTATTCTATGAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCAATGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAAATTGAAAAAAAA--T----------------------CCCCCCACAAAACCA-CCGCTTTCAACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCCTCTCT
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gi|9 : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTAGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTC--CGATTTTCCCTGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-ATAAA-TGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCAAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCTGGAAAATACCCGAGTATTTACAAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGAGGTGAATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--
Alignments
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gi|1 : GCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATACGTACTACATCACCTCTAAAAGCGCTATTAATTAGGTTTTCCGGAAAATACACAAGTTTTTAAGAAAACAACATCGGATGATCCAGAA-------AAGGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCAGCAAAGAAAAAAA--GTACGAACATAAACAAATATTTATTAAAAGTTACAGCAATGCATATCCTTGCTTTTCGACGTCGTGGATGGGGGTGCATTGTTGCATTCTGCATGGTCTGCATTGCAGAAATTATGTTATCTAGCAGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-A-AA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCGGCTCAACTTGTCAATCGTCATCAAGGAAAGTATCGACAATGGTTGCAACAACTCAACCAATGGATGAGTCAGTAATTAAATCCCAATATAACTTAATTTGAATGTTCAATAAAGTTTCGCTTTTCATCAGTTTTCCAGCTTTTTTAATTTGTTCTATAAAACT-CGAGCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---GA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTT---AAAAT--T--TTATGGGG----CCCCC---CCCCCC------CC--TCGCTTTCTACCACACTCCTA-TTTCAGTAATTAAGAGTTGGCATCTCTnnnnnnnnnngcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacgtactacatcacctctaaaagcgctattaattaggttttccggaaaatacacaagtttttaagaaaacaacatcggatgatccagaaaaggccgatcaacaaccttcaaaatccaatatggcggatgcaacaccagcaaagaaaaaaagtacgaacataaacaaatatttattaaaagttacagcaatgcatatccttgcttttcgacgtcgtggatgggggtgcattgttgcattctgcatggtctgcattgcagaaattatgttatctagcagtgggatgggtgatttgaaaaaacattgctacaaaacagcacatcaccggctcaacttgtcaatcgtcatcaaggaaagtatcgacaatggttgcaacaactcaaccaatggatgagtcagtaattaaatcccaatataacttaatttgaatgttcaataaagtttcgcttttcatcagttttccagcttttttaatttgttctataaaactcgagcactcaattctctttttcatcaggtattatgaaatatttcttaatgaatacatgactttttatcactgaaaagtgctgaaatgccatctcagagcatctacaactttaaaattttatggggccccccccccccctcgctttctaccacactcctatttcagtaattaagagttggcatctct
gi|10 : atgccaacttttgcgattttggcggagtgaatccgatttttgtatgaaaaatttgctctctgattttccatgaattgtctcagatttttaaaaaaaaacaggtccgggataaatttcacaggtaaaacaattaatcagcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacnnnnnnnnnnAGGGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATT-CCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACATTATCGAATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAAAGTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCCTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTGTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAAACATCGCTATAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTTGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATCCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAACTTGAAAAAA
gi|11 : CTCCTTCAATTTTGGCGGAGTAAATCTGATTTTTTAATGAAAAATCTGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTTTTA-AAAAAATGGTCCAGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGCTTTTGATGTTCAGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTATAGAAGCGCTATTACTTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACAAAAACATTA-CTGATGATCCGGAATTTTTTAA-GGTCGATTAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCAGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGAGCATAAACAA-CATTTATTAAAAGTTATACCGATGCATATCCTTGCTCTTCGACAACGAGGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAA---------TGCAGAAATTATA--ATATCACAGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAG--CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGTGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCATCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAG---GA--ATACATG---ATTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGGCATCTCAGA--GCACATACGACTT---AAAAATTGT--CTA-GGGGtt
gi|12 : tcgCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCTATTAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGATCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCATTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCAGTATGCGGTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCGGAGTATTTATGAAAACAATATCGGATAATTCGGAA-------A-GGCTGATCAACAGCCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGCACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCATGGTGGGATGGGTGATTTAA-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACGGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGG-AAATATCGACAATGGTTGCGGCAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CAATCACTCA-ATTCTCTTTT-
gi|13 : ACCACAAAAGAAAAAAAA-GTATGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCAACATCGAGGATGGGGGTACGTTATTGCATTCTGCAAGGTTTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCGCGGTAGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAT--CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTAGTCGAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAGGCCTCCCTTTT-ATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCAATCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAATGAAAA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAA----------AT----------GGGAGAACACCCAGACCTCCC-----ACCACTCGCTTTCGACCACACTCTTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTnnnnnnnnnnatatactatatgccacatctaaatacggatatactatatgccacattaaatacggatatactatatgccacatttttattaaaa
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gi|15 : TTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGGCAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATGAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-TGATTA-TCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCCGA--GCATCTACAACTTGAAAAGAAT--T--CTG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCACACAAACG-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
gi|16 : CTATAAAATTTC--TCACGCATATTAACTTTTATCATCA----TTAATGAAATAA--CCTACC---AA--G-A-ATGGTCAATATTTTTCACTGAAAAGTGTTCAGATGTTACCTCCTG--GCATCTAGAAATT---CAAAAT--TTCCCA-GGGGAGACCCCCCAGACCGCCC
gi|17 : TTTTTTCTC-TCATCA----TTAATGAAATAA--CCTACC---AAGAATGGTTA---ATATTTT-TCACTGAAAAGTGTTCAGATGCCACCTCCTG--GCATCTAGAAATT---CAAAAT--TTCCCA-GGGGA-GACCCCCAGACCGCCCcctatgagaggggggaattccattatccctttcatactctcccttggctcgagcattcggccctcgtgtatggtctgggacatcctgcaatatgtggcttctggtcgagcactggtaaaacggaattctaaaggcactcttaaatgaaaaacactttgaaagcatcaattaggtaaaatgtaaag
gi|18 : AGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTATGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAACACCGTTTACACTGACACCGGTTTTccctatgagaggggggaattccatcatccctttcatactctcccctggctcgagcattcggccctcgtgtatggtttgggacatactgcaatatgtggcttctggtcgagcactggtaaaacggaattcttaagacacttttaaatgaaaaacactttgaaagcatcaattaggtaaaatgtaaagc
gi|19 : CAGAAGGCATCTAGGATTTCAAAATT-T--T--CTG-GGGGAGGACCCACATACCCCCCGC
gi|2 : ctgaaaacaccttcagaactcacAGAGATAGCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCTGATTTTTGTACGAAAAATCTGCTC--CGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAAAAAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACGTTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTATGAAAAGAAGATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCAATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCTTTGCTTTTTGACATCGAAGATGGGGGTGCCTTATTGCATTCTGCAAGGTTTGCAATGCAGAAATTATGTCATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAATTTGTCAGTCGTCGTGAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CAATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--GTG-GGGGAGGACCCCTAGACCCCCCACAAAATCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTt
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gi|4 : AGAGAT-GCCAATTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCCCAACGTCACTTCTAGAAGTGCTTTTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGAACCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTATGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAAGAAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCA---GTCGTCAAGGCAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCGATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCATCGCATTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAACTATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGCAAAAAAT--T--CTG-GGGGAG--------GACCCCCCGCAAAACAC-TCGCTTTCGGCCACACTCCTTTTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCTg
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gi|6 : GAGAT-GCCAGCTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCACCGA-TTTTTAAAA-AAAAA-TGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCCGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTAT---TT---TCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAA--------GTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GACCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCGCCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTACTAAAAGTTACACCGATGCATATCTTTGCTTTTTGACATCGAAGATAGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAAACATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCATTGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAGTGGATGAGTCGGTAATTAA-----------GCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTGTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTAAAAAGTGCTGAAATGCCATGTCCCA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--CGG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCACAAAACCC-TAGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTTAGGGTTGGCATCTCT
gi|7 : GAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCAGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGACTTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACAGGTTTTGATGTTCAGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTATAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTATGAAAACAATATCGGATGATACGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAATACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACAGATGCATATCCTTGCTTTTCAACATCGAAGATGGGGGTACATTATTGCATTCGGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-GAAAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCATCCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAACCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCA--------TCAGCTTTTTTAATTTATTCTATGAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCAATGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAAATTGAAAAAAAA--T----------------------CCCCCCACAAAACCA-CCGCTTTCAACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCCTCTCT
gi|8 : AGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGTGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCTGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGCCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACTGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACACGCTACGTCACTTTTAGAAGCATTATTAATTAGCTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTGCAAAATCCAATATGGTGGATGCAACACCGCCAAAGAAAAAAAA-GTATGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATAGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTT-TCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCTGCTCAACT----------------------TATCGACAATGGTTGCAACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGT--------TTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCCGA--GCATCTACAACTTTAAAAAAAT--T--ATG-GGGGCGGACCCCCAGACCCCCCACAAAACCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTC
gi|9 : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTAGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCCTGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-ATAAA-TGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCAAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCTGGAAAATACCCGAGTATTTACAAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGAGGTGAATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--
Alignments
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lowQualScore : . . .. . ....... . . . . . .. . . . . ... .. ... .. .. .. ...... ... . ..
lowQualScore : 6 1 77 4 8888888 3 1 9 9 9 22 5 5 4 0 888 44 444 22 55 44 111111 888 3 22
consensus : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--CCG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCGCAAAACCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
Reference ( family-510 ) : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--CCG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCGCAAAACCA-TCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
gi|1 : AT-GCCAACTTTTGCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTATGAAAAATTTGCTCTCTGATTTTCCATGAATTGTCTCAGA-TTTTTAAAA-AAAAACAGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAATTAATCAGCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATAC
gi|1 : GCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATACGTACTACATCACCTCTAAAAGCGCTATTAATTAGGTTTTCCGGAAAATACACAAGTTTTTAAGAAAACAACATCGGATGATCCAGAA-------AAGGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCAGCAAAGAAAAAAA--GTACGAACATAAACAAATATTTATTAAAAGTTACAGCAATGCATATCCTTGCTTTTCGACGTCGTGGATGGGGGTGCATTGTTGCATTCTGCATGGTCTGCATTGCAGAAATTATGTTATCTAGCAGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-A-AA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCGGCTCAACTTGTCAATCGTCATCAAGGAAAGTATCGACAATGGTTGCAACAACTCAACCAATGGATGAGTCAGTAATTAAATCCCAATATAACTTAATTTGAATGTTCAATAAAGTTTCGCTTTTCATCAGTTTTCCAGCTTTTTTAATTTGTTCTATAAAACT-CGAGCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---GA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTT---AAAAT--T--TTATGGGG----CCCCC---CCCCCC------CC--TCGCTTTCTACCACACTCCTA-TTTCAGTAATTAAGAGTTGGCATCTCTnnnnnnnnnngcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacgtactacatcacctctaaaagcgctattaattaggttttccggaaaatacacaagtttttaagaaaacaacatcggatgatccagaaaaggccgatcaacaaccttcaaaatccaatatggcggatgcaacaccagcaaagaaaaaaagtacgaacataaacaaatatttattaaaagttacagcaatgcatatccttgcttttcgacgtcgtggatgggggtgcattgttgcattctgcatggtctgcattgcagaaattatgttatctagcagtgggatgggtgatttgaaaaaacattgctacaaaacagcacatcaccggctcaacttgtcaatcgtcatcaaggaaagtatcgacaatggttgcaacaactcaaccaatggatgagtcagtaattaaatcccaatataacttaatttgaatgttcaataaagtttcgcttttcatcagttttccagcttttttaatttgttctataaaactcgagcactcaattctctttttcatcaggtattatgaaatatttcttaatgaatacatgactttttatcactgaaaagtgctgaaatgccatctcagagcatctacaactttaaaattttatggggccccccccccccctcgctttctaccacactcctatttcagtaattaagagttggcatctct
gi|10 : atgccaacttttgcgattttggcggagtgaatccgatttttgtatgaaaaatttgctctctgattttccatgaattgtctcagatttttaaaaaaaaacaggtccgggataaatttcacaggtaaaacaattaatcagcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacnnnnnnnnnnAGGGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATT-CCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACATTATCGAATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAAAGTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCCTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTGTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAAACATCGCTATAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTTGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATCCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAACTTGAAAAAA
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Reference ( family-510 ) : AGAGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACAATATCGGATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--GCATCTACAACTTGAAAAAAAT--T--CTG-GGGGAGGACCCCCAGACCCCCCGCAAAACCNTCGCTTTCGACCACACTCCTATTTTCAGTAATTAAGGGTTGGCATCTCT
gi|1 : AT-GCCAACTTTTGCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTATGAAAAATTTGCTCTCTGATTTTCCATGAATTGTCTCAGA-TTTTTAAAA-AAAAACAGGTCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAATTAATCAGCACCGTTTACACTAACACCGGTTTTGATGATCGGACATTACCATAC
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gi|10 : atgccaacttttgcgattttggcggagtgaatccgatttttgtatgaaaaatttgctctctgattttccatgaattgtctcagatttttaaaaaaaaacaggtccgggataaatttcacaggtaaaacaattaatcagcaccgtttacactaacaccggttttgatgatcggacattaccatacnnnnnnnnnnAGGGAT-GCCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCCATGAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA-AAAAAATGGTCCGGGATAAATTTCACGGGTAAAACAAATAATCAGCACCGTTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATT-CCGTACGCGCTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCCGAGTATTTACGAAAACATTATCGAATGATCCGGAA-------A-GGCCGATCAACAACCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAAAGTACGAACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCCTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTGTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCACGGTGGGATGGGTGATTT-G-AAA-AAAAACATCGCTATAAAACAGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTTGTCAAGGAAAATATCGACAATGGTTGCGACAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATCCTATAAAACT-CGATCACTCA-ATTCTCTTTT-TCATCAGGTATTA-TGAAATATTTCTTAAT---AA--ATACATG---ACTTTTTATCACTGAAAAGTGCTGAAATGCCATCTCAGA--ACATCTACAACTTGAAAAAA
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gi|12 : tcgCAACTCCTCCGATTTTGGCGGAGTGAATCCGATTTTTGTACGAAAAATCCGCTCTCCGATTTTCTATTAATTGTCTCCGA-TTTTTAAAA--AAAAATGATCCGGGATAAATTTCACAGGTAAAACAAATAATCAGCACCATTTACACTGACACCGGTTTTGATGTTCGGACATTTCAGTATGCGGTACGTCACTTCTAGAAGCGCTATTAATTAGGTTATCCGGAAAATACCGGAGTATTTATGAAAACAATATCGGATAATTCGGAA-------A-GGCTGATCAACAGCCTTCAAAATCCAATATGGCGGATGCAACACCACCAAAGAAAAAAAA-GTATGCACATAAACAAACATTTATTAAAAGTTACACCGATGCATATCCTTGCTTTTCGACATCGAAGATGGGGGTGCATTATTGCATTCTGCAAGGTCTGCAATGCAGAAATTATGTTATCTCATGGTGGGATGGGTGATTTAA-AAA-AAAA-CATTGCTACAAAACGGCACATCACCCGCTCAACTTGTCAGTCGTCGTCAAGG-AAATATCGACAATGGTTGCGGCAACTCAACCAATGGATGAGTCGGTAATTAAATCCCAATAAAGCTTAATTTGAATGTTCAATAAAGCCTCGCTTTTCATCAGTTTGTCAGCTTTTTTAATTTATTCTATAAAACT-CAATCACTCA-ATTCTCTTTT-
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