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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                  ATTTAATTACCAGTACTGTACCTACCTA-TTGCGGTATGATTAATAAAACATAGTTTT-TTAT-GTTTT-TTTTTGTATTGTGACGAAACTATACCGTTTTTACCCTATCTTTTGGGACAG-T-AA-A-------AA-AG-T--A--A-T---ATTTTT---TAAAAAATACGATACCGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCTTATT--TAACCT-ATGTTTTGGGAT-GAAAT----TA--CTGCATTTA-CCCTCTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT----T----ATTTT----TT--A------AAAT---A-ATA-TG-TATTG-GGACAGC--A--A--AAT-TTT-------TAATTA--TTTG-TT--GCTGTCCCAATACTTAGGG-TAAATACGGTAG-T--A-TT--TTGAGGACGTGGTATATTTGCTTCAAAGATTG
gi|3                          :                                                                                                                                  ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATGCAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-CTTTTGTATTGTGACAAAACTATACCGTATTTAGCCTATCTTTTGGGACAG-T-AA-A-------AA-AA-T--A--T-T---GTTTTT---TTAAAAATACAATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCATATT--TAACCT-ATGTTTTGGGAC-GAAAT----TA--CCACATTTA-CCCTATGTATTG
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gi|4                          :                                                                                                                       aatttttttttattttaaatagaaagcatataaaatacgaaattgtatacagtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctgTATTGAGACGAAATTACA--GT----ATGC-ATC----GAGACAGAT-AA-A-------AA-AA-T--A--ATT---ATTTTT---TAAAAt
gi|6                          :                                                                    ttttgatactacctaaattttctgagtattgagtactgtattaaccctatgtattggaacagtaaaaaaaaacgacacttatttataattattgtactgtatacggtgcatagtcataccaagatgaccgtatctcatctactTGAAGGAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAG-T-AA-A-------AA-AA-T--A--A-T---ATTTTT---TAAAAAATATGATACTGTAT----ACGTTGCAGAGACATACTAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTTTTGGGAC-GAAAT----TA--CCGCATTTA-CCCTTTGTATAGGGACAG-TAAA-------------CAAATAAT----T----ATTTT----TT--A------AAAT---A-ACA-TG-TATTT-GGACAGC--A--A--AAT-TTT-------TAATTA--TTTG-TT--GCTGTCCCAATTCATAGGG-TAAATACGGttataagtattgggacaggaaaaaatgtaattatttgttgctgtcccaattcatagggtaaatacagtatctgtgtatatttacaactgtgcaagtgatcatttggccaataacacttttttacattttatgattatt
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ---TAAAAAA----ATACC--AA----ACG----ATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTATTGGT-T-GAAGT----TA--CCATATTTA-CCCTATGTATTTAAACAG-TAAA-------------AAAA--AT----T----ATT----------G------AAAT---A-ATA-AT-TATTG-GGACAGC--A--A--AAA-ATT-------TAATTA--TTTG-TT--GCTGTCCCAATACATAGAG-TAAATACGGTAaacttagtatattgtaatcacgagaacttaaataagttcaaaatatcagacaaaggttatctgcaatcgaaaagtaaaaaatatttc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ---TATAAAATACGAAATTGTAT----ACAGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-GTGCATTGGGAC-GAAAT----TA--CTGTATTTA-CCCTATGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAAAAAA----T----ATTTT----TT--A------AAAT---ctctatttctttttgtcaagtaac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          aatttttttttattttaaatagaaagcaAAAAATACGATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTTTTAGGAC-GAAAT----TA--CCGTATTTA-CCCTTTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAA-AAT----T----ATTTT----TTA-A------AAAT---T-ATA-TG-TATTG-GGACAGCAAA--A--AAT-ATT-------TAATTA--TTTG-TT--GCTGTCCCAATACATAGGG-TAATTAC---AG-T--A-CT--TT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATATTACCGTATT--TACCCT-ATGTATTGGGcttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctgagcattgaaggttCATTACCGTATT--CACCCT-ATGTTTTTGGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gacagcaaattgtttaattaattgctgatcATTACCCTATT--TACCCT-ATGTATTGGGACAGAAAaattacttaagaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttgggacagcaaaatttttaatcatttgTGTATTGTGAC-AAAAC----TATACCGTATTTA-GCCTATCTTTTGGGACAG-TAAA-------------AAAAT-AT----T----GTTTT----TTTAA------AAATAC-A-ATACTG-TATtattaatgtacagaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaatttaattaccggtactgtacctacctaattgcggtatgattaatgcaacatagtttttttatgttttcttt-GAAAG----TA--CTGTAATTA-CCCTATGTATTGGGACAG-C-AA-------------CAAATAATTAAAT----ATTTT----TT--G------CTGTCCCA-ATA-CA-TAT------------------AAT-TTTTAAAAAATAATTT--TTTT-TT--ACTGTCCCAATACAAAGGG-TAAATACGGTA-----A-TT--TCGacggtgcatagacataccaacattaccatatttaacctatgttttgggacgaaattaccacatttaccctatgtattg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctatgttttagga-GAAATAGAGTA--CCGTATTTA-CTCTATGTATTGGGACAG-C-AA-------------CAAATAAT----TAA--ATTTT----TT--GCTGTCCCAAT---A-AT-----TATT------------------AT-TTCAA-----TAATT---TTTT-TT--ACTGTTTAAATACATAGGG-TAAATATGGTAttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaaaaaataccaaacgatagacataccaacattaccgtatttaacctatgtattggttgaagtAAT----TA--CCCTATTTA-CCCTATGTATTGGGACAG--AAA-------------CAAATGAT----T----Atttttgtcaagtaac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttgggacagcaaaattttAT----TA--CCGTATTTA-CCCTATGTATTGGGattaatgtacagaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cctgagcattgaaggttaatT----TA--CCATATTTA-CCCTATATATTGGGACAG-CAAC-------------AAA-TGAT----T----A-------------------AAAT---ACATA-T--TATCT-AAAAAAA--A--A--GAT-T-----------ATT---TTT--TT--ACTGTTCCAATACATAGGG-TAAATGCGGTA-----A-TT--TCG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttagggacaataaaaaaaataatacgtttttaaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattactgtatttaacctatgtttttgga----TA--CTGTATTTA-CCCTATGAATTGGGACAG-C-AA-------------CAAATAAT----TAC--ATTTT----TT--C------CTGTCCCA-ATA-CT-TAT------------------AAT-TTTAAAAAA-TAATTA--TTTT-TTTATCTGTCTCGATGCATACTG-TAAacttagtatattgtaatcacgagaacttaaataagttcaaaatatcagacaaaggttatctgcaatcgaaaagtaaaaaatatttc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                           ttttgatactacctaaattttctgagtattgagtactgtattaaccctatgtattggaacagtaaaaaaaaacgacacttatttataattattgtactgtatacggtgcatagtcataccaagatgaccgtatctcatctacttattgagacgaaa----TA--CCATATTCAACCCTTTGTATTGGGACTG-TAAA-------------AAAA--------------------------A------AAAT------TA-----ATTG-GGACAGC--A--A--AAT-TCT-------TTATCA--ATTG-TT--GCTGTTCCAATATATAAGG-TGAATACAGTAtctgtgtatatttacaactgtgcaagtgatcatttggccaataacacttttttacattttatgattatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a----TA--CTGTATTCA-CCTTATATATTGGAACAG-CAA------------------CAAT----TG---AT------------------AAAG---A-AT--TT-TGCTG----TCCC--A--ATTAAT-TTT-------T-------TTTT-TT--ACAGTCCCAATACAAAGGGTTGAATATGGTA
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgaaggaactataccgtatttaccctatcttttgggacagtaaaaaaataatattttttaaaaaatatgatactgtatacgttgcagagacatactaacattaccgtatttaacctatgttttgggaTA-TG-AATTG-GGACAGC--A--ACAAAT------------AATTACATTTT-TT--CCTGTCCCAATACTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               ttttgatactacctaaattttctgagtattgagtactgtattaaccctatgtattggaacagtaaaaaaaaacgacacttatttataattattgtactgtatacggtgcatagtcataccaagatgaccgtatctcatctacttattgagacgaaattacagtatgcatcgagacagataaaaaaataattattttttaaaattaTA-TG-TATTG-GGACAGA--AACA--AAT-GAT-------TAAAAA--TT---TT--GCTGTCCCAAgggtaaatacagtatctgtgtatatttacaactgtgcaagtgatcatttggccaataacacttttttacattttatgattatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTG-GGACAGC--A--A--AAT-TTT-------TAATCA--TTTG-TT--TCTGTCCCAATACATAGGG-TAAATAGGGTAATT--A-TT--gggtaaatagggtaattattaatgtacagaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACAGC--A--A--ATT-GTT-------TAATTA--ATTG-CT--GATCTCCAAAAACATAGGG-TGAATACGGTAA-TGAA-TTACTTAAGAAaatgtacagaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --A--A--AAT-ATT-------T--TT---TTTT-TT--ACTGTCCCAATACATAGGG-TAAATACAGTA-----A-TT--TCG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatttttttttattttaaatagaaagcatataaaatacgaaattgtatacagtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctgtgcattgggaTTT--TTTT-TT--ACTGTTCCAATACATAGGG-TTAATACAGTAttaaaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttttgatactacctaaattttctgagtattgag--TTTT-TT--ACTGTCCCAAAAGATAGGC-TAAATACGGTA--T--AGTT--TTGcgacacttatttataattattgtactgtatacggtgcatagtcataccaagatgaccgtatctcatctacttattgagacgaaattacagtatgcatcgagacagataaaaaaataattattttttaaaattataagtattgggacaggaaaaaatgtaattatttgttgctgtcccaattcatagggtaaatacagtatctgtgtatatttacaactgtgcaagtgatcatttggccaataacacttttttacattttatgattatt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaatttaattaccggtactgtacctacctaattgcggtatgattaatgcaacatagtttttttatgttttcttttgtattgtgaCCCAATACATAGGG-TAAATACGGTAA-T--A-TT--atattgtttttttaaaaatacaatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccatatttaacctatgttttgggacgaaattaccacatttaccctatgtattg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): CCCGACACTGTAGGAGTATACAGTTTCCCTTTTCATTGGAAGTCAAGCTGTCGTAACAGATTCAAAATTATTTCATTAATTATAGTTTAACATCATGTATTATTTTCAATTAT
Unaligned ( gi|14 ): AGAGAAATAACACAAGTTTCTTTATATTTGTATAATTAAAAAACAAACAGTTATTGTAACAGTACAACATGGGTTTGTTA
Unaligned ( gi|16 ): CTATGTATATTAATTAGTAAAGAAACTATTTCTGACCTTTACACAACAAAGTAATATCCAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACGGATAAGTTGTTTCTTTATATTAATATAATTAAAAAAACACAGTTATTGTTTG






Alignments
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consensus                     :                                                          ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATNNAACATAGTTTTTTTATG-TTTT-TTTTTG--TATTGNGACGAAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTNTTGGGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTNTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAAATACGGTA---TATTTC----A-GT-GTATATTTGC
Reference ( family-5063 )     :                                                          ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATNCAACATNGTTTTTTTATGGTTTT-TTTTTG--TATTGNGACGAAATTATACCGTATTTACCCTATGTATTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTATTGGGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTATGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAAATACGGTA---TATTTCGAGAA-GT-GTATATTTAC
gi|1                          :                                                          ATTTAATTACCAGTACTGTACCTACCTA-TTGCGGTATGATTAATAAAACATAGTTTTTT-ATG-TTTT-TTTTTG--TATTGTGACGAAACTATACCGTTTTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAGTA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACCGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCTTATT--TAACCT-ATGTTTTGGGATGAAATTACTGCATTTA-CCCTCTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACTTAGGGTAAATACGGTAG--TATTTTGAGGACGTGGTATATTTGC
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aatttttttttattttaaatagaaagcaTACCATATTCAACCCTTTGTATTGGGACTG-TAAA-------------AAAA---------------AAAAT--TA---ATTG-GGACAGC--AAAAT-TCTTTATCAATTGTTGCTGTTCCAATATATAAGGTGAATACAGTA---
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATCATTTGTTTCTGTCCCAATACATAGGGTAAATAGGGTAAT-TATT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACAGC--AAATT-GTTTAATTAATTGCTGATCTCCAAAAACATAGGGTGAATACGGTA---aatgtacagaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATTACCGTATTTA-CCCTATGTATTGGGatgaattacttaagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                        cctgagcattgaaggttaatAAAAATACGATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATT--TAACCT-ATGTTTTAGGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTTTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAA-AAT-TATTTT-TTAAAAATTATATGTATTG-GGACAGCAAAAAAT-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAATTACAGTA---C-TTTC
gi|2                          :                                                                                                                                    TG--TTTTAGGACGAAATTA--CCGTATTTACCCTTTGTATTGGGACAGTAAAA-AAAAA--TTATTTTTTAAAAATT---ATA-TGTATTGGGACA--GCA-AAAAATATTTA-ATTATT-TGTTGCTGTCCCAATACATAGG---GTAATTACAGTACTT--TCTTTTTTATT--GACAG-TCAAGGTCGTGACCTACAAAATGAT-TGCCCTATT---AATAACATGTGTTGTTTCCATC--ATTATGTCTTGATTATTTGTTTTTGTttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|3                          : aaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctaATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATGCAACATAGTTTTTTTATG-TTTT-CTTTTG--TATTGTGACAAAACTATACCGTATTTAGCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--TTGTTTTTTTAAAAATACAATACTGTAT----ACGGTGCATAGACATACCAACATTACCATATT--TAACCT-ATGTTTTGGGACGAAATTACCACATTTA-CCCTATGTATTGaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|4                          :              tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaT-TTTCTGAGTATTGAG---------TACTGTATTAACCCTATGTATTGGAACAGTAAAA-AAAAACGACACTTATTTATAATTATTGTACTGTAT----ACGGTGCATAGTCATACCAAGATGACCGTATC--TCATCT-ACTTATTGAGACGAAATTACAGTAT----------GCATCGAGACAGATAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATTATAAGTATTG-GGACAGG--AAAAA-ATGTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACAGTA---TCT---------GT-GTATATTTAC
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5063 )     :                                                          ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATNNAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-TTTTTG--TATTGNGACGAAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTNTTG---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTNTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAAATACGGT-A---TATT-TCA-----GT-GTATATTTGC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACAGC--AAATT-GTTTAATTAATTGCTGATCTCCAAAAACATAGGGTGAATACGGT-A---gaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCCAATACATAGGGTAAATACGGTAA---TATT-atgaattacttaagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                           cctgagcattgaaggttAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTA---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTTTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAA-AAT-TATTTT-TTAAAAATTATATGTATTG-GGACAGCAAAAAAT-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAATTACAGT-A---C-TT-TC
gi|2                          :                                                                                                                                    TG--TTTTAGGACGAAATTA--CCGTATTTACCCTTTGTATTGGGACAGTAAAA-AAAAA--TTATTTTTTAAAAATT---ATA-TGTAT-TGG------GACA-GCAAAAA-----ATATTTAA-TTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGG--GTAATTACAGTACTT--TCTTTTTTATT--GACAG-TCAAGGTCGTGACCTACAAAATGAT-TGCCCTATT---AATAACATGTGTTGTTTCCATC--ATTATGTCTTGATTATTTGTTTTTGTttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|3                          : aaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctaATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATGCAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-CTTTTG--TATTGTGACAAAACTATACCGTATTTAGCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--TTGTTTTTTTAAAAATACAATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCATATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCACATTTA-CCCTATGTATTGaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|4                          :              tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaT-TTTCTGAGTATTGAG---------TACTGTATTAACCCTATGTATTGGAACAGTAAAA-AAAAACGACACTTATTTATAATTATTGTACTGTATACGGTGCATAGTCATACCAAGATGACCGTATCTCATCTACTTATTG---------------AGACGAAATTACAGTAT----------GCATCGAGACAGATAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATTATAAGTATTG-GGACAGG--AAAAA-ATGTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACAGT-A---TCT----------GT-GTATATTTAC
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gi|6                          :                                                                                                                                              GAAGGAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATATGATACTGTATACGTTGCAGAGACATACTAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCGCATTTA-CCCTTTGTATAGGGACAG-TAAA-------------CAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAACATGTATTT-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACGGtgtaatcacgagaacttaaataagttcaaaatatcagacaaaggttatctgcaatcgaaaagtaaaaaatatttc
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gi|8                          :                                                                                   taacaacacaatttatggataagttgtttctttatagttatataattaaaaaacaaacaattttgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaaatgcatgggtttattatttttTAAAAAA----ATACC--AAACG----ATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTATTG---------------GT-TGAAGTTACCATATTTA-CCCTATGTATTTAAACAG-TAAA-------------AAAA--AT-TATT------GAAATAATAATTATTG-GGACAGC--AAAAA-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGAGTAAATACGGT-ACTCTATT-TC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5063 )     :                                                          ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATNNAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-TTTTTG--TATTGNGACGAAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTNTTG---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTNTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAAATACGGT-A---TATT-TCG-----GT-GTATATTTGC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACAGC--AAATT-GTTTAATTAATTGCTGATCTCCAAAAACATAGGGTGAATACGGT-A---gaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCCAATACATAGGGTAAATACGGTAA---TATT-atgaattacttaagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                           cctgagcattgaaggttAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTA---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTTTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAA-AAT-TATTTT-TTAAAAATTATATGTATTG-GGACAGCAAAAAAT-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAATTACAGT-A---C-TT-TC
gi|2                          :                                                                                                                                    TG--TTTTAGGACGAAATTA--CCGTATTTACCCTTTGTATTGGGACAGTAAAA-AAAAA--TTATTTTTTAAAAATT---ATA-TGTAT-TGG------GACA-GCAAAAA-----ATATTTAA-TTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGG--GTAATTACAGTACTT--TCTTTTTTATT--GACAG-TCAAGGTCGTGACCTACAAAATGAT-TGCCCTATT---AATAACATGTGTTGTTTCCATC--ATTATGTCTTGATTATTTGTTTTTGTttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|3                          : aaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctaATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATGCAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-CTTTTG--TATTGTGACAAAACTATACCGTATTTAGCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--TTGTTTTTTTAAAAATACAATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCATATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCACATTTA-CCCTATGTATTGaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|4                          :              tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaT-TTTCTGAGTATTGAG---------TACTGTATTAACCCTATGTATTGGAACAGTAAAA-AAAAACGACACTTATTTATAATTATTGTACTGTATACGGTGCATAGTCATACCAAGATGACCGTATCTCATCTACTTATTG---------------AGACGAAATTACAGTAT----------GCATCGAGACAGATAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATTATAAGTATTG-GGACAGG--AAAAA-ATGTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACAGT-A--------TCT-----GT-GTATATTTAC
gi|5                          :                                                                                                                                                         ttttgatactacctaaaTTTAGGGACAATAAAAAAAATA--ATACGTTTTTAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACTGTATTTAACCTATGTTTTT---------------GGACGAAATTACCGCATTTA-CCCTATGTATTGGAACAG-TAAA-------------AAAATAATCTTTTTT-TT-TAGATAATATGTA-------------------TTTTAATCATTTGTTGCTGTCCCAATATATAGGGTAAATATGGT-A---AACT-TA---------GTATATTaactgtgcaagtgatcatttggccaataacacttttttacattttatgattatt
gi|6                          :                                                                                                                                              GAAGGAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATATGATACTGTATACGTTGCAGAGACATACTAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCGCATTTA-CCCTTTGTATAGGGACAG-TAAA-------------CAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAACATGTATTT-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACGGgtaatcacgagaacttaaataagttcaaaatatcagacaaaggttatctgcaatcgaaaagtaaaaaatatttc
gi|7                          :                                                          tTTTAATTACTGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATTTAACATTG-TTTTTTATGGTTTTATTTTTG--TATTGCGACAAAACTATACCGTATTTA
gi|8                          :                                                                                   taacaacacaatttatggataagttgtttctttatagttatataattaaaaaacaaacaattttgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaaatgcatgggtttattatttttTAAAAAA----ATACC--AAACG----ATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTATTG---------------GT-TGAAGTTACCATATTTA-CCCTATGTATTTAAACAG-TAAA-------------AAAA--AT-TATT------GAAATAATAATTATTG-GGACAGC--AAAAA-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGAGTAAATACGGT-ACTCTATT-TC


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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5063 )     :                                                          ATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATNNAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-TTTTTG--TATTGNGACGAAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTNTTG---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTNTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAAATACGGT-A---TATT-TCG-----GT-GTATATTTGC
gi|1                          :                                                          ATTTAATTACCAGTACTGTACCTACCTA-TTGCGGTATGATTAATAAAACATAGTTTT-TTAT-GTTTT-TTTTTG--TATTGTGACGAAACTATACCGTTTTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAGTA--ATATTTTTTAAAAAATACGATACCGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCTTATTTAACCTATGTTTTG---------------GGATGAAATTACTGCATTTA-CCCTCTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAATATGTATTG-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACTTAGGGTAAATACGGT-AG--TATT-TTGAGGACGTGGTATATTTGC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACAGC--AAATT-GTTTAATTAATTGCTGATCTCCAAAAACATAGGGTGAATACGGT-A---gaaccgtctgaaataataaagattgatcaag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCCAATACATAGGGTAAATACGGTAA---TATT-atgaattacttaagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                           cctgagcattgaaggttAAAAATACGATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTA---------------GGACGAAATTACCGTATTTA-CCCTTTGTATTGGGACAG-TAAA-------------AAAA-AAT-TATTTT-TTAAAAATTATATGTATTG-GGACAGCAAAAAAT-ATTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGGGTAATTACAGT-A---C-TT-TC
gi|2                          :                                                                                                                                    TG--TTTTAGGACGAAATTA--CCGTATTTACCCTTTGTATTGGGACAGTAAAA-AAAAA--TTATTTTTTAAAAATT---ATA-TGTAT-TGG------GACA-GCAAAAA-----ATATTTAA-TTATTTGTTGCTGTCCCAATACATAGG--GTAATTACAGTACTT--TCTTTTTTATT--GACAG-TCAAGGTCGTGACCTACAAAATGAT-TGCCCTATT---AATAACATGTGTTGTTTCCATC--ATTATGTCTTGATTATTTGTTTTTGTttttttattgacagtcaaggtcgtgacctacaaaatgattgccctattaataacatgtgttgtttccatcattatgtcttgattatttgtttttgtaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|3                          : aaaaatacgatactgtatacggtgcatagacataccaacattaccgtatttaacctaATTTAATTACCGGTACTGTACCTACCTAATTGCGGTATGATTAATGCAACATAGTTTTTTTAT-GTTTT-CTTTTG--TATTGTGACAAAACTATACCGTATTTAGCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--TTGTTTTTTTAAAAATACAATACTGTATACGGTGCATAGACATACCAACATTACCATATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCACATTTA-CCCTATGTATTGaatttccgattattgtaactggtttcataatttaatgatactgttgaagtttctatttta
gi|4                          :              tacagaaataacaacacaatttacggattagttgtttctttatacagttattgtttgtttcaatggattaaaaaacaacagcacaacacgcatgggtttgttatttttgttaT-TTTCTGAGTATTGAG---------TACTGTATTAACCCTATGTATTGGAACAGTAAAA-AAAAACGACACTTATTTATAATTATTGTACTGTATACGGTGCATAGTCATACCAAGATGACCGTATCTCATCTACTTATTG---------------AGACGAAATTACAGTAT----------GCATCGAGACAGATAAA-------------AAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATTATAAGTATTG-GGACAGG--AAAAA-ATGTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACAGT-A--------TCT-----GT-GTATATTTAC
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gi|6                          :                                                                                                                                              GAAGGAACTATACCGTATTTACCCTATCTTTTGGGACAGTAAAA-AAATA--ATATTTTTTAAAAAATATGATACTGTATACGTTGCAGAGACATACTAACATTACCGTATTTAACCTATGTTTTG---------------GGACGAAATTACCGCATTTA-CCCTTTGTATAGGGACAG-TAAA-------------CAAATAAT-TATTTT-TT-AAAATAACATGTATTT-GGACAGC--AAAAT-TTTTAATTATTTGTTGCTGTCCCAATTCATAGGGTAAATACGGgtaatcacgagaacttaaataagttcaaaatatcagacaaaggttatctgcaatcgaaaagtaaaaaatatttc
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAGTTTTTATTGACAATCAAGTCTGTGACCTACAAAATTAATGAATGGACAATTCACATTTTATCAACCTCTATCCATAACACTTATTGATTATTTTTGTGTAATTTCCAATTTCTGTTACAATTTTCATAATTTTTTGTAATAATACCGATGGTGAGTCTCTTTTTA
Unaligned ( gi|11 ): CCCGACACTGTAGGAGTATACAGTTTCCCTTTTCATTGGAAGTCAAGCTGTCGTAACAGATTCAAAATTATTTCATTAATTATAGTTTAACATCATGTATTATTTTCAATTAT
Unaligned ( gi|14 ): AGAGAAATAACACAAGTTTCTTTATATTTGTATAATTAAAAAACAAACAGTTATTGTAACAGTACAACATGGGTTTGTTA
Unaligned ( gi|16 ): CTATGTATATTAATTAGTAAAGAAACTATTTCTGACCTTTACACAACAAAGTAATATCCAAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTACGGATAAGTTGTTTCTTTATATTAATATAATTAAAAAAACACAGTTATTGTTTG