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gi|30                         :                   C----AGGCTCACCCCCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|31                         :                         GGCTCACTCTCT--GCA--TCTGT---TGCTTCTGTA--TGTCA-AAA-G-------TTTTGACAAGGGCTGTTT
gi|4                          :  ctTTTCTGCAGGCAGACC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTATG--TGTCA-ATC-G-------TCTTGACAATGGCTGTTTG
gi|5                          :   cTTTCTGCAAGCAGATC----AAGCTCACCGTCT--GAA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGCCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTATTTG
gi|6                          :   cTTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCGCCCTCT--GCA--TCTGT---TGTCTCTGTA--AGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAAGGCTGTTTG
gi|7                          :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGACTCACCCTCC--ACA--TCTCT---GGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|8                          :    TTTCTGCAGACAGATC----AGGCTCACCATCT--ACA--TCACT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|9                          :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCATCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGGCA-AAC-A-------TCTTGACAAGCGCTGTTTG


blockSeqs                     :                    TATC             ATG  CT     GTA          CT     .   T .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                G    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                    .                A    .      .            .      .   . .      
blockSeqs                     :                                     G    .      .            .      .            


blockSeqCons                  :                                                              **           *******
originalCons                  :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
finalCons                     :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG





Alignments
lowQualScore                  :                    2222             222  11     222          33     1   1 4444444                   
lowQualScore                  :                    ....             ...  ..     ...          ..     .   . .......                   
lowQualScore                  :                    8888             111  88     333          55     3   3 3333333                   
consensus                     :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
Reference ( family-505 )      :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|1                          :        TGCAGGCAGATA----AGACTCTCCCTCT--ACA--ACTCT---TGCCTCTGTGCTTGTAAGAAC-GGTAACTTTCTTGACAAGGGCTGTTT
gi|10                         :   tTTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTT--TGTCA-AAC-G-------TTTTGACAAGGGTTGTTTG
gi|11                         :    TTTCTGCAGGTAGATC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTAT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAT-G-------TCCTATCAAGGGCTGTTTG
gi|12                         :    TTTCTGCAGGCAGTTC----AGACTCGCCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCG-AAC-G-------TCTTGACTAGGGCTATTTG
gi|13                         :    TTTCTGCAGGCAGTTC----AGACTCACCCTTC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCG-AAC-G-------TCTTGACTAGGGCTGTTTG
gi|14                         :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-CAC-G-------TCTTGACAAGGGCCGTTTG
gi|15                         :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCT--GAA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGCCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTATTTG
gi|16                         :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCGCCCTCT--GCA--TCTGT---TGTATCTGTA--TGCCA-AAC-G-------TCTTGACAAAGGCTGTTTG
gi|17                         :     TTCTTCAGGCAGATC----AGACTCACCCTCA--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|18                         :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGCCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGT
gi|19                         :     TTCAGCAGACAGACC----AGGCTCACCATCT--ACA--TATCT---TTTCTCTGTA--TTTCA-AAC-G-------TCTTGACAGGGGCTGTTTGat
gi|2                          :    TTTCTGCAGGCAGATC----ACGCTCATCTTCT--ACG--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-A-------TTTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|20                         :   cTTTCTGAAGGCAGATC----AGGTTCACCCTCT--AAA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACATGGGCTGTTT
gi|21                         :     TTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCT--GCA--TCTCT---GGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTAGGCAAGAGCTGTTTG
gi|22                         :         GCAGGCAGATCTATCAGACTCACCCTCT--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--CGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|23                         :      TCTGCAGGTAGATC----AGGCT-ACCCTCT--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAT-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|24                         :   cTTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCGCCCTCT--GCA--TCTC-----GTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|25                         :        TGCAGACAAATC----AGTCTCACCCACT--ACA--TCTCTGTACGTGTGTGAA--TGTCA-ATC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTT
gi|26                         :        TGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTCTA--TGCCG-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|27                         :          CAGAAAGATC----AGGCTCACCCTCCATGTACTTCTCT---TTGCTCTGTA-----AA-AAT-G-------TCTTGACTTGAGCTGT
gi|28                         : ttcTTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCCTCT--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGCCA-AA
gi|29                         :     cTTTGCAGGCGGACC----AGGCT----CTTC--G----TCACT---TGCTTCTGTGCTTGT-------G-------TCTTGACCAGCATTGTTTGgggctctgtttg
gi|3                          :    TTTCTGCAGGTAGATC----AGGCTCACCCTCT--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TTTCC-AACTG-------TCTTGACAGGAACTGTTTG
gi|30                         :                   C----AGGCTCACCCCCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|31                         :                         GGCTCACTCTCT--GCA--TCTGT---TGCTTCTGTA--TGTCA-AAA-G-------TTTTGACAAGGGCTGTTT
gi|4                          :  ctTTTCTGCAGGCAGACC----AGGCTCACCCTCC--ACA--TCTCT---TGTCTCTATG--TGTCA-ATC-G-------TCTTGACAATGGCTGTTTG
gi|5                          :   cTTTCTGCAAGCAGATC----AAGCTCACCGTCT--GAA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGCCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTATTTG
gi|6                          :   cTTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCGCCCTCT--GCA--TCTGT---TGTCTCTGTA--AGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAAGGCTGTTTG
gi|7                          :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGACTCACCCTCC--ACA--TCTCT---GGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|8                          :    TTTCTGCAGACAGATC----AGGCTCACCATCT--ACA--TCACT---TGTCTCTGTA--TGTCA-AAC-G-------TCTTGACAAGGGCTGTTTG
gi|9                          :    TTTCTGCAGGCAGATC----AGGCTCACCATCC--GCA--TCTCT---TGTCTCTGTA--TGGCA-AAC-A-------TCTTGACAAGCGCTGTTTG