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Reference ( gi|2 )            :         TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACGTTAAAATCGCATCATCAATTGTGT--TTATGCCATTTGAAGTTAACAATTTGTT-AAGTCCAAT-----ATTAT-AGATAAGTATAT---TATAAGTTAGAAGTTT-TAGATCAGTGTAGTTTACTAAAT---TTACTG-ACGTTACACCCCCCCCCCCCCCCCCCTAACCCGCT-G-A-GC-GTAACGTAGCTGCACGACACATTTTG-TTTGCCATATTG-AT-TAT---T-CA-AGG---CGCT-TTT-TA-TATG----TGTGAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTATCAGGAAATA--TCTAAATA--TACCTGCAGGTAATTA-AACATTAATTTTCATACTTATTACATGTTTGAATTATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATACCTAAA-TA---AGATATTATCGTAA----A---GATCAAT-T---TTGTTTACAT---TTTTGCTTTGTTTATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTTTTGA-------------T-ATGTAT-----GT------ATGTAT--------TGA---------ATGTATTGTTATTGATTGAATGTATTGTTTGTT--TTGCAG------A--------AGA--------CC--T---T-----ATCAGATCAGAGTGATCG--------------A----AT------GAATGA-----AGA-TT-TATGAGAACCTTTGACTTTATCAGTT--TA-TGTAAT-----ATTGTCACCCATGCCTACTCCTGAC--ATTGCAGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                      catcTAACC-----A-A-GC-GTAACATCACTGCACGATACA--TTGATCAGCCATTTCGAAA-TAA---C-AA-ACA---CACC-ATT-TT-TATG----TGTTAACGCATTAT-------C-CATATTTGCCAAGATATACTTTCAAATA--T--CTGCAG
gi|9                          :                                                                                                                                                                              ttataaagttacttcccaataaccttctatttaaaat-G-A-GC-GTAACATCACTGCACGACACAATTTG-TCAGCAATATTG-AA-TAT---T-AA-AGA---CGCT-ATA-TA-TATG----TATGGA---ATTCTAA--TAAT-AAT-TTTGTCAGGAAATA--TTTAAATA--TACTTGCAAGTAATTA-CACAATTATTTCCATACTTGTTATATGTTTGAATAAGTGTATCAAGCTATTTATTACTTAATACTTAAA-TA---GGATATTATTGTAA----A---TGTCAGC-A---TTGTTTATATTTATTTTGATATGCTCGTTACACACC---ATCACAAGTATATATAAATGTTTTGANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN------NNNNNN--------NNN---------NNNNNNTATCATTGATTGAATGTAGTATTTGTA--TTACAT------ACC------GTA--------CA--TG--T-----ATCAGATCAGAGTGAATGATAATATA------A----AT------AAATGA-----AGA-TTAGAAAAGAATCCTTGACTTTATAAG-----------AT-----ATTGTCG-CCACGCCTACCTCCGAC--ATATCGGGTTGAGTTACCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctcTTTAGA-------------TCGTGTAT-----AT------ATGTAT----------------------GTTTTGTTATTGATTGAATGTATTGTTTGTA--TTGTAG------A--------AGA--------TC--A---T-----ATCAGGTCGGAGTGtt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             G--------------A----AT------GAATG----------TT-----AGAACCCCTGACATTATC--T----------AT-----ATTGTCACCCTCACCTACCCCGGAC--ATAAAGGGTTGAGTTAATACCGGCGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGA-----AGA-TT-----AGAACCAATGACTTTATT-----------TGAT-----ATTGTCACCTACGCCTACCCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaattaaataagttctT--TA-TA-AAT-----ATTGCCAACCATGCCTACCCCTAAC--ATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4940 )     :         TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACTTTAAAGCCGTNTCGTAAATTGTGTTCTTGTCATTTGAAATAAACAATTCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATA-----T---TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--A-AAGTTAC--------CCC-----CCTCCCATT-------AAC-C-G--CT-G-A-GC-GTAACATCACTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAT---TN-AAGACGCTNTTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTGCCAGGANATA--TNTAAATATACCTGCAGGTAATTANACATTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTGAATTATTGTATCAAACTATTTATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTG---GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGC---------AG------A------AGA--------T------C---GT-----ATC--A--GATCGGAGTGANT-G-----------T--A-AT---AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGACTTTA-T---TTTAT-T-A--ATATTGTCACCCACG-------CC--TAC-CCCCGACATNNCGGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttaaattaaataagttctCCTTGACTT----------AT-A-A--ATATTGCCAACCATG-------CC--TAC-CCCTAACATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
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Reference ( family-4940 )     :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACTTTAAAGCCGTNTCGTAAATTGTGTTCTTGTCATTTGAAATAAACAATTCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATA-----T---TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--A-AAGTTAC---------CCCCTCCCATTAAC-C-G--CT-G-A-GC-GTAACATCGCTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAT---T-GAANACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTGCCAGGANATA--TNTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-A-CA-TTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTGAATTATTGTATCAAACTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTG---GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGC---------AG------A------AGA--------T------C---GT-----ATC--A--GATCGGAGTGANT-G-----------T--A-AT---AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGACTTTA----TTTAT-T-A--ATATTGTCACCCACG-------CC--TAC-CCCCGACATATCGGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|1                          :                                     GTCATATGATGAAATAAAA-TGTTCTTTAATACCATCTCATAAATTGTGTACTTGTCAGTTGAAATAAACTATCCATT-TAGTCCTATTTTGTATTATCATA-----T---CAT---TT---TGTAGGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTTGTTTACTAAATTTAC---A-AAGTT------------CCCTCCCATCAAC-TTG--CT-C-A-ACCGTAACATCGCAGCACGTTAAATTT-G-TCAGTGATATTG-AAATAT---A-GATCACGTGATTC--GTT---TG----TGTAAA---A----AAGCCGAC-CAT-TTTACAAGGATGTA--TATAAATATAAATG-CAGGTAATTACA-CA-TTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTAAATTATTGTAACAAAATATTCATAACTTAATA-ATTAAATA---GAATATAAAGGTAAATTTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TGTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTGTATATA-------CTGA----------------T-ATATGTAAAAAGTTTTAACATGTATTG-----ATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------CAA--ATTGTAGATCGGAGAG------A------GGA--------TGAAATAT---GT-----GTG--ATTGATTAGATTAGAT-G-----------G--A-AT---GATAAACAGAGTTT-----AGAACCCTTGG----G----TTTGT-T-G--ATACTGCCACCGACGATTGTCACCAATCC-CTCCGACATATAGGGTCG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTAAC-C-A-------A-GC-GTAACATCACTGCACGATACA--TTGATCAGCCATTTCGAAA-TAA---C-AAACACACCATTT--TTA---TG----TGTTAACGCATTAT-------C-CATATTTGCCAAGATATACTTTCAAATAT--CTG-CAGcccaacgtttttaaaagttttcattcatggttttaaacacatcaagactgacttctaacatcgatagattcaaaattaacgatggcgtatatatttgatagctgttgactgtttaccctggatatcattaaaggagacgggtctcatcattcatcatcttcgtcaaaacataatgtatcaacataaagaccaggaatcgttcatcgctgaaacaagagttgataactcccaagtgattaatat
gi|13                         : ttataaagttacttcccaataaccttctatttaaaTGTCATAGGATGAAATAAAA-TAAACTTTAAAGCCGTATCATCACTTGTGTTCTTTTCATTTAATGTAAATAATTAATT-AAGTCTA-------------ATA-----T---TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGCAGATCAGTGTAGTTTACCAAATTAACT--T-AAGTTA------------CCTCCCATTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aAATGAATGTT-----AGAACCCCTGACATTA----TCTAT--------ATTGTCACCCTCA-------CC--TAC-CCCGGACATAAAGGGTTGAGTTAATACCGGCGAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTT-TAGA----------------TCGTGTAT-----AT------ATGTAT-----GTTTTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---AT-----ATC--A--GGTCGGAGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGAAGATT-----AGAACCAATGACTTTA----TTTG-------ATATTGTCACCTACG-------CC--TAC-CCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaaattaaataagttctCCTTGACTT---------AT-A-A--ATATTGCCAACCATG-------CC--TAC-CCCTAACATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
gi|2                          :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACGTTAAAATCGCATCATCAATTGTGTTTATGCCATTTGAAGTTAACAATTTGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAGA---TAAGTAT---AT---TATAAGTTAGAAGTTT-TAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--G-ACGTTACACCCCCCCCCCCCCCCCCCTAAC-CCG--CT-G-A-GC-GTAACGTAGCTGCACGACACATTTTG-TTTGCCATATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGTGAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTATCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-AACA-TTAATT----T--TCATACTTATTACATGTTTGAATTATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CCTAAATA---AGATATTATCGTAAAGATCA-----ATT-TTGTTTACAT-----TTTTGCTTTGTTTATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTGAATGTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--TTTGC---------AG------A------AGA--------C------C---TT-----ATC--A--GATCAGAGTGATC-G---------------------AATGAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTTATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCACCCATG-------CC--TAC-TCCTGACATTGCAGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|20                         :                                    TGTTATAGGATGAAATAAAT-TAAACTTTAAAGTCATGTCATAAATTGTGCT
gi|3                          :                            tattccacaGTCATAGGATGAAATAAAAAACAACCTTAAAACAATGTCGTAAATTGAGTCCTTATCACTTAAAATAAACAACTCATT-AAGTCTAAT--------ATTA-----------------------ATA-GCAAGTTGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATAAAATTTTCT--A-AAATTAC---------C---TCCCATTAAC-CAG--CT-GGA-GC-ATAACATCAAAGCACAACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TTT---T-GAAGACGCTATTT--ACA---TGACTGTGTGAA---ATTATAG--TAAC-CAT-TTTGTCAGGAAATA--TATAAATA----------------A-A-TA-TTTATTATGATAATCTTACTTGTTACATGTTTGGAATATTGTATCAAACTATTTATTACTTAATT-CTTAAATATTAGGATATTGTTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTAATATGCTCATTACACACC---GTCACATGTATATATAAATGTA-T--A----------------T-ATAAAT-----GT------ATATATAA---ATGTTGTGATATG-TATGTATGTATTGTTTTTGATTGAATGT--ATTAC------------------------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATTGGAGTGACT-GATCAGAT----T--ATATA--AACGAATGAAGATTGTAAAAGAACCC---------------------------TCGTCAACCACG-------CC--TA--CCCTGACATATTGGGTTGAGTTGCTACCGGTGAC
gi|4                          :                                    TGTCACACGATGAAATAAAAATAAACTTTCAAACCGTATCATCAATTGTGTTTATGTCATTTGAAGCAAACAAATCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAATTTAT---TAT---AT---TATAAGTAAGAAGTTT-TAGATCATTGCAGTTTACCAAAATTAAT--A-AAGTTAC---------C---TCCCATTAAC-CAG--CTCG-A-GC-GTAACATAACTGCACGACACATTTTG-TCCGCCAAATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGCAAA---ATTATAA--CATC-CAT-TTTACCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CGGGTAATTA-AGCA-TTCA-T----T--TCATACTTGTTACAAGTTTGAATAATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---ATATTTTATTCTAAAGGTCA-----ACACTTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTATTG---------ATTGAATGTAT-------TGTTATTGA----------------T------T-----GA------ATGTTTTG------TTTCTAT-TGCA--GAA------GAC----------CGT--AT--C---------AG------------------------------------------ATC--A--G-----AGTGATC-G---------------------AATTAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTGATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCAACCATA-------CC--TAC-CCCCAACATTGCGGGTTGAGTTACCACCGGCGACa
gi|5                          :                                    TGTCATAGGATGGAATAGAA-TACTCTTTAAAAC-GTCTCGTAAATTCTGTTATTGTCATTTGAGATAAACCACCCATT-AAATCC-------------TGCA-----T---TAT---GA---TGTAAGTAAGTAGCTTGTACATCAGTATAGTTTACTAAACGTATT--ATGAGTTA------------CCTCCCATTCACTT-T--CTCA-A-GC-GTAACACCACTGCACGATACA-TTTG-TCAGCCATATTG-AA-CAG---T---ACAAGTTATTTTGATG---TG----TATAAC---AATAT------AC-CAT-TTGGCCATGATATA--CGTATATTTGTTTG---------------A-TTTATT----T--T-A--------------TCAAACTATTA-AT--AAC--TTAATTAC--AA----TTGAGTA---AGATATTGGTGT-TATTCCAGAATTGAA-TTGTTAATAT-----TGTTAATATGTTCATTACACACCATTATCACGTGTATATACGCATGCT-TTAA----------------T-ATGTAA-----CT------ATGTATTG----------TAT-TG-GTTACATGTATTGTT----------TGT--ATTTC---------AG------ATCGGAGAGA--------G------A---GTG----ATTTGA--AATCGGAGTGATT-GGTCAGATACGAT--A-A----AATATATTAAGATT-----AAAACAT---ACAATACC--TTTAT-TGA--ATAGTGTCACCAGCG-------CC--GA--CCCAGAC-TTTAAGGTTAAGTTA-CAACGGCAACatg
gi|6                          :                                                                     gCATCTCGTAAATTGTGTT-TTGTCATTTGAAATAAAC----CGTCCAAGTCCTAT--------ATTATA-----T---TATCATAC---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATTAAATTTATTTTA-AA-TTAC---------C---TCCCATTAAC-TTG--TTCA-A-GC-GTAACATCACAGCACAATACATTT-G-TCAGCCATATTG-AAATATACATAGAACACGCTATTT--GTAGTATG----TGTAAA---G--A-AA--CAAAGCAT-TTTATCAGGATATA--TTTAAATATACAAG-CAGGTAATTA-C-CAATTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTAAAATTACTGTATCGAAATCTTTATTACTTAATA-ATTAAATA---GGATTTTAATGTAAATCTGA-----GCA-TTGTTTATA------TTTTGATATGTTCATAACACACC---ATCACTTGTTTATTTAAATGTT-TTAG----------------T-ATATAT-----GT------A---ATT----------TTAT-TG-ATTGAAAGTAGCGTT----------TGT--TTTGT---------AGATCGGAA------AGAGAGTGAATT------CTGAGTGATTGATC--A--GATCAGATGGAAT-G---------------------AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGAC--------TTTAT-T-A--ATAGTGTCA-----G-----------TACTCTCC--CATGCC---TCGAGTTAACACCGGTGAC
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Reference ( family-4940 )     :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACTTTAAAGCCGTNTCGTAAATTGTGTTCTTGTCATTTGAAATAAACAATTCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATA-----T---TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--A-AAGTTAC----------CCCTCCCATTAAC-C-G--CT-G-A-GC-GTAACATCGCTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAT---T-GAANACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTGCCAGGANATA--TNTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-A-CA-TTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTGAATTATTGTATCAAACTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTG---GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGC---------AG------A------AGA--------T------C---GT-----ATC--A--GATCGGAGTGANT-G-----------T--A-AT---AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGACTTTA----TTTAT-T-A--ATATTGTCACCCACG-------CC--TAC-CCCCGACATATCGGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|1                          :                                     GTCATATGATGAAATAAAA-TGTTCTTTAATACCATCTCATAAATTGTGTACTTGTCAGTTGAAATAAACTATCCATT-TAGTCCTATTTTGTATTATCATA-----T---CAT---TT---TGTAGGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTTGTTTACTAAATTTAC---A-AAGTT------------CCCTCCCATCAAC-TTG--CT-C-A-ACCGTAACATCGCAGCACGTTAAATTT-G-TCAGTGATATTG-AAATAT---A-GATCACGTGATTC--GTT---TG----TGTAAA---A----AAGCCGAC-CAT-TTTACAAGGATGTA--TATAAATATAAATG-CAGGTAATTACA-CA-TTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTAAATTATTGTAACAAAATATTCATAACTTAATA-ATTAAATA---GAATATAAAGGTAAATTTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TGTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTGTATATA-------CTGA----------------T-ATATGTAAAAAGTTTTAACATGTATTG-----ATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------CAA--ATTGTAGATCGGAGAG------A------GGA--------TGAAATAT---GT-----GTG--ATTGATTAGATTAGAT-G-----------G--A-AT---GATAAACAGAGTTT-----AGAACCCTTGG----G----TTTGT-T-G--ATACTGCCACCGACGATTGTCACCAATCC-CTCCGACATATAGGGTCG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTAAC-C-A-------A-GC-GTAACATCACTGCACGATACA--TTGATCAGCCATTTCGAAA-TAA---C-AAACACACCATTT--TTA---TG----TGTTAACGCATTAT-------C-CATATTTGCCAAGATATACTTTCAAATAT--CTG-CAGcccaacgtttttaaaagttttcattcatggttttaaacacatcaagactgacttctaacatcgatagattcaaaattaacgatggcgtatatatttgatagctgttgactgtttaccctggatatcattaaaggagacgggtctcatcattcatcatcttcgtcaaaacataatgtatcaacataaagaccaggaatcgttcatcgctgaaacaagagttgataactcccaagtgattaatat
gi|13                         : ttataaagttacttcccaataaccttctatttaaaTGTCATAGGATGAAATAAAA-TAAACTTTAAAGCCGTATCATCACTTGTGTTCTTTTCATTTAATGTAAATAATTAATT-AAGTCTA-------------ATA-----T---TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGCAGATCAGTGTAGTTTACCAAATTAACT--T-AAGTTA------------CCTCCCATTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aAATGAATGTT-----AGAACCCCTGACATTA----TCTAT--------ATTGTCACCCTCA-------CC--TAC-CCCGGACATAAAGGGTTGAGTTAATACCGGCGAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTT-TAGA----------------TCGTGTAT-----AT------ATGTAT-----GTTTTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---AT-----ATC--A--GGTCGGAGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGAAGATT-----AGAACCAATGACTTTA----TTTG-------ATATTGTCACCTACG-------CC--TAC-CCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaaattaaataagttctCCTTGACTT---------AT-A-A--ATATTGCCAACCATG-------CC--TAC-CCCTAACATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
gi|2                          :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACGTTAAAATCGCATCATCAATTGTGTTTATGCCATTTGAAGTTAACAATTTGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAGA---TAAGTAT---AT---TATAAGTTAGAAGTTT-TAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--G-ACGTTACACCCCCCCCCCCCCCCCCCTAAC-CCG--CT-G-A-GC-GTAACGTAGCTGCACGACACATTTTG-TTTGCCATATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGTGAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTATCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-AACA-TTAATT----T--TCATACTTATTACATGTTTGAATTATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CCTAAATA---AGATATTATCGTAAAGATCA-----ATT-TTGTTTACAT-----TTTTGCTTTGTTTATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTGAATGTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--TTTGC---------AG------A------AGA--------C------C---TT-----ATC--A--GATCAGAGTGATC-G---------------------AATGAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTTATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCACCCATG-------CC--TAC-TCCTGACATTGCAGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|20                         :                                    TGTTATAGGATGAAATAAAT-TAAACTTTAAAGTCATGTCATAAATTGTGCT
gi|3                          :                            tattccacaGTCATAGGATGAAATAAAAAACAACCTTAAAACAATGTCGTAAATTGAGTCCTTATCACTTAAAATAAACAACTCATT-AAGTCTAAT--------ATTA-----------------------ATA-GCAAGTTGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATAAAATTTTCT--A-AAATTAC----------C--TCCCATTAAC-CAG--CT-GGA-GC-ATAACATCAAAGCACAACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TTT---T-GAAGACGCTATTT--ACA---TGACTGTGTGAA---ATTATAG--TAAC-CAT-TTTGTCAGGAAATA--TATAAATA----------------A-A-TA-TTTATTATGATAATCTTACTTGTTACATGTTTGGAATATTGTATCAAACTATTTATTACTTAATT-CTTAAATATTAGGATATTGTTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTAATATGCTCATTACACACC---GTCACATGTATATATAAATGTA-T--A----------------T-ATAAAT-----GT------ATATATAA---ATGTTGTGATATG-TATGTATGTATTGTTTTTGATTGAATGT--ATTAC------------------------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATTGGAGTGACT-GATCAGAT----T--ATATA--AACGAATGAAGATTGTAAAAGAACCC---------------------------TCGTCAACCACG-------CC--TA--CCCTGACATATTGGGTTGAGTTGCTACCGGTGAC
gi|4                          :                                    TGTCACACGATGAAATAAAAATAAACTTTCAAACCGTATCATCAATTGTGTTTATGTCATTTGAAGCAAACAAATCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAATTTAT---TAT---AT---TATAAGTAAGAAGTTT-TAGATCATTGCAGTTTACCAAAATTAAT--A-AAGTTAC----------C--TCCCATTAAC-CAG--CTCG-A-GC-GTAACATAACTGCACGACACATTTTG-TCCGCCAAATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGCAAA---ATTATAA--CATC-CAT-TTTACCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CGGGTAATTA-AGCA-TTCA-T----T--TCATACTTGTTACAAGTTTGAATAATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---ATATTTTATTCTAAAGGTCA-----ACACTTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTATTG---------ATTGAATGTAT-------TGTTATTGA----------------T------T-----GA------ATGTTTTG------TTTCTAT-TGCA--GAA------GAC----------CGT--AT--C---------AG------------------------------------------ATC--A--G-----AGTGATC-G---------------------AATTAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTGATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCAACCATA-------CC--TAC-CCCCAACATTGCGGGTTGAGTTACCACCGGCGACa
gi|5                          :                                    TGTCATAGGATGGAATAGAA-TACTCTTTAAAAC-GTCTCGTAAATTCTGTTATTGTCATTTGAGATAAACCACCCATT-AAATCC-------------TGCA-----T---TAT---GA---TGTAAGTAAGTAGCTTGTACATCAGTATAGTTTACTAAACGTATT--ATGAGTTA------------CCTCCCATTCACTT-T--CTCA-A-GC-GTAACACCACTGCACGATACA-TTTG-TCAGCCATATTG-AA-CAG---T---ACAAGTTATTTTGATG---TG----TATAAC---AATAT------AC-CAT-TTGGCCATGATATA--CGTATATTTGTTTG---------------A-TTTATT----T--T-A--------------TCAAACTATTA-AT--AAC--TTAATTAC--AA----TTGAGTA---AGATATTGGTGT-TATTCCAGAATTGAA-TTGTTAATAT-----TGTTAATATGTTCATTACACACCATTATCACGTGTATATACGCATGCT-TTAA----------------T-ATGTAA-----CT------ATGTATTG----------TAT-TG-GTTACATGTATTGTT----------TGT--ATTTC---------AG------ATCGGAGAGA--------G------A---GTG----ATTTGA--AATCGGAGTGATT-GGTCAGATACGAT--A-A----AATATATTAAGATT-----AAAACAT---ACAATACC--TTTAT-TGA--ATAGTGTCACCAGCG-------CC--GA--CCCAGAC-TTTAAGGTTAAGTTA-CAACGGCAACatg
gi|6                          :                                                                     gCATCTCGTAAATTGTGTT-TTGTCATTTGAAATAAAC----CGTCCAAGTCCTAT--------ATTATA-----T---TATCATAC---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATTAAATTTATTTTA-AA-TTAC----------C--TCCCATTAAC-TTG--TTCA-A-GC-GTAACATCACAGCACAATACATTT-G-TCAGCCATATTG-AAATATACATAGAACACGCTATTT--GTAGTATG----TGTAAA---G--A-AA--CAAAGCAT-TTTATCAGGATATA--TTTAAATATACAAG-CAGGTAATTA-C-CAATTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTAAAATTACTGTATCGAAATCTTTATTACTTAATA-ATTAAATA---GGATTTTAATGTAAATCTGA-----GCA-TTGTTTATA------TTTTGATATGTTCATAACACACC---ATCACTTGTTTATTTAAATGTT-TTAG----------------T-ATATAT-----GT------A---ATT----------TTAT-TG-ATTGAAAGTAGCGTT----------TGT--TTTGT---------AGATCGGAA------AGAGAGTGAATT------CTGAGTGATTGATC--A--GATCAGATGGAAT-G---------------------AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGAC--------TTTAT-T-A--ATAGTGTCA-----G-----------TACTCTCC--CATGCC---TCGAGTTAACACCGGTGAC
gi|7                          :                                    TGCCGTAGGATAAAA-AAAAATAAACTTTAAAGCCGTAACATAAATTGTGTTCTTGTCATT-------------------AAGTCCAAT--------ATTTTA-----GAA-TAT---ATCCGTATAGGTATGTAGTTTGCAGATTAGGGTAGTTCACTAAATTTACT--T-AAGTT------------CCCTTCCATGAAC-T-AACTT-G-A-GC-ATAACATCACTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAC---A-GAAAACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--TAAC-CAC-TTTGTCAGG----------AAATATACCTGCCAAAAAATAA-A-CA-ATTATT----T--TCACATTTGTTATATATTTACATAAGTGTATCAAACTAT-------TTAATA-CTTAAATA---GAATATTATTATCAATGTCA-----GCA-TTATTTTCAT-----TTT--ATATGCTCATTACACACC---ATAACAGGTATATATAAATGTT-TGGA----------------T-ACGTTT-----GT------AT---------GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATCAGAGTGACTGG-----------TCAG-ATTA-AATAAATGAAG-----------------------A----TTTAT-T-A--ATAGTGTCTCCCCTT-------CT--TAT-CCACGATATATCGGGTTGAGTTGCCATCGGTGAC
gi|8                          :                                   aTGTCATAGGATGAAATAAAA-TAAACTGCAAAGCCAT-------------TTCTTGTCATTTCTTATAAACAATTCA-----------------------ATA-----T---TAT---AT---TACAAATAAATACTTTATAGTTCAGAGCAGTTTACTAAATTTATT--ATAAGTTAC----------C--TGCCATTAAC-CTG--TT-A-ATGC-G-AA----GCTGCACCACACATTC-A-TCAGCCATATTG-AAATAT---T-G---------------TA---TG----TATAAA---CTTATGA----AC-CAT-TTTACCAGGATATA--TGATAATATACCTG-CAGGTA--------------TT----T--TCATACCT----TAGGTTTAAACTATTTTATCAAACTATTTATTAATAAATATCTAAAATA---GGATATCATTGTTAATGCCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTTATTACACACC---ATCACATATATGTTTAAATGTT-TTGA----------------T-AT---------GT------ATG------------------------TG--TGCATAGTT----------AGTTAATTG------------------------------------------------------ATC--A--GATTAGA-------------------T--A-A-----ATAAATGAAGATT-----AAAGTCCTTGACTTTA--------T-T-A--ATATTGTCACCAACG-------CC--TAC-CCCCGGCATATCAAGTTGAGTTCACACCGGCGACc
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aAATGAATGTT-----AGAACCCCTGACATTA----TCTAT--------ATTGTCACCCTCA-------CC--TAC-CCCGGACATAAAGGGTTGAGTTAATACCGGCGAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTT-TAGA----------------TCGTGTAT-----AT------ATGTAT-----GTTTTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---AT-----ATC--A--GGTCGGAGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGAAGATT-----AGAACCAATGACTTTA----TTTG-------ATATTGTCACCTACG-------CC--TAC-CCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaaattaaataagttctCCTTGACTT---------AT-A-A--ATATTGCCAACCATG-------CC--TAC-CCCTAACATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
gi|2                          :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACGTTAAAATCGCATCATCAATTGTGTTTATGCCATTTGAAGTTAACAATTTGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAGA---TAAGTAT---AT---TATAAGTTAGAAGTTT-TAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--G-ACGTTACACCCCCCCCCCCCCCCCCCTAAC-CCG--CT-G-A-GC-GTAACGTAGCTGCACGACACATTTTG-TTTGCCATATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGTGAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTATCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-AACA-TTAATT----T--TCATACTTATTACATGTTTGAATTATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CCTAAATA---AGATATTATCGTAAAGATCA-----ATT-TTGTTTACAT-----TTTTGCTTTGTTTATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTGAATGTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--TTTGC---------AG------A------AGA--------C------C---TT-----ATC--A--GATCAGAGTGATC-G---------------------AATGAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTTATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCACCCATG-------CC--TAC-TCCTGACATTGCAGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|20                         :                                    TGTTATAGGATGAAATAAAT-TAAACTTTAAAGTCATGTCATAAATTGTGCT
gi|3                          :                            tattccacaGTCATAGGATGAAATAAAAAACAACCTTAAAACAATGTCGTAAATTGAGTCCTTATCACTTAAAATAAACAACTCATT-AAGTCTAAT--------ATTA-----------------------ATA-GCAAGTTGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATAAAATTTTCT--A-AAATTAC----------C--TCCCATTAAC-CAG--CT-GGA-GC-ATAACATCAAAGCACAACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TTT---T-GAAGACGCTATTT--ACA---TGACTGTGTGAA---ATTATAG--TAAC-CAT-TTTGTCAGGAAATA--TATAAATA----------------A-A-TA-TTTATTATGATAATCTTACTTGTTACATGTTTGGAATATTGTATCAAACTATTTATTACTTAATT-CTTAAATATTAGGATATTGTTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTAATATGCTCATTACACACC---GTCACATGTATATATAAATGTA-T--A----------------T-ATAAAT-----GT------ATATATAA---ATGTTGTGATATG-TATGTATGTATTGTTTTTGATTGAATGT--ATTAC------------------------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATTGGAGTGACT-GATCAGAT----T--ATATA--AACGAATGAAGATTGTAAAAGAACCC---------------------------TCGTCAACCACG-------CC--TA--CCCTGACATATTGGGTTGAGTTGCTACCGGTGAC
gi|4                          :                                    TGTCACACGATGAAATAAAAATAAACTTTCAAACCGTATCATCAATTGTGTTTATGTCATTTGAAGCAAACAAATCGTT-AAGTCCAAT--------ATTATAATTTAT---TAT---AT---TATAAGTAAGAAGTTT-TAGATCATTGCAGTTTACCAAAATTAAT--A-AAGTTAC----------C--TCCCATTAAC-CAG--CTCG-A-GC-GTAACATAACTGCACGACACATTTTG-TCCGCCAAATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGCAAA---ATTATAA--CATC-CAT-TTTACCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CGGGTAATTA-AGCA-TTCA-T----T--TCATACTTGTTACAAGTTTGAATAATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---ATATTTTATTCTAAAGGTCA-----ACACTTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTATTG---------ATTGAATGTAT-------TGTTATTGA----------------T------T-----GA------ATGTTTTG------TTTCTAT-TGCA--GAA------GAC----------CGT--AT--C---------AG------------------------------------------ATC--A--G-----AGTGATC-G---------------------AATTAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTGATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCAACCATA-------CC--TAC-CCCCAACATTGCGGGTTGAGTTACCACCGGCGACa
gi|5                          :                                    TGTCATAGGATGGAATAGAA-TACTCTTTAAAAC-GTCTCGTAAATTCTGTTATTGTCATTTGAGATAAACCACCCATT-AAATCC-------------TGCA-----T---TAT---GA---TGTAAGTAAGTAGCTTGTACATCAGTATAGTTTACTAAACGTATT--ATGAGTTA------------CCTCCCATTCACTT-T--CTCA-A-GC-GTAACACCACTGCACGATACA-TTTG-TCAGCCATATTG-AA-CAG---T---ACAAGTTATTTTGATG---TG----TATAAC---AATAT------AC-CAT-TTGGCCATGATATA--CGTATATTTGTTTG---------------A-TTTATT----T--T-A--------------TCAAACTATTA-AT--AAC--TTAATTAC--AA----TTGAGTA---AGATATTGGTGT-TATTCCAGAATTGAA-TTGTTAATAT-----TGTTAATATGTTCATTACACACCATTATCACGTGTATATACGCATGCT-TTAA----------------T-ATGTAA-----CT------ATGTATTG----------TAT-TG-GTTACATGTATTGTT----------TGT--ATTTC---------AG------ATCGGAGAGA--------G------A---GTG----ATTTGA--AATCGGAGTGATT-GGTCAGATACGAT--A-A----AATATATTAAGATT-----AAAACAT---ACAATACC--TTTAT-TGA--ATAGTGTCACCAGCG-------CC--GA--CCCAGAC-TTTAAGGTTAAGTTA-CAACGGCAACatg
gi|6                          :                                                                     gCATCTCGTAAATTGTGTT-TTGTCATTTGAAATAAAC----CGTCCAAGTCCTAT--------ATTATA-----T---TATCATAC---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATTAAATTTATTTTA-AA-TTAC----------C--TCCCATTAAC-TTG--TTCA-A-GC-GTAACATCACAGCACAATACATTT-G-TCAGCCATATTG-AAATATACATAGAACACGCTATTT--GTAGTATG----TGTAAA---G--A-AA--CAAAGCAT-TTTATCAGGATATA--TTTAAATATACAAG-CAGGTAATTA-C-CAATTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTAAAATTACTGTATCGAAATCTTTATTACTTAATA-ATTAAATA---GGATTTTAATGTAAATCTGA-----GCA-TTGTTTATA------TTTTGATATGTTCATAACACACC---ATCACTTGTTTATTTAAATGTT-TTAG----------------T-ATATAT-----GT------A---ATT----------TTAT-TG-ATTGAAAGTAGCGTT----------TGT--TTTGT---------AGATCGGAA------AGAGAGTGAATT------CTGAGTGATTGATC--A--GATCAGATGGAAT-G---------------------AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGAC--------TTTAT-T-A--ATAGTGTCA-----G-----------TACTCTCC--CATGCC---TCGAGTTAACACCGGTGAC
gi|7                          :                                    TGCCGTAGGATAAAA-AAAAATAAACTTTAAAGCCGTAACATAAATTGTGTTCTTGTCATT-------------------AAGTCCAAT--------ATTTTA-----GAA-TAT---ATCCGTATAGGTATGTAGTTTGCAGATTAGGGTAGTTCACTAAATTTACT--T-AAGTT------------CCCTTCCATGAAC-T-AACTT-G-A-GC-ATAACATCACTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAC---A-GAAAACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--TAAC-CAC-TTTGTCAGG----------AAATATACCTGCCAAAAAATAA-A-CA-ATTATT----T--TCACATTTGTTATATATTTACATAAGTGTATCAAACTAT-------TTAATA-CTTAAATA---GAATATTATTATCAATGTCA-----GCA-TTATTTTCAT-----TTT--ATATGCTCATTACACACC---ATAACAGGTATATATAAATGTT-TGGA----------------T-ACGTTT-----GT------AT---------GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATCAGAGTGACTGG-----------TCAG-ATTA-AATAAATGAAG-----------------------A----TTTAT-T-A--ATAGTGTCTCCCCTT-------CT--TAT-CCACGATATATCGGGTTGAGTTGCCATCGGTGAC
gi|8                          :                                   aTGTCATAGGATGAAATAAAA-TAAACTGCAAAGCCAT-------------TTCTTGTCATTTCTTATAAACAATTCA-----------------------ATA-----T---TAT---AT---TACAAATAAATACTTTATAGTTCAGAGCAGTTTACTAAATTTATT--ATAAGTTAC----------C--TGCCATTAAC-CTG--TT-A-ATGC-G-AA----GCTGCACCACACATTC-A-TCAGCCATATTG-AAATAT---T-G---------------TA---TG----TATAAA---CTTATGA----AC-CAT-TTTACCAGGATATA--TGATAATATACCTG-CAGGTA--------------TT----T--TCATACCT----TAGGTTTAAACTATTTTATCAAACTATTTATTAATAAATATCTAAAATA---GGATATCATTGTTAATGCCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTTATTACACACC---ATCACATATATGTTTAAATGTT-TTGA----------------T-AT---------GT------ATG------------------------TG--TGCATAGTT----------AGTTAATTG------------------------------------------------------ATC--A--GATTAGA-------------------T--A-A-----ATAAATGAAGATT-----AAAGTCCTTGACTTTA--------T-T-A--ATATTGTCACCAACG-------CC--TAC-CCCCGGCATATCAAGTTGAGTTCACACCGGCGACc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                      -G-A-GC-GTAACATCACTGCACGACACAATTTG-TCAGCAATATTG-AA-TAT---T-AAAGACGCTATAT--ATA---TG----TATGGA---ATTCTAA--TAAT-AAT-TTTGTCAGGAAATA--TTTAAATATACTTG-CAAGTAATTACA-CA-ATTATT----T--CCATACTTGTTATATGTTTGAATAAGTGTATCAAGCTATTTATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTATATTTA--TTTTGATATGCTCGTTACACACC---ATCACAAGTATATATAAATGTT-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN------NNNNNNNN---NNNNTATCAT-TG-ATTGAATGTAGTATT----------TGT--ATTAC---------AT------ACCGT--ACA--------T----------GT-----ATC--A--GATCAGAGTGAAT-GA----------T--A-ATATAAATAAATGAAGATTAGAAAAGAATCCTTGACTTTA----------T-AAGATATTGTCG-CCACG-------CC--TAC-CTCCGACATATCGGGTTGAGTTACCAac


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blockSeqs                     :                                                        A                A  A           T           A      A T  G  .      AATATTATAATTTAT              ATCCG                   G                            AT       ACC                      CAGCTCG     .  .        G            T  T .            .  A   CA      G         .    .    .         .   T   A T     .   .          A   .  C            .      ATT AG   .      .    .                                         T           .        .              A       .       .          TTA                         .                  A     .    TATGTATGTATGTATTGAATGTA                              G    .  .               .            .     TAGATCGGAAAGAGAGTGAATTCTGAGTGATTGATCAGATCAGATGGAATG                                                             AGAAA       A    TTGATCAGTTTATGTA            C     .        .    .                       C
blockSeqs                     :                                                        A                G  A           C           A      A C  A  .      AATATTTTAGAA                 AT                      G                            AT       ACC                      TTTCTCA     .  .        A            T  T .            .  .   TC      G         .    .    .         .   T   A C     .   .          A   .  A            .      ATT CA   .      .    .                                         C           .        .              A       .       .          .                           .                  C     .    TATAAATGTATATATAAATG                                 G    .  .               .            .     CATACCGTACATGTATCAGATCAGAGTGAATGATAATATA                                                                        TATG        T    AATACCTTTATTGA              A     .        .    .                       C
blockSeqs                     :                                                        A                G  G           T           A      A A  G  .      TATATTATAT                   AT                      G                            T        ACC                      TTGTTCA     .  .        A            T  T .            .  .   TG      G         .    .    .         .   T   A C     .   .          A   .  C            .      ATA A    .      .    .                                         A           .        .              A       .       .          .                           .                  A     .    TCGTGTATATATGTATGTT                                  T    .  .               .            .     CAGATCGAATCAGATTGGAGTGACTGATCAGATTATATA                                                                         TATG        T    ATTATCTAT                   C     .        .    .                       C
blockSeqs                     :                                                        .                A  A           A           G      C C  A  .      AATATTA                      AT                      G                            G        ACC                      TAACTTG     .  .        A            T  T .            .  .   TC      C         .    .    .         .   A   A T     .   .          T   .  G            .      ATT C    .      .    .                                         T           .        .              C       .       .          .                           .                  A     .    TATGTAACTATGTATTG                                    G    .  .               .            .     TAGAAGATCGAATCAGATCAGAGTGACTGGTCAGATTA                                                                          .           T    TTTATTTG                    A     .        .    .                       A
blockSeqs                     :                                                        .                C  G           C           A      A T  G  .      AATAT                        GA                      A                            A        ACC                      CCGCTG      .  .        A            T  T .            .  .   AG      C         .    .    .         .   T   G T     .   .          T   .  T            .      .   A    .      .    .                                         T           .        .              T       .       .          .                           .                  A     .    TACGTTTGTATGTA                                       A    .  .               .            .     CAGAAGACCTTATCAGATCAGAGTGATCG                                                                                   .           T    ATTTATTA                    A     .        .    .                       C
blockSeqs                     :                                                        .                C  G           C           T      . .  A  .      TGCAT                        AT                      .                            A        CCC                      CTGTTA      .  .        A            A  T .            .  .   TG      A         .    .    .         .   T   A .     .   .          T   .  G            .      .   .    .      .    .                                         T           .        .              A       .       .          .                           .                  A     .    TATATATGTAATT                                        .    .  .               .            .     CAGATCAGAGTGATCG                                                                                                .           T    TTTATAAG                    C     .        .    .                       A
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finalCons                     :                                    TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACTTTAAAGCCGTNTCGTAAATTGTGTTCTTGTCATTTGAAATAAACAATTCGTT-AAGTCCAATATTATA-----------------TAT---AT---TATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--A-AAGTTAC----------CCCTCCCATTAACTAGCTCG----A-GC-GTAACATCGCTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAT---T-GAANACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAAC--AAC-CAT-TTTGCCAGGANATA--TNTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-A-CA-TTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTTGAATTATTGTATCAAACTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTCATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTG---GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGC---------AG------A------AGA--------T------C---GT-----ATC--A--GATCGGAGTGANT-G-----------T--A-AT---AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGACTTTA----TTTAT-T-A--ATATTGTCACCCACG-------CC--TAC-CCCCGACATATCGGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): ATCACTGATAACCCCATCAACCATCAACCGTCACCCATCATCATTGTCAAGACATCAGGACCAGGGATCGTTCGTCACTTGAACAAGAACTGATAAACTCTCTGATTATTAATATTTTGATTTAGTGTTACACAAACGGATTATTTGTGATTAAGTGTTTATTCAAACTTTAATTTAGATCGTG
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aAATGAATGTT-----AGAACCCCTGACATTA----TCTAT--------ATTGTCACCCTCA-------CC--TAC-CCCGGACATAAAGGGTTGAGTTAATACCGGCGAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gTT-TAGA----------------TCGTGTAT-----AT------ATGTAT-----GTTTTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---AT-----ATC--A--GGTCGGAGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATGAAGATT-----AGAACCAATGACTTTA----TTTG-------ATATTGTCACCTACG-------CC--TAC-CCC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttaaattaaataagttctCCTTGACTT---------AT-A-A--ATATTGCCAACCATG-------CC--TAC-CCCTAACATATCGGGTTGAGTTGCCAACGTCAAC
gi|2                          :         TGTCATAGGATGAAATAAAAATAAACGTTAAAATCGCATCATCAATTGTGTTTATGCCATTTGAAGTTAACAATTTGTT-AAGTCCAAT-----ATTAT---AGATAAGT----AT-AT---T--ATAAGTTAGAAGTTT-TAGATCAGTGTAGTTTACTAAATTTACT--G-ACGTTACACCCCCCCCCC---------CCCCCCCCT---AACCCGCT-GAGCGTAACGTAGCTGCACGACACATTTTG-TTTGCCATATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGTGAA---ATTATAA--CAAC-CAT-TTTATCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CAGGTAATTA-AACA-TTAATT----T--TCATACTTATTACATGTTTGAATTATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CCTAAATA---AGATATTATCGTAAAGATCA-----ATT-TTGTTTACAT-----TTTTGCTTTGTTTATTACACACC---ATCACATGTATATATAAATGTT-TTGA----------------T-ATGTAT-----GT------ATGTATTGAATGTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--TTTGC---------AG------A------AGA--------C------C---TT-----ATC--A--GATCAGAGTGATC-G---------------------AATGAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTTATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCACCCATG-------CC--TAC-TCCTGACATTGCAGGTTGAGTTACCACCGGCGAC
gi|20                         :         TGTTATAGGATGAAATAAAT-TAAACTTTAAAGTCATGTCATAAATTGTGCT
gi|3                          : tattccacaGTCATAGGATGAAATAAAAAACAACCTTAAAACAATGTCGTAAATTGAGTCCTTATCACTTAAAATAAACAACTCATT-AAGTCTAAT-----ATTA---------------------------ATA-GCAAGTTGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATAAAATTTTCT--A-AAATTAC----------C-----------TCCCATT---AACCAGCTGGAGCATAACATCAAAGCACAACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TTT---T-GAAGACGCTATTT--ACA---TGACTGTGTGAA---ATTATAG--TAAC-CAT-TTTGTCAGGAAATA--TATAAATA----------------A-A-TA-TTTATTATGATAATCTTACTTGTTACATGTTTGGAATATTGTATCAAACTATTTATTACTTAATT-CTTAAATATTAGGATATTGTTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTAATATGCTCATTACACACC---GTCACATGTATATATAAATGTA-T--A----------------T-ATAAAT-----GT------ATATATAA---ATGTTGTGATATG-TATGTATGTATTGTTTTTGATTGAATGT--ATTAC------------------------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATTGGAGTGACT-GATCAGAT----T--ATATA--AACGAATGAAGATTGTAAAAGAACCC---------------------------TCGTCAACCACG-------CC--TA--CCCTGACATATTGGGTTGAGTTGCTACCGGTGAC
gi|4                          :         TGTCACACGATGAAATAAAAATAAACTTTCAAACCGTATCATCAATTGTGTTTATGTCATTTGAAGCAAACAAATCGTT-AAGTCCAAT-----ATTAT---AATTTATT----AT-AT---T--ATAAGTAAGAAGTTT-TAGATCATTGCAGTTTACCAAAATTAAT--A-AAGTTAC----------C-----------TCCCATT---AACCAGCTCGAGCGTAACATAACTGCACGACACATTTTG-TCCGCCAAATTG-AT-TAT---T-CAAGGCGCTTTTT--ATA---TG----TGCAAA---ATTATAA--CATC-CAT-TTTACCAGGAAATA--TCTAAATATACCTG-CGGGTAATTA-AGCA-TTCA-T----T--TCATACTTGTTACAAGTTTGAATAATTGTTTTAAATTATTCATTACTTAATA-CTTAAATA---ATATTTTATTCTAAAGGTCA-----ACACTTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTATTG---------ATTGAATGTAT-------TGTTATTGA----------------T------T-----GA------ATGTTTTG------TTTCTAT-TGCA--GAA------GAC----------CGT--AT--C---------AG------------------------------------------ATC--A--G-----AGTGATC-G---------------------AATTAATGAAGATTTATG-AGAACCTTTGACTTGATCAGTTTATGT-A--ATATTGTCAACCATA-------CC--TAC-CCCCAACATTGCGGGTTGAGTTACCACCGGCGACa
gi|5                          :         TGTCATAGGATGGAATAGAA-TACTCTTTAAAAC-GTCTCGTAAATTCTGTTATTGTCATTTGAGATAAACCACCCATT-AAATCCTGC-----ATTAT---G-----------A-------T--GTAAGTAAGTAGCTTGTACATCAGTATAGTTTACTAAACGTATT--ATGAGTTA---------------------CCTCCCATT---CACTTTCTCAAGCGTAACACCACTGCACGATACA-TTTG-TCAGCCATATTG-AA-CAG---T---ACAAGTTATTTTGATG---TG----TATAAC---AATAT------AC-CAT-TTGGCCATGATATA--CGTATATTTGTTTG---------------A-TTTATT----T--T-A--------------TCAAACTATTA-AT--AAC--TTAATTAC--AA----TTGAGTA---AGATATTGGTGT-TATTCCAGAATTGAA-TTGTTAATAT-----TGTTAATATGTTCATTACACACCATTATCACGTGTATATACGCATGCT-TTAA----------------T-ATGTAA-----CT------ATGTATTG----------TAT-TG-GTTACATGTATTGTT----------TGT--ATTTC---------AG------ATCGGAGAGA--------G------A---GTG----ATTTGA--AATCGGAGTGATT-GGTCAGATACGAT--A-A----AATATATTAAGATT-----AAAACAT---ACAATACC--TTTAT-TGA--ATAGTGTCACCAGCG-------CC--GA--CCCAGAC-TTTAAGGTTAAGTTA-CAACGGCAACatg
gi|6                          :                                          gCATCTCGTAAATTGTGTT-TTGTCATTTGAAATAAAC----CGTCCAAGTCCTAT-----ATTAT---A------TTATCAT-AC---T--ATAAGTAAGTAGTTTGTAGATCAGTGTAGTTTATTAAATTTATTTTA-AA-TTAC----------C-----------TCCCATT---AACTTGTTCAAGCGTAACATCACAGCACAATACATTT-G-TCAGCCATATTG-AAATATACATAGAACACGCTATTT--GTAGTATG----TGTAAA---G--A-AA--CAAAGCAT-TTTATCAGGATATA--TTTAAATATACAAG-CAGGTAATTA-C-CAATTTATT----T--TCATACTTGTTATATGTTAAAATTACTGTATCGAAATCTTTATTACTTAATA-ATTAAATA---GGATTTTAATGTAAATCTGA-----GCA-TTGTTTATA------TTTTGATATGTTCATAACACACC---ATCACTTGTTTATTTAAATGTT-TTAG----------------T-ATATAT-----GT------A---ATT----------TTAT-TG-ATTGAAAGTAGCGTT----------TGT--TTTGT---------AGATCGGAA------AGAGAGTGAATT------CTGAGTGATTGATC--A--GATCAGATGGAAT-G---------------------AATAAATGAAGATT-----AGAACCCTTGAC--------TTTAT-T-A--ATAGTGTCA-----G-----------TACTCTCC--CATGCC---TCGAGTTAACACCGGTGAC
gi|7                          :         TGCCGTAGGATAAAA-AAAAATAAACTTTAAAGCCGTAACATAAATTGTGTTCTTGTCA------------------TT-AAGTCCAAT-----ATTTTAGAA------T----AT-ATCCGT--ATAGGTATGTAGTTTGCAGATTAGGGTAGTTCACTAAATTTACT--T-AAGTT------------C---------CCTTCCATG---AACTAACTTGAGCATAACATCACTGCACGACACATTTTG-TCAGCCATATTG-AA-TAC---A-GAAAACGCTATTT--ATA---TG----TGTAAA---ATTATAA--TAAC-CAC-TTTGTCAGG----------AAATATACCTGCCAAAAAATAA-A-CA-ATTATT----T--TCACATTTGTTATATATTTACATAAGTGTATCAAACTAT-------TTAATA-CTTAAATA---GAATATTATTATCAATGTCA-----GCA-TTATTTTCAT-----TTT--ATATGCTCATTACACACC---ATAACAGGTATATATAAATGTT-TGGA----------------T-ACGTTT-----GT------AT---------GTATTGTTAT-TG-ATTGAATGTATTGTT----------TGT--ATTGT---------AG------A------AGA--------T------C---GA-----ATC--A--GATCAGAGTGACTGG-----------TCAG-ATTA-AATAAATGAAG-----------------------A----TTTAT-T-A--ATAGTGTCTCCCCTT-------CT--TAT-CCACGATATATCGGGTTGAGTTGCCATCGGTGAC
gi|8                          :        aTGTCATAGGATGAAATAAAA-TAAACTGCAAAGCCAT-------------TTCTTGTCATTTCTTATAAACAATTC----------AAT-----ATTAT---A------T------------T--ACAAATAAATACTTTATAGTTCAGAGCAGTTTACTAAATTTATT--ATAAGTTAC----------C-----------TGCCATT---AACCTGTTAATGCG-AA----GCTGCACCACACATTC-A-TCAGCCATATTG-AAATAT---T-G---------------TA---TG----TATAAA---CTTATGA----AC-CAT-TTTACCAGGATATA--TGATAATATACCTG-CAGGTA--------------TT----T--TCATACCT----TAGGTTTAAACTATTTTATCAAACTATTTATTAATAAATATCTAAAATA---GGATATCATTGTTAATGCCA-----GCA-TTGTTTACAT-----TTTTGATATGCTTATTACACACC---ATCACATATATGTTTAAATGTT-TTGA----------------T-AT---------GT------ATG------------------------TG--TGCATAGTT----------AGTTAATTG------------------------------------------------------ATC--A--GATTAGA-------------------T--A-A-----ATAAATGAAGATT-----AAAGTCCTTGACTTTA--------T-T-A--ATATTGTCACCAACG-------CC--TAC-CCCCGGCATATCAAGTTGAGTTCACACCGGCGACc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                   CTCGAGCGTAACATCACTGCACGACACAATTTG-TCAGCAATATTG-AA-TAT---T-AAAGACGCTATAT--ATA---TG----TATGGA---ATTCTAA--TAAT-AAT-TTTGTCAGGAAATA--TTTAAATATACTTG-CAAGTAATTACA-CA-ATTATT----T--CCATACTTGTTATATGTTTGAATAAGTGTATCAAGCTATTTATTACTTAATA-CTTAAATA---GGATATTATTGTAAATGTCA-----GCA-TTGTTTATATTTA--TTTTGATATGCTCGTTACACACC---ATCACAAGTATATATAAATGTT-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN------NNNNNNNN---NNNNTATCAT-TG-ATTGAATGTAGTATT----------TGT--ATTAC---------AT------ACCGT--ACA--------T----------GT-----ATC--A--GATCAGAGTGAAT-GA----------T--A-ATATAAATAAATGAAGATTAGAAAAGAATCCTTGACTTTA----------T-AAGATATTGTCG-CCACG-------CC--TAC-CTCCGACATATCGGGTTGAGTTACCAac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGCGCCCAACGTTTTTCTTCATTCATCAGTTCATGGTATATACACATCAATATTGACTTCTATCACCGATAGACTCAACAGCAACAATAGCGCACGTTAATGATAGCTGTTTACTCGGGATATAATGACAATAGTGAACACAGGGCCCCAATCAACAATTATCCCATCACCCATCAACGATCACCAAATTCTGATCAACGACCACCCCATTACCCATAAACCGTCACCAATCATCCTCGTCCAGACATCAGGACCAGGGATCGTTCGTCGCTGAAACAAAAACAGATAAACTCTCAGATTATTTATATTGTGTTTAGTGTTATATAAACGGATTATTTGGGATTTAATATTACATAAATGGATTGTTTGTGATTTAATGTTTATTCAAACTTTACTTATTCAGATTGTG
Unaligned ( gi|11 ): ATCACTGATAACCCCATCAACCATCAACCGTCACCCATCATCATTGTCAAGACATCAGGACCAGGGATCGTTCGTCACTTGAACAAGAACTGATAAACTCTCTGATTATTAATATTTTGATTTAGTGTTACACAAACGGATTATTTGTGATTAAGTGTTTATTCAAACTTTAATTTAGATCGTG
Unaligned ( gi|14 ): CTCAACAACAACAATAGCGCATATAAATGATAGCTGTCTACCCAAGAGATTATAACAAATGGGATCAAAGGGGCAAAACAAGGATCTCCCATCAACTATCACCCTATTACTCATCAACGATCACCTATCAACGATCAC
Unaligned ( gi|15 ): GGCGCCCAACGTCTTCTAAAAATCTTCATTCATGGTATAAACACATCAAGATTGACTTATATCACCGATAGACTCAACAACAACAATAGCGCATATAAATGATAGCTG