lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111                                                 1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                               2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       888888888   1                     1   1   1    3333333333333333333333333333                    4444444              11      4444444444444444444444         11             7777777777777777777777          1     55                  4444444444        1    333     222         1          111    4444                222    1     1     33333333333333                                      111111111111       1   3333333                           1           1111   66666666       111                                       1     11         33333333    111                           3333333333333333   1                                   1    111                            7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    1111111     33333333333     11111                             1           11    222222    11        1   1    111            4444         22                       111    11       111         111111               1                      11            1   1    1111111       2222        11111     11    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                  1         1               11                      333                      22                        1       333333333333333                       22222              44444444444444444444                        2                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     6 6    6     6 6  888888888   5     66    6    2    3   3   3    3333333333333333333333333333           1     4  2222222    4         88 6    9999999999999999999999         00    3        8888888888888888888888      6   5     55   3      2       0000000000      6 5  4 555     111    2    1     4    333    3333                777 7  3 8   3 1   11111111111111      6    7   9              2       666666666666   9   7   2222222     2     4         0 0   5  2        7777   77777777   3   888           8                      6    5 6 0 00         66666666    999        8   0  6   6       1111111111111111   0  2              6                 0    444                        4   9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    8888888     11111111111     66666    1                   8    6           11    222222 3  11        5   7    888   88    1  4444  3   6  55 6  99             777 111    55 3   3 222   5     999999     1    6    0                      11   6      1 5   3    8888888       6666  3  5  55555     33    5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555             2    6     8   6     8888   6  44 3         4     8    000     3 7777       3   22  3       44   555    3 0 3   3 777777777777777     7      777  3   3 11111 3   44     3 66666666666666666666   3     99       2     6 3           0    5   0     5 5    6 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .    .     . .  .........   .     ..    .    .    .   .   .    ............................           .     .  .......    .         .. .    ......................         ..    .        ......................      .   .     ..   .      .       ..........      . .  . ...     ...    .    .     .    ...    ....                ... .  . .   . .   ..............      .    .   .              .       ............   .   .   .......     .     .         . .   .  .        ....   ........   .   ...           .                      .    . . . ..         ........    ...        .   .  .   .       ................   .  .              .                 .    ...                        .   ..........................................................    .......     ...........     .....    .                   .    .           ..    ...... .  ..        .   .    ...   ..    .  ....  .   .  .. .  ..             ... ...    .. .   . ...   .     ......     .    .    .                      ..   .      . .   .    .......       ....  .  .  .....     ..    ..............................................................................................................................................             .    .     .   .     ....   .  .. .         .     .    ...     . ....       .   ..  .       ..   ...    . . .   . ...............     .      ...  .   . ..... .   ..     . ....................   .     ..       .     . .           .    .   .     . .    . 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     0 0    0     0 0  000000000   0     55    0    5    3   3   3    3333333333333333333333333333           0     7  7777777    0         33 7    5555555555555555555555         00    0        0000000000000000000000      0   0     00   0      5       0000000000      0 0  0 000     000    5    5     0    000    3333                777 3  3 3   3 0   33333333333333      7    3   7              0       000000000000   0   0   5555555     5     0         8 2   0  8        0000   88888888   0   000           8                      0    0 0 2 00         22222222    888        8   2  0   0       0000000000000000   0  5              0                 6    000                        8   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    7777777     77777777777     77777    0                   0    2           99    000000 2  00        0   0    444   66    4  2222  2   7  77 7  22             777 777    77 2   2 000   0     222222     7    1    3                      00   0      0 5   5    0000000       5555  3  7  00000     66    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666             1    0     9   7     5555   0  22 7         3     5    999     6 7777       6   66  6       66   888    3 1 3   3 333333333333333     5      333  3   3 33333 3   66     3 88888888888888888888   6     00       7     1 9           2    1   9     0 0    0 
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGNNTTGCTAAAANGGTG-TTG-GGG-TAAAACTACCAACCCA--A----TTCATAT--GGAGAAACGGGCCGTATNAA-C-TTA-AAATGATAGATATT--ANATGTTTA---GACACTGATAGTAACTGTGTTGTTGCNGTGANATAAAATACNAAAANANGAATTNATA--AATATGTTGAAAAATGACAGTGANATGCACNCGGACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTNATTTGATACTTGTTATNTGGANTTGGANTCTACGATGTG--G-TTAGCACAAGGTGTCG-G-GATG-TAAAT-GCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCANTATTTNATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCTT--TA-TCTNCAAAA-TATCAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTNTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCGCAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGCAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGA---GTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAAC-----------------AATTTA-TAT-AGA--------AAAT-----AC--------TTTG----G--AAATA-----------TCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT--AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAAT-CTTTCGAACA-GTCGGA-AG-NT-TT-NAATAAATACTAATTCCA---TTTA-AATATTTTGTTAAACATATA------CAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG--TTTT-AT-T-T----A--T-TTTATTTAAA--TGAA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A----------AAA------C--AAC------TTAAATATGCTATNGTTT-AAAGT-CAAACTATAG---CTACCA-TTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATATC-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCA-ACT-GTA-TTTT----T---TC--ATACCATCTCAC--TAT-TGA-TAA-T-T-ATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGTAN-ACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTTTAACAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACAGTTAAGGTTTGCCAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAACTTATCAACTCAGGATTCTTTTATATATGGAGAAACGGGTCGTATTAA-T-TTCTAAATAATAGATATT--ACATATTTATCAAATACTGGTTGGAACAGTGTTGTTGTAGTGAAATAAAATA-ATAAACAAAAGTTTATACTAGTATGTTAAAACATGAC--TGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACATCGGACGTTA---AATACGTTTTATCTAGATTTGGATTCTATAATGTGATG-TTAGCACAAGGTGTCG-A-GATG-TTAAT-GTATTTCTTTC-ACTTTT-AAACAACGAATTAAAAATGTTTTTACTCAGGATTGGGAAACAGAGTTATGTATTTCAACAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACGCTCCGAGTTCA----AGCATTTCTA-TCTTCAATA-TATTAACATATTTAAATTCCGTATTGCCATGACAGAATTCAAACTTCCTTCGCATA--------AATTA--GAAGTTGACTGTGGTTGATAGCGCAAACACTTAAGCATACCGGTCC-ACGATAGGAAATGTAGATAATGCAATTTATTAGAATATGA---GTATCATTTTGTAATCGAATGTAAGAAC-----------------AATTTA-TAT-AAA--------AGAT-----AC--A-----TTTG----G--AAATA-----------TCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAAAAGCACATGTGATCCTGAGAAT--AGGA--AGTTGTCACTGTACATATAAAAAT-CTTTCGAACACGTCGGA-AGTAT-TT-GAATAAATACTAATTCCA---TTTA-GATATTTTATCAAATATATA------CAATCTACATAAATATCAACAAATGCAAGTTTATTATTCAGTTGTTTTCTCTAGATGCTCGTT--TC-TTATTTTA-G-TTCCT-TT-CAT-GTATG--TTTT-AT-T-T--G-A--T-TTTATTTAAA--TGAA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A----------AAA------C--AAC------TTAAATATGCTATAGTTTAAAAGT-CAATCTATAA---CTATCA-CTCATAATATTTTAAACATTTGC---ATATC-A----AACTGAA-CATCCCA-TATGTTT--ATT---ACCA-AGT-GTA-TATT----T---TT--ATACCGTCTCAC--CAT-TGA-T-A-T-T-ATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGTAA-ACATATTTATGGGCCCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATATAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGTATTGCTAAAAGGGTG-TTGTGGG-TAAA-------------------TTTATATATGGAGGAACTGGCCGTATCAA-C-TTT------ATAAATAAT--AGATAT------GACAC-----------GTGTTGTTGCTGTGAAATAAAATA-CAAAATATGA-TTTATA---ATATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACTTGGACAGGGTTAACTGGACATCGAAAGTTATTTGATACTTGTTATCTGGAATTGGAGTCTAAAATGTG-TGATCATTACCAGGTGTCG-GTGATG-TAAAT-ACATTTCTTTCTGTTTTT-AAACAAAGAATTCAAGATATTTTTACTCGGGATTGGGATACAGAGTTATATATTTCATCAAATCTTTAGAGCACTATTTTATAGGTCGGTCTCACTCTTCGAGTCAA----AGCCTT---A-TCTTCAAAAATATCAACAAATATAAATGCCGTATTGCCATAACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCGCAAATCCATCAGCGTACAGTTCT-ACGATAGGAAATACAGACAATGCAATTAATTAGAAGATGA---GTATTGTTTTGTAATCGAATGCAAAAAC-----------------
gi|19                         : tttcagtatcaatggaataatgataaaagtgaatattacaagtgtagaataaataatgaaagtataaatgctaaagttttatatgctaccatacgcagacgatattattctttttgtaaagtcaaaggataaattgcaaaaatcttaaaatattttagttaattatggtgatatgtggaggctaagcgtaaatacacaaaagacaaaagtgatgatatttagaaaaaggaggccaattgtaacgtaatgcatcatttcattttaaagaaagtactttgggaattgtcagcaagtttaaatatttagtcattctttttacatccggaggggcttataacgaacatcagaacatgctagctggacagtcccatcaagttatacttcaagatacctcattaaattaagcgatatatcaccaaagcattcattggagttatttgacaagctgatattacacattttgaactattgatctgaagtgtgggAAGGTTTGCTAAAATGGTGTTTG-GTG-TAAAACTATCAACTCA--ATACATTCATAT----AAAAACGtgtgcctgattgcaaattcaattttttatttacacttatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        G-TTG-GGGGTAAAATTACCAACCCACAA-------------GGAGAACCGGACCGTATAAA-CCTTACAAATGATAGATATTGTAAATGTTTA----ATACTGATAGTAACTGTGTTGTTGCAGTGACATAAAATACAAAAAAAAAAATTAA----AATATGTTGAAAAATGACAATGACATACACGCGAACAG----------ATGTCGAAAGTAA---AATACTTGTTATATAGACTTGGATTCTATGATGTGTAG-TTAGCACAAGGTGTCGGA-GATG-TAAAT-GTATT-------------------ACAAAT-AAAGAGGTTTTTATTCAAAATTGGGAGGC--------------CATCAA-------GAGCAATATTTAATAGATCAGTCGCACTATTCGAGTTCAGTCAAGCCTT---A-TCTTCAAAA-TATTAACATATCTAATGTCCGTGTTGCCATGACAAAATTAAGATTTTCTTCTCATACTTGTCGAAGTTGTGGAAGTTGACTGTGATCGATGGCACAAAACCGTAAGCGTACTGTTCCGAC-ATAGGAAATACAAACAATGTAATTTACTAGAAAATGA---GTATCATTTTGTAATCGACTGTAAAAAT------------------------------------------T-----GC--T-----TTTG----G--AAATA-----------TCCAA-----GTTATCTGAAATTTACGAATCTTA-TCAACAGCACATGTGTTTCTGAGATT--AGGA--AGTTGTCAGTGTTAATAAACAAAT-CTTTCGAAC--GT-GGA-AGGTT-TT-TAATAAATACTAATTCCA---TTTA-AATATTGTGTAAAACATATA------CAATCCACAAAGATAGCAACAAATGCAAGTTTATTAATTGATTATTTTCTCTCGATTCTTGTT--GC-TAATTTTG-G-TTTCT-AT-AAT-GCGTGTTTTTT-AT-T-T--T-A--TCTTTATGTAA-----AA-----A-AATGATTCTCTCCCA-AA-------G--------------------T---------A--------------A----------AAA------C--AAT------CGAAATATGCTATAGTTTTAAAGA-CAAACTATAG---CTA-CACCTCATAATATTTCATACACTTGC---ATATC-A----AACTGAA-CATTGCA-TATATTT--ATT---AC---AGTAGT--TTCC----T---TC--ATACCATCTCAC--TAT-TGA-TAA-C-T-ACG--TTATG-A-----T----A----TTTGAATT-ATGCAA-ACATATTCATGGG-TAATATTTGGTTTTAGGTGAATAAAAGA-T-TAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAGAAACGGGTCGTATTAACT-TTAAAAATAATAGTTATT--ACta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTCTACG-TGTG--G-TTAGCACAAGGTGTCG-G-G-TACTTGATTGCAATTCTTTC-ACTTTTTAAACAAAGAATTAGATATGATTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGAGCGCTCTCTCCGAGTTCA----AACCT---TA-TCAGCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTACCATGACAAAATTAAGACTATTTTCGCATA--------GATTG--GGAGTTAAGTGTTGTCGATGGCGAAGACA---AAA------AGACC-ACGATAGGAAATGTAGACAATATTATTTATTAGAAGACGA---GTATCATTTTGTAATCAAATGTAAAAAC-----------------TACATATTAT-GGACATTATGCAGACTTAAAACCAA-----TTTGTATTA--AAATACTTTTGTAAATTATAA-----GTTA-CTAAAATTTACGAAACTTAGCCAATAGCTTATGTGA---------------A--AGTTGTCAGTGTTCATA-AACGATGCTTCTGA--ACGTCAGA-AG-ATCTT-TAATAAATACTTATTCTA---TTTA-AATATT------------TA------CAATCTACATTAATACCAACAAACGCAAATTTATTATTTGGTTATTCTTTGTAGATTCTTG----TCAGTAATTTG-T-TTTCT-TT-TTTAATATG--TTTT--------------T-TTTAT----A--TAAA-----G-AAT-------------GGCTCTCTCA--------------------C---------ACAGT----------G----------AGA------CTTAACTTTCTGTTAAATATGCTATTATTT-AAAGT-CAAAGTATAA---CTGCCA-TTTATAATATTTCAAACACTTACT--ATATC-A----AACTGAA-CCTGGCATTATGTTT--ATT---ACCA-ACT-GTA-TTTT----TCC-TC--AAACCATCTCAC--TAT-TGA-TAA-T-T-ATG--GTATT-T-----T----G----T----A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggctcgtTTTCATTTAGAATTGGAAGGCAGA-TTGTTTATGTCATCAA-------GAGTAATCTTTAATAGGTCGGCAACAGTCTTCAAGTTCA----A
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CTTTGAGTTCA----AGC----CTAATATGCAAAA-GATCAATATATCAAAATTCCGTATTGCAATGACAAAATTAAGAATATCTTCGCATA--------AATTG--GAAATGGAGTGTAATCGGGGGCGCAAACCCGAAAGTGTACCATTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCACGTTATTAGAAGATGA---GTACCATTTTGTAATTGAATGTAAAAACTATGCAGACTTAAGATCAATTTA-CATTAAA--------AAGT-----AT--------TTTG----G--AAATA-----------TCCAA-----GTTACACGGAATTTACAAAACTTA-TTAACAGCACATGTGATTTTGAGATT--AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATATGTAAAG-CTTTTGAAC--GTCGTATGGT-T-TT-GAACAAATATTAATTTCA---TTTA-----TTTTATTAGACATATA------AAGTC------AGTAT--------GTAAGTCTATTATTTGGTTATTTTCTCT-GATTTTCGTT--TT-TTCT-------TTCTT-TT-CTT-TTATG--GGCT-AT-T------A--T-T---TTTAAA----AA-----A-AAT-------------AT-------A--------------------TCTCTCCTACA--------------ATGAGACTTTTAAA------T---AC------TAAAATACCCTTTTGTGC-AAAGTAAAAACTATAG---CTAACA-TCTATTATATTTCAAACGCTTGCT--TTATC-A----AA-TGAATCATTACA-TGTGTAT--ATA---ATCA-ACT-G---TGTT----TACATC--ATACCACCTCAC--TAT-TGA-CAA-T-T-ATG--TATTG-AACCC-T----G----T----ATT-ATGTTC-ACATATTCGTGGG-CCATATATGGCTTccctaatctgcaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTTCTAACATATAACATGTATCATATTGAAATTAAACGTAACTAC---------------------TA-TGC-AGA---------------------------CTTG----GGGAAATA-----------TCCAT-----GTTACCTGAAATTTACGAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaacgcaatcggtgttggTAAGATC-----------------AATTGA-TAT-AAA--------AAA------AC--AACACTTTTG----A--ACATA-----------TCCAACTTGAGTTACCTGAAATTTACAAAACCTA-TCAATAGCACATGTGATgttgtaagtgttcatagacaaagctttcgaatgttgaaaggtttagaataaatactaatgtatttaaatattttgttaaacatatacaatgtacattaatagcaacaaatgcaagtttgttatttggttattttctatcggtactcttggtattttgtgttttctttaatacgtgtttttattatgatgttttttttaaagaaatgatctctctcatggtaagaattaaaaaacactttaatatgttattgttttatagtcatactatagctaccctttataatattttaaacacttgctataccaaactgagcattgcgtttgtgtattaccaactgtatttttgttaatactatctcaccttggatatctatgttagaatatttgtattaatgtattcatattcatggaccatattaataaaagaaatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gact-----AC--T-----TTTG----G--AAATA-----------TCCAA-----GTTTCCTCAAATGTACGAAACTTA-CCAATAGCACACTTGATTCTGAGATC--AAGATTAGTTTTCAGTGTTCATCTGCAAAT-CTTAAGA--AGGTCGGG-AGGTT-TT-GAGTAAATACTAATGACA---TTGA-AATATTTTGTTTAACATATA------CCATCTACATAAAAAGCAACACATTTAGGTTTATCAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CATGTTA-CCTGA-AATTTACGA--AGTTGTAAGTGTTCATAGACAAAG-CTTTCGAAT--GTTGAA-AG-GT-TTAGAATAAATACTAATGT-A---TTTA-AATATTTTGTTAAACATATA------CAATGTACATTAATAGCAACAAATGCAAGTTTGTTATTTGGTTATTTTCTATCGGTACTC--T--TG-GTATTTTGTGTTTTCT-TT-AAT-ACGTGT-TTTT-AT-TAT--G-ATGT-TTTTTTTAAA---GAA-----ATGATCTCTCTCATGGTAAG-------AAT------------------T---------A--------------A----------AAA------A--CAC------TTTAATATGTTATTGTTTTATAGT-CATACTATAG---CTACCC-TTTATAATATTTTAAACACTTGCT--ATACC-A----AACTGAG-CATTGCG-TTTGTGT--ATT---ACCA-ACT-GTA-TTTT----TG--TTA-ATACTATCTCAC--CTT-GGA-T-A-TCT-ATG--TTA-G-AATATTT----G----T----ATTAATGTAT-TCATATTCATGGA-CCATATT--------AATAAAAGAAATA-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatgtatcatattgaaattaaacgtaactactatgcagacttggggaaatatcA-AATAT-TT-C--TAAATGTTA----CAAAGTTTATGA-ATTTTA-CAAATATATAAACATACAATCTCCTTGAATAGCAACAAATGCATGTTGATTATTGGATAATTTTCTTTCGATTCTAGTTGGTA-TTTTTTT----TTTCTGTTGTGT-GTGTG--TGTT-ATAA-T--GTA--T-TTT-TTTAAA--T-AA-----A-TAT-------------TG-------A--------------------C---------ATCTCCCACAGTGAGA----------CAA------T--AAG------TTAAAAATGCTATAGTTTTACAGT-C-ATATATAG---CTACTA-----------TTTGAAC-TTTGA---ATA--------------------------TGTTTTGATT---ATCA-ACT-GTA-T-TTGTCAT---TT--ATGC-----CAT--TAT-TGA-TAA-T-C-ATG--TTAAG-ATATT-T----G----C----ATT-GTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aCATGAATAGCAACAAATGCAATATTATTATTTAGTTACTTCCTCTTGATTCTCGGT--GC-TTATTTTA-G-TTTTT-AT-TAT-GCATA--TTTTTAG-T-TCAA-A--T-TTTATTTAAA--TAAA-----G-AAT-------------GG-------AGCGCTCCCATAGTTGGACTTT---------A--------------A----------AAAACATAAT--AAC------TTAAATATGCTTTAATTCAAAAGTACAA---AAAAAACCTATGA-CTTATGATATTTCAAACACTACC---ATATC-A----AACTGAA-TATTGCA-TACGTTT--ATT---ACCA-ACT-GTATTATT----TG--TC--ATACCATCTCAC--TAG-TGA-TAA-T-T-ATG--TTATG-ATATT-T----G----T----ATT-ACGTAA-ACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAAT-AAATA-TA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tacCT-TT-TATTGTGTG--TTTT--------------T-TTTATTAAAAAATGGACCCCCA-CAG-------------AG-------ACACTT---------------T---------A--------------A----------AAA------C--AAC------TTAAATATA-TATAG-------AT-CAAACTA-AA---GCGTCAATTTTTAGTAGTTCAAACACTTGCTTTATATTTATTGTAACTGAA-CAATGTA-TATATTT--GTG---AGCA-ACT-TTA-TTTT----T---CTTCATACCATCTCAC--AAT-TGA-T-----T-ATG--TTATG-A-----TATTTG----C----ATT-ATTTAA-ACATGTTCATGGG-CCATACTTAGCGTAAAATAAAAAAAAGA-T-TATc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtgTTTAAAA-T-CACACTATAG---CTGTCA-TTTATAATAGTTAAAACTGTTGCT--ATATC-A----ATCTGAA-TATTACA-TATG-------T---ATCA-ACT-GTA-TTTTGC--T---TC--ATACCATCTCATTACATGTAA-C-A-----ATT--TTATG-A-----T----AGTTTT----ATT-GTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtAAAGT-CAAACTATAG---CTACCA-TTCATAATATTTCAAACA----C---ATATC-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCA-ACT-GTA-TTTTTC--T---TC--ATACCATCTTAC--TAT-TGA-TAA-T-T-ATG--TTATG-ATATT-T----G----T----ATT-ATGTAC-ACATATTCATCGG-CCATATTTGGCTTACAAT-AATAAAAGAGTATAT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttATAG---CTACCG-TTTATAAAATTTCAAAAACTTGCC--ATATC-A----AACTAAA-CATTGGA-TATGTTG--ATA---ATCACAG--ATG-TGTT----T---TT---------CTCAC--TAT-TGA-T-AAC-T-ATG--TTATG-A-----TATCTG----T----AAT-ATGCAC-ACATATTTATGGGCC-ATATTTGGTTTAAAATAAATAAAATA-TATtcacgaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AATATTTCAAACACTTGTTATATATC-A----AACATAA-CATTGTA-CTTAGTT--ATCGTAACCA-ACT-GCA-CTTT----T---CTTCATACCATCTCAG--TAT-TGA-T-A-T-TTATG--TTATATC-----T----G----T----GTT-ATGTAC-GCATATTCATGTGCC-ATATTTGGCTTAATATAAATAAAATA-TAgaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttacatatgctttaaattggacacaagaaaattgaatataataagTTT--ATT-----CA-AAT-GCA-T-TTCTG-T---TC--ATACCATTTCTC--CAT-TGATT-A-T-T-ATGCATTATT-GTT---T----G----T----ATT-ATGTAACACAT-TTTCTTGGACCATAATTGATTTCAACC--ATGAAATT-TATCTACg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TAAGAAAAAACATGAGTACAGTAGACAATGTTTTTTATCCTTAATGGAGTTATTTTACATAGTCTCAAACAGAGAGAAAAGTTATAGTGTGCTTTTGTGGATTTTTATAAAAAAAGAAGCTTTTGATTTTGTGGTGAGAGTCTTTATGTGGTGGTATAAATTGTTGTATTTGTTCAGAGGTAAACTTTCAAATGTGATTAAATCGATGTATATGTGCATTAAGTCAAAAGTAAAATATAGGAATACGTTAAGTGAAGATTTTTCATGTATGTTGGGGTGAGGCAAGGAGAGTGTTTATCACCTTTTTTAGTTAGTTAATATTTGAATGATATAGAGGAGAAATTAACTAACAATGGAAAAGACGATAGTAACATAGGAATGCTAAAATTGTGTATGCTACAATACGCAGACGATATCATTATCTTTGCAAAGTTGAAAAATGATTTGCATTTTTTAAAAATATTTTAGTTAATTATTATGGTTTGTGGAGGTCAACCGTAAATATGCAAATGACAATAAATATGATGTTAAGAATAGGAGGCAACTTACCATGCAATAATAATTAATTTTAAAGAAATTACTTTGAAAATTGTCATCAAGTTTAAATATTTAGGCTTTCTCTTTATATCCGGAAGGGCTTATAACGAACATTAGAAAATGCTAGCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         4444    2                         1   1   1                77777777777777                         1  5555             5555555555555555    22222222222                         1         1    222222                11                                         3333                                  44                  2 1                   111    1                                                             2222222                                       1111      222                                                                   22222222     11                       1111                                                                                           11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1111        22222222222     11111                                                                                          333                                                                                                                          11111       1111        11            222222222222222            11111  11111     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1                                                  111                                                               33333                                      4444444444                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         2222    0   3     22         1    0   0   0    55  44   4  55555555555555 3 3                 1   0  0000    2        2222222222222222 0  55555555555          1    1         4   88 11 2  1 888888                11   1      1  0    6           0        1 8888           1 0  1     1    555    11                  0 0    1        3     444    0       2       0                         9  5  1 4   5       6666666     1     1                           4444 1  1 999    1     8                                             1          99999999     11                       7777    8  44   3    3 0   8                                                                   44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    2222 5  5   77777777777     44444                        6        1       55        6 1  99                 1     3        333   6   6  77 6  77               1   3       3   0              0    2                                         6        4 00000  1    7777     5  00  5 2 0 5   444444444444444   0 6      55555  22222 5   2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             1 3   4   4  8              1                        000    44 3 7777       3       3       44   555 2    555      3 6 77777                 3    0      44     3 2222222222 6666 6666   3    3 1             4                  3         4 3      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ....    .   .     ..         .    .   .   .    ..  ..   .  .............. . .                 .   .  ....    .        ................ .  ...........          .    .         .   .. .. .  . ......                ..   .      .  .    .           .        . ....           . .  .     .    ...    ..                  . .    .        .     ...    .       .       .                         .  .  . .   .       .......     .     .                           .... .  . ...    .     .                                             .          ........     ..                       ....    .  ..   .    . .   .                                                                   ...........................................................    .... .  .   ...........     .....                        .        .       ..        . .  ..                 .     .        ...   .   .  .. .  ..               .   .       .   .              .    .                                         .        . .....  .    ....     .  ..  . . . .   ...............   . .      .....  ..... .   .................................................................................................             . .   .   .  .              .                        ...    .. . ....       .       .       ..   ... .    ...      . . .....                 .    .      ..     . .......... .... ....   .    . .             .                  .         . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         5555    0   0     00         0    0   0   0    55  55   2  22222222222222 2 2                 0   0  8888    0        7777777777777777 7  77777777777          0    0         0   33 77 3  0 000000                00   0      0  7    7           7        0 3333           0 7  0     0    555    22                  0 0    2        2     555    0       5       2                         6  0  4 0   0       0000000     0     0                           2222 0  7 000    0     0                                             0          00000000     00                       0000    2  22   2    2 6   0                                                                   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1111 7  7   11111111111     33333                        7        7       88        7 0  22                 0     0        888   7   7  77 7  77               0   2       2   3              1    8                                         6        9 99999  7    4444     0  55  0 2 1 0   222222222222222   4 6      44444  55555 0   9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999             0 3   0   0  0              4                        222    66 3 1111       3       3       22   444 6    444      1 2 99999                 1    5      22     1 2222222222 5555 5555   3    6 0             0                  6         4 2      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAAC-TTT-ATAAATAATAGATATT--A-ATGTTTA---GATACTGGT-G-AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATAC-AAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTNGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCTT---ATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT----------TTACG-TAAA---AAA----TAC---TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGAAC--GTC-GGA-GG-NT-TTG-AATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
Reference ( family-4748 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGNNTTGCTAAAANGGTG-TTG-GGG-TAAAACTACCAACCCA----ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATNAAC-TT--A-AAATGATAGATATT--ANATGTTTA---GACACTGATAGTAACTGTGTTGTTGCNGTGANATAAAATACNAAAANANGAATTNATA--AATATGTTGAAAAATGACAGTGANATGCACNCGGACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTNATTTGATACTTGTTATNTGGANTTGGANTCTACGATGTG--GTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCANTATTTNATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCTTT--ATCTNCAAAA-TATCAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTNTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGCAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT----------TTATA-TAGA---AAA----TAC---TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAATCTTTCGAACA-GTC-GGA-AG-NT-TTN-AATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATNG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ANACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTTAACAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACAGTTAAGGTTTGCCAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAACTTATCAACTCAGG--ATTCTTTTATATATGGAGAAACGGGTCGTATTAAT-TT--CTAAATAATAGATATT--ACATATTTATCAAATACTGGTTGGAACAGTGTTGTTGTAGTGAAATAAAATAATAAA-CAAAAGTTTATACTAGTATGTTAAAACATGAC--TGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACATCGGACGTTA---AATACGTTTTATCTAGATTTGGATTCTATAATGTGATGTTAGCACAAGGTGTCGA-G-ATGTTAATGTATTTCTTTC-ACTTTT-AAACAACGAATTAAAAATGTTTTTACTCAGGATTGGGAAACAGAGTTATGTATTTCAACAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACGCTCCGAGTTCA----AGCATTTCTATCTTCAATA-TATTAACATATTTAAATTCCGTATTGCCATGACAGAATTCAAACTTCCTTCGCATA--------AATTA--GAAGTTGACTGTGGTTGATAGCG----CAAACACTTAAGCATACCGGTCC-ACGATAGGAAATGTAGATAATGCAATTTATTAGAATATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAGAA-----------------C-A-AT----------TTATA-TAAA---AGA----TACA--TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAAAAGCACATGTGATCCTGAGAAT-AGGA--AGTTGTCACTGTACATATAAAAATCTTTCGAACACGTC-GGA-AGTAT-TTG-AATAAATACTAATTCCATTTAGATATTTTATCAAATATATACAATCTACATAAATATCAACAAATGCAAGTTTATTATTCAGTTGTTTTCTCTAGATGCTCGTT--TC-TTATTTTA-G-TTCCT-TT-CAT-GTATG-TTTT-AT--T----TG--ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTTAAAA-GT-CAATCTATAACTATCACTCATAATATTTTAAACATTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATCCCA-TATGTTT--ATT---ACCAAG---TGTATA-T-T--T--TTATACCGTCTCACCAT-TGAT-ATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-AAACATATTTATGGGCCCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CT-TT-TATTGTGTG-TTTT-TT--T----T---ATTAAA---AAATG---GACCCCCA-CAG-------------AG-------ACACTT---------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATA-TATAG---------AT-CAAACTAAAGCGTCAATTTTTAGTAGTTCAAACACTTGCTTTATAT--TTATTGTAACTGAA-CAATGTA-TATATTT--GTG---AGCAAC---TTTATT-T-T--TCTTCATACCATCTCACAAT-TGAT---TATG--TTATG-A-----TATTTG----C----ATT-ATTT-AAACATGTTCATGGG-CCATACTTAGCGTAAAATAAAAAAAAGA-T-TATc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgAATATTTCAAACACTTGTT--ATATATC-A----AACATAA-CATTGTA-CTTAGTT--ATCGTAACCAAC---TGCACT-T-T--TCTTCATACCATCTCAGTAT-TGATATTTATG--TTATATC-----T----G----T----GTT-ATGT-ACGCATATTCATGTG-CCATATTTGGCTTAATATAAATAAAATA-TA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacatatgctttaaattggacacaagaaaattgaatataataag---TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTTCCTCAAATGTACGAAACTTA-CCAATAGCACACTTGATTCTGAGATC-AAGATTAGTTTTCAGTGTTCATCTGCAAATCTTAAGAA-G-GTCGGGA-GG-TT-TTG-AGTAAATACTAATGACATTGAAATATTTTGTTTAACATATACCATCTACATAAAAAGCAACACATTTAGGTTTATCATg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTCATAATATTTCAAACAC-------ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTCT--TCATACCATCTTACTAT-TGATAATTATG--TTATG-ATATT-T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATCGG-CCATATTTGGCTTACAAT-AATAAAAGAGTATATTCA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cATAGCTACCGTTTATAAAATTTCAAAAACTTGCC--ATAT--C-A----AACTAAA-CATTGGA-TATGTTG--ATA---ATC-ACAGATGTGTT-T-T-------------TCTCACTAT-TGATAACTATG--TTATG-ATATC-T----G----T----AAT-ATGC-ACACATATTTATGGG-CCATATTTGGTTTAAAATAAATAAAATA-TAcgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTT-AAA-AT-CACACTATAGCTGTCATTTATAATAGTTAAAACTGTTGCT--ATAT--C-A----ATCTGAA-TATTACA-TATG-------T---ATCAAC---TGTATT-T-TGCT--TCATACCATCTCATTACATG-TAACAATT--TTATG-A-----T----AGTTTT----ATT-GTGT-Agaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgtTTT--ATT-----CAAA---TGCATT-T-C--TGTTCATACCATTTCTCCAT-TGATTATTATGCATTATT-GTT---T----G----T----ATT-ATGTAACACATTTTCTTGGA-CCATAATTGATTTCAACC--ATGAAATT-TATCTACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAGAT-----------------C-A-AT----------TGATA-TAAA---AAAACAACAC---TTTT----G-AACATA-----------TCCAACTTGAGTTACCTGAAATTTACAAAACCTA-TCAATAGCACATGTGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gactTTTCATTTAGAATTGGAAGGCAGA-TTGTTTATGTCATCAA-------GAGTAATCTTTAATAGGTCGGCAACAGTCTTCAAGTTCA----A-CCCTA--ATCTGCAAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTTTGCTAAAATGGTGTTTG-GTG-TAAAACTATCAACTCAATACATTC------ATAT--AAAAACG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGTATTGCTAAAAGGGTG-TTGTGGG-TAAATTTAT---------------------ATATGGAGGAACTGGCCGTATCAAC-TTT-ATAAATAATAGATAT---------------GACAC-----------GTGTTGTTGCTGTGAAATAAAATAC-AAAATATGA-TTTATA--A-TATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACTTGGACAGGGTTAACTGGACATCGAAAGTTATTTGATACTTGTTATCTGGAATTGGAGTCTAAAATGTGTGATCATTACCAGGTGTCGGTG-ATGTAAATACATTTCTTTCTGTTTTT-AAACAAAGAATTCAAGATATTTTTACTCGGGATTGGGATACAGAGTTATATATTTCATCAAATCTTTAGAGCACTATTTTATAGGTCGGTCTCACTCTTCGAGTCAA----AGCCTT---ATCTTCAAAAATATCAACAAATATAAATGCCGTATTGCCATAACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAATCCATCAGCGTACAGTTCT-ACGATAGGAAATACAGACAATGCAATTAATTAGAAGATGAGTATTGTTTTGTAATCGAATGCAAAAA-----------------C-
gi|20                         : tttcagtatcaatggaataatgataaaagtgaatattacaagtgtagaataaataatgaaagtataaatgctaaagttttatatgctaccatacgcagacgatattattctttttgtaaagtcaaaggataaattgcaaaaatcttaaaatattttagttaattatggtgatatgtggaggctaagcgtaaatacacaaaagacaaaagtgatgatatttagaaaaaggaggccaattgtaacgtaatgcatcatttcattttaaagaaagtactttgggaattgtcagcaagtttaaatatttagtcattctttttacatccggaggggcttataacgaacatcagaacatgctagctggacagtcccatcaagttatacttcaagatacctcattaaattaagcgatatatcaccaaagcattcattggagttatttgacaagctgatattacacattttgaactattgatctgaagtgtgggGGAGAAACGGGTCGTATTAAC-TTTAA-AAATAATAGTTATT--Atgtgcctgattgcaaattcaattttttatttacacttatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTG-GGGGTAAAATTACCAACCCA-------C------A-A-GGAGAACCGGACCGTATAAACCTT--ACAAATGATAGATATTGTAAATGTTTA----ATACTGATAGTAACTGTGTTGTTGCAGTGACATAAAATACAAAAAAAAAAATTAA----AATATGTTGAAAAATGACAATGACATACACGCGAACAG----------ATGTCGAAAGTAA---AATACTTGTTATATAGACTTGGATTCTATGATGTGTAGTTAGCACAAGGTGTCGGAG-ATGTAAATGTATT----------------ACAAA----TAAAGAGGTTTTTATTCAAAATTGGGAGGC--------------CATCAA-------GAGCAATATTTAATAGATCAGTCGCACTATTCGAGTTCAGTCAAGCCTT---ATCTTCAAAA-TATTAACATATCTAATGTCCGTGTTGCCATGACAAAATTAAGATTTTCTTCTCATACTTGTCGAAGTTGTGGAAGTTGACTGTGATCGATGGCA----CAAAACCGTAAGCGTACTGTTCCGAC-ATAGGAAATACAAACAATGTAATTTACTAGAAAATGAGTATCATTTTGTAATCGACTGTAAAAA---------------------------------TTGC------------------T---TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTATCTGAAATTTACGAATCTTA-TCAACAGCACATGTGTTTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTAATAAACAAATCTTTCGAAC--GTG-GAA-GG-TT-TTT-AATAAATACTAATTCCATTTAAATATTGTGTAAAACATATACAATCCACAAAGATAGCAACAAATGCAAGTTTATTAATTGATTATTTTCTCTCGATTCTTGTT--GC-TAATTTTG-G-TTTCT-AT-AAT-GCGTG-TTT---T--T----T---ATTTTATCTTTATGTAAAA-----A-AATGATTCTCTCCCA-AA-------G--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AT------CGAAATATGCTATAGTTTT-AAA-GA-CAAACTATAGCTACACCTCATAATATTTCATACACTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATATTT--ATT---A-CA------GTAGT-T-TCCT--TCATACCATCTCACTAT-TGATAACTACG--TTATG-A-----T----A----TTTGAATT-ATGC-AAACATATTCATGGG-TAATATTTGGTTTTAGGTGAATAAAAGA-T-TATc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGCTCGTACTCTACG-TGTG--GTTAGCACAAGGTGTCGG-GTACTTGATTGCAATTCTTTC-ACTTTTTAAACAAAGAATTAGATATGATTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGAGCGCTCTCTCCGAGTTCA----AACC-TT--ATCAGCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTACCATGACAAAATTAAGACTATTTTCGCATA--------GATTG--GGAGTTAAGTGTTGTCGATGGCGAAGACAAA-----AAG---A-----CC-ACGATAGGAAATGTAGACAATATTATTTATTAGAAGACGAGTATCATTTTGTAATCAAATGTAAAAA-----------------CTACATATTATGGACATTATG-CAGACTTAAA-----ACCAATTTGTATTA-AA-ATACTTTTGTAAATTATAA-----GTTA-CTAAAATTTACGAAACTTAGCCAATAGCTTATGTGA--------------A--AGTTGTCAGTGTTCATAAACGATGCTTCTGAAC--GTC-AGA-AG-ATCTTT-AATAAATACTTATTCTATTTAAATATT------------TACAATCTACATTAATACCAACAAACGCAAATTTATTATTTGGTTATTCTTTGTAGATTCTTG----TCAGTAATTTG-T-TTTCT-TT-----------TTTA-AT--A----T---GTTTTTTTTATATA---AA-----G-AAT-------------GGCTCTCTCA--------------------C---------ACAGT----------G--AGA------CTT--A---ACTTTCTGTTAAATATGCTATTA-TTT-AAA-GT-CAAAGTATAACTGCCATTTATAATATTTCAAACACTTACT--ATAT--C-A----AACTGAA-CCTGGCATTATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--TCCTCAAACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--GTATT-T-----T----G----T----Ata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTTGAGTTCA----AGCCTA---ATATGCAAAA-GATCAATATATCAAAATTCCGTATTGCAATGACAAAATTAAGAATATCTTCGCATA--------AATTG--GAAATGGAGTGTAATCGGGGGCG----CAAACCCGAAAGTGTACCATTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCACGTTATTAGAAGATGAGTACCATTTTGTAATTGAATGTAAAAACTATGCAGACTTAAGATC-A-AT----------TTACATTAAA---AAG----TAT---TTTG----G-AA-ATA-----------TCCAA-----GTTACACGGAATTTACAAAACTTA-TTAACAGCACATGTGATTTTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATATGTAAAGCTTTTGAAC--GTC-GTATGG-TT-TTG-AACAAATATTAATTTCATT----TATTTTATTAGACATATAAAGTC---------AGT-----ATGTAAGTCTATTATTTGGTTATTTTCTCT-GATTTTCGTT--TT-TT-CTTTC-T-TTTCT-TT-TAT-GGG-----CT-A---T----T---ATT---TTTAAA-----AA-----A-AAT-------------AT-------A--------------------TCTCTCCTACA--------------ATGAGA------CTTTTAAATAC------TAAAATACCCTTTTG-TGC-AAA-GTAAAAACTATAGCTAACATCTATTATATTTCAAACGCTTGCT--TTAT--C-A----AA-TGAATCATTACA-TGTGTAT--ATA---ATCAAC---TGTGTT-TAC--A--TCATACCACCTCACTAT-TGACAATTATG--TATTG-AACCC-T----G----T----ATT-ATGT-TCACATATTCGTGGG-CCATATATGGCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTATCATATTGAAATTAAACGTAACTA-----------------C----------------TATG-CAGA------------C---TTGG----GGAA-ATA-----------TCCAT-----GTTACCTGAAATTTACGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatAATATC-CATGTTAC-CTGAAATTTACGA--AGTTGTAAGTGTTCATAGACAAAGCTTTCGAAT--GTT-GAA-AG-GT-TTAGAATAAATACTAATGT-ATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATGTACATTAATAGCAACAAATGCAAGTTTGTTATTTGGTTATTTTCTATCGGTACTC--T--TG-GTATTTTGTGTTTTCT-TT-AAT-ACGTGTTTTT-AT--TATGAT---GTTTTTTTTAAA-G---AA-----ATGATCTCTCTCATGGTAAG-------AAT------------------T---------A--------------A--AAA------A----C---AC------TTTAATATGTTATTGTTTT-ATA-GT-CATACTATAGCTACCCTTTATAATATTTTAAACACTTGCT--ATAC--C-A----AACTGAG-CATTGCG-TTTGTGT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTGT--TAATACTATCTCACCTT-GGATATCTATG--TTA-G-AATATTT----G----T----ATTAATGT-ATTCATATTCATGGA-CCATATT--------AATAAAAGAAATA-Tgttgtaagtgttcatagacaaagctttcgaatgttgaaaggtttagaataaatactaatgtatttaaatattttgttaaacatatacaatgtacattaatagcaacaaatgcaagtttgttatttggttattttctatcggtactcttggtattttgtgttttctttaatacgtgtttttattatgatgttttttttaaagaaatgatctctctcatggtaagaattaaaaaacactttaatatgttattgttttatagtcatactatagctaccctttataatattttaaacacttgctataccaaactgagcattgcgtttgtgtattaccaactgtatttttgttaatactatctcaccttggatatctatgttagaatatttgtattaatgtattcatattcatggaccatattaataaaagaaatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatgtatcatattgaaattaaacgtaactactatgcagacttggggaCATGAATAGCAACAAATGCAATATTATTATTTAGTTACTTCCTCTTGATTCTCGGT--GC-TTATTTTA-G-TTTTT-AT-TAT-GCATA-TTTTTAG--T----TCAAATTTTATTTAAATA---AA-----G-AAT-------------GG-------AGCGCTCCCATAGTTGGACTTT---------A--------------A--AAAACATAAT----A---AC------TTAAATATGCTTTAA-TTC-AAAAGTACAAAAAAAACCTATGACTTATGATATTTCAAACACT-ACC--ATAT--C-A----AACTGAA-TATTGCA-TACGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTAT-T--TG-TCATACCATCTCACTAG-TGATAATTATG--TTATG-A-----TATTTG----T----ATT-ACGT-AAACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAAT-AAATA-TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tacTAAACATA--CAATCTCCTTGAATAGCAACAAATGCATGTTGATTATTGGATAATTTTCTTTCGATTCTAGTTGGTA-TTTTTTT----TTTCTGTTGTGT-GTGTG-TGTT-ATAATG---T---ATTTT-TTTAAAT----AA-----A-TAT-------------TG-------A--------------------C---------ATCTCCCACAGTGAGA--CAA------T----A---AG------TTAAAAATGCTATAGTTTT-ACA-GT-CATA-TATAGCTAC---------TATTTGA---ACTT---------------------TGAA-TA--------TGTTTTGATT---ATCAAC---TGTATT-TGTCAT--TTATGCCAT-----TAT-TGATAATCATG--TTAAG-ATATT-T----G----C----ATT-GTGc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TAAGAAAAAACATGAGTACAGTAGACAATGTTTTTTATCCTTAATGGAGTTATTTTACATAGTCTCAAACAGAGAGAAAAGTTATAGTGTGCTTTTGTGGATTTTTATAAAAAAAGAAGCTTTTGATTTTGTGGTGAGAGTCTTTATGTGGTGGTATAAATTGTTGTATTTGTTCAGAGGTAAACTTTCAAATGTGATTAAATCGATGTATATGTGCATTAAGTCAAAAGTAAAATATAGGAATACGTTAAGTGAAGATTTTTCATGTATGTTGGGGTGAGGCAAGGAGAGTGTTTATCACCTTTTTTAGTTAGTTAATATTTGAATGATATAGAGGAGAAATTAACTAACAATGGAAAAGACGATAGTAACATAGGAATGCTAAAATTGTGTATGCTACAATACGCAGACGATATCATTATCTTTGCAAAGTTGAAAAATGATTTGCATTTTTTAAAAATATTTTAGTTAATTATTATGGTTTGTGGAGGTCAACCGTAAATATGCAAATGACAATAAATATGATGTTAAGAATAGGAGGCAACTTACCATGCAATAATAATTAATTTTAAAGAAATTACTTTGAAAATTGTCATCAAGTTTAAATATTTAGGCTTTCTCTTTATATCCGGAAGGGCTTATAACGAACATTAGAAAATGCTAGCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         2222    1                         1   1   1                77777777777777                                           0000000000000000000000000000000000                                  1      2222                11                                         222                                                       2 1                   111    1                                                             2222222                                       1111     111                                                                    22222222     11                       1111                                                                                           4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                  11111                                                                                                                                                                                                                       11111       1111        11            222222222222222            11111  11111     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1                                                  111                                                               33333                                      4444444444                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         4444    5   1                     0   0   0    1    2   0  44444444444444 3 3                 1  2    1             0000000000000000000000000000000000                             1    2    7 1111                11                  6           0          333                 0     0    555     1                  0 0    1        3     444    0       2       0                         3  5  1 4   3       6666666           1                           4444     111     1     8                                             1          99999999     11                       7777    8  44   3    3 0   8                                                                   6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5    5  5        44444                        6        1       55        6 1  99                 1     1       99       6 6  77 6  6                1   3       3   0              0    2                                         6        4 00000  1    7777     5  00  5 2 0 5   444444444444444   0 6      55555  22222 5   2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             0 3   4   4  8              1                        000    44 3 7777       3       3       44   555 2    555      3 6 44444                 3    0      44     3 2222222222 6666 6666   3    3 1             4                  3         4 3      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ....    .   .                     .   .   .    .    .   .  .............. . .                 .  .    .             ..................................                             .    .    . ....                ..                  .           .          ...                 .     .    ...     .                  . .    .        .     ...    .       .       .                         .  .  . .   .       .......           .                           ....     ...     .     .                                             .          ........     ..                       ....    .  ..   .    . .   .                                                                   ......................................................................... .    .  .        .....                        .        .       ..        . .  ..                 .     .       ..       . .  .. .  .                .   .       .   .              .    .                                         .        . .....  .    ....     .  ..  . . . .   ...............   . .      .....  ..... .   .................................................................................................             . .   .   .  .              .                        ...    .. . ....       .       .       ..   ... .    ...      . . .....                 .    .      ..     . .......... .... ....   .    . .             .                  .         . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         0000    5   0                     0   0   0    0    5   8  22222222222222 2 2                 2  5    2             4444444444444444444444444444444444                             0    0    3 3333                00                  7           7          333                 2     8    555     0                  0 0    2        2     555    0       5       2                         8  0  4 0   8       0000000           4                           2222     777     0     0                                             4          00000000     00                       0000    2  22   2    2 6   0                                                                   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7    7  7        33333                        7        7       88        7 0  22                 0     0       22       7 7  77 7  7                0   2       2   3              1    8                                         6        9 99999  7    4444     0  55  0 2 1 0   222222222222222   4 6      44444  55555 0   9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999             8 3   0   0  0              4                        222    66 3 1111       3       3       22   444 6    444      1 2 22222                 1    5      22     1 2222222222 5555 5555   3    6 6             0                  6         4 2      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GG-NT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
Reference ( family-4748 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTNGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GG-NT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTTAACAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACAGTTAAGGTTTGCCAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAACTTATCAACTCAGG--ATTCTTTTATATATGGAGAAACGGGTCGTATTAA-TTTCTAAATAATAGATATT---ACATATTTATCAAATACTGGTTGG--AACAGTGTTGTTGTAGTGAAATAAAATAATAAACAAAAGTTTATACTAGTATGTTAAAACATGAC--TGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACATCGGACGTTA---AATACGTTTTATCTAGATTTGGATTCTATAATGTGATGTTAGCACAAGGTGTCGA-G-ATGTTAATGTATTTCTTTC-ACTTTT-AAACAACGAATTAAAAATGTTTTTACTCAGGATTGGGAAACAGAGTTATGTATTTCAACAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACGCTCCGAGTTCA----AGCATTTCTATCTTCAATA-TATTAACATATTTAAATTCCGTATTGCCATGACAGAATTCAAACTTCCTTCGCATA--------AATTA--GAAGTTGACTGTGGTTGATAGCG----CAAACACTTAAGCATACCGGTCC-ACGATAGGAAATGTAGATAATGCAATTTATTAGAATATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAGAA-----------------C-A-AT-TTATA---------------TAAAA--GA----T------------ACAT-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAAAAGCACATGTGATCCTGAGAAT-AGGA--AGTTGTCACTGTACATATAAAAATCTTTCGAACACGTCGG-A-AGTAT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAGATATTTTATCAAATATATACAATCTACATAAATATCAACAAATGCAAGTTTATTATTCAGTTGTTTTCTCTAGATGCTCGTT--TC-TTATTTTA-G-TTCCT-TT-CAT-GTATG-TTTT-AT--T----TG--ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTTAAAA-GT-CAATCTATAACTATCACTCATAATATTTTAAACATTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATCCCA-TATGTTT--ATT---ACCAAG---TGTATA-T-T--T--TTATACCGTCTCACCAT-TGAT-ATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-AAACATATTTATGGGCCCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CT-TT-TATTGTGTG-TTTT-TT--T----T---ATTAAA---AAATG---GACCCCCA-CAG-------------AG-------ACACTT---------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATA-TATAG---------AT-CAAACTAAAGCGTCAATTTTTAGTAGTTCAAACACTTGCTTTATAT--TTATTGTAACTGAA-CAATGTA-TATATTT--GTG---AGCAAC---TTTATT-T-T--TCTTCATACCATCTCACAAT-TGAT---TATG--TTATG-A-----TATTTG----C----ATT-ATTT-AAACATGTTCATGGG-CCATACTTAGCGTAAAATAAAAAAAAGA-T-TATc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgAATATTTCAAACACTTGTT--ATATATC-A----AACATAA-CATTGTA-CTTAGTT--ATCGTAACCAAC---TGCACT-T-T--TCTTCATACCATCTCAGTAT-TGATATTTATG--TTATATC-----T----G----T----GTT-ATGT-ACGCATATTCATGTG-CCATATTTGGCTTAATATAAATAAAATA-TA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacatatgctttaaattggacacaagaaaattgaatataataag-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTTCCTCAAATGTACGAAACTTA-CCAATAGCACACTTGATTCTGAGATC-AAGATTAGTTTTCAGTGTTCATCTGCAAATCTTAAGA--AGGTCGGGA-GG-TT-TT-GAGTAAATACTAATGACATTGAAATATTTTGTTTAACATATACCATCTACATAAAAAGCAACACATTTAGGTTTATCATg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTCATAATATTTCAAACAC-------ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTCT--TCATACCATCTTACTAT-TGATAATTATG--TTATG-ATATT-T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATCGG-CCATATTTGGCTTACAAT-AATAAAAGAGTATATTCA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cATAGCTACCGTTTATAAAATTTCAAAAACTTGCC--ATAT--C-A----AACTAAA-CATTGGA-TATGTTG--ATA---ATCA-CAGATGTGTT-T-T--T-----------CTCACTAT-TGATAACTATG--TTATG-A-----TATCTG----T----AAT-ATGC-ACACATATTTATGGG-CCATATTTGGTTTAAAATAAATAAAATA-TAcgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTT-AAA-AT-CACACTATAGCTGTCATTTATAATAGTTAAAACTGTTGCT--ATAT--C-A----ATCTGAA-TATTACA-TATG-------T---ATCAAC---TGTATT-T-TGCT--TCATACCATCTCATTACATG-TAACAATT--TTATG-A-----T----AGTTTT----ATT-GTGT-Agaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgtTTT--ATT-----CAAA---TGCATT-T-C--TGTTCATACCATTTCTCCAT-TGATTATTATGCATTATT-GTT---T----G----T----ATT-ATGTAACACATTTTCTTGGA-CCATAATTGATTTCAACC--ATGAAATT-TATCTACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAGAT-----------------C-A-AT-TGATA---------------TAAAA--AAACAAC------------AC-T-TTTG-AACATATCCAACTTGAGTTACCTGAAATTTACAAAACCTA-TCAATAGCACATGTGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gactTTTCATTTAGAATTGGAAGGCAGA-TTGTTTATGTCATCAA-------GAGTAATCTTTAATAGGTCGGCAACAGTCTTCAAGTTCA----ACCCT---AATCTGCAAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTTTGCTAAAATGGTGTTTG-GTG-TAAAACTATCAACTCAATACATTC------ATAT--AAAAACG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGTATTGCTAAAAGGGTG-TTGTGGG-TAAATTTAT---------------------ATATGGAGGAACTGGCCGTATCAACTTTATAAATAATAGATAT----------------GACAC-------------GTGTTGTTGCTGTGAAATAAAATACAAAATATGA-TTTATA--A-TATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACTTGGACAGGGTTAACTGGACATCGAAAGTTATTTGATACTTGTTATCTGGAATTGGAGTCTAAAATGTGTGATCATTACCAGGTGTCGGTG-ATGTAAATACATTTCTTTCTGTTTTT-AAACAAAGAATTCAAGATATTTTTACTCGGGATTGGGATACAGAGTTATATATTTCATCAAATCTTTAGAGCACTATTTTATAGGTCGGTCTCACTCTTCGAGTCAA----AGCCT---TATCTTCAAAAATATCAACAAATATAAATGCCGTATTGCCATAACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAATCCATCAGCGTACAGTTCT-ACGATAGGAAATACAGACAATGCAATTAATTAGAAGATGAGTATTGTTTTGTAATCGAATGCAAAAA-----------------C-
gi|20                         : tttcagtatcaatggaataatgataaaagtgaatattacaagtgtagaataaataatgaaagtataaatgctaaagttttatatgctaccatacgcagacgatattattctttttgtaaagtcaaaggataaattgcaaaaatcttaaaatattttagttaattatggtgatatgtggaggctaagcgtaaatacacaaaagacaaaagtgatgatatttagaaaaaggaggccaattgtaacgtaatgcatcatttcattttaaagaaagtactttgggaattgtcagcaagtttaaatatttagtcattctttttacatccggaggggcttataacgaacatcagaacatgctagctggacagtcccatcaagttatacttcaagatacctcattaaattaagcgatatatcaccaaagcattcattggagttatttgacaagctgatattacacattttgaactattgatctgaagtgtgggGGAGAAACGGGTCGTATTAACTTTAAAAATAATAGTTATT---A-tgtgcctgattgcaaattcaattttttatttacacttatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTG-GGGGTAAAATTACCAACCCA-------C------A-A-GGAGAACCGGACCGTATAAACCTTACAAATGATAGATATTGTAA-ATGTTTA----ATACTGAT--AGTAACTGTGTTGTTGCAGTGACATAAAATACAAAAAAAAAAATTA-A--AATATGTTGAAAAATGACAATGACATACACGCGAACAG----------ATGTCGAAAGTAA---AATACTTGTTATATAGACTTGGATTCTATGATGTGTAGTTAGCACAAGGTGTCGGAG-ATGTAAATGTATT----------------ACAAA----TAAAGAGGTTTTTATTCAAAATTGGGAGGC--------------CATCAA-------GAGCAATATTTAATAGATCAGTCGCACTATTCGAGTTCAGTCAAGCCT---TATCTTCAAAA-TATTAACATATCTAATGTCCGTGTTGCCATGACAAAATTAAGATTTTCTTCTCATACTTGTCGAAGTTGTGGAAGTTGACTGTGATCGATGGCA----CAAAACCGTAAGCGTACTGTTCCGAC-ATAGGAAATACAAACAATGTAATTTACTAGAAAATGAGTATCATTTTGTAATCGACTGTAAAAA------------------------TTGC-------------------------------------------T-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTATCTGAAATTTACGAATCTTA-TCAACAGCACATGTGTTTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTAATAAACAAATCTTTCGA--ACGTGGA-A-GG-TT-TT-TAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTGTGTAAAACATATACAATCCACAAAGATAGCAACAAATGCAAGTTTATTAATTGATTATTTTCTCTCGATTCTTGTT--GC-TAATTTTG-G-TTTCT-AT-AAT-GCGTG-TTT---T--T----T---ATTTTATCTTTATGTAAAA-----A-AATGATTCTCTCCCA-AA-------G--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AT------CGAAATATGCTATAGTTTT-AAA-GA-CAAACTATAGCTACACCTCATAATATTTCATACACTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATATTT--ATT---A-CA------GTAGT-T-TCCT--TCATACCATCTCACTAT-TGATAACTACG--TTATG-A-----T----A----TTTGAATT-ATGC-AAACATATTCATGGG-TAATATTTGGTTTTAGGTGAATAAAAGA-T-TATc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGCTCGTACTCTACG---TGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-GTACTTGATTGCAATTCTTTC-ACTTTTTAAACAAAGAATTAGATATGATTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGAGCGCTCTCTCCGAGTTCA----AACCT---TATCAGCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTACCATGACAAAATTAAGACTATTTTCGCATA--------GATTG--GGAGTTAAGTGTTGTCGATGGCGAAGACAAA-----AAG---A-----CC-ACGATAGGAAATGTAGACAATATTATTTATTAGAAGACGAGTATCATTTTGTAATCAAATGTAAAAA-----------------CTACATATTATGGACATTATGCAGACTTAAAACCAA----TTTGTATTAAAATAC-TTTTGT-AA-AT-TATAA-----GTTA-CTAAAATTTACGAAACTTAGCCAATAGCTTATGTGA--------------A--AGTTGTCAGTGTTCATAAACGATGCTTCTGA--ACGTCAG-A-AG-ATCTT-TAATAAATACTTATTCTATTTAAATATT------------TACAATCTACATTAATACCAACAAACGCAAATTTATTATTTGGTTATTCTTTGTAGATTCTTG----TCAGTAATTTG-T-TTTCT-TT-----------TTTA-AT--A----T---GTTTTTTTTATATA---AA-----G-AAT-------------GGCTCTCTCA--------------------C---------ACAGT----------G--AGA------CTT--A---ACTTTCTGTTAAATATGCTATTA-TTT-AAA-GT-CAAAGTATAACTGCCATTTATAATATTTCAAACACTTACT--ATAT--C-A----AACTGAA-CCTGGCATTATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--TCCTCAAACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--GTATT-T-----T----G----T----Ata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTTGAGTTCA----AGCCT---AATATGCAAAA-GATCAATATATCAAAATTCCGTATTGCAATGACAAAATTAAGAATATCTTCGCATA--------AATTG--GAAATGGAGTGTAATCGGGGGCG----CAAACCCGAAAGTGTACCATTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCACGTTATTAGAAGATGAGTACCATTTTGTAATTGAATGTAAAAACTATGCAGACTTAAGATC-A-AT-TTACAT--------------TAAAA--AG----T------------AT-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACACGGAATTTACAAAACTTA-TTAACAGCACATGTGATTTTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATATGTAAAGCTTTTGA--ACGTCGT-ATGG-TT-TT-GAACAAATATTAATTTCATT----TATTTTATTAGACATATAAAGTC---------AGT-----ATGTAAGTCTATTATTTGGTTATTTTCTCT-GATTTTCGTT--TT-TT-CTTTC-T-TTTCT-TT-TAT-GGG-----CT-A---T----T---ATT---TTTAAA-----AA-----A-AAT-------------AT-------A--------------------TCTCTCCTACA--------------ATGAGA------CTTTTAAATAC------TAAAATACCCTTTTG-TGC-AAA-GTAAAAACTATAGCTAACATCTATTATATTTCAAACGCTTGCT--TTAT--C-A----AA-TGAATCATTACA-TGTGTAT--ATA---ATCAAC---TGTGTT-TAC--A--TCATACCACCTCACTAT-TGACAATTATG--TATTG-AACCC-T----G----T----ATT-ATGT-TCACATATTCGTGGG-CCATATATGGCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTATCATATTGAAATTAAACGTAACTA-----------------C-------TATG---------------CAGA-----------------------C-T-TGGGGAA-ATATCCAT-----GTTACCTGAAATTTACGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatAATATC-CATGTTAC-CTGAAATTTACGA--AGTTGTAAGTGTTCATAGACAAAGCTTTCGA--ATGTTGA-A-AG-GT-TTAGAATAAATACTAATGT-ATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATGTACATTAATAGCAACAAATGCAAGTTTGTTATTTGGTTATTTTCTATCGGTACTC--T--TG-GTATTTTGTGTTTTCT-TT-AAT-ACGTGTTTTT-AT--TATGAT---GTTTTTTTTAAA-G---AA-----ATGATCTCTCTCATGGTAAG-------AAT------------------T---------A--------------A--AAA------A----C---AC------TTTAATATGTTATTGTTTT-ATA-GT-CATACTATAGCTACCCTTTATAATATTTTAAACACTTGCT--ATAC--C-A----AACTGAG-CATTGCG-TTTGTGT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTGT--TAATACTATCTCACCTT-GGATATCTATG--TTA-G-AATATTT----G----T----ATTAATGT-ATTCATATTCATGGA-CCATATT--------AATAAAAGAAATA-Tgttgtaagtgttcatagacaaagctttcgaatgttgaaaggtttagaataaatactaatgtatttaaatattttgttaaacatatacaatgtacattaatagcaacaaatgcaagtttgttatttggttattttctatcggtactcttggtattttgtgttttctttaatacgtgtttttattatgatgttttttttaaagaaatgatctctctcatggtaagaattaaaaaacactttaatatgttattgttttatagtcatactatagctaccctttataatattttaaacacttgctataccaaactgagcattgcgtttgtgtattaccaactgtatttttgttaatactatctcaccttggatatctatgttagaatatttgtattaatgtattcatattcatggaccatattaataaaagaaatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatgtatcatattgaaattaaacgtaactactatgcagacttggggaCATGAATAGCAACAAATGCAATATTATTATTTAGTTACTTCCTCTTGATTCTCGGT--GC-TTATTTTA-G-TTTTT-AT-TAT-GCATA-TTTTTAG--T----TCAAATTTTATTTAAATA---AA-----G-AAT-------------GG-------AGCGCTCCCATAGTTGGACTTT---------A--------------A--AAAACATAAT----A---AC------TTAAATATGCTTTAA-TTC-AAAAGTACAAAAAAAACCTATGACTTATGATATTTCAAACACT-ACC--ATAT--C-A----AACTGAA-TATTGCA-TACGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTAT-T--TG-TCATACCATCTCACTAG-TGATAATTATG--TTATG-A-----TATTTG----T----ATT-ACGT-AAACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAAT-AAATA-TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tacTAAACATA--CAATCTCCTTGAATAGCAACAAATGCATGTTGATTATTGGATAATTTTCTTTCGATTCTAGTTGGTA-TTTTTTT----TTTCTGTTGTGT-GTGTG-TGTT-ATAATG---T---ATTTT-TTTAAAT----AA-----A-TAT-------------TG-------A--------------------C---------ATCTCCCACAGTGAGA--CAA------T----A---AG------TTAAAAATGCTATAGTTTT-ACA-GT-CATA-TATAGCTAC---------TATTTGA---ACTT---------------------TGAA-TA--------TGTTTTGATT---ATCAAC---TGTATT-TGTCAT--TTATGCCAT-----TAT-TGATAATCATG--TTAAG-ATATT-T----G----C----ATT-GTGc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TAAGAAAAAACATGAGTACAGTAGACAATGTTTTTTATCCTTAATGGAGTTATTTTACATAGTCTCAAACAGAGAGAAAAGTTATAGTGTGCTTTTGTGGATTTTTATAAAAAAAGAAGCTTTTGATTTTGTGGTGAGAGTCTTTATGTGGTGGTATAAATTGTTGTATTTGTTCAGAGGTAAACTTTCAAATGTGATTAAATCGATGTATATGTGCATTAAGTCAAAAGTAAAATATAGGAATACGTTAAGTGAAGATTTTTCATGTATGTTGGGGTGAGGCAAGGAGAGTGTTTATCACCTTTTTTAGTTAGTTAATATTTGAATGATATAGAGGAGAAATTAACTAACAATGGAAAAGACGATAGTAACATAGGAATGCTAAAATTGTGTATGCTACAATACGCAGACGATATCATTATCTTTGCAAAGTTGAAAAATGATTTGCATTTTTTAAAAATATTTTAGTTAATTATTATGGTTTGTGGAGGTCAACCGTAAATATGCAAATGACAATAAATATGATGTTAAGAATAGGAGGCAACTTACCATGCAATAATAATTAATTTTAAAGAAATTACTTTGAAAATTGTCATCAAGTTTAAATATTTAGGCTTTCTCTTTATATCCGGAAGGGCTTATAACGAACATTAGAAAATGCTAGCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         2222    1                         1   1   1                77777777777777                                           0000000000000000000000000000000000                                  1      2222                11                                         222                                                       2 1                   111    1                                                             2222222                                       1111     111                                                                    22222222     11                       1111                                                                                           4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                  11111                                                                                                                                                                                                                       11111       1111        11            222222222222222            11111  11111     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1                                                  111                                                               33333                                      4444444444                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         4444    5   1                     0   0   0    1    2   0  44444444444444 3 3                 1  2    1             0000000000000000000000000000000000                             1    2    7 1111                11                  6           0          333                 0     0    555     0                  0 0    1        3     444    0       2       0                         3  5  1 4   3       6666666           1                           4444     111     1     8                                             1          99999999     11                       7777    8  44   3    3 0   8                                                                   6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5    5  5        44444                        6        1       55        6 1  99                 1     1       99       6 6  77 6  6                1   3       3   0              0    2                                         6        4 00000  1    7777     5  00  5 2 0 5   444444444444444   0 6      55555  22222 5   2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             0 3   4   4  8              1                        000    44 3 7777       3       3       44   555 2    555      3 6 44444                 3    0      44     3 2222222222 6666 6666   3    3 1             4                  3         4 3      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ....    .   .                     .   .   .    .    .   .  .............. . .                 .  .    .             ..................................                             .    .    . ....                ..                  .           .          ...                 .     .    ...     .                  . .    .        .     ...    .       .       .                         .  .  . .   .       .......           .                           ....     ...     .     .                                             .          ........     ..                       ....    .  ..   .    . .   .                                                                   ......................................................................... .    .  .        .....                        .        .       ..        . .  ..                 .     .       ..       . .  .. .  .                .   .       .   .              .    .                                         .        . .....  .    ....     .  ..  . . . .   ...............   . .      .....  ..... .   .................................................................................................             . .   .   .  .              .                        ...    .. . ....       .       .       ..   ... .    ...      . . .....                 .    .      ..     . .......... .... ....   .    . .             .                  .         . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         0000    5   0                     0   0   0    0    5   8  22222222222222 2 2                 2  5    2             4444444444444444444444444444444444                             0    0    3 3333                00                  7           7          333                 2     8    555     2                  0 0    2        2     555    0       5       2                         8  0  4 0   8       0000000           4                           2222     777     0     0                                             4          00000000     00                       0000    2  22   2    2 6   0                                                                   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7    7  7        33333                        7        7       88        7 0  22                 0     0       22       7 7  77 7  7                0   2       2   3              1    8                                         6        9 99999  7    4444     0  55  0 2 1 0   222222222222222   4 6      44444  55555 0   9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999             8 3   0   0  0              4                        222    66 3 1111       3       3       22   444 6    444      1 2 22222                 1    5      22     1 2222222222 5555 5555   3    6 6             0                  6         4 2      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GG-NT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
Reference ( family-4748 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GG-NT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTTAACAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACAGTTAAGGTTTGCCAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAACTTATCAACTCAGG--ATTCTTTTATATATGGAGAAACGGGTCGTATTAA-TTTCTAAATAATAGATATT---ACATATTTATCAAATACTGGTTGG--AACAGTGTTGTTGTAGTGAAATAAAATAATAAACAAAAGTTTATACTAGTATGTTAAAACATGAC--TGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACATCGGACGTTA---AATACGTTTTATCTAGATTTGGATTCTATAATGTGATGTTAGCACAAGGTGTCGA-G-ATGTTAATGTATTTCTTTC-ACTTTT-AAACAACGAATTAAAAATGTTTTTACTCAGGATTGGGAAACAGAGTTATGTATTTCAACAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACGCTCCGAGTTCA----AGCATTTCTATCTTCAATA-TATTAACATATTTAAATTCCGTATTGCCATGACAGAATTCAAACTTCCTTCGCATA--------AATTA--GAAGTTGACTGTGGTTGATAGCG----CAAACACTTAAGCATACCGGTCC-ACGATAGGAAATGTAGATAATGCAATTTATTAGAATATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAGAA-----------------C-A-AT-TTATA---------------TAAAA--GA----T------------ACAT-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAAAAGCACATGTGATCCTGAGAAT-AGGA--AGTTGTCACTGTACATATAAAAATCTTTCGAACACGTCGG-A-AGTAT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAGATATTTTATCAAATATATACAATCTACATAAATATCAACAAATGCAAGTTTATTATTCAGTTGTTTTCTCTAGATGCTCGTT--TC-TTATTTTA-G-TTCCT-TT-CAT-GTATG-TTTT-AT--T----TG--ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTTAAAA-GT-CAATCTATAACTATCACTCATAATATTTTAAACATTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATCCCA-TATGTTT--ATT---ACCAAG---TGTATA-T-T--T--TTATACCGTCTCACCAT-TGAT-ATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-AAACATATTTATGGGCCCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CT-TT-TATTGTGTG-TTTT-TT--T----T---ATTAAA---AAATG---GACCCCCA-CAG-------------AG-------ACACTT---------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATA-TATAG---------AT-CAAACTAAAGCGTCAATTTTTAGTAGTTCAAACACTTGCTTTATAT--TTATTGTAACTGAA-CAATGTA-TATATTT--GTG---AGCAAC---TTTATT-T-T--TCTTCATACCATCTCACAAT-TGAT---TATG--TTATG-A-----TATTTG----C----ATT-ATTT-AAACATGTTCATGGG-CCATACTTAGCGTAAAATAAAAAAAAGA-T-TATc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgAATATTTCAAACACTTGTT--ATATATC-A----AACATAA-CATTGTA-CTTAGTT--ATCGTAACCAAC---TGCACT-T-T--TCTTCATACCATCTCAGTAT-TGATATTTATG--TTATATC-----T----G----T----GTT-ATGT-ACGCATATTCATGTG-CCATATTTGGCTTAATATAAATAAAATA-TA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacatatgctttaaattggacacaagaaaattgaatataataag-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTTCCTCAAATGTACGAAACTTA-CCAATAGCACACTTGATTCTGAGATC-AAGATTAGTTTTCAGTGTTCATCTGCAAATCTTAAGA--AGGTCGGGA-GG-TT-TT-GAGTAAATACTAATGACATTGAAATATTTTGTTTAACATATACCATCTACATAAAAAGCAACACATTTAGGTTTATCATg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTCATAATATTTCAAACAC-------ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTCT--TCATACCATCTTACTAT-TGATAATTATG--TTATG-ATATT-T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATCGG-CCATATTTGGCTTACAAT-AATAAAAGAGTATATTCA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cATAGCTACCGTTTATAAAATTTCAAAAACTTGCC--ATAT--C-A----AACTAAA-CATTGGA-TATGTTG--ATA---ATCA-CAGATGTGTT-T-T--T-----------CTCACTAT-TGATAACTATG--TTATG-A-----TATCTG----T----AAT-ATGC-ACACATATTTATGGG-CCATATTTGGTTTAAAATAAATAAAATA-TAcgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTT-AAA-AT-CACACTATAGCTGTCATTTATAATAGTTAAAACTGTTGCT--ATAT--C-A----ATCTGAA-TATTACA-TATG-------T---ATCAAC---TGTATT-T-TGCT--TCATACCATCTCATTACATG-TAACAATT--TTATG-A-----T----AGTTTT----ATT-GTGT-Agaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgtTTT--ATT-----CAAA---TGCATT-T-C--TGTTCATACCATTTCTCCAT-TGATTATTATGCATTATT-GTT---T----G----T----ATT-ATGTAACACATTTTCTTGGA-CCATAATTGATTTCAACC--ATGAAATT-TATCTACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAGAT-----------------C-A-AT-TGATA---------------TAAAA--AAACAAC------------AC-T-TTTG-AACATATCCAACTTGAGTTACCTGAAATTTACAAAACCTA-TCAATAGCACATGTGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gactTTTCATTTAGAATTGGAAGGCAGA-TTGTTTATGTCATCAA-------GAGTAATCTTTAATAGGTCGGCAACAGTCTTCAAGTTCA----ACCCT---AATCTGCAAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTTTGCTAAAATGGTGTTTG-GTG-TAAAACTATCAACTCAATACATTC------ATAT--AAAAACG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGTATTGCTAAAAGGGTG-TTGTGGG-TAAATTTAT---------------------ATATGGAGGAACTGGCCGTATCAACTTTATAAATAATAGATAT----------------GACAC-------------GTGTTGTTGCTGTGAAATAAAATACAAAATATGA-TTTATA--A-TATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACTTGGACAGGGTTAACTGGACATCGAAAGTTATTTGATACTTGTTATCTGGAATTGGAGTCTAAAATGTGTGATCATTACCAGGTGTCGGTG-ATGTAAATACATTTCTTTCTGTTTTT-AAACAAAGAATTCAAGATATTTTTACTCGGGATTGGGATACAGAGTTATATATTTCATCAAATCTTTAGAGCACTATTTTATAGGTCGGTCTCACTCTTCGAGTCAA----AGCCT---TATCTTCAAAAATATCAACAAATATAAATGCCGTATTGCCATAACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAATCCATCAGCGTACAGTTCT-ACGATAGGAAATACAGACAATGCAATTAATTAGAAGATGAGTATTGTTTTGTAATCGAATGCAAAAA-----------------C-
gi|20                         : tttcagtatcaatggaataatgataaaagtgaatattacaagtgtagaataaataatgaaagtataaatgctaaagttttatatgctaccatacgcagacgatattattctttttgtaaagtcaaaggataaattgcaaaaatcttaaaatattttagttaattatggtgatatgtggaggctaagcgtaaatacacaaaagacaaaagtgatgatatttagaaaaaggaggccaattgtaacgtaatgcatcatttcattttaaagaaagtactttgggaattgtcagcaagtttaaatatttagtcattctttttacatccggaggggcttataacgaacatcagaacatgctagctggacagtcccatcaagttatacttcaagatacctcattaaattaagcgatatatcaccaaagcattcattggagttatttgacaagctgatattacacattttgaactattgatctgaagtgtgggGGAGAAACGGGTCGTATTAACTTTAAAAATAATAGTTATT---A-tgtgcctgattgcaaattcaattttttatttacacttatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTG-GGGGTAAAATTACCAACCCA-------C------A-A-GGAGAACCGGACCGTATAAACCTTACAAATGATAGATATTGTAA-ATGTTTA----ATACTGAT--AGTAACTGTGTTGTTGCAGTGACATAAAATACAAAAAAAAAAATTA-A--AATATGTTGAAAAATGACAATGACATACACGCGAACAG----------ATGTCGAAAGTAA---AATACTTGTTATATAGACTTGGATTCTATGATGTGTAGTTAGCACAAGGTGTCGGAG-ATGTAAATGTATT----------------ACAAA----TAAAGAGGTTTTTATTCAAAATTGGGAGGC--------------CATCAA-------GAGCAATATTTAATAGATCAGTCGCACTATTCGAGTTCAGTCAAGCCT---TATCTTCAAAA-TATTAACATATCTAATGTCCGTGTTGCCATGACAAAATTAAGATTTTCTTCTCATACTTGTCGAAGTTGTGGAAGTTGACTGTGATCGATGGCA----CAAAACCGTAAGCGTACTGTTCCGAC-ATAGGAAATACAAACAATGTAATTTACTAGAAAATGAGTATCATTTTGTAATCGACTGTAAAAA------------------------TTGC-------------------------------------------T-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTATCTGAAATTTACGAATCTTA-TCAACAGCACATGTGTTTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTAATAAACAAATCTTTCGA--ACGTGGA-A-GG-TT-TT-TAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTGTGTAAAACATATACAATCCACAAAGATAGCAACAAATGCAAGTTTATTAATTGATTATTTTCTCTCGATTCTTGTT--GC-TAATTTTG-G-TTTCT-AT-AAT-GCGTG-TTT---T--T----T---ATTTTATCTTTATGTAAAA-----A-AATGATTCTCTCCCA-AA-------G--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AT------CGAAATATGCTATAGTTTT-AAA-GA-CAAACTATAGCTACACCTCATAATATTTCATACACTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATATTT--ATT---A-CA------GTAGT-T-TCCT--TCATACCATCTCACTAT-TGATAACTACG--TTATG-A-----T----A----TTTGAATT-ATGC-AAACATATTCATGGG-TAATATTTGGTTTTAGGTGAATAAAAGA-T-TATc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGCTCGTACTCTACG---TGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-GTACTTGATTGCAATTCTTTC-ACTTTTTAAACAAAGAATTAGATATGATTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGAGCGCTCTCTCCGAGTTCA----AACCT---TATCAGCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTACCATGACAAAATTAAGACTATTTTCGCATA--------GATTG--GGAGTTAAGTGTTGTCGATGGCGAAGACAAA-----AAG---A-----CC-ACGATAGGAAATGTAGACAATATTATTTATTAGAAGACGAGTATCATTTTGTAATCAAATGTAAAAA-----------------CTACATATTATGGACATTATGCAGACTTAAAACCAA----TTTGTATTAAAATAC-TTTTGT-AA-AT-TATAA-----GTTA-CTAAAATTTACGAAACTTAGCCAATAGCTTATGTGA--------------A--AGTTGTCAGTGTTCATAAACGATGCTTCTGA--ACGTCAG-A-AG-ATCTT-TAATAAATACTTATTCTATTTAAATATT------------TACAATCTACATTAATACCAACAAACGCAAATTTATTATTTGGTTATTCTTTGTAGATTCTTG----TCAGTAATTTG-T-TTTCT-TT-----------TTTA-AT--A----T---GTTTTTTTTATATA---AA-----G-AAT-------------GGCTCTCTCA--------------------C---------ACAGT----------G--AGA------CTT--A---ACTTTCTGTTAAATATGCTATTA-TTT-AAA-GT-CAAAGTATAACTGCCATTTATAATATTTCAAACACTTACT--ATAT--C-A----AACTGAA-CCTGGCATTATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--TCCTCAAACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--GTATT-T-----T----G----T----Ata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTTGAGTTCA----AGCCT---AATATGCAAAA-GATCAATATATCAAAATTCCGTATTGCAATGACAAAATTAAGAATATCTTCGCATA--------AATTG--GAAATGGAGTGTAATCGGGGGCG----CAAACCCGAAAGTGTACCATTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCACGTTATTAGAAGATGAGTACCATTTTGTAATTGAATGTAAAAACTATGCAGACTTAAGATC-A-AT-TTACAT--------------TAAAA--AG----T------------AT-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACACGGAATTTACAAAACTTA-TTAACAGCACATGTGATTTTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATATGTAAAGCTTTTGA--ACGTCGT-ATGG-TT-TT-GAACAAATATTAATTTCATT----TATTTTATTAGACATATAAAGTC---------AGT-----ATGTAAGTCTATTATTTGGTTATTTTCTCT-GATTTTCGTT--TT-TT-CTTTC-T-TTTCT-TT-TAT-GGG-----CT-A---T----T---ATT---TTTAAA-----AA-----A-AAT-------------AT-------A--------------------TCTCTCCTACA--------------ATGAGA------CTTTTAAATAC------TAAAATACCCTTTTG-TGC-AAA-GTAAAAACTATAGCTAACATCTATTATATTTCAAACGCTTGCT--TTAT--C-A----AA-TGAATCATTACA-TGTGTAT--ATA---ATCAAC---TGTGTT-TAC--A--TCATACCACCTCACTAT-TGACAATTATG--TATTG-AACCC-T----G----T----ATT-ATGT-TCACATATTCGTGGG-CCATATATGGCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTATCATATTGAAATTAAACGTAACTA-----------------C-------TATG---------------CAGA-----------------------C-T-TGGGGAA-ATATCCAT-----GTTACCTGAAATTTACGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatAATATC-CATGTTAC-CTGAAATTTACGA--AGTTGTAAGTGTTCATAGACAAAGCTTTCGA--ATGTTGA-A-AG-GT-TTAGAATAAATACTAATGT-ATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATGTACATTAATAGCAACAAATGCAAGTTTGTTATTTGGTTATTTTCTATCGGTACTC--T--TG-GTATTTTGTGTTTTCT-TT-AAT-ACGTGTTTTT-AT--TATGAT---GTTTTTTTTAAA-G---AA-----ATGATCTCTCTCATGGTAAG-------AAT------------------T---------A--------------A--AAA------A----C---AC------TTTAATATGTTATTGTTTT-ATA-GT-CATACTATAGCTACCCTTTATAATATTTTAAACACTTGCT--ATAC--C-A----AACTGAG-CATTGCG-TTTGTGT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTGT--TAATACTATCTCACCTT-GGATATCTATG--TTA-G-AATATTT----G----T----ATTAATGT-ATTCATATTCATGGA-CCATATT--------AATAAAAGAAATA-Tgttgtaagtgttcatagacaaagctttcgaatgttgaaaggtttagaataaatactaatgtatttaaatattttgttaaacatatacaatgtacattaatagcaacaaatgcaagtttgttatttggttattttctatcggtactcttggtattttgtgttttctttaatacgtgtttttattatgatgttttttttaaagaaatgatctctctcatggtaagaattaaaaaacactttaatatgttattgttttatagtcatactatagctaccctttataatattttaaacacttgctataccaaactgagcattgcgtttgtgtattaccaactgtatttttgttaatactatctcaccttggatatctatgttagaatatttgtattaatgtattcatattcatggaccatattaataaaagaaatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatgtatcatattgaaattaaacgtaactactatgcagacttggggaCATGAATAGCAACAAATGCAATATTATTATTTAGTTACTTCCTCTTGATTCTCGGT--GC-TTATTTTA-G-TTTTT-AT-TAT-GCATA-TTTTTAG--T----TCAAATTTTATTTAAATA---AA-----G-AAT-------------GG-------AGCGCTCCCATAGTTGGACTTT---------A--------------A--AAAACATAAT----A---AC------TTAAATATGCTTTAA-TTC-AAAAGTACAAAAAAAACCTATGACTTATGATATTTCAAACACT-ACC--ATAT--C-A----AACTGAA-TATTGCA-TACGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTAT-T--TG-TCATACCATCTCACTAG-TGATAATTATG--TTATG-A-----TATTTG----T----ATT-ACGT-AAACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAAT-AAATA-TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tacTAAACATA--CAATCTCCTTGAATAGCAACAAATGCATGTTGATTATTGGATAATTTTCTTTCGATTCTAGTTGGTA-TTTTTTT----TTTCTGTTGTGT-GTGTG-TGTT-ATAATG---T---ATTTT-TTTAAAT----AA-----A-TAT-------------TG-------A--------------------C---------ATCTCCCACAGTGAGA--CAA------T----A---AG------TTAAAAATGCTATAGTTTT-ACA-GT-CATA-TATAGCTAC---------TATTTGA---ACTT---------------------TGAA-TA--------TGTTTTGATT---ATCAAC---TGTATT-TGTCAT--TTATGCCAT-----TAT-TGATAATCATG--TTAAG-ATATT-T----G----C----ATT-GTGc


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .       .   T                     T   T   G    A    C      ATACATTC       T T                 C  C    T             TGTAAATGTTTAATACTGATAGTAACT                                    T    A    T AA                  AG                  G                      TTT                            AAA                        T T    A        T     TGT    T       G                                 A  G  G T   G       ATCTTTA           A                           GTCA     .       G     A                                             T          CTTGTCGA     TG                       AAGA    T  AT   C    A     G                                                                   CTACATATTATGGACATTATGCAGACTTAAAACCAATTTGTATTAAAATAC                       T    G  C        CTTGA                        G        A       TT        T A  TT                 T     T       .        G T  T  C  A                C   G       T                       A                                         C        T GGTA   A    GTGT     G  GT  T T   T   TATTATGAT           A      TGTAA  CCCCC T   GGAGCGCTCCCATAGTTGGACTTTAAAAAACATAATAAC                                                                         T   .   A  A              A                        TTT    AT T TTGT       T       T       TG   GTA G    AGA      A A TCT                   A           CA     T ATATTT     GTTT TTGA   A    A A             .                  A         G A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .   .   .    T    C      C              T T                 T  C    A             GACAC                                                          A    .    . A                   AA                  .                      .                              TGA                        A .    A        T     AC     .       G                                 A  G  A A   T       .                 T                           .        .       T     .                                             T          .            .                        .       A  GT   C    T     .                                                                   CTATGCAGACTTAAGATCAATTTACATTAAAAAGTAT                                     .    .  .        .                            .        A       TT        . G  .                  A     T       .        . .  T  .  .                C   T       G                       A                                         A        T TCA    A    GG       .  T   . C   .   TTAGTTCAA           A      TG     .     .   GGCTCTCTCACACAGTGAGACTTAACTTTCTG                                                                                T   .   .  A              C                        T      .  . .          .       .       .    .   C    .        . G TCT                   .           .      . TATTT      .    .      .    . C             .                  A         . A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .   .   .    A    .      .              . .                 A  C    C                                                                                                                                                                                      CG                         . .    G        .     .      .       .                                 G  .  G A   G       .                 A                           .        .       T     .                                             A          .            .                        .       C  GA   T    C     .                                                                   CAATTGATATAAAAAAACAACAC                                                   .    .  .        .                            .        A       TT        . G  .                  A     G       .        . .  A  .  .                T   T       T                       T                                         C        G GC     A    GT       .  A   . G   .   TATAATGT            T      TA     .     .   ATATCTCTCCTACAATGAGACTTTTAAATAC                                                                                 T   .   .  .              C                        C      .  . .          .       .       .    .   C    .        . . TCT                   .           .      . TATTT      .    .      .    . C             .                  A         . A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .  .  . .   .       .                 T                           .        .       G     .                                             A          .            .                        .       .  .    .    .     .                                                                   CTATGCAGAC                                                                .    .  .        .                            .        T       C         . C  .                  T     G       .        . .  T  .  .                C   T       T                       T                                         T        T TT     A    CT       .  T   . C   .   TTTTT               T      TA     .     .   CTCTCTCATGGTAAGAATTAAAAAACAC                                                                                    .   .   .  .              C                        T      .  . .          .       .       .    .   T    .        . . GCT                   .           .      . TATCT      .    .      .    . C             .                  G         . A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .        .       G                                                                                                                                                                                                   TTGCT                                                                     .    .  .        .                            .        A       .         . .  .                  G     G       .        . .  G  .  .                .   .       .                       G                                         C        . TG     T    AG       .  A   . C   .   AATAT               A      G      .     .   TGACATCTCCCACAGTGAGACAATAAG                                                                                     .   .   .  .              A                        T      .  . .          .       .       .    .   T    .        . . TGT                   .           .      . ACCCT      .    .      .    . C             .                  A         . A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .    .  .        .                                     .                                                                                                                                G                                         .        . GC     .    .        .  T   . T   .   TATT                .      T      .     .   GATTCTCTCCCAAAGTAAAAACAAT                                                                                       .   .   .  .              C                        T      .  . .          .       .       .    .   C    .        . . CCT                   .           .      . TATTT      .    .      .    . A             .                  A         . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                         .  .   . .   .   TTT                 .      .      .     .   AGACACTTTAAAAACAAC                                                                                              .   .   .  .              C                        T      .  . .          .       .       .    .   T    .        . . TCC                   .           .      . TATTT      .    .      .    . C             .                  .         . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .   .   .  .              C                        C      .  . .          .       .       .    .   C    .        . . TGT                   .           .      . TTT        .    .      .    . T             .                  .         .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .   .  .              G                        .      .  . .          .       .       .    .   C    .        . . CAT                   .           .      . T          .    .      .    . A             .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                        .      .  . .          .       .       .    .   T    .        . . TG                    .           .      . T          .    .      .    .                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .      .  . .          .       .       .    .   .    .        . . T                     .           .      . T          .    .      .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .   .    .        . . A                     .           .      . T          .    .                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ***                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  **            T*                                                                                                                                                    TATT***********                                                                                                                                                                                                T**                                                               TCT**                                      TATTT*****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GG-NT-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT-AT--T----T---ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-T--T--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-A-----T----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTCGG-A-GGT-T-TT-GAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTTATT-----------ATTTTATTTAAATG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATT-T-TTCT--TCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATG-ATATTT-----G----T----ATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TAAGAAAAAACATGAGTACAGTAGACAATGTTTTTTATCCTTAATGGAGTTATTTTACATAGTCTCAAACAGAGAGAAAAGTTATAGTGTGCTTTTGTGGATTTTTATAAAAAAAGAAGCTTTTGATTTTGTGGTGAGAGTCTTTATGTGGTGGTATAAATTGTTGTATTTGTTCAGAGGTAAACTTTCAAATGTGATTAAATCGATGTATATGTGCATTAAGTCAAAAGTAAAATATAGGAATACGTTAAGTGAAGATTTTTCATGTATGTTGGGGTGAGGCAAGGAGAGTGTTTATCACCTTTTTTAGTTAGTTAATATTTGAATGATATAGAGGAGAAATTAACTAACAATGGAAAAGACGATAGTAACATAGGAATGCTAAAATTGTGTATGCTACAATACGCAGACGATATCATTATCTTTGCAAAGTTGAAAAATGATTTGCATTTTTTAAAAATATTTTAGTTAATTATTATGGTTTGTGGAGGTCAACCGTAAATATGCAAATGACAATAAATATGATGTTAAGAATAGGAGGCAACTTACCATGCAATAATAATTAATTTTAAAGAAATTACTTTGAAAATTGTCATCAAGTTTAAATATTTAGGCTTTCTCTTTATATCCGGAAGGGCTTATAACGAACATTAGAAAATGCTAGCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         2222    1                         1   1   1                77777777777777                                           0000000000000000000000000000000000                                  1      2222                11                                         222                                                       2 1                   111    1                                                             2222222                                       1111     111                                                                    22222222     11                       1111                                                                                           4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                  11111                                                                                                     1                                                                                                                11111       1111            1          444444444444444444           77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1                                                  111                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         4444    5   1                     0   0   0    1    2   0  44444444444444 3 3                 1  2    1             0000000000000000000000000000000000                             1    2    7 1111                11                  6           0          333                 0     0    555     0                  0 0    1        3     444    0       2       0                         3  5  1 4   3       6666666           1                           4444     111     1     8                                             1          99999999     11                       7777    8  44   3    3 0   8                                                                   6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5    5  5        44444                        6        1       55        6 1  99                 1     1       99     6 88 3   6                   1   3       3   0              0    2                                         6        4 00000  1    7777     5  5   0 1   5    777777777777777777    3      55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555             0 3   4   4  8              1                        000    44 3 7777       3       3       44   555 2    555          3                  3    0      44    0           3    3 1             4                  3         4 3      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ....    .   .                     .   .   .    .    .   .  .............. . .                 .  .    .             ..................................                             .    .    . ....                ..                  .           .          ...                 .     .    ...     .                  . .    .        .     ...    .       .       .                         .  .  . .   .       .......           .                           ....     ...     .     .                                             .          ........     ..                       ....    .  ..   .    . .   .                                                                   ......................................................................... .    .  .        .....                        .        .       ..        . .  ..                 .     .       ..     . .. .   .                   .   .       .   .              .    .                                         .        . .....  .    ....     .  .   . .   .    ..................    .      ....................................................................................................................             . .   .   .  .              .                        ...    .. . ....       .       .       ..   ... .    ...          .                  .    .      ..    .           .    . .             .                  .         . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         0000    5   0                     0   0   0    0    5   8  22222222222222 2 2                 2  5    2             4444444444444444444444444444444444                             0    0    3 3333                00                  7           7          333                 2     8    555     2                  0 0    2        2     555    0       5       2                         8  0  4 0   8       0000000           4                           2222     777     0     0                                             4          00000000     00                       0000    2  22   2    2 6   0                                                                   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7    7  7        33333                        7        7       88        7 0  22                 0     0       22     7 88 3   7                   0   2       2   3              1    8                                         6        9 99999  7    4444     0  0   0 1   0    999999999999999999    4      44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444             8 3   0   0  0              4                        222    66 3 1111       3       3       22   444 6    444          1                  1    5      22    8           3    6 6             0                  6         4 2      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTC-GA-A-GGT-TTTGAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT--AT----T---A-----TTTTATTTAAA--TG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTTTTC-TTCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATGATATTTGTATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
Reference ( family-4748 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACANTTAAGGTTTGCTAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAANTTATCAACTCAG---ATTC------ATATGGAGAAACGGGCCGTATTAACTTTATAAATAATAGATATT---A-ATGTTTA---GATACTGGT--G--AAC-GTGTTGTTGCAGTGAAATAAAATACAAAANAAAAGTTTATA--AGTATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACGTCGAAAGTTA---AATACTTGTTATCTAGACTTGGATTCTACGATGTGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-G-ATGTAAATGCATTTCTTTC-GCTTTT-AAACAAAGAATTAAAGATGTTTTTACTCAGAATTGGGAGGCAGAGTTGTATATNTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACTCTTCGAGTTCA----AGCCT---TATCTNCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTGCCATGACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAACCCGTAAGCGTACCGTTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCAATTTATTAGAAGATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAAAA-----------------C-A-AT-TTACG---------------TAAAA--AA----T------------AC-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAATAGCACATGTGATTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATANACAAANCTTTCGA--ACGTC-GG-A-GGT-TTTGAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATCTACATNAATAGCAACAAATGCAAGTTTATTATTTGGTTATTTTCTCTCGATTCTCGTT--TC-TTATTTTG-G-TTTCT-TT-TAT-GCGTG-TTTT--AT----T---A-----TTTTATTTAAA--TG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTTATAATATTTCAAACACTTGCT--ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTTTTC-TTCATACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--TTATGATATTTGTATT-ATGT-ACACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTTAACAAAGGGACAGACGTTGAAAGAATACAGTTAAGGTTTGCCAAAAGGGTG-TTG-GGG-TAAACTTATCAACTCAGG--ATTCTTTTATATATGGAGAAACGGGTCGTATTAA-TTTCTAAATAATAGATATT---ACATATTTATCAAATACTGGTTGG--AACAGTGTTGTTGTAGTGAAATAAAATAATAAACAAAAGTTTATACTAGTATGTTAAAACATGAC--TGAAATGCACGCGAACAGGGTTAACTGGACATCGGACGTTA---AATACGTTTTATCTAGATTTGGATTCTATAATGTGATGTTAGCACAAGGTGTCGA-G-ATGTTAATGTATTTCTTTC-ACTTTT-AAACAACGAATTAAAAATGTTTTTACTCAGGATTGGGAAACAGAGTTATGTATTTCAACAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGGTCGCACGCTCCGAGTTCA----AGCATTTCTATCTTCAATA-TATTAACATATTTAAATTCCGTATTGCCATGACAGAATTCAAACTTCCTTCGCATA--------AATTA--GAAGTTGACTGTGGTTGATAGCG----CAAACACTTAAGCATACCGGTCC-ACGATAGGAAATGTAGATAATGCAATTTATTAGAATATGAGTATCATTTTGTAATCGAATGTAAGAA-----------------C-A-AT-TTATA---------------TAAAA--GA----T------------ACAT-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACCTGAAATTTACGAAACTTA-TCAAAAGCACATGTGATCCTGAGAAT-AGGA--AGTTGTCACTGTACATATAAAAATCTTTCGAACACGTC-GG-A-AGTATTTGAATAAATACTAATTCCATTTAGATATTTTATCAAATATATACAATCTACATAAATATCAACAAATGCAAGTTTATTATTCAGTTGTTTTCTCTAGATGCTCGTT--TC-TTATTTTA-G-TTCCT-TT-CAT-GTATG-TTTT--AT----TTG-A-----TTTTATTTAAA--TG---AA-----A-AAT-------------AG-------A--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATGCTATAG-TTTAAAA-GT-CAATCTATAACTATCACTCATAATATTTTAAACATTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATCCCA-TATGTTT--ATT---ACCAAG---TGTATATT---TTTATACCGTCTCACCAT-TGAT-ATTATG--TTATGA----TGTATT-ATGT-AAACATATTTATGGGCCCATATTTGGCTTAAAATAAATAAAATA-TATATATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CT-TT-TATTGTGTG-TTTT------------------TTTTATTAAAAAATG---GACCCCCA-CAG-------------AG-------ACACTT---------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AC------TTAAATATA-TATAG---------AT-CAAACTAAAGCGTCAATTTTTAGTAGTTCAAACACTTGCTTTATAT--TTATTGTAACTGAA-CAATGTA-TATATTT--GTG---AGCAAC---TTTATTTTTC-TTCATACCATCTCACAAT-TGAT---TATG--TTATGATATTTGCATT-ATTT-AAACATGTTCATGGG-CCATACTTAGCGTAAAATAAAAAAAAGA-T-TATc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtgAATATTTCAAACACTTGTT--ATATATC-A----AACATAA-CATTGTA-CTTAGTT--ATCGTAACCAAC---TGCACTTTTC-TTCATACCATCTCAGTAT-TGATATTTATG--TT---ATATCTGTGTT-ATGT-ACGCATATTCATGTG-CCATATTTGGCTTAATATAAATAAAATA-TA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacatatgctttaaattggacacaagaaaattgaatataataag-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTTCCTCAAATGTACGAAACTTA-CCAATAGCACACTTGATTCTGAGATC-AAGATTAGTTTTCAGTGTTCATCTGCAAATCTTAAGA--AGGTC-GGGA-GGT-TTTGAGTAAATACTAATGACATTGAAATATTTTGTTTAACATATACCATCTACATAAAAAGCAACACATTTAGGTTTATCATg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actTT-AAA-GT-CAAACTATAGCTACCATTCATAATATTTCAAACAC-------ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTTTTC-TTCATACCATCTTACTAT-TGATAATTATG--TTATGATATTTGTATT-ATGT-ACACATATTCATCGG-CCATATTTGGCTTACAAT-AATAAAAGAGTATATTCA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cATAGCTACCGTTTATAAAATTTCAAAAACTTGCC--ATAT--C-A----AACTAAA-CATTGGA-TATGTTG--ATA---ATCA-CAGATGTGTTTTTC-T-----------CACTAT-TGATAACTATG--TTATGATATCTGTAAT-ATGC-ACACATATTTATGGG-CCATATTTGGTTTAAAATAAATAAAATA-TAcgaata
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -TTT-AAA-AT-CACACTATAGCTGTCATTTATAATAGTTAAAACTGTTGCT--ATAT--C-A----ATCTGAA-TATTACA-TATG-------T---ATCAAC---TGTATTTTGC-TTCATACCATCTCATTACATG-TAACAATT--TTATGATAGTTTTATT-GTGT-Agaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtTTT--ATT-----CAAA---TGCATTTCTG-TTCATACCATTTCTCCAT-TGATTATTATGCATTAT--TGTTTGTATT-ATGTAACACATTTTCTTGGA-CCATAATTGATTTCAACC--ATGAAATT-TATCTACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAGAT-----------------C-A-AT-TGATA---------------TAAAA--AAACAAC------------AC-T-TTTG-AACATATCCAACTTGAGTTACCTGAAATTTACAAAACCTA-TCAATAGCACATGTGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gactTTTCATTTAGAATTGGAAGGCAGA-TTGTTTATGTCATCAA-------GAGTAATCTTTAATAGGTCGGCAACAGTCTTCAAGTTCA----ACCCT---AATCTGCAAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTTTGCTAAAATGGTGTTTG-GTG-TAAAACTATCAACTCAATACATTC------ATAT--AAAAACG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAGCAAAAGGACAAATGT----AGAA-ACATTTAAGTATTGCTAAAAGGGTG-TTGTGGG-TAAATTTAT---------------------ATATGGAGGAACTGGCCGTATCAACTTTATAAATAATAGATAT----------------GACAC-------------GTGTTGTTGCTGTGAAATAAAATACAAAATATGA-TTTATA--A-TATGTTGAAAAATGACAGTGAAATGCACTTGGACAGGGTTAACTGGACATCGAAAGTTATTTGATACTTGTTATCTGGAATTGGAGTCTAAAATGTGTGATCATTACCAGGTGTCGGTG-ATGTAAATACATTTCTTTCTGTTTTT-AAACAAAGAATTCAAGATATTTTTACTCGGGATTGGGATACAGAGTTATATATTTCATCAAATCTTTAGAGCACTATTTTATAGGTCGGTCTCACTCTTCGAGTCAA----AGCCT---TATCTTCAAAAATATCAACAAATATAAATGCCGTATTGCCATAACAAAATTAAGACTTTCTTCGCATA--------AATTG--GAAGTTGAGTGTGGTCGATGGCG----CAAATCCATCAGCGTACAGTTCT-ACGATAGGAAATACAGACAATGCAATTAATTAGAAGATGAGTATTGTTTTGTAATCGAATGCAAAAA-----------------C-
gi|20                         : tttcagtatcaatggaataatgataaaagtgaatattacaagtgtagaataaataatgaaagtataaatgctaaagttttatatgctaccatacgcagacgatattattctttttgtaaagtcaaaggataaattgcaaaaatcttaaaatattttagttaattatggtgatatgtggaggctaagcgtaaatacacaaaagacaaaagtgatgatatttagaaaaaggaggccaattgtaacgtaatgcatcatttcattttaaagaaagtactttgggaattgtcagcaagtttaaatatttagtcattctttttacatccggaggggcttataacgaacatcagaacatgctagctggacagtcccatcaagttatacttcaagatacctcattaaattaagcgatatatcaccaaagcattcattggagttatttgacaagctgatattacacattttgaactattgatctgaagtgtgggGGAGAAACGGGTCGTATTAACTTTAAAAATAATAGTTATT---A-tgtgcctgattgcaaattcaattttttatttacacttatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTG-GGGGTAAAATTACCAACCCA-------C------A-A-GGAGAACCGGACCGTATAAACCTTACAAATGATAGATATTGTAA-ATGTTTA----ATACTGAT--AGTAACTGTGTTGTTGCAGTGACATAAAATACAAAAAAAAAAATTA-A--AATATGTTGAAAAATGACAATGACATACACGCGAACAG----------ATGTCGAAAGTAA---AATACTTGTTATATAGACTTGGATTCTATGATGTGTAGTTAGCACAAGGTGTCGGAG-ATGTAAATGTATT----------------ACAAA----TAAAGAGGTTTTTATTCAAAATTGGGAGGC--------------CATCAA-------GAGCAATATTTAATAGATCAGTCGCACTATTCGAGTTCAGTCAAGCCT---TATCTTCAAAA-TATTAACATATCTAATGTCCGTGTTGCCATGACAAAATTAAGATTTTCTTCTCATACTTGTCGAAGTTGTGGAAGTTGACTGTGATCGATGGCA----CAAAACCGTAAGCGTACTGTTCCGAC-ATAGGAAATACAAACAATGTAATTTACTAGAAAATGAGTATCATTTTGTAATCGACTGTAAAAA------------------------TTGC-------------------------------------------T-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTATCTGAAATTTACGAATCTTA-TCAACAGCACATGTGTTTCTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTAATAAACAAATCTTTCGA--ACGTG-GA-A-GGT-TTTTAATAAATACTAATTCCATTTAAATATTGTGTAAAACATATACAATCCACAAAGATAGCAACAAATGCAAGTTTATTAATTGATTATTTTCTCTCGATTCTTGTT--GC-TAATTTTG-G-TTTCT-AT-AAT-GCGTG-TTTT---T----T---A-----TTTTATCTTTA--TGTAAAA-----A-AATGATTCTCTCCCA-AA-------G--------------------T---------A--------------A--AAA------C----A---AT------CGAAATATGCTATAGTTTT-AAA-GA-CAAACTATAGCTACACCTCATAATATTTCATACACTTGC---ATAT--C-A----AACTGAA-CATTGCA-TATATTT--ATT---A-CA------GTAGTTTCC-TTCATACCATCTCACTAT-TGATAACTACG--TTATGATATTTGAATT-ATGC-AAACATATTCATGGG-TAATATTTGGTTTTAGGTGAATAAAAGA-T-TATc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGCTCGTACTCTACG---TGTGGTTAGCACAAGGTGTCGG-GTACTTGATTGCAATTCTTTC-ACTTTTTAAACAAAGAATTAGATATGATTTTACTCAGAATTGGGAGGCGGAGTTGTATATGTCATCAA-------GAGCACTATTTTATAGGTCGAGCGCTCTCTCCGAGTTCA----AACCT---TATCAGCAAAA-TATTAACATATCTAAATTCCGTATTACCATGACAAAATTAAGACTATTTTCGCATA--------GATTG--GGAGTTAAGTGTTGTCGATGGCGAAGACAAA-----AAG---A-----CC-ACGATAGGAAATGTAGACAATATTATTTATTAGAAGACGAGTATCATTTTGTAATCAAATGTAAAAA-----------------CTACATATTATGGACATTATGCAGACTTAAAACCAA----TTTGTATTAAAATAC-TTTTGT-AA-AT-TATAA-----GTTA-CTAAAATTTACGAAACTTAGCCAATAGCTTATGTGA--------------A--AGTTGTCAGTGTTCATAAACGATGCTTCTGA--ACGTCAGA-A-GAT-CTTTAATAAATACTTATTCTATTTAAATATT------------TACAATCTACATTAATACCAACAAACGCAAATTTATTATTTGGTTATTCTTTGTAGATTCTTG----TCAGTAATTTG-T-TTTCT-TT-TTTAATATG-TTTT------------------TTTTAT----A--TA---AA-----G-AAT-------------GGCTCTCTCA--------------------C---------ACAGT----------G--AGA------CTT--A---ACTTTCTGTTAAATATGCTATTA-TTT-AAA-GT-CAAAGTATAACTGCCATTTATAATATTTCAAACACTTACT--ATAT--C-A----AACTGAA-CCTGGCATTATGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTTTTC-CTCAAACCATCTCACTAT-TGATAATTATG--GTAT----TTTGTAta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTTGAGTTCA----AGCCT---AATATGCAAAA-GATCAATATATCAAAATTCCGTATTGCAATGACAAAATTAAGAATATCTTCGCATA--------AATTG--GAAATGGAGTGTAATCGGGGGCG----CAAACCCGAAAGTGTACCATTCC-ACGATAGGAAATGTAGACAATGCACGTTATTAGAAGATGAGTACCATTTTGTAATTGAATGTAAAAACTATGCAGACTTAAGATC-A-AT-TTACAT--------------TAAAA--AG----T------------AT-T-TTGG-AA-ATATCCAA-----GTTACACGGAATTTACAAAACTTA-TTAACAGCACATGTGATTTTGAGATT-AGGA--AGTTGTCAGTGTTCATATGTAAAGCTTTTGA--ACGTC-GT-ATGGT-TTTGAACAAATATTAATTTCATT----TATTTTATTAGACATATAAAGTC---------AGT-----ATGTAAGTCTATTATTTGGTTATTTTCTCT-GATTTTCGTT--TT-TT-CTTTC-T-TTTCT-TT-TAT-GGG-----CT--AT----T---A-----TT---TTTAAA-------AA-----A-AAT-------------AT-------A--------------------TCTCTCCTACA--------------ATGAGA------CTTTTAAATAC------TAAAATACCCTTTTG-TGC-AAA-GTAAAAACTATAGCTAACATCTATTATATTTCAAACGCTTGCT--TTAT--C-A----AA-TGAATCATTACA-TGTGTAT--ATA---ATCAAC---TGTG-TTTAC-ATCATACCACCTCACTAT-TGACAATTATG--TATTGAACCCTGTATT-ATGT-TCACATATTCGTGGG-CCATATATGGCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTATCATATTGAAATTAAACGTAACTA-----------------C-------TATG---------------CAGA-----------------------C-T-TGGGGAA-ATATCCAT-----GTTACCTGAAATTTACGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatAATATC-CATGTTAC-CTGAAATTTACGA--AGTTGTAAGTGTTCATAGACAAAGCTTTCGA--ATGTT-GA-AAGGT-TTAGAATAAATACTAATGT-ATTTAAATATTTTGTTAAACATATACAATGTACATTAATAGCAACAAATGCAAGTTTGTTATTTGGTTATTTTCTATCGGTACTC--T--TG-GTATTTTGTGTTTTCT-TT-AAT-ACGTGTTTTT--AT----T---ATGATGTTTTTTTTAAA---G---AA-----ATGATCTCTCTCATGGTAAG-------AAT------------------T---------A--------------A--AAA------A----C---AC------TTTAATATGTTATTGTTTT-ATA-GT-CATACTATAGCTACCCTTTATAATATTTTAAACACTTGCT--ATAC--C-A----AACTGAG-CATTGCG-TTTGTGT--ATT---ACCAAC---TGTATTTTTG-TTAATACTATCTCACCTT-GGATATCTATG--TTAGAATATTTGTATTAATGT-ATTCATATTCATGGA-CCATATT--------AATAAAAGAAATA-Tgttgtaagtgttcatagacaaagctttcgaatgttgaaaggtttagaataaatactaatgtatttaaatattttgttaaacatatacaatgtacattaatagcaacaaatgcaagtttgttatttggttattttctatcggtactcttggtattttgtgttttctttaatacgtgtttttattatgatgttttttttaaagaaatgatctctctcatggtaagaattaaaaaacactttaatatgttattgttttatagtcatactatagctaccctttataatattttaaacacttgctataccaaactgagcattgcgtttgtgtattaccaactgtatttttgttaatactatctcaccttggatatctatgttagaatatttgtattaatgtattcatattcatggaccatattaataaaagaaatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaacgcaatcggtgttggttttctaacatataacatgtatcatattgaaattaaacgtaactactatgcagacttggggaCATGAATAGCAACAAATGCAATATTATTATTTAGTTACTTCCTCTTGATTCTCGGT--GC-TTATTTTA-G-TTTTT-AT-TAT-GCATA-TTTTTAGT----TCAAA-----TTTTATTTAAA--TA---AA-----G-AAT-------------GG-------AGCGCTCCCATAGTTGGACTTT---------A--------------A--AAAACATAAT----A---AC------TTAAATATGCTTTAA-TTC-AAAAGTACAAAAAAAACCTATGACTTATGATATTTCAAACACT-ACC--ATAT--C-A----AACTGAA-TATTGCA-TACGTTT--ATT---ACCAAC---TGTATTATTT-GTCATACCATCTCACTAG-TGATAATTATG--TTATGATATTTGTATT-ACGT-AAACATATTCATGGG-CCATATTTGGCTTAAAATAAAT-AAATA-TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tacTAAACATA--CAATCTCCTTGAATAGCAACAAATGCATGTTGATTATTGGATAATTTTCTTTCGATTCTAGTTGGTA-TTTTTTT----TTTCTGTTGTGT-GTGTG-TGTT--ATAATGT---A-----TTTT-TTTAAA--T----AA-----A-TAT-------------TG-------A--------------------C---------ATCTCCCACAGTGAGA--CAA------T----A---AG------TTAAAAATGCTATAGTTTT-ACA-GT-CATA-TATAGCTAC---------TATTTGA---ACTT---------------------TGAA-TA--------TGTTTTGATT---ATCAAC---TGTATTTGTCATTTATGCCAT-----TAT-TGATAATCATG--TTAAGATATTTGCATT-GTGc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TAAGAAAAAACATGAGTACAGTAGACAATGTTTTTTATCCTTAATGGAGTTATTTTACATAGTCTCAAACAGAGAGAAAAGTTATAGTGTGCTTTTGTGGATTTTTATAAAAAAAGAAGCTTTTGATTTTGTGGTGAGAGTCTTTATGTGGTGGTATAAATTGTTGTATTTGTTCAGAGGTAAACTTTCAAATGTGATTAAATCGATGTATATGTGCATTAAGTCAAAAGTAAAATATAGGAATACGTTAAGTGAAGATTTTTCATGTATGTTGGGGTGAGGCAAGGAGAGTGTTTATCACCTTTTTTAGTTAGTTAATATTTGAATGATATAGAGGAGAAATTAACTAACAATGGAAAAGACGATAGTAACATAGGAATGCTAAAATTGTGTATGCTACAATACGCAGACGATATCATTATCTTTGCAAAGTTGAAAAATGATTTGCATTTTTTAAAAATATTTTAGTTAATTATTATGGTTTGTGGAGGTCAACCGTAAATATGCAAATGACAATAAATATGATGTTAAGAATAGGAGGCAACTTACCATGCAATAATAATTAATTTTAAAGAAATTACTTTGAAAATTGTCATCAAGTTTAAATATTTAGGCTTTCTCTTTATATCCGGAAGGGCTTATAACGAACATTAGAAAATGCTAGCTGG