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lowQualScore                  :       0  000000             0000000000000000000    33 7 8  5  00 22   7  00  666666  2     2     8888888888888  1111 99          11111111  5  99   33    99   99  22    22  33      6    
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Reference ( gi|5 )            : AATATGATAATTATGGTATTGCATCTCT---GCTTAA-----TGCAATTTGCCTAGTTTTAACCT--TGC-ATTTAT----ACCTAGATTTATTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCA------ATGTA--GGCA-AGAC--ATT--TG--ATTC--CA-CGGAATTGTCTT
gi|3                          :  ATATGGTA-TT---GTATTGCATCTCT---GGTTAAATAAATGTTTTTTGTATGGCCT-AA--T--GGCTATTTATCGATAGCTCGGCTTTTTCAT------AGCCGAACT----T--TGTGATAAAGTG------ATATA--GATG-AGGC--ATT--GA--ATTA--TG-TAGAATTTTCTT
gi|4                          :                  ATCGCATCTCTAAAGT---A-----TGTTATTTGCGTAGTT--AATCTCTTGA-ATAAAT----AGCTTAACTTCGTCAT------AGTC---TT----T--TGTGATAAAATG------ATATA---GCAGAGAC--ATT--TA--ATTT--CG-AAGAATTGTCT
gi|6                          :                               acaaatatcgcgatgcgTTTGTCTTGGTTAGACTT--TGC-TTCTTT----ATCTAGATATAT--AT------G------TT----T--TG--ATTAATCA------ATGAA--GACG-GGAC--ATT--TG--ATTC--TG-CAGAATTGTCTTggttt
gi|9                          :                                                        GTATTAACCT--TGC-AGCAAT----AGCTCGACATTTTCAT------T------CT----T--TGTGTTAAAACA------ATACA--GCTG-AG-T--ATT--TG--ATTC--Cgt
gi|7                          :                                                          TTTGACCT--TGC-ATTGAT----AGCTAGCCTTCCTCAT------A------CT----T--CGTGACCAGGCG------ATACG--GGCA-AGAC--ATT--TG--ATTC--TA-
gi|2                          :                                                  tgtttacgTTTGGCAT--TGC-AATTGT----AGCTAGATTTTTTTATAGTCTAA------TT----T--TGTGATAAAGCG------ATCTATGGGTT-AGACAAATT--GG--ATAC--CA-CAGAATTGTTTT
gi|8                          :                               tgccatgctgtggttcagaatccttatttaatattacgtgtgcgccT----ATTTAAATTTCTTCAT------AGTCTCACT----T--TGTGATA--------------TA--GGCG-GGAC--ATT--TG--ATTCTGCA-CG--ATTCTCTTtgtt
gi|10                         :                                                                                     gAGATTTCTTCATGTTCTCA------CT----T--GGTGATAAAG--------GTGTATTGGCG-AGAC--A-T--TGAAATTC--CA-TGGAATTCTCTTgttaat
gi|1                          :                                                                                       cACTTCTTCAT------AGC----CTAAGTT--TGTGATAAAGCGATATACATGTA--GTCG-AAAC--ATT--TA--ATTC--CA-TGGAATTCTCTTg
gi|15                         :                                                                                          TTCTTCAT------A------TT----T--TGTGATAAGGTG------TTTTA--GGAA-AGAC--ATT--TG--ATTC--TG-CGGA---GTCTTgttaattgtaaatttgtcagcaatatcctcctaaacttctcaattgattatggtcaaacttgctagtaagtgtcagttcgaagttctgttttgcaaattgtctttttctagtactactagtgtcactagtcaaaacaggggccttcgtgtagactggcacatttcaaggtacaatacaaattctacttattattgaacaaatag
gi|12                         :                                                                                             TTCAT------AGCTT--CT----TATTGTGAGAAAGCA------ATATA--GGCA-------ATTTATA--ATTC--CA-TGGAAATATCTTg
gi|14                         :                                                                                          ctgcTCAC------A-------T----T--TATGATAAAGTG------ATAAA--GGTG-AGAC--ATT--T---ATTT--TAGTAGAATTGTCT
gi|17                         :                                                                                            atagtc------A------CT----T--TGTGATAAAATG------ATAAA--GGCA-AGAC--ATT--
gi|13                         :                                                                                          ctagtctc------A------CT----T--TAAGATAAAGGG------ATATA--AGCG-AGAC--ATT--TA--AAAC--CG-TGAAATT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTTCTTCACAGCCTTACTGTTTGGTAATAAGGTCATACAGGTGATGTATTTAAATGTGTGGAATTTTCTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACCTCACTTTATGGTAAAGTGTTAGAGACAACACATTTAATTCTGTGGAATTCT






Alignments
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consensus                     :                             NATATGGTAATTATGGTATCGCATCTCT---GNTTAA---AATGTTATTTGTNTAGNT--T--TGACCTTGCATCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
Reference ( family-4660 )     :                             NATATGGTA-TT---GTATCGCATCTCTAAAGNTTAAATAAATGTTNTTTGTNTNGTT--T--TGACCTTGCATTNATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
gi|1                          :                                                                                                                 ACTTCTTCAT------AGC----CTAAGTT--TGTGATAAAGCGA--TATACATGTAGTCGAAAC--ATT--TA--ATTCCATGGAATTCTCTT
gi|10                         :                                                                                                               AGATTTCTTCATGTTCTCA------CT----T--GGTGATAAAGGTG--TA------TTGGCGAGAC--A-T--TGAAATTCCATGGAATTCTCTTgttaattgtaaatttgtcagcaatatcctcctaaacttctcaattgattatggtcaaacttgctagtaagtgtcagttcgaagttctgttttgcaaattgtctttttctagtactactagtgtcactagtcaaaacaggggccttcgtgtagactggcacatttcaaggtacaatacaaattctacttattattgaacaaatag
gi|12                         :                                                                                                                 cCTGCTTCAT------AGCTT--CT----TATTGTGAGAAAGCAA--TA------TAGGCA------ATTTATA--ATTCCATGGAAATATCTTg
gi|13                         :                                                                                                                           ------A------CT----T--TAAGATAAAGGGA--TA------TAAGCGAGAC--ATT--TA--AAACCGTGAAATT
gi|14                         :                                                                                                         tttttcaaagcttaTCAC------A-------T----T--TATGATAAAGTGA--TA------AAGGTGAGAC--ATT--TA--TTTTAGTAGAATTGTCT
gi|15                         :                                                                                                             atagtcTTCTTCAT------A------TT----T--TGTGATAAGGTGT--TT------TAGGAAAGAC--ATT--TG--ATTCTGCGGA---GTCTT
gi|17                         :                                                                                                                           ------A------CT----T--TGTGATAAAATGA--TA------AAGGCAAGAC--ATT--g
gi|2                          :                                                             ctagtctcAATATTACGTGTGCGCCT--T--TGGCATTGCAATTGTAGCTAGATTTTTTTATAGTCTAA------TT----T--TGTGATAAAGCGATCTA------TGGGTTAGACAAATT--GG--ATACCACAGAATTGTTTT
gi|3                          : tgccatgctgtggttcagaatccttatttATATGGTA-TT---GTATTGCATCTCT---GGTTAAATAAATGTTTTTTGTATGGCC--TAATGGCTATTTATCGATAGCTCGGCTTTTTCAT------AGCCGAACT----T--TGTGATAAAGTGA--TA------TAGATGAGGC--ATT--GA--ATTATGTAGAATTTTCTTtgtt
gi|4                          :                                              ATCGCATCTCTAAAGT--------ATGTTATTTGCGTAGTTAAT--C--TCTTGAATAAATAGCTTAACTTCGTCAT------AGTC---TT----T--TGTGATAAAATGA--TA------TAGCAGAGAC--ATT--TA--ATTTCGAAGAATTGTCT
gi|5                          :             acaaatatcgcgatgcgATATGATAATTATGGTATTGCATCTCT---GCTTAA-----TGCAATTTGCCTAGTT--T--TAACCTTGCATTTATACCTAGATTTATTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCAA--TG------TAGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCCACGGAATTGTCTTggttt
gi|6                          :                                                                           aTTTGTCTTGGT--T--AGACTTTGCTTCTTTATCTAGATAT----AT------A------TG----T--TTTGATTAATCAA--TG------AAGACGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCAGAATTGTCTT
gi|7                          :                                                                              TGTTTACGT--T--TGACCTTGCATTGATAGCTAGCCTTCCTCAT------A------CT----T--CGTGACCAGGCGA--TA------CGGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCgt
gi|8                          :                                                                                                              TAAATTTCTTCAT------AGTCTCACT----T--TGTGATA----------------TAGGCGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCACGATTCTCTTta
gi|9                          :                                                                               gtattGTA--T--TAACCTTGCAGCAATAGCTCGACATTTTCAT------T------CT----T--TGTGTTAAAACAA--TA------CAGCTGAG-T--ATT--TG--ATTCCgttaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTTCTTCACAGCCTTACTGTTTGGTAATAAGGTCATACAGGTGATGTATTTAAATGTGTGGAATTTTCTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACCTCACTTTATGGTAAAGTGTTAGAGACAACACATTTAATTCTGTGGAATTCT






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consensus                     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
Reference ( family-4660 )     :                 NATATGGTAATTATGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
gi|1                          :                                                                                                    ACTTCTTCAT------AGC----CTAAGTT--TGTGATAAAGCGA--TATACATGTAGTCGAAAC--ATT--TA--ATTCCATGGAATTCTCTT
gi|10                         :                                                                                                  AGATTTCTTCATGTTCTCA------CT----T--GGTGATAAAGGTG--TA------TTGGCGAGAC--A-T--TGAAATTCCATGGAATTCTCTTgttaattgtaaatttgtcagcaatatcctcctaaacttctcaattgattatggtcaaacttgctagtaagtgtcagttcgaagttctgttttgcaaattgtctttttctagtactactagtgtcactagtcaaaacaggggccttcgtgtagactggcacatttcaaggtacaatacaaattctacttattattgaacaaatag
gi|12                         :                                                                                                    cCTGCTTCAT------AGCTT--CT----TATTGTGAGAAAGCAA--TA------TAGGCA------ATTTATA--ATTCCATGGAAATATCTTg
gi|13                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TAAGATAAAGGGA--TA------TAAGCGAGAC--ATT--TA--AAACCGTGAAATT
gi|14                         :                                                                                            tttttcaaagcttaTCAC------A-------T----T--TATGATAAAGTGA--TA------AAGGTGAGAC--ATT--TA--TTTTAGTAGAATTGTCT
gi|15                         :                                                                                                atagtcTTCTTCAT------A------TT----T--TGTGATAAGGTGT--TT------TAGGAAAGAC--ATT--TG--ATTCTGCGGA---GTCTT
gi|17                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TGTGATAAAATGA--TA------AAGGCAAGAC--ATT--g
gi|2                          :                    ctagtctcTGTGGT-TCAGAATCCTTATTTAA-----TATTACGTGTGCGCCTT--TGGCAT--TGCAATTG-TAGCTAGATTTTTTTATAGTCTAA------TT----T--TGTGATAAAGCGATCTA------TGGGTTAGACAAATT--GG--ATACCACAGAATTGTTTT
gi|3                          :          tgccatgcATATGGTA-TT---GTATT-GCATCTCTGGTTAAATAAATGTTTTTTGTATGGCCTAATGGCTA--TTTA-TCGATAGCTCGGCTTTTTCAT------AGCCGAACT----T--TGTGATAAAGTGA--TA------TAGATGAGGC--ATT--GA--ATTATGTAGAATTTTCTTtgtt
gi|4                          :                                  ATC-GCATCTCT----AAAGT-ATGTTATTTGCGTAG--T--TAATCTCTTGAA-TAAATAGCTTAACTTCGTCAT------AGTC---TT----T--TGTGATAAAATGA--TA------TAGCAGAGAC--ATT--TA--ATTTCGAAGAATTGTCT
gi|5                          : acaaatatcgcgatgcgATATGATAATTATGGTATT-GCATCTCTGCTTAA-----TGCAATTTGCCTAGTTT--TAACCT--TGCA-TTTATACCTAGATTTATTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCAA--TG------TAGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCCACGGAATTGTCTTggttt
gi|6                          :                                                             aTTTGTCTTGGTT--AGACTT--TGCT-TCTTTATCTAGATAT----AT------A------TG----T--TTTGATTAATCAA--TG------AAGACGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCAGAATTGTCTT
gi|7                          :                                                                TGTTTACGTT--TGACCT--TGCA-TTGATAGCTAGCCTTCCTCAT------A------CT----T--CGTGACCAGGCGA--TA------CGGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCgt
gi|8                          :                                                                                                 TAAATTTCTTCAT------AGTCTCACT----T--TGTGATA----------------TAGGCGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCACGATTCTCTTta
gi|9                          :                                                                    gtattT--TAACCT--TGCA-GCAATAGCTCGACATTTTCAT------T------CT----T--TGTGTTAAAACAA--TA------CAGCTGAG-T--ATT--TG--ATTCCgttaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTTCTTCACAGCCTTACTGTTTGGTAATAAGGTCATACAGGTGATGTATTTAAATGTGTGGAATTTTCTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACCTCACTTTATGGTAAAGTGTTAGAGACAACACATTTAATTCTGTGGAATTCT






Alignments
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consensus                     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
Reference ( family-4660 )     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
gi|1                          :                                                                                                    ACTTCTTCAT------AGC----CTAAGTT--TGTGATAAAGCGA--TATACATGTAGTCGAAAC--ATT--TA--ATTCCATGGAATTCTCTT
gi|10                         :                                                                                                  AGATTTCTTCATGTTCTCA------CT----T--GGTGATAAAGGTG--TA------TTGGCGAGAC--A-T--TGAAATTCCATGGAATTCTCTTgttaattgtaaatttgtcagcaatatcctcctaaacttctcaattgattatggtcaaacttgctagtaagtgtcagttcgaagttctgttttgcaaattgtctttttctagtactactagtgtcactagtcaaaacaggggccttcgtgtagactggcacatttcaaggtacaatacaaattctacttattattgaacaaatag
gi|12                         :                                                                                                    cCTGCTTCAT------AGCTT--CT----TATTGTGAGAAAGCAA--TA------TAGGCA------ATTTATA--ATTCCATGGAAATATCTTg
gi|13                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TAAGATAAAGGGA--TA------TAAGCGAGAC--ATT--TA--AAACCGTGAAATT
gi|14                         :                                                                                            tttttcaaagcttaTCAC------A-------T----T--TATGATAAAGTGA--TA------AAGGTGAGAC--ATT--TA--TTTTAGTAGAATTGTCT
gi|15                         :                                                                                                atagtcTTCTTCAT------A------TT----T--TGTGATAAGGTGT--TT------TAGGAAAGAC--ATT--TG--ATTCTGCGGA---GTCTT
gi|17                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TGTGATAAAATGA--TA------AAGGCAAGAC--ATT--g
gi|2                          :                    ctagtctcTGTGGT-TCAGAATCCTTATTTAA-----TATTACGTGTGCGCCTT--TGGCAT--TGCAATTG-TAGCTAGATTTTTTTATAGTCTAA------TT----T--TGTGATAAAGCGATCTA------TGGGTTAGACAAATT--GG--ATACCACAGAATTGTTTT
gi|3                          :          tgccatgcATATGGTA-TTGT---ATT-GCATCTCTGGTTAAATAAATGTTTTTTGTATGGCCTAATGGCTA--TTTA-TCGATAGCTCGGCTTTTTCAT------AGCCGAACT----T--TGTGATAAAGTGA--TA------TAGATGAGGC--ATT--GA--ATTATGTAGAATTTTCTTtgtt
gi|4                          :                                  ATC-GCATCTCT----AAAGT-ATGTTATTTGCGTAG--T--TAATCTCTTGAA-TAAATAGCTTAACTTCGTCAT------AGTC---TT----T--TGTGATAAAATGA--TA------TAGCAGAGAC--ATT--TA--ATTTCGAAGAATTGTCT
gi|5                          : acaaatatcgcgatgcgATATGATAATTATGGTATT-GCATCTCTGCTTAA-----TGCAATTTGCCTAGTTT--TAACCT--TGCA-TTTATACCTAGATTTATTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCAA--TG------TAGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCCACGGAATTGTCTTggttt
gi|6                          :                                                             aTTTGTCTTGGTT--AGACTT--TGCT-TCTTTATCTAGATAT----AT------A------TG----T--TTTGATTAATCAA--TG------AAGACGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCAGAATTGTCTT
gi|7                          :                                                                TGTTTACGTT--TGACCT--TGCA-TTGATAGCTAGCCTTCCTCAT------A------CT----T--CGTGACCAGGCGA--TA------CGGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCgt
gi|8                          :                                                                                                 TAAATTTCTTCAT------AGTCTCACT----T--TGTGATA----------------TAGGCGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCACGATTCTCTTta
gi|9                          :                                                                    gtattT--TAACCT--TGCA-GCAATAGCTCGACATTTTCAT------T------CT----T--TGTGTTAAAACAA--TA------CAGCTGAG-T--ATT--TG--ATTCCgttaat


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blockSeqs                     :                                     .        .     .              C   G  .       .     . TTA                 AGCCGAA        .    .              .   .               .    .   . 
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blockSeqs                     :                                                                                                              A              .    .              .   .               .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                                              A              .    .              .   .               .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                                              A              .    .              .   .               .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                                              T              .    .              .   .               .    .     


blockSeqCons                  :                                                                                          CGA                 A************  ****                    ******
originalCons                  :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
finalCons                     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCATA------------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTTCTTCACAGCCTTACTGTTTGGTAATAAGGTCATACAGGTGATGTATTTAAATGTGTGGAATTTTCTT
Unaligned ( gi|16 ): TAACCTCACTTTATGGTAAAGTGTTAGAGACAACACATTTAATTCTGTGGAATTCT






Alignments
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lowQualScore                  :                          .    ....  .        ..    .....          . . .  ..      ..    . ...           .     .............  .... ..          .  ..  ......          ..   ..  ..      .      .    
lowQualScore                  :                          5    2222  0        00    88888          0 3 5  99      99    7 999           2     4444444444444  7777 77          3  77  777777          77   77  99      1      5    
consensus                     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
Reference ( family-4660 )     :                 NATATGGTAATTGTGGTATC-GCATCTCTGNTTAAA---ATGTTATTTGTNTAGNTT--TGACCT--TGCA-TCGATAGCTAGACTTCTTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCGA--TA------TAGGCGAGAC--ATT--TG--ATTCCGCGGAATTGTCTT
gi|1                          :                                                                                                    ACTTCTTCAT------AGC----CTAAGTT--TGTGATAAAGCGA--TATACATGTAGTCGAAAC--ATT--TA--ATTCCATGGAATTCTCTT
gi|10                         :                                                                                                  AGATTTCTTCATGTTCTCA------CT----T--GGTGATAAAGGTG--TA------TTGGCGAGAC--A-T--TGAAATTCCATGGAATTCTCTTgttaattgtaaatttgtcagcaatatcctcctaaacttctcaattgattatggtcaaacttgctagtaagtgtcagttcgaagttctgttttgcaaattgtctttttctagtactactagtgtcactagtcaaaacaggggccttcgtgtagactggcacatttcaaggtacaatacaaattctacttattattgaacaaatag
gi|12                         :                                                                                                    cCTGCTTCAT------AGCTT--CT----TATTGTGAGAAAGCAA--TA------TAGGCA------ATTTATA--ATTCCATGGAAATATCTTg
gi|13                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TAAGATAAAGGGA--TA------TAAGCGAGAC--ATT--TA--AAACCGTGAAATT
gi|14                         :                                                                                            tttttcaaagcttaTCAC------A-------T----T--TATGATAAAGTGA--TA------AAGGTGAGAC--ATT--TA--TTTTAGTAGAATTGTCT
gi|15                         :                                                                                                atagtcTTCTTCAT------A------TT----T--TGTGATAAGGTGT--TT------TAGGAAAGAC--ATT--TG--ATTCTGCGGA---GTCTT
gi|17                         :                                                                                                              ------A------CT----T--TGTGATAAAATGA--TA------AAGGCAAGAC--ATT--g
gi|2                          :                    ctagtctcTGTGGT-TCAGAATCCTTATTTAA-----TATTACGTGTGCGCCTT--TGGCAT--TGCAATTG-TAGCTAGATTTTTTTATAGTCTAA------TT----T--TGTGATAAAGCGATCTA------TGGGTTAGACAAATT--GG--ATACCACAGAATTGTTTT
gi|3                          :          tgccatgcATATGGTA-TTGT---ATT-GCATCTCTGGTTAAATAAATGTTTTTTGTATGGCCTAATGGCTA--TTTA-TCGATAGCTCGGCTTTTTCAT------AGCCGAACT----T--TGTGATAAAGTGA--TA------TAGATGAGGC--ATT--GA--ATTATGTAGAATTTTCTTtgtt
gi|4                          :                                  ATC-GCATCTCT----AAAGT-ATGTTATTTGCGTAG--T--TAATCTCTTGAA-TAAATAGCTTAACTTCGTCAT------AGTC---TT----T--TGTGATAAAATGA--TA------TAGCAGAGAC--ATT--TA--ATTTCGAAGAATTGTCT
gi|5                          : acaaatatcgcgatgcgATATGATAATTATGGTATT-GCATCTCTGCTTAA-----TGCAATTTGCCTAGTTT--TAACCT--TGCA-TTTATACCTAGATTTATTCAT------A------CT----T--TGTGATAAAGCAA--TG------TAGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCCACGGAATTGTCTTggttt
gi|6                          :                                                             aTTTGTCTTGGTT--AGACTT--TGCT-TCTTTATCTAGATAT----AT------A------TG----T--TTTGATTAATCAA--TG------AAGACGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCAGAATTGTCTT
gi|7                          :                                                                TGTTTACGTT--TGACCT--TGCA-TTGATAGCTAGCCTTCCTCAT------A------CT----T--CGTGACCAGGCGA--TA------CGGGCAAGAC--ATT--TG--ATTCgt
gi|8                          :                                                                                                 TAAATTTCTTCAT------AGTCTCACT----T--TGTGATA----------------TAGGCGGGAC--ATT--TG--ATTCTGCACGATTCTCTTta
gi|9                          :                                                                    gtattT--TAACCT--TGCA-GCAATAGCTCGACATTTTCAT------T------CT----T--TGTGTTAAAACAA--TA------CAGCTGAG-T--ATT--TG--ATTCCgttaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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