lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 111 111 66666 4
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666 2 0 1 2 7777 2 0 666 5 777 99 4 4 99999 6 0
lowQualScore : .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .... . . . . .... . . ... . ... .. . . ..... . .
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 0 6 6 9 0000 9 5 999 7 444 44 2 4 00000 0 0
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TNAGTGGTATGCAAGAANC------------------GCA--AA-TCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCAA-C-CCTCGGTATCAC-T----GTT------TTGATTAG-------GAAC-C-CG-----GAC-AG-AGC--CTC---GGT-TCC--G-A----TAA---------------------AA----ACAGTGAAACC-TCAG-G-TTGGAATATTC--TT-ATCTCAACC-TAATACCC-ATGAAAGATTCTTA-AAT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( gi|1 ) : TCCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAA------------------ACA--AA-TCA-AGATA-----TGAGAT-------TTTGA-C-CCTTGGTATCAC-T----GTT------TTGATTAG-------GAAC-C-CA-----GAC-AG-AGC--TCA---AGT-TCT--G-A----TAAC--------------------AA----ATAGTAAAACC-TCAT-G-TTGGAATATTC--GT-ATCTCAAAT-TAATACCT-ATGAAAAATTCTTA-AATTAGTATTTGAAT-TGGTGTCCAAAACTGTTGGTATTGTGCAA
gi|2 : CCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATC------------------GCAGCAA-TCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAA-CTCCTCGGTAGCAC-T----GTG------TTGAT-AG-------TGGC-C-TT-----GAT-AGTGGC--CTA---GGC-GCC--A-AAAAATAAA--------------------AG----AT--TGAAATG-CCAG-G-TTGAAATATTC--TT-ATCTCAAAC-TAATA
gi|3 : TAGTAGTATACAAGAAAACACATCAATTATGAATATACA--AG-TCA--GATAA----TGAGGA-------TGCAA-C-AATTGGTATCAC-T----AAT------TTGA-TAG-------TAAC-C-TG-----GGC-AG-AGA--CTA---GGT-TCT--T-A----GAA---------------------AA----ACAGTGAAA--------G-TTGCAAT-TGCA-GT-ATCTTAACC-TCA-ACCTAATG-----TTTTTG-AAT--ATTTTTGGATATGGatcccaaatgtccacatattcttat
gi|4 : ------------------ACA--AGGTCG-AGATA------GAAATA------TCTCAGT-CCTCAGTTTCAC-T----GTT------TTGATCAG-------AA-----CG-----GAT-----GC----------T-TCT----A----TAACA-------------------AA----ATAATAA
gi|8 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgatcgacataaggaggttcaagccctggtatcactgA--AA-TAA-GGTTA-----TGGGAT-------TCCAG-C-CCT-GGTATCAT-T----GCT------GCAA-TAG-------AAAC-CTCA-----G-C-AG-AAC--C-------T-T-------------AC--------------------AA----ACATTGATACC-TCCA-G-TTGGAATATTC--TT-ATCTCAGTT-TTATAACA-ATGAACAA-TCTTacccatgaatgattcctataat
gi|5 : A--AA-T-G-AGATAC----TGATAT-------TCCTG-T-CCTTGGTATCACGTAACAGTT------TTCATAAA-------AAAC-TTCA-------C-AG-ACC--CTC---GGT-TTC--A-A----TAAA--------------------AA----ATAATCAAACC-CCAG-A-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACT-TAAAATCC-ATGACAGATCCTTA-g
gi|4 : A-TCG-ACATA-----AGGAGG-------TTCAA-G-CCCTGGTATCAC-T----GTTATTATTTTG-TTA---------------TA-----GA-----AGCA-TCC----GT-TCT--G-A----TCA---------------------AA----ACAGTGAAA-C-TGAG-GACTGAGATATTT--CT-ATCTCGACC-TTGTACCC-ATGAATGATTCCTATAATcacatactttaatggttt
gi|7 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA-----TGAAAT-------TTCAA-C-CTCTGTTG-CAC-T----GGC------T-GGTTAA-------GAAC-C-TC-----TGC-AG-ATC--CTC---GGT-TCTCAGTA----TAA---------------------AA----A-GGTAAAACC-TTAG-G-TTGGAATATCC--TT-ATCATAACC-TAATATCC-ACAAAAGATTTT
gi|11 : GA-C-CCTCAGTATCAC-T----GCT------TTAAT-AG-------GCAC-C------------------------------TCT--GCG----CAA----------------------A----ACAGCAAAACC-TTAG-G-TTAGAACCTTC--TT-ATCTCAACC-TAATACCC-AAGAAAGATTGTTA-
gi|6 : gtccA-T-CCTCGGCATCAT-T----GTT------TTAAT-GG-------GAATAT-CATTTACGACCAA-AACCATCACACAATATAC--A-A----CAAT--------------------AATAACATAG-AAAAC--TCAG-T-TTGGTATATCC--TT-ATCACAACT-TAATACCT-ATGAAAGATATTTA-t
gi|10 : GTAGCAC-T----GAT------TTGATAAGTTGATTAGAAC-C-TT-----GAT-AG-TGC--TTC---AGT-TCT--G-A----TAA---------------------AA----ATACTGAAACC-TGATAA-TCGGAACAT----AT-ATCT--------GTAC---ATGAAAAATTCTTA-
gi|13 : ATCAC-T----GTT------TTGA-TAG-------GAAT-C-TT-----G-----------T-------T-TCA--G-A----TAA---------------------GA----ACAATGCAACCTTCA--A-CTGGAATA-TC--GT-GTCTCAACT-CATCACCC-ATGAAAGATTCT
gi|9 : cA-----GAC-AG-AGC--TTC---AGT-GCT--G-G----TAACTAGATAAAGCCTCAGTTTCAAA----ATAGTGAAACC-TTGG-G-TTGGAATATTC--TTAACCTTAG---CAATGCTC-ATGGAAGCTTCTTC-AATaat
gi|16 : tC--TCA---A-T-TCC--A-A----TAA---------------------AA----ACATTGAAACC-TTGA-G-TTGGAATATCC--TT-AT
gi|12 : tagaacGT-TCT--G-A----TGA---------------------AA----ACAGTGAAACC-T-AC-T-TTGAAATATCC--TT-A-CTTAAATCTACTACAC-ATGAACGATTCTTA-
gi|14 : gtAAGACC-TCAC-G-TTGGAATAATC--TT-ATCTC-AGC-TAACACCA-ATGAAAGATTCTTA-tagcccattttccctgatatctgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 2222 11 4444 4444 222222 2 2 000000000000 1 555555 2 1 1 11 111 33333 1111111 555555555555555555555555555 11111111 1111111 11 1
lowQualScore : 3333 88 3 2222 4 2 2222 2 999999 0 0 2 222222222222 5 2 333333 2 0 1 0 5 33 11 222 11111 8888888 4 6 3 7777 0 000000000000000000000000000 5555 3 11111111 8888888 2 2 2 555 6666666 2 33 5 22 555 33 555 7 8 11 5
lowQualScore : .... .. . .... . . .... . ...... . . . ............ . . ...... . . . . . .. .. ... ..... ....... . . . .... . ........................... .... . ........ ....... . . . ... ....... . .. . .. ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 5555 55 0 5555 0 5 5555 5 000000 0 0 5 555555555555 0 5 555555 5 0 0 5 0 55 00 888 44444 6666666 4 4 6 7777 6 000000000000000000000000000 4444 1 00000000 2222222 7 7 7 888 4444444 5 77 3 33 111 99 000 3 0 00 5
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGA-------TTCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGAT-AG-------GAAC--C-----CCG-ACAG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-ATAA-A-AA-CAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( family-4615 ) : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TNAGTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGA-------TTCCAAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGATTAG-------GAAC--C-----CGG-ACAG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-ATAA-A-AA-CAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
gi|1 : CCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAAACA--AATCA-AGATA-----TGAGA-------TTTTGAC-CCTTGGTATCAC-T----GTTTTGATTAG-------GAAC--C-----CAG-ACAG-A-GCT-CAA------GTTC--T--G-ATAACA-AA-TAG--TAAAACCT-CA-TG-TTGGAATATTCG--T-ATCTCAAATTAATA--CCT--ATG---AAAAATTCTTA-A-ATTAGTATTTGAAT-TGG
gi|10 : tGTAGCAC-T----GATTTGATAAGTTGATTAGAAC--C-----TTG-ATAG-T-GCT-TCA------GTTC--T--G-ATAA-A-AA-TAC--TGAAACCT-GATAA-TCGGAACAT--A--T-ATCT-------GTA----C--ATG---AAAAATTCTTA-tgtccaaaactgttggtattgtgcaa
gi|11 : TCCGAC-CCTCAGTATCAC-T----GCTTTAAT-AG-------G----------------CA-----CC-TCT------GCGC----------A-A-AA-CAG--CAAAACCT-TA-GG-TTAGAACCTTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--AAG---AAAGATTGTTA-
gi|12 : g------GTTC--T--G-ATGA-A-AA-CAG--TGAAACCT--A-CT-TTGAAATATCCT--T-ACTTAAATCTACTA--CAC--ATG---AACGATTCTTA-t
gi|13 : gtATCAC-T----GTTTTGAT-AG-------GAAT--C--------------------TTG------TTTC--A--G-ATAA-G-AA-CAA--TGCAACCT-TC-AA-CTGGAATAT-CG--T-GTCTCAACTCATCA--CCC--ATG---AAAGATTCTtagcccattttccctgatatctgg
gi|14 : cAA-A-AA-CA-----AGACCT-CA-CG-TTGGAATAATCT--T-ATCTCAG-CTAACA--CCA--ATG---AAAGATTCTTA-aat
gi|16 : AG-A-ACC-TCA------ATTC--C--A-ATAA-A-AA-CAT--TGAAACCT-TG-AG-TTGGAATATCCT--T-AT
gi|2 : tCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATCGCAGCAATCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAACTCCTCGGTAGCAC-T----GTGTTGA-TAG-------TGGC--C-----TTG-ATAGTG-GCC-TAG------GCGC--C--A-AAAA-ATAA-AAGATTGAAATGC-CA-GG-TTGAAATATTCT--T-ATCTCAAACTAATAATCCCAAATGTCCACATATTCTTA-
gi|3 : CA--AGTC--AGATAA----TGAGG-------ATGCAAC-AATTGGTATCAC-T----AATTTGAT-AG-------TAAC--C-----TGG-GCAG-A-GAC-TAG------GTTC--T--T-AGAA-A-AA-CAG--TGAAAGTTGCA-A--TTGCAGTATCTT--A-ACCTCAACCTAATG------------------TTTTTG-A-AT--ATTTTTGGATATGGt
gi|4 : tagtagtatacaagaaaacacatcaattatgaatataATCG-ACATAA----GGAGG-------TTCAAGC-CCT-GGTATCAC-T----GTTATTATT---------------T-----TGTTATAG-AAGCA-TCC------GTTC--T--G-ATCA-A-AA-CAG--TGAAA-CT-GA-GGACTGAGATATTTC--T-ATCTCGACCTTGTA--CCC--ATG---AATGATTCCTATA-AT--
gi|5 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA--AAT-G-AGATAC----TGATA-------TTCCTGT-CCTTGGTATCACGTAACAGTTTTCATAAA-------AAAC--TT----C---ACAG-A-CCC-TCG------GTTT--C--A-ATAA-A-AAATAA--TCAAACCC-CA-GA-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACTTAAAA--TCC--ATG---ACAGATCCTTACACAT--ACTTT
gi|6 : AT-CCTCGGCATCAT-T----GTTTTAAT-GG-------GAATATCATTTACGA-CCAA-A-ACCATCACACAATATACAAC--A-ATAA-T-AA-CAT--AGAAAACT-CA-GT-TTGGTATATCCT--T-ATCACAACTTAATA--CCT--ATG---AAAGATATTTA-aatggttt
gi|7 : A-----TGAAA-------TTTCAAC-C-TCTGTTGCAC-T----GGCT-GGTTAA-------GAAC--C-----TCT-GCAG-A-TCC-TCG------GTTC--TCAGTATAA-A-AA--GG--TAAAACCT-TA-GG-TTGGAATATCCT--T-ATCATAACCTAATA--TCC--ACA---AAAGATTTT
gi|8 : A--AATAA-GGTTA-----TGGGA-------TTCCAGC-CCT-GGTATCAT-T----GCTGCAAT-AG-------AAAC--C-----TCA-GCAG-A-ACC-T--------------------TAC-A-AA-CAT--TGATACCT-CC-AG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAGTTTTATA--ACA--ATG---AA
gi|9 : G-ATAA-A-GCC-TCA------GTTT--C-------A-A-AA-TAG--TGAAACCT-TG-GG-TTGGAATATTCT--TAACCTTAGC--AATG--CTC--ATG---GAAGCTTCTTC-A-AT--caatcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 2222 2222 222222 1 1 444444444444 1 333333 1 1 11 111 33333 1111111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 3333 88 1 3333 1 1 3333 1 999999 5 5 1 666666666666 5 1 111111 1 5 1 1 5 33 11 222 11111 6666666 3 4 6 3 7777 0 3 33333333 3 444444444444444444444444444444444444444444 2 2 2 555 6666666 2 33 5 22 555 33 555 7 8 11 5
lowQualScore : .... .. . .... . . .... . ...... . . . ............ . . ...... . . . . . .. .. ... ..... ....... . . . . .... . . ........ . .......................................... . . . ... ....... . .. . .. ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 5555 55 0 5555 0 0 5555 0 000000 5 5 0 555555555555 0 0 000000 0 0 0 0 0 55 00 888 44444 2222222 1 4 4 6 7777 6 6 22222222 6 444444444444444444444444444444444444444444 7 7 7 888 4444444 5 77 3 33 111 99 000 3 0 00 5
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AAC-CT-----CG--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( family-4615 ) : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AAC-CC-----CG--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
gi|1 : CCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAAACA--AATCA-AGATA-----TGAGAT-------TTTGAC-CCTTGGTATCAC-T----GTTTTGATTAGG--------AAC-CC-----AG--AC-AG-A-GCT-CAA------GTTC--T--G-AT-AACA-AATAG--TAAAACCT-CA-TG-TTGGAATATTCG--T-ATCTCAAATTAATA--CCT--ATG---AAAAATTCTTA-A-ATTAGTATTTGAAT-TGG
gi|10 : tGTAGCAC-T----GATTTGA-TAAGTTGATTAGAAC-CT-----TG--AT-AG-T-GCT-TCA------GTTC--T--G-AT-AA-A-AATAC--TGAAACCT-GATAA-TCGGAACAT--A--T-ATCT-------GTA----C--ATG---AAAAATTCTTA-tgtccaaaactgttggtattgtgcaa
gi|11 : -------TCCGAC-CCTCAGTATCAC-T----GCTTTAA-TAGG--------CAC-CT-----CT--GC------GC--------------------------A-A-AACAG--CAAAACCT-TA-GG-TTAGAACCTTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--AAG---AAAGATTGTTA-
gi|12 : g------GTTC--T--G-AT-GA-A-AACAG--TGAAACCT--A-CT-TTGAAATATCCT--T-ACTTAAATCTACTA--CAC--ATG---AACGATTCTTA-t
gi|13 : gtATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AAT-C----------------------TTG------TTTC--A--G-AT-AA-G-AACAA--TGCAACCT-TC-AA-CTGGAATAT-CG--T-GTCTCAACTCATCA--CCC--ATG---AAAGATTCTtagcccattttccctgatatctgg
gi|14 : c-AA-A-AACA-----AGACCT-CA-CG-TTGGAATAATCT--T-ATCTCAG-CTAACA--CCA--ATG---AAAGATTCTTA-aat
gi|16 : -AG-A-ACC-TCA------ATTC--C--A-AT-AA-A-AACAT--TGAAACCT-TG-AG-TTGGAATATCCT--T-AT
gi|2 : tCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATCGCAGCAATCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAACTCCTCGGTAGCAC-T----GTGTTGA-TAGT--------GGC-CT-----TG--AT-AGTG-GCC-TAG------GCGC--C--A-AA-AA-ATAAAAGATTGAAATGC-CA-GG-TTGAAATATTCT--T-ATCTCAAACTAATAATCCCAAATGTCCACATATTCTTA-
gi|3 : CA--AGTC--AGATAA----TGAGGA-------TGCAAC-AATTGGTATCAC-T----AATTTGA-TAGT--------AAC-CT-----GG--GC-AG-A-GAC-TAG------GTTC--T--T-AG-AA-A-AACAG--TGAAAGTTGCA-A--TTGCAGTATCTT--A-ACCTCAACCTAATG------------------TTTTTG-A-AT--ATTTTTGGATATGGt
gi|4 : tagtagtatacaagaaaacacatcaattatgaatataATCG-ACATAA----GGAGGT-------TCAAGC-CCT-GGTATCAC-T----GTTATTA-T---------------TT-----TGTTAT-AG-AAGCA-TCC------GTTC--T--G-AT-CA-A-AACAG--TGAAA-CT-GA-GGACTGAGATATTTC--T-ATCTCGACCTTGTA--CCC--ATG---AATGATTCCTATA-AT--
gi|5 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA--AAT-G-AGATAC----TGATAT-------TCCTGT-CCTTGGTATCACGTAACAGTTTTCA-TAAA--------AAA-CT-----TC--AC-AG-A-CCC-TCG------GTTT--C--A-ATAAA-A-AATAA--TCAAACCC-CA-GA-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACTTAAAA--TCC--ATG---ACAGATCCTTACACAT--ACTTT
gi|6 : AT-CCTCGGCATCAT-T----GTTTTAA-TGGG--------AATATCATTTACG--ACCAA-A-ACCATCACACAATATACAAC--A-AT-AA-T-AACAT--AGAAAACT-CA-GT-TTGGTATATCCT--T-ATCACAACTTAATA--CCT--ATG---AAAGATATTTA-aatggttt
gi|7 : A-----TGAAAT-------TTCAAC-C-TCTGTTGCAC-T----GGCTGGT-TAAG--------AAC-CT-----CT--GC-AG-A-TCC-TCG------GTTC--TCAGTAT-AA-A-AA-GG--TAAAACCT-TA-GG-TTGGAATATCCT--T-ATCATAACCTAATA--TCC--ACA---AAAGATTTT
gi|8 : A--AATAA-GGTTA-----TGGGAT-------TCCAGC-CCT-GGTATCAT-T----GCTGCAA-TAGA--------AAC-CT-----CA--GC-AG-A-ACC-T--------------------T-AC-A-AACAT--TGATACCT-CC-AG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAGTTTTATA--ACA--ATG---AA
gi|9 : G--AT-AA-A-GCC-TCA------GTTT--C--------A-A-AATAG--TGAAACCT-TG-GG-TTGGAATATTCT--TAACCTTAGC--AATG--CTC--ATG---GAAGCTTCTTC-A-AT--caatcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 2222 2222 222222 1 1 444444444444 1 333333 1 1 11 111 33333 1111111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 3333 88 1 3333 1 1 3333 1 999999 5 5 1 666666666666 5 1 111111 1 5 1 1 5 33 11 222 11111 6666666 3 4 6 3 7777 0 3 33333333 333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 555 6666666 2 33 5 22 555 33 555 7 8 11 5
lowQualScore : .... .. . .... . . .... . ...... . . . ............ . . ...... . . . . . .. .. ... ..... ....... . . . . .... . . ........ .......................................... . . . ... ....... . .. . .. ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 5555 55 0 5555 0 0 5555 0 000000 5 5 0 555555555555 0 0 000000 0 0 0 0 0 55 00 888 44444 2222222 1 4 4 6 7777 6 6 22222222 666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 888 4444444 5 77 3 33 111 99 000 3 0 00 5
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( family-4615 ) : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
gi|1 : CCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAAACA--AATCA-AGATA-----TGAGAT-------TTTGAC-CCTTGGTATCAC-T----GTTTTGATTAGG--------AACCCA------G--AC-AG-A-GCT-CAA------GTTC--T--G-AT-AACA-AATAG--TAAAACCT-CA-TG-TTGGAATATTCG--T-ATCTCAAATTAATA--CCT--ATG---AAAAATTCTTA-A-ATTAGTATTTGAAT-TGG
gi|10 : tGTAGCAC-T----GATTTGA-TAAGTTGATTAGAACCTT------G--AT-AG-T-GCT-TCA------GTTC--T--G-AT-AA-A-AATAC--TGAAACCT-GATAA-TCGGAACAT--A--T-ATCT-------GTA----C--ATG---AAAAATTCTTA-tgtccaaaactgttggtattgtgcaa
gi|11 : -------TCCGAC-CCTCAGTATCAC-T----GCTTTAA-TAGG--------CACCTC------T--GC------GC--------------------------A-A-AACAG--CAAAACCT-TA-GG-TTAGAACCTTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--AAG---AAAGATTGTTA-
gi|12 : g------GTTC--T--G-AT-GA-A-AACAG--TGAAACCT--A-CT-TTGAAATATCCT--T-ACTTAAATCTACTA--CAC--ATG---AACGATTCTTA-t
gi|13 : gtATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AATCTT------G--------------T---------TTC--A--G-AT-AA-G-AACAA--TGCAACCT-TC-AA-CTGGAATAT-CG--T-GTCTCAACTCATCA--CCC--ATG---AAAGATTCTtagcccattttccctgatatctgg
gi|14 : c-AA-A-AACA-----AGACCT-CA-CG-TTGGAATAATCT--T-ATCTCAG-CTAACA--CCA--ATG---AAAGATTCTTA-aat
gi|16 : -AG-A-ACC-TCA------ATTC--C--A-AT-AA-A-AACAT--TGAAACCT-TG-AG-TTGGAATATCCT--T-AT
gi|2 : tCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATCGCAGCAATCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAACTCCTCGGTAGCAC-T----GTGTTGA-TAGT--------GGCCTT------G--AT-AGTG-GCC-TAG------GCGC--C--A-AA-AA-ATAAAAGATTGAAATGC-CA-GG-TTGAAATATTCT--T-ATCTCAAACTAATAATCCCAAATGTCCACATATTCTTA-
gi|3 : CA--AGTC--AGATAA----TGAGGA-------TGCAAC-AATTGGTATCAC-T----AATTTGA-TAGT--------AACCTG------G--GC-AG-A-GAC-TAG------GTTC--T--T-AG-AA-A-AACAG--TGAAAGTTGCA-A--TTGCAGTATCTT--A-ACCTCAACCTAATG------------------TTTTTG-A-AT--ATTTTTGGATATGGt
gi|4 : tagtagtatacaagaaaacacatcaattatgaatataATCG-ACATAA----GGAGGT-------TCAAGC-CCT-GGTATCAC-T----GTTATTA-T--------------TTT------GTTAT-AG-AAGCA-TCC------GTTC--T--G-AT-CA-A-AACAG--TGAAA-CT-GA-GGACTGAGATATTTC--T-ATCTCGACCTTGTA--CCC--ATG---AATGATTCCTATA-AT--
gi|5 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA--AAT-G-AGATAC----TGATAT-------TCCTGT-CCTTGGTATCACGTAACAGTTTTCA-TAAA--------AAACTT------C--AC-AG-A-CCC-TCG------GTTT--C--A-ATAAA-A-AATAA--TCAAACCC-CA-GA-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACTTAAAA--TCC--ATG---ACAGATCCTTACACAT--ACTTT
gi|6 : AT-CCTCGGCATCAT-T----GTTTTAA-TGGG--------AATATCATTTACG--ACCAA-A-ACCATCACACAATATACAAC--A-AT-AA-T-AACAT--AGAAAACT-CA-GT-TTGGTATATCCT--T-ATCACAACTTAATA--CCT--ATG---AAAGATATTTA-aatggttt
gi|7 : A-----TGAAAT-------TTCAAC-C-TCTGTTGCAC-T----GGCTGGT-TAAG--------AACCTC------T--GC-AG-A-TCC-TCG------GTTC--TCAGTAT-AA-A-AA-GG--TAAAACCT-TA-GG-TTGGAATATCCT--T-ATCATAACCTAATA--TCC--ACA---AAAGATTTT
gi|8 : A--AATAA-GGTTA-----TGGGAT-------TCCAGC-CCT-GGTATCAT-T----GCTGCAA-TAGA--------AACCTC------A--GC-AG-A-ACC-T--------------------T-AC-A-AACAT--TGATACCT-CC-AG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAGTTTTATA--ACA--ATG---AA
gi|9 : CTA------G--AT-AA-A-GCC-TCA------GTTT--C--------A-A-AATAG--TGAAACCT-TG-GG-TTGGAATATTCT--TAACCTTAGC--AATG--CTC--ATG---GAAGCTTCTTC-A-AT--caatcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 2222 2222 222222 1 1 444444444444 1 333333 1 1 11 111 33333 1111111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 3333 88 1 3333 1 1 3333 1 999999 5 5 1 666666666666 5 1 111111 1 5 1 1 5 33 11 222 11111 6666666 3 4 6 3 7777 0 3 33333333 333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 555 6666666 2 33 5 22 555 33 555 7 8 11 5
lowQualScore : .... .. . .... . . .... . ...... . . . ............ . . ...... . . . . . .. .. ... ..... ....... . . . . .... . . ........ .......................................... . . . ... ....... . .. . .. ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 5555 55 0 5555 0 0 5555 0 000000 5 5 0 555555555555 0 0 000000 0 0 0 0 0 55 00 888 44444 2222222 1 4 4 6 7777 6 6 22222222 666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 888 4444444 5 77 3 33 111 99 000 3 0 00 5
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( family-4615 ) : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
gi|1 : CCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAAACA--AATCA-AGATA-----TGAGAT-------TTTGAC-CCTTGGTATCAC-T----GTTTTGATTAGG--------AACCCA------G--AC-AG-A-GCT-CAA------GTTC--T--G-AT-AACA-AATAG--TAAAACCT-CA-TG-TTGGAATATTCG--T-ATCTCAAATTAATA--CCT--ATG---AAAAATTCTTA-A-ATTAGTATTTGAAT-TGG
gi|10 : tGTAGCAC-T----GATTTGA-TAAGTTGATTAGAACCTT------G--AT-AG-T-GCT-TCA------GTTC--T--G-AT-AA-A-AATAC--TGAAACCT-GATAA-TCGGAACAT--A--T-ATCT-------GTA----C--ATG---AAAAATTCTTA-tgtccaaaactgttggtattgtgcaa
gi|11 : -------TCCGAC-CCTCAGTATCAC-T----GCTTTAA-TAGG--------CACCTC------T--GC------GC--------------------------A-A-AACAG--CAAAACCT-TA-GG-TTAGAACCTTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--AAG---AAAGATTGTTA-
gi|12 : g------GTTC--T--G-AT-GA-A-AACAG--TGAAACCT--A-CT-TTGAAATATCCT--T-ACTTAAATCTACTA--CAC--ATG---AACGATTCTTA-t
gi|13 : gtATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AATCTT------G--------------T---------TTC--A--G-AT-AA-G-AACAA--TGCAACCT-TC-AA-CTGGAATAT-CG--T-GTCTCAACTCATCA--CCC--ATG---AAAGATTCTtagcccattttccctgatatctgg
gi|14 : c-AA-A-AACA-----AGACCT-CA-CG-TTGGAATAATCT--T-ATCTCAG-CTAACA--CCA--ATG---AAAGATTCTTA-aat
gi|16 : -AG-A-ACC-TCA------ATTC--C--A-AT-AA-A-AACAT--TGAAACCT-TG-AG-TTGGAATATCCT--T-AT
gi|2 : tCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATCGCAGCAATCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAACTCCTCGGTAGCAC-T----GTGTTGA-TAGT--------GGCCTT------G--AT-AGTG-GCC-TAG------GCGC--C--A-AA-AA-ATAAAAGATTGAAATGC-CA-GG-TTGAAATATTCT--T-ATCTCAAACTAATAATCCCAAATGTCCACATATTCTTA-
gi|3 : CA--AGTC--AGATAA----TGAGGA-------TGCAAC-AATTGGTATCAC-T----AATTTGA-TAGT--------AACCTG------G--GC-AG-A-GAC-TAG------GTTC--T--T-AG-AA-A-AACAG--TGAAAGTTGCA-A--TTGCAGTATCTT--A-ACCTCAACCTAATG------------------TTTTTG-A-AT--ATTTTTGGATATGGt
gi|4 : tagtagtatacaagaaaacacatcaattatgaatataATCG-ACATAA----GGAGGT-------TCAAGC-CCT-GGTATCAC-T----GTTATTA-T--------------TTT------GTTAT-AG-AAGCA-TCC------GTTC--T--G-AT-CA-A-AACAG--TGAAA-CT-GA-GGACTGAGATATTTC--T-ATCTCGACCTTGTA--CCC--ATG---AATGATTCCTATA-AT--
gi|5 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA--AAT-G-AGATAC----TGATAT-------TCCTGT-CCTTGGTATCACGTAACAGTTTTCA-TAAA--------AAACTT------C--AC-AG-A-CCC-TCG------GTTT--C--A-ATAAA-A-AATAA--TCAAACCC-CA-GA-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACTTAAAA--TCC--ATG---ACAGATCCTTACACAT--ACTTT
gi|6 : AT-CCTCGGCATCAT-T----GTTTTAA-TGGG--------AATATCATTTACG--ACCAA-A-ACCATCACACAATATACAAC--A-AT-AA-T-AACAT--AGAAAACT-CA-GT-TTGGTATATCCT--T-ATCACAACTTAATA--CCT--ATG---AAAGATATTTA-aatggttt
gi|7 : A-----TGAAAT-------TTCAAC-C-TCTGTTGCAC-T----GGCTGGT-TAAG--------AACCTC------T--GC-AG-A-TCC-TCG------GTTC--TCAGTAT-AA-A-AA-GG--TAAAACCT-TA-GG-TTGGAATATCCT--T-ATCATAACCTAATA--TCC--ACA---AAAGATTTT
gi|8 : A--AATAA-GGTTA-----TGGGAT-------TCCAGC-CCT-GGTATCAT-T----GCTGCAA-TAGA--------AACCTC------A--GC-AG-A-ACC-T--------------------T-AC-A-AACAT--TGATACCT-CC-AG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAGTTTTATA--ACA--ATG---AA
gi|9 : CTA------G--AT-AA-A-GCC-TCA------GTTT--C--------A-A-AATAG--TGAAACCT-TG-GG-TTGGAATATTCT--TAACCTTAGC--AATG--CTC--ATG---GAAGCTTCTTC-A-AT--caatcttg
blockSeqs : AGTC TA T . T C . C GTCTGT . . G . G G A G . A A . TC GC CGT GTGTG AATGATT G T C G AACA . TTGATTAG CATTTACGACCAAAACCATCACACAATATACAACA A . T GAT GATAA T AA G CC ATC AA TCC T C . A
blockSeqs : . CG A . A . C . . . . TGTTATAGAAGCATCCGTTCTG . . . C GAGGA C . A TC C . . C . .
blockSeqs : . AA A . A . T . . . . CTGCAGATCCTCGGTTCTCAGT . . . G TAGG T . . CT C . . . . .
blockSeqs : . C C . A . T . . . . TGATAGTGGCCTAGGCGCCA . . . G TCAA C . . AC C . . . . .
blockSeqs : G . . T . C . . . . TGATAGTGCTTCAGTTCTG . . . A CACG T . . CC C . . .
blockSeqs : . . A . C . . . . GGGCAGAGACTAGGTTCTT . . . T TGAG C . . CC C . . .
blockSeqs : . A . . . . . . TCACAGACCCTCGGTTTCA . . . G CAGG T . . CT T . . .
blockSeqs : . . . . . . AGATAAAGCCTCAGTTTC . . . G GCAA T . . CT C . . .
blockSeqs : . . . . CAGCAGAACCT . . . A CAGA C . . CC T . . .
blockSeqs : . . . . TGTTTCAG . . . T CAGT C . . TT A . . .
blockSeqs : CTGCGC . . . G TAGG T . . C C . .
blockSeqs : . . . T CCAG T . . C . . .
blockSeqs : . . . G TGGG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ACT . . .
blockSeqCons : ***** **
originalCons : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
finalCons : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 2222 2222 222222 1 1 444444444444 1 333333 1 1 11 111 33333 1111111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 3333 88 1 3333 1 1 3333 1 999999 5 5 1 666666666666 5 1 111111 1 5 1 1 5 33 11 222 11111 6666666 3 4 6 3 7777 0 3 33333333 333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 555 6666666 2 33 5 22 555 33 555 7 8 11 5
lowQualScore : .... .. . .... . . .... . ...... . . . ............ . . ...... . . . . . .. .. ... ..... ....... . . . . .... . . ........ .......................................... . . . ... ....... . .. . .. ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 5555 55 0 5555 0 0 5555 0 000000 5 5 0 555555555555 0 0 000000 0 0 0 0 0 55 00 888 44444 2222222 1 4 4 6 7777 6 6 22222222 666666666666666666666666666666666666666666 7 7 7 888 4444444 5 77 3 33 111 99 000 3 0 00 5
consensus : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
Reference ( family-4615 ) : NCCTTATGAAGTCTCATGTTAACAANTTCAACCTCANCTCANATATGGTCNAGATAAGTCTGTAATTTACACTCANACATTTGCATGTTGTGAGTGTNAAATTATTTTCATNATCTCTNANTGGTATGCAAGAANCGCA--AATCG-AGATA-----TGAGAT-------TCCGAC-CCTCGGTATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AACCTC------G--AC-AG-A-GCC-TCG------GTTC--C--G-AT-AA-A-AACAG--TGAAACCT-CA-GG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--ATG---AAAGATTCTTA-A-AT--ATTTTTGGATATGG
gi|1 : CCTTATGA----TCATGT--ACAAGTTCAACCTCAACTTAGATATGGTCGAGATAA------AATTTACACTCATACATTTGCATGTTATGA-TGTCAAATTATTTTCATTATCTCTTATTGGTATGCAAGAAAAACA--AATCA-AGATA-----TGAGAT-------TTTGAC-CCTTGGTATCAC-T----GTTTTGATTAGG--------AACCCA------G--AC-AG-A-GCT-CAA------GTTC--T--G-AT-AACA-AATAG--TAAAACCT-CA-TG-TTGGAATATTCG--T-ATCTCAAATTAATA--CCT--ATG---AAAAATTCTTA-A-ATTAGTATTTGAAT-TGG
gi|10 : tGTAGCAC-T----GATTTGA-TAAGTTGATTAGAACCTT------G--AT-AG-T-GCT-TCA------GTTC--T--G-AT-AA-A-AATAC--TGAAACCT-GATAA-TCGGAACAT--A--T-ATCT-------GTA----C--ATG---AAAAATTCTTA-tgtccaaaactgttggtattgtgcaa
gi|11 : -------TCCGAC-CCTCAGTATCAC-T----GCTTTAA-TAGG--------CACCTC------T--GC------GC--------------------------A-A-AACAG--CAAAACCT-TA-GG-TTAGAACCTTCT--T-ATCTCAACCTAATA--CCC--AAG---AAAGATTGTTA-
gi|12 : g------GTTC--T--G-AT-GA-A-AACAG--TGAAACCT--A-CT-TTGAAATATCCT--T-ACTTAAATCTACTA--CAC--ATG---AACGATTCTTA-t
gi|13 : gtATCAC-T----GTTTTGA-TAGG--------AATCTT------G--------------T---------TTC--A--G-AT-AA-G-AACAA--TGCAACCT-TC-AA-CTGGAATAT-CG--T-GTCTCAACTCATCA--CCC--ATG---AAAGATTCTtagcccattttccctgatatctgg
gi|14 : c-AA-A-AACA-----AGACCT-CA-CG-TTGGAATAATCT--T-ATCTCAG-CTAACA--CCA--ATG---AAAGATTCTTA-aat
gi|16 : -AG-A-ACC-TCA------ATTC--C--A-AT-AA-A-AACAT--TGAAACCT-TG-AG-TTGGAATATCCT--T-AT
gi|2 : tCCTTATGAAGTCTCATGTTAATAATTTC----TCATCTCACATA----CCAGATAAGTCTGTAATTT-CAC-CAGA------------GTGAGTGTGAAAT-A----CATGATCT-TAAATGGTATGCAA-AATCGCAGCAATCGTACATAGTGTGTGAGATAATGATTTTCAACTCCTCGGTAGCAC-T----GTGTTGA-TAGT--------GGCCTT------G--AT-AGTG-GCC-TAG------GCGC--C--A-AA-AA-ATAAAAGATTGAAATGC-CA-GG-TTGAAATATTCT--T-ATCTCAAACTAATAATCCCAAATGTCCACATATTCTTA-
gi|3 : CA--AGTC--AGATAA----TGAGGA-------TGCAAC-AATTGGTATCAC-T----AATTTGA-TAGT--------AACCTG------G--GC-AG-A-GAC-TAG------GTTC--T--T-AG-AA-A-AACAG--TGAAAGTTGCA-A--TTGCAGTATCTT--A-ACCTCAACCTAATG------------------TTTTTG-A-AT--ATTTTTGGATATGGt
gi|4 : tagtagtatacaagaaaacacatcaattatgaatataATCG-ACATAA----GGAGGT-------TCAAGC-CCT-GGTATCAC-T----GTTATTA-T--------------TTT------GTTAT-AG-AAGCA-TCC------GTTC--T--G-AT-CA-A-AACAG--TGAAA-CT-GA-GGACTGAGATATTTC--T-ATCTCGACCTTGTA--CCC--ATG---AATGATTCCTATA-AT--
gi|5 : aagaaaaagaatctatcacaattatatgA--AAT-G-AGATAC----TGATAT-------TCCTGT-CCTTGGTATCACGTAACAGTTTTCA-TAAA--------AAACTT------C--AC-AG-A-CCC-TCG------GTTT--C--A-ATAAA-A-AATAA--TCAAACCC-CA-GA-TCAAAATATTCTAATGATCTCAACTTAAAA--TCC--ATG---ACAGATCCTTACACAT--ACTTT
gi|6 : AT-CCTCGGCATCAT-T----GTTTTAA-TGGG--------AATATCATTTACG--ACCAA-A-ACCATCACACAATATACAAC--A-AT-AA-T-AACAT--AGAAAACT-CA-GT-TTGGTATATCCT--T-ATCACAACTTAATA--CCT--ATG---AAAGATATTTA-aatggttt
gi|7 : A-----TGAAAT-------TTCAAC-C-TCTGTTGCAC-T----GGCTGGT-TAAG--------AACCTC------T--GC-AG-A-TCC-TCG------GTTC--TCAGTAT-AA-A-AA-GG--TAAAACCT-TA-GG-TTGGAATATCCT--T-ATCATAACCTAATA--TCC--ACA---AAAGATTTT
gi|8 : A--AATAA-GGTTA-----TGGGAT-------TCCAGC-CCT-GGTATCAT-T----GCTGCAA-TAGA--------AACCTC------A--GC-AG-A-ACC-T--------------------T-AC-A-AACAT--TGATACCT-CC-AG-TTGGAATATTCT--T-ATCTCAGTTTTATA--ACA--ATG---AA
gi|9 : CTA------G--AT-AA-A-GCC-TCA------GTTT--C--------A-A-AATAG--TGAAACCT-TG-GG-TTGGAATATTCT--TAACCTTAGC--AATG--CTC--ATG---GAAGCTTCTTC-A-AT--caatcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCAAAAATGTCCATCTATCTTCATTGTCTATATTGAGTTAGTTTAGTTTTGCATTAA